Perfectly aligned sequences

Perfectly aligned sequences

arg_arch_P_delaneyi

Class I

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_arg_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  E  Q  P  S  R  N  V  Y  E  S  A  P  Q  R  V  L  S  R  V  V  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  L  E  Q  Q  G  V  E  L  G  P  R  E  R  Q  E  I  E  Y  I  V  A  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  R  P  E  L  G  D  Y  G  I  P  A  A  R  Y  A  K  R  Y  G  I  D  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  F  F  K  K  A  T  A  L  L  Q  Q  E  P  V  V  A  E  A  K  R  V  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  L  N  I  T  I  D  V  G  Y  A  A  K  L  V  F  E  A  V  R  A  E  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  Y  G  R  V  K  T  E  K  P  E  R  I  V  V  E  H  T  S  A  N  P  V  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  V  E  H  .  S  A  N  P  V  H 
---------------------------------------GTAGTTGAGCAT---AGTGCTAACCCTGTACAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  L  H  I  G  H  A  R  N  A  S  L  G  D  S  L  A  R  L  L  R  A  R  G 
 P  L  H  I  G  H  A  R  N  A  S  L  G  D  S  L  A  R  L  -  -  -  -  - 
CCCCTCCATATAGGCCATGCGAGAAACGCGAGCTTGGGTGATTCCCTGGCTAGACTG---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 H  V  V  Q  T  R  F  Y  I  N  D  M  G  R  Q  V  A  V  L  A  Y  G  Y  I 
 -  -  -  Q  T  R  F  Y  I  N  D  M  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CAGACACGGTTCTACATAAACGACATGGGA---------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  A  G  L  D  K  P  P  K  D  V  K  P  D  H  W  I  G  L  V  Y  A  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  T  L  S  D  I  E  E  L  K  K  R  L  E  Q  L  K  Q  E  E  K  Y  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  R  Q  L  L  R  E  L  D  E  L  V  A  T  A  S  R  L  R  E  R  D  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  F  E  R  I  A  E  A  L  K  G  K  D  P  S  Q  E  I  S  K  L  M  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  E  Y  R  Q  D  P  E  K  V  E  L  V  R  K  V  V  Q  L  C  L  Q  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  L  C  L  Q  G  F 
---------------------------------------------------CAACTATGCCTCCAGGGCTTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  E  T  L  S  R  L  G  I  E  I  E  K  W  D  W  E  S  E  L  A  W  T  S 
 R  E  T  L  S  R  L  .  .  E  -  -  K  W  D  W  E  S  E  -  -  -  -  - 
CGTGAAACGCTCTCAAGGCTC------GAG------AAATGGGACTGGGAAAGCGAG---------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 M  V  S  K  I  L  E  Q  A  R  S  S  P  Y  A  T  V  H  K  G  A  L  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  L  Q  P  L  L  R  D  P  V  V  R  E  R  L  G  L  P  E  D  Y  E  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  L  I  L  Q  R  S  D  G  T  T  L  Y  T  T  R  D  I  A  Y  S  I  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  T  T  R  D  I  A  Y  S  I  -  - 
---------------------------------CTATACACCACCAGAGACATAGCATACAGTATC------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  R  E  F  N  A  D  R  V  F  N  V  I  A  A  E  Q  R  L  E  Q  L  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  N  V  I  A  A  E  Q  R  L  E  Q  L  Q  V 
---------------------------TTCAATGTAATAGCCGCAGAGCAGAGACTAGAACAGCTACAAGTA

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  L  A  L  I  A  L  G  Y  R  R  E  G  L  N  M  I  H  Y  A  Y  E  M  V 
 R  L  A  L  I  A  L  -  -  -  -  -  -  -  -  M  I  H  Y  A  Y  -  -  - 
AGGCTAGCACTCATAGCGCTC------------------------ATGATACACTATGCCTAC---------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  L  P  G  Q  K  M  S  G  R  R  G  R  Y  I  T  L  D  E  L  I  D  Q  A 
 -  -  -  -  -  K  M  S  G  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AAGATGAGCGGCCGG------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  A  I  A  R  Q  E  V  E  K  R  S  P  G  L  P  E  E  E  K  Q  K  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  A  V  G  T  A  A  V  R  Y  T  L  V  S  V  S  A  P  K  P  M  T  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  N  E  A  L  N  F  E  R  N  S  A  P  Y  I  L  Y  T  H  A  R  A  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  L  A  K  A  R  E  R  G  I  Q  L  D  W  D  R  I  D  Y  S  A  A  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 N  M  L  R  R  S  L  V  I  Q  A  L  V  Y  P  Y  V  F  A  K  A  A  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Q  R  P  E  L  I  V  A  Y  L  N  R  L  A  D  I  F  N  R  W  Y  T  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  S  V  V  N  E  Q  D  Q  G  K  Q  M  F  K  L  A  L  V  Y  A  V  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665
 I  L  A  N  A  L  D  L  L  G  I  K  A  I  D  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

arg_arch_S_acidocaldarius

Class I

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/amino acid sequences/Sacidocaldarius_arg_aa

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/nucleotide sequences/Sacidocaldarius_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  P  I  R  S  V  K  E  E  F  C  E  I  V  A  N  G  L  G  I  S  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  I  F  K  T  I  E  Y  P  P  R  E  E  L  G  D  I  S  L  P  L  P  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  L  N  V  R  T  E  V  T  F  S  R  G  K  L  I  K  E  V  R  K  T  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  V  N  A  F  I  D  E  K  E  L  F  K  L  L  F  T  E  M  Q  D  N  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  E  K  T  E  N  P  K  R  I  V  V  E  H  T  S  A  N  P  I  H  P  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  V  E  H  .  S  A  N  P  I  H  P  L  H 
------------------------------TAATATATTGTA---TCTAGCATAGGTATATTGGAGATATGG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  G  H  L  R  N  S  I  L  G  D  T  I  S  R  M  L  K  I  R  G  H  D  V 
 I  G  H  L  R  N  S  I  L  G  D  T  I  S  R  M  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCGCTGTTCTGTTCAAAATCTACTATGTTATTAATATTAAATGTTAC------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  R  R  F  Y  V  N  D  A  G  R  Q  V  A  I  L  T  L  G  Y  I  L  L  G 
 N  R  R  F  Y  V  N  D  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TATTGCGTATCTTATCGCTGAATTAACTAT------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  P  E  P  S  P  K  V  D  H  W  F  G  L  I  Y  S  I  T  N  V  I  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  R  E  L  K  E  E  L  K  K  D  L  D  P  D  T  Y  K  D  K  I  N  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  E  L  V  A  T  A  Q  S  L  R  E  R  N  P  E  F  F  D  K  L  A  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  N  S  I  P  D  V  E  S  E  I  Q  K  I  I  K  S  Y  E  K  G  D  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  I  K  Q  I  V  R  K  I  V  N  L  N  L  D  G  F  R  E  S  L  D  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  L  N  L  D  G  F  R  E  S  L  D  K  L 
------------------------------ACCTTTCGGTATGTTAAGAATTTCCTTTATTTTCTCGTTAAT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  I  S  F  D  V  Y  D  Y  E  S  E  L  L  W  S  G  M  V  D  E  V  L  S 
 .  .  .  .  D  V  Y  D  Y  E  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GAGAGCCTTAGTTCCCTTATAGTC------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  A  F  Q  I  A  K  D  Y  K  G  T  K  A  L  E  L  E  D  I  N  E  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  E  I  L  N  I  P  K  G  L  K  L  P  P  L  V  L  T  R  S  D  G  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  Y  T  T  R  D  I  A  Y  T  V  K  K  F  S  D  F  K  A  D  T  V  I  N 
 L  Y  T  T  R  D  I  A  Y  T  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  N 
CTCATAACTCTTTATAATTTTTTGGATTTCACT---------------------------------TAATTT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  I  A  E  Q  Q  S  I  P  Q  M  Q  L  R  A  S  L  Y  L  L  G  Y  E  R 
 V  I  A  E  Q  Q  S  I  P  Q  M  Q  L  R  A  S  L  Y  L  L  -  -  -  - 
ATCAAAGAATTCAGGGTTTCTTTCTCTTAATGATTGAGCAGTAGCTACAAGTTCATCAAG------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  A  Q  N  L  V  H  Y  S  Y  G  M  V  N  L  Q  G  M  R  M  S  G  R  L 
 -  -  -  -  L  V  H  Y  S  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  M  S  G  R  - 
------------ATCAGGATCTAAATCTTT------------------------TATTTCTATTATAAC---

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  R  F  I  S  L  D  D  V  I  E  K  V  S  E  V  A  K  K  K  I  E  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  G  D  I  S  N  L  R  D  I  V  N  S  A  I  R  Y  A  I  L  S  V  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 N  K  P  V  T  F  N  I  N  N  I  V  D  F  E  Q  N  S  G  P  Y  L  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 T  Y  A  R  A  Y  N  I  L  A  K  N  Q  D  E  I  K  L  N  D  A  D  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  L  I  G  D  K  R  R  L  L  L  L  I  A  R  F  P  E  T  F  N  K  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  E  L  R  P  E  D  L  I  D  F  L  R  R  T  A  D  V  F  N  R  W  Y  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 F  E  R  V  L  Q  E  P  D  Y  R  K  R  I  T  R  L  F  I  V  K  G  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618
 R  V  L  Y  N  G  L  N  P  L  G  I  K  P  L  S  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

arg_arch_M_hungatei

Class I

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_arg_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Y  R  T  T  C  D  A  I  A  A  I  L  R  Q  H  T  G  K  E  D  V  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  D  G  G  D  H  A  D  V  A  S  T  I  A  F  S  L  A  K  E  L  R  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  A  I  I  A  Q  E  I  A  G  A  I  S  D  Q  V  M  A  E  T  G  A  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  A  V  G  P  Y  V  N  F  I  F  G  A  E  Y  C  M  N  V  L  E  Q  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  E  G  Y  G  K  G  Q  E  K  S  E  R  V  V  L  E  H  T  S  A  N  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  E  H  .  S  A  N  P  N 
------------------------------------------GTTCTGGAGCAC---TCTGCAAACCCGAAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  P  L  H  V  G  H  I  R  N  T  I  I  G  D  T  L  A  R  C  F  R  K  A 
 G  P  L  H  V  G  H  I  R  N  T  I  I  G  D  T  L  A  R  C  -  -  -  - 
GGCCCCCTTCATGTCGGGCATATCAGAAACACTATAATCGGCGATACGCTGGCCAGATGC------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  Y  P  L  E  V  Q  Y  Y  V  N  D  M  G  R  Q  I  A  I  V  A  W  G  I 
 -  -  -  -  E  V  Q  Y  Y  V  N  D  M  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GAAGTCCAATACTATGTCAATGACATGGGC------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  T  Q  G  A  D  I  H  A  E  G  K  G  D  H  L  I  A  D  V  Y  I  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  R  H  L  E  K  E  P  A  L  N  A  E  I  D  R  L  M  Q  L  V  E  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  P  D  T  I  S  Q  F  K  I  P  V  K  R  C  L  D  G  F  K  D  T  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  P  V  .  .  .  L  D  G  F  K  D  T  L  A 
---------------------------ATCCCGGTG---------CTGGACGGATTTAAAGATACCCTTGCC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  M  H  V  K  H  D  R  F  I  Y  E  S  D  F  I  R  N  G  D  T  A  K  V 
 A  M  .  .  .  .  D  R  F  I  Y  E  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCATG------------GACCGGTTTATCTATGAGAGTGAC------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  S  R  I  S  H  L  P  E  A  R  I  E  E  T  L  S  L  D  L  S  A  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  E  K  N  Y  I  L  R  R  S  D  G  T  S  V  Y  A  A  R  D  I  A  F  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  A  A  R  D  I  A  F  H 
------------------------------------------GTATATGCCGCGCGTGACATTGCCTTCCAC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  W  K  G  H  N  F  D  R  V  I  D  V  L  G  A  D  H  K  L  I  G  T  Q 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  D  V  L  G  A  D  H  K  L  I  G  T  Q 
ATC---------------------------ATCGATGTCCTGGGTGCTGATCACAAACTTATCGGGACTCAG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  Q  A  T  L  E  I  L  G  E  R  V  P  E  I  V  F  F  E  F  V  S  L  P 
 L  Q  A  T  L  E  I  L  -  -  -  -  -  -  I  V  F  F  E  F  -  -  -  - 
CTGCAGGCAACCCTTGAGATTCTG------------------ATAGTCTTCTTCGAGTTT------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  G  S  M  S  T  R  K  G  K  F  I  S  A  D  E  L  I  A  E  T  E  R  R 
 -  -  S  M  S  T  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------TCGATGAGTACCCGG---------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  M  E  E  V  T  A  R  R  S  E  L  S  E  E  E  R  K  K  I  A  H  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  I  S  A  I  R  Y  D  I  I  R  T  I  P  E  K  S  T  V  F  D  W  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  L  D  F  E  K  Q  S  G  P  Y  I  Q  Y  A  H  A  R  A  C  S  I  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  A  E  S  Y  T  P  C  F  E  A  E  G  E  G  E  I  A  L  T  K  Q  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  F  P  K  V  I  T  E  V  V  T  E  L  K  P  H  L  L  A  I  Y  A  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  A  D  I  F  N  S  F  Y  H  A  E  P  V  L  R  A  E  G  K  I  R  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  L  T  L  V  D  A  T  R  N  T  L  K  E  A  L  E  T  L  G  I  D  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555
 R  A  M 
 -  -  - 
---------

arg_arch_A_fulgidus

Class I

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/amino acid sequences/arg_Arc_A_fulgidus

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/nucleotide sequences/Afulgidus_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  F  L  R  F  I  E  E  V  I  K  A  L  G  E  Y  G  D  K  K  F  L  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  E  H  A  D  L  A  S  T  I  A  F  K  L  A  K  E  R  K  K  S  P  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  A  D  E  I  V  E  N  L  E  V  E  S  E  Y  I  G  S  V  E  S  V  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  I  N  F  F  A  S  Y  E  F  L  E  D  T  V  N  V  I  L  D  E  D  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  G  H  L  N  L  K  G  E  I  L  I  E  H  T  S  A  N  P  D  G  P  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  I  E  H  .  S  A  N  P  D  G  P  L  H 
------------------------------CTGATTGAACAC---TCAGCCAACCCCGACGGGCCCCTGCAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  G  H  I  R  N  S  I  I  G  D  T  I  A  R  I  F  A  K  A  G  F  D  V 
 I  G  H  I  R  N  S  I  I  G  D  T  I  A  R  I  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATAGGTCACATAAGAAACTCCATAATAGGGGACACCATAGCGAGAATT------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  T  H  Y  Y  V  N  D  M  G  R  Q  T  A  I  T  V  L  G  I  E  K  F  G 
 K  T  H  Y  Y  V  N  D  M  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAAACGCACTACTACGTAAACGACATGGGA------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  K  D  K  K  P  D  H  A  V  A  E  A  Y  I  E  A  N  K  L  L  E  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  E  L  E  E  Q  V  E  K  L  M  L  A  Y  E  E  G  D  E  K  T  V  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  R  R  A  V  E  T  A  L  E  G  I  K  Q  T  L  K  T  I  N  V  E  H  D 
 -  -  -  -  -  E  T  A  L  E  G  I  K  Q  T  L  K  T  I  .  .  .  .  D 
---------------GAGACGGCTTTAGAGGGTATAAAGCAAACTCTGAAGACGATT------------GAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  F  V  W  E  S  E  F  V  R  N  G  Y  V  G  K  V  L  G  I  L  E  E  R 
 E  F  V  W  E  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGTTTGTTTGGGAGAGTGAG---------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  L  V  K  K  N  G  A  W  S  I  E  L  E  G  F  D  K  E  V  V  L  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  N  G  T  T  L  Y  I  T  R  D  L  A  Y  H  M  W  K  N  E  N  Y  E  R 
 -  -  -  -  -  L  Y  I  T  R  D  L  A  Y  H  M  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CTCTACATCACCAGAGACCTCGCTTATCACATG------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  I  N  V  L  G  A  D  H  K  L  Y  G  A  Q  L  S  K  I  L  E  L  L  G 
 -  I  N  V  L  G  A  D  H  K  L  Y  G  A  Q  L  S  K  I  L  E  L  L  - 
---ATAAACGTTCTTGGGGCAGACCACAAGCTTTACGGCGCTCAGCTGTCGAAAATTCTTGAGCTTCTC---

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  K  P  P  E  I  I  F  F  E  F  V  S  L  P  E  G  S  M  S  T  R  R  G 
 -  -  -  -  -  I  I  F  F  E  F  -  -  -  -  -  -  S  M  S  T  R  -  - 
---------------ATAATCTTTTTCGAGTTC------------------AGCATGAGCACGAGG------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  F  I  S  A  D  E  L  I  S  K  V  R  D  E  A  W  K  I  L  S  E  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 M  E  E  D  E  K  R  K  I  A  D  A  V  A  V  G  A  I  R  F  D  F  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  A  P  E  K  H  M  T  F  D  W  S  K  A  L  D  F  E  R  Q  T  A  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  Q  Y  S  H  A  R  A  C  S  I  L  R  K  A  V  E  D  G  M  P  E  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  K  G  E  L  C  T  A  G  E  R  K  L  V  M  L  L  S  K  M  P  Y  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  R  I  V  S  E  L  R  P  N  V  F  A  E  Y  L  L  S  V  A  G  T  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  F  Y  R  D  H  P  V  L  K  A  E  S  E  V  R  M  H  R  L  A  I  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549
 A  T  R  V  V  L  R  N  G  L  E  L  L  G  I  E  P  L  E  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

arg_arch_M_thermautotrophicus

Class I

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/amino acid sequences/Mthermautotrophicus_arg_aa

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/nucleotide sequences/Mthermautotrophicus_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  F  R  Y  I  E  K  E  A  R  D  S  I  T  A  A  L  E  K  L  G  I  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  P  E  I  K  L  E  E  P  P  N  P  Q  L  G  D  L  A  S  T  V  S  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  A  G  K  L  R  R  A  P  I  E  I  T  A  D  I  M  S  V  I  E  T  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  F  E  T  I  E  S  K  G  P  Y  I  N  F  F  V  D  Y  G  R  F  S  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  L  E  S  I  Q  D  D  Y  G  S  H  P  P  R  D  E  R  V  I  L  E  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  L  E  H  . 
---------------------------------------------------------GGATGCACAGCC---

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  A  N  P  N  G  P  L  H  I  G  H  I  R  N  A  I  I  G  D  S  L  A  R 
 S  A  N  P  N  G  P  L  H  I  G  H  I  R  N  A  I  I  G  D  S  L  A  R 
CTCAAAGCTGAGGGCATCATCCCACCGGAATACGATGTGCTTCTCGGGTGAGAGCCTTGCTATGTAGTACCT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  L  R  M  A  G  Y  D  V  E  T  Q  Y  Y  V  N  D  M  G  R  Q  I  A  M 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  E  T  Q  Y  Y  V  N  D  M  G  -  -  -  -  - 
TAT------------------------AATATCATCTGCAACATCATCGGGAAGATC---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  V  W  G  L  L  N  L  D  G  D  L  E  D  Y  P  G  D  K  M  D  H  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  K  L  Y  F  E  V  N  Q  R  L  K  E  N  P  G  I  R  D  E  V  D  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  R  K  Y  E  A  G  E  N  E  E  L  F  R  K  V  V  E  Y  C  L  S  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  Y  C  L  S  G  M 
---------------------------------------------------GATGATAACATCCCCCTCCTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  E  T  M  K  R  L  H  V  H  H  D  R  F  V  W  E  G  Q  F  V  R  D  G 
 E  E  T  M  K  R  L  .  .  .  .  D  R  F  V  W  E  G  Q  -  -  -  -  - 
TGACTTCTGGAGGTGGTAGGC------------TGAGTAGAGGGAGGTTCCATCTGA---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  V  D  R  V  I  E  S  L  R  K  T  G  Y  T  G  E  N  D  V  L  Y  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  E  E  F  G  L  E  K  E  L  V  L  T  R  S  D  G  T  S  L  Y  S  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  S  T  R 
---------------------------------------------------------GAAGCGGTCGTGGTG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  I  A  Y  H  L  Q  K  S  E  E  G  D  V  I  I  D  V  L  G  S  D  H  K 
 D  I  A  Y  H  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  D  V  L  G  S  D  H  K 
AACGTGGAGCCTTTTCAT---------------------------CTCAACAACCTTCCTGAATAGCTCCTC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  A  A  E  Q  V  G  I  A  V  E  L  L  G  G  K  R  P  E  V  I  F  Y  E 
 L  A  A  E  Q  V  G  I  A  V  E  L  L  -  -  -  -  -  -  V  I  F  Y  E 
GTTCTCCCCTGCCTCATACTTCCTTATTAGTTCATCCAC------------------ATTTTCCTTTAGCCT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  I  T  L  P  E  G  S  M  S  T  R  R  G  V  F  I  S  V  D  E  L  M  D 
 F  -  -  -  -  -  -  S  M  S  T  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTG------------------TTTACCTACCCTGTG------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  A  H  S  R  A  L  H  E  V  K  K  R  R  D  L  P  D  D  V  A  D  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  E  S  I  G  N  G  A  I  R  Y  Y  I  A  R  L  S  P  E  K  H  I  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  W  D  D  A  L  S  F  E  R  G  C  A  S  I  Q  Y  A  H  A  R  A  C  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  L  E  K  A  S  F  T  G  E  E  D  I  E  D  G  W  K  P  E  G  D  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  L  V  R  L  L  A  R  F  P  V  V  V  E  E  S  A  L  A  R  R  V  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  A  Q  Y  A  Q  D  L  A  N  T  F  N  S  F  Y  R  S  T  P  V  I  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  F  E  G  A  R  L  R  L  V  D  S  V  R  K  T  L  R  N  A  L  N  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560
 G  I  H  A  P  E  T  M 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

arg_arch_P_aerophilum

Class I

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_arg_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  P  L  R  Q  P  R  E  E  F  V  K  V  L  G  E  V  S  R  E  L  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  E  V  P  E  V  E  R  T  R  R  Y  G  F  F  S  A  R  F  H  K  Y  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  H  S  R  L  A  E  V  V  N  L  I  K  N  K  R  F  E  F  L  S  S  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  D  G  L  Y  L  N  A  D  L  N  V  S  K  V  A  E  L  V  F  E  A  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  M  G  R  K  Y  G  F  T  E  E  C  V  T  G  S  Y  L  V  E  H  T  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  V  E  H  .  S  A 
---------------------------------------------------TTGGAGAAATGT---TGAATT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  P  V  H  P  L  H  I  G  H  G  R  N  A  I  L  G  D  S  L  A  R  L  L 
 N  P  V  H  P  L  H  I  G  H  G  R  N  A  I  L  G  D  S  L  A  R  L  - 
CTGTCTTAGGTTTAGCACGACGTCCCATTTGAATTCAATTGGCTTGCGCGGGCTTGTGGTAAGAAAGGC---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  F  C  G  N  K  V  E  T  H  F  Y  V  D  D  C  G  V  Q  V  M  Y  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  E  T  H  F  Y  V  D  D  C  G  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------TCTTTCCGCAATTACTCCGCTCACCTCTGG---------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 M  G  Y  N  A  V  K  D  E  V  K  K  R  I  E  K  S  K  P  D  V  V  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 H  V  Y  S  A  T  N  A  V  A  E  I  G  R  L  K  K  E  L  E  K  A  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  E  R  K  R  E  I  L  R  E  I  D  E  W  V  A  V  L  K  R  L  M  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  G  D  I  I  S  K  I  A  E  E  L  G  R  R  D  L  L  N  E  A  V  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 N  R  R  Y  E  S  G  D  P  E  A  K  G  V  V  R  E  V  V  D  L  V  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  L  V  L  K 
---------------------------------------------------------TTGGACAAATTTATC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  Q  R  E  T  L  A  R  L  G  V  E  I  D  K  W  D  Y  E  S  E  L  T  V 
 G  Q  R  E  T  L  A  R  L  .  .  .  .  D  K  W  D  Y  E  S  E  -  -  - 
AGCGCGAAAAACAACTGCGCCGCCCTT------------CTGAGGCCACCTCTTCTGGAGCTC---------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 W  S  S  E  A  M  R  I  V  S  E  L  Q  K  R  W  P  Q  Y  I  E  I  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  A  V  V  F  R  A  D  K  F  V  Q  D  Y  N  L  W  D  V  L  D  L  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  I  P  P  V  T  L  T  R  S  D  G  T  T  L  Y  V  T  R  D  V  A  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  V  T  R  D  V  A  Y  A 
------------------------------------------GAGATCCCTCCGTCCCAGCTCCTCTGCGAT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  W  Q  A  R  Q  G  F  D  K  V  I  R  V  I  S  T  E  Q  T  H  E  Q  A 
 L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  V  I  S  T  E  Q  T  H  E  Q  A 
CTT------------------------------CCTTTTTAAAACGGCGACCCACTCATCAATCTCTCTCAA

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 H  V  R  I  I  L  Y  A  L  G  Y  V  D  E  A  K  K  I  V  H  Y  A  Y  E 
 H  V  R  I  I  L  Y  A  L  -  -  -  -  -  -  -  -  I  V  H  Y  A  Y  - 
AATCTCTCTTTTCCTCTCATCGTCTTG------------------------TCTGCCTATCTCAGCCAC---

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 M  V  N  L  P  G  M  K  M  S  A  R  R  G  Q  Y  I  S  L  D  E  I  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  A  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------GCCGATGACAACATC------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  A  A  E  R  S  A  S  L  V  K  E  K  N  P  E  V  S  G  V  I  A  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  G  V  G  S  V  R  Y  A  F  L  T  T  S  P  R  K  P  I  E  F  K  W  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  V  L  N  L  R  Q  N  S  G  T  F  L  Q  Y  T  Y  V  R  A  Y  S  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  K  A  G  E  I  G  N  V  P  V  P  E  N  M  L  A  E  E  R  E  L  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 K  I  A  E  W  P  S  V  V  K  E  A  A  K  S  L  R  P  D  Y  V  A  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  D  G  L  A  L  V  F  N  S  Y  Y  E  K  A  P  V  L  K  A  E  E  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 R  G  F  R  I  A  I  V  N  A  V  K  T  V  L  E  A  G  F  Y  I  L  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630
 P  T  L  T  K  M 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

arg_arch_T_acidophilum

Class I

Archaea/Thermoplasma acidophilum/amino acid sequences/Tacidophilum_arg_aa

Archaea/Thermoplasma acidophilum/nucleotide sequences/Tacidophilum_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  L  F  Q  D  L  R  K  D  I  Y  E  I  V  S  K  R  F  R  I  S  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  V  Y  L  D  D  T  G  H  S  D  I  T  I  R  V  F  R  I  L  K  S  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  G  E  N  A  V  M  E  I  V  R  S  I  S  E  K  D  Y  V  E  K  A  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  G  G  Y  I  N  V  W  I  K  R  T  Y  M  L  R  E  V  L  E  S  I  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  G  T  Y  P  D  V  F  Q  E  A  E  R  V  S  V  E  H  T  S  A  N  P  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  E  H  .  S  A  N  P  T 
------------------------------------------CGAATACATTAT---AGGCGCAGAATTGGA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  P  L  H  I  G  R  A  R  N  S  I  I  G  D  S  I  Y  R  I  L  S  R  Y 
 G  P  L  H  I  G  R  A  R  N  S  I  I  G  D  S  I  Y  R  I  -  -  -  - 
TTCAAAGTTGAGCGCCTCCTCCCACCTGAACGTTATGGGCTTTGGTGCGCTCACCCTGAT------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  Y  R  T  V  R  Q  Y  F  V  N  D  S  G  K  Q  M  I  S  L  Y  T  A  Y 
 -  -  -  -  V  R  Q  Y  F  V  N  D  S  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GGCGATCACCTCAGCTATTTTTTTGCGTTC------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  K  Y  G  G  P  I  T  I  E  N  L  L  E  N  Y  Q  K  I  Y  R  E  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  D  Q  S  I  E  K  E  I  E  K  N  I  E  R  Y  E  N  A  D  P  E  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  T  L  R  K  I  A  G  V  M  L  D  G  I  A  S  T  L  K  R  I  G  I  E 
 -  -  -  -  K  I  A  G  .  .  .  D  G  I  A  S  T  L  K  R  I  .  .  . 
------------GTGGTTCAGCGA---------ATCCTTATGATCTTCACCGAGAACGTCTAT---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  D  E  F  D  W  E  S  D  L  L  L  N  G  S  V  R  K  A  I  D  M  L  E 
 .  D  E  F  D  W  E  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GTTTTCTGCCTTGAAGAGGTGGTA---------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  K  E  E  D  S  A  R  Y  I  E  I  S  G  K  K  V  F  L  T  R  K  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  T  L  Y  F  A  R  D  I  A  Y  H  L  F  K  A  E  N  S  E  W  I  I  D 
 -  -  L  Y  F  A  R  D  I  A  Y  H  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  D 
------CCTCACGCTGCCGTTGAGAAGAAGATCAGATTC---------------------------GATCCT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  L  G  E  D  H  K  D  H  A  K  S  L  N  H  V  L  K  E  M  L  K  L  E 
 V  L  G  E  D  H  K  D  H  A  K  S  L  N  H  V  L  K  E  M  -  -  -  - 
CTTGAGCGTTGAGGCGATGCCGTCAAGCATGACGCCCGCAATTTTCCTCAGTGTTCCGAA------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  R  V  S  F  M  Y  Y  S  F  I  T  L  E  T  G  K  M  S  T  R  R  G  N 
 -  -  V  S  .  .  .  .  .  .  .  .  .  E  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------CTCGTA---------------------------CTC------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  V  T  L  Q  D  L  V  D  R  T  Y  D  E  A  L  K  I  V  N  E  K  R  P 
 .  .  .  L  Q  .  .  .  .  .  .  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GTAATT------------------TGT------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  L  S  E  E  E  R  K  K  I  A  E  V  I  A  S  S  A  V  R  Y  S  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  V  S  A  P  K  P  I  T  F  R  W  E  E  A  L  N  F  E  S  N  S  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  I  M  Y  S  H  A  R  A  A  S  I  L  D  K  A  P  E  P  E  Q  S  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  .  . 
---------------------------------------------------------------AAT------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 M  D  M  P  K  E  E  A  D  L  V  K  A  M  Y  V  Y  P  Y  Y  L  K  D  A 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  M  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
---------------------------------------ATT------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  Q  D  L  K  P  D  L  I  A  A  Y  L  I  S  L  V  Q  K  F  N  D  F  Y 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  S  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------------------GGC---------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  A  C  R  V  I  G  T  D  P  L  T  Y  A  R  R  I  R  I  V  K  A  Y  K 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  T  .  .  R  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------ACC------ATC---------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546
 Q  I  L  S  D  A  G  D  L  I  G  I  K  M  L  D  Q  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

arg_bact_R_marinus

Class I

Archaea/Rhodothermus marinus/amino acid sequences/Rmarinus_arg_aa

Archaea/Rhodothermus marinus/nucleotide sequences/Rmarinus_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  A  Y  I  E  E  A  L  R  Q  V  L  R  T  I  D  G  V  P  E  D  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  E  L  E  K  P  N  N  P  E  H  G  D  L  A  T  N  A  A  M  Q  L  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  L  K  R  P  P  R  Q  I  A  E  E  I  A  E  R  L  R  A  L  P  L  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  R  V  A  S  V  E  V  A  G  P  G  F  L  N  F  R  F  A  P  D  Y  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  V  L  A  D  I  L  A  A  G  E  R  Y  G  R  S  D  L  G  Q  G  R  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  V  E  Y  V  S  A  N  P  T  G  P  L  T  V  G  H  G  R  N  A  V  L  G 
 I  V  E  Y  .  S  A  N  P  T  G  P  L  T  V  G  H  G  R  N  A  V  L  G 
GTAAAAGACCGG---CTTCTCGCTGGCCTCACGGGCCAGATCCAGATCGAACTCCAGGTGCGTGTTGGGCGA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  T  I  A  N  L  L  D  W  I  G  Y  R  V  T  R  E  Y  Y  Y  N  D  A  G 
 D  T  I  A  N  L  -  -  -  -  -  -  -  -  T  R  E  Y  Y  Y  N  D  A  G 
GCGCATCAGGAAGAAAAA------------------------GTCGATCAGTTCGTCGAGCGTCACGTAGGT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  Q  M  R  V  L  G  E  S  V  R  A  R  Y  L  A  L  V  D  P  N  L  P  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  K  I  Q  A  A  E  G  E  W  V  E  V  P  E  P  F  P  E  D  G  Y  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  Y  I  I  D  I  A  R  M  L  Y  E  Q  H  G  E  A  L  R  D  V  E  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  P  F  K  E  A  A  E  K  V  I  F  E  D  I  R  R  T  L  A  R  L  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  K  V  I  F  E  D  I  R  R  T  L  A  R  L  .  . 
------------------------GACCAGCACCGTATCCTGATCTTTGCCCAGCGCACTCGTGCG------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  M  D  S  Y  F  N  E  H  T  L  Y  E  N  G  K  I  W  E  V  V  E  A  L 
 .  .  D  S  Y  F  N  E  H  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GCCGTCTTTTTCGTAGATGTAGCC------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  A  K  G  Y  I  Y  E  K  D  G  A  V  W  F  R  T  S  A  L  G  K  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  T  V  L  V  K  R  T  G  E  P  T  Y  R  L  P  D  I  A  Y  H  I  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  R  L  P  D  I  A  Y  H  I  -  - 
---------------------------------CGGCGTGATGTCTTCCACGTCGCGGAGCGCCTC------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  E  R  G  F  E  R  I  V  D  V  F  G  A  D  H  I  A  T  Y  P  D  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  D  V  F  G  A  D  H  I  A  T  Y  P  D  V  L 
------------------------GTCGATGATGTAGTCGCCCAGGTAGCCGTCCTCGGGGAAGGGCTCGGG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  A  L  E  V  L  G  Y  D  V  S  K  V  D  V  V  I  Y  Q  F  V  T  L  V 
 R  A  L  E  V  L  -  -  -  -  -  -  V  D  V  V  I  Y  -  -  -  -  -  - 
CACCTCCACCCATTCGCC------------------TTTGGTGGGCAGGTTTGG------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  G  G  E  P  V  K  M  S  T  R  K  A  T  Y  V  T  L  D  E  L  I  D  E 
 -  -  -  -  -  -  K  M  S  T  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------GCCCAGCACGCGCAT---------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  G  E  D  V  T  R  F  F  F  L  M  R  S  P  N  T  H  L  E  F  D  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  A  R  E  A  S  E  K  N  P  V  F  Y  L  Q  Y  A  H  A  R  I  C  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 M  R  K  A  D  E  V  G  L  K  E  S  P  N  P  D  L  T  L  L  Q  H  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  Q  A  L  I  K  E  L  M  R  F  P  E  V  I  Q  E  A  A  Q  T  Y  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 H  R  V  A  N  Y  L  R  E  V  A  V  A  F  T  K  F  Y  D  H  C  R  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  E  P  E  P  L  A  Q  A  R  L  A  L  A  R  A  A  R  L  V  L  A  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564
 L  R  V  L  G  I  S  A  P  E  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

arg_arch_N_equitans

Class I

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_arg_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  E  L  L  D  N  R  L  Q  F  N  G  E  A  Y  I  I  K  D  S  P  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  Y  V  K  E  L  E  K  V  G  H  K  Y  R  V  I  F  D  I  E  K  V  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  L  E  N  P  P  T  Y  K  K  N  Q  T  Y  V  L  D  Y  F  S  P  N  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  D  Y  .  S  P  N  I  G 
------------------------------------------GTTTTAGATTAC---TCTCCAAACATCGGC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  P  P  H  V  G  N  L  R  S  A  I  I  G  N  P  L  K  N  I  L  R  K  V 
 K  P  P  H  V  G  N  L  R  S  A  I  I  G  N  P  L  K  N  I  -  -  -  - 
AAACCCCCACATGTTGGTAACCTAAGAAGTGCCATTATTGGGAACCCATTAAAAAATATA------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  Y  N  V  I  S  I  N  W  W  G  D  F  G  T  Q  F  G  E  L  I  Y  A  F 
 -  -  -  -  I  S  I  N  W  W  G  D  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------ATATCTATTAATTGGTGGGGGGATTTTGGC------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  T  K  G  D  E  K  E  L  R  K  N  P  I  K  H  L  F  E  L  Y  T  W  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  R  E  L  E  K  N  P  E  I  K  N  Y  A  R  E  E  F  K  Y  L  E  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 M  Y  K  G  I  Q  I  D  V  S  P  F  F  E  G  K  P  L  S  E  L  L  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  T  R  E  E  Q  N  Y  I  L  W  K  I  F  R  E  I  T  I  K  Y  M  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  T  I  K  Y  M  R  . 
---------------------------------------------GAAATAACTATAAAATATATGCGA---

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  F  Y  P  K  L  K  L  E  F  D  E  E  S  G  E  S  F  F  L  K  K  A  K 
 Q  F  Y  P  K  L  .  .  .  .  D  E  E  S  G  E  S  F  -  -  -  -  -  - 
CAATTTTATCCAAAACTA------------GATGAAGAGAGCGGGGAATCCTTC------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  V  A  K  E  L  L  E  K  G  V  A  E  E  D  K  N  S  I  I  V  R  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  G  V  A  L  L  L  K  S  D  G  T  T  L  Y  L  T  R  D  L  A  A  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  L  T  R  D  L  A  A  A  I 
---------------------------------------TTGTATTTAACTAGGGATTTAGCTGCGGCTATA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  H  Y  E  K  Y  K  F  D  K  K  I  Y  V  V  A  N  E  Q  S  Q  H  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  V  V  A  N  E  Q  S  Q  H  F  N 
---------------------------------ATCTATGTAGTAGCGAATGAGCAATCGCAACATTTTAAT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  L  I  Y  I  A  K  K  A  N  Y  P  F  A  D  K  L  Y  H  L  K  F  G  L 
 Q  L  I  Y  I  A  K  K  A  N  Y  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
CAATTAATTTATATAGCTAAGAAAGCCAATTAT---------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  L  L  K  T  E  E  G  V  K  K  F  S  T  R  K  G  R  A  V  F  A  E  D 
 .  .  .  .  .  .  .  .  V  K  K  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------GTAAAAAAGTTC------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  L  E  K  A  Y  E  L  A  K  E  E  I  L  K  R  N  K  D  K  P  L  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  E  K  N  A  K  I  I  G  Y  G  A  V  I  Y  A  I  V  R  Y  D  P  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
---------------------------------------------------------------------AAA

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  I  I  F  D  W  D  K  I  L  S  L  N  G  K  T  S  V  F  I  Q  Y  S  A 
 .  .  .  F  .  .  .  .  .  .  S  .  .  .  .  T  .  .  .  .  .  .  .  . 
---------TTT------------------TCT------------ACA------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  R  A  K  H  I  L  D  K  Y  N  K  P  I  E  R  P  N  N  L  E  K  D  E 
 .  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AGG------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  R  L  L  L  W  L  F  Y  Y  Y  A  V  L  E  E  S  A  R  K  L  K  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  L  A  E  Y  L  Y  N  L  A  E  E  F  N  R  F  Y  E  K  N  R  V  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 S  N  R  E  K  E  R  V  W  L  V  N  K  T  Y  Q  I  L  K  E  G  L  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537
 L  G  I  D  V  P  T  F  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

arg_arch_M_aeolicus_Nankai

Class I

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/amino acid sequences/MaeolicusNankai_arg_aa

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/nucleotide sequences/MaeolicusNankai_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  Q  N  I  T  N  I  L  I  K  K  I  E  E  L  T  E  T  I  Y  D  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  R  L  E  E  P  P  S  I  S  L  G  D  Y  S  T  N  I  S  F  K  L  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  L  K  K  S  P  M  V  I  A  E  E  L  T  N  L  L  I  S  E  N  I  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  K  E  I  K  A  V  N  G  Y  I  N  F  F  I  D  Y  N  L  Y  S  K  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  A  K  I  S  S  E  K  D  K  F  G  Q  G  A  P  K  N  K  K  V  I  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  I  E 
---------------------------------------------------------------ATAATTGAA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 H  T  S  A  N  P  N  G  P  L  H  I  G  H  S  R  N  A  I  V  G  D  S  L 
 H  .  S  A  N  P  N  G  P  L  H  I  G  H  S  R  N  A  I  V  G  D  S  L 
CAT---TCGGCTAACCCAAACGGACCACTCCATATAGGACACAGCAGAAATGCCATTGTTGGAGACAGCTTA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  R  I  V  E  F  A  G  Y  V  V  E  A  Q  Y  Y  V  N  D  M  G  R  Q  E 
 K  R  I  -  -  -  -  -  -  -  -  E  A  Q  Y  Y  V  N  D  M  G  -  -  - 
AAAAGAATT------------------------GAGGCCCAATATTATGTAAATGATATGGGA---------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  I  V  V  Y  G  L  D  K  F  E  L  N  E  Q  Q  K  P  D  H  A  I  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  Y  F  K  A  N  Q  L  L  N  E  N  P  E  Q  E  E  E  I  L  K  L  M  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  Y  E  E  A  S  E  K  G  E  E  N  E  L  T  N  K  F  N  Y  A  V  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  Y 
------------------------------------------------------------------AATTAT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  L  S  G  F  K  E  T  L  N  N  L  N  I  H  H  D  K  F  V  W  E  S  S 
 A  L  S  G  F  K  E  T  L  N  N  L  .  .  .  .  D  K  F  V  W  E  S  S 
GCCCTAAGTGGATTTAAAGAAACCCTTAATAACTTA------------GATAAATTTGTATGGGAGAGCTCC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  V  K  N  G  M  V  Q  K  V  I  Q  T  L  K  D  T  G  K  V  E  K  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  Y  R  L  D  L  S  E  F  G  I  D  K  K  L  V  L  A  R  L  N  G  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  Y  S  T  R  D  I  A  Y  H  I  D  K  M  K  N  C  D  I  G  I  N  I  L 
 L  Y  S  T  R  D  I  A  Y  H  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  N  I  L 
CTATACTCCACAAGAGATATTGCATATCATATT---------------------------ATTAATATTCTT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  A  D  H  K  L  T  A  E  M  V  N  A  S  L  K  L  L  G  Y  N  T  P  E 
 G  A  D  H  K  L  T  A  E  M  V  N  A  S  L  K  L  L  -  -  -  -  -  - 
GGAGCTGACCACAAATTAACAGCAGAAATGGTAAATGCCAGTTTAAAATTGTTG------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  V  F  Y  E  F  I  S  L  P  E  G  S  M  S  T  R  R  G  T  F  I  S  I 
 V  V  F  Y  E  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
GTAGTATTTTATGAA---------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  E  L  Y  E  E  A  K  N  R  A  V  K  E  I  K  K  R  N  E  T  T  E  E 
 .  .  .  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TAT------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  E  I  N  N  I  A  H  K  I  A  V  G  A  V  R  Y  N  I  V  R  I  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  . 
------------------------------------------------------------------TCG---

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  K  A  M  V  F  R  W  D  D  A  L  D  F  E  K  V  G  A  P  V  I  Q  Y 
 .  .  .  M  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
---------ATG------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  H  A  R  C  C  R  I  L  E  K  E  N  T  N  E  N  K  P  I  D  A  T  E 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  F  E  Y  D  L  N  E  H  E  K  L  L  I  K  I  L  L  K  F  P  K  I  V 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  K  S  A  D  A  K  K  P  Q  I  M  A  T  Y  A  L  D  V  A  Q  T  F  N 
 .  .  S  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  T  .  . 
------TCA------------------------------------------------------ACA------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  Y  Y  A  N  C  P  I  F  K  E  E  N  K  N  I  V  Y  S  R  L  E  L  V 
 R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGA---------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574
 K  C  T  K  T  I  I  E  N  A  L  N  L  L  G  I  E  C  P  G  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

arg_arch_M_acetivorans

Class I

Archaea/Methanosarcina acetivorans/amino acid sequences/Methanosarcina_acetivorans_arg_aa

Archaea/Methanosarcina acetivorans/nucleotide sequences/Methanosarcina_acetivorans_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  F  L  E  L  K  A  Q  A  T  S  I  L  K  E  A  I  L  K  V  G  F  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  D  S  E  L  Q  F  E  T  S  S  H  A  D  L  A  S  R  V  A  F  R  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  I  H  K  Q  N  P  K  E  L  A  S  R  I  V  S  A  I  E  I  P  E  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  I  G  E  V  S  A  A  G  P  Y  I  N  F  L  A  G  R  H  Y  M  D  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  T  A  V  R  E  E  K  E  K  F  G  C  G  A  P  K  D  R  I  L  L  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  E  H 
------------------------------------------------------------CTCCTTGAGCAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  S  A  N  P  N  G  P  L  H  V  G  H  I  R  N  S  I  I  G  D  T  L  A 
 .  S  A  N  P  N  G  P  L  H  V  G  H  I  R  N  S  I  I  G  D  T  L  A 
---TCGGCAAACCCTAACGGCCCCCTGCACGTAGGGCATATCCGCAATTCGATTATAGGAGACACTCTTGCC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  I  L  R  R  A  G  Y  D  V  E  V  Q  Y  Y  V  N  D  M  G  R  Q  I  A 
 R  I  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  Q  Y  Y  V  N  D  M  G  -  -  -  - 
CGCATC------------------------GAGGTCCAGTACTATGTTAACGACATGGGA------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  V  S  W  A  C  E  R  F  E  L  D  L  S  R  K  S  D  A  A  I  A  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  I  K  A  N  V  E  L  D  K  N  P  D  Y  V  K  K  I  D  A  L  M  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  E  V  G  D  L  Q  T  I  E  R  F  D  K  A  V  S  L  A  I  A  G  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  L  A  I  A  G  I  K 
------------------------------------------------TCCTTGGCTATTGCCGGGATCAAA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  T  L  L  R  L  N  V  V  H  D  K  F  V  N  E  S  R  F  L  K  S  G  E 
 E  T  L  L  R  L  .  .  .  .  D  K  F  V  N  E  S  R  -  -  -  -  -  - 
GAAACCCTCCTCCGCTTA------------GATAAATTCGTGAATGAGTCTCGC------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  H  D  I  V  E  R  I  K  A  T  G  R  T  E  T  D  K  G  A  L  V  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  S  D  Y  G  F  E  K  T  L  V  I  Q  R  S  N  G  T  S  L  Y  T  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  T  T  R 
---------------------------------------------------------CTCTACACGACCCGC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  L  A  Y  H  E  W  K  A  G  Q  A  D  R  I  I  D  V  F  G  A  D  H  K 
 D  L  A  Y  H  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  D  V  F  G  A  D  H  K 
GACCTTGCCTACCATGAA---------------------------ATCGATGTTTTCGGAGCCGACCACAAG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  I  S  G  Q  L  R  A  T  L  N  A  I  G  I  K  E  P  E  V  V  I  F  E 
 L  I  S  G  Q  L  R  A  T  L  N  A  I  -  -  -  -  -  -  V  V  I  F  E 
CTTATTTCCGGCCAGCTCAGGGCTACATTGAATGCAATA------------------GTCGTAATTTTTGAG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  V  S  L  P  E  G  S  M  S  T  R  R  G  Q  F  I  S  A  D  D  L  F  D 
 F  -  -  -  -  -  -  S  M  S  T  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTT------------------TCAATGAGCACTCGC------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  V  T  E  A  A  F  E  Q  V  E  S  R  R  P  E  T  S  T  E  F  K  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  A  E  M  V  G  I  G  A  V  R  Y  D  I  V  R  V  S  P  E  K  S  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  N  W  K  E  A  L  D  F  E  K  Q  G  A  P  Y  I  Q  Y  S  H  A  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 C  S  I  L  E  K  A  K  D  E  A  A  W  D  P  A  E  E  I  T  P  S  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  E  D  S  E  I  D  L  I  K  K  M  A  M  F  D  S  I  I  D  L  G  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  L  K  P  H  V  L  A  I  Y  A  R  E  L  A  D  S  F  N  Q  F  Y  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  P  V  I  A  A  E  D  E  K  V  R  A  S  R  L  A  L  V  D  C  A  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569
 V  L  A  N  S  L  D  T  L  G  I  G  A  P  E  S  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

arg_arch_M_janaschii

Class I

Archaea/Methanococcus jannaschii/amino acid sequences/Mjannaschii_arg_aa

Archaea/Methanococcus jannaschii/nucleotide sequences/Mjannaschii_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  I  K  S  N  I  I  N  A  L  K  E  V  I  S  K  E  I  C  K  E  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  K  L  D  K  T  P  N  L  E  L  G  D  Y  S  V  N  I  C  F  R  L  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  L  K  K  N  P  K  I  I  A  E  E  L  V  D  K  L  K  A  M  N  I  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  K  E  I  K  A  V  N  G  Y  I  N  F  Y  I  D  Y  N  K  F  A  K  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 M  E  E  I  D  K  K  G  N  N  Y  G  R  G  D  K  K  S  I  K  I  I  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  L  E 
---------------------------------------------------------------ATCTTAGAA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 H  T  S  A  N  P  N  G  P  L  H  I  G  H  L  R  N  A  I  I  G  D  C  L 
 H  .  S  A  N  P  N  G  P  L  H  I  G  H  L  R  N  A  I  I  G  D  C  L 
CAT---TCAGCAAATCCAAATGGGCCTTTACATATTGGACATTTAAGAAATGCCATTATTGGAGATTGTTTA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  R  I  L  E  F  Y  G  Y  D  V  E  T  H  Y  Y  V  N  D  M  G  R  Q  M 
 K  R  I  -  -  -  -  -  -  -  -  E  T  H  Y  Y  V  N  D  M  G  -  -  - 
AAGAGAATA------------------------GAAACCCACTACTATGTAAATGATATGGGT---------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  L  V  V  Y  G  I  E  L  F  G  L  D  K  E  K  K  K  D  H  A  I  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  Y  V  K  I  N  K  Y  L  E  E  H  P  E  E  E  E  K  I  L  E  L  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  Y  E  D  A  L  E  N  N  E  D  N  E  I  T  K  K  F  E  F  A  V  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  Y 
------------------------------------------------------------------AATTAT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  L  D  G  I  K  E  T  L  K  N  L  N  I  K  H  D  T  F  V  W  E  S  S 
 A  L  D  G  I  K  E  T  L  K  N  L  .  .  .  .  D  T  F  V  W  E  S  S 
GCATTGGATGGAATAAAAGAGACATTAAAGAATTTA------------GATACCTTTGTTTGGGAAAGCTCT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  V  R  N  G  M  V  K  K  V  I  E  K  L  M  E  T  G  K  V  I  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  Y  M  L  D  L  S  D  F  G  I  E  K  K  M  V  L  A  R  A  N  G  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  Y  S  T  R  D  I  A  Y  H  L  D  K  L  S  K  C  D  I  G  I  D  V  L 
 L  Y  S  T  R  D  I  A  Y  H  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  D  V  L 
TTGTATTCAACAAGAGATATTGCCTATCACTTA---------------------------ATAGATGTCTTA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  A  D  H  K  L  T  A  E  M  V  K  A  A  L  K  L  L  G  S  K  V  P  E 
 G  A  D  H  K  L  T  A  E  M  V  K  A  A  L  K  L  L  -  -  -  -  -  - 
GGGGCTGACCACAAATTAACGGCAGAGATGGTTAAAGCAGCTTTAAAACTCCTT------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  I  F  Y  E  F  I  S  L  P  E  G  S  M  S  T  R  R  G  R  F  I  S  T 
 V  I  F  Y  E  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
GTTATATTCTATGAA---------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  E  L  L  E  E  A  I  K  R  A  K  E  E  C  N  K  R  G  V  E  E  N  I 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  Y  D  I  G  L  G  A  V  R  Y  N  I  A  R  I  S  P  E  K  P  M  V  F 
 .  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TAT------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  W  E  E  A  L  D  F  E  K  V  G  C  P  F  I  Q  Y  A  H  A  R  C  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  I  L  K  E  A  E  N  K  G  V  K  D  E  A  V  F  N  Y  E  L  T  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  K  E  L  I  K  M  L  D  E  F  K  D  I  I  K  E  S  A  E  S  R  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  .  .  . 
------------------------------------------------------------AGT---------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 H  I  L  A  N  Y  L  L  E  L  A  K  A  F  N  R  F  Y  A  N  C  P  I  L 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 M  T  K  V  D  D  D  V  K  K  S  R  L  K  L  V  K  S  T  K  T  V  L  E 
 M  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  S  T  .  .  .  .  . 
ATG------------------------------------------------AGCACT---------------

553554555556557558559560561562563564565566
 T  G  L  E  L  L  G  I  N  C  P  G  R  M 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  R  - 
------------------------------------AGG---

arg_arch_P_occultum

Class I

Archaea/Pyrodictium occultum/amino acid sequences/Poccultum_arg_aa

Archaea/Pyrodictium occultum/nucleotide sequences/Poccultum_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  D  Q  P  S  R  R  V  Y  E  A  A  P  Q  R  L  L  A  R  A  V  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  L  E  R  Q  G  A  S  L  S  E  E  E  R  R  Q  I  E  Y  T  V  A  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  N  P  E  L  G  D  Y  G  I  P  L  A  R  Y  A  R  R  Y  R  A  D  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  L  F  E  D  A  S  S  I  L  A  E  E  P  I  V  S  E  A  K  R  A  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  L  N  I  T  L  N  A  V  E  A  A  R  L  V  F  D  A  A  R  R  E  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  Y  G  R  V  K  T  D  K  P  M  R  I  V  V  E  H  T  S  A  N  P  V  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  V  E  H  .  S  A  N  P  V  H 
---------------------------------------GAGGGCCTCCTC---GCTGAAGGTCATGGGCTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  L  H  I  G  H  A  R  N  A  S  L  G  D  T  L  A  R  L  L  R  A  R  G 
 P  L  H  I  G  H  A  R  N  A  S  L  G  D  T  L  A  R  L  -  -  -  -  - 
AGAGGCTGACACTGAGACGAGGGTGTAGCGCACCGCTGCCGTACCAACCGCCTCTGC---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 H  V  V  Q  T  R  F  Y  I  N  D  M  G  R  Q  V  A  V  L  A  Y  G  Y  I 
 -  -  -  Q  T  R  F  Y  I  N  D  M  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GAGGTCTGGGCTTCTCTTCTCCACCTCTCT---------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  A  G  L  G  E  P  P  E  G  V  K  P  D  H  W  I  G  L  V  Y  A  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  T  L  A  D  I  E  E  L  K  K  R  L  E  R  L  R  K  E  E  R  Y  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  R  Q  L  L  R  E  L  D  E  L  V  A  D  A  S  R  L  R  E  R  D  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  F  E  R  I  A  K  A  L  Q  G  R  N  P  E  E  E  I  S  R  L  M  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  E  Y  R  R  G  P  E  K  V  E  K  I  R  R  V  V  N  L  C  L  Q  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  L  C  L  Q  G  F 
---------------------------------------------------GTCGAGTGCGAGGGCTCCCTT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  E  T  L  G  R  L  G  I  V  I  D  K  W  D  W  E  S  E  L  A  W  T  S 
 R  E  T  L  G  R  L  .  .  .  .  D  K  W  D  W  E  S  E  -  -  -  -  - 
GTGCACTGTGGCGTAGGGGCT------------CTCGAGTATCTTGGAGACCATGCT---------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 M  V  S  K  I  L  E  Q  A  R  R  S  P  Y  A  T  V  H  K  G  A  L  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  L  Q  P  L  L  K  D  P  V  V  R  K  H  L  G  V  P  E  S  Y  E  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  L  I  L  Q  R  S  D  G  T  T  L  Y  T  T  R  D  I  A  Y  S  I  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  T  T  R  D  I  A  Y  S  I  -  - 
---------------------------------CTTGGCTATCCTCTCAAATAGGGCTGGGTCCCG------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  R  E  F  N  A  G  K  V  F  N  V  I  A  A  E  Q  R  L  E  Q  L  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  N  V  I  A  A  E  Q  R  L  E  Q  L  Q  V 
---------------------------GTCGAGCTCGCGGAGGAGCTGGCGGTACTCCTCGTACCTCTCCTC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  L  A  L  I  A  L  G  Y  R  R  E  G  L  N  M  I  H  Y  A  Y  E  M  V 
 R  L  A  L  I  A  L  -  -  -  -  -  -  -  -  M  I  H  Y  A  Y  -  -  - 
CTTTCTGAGCCGCTCTAACCT------------------------GAGCGTATGCGTTATGGC---------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  L  P  G  Q  K  M  S  G  R  R  G  R  Y  I  T  L  D  E  L  L  D  Q  A 
 -  -  -  -  -  K  M  S  G  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------TGGCTTAACCCCCTC------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  E  M  A  R  R  E  V  E  K  R  S  P  D  L  P  E  D  E  K  K  R  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  A  V  G  T  A  A  V  R  Y  T  L  V  S  V  S  A  S  K  P  M  T  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  E  E  A  L  N  F  E  R  N  S  A  P  Y  V  L  Y  T  H  A  R  A  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  L  A  K  A  R  E  R  G  I  S  L  D  W  D  S  I  D  Y  T  A  A  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 N  Q  L  R  R  S  L  V  L  Q  A  L  I  Y  P  Y  I  F  A  K  A  A  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Q  R  P  E  L  I  V  A  Y  L  N  R  L  A  D  T  F  N  K  W  Y  T  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  S  A  V  N  E  P  D  P  G  K  R  V  F  K  L  A  L  V  Y  T  V  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665
 I  L  A  N  A  L  D  L  L  G  I  K  A  V  E  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

arg_bact_E_coli

Class I

Bacteria/Escherichia coli/amino acid sequences/Ecoli_arg_aa

Bacteria/Escherichia coli/nucleotide sequences/Ecoli_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  I  Q  A  L  L  S  E  K  V  R  Q  A  M  I  A  A  G  A  P  A  D  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  P  Q  V  R  Q  S  A  K  V  Q  F  G  D  Y  Q  A  N  G  M  M  A  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  K  L  G  M  A  P  R  Q  L  A  E  Q  V  L  T  H  L  D  L  N  G  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  K  V  E  I  A  G  P  G  F  I  N  I  F  L  D  P  A  F  L  A  E  H  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  Q  A  L  A  S  D  R  L  G  V  A  T  P  E  K  Q  T  I  V  V  D  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  V  D  Y  . 
---------------------------------------------------------GTGGTTGACTAC---

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  P  N  V  A  K  E  M  H  V  G  H  L  R  S  T  I  I  G  D  A  A  V  R 
 A  P  N  V  A  K  E  M  H  V  G  H  L  R  S  T  I  I  G  D  A  A  V  R 
GCGCCAAACGTGGCGAAAGAGATGCATGTCGGTCACCTGCGCTCTACCATTATTGGTGACGCAGCAGTGCGT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  L  E  F  L  G  H  K  V  I  R  A  N  H  V  G  D  W  G  T  Q  F  G  M 
 T  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  A  N  H  V  G  D  W  G  -  -  -  -  - 
ACT------------------------ATTCGCGCAAACCACGTCGGCGACTGGGGC---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  I  A  W  L  E  K  Q  Q  Q  E  N  A  G  E  M  E  L  A  D  L  E  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  R  D  A  K  K  H  Y  D  E  D  E  E  F  A  E  R  A  R  N  Y  V  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  Q  S  G  D  E  Y  F  R  E  M  W  R  K  L  V  D  I  T  M  T  Q  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  I  T  M  T  Q  N  Q 
------------------------------------------------GACATCACCATGACGCAGAACCAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  T  Y  D  R  L  N  V  T  L  T  R  D  D  V  M  G  E  S  L  Y  N  P  M 
 I  T  Y  D  R  L  N  -  -  -  -  -  -  D  V  M  G  E  S  L  -  -  -  - 
ATCACCTACGATCGTCTGAAC------------------GACGTCATGGGTGAAAGTCTC------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  P  G  I  V  A  D  L  K  A  K  G  L  A  V  E  S  E  G  A  T  V  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  D  E  F  K  N  K  E  G  E  P  M  G  V  I  I  Q  K  K  D  G  G  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
---------------------------------------------------------------------CTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  T  T  T  D  I  A  C  A  K  Y  R  Y  E  T  L  H  A  D  R  V  L  Y  Y 
 Y  T  T  T  D  I  A  C  A  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  Y 
TACACCACCACTGATATCGCCTGTGCGAAA---------------------------------CTGTATTAC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  D  S  R  Q  H  Q  H  L  M  Q  A  W  A  I  V  R  K  A  G  Y  V  P  E 
 I  D  S  R  Q  H  Q  H  L  M  Q  A  W  A  I  V  R  K  A  -  -  -  -  - 
ATCGATTCCCGTCAGCATCAACACCTGATGCAGGCATGGGCGATCGTCCGTAAAGCG---------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  V  P  L  E  H  H  M  F  G  M  M  L  G  K  D  G  K  P  F  K  T  R  A 
 -  -  -  L  E  H  H  M  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  F  K  T  R  - 
---------CTGGAACACCACATGTTC---------------------------CCGTTCAAAACCCGC---

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  G  T  V  K  L  A  D  L  L  D  E  A  L  E  R  A  R  R  L  V  A  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 N  P  D  M  P  A  D  E  L  E  K  L  A  N  A  V  G  I  G  A  V  K  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  L  S  K  N  R  T  T  D  Y  I  F  D  W  D  N  M  L  A  F  E  G  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  P  Y  M  Q  Y  A  Y  T  R  V  L  S  V  F  R  K  A  E  I  N  E  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  A  A  A  P  V  I  I  R  E  D  R  E  A  Q  L  A  A  R  L  L  Q  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  T  L  T  V  V  A  R  E  G  T  P  H  V  M  C  A  Y  L  Y  D  L  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  F  S  G  F  Y  E  H  C  P  I  L  S  A  E  N  E  E  V  R  N  S  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 K  L  A  Q  L  T  A  K  T  L  K  L  G  L  D  T  L  G  I  E  T  V  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577
 M 
 - 
---

arg_bact_C_aggregans

Class I

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_arg_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  Y  A  L  E  R  F  I  T  D  I  K  D  A  I  A  A  T  G  K  V  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  L  I  E  I  T  T  P  K  P  N  I  P  A  D  R  T  F  V  T  F  K  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  V  L  G  V  D  P  A  K  L  A  A  E  L  A  A  T  I  A  P  P  P  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  I  G  E  V  T  A  T  G  A  F  L  N  F  S  L  H  P  Q  R  L  A  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  L  N  E  I  E  T  A  G  E  A  Y  G  T  V  A  D  G  A  G  R  T  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
---------------------------------------------------------------------GTG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  D  Y  S  S  P  N  I  A  K  R  M  H  V  G  H  I  R  S  T  I  I  G  Q 
 I  D  Y  S  .  P  N  I  A  K  R  M  H  V  G  H  I  R  S  T  I  I  G  Q 
ATCGATTATTCT---CCCAATATCGCCAAGCGCATGCACGTCGGCCATATCCGCTCGACGATTATCGGGCAG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  L  V  H  I  F  R  A  L  G  Y  R  V  I  G  D  N  H  L  G  D  W  G  T 
 A  L  V  H  I  -  -  -  -  -  -  -  -  I  G  D  N  H  L  G  D  W  G  - 
GCGCTCGTTCATATC------------------------ATCGGCGATAACCATCTCGGCGACTGGGGG---

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  F  G  I  I  L  A  A  M  Q  R  Y  G  R  P  Q  N  E  G  E  A  A  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  L  E  A  L  Y  A  R  Y  N  A  E  M  K  D  D  P  A  L  E  D  E  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  W  S  L  A  L  E  R  G  D  P  E  A  R  S  L  W  Q  W  C  V  D  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  L  S 
---------------------------------------------------------------GATCTGTCA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  R  A  A  Q  R  N  Y  D  R  L  G  I  R  F  D  Y  A  Y  G  E  S  F  Y 
 L  R  A  A  Q  R  N  Y  D  R  L  G  -  -  -  -  Y  A  Y  G  E  S  F  - 
TTGCGGGCCGCCCAACGCAACTACGACCGGCTCGGC------------TACGCCTACGGCGAAAGCTTC---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  A  M  L  P  G  V  I  E  E  A  L  R  S  E  A  A  F  R  D  V  D  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  V  A  E  L  D  K  L  P  K  F  I  I  Q  R  S  D  G  G  T  V  Y  M  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  M  T 
------------------------------------------------------------GTCTATATGACC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  D  I  A  T  I  K  F  R  L  Q  E  F  S  P  S  H  I  I  Y  V  V  D  A 
 R  D  I  A  T  I  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  V  V  D  A 
CGTGACATCGCGACGATTAAA---------------------------------ATCTACGTGGTTGATGCT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  Q  E  L  H  F  R  Q  L  F  A  I  V  R  A  M  G  Y  A  R  D  V  E  L 
 R  Q  E  L  H  F  R  Q  L  F  A  I  V  R  A  M  -  -  -  -  -  -  -  L 
CGCCAGGAACTGCACTTCCGCCAGCTCTTCGCAATCGTGCGGGCGATG---------------------CTG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  H  V  P  F  G  V  I  T  T  P  D  G  Q  P  L  S  T  K  K  G  N  M  V 
 V  H  V  P  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  L  S  T  K  -  -  -  -  - 
GTGCATGTCCCGTTC---------------------------CCCCTCTCGACCAAG---------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  L  E  A  L  L  D  D  A  V  A  R  A  R  A  L  V  D  A  K  S  A  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  L  E  E  R  A  A  I  A  E  A  V  G  I  G  A  V  I  Y  N  D  L  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  P  R  R  N  I  T  L  D  W  D  R  M  L  S  I  E  G  N  S  A  A  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Q  Y  S  H  A  R  C  R  S  I  L  R  R  A  A  D  E  G  V  A  L  A  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 D  L  T  L  L  T  H  P  S  E  Q  R  L  I  R  H  L  A  R  L  P  E  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 R  E  A  G  A  R  Y  A  P  F  V  I  A  D  W  C  Y  T  T  A  R  E  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  F  F  E  Q  C  P  V  L  R  A  E  T  P  A  L  R  A  A  R  L  Q  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574
 A  A  T  A  N  A  L  R  N  G  L  A  L  L  G  I  Q  A  P  E  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

arg_bact_S_elongatus

Class I

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_arg_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  K  I  L  V  M  A  A  P  L  A  Q  L  R  D  R  F  Q  A  A  L  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  F  G  P  E  W  A  A  T  D  P  L  L  V  P  A  T  N  P  K  F  G  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  S  N  V  A  M  S  L  A  K  Q  L  G  Q  P  P  R  A  I  A  E  T  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  N  L  N  L  A  D  L  C  E  P  P  A  I  A  G  P  G  F  I  N  F  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  P  S  Y  L  V  A  Q  L  Q  Q  L  Q  T  D  E  R  L  G  I  Q  P  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  P  Q  R  V  I  V  D  F  S  S  P  N  I  A  K  E  M  H  V  G  H  L  R 
 -  -  -  -  -  I  V  D  F  S  .  P  N  I  A  K  E  M  H  V  G  H  L  R 
---------------CAGCGCCAGCATCTT---AAAGCTAAAGATGTAGTTGCTGTTGCGGTTCTGGCTAAG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  T  I  I  G  D  S  I  A  R  V  L  E  F  Q  G  H  E  V  L  R  L  N  H 
 S  T  I  I  G  D  S  I  A  R  V  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  L  N  H 
GTCAGCGTACTTCACCGCGCCAAGACCAACCGC------------------------CGGGGTTTCCGATCG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  G  D  W  G  T  Q  F  G  M  L  I  A  F  L  Q  E  Q  Y  P  Q  A  L  S 
 V  G  D  W  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCTTCAGCAGCAAT---------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  P  D  A  L  D  I  S  D  L  V  A  F  Y  K  Q  A  K  A  R  F  D  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  S  F  Q  E  T  A  R  Q  R  V  V  D  L  Q  S  G  E  A  T  A  R  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 W  Q  L  L  C  D  Q  S  R  R  E  F  Q  K  I  Y  D  R  L  D  I  Q  L  E 
 -  -  -  -  -  D  Q  S  R  R  E  F  Q  K  I  Y  D  R  L  D  -  -  -  E 
---------------AACGTAGATAATCCGCTGGGCCTGATCTTGACCCAGGCGATAACG---------CAA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  R  G  E  S  F  Y  N  P  Y  L  P  A  I  V  E  D  L  R  R  L  G  L  L 
 E  R  G  E  S  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCCGTCGTGGCGTAGTT------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  E  D  Q  G  A  Q  C  V  F  L  E  G  F  Q  N  K  E  G  Q  P  L  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  V  Q  K  S  D  G  G  Y  N  Y  A  T  T  D  L  A  A  L  R  Y  R  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  Y  A  T  T  D  L  A  A  L  R  -  -  -  - 
---------------------------GAAGCTCTCACCCCGTTCTTCGAGCTGAATATC------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  D  Q  A  Q  R  I  I  Y  V  T  D  S  G  Q  A  N  H  F  A  Q  V  F  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  I  Y  V  T  D  S  G  Q  A  N  H  F  A  Q  V  F  Q 
---------------------CGATTGATCGCAAAGCAACTGCCATGCCTGACGCGCCGTAGCTTCACCCGA

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  A  Q  R  A  G  W  L  P  A  A  A  Q  I  E  H  V  P  F  G  L  V  Q  G 
 V  A  Q  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  I  E  H  V  P  F  -  -  -  -  - 
CTGCAGATCGACCAC------------------------GCTCGGGTCTTCGTCAAA---------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  D  G  K  K  L  K  T  R  A  G  D  T  V  R  L  R  D  L  L  D  E  A  V 
 -  -  -  -  K  L  K  T  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TACCAAGTCACTGAT---------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  R  A  R  T  D  L  T  T  R  I  A  A  E  E  R  S  E  T  P  E  F  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  V  A  Q  A  V  G  L  G  A  V  K  Y  A  D  L  S  Q  N  R  N  S  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  F  S  F  D  K  M  L  A  L  Q  G  N  T  A  P  Y  L  L  Y  A  Y  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  Q  G  I  A  R  K  G  G  I  D  F  A  Q  L  D  P  V  A  A  V  L  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  T  E  R  S  L  A  K  Q  V  L  Q  L  G  E  V  L  D  E  V  A  R  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  P  N  R  L  C  S  Y  L  F  E  L  S  Q  T  F  N  Q  F  Y  D  R  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  L  N  A  E  E  P  Q  R  T  S  R  L  L  L  C  D  L  T  A  R  T  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590
 L  G  L  S  L  L  G  I  S  V  L  E  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

arg_bact_B_fragilis

Class I

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_arg_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  I  E  D  K  L  V  T  S  V  I  S  G  L  K  A  L  Y  G  Q  D  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  A  Q  V  Q  L  Q  K  T  K  K  E  F  E  G  H  L  T  L  V  V  F  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  K  M  S  K  K  G  P  E  Q  T  A  Q  E  I  G  E  Y  L  K  A  N  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  V  A  A  F  N  V  I  K  G  F  L  N  L  T  V  A  S  A  T  W  I  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  N  E  I  H  T  D  A  Q  Y  G  I  V  S  A  D  E  N  A  P  L  V  M  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  I 
------------------------------------------------------------------ATACTG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  Y  S  S  P  N  T  N  K  P  L  H  L  G  H  V  R  N  N  L  L  G  N  A 
 E  Y  S  .  P  N  T  N  K  P  L  H  L  G  H  V  R  N  N  L  L  G  N  A 
GATAAAAGG---TGTATTACCGTTAAAGTCGATAGACTCTTTCGGATTGAAAGTCATATTTTTACGGGCATC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  A  N  I  V  M  A  N  G  N  K  V  V  K  T  N  I  V  N  D  R  G  I  H 
 L  A  N  I  -  -  -  -  -  -  -  -  V  K  T  N  I  V  N  D  R  G  -  - 
CACTTTCAGGAT------------------------AACGATACGTGCAATATCGTCCGCCTCTTC------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  C  K  S  M  L  A  W  Q  K  Y  G  K  G  E  T  P  E  S  S  G  K  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  H  L  V  G  D  Y  Y  V  A  F  D  K  H  Y  K  A  E  V  A  E  L  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  G  M  S  K  E  E  A  E  A  A  S  P  L  M  N  E  A  R  E  M  L  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 W  E  A  G  D  P  E  V  R  A  L  W  Q  M  M  N  N  W  V  Y  A  G  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  W  V  Y  A  G  F  D 
------------------------------------------------ACGCAGCTTAGCCGTACCGATGTC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  T  Y  R  K  M  G  V  G  F  D  K  I  Y  Y  E  S  N  T  Y  L  E  G  K 
 E  T  Y  R  K  M  .  .  .  .  D  K  I  Y  Y  E  S  N  -  -  -  -  -  - 
CTGAGTCATGTATACCGA------------GCGAAGCAACAGTTTGTGATCCAA------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  K  V  M  E  G  L  E  K  G  F  F  F  K  K  E  D  G  S  V  W  A  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  A  E  G  L  D  H  K  L  L  L  R  G  D  G  T  S  V  Y  M  T  Q  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  M  T  Q  D  I 
---------------------------------------------------CTTACGGTACGTTTCATCAAA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  T  A  K  L  R  F  A  D  Y  P  I  D  K  M  I  Y  V  V  G  N  E  Q  N 
 G  T  A  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  V  V  G  N  E  Q  N 
ACCGGCGTATAC---------------------------------TTCCGGATCACCGGCTTCCCATTTCAC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  H  F  Q  V  L  S  I  L  L  D  K  L  G  F  E  W  G  K  S  L  V  H  F 
 Y  H  F  Q  V  L  S  I  L  L  D  K  L  -  -  -  -  -  -  -  L  V  H  F 
CAACATCTCACGCGCTTCATTCATCAACGGGGAGGCAGC---------------------GCCTTTCTCCAT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  Y  G  M  V  E  L  P  E  G  K  M  K  S  R  E  G  T  V  V  D  A  D  D 
 S  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  K  S  R  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGTTC------------------------ATCGAAAGCGACATA---------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  M  A  E  M  I  A  T  A  K  E  T  S  Q  E  L  G  K  L  D  G  L  T  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  E  A  D  D  I  A  R  I  V  G  L  G  A  L  K  Y  F  I  L  K  V  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  K  N  M  T  F  N  P  K  E  S  I  D  F  N  G  N  T  G  P  F  I  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 T  Y  A  R  I  R  S  V  L  R  K  A  A  E  A  G  I  V  I  P  E  V  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  N  I  E  L  S  E  K  E  E  G  L  I  Q  M  V  A  D  F  A  A  V  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Q  A  G  E  D  Y  S  P  S  G  I  A  N  Y  V  Y  D  L  V  K  E  Y  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 F  Y  H  D  F  S  I  L  R  E  E  N  E  D  V  K  L  F  R  I  A  L  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597
 N  I  A  K  V  V  R  L  G  M  G  L  L  G  I  E  V  P  D  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

arg_bact_H_aurantiacus

Class I

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/amino acid sequences/Haurantiacus_arg_aa

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/nucleotide sequences/Haurantiacus_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  T  F  A  R  F  E  Q  A  I  R  D  A  L  L  D  T  T  L  I  P  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  I  D  L  V  A  P  K  A  S  G  V  Q  A  D  L  A  L  P  C  F  R  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  L  R  G  I  N  P  A  Q  F  A  Q  T  L  A  N  A  L  K  F  T  P  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  V  L  K  A  S  A  L  G  A  Y  V  N  F  S  L  N  P  V  T  F  A  Q  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  L  H  D  I  S  Q  R  K  A  E  Y  G  R  S  T  K  G  Q  N  Q  A  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
---------------------------------------------------------------------TGA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  D  Y  S  S  P  N  I  A  K  R  M  R  V  D  H  I  R  S  T  M  I  G  Q 
 V  D  Y  S  .  P  N  I  A  K  R  M  R  V  D  H  I  R  S  T  M  I  G  Q 
ACTATTGCCATC---GGCCAACATGCGCTCCCAATCGACCACCACATCGTGGGCTGGATCGTGCTGTAAATT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  I  V  N  I  Y  R  A  L  G  Y  H  V  I  R  M  N  H  W  G  D  Y  D  P 
 A  I  V  N  I  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  M  N  H  W  G  D  Y  D  - 
GTGATAAATGACTGC------------------------TTCATTGATTTCTGTGCTCGAAAAGGGGAT---

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  L  G  I  S  L  A  A  M  Q  H  F  Q  H  R  N  G  N  G  E  S  M  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  L  E  Q  Q  T  Q  Q  Y  H  A  D  D  Q  V  H  D  L  A  Q  A  W  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  L  T  K  G  E  P  Q  A  I  K  L  L  Q  Q  L  V  D  L  S  L  T  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  L  S  L  T  A  N 
---------------------------------------------------GCGAAAATGCAATTCTTGCGC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Q  A  N  Y  R  R  L  G  V  A  F  D  V  Q  H  C  E  S  F  Y  A  R  E  A 
 Q  A  N  Y  R  R  L  G  -  -  -  -  V  Q  H  C  E  S  F  -  -  -  -  - 
TTGCTTAACCACATAAATAATTTT------------TAGCTCCTCGCGATATTTAAT---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Q  V  V  I  K  E  A  L  H  Y  Q  I  A  Q  L  D  G  H  V  A  V  V  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  L  D  E  Q  G  K  A  L  P  T  L  L  L  N  R  S  D  G  S  S  L  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  I 
---------------------------------------------------------------GATGACCAC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  R  D  I  A  A  I  K  Y  R  E  E  L  Y  Q  P  T  K  I  I  Y  V  V  K 
 T  R  D  I  A  A  I  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  V  V  K 
TTGGGCTTCGCGAGCATAAAAACT---------------------------------ACGGCGATAATTGGC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  A  Q  E  L  H  F  R  Q  A  F  T  I  S  K  T  L  G  Y  T  K  A  D  L 
 Q  A  Q  E  L  H  F  R  Q  A  F  T  I  S  K  T  L  -  -  -  -  -  -  L 
TTGGTTGGCAGTTAAACTCAAATCAACAAGCTGCTGTAAAAGCTTGATCGC------------------CAG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  H  V  A  C  G  M  I  L  G  P  E  R  R  S  P  S  G  A  R  F  S  T  M 
 S  H  V  A  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  S  G  A  R  -  -  -  - 
TTTGCTAGCCCAAGC------------------------------ATGATATTGTTGGGT------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  Y  L  E  P  L  L  D  E  A  C  T  R  A  K  A  L  I  K  Q  K  A  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  K  I  P  F  S  S  T  E  I  N  E  I  A  E  Q  V  G  V  G  A  V  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 H  N  L  Q  H  D  P  A  H  D  V  V  V  D  W  E  R  M  L  A  F  D  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  S  T  Y  L  Q  Y  M  H  A  R  C  C  S  I  L  R  D  F  G  R  I  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 N  Y  D  G  R  V  L  T  H  S  A  E  Q  A  L  L  K  E  L  A  R  L  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  I  V  D  A  A  E  R  Y  A  P  F  V  V  S  D  W  L  Y  A  T  A  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 F  A  V  F  Y  D  S  C  S  V  L  K  A  E  T  L  A  L  R  A  A  R  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  V  A  A  T  A  Q  A  L  R  N  G  L  G  L  L  S  I  A  A  P  E  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

arg_bact_B_thailandensis

Class I

Bacteria/Burkholderia thailandensis/amino acid sequences/Bthailandensis_arg_aa

Bacteria/Burkholderia thailandensis/nucleotide sequences/Bthailandensis_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  P  A  Q  K  H  T  L  E  T  L  L  E  N  S  V  K  Q  V  V  Q  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  G  D  A  D  A  A  F  V  L  P  A  I  A  L  E  R  P  K  V  A  A  H  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  V  A  C  N  V  A  L  Q  L  A  K  P  L  G  A  N  P  R  Q  L  A  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  V  A  A  L  T  A  Q  P  A  A  A  G  L  V  D  A  A  E  I  A  G  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  I  N  L  R  L  T  P  A  S  K  Q  A  V  I  G  A  V  F  A  Q  G  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  G  A  S  E  R  E  H  G  K  R  V  L  L  E  F  V  S  A  N  P  T  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  E  F  .  S  A  N  P  T  G  P 
------------------------------------TTTCAGCGCGAG---GATGTCGAACACGAACTCGGT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  H  V  G  H  G  R  Q  A  A  L  G  D  A  L  A  N  V  L  A  S  Q  G  Y 
 L  H  V  G  H  G  R  Q  A  A  L  G  D  A  L  A  N  V  -  -  -  -  -  - 
GTCCGCCTTGCGGGAAATCAGGAAGAAGCGCACCGCGTCGCGCCCGCGCGTGAT------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  V  H  R  E  F  Y  Y  N  D  A  G  V  Q  I  G  N  L  A  I  S  T  Q  A 
 -  -  H  R  E  F  Y  Y  N  D  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CGAGACTTCCGAGCCCGGCGTCGCGCCGCC------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  A  R  G  L  K  P  G  D  A  G  W  P  E  A  A  Y  N  G  E  Y  I  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  A  R  D  Y  L  N  G  E  T  V  A  A  S  D  G  E  P  V  T  G  K  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  D  D  L  E  A  I  R  K  F  A  V  A  Y  L  R  R  E  Q  D  M  D  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y  L  R  R  E  Q  D  M  D  L  K 
------------------------------------GCGCTCCCACTTCGTCACGTGGTACGCGACGTCCGG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  F  G  V  K  F  D  Q  Y  Y  L  E  S  S  L  Y  T  E  G  R  V  E  K  T 
 A  F  .  .  .  .  D  Q  Y  Y  L  E  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACGAA------------GCCGTCCGTCTTGCGCATCACACG------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  D  A  L  I  A  A  G  M  T  Y  E  Q  E  G  A  L  W  L  R  T  T  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  D  D  K  D  R  V  M  R  K  T  D  G  T  Y  T  Y  F  V  P  D  V  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  F  V  P  D  V  A  Y 
---------------------------------------------CACGCCGAACGCCTTCAGGTCCATGTC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  V  T  K  W  E  R  G  F  T  K  V  I  N  I  Q  G  S  D  H  H  G  T  I 
 H  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  N  I  Q  G  S  D  H  H  G  T  I 
CTGTTC------------------------------GATCGCCTCGAGATCATCGGCGTCGCGCTTGCCCGT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  R  V  R  A  G  L  Q  G  L  H  I  G  I  P  K  G  Y  P  D  Y  V  L  H 
 A  R  V  R  A  G  L  Q  G  .  .  I  -  -  -  -  -  -  P  D  Y  V  L  H 
CACCGGCTCGCCGTCGCTCGCCGCGAC------GCC------------------GATGTCGGCGATGTACTC

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  M  V  T  V  M  R  D  G  Q  E  V  K  I  S  K  R  A  G  S  Y  V  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  I  S  K  R  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------GGGCTTGAGGCCGCG---------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  D  L  I  E  W  S  G  G  A  T  P  G  S  E  V  S  P  E  L  L  D  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  I  T  R  G  R  D  A  V  R  F  F  L  I  S  R  K  A  D  T  E  F  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  I  D  L  A  L  K  Q  N  D  E  N  P  V  Y  Y  V  Q  Y  A  H  A  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 C  S  V  L  N  E  W  K  S  R  Y  G  A  T  D  A  L  L  P  G  A  D  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  L  D  S  K  Q  A  M  A  L  M  Q  K  L  A  E  Y  P  D  V  L  A  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  N  E  L  A  P  H  A  V  A  F  Y  L  R  E  L  A  S  E  F  H  S  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 N  A  E  R  V  L  V  D  E  E  A  P  R  T  A  R  I  A  L  L  A  A  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594
 Q  V  L  E  N  G  L  A  M  L  G  V  S  A  P  S  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

arg_bact_B_licheniformis

Class I

Bacteria/Bacillus licheniformis/amino acid sequences/Blicheniformis_arg_aa

Bacteria/Bacillus licheniformis/nucleotide sequences/Blicheniformis_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  I  V  E  Q  M  K  D  V  L  K  Q  E  I  K  E  A  V  M  K  A  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  A  E  S  E  I  P  E  V  V  L  E  V  P  K  D  K  S  H  G  D  Y  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  M  A  M  Q  L  A  R  I  A  K  K  A  P  R  N  I  A  E  E  I  V  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  D  K  G  K  A  S  I  D  K  L  D  I  A  G  P  G  F  I  N  F  Y  M  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  Q  Y  L  T  K  L  I  P  A  V  L  E  A  G  E  A  Y  G  E  T  N  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  G  E  R  V  Q  V  E  F  V  S  A  N  P  T  G  N  L  H  L  G  H  A  R 
 -  -  -  -  -  Q  V  E  F  .  S  A  N  P  T  G  N  L  H  L  G  H  A  R 
---------------ATTCTCATTAGA---TGAGACGGCCAGATCAAGGTCAAAGTCCATATGGGTATCGGC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  A  A  V  G  D  S  L  C  N  V  L  E  K  A  G  Y  E  V  S  R  E  Y  Y 
 G  A  A  V  G  D  S  L  C  N  V  -  -  -  -  -  -  -  -  S  R  E  Y  Y 
GCTGCGCATCGCAAAGAAGTAACGCACAGCGTC------------------------GCGCATTGTGACGGC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  N  D  A  G  N  Q  I  N  N  L  A  L  S  V  E  A  R  Y  F  Q  A  L  G 
 I  N  D  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTTCCGGTTCTTTT---------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  D  K  P  M  P  E  D  G  Y  H  G  E  D  I  K  E  I  G  R  K  L  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  F  G  D  R  F  V  H  E  E  E  S  E  R  L  A  F  F  R  E  Y  G  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
---------------------------------------------------------------------CAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  E  L  G  K  L  R  E  D  L  E  N  F  R  V  P  F  D  V  W  Y  S  E  T 
 Y  E  L  G  K  L  R  E  D  L  E  N  F  .  .  .  .  D  V  W  Y  S  E  T 
AAGATACGTGTAGGATCCGTCTTTTTTGATCAGCACGCG------------GCCGAACGCCGTCGAGCGGAA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  L  Y  Q  N  G  K  I  D  Q  A  L  E  A  L  R  E  K  G  H  I  Y  E  E 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCA---------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  G  A  T  W  F  R  S  T  A  F  G  D  D  K  D  R  V  L  I  K  K  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  Y  T  Y  L  L  P  D  I  A  Y  H  K  D  K  L  D  R  G  F  Q  K  L  I 
 -  -  T  Y  L  L  P  D  I  A  Y  H  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I 
------CAATTCGTACTTTAAGCCGTATTCGCGGAAAAA------------------------------AAA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  V  W  G  A  D  H  H  G  Y  I  P  R  M  K  A  A  I  E  A  L  G  Y  D 
 N  V  W  G  A  D  H  H  G  Y  I  P  R  M  K  A  A  I  E  A  L  -  -  - 
ACGATCGCCGAATTCGTCGGCGAGCTTTTGGCCGATTTCCTTAATATCTTCGCCGTGATACCC---------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  E  T  L  E  V  E  I  I  Q  L  V  H  L  Y  K  N  G  E  K  M  K  M  S 
 -  -  -  L  E  V  E  I  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S 
---------ATCTTTTCCAAGCGCCTG------------------------------------GATTTGATT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  R  T  G  K  A  V  T  M  R  D  L  I  D  E  V  G  L  D  A  V  R  Y  F 
 K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCGGC------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  A  M  R  S  A  D  T  H  M  D  F  D  L  D  L  A  V  S  T  S  N  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  V  Y  Y  A  Q  Y  A  H  A  R  I  C  S  M  L  R  Q  G  E  E  K  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  F  E  G  N  L  D  L  T  K  I  A  S  E  K  E  Y  D  L  L  K  V  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 S  F  P  E  A  V  A  D  A  A  E  K  R  I  P  H  R  I  T  N  Y  I  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  A  S  V  L  H  S  F  Y  N  A  E  K  V  L  D  P  A  D  E  E  K  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  R  L  S  L  M  K  A  T  Q  I  T  L  N  N  A  L  K  L  I  G  V  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556
 P  E  K  M 
 -  -  -  - 
------------

arg_bact_T_maritima

Class I

Bacteria/Thermotoga maritima/amino acid sequences/Tmaritima_arg_aa

Bacteria/Thermotoga maritima/nucleotide sequences/Tmaritima_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  V  N  A  I  R  Q  K  V  S  E  V  I  S  K  A  Y  G  S  E  I  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  V  E  I  P  P  R  K  E  F  G  D  L  S  T  N  V  A  M  K  L  A  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  K  K  N  P  R  E  I  A  Q  E  I  V  K  S  L  D  E  D  P  S  F  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  E  I  M  G  P  G  F  I  N  F  F  L  S  N  E  L  L  R  G  V  V  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  L  E  K  K  D  E  Y  G  R  E  N  V  G  N  G  M  K  V  Q  F  E  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  F  E  Y  . 
---------------------------------------------------------CAGTTCGAATAC---

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  A  N  P  T  G  P  F  T  V  G  H  G  R  Q  I  I  I  G  D  V  L  S  E 
 S  A  N  P  T  G  P  F  T  V  G  H  G  R  Q  I  I  I  G  D  V  L  S  E 
AGTGCAAACCCAACGGGACCATTCACCGTTGGGCACGGTAGACAGATCATCATAGGTGACGTGCTTTCCGAG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  Y  K  E  L  G  Y  D  V  T  R  E  M  Y  I  N  D  A  G  K  Q  I  R  L 
 V  -  -  -  -  -  -  -  -  T  R  E  M  Y  I  N  D  A  G  -  -  -  -  - 
GTT------------------------ACGAGGGAAATGTATATAAACGACGCCGGA---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  A  Q  S  L  W  A  R  Y  N  Q  L  L  G  V  E  K  E  I  P  E  G  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  G  E  Y  L  V  D  I  A  R  D  L  V  N  E  I  G  D  R  Y  K  D  L  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  E  E  V  E  E  F  F  K  Q  T  A  L  N  R  I  L  S  S  M  K  D  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  R  I  L  S  S  M  K  D  T  L 
---------------------------------------AACAGAATTCTCTCCTCCATGAAAGATACCCTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  K  I  G  S  S  F  D  V  Y  F  S  E  K  S  L  I  E  D  G  T  V  E  E 
 E  K  I  .  .  .  .  D  V  Y  F  S  E  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAAAGATT------------GATGTGTACTTCTCAGAAAAGAGT---------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  L  K  L  L  K  N  K  D  V  V  Y  E  K  D  G  A  V  W  L  K  V  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  I  D  E  E  D  K  V  L  V  R  S  D  G  T  Y  T  Y  F  M  T  D  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  F  M  T  D  I  A 
------------------------------------------------ACGTACTTCATGACGGATATCGCG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  H  Y  K  K  Y  K  R  G  F  R  K  V  Y  D  I  W  G  S  D  H  H  G  H 
 Y  H  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  D  I  W  G  S  D  H  H  G  H 
TATCACTAC------------------------------TACGACATCTGGGGTAGTGACCATCACGGTCAC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  P  R  M  K  A  A  M  K  A  L  D  I  P  D  D  F  F  N  V  I  L  H  Q 
 I  P  R  M  K  A  A  M  K  A  L  -  -  -  -  -  -  F  N  V  I  L  H  - 
ATACCAAGAATGAAGGCAGCGATGAAAGCCCTC------------------TTCAACGTTATACTGCAT---

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  V  T  L  K  R  G  G  E  I  V  R  M  S  T  R  A  G  E  F  V  T  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  M  S  T  R  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------CGCATGTCCACGCGA------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  L  L  D  E  V  G  R  D  A  T  R  Y  F  F  A  M  V  D  P  N  T  H  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  F  D  I  D  L  A  K  A  K  S  M  D  N  P  V  Y  Y  V  Q  Y  A  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  I  H  N  L  F  S  N  A  E  K  K  G  V  K  F  E  E  G  K  H  L  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  G  N  E  E  E  R  V  L  M  R  N  L  G  M  F  N  T  A  L  K  E  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Q  M  F  A  P  N  R  L  T  N  Y  L  Q  S  L  A  E  S  F  H  A  F  Y  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  H  V  I  V  D  P  E  N  P  E  L  S  N  A  R  L  N  L  A  L  A  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546
 I  V  L  R  K  G  L  K  L  I  G  V  S  A  P  E  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

arg_bact_G_stearothermophilus

Class I

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/amino acid sequences/Gstearothermophilus_arg_aa

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/nucleotide sequences/Gstearothermophilus_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  I  V  G  Q  M  K  E  Q  L  K  E  E  I  R  Q  A  A  V  K  A  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  S  A  D  E  L  P  D  V  L  L  E  V  P  R  D  K  A  H  G  D  Y  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  I  A  M  Q  L  A  R  I  A  K  K  P  P  R  A  I  A  E  A  I  V  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  D  R  E  R  V  S  V  A  R  I  E  V  A  G  P  G  F  I  N  F  Y  M  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  R  Y  L  T  A  V  V  P  A  I  L  Q  A  G  Q  A  Y  G  E  S  N  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  G  E  K  V  Q  V  E  F  V  S  A  N  P  T  G  D  L  H  L  G  H  A  R 
 -  -  -  -  -  Q  V  E  F  .  S  A  N  P  T  G  D  L  H  L  G  H  A  R 
---------------CGGATTTTCATT---CTGCGACACGGCCAAGTCCATGTCAAAATCCAAATGCGTATC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  A  A  V  G  D  S  L  C  N  I  L  A  K  A  G  F  D  V  T  R  E  Y  Y 
 G  A  A  V  G  D  S  L  C  N  I  -  -  -  -  -  -  -  -  T  R  E  Y  Y 
GCCCGAGCGCATCGCAAAGAAATAGCGGACGGC------------------------CTCGCGCATCGTCAC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  N  D  A  G  K  Q  I  Y  N  L  A  K  S  V  E  A  R  Y  F  Q  A  L  G 
 I  N  D  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCCTTGCCGGTGCG---------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  D  M  P  L  P  E  D  G  Y  Y  G  D  D  I  V  E  I  G  K  T  L  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  Y  G  D  R  F  V  H  A  D  E  E  E  R  L  A  F  F  R  E  Y  G  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R 
---------------------------------------------------------------------CGG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  E  L  D  K  I  K  Q  D  L  A  A  F  R  V  P  F  D  V  W  Y  S  E  T 
 Y  E  L  D  K  I  K  Q  D  L  A  A  F  .  .  .  .  D  V  W  Y  S  E  T 
AAGCAAGTACGTATACGTGCCGTCCTGCTTAATTAAGAC------------GTCCCCAAACGCCGTCGAACG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  L  Y  E  S  G  K  I  D  E  A  L  S  T  L  R  E  R  G  Y  I  Y  E  Q 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAA---------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  G  A  T  W  F  R  S  T  A  F  G  D  D  K  D  R  V  L  I  K  Q  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  Y  T  Y  L  L  P  D  I  A  Y  H  Q  D  K  L  R  R  G  F  T  K  L  I 
 -  -  T  Y  L  L  P  D  I  A  Y  H  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I 
------GTCGAGCTCATAACGAAGGCCGTATTCGCGGAA------------------------------GAC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  V  W  G  A  D  H  H  G  Y  I  P  R  M  K  A  A  I  A  A  L  G  Y  D 
 N  V  W  G  A  D  H  H  G  Y  I  P  R  M  K  A  A  I  A  A  L  -  -  - 
GAACCGATCGCCATATTCCTCAGCAAGTGTTTTGCCGATTTCGACAATGTCGTCGCCGTAATA---------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  E  A  L  E  V  E  I  I  Q  M  V  N  L  Y  Q  N  G  E  R  V  K  M  S 
 -  -  -  L  E  V  E  I  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S 
---------CATATCGACACCGAGCGC------------------------------------GTAAATTTG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  R  T  G  K  A  V  T  M  R  E  L  M  E  E  V  G  V  D  A  V  R  Y  F 
 K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTGCC------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  A  M  R  S  G  D  T  H  L  D  F  D  M  D  L  A  V  S  Q  S  N  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  V  Y  Y  V  Q  Y  A  H  A  R  V  S  S  I  L  R  Q  A  E  E  Q  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  Y  E  G  D  L  A  L  H  H  L  V  E  T  E  K  E  I  E  L  L  K  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  D  F  P  D  V  V  A  E  A  A  L  K  R  M  P  H  R  V  T  A  Y  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  L  A  S  A  L  H  S  F  Y  N  A  E  K  V  L  D  L  D  N  I  E  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  A  R  L  A  L  V  K  A  V  Q  I  T  L  K  N  A  L  A  L  I  G  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557
 A  P  E  Q  M 
 -  -  -  -  - 
---------------

arg_bact_S_aureus

Class I

Bacteria/Staphylococcus aureus/amino acid sequences/Saureus_arg_aa

Bacteria/Staphylococcus aureus/nucleotide sequences/Saureus_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  I  I  D  Q  V  K  Q  T  L  V  E  E  I  A  A  S  I  N  K  A  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  D  E  I  P  D  I  K  I  E  V  P  K  D  T  K  N  G  D  Y  A  T  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  M  V  L  T  K  I  A  K  R  N  P  R  E  I  A  Q  A  I  V  D  N  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  E  K  A  H  V  K  Q  I  D  I  A  G  P  G  F  I  N  F  Y  L  D  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  L  T  A  I  I  P  E  A  I  E  K  G  D  Q  F  G  H  V  N  E  S  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  N  V  L  L  E  Y  V  S  A  N  P  T  G  D  L  H  I  G  H  A  R  N  A 
 -  -  -  L  L  E  Y  .  S  A  N  P  T  G  D  L  H  I  G  H  A  R  N  A 
---------TTGCTTGAGTAT---TCAGCTAACCCTACAGGAGATTTACATATTGGTCATGCTAGAAATGCA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  V  G  D  A  L  A  N  I  L  T  A  A  G  Y  N  V  T  R  E  Y  Y  I  N 
 A  V  G  D  A  L  A  N  I  -  -  -  -  -  -  -  -  T  R  E  Y  Y  I  N 
GCAGTTGGTGATGCTTTAGCTAATATT------------------------ACACGTGAATATTATATTAAT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  A  G  N  Q  I  T  N  L  A  R  S  I  E  T  R  F  F  E  A  L  G  D  N 
 D  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATGCTGGT---------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  Y  S  M  P  E  D  G  Y  N  G  K  D  I  I  E  I  G  K  D  L  A  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  P  E  I  K  D  Y  S  E  E  A  R  L  K  E  F  R  K  L  G  V  E  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  Y  E 
---------------------------------------------------------------GAATACGAA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 M  A  K  L  K  N  D  L  A  E  F  N  T  H  F  D  N  W  F  S  E  T  S  L 
 M  A  K  L  K  N  D  L  A  E  F  .  .  .  .  D  N  W  F  S  E  T  S  - 
ATGGCTAAACTGAAAAATGATTTAGCAGAGTTC------------GATAATTGGTTTAGTGAAACATCT---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  E  K  G  E  I  L  E  V  L  A  K  M  K  E  L  G  Y  T  Y  E  A  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  T  W  L  R  T  T  D  F  K  D  D  K  D  R  V  L  I  K  N  D  G  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  Y  F  L  P  D  I  A  Y  H  F  D  K  V  K  R  G  N  D  I  L  I  D  L 
 T  Y  F  L  P  D  I  A  Y  H  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  D  L 
ACGTATTTCTTACCAGATATTGCGTACCACTTC------------------------------ATCGATTTA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  G  A  D  H  H  G  Y  I  N  R  L  K  A  S  L  E  T  F  G  V  D  S  N 
 F  G  A  D  H  H  G  Y  I  N  R  L  K  A  S  L  E  T  F  -  -  -  -  - 
TTTGGTGCTGATCATCATGGTTATATTAACCGTTTGAAAGCATCTCTTGAAACGTTT---------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  L  E  I  Q  I  M  Q  M  V  R  L  M  E  N  G  K  E  V  K  M  S  K  R 
 -  L  E  I  Q  I  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  R 
---TTAGAAATTCAAATCATG------------------------------------AAGATGAGTAAACGT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  G  N  A  I  T  L  R  E  I  M  D  E  V  G  V  D  A  A  R  Y  F  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 M  R  S  P  D  S  H  F  D  F  D  M  E  L  A  K  E  Q  S  Q  D  N  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  Y  A  Q  Y  A  H  A  R  I  C  S  I  L  K  Q  A  K  E  Q  G  I  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  A  A  N  D  F  T  T  I  T  N  E  K  A  I  E  L  L  K  K  V  A  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  P  T  I  E  S  A  A  E  H  R  S  A  H  R  I  T  N  Y  I  Q  D  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 S  H  F  H  K  F  Y  N  A  E  K  V  L  T  D  D  I  E  K  T  K  A  H  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  M  I  E  A  V  R  I  T  L  K  N  A  L  A  M  V  G  V  S  A  P  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553
 M 
 - 
---

arg_bact_G_obscuriglobus

Class I

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/amino acid sequences/Gemmata_arg_aa

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/nucleotide sequences/Gemmata_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  L  L  T  Q  L  R  S  L  F  E  P  A  L  T  G  L  A  P  D  R  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  P  D  L  L  G  A  I  K  P  A  A  N  A  D  N  G  D  Y  Q  A  N  C  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 M  A  L  G  K  Q  L  G  Q  K  P  P  E  V  A  K  A  L  V  A  A  L  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  D  L  L  E  P  P  T  V  A  G  P  G  F  I  N  L  R  L  K  P  E  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  R  A  L  Q  E  I  A  T  D  P  K  L  G  V  S  P  A  A  K  S  K  T  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  I  D  L  S  G  P  N  V  A  K  P  L  H  V  G  H  L  R  S  T  I  I  G 
 V  I  D  L  .  G  P  N  V  A  K  P  L  H  V  G  H  L  R  S  T  I  I  G 
GGCGTACTTCAC---ACCGACACCAACGACCTCCGCAATTTCTTGCTTTTCAGAGGCCTCCGCTTCATAGAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  A  L  V  R  I  L  R  F  L  G  H  T  V  I  G  D  N  H  L  G  D  W  G 
 D  A  L  V  R  I  -  -  -  -  -  -  -  -  I  G  D  N  H  L  G  D  W  G 
CTTGTGCCCGAACGAGCG------------------------CTTCTGGAGGCTCAGCGCGGCGGCTTCATT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  Q  F  G  I  L  L  Y  G  Y  K  N  H  R  D  D  A  A  F  A  A  D  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  E  L  L  R  L  Y  I  F  V  R  K  Q  A  A  L  A  E  G  E  D  E  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  A  D  N  P  V  M  A  A  C  R  A  E  T  S  K  L  H  A  N  D  P  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  A  L  W  K  S  F  M  P  A  C  M  E  M  L  R  P  I  Y  E  R  L  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  P  A  C  M  E  M  L  R  P  I  Y  E  R  L  D  - 
------------------------CGTGAAGGCTCCGTCGCGCTTGCGGATGATCGCCGGTGGCTCCTC---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  I  D  H  A  L  G  E  S  F  Y  N  P  M  L  A  G  V  V  A  D  M  L  A 
 -  -  -  H  A  L  G  E  S  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CTCGGGCGTTTGGGGAACGAT------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  G  I  A  V  E  S  K  G  A  I  V  I  P  N  A  K  G  I  V  P  Q  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  E  Q  K  K  E  E  P  P  A  I  I  R  K  R  D  G  A  F  T  Y  T  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  T  T  T 
---------------------------------------------------------CGGCATGAAGCTCTT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  L  A  T  I  K  Y  R  A  E  T  W  K  P  D  A  M  L  Y  V  V  G  A  P 
 D  L  A  T  I  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  V  V  G  A  P 
CCAGAGCGCGACGTTTTC---------------------------------GCGGCACGCCGCCATCACCGG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  A  L  H  F  K  T  V  F  A  Q  A  K  R  W  G  V  D  G  I  E  F  Q  H 
 Q  A  L  H  F  K  T  V  F  A  Q  A  K  R  W  -  -  -  -  -  -  F  Q  H 
GTTGTCCGCGCCGCCCTCTTCGTCCTCGCCTTCGGCCAGAGCCGC------------------GTACAGGCG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  Q  F  G  S  M  L  G  A  D  R  K  I  F  G  T  R  K  G  G  A  L  E  L 
 V  Q  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  F  G  T  R  -  -  -  -  -  -  - 
CAGCAGTTC---------------------------GTCGTCGCGGTGGTT---------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 M  E  L  L  N  E  A  A  A  L  S  L  Q  K  Y  E  A  N  T  A  E  R  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  G  H  K  I  Y  E  A  E  A  S  E  K  Q  E  I  A  E  V  V  G  V  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  K  Y  A  D  L  S  Q  N  R  T  T  D  Y  V  F  D  L  D  K  M  T  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  G  N  T  A  A  Y  M  Q  Y  A  Y  A  R  C  R  S  I  F  R  E  G  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  E  G  V  F  R  T  A  P  P  A  V  T  L  P  H  A  A  E  R  A  L  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 H  L  L  R  L  P  E  A  V  E  A  A  A  A  D  Y  A  P  H  L  I  T  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  W  D  L  A  K  A  T  S  V  F  Y  E  G  C  S  V  L  K  A  D  T  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580
 L  K  A  S 
 -  -  -  - 
------------

arg_bact_C_thermalis

Class I

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/amino acid sequences/Cthermalis_arg_aa

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/nucleotide sequences/Cthermalis_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  E  T  L  E  Q  L  K  P  R  F  E  Q  A  L  A  A  A  L  G  A  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  G  V  D  P  I  L  V  T  A  S  N  P  K  F  G  D  Y  Q  A  N  V  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  L  A  K  Q  V  G  K  P  P  R  A  I  A  E  Q  I  V  L  K  L  D  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  F  C  E  N  P  T  V  A  G  P  G  F  I  N  L  T  L  K  P  A  Y  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  Q  L  Q  K  I  N  P  D  P  R  L  G  I  A  S  V  K  H  P  K  K  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I 
---------------------------------------------------------------------ATT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  D  Y  P  S  P  N  I  A  K  E  M  H  V  G  H  L  R  P  A  V  I  G  D 
 V  D  Y  .  S  P  N  I  A  K  E  M  H  V  G  H  L  R  P  A  V  I  G  D 
GTAGATTAT---AGCCCAAATATTGCTAAAGAAATGCACGTTGGGCATTTGCGTCCAGCTGTGATTGGAGAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 C  L  S  R  I  L  E  F  I  G  H  D  V  V  R  L  S  H  V  G  D  W  G  T 
 C  L  S  R  I  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  L  S  H  V  G  D  W  G  - 
TGTCTTTCTCGAATT------------------------GTGCGTCTGAGTCATGTAGGCGATTGGGGA---

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  F  G  M  L  I  A  Y  L  Q  K  A  Y  P  E  A  L  T  T  D  E  N  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  G  D  L  S  S  F  Y  R  Q  A  K  K  Q  F  D  T  D  E  G  F  K  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  R  Q  A  V  V  Q  L  Q  A  G  E  E  K  T  I  L  A  W  K  I  V  C  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q 
---------------------------------------------------------------------CAA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  S  S  R  A  Y  R  V  I  Y  D  L  M  G  I  A  P  F  I  E  R  G  E  S 
 L  S  S  R  A  Y  R  V  I  Y  D  L  M  G  -  -  -  -  I  E  R  G  E  S 
CTGTCTAGTAGAGCATATCGAGTTATTTACGATTTGATGGGA------------ATTGAAAGAGGAGAATCT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  Y  N  A  L  L  A  E  T  I  E  E  L  E  A  K  G  L  V  E  I  D  A  G 
 F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTT---------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  K  C  I  F  L  E  G  F  T  N  K  E  G  K  P  L  P  L  I  V  Q  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  G  G  Y  N  Y  A  T  T  D  L  A  A  I  R  Y  R  V  N  V  D  K  A  Q 
 -  -  -  -  N  Y  A  T  T  D  L  A  A  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------AATTACGCTACAACAGATTTAGCTGCTATTCGC---------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  V  I  Y  P  V  G  A  E  Q  T  N  H  F  A  Q  I  F  Q  V  G  K  R  A 
 -  -  I  Y  P  V  G  A  E  Q  T  N  H  F  A  Q  I  F  Q  V  G  K  R  A 
------ATTTATCCAGTGGGTGCTGAGCAAACTAATCATTTTGCTCAAATTTTTCAGGTAGGAAAACGAGCG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  W  I  T  D  E  V  E  F  F  H  A  P  F  G  L  V  L  G  E  D  G  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  F  F  H  A  P  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
------------------------TTTTTTCACGCTCCTTTT---------------------------AAG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  K  T  R  S  G  E  A  V  R  L  K  D  L  L  D  E  A  I  A  H  A  R  K 
 L  K  T  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTGAAAACTCGC------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  L  E  S  R  L  K  E  E  G  R  E  E  T  E  E  F  I  N  H  V  A  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  G  I  S  A  V  K  Y  A  D  L  S  Q  N  R  N  S  N  Y  I  F  S  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  M  L  A  L  Q  G  N  T  A  P  Y  M  L  Y  A  Y  A  R  I  Q  G  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 R  K  G  G  I  D  F  E  Q  L  G  D  N  V  K  V  V  L  Q  H  E  T  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  L  A  K  H  L  L  Q  L  D  E  V  I  S  T  I  E  E  D  L  L  P  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  C  E  Y  L  F  Q  L  S  Q  K  F  N  Q  F  Y  D  R  D  R  G  V  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  N  A  E  E  P  Q  R  T  S  R  L  V  L  C  N  L  T  A  R  T  L  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589
 G  L  S  L  L  G  I  P  V  L  E  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

arg_bact_B_burgdorferi

Class I

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_arg_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  K  S  V  K  K  K  I  K  D  E  I  N  V  I  V  T  N  L  A  L  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  I  K  L  D  N  I  N  I  N  I  Q  K  P  P  K  S  D  L  G  D  I  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  M  F  E  I  G  K  T  L  K  L  P  I  E  I  I  S  E  E  I  I  K  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  T  K  Y  E  I  K  A  V  G  P  Y  L  N  I  K  I  S  R  K  E  Y  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  T  I  Q  M  V  N  T  Q  K  D  T  Y  G  T  S  K  Y  L  D  N  K  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  L  E  F  S  S  P  N  T  N  K  P  L  H  V  G  H  L  R  N  D  V  I  G 
 I  L  E  F  S  .  P  N  T  N  K  P  L  H  V  G  H  L  R  N  D  V  I  G 
GATATATGGTCCAGA---TCCCGTAAAAGACAGGCTTTCTTTTTTATTAAATACAATATCTTTATGTATAGC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  S  L  S  R  I  L  K  A  V  G  A  K  I  T  K  I  N  L  I  N  D  R  G 
 E  S  L  S  R  I  -  -  -  -  -  -  -  -  T  K  I  N  L  I  N  D  R  G 
TGATTTTAGCAGATAATA------------------------TAAAGCATTTTTTTTAGCGCTCTCTTTATT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  H  I  C  K  S  M  L  A  Y  K  K  F  G  N  G  I  T  P  E  K  A  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  G  D  H  L  I  G  D  F  Y  V  K  Y  N  K  Y  S  Q  E  N  E  N  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  E  I  Q  D  L  L  L  L  W  E  Q  K  D  V  S  T  I  E  L  W  K  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  K  W  A  I  E  G  I  K  E  T  Y  E  I  T  N  T  S  F  D  K  I  Y  L 
 -  K  W  A  I  E  G  I  K  E  T  Y  E  I  T  N  -  -  -  -  K  I  Y  L 
---ATAAATCATTTCTTCAAAATTAAATTCTTTTGTTCTAACTGCTAT------------TTGGGTAAGATA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  S  E  I  F  K  I  G  K  N  V  V  L  E  G  L  E  K  G  F  C  Y  K  R 
 E  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATAGATGT---------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  D  G  A  I  C  I  D  L  P  S  D  S  D  E  K  A  D  T  K  V  K  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  L  I  R  S  N  G  T  S  I  Y  L  T  Q  D  L  G  N  I  A  V  R  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  L  T  Q  D  L  G  N  I  A  -  -  -  - 
---------------------------TTCAAGGTAAATTTTATCAAATGAGGTGTTTGT------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  F  N  F  E  E  M  I  Y  V  V  G  S  E  Q  I  Q  H  F  K  S  L  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  I  Y  V  V  G  S  E  Q  I  Q  H  F  K  S  L  F  F 
---------------------CCATTTATTTAACTTTTTCCAAAGTTCAATTGTGCTTACATCTTTTTGCTC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  A  E  K  L  G  L  S  K  N  K  K  L  I  H  L  S  H  G  M  V  N  L  V 
 V  A  E  K  L  -  -  -  -  -  -  -  L  I  H  L  S  H  -  -  -  -  -  - 
CCAGAGTAAAAGTAG---------------------ATTTTCATTTTCTTGTGA------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  G  K  M  K  S  R  E  G  N  V  I  D  A  D  N  L  I  S  N  L  I  E  L 
 -  -  K  M  K  S  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ATCGCCAATTAAATG---------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  I  P  E  M  T  Q  K  I  E  N  K  E  S  A  K  K  N  A  L  N  I  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  A  I  H  Y  Y  L  L  K  S  A  I  H  K  D  I  V  F  N  K  K  E  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  F  T  G  N  S  G  P  Y  I  Q  Y  V  G  A  R  I  N  S  I  L  E  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  A  L  S  I  P  V  M  E  K  I  D  F  E  L  L  K  H  E  K  E  W  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  K  I  I  S  E  L  E  E  N  I  I  N  A  A  K  D  L  N  P  S  I  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  Y  S  Y  S  L  A  K  H  F  S  T  Y  Y  Q  E  V  K  V  I  D  T  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  N  L  T  A  A  R  I  E  F  L  K  A  I  L  Q  T  I  K  N  C  M  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585
 L  N  I  P  Y  M  L  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

arg_bact_C_A_asiaticus

Class I

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_arg_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  I  D  L  V  L  R  E  A  I  Q  N  A  F  Q  S  V  F  E  L  S  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  A  D  V  N  L  Q  P  T  R  K  E  F  E  G  T  H  T  L  I  V  F  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  T  T  C  K  V  S  P  E  V  I  A  N  K  I  G  D  W  M  Q  T  N  T  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  I  A  S  Y  N  V  V  K  G  F  L  N  L  S  I  K  D  T  I  W  L  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  N  Q  M  Y  Q  N  K  H  F  G  Y  L  P  S  N  R  Q  K  I  V  V  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  V  E  Y 
------------------------------------------------------------GTAGTTGAATAT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  S  P  N  T  N  K  P  L  H  L  G  H  L  R  N  N  F  L  G  H  A  V  S 
 S  .  P  N  T  N  K  P  L  H  L  G  H  L  R  N  N  F  L  G  H  A  V  S 
TCT---CCTAACACTAATAAACCCTTACACCTTGGTCATTTAAGGAATAATTTTCTAGGGCATGCTGTTAGT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  I  L  Q  A  A  G  Y  E  V  Y  K  V  N  L  V  N  D  R  G  I  H  I  C 
 E  I  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  K  V  N  L  V  N  D  R  G  -  -  -  - 
GAAATA------------------------TATAAGGTTAACTTAGTAAATGATCGAGGT------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  S  M  V  A  Y  Q  H  W  G  R  G  E  T  P  E  S  R  G  L  K  G  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  V  G  K  Y  Y  V  K  F  D  Q  V  Y  K  E  Q  V  A  A  L  T  Q  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  D  A  E  Q  A  A  K  Q  A  P  L  L  Q  E  A  Q  V  M  L  K  Q  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  G  N  E  E  V  L  A  L  W  R  K  M  N  G  W  V  Y  D  G  F  D  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  V  Y  D  G  F  D  I  T 
------------------------------------------GGTTGGGTATATGATGGCTTTGATATTACC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  Q  K  L  G  I  T  F  D  K  V  Y  Y  E  S  Q  T  Y  L  L  G  K  E  V 
 Y  Q  K  L  .  .  .  .  D  K  V  Y  Y  E  S  Q  -  -  -  -  -  -  -  - 
TATCAAAAGTTA------------GATAAAGTATATTATGAATCTCAG------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  A  E  G  L  A  K  G  T  F  Y  K  K  Q  D  G  S  V  W  I  D  L  T  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  G  L  D  E  K  L  L  L  R  A  D  G  T  S  V  Y  I  T  Q  D  L  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  I  T  Q  D  L  G  T 
---------------------------------------------GTATATATAACCCAAGATTTAGGGACT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  D  L  R  Y  Q  D  F  K  P  N  K  L  V  Y  V  V  G  N  E  Q  D  Y  H 
 A  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  V  V  G  N  E  Q  D  Y  H 
GCTGAC---------------------------------GTTTATGTAGTAGGTAACGAACAAGATTATCAT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  E  V  L  A  K  I  M  A  R  L  G  R  P  Y  A  T  D  L  Y  H  L  S  Y 
 F  E  V  L  A  K  I  M  A  R  L  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  H  L  S  Y 
TTTGAAGTGCTTGCTAAAATTATGGCTCGTTTG---------------------CTATACCACCTCTCGTAT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  M  V  D  L  P  T  G  K  M  K  S  R  E  G  T  V  V  D  A  D  M  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  K  S  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------AAAATGAAGTCCAGG---------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  E  M  I  E  T  A  E  E  H  T  R  E  L  G  K  I  D  G  F  S  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  K  D  L  Y  H  I  L  A  M  G  A  L  K  Y  F  L  L  R  V  D  A  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  L  L  F  D  P  Q  A  S  I  D  F  Q  G  D  T  G  P  F  I  Q  Y  T  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  R  I  A  A  V  L  R  K  V  Q  Q  A  D  I  A  F  N  D  I  V  E  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 N  F  V  L  H  P  L  E  R  E  V  I  V  E  L  A  A  F  P  K  K  L  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  A  L  A  Y  A  P  A  I  L  A  Q  H  V  L  E  I  A  K  A  Y  N  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Y  A  E  L  S  I  L  H  E  Q  D  T  K  V  Q  L  F  R  I  Q  L  S  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596
 V  A  Q  V  I  K  T  V  M  H  L  L  G  I  V  V  P  E  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

arg_bact_D_radiodurans

Class I

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_arg_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  L  K  A  Q  L  K  A  A  V  E  Q  A  A  H  Q  M  G  M  P  V  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  I  Q  E  T  P  A  N  K  P  G  D  Y  G  T  P  A  A  F  Q  M  A  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  G  G  N  P  A  Q  I  A  A  Q  L  A  Q  T  V  V  L  P  A  G  I  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  E  A  T  G  P  F  L  N  F  F  L  D  A  G  A  F  V  R  G  V  V  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  F  E  L  P  K  R  E  G  K  V  V  I  E  H  T  S  V  N  P  N  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  I  E  H  .  S  V  N  P  N  K  E  L 
---------------------------------GTCATCGAGCAC---TCGGTCAACCCCAACAAAGAGCTG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 H  V  G  H  L  R  N  V  V  L  G  D  S  M  A  R  I  L  R  A  A  G  H  T 
 H  V  G  H  L  R  N  V  V  L  G  D  S  M  A  R  I  -  -  -  -  -  -  - 
CACGTCGGGCACCTGCGTAACGTGGTGCTGGGCGACTCCATGGCGCGGATT---------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  E  V  Q  N  Y  I  D  D  T  G  R  Q  A  A  E  S  L  F  A  T  Q  H  Y 
 -  E  V  Q  N  Y  I  D  D  T  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GAGGTACAGAACTACATCGACGACACCGGG---------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  R  V  W  D  G  V  Q  K  Y  D  Q  W  L  G  E  G  Y  V  Q  L  N  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  Q  K  P  E  L  E  S  G  I  M  E  I  M  H  K  L  E  A  G  E  L  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  V  E  Q  T  V  K  A  Q  L  Q  T  C  F  R  L  G  A  R  Y  D  L  L  N 
 -  -  E  Q  T  V  K  A  Q  L  Q  T  C  F  R  L  .  .  .  .  D  L  L  N 
------GAGCAGACGGTGAAGGCGCAGCTTCAGACCTGCTTTCGCCTC------------GACCTGCTGAAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 W  E  S  D  V  V  G  S  G  F  L  A  Q  A  M  N  I  L  E  G  S  R  Y  T 
 W  E  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGGGAATCCGAC------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  R  P  T  E  G  K  Y  A  G  A  F  I  M  D  V  S  E  F  M  P  G  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  P  N  V  V  L  V  R  S  G  G  T  A  M  Y  A  A  K  D  I  G  Y  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  Y  A  A  K  D  I  G  Y  Q  F 
---------------------------------------ATGTACGCCGCCAAGGACATCGGCTACCAGTTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 W  K  F  G  L  F  E  G  M  K  F  K  P  F  M  Q  D  P  E  G  N  T  I  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  S  A  P  D  G  Q  P  D  D  E  R  R  F  G  H  A  Q  E  V  I  N  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  N  V  I 
------------------------------------------------------------ATCAACGTGATC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  S  R  Q  D  H  P  Q  T  V  V  R  S  A  L  G  V  A  G  E  Q  E  K  E 
 D  S  R  Q  D  H  P  Q  T  V  V  R  S  A  L  G  V  A  -  -  -  -  -  - 
GACTCGCGCCAGGACCACCCGCAGACGGTGGTGCGTTCGGCGCTGGGTGTGGCG------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  R  S  I  H  L  S  Y  A  F  V  T  L  E  G  Q  T  I  S  G  R  K  G  I 
 -  -  S  I  H  L  S  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  T  I  S  G  R  -  -  - 
------AGCATCCACCTCTCCTAC------------------------ACCATCAGCGGGCGC---------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  V  S  A  D  D  A  M  D  E  A  Q  K  R  A  L  S  V  L  Q  G  I  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  L  A  A  R  E  D  A  A  E  I  A  R  R  I  G  L  G  A  I  R  F  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  K  A  E  P  T  R  K  I  D  F  R  W  E  Q  A  L  A  L  N  G  D  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  Y  V  Q  Y  A  A  V  R  A  A  N  I  L  K  K  A  E  E  A  G  Y  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  G  T  G  A  D  W  D  A  L  P  D  I  D  L  V  L  A  K  Q  I  A  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  E  V  A  A  Q  A  A  R  I  H  S  P  H  V  V  A  Q  Y  A  L  D  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 T  S  F  N  A  W  Y  N  A  K  T  K  Q  G  K  P  A  T  N  V  L  Q  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 E  G  L  R  E  A  R  L  A  L  I  V  R  L  R  K  A  F  E  D  T  L  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609
 I  G  I  E  I  P  A  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

arg_euk_G_lamblia

Class I

Eukaryotes/Giardia lamblia/amino acid sequences/Glamblia_arg_aa

Eukaryotes/Giardia lamblia/nucleotide sequences/Glamblia_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  D  L  K  D  I  C  A  Q  A  M  H  T  V  L  G  D  H  I  A  P  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  Q  E  G  W  K  E  S  M  L  G  V  F  T  S  P  L  V  T  P  T  T  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  Y  G  H  Y  Q  F  N  S  T  M  G  I  A  K  L  I  K  D  L  H  Y  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  P  S  N  P  A  E  L  S  G  L  F  T  Q  A  M  L  C  V  Q  D  K  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  E  K  G  C  P  K  P  I  E  A  V  N  I  A  G  C  F  I  N  I  A  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  A  Y  L  L  S  K  C  F  D  I  Y  M  A  V  P  F  G  T  L  P  K  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  L  P  R  K  R  V  V  V  D  F  S  S  P  N  V  A  K  S  M  H  V  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  V  V  D  F  S  .  P  N  V  A  K  S  M  H  V  G  H 
---------------------GTCGTCGACTTTTCG---CCTAACGTGGCAAAGTCTATGCACGTGGGTCAC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  R  S  T  I  I  G  D  S  I  C  R  L  Y  E  Y  V  G  Y  D  V  H  R  I 
 L  R  S  T  I  I  G  D  S  I  C  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  H  R  I 
CTGCGATCAACGATTATCGGGGACTCTATTTGCCGTCTC------------------------CACCGCATC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  H  V  G  D  W  G  T  Q  F  G  M  L  I  T  H  L  T  D  M  H  P  E  I 
 N  H  V  G  D  W  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACCACGTGGGCGACTGGGGC---------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  D  A  A  A  H  C  R  R  I  T  M  L  P  I  D  N  L  V  A  F  Y  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  K  E  R  F  D  N  D  P  A  F  Q  K  R  A  Y  E  A  V  V  K  L  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  N  L  A  E  F  Y  L  W  C  K  I  C  D  I  S  R  H  E  F  Q  R  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  I  S  R  H  E  F  Q  R  I  Y 
---------------------------------------GACATCTCTAGGCACGAGTTTCAGCGCATTTAT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  R  L  D  I  K  I  D  E  F  G  E  S  S  Y  K  F  K  L  G  T  T  V  A 
 D  R  L  D  -  -  -  D  E  F  G  E  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATCGCCTAGAC---------GATGAGTTTGGAGAGAGTTCC------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  L  K  R  L  H  L  T  Q  M  S  D  K  A  T  V  I  P  I  E  G  M  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  L  I  I  V  K  S  D  G  G  F  T  Y  D  T  T  D  M  A  A  I  Y  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  D  T  T  D  M  A  A  I  Y  -  - 
---------------------------------ACTTACGACACAACAGACATGGCAGCTATTTAT------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  Q  V  L  H  A  D  K  C  V  Y  V  V  D  A  G  Q  S  S  H  F  D  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  V  V  D  A  G  Q  S  S  H  F  D  L  V 
---------------------------GTGTACGTTGTTGACGCCGGCCAGTCGAGTCACTTTGATCTTGTT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  K  A  A  E  K  A  G  W  I  T  K  D  Q  A  V  H  V  P  F  G  V  V  L 
 F  K  A  A  E  K  A  -  -  -  -  -  -  -  A  V  H  V  P  F  -  -  -  - 
TTCAAAGCTGCTGAGAAGGCT---------------------GCCGTGCACGTCCCATTC------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  S  D  G  K  R  L  K  T  R  A  G  E  T  V  K  L  E  D  L  L  D  E  A 
 -  -  -  -  -  R  L  K  T  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CGCCTCAAAACAAGA------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  T  E  S  M  R  L  L  E  E  R  N  R  D  Q  E  F  S  Q  E  E  M  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  A  E  A  V  G  Y  G  A  V  K  Y  A  D  L  S  S  H  R  I  K  D  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Y  D  P  K  R  M  L  N  L  K  G  N  T  A  A  Y  L  L  Y  S  F  T  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 S  S  I  C  R  K  A  G  I  D  R  E  E  L  Y  T  S  D  T  L  R  N  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  T  E  P  S  E  I  N  L  L  V  A  L  L  K  V  R  D  T  I  L  F  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  D  L  C  P  H  R  I  C  D  W  V  Y  S  V  A  S  A  Y  T  D  F  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 K  C  R  V  I  E  T  S  A  S  G  D  S  V  C  N  K  S  R  L  V  L  C  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621
 M  A  R  Q  S  L  R  L  A  F  H  L  L  G  I  R  E  I  D  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

arg_euk_C_subellipsoidea

Class I

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/amino acid sequences/Csubellipsoidea_arg_aa

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/nucleotide sequences/Csubellipsoidea_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  S  A  A  P  A  Q  T  L  G  Q  F  T  S  T  A  K  R  V  P  S  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  D  L  A  G  V  F  S  T  A  L  R  T  A  F  P  N  V  D  I  Q  P  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  A  T  N  N  R  D  H  G  D  Y  Q  C  N  N  A  M  A  L  F  G  R  M  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  K  E  G  A  P  K  N  P  R  E  V  A  T  A  I  L  N  A  L  P  D  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  I  D  G  T  P  T  L  A  G  P  G  F  I  N  I  K  L  S  S  A  W  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  R  I  Q  I  L  V  K  Q  R  A  V  V  D  F  S  S  P  N  V  A  K  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  V  D  F  S  .  P  N  V  A  K  E  M 
---------------------------------GTGGTGGATTTCTCA---CCCAATGTGGCCAAGGAGATG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 H  V  G  H  L  R  S  T  I  I  G  D  T  I  A  R  T  L  E  F  C  G  V  D 
 H  V  G  H  L  R  S  T  I  I  G  D  T  I  A  R  T  -  -  -  -  -  -  - 
CATGTGGGCCACCTGCGATCCACCATTATCGGAGACACCATCGCGCGCACG---------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  L  R  I  N  H  V  G  D  W  G  T  Q  F  G  M  L  I  Q  H  I  A  E  T 
 -  L  R  I  N  H  V  G  D  W  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CTGCGTATCAACCATGTGGGCGACTGGGGC---------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  P  G  G  L  Q  G  T  T  T  E  E  V  S  D  L  Q  T  L  Y  K  A  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  R  F  D  A  E  E  D  F  K  A  R  A  R  E  A  V  T  R  L  Q  S  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  E  F  L  E  T  W  K  R  I  C  E  A  S  R  N  E  F  D  A  I  Y  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  A  S  R  N  E  F  D  A  I  Y  H  R 
---------------------------------GAGGCCAGCCGCAACGAGTTTGACGCCATCTACCATCGA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  D  V  H  I  L  W  R  G  E  S  W  Y  N  P  R  L  T  P  L  V  E  E  L 
 L  D  -  -  -  L  W  R  G  E  S  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTGGAC---------TTGTGGCGGGGGGAGTCATGG------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  E  R  G  I  A  E  E  S  E  G  A  K  V  I  T  V  E  G  L  K  T  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 M  I  R  K  S  D  G  G  Y  G  Y  G  T  T  D  M  A  T  L  A  Q  R  I  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  Y  G  T  T  D  M  A  T  L  A  -  -  -  - 
---------------------------GGCTATGGGACCACCGACATGGCCACCCTGGCT------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  E  K  A  E  W  L  I  Y  V  T  D  E  G  Q  S  G  H  F  K  L  V  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  I  Y  V  T  D  E  G  Q  S  G  H  F  K  L  V  F  G 
---------------------ATTTATGTGACGGACGAGGGCCAGTCGGGGCACTTCAAGCTGGTGTTTGGC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  G  K  R  A  G  I  I  P  A  K  N  P  P  R  I  D  H  V  G  F  G  L  V 
 A  G  K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  D  H  V  G  F  -  -  - 
GCGGGCAAGCGC---------------------------------ATCGACCACGTTGGCTTC---------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  G  Q  D  G  K  R  I  R  T  R  D  S  G  A  A  V  R  L  V  E  L  L  D 
 -  -  -  -  -  -  R  I  R  T  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------CGGATCCGTACCCGT---------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  A  K  A  R  C  A  A  S  I  K  E  R  Q  E  T  T  I  E  R  G  G  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  S  A  E  E  M  E  N  I  S  S  V  M  G  Y  G  A  V  K  Y  A  D  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  N  R  A  T  N  Y  K  F  N  F  D  E  M  L  D  L  K  G  N  T  A  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 M  L  Y  A  H  A  R  I  A  G  I  I  R  K  S  N  K  D  I  K  E  V  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 T  A  H  I  S  L  D  H  A  S  E  R  A  L  A  L  H  I  V  R  F  T  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  E  D  T  L  V  E  L  A  P  N  R  I  T  E  Y  V  Y  E  L  S  N  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 N  T  F  Y  V  G  C  K  V  L  G  E  K  E  E  D  S  R  L  L  L  C  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596
 T  A  M  I  M  R  Q  C  F  Q  L  L  G  I  K  P  L  Y  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

arg_euk_L_infantum

Class I

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_arg_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  C  A  A  A  A  T  V  N  V  E  L  A  L  K  E  I  V  K  A  T  I  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  F  P  L  V  P  A  Q  E  P  L  I  T  L  G  K  V  S  E  Y  Q  C  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  M  G  L  V  K  V  L  S  Q  Q  Q  Q  P  I  K  M  S  P  Q  M  V  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  L  K  K  N  L  V  G  N  D  I  I  D  E  F  E  P  T  P  K  G  F  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  S  I  R  K  E  W  V  A  R  M  V  K  E  V  L  K  Q  G  I  R  P  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  T  K  Q  R  V  L  V  D  F  S  A  P  N  I  A  K  E  M  H  V  G  H  L 
 -  -  -  -  -  -  L  V  D  F  .  A  P  N  I  A  K  E  M  H  V  G  H  L 
------------------CTCGTCGACTTT---GCGCCGAACATTGCCAAGGAGATGCATGTCGGACATCTG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  S  T  I  I  G  E  S  I  S  R  L  L  E  F  C  Q  H  D  V  A  R  I  N 
 R  S  T  I  I  G  E  S  I  S  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  A  R  I  N 
CGCTCCACCATCATCGGCGAGTCGATCAGCCGCCTG------------------------GCACGCATCAAC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 H  I  G  D  W  G  T  A  F  G  M  L  I  L  Y  I  K  R  N  F  P  D  Y  T 
 H  I  G  D  W  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACATCGGCGACTGGGGT------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  N  P  P  D  I  S  D  L  T  D  F  Y  R  A  A  K  K  C  F  D  E  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  F  K  E  K  A  R  L  E  V  V  K  L  Q  A  L  E  E  D  S  I  Q  A  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  Y  I  C  D  V  S  R  E  E  F  D  K  V  Y  T  R  L  G  A  T  I  E  E 
 -  -  -  -  D  V  S  R  E  E  F  D  K  V  Y  T  R  L  G  -  -  -  E  E 
------------GACGTGTCGCGCGAGGAGTTCGACAAGGTTTACACCCGCCTCGGC---------GAGGAG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  G  E  S  F  Y  N  P  L  I  P  K  V  L  D  L  L  E  E  A  G  Q  I  E 
 R  G  E  S  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCGGTGAGAGCTTC---------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  S  D  G  A  K  L  I  V  S  K  E  A  R  K  L  D  S  L  D  A  R  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  K  L  A  S  Q  H  L  A  L  V  S  R  D  G  P  S  Y  H  P  N  L  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  M  K  K  A  G  I  L  T  G  T  E  G  E  E  S  V  A  L  S  K  K  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  P  W  N  K  F  D  I  R  V  D  L  D  K  L  M  A  Q  L  A  P  L  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  Q  L  D  P  L  F  L  E  V  F  E  A  A  G  I  V  K  G  D  S  I  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  R  F  S  F  P  L  M  V  V  K  S  D  G  G  Y  T  Y  D  T  T  D  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  D  T  T  D  V  T 
------------------------------------------------ACCTACGACACGACAGATGTCACG

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  T  Y  H  R  F  V  I  E  K  M  N  R  V  I  Y  C  T  D  L  G  Q  Y  E 
 A  T  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  C  T  D  L  G  Q  Y  E 
GCCACGTAC---------------------------------ATCTACTGCACCGATTTGGGCCAGTACGAG

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 H  F  R  M  C  M  Q  T  A  K  D  M  G  W  M  E  H  A  T  W  D  H  A  G 
 H  F  R  M  C  M  Q  T  A  K  D  M  -  -  -  -  -  -  -  W  D  H  A  G 
CACTTCCGCATGTGCATGCAGACGGCAAAGGACATG---------------------TGGGACCACGCCGGC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 F  G  L  V  T  G  A  D  G  K  K  I  K  T  R  S  G  E  T  V  K  L  K  D 
 F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  I  K  T  R  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTT---------------------------AAGATAAAGACGCGC---------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  M  D  E  A  V  E  R  S  L  A  I  L  K  E  R  E  A  G  E  R  S  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 H  S  E  E  E  M  Q  K  L  S  N  I  I  G  I  G  A  I  K  Y  F  D  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Q  T  R  T  G  D  Y  A  F  S  Y  D  K  M  L  D  M  S  G  N  T  A  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  L  Y  Q  Y  A  R  I  C  S  I  K  R  K  A  G  I  A  D  E  E  L  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  T  D  I  S  L  E  T  P  Q  E  K  S  L  A  L  C  A  L  R  F  Q  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 I  L  K  T  V  E  D  L  F  P  H  H  L  A  D  F  A  Y  E  L  M  T  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 S  N  F  F  Q  N  C  R  V  L  D  D  P  L  Q  N  S  R  L  C  L  V  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692
 T  R  I  T  L  K  K  T  L  E  L  L  N  I  E  T  A  E  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

arg_euk_P_chromatophora

Class I

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_arg_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  G  I  A  Q  E  L  N  N  L  L  L  T  A  M  E  N  M  F  P  E  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  L  A  T  D  S  G  K  P  L  D  P  Q  L  I  I  A  S  K  P  E  F  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  Q  V  N  G  P  L  A  L  S  K  I  L  G  K  P  P  R  K  I  A  T  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  N  A  L  L  A  I  P  S  F  S  E  L  C  S  P  P  I  I  A  G  P  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  N  L  V  L  K  P  E  L  L  K  S  E  I  R  K  V  L  S  N  P  N  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  P  N  V  T  E  T  E  D  H  L  F  P  V  I  I  D  F  S  S  P  N  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  I  D  F  S  .  P  N  I  A 
------------------------------------------ATAGCTAGTGATCCG---TTGACTAAGGTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  D  M  H  V  G  H  L  R  S  T  L  I  G  D  C  L  A  R  I  L  E  F  R 
 K  D  M  H  V  G  H  L  R  S  T  L  I  G  D  C  L  A  R  I  -  -  -  - 
TGCATATTTTACGGCAGCTATACCAACTTTCTTTGAAACATCTTTAATAAAAATCTCTTC------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  Y  N  V  L  R  L  N  H  V  G  D  W  G  T  Q  F  G  M  L  I  T  H  L 
 -  -  -  -  L  R  L  N  H  V  G  D  W  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------ACGTTTACGTAAATCTATATCAGCACGTTC------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  Q  V  A  P  Q  A  L  I  N  P  D  V  I  E  L  G  D  L  V  A  F  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  A  K  N  R  F  D  N  D  Q  S  F  Q  I  A  S  R  E  E  V  V  R  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  G  D  P  D  S  R  K  A  W  Q  L  L  C  D  Q  S  R  R  E  F  Q  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  Q  S  R  R  E  F  Q  V  I 
------------------------------------------TTCAAAAATTACCCCAAATCTATAACGAAT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  D  R  L  D  I  T  I  T  E  R  G  E  S  F  Y  N  S  Y  L  E  E  V  I 
 Y  D  R  L  D  -  -  -  T  E  R  G  E  S  F  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCAGCAAGATCCGT---------ATTGAAGCCACCATCACTCTT---------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  D  L  D  A  L  D  L  L  V  T  D  E  G  A  R  C  V  F  L  E  G  V  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  K  S  N  K  P  L  P  V  I  I  Q  K  S  D  G  G  F  N  Y  A  T  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  Y  A  T  T  D 
------------------------------------------------------AGTAATAGTAATATCGAG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  A  A  I  R  Y  R  F  G  V  I  F  E  G  D  G  A  S  R  I  V  Y  V  T 
 L  A  A  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  V  T 
ACGATCATAAATTAC---------------------------------------------ACGTGAATCAGG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  S  G  Q  A  N  H  F  A  G  I  F  Q  I  A  R  R  A  G  W  V  P  T  N 
 D  S  G  Q  A  N  H  F  A  G  I  F  Q  I  A  R  R  A  -  -  -  -  -  - 
ATCACCACTTTGCAGTCTTACCACTTCTTCTCGAGAAGCTATCTGGAAAGATTG------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  R  L  E  H  V  P  F  G  L  V  Q  G  Q  D  G  K  K  L  K  T  R  A  G 
 -  -  L  E  H  V  P  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  K  T  R  -  - 
------TTGTCTATAAAATGCAAC---------------------------ATTGATCAGTGCCTG------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  T  V  R  L  K  D  L  L  D  E  A  I  E  R  A  D  I  D  L  R  K  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  E  E  N  R  S  E  E  E  I  F  I  K  D  V  S  K  K  V  G  I  A  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  Y  A  D  L  S  Q  N  R  I  T  S  Y  Q  F  N  F  D  R  M  L  S  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  N  T  A  P  Y  L  L  Y  A  M  V  R  I  A  G  I  L  R  K  S  S  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 H  D  T  L  E  K  Q  L  H  F  S  E  P  I  E  W  A  L  V  R  H  I  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 F  D  L  I  I  I  E  V  E  E  E  L  L  P  S  R  L  C  S  Y  L  F  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 S  Q  L  F  N  R  F  Y  D  Q  V  P  V  L  K  A  K  E  P  N  L  S  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  I  L  C  Q  L  T  A  D  T  L  K  M  G  L  N  L  L  G  I  P  T  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602
 R  M 
 -  - 
------

arg_euk_N_ceranae

Class I

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_arg_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_arg_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  F  L  D  K  I  L  E  D  V  V  E  E  I  E  K  L  K  I  L  T  K  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  R  T  C  L  T  I  T  N  V  S  G  K  P  H  C  T  L  F  L  P  K  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  Q  N  L  D  I  N  D  L  Y  S  H  F  K  T  A  K  F  L  L  I  K  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  T  F  K  S  S  I  S  F  N  I  N  L  I  P  Y  S  Y  E  I  L  T  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  E  K  G  E  D  F  G  R  N  N  I  G  N  G  E  T  V  V  I  D  Y  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  I  D  Y  S  . 
------------------------------------------------------GTAATTGATTACAGT---

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  N  I  A  K  I  F  H  M  G  H  F  R  T  T  I  L  G  N  F  V  K  K  I 
 P  N  I  A  K  I  F  H  M  G  H  F  R  T  T  I  L  G  N  F  V  K  K  I 
CCAAATATTGCGAAAATCTTTCATATGGGACACTTTCGAACTACAATTTTAGGAAATTTTGTAAAAAAAATT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 H  A  F  C  G  Y  K  A  V  G  I  N  Y  L  G  D  W  G  K  Q  F  G  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  G  I  N  Y  L  G  D  W  G  -  -  -  -  -  - 
------------------------GTTGGTATTAATTATCTCGGTGACTGGGGT------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  L  G  S  Q  R  F  S  N  P  E  E  L  K  T  D  P  I  K  Y  L  F  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  V  Q  I  S  Q  A  K  A  T  D  P  S  V  D  V  E  A  K  K  I  F  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 M  E  K  G  T  D  S  S  L  L  D  K  W  S  H  F  R  E  L  S  I  N  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  L  S  I  N  K  Y 
---------------------------------------------------GAATTAAGCATTAACAAATAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  E  L  Y  S  K  L  G  V  E  F  E  E  Y  S  G  E  S  F  Y  E  K  T  C 
 K  E  L  Y  S  K  L  .  .  E  -  -  E  Y  S  G  E  S  F  -  -  -  -  - 
AAAGAGTTATACAGCAAATTG------GAA------GAATATTCTGGAGAAAGTTTT---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Q  D  D  I  K  K  C  N  F  L  I  K  N  S  D  G  S  V  C  L  D  L  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  K  N  P  L  V  I  K  S  D  G  T  S  L  Y  L  T  R  D  F  S  A  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  L  T  R  D  F  S  A  A  K 
---------------------------------------CTTTATCTAACTAGAGATTTTTCTGCTGCTAAA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  R  I  A  R  Y  N  P  K  K  L  I  Y  V  V  S  S  E  Q  K  E  H  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  V  V  S  S  E  Q  K  E  H  F  E 
---------------------------------ATTTATGTTGTTTCAAGCGAACAGAAAGAACATTTTGAA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  L  F  A  T  L  R  K  A  E  I  F  D  N  L  E  H  V  Q  Y  G  M  V  S 
 D  L  F  A  T  L  R  K  A  -  -  -  -  -  L  E  H  V  Q  Y  -  -  -  - 
GATTTATTTGCTACTTTACGTAAAGCG---------------TTAGAACATGTACAATAT------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  M  S  T  R  K  G  T  V  K  F  L  E  D  I  I  D  I  A  T  D  V  M  M 
 G  M  S  T  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGAATGTCTACACGT---------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  Q  I  D  A  N  P  E  K  K  A  Q  I  K  D  V  S  A  T  A  L  N  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  S  T  L  I  I  M  D  F  S  A  K  R  I  K  G  Y  K  F  D  V  E  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  M  N  T  K  G  T  G  I  Y  I  Q  Y  A  H  C  R  L  K  S  I  E  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  K  D  I  D  L  N  K  D  I  K  I  D  S  K  C  L  E  Q  E  E  I  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  L  Y  Q  F  I  W  F  E  K  V  V  I  S  S  F  K  D  N  E  P  N  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  T  Y  V  S  N  L  C  W  L  T  N  S  Y  N  S  S  L  K  V  K  G  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  S  V  A  K  T  R  L  Q  V  L  K  C  A  R  L  I  I  G  T  T  L  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561
 F  G  L  T  P  L  N  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

cys_arch_P_aerophilum

Class I

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_cys_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  V  R  I  Y  N  T  A  T  R  Q  V  E  E  F  V  T  Y  V  P  K  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  G  Y  V  C  G  I  T  P  Y  D  H  V  H  V  G  H  G  R  V  Y  V  F  F 
 R  G  Y  V  .  G  I  T  P  Y  D  H  V  H  V  G  H  G  R  V  Y  V  F  F 
CGCGGCTATGTA---GGCATAACGCCATACGACCACGTCCACGTAGGCCACGGGAGGGTGTACGTCTTTTTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  M  F  R  R  Y  L  E  A  R  G  Y  E  V  R  L  V  I  N  F  T  D  I  D 
 D  M  F  R  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  L  V  I  N  F  T  D  I  D 
GACATGTTTAGGCGCTAC------------------------CGATTAGTGATAAACTTTACGGATATAGAT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  K  I  I  N  K  A  R  E  E  F  G  H  D  A  Y  K  R  W  K  E  V  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E 
---------------------------------------------------------------------GAG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  Y  I  A  E  F  F  E  M  S  N  K  L  F  I  K  P  A  H  A  Y  P  R  V 
 R  Y  I  A  E  F  F  E  M  S  N  K  L  .  .  .  .  .  H  A  Y  P  R  V 
AGATATATAGCAGAATTCTTCGAAATGTCCAATAAGCTC---------------CATGCATATCCCAGAGTT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  E  N  V  N  E  M  V  A  W  I  S  T  L  V  E  K  G  Y  A  Y  V  A  P 
 T  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACAGAG------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  G  S  V  Y  F  E  V  G  K  V  P  N  Y  G  V  L  S  R  Q  K  I  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  I  A  G  A  R  V  E  P  E  P  G  K  K  N  P  L  D  F  A  L  W  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 W  T  P  G  E  P  W  W  N  S  P  W  C  P  G  R  P  G  W  H  L  E  C  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  L  E  C  V 
---------------------------------------------------GGGTGGCATTTAGAGTGCGTC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  M  S  T  K  Y  L  G  A  P  F  D  F  H  G  G  G  A  D  L  I  F  P  H 
 V  M  S  T  -  -  -  -  -  -  -  -  F  H  G  G  G  A  D  L  I  F  P  H 
GTAATGTCGACG------------------------TTCCACGGCGGTGGGGCGGATTTGATATTCCCCCAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  E  N  E  I  A  I  A  K  A  Y  Y  G  L  D  N  F  A  K  Y  W  I  H  V 
 .  E  N  E  I  A  I  A  K  A  Y  -  -  -  -  -  -  A  .  Y  W  I  H  V 
---GAGAACGAAATTGCAATAGCCAAGGCGTAT------------------GCA---TACTGGATACACGTG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  Y  L  T  V  R  G  E  K  M  S  K  S  L  G  N  V  I  T  L  R  E  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------AAAATGTCCAAGTCT---------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  K  Y  S  G  E  A  L  R  L  A  Y  A  M  S  H  Y  R  K  P  M  E  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  E  L  L  D  Q  A  E  E  M  V  K  T  L  Y  T  A  Y  D  E  L  S  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  A  D  A  S  D  E  D  K  E  K  L  E  Y  G  K  Y  I  E  S  F  Y  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  E  D  D  F  S  T  P  Q  A  A  Q  Q  L  Y  G  L  A  R  Y  I  I  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  L  H  R  I  D  K  A  S  R  Q  T  A  I  D  V  L  T  Q  Y  V  K  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  I  L  G  V  L  E  R  R  E  I  P  K  E  V  E  E  V  I  K  A  V  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  R  A  R  L  R  R  E  K  M  Y  Q  L  A  D  Y  L  R  E  R  L  A  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474
 G  V  E  L  H  D  F  G  Q  R  T  Y  Y  T  Y  K  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

cys_arch_P_delaneyi

Class I

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_cys_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  Q  S  F  S  M  I  K  W  S  G  K  P  T  I  R  V  R  N  T  M  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  L  E  E  F  K  P  L  K  P  G  I  V  R  M  Y  V  C  G  P  T  V  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  M  Y  V  .  G  P  T  V  Y  D 
---------------------------------------CGCATGTACGTA---GGTCCTACAGTTTACGAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  T  H  I  G  H  A  R  T  Y  V  A  F  D  A  I  K  R  Y  L  V  L  R  G 
 Y  T  H  I  G  H  A  R  T  Y  V  A  F  D  A  I  K  R  Y  -  -  -  -  - 
TACACACACATTGGGCACGCGAGAACATATGTGGCCTTCGATGCCATAAAACGGTAT---------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  H  V  I  H  V  Q  N  I  T  D  I  D  D  K  I  I  N  R  A  Q  R  E  N 
 -  -  -  I  H  V  Q  N  I  T  D  I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------ATACACGTGCAGAACATAACAGACATAGAT---------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  D  W  R  E  I  V  D  E  Y  S  R  D  Y  F  D  M  L  K  K  L  N  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  D  E  Y  S  R  D  Y  F  D  M  L  K  K  L  .  .  . 
---------------------GACGAGTATAGCCGCGACTACTTCGACATGCTGAAGAAGCTC---------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  H  I  H  P  R  V  T  E  H  I  K  E  I  I  D  F  I  Q  G  L  I  D  K 
 .  H  I  H  P  R  V  T  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CACATACACCCGCGCGTAACAGAA---------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  Y  A  Y  V  A  P  S  G  S  V  Y  F  N  V  D  A  Y  P  E  Y  G  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  G  R  F  H  P  E  D  W  R  Q  E  E  D  V  L  R  E  K  K  N  P  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  A  L  W  K  A  W  K  P  G  E  P  Y  W  E  A  P  W  G  R  G  R  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G 
---------------------------------------------------------------------GGC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 W  H  I  E  C  S  V  M  S  S  R  Y  L  G  E  Q  F  D  I  H  G  G  G  Q 
 W  H  I  E  C  S  V  M  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  G  G  G  Q 
TGGCACATAGAGTGCAGCGTGATGTCTTCG------------------------ATTCACGGCGGAGGCCAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  L  I  F  P  H  H  E  N  E  K  A  Q  S  E  A  Y  F  S  K  K  P  W  V 
 D  L  I  F  P  H  .  E  N  E  K  A  Q  S  E  A  Y  -  -  -  -  -  -  V 
GACCTAATATTTCCACAT---GAGAACGAAAAGGCACAGAGCGAGGCCTAC------------------GTC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  Y  W  L  H  T  G  Y  L  T  I  R  G  E  K  M  S  K  S  L  G  N  I  I 
 .  Y  W  L  H  T  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  - 
---TACTGGCTCCATACC------------------------AAAATGAGCAAAAGC---------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  F  R  E  A  A  K  K  W  N  P  S  V  L  R  M  W  L  L  S  A  H  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  Q  L  D  F  S  E  E  S  L  A  Q  A  E  A  N  L  R  R  I  R  G  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  E  L  A  R  M  L  E  R  A  T  P  E  G  R  I  S  D  D  E  L  K  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  D  T  S  H  A  Y  L  E  F  H  E  A  M  S  N  D  F  N  T  A  A  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  S  I  L  K  L  T  R  L  V  N  S  T  I  I  P  G  E  Y  Y  T  A  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  A  L  R  L  Y  E  E  F  N  S  V  F  S  V  I  D  D  V  L  Y  G  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  P  G  G  E  T  V  E  K  L  I  E  L  I  V  S  V  R  Q  E  L  R  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  I  Y  D  I  A  D  S  I  R  S  E  L  S  Q  L  G  I  R  L  Y  D  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489
 G  G  K  T  T  W  R  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

cys_arch_P_horikoshii

Class I

Archaea/Pyrococcus horikoshii/amino acid sequences/Phorikoshii_cys_aa

Archaea/Pyrococcus horikoshii/nucleotide sequences/Phorikoshii_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  L  R  I  Y  N  T  L  T  K  Q  K  E  E  F  K  P  I  N  E  G  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  M  Y  V  C  G  P  T  V  Y  D  Y  P  H  L  G  H  A  R  T  Y  I  A  F 
 R  M  Y  V  .  G  P  T  V  Y  D  Y  P  H  L  G  H  A  R  T  Y  I  A  F 
TTCTCTAATTTT---TGCAAGCTCAAACTTCCTCTCCTTTCTAAGCTCGGCCCTAACTTGAATTAAAAGCTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  V  I  R  R  Y  L  E  H  K  G  Y  S  V  L  M  V  M  N  F  T  D  I  D 
 D  V  I  R  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  M  V  M  N  F  T  D  I  D 
TATAAGCTTCTCTTCTTC------------------------TTCCTCAAAGATCCCGAAAATTTCTCCAAC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  K  I  I  R  R  A  K  E  T  G  E  D  P  A  K  L  A  E  K  F  I  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  K  F  I  K  V 
------------------------------------------------------TTCCGTTATATATTTGTT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  L  E  D  M  K  A  L  K  V  K  P  A  D  I  Y  P  R  V  T  E  H  I  E 
 F  L  E  D  M  K  A  L  .  .  .  .  .  D  I  Y  P  R  V  T  E  -  -  - 
TATTGCATTGCTAACCTCAAATAC---------------CGCTGTATTAAAATCATCATCCAT---------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  I  I  Q  F  I  E  R  L  K  E  K  G  Y  A  Y  E  G  S  D  G  V  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  V  Q  K  F  K  E  Y  G  K  L  S  G  V  K  L  E  E  L  R  K  G  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  E  P  G  E  G  K  K  N  P  E  D  F  A  L  W  K  K  A  K  P  G  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  W  E  S  P  W  G  E  G  R  P  G  W  H  I  E  C  S  V  M  S  S  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  S  V  M  S  S  -  - 
---------------------------------GAAATTACCCAAGCTCTTACTCATCTTCTCCCC------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  G  E  S  F  D  I  H  G  G  G  N  D  L  I  F  P  H  H  E  N  E  I  A 
 -  -  -  -  -  -  I  H  G  G  G  N  D  L  I  F  P  H  .  E  N  E  I  A 
------------------AAGCCAATAATGGACCCATTCGTGACCAAAGCAGGC---GCTCTGGGCTATCTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Q  S  E  A  C  F  G  H  E  W  V  H  Y  W  L  H  T  G  F  V  M  V  K  G 
 Q  S  E  A  C  -  -  -  -  -  V  .  Y  W  L  H  T  -  -  -  -  -  -  - 
ATTCTCATGGTGAGG---------------TCC---ACCATGTATATCAAA---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  K  M  S  K  S  L  G  N  F  V  T  V  R  E  L  L  Q  R  Y  S  P  E  V 
 -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CATAACTGAACACTC------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  R  F  F  V  L  Q  K  H  Y  R  S  P  L  D  Y  S  E  E  G  L  Q  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  N  N  L  E  R  L  Y  N  T  L  E  N  I  R  I  A  M  E  N  A  E  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  T  W  D  E  N  D  F  K  A  Y  N  S  I  K  E  A  R  R  K  F  Y  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 M  D  D  D  F  N  T  A  E  A  L  K  A  V  F  E  V  S  N  A  I  N  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  T  E  A  E  K  P  K  E  S  V  L  R  K  A  W  E  F  F  R  T  V  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  F  G  I  F  E  E  Y  F  K  E  E  K  A  K  E  E  E  K  L  I  E  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  Q  V  R  A  E  L  R  K  E  R  K  F  E  L  A  D  K  I  R  E  E  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476
 K  L  G  I  Q  L  E  D  K  G  K  E  T  I  W  K  R  I  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

cys_arch_P_occultum

Class I

Archaea/Pyrodictium occultum/amino acid sequences/Poccultum_cys_aa

Archaea/Pyrodictium occultum/nucleotide sequences/Poccultum_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  Q  R  L  E  V  F  E  P  L  E  P  G  I  V  R  M  Y  V  C  G  P  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  M  Y  V  .  G  P  T 
------------------------------------------------GTCGTAGAGCCT---CCCCAGCCG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  Y  D  Y  T  H  L  G  H  A  R  T  Y  V  A  F  D  A  I  K  R  Y  L  A 
 V  Y  D  Y  T  H  L  G  H  A  R  T  Y  V  A  F  D  A  I  K  R  Y  -  - 
CGCTAGCTCCGATCTTATGGAGTCTGCCAGGTCGAATAGCCTTCTCTTCCTCAGCTCCTGGCGCAC------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  R  G  Y  S  V  I  H  V  Q  N  I  T  D  I  D  D  K  I  I  D  R  A  R 
 -  -  -  -  -  -  I  H  V  Q  N  I  T  D  I  D  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------CTCAGTCATCTCTGCCGCCGGCGCCCCGGC------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  E  G  R  D  W  R  E  I  V  D  T  Y  S  R  D  Y  F  E  M  L  Q  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  Y  S  R  D  Y  F  E  M  L  Q  K  L 
------------------------------GCGGAGGGCGAGAAGCCCTGCCGTGTAGTACTCGCCGGGTAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  I  S  V  H  I  H  P  R  V  T  D  H  I  K  E  I  I  E  F  I  Q  G  L 
 .  .  .  .  H  I  H  P  R  V  T  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GGTTATCCTGGTCAGCTTTAGGAC------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  D  K  G  Y  A  Y  V  A  P  S  G  S  V  Y  F  D  V  D  A  F  P  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  E  L  S  G  R  F  H  P  E  E  W  R  Q  E  E  D  V  L  R  E  K  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  Y  D  F  A  L  W  K  A  W  K  P  G  E  P  Y  W  E  A  P  W  G  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  P  G  W  H  I  E  C  S  V  M  S  S  K  Y  L  G  E  Q  F  D  I  H  G 
 -  -  G  W  H  I  E  C  S  V  M  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  G 
------GCTCGGGCTCCACTTCTTCGAGGCCTCCCGGAA------------------------GCTCATCTT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  G  Q  D  L  V  F  P  H  H  E  N  E  R  A  Q  S  E  A  F  F  G  K  K 
 G  G  Q  D  L  V  F  P  H  .  E  N  E  R  A  Q  S  E  A  F  -  -  -  - 
CTCCCCGCGTATGGTTAGGTAGCCCGT---GAGCCAGTAGCGTACCCAGGGCTTCTTCCC------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  W  V  R  Y  W  L  H  T  G  Y  L  T  I  R  G  E  K  M  S  K  S  L  G 
 -  -  V  .  Y  W  L  H  T  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  - 
------GGC---CTCGTTCTCGTGGTG------------------------GCCGTGGATATCGAA------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 N  I  I  P  F  R  E  A  S  K  K  W  S  P  S  V  L  R  L  W  L  L  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  Y  R  T  Q  L  D  F  S  E  G  A  L  E  Q  A  E  A  N  L  R  R  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  A  V  S  D  L  A  R  M  L  R  E  A  E  P  R  G  R  L  S  D  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  A  L  G  E  V  V  D  A  Y  Y  G  F  H  E  A  M  S  D  D  F  N  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  A  L  A  A  V  L  K  L  T  R  I  T  N  S  T  L  I  P  G  E  Y  Y  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  G  L  L  A  L  R  V  Y  E  E  F  N  T  V  F  A  V  L  D  D  V  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  A  G  A  P  A  A  E  M  T  E  K  L  V  E  I  I  V  S  V  R  Q  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  K  R  R  L  F  D  L  A  D  S  I  R  S  E  L  A  R  L  G  I  R  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472
 D  H  P  G  G  K  T  T  W  R  I  E  R  M  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

cys_bact_R_marinus

Class I

Archaea/Rhodothermus marinus/amino acid sequences/Rmarinus_cys_aa

Archaea/Rhodothermus marinus/nucleotide sequences/Rmarinus_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  G  S  S  K  T  L  R  L  Y  N  T  L  T  R  S  I  E  P  I  Y  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  R  N  R  L  R  L  Y  A  C  G  P  T  V  Y  T  Y  A  H  I  G  N  F  R 
 -  -  -  -  -  R  L  Y  A  .  G  P  T  V  Y  T  Y  A  H  I  G  N  F  R 
---------------CGGCTGTATGCC---GGGCCCACGGTCTACACGTACGCCCACATCGGCAACTTTCGA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  F  L  T  A  D  L  I  V  R  V  A  Q  A  L  G  W  Q  T  V  Y  V  C  N 
 S  F  L  T  A  D  L  I  V  R  V  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  V  C  . 
AGCTTTCTGACGGCCGACCTGATCGTACGCGTG------------------------GTCTACGTCTGC---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  T  D  V  G  H  L  T  V  D  D  Y  A  D  A  S  G  E  D  K  L  E  R  A 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  R  S  E  E  G  R  R  F  P  N  I  W  D  L  A  R  Y  Y  T  Q  A  F  L 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  I  W  D  L  A  R  Y  Y  T  Q  A  F  L 
---------------------------------ATCTGGGACCTGGCCCGCTATTACACGCAGGCCTTTCTG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  D  W  Q  A  L  K  L  I  E  P  D  V  R  P  R  A  T  E  H  I  R  Q  Q 
 E  D  W  Q  A  L  .  .  .  .  .  D  V  R  P  R  A  T  E  -  -  -  -  - 
GAGGACTGGCAGGCGCTC---------------GACGTCCGCCCCCGGGCCACCGAG---------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  L  A  I  E  Q  L  V  K  T  G  H  A  Y  E  T  R  Q  G  V  Y  F  H  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  S  F  P  D  Y  G  K  L  S  G  N  R  D  P  E  Q  L  A  R  A  V  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  V  Q  D  P  E  K  R  D  P  R  D  F  A  L  W  K  K  D  E  K  H  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  W  Y  S  P  W  G  W  G  F  P  G  W  H  I  E  C  S  V  M  S  M  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  S  V  M  S  M  -  - 
---------------------------------GGCTGGCACATCGAATGCTCGGTCATGTCCATG------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  G  E  T  F  D  L  H  L  G  G  E  D  L  I  F  P  H  H  E  C  E  I  A 
 -  -  -  -  -  -  L  H  L  G  G  E  D  L  I  F  P  H  .  E  C  E  I  A 
------------------CTGCACCTGGGCGGCGAAGACCTGATCTTTCCCCAT---GAATGCGAGATTGCG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Q  A  E  S  L  T  G  K  P  L  A  R  Y  W  V  H  T  R  F  L  L  V  E  G 
 Q  A  E  S  L  -  -  -  -  -  A  .  Y  W  V  H  T  -  -  -  -  -  -  - 
CAGGCCGAAAGCCTC---------------GCC---TACTGGGTGCATACC---------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  K  M  S  K  S  K  G  N  F  F  T  V  R  E  L  I  L  P  P  E  A  G  G 
 -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AAGATGTCCAAGTCG------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  G  I  D  P  M  A  L  R  Y  A  L  I  S  G  K  Y  R  E  P  L  N  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  K  H  L  A  D  S  V  R  I  V  R  R  Y  Q  E  A  A  Q  R  V  E  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  Q  G  D  R  S  G  P  D  R  L  G  D  R  L  S  T  I  Y  D  G  T  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  L  C  D  D  L  N  T  P  V  A  L  A  T  A  L  E  G  V  K  L  I  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  G  D  Q  L  N  R  A  S  A  E  S  A  Q  R  W  L  Q  Q  I  D  A  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  F  V  Y  P  P  K  R  P  C  S  H  L  R  P  E  T  D  P  F  V  E  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  R  L  L  A  E  R  D  A  A  R  R  A  R  D  F  A  R  A  D  A  I  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Q  L  L  Q  M  G  I  E  V  M  D  T  P  E  G  T  R  W  R  R  K  V  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

cys_arch_S_acidocaldarius

Class I

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/amino acid sequences/Sacidocaldarius_cys_aa

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/nucleotide sequences/Sacidocaldarius_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  L  Y  N  T  L  G  R  R  I  E  T  F  E  S  F  D  P  L  T  V  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M 
------------------------------------------------------------------AAAATG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  V  C  G  P  T  V  Y  D  Y  V  H  I  G  H  G  R  A  F  V  G  F  D  G 
 Y  V  .  G  P  T  V  Y  D  Y  V  H  I  G  H  G  R  A  F  V  G  F  D  G 
TATGTT---GGTCCTACGGTTTATGACTATGTTCATATAGGTCATGGTAGAGCATTTGTGGGTTTCGATGGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  V  R  Y  L  K  L  R  G  F  N  V  I  R  V  Q  N  I  T  D  I  D  D  K 
 I  V  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  V  Q  N  I  T  D  I  D  -  - 
ATAGTGAGATAC------------------------ATAAGAGTTCAAAACATTACCGATATAGAC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  I  K  R  A  N  E  T  G  K  D  W  R  E  I  V  D  Y  Y  T  K  D  Y  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  Y  Y  T  K  D  Y  M 
------------------------------------------------GATTATTACACAAAGGACTACATG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  S  L  K  A  L  K  V  E  I  D  Q  H  P  R  V  T  S  H  I  Q  E  I  I 
 E  S  L  K  A  L  .  .  .  .  D  Q  H  P  R  V  T  S  -  -  -  -  -  - 
GAGTCGCTTAAAGCTTTG------------GATCAACATCCTAGAGTAACCAGT------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  F  V  Q  K  L  V  D  K  G  H  A  Y  T  T  S  S  G  S  V  Y  F  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  S  F  P  S  Y  G  L  L  S  G  S  K  K  E  E  W  N  Q  G  E  E  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  E  K  K  N  P  Y  D  F  A  L  W  K  A  W  K  P  G  E  P  Y  W  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  W  G  K  G  R  P  G  W  H  I  E  C  S  T  M  S  T  R  Y  L  G  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  S  T  M  S  T  -  -  -  -  -  - 
---------------------GGCTGGCATATTGAATGCTCCACAATGTCAACT------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  D  I  H  G  G  G  V  D  L  V  F  P  H  H  E  N  E  R  A  Q  S  E  A 
 -  -  I  H  G  G  G  V  D  L  V  F  P  H  .  E  N  E  R  A  Q  S  E  A 
------ATCCACGGTGGAGGTGTGGATCTAGTCTTTCCTCAC---GAGAATGAAAGGGCACAGAGTGAGGCT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  L  G  K  T  W  V  K  Y  W  V  H  V  A  Y  L  T  I  N  K  E  K  M  S 
 L  -  -  -  -  -  V  .  Y  W  V  H  V  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S 
CTA---------------GTT---TACTGGGTTCATGTA------------------------AAGATGAGT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  S  L  G  N  I  I  P  L  N  E  A  L  K  K  W  G  P  S  V  L  R  F  W 
 K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAGTCG------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  L  S  T  K  Y  R  N  S  I  D  Y  S  E  Q  T  L  E  Q  A  R  S  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  R  L  K  D  A  M  G  I  I  R  S  V  I  K  E  E  P  K  S  H  S  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  E  I  S  T  Q  R  E  I  I  S  L  I  G  K  F  H  E  A  M  S  N  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  T  A  T  A  L  S  N  I  Y  E  I  A  N  L  V  F  T  K  I  Q  Y  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  F  M  G  A  M  L  A  F  G  A  F  R  Q  F  N  Y  V  F  G  V  M  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  F  N  P  S  Y  E  V  M  Y  K  V  I  D  S  V  V  E  I  R  N  I  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  M  K  M  Y  D  L  S  D  E  I  R  S  V  L  A  N  A  G  I  K  I  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466
 G  K  E  K  S  T  W  R  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

cys_arch_S_marinus

Class I

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_cys_aa

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Y  G  I  K  I  Y  N  T  L  T  R  K  I  E  E  F  K  P  V  S  P  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  K  M  Y  V  C  G  P  T  V  Y  D  Y  N  H  I  G  H  G  R  V  Y  V  V 
 -  K  M  Y  V  .  G  P  T  V  Y  D  Y  N  H  I  G  H  G  R  V  Y  V  V 
---TATACGGTCAGC---ATCATATAGTTTTCTTTCACGAAGCTCCCTTCTAATATCTACAACTATATTGAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  D  A  L  K  R  Y  L  A  L  R  G  Y  H  V  L  H  V  M  N  I  T  D  I 
 Y  D  A  L  K  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  H  V  M  N  I  T  D  I 
CACATTATCTAGGAGGGTTTC------------------------ATATTTATCTAGAACTCCCAGTACTGT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  D  K  I  I  N  R  A  H  Q  E  K  R  D  W  R  E  I  A  E  T  Y  T  R 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  T  Y  T  R 
ATT------------------------------------------------------TTGTATCTCCTTAAA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  Y  L  E  S  L  G  K  L  N  V  K  V  D  L  H  P  R  V  T  E  H  I  K 
 D  Y  L  E  S  L  G  K  L  .  .  .  .  D  L  H  P  R  V  T  E  -  -  - 
CACTAGAGTCATAAACTCGCTTATCAC------------CGGTGTGTTGAAATCATTCGATAA---------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  I  I  E  F  I  Q  I  L  I  D  K  G  Y  A  Y  V  A  P  S  G  S  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  E  V  D  K  Y  P  E  Y  G  E  L  S  G  R  T  N  K  E  L  W  S  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  E  F  I  S  E  K  K  K  P  Y  D  F  A  L  W  K  A  W  K  P  G  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 H  W  D  A  P  W  G  K  G  R  P  G  W  H  I  E  C  S  V  M  S  S  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  S  V  M  S  S  -  - 
---------------------------------AATGTTTCCCAAGCTCTTACTCATCTTCTCACT------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  G  R  Q  F  D  I  H  G  G  G  T  D  L  I  F  P  H  H  E  N  E  R  A 
 -  -  -  -  -  -  I  H  G  G  G  T  D  L  I  F  P  H  .  E  N  E  R  A 
------------------AACCCAGTACTTCACCCAAGGCTTCACACCAAATGC---TTCACTTTGTGCTCT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Q  S  E  A  A  F  G  V  K  P  W  V  K  Y  W  V  H  T  G  M  V  M  M  G 
 Q  S  E  A  A  -  -  -  -  -  -  V  .  Y  W  V  H  T  -  -  -  -  -  - 
CTCATTCTCATGGTG------------------TCC---ACCATGAATATCGAA------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  E  K  M  S  K  S  L  G  N  I  I  P  L  R  E  A  F  K  E  W  G  P  E 
 -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CATAACGCTACATTC---------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  L  R  L  W  Y  L  T  S  H  Y  R  R  P  L  V  F  T  E  E  S  I  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  Q  K  Y  Y  E  R  L  V  S  V  T  N  T  I  K  K  L  S  R  E  A  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  H  R  M  N  D  E  D  L  K  I  L  E  K  L  L  E  I  R  S  R  F  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  L  S  N  D  F  N  T  P  Q  A  L  A  V  I  S  E  F  M  T  L  V  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  I  Q  Y  N  P  K  Y  M  L  V  L  T  A  Y  K  L  L  R  E  F  N  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  G  V  L  D  K  Y  L  V  E  T  P  E  E  L  E  T  L  L  D  N  V  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  V  V  D  I  R  R  E  L  R  E  R  K  L  Y  D  L  A  D  R  I  R  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477
 L  G  K  H  G  I  I  L  M  D  R  G  K  E  T  T  W  M  R  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

cys_arch_T_acidophilum

Class I

Archaea/Thermoplasma acidophilum/amino acid sequences/Tacidophilum_cys_aa

Archaea/Thermoplasma acidophilum/nucleotide sequences/Tacidophilum_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  F  Y  N  T  L  T  R  D  V  D  E  F  K  E  M  N  S  G  R  I  N  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  M 
------------------------------------------------------------------TATTCG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  V  C  G  P  T  V  Q  D  H  F  H  I  G  H  A  R  T  Y  I  F  F  D  A 
 F  V  .  G  P  T  V  Q  D  H  F  H  I  G  H  A  R  T  Y  I  F  F  D  A 
ATCAGC---CTGGAATTTCCTCTCTGTCCTGAGATTCTTTCTCAGATCCAATAGATCATCTATTATGCCGGA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  A  K  L  L  R  N  L  G  Y  S  V  F  Y  L  Q  N  I  T  D  I  D  D  K 
 V  A  K  L  -  -  -  -  -  -  -  -  F  Y  L  Q  N  I  T  D  I  D  -  - 
GAGGCGGGCAGT------------------------GCTGTCAACCCATCTGAAAACATCAATCGC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  I  N  K  A  R  E  M  N  I  Q  P  Q  D  V  A  D  M  Y  L  R  E  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  M  Y  L  R  E  F  L 
------------------------------------------------AAAATCGATAAGGTCTCTGAATAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  D  M  S  A  L  K  V  T  S  V  N  Y  F  A  K  S  T  L  Y  I  N  E  I 
 E  D  M  S  A  L  .  .  .  .  .  N  Y  F  A  K  S  T  L  -  -  -  -  - 
CGACCTGAAATCGAAGTC---------------CACCATTCTTTTGATAACGGCAGA---------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  S  Q  I  S  R  L  I  E  K  G  Y  A  Y  E  T  S  D  G  V  Y  F  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  K  F  A  D  Y  G  Q  L  S  N  Q  S  L  D  Q  I  I  H  G  Y  R  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  N  E  N  K  R  N  P  E  D  F  V  L  W  K  K  R  K  P  G  E  P  Y  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  S  P  W  G  P  G  R  P  G  W  H  I  E  D  T  A  I  T  E  T  Y  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  D  T  A  I  T  E  -  -  -  - 
---------------------------GTAATGCGATAGGTATTTTCTACCACTTATGGC------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  E  Y  D  I  H  G  G  G  S  D  L  I  F  P  H  H  E  A  E  I  A  Q  M 
 -  -  -  -  I  H  G  G  G  S  D  L  I  F  P  H  .  E  A  E  I  A  Q  M 
------------GTGATGCGGGAAGATCAGATCCGATCCTCCGCCATG---GTCGTATTCTGGCCCGAAATA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  A  I  S  G  R  K  Y  L  S  H  Y  W  I  H  T  G  M  I  N  V  N  N  E 
 R  A  I  -  -  -  -  -  -  S  .  Y  W  I  H  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGTCTCTGT------------------ATG---GCCAGGCCTTCCCGG------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  M  S  K  S  L  K  N  F  V  T  I  R  E  V  L  K  E  Y  R  P  E  D  L 
 K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCTCCTGGCTTTCT---------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  Y  A  L  L  N  A  N  Y  R  T  Q  L  D  F  S  K  G  L  L  E  E  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  Q  V  E  Y  L  N  S  T  F  R  K  L  V  N  A  S  G  N  S  D  L  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  P  S  A  V  I  K  R  M  V  D  E  A  T  N  D  F  D  F  R  S  V  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  L  I  D  F  A  G  D  L  N  K  N  I  E  S  I  S  R  P  A  A  Q  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  D  V  F  R  W  V  D  S  F  A  G  I  L  L  P  E  T  A  R  L  S  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  D  D  L  L  D  L  R  K  N  L  R  T  E  R  K  F  Q  E  A  D  R  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452
 D  L  L  L  K  N  G  I  H  V  E  D  R  G  D  E  T  I  W  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

cys_arch_A_fulgidus

Class I

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/amino acid sequences/cys_Arc_A_fulgidus

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/nucleotide sequences/Afulgidus_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  V  Y  N  T  L  S  R  K  I  E  K  L  E  D  I  V  D  G  K  R  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
---------------------------------------------------------------------AAG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 M  Y  V  C  G  I  T  A  Y  D  Y  S  H  I  G  H  A  R  S  A  V  F  F  D 
 M  Y  V  .  G  I  T  A  Y  D  Y  S  H  I  G  H  A  R  S  A  V  F  F  D 
ATGTACGTT---GGTATCACAGCTTACGATTACTCCCACATCGGCCACGCGAGGAGTGCCGTGTTTTTCGAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  F  R  R  Y  L  E  Y  L  G  Y  E  V  V  Y  V  Q  N  F  T  D  V  D  D 
 V  F  R  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  V  Q  N  F  T  D  V  D  - 
GTTTTCAGGAGGTAT------------------------GTATATGTTCAGAACTTCACGGATGTGGAT---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  I  I  N  R  A  V  K  E  G  K  T  Q  K  E  V  A  E  K  F  I  E  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  K  F  I  E  E  Y 
---------------------------------------------------GAAAAGTTCATTGAGGAATAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  K  D  M  E  A  L  N  V  K  K  P  T  Y  Q  P  K  V  T  E  H  I  P  D 
 L  K  D  M  E  A  L  .  .  .  .  .  T  Y  Q  P  K  V  T  E  -  -  -  - 
CTGAAGGACATGGAGGCTTTA---------------ACGTATCAGCCTAAGGTTACGGAG------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  I  E  F  I  Q  N  L  I  E  K  G  Y  A  Y  V  I  D  G  D  V  Y  F  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  P  A  F  E  H  Y  G  E  L  S  K  Q  S  L  E  E  L  N  R  H  R  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  D  E  R  K  R  D  V  K  D  F  A  L  W  K  S  A  K  E  A  D  L  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  A  V  F  D  S  P  W  G  R  G  R  P  G  W  H  I  E  C  S  V  M  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  S  V  M  S  A 
---------------------------------------GGGTGGCACATAGAGTGCAGCGTCATGTCGGCC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  Y  L  G  V  P  F  D  I  H  G  G  G  K  D  L  I  F  P  H  H  E  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  G  G  G  K  D  L  I  F  P  H  .  E  N  E 
------------------------ATCCACGGCGGGGGGAAGGACTTGATATTCCCCCAC---GAAAACGAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  A  Q  S  F  A  R  F  G  V  E  P  V  K  I  W  V  H  N  D  F  I  R  I 
 R  A  Q  S  F  A  R  -  -  -  -  -  V  .  I  W  V  H  N  -  -  -  -  - 
AGGGCTCAGAGCTTTGCGAGA---------------GTT---ATCTGGGTGCACAAC---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  G  E  K  M  S  K  S  L  G  N  I  V  R  I  R  D  V  L  Q  R  Y  E  G 
 -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------AAGATGAGCAAAAGC------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  V  L  R  Y  F  L  L  T  A  H  Y  R  S  P  L  D  Y  T  E  E  A  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  A  K  R  A  Y  E  Y  L  R  S  A  L  I  N  L  D  M  E  I  A  Y  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  F  G  D  R  K  E  G  K  Q  V  D  V  E  D  Y  I  R  R  F  E  E  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  R  D  L  H  T  P  D  A  I  A  V  L  H  E  F  A  G  L  I  N  K  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  E  L  S  L  N  Q  A  E  E  L  Y  E  A  F  K  R  L  C  G  V  L  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  E  K  M  E  R  V  P  A  L  S  R  E  D  A  E  K  V  V  E  R  E  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  K  E  R  N  F  E  L  A  D  A  I  R  D  E  F  A  K  R  G  I  R  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467
 D  T  P  K  G  T  R  W  R  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

cys_arch_Halobacterium

Class I

Archaea/Halobacterium sp./amino acid sequences/Halobacterium_cys_aa

Archaea/Halobacterium sp./nucleotide sequences/Halobacterium_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  L  Y  V  S  N  T  L  S  G  E  R  E  P  F  E  P  L  D  P  D  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  V  Y  T  C  G  L  T  V  S  D  D  A  H  L  G  H  A  R  L  W  V  Q  S 
 L  V  Y  T  .  G  L  T  V  S  D  D  A  H  L  G  H  A  R  L  W  V  Q  S 
TTCGTCCGCTCG---GTAGTTTCCGGCGGTCCGCTCCTCCTCGCGGACCTCCAGGACCAGTTCCACCAGGTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  V  V  V  R  W  L  A  K  A  G  Y  D  V  R  H  V  Q  N  F  T  D  V  N 
 D  V  V  V  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  R  H  V  Q  N  F  T  D  V  N 
GTCCGCCAGCGTGACGTC------------------------GCGGAAGCCGAGGACGTCGCCACCGAATTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  K  I  V  A  R  T  G  E  D  D  L  G  D  S  E  A  A  V  A  R  H  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  H  Y  I 
------------------------------------------------------------GTGCCGGTTCAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  S  V  I  E  D  M  R  A  L  N  L  D  R  S  E  V  Y  P  R  V  S  E  H 
 E  S  V  I  E  D  M  R  A  L  .  .  .  .  .  E  V  Y  P  R  V  S  E  - 
TGCGGTGGCGAGTTCGAGCAGTGCGCTCAC---------------GAAGTCGTCGTTCATCGCGGCGGT---

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  P  E  I  I  D  L  V  E  T  L  I  E  E  G  Y  A  Y  E  T  D  G  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  F  D  V  T  T  F  E  D  Y  G  K  L  S  G  Q  K  V  D  E  V  E  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  P  E  H  E  Q  R  E  K  R  H  P  A  D  F  A  L  W  K  A  G  G  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  A  D  A  N  E  H  R  D  E  S  L  P  P  L  D  H  E  S  G  Q  T  W  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  P  W  G  E  G  R  P  G  W  H  I  E  C  S  A  M  S  M  T  H  L  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  S  A  M  S  M  -  -  -  -  - 
------------------------GAACGGTTCGCCGGCGGCCGCCTCGCTCTGGGC---------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  I  D  V  H  V  G  G  Q  D  L  V  F  P  H  H  E  N  E  I  A  Q  S  E 
 -  -  -  V  H  V  G  G  Q  D  L  V  F  P  H  .  E  N  E  I  A  Q  S  E 
---------GACGAGGTCCTGACCGCCGACGTGGACGTCGATGTG---GTCGAGGTGGGTCATGCTCATCGC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  A  A  G  E  P  F  A  K  Y  W  L  H  V  R  L  L  E  T  E  D  E  K  M 
 A  A  -  -  -  -  -  A  .  Y  W  L  H  V  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M 
GGAGCA---------------TGG---GCCCTCGCCCCAGGG------------------------GTGGTC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  S  S  L  G  N  Y  F  T  V  K  D  A  V  A  E  F  G  A  D  V  V  R  M 
 S  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGCGGCGG---------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  L  V  S  T  S  Y  T  Q  R  Q  T  F  S  E  A  T  V  S  E  A  E  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 W  E  R  L  E  R  A  Y  D  R  A  V  E  A  A  D  S  P  D  A  Y  A  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  D  E  D  L  R  A  A  V  E  S  A  R  E  S  F  T  A  A  M  N  D  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  S  R  A  A  V  S  A  L  L  E  L  A  T  A  V  N  R  H  A  D  A  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  F  D  Y  R  G  L  V  D  A  V  E  T  F  E  E  F  G  G  D  V  L  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  F  G  D  A  D  E  G  G  D  V  T  L  A  D  D  L  V  E  L  V  L  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  E  E  E  R  T  A  G  N  Y  E  R  A  D  E  L  R  D  H  L  E  T  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494
 V  T  V  E  D  T  D  D  G  V  S  F  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

cys_arch_M_hungatei

Class I

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_cys_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  L  Y  S  T  L  S  R  M  V  E  P  F  Q  T  L  Y  P  D  R  V  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  L 
------------------------------------------------------------------CATATC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  V  C  G  P  T  V  Y  N  Y  P  H  L  G  H  A  R  T  Y  V  V  F  D  V 
 F  V  .  G  P  T  V  Y  N  Y  P  H  L  G  H  A  R  T  Y  V  V  F  D  V 
AGCGAT---GAACTGTTTTGAGGCACGTAATTCTGCCCTGATATCCTGAAGGATACTGAGCGGAGCACTGGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  A  K  Y  L  R  W  T  G  Q  E  V  L  Y  I  Q  N  I  T  D  V  D  D  K 
 L  A  K  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  I  Q  N  I  T  D  V  D  -  - 
TTCGGGGAGGAA------------------------TTCAATTAACGCTTCGAGATCACCATGTGC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  I  N  R  A  Q  E  E  K  I  S  Q  K  D  L  A  R  K  F  E  R  E  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  K  F  E  R  E  Y  I 
------------------------------------------------AGCTGCGATAAATGCATCCCGTCC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  D  M  L  S  L  G  I  D  S  V  S  Y  H  A  R  A  T  T  H  I  P  E  I 
 K  D  M  L  S  L  .  .  .  S  -  -  Y  H  A  R  A  T  T  -  -  -  -  - 
TTCAGGATAGGGACCATT---------TGC------ACGGATGTGTTCCAGGGCTTT---------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  N  Q  I  E  R  L  V  G  I  G  V  G  Y  I  T  E  T  G  V  Y  F  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  S  F  P  R  N  G  E  L  S  G  Q  S  K  D  K  R  I  S  R  V  T  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  K  H  N  P  A  D  F  V  L  W  K  R  G  E  Y  G  E  Y  T  W  D  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 W  G  R  G  R  P  G  W  H  I  E  D  T  A  I  T  E  K  Y  F  G  Q  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  D  T  A  I  T  E  -  -  -  -  -  -  - 
------------------GATAAGATCCAGCCCGCCGCCATGGATATCATA---------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  I  H  G  G  G  L  D  L  I  F  P  H  H  E  A  E  I  A  Q  M  E  S  L 
 -  I  H  G  G  G  L  D  L  I  F  P  H  .  E  A  E  I  A  Q  M  E  S  L 
---AATGGCAGTATCCTCAATATGCCAGCCCGGACGGCC---TCCCCACGGAGAGTCCCAGGTATATTCACC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  G  K  H  P  M  V  R  Y  W  M  H  T  G  F  L  T  V  E  G  E  K  M  S 
 -  -  -  -  -  -  V  .  Y  W  M  H  T  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S 
------------------TAA---AAAATCTGCAGGATT------------------------GCTGATTCG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  S  L  G  N  F  I  K  I  Q  D  A  L  K  T  W  D  K  D  I  I  R  Y  F 
 K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTATC------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  L  L  S  H  Y  R  S  P  L  Q  V  S  E  E  G  L  L  N  A  K  K  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  H  I  R  A  I  A  I  T  D  N  G  P  Y  P  E  G  R  D  A  F  I  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 M  E  S  D  L  N  T  P  N  A  I  A  A  I  H  A  L  A  A  H  G  D  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  L  I  E  Y  G  E  I  L  G  I  R  F  L  P  E  T  S  A  P  L  S  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Q  D  I  R  A  E  L  R  A  S  K  Q  F  E  I  A  D  M  I  R  K  K  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423
 D  A  G  I  Q  V  T  D  P  P  L  K  P  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

cys_arch_N_equitans

Class I

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_cys_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  Y  L  Y  N  T  L  T  S  R  K  E  A  F  I  P  L  E  E  P  F  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
---------------------------------------------------------------------AAA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 M  Y  T  C  G  V  T  P  Y  D  K  A  H  V  G  H  L  R  T  Y  L  V  T  D 
 M  Y  T  .  G  V  T  P  Y  D  K  A  H  V  G  H  L  R  T  Y  L  V  T  D 
ATGTATACC---GGGGTTACTCCTTATGATAAAGCACATGTGGGACATTTAAGAACTTATTTAGTTACGGAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  L  R  R  I  L  R  F  L  G  Y  Y  D  I  A  V  T  N  F  T  D  I  D  D 
 L  L  R  R  I  -  -  -  -  -  -  -  -  I  A  V  T  N  F  T  D  I  D  - 
TTGTTAAGAAGAATA------------------------ATAGCAGTAACCAATTTTACAGATATAGAT---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  I  I  K  K  S  Q  E  L  N  K  D  W  K  E  I  V  E  E  N  I  K  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  E  N  I  K  Y  V 
---------------------------------------------------GAAGAAAACATTAAATATGTG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  D  V  L  K  E  L  K  V  L  P  F  Y  V  Y  P  R  V  T  Y  H  I  D  D 
 F  D  V  L  K  E  L  .  .  .  .  .  Y  V  Y  P  R  V  T  Y  -  -  -  - 
TTCGATGTTCTAAAAGAACTA---------------TACGTTTATCCAAGGGTTACTTAC------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  A  N  A  V  K  S  L  L  D  R  G  Y  A  Y  K  G  K  Y  S  I  Y  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  D  K  Y  P  Y  Y  G  Q  L  S  G  I  K  S  K  K  E  W  E  Q  E  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  L  E  D  K  K  N  P  Y  D  F  A  L  W  K  F  K  Q  P  G  E  P  Y  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  T  I  V  G  E  G  R  P  G  W  H  I  E  C  S  V  M  S  S  K  Y  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  S  V  M  S  S  -  -  -  - 
---------------------------GGTTGGCATATAGAATGTTCTGTTATGTCTTCC------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  R  F  D  I  H  L  G  G  S  D  L  I  F  P  H  H  E  N  E  I  A  Q  S 
 -  -  -  -  I  H  L  G  G  S  D  L  I  F  P  H  .  E  N  E  I  A  Q  S 
------------ATCCATTTGGGGGGAAGTGATTTGATATTTCCACAT---GAAAATGAAATAGCGCAAAGC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  T  L  Y  N  V  H  P  W  V  R  Y  W  V  H  I  G  M  V  Q  I  N  G  E 
 E  T  L  -  -  -  -  -  -  V  .  Y  W  V  H  I  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAACCTTA------------------GTT---TATTGGGTCCATATT------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  M  S  K  S  L  G  N  I  I  E  A  K  E  F  I  K  K  Y  K  P  E  F  V 
 K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAAATGTCTAAAAGT---------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  F  F  L  L  S  T  H  Y  R  K  P  L  D  I  S  E  E  N  I  E  Q  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  I  Y  K  K  L  T  D  A  Y  N  T  A  K  S  I  V  E  N  E  V  S  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  D  K  D  V  R  I  I  L  D  Y  Y  R  E  M  I  K  A  F  L  D  D  M  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  P  T  A  I  A  S  L  N  K  I  V  S  I  F  N  Q  N  P  E  Y  P  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  L  T  L  R  A  F  E  D  F  N  R  I  M  N  V  W  F  E  K  P  I  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  I  I  N  E  I  I  E  I  R  N  M  L  R  R  E  K  Q  Y  E  L  A  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  R  D  I  L  Q  K  K  G  I  K  I  K  D  Y  K  D  K  T  V  W  Y  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457
 I 
 - 
---

cys_bact_S_elongatus

Class I

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_cys_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  L  S  L  Y  N  T  L  T  R  Q  K  Q  R  F  E  P  L  Q  A  G  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  L  Y  C  C  G  V  T  V  Y  D  Y  C  H  L  G  H  A  R  S  Y  I  V  W 
 S  L  Y  C  .  G  V  T  V  Y  D  Y  C  H  L  G  H  A  R  S  Y  I  V  W 
GCGAATCCGATC---TTCCGCAAAATCTTTGGCTTGACGAGCTGCATGACGCTTGGCAATCCAGTCTTCGAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  T  L  R  R  Y  L  L  W  L  G  Y  R  V  R  Y  V  Q  N  F  T  D  I  D 
 D  T  L  R  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  Y  V  Q  N  F  T  D  I  D 
CGCGGCTTCATCGAGTTC------------------------AGCTTCTAGGCCCAGCACACCGGCGAGCTG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  K  I  L  R  R  S  R  Q  E  G  T  T  M  Q  A  I  A  D  R  Y  T  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  R  Y  T  Q  A 
------------------------------------------------------TTCGTGGATCAGGAGGTT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  F  E  D  M  A  R  L  N  I  L  E  A  D  D  Y  P  R  A  T  H  T  L  D 
 Y  F  E  D  M  A  R  L  .  .  .  .  .  D  D  Y  P  R  A  T  H  -  -  - 
TTGCTGGCGGCGCAATTCCTTGGC---------------AGCGAGGGCAGCAGGCGTATTGAG---------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  I  Q  R  L  I  A  E  L  E  D  K  G  F  A  Y  A  A  D  G  D  V  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  V  R  R  F  Q  D  Y  G  K  L  S  G  R  K  L  E  D  L  K  A  G  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  R  V  E  S  A  E  E  S  L  K  H  D  P  F  D  F  A  L  W  K  A  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  E  E  P  A  W  D  S  P  W  G  P  G  R  P  G  W  H  I  E  C  S  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  S  A  M 
---------------------------------------------GGACATTTTTTCGCCGCCAACATTGAC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  R  D  R  L  G  D  S  I  D  I  H  V  G  G  A  D  L  V  F  P  H  H  E 
 V  R  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  V  G  G  A  D  L  V  F  P  H  .  E 
CATGCC------------------------GGGGTGGCCGGTGACGGCTTCCGATTGGGCTATCTC---TTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  E  I  A  Q  S  E  A  V  T  G  H  P  L  A  R  Y  W  L  H  N  G  M  V 
 N  E  I  A  Q  S  E  A  V  -  -  -  -  -  A  .  Y  W  L  H  N  -  -  - 
ATGGTGCGGAAACACGAGATCAGCACC---------------AAT---GTCCCCAAGGCGATC---------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 N  V  G  G  E  K  M  S  K  S  L  G  N  F  T  T  I  R  Q  L  L  D  E  G 
 -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------ATGCCAGCCCGGACG------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  I  S  P  M  V  L  R  L  F  V  L  Q  A  N  Y  R  K  P  I  D  F  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  A  L  Q  A  C  Q  N  G  W  E  T  L  Q  E  G  L  H  F  G  E  H  W  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  R  L  G  W  T  E  S  V  T  V  D  P  D  L  S  D  R  F  R  M  A  M  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  D  L  N  T  P  A  A  L  A  V  L  F  E  L  A  K  E  L  R  R  Q  Q  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  L  I  H  E  G  H  L  D  G  D  A  Q  Q  L  H  Q  H  W  V  T  L  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  A  G  V  L  G  L  E  A  E  P  E  L  A  E  T  N  E  L  D  E  A  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  D  W  I  A  K  R  H  A  A  R  Q  A  K  D  F  A  E  A  D  R  I  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478
 Y  L  A  D  L  G  I  T  L  I  D  Q  A  G  G  I  T  R  W  S  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

cys_bact_T_maritima

Class I

Bacteria/Thermotoga maritima/amino acid sequences/Tmaritima_cys_aa

Bacteria/Thermotoga maritima/nucleotide sequences/Tmaritima_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  I  T  N  T  L  T  G  K  K  E  E  F  V  P  I  Q  P  G  V  V  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  M 
------------------------------------------------------------------AGGATG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  V  C  G  P  T  V  Y  D  L  I  H  V  G  N  A  R  P  A  L  V  F  D  V 
 Y  V  .  G  P  T  V  Y  D  L  I  H  V  G  N  A  R  P  A  L  V  F  D  V 
TACGTG---GGACCCACCGTGTACGATCTCATCCACGTGGGGAACGCGAGACCCGCGTTGGTATTCGATGTG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  R  R  Y  L  E  Y  R  G  Y  R  V  I  M  V  Q  N  F  T  D  I  D  D  K 
 F  R  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  I  M  V  Q  N  F  T  D  I  D  -  - 
TTCAGGAGGTAC------------------------ATAATGGTTCAGAATTTCACGGATATAGAC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  I  N  K  A  N  Q  L  G  V  D  Y  K  T  V  A  D  T  F  I  A  E  Y  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  F  I  A  E  Y  W 
------------------------------------------------GATACCTTCATAGCCGAGTACTGG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  D  A  H  A  L  G  I  R  P  A  N  F  H  P  R  T  T  D  F  V  E  D  I 
 R  D  A  H  A  L  .  .  .  .  .  N  F  H  P  R  T  T  D  -  -  -  -  - 
AGAGACGCACATGCGCTT---------------AATTTTCATCCAAGAACCACCGAT---------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  E  I  I  E  K  L  V  E  K  G  F  A  Y  Q  T  E  T  G  V  Y  F  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  K  F  E  K  Y  G  E  L  S  K  K  K  I  E  D  L  I  A  G  A  R  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  D  E  T  K  K  S  P  L  D  F  S  L  W  K  K  A  K  P  G  E  P  C  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  S  P  W  G  E  G  R  P  G  W  H  I  E  C  T  V  M  S  V  K  I  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  T  V  M  S  V  -  -  -  - 
---------------------------GGTTGGCACATAGAGTGTACGGTTATGTCCGTG------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  S  F  D  I  H  A  G  G  E  D  L  V  F  P  H  H  E  N  E  K  A  Q  A 
 -  -  -  -  I  H  A  G  G  E  D  L  V  F  P  H  .  E  N  E  K  A  Q  A 
------------ATACACGCGGGTGGAGAAGATCTCGTGTTTCCGCAC---GAGAACGAGAAGGCTCAGGCC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  A  L  T  G  K  V  F  A  R  Y  W  M  H  N  G  M  V  R  F  L  G  D  K 
 E  A  L  -  -  -  -  -  A  .  Y  W  M  H  N  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
GAAGCCCTG---------------GCG---TACTGGATGCACAAC------------------------AAG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 M  S  K  S  T  G  N  I  F  T  V  R  E  A  V  K  R  Y  G  R  D  G  L  R 
 M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGAGTAAATCG------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  M  I  L  S  K  H  Y  R  S  P  M  D  F  S  E  E  L  L  Q  D  Y  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  V  K  R  V  W  E  I  L  G  R  Y  E  K  S  G  D  I  G  I  P  K  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  V  Y  E  E  Y  V  N  R  F  V  E  A  L  D  D  D  F  N  T  P  V  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  L  I  F  E  L  A  R  N  L  S  K  A  M  D  D  N  D  R  E  D  A  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  Y  H  L  I  R  R  E  F  G  P  V  L  G  L  F  D  L  N  E  E  K  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  S  S  E  E  L  L  K  L  L  I  E  V  R  D  V  L  R  K  E  K  R  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  S  D  R  I  R  D  R  L  R  E  I  G  I  I  L  K  D  T  P  S  G  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460
 Y  T  V  E 
 -  -  -  - 
------------

cys_bact_T_thermophilus

Class I

Bacteria/Thermus thermophilus/amino acid sequences/Tthermophilus_cys_aa

Bacteria/Thermus thermophilus/nucleotide sequences/Tthermophilus_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  L  V  I  Y  D  T  L  A  R  R  K  V  P  F  E  P  A  V  P  G  H  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  I  Y  V  C  G  P  T  V  Y  A  D  P  H  L  G  H  A  R  G  P  V  V  Y 
 G  I  Y  V  .  G  P  T  V  Y  A  D  P  H  L  G  H  A  R  G  P  V  V  Y 
CCGGATGAGGTC---TTTTTCGTAGTCCTTGGCCCGCCTCGCCTCTTCCCTAAGCTCCAGGAGGAGGGCGAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  V  L  R  R  Y  L  L  H  K  G  Y  K  V  R  F  V  S  N  I  T  D  V  G 
 D  V  L  R  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  V  S  N  I  T  D  V  . 
GAGGCCCTCGAGGAGGGG------------------------CCTCTCGGGAAAGAGGCCGAGGATCCC---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  L  T  D  D  A  D  E  G  E  D  K  I  V  R  R  A  K  L  E  R  L  E  P 
 .  .  .  .  .  .  .  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------CTC------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 M  E  V  A  E  K  Y  T  W  S  Y  F  D  A  M  Q  A  L  N  V  L  R  P  S 
 -  -  -  -  E  K  Y  T  W  S  Y  F  D  A  M  Q  A  L  .  .  .  .  .  S 
------------GGCGAAGAGGGCGGCCAGGGCCTCGGGAGTGGAGAGGTCGTC---------------GAA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  A  P  R  A  S  G  H  I  P  E  M  L  E  L  T  E  R  L  L  A  R  G  V 
 I  A  P  R  A  S  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCCTTTTCCAGGGCGTCCAG---------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  Y  E  R  K  G  S  V  Y  F  R  V  R  S  F  P  E  Y  G  K  L  S  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  L  E  E  L  R  A  G  A  R  V  E  V  R  E  E  K  E  D  P  L  D  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  W  K  A  A  E  P  G  H  I  M  R  W  K  S  P  W  G  E  G  Y  P  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W 
------------------------------------------------------------------GTGGTG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  I  E  C  T  A  M  S  L  K  Y  L  G  E  G  F  D  L  H  A  G  G  I  D 
 H  I  E  C  T  A  M  S  L  -  -  -  -  -  -  -  -  L  H  A  G  G  I  D 
CATCCAGTGCCGGGCGAAGCGGAAGCC------------------------GCACTCGTGGTGGGGAAACTG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  Q  F  P  H  H  E  C  E  I  A  Q  A  E  A  A  G  F  R  F  A  R  H  W 
 L  Q  F  P  H  .  E  C  E  I  A  Q  A  E  A  A  -  -  -  -  A  .  H  W 
CAGGTCAATCCCCCC---GTGGAGGTCAAAGCCTTCCCCCAGGTACTT------------CGT---CTCAAT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 M  H  H  N  H  V  L  L  E  G  E  K  M  A  K  S  T  G  N  L  V  L  L  H 
 M  H  H  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  A  K  S  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTGCCAGCC------------------------CTTCCAGCGCATGAT------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  L  L  E  A  H  E  P  M  A  L  R  F  Y  L  L  Q  T  H  Y  R  S  P  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  F  T  W  E  G  L  E  S  A  K  R  G  Y  G  R  L  L  H  A  Y  R  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  G  R  K  K  T  A  P  P  G  T  T  P  E  L  E  R  A  L  D  A  L  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  F  M  E  A  I  E  D  D  L  S  T  P  E  A  L  A  A  L  F  A  F  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  L  H  K  L  L  P  E  A  K  A  E  S  L  A  R  A  E  A  V  F  H  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  E  G  I  L  G  L  F  P  E  R  V  L  E  E  R  V  S  G  P  L  L  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  I  A  L  L  L  E  L  R  E  E  A  R  R  A  K  D  Y  E  K  S  D  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  E  R  L  R  A  L  G  V  I  V  E  D  T  K  E  G  P  R  W  R  L  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

cys_bact_B_fragilis

Class I

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_cys_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  H  Q  L  T  I  Y  N  T  L  D  R  K  K  E  L  F  V  P  L  H  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 H  V  G  M  Y  V  C  G  P  T  V  Y  G  D  A  H  L  G  H  A  R  P  A  I 
 -  -  G  M  Y  V  .  G  P  T  V  Y  G  D  A  H  L  G  H  A  R  P  A  I 
------CAAGTCACTGGT---CCAGTCTTTGTTGGCTTTTGCCTTCACACGTTGTTCCAGCAACATATCGAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  F  D  V  L  F  R  Y  L  T  R  L  G  Y  K  V  R  Y  V  R  N  I  T  D 
 T  F  D  V  L  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  Y  V  R  N  I  T  D 
CACTTTTCCATAAGCGGCTTCACG------------------------TTTCAGACCCAGGATATCGAAGCA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  G  H  L  E  H  D  A  D  E  G  E  D  K  I  A  K  K  A  R  L  E  Q  L 
 V  .  .  .  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAA---------TAC---------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  P  M  E  V  V  Q  Y  Y  L  N  R  Y  H  K  A  M  E  A  L  N  V  L  P 
 -  -  -  -  -  -  Q  Y  Y  L  N  R  Y  H  K  A  M  E  A  L  .  .  .  . 
------------------GTCAAAGAGATGTGAAATCACAATCGGAGTATTCAGGTCATC------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  S  I  E  P  H  A  S  G  H  I  I  E  Q  I  E  L  V  K  K  I  L  D  A 
 .  S  I  E  P  H  A  S  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---ACACTTCGTGCGCAAGCTTTTTAC---------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  Y  A  Y  E  S  Q  G  S  V  Y  F  D  V  A  K  Y  N  K  D  Y  H  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  L  S  G  R  N  L  D  D  V  L  N  T  T  R  E  L  D  G  Q  E  E  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  P  A  D  F  A  L  W  K  R  A  Q  P  E  H  I  M  R  W  P  S  P  W  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  G  F  P  G  W  H  A  E  C  T  A  M  G  R  K  Y  L  G  E  H  F  D  I 
 -  -  -  -  G  W  H  A  E  C  T  A  M  G  R  -  -  -  -  -  -  -  -  I 
------------CATCCAATAGTGAACCATATCGTCACCCTGTGA------------------------TTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  G  G  G  M  D  L  I  F  P  H  H  E  C  E  I  A  Q  S  V  A  S  Q  G 
 H  G  G  G  M  D  L  I  F  P  H  .  E  C  E  I  A  Q  S  V  A  S  -  - 
GTGGTGCGGGAAGATAAGGTCCATGCCTCCTCC---AATGTCGAAGTGTTCGCCCAGATACTTACG------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  D  M  V  H  Y  W  M  H  N  N  M  I  T  I  N  G  T  K  M  G  K  S  L 
 -  -  -  V  .  Y  W  M  H  N  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  G  K  S  - 
---------CTC---ATGCCAGCCGGGGAA------------------------GCGCATGATATGTTC---

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  N  F  I  T  L  D  E  F  F  S  G  S  H  K  L  L  T  Q  A  Y  S  P  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  I  R  F  F  I  L  Q  A  H  Y  R  S  P  V  D  F  S  N  E  A  L  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  E  K  G  L  S  R  L  M  E  A  V  D  S  L  E  K  I  T  P  A  A  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  V  D  V  K  S  L  R  T  K  C  F  E  A  M  N  D  D  L  N  T  P  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  S  H  L  F  D  G  A  K  M  I  N  N  I  I  A  G  N  N  T  I  S  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  L  K  D  L  K  E  V  F  H  T  F  C  F  D  I  L  G  L  K  E  E  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  S  D  G  R  E  A  A  Y  G  K  V  V  D  M  L  L  E  Q  R  V  K  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  N  K  D  W  A  T  S  D  L  I  R  N  E  L  T  A  L  G  F  E  I  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491
 T  K  D  G  F  E  W  K  L  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

cys_bact_B_thailandensis

Class I

Bacteria/Burkholderia thailandensis/amino acid sequences/Bthailandensis_cys_aa

Bacteria/Burkholderia thailandensis/nucleotide sequences/Bthailandensis_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  S  L  R  I  Y  N  T  L  A  R  D  K  Q  D  F  V  P  R  Q  P  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  R  M  Y  V  C  G  I  T  V  Y  D  Y  C  H  I  G  H  A  R  M  V  V  V 
 -  R  M  Y  V  .  G  I  T  V  Y  D  Y  C  H  I  G  H  A  R  M  V  V  V 
---CGGATGTACGTC---GGGATCACCGTCTACGACTATTGCCATATCGGCCATGCGCGGATGGTGGTCGTG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  D  I  V  Q  R  W  L  R  A  A  G  Y  R  V  T  Y  V  R  N  I  T  D  I 
 F  D  I  V  Q  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  V  R  N  I  T  D  I 
TTCGACATCGTCCAGCGCTGG------------------------ACGTACGTGCGCAACATCACCGACATC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  D  K  I  I  R  R  A  L  E  N  G  E  T  I  Q  S  L  T  R  R  F  I  D 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  R  F  I  D 
GAC------------------------------------------------------CGCCGCTTCATCGAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  M  N  A  D  F  D  A  L  G  V  E  R  P  D  I  E  P  R  A  T  D  F  I 
 A  M  N  A  D  F  D  A  L  .  .  .  .  .  D  I  E  P  R  A  T  D  -  - 
GCGATGAACGCGGATTTCGACGCGCTC---------------GACATCGAGCCGCGCGCGACCGAT------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  Q  M  L  G  M  I  E  K  L  E  A  N  G  Y  A  Y  Q  A  K  D  G  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  Y  S  V  R  K  F  A  N  Y  G  K  L  S  G  K  S  L  E  D  L  R  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  R  V  A  A  K  D  A  K  D  D  P  L  D  F  V  L  W  K  R  A  K  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  P  A  G  A  S  W  E  S  K  Y  G  A  G  R  P  G  W  H  I  E  C  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  S  A 
------------------------------------------------GGCTGGCACATCGAATGCTCTGCG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 M  G  C  T  L  L  G  E  H  F  D  I  H  G  G  G  Q  D  L  Q  F  P  H  H 
 M  G  C  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  G  G  G  Q  D  L  Q  F  P  H  . 
ATGGGCTGC------------------------ATTCACGGCGGCGGCCAGGACCTGCAGTTCCCGCAT---

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  N  E  I  A  Q  S  E  G  A  T  G  Q  T  F  V  N  Y  W  M  H  N  G  F 
 E  N  E  I  A  Q  S  E  G  A  -  -  -  -  -  V  .  Y  W  M  H  N  -  - 
GAGAACGAGATCGCGCAGAGCGAGGGTGCG---------------GTC---TATTGGATGCACAAC------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  Q  V  D  S  E  K  M  S  K  S  L  G  N  F  F  T  I  R  E  V  L  E  K 
 -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------AAGATGTCGAAGTCG---------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  D  A  E  V  V  R  F  F  I  V  R  T  H  Y  R  S  P  L  N  Y  S  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  L  D  D  A  R  A  S  L  T  R  L  Y  T  A  L  K  D  V  T  P  D  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  L  D  W  S  E  A  H  A  Q  R  F  A  A  A  M  N  D  D  F  N  T  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  V  A  V  L  F  E  L  A  T  E  V  N  R  T  R  E  P  A  L  A  R  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  R  L  A  G  L  L  G  L  L  G  R  E  P  R  E  F  L  Q  Q  A  A  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  R  T  G  A  L  E  P  D  E  I  E  A  R  I  A  A  R  V  A  A  K  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  N  Y  A  E  A  D  R  I  R  A  E  L  L  E  A  G  I  A  L  E  D  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465
 G  G  S  T  E  W  R  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

cys_bact_C_jejuni

Class I

Bacteria/Campylobacter jejuni/amino acid sequences/Cjejuni_cys_aa

Bacteria/Campylobacter jejuni/nucleotide sequences/Cjejuni_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  L  L  D  S  V  T  K  E  K  I  K  L  D  K  K  D  I  S  I  Y  L  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  I  Y  L  . 
---------------------------------------------------------AGTATTTATTTA---

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  P  T  V  Y  D  D  A  H  L  G  H  A  R  S  S  V  C  F  D  L  L  R  R 
 G  P  T  V  Y  D  D  A  H  L  G  H  A  R  S  S  V  C  F  D  L  L  R  R 
GGACCTACGGTTTATGATGATGCACATTTAGGACATGCAAGAAGTAGTGTTTGTTTTGATCTTTTGCGTAGG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  L  L  A  Q  G  N  R  V  K  F  A  R  N  Y  T  D  I  D  D  K  I  L  K 
 V  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  A  R  N  Y  T  D  I  D  -  -  -  -  - 
GTT------------------------AAATTTGCTAGAAATTATACAGATATTGAT---------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  M  A  Q  S  G  Q  T  L  E  E  I  T  E  F  Y  I  K  S  Y  E  E  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  F  Y  I  K  S  Y  E  E  D  M 
---------------------------------------GAATTTTATATCAAAAGTTATGAAGAGGATATG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  V  L  N  V  L  D  P  D  F  K  P  R  A  T  H  Y  I  T  A  M  L  D  L 
 R  V  L  .  .  .  D  -  -  F  K  P  R  A  T  H  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGGGTTTTA---------GAT------TTTAAACCTCGTGCAACGCAT------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  K  K  L  A  K  D  G  F  V  Y  T  L  E  D  G  I  Y  F  D  T  S  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  K  Y  L  S  L  S  N  R  N  L  E  E  N  I  S  R  L  S  N  E  V  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  N  E  S  D  F  V  L  W  K  F  D  E  N  F  Y  E  S  E  F  G  K  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  G  W  H  T  E  C  V  A  M  I  D  S  I  F  E  N  T  L  D  I  H  A  G 
 -  G  W  H  T  E  C  V  A  M  I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  A  G 
---GGTTGGCATACTGAATGTGTTGCTATGATTGAT------------------------ATACATGCTGGA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  I  D  L  L  F  P  H  H  E  N  E  A  A  Q  C  R  C  G  C  K  R  K  L 
 G  I  D  L  L  F  P  H  .  E  N  E  A  A  Q  C  R  C  G  -  -  -  -  - 
GGGATAGATTTGCTTTTTCCTCAT---GAAAATGAAGCTGCGCAATGTCGTTGTGGA---------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  N  I  W  L  H  N  G  F  V  K  I  D  G  E  K  M  S  K  S  L  N  N  S 
 A  .  I  W  L  H  N  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  - 
GCA---ATTTGGCTTCACAAT------------------------AAAATGAGTAAAAGT------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  F  I  K  D  A  L  K  E  F  M  G  E  A  L  R  F  Y  L  L  S  S  H  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  S  H  F  N  Y  S  L  S  D  L  E  N  A  K  K  R  L  D  K  F  Y  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  K  R  L  D  L  G  E  I  S  D  F  D  V  L  N  D  I  G  I  K  S  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  K  Q  I  L  E  I  L  N  D  D  L  N  V  S  K  A  L  A  L  L  D  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  S  S  A  N  L  E  L  D  K  E  S  K  N  K  I  L  K  Q  N  I  K  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  S  E  L  A  K  I  F  G  F  G  F  M  D  A  T  L  Y  F  Q  W  G  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  E  E  R  E  E  I  E  K  L  I  L  E  R  T  E  A  K  K  N  K  D  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  A  D  A  I  R  E  Q  L  N  S  K  K  I  T  L  L  D  T  P  N  G  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462
 W  E  K  I  N  A 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

cys_bact_C_thermalis

Class I

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/amino acid sequences/Cthermalis_cys_aa

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/nucleotide sequences/Cthermalis_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  L  T  I  Y  N  T  L  T  R  H  Q  E  P  F  E  T  V  E  P  G  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  M  Y  Y  C  G  V  T  V  Y  D  Y  C  H  L  G  H  A  R  A  C  I  I  W 
 K  M  Y  Y  .  G  V  T  V  Y  D  Y  C  H  L  G  H  A  R  A  C  I  I  W 
GATGCGGTCTGA---GGCAAAATTTTTTGCTTTTCTAGCAGCTTGCCTTTGTTCGAGCATAGCTTCAATTTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  V  V  R  R  Y  L  Q  F  L  G  Y  E  V  T  Y  I  Q  N  F  T  D  I  D 
 D  V  V  R  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  I  Q  N  F  T  D  I  D 
TGGATCGCTTAAACCGTC------------------------TGTGACGGTAAATCCTAAAACCTCAGCTAA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  K  I  L  N  R  A  R  Q  E  N  S  S  M  E  A  V  A  E  R  Y  I  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  R  Y  I  Q  A 
------------------------------------------------------GCCCTGATGTACCAATAG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  F  E  D  M  T  R  L  N  V  K  E  A  D  A  Y  P  R  A  T  H  T  M  N 
 Y  F  E  D  M  T  R  L  .  .  .  .  .  D  A  Y  P  R  A  T  H  -  -  - 
ATTGCCTTCTCGCGCCAATTCTTT---------------CACAGCCAATCCATTCGGGAAGTT---------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  I  Q  R  L  I  F  E  L  E  Q  K  G  Y  A  Y  P  A  D  G  D  V  Y  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  V  K  Q  F  P  E  Y  G  K  L  S  G  R  K  L  E  D  L  Q  A  G  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  R  V  D  A  E  D  P  E  G  R  K  K  Q  E  P  F  D  F  A  L  W  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  K  P  G  E  P  A  W  E  S  P  W  G  A  G  R  P  G  W  H  I  E  C  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  S 
---------------------------------------------------GTTGCCCAGGGATTTAGACAT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  M  V  R  D  R  L  G  D  T  I  D  I  H  A  G  G  A  D  L  I  F  P  H 
 A  M  V  R  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  A  G  G  A  D  L  I  F  P  H 
TTTTTCCCCGTT------------------------CCAGTAGTGAGAGAGGGATTTGCCTGTAACAGCTTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  E  N  E  I  A  Q  S  E  A  V  T  G  K  S  L  S  H  Y  W  M  H  N  G 
 .  E  N  E  I  A  Q  S  E  A  V  -  -  -  -  -  S  .  Y  W  M  H  N  - 
---TTGGGCGATTTCATTTTCGTGGTGGGGGAA---------------CCC---ATGAATGTCGATCGT---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 M  V  K  V  N  G  E  K  M  S  K  S  L  G  N  F  I  T  I  R  E  L  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------TGCCGAACATTCAAT------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  P  T  D  P  M  A  V  R  L  F  V  L  Q  A  H  Y  R  K  P  I  D  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  E  A  I  A  A  A  T  N  G  W  H  T  L  R  E  G  L  L  F  G  H  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  K  Q  L  E  F  G  I  R  N  S  E  F  G  I  E  D  N  F  I  P  E  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  R  F  K  E  A  V  N  D  D  F  N  F  P  N  G  L  A  V  L  Q  P  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  E  L  A  R  E  G  N  L  L  V  H  Q  G  K  T  E  T  P  P  E  E  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  Q  W  H  T  L  V  T  L  A  E  V  L  G  F  T  V  T  I  E  A  E  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  H  D  G  L  S  D  P  E  I  E  A  M  L  E  Q  R  Q  A  A  R  K  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  F  A  E  S  D  R  I  R  D  E  L  Q  A  R  G  I  T  V  I  D  S  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487
 G  T  R  W  H  R  N 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

cys_bact_A_aeolicus

Class I

Bacteria/Aquifex aeolicus/amino acid sequences/Aaeolicus_cys_aa

Bacteria/Aquifex aeolicus/nucleotide sequences/Aaeolicus_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  L  R  I  Y  N  T  L  S  G  K  V  E  E  F  V  P  I  N  P  P  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  I  Y  T  C  G  V  T  V  Y  D  D  S  H  V  G  H  G  R  S  L  I  V  F 
 L  I  Y  T  .  G  V  T  V  Y  D  D  S  H  V  G  H  G  R  S  L  I  V  F 
TTTGTCCCTTAT---GTCTGCAACTTTAAACACCTTTTCCTTTCTGGCTATATTTCTGGCTTCTATGAGTAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  V  F  R  R  F  L  E  H  L  G  Y  Q  V  K  F  V  R  N  F  T  D  V  D 
 D  V  F  R  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  V  R  N  F  T  D  V  D 
CTGTATTAATTTCTCGTC------------------------CCTTTCAACCACTCTCTCAACCTTGCACTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  K  I  I  N  R  A  K  Q  E  C  T  D  F  M  T  I  A  D  R  Y  I  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  R  Y  I  A  R 
------------------------------------------------------TTTTGACGCAAACTCGTA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  Y  V  D  M  E  N  I  R  V  R  P  A  D  V  E  P  R  V  T  E  H  I  P 
 Y  Y  V  D  M  E  N  I  .  .  .  .  .  D  V  E  P  R  V  T  E  -  -  - 
TGCGGAGAGTTCCCTGTCCGTTAT---------------AGCCTTGTTCTTTACCTTGTTCAG---------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  I  I  E  V  I  Q  K  L  V  E  K  G  Y  A  Y  V  V  E  G  D  V  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  V  K  K  F  K  D  Y  G  K  L  S  K  R  D  I  E  E  L  I  A  G  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  E  P  S  E  K  K  R  D  P  L  D  F  A  L  W  K  A  S  K  A  G  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  W  D  S  P  W  G  K  G  R  P  G  W  H  T  E  C  V  A  M  V  F  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  T  E  C  V  A  M  V  F  -  - 
---------------------------------AACCAGGAGTCTCAACACATCTGGGTGATACTT------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  G  E  T  I  D  I  H  G  G  G  L  D  L  V  F  P  H  H  E  N  E  I  A 
 -  -  -  -  -  -  I  H  G  G  G  L  D  L  V  F  P  H  .  E  N  E  I  A 
------------------GTAATTTCCGAGGGATTTTGACATTTTCTGACCGCC---GGTAACGAGTCCGTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Q  A  E  A  I  T  G  K  P  F  A  R  Y  W  M  H  N  G  L  V  T  V  G  G 
 Q  A  E  A  I  -  -  -  -  -  A  .  Y  W  M  H  N  -  -  -  -  -  -  - 
GTGCATCCAGTATCT---------------CGT---CGCTTCCGCCTGAGC---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Q  K  M  S  K  S  L  G  N  Y  V  T  L  R  E  V  Y  T  K  Y  H  P  D  V 
 -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CACGAGGTCAAGTCC------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  R  L  L  V  L  F  T  H  Y  R  S  P  L  D  F  S  W  E  K  M  E  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  K  A  Y  E  R  L  K  N  A  I  E  D  L  E  L  L  K  K  L  Q  V  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  K  E  G  G  T  H  P  L  Y  E  Q  V  K  E  F  E  E  N  F  Y  A  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  D  D  F  N  T  P  E  A  L  S  H  V  Y  K  L  V  G  E  L  N  K  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  K  A  Y  S  E  G  K  I  T  D  R  E  L  S  A  Y  E  F  A  S  K  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  N  T  M  K  K  I  F  G  L  L  E  D  L  Y  P  E  C  K  V  E  R  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  R  E  L  E  A  G  Q  V  F  D  E  K  L  I  Q  I  L  I  E  A  R  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  R  K  E  K  V  F  K  V  A  D  Y  I  R  D  K  L  K  E  L  G  I  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495
 E  D  T  P  A  G  T  K  W  K  K  R  E  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

cys_bact_D_radiodurans

Class I

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_cys_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  P  P  N  A  V  S  S  T  S  A  L  P  R  P  F  P  L  P  E  R  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  F  L  F  S  L  R  G  H  A  M  T  Q  P  T  I  T  Q  D  T  A  R  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  P  N  I  T  L  Y  D  T  M  Q  R  Q  K  V  P  F  V  P  G  T  P  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  G  M  Y  L  C  G  P  T  V  Y  S  D  A  H  L  G  H  A  K  K  E  V  A 
 -  G  M  Y  L  .  G  P  T  V  Y  S  D  A  H  L  G  H  A  K  K  E  V  A 
---GCCGAGGCTGCG---GGCGTCGCGCGCGCGCTCCAGGGTATCGCGTCCCACTGGCCCGGCATTGAGCGC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  D  V  I  R  R  A  L  T  H  F  G  Y  Q  V  R  Y  V  S  N  I  T  D  V 
 F  D  V  I  R  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  R  Y  V  S  N  I  T  D  V 
GGTGTTCAGCTCGCCGGTCAG------------------------GGGCGTATTGAAGTCGTCGCGCATGGC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  H  L  L  N  D  A  D  E  G  E  D  K  L  Q  A  R  A  R  L  E  Q  L  E 
 .  .  .  .  .  .  .  .  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------GGC---------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  M  E  V  A  D  K  Y  F  W  S  F  F  R  D  M  D  A  L  N  V  L  R  P 
 -  -  -  -  -  D  K  Y  F  W  S  F  F  R  D  M  D  A  L  .  .  .  .  . 
---------------TTCGTGCAGCGTTTCGCTGAGGCGGCGGTAGCCGTTCGCCGC---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  I  N  P  R  A  T  G  H  I  Q  E  Q  I  K  L  I  E  E  L  I  E  K  G 
 S  I  N  P  R  A  T  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCGTTCATCTCGGTCACGCTGCG------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 H  A  Y  E  S  A  G  S  V  Y  F  D  V  R  S  W  P  E  Y  G  K  L  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  K  L  D  D  Q  E  E  G  T  R  E  A  V  R  D  E  K  R  D  P  R  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  L  W  K  K  A  E  P  E  H  L  M  R  W  D  S  P  W  S  V  G  F  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G 
---------------------------------------------------------------------CGA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  H  I  E  C  S  A  M  S  L  K  Y  L  G  E  G  F  D  I  H  G  G  G  L 
 W  H  I  E  C  S  A  M  S  L  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  G  G  G  L 
GCATTCGATGTGCCAGCCGGGAAACCCCAC------------------------CAGGTGCTCGGGCTCGGC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  L  Q  F  P  H  H  E  A  E  I  A  Q  A  E  A  A  G  H  H  F  A  R  Y 
 D  L  Q  F  P  H  .  E  A  E  I  A  Q  A  E  A  A  -  -  -  -  A  .  Y 
CTTCTTCCACAGCGCGAA---GCGGGGGTCGCGTTTCTCGTCGCGCACGGC------------TTC---CTG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 W  M  H  N  N  M  L  T  I  G  G  E  K  M  S  K  S  K  G  N  F  T  T  I 
 W  M  H  N  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  - 
GTCGTCGAGTTT------------------------GGGCCAACTCCGAAC---------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  D  I  L  K  K  Y  D  P  M  V  V  R  F  L  L  V  S  S  H  Y  R  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  E  M  N  E  E  A  F  A  S  A  A  N  G  Y  R  R  L  S  E  T  L  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  E  R  R  L  K  D  A  P  A  G  S  D  T  A  L  D  S  K  I  A  A  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  E  F  E  D  A  M  R  D  D  F  N  T  P  K  A  V  A  S  L  F  G  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  E  L  N  T  A  L  N  A  G  P  V  G  R  D  T  L  E  R  A  R  D  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  S  L  G  G  D  V  L  G  L  F  A  E  T  G  S  A  A  S  V  A  Q  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  S  V  I  D  A  L  M  D  L  V  L  K  A  R  Q  N  Y  R  L  Q  K  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  E  A  D  E  L  R  E  T  L  G  K  A  G  I  T  V  E  D  T  K  D  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532
 R  W  K  R 
 -  -  -  - 
------------

cys_bact_P_mikurensis

Class I

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/amino acid sequences/Pmikurensis_cys_aa

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/nucleotide sequences/Pmikurensis_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  K  P  R  F  H  N  T  L  T  R  K  L  D  P  L  V  P  I  V  E  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  S  M  Y  S  C  G  P  T  V  Y  D  F  A  H  I  G  N  F  R  T  F  L  F 
 -  S  M  Y  S  .  G  P  T  V  -  -  F  A  H  I  G  N  F  R  T  F  L  F 
---GCGGGCGGCGTC---GGCGGCGTAGTC------GGCCCGGGCGGCGTCGATCGACCTGGCGAGGCCCGA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  D  V  L  R  R  F  L  E  A  V  G  L  R  V  H  H  V  M  N  L  T  D  V 
 A  D  V  L  R  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  H  H  V  M  N  L  T  D  V 
CGCCCAGGCGAGGTCGCGGGC------------------------CAGGACGCCGTCCATCAGCGCGAGCAC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  H  M  T  E  D  A  S  V  D  G  G  G  Q  D  K  M  A  A  A  G  E  R  L 
 G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCC---------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  A  A  K  K  A  G  Q  A  H  A  A  E  V  E  D  P  H  D  P  H  Q  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  F  Y  I  A  A  F  K  E  D  A  A  K  L  G  L  R  V  V  A  D  G  D  Q 
 A  F  Y  I  A  A  F  K  E  D  A  A  K  L  .  .  .  .  .  .  D  G  .  . 
GGCGTCGGCCATCGGCAGCGTGGCCGCGAAGTGGCGGAGCTT------------------GTCCCG------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  L  P  R  A  T  E  N  V  E  A  M  L  E  L  I  G  R  L  L  G  R  G  H 
 .  L  P  R  A  T  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GGCCGTGAAGTCGGTCTG---------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  Y  V  A  E  D  G  A  A  Y  F  R  V  S  S  F  P  A  Y  G  A  L  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  A  L  E  D  L  R  G  G  A  G  G  R  V  T  A  G  H  Q  A  A  K  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  A  D  F  L  L  W  K  P  D  A  T  H  L  M  K  W  N  P  A  Q  L  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  G  P  A  A  E  L  G  V  G  Y  P  G  W  H  I  E  C  S  A  M  A  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  S  A  M  A  R  - 
------------------------------------CGAGCACTCGATGTGCCAGCCGGGATAGCCGAC---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  L  G  R  D  R  I  D  I  H  T  G  G  E  D  N  I  F  P  H  H  E  C  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  T  G  G  E  D  N  I  F  P  H  .  E  C  E 
------------------------CCCCAGCTGCGCCGGATTCCACTTCATCAGGTGCGT---GTCGGGCTT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  A  Q  S  R  C  G  N  G  R  N  G  T  E  S  F  A  N  L  W  L  H  S  R 
 I  A  Q  S  R  C  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  .  L  W  L  H  S  - 
CCACAGGAGGAAGTCGGCCGG---------------------------GGT---GCGGCCGCCGGCCCC---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  L  M  V  D  G  A  K  M  S  K  S  K  G  N  F  L  T  V  R  G  V  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------GCCCGAGAGCGCTCC------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  G  F  T  G  R  P  V  D  P  A  A  L  R  L  E  L  I  R  S  S  Y  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  T  D  F  T  A  K  G  L  R  D  S  A  S  A  V  A  K  L  R  H  F  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  L  P  M  A  D  A  A  P  A  E  D  V  R  E  H  P  A  A  H  R  F  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  L  A  D  D  L  N  T  A  G  A  L  A  A  A  F  A  F  A  A  G  E  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  D  A  Q  S  A  G  V  L  A  L  M  D  G  V  L  G  V  L  E  A  A  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  R  D  L  A  W  A  S  G  L  A  R  S  I  D  A  A  R  A  A  K  D  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  A  D  A  A  R  A  E  L  L  G  A  G  F  T  V  K  T  T  A  E  G  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510
 A  E  A  P  L  A 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

cys_bact_S_aureus

Class I

Bacteria/Staphylococcus aureus/amino acid sequences/Saureus_cys_aa

Bacteria/Staphylococcus aureus/nucleotide sequences/Saureus_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  T  L  Y  N  T  L  T  R  Q  K  E  V  F  K  P  I  E  P  G  K  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
---------------------------------------------------------------------AAA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 M  Y  V  C  G  P  T  V  Y  N  Y  I  H  I  G  N  A  R  P  A  I  N  Y  D 
 M  Y  V  .  G  P  T  V  Y  N  Y  I  H  I  G  N  A  R  P  A  I  N  Y  D 
ATGTATGTA---GGTCCTACGGTATATAACTACATTCATATTGGTAATGCAAGACCAGCAATTAATTATGAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  V  R  R  Y  F  E  Y  Q  G  Y  N  V  E  Y  V  S  N  F  T  D  V  D  D 
 V  V  R  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  E  Y  V  S  N  F  T  D  V  D  - 
GTAGTGAGACGTTAC------------------------GAATATGTATCAAATTTTACAGATGTAGAT---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  L  I  K  R  S  Q  E  L  N  Q  T  V  P  E  I  A  E  K  Y  I  A  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  K  Y  I  A  A  F 
---------------------------------------------------GAAAAATATATCGCTGCTTTT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  E  D  V  G  A  L  N  V  R  K  A  T  S  N  P  R  V  M  D  H  M  D  D 
 H  E  D  V  G  A  L  .  .  .  .  .  T  S  N  P  R  V  M  D  -  -  -  - 
CATGAAGATGTTGGTGCTTTA---------------ACTTCAAATCCAAGGGTAATGGAC------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  I  Q  F  I  K  D  L  V  D  Q  G  Y  A  Y  E  S  G  G  D  V  Y  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  R  K  F  E  G  Y  G  K  L  S  H  Q  S  I  D  D  L  K  V  G  A  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  A  G  E  H  K  E  D  A  L  D  F  T  L  W  K  K  A  K  P  G  E  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 W  D  S  P  F  G  E  G  R  P  G  W  H  I  E  C  S  V  M  A  F  H  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  S  V  M  A  F  -  -  - 
------------------------------GGATGGCATATTGAATGTTCTGTAATGGCATTT---------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  A  T  I  D  I  H  A  G  G  S  D  L  Q  F  P  H  H  E  N  E  I  A  Q 
 -  -  -  -  -  I  H  A  G  G  S  D  L  Q  F  P  H  .  E  N  E  I  A  Q 
---------------ATACATGCGGGTGGTTCAGATTTACAATTTCCACAT---GAAAATGAAATAGCACAA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  E  A  H  N  H  A  P  F  A  N  Y  W  M  H  N  G  F  I  N  I  D  N  E 
 S  E  A  H  -  -  -  -  -  A  .  Y  W  M  H  N  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCGGAAGCACAT---------------GCT---TATTGGATGCATAAT------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  M  S  K  S  L  G  N  F  I  L  V  H  D  I  I  K  E  V  D  P  D  V  L 
 K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAAATGAGTAAATCA---------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  F  F  V  I  S  V  H  Y  R  S  P  I  N  Y  N  L  E  L  V  E  S  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  G  L  E  R  I  R  N  S  Y  Q  L  I  E  E  R  A  Q  I  A  T  N  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  Q  Q  T  Y  I  D  Q  I  D  A  I  L  N  R  F  E  T  V  M  N  D  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  T  A  N  A  I  T  A  W  Y  D  L  A  K  L  A  N  K  Y  V  L  E  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  S  T  E  V  I  D  K  F  K  A  V  Y  Q  I  F  S  D  V  L  G  V  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  S  K  K  A  D  E  L  L  D  E  D  V  E  K  L  I  E  E  R  N  E  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  N  K  D  F  A  R  A  D  E  I  R  D  M  L  K  S  Q  N  I  I  L  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466
 T  P  Q  G  V  R  F  K  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

cys_bact_G_obscuriglobus

Class I

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/amino acid sequences/Gemmata_cys_aa

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/nucleotide sequences/Gemmata_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  L  R  V  Y  S  T  L  D  R  E  K  K  D  F  E  K  V  T  G  K  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  S  A  D  Y  L  G  D  T  V  T  M  Y  V  C  G  P  T  V  Y  K  P  S  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  M  Y  V  .  G  P  T  V  Y  K  P  S  H 
------------------------------ACGATGTACGTC---GGGCCGACGGTCTACAAGCCGAGTCAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  G  H  M  V  G  P  V  I  F  D  T  V  K  R  Y  L  T  Y  L  G  Y  K  V 
 I  G  H  M  V  G  P  V  I  F  D  T  V  K  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCGGGCACATGGTTGGCCCGGTCATCTTCGACACGGTGAAGCGCTAC------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  W  I  V  N  I  T  D  V  D  D  K  L  I  N  R  A  K  E  L  N  T  T  V 
 K  W  I  V  N  I  T  D  V  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAATGGATCGTCAACATCACGGACGTCGAC------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  E  L  S  A  K  M  T  E  D  Y  F  A  C  L  K  S  L  N  V  T  G  I  D 
 -  -  -  -  A  K  M  T  E  D  Y  F  A  C  L  K  S  L  .  .  .  .  .  D 
------------GCGAAGATGACGGAAGACTACTTTGCGTGCCTCAAATCGCTG---------------GAT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 H  F  P  K  A  T  D  H  I  G  G  M  I  E  V  I  Q  A  L  I  K  K  D  Y 
 H  F  P  K  A  T  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACTTCCCGAAAGCGACCGAC---------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  Y  E  V  D  D  G  V  Y  F  D  V  A  K  D  A  D  Y  G  K  L  S  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  P  E  Q  M  E  A  G  A  R  L  E  P  N  P  K  K  R  N  P  G  D  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  W  K  S  K  P  G  E  P  K  E  V  Q  F  E  S  P  F  K  C  G  R  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  G  W  H  I  E  C  T  C  M  A  I  K  E  L  G  E  T  L  D  I  H  G  G 
 -  G  W  H  I  E  C  T  C  M  A  I  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  G  G 
---GGGTGGCACATCGAATGCACCTGCATGGCGATC------------------------ATTCACGGCGGC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  L  D  L  Q  F  P  H  H  E  N  E  L  A  Q  S  E  S  W  T  D  K  P  F 
 G  L  D  L  Q  F  P  H  .  E  N  E  L  A  Q  S  E  S  W  -  -  -  -  - 
GGGCTGGATCTCCAGTTCCCGCAC---GAAAACGAACTGGCCCAGAGCGAAAGCTGG---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  H  I  W  M  H  N  G  L  L  K  M  G  S  A  K  M  A  G  S  V  G  N  V 
 A  .  I  W  M  H  N  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  A  G  S  -  -  -  - 
GCG---ATTTGGATGCACAAC------------------------AAGATGGCCGGCTCC------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  N  I  A  D  L  L  K  K  H  T  A  E  T  V  R  F  L  L  L  S  T  H  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  S  P  I  E  Y  S  E  E  R  L  D  E  I  A  R  S  L  Q  G  F  Y  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  E  R  Y  E  R  Y  T  G  V  N  F  Y  S  I  K  A  P  E  T  Q  E  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  K  L  Y  N  R  R  T  E  G  E  N  W  F  E  S  F  C  G  A  L  D  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  N  T  G  N  A  I  G  F  L  Y  Q  L  L  N  E  L  N  R  H  A  D  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  Y  E  E  H  P  E  K  R  K  G  Q  Q  F  V  D  F  T  E  G  G  I  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  T  M  G  T  I  L  G  L  F  W  E  P  P  A  K  Q  S  L  G  G  N  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  V  S  G  L  M  Q  L  L  L  D  L  R  N  N  L  R  A  T  A  K  E  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  D  N  P  L  K  K  P  L  F  D  Q  T  D  L  I  R  K  R  L  G  E  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519
 V  T  L  E  D  R  P  G  G  T  T  W  R  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

cys_bact_M_mobile

Class I

Bacteria/Mycoplasma mobile/amino acid sequences/Mmobile_cys_aa

Bacteria/Mycoplasma mobile/nucleotide sequences/Mmobile_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  Y  I  Y  V  C  G  P  T  V  Y  N  K  V  H  I  G  N  M  K  P  I  M 
 -  -  Y  I  Y  V  .  G  P  T  V  Y  N  K  V  H  I  G  N  M  K  P  I  M 
------CAACTTTTTTTC---TAATTCTAGAAATAATTTATCTGAAATTTTGAAATTTTTATTTGTTTTTTC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  F  D  L  F  L  R  G  A  N  F  I  E  K  Q  Y  L  F  L  H  N  L  T  D 
 T  F  D  L  F  L  R  G  -  -  -  -  -  -  -  -  L  F  L  H  N  L  T  D 
TATTTTTCATTTCAAAAACAAATC------------------------TGAGCTAAATTTAAACCCTAATAA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  D  D  K  I  I  E  K  A  S  K  E  N  K  T  E  L  E  I  S  E  L  Y  S 
 I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  L  Y  S 
TTTAAA------------------------------------------------------AATTTGCAAATT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  F  Y  L  K  M  L  D  E  Y  N  I  N  K  P  D  Y  I  E  K  V  T  D  N 
 D  F  Y  L  K  M  L  D  E  Y  .  .  .  .  .  D  Y  I  E  K  V  T  D  - 
AATTTCAAAATTTATTTTGCTAAATTCAAA---------------AGCAATTTTTTCAAGATATTTTTG---

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  N  M  I  I  E  Y  I  G  L  L  V  K  K  G  S  G  Y  I  K  K  G  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  F  D  T  T  K  Y  P  E  Y  G  S  I  S  N  L  N  L  N  K  T  L  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  D  D  F  K  N  E  K  N  N  P  H  D  F  V  L  W  K  K  T  K  V  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  W  K  S  P  W  S  E  G  R  P  G  W  H  T  E  C  S  A  L  I  N  H  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  T  E  C  S  A  L  I  N  -  - 
---------------------------------TCCAACATGCAATCATTTTTTTGCCAAAGAAAG------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  K  K  D  Q  I  D  I  H  G  G  G  I  D  L  I  F  P  H  N  E  N  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  I  H  G  G  G  I  D  L  I  F  P  .  N  E  N  E  N 
---------------------TTCATTTTCATTATGGGGAAAAATCAAATCTAT---CCCTCCGTGAATATC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  Q  N  I  A  L  H  G  L  S  L  A  K  K  W  L  H  V  G  H  I  K  W  E 
 I  Q  N  I  A  L  -  -  -  -  -  A  K  .  W  L  H  V  -  -  -  -  -  - 
AATTTGATCTTTTTTGAA---------------AGCTGA---TTCTGTGTGTCA------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  E  K  M  S  K  S  L  N  N  F  I  L  A  D  D  F  I  E  K  Y  G  N  D 
 -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ACTTTTTCAAGTTAT---------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  F  R  T  L  I  L  N  T  S  F  S  T  P  I  S  I  N  E  E  I  L  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  K  K  I  S  N  K  Y  Q  V  T  F  N  Q  A  N  L  L  I  M  Q  S  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  Q  N  E  V  E  T  Q  K  Y  L  E  K  I  A  K  L  L  E  N  F  E  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  I  N  F  E  I  N  L  Q  I  K  L  F  N  S  V  V  D  L  D  A  A  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  V  E  C  F  K  L  L  G  F  K  F  S  S  Q  N  V  S  Q  K  D  L  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  L  K  W  K  I  E  K  T  N  K  N  F  K  I  S  D  K  L  F  L  E  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413
 E  K  K  L  V 
 -  -  -  -  - 
---------------

cys_bact_B_burgdorferi

Class I

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_cys_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  L  K  L  Y  N  T  R  T  K  D  F  S  E  L  T  N  F  E  N  V  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  V 
------------------------------------------------------------------AAAGTG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  A  C  G  P  T  V  Y  N  Y  A  H  I  G  N  F  R  T  Y  I  F  G  D  L 
 Y  A  .  G  P  T  V  Y  N  Y  A  H  I  G  N  F  R  T  Y  I  F  G  D  L 
TATGCT---GGGCCTACTGTTTATAATTATGCTCACATCGGGAATTTTAGAACTTATATTTTTGGAGATTTG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  I  K  T  L  R  F  L  G  Y  K  V  N  Y  A  M  N  I  T  D  I  G  H  L 
 L  I  K  T  -  -  -  -  -  -  -  -  N  Y  A  M  N  I  T  D  I  G  -  - 
TTAATTAAAACT------------------------AATTATGCGATGAATATTACAGATATTGGA------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  G  D  L  D  D  G  E  D  K  V  A  K  T  A  R  E  K  G  L  T  V  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  S  E  F  F  T  E  A  F  F  N  D  C  R  K  L  N  I  V  Y  P  D  K  V 
 -  -  E  F  F  T  E  A  F  F  N  D  C  R  K  L  .  .  .  .  .  D  K  V 
------GAATTTTTCACAGAGGCTTTTTTTAACGATTGTAGAAAATTA---------------GACAAAGTT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  V  A  S  K  H  I  P  I  M  I  E  V  V  K  I  L  E  E  K  K  I  T  Y 
 L  V  A  S  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTGTTGCAAGTAAA---------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  S  N  G  N  V  Y  F  D  T  S  C  F  K  S  Y  G  E  M  A  G  I  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  D  K  D  M  T  L  P  R  V  D  V  D  K  F  K  R  N  K  T  D  F  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 W  F  T  N  S  K  F  K  D  Q  E  M  K  W  D  S  P  W  G  F  G  Y  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S 
---------------------------------------------------------------------AGT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 W  H  L  E  C  A  A  M  N  L  E  Y  F  K  D  A  L  D  I  H  L  G  G  V 
 W  H  L  E  C  A  A  M  N  L  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  L  G  G  V 
TGGCATTTGGAGTGCGCTGCGATGAATTTG------------------------ATTCATTTGGGAGGAGTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  H  I  G  V  H  H  I  N  E  I  A  I  A  E  C  F  L  N  K  K  W  C  D 
 D  H  I  G  V  H  .  I  N  E  I  A  I  A  E  C  F  -  -  -  -  -  C  . 
GATCATATTGGAGTTCAC---ATAAATGAAATAGCAATAGCAGAGTGTTTT---------------TGT---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  F  V  H  G  E  F  L  I  M  D  Y  N  K  M  S  K  S  R  G  N  F  I  T 
 V  F  V  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  - 
GTCTTTGTTCATGGA------------------------AAGATGTCAAAGTCA------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  K  D  L  E  D  Q  N  F  S  P  L  D  F  R  Y  L  C  L  T  S  H  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  Q  L  K  F  S  L  D  N  L  Q  A  S  K  I  A  R  E  N  L  I  N  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  Y  F  Y  E  S  L  D  P  V  D  L  N  T  L  N  K  D  L  K  N  F  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  V  E  K  E  Y  Y  D  S  F  V  E  K  I  S  F  D  L  N  V  A  Q  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  L  L  W  E  I  I  K  S  D  N  L  S  F  V  S  K  L  R  L  A  F  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  E  I  M  S  L  N  L  R  E  E  I  L  K  N  L  Q  N  H  D  V  V  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  N  M  K  A  L  I  E  E  R  R  I  A  K  C  E  K  N  F  K  R  A  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  R  D  F  F  A  K  K  G  F  V  L  V  D  T  K  E  G  T  K  V  K  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

cys_bact_C_A_asiaticus

Class I

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_cys_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  H  N  S  L  Q  V  Y  N  S  L  T  R  Q  Q  E  T  F  T  P  T  N  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  V  G  M  Y  V  C  G  P  T  V  Y  G  P  A  H  L  G  H  A  R  C  Y  V 
 -  -  G  M  Y  V  .  G  P  T  V  Y  G  P  A  H  L  G  H  A  R  C  Y  V 
------GGTATGTATGTT---GGGCCTACTGTATATGGTCCAGCGCACTTAGGACATGCACGTTGTTATGTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  F  D  V  I  Q  R  Y  L  T  H  L  G  Y  Q  V  R  Y  V  R  N  I  T  D 
 T  F  D  V  I  Q  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  Y  V  R  N  I  T  D 
ACGTTTGATGTAATACAGCGTTAT------------------------AGGTATGTAAGAAACATTACGGAC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  G  H  L  E  R  D  A  D  E  G  A  D  K  I  A  K  Q  A  S  L  E  N  V 
 V  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTAGGC------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  P  M  E  V  V  Q  R  Y  M  N  S  F  H  R  D  M  A  L  L  N  V  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  Q  R  Y  M  N  S  F  H  R  D  M  A  L  L  N  -  -  - 
------------------CAACGCTATATGAATAGCTTTCATAGGGATATGGCTTTGCTTAAT---------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  N  I  E  P  Q  A  S  G  H  I  P  E  Q  I  R  M  I  Q  E  I  M  N  Q 
 -  -  I  E  P  Q  A  S  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ATTGAACCACAGGCTAGTGGC---------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  L  A  Y  E  V  N  G  S  V  Y  F  N  I  M  A  Y  R  E  K  Y  H  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  L  S  G  R  N  I  D  D  L  L  A  G  T  R  V  L  A  G  Q  Q  E  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  P  L  D  F  A  L  W  K  K  A  N  N  T  H  I  M  R  W  P  S  P  W  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  G  F  P  G  W  H  I  E  C  T  A  L  A  T  K  Y  L  G  S  C  F  D  I 
 -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  T  A  L  A  T  -  -  -  -  -  -  -  -  I 
------------GGTTGGCATATAGAATGTACAGCCCTTGCTACC------------------------ATT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  G  G  G  M  D  L  L  F  P  H  H  E  C  E  L  A  Q  S  Q  A  A  Q  H 
 H  G  G  G  M  D  L  L  F  P  H  .  E  C  E  L  A  Q  S  Q  A  A  -  - 
CATGGAGGTGGTATGGACCTGTTGTTTCCGCAC---GAGTGTGAATTAGCACAATCGCAAGCAGCC------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  T  L  A  K  Y  W  L  H  N  N  L  V  T  I  N  D  Q  K  M  S  K  S  L 
 -  -  -  A  .  Y  W  L  H  N  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  - 
---------GCT---TATTGGTTGCATAAT------------------------AAGATGAGTAAATCC---

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  N  S  I  T  L  D  E  L  F  Q  G  I  H  P  L  L  D  R  A  Y  S  P  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  L  R  F  F  I  L  Q  A  H  Y  R  S  T  L  S  F  T  N  E  A  L  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  E  K  G  Y  L  K  L  I  N  G  L  K  T  T  K  D  M  K  Y  A  P  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  G  N  V  D  E  A  M  V  A  Q  V  E  K  H  M  A  A  C  Y  Q  A  M  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  D  F  N  T  A  K  L  I  A  E  L  F  H  L  L  K  F  I  H  A  L  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  Q  V  D  F  Y  K  L  G  E  K  V  F  E  T  L  K  K  T  Y  I  Y  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  D  I  L  G  L  R  E  D  Y  K  A  V  P  A  D  L  L  S  V  I  L  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Y  S  Q  A  K  Q  Q  K  N  Y  E  Q  I  E  M  L  R  A  E  L  R  V  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495
 I  I  V  Q  D  T  T  R  G  V  E  W  S  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

cys_euk_G_lamblia

Class I

Eukaryotes/Giardia lamblia/amino acid sequences/Glamblia_cys_aa

Eukaryotes/Giardia lamblia/nucleotide sequences/Glamblia_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  A  F  P  T  S  V  W  L  T  N  S  L  T  G  R  L  E  E  L  R  T  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  P  S  T  V  L  A  Y  I  C  G  P  T  V  Y  D  S  T  H  L  G  H  A  R 
 -  -  -  -  -  L  A  Y  I  .  G  P  T  V  Y  D  S  T  H  L  G  H  A  R 
---------------ATTACCGTCAGG---CGTCTCGGCCAAGTGAGTGGGAATCCCACGCTCATCAAAAGC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  Y  V  T  F  D  V  V  R  R  I  L  E  D  Y  F  G  L  R  V  R  Y  Q  C 
 T  Y  V  T  F  D  V  V  R  R  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  Y  Q  C 
TGAGAACTCCACGTTCTCTAGAAACATCTTCTC---------------------------TAAACGCTGCTT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  I  T  D  V  D  D  K  I  I  A  R  A  V  E  R  G  S  S  I  F  D  I  C 
 N  I  T  D  V  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCAAGCTTTTCCTGCTG------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  K  Y  E  Q  E  F  L  S  D  M  H  T  L  S  V  R  P  F  T  V  V  T  R 
 R  K  Y  E  Q  E  F  L  S  D  M  H  T  L  .  .  .  .  .  T  V  V  T  R 
TTGGACCTTCCACTCCTCAACGTTTATCGGCTTAATATAAGA---------------TTCGATAGCAAATCC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  T  E  Y  M  A  D  I  I  L  F  I  Q  K  I  M  D  N  G  F  A  Y  V  S 
 V  T  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGTCAATGG---------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  G  S  V  Y  F  D  V  A  A  A  R  S  A  G  Y  S  Y  P  K  L  R  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  S  S  S  D  E  L  Q  L  L  I  Q  N  A  D  G  M  D  S  K  N  R  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  K  R  S  A  S  D  F  A  L  W  K  A  W  K  E  T  E  P  E  D  A  K  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  A  T  F  S  H  K  N  G  A  V  S  E  L  I  T  L  P  G  R  P  G  W  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H 
---------------------------------------------------------------ATCGTTGCG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  E  C  S  A  M  A  A  A  V  L  G  K  D  T  G  G  A  F  D  L  H  L  G 
 I  E  C  S  A  M  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  H  L  G 
GAAGGCCGTATCCACGTTGGAGAG------------------------------------TGTACTGTATCT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  C  D  L  Q  F  P  H  H  D  N  E  L  I  Q  L  E  T  W  A  G  K  K  N 
 G  C  D  L  Q  F  P  H  .  D  N  E  L  I  Q  L  E  T  W  -  -  -  -  - 
AAGGTTCTTGATTGGCTCAGAAAG---TTCCTCGTGCTGAATGATCTGGCGACAATT---------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  I  G  C  F  L  H  S  G  H  L  K  I  A  G  D  V  M  S  K  S  K  K  N 
 -  I  .  C  F  L  H  S  -  -  -  -  -  -  -  -  V  M  S  K  S  -  -  - 
---TTT---GTCCTTGGCAACTGC------------------------ATCCAGCGACGCGCT---------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  K  T  V  R  E  I  L  S  I  F  T  A  N  Q  V  R  M  L  F  C  M  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  S  A  S  L  D  Y  S  I  S  M  M  D  A  A  V  A  K  D  K  K  I  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  L  S  N  C  R  Q  I  I  Q  H  E  E  E  L  S  E  P  I  K  N  L  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  T  T  E  E  A  L  E  A  Q  T  I  E  F  L  S  N  V  D  T  A  F  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  I  N  I  V  S  A  M  S  H  V  M  L  L  I  D  N  C  K  A  Y  I  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 C  Q  T  E  G  R  Q  V  S  T  F  L  L  S  N  A  R  D  K  I  V  H  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  I  M  G  F  S  Y  A  R  G  E  T  S  T  A  E  N  A  L  Q  V  A  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  C  N  F  R  R  E  I  K  D  L  L  M  A  S  T  T  N  T  A  E  T  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  T  L  K  K  M  L  L  G  L  C  D  R  L  R  D  E  H  L  P  L  T  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  I  E  D  A  D  K  E  S  Y  I  K  P  I  N  V  E  E  W  K  V  Q  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 R  E  L  D  L  A  E  A  K  R  L  Q  Q  E  K  V  Q  Q  E  K  L  E  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  L  E  R  E  K  A  L  I  P  A  E  K  M  F  L  E  N  V  E  F  S  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 D  E  R  G  I  P  T  H  L  A  E  T  G  P  D  G  N  P  L  P  I  P  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645
 R  Y  K  K  L  V  K  E  W  E  A  Q  K  K  L  N  E  K  Y  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

cys_euk_L_infantum

Class I

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_cys_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  A  N  R  V  P  T  V  V  A  G  L  D  G  A  N  P  V  K  R  E  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  A  W  Y  P  P  L  K  L  D  G  N  G  L  K  V  M  N  S  L  T  E  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  D  F  A  P  R  D  G  R  V  V  R  W  Y  T  C  G  P  T  V  Y  D  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  W  Y  T  .  G  P  T  V  Y  D  L  S 
---------------------------------CGATGGTACACG---GGCCCGACCGTCTACGATCTCTCT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  M  G  H  A  R  A  Y  L  T  F  D  I  I  R  R  V  M  E  D  Y  F  G  Y 
 H  M  G  H  A  R  A  Y  L  T  F  D  I  I  R  R  V  -  -  -  -  -  -  - 
CACATGGGCCACGCCCGTGCTTACCTCACCTTCGACATCATCCGCCGTGTC---------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  V  I  Y  Q  M  N  I  T  D  I  D  D  K  I  I  K  R  A  R  V  N  K  L 
 -  -  I  Y  Q  M  N  I  T  D  I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ATTTATCAGATGAACATCACGGATATCGAC------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  D  D  F  K  E  G  E  L  R  H  G  D  V  A  R  L  M  A  F  T  A  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  T  A  A  E  S  G  L  A  K  R  K  A  A  L  F  E  P  I  T  E  G  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  R  A  K  A  D  R  E  E  K  L  L  E  V  Q  L  K  E  S  Q  L  V  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  V  K  I  A  A  A  K  D  D  F  A  A  L  F  A  A  A  S  G  V  N  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  L  D  E  R  S  G  H  S  V  S  D  Q  Q  I  F  E  D  H  A  R  K  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  K  Y  E 
------------------------------------------------------------CGAAAATACGAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  A  F  F  E  D  M  Q  R  L  G  I  R  E  P  D  I  V  T  R  V  T  E  Y 
 R  A  F  F  E  D  M  Q  R  L  .  .  .  .  .  D  I  V  T  R  V  T  E  - 
CGAGCGTTCTTCGAGGACATGCAGCGCTTG---------------GACATCGTGACGCGCGTCACGGAG---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  P  Q  V  V  E  F  V  Q  K  I  I  D  N  G  F  A  Y  V  G  E  T  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  F  D  T  E  A  Y  I  R  A  G  H  D  Y  P  K  L  K  P  G  G  D  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  T  E  D  E  M  A  E  G  E  G  V  L  S  K  G  I  E  G  E  K  R  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  D  F  A  L  W  K  F  S  K  P  G  E  P  R  W  P  S  P  W  G  E  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  G  W  H  I  E  C  S  V  M  A  S  D  I  L  G  E  N  M  D  I  H  S  G 
 -  G  W  H  I  E  C  S  V  M  A  S  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  S  G 
---GGCTGGCACATCGAGTGCTCCGTGATGGCGTCC------------------------ATCCACAGCGGT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  W  D  L  K  F  P  H  H  D  N  E  C  A  Q  S  E  A  C  N  L  H  S  Q 
 G  W  D  L  K  F  P  H  .  D  N  E  C  A  Q  S  E  A  C  -  -  -  -  - 
GGGTGGGACTTGAAGTTTCCGCAC---GACAACGAGTGCGCGCAGAGCGAGGCGTGC---------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 W  V  N  Y  F  L  H  C  G  H  L  H  I  K  G  L  K  M  S  K  S  L  K  N 
 -  V  .  Y  F  L  H  C  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  - 
---GTG---TACTTCCTCCACTGC------------------------AAGATGAGCAAGAGC---------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  I  T  I  R  Q  A  L  D  E  L  G  V  T  A  R  T  M  R  L  L  F  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  P  W  N  K  P  M  N  F  S  D  Q  S  L  D  E  A  K  E  K  E  R  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 R  A  F  F  G  S  V  D  I  V  L  R  T  D  N  W  K  A  T  Q  G  A  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 H  D  R  E  L  L  S  K  W  V  E  A  E  A  A  V  H  A  A  L  Q  D  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  T  V  V  A  L  Q  Q  L  M  S  L  V  A  A  T  N  Q  Y  L  L  S  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 R  P  S  A  T  L  V  R  K  V  G  C  Y  V  T  K  M  F  R  I  F  G  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 E  G  S  D  D  V  G  L  Q  K  Q  G  S  G  D  G  E  A  R  F  I  E  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 N  T  L  V  R  F  R  D  E  V  R  D  A  A  K  D  H  K  V  V  A  G  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 P  L  C  D  K  V  R  D  E  W  L  V  D  A  G  V  R  L  E  D  N  P  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 P  T  T  W  K  S  D  E  P  A  L  L  H  K  E  L  A  E  R  R  A  Q  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 G  D  R  Q  R  R  L  A  N  Q  A  E  T  K  R  K  L  V  E  K  W  R  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 T  Y  P  P  S  E  Y  F  R  L  Q  D  E  Q  R  V  E  K  K  Y  A  A  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 D  V  T  G  L  P  T  M  T  A  A  G  E  E  V  S  E  K  E  A  K  K  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 K  E  Q  A  K  Y  A  K  S  Y  D  E  F  I  G  K  G  G  V  S  W  L  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784
 Q  E  A  E  L  A  S  M  V  A  E  L  K  G  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

cys_euk_P_chromatophora

Class I

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_cys_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  L  K  F  T  N  T  L  T  R  Q  L  E  S  F  T  P  I  K  D  R  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  I  Y  C  C  G  V  T  V  Y  D  L  C  H  L  G  H  A  R  S  Y  I  A  W 
 S  I  Y  C  .  G  V  T  V  Y  D  L  C  H  L  G  H  A  R  S  Y  I  A  W 
TCTATTTACTGT---GGAGTTACTGTATATGATTTGTGTCACTTAGGTCATGCCCGTAGCTATATTGCCTGG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  V  L  R  R  Y  L  I  W  R  G  Y  E  V  T  F  V  Q  N  F  T  D  I  D 
 D  V  L  R  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  V  Q  N  F  T  D  I  D 
GATGTCTTAAGACGTTAT------------------------ACTTTCGTACAAAATTTTACTGATATTGAT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  K  I  L  V  R  A  A  R  E  E  S  S  M  Q  L  V  S  D  R  N  I  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  R  N  I  E  A 
------------------------------------------------------GACCGTAATATAGAGGCT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  K  S  D  M  A  L  L  N  I  L  P  A  D  R  M  P  R  A  T  K  C  L  D 
 F  K  S  D  M  A  L  L  .  .  .  .  .  D  R  M  P  R  A  T  K  -  -  - 
TTCAAGTCTGATATGGCCCTGTTA---------------GATAGAATGCCTCGAGCTACTAAA---------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  I  R  S  I  I  S  D  L  E  K  K  G  V  A  Y  S  T  E  G  D  V  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  I  K  E  Y  A  Q  Y  G  K  L  S  G  K  D  L  S  K  L  Q  E  G  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  R  I  S  A  S  E  E  V  R  K  K  N  S  F  D  F  A  L  W  K  K  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  D  E  P  S  F  T  S  P  W  G  L  G  R  P  G  W  H  I  E  C  S  T  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  S  T  M 
---------------------------------------------GGATGGCATATAGAATGTTCAACGATG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  R  E  E  L  G  E  T  I  D  I  H  L  G  G  A  D  L  I  F  P  H  H  E 
 V  R  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  L  G  G  A  D  L  I  F  P  H  .  E 
GTGCGA------------------------ATTCATCTAGGCGGTGCTGATCTTATATTTCCACAT---GAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  E  I  A  Q  S  E  M  A  N  G  K  N  L  A  N  Y  W  L  H  N  G  M  V 
 N  E  I  A  Q  S  E  M  A  -  -  -  -  -  A  .  Y  W  L  H  N  -  -  - 
AATGAAATTGCACAATCAGAAATGGCT---------------GCC---TATTGGCTTCACAAT---------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 N  V  N  G  Q  K  M  S  K  S  L  G  N  F  T  T  I  R  E  L  L  A  S  G 
 -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AAGATGTCTAAGTCT------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  S  P  L  A  L  R  L  F  V  L  Q  T  H  Y  R  K  P  L  D  F  N  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  L  K  A  A  S  I  G  W  A  N  L  N  I  A  L  S  L  G  E  R  F  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  L  Q  W  D  L  G  E  F  T  K  L  Y  V  L  L  M  N  K  E  D  E  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  K  K  L  K  P  K  L  I  E  I  M  D  P  L  K  L  A  Y  Q  N  F  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  M  D  E  D  L  N  T  S  A  A  I  A  I  L  F  K  L  A  K  P  L  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  S  N  R  L  E  R  G  E  I  I  N  S  N  S  K  T  V  L  F  E  E  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 C  Q  W  Q  L  L  I  G  L  A  S  I  L  G  L  R  A  E  R  L  G  E  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  S  L  S  S  N  D  I  T  V  Q  I  K  L  R  N  E  S  K  A  K  K  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  T  A  D  R  I  R  D  F  L  K  D  K  G  I  E  L  I  D  K  P  G  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510
 T  E  W  I  Q  H 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

cys_euk_C_gigas

Class I

Eukaryotes/Crassostrea gigas/amino acid sequences/Cgigas_cys_aa

Eukaryotes/Crassostrea gigas/nucleotide sequences/Cgigas_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  K  L  Y  L  Y  N  S  L  T  K  S  R  E  P  F  A  P  I  S  N  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  K  I  Y  S  C  G  P  T  V  Y  D  F  P  H  I  G  N  Y  R  S  F  L  F 
 -  K  I  Y  S  .  G  P  T  V  Y  D  F  P  H  I  G  N  Y  R  S  F  L  F 
---AAAATTTACTCC---GGTCCAACGGTTTACGATTTTCCCCACATAGGTAATTACCGCTCCTTCCTTTTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  D  L  L  H  R  T  L  K  A  F  G  Y  R  V  K  L  V  M  N  I  T  D  I 
 S  D  L  L  H  R  T  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  V  M  N  I  T  D  I 
TCCGACCTCCTGCACCGCACA------------------------AAATTGGTGATGAACATCACCGACATC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  D  K  T  I  K  A  S  L  A  H  K  E  S  L  K  S  Y  T  D  R  Y  T  Q 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  R  Y  T  Q 
GAC------------------------------------------------------GATCGCTACACTCAA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  F  L  Q  D  L  K  D  L  Q  I  L  Q  A  S  H  Y  P  R  A  T  D  N  I 
 A  F  L  Q  D  L  K  D  L  .  .  .  .  .  S  H  Y  P  R  A  T  D  -  - 
GCCTTTTTGCAAGATTTAAAAGATTTG---------------TCCCACTACCCCCGCGCCACCGAT------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  E  M  I  E  M  I  K  V  L  L  E  K  K  H  A  Y  I  A  D  G  S  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  R  L  S  T  F  P  N  Y  G  K  L  N  H  F  K  L  E  D  Q  I  V  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  G  R  N  D  S  D  E  Y  K  K  E  N  F  S  D  F  V  L  W  K  K  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  S  D  G  D  V  F  Y  D  S  P  F  G  K  G  R  P  G  W  H  I  E  C  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  W  H  I  E  C  S 
---------------------------------------------------GGTTGGCACATAGAATGTTCT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  M  S  R  R  F  L  G  D  H  F  D  I  H  T  G  G  T  D  N  R  F  P  H 
 A  M  S  R  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  T  G  G  T  D  N  R  F  P  H 
GCTATGAGCCGC------------------------ATACACACAGGGGGCACTGACAACCGTTTTCCGCAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  E  N  E  I  A  Q  S  E  C  F  S  G  K  D  F  V  N  Y  W  L  H  V  A 
 .  E  N  E  I  A  Q  S  E  C  F  -  -  -  -  -  V  .  Y  W  L  H  V  - 
---GAAAATGAAATCGCCCAGTCAGAATGTTTT---------------GTC---TACTGGTTGCATGTA---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  L  L  V  E  G  E  K  M  S  K  S  L  G  N  F  Y  T  L  R  D  L  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------AAGATGAGCAAGTCG------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  N  I  N  P  L  T  L  R  Y  M  M  L  S  T  H  Y  R  N  P  F  N  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  E  G  V  S  A  V  E  K  A  I  A  R  V  N  R  T  V  Q  R  L  E  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  K  E  L  A  I  E  A  A  S  D  K  K  S  P  T  E  K  K  I  H  A  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  K  V  V  E  K  M  E  R  E  I  D  R  F  Y  Q  A  L  A  D  D  L  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  S  A  L  S  V  L  F  D  V  L  A  L  V  N  P  L  L  D  K  N  Q  M  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  K  I  A  K  S  L  T  V  F  L  H  K  V  D  E  I  F  C  F  I  D  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  T  E  S  K  I  P  K  D  I  S  D  L  A  E  K  R  D  E  A  R  K  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  Y  A  L  S  D  Q  L  R  D  E  I  I  A  K  G  Y  K  V  E  D  A  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489
 K  T  V  V  K  K  H  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

cys_euk_N_ceranae

Class I

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_cys_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_cys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  K  I  Y  N  S  L  T  K  K  L  E  I  F  N  P  I  D  P  N  N  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
---------------------------------------------------------------------TCT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  Y  I  C  G  P  T  V  Y  D  H  S  H  I  G  H  A  R  T  Y  V  S  F  D 
 I  Y  I  .  G  P  T  V  Y  D  H  S  H  I  G  H  A  R  T  Y  V  S  F  D 
AACTTCATC---AATATTATACAAGTCCTTCTTATTCACACCTTCTTTTAGTGCCATCCTAATTTTATTCCT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  I  R  N  I  L  E  K  Y  F  N  Y  N  V  T  F  V  M  N  I  T  D  I  D 
 V  I  R  N  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  V  M  N  I  T  D  I  D 
AAAAATATTAATTAA---------------------------TCTTACTTTTTCTTCTTTATTAATCCCAAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  K  I  I  N  K  S  K  E  T  G  M  S  M  K  D  I  T  V  K  Y  T  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  K  Y  T  N  L 
------------------------------------------------------TACTAAGTCTAATTTACT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  L  E  D  M  A  L  L  N  V  R  K  P  T  V  L  T  K  V  T  E  Y  V  D 
 F  L  E  D  M  A  L  L  .  .  .  .  .  T  V  L  T  K  V  T  E  -  -  - 
GTTAGTAAATGACACAAGTTCTAG---------------TGAAGGGGTATCAAAATTATTACT---------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  I  K  E  Y  V  K  I  L  E  N  N  G  Y  A  Y  E  S  N  G  S  V  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  V  M  E  Y  K  K  K  F  K  Y  P  I  F  R  E  E  T  V  N  N  L  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  P  N  I  Q  D  K  K  S  P  L  D  F  A  L  W  K  K  D  N  L  F  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  R  P  G  W  H  I  E  C  S  V  M  A  N  D  V  L  G  D  Y  I  D  I  H 
 -  -  -  G  W  H  I  E  C  S  V  M  A  N  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H 
---------TATACTTTTTATAGTAGTAAAATTTTTAAGAGA------------------------ATTTAA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  G  G  V  D  L  K  F  P  H  H  E  N  E  I  A  Q  C  Q  A  R  Y  Q  K 
 A  G  G  V  D  L  K  F  P  H  .  E  N  E  I  A  Q  C  Q  A  R  -  -  - 
ATGTCCTGTGTGCATAAAATAATTAACCCA---TTTTTTCTGGTAGCGTGCTTGACATTGTGC---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  P  W  V  N  Y  F  M  H  T  G  H  L  N  I  N  G  L  K  M  S  K  S  L 
 -  -  -  V  .  Y  F  M  H  T  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  - 
---------CGG---TTTAAGATCAACCCC------------------------TCCCAATACATCATT---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  N  F  T  T  I  K  S  I  L  E  R  C  T  P  I  Q  L  R  I  L  F  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  Q  W  N  K  D  M  N  Y  E  E  E  Q  I  K  F  A  Q  N  V  E  K  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  N  F  F  M  Y  V  N  S  I  N  N  I  S  K  I  Y  N  K  N  D  I  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  D  L  I  S  K  T  S  K  I  V  D  V  S  F  S  N  N  F  D  T  P  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  K  A  L  L  E  L  V  S  F  T  N  S  K  L  D  L  V  S  A  C  T  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Q  V  R  D  F  V  K  R  I  L  D  I  L  G  I  N  K  E  E  K  V  R  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  S  E  N  L  A  K  L  I  N  I  F  R  N  K  I  R  M  A  L  K  E  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 N  K  K  D  L  Y  N  I  C  D  E  V  R  D  N  L  K  D  L  G  Y  V  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467
 D  S  K  L  E  T  L  I  K  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

gln_bact_P_mikurensis

Class I

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/amino acid sequences/Pmikurensis_gln_aa

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/nucleotide sequences/Pmikurensis_gln_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  A  P  H  D  A  E  G  P  S  H  D  P  L  G  F  L  R  E  A  V  Q  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  L  D  T  G  R  C  E  L  P  V  R  T  R  F  P  P  E  P  N  G  F  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  T  R  F  P  P  E  P  N  G  F  L  H 
---------------------------------AGGACCCGCTTTCCGCCGGAGCCCAACGGCTTCCTGCAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  G  H  A  K  A  I  C  I  D  F  G  V  A  R  A  F  G  G  P  C  L  L  R 
 V  G  H  A  K  A  I  C  I  D  F  G  V  A  R  A  -  -  -  P  C  L  L  R 
GTCGGCCACGCCAAAGCCATCTGCATCGATTTCGGCGTCGCCCGCGCC---------CCGTGCCTGCTCCGC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  D  D  T  N  P  V  A  E  E  A  R  Y  A  D  A  I  R  T  D  L  A  W  L 
 F  D  D  T  N  -  -  -  -  -  A  R  Y  A  D  A  I  R  T  D  L  A  W  L 
TTCGACGACACCAAC---------------GCCCGCTACGCCGACGCGATCCGCACGGACCTCGCGTGGCTC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  F  E  P  S  E  I  T  H  T  S  D  H  F  D  A  L  A  G  L  A  D  R  L 
 .  .  .  .  S  E  I  T  H  T  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TCGGAGATCACCCACACCAGCGAC------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  E  G  G  L  A  Y  V  D  E  Q  P  V  E  A  I  R  E  Q  R  G  S  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  P  G  T  P  S  P  F  R  D  R  P  A  A  E  S  A  A  R  F  A  E  M  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  G  A  A  P  E  G  S  M  V  L  R  A  K  I  D  M  A  A  P  N  L  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  D  P  V  L  Y  R  V  L  H  A  T  H  A  R  T  G  D  A  W  K  V  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  Y  D  F  A  H  G  Q  C  D  A  I  E  G  V  T  H  S  L  C  S  L  E  F 
 T  Y  D  F  A  H  G  Q  C  D  A  -  -  -  -  -  H  S  L  C  S  L  E  F 
ACCTACGACTTCGCCCACGGCCAGTGCGACGCG---------------CACTCGCTGTGCTCGCTGGAGTTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  D  H  R  P  L  Y  D  W  F  I  E  K  L  G  L  F  P  S  R  Q  I  E  F 
 E  D  H  R  P  L  Y  D  W  F  I  E  K  L  -  -  -  -  S  R  Q  I  E  F 
GAGGACCACCGCCCGCTCTACGACTGGTTCATCGAGAAGCTG------------TCCCGGCAGATCGAGTTC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  R  L  N  L  T  H  T  I  T  S  K  R  K  L  R  A  L  V  D  E  G  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  I  T  S  K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------ATCACCAGCAAGCGG---------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  G  W  D  D  P  R  M  P  T  L  A  G  M  R  R  R  G  Y  A  A  A  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  S  F  C  D  E  L  G  V  T  K  F  V  G  T  T  E  L  A  L  L  E  H  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  R  K  H  L  N  E  T  A  E  R  R  M  A  V  M  D  P  I  E  L  V  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  F  E  E  G  R  V  D  R  L  P  A  V  N  R  P  Q  D  G  E  E  G  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  E  L  P  F  T  R  T  L  Y  I  E  R  E  D  F  K  E  D  A  N  R  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  R  L  T  P  G  R  E  V  R  L  R  W  A  Y  L  V  T  C  T  G  C  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  S  D  G  N  V  V  R  V  F  A  T  H  D  P  A  S  R  G  G  N  A  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  R  K  V  K  G  T  I  H  W  V  S  A  G  H  A  I  D  A  E  C  R  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 R  P  L  F  A  T  A  D  P  A  E  G  A  D  E  D  P  P  R  G  W  R  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  A  P  D  S  L  E  V  V  T  A  K  A  E  P  S  L  A  D  A  G  P  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  V  Q  F  E  R  I  G  Y  F  H  R  E  P  G  E  R  P  V  F  H  R  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562
 P  L  R  E  D  A  G  K  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

gln_bact_S_elongatus

Class I

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_gln_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_gln_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  V  R  V  R  I  A  P  S  P  T  G  N  L  H  I  G  T  A  R  T  A  V 
 -  -  -  R  V  R  I  A  P  S  P  T  G  N  L  H  I  G  T  A  R  T  A  V 
---------CGCGTTCGCATTGCTCCTAGCCCCACCGGCAACCTCCACATTGGCACGGCCCGCACTGCCGTC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  N  W  L  F  A  R  R  H  Q  G  Q  F  I  L  R  I  E  D  T  D  L  E  R 
 F  N  W  L  F  A  R  R  -  -  -  Q  F  I  L  R  I  E  D  T  D  -  -  - 
TTCAACTGGTTGTTTGCGCGGCGG---------CAGTTCATCCTGCGCATCGAAGATACAGAC---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  R  S  E  Y  T  D  N  I  L  T  G  L  Q  W  L  G  L  N  W  D  E  G  P 
 -  -  S  E  Y  T  D  N  I  L  T  G  L  Q  W  L  .  .  .  .  D  -  G  P 
------TCGGAATACACCGACAACATCCTGACCGGCCTCCAGTGGCTG------------GAC---GGCCCG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  Y  Q  T  Q  R  L  D  L  Y  K  A  A  V  Q  Q  L  L  D  S  G  K  A  Y 
 F  Y  Q  T  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCTACCAAACCCAG---------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  C  Y  C  T  E  A  E  L  E  A  L  R  E  S  Q  R  A  R  N  E  A  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  D  N  R  H  R  D  L  T  P  E  Q  E  A  A  F  Q  A  E  G  R  E  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  R  F  R  I  D  D  D  R  E  I  A  W  T  D  L  V  R  D  R  V  V  W  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  S  D  L  G  G  D  M  V  I  A  R  R  S  P  A  G  T  I  G  Q  P  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y 
------------------------------------------------------------------CTCTAC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  L  A  V  V  V  D  D  I  D  M  T  I  S  H  V  I  R  G  E  D  H  I  A 
 N  L  A  V  V  V  D  D  I  -  -  -  -  -  H  V  I  R  G  E  D  H  I  A 
AACCTCGCGGTCGTGGTCGATGACATC---------------CACGTCATTCGCGGCGAAGACCACATCGCT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  T  A  K  Q  I  L  L  Y  E  A  L  G  A  A  V  P  E  F  A  H  T  P  L 
 N  T  A  K  Q  I  L  L  Y  E  A  L  -  -  -  -  P  E  F  A  H  T  -  - 
AACACCGCCAAGCAAATCCTGCTCTACGAAGCGCTG------------CCCGAGTTTGCGCACACG------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  L  N  K  E  G  R  K  L  S  K  R  D  G  V  T  S  I  S  D  F  Q  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  K  L  S  K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------AAACTCTCGAAGCGT------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  Y  L  P  E  A  I  A  N  Y  M  T  L  L  G  W  S  P  V  E  G  M  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  F  S  L  A  E  A  A  T  V  F  D  F  D  R  V  N  K  A  G  A  K  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 W  D  K  L  N  W  L  N  S  Q  V  I  K  E  K  S  A  S  E  L  V  A  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  P  F  W  S  K  A  G  V  D  T  A  A  Y  P  A  A  W  L  E  E  L  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  L  G  P  S  L  V  T  L  T  D  I  V  G  Q  S  Q  L  F  F  S  Q  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  L  Q  E  D  A  I  A  Q  L  G  Q  A  G  S  K  A  V  L  Q  Q  I  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  L  P  S  E  A  L  T  L  E  V  A  K  G  L  I  D  Q  A  V  K  A  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  K  K  G  I  G  M  R  S  L  R  A  A  L  M  G  S  M  Q  G  P  D  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  S  W  V  L  L  H  Q  A  G  Q  A  Q  P  R  L  Q  A  A  I  A  A  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481
 G 
 - 
---

gln_bact_T_thermophilus

Class I

Bacteria/Thermus thermophilus/amino acid sequences/Tthermophilus_gln_aa

Bacteria/Thermus thermophilus/nucleotide sequences/Tthermophilus_gln_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  L  V  P  E  C  F  I  T  E  L  V  E  R  D  L  K  E  G  K  Y  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  V  T  R  F  P  P  E  P  N  G  Y  L  H  I  G  H  A  R  S  I  V  L  N 
 -  V  T  R  F  P  P  E  P  N  G  Y  L  H  I  G  H  A  R  S  I  V  L  N 
---CCGCCAGAAGTAGCCCAGGCGCTCCAGCTGGTAGCGGGTGTCCTCGGGGTCCTGGGCCACGCTCGGCTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  G  L  A  Q  D  Y  G  G  E  C  N  L  R  F  D  D  T  N  P  E  T  E  K 
 F  G  L  A  Q  D  -  -  -  E  C  N  L  R  F  D  D  T  N  -  -  -  -  - 
AATGAAGCCCCGCTTCAC---------CTCGGGGTTGAGGTTTTGCAGGAAGTCCCC---------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  E  Y  A  R  A  I  E  E  D  V  R  W  L  G  F  R  P  T  R  V  L  Y  A 
 E  E  Y  A  R  A  I  E  E  D  V  R  W  L  .  .  .  .  T  R  V  L  Y  A 
CTTGGTGCGGAAGAGCCTGCCGTAGAGCCTAAACTCCACGGG------------GGCGGAGACCCAGTGGAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  D  Y  F  E  T  M  Y  Q  C  A  L  V  L  I  Q  E  G  K  A  Y  V  D  D 
 S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACCCC------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  P  E  E  E  M  S  E  L  R  A  Q  G  K  P  S  P  Y  R  E  R  S  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  N  L  E  L  F  E  R  M  R  R  G  E  F  P  T  G  S  R  V  L  R  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  D  P  A  H  P  N  F  K  L  R  D  P  V  L  Y  R  I  V  H  A  P  H  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 H  V  G  D  R  W  V  I  Y  P  M  Y  D  F  A  H  P  L  E  D  F  I  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  Y  D  F  A  H  P  L  E  D  F  -  -  - 
------------------------------GGGGTCCACCACGCCCAAGACCCTGGGGGCGAT---------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  T  H  S  L  C  T  L  E  F  E  N  N  R  T  V  Y  D  W  V  I  E  N  L 
 -  -  H  S  L  C  T  L  E  F  E  N  N  R  T  V  Y  D  W  V  I  E  N  L 
------CCGCACCACCTCCTCAAAGAGGTCCATCTCTATCTGGGCCTCGTTCCTGGAGATCCCCGTCTTGCG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  G  K  C  G  L  P  T  S  P  R  P  H  Q  Y  E  F  A  R  L  D  L  S  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  H  Q  Y  E  F  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------CCTCCGCCTCAGGCCCCT---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  V  L  S  K  R  K  L  I  K  L  V  E  G  G  Y  V  S  G  W  D  D  P  R 
 -  V  L  S  K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CCAGCCCGAGACGTA------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  P  T  L  R  G  L  R  R  R  G  V  R  P  E  A  I  V  E  F  V  R  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  I  S  R  N  E  A  Q  I  E  M  D  L  F  E  E  V  V  R  D  D  L  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  A  P  R  V  L  G  V  V  D  P  L  K  V  V  L  T  N  Y  E  G  E  E  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  E  A  P  Y  W  P  R  D  I  P  K  E  G  T  R  P  L  P  F  S  P  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  I  E  R  T  D  F  S  L  N  P  P  K  G  W  K  R  L  A  P  G  Q  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  L  R  H  A  Y  V  I  E  L  E  D  V  V  E  E  G  G  E  V  R  L  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  R  I  V  P  G  T  L  G  A  N  P  E  D  G  V  R  P  K  G  V  I  H  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  S  A  R  H  A  L  P  V  E  F  R  L  Y  G  R  L  F  R  T  K  D  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  G  G  D  F  L  Q  N  L  N  P  E  A  L  V  V  K  R  G  F  I  E  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  A  Q  D  P  E  D  T  R  Y  Q  L  E  R  L  G  Y  F  W  R  D  P  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548
 S  R  P  E  A  L  V  M  N  R  I  V  P  L  K  E  G  Y  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

gln_bact_B_fragilis

Class I

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_gln_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_gln_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  D  M  T  D  I  K  N  E  E  A  G  E  K  K  S  L  N  F  I  E  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  E  N  D  L  K  A  G  K  N  G  G  K  V  Q  T  R  F  P  P  E  P  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  T  R  F  P  P  E  P  N  G 
------------------------------------------CAAACACGGTTCCCGCCGGAACCAAACGGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  L  H  I  G  H  A  K  A  I  C  L  D  F  G  I  A  A  A  H  G  G  V  C 
 Y  L  H  I  G  H  A  K  A  I  C  L  D  F  G  I  A  A  A  -  -  -  V  C 
TACCTGCACATCGGGCACGCTAAAGCCATTTGTCTCGACTTCGGCATCGCTGCCGCA---------GTGTGC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  L  R  F  D  D  T  N  P  T  K  E  D  M  E  Y  V  E  A  I  Q  E  D  I 
 N  L  R  F  D  D  T  N  -  -  -  -  -  M  E  Y  V  E  A  I  Q  E  D  I 
AACCTTCGTTTCGACGACACTAAC---------------ATGGAATATGTAGAAGCCATCCAGGAAGATATC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  W  L  G  F  Q  W  G  N  V  Y  Y  A  S  D  Y  F  Q  Q  L  W  D  F  A 
 R  W  L  G  -  -  -  -  N  V  Y  Y  A  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGGTGGCTGGGA------------AACGTATATTATGCCTCAGAT---------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  T  L  I  K  E  G  K  A  Y  V  D  E  Q  T  S  E  Q  I  A  Q  Q  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  P  T  Q  P  G  V  E  S  P  Y  R  N  R  P  I  E  E  S  L  A  L  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  M  N  S  D  E  A  K  E  G  S  M  V  L  R  A  K  I  D  M  A  S  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  H  F  R  D  P  I  M  Y  R  I  L  H  V  A  H  H  R  T  G  T  Q  W  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  Y  P  M  Y  D  F  A  H  G  Q  S  D  Y  F  E  G  V  T  H  S  L  C  T 
 -  -  -  M  Y  D  F  A  H  G  Q  S  D  Y  -  -  -  -  -  H  S  L  C  T 
---------ATGTATGACTTTGCACACGGTCAGAGCGACTAT---------------CACTCACTCTGTACA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  E  F  V  P  H  R  P  L  Y  D  L  F  I  D  W  L  K  E  G  K  D  L  D 
 L  E  F  V  P  H  R  P  L  Y  D  L  F  I  D  W  L  -  -  -  -  -  -  - 
CTCGAGTTCGTGCCTCACCGTCCTCTTTACGATCTGTTCATCGACTGGCTG---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  N  R  P  R  Q  T  E  F  N  K  L  N  L  N  Y  T  L  M  S  K  R  N  L 
 -  -  -  P  R  Q  T  E  F  -  -  -  -  -  -  -  -  L  M  S  K  R  -  - 
---------CCCCGTCAGACGGAGTTC------------------------CTGATGAGTAAACGC------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  I  L  V  K  E  G  L  V  N  D  W  D  D  P  R  M  P  T  L  C  G  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  R  G  Y  S  P  E  S  I  R  K  F  I  D  K  I  G  Y  T  T  Y  D  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  D  F  A  L  L  E  S  A  V  R  E  D  L  N  A  R  A  T  R  V  S  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  N  P  V  K  L  I  I  T  N  Y  P  E  G  Q  V  E  E  L  E  A  I  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  E  D  P  T  A  G  S  H  T  I  E  F  S  R  E  L  W  M  E  R  D  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 M  E  D  A  P  K  K  Y  F  R  M  T  P  G  Q  E  V  R  L  K  N  A  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  K  C  T  G  C  K  K  D  E  N  G  T  V  T  E  V  Y  C  E  Y  D  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  R  S  G  M  P  D  A  N  R  K  V  K  G  T  L  H  W  L  S  C  N  H  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  P  A  E  V  R  L  Y  D  R  L  W  K  V  E  N  P  R  D  E  M  A  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 R  E  A  K  G  C  D  A  L  E  A  M  K  E  M  I  N  P  D  S  L  T  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  H  C  Y  I  E  K  Y  V  A  D  M  P  A  L  S  Y  L  Q  F  Q  R  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Y  F  N  I  D  K  D  S  T  P  G  H  L  V  F  N  R  T  V  G  L  K  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582
 W  G  K  I  N  K 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

gln_bact_G_obscuriglobus

Class I

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/amino acid sequences/Gemmata_gln_aa

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/nucleotide sequences/Gemmata_gln_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  T  A  L  T  G  R  L  A  P  S  P  T  G  A  Q  H  V  G  N  A  R  T 
 -  -  -  -  -  T  G  R  L  A  P  S  P  T  G  A  Q  H  V  G  N  A  R  T 
---------------ACCGGCCGACTGGCCCCCTCGCCGACCGGCGCGCAGCACGTCGGGAACGCCCGCACG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  L  V  A  W  L  A  A  R  A  G  G  G  T  V  R  V  R  I  E  D  I  D  S 
 Y  L  V  A  W  L  A  A  R  A  -  -  -  T  V  R  V  R  I  E  D  I  D  - 
TACCTGGTCGCGTGGCTCGCGGCGCGGGCC---------ACCGTTCGGGTCCGCATCGAGGACATCGAC---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  R  I  K  P  G  A  A  E  Q  A  L  D  D  L  R  W  L  G  L  D  W  D  G 
 -  -  -  -  P  G  A  A  E  Q  A  L  D  D  L  R  W  L  .  .  D  -  -  - 
------------CCCGGCGCGGCGGAGCAGGCGCTCGACGACCTCCGCTGGCTC------GAC---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  V  V  T  Q  T  T  R  L  P  L  Y  E  A  A  L  E  T  L  K  Q  A  E  Q 
 E  -  V  T  Q  T  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAA---GTCACCCAGACGACG---------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  Y  P  C  T  C  T  R  S  D  I  A  S  A  A  S  A  P  H  A  G  E  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  Y  P  G  T  C  A  H  R  S  A  A  D  A  V  V  L  Q  R  D  G  K  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  W  R  F  R  V  A  D  S  P  A  F  T  D  L  F  A  G  E  Q  Q  I  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  H  A  G  G  D  F  V  V  W  K  S  A  G  T  P  A  Y  Q  L  A  V  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y  Q  L  A  V  V  V 
------------------------------------------------GCTTATCAGCTCGCGGTCGTGGTG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  D  A  A  M  G  V  T  E  V  V  R  G  D  D  L  I  P  S  T  P  R  Q  L 
 D  D  A  -  -  -  -  -  E  V  V  R  G  D  D  L  I  P  S  T  P  R  Q  L 
GACGACGCC---------------GAAGTGGTGCGCGGCGACGACCTCATCCCGTCCACGCCGCGGCAACTC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  L  Y  R  A  L  G  L  A  P  P  A  F  A  H  V  P  L  V  V  G  A  D  G 
 L  L  Y  R  A  L  -  -  -  -  P  A  F  A  H  V  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTGCTGTATCGCGCGCTG------------CCGGCGTTCGCGCACGTC------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  R  L  A  K  R  H  G  D  T  R  L  A  A  L  R  S  A  G  V  K  P  E  A 
 -  R  L  A  K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CGGCTCGCCAAGCGC------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  L  G  L  L  G  W  S  C  G  W  L  D  R  P  E  P  V  R  A  R  D  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  R  F  R  L  E  T  I  P  K  R  T  F  V  L  T  A  D  L  L  S  A  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315
 Y  A  G 
 -  -  - 
---------

gln_euk_L_infantum

Class I

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_gln_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_gln_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  G  P  A  A  A  E  V  K  E  M  E  T  K  R  D  L  S  I  L  Q  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  P  V  P  G  C  R  N  T  R  E  L  L  E  A  H  E  K  V  T  G  G  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  F  R  F  P  P  E  P  N  G  F  L  H  I  G  H  A  K  S  M  N  L  N  F 
 Y  F  R  F  P  P  E  P  N  G  F  L  H  I  G  H  A  K  S  M  N  L  N  F 
CTCGAAGTGCTTGAAGTTCTCGACGCCCTTCTCCGCGTACCCGTGCGACACCACCTCGCTCTTCTCGTCGAT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  S  A  R  A  H  G  G  K  C  Y  L  R  Y  D  D  T  N  P  E  S  E  D  Q 
 G  S  A  R  A  -  -  -  K  C  Y  L  R  Y  D  D  T  N  -  -  -  -  -  Q 
GAACTTGAGAAACTC---------GGCGGCACGGTCGTCCTTGAGAAGCGCGTT---------------CAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  Y  I  D  A  I  M  E  M  V  D  W  M  G  W  K  P  D  W  V  T  F  S  S 
 V  Y  I  D  A  I  M  E  M  V  D  W  M  .  .  .  .  D  W  V  T  F  S  S 
CGGCGTACATGCCGTCGCGCTCACCCAGGAGATATTTGT------------TTTACGCTCGAAGTCGATGTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  Y  F  D  Q  L  H  T  F  A  V  Q  L  I  K  D  G  K  A  Y  V  D  H  S 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAC---------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  P  D  E  L  K  Q  Q  R  E  Q  R  E  D  S  P  W  R  N  R  S  V  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  L  L  L  F  K  H  M  R  Q  G  R  Y  A  E  G  E  A  T  L  R  V  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  M  K  S  D  N  P  N  M  R  D  F  I  A  Y  R  V  K  Y  V  E  H  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  K  D  K  W  C  I  Y  P  S  Y  D  F  T  H  C  L  I  D  S  L  E  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  Y  D  F  T  H  C  L  I  D  S  -  -  -  - 
---------------------------CAGGGTGTTCTCCAGCATGCTGATCTGAATTAC------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  Y  S  L  C  T  L  E  F  E  T  R  R  E  S  Y  F  W  L  L  N  E  L  N 
 -  Y  S  L  C  T  L  E  F  E  T  R  R  E  S  Y  F  W  L  L  N  E  L  - 
---GATACCAACCAGCTCGCAGAAGCGGTTAATGGCGGCCGGAGTGTACCCGCGGCGACGCATGCCAGC---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  W  R  P  Y  V  W  E  F  S  R  L  N  V  T  G  S  L  L  S  K  R  K  I 
 -  -  -  P  Y  V  W  E  F  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  S  K  R  -  - 
---------GCGGGGGTCGTCAAACCC------------------------CACGTTGATCTTGCG------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  V  L  V  R  K  G  I  V  R  G  F  D  D  P  R  L  L  T  L  A  G  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  R  G  Y  T  P  A  A  I  N  R  F  C  E  L  V  G  I  T  R  S  M  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  Q  I  S  M  L  E  N  T  L  R  E  D  L  D  E  R  C  E  R  R  L  M  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  D  P  I  K  V  V  V  D  N  W  K  G  E  R  I  F  E  C  P  N  H  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  P  E  L  G  S  R  A  L  T  F  T  D  T  F  Y  V  D  R  S  D  F  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  D  D  N  S  K  F  Y  G  L  A  P  G  P  R  V  V  G  L  K  Y  S  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  V  C  K  S  F  E  V  D  A  K  G  Q  P  M  V  I  H  V  D  I  D  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  K  D  K  P  K  T  N  I  S  W  V  S  A  T  A  C  T  P  V  E  V  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Y  N  A  L  L  K  D  D  R  A  A  I  D  P  E  F  L  K  F  I  D  E  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  V  V  S  H  G  Y  A  E  K  G  V  E  N  F  K  H  F  E  S  V  Q  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  F  G  Y  F  V  V  D  P  D  T  T  A  D  H  L  V  M  N  R  V  L  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570
 R  E  D  K  S  K  A  T  V  A  E  P  V  P  A  K  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

gln_euk_C_parvum_Iowa_II

Class I

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/amino acid sequences/Cparvum_gln_aa

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/nucleotide sequences/Cparvum_gln_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  S  L  G  L  K  I  E  N  E  H  I  N  V  V  S  N  T  T  N  F  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  I  V  E  D  D  L  K  N  G  K  H  N  K  I  V  T  R  F  P  P  E  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  T  R  F  P  P  E  P  N 
---------------------------------------------GTTTTCCCTAGCTCCCGATTCAGTAAG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  F  L  H  L  G  H  A  K  S  I  C  L  N  Y  G  I  A  K  I  Y  D  G  R 
 G  F  L  H  L  G  H  A  K  S  I  C  L  N  Y  G  I  A  K  I  -  -  -  R 
CATTTTGATTAATAGGTCTGGAGATTCTCCGAGCTGTACGGTTAGATTGTATACAAGATT---------ATT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  H  L  R  Y  D  D  T  N  P  Y  S  E  E  Q  Q  Y  I  D  A  I  E  E  D 
 F  H  L  R  Y  D  D  T  N  -  -  -  -  -  Q  Q  Y  I  D  A  I  E  E  D 
CTCTCGTTTAGAATCAACAATATCTCT---------------TCTTTCGAATTGATATCTATTCATCTTTAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  R  W  L  G  V  D  W  G  E  H  K  Y  Y  A  S  D  Y  F  D  Q  L  Y  E 
 V  R  W  L  G  -  -  -  -  E  .  K  Y  Y  A  S  D  -  -  -  -  -  -  - 
TTCTCCTTTACTATT------------ATT---TAAGTTCTTTTCTGAAAA---------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  A  K  K  L  I  L  A  G  K  A  Y  V  D  H  Q  T  V  E  E  I  R  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  G  D  S  N  T  P  A  V  E  S  I  Y  R  N  R  S  I  N  E  N  M  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  E  R  M  K  D  G  K  C  D  E  G  E  C  V  L  R  A  K  I  D  M  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  N  P  N  L  R  D  P  I  L  Y  R  I  L  K  Q  S  H  P  H  T  G  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 W  V  I  Y  P  M  Y  D  F  A  H  G  Q  S  D  S  I  E  G  I  T  H  S  I 
 -  -  -  -  -  M  Y  D  F  A  H  G  Q  S  D  S  -  -  -  -  -  H  S  I 
---------------CTGCTGAGAATCAATTTCTTGATTTTCATCGAA---------------TTCAATCCA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 C  T  L  E  F  E  L  H  R  P  L  Y  D  W  L  Q  S  E  L  E  I  T  K  T 
 C  T  L  E  F  E  L  H  R  P  L  Y  D  W  L  Q  S  E  L  -  -  -  -  T 
CAAATTTCTCGTCAAGTACAGGACTCTTTCGCCCATGTCAATATTATCATCAGGATG------------TAT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  Q  I  E  F  A  R  L  N  M  T  Y  L  V  L  S  K  R  K  L  L  L  L  V 
 R  Q  I  E  F  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  S  K  R  -  -  -  -  -  - 
TTCAACTGCTTCTTT------------------------AATGACTACTTTTAG------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  E  K  H  V  A  G  W  D  D  P  R  M  P  T  L  S  A  V  R  R  K  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  P  Q  S  L  W  D  F  C  D  K  I  G  A  S  K  R  D  Q  M  I  H  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  L  E  D  C  V  K  E  N  L  H  S  I  C  Q  R  R  F  A  C  I  Q  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  V  V  I  I  N  W  D  E  C  F  Q  K  E  A  V  E  I  T  V  K  N  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  D  N  I  D  M  G  E  R  V  L  Y  L  T  R  N  L  W  I  E  K  S  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 W  F  D  E  N  Q  E  I  D  S  Q  Q  P  P  G  D  F  K  R  L  F  I  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  V  R  L  K  Y  S  Y  A  I  T  C  K  N  A  I  I  D  T  D  T  K  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  E  V  H  C  I  I  H  S  S  D  N  E  N  D  S  N  V  N  K  K  K  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  I  H  W  L  S  T  S  N  V  T  N  V  E  F  R  L  Y  G  R  L  F  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  E  P  E  N  Q  D  K  D  W  R  Q  F  I  N  N  K  S  L  V  V  I  H  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 F  S  E  K  N  L  L  N  D  E  F  F  N  S  K  G  E  I  K  M  N  R  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 F  E  R  I  G  Y  F  T  R  D  I  V  D  S  K  R  E  N  D  K  I  N  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 Y  N  L  T  V  Q  L  G  E  S  P  D  L  L  I  K  M  L  T  E  S  G  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 E  N  T  K  D  I  E  R  R  N  A  Y  H  T  N  R  E  K  I  A  A  E  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640
 A  R  K  L  A  K  E  A  K  K  V  Q  K  N  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

gln_euk_G_lamblia

Class I

Eukaryotes/Giardia lamblia/amino acid sequences/Glamblia_gln_aa

Eukaryotes/Giardia lamblia/nucleotide sequences/Glamblia_gln_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  H  E  K  K  S  A  F  S  K  T  C  E  S  L  G  I  D  P  N  A  E  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  S  T  I  E  C  L  N  I  L  V  K  K  V  P  Q  D  R  L  A  H  R  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  L  S  K  V  M  S  G  F  S  T  K  Q  L  N  A  A  I  A  Y  L  A  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  S  P  T  I  N  E  V  E  F  D  K  A  C  G  I  G  V  T  Y  T  E  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  S  S  A  L  D  K  A  L  A  K  P  D  S  I  K  N  P  Y  Q  L  V  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 M  G  R  D  L  P  W  A  E  H  D  F  L  L  N  L  A  T  E  K  F  A  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  E  M  R  I  T  A  H  S  C  E  E  D  A  I  T  T  K  T  S  E  A  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  K  D  S  P  P  T  G  S  I  H  V  P  P  I  A  Q  V  L  S  A  I  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  N  R  Y  E  Q  L  L  K  Y  K  W  Q  H  K  D  F  L  K  N  L  G  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  L  T  R  F  P  P  E  P  N  G  Y  L  H  L  G  H  A  K  A  M  F  I  S 
 -  L  T  R  F  P  P  E  P  N  G  Y  L  H  L  G  H  A  K  A  M  F  I  S 
---CTCACGCGCTTTCCCCCTGAGCCGAATGGATACTTGCATCTGGGCCACGCAAAGGCCATGTTCATTTCC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  N  Y  A  L  L  N  N  G  K  T  Y  L  R  M  D  D  T  N  P  E  A  E  S 
 F  N  Y  A  L  L  -  -  -  K  T  Y  L  R  M  D  D  T  N  -  -  -  -  - 
TTCAACTATGCTCTTCTT---------AAGACCTATCTTCGTATGGATGATACCAAT---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  E  Y  I  D  S  I  L  A  S  I  E  W  L  G  H  K  P  F  K  F  T  H  T 
 K  E  Y  I  D  S  I  L  A  S  I  E  W  L  .  .  .  .  F  K  F  T  H  T 
AAGGAGTATATTGACTCTATCTTAGCTAGTATCGAGTGGCTG------------TTCAAATTCACACATACC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  D  Y  F  Q  R  L  Y  D  V  A  V  E  L  V  R  Q  G  K  A  Y  V  C  D 
 S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCCGAC------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  T  V  E  E  V  A  K  Y  R  E  E  R  L  D  P  P  G  R  K  R  S  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  N  L  R  I  F  E  G  M  K  C  G  L  Y  K  E  S  Q  Y  T  L  R  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  D  M  Q  S  D  N  P  N  M  R  D  P  I  A  Y  R  I  K  Y  C  R  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  T  G  S  A  W  C  I  Y  P  S  Y  D  F  S  H  C  L  I  D  A  F  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  Y  D  F  S  H  C  L  I  D  A  -  -  - 
------------------------------TCCTATGATTTCTCTCATTGTCTTATCGACGCA---------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  T  H  S  L  C  T  L  E  F  G  I  R  R  E  S  Y  D  W  V  T  H  N  V 
 -  -  H  S  L  C  T  L  E  F  G  I  R  R  E  S  Y  D  W  V  T  H  N  V 
------CATTCACTATGCACTCTGGAGTTCGGCATTCGTCGAGAATCGTACGACTGGGTCACGCACAATGTC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 H  D  F  R  T  S  D  G  F  D  V  G  Y  R  P  M  Q  W  E  F  S  R  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  M  Q  W  E  F  -  -  -  - 
------------------------------------------CCTATGCAATGGGAATTC------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  T  Y  N  V  M  S  K  R  R  L  L  T  L  V  D  K  K  I  V  M  G  W  D 
 -  -  -  -  V  M  S  K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GTCATGAGCAAGAGG---------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 D  P  R  L  L  T  L  D  G  L  R  R  R  G  Y  T  P  S  S  I  N  T  F  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Q  V  V  G  I  S  R  N  A  Q  T  I  D  Y  H  L  L  E  H  V  L  R  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  D  P  I  A  E  R  T  M  A  V  T  S  P  I  R  V  E  L  L  D  F  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  P  L  D  T  V  P  I  S  Y  S  L  H  P  K  N  S  E  M  G  T  E  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 K  L  E  R  I  L  Y  I  D  A  E  D  F  C  E  N  N  T  P  D  F  F  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 A  P  G  Q  P  V  G  L  R  Y  G  P  L  L  L  V  D  H  F  E  R  R  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 K  G  G  D  T  E  L  V  L  Y  C  T  H  S  W  C  P  E  K  K  E  E  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 K  R  L  K  A  E  K  K  Q  L  T  H  I  H  W  V  S  E  T  G  S  R  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  V  R  L  F  D  K  L  F  K  S  A  N  P  Y  E  V  E  G  D  W  I  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 V  N  P  N  S  M  V  V  C  P  R  A  R  V  P  R  Y  V  A  E  Q  A  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 N  T  S  P  K  R  Y  Q  F  E  R  S  G  Y  F  I  V  D  T  S  S  T  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763
 H  L  V  F  N  R  I  V  E  L  R  G  T  F  V  P  P  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

gln_euk_C_subellipsoidea

Class I

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/amino acid sequences/Csubellipsoidea_gln_aa

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/nucleotide sequences/Csubellipsoidea_gln_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  S  R  E  E  Q  E  K  E  A  E  R  I  F  L  G  I  G  L  A  E  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  E  T  A  V  S  K  K  K  F  R  G  I  L  L  E  I  I  K  E  A  G  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  G  C  D  K  T  R  G  T  L  L  Y  S  S  A  S  T  Y  P  D  N  A  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  R  S  H  F  L  R  E  Y  I  S  S  G  K  L  K  S  S  E  Q  L  E  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  K  V  L  S  S  Y  G  S  E  P  V  D  W  Q  K  L  E  E  A  A  G  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  V  V  T  P  E  E  I  A  A  A  V  A  S  V  V  K  A  N  E  N  Q  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  E  R  Y  H  T  P  V  G  K  L  L  A  S  V  K  A  S  L  K  W  A  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  K  V  K  Q  E  L  D  G  Q  I  L  N  L  L  G  P  K  T  E  Q  D  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  P  D  K  K  K  S  K  V  Q  S  F  L  A  V  Q  E  K  K  P  A  K  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  A  V  S  A  K  N  A  D  T  K  A  E  D  T  E  A  W  R  H  A  D  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  H  F  K  H  P  A  D  N  N  E  V  H  T  I  V  D  F  S  D  G  S  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 C  I  A  N  N  A  E  K  L  A  E  H  L  K  I  T  G  G  K  V  V  T  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  T  R  F 
------------------------------------------------------------GTGACGCGTTTC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  P  E  P  N  G  Y  L  H  I  G  H  A  K  A  M  F  V  D  F  G  F  A  E 
 P  P  E  P  N  G  Y  L  H  I  G  H  A  K  A  M  F  V  D  F  G  F  A  E 
CCGCCTGAGCCAAATGGATACCTACACATTGGCCACGCCAAGGCTATGTTTGTTGACTTTGGCTTTGCGGAG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  Y  S  G  D  C  Y  L  R  F  D  D  T  N  P  E  A  E  K  Q  E  Y  I  D 
 R  -  -  -  D  C  Y  L  R  F  D  D  T  N  -  -  -  -  -  Q  E  Y  I  D 
AGG---------GACTGCTATTTGCGCTTTGATGACACCAAC---------------CAAGAGTACATAGAC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  I  Q  D  I  V  A  W  L  G  Y  K  P  W  K  V  T  Y  S  S  D  Y  F  T 
 H  I  Q  D  I  V  A  W  L  .  .  .  .  W  K  V  T  Y  S  S  D  -  -  - 
CACATCCAGGACATCGTTGCCTGGCTG------------TGGAAGGTGACATACAGCTCAGAC---------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  L  Y  N  F  A  I  Q  L  I  R  S  G  N  A  Y  V  D  H  Q  T  A  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  K  A  Y  R  E  E  R  R  P  S  P  W  R  D  R  P  V  E  E  S  L  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  E  D  M  R  R  G  L  I  D  E  G  K  A  T  L  R  M  R  M  D  P  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  N  Y  N  M  F  D  L  I  A  Y  R  I  K  F  T  P  H  P  H  A  G  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 W  C  I  Y  P  S  Y  D  Y  T  H  C  L  V  D  A  L  E  N  I  T  H  S  L 
 -  -  -  -  -  S  Y  D  Y  T  H  C  L  V  D  A  -  -  -  -  -  H  S  L 
---------------TCCTACGACTACACCCACTGCCTGGTGGACGCT---------------CACTCCCTC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 C  T  L  E  F  E  S  R  R  A  S  Y  Y  W  L  L  H  V  L  D  T  Y  K  P 
 C  T  L  E  F  E  S  R  R  A  S  Y  Y  W  L  L  H  V  L  -  -  -  -  P 
TGCACGCTCGAGTTCGAGTCTCGCCGCGCCTCCTACTACTGGCTACTGCACGTGCTG------------CCA

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  V  W  E  Y  G  R  L  N  I  T  H  N  V  L  S  K  R  K  L  N  R  L  V 
 V  V  W  E  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  S  K  R  -  -  -  -  -  - 
GTGGTGTGGGAGTAC------------------------GTGCTGTCCAAGCGC------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 T  D  G  Y  V  D  G  W  D  D  P  R  L  L  T  L  A  G  L  R  R  R  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 T  P  Q  A  I  K  E  L  C  Q  E  I  G  I  T  R  N  D  S  E  I  H  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 K  L  D  H  H  I  R  T  D  L  D  A  T  S  P  R  A  L  A  V  L  D  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 R  L  V  L  T  N  L  P  A  D  H  L  Q  T  F  D  A  K  V  F  P  G  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 E  E  T  Y  P  V  T  L  T  R  V  V  Y  V  A  A  E  D  F  R  E  V  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 K  G  Y  F  A  L  A  P  Q  K  E  C  M  L  K  Y  A  G  I  V  R  C  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 F  E  K  S  G  G  K  V  T  E  V  H  A  E  F  R  L  L  E  K  G  E  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 P  K  G  V  L  S  W  V  G  Q  P  M  A  G  Q  E  P  T  M  F  E  A  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 Y  D  V  L  F  K  T  S  S  V  A  D  T  G  D  E  W  L  Q  D  L  N  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 S  L  T  L  K  T  G  A  I  S  T  P  R  I  T  Q  A  A  P  G  S  R  F  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  E  R  L  G  Y  F  C  V  D  P  D  T  R  I  G  K  L  V  L  N  R  T  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805
 T  M  K  E  T  N  L  A  A  L  K  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

gln_euk_N_ceranae

Class I

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_gln_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_gln_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  F  D  V  E  S  L  L  K  K  L  N  V  S  E  D  K  K  E  N  I  L  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  Q  L  K  K  N  L  E  T  L  Y  T  N  F  D  T  D  N  K  L  L  F  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  C  T  A  P  K  K  I  D  I  L  I  F  G  I  L  I  N  E  N  V  I  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  A  T  L  R  A  S  M  K  F  A  I  K  N  T  D  V  T  Y  E  E  L  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  I  L  K  N  T  K  S  K  E  E  V  S  E  I  I  N  K  A  C  L  S  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  K  K  E  V  Y  I  I  L  K  N  K  L  P  F  E  D  S  K  Y  L  M  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  N  K  F  E  I  D  T  S  K  S  K  K  V  K  D  W  L  E  E  G  E  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 M  L  H  K  P  G  D  N  P  Q  L  N  E  K  I  L  K  D  H  L  E  R  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  K  V  V  T  R  F  P  P  E  P  N  G  I  L  H  I  G  H  A  K  A  I  N 
 -  -  -  V  T  R  F  P  P  E  P  N  G  I  L  H  I  G  H  A  K  A  I  N 
---------GTTACTAGATTCCCCCCAGAGCCAAATGGTATTTTACATATTGGTCATGCAAAAGCTATAAAT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  D  F  G  Y  A  E  K  Y  N  G  I  C  Y  L  R  F  D  D  T  N  P  R  N 
 L  D  F  G  Y  A  E  K  -  -  -  I  C  Y  L  R  F  D  D  T  N  -  -  - 
CTTGATTTTGGATACGCGGAAAAA---------ATTTGTTATCTTAGATTTGACGATACAAAT---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  E  D  Y  Y  F  E  S  I  I  E  D  V  K  W  L  G  F  E  P  Y  A  I  T 
 -  -  D  Y  Y  F  E  S  I  I  E  D  V  K  W  L  .  .  .  .  Y  A  I  T 
------GATTATTATTTCGAATCTATTATTGAAGACGTTAAATGGTTA------------TATGCAATTACA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  S  S  K  Y  F  G  D  M  C  E  L  A  E  K  L  I  L  K  D  K  A  Y  I 
 S  S  S  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCGTCAAGTAAA------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 C  E  L  S  N  E  E  L  K  K  R  R  R  M  L  S  E  A  F  E  T  D  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  S  I  E  E  L  G  L  I  L  S  P  Y  R  N  R  E  I  S  E  N  L  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  R  E  M  V  E  K  K  H  K  E  G  D  Y  T  L  R  F  K  M  D  I  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  N  P  M  M  F  D  L  V  G  M  R  I  I  D  C  D  H  V  V  T  K  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  N  L  Y  P  S  Y  E  F  A  L  C  V  S  D  S  L  E  D  V  T  H  S  F 
 -  -  -  -  -  S  Y  E  F  A  L  C  V  S  D  S  -  -  -  -  -  H  S  F 
---------------TCGTACGAATTCGCGCTTTGTGTTTCTGATTCT---------------CATTCTTTT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 C  T  R  E  F  F  T  R  Q  E  S  Y  K  W  L  L  D  A  L  E  I  Y  K  P 
 C  T  R  E  F  F  T  R  Q  E  S  Y  K  W  L  L  D  A  L  -  -  -  -  P 
TGCACTCGAGAATTTTTTACTAGACAAGAAAGTTATAAATGGCTTTTGGATGCATTA------------CCA

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  Q  W  E  F  S  R  L  N  I  S  N  T  V  L  S  K  R  K  I  V  P  L  K 
 V  Q  W  E  F  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  S  K  R  -  -  -  -  -  - 
GTTCAATGGGAGTTT------------------------GTATTAAGTAAAAGA------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  Y  G  I  E  L  D  D  P  R  L  Y  T  I  K  G  M  R  R  R  G  I  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Q  A  I  N  N  F  V  K  S  L  G  I  T  Y  A  E  T  I  I  D  N  K  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  S  F  I  R  D  E  L  N  K  T  T  Q  R  V  M  C  V  M  D  P  L  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Y  I  R  N  A  K  E  Q  E  I  S  I  P  N  S  N  Q  K  I  I  F  K  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  Y  I  E  K  S  D  F  K  M  E  D  D  D  K  D  F  L  R  F  T  P  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 S  V  G  L  Y  M  F  G  A  I  K  F  I  K  F  D  N  D  M  I  I  A  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 T  N  E  T  P  K  K  F  I  H  W  V  S  C  D  S  I  K  V  T  I  R  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  P  L  F  R  S  F  N  P  E  E  G  N  Y  L  D  N  I  N  L  D  S  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 T  V  V  G  Y  C  D  D  R  I  K  G  C  E  V  E  D  K  F  Q  F  Q  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695
 G  Y  F  C  V  D  P  D  T  T  P  E  N  I  V  F  N  R  I  I  T  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

glu_arch_M_hungatei

Class I

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_glu_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  D  V  R  S  V  L  L  I  A  A  L  S  N  A  V  K  H  K  S  V  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  G  A  V  M  G  A  I  L  G  T  H  P  E  L  R  S  K  A  G  E  I  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  L  G  S  V  L  E  E  V  S  S  L  S  A  E  D  R  E  E  K  L  K  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  P  D  Q  Y  A  S  L  F  E  K  K  E  K  K  K  I  G  L  P  D  L  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  E  G  G  V  V  M  R  F  A  P  N  P  S  G  P  L  H  L  G  H  A  R  A 
 -  -  -  -  -  V  M  R  F  A  P  N  P  S  G  P  L  H  L  G  H  A  R  A 
---------------TGCACCAGATTCAAGTTCAGCCTTTGGCAGGTAGAGACTTCCGGCAAAGGGAATCTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  F  L  N  D  E  Y  I  R  R  Y  G  G  K  Y  I  L  R  I  E  D  T  D  P 
 A  F  L  N  D  E  Y  I  R  R  -  -  -  K  Y  I  L  R  I  E  D  T  D  - 
ACGGTATCCCCTCGATTCATCTCCCGGATA---------TTTTGCCACAACCGGGTCACTTCCGGATAC---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  R  V  D  P  D  A  Y  D  M  V  R  E  D  I  A  W  M  G  L  S  I  A  E 
 -  -  -  -  P  D  A  Y  D  M  V  R  E  D  I  A  W  M  .  .  .  .  A  - 
------------ATCAGGAACAAAGAAGAACCGGTCAGCCTGACTGTCAATGAT------------TGC---

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  I  F  Q  S  D  R  F  S  K  Y  Y  E  V  G  K  E  L  I  Q  K  G  H  A 
 T  I  F  Q  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGGTTTTCCCATGAGAA------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  V  C  R  C  D  N  E  K  F  K  D  L  K  M  H  K  T  A  C  P  C  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  S  P  E  E  A  L  D  L  F  D  Q  M  L  D  G  A  F  T  E  G  E  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  R  L  K  T  D  L  S  H  P  D  P  A  M  R  D  Y  P  L  F  R  V  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  T  P  H  Q  R  V  D  A  I  V  Y  P  L  M  N  L  S  V  A  V  D  D  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  M  N  L  S  V  A  V  D  D  H 
---------------------------------------TACCGCCACGGAGAGGTTCATGAGCGGGTATAC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  L  G  M  T  H  V  I  R  G  K  D  H  I  A  N  T  K  R  Q  E  F  I  F 
 -  -  -  -  -  H  V  I  R  G  K  D  H  I  A  N  T  K  R  Q  E  F  I  F 
---------------CTGGTGAGGAGTGGACGTGAGAACCCGGAATAGCGGATAATCACGCATGGCCGGGTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  Y  M  G  W  E  T  P  V  Y  R  H  Y  G  R  M  G  I  E  G  V  V  L  S 
 R  Y  M  -  -  -  -  P  V  Y  R  H  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  S 
AGGATGAGA------------TAACCTGACCCCAACCTC------------------------CATCTGGTC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  S  Q  M  R  A  G  I  Q  S  G  E  Y  S  G  W  D  D  V  R  L  G  T  L 
 T  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAAGAG------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  A  M  A  R  R  G  I  Q  P  Q  A  V  R  N  A  V  V  E  I  G  I  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  D  I  Q  F  S  W  E  N  L  Y  A  K  N  K  E  I  I  D  S  Q  A  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  F  F  V  P  D  P  V  L  V  P  V  S  G  S  D  P  V  V  A  K  A  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  P  G  D  E  S  R  G  Y  R  E  I  P  F  A  G  S  L  Y  L  P  K  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  E  S  G  A  A  Y  I  R  L  K  D  L  F  N  I  K  V  L  Y  E  G  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  R  G  E  Y  A  G  D  D  L  Q  E  A  R  S  K  K  A  P  I  I  Q  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  E  N  H  A  N  P  C  T  L  K  T  P  D  G  D  V  S  G  V  C  E  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  V  T  T  Q  D  R  I  V  Q  F  E  R  V  G  F  A  R  I  D  A  A  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561
 P  A  V  A  Y  F  T  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

glu_arch_M_jannaschii

Class I

Archaea/Methanococcus jannaschii/amino acid sequences/Mjannaschii_glu_aa

Archaea/Methanococcus jannaschii/nucleotide sequences/Mjannaschii_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  E  K  I  L  P  I  A  L  R  N  A  I  K  Y  N  G  K  A  N  P  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  L  G  I  F  L  S  E  N  P  E  Y  R  S  K  A  K  E  V  M  P  I  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  V  V  E  E  V  N  K  L  S  L  D  E  I  K  K  K  L  E  E  L  G  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  K  K  K  E  K  K  E  K  G  L  E  L  P  N  V  K  D  K  V  V  M  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  M  R  F 
------------------------------------------------------------AACTATGTTAAA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  P  N  P  S  G  P  L  H  I  G  H  A  R  A  A  V  L  N  D  Y  F  V  K 
 A  P  N  P  S  G  P  L  H  I  G  H  A  R  A  A  V  L  N  D  Y  F  V  K 
TAACTCCATCAATCTATACATCTTATTCTCTTCCAACTCATCTCCAACAACATAAACCTCTCCATCAAATAT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  Y  G  G  K  L  I  L  R  L  E  D  T  D  P  K  R  V  L  P  E  A  Y  D 
 K  -  -  -  K  L  I  L  R  L  E  D  T  D  -  -  -  -  -  P  E  A  Y  D 
TAA---------TCCAAATTCTGGTCTATCTGGATGCATTCT---------------TTTCTCTGCCCCTTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  I  K  E  D  L  D  W  L  G  V  K  V  D  E  V  V  I  Q  S  D  R  I  E 
 M  I  K  E  D  L  D  W  L  .  .  .  .  D  -  V  V  I  Q  S  D  -  -  - 
GATAATAAGTTTCTTTGGATTCCAGAC------------CCT---ATCTTTATCAATAAGCTC---------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  Y  Y  E  Y  G  R  K  L  I  E  M  G  H  A  Y  V  C  D  C  N  P  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  R  E  L  R  N  K  G  V  P  C  K  C  R  D  R  A  I  E  D  N  L  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 W  E  K  M  L  N  G  E  L  E  N  V  A  V  R  L  K  T  D  I  K  H  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  S  I  R  D  F  P  I  F  R  V  E  K  T  P  H  P  R  T  G  D  K  Y  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  Y  P  L  M  N  F  S  V  P  V  D  D  H  L  L  G  M  T  H  V  L  R  G 
 -  -  -  L  M  N  F  S  V  P  V  D  D  H  -  -  -  -  -  H  V  L  R  G 
---------TCTCAAAACATGAGTCATTCCTAAAAGATGATC---------------GAAGTTCATTAAAGG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  D  H  I  V  N  T  E  K  Q  A  Y  I  Y  K  Y  F  G  W  E  M  P  E  F 
 K  D  H  I  V  N  T  E  K  Q  A  Y  I  Y  K  Y  F  -  -  -  -  P  E  F 
ATATACACAGTATTTATCTCCAGTTCTTGGATGTGGAGTTTTTTCAACTCT------------GTCCCTAAT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  H  Y  G  I  L  K  I  E  D  I  V  L  S  T  S  S  M  Y  K  G  I  K  E 
 I  H  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  S  T  S  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGATGGGTT------------------------TCTAACAGCTACATT------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  L  Y  S  G  W  D  D  V  R  L  G  T  L  R  A  L  R  R  R  G  I  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  A  I  Y  E  I  M  K  R  I  G  I  K  Q  A  D  V  K  F  S  W  E  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  A  I  N  K  E  L  I  D  K  D  A  R  R  F  F  F  V  W  N  P  K  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  I  E  G  A  E  K  K  V  L  K  L  R  M  H  P  D  R  P  E  F  G  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  L  I  F  D  G  E  V  Y  V  V  G  D  E  L  E  E  N  K  M  Y  R  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  L  F  N  I  V  V  E  K  V  D  D  I  A  L  A  K  Y  H  S  D  D  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  A  R  K  N  K  A  K  I  I  H  W  I  P  V  K  D  S  V  K  V  K  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 M  P  D  G  E  I  K  E  G  F  A  E  K  D  F  A  K  V  E  V  D  D  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Q  F  E  R  F  G  F  V  R  I  D  K  K  D  N  D  G  F  V  C  C  Y  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553
 R 
 - 
---

glu_arch_M_kandleri

Class I

Archaea/Methanopyrus kandleri/amino acid sequences/Mkandleri_glu_aa

Archaea/Methanopyrus kandleri/nucleotide sequences/Mkandleri_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  E  K  E  L  R  D  L  V  R  R  Y  A  L  E  N  A  A  R  Y  G  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  N  P  N  A  V  M  K  K  I  M  K  E  H  E  E  L  R  P  R  A  K  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  K  T  V  R  E  V  V  R  E  V  N  K  M  S  G  E  E  I  R  R  E  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  L  G  G  P  R  E  D  V  A  R  D  K  E  G  L  K  P  L  P  G  A  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  N  V  R  L  R  F  A  P  N  P  S  G  P  L  H  I  G  H  A  R  A  A  V 
 -  -  -  R  L  R  F  A  P  N  P  S  G  P  L  H  I  G  H  A  R  A  A  V 
---------CATCAGCCGAACTACGTCGCCCTCCCACAGGTCTTCTGCGTCTTCACCGTCCAACAGTGCTCG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  N  D  E  Y  A  R  R  Y  D  G  T  L  V  L  R  I  E  D  T  D  P  R  R 
 L  N  D  E  Y  A  R  R  -  -  -  T  L  V  L  R  I  E  D  T  D  -  -  - 
GGCCACGCCGTTCTCAGGATGTAG---------CCTCTCTCCCTCATCCCGATCGGGGTGTAG---------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  D  P  E  A  Y  D  M  I  E  E  D  L  E  W  L  G  V  N  I  D  E  R  Y 
 -  -  P  E  A  Y  D  M  I  E  E  D  L  E  W  L  .  .  .  .  D  -  R  Y 
------GACCGACTCCTTCATCCCTTCGATCCGTAATTCGACAGGATC------------GTA---GTGAGA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  Q  S  N  R  I  E  L  Y  Y  M  V  C  E  E  L  L  E  R  E  G  A  Y  V 
 V  Q  S  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCAGGGTCGAT------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 C  T  C  D  P  D  E  F  R  R  L  R  D  V  G  R  A  C  P  C  R  S  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  E  E  N  L  E  L  W  E  E  M  L  D  G  T  F  S  E  G  E  A  V  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  K  T  E  V  D  H  P  D  P  A  V  R  E  W  I  A  F  R  I  V  E  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  P  M  T  G  S  R  Y  L  V  W  P  T  M  N  F  A  V  A  V  D  D  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  M  N  F  A  V  A  V  D  D  H  - 
------------------------------------ACGAAGTACGTGCGTGATGTTCATGAGATGGTC---

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  N  I  T  H  V  L  R  G  K  D  H  E  S  N  T  R  R  Q  K  Y  V  F  E 
 -  -  -  -  H  V  L  R  G  K  D  H  E  S  N  T  R  R  Q  K  Y  V  F  E 
------------GAAGTTCATCGTCGGCCACACAAGGTACCGAGAACCCGTCATCGGGTGCTCTTCTTCGAC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  L  G  W  D  T  P  E  Y  V  H  Y  G  I  L  K  V  E  G  A  V  L  S  T 
 H  L  -  -  -  -  P  E  Y  V  H  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  S  T 
GATCCT------------CTCCCTCACCGCGGGATC------------------------ACGTACGACGGC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  E  I  R  R  G  I  D  S  G  E  Y  T  G  W  D  D  V  R  V  A  T  L  R 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTC---------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  L  R  R  R  G  I  K  P  E  A  I  R  E  T  I  L  E  I  G  L  T  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  A  T  F  S  W  E  H  L  Y  A  R  N  R  K  M  I  D  P  E  S  H  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  F  V  R  D  P  V  E  L  R  I  E  G  M  K  E  S  V  L  A  R  L  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 H  P  D  R  D  E  G  E  R  V  L  I  L  H  P  E  N  G  V  A  R  A  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  G  E  D  A  E  D  L  W  E  G  D  V  V  R  L  M  N  A  V  N  V  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  E  V  G  D  G  W  L  R  G  R  Y  H  S  D  D  Y  R  I  A  K  E  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  Q  I  V  H  W  V  P  P  D  Q  A  V  R  C  E  V  V  R  P  D  G  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  S  G  Y  A  E  I  N  V  E  R  E  Q  A  G  S  T  V  Q  F  E  R  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571
 F  V  R  L  E  E  V  S  S  G  G  V  R  A  V  Y  A  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

glu_arch_M_thermautotrophicus

Class I

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/amino acid sequences/Mthermautotrophicus_glu_aa

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/nucleotide sequences/Mthermautotrophicus_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  P  V  E  D  L  V  Y  R  Y  A  L  L  N  A  V  K  H  R  G  R  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  G  A  V  M  G  A  V  M  S  N  E  P  E  L  R  K  M  A  P  Q  V  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  V  E  A  A  V  E  R  V  N  S  L  S  P  E  E  Q  Q  Q  E  M  E  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  L  E  I  T  E  R  K  Q  K  K  R  K  G  L  R  E  L  A  G  V  K  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  V  L  R  F  A  P  N  P  S  G  P  L  H  I  G  H  A  R  A  A  I  L  N 
 -  -  L  R  F  A  P  N  P  S  G  P  L  H  I  G  H  A  R  A  A  I  L  N 
------CTCAGGTTCGCCCCCAACCCCAGCGGACCCCTCCACATAGGCCATGCAAGGGCCGCGATCCTCAAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 H  E  Y  A  R  K  Y  D  G  R  L  I  L  R  I  E  D  T  D  P  R  R  V  D 
 H  E  Y  A  R  K  -  -  -  R  L  I  L  R  I  E  D  T  D  -  -  -  -  - 
CATGAATATGCAAGGAAA---------AGGCTCATCCTCAGGATAGAGGACACGGAC---------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  E  A  Y  D  M  I  P  A  D  L  E  W  L  G  V  E  W  D  E  T  V  I  Q 
 P  E  A  Y  D  M  I  P  A  D  L  E  W  L  .  .  .  .  D  -  T  V  I  Q 
CCGGAGGCCTACGATATGATTCCAGCCGACCTTGAGTGGCTG------------GAT---ACAGTTATCCAG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  D  R  M  E  T  Y  Y  E  Y  T  E  K  L  I  E  R  G  G  A  Y  V  C  T 
 S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGCGAC------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 C  R  P  E  E  F  R  E  L  K  N  R  G  E  A  C  H  C  R  S  L  G  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  N  L  Q  R  W  R  E  M  F  E  M  K  E  G  S  A  V  V  R  V  K  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  N  H  P  N  P  A  I  R  D  W  V  S  M  R  I  V  E  A  E  H  P  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  T  R  Y  R  V  Y  P  M  M  N  F  S  V  A  V  D  D  H  L  L  G  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  M  M  N  F  S  V  A  V  D  D  H  -  -  -  -  - 
------------------------ATGATGAACTTCTCAGTGGCGGTTGATGACCAC---------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  V  L  R  G  K  D  H  L  A  N  R  E  K  Q  E  Y  L  Y  R  H  L  G  W 
 H  V  L  R  G  K  D  H  L  A  N  R  E  K  Q  E  Y  L  Y  R  H  L  -  - 
CACGTCCTGAGGGGTAAGGACCACCTGGCAAACAGAGAGAAGCAGGAGTACCTCTACAGGCACCTT------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  P  P  E  F  I  H  Y  G  R  L  K  M  D  D  V  A  L  S  T  S  G  A  R 
 -  -  P  E  F  I  H  Y  -  -  -  -  -  -  -  V  .  L  S  T  S  -  -  - 
------CCCGAATTCATACACTAC---------------------GTT---CTCAGCACCTCG---------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  G  I  L  R  G  E  Y  S  G  W  D  D  P  R  L  G  T  L  R  A  I  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  G  I  R  P  E  A  I  R  K  L  M  V  E  I  G  V  K  I  A  D  S  T  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  W  K  K  I  Y  G  L  N  R  S  I  L  E  E  E  A  R  R  Y  F  F  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  P  V  K  L  E  V  V  G  L  P  G  P  V  R  V  E  R  P  L  H  P  D  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  E  I  G  N  R  V  L  E  L  R  G  E  V  Y  L  P  G  D  D  L  G  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  L  R  L  I  D  A  V  N  V  I  Y  S  G  G  E  L  R  Y  H  S  E  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  E  A  R  E  L  G  A  S  M  I  H  W  V  P  A  E  S  A  L  E  A  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  M  P  D  A  S  R  V  R  G  V  I  E  A  D  A  S  E  L  E  V  D  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  Q  L  E  R  F  G  F  A  R  L  D  S  A  G  P  G  M  V  F  Y  Y  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553
 K 
 - 
---

glu_arch_P_aerophilum

Class I

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_glu_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  V  E  E  I  A  F  K  Y  A  L  A  N  A  V  K  Y  G  G  K  A  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  A  V  M  A  K  L  M  A  E  V  P  E  L  R  A  R  A  R  E  V  K  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  D  A  V  V  A  R  V  N  S  M  P  L  E  E  Q  R  R  I  L  R  E  R  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  E  L  L  E  E  R  R  A  E  Q  R  R  P  G  L  E  G  L  P  E  L  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  R  G  G  V  V  V  R  F  A  P  N  P  D  F  V  L  H  L  G  S  A  R  P 
 -  -  -  -  -  V  V  R  F  A  P  N  P  D  F  V  L  H  L  G  S  A  R  P 
---------------GTAGTGCGCTTCGCCCCCAATCCCGACTTTGTTTTACACTTAGGCAGTGCGCGGCCT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  I  L  N  Y  A  Y  R  I  K  Y  G  G  K  F  I  L  R  F  E  D  T  D  P 
 A  I  L  N  Y  A  Y  R  I  K  -  -  -  K  F  I  L  R  F  E  D  T  D  - 
GCTATTTTAAACTACGCCTATAGGATTAAA---------AAGTTCATATTGCGGTTTGAAGACACAGAT---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  I  K  S  P  L  V  T  E  E  V  N  A  Y  E  S  I  R  E  D  L  R  W  L 
 -  -  -  -  P  .  .  .  .  .  .  N  A  Y  E  S  I  R  E  D  L  R  W  L 
------------CCG------------------AACGCCTATGAATCCATTAGGGAGGACTTAAGGTGGCTG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  V  R  W  D  E  E  Y  I  Q  S  Q  R  M  E  I  Y  Y  E  H  A  K  K  L 
 .  .  .  .  D  E  -  Y  I  Q  S  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GACGAG---TATATACAGTCCCAA------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  E  M  G  A  A  Y  V  D  L  C  K  P  E  E  W  R  R  L  R  N  E  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  C  P  H  R  E  Q  P  P  E  V  N  L  E  L  W  D  K  M  L  E  G  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  E  G  E  A  V  L  R  I  K  T  D  L  T  H  P  D  P  S  V  R  D  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  F  R  I  I  D  T  S  K  T  P  H  P  L  T  G  D  K  Y  I  V  W  P  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T 
---------------------------------------------------------------------ACT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  N  F  A  V  S  I  D  D  H  L  M  G  V  T  H  V  L  R  A  Q  E  H  S 
 Y  N  F  A  V  S  I  D  D  H  -  -  -  -  -  H  V  L  R  A  Q  E  H  S 
TATAACTTCGCGGTTTCTATAGATGACCAC---------------CACGTGTTGAGAGCACAGGAACACAGC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  N  T  I  K  Q  S  Y  V  F  R  H  F  G  W  E  Q  P  V  T  I  H  F  G 
 V  N  T  I  K  Q  S  Y  V  F  R  H  F  -  -  -  -  P  V  T  I  H  F  - 
GTTAATACCATTAAACAGTCATACGTATTTAGACACTTC------------CCGGTCACTATCCACTTC---

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  L  R  I  E  G  A  T  L  S  K  S  K  L  K  A  M  R  I  K  Y  D  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  T  L  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------ACTCTGAGTAAGTCT------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  L  P  T  L  A  G  L  R  N  R  G  I  V  P  E  A  I  W  D  L  I  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  G  I  K  P  S  D  S  T  V  A  L  A  N  L  F  A  F  N  R  K  H  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  I  A  D  R  Y  M  Y  V  A  D  P  V  K  L  V  F  E  A  D  K  E  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  H  V  P  F  H  P  S  F  K  E  R  G  E  R  T  Y  R  L  G  P  G  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  V  Y  I  Q  R  R  D  A  V  A  G  K  V  V  R  L  M  E  L  A  N  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  V  R  V  E  G  D  V  A  Y  G  R  I  H  S  Y  S  L  D  E  A  K  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  A  P  I  I  Q  W  V  W  D  P  V  E  I  T  V  I  K  P  A  G  V  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  E  V  E  V  G  L  G  E  G  W  L  E  R  V  E  V  G  K  Y  V  Q  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570
 R  Y  G  Y  L  K  K  R  G  P  R  E  F  V  F  L  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

glu_arch_P_delaneyi

Class I

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_glu_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  Y  N  P  D  E  L  R  E  L  A  R  A  Y  A  L  V  N  A  V  E  H  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  R  A  A  V  G  P  V  M  G  K  I  M  A  E  K  P  E  L  R  P  H  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  I  V  A  I  V  R  E  V  V  A  E  V  N  K  L  S  L  D  E  Q  K  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  E  E  K  Y  S  W  V  L  E  K  L  S  K  P  K  E  Q  E  K  T  L  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  P  G  A  E  E  G  K  I  V  T  R  F  A  P  N  P  D  F  V  I  H  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  T  R  F  A  P  N  P  D  F  V  I  H  L  G 
---------------------------AGCCTCCATGAGCCTTACAATACTGCCTTTCTTTAGTAGCTTCTT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  A  R  P  A  I  L  S  Y  E  Y  K  V  I  Y  K  G  K  M  I  L  R  F  E 
 N  A  R  P  A  I  L  S  Y  E  Y  K  V  I  -  -  -  K  M  I  L  R  F  E 
ATCGCTCTGCGATATATAGACTGTTGCTGTTGGTCCTTCTAG---------TCTTGAACCTAGTTTGCCCGA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  T  D  P  R  T  K  T  P  L  P  E  A  Y  E  L  I  K  Q  D  L  E  W  L 
 D  T  D  -  -  -  -  -  -  -  P  E  A  Y  E  L  I  K  Q  D  L  E  W  L 
CGGATGATA---------------------CTCCCATGGCAAGTTTTCTATAATCATTGGCGTCGGCGGTAT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  I  R  W  D  E  E  Y  I  Q  S  L  R  M  P  I  Y  Y  Q  I  I  K  E  L 
 .  .  .  .  D  E  -  Y  I  Q  S  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TCTACG---TGTGGGGTCTACTAT------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  E  K  G  H  A  Y  V  D  D  K  P  G  E  E  F  R  K  Y  R  N  S  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  S  E  Y  P  P  R  L  R  T  A  E  E  N  L  E  L  W  D  Q  M  L  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  F  A  E  G  E  A  V  V  R  I  K  T  D  P  N  H  P  D  P  S  V  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  V  A  F  R  I  I  D  T  S  R  Y  P  H  P  L  V  G  D  R  Y  I  V  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  T  Y  N  F  A  A  G  V  D  D  W  L  M  G  V  T  H  I  L  R  A  K  E 
 -  T  Y  N  F  A  A  G  V  D  D  W  -  -  -  -  -  H  I  L  R  A  K  E 
---ACCCATTAGCCAGTCATCAACGCCGGCTGCGAA---------------GACGATGTAGCGATCGCCGAC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  M  Q  N  T  I  K  Q  K  Y  V  Y  E  Y  M  G  W  K  Y  P  H  V  V  H 
 H  M  Q  N  T  I  K  Q  K  Y  V  Y  E  Y  M  -  -  -  -  P  H  V  V  H 
TAGCGGGTGAGGATAGCGGCTTGTATCGATTATCCGGAATGCTAC------------GCTCGGGTCTGGGTG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  G  R  L  K  L  E  G  F  I  M  S  K  S  A  L  K  Q  L  L  D  Q  G  V 
 F  -  -  -  -  -  -  -  -  I  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATT------------------------TGCCTCGCCCTCGGC------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  S  G  I  D  D  P  R  F  A  T  I  A  G  L  R  R  R  G  I  T  A  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  R  K  L  I  L  D  V  G  V  K  Y  T  D  A  S  I  S  Y  T  N  L  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  N  R  V  I  V  D  P  T  A  R  R  I  M  A  A  I  P  P  T  P  M  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  N  L  P  W  E  K  R  E  F  E  I  P  Y  H  P  S  G  K  L  G  S  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  S  L  E  G  P  T  A  T  V  Y  I  S  Q  S  D  K  K  L  L  K  K  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  V  R  L  M  E  A  F  N  V  E  I  V  D  I  E  G  D  K  I  R  A  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 H  S  L  G  L  E  D  A  R  K  H  R  A  L  I  I  Q  W  I  P  G  D  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  Q  I  E  L  L  V  P  E  G  L  D  L  I  Q  R  R  G  I  V  E  Q  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 A  E  L  K  Q  G  D  I  V  Q  L  V  R  I  G  F  A  R  V  D  A  L  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591
 E  D  G  S  V  R  K  V  V  M  V  F  A  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

glu_arch_A_fulgidus

Class I

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/amino acid sequences/glu_Arc_A_fulgidus

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/nucleotide sequences/Afulgidus_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  Y  V  V  Q  N  A  A  K  Y  G  K  A  N  E  K  A  V  M  G  K  V  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  E  N  P  E  L  R  K  K  A  K  E  V  L  E  M  V  R  E  C  I  N  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  A  L  S  E  E  K  K  R  E  L  I  Q  K  Y  S  A  E  G  E  A  K  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  E  T  R  G  L  P  E  L  E  G  A  E  K  G  K  V  V  M  R  F  A  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  M  R  F  A  P  N 
---------------------------------------------------CAGCCTTACAACCTGCCCTTT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  N  G  P  P  T  L  G  S  A  R  G  I  I  V  N  G  E  Y  A  R  M  Y  E 
 P  N  G  P  P  T  L  G  S  A  R  G  I  I  V  N  G  E  Y  A  R  M  -  - 
CAACCTCTCGAAGTCGTCTTTTGTAACATATATAGTTCTTTCACCTTTCAGCCTTCTCTTCTCGCC------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  K  Y  I  I  R  F  D  D  T  D  P  R  T  K  R  P  M  L  E  A  Y  D  W 
 -  K  Y  I  I  R  F  D  D  T  D  -  -  -  -  -  P  .  .  E  A  Y  D  W 
---ATTCAGCGGGAGCTCGACCTCTTTCTTCTC---------------TTC------CACGGGCCCCCAAAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  L  E  D  I  E  W  L  G  Y  K  P  D  E  V  I  Y  A  S  K  R  I  P  I 
 Y  L  E  D  I  E  W  L  .  .  .  .  D  -  V  I  Y  A  S  K  -  -  -  - 
GAAAAAGTAACGGTTTGCCTTGCG------------CCT---CTCAGCGTAAAGATTCTT------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  Y  D  Y  A  R  K  L  I  E  M  G  K  A  Y  T  C  F  C  S  Q  A  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  K  F  R  D  S  G  E  E  C  P  H  R  N  I  S  V  E  D  A  L  E  V  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  R  M  L  E  G  D  Y  E  E  G  E  V  V  L  R  I  K  T  D  M  K  H  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  P  A  I  R  D  W  V  A  F  R  I  I  K  E  V  H  P  L  V  G  D  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  V  Y  P  T  L  D  F  E  S  A  I  E  D  H  L  L  G  V  T  H  I  I  R 
 -  -  -  -  T  L  D  F  E  S  A  I  E  D  H  -  -  -  -  -  H  I  I  R 
------------GTGGTCCTCAATCGCGGACTCAAAATCGAGTGT---------------CTTGTCCCCAAC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  K  D  L  I  D  S  E  R  R  Q  R  Y  I  Y  E  Y  F  G  W  V  Y  P  I 
 G  K  D  L  I  D  S  E  R  R  Q  R  Y  I  Y  E  Y  F  -  -  -  -  P  I 
GAGAGGATGCACCTCCTTTATTATTCTGAACGCCACCCAGTCCCTTATCGCCGG------------CATGTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  K  H  W  G  R  V  K  I  F  E  F  G  K  L  S  T  S  S  I  K  K  D  I 
 T  K  H  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  S  T  S  -  -  -  -  -  - 
CGTCTTGATTCT---------------------------CCCCTCAAGCATTCT------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  R  G  K  Y  E  G  W  D  D  P  R  L  P  T  L  R  A  F  R  R  R  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  P  E  A  I  K  S  F  F  L  S  L  G  V  G  E  N  D  V  S  V  S  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  L  Y  A  E  N  R  K  I  I  D  R  K  A  N  R  Y  F  F  I  W  G  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  I  E  I  V  N  L  P  E  K  K  E  V  E  L  P  L  N  P  H  T  G  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  R  L  K  G  E  R  T  I  Y  V  T  K  D  D  F  E  R  L  K  G  Q  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  L  K  D  F  C  N  V  L  L  D  E  K  A  E  F  M  G  F  E  L  E  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  K  G  K  N  I  I  H  W  L  P  E  S  E  A  I  K  G  K  V  I  G  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  A  E  G  L  V  E  R  N  A  V  R  D  V  G  K  V  V  Q  F  E  R  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546
 F  C  K  V  E  S  A  D  E  E  L  V  A  V  Y  T  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

glu_arch_P_occultum

Class I

Archaea/Pyrodictium occultum/amino acid sequences/Poccultum_glu_aa

Archaea/Pyrodictium occultum/nucleotide sequences/Poccultum_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  N  A  V  E  H  G  G  R  A  A  V  G  P  V  M  G  K  I  M  A  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  D  L  R  A  H  A  R  E  I  A  G  I  V  R  E  I  V  A  E  V  N  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  L  E  E  Q  K  R  L  L  E  E  H  Y  S  W  V  K  E  R  L  A  K  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  Q  E  R  G  L  P  P  L  P  G  A  E  E  G  K  V  V  T  R  F  A  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  T  R  F  A  P  N 
---------------------------------------------------GTAACACGCTTCGCCCCTAAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  D  F  I  I  H  L  G  N  A  R  P  A  I  L  S  Y  E  Y  K  V  M  Y  K 
 P  D  F  I  I  H  L  G  N  A  R  P  A  I  L  S  Y  E  Y  K  V  M  -  - 
CCGGACTTCATAATACACTTGGGCAACGCTAGACCAGCAATACTGAGCTACGAGTACAAGGTCATG------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  R  M  I  L  R  F  E  D  T  D  P  R  T  K  T  P  L  P  E  A  Y  E  L 
 -  R  M  I  L  R  F  E  D  T  D  -  -  -  -  -  -  -  P  E  A  Y  E  L 
---AGGATGATTCTCCGCTTCGAGGATACAGAT---------------------CCGGAGGCCTACGAGCTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  K  Q  D  L  K  W  L  G  V  R  W  D  E  E  Y  I  Q  S  L  R  I  P  I 
 I  K  Q  D  L  K  W  L  .  .  .  .  D  E  -  Y  I  Q  S  L  -  -  -  - 
ATAAAGCAGGATCTCAAGTGGCTC------------GACGAG---TACATACAGAGCCTG------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  Y  Q  V  A  R  Q  L  L  E  K  G  H  A  Y  V  D  D  R  P  A  E  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  R  Y  R  D  A  G  K  L  A  E  Y  P  P  R  L  R  A  P  E  E  N  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  W  D  R  M  L  E  G  W  L  S  E  G  E  A  V  V  R  I  K  T  D  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  P  D  P  S  V  R  D  W  V  A  L  R  I  I  D  T  S  R  H  P  H  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  G  D  R  Y  V  V  W  P  T  Y  N  L  A  A  A  V  D  D  H  M  M  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  N  L  A  A  A  V  D  D  H  -  -  -  - 
---------------------------ACTTACAACCTGGCAGCGGCAGTAGATGACCAC------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  H  I  L  R  A  K  E  H  M  Q  N  T  I  K  Q  K  Y  I  Y  G  Y  M  G 
 -  H  I  L  R  A  K  E  H  M  Q  N  T  I  K  Q  K  Y  I  Y  G  Y  M  - 
---CACATACTGAGGGCCAAGGAGCATATGCAGAACACTATCAAGCAGAAATACATATACGGCTACATG---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 W  K  Y  P  N  V  I  H  F  G  R  L  K  L  E  G  F  I  M  S  K  S  T  L 
 -  -  -  P  N  V  I  H  F  -  -  -  -  -  -  -  -  I  M  S  K  S  -  - 
---------CCGAACGTCATTCACTTT------------------------ATAATGAGCAAGTCT------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  R  L  L  D  Q  G  I  G  A  G  L  D  D  P  R  F  A  T  I  A  G  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  R  G  I  T  A  E  A  I  R  R  V  I  L  D  V  G  V  K  Y  T  D  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  S  Y  A  N  L  A  A  V  N  R  A  I  V  D  P  A  A  R  R  I  M  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  P  P  L  P  L  V  V  N  D  I  P  W  E  E  R  W  L  E  I  P  Y  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  G  K  L  G  S  R  R  I  L  V  K  G  P  S  T  T  I  Y  V  S  R  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  G  L  L  E  P  G  R  V  V  R  L  M  E  A  F  N  I  E  V  V  D  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  S  R  V  V  A  R  F  H  S  M  G  L  E  E  A  R  K  H  Q  A  P  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Q  W  V  P  G  D  A  A  L  Q  L  E  L  L  V  P  E  G  L  D  L  V  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  G  L  V  E  A  A  A  A  E  L  R  P  G  E  V  V  Q  L  V  R  M  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575
 A  R  V  D  A  L  E  T  E  D  G  S  A  R  K  I  V  A  I  F  A  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

glu_arch_S_acidocaldarius

Class I

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/amino acid sequences/Sacidocaldarius_glu_aa

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/nucleotide sequences/Sacidocaldarius_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  N  D  I  R  N  L  V  Y  K  Y  A  L  H  N  A  Y  T  H  N  G  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  V  N  A  V  V  S  K  I  F  A  E  R  P  E  L  R  S  K  A  K  D  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  I  A  K  E  L  V  N  Y  V  N  S  L  D  V  E  S  Q  K  K  E  L  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  F  P  E  M  L  E  E  K  K  R  E  K  E  S  K  K  E  L  P  D  I  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  G  V  L  V  T  R  F  A  P  N  P  D  G  P  L  H  L  G  N  A  R  A  A 
 -  -  -  -  V  T  R  F  A  P  N  P  D  G  P  L  H  L  G  N  A  R  A  A 
------------GTGACTCGTTTTGCTCCTAATCCCGATGGTCCTCTTCACCTTGGAAACGCTAGAGCAGCT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  I  S  H  E  Y  A  R  I  Y  N  G  K  F  I  L  R  F  D  D  T  D  P  K 
 I  I  S  H  E  Y  A  R  I  -  -  -  K  F  I  L  R  F  D  D  T  D  -  - 
ATAATATCTCATGAATACGCTAGAATA---------AAATTTATACTTCGATTTGATGACACTGAT------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  K  K  P  I  P  E  A  Y  D  W  I  K  E  D  L  K  W  L  G  I  K  W  D 
 -  -  -  -  -  P  E  A  Y  D  W  I  K  E  D  L  K  W  L  .  .  .  .  D 
---------------CCTGAGGCTTATGATTGGATAAAAGAAGACCTGAAATGGCTA------------GAC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  E  V  R  A  S  A  R  L  E  T  Y  Y  N  F  A  R  I  L  L  S  K  G  Y 
 -  E  V  R  A  S  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GAAGTAAGAGCCTCAGCA---------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  Y  I  D  L  C  K  E  A  E  F  K  E  R  R  S  K  R  E  A  C  P  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  T  S  P  E  S  N  L  E  L  F  E  K  M  I  H  G  E  F  E  E  G  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  V  R  L  K  T  D  L  K  L  P  D  P  S  Q  R  D  W  V  L  L  R  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 N  V  K  K  S  P  H  P  I  E  G  D  K  Y  W  V  W  P  T  Y  N  F  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  N  F  A  S 
------------------------------------------------------ACATATAATTTTGCAAGC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  I  D  D  Y  D  L  G  V  T  H  I  F  R  G  K  E  H  A  V  N  A  G  K 
 A  I  D  D  Y  -  -  -  -  -  H  I  F  R  G  K  E  H  A  V  N  A  G  K 
GCTATTGATGATTAC---------------CACATTTTCAGAGGAAAGGAGCATGCTGTTAATGCAGGAAAA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  K  W  I  Y  N  Y  M  G  W  K  Y  P  Y  V  R  E  F  G  R  L  K  L  E 
 Q  K  W  I  Y  N  Y  M  -  -  -  -  P  Y  V  R  E  F  -  -  -  -  -  - 
CAGAAATGGATCTATAACTATATG------------CCTTACGTTAGGGAATTT------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  F  M  M  S  K  S  K  I  R  T  V  V  E  K  G  V  S  I  D  D  P  R  L 
 -  -  M  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ATGATGAGTAAATCA---------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  T  L  A  G  L  R  R  R  G  I  L  S  D  T  I  K  E  I  I  I  T  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  K  E  T  D  A  T  I  S  F  D  N  L  A  S  T  N  R  K  K  L  D  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  K  R  L  M  F  V  E  S  P  M  E  F  T  I  D  I  P  Q  P  M  L  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  P  Y  H  P  S  N  P  N  E  Y  R  E  I  G  V  N  P  G  D  I  I  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  K  D  D  A  K  D  K  V  L  R  L  M  E  L  C  N  V  T  V  N  E  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  V  Y  N  S  K  G  I  E  D  A  K  K  L  G  M  K  I  I  Q  W  V  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  E  S  V  P  V  V  I  L  R  P  D  P  E  K  G  I  E  T  I  N  G  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  S  V  I  R  S  L  N  K  G  E  I  V  Q  F  I  R  Y  G  F  V  K  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567
 E  I  S  T  D  G  Q  V  T  V  I  F  S  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

glu_arch_S_marinus

Class I

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_glu_aa

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  N  A  Y  K  H  S  G  K  A  E  L  K  P  V  I  S  K  I  I  A  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  E  I  R  R  H  V  R  E  V  I  D  I  V  R  E  T  I  N  E  V  N  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  I  E  K  Q  K  E  I  I  E  K  N  W  P  E  L  L  E  E  K  P  R  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  K  S  L  P  P  L  P  N  A  A  K  G  R  V  V  T  R  F  A  P  N  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  T  R  F  A  P  N  P  D 
---------------------------------------------GTAACAAGATTCGCTCCTAATCCAGAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  T  I  H  L  G  N  A  R  P  A  L  L  S  Y  W  Y  A  E  M  Y  E  G  K 
 Y  T  I  H  L  G  N  A  R  P  A  L  L  S  Y  W  Y  A  E  M  -  -  -  K 
TATACTATCCATTTGGGAAATGCTAGGCCCGCACTTCTCAGTTATTGGTATGCTGAAATG---------AAA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 M  I  L  R  F  E  D  T  D  P  R  T  K  A  P  F  P  E  A  Y  D  R  I  R 
 M  I  L  R  F  E  D  T  D  -  -  -  -  -  -  -  P  E  A  Y  D  R  I  R 
ATGATTCTAAGATTCGAAGACACCGAT---------------------CCAGAAGCATATGATAGGATAAGA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  D  L  K  W  L  G  I  K  W  N  E  E  Y  I  Q  S  L  R  L  P  I  L  Y 
 N  D  L  K  W  L  .  .  .  .  N  E  -  Y  I  Q  S  L  -  -  -  -  -  - 
AATGATCTTAAATGGCTA------------AACGAA---TATATTCAAAGTCTA------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  A  L  R  E  L  I  K  H  G  G  A  Y  V  D  K  C  S  P  K  E  F  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  R  D  S  G  K  P  C  P  H  R  E  L  P  P  E  K  H  L  E  E  L  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  F  E  G  Y  Y  S  E  G  E  A  V  V  R  V  K  T  D  L  S  H  P  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  V  R  D  W  V  A  A  R  I  I  D  T  S  K  T  P  H  P  I  V  G  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  I  L  W  P  T  Y  N  L  A  A  A  I  D  D  H  L  M  G  V  T  H  I  L 
 -  -  -  -  -  T  Y  N  L  A  A  A  I  D  D  H  -  -  -  -  -  H  I  L 
---------------ACATATAATCTAGCTGCTGCAATAGATGATCAC---------------CATATACTT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  A  K  E  H  V  S  N  T  I  K  Q  K  F  L  Y  D  H  M  G  W  K  Y  P 
 R  A  K  E  H  V  S  N  T  I  K  Q  K  F  L  Y  D  H  M  -  -  -  -  P 
AGAGCTAAAGAACATGTTTCAAATACTATTAAACAAAAATTCCTATATGATCATATG------------CCG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  T  I  H  F  G  R  L  S  L  E  G  V  I  L  S  K  S  R  M  R  K  M  I 
 E  T  I  H  F  -  -  -  -  -  -  -  -  I  L  S  K  S  -  -  -  -  -  - 
GAAACAATACATTTT------------------------ATTTTGAGTAAGTCT------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  E  Y  N  M  E  P  Y  D  D  P  R  F  G  T  L  S  G  L  R  R  R  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  R  E  T  L  W  R  I  I  K  D  V  G  I  N  V  I  D  A  R  I  S  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  L  A  A  I  N  R  S  I  I  D  P  Q  A  K  R  Y  M  A  I  E  E  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  L  K  L  I  G  F  N  N  S  I  E  A  H  V  L  R  H  P  S  T  R  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  N  Y  I  I  K  P  G  D  I  V  Y  I  S  Q  K  D  F  N  I  I  Q  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 M  F  R  L  M  G  I  G  N  F  A  L  T  R  P  V  F  S  K  N  Y  I  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  A  R  L  I  S  L  S  A  K  E  A  K  Q  Y  R  A  P  I  I  Q  W  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  E  Q  S  I  R  V  K  L  I  I  P  K  E  T  N  L  E  T  R  I  L  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  K  A  L  T  N  E  E  L  G  N  I  V  Q  F  Y  R  I  G  F  A  R  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566
 S  K  E  P  E  E  I  K  C  I  F  A  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

glu_arch_T_acidophilum

Class I

Archaea/Thermoplasma acidophilum/amino acid sequences/Tacidophilum_glu_aa

Archaea/Thermoplasma acidophilum/nucleotide sequences/Tacidophilum_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  M  M  Y  E  D  D  I  R  R  I  A  L  I  N  A  Y  Q  H  E  G  K  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  K  S  V  M  G  K  V  M  A  E  I  P  D  L  R  R  D  P  R  S  A  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 M  V  S  R  I  V  D  E  V  N  S  M  S  A  Y  E  I  R  E  T  V  E  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  T  S  S  I  R  K  E  K  K  V  E  E  H  R  L  P  D  L  E  G  V  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  V  V  M  R  M  A  P  S  P  S  G  P  L  H  I  G  H  T  R  M  A  I  L 
 -  -  V  M  R  M  A  P  S  P  S  G  P  L  H  I  G  H  T  R  M  A  I  L 
------GTAATGAGGATGGCCCCATCTCCGTCCGGACCACTGCATATTGGCCACACCAGGATGGCAATACTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  D  E  Y  V  K  R  Y  G  G  E  L  I  L  R  I  E  D  T  N  P  K  N  I 
 N  D  E  Y  V  K  R  -  -  -  E  L  I  L  R  I  E  D  T  N  -  -  -  - 
AACGACGAGTATGTCAAAAGG---------GAACTGATTCTCAGGATAGAGGATACAAAT------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  P  D  A  Y  H  M  I  P  E  D  L  E  W  L  G  V  N  V  T  K  I  V  I 
 -  P  D  A  Y  H  M  I  P  E  D  L  E  W  L  .  .  .  .  T  -  I  V  I 
---CCAGATGCATATCATATGATACCGGAGGATCTTGAATGGCTT------------ACG---ATCGTTATA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  S  D  R  F  D  L  Y  Y  A  E  A  K  K  L  M  E  N  G  H  M  Y  V  C 
 Q  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGAGTGAC---------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  C  P  R  E  E  F  K  K  R  K  L  E  S  I  P  C  K  D  R  D  N  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  T  N  L  E  L  F  D  K  M  I  D  G  T  I  K  E  G  D  A  V  A  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  T  D  L  K  H  P  N  P  S  V  R  D  W  I  A  F  R  I  I  E  A  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  R  V  D  D  K  Y  R  V  Y  P  M  M  S  F  S  V  A  V  D  D  H  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  M  S  F  S  V  A  V  D  D  H  -  - 
---------------------------------ATGATGAGCTTCAGCGTTGCCGTGGACGACCAT------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  L  T  H  V  L  R  G  K  D  Q  L  T  N  T  D  K  Q  R  Y  I  F  D  Y 
 -  -  -  H  V  L  R  G  K  D  Q  L  T  N  T  D  K  Q  R  Y  I  F  D  Y 
---------CATGTCCTTAGAGGAAAGGATCAGCTCACAAACACCGACAAACAGAGGTACATTTTCGATTAC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  G  W  K  K  P  Y  Y  Y  H  Y  G  M  I  K  F  P  G  I  K  L  K  T  S 
 N  -  -  -  -  P  Y  Y  Y  H  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  K  T  S 
AAT------------CCATACTATTACCATTAT------------------------AAGCTGAAAACATCT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  M  K  K  G  I  L  S  G  Q  Y  E  G  W  S  D  I  R  L  G  T  V  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  A  K  R  G  Y  R  P  E  T  F  R  R  Y  W  I  N  S  G  L  R  E  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  I  F  S  I  E  I  F  D  S  I  N  R  E  I  V  D  P  R  A  Y  R  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  V  K  D  P  V  P  V  R  I  E  G  M  P  N  I  S  A  K  L  P  L  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  H  P  E  Y  G  F  R  E  Y  E  V  K  G  S  V  Y  I  A  S  R  D  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  I  S  E  G  E  R  I  R  L  K  D  L  C  Y  I  R  K  K  G  N  G  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Y  D  G  V  E  M  T  E  K  T  K  I  I  N  W  C  P  E  G  S  R  D  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  L  K  P  D  G  S  K  D  S  G  L  I  E  P  K  S  S  G  Y  R  G  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550
 Q  L  E  R  Y  G  Y  V  N  F  A  D  G  D  D  L  A  Y  F  T  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

glu_arch_T_volcanium

Class I

Archaea/Thermoplasma volcanium/amino acid sequences/Tvolcanium_glu_aa

Archaea/Thermoplasma volcanium/nucleotide sequences/Tvolcanium_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Y  E  E  E  I  K  K  I  A  L  L  N  A  Y  Q  H  N  G  K  A  E  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  V  I  G  K  V  M  A  E  I  A  D  L  R  K  N  P  K  L  V  S  E  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  A  A  V  D  S  V  N  S  M  S  K  D  D  I  V  N  I  V  E  K  Q  F  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  A  L  K  K  D  K  K  P  E  E  H  R  L  P  D  L  Q  G  V  N  G  H  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  M  R  L  A  P  S  P  S  G  P  L  H  I  G  H  T  R  M  A  I  L  N  D 
 V  M  R  L  A  P  S  P  S  G  P  L  H  I  G  H  T  R  M  A  I  L  N  D 
GTTATGAGGCTTGCACCGTCTCCATCAGGGCCTCTCCACATAGGCCATACCAGGATGGCTATTCTTAACGAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  Y  V  K  R  Y  G  G  D  L  I  L  R  I  E  D  T  N  P  T  N  I  D  P 
 E  Y  V  K  R  -  -  -  D  L  I  L  R  I  E  D  T  N  -  -  -  -  -  P 
GAATATGTCAAAAGA---------GACCTTATACTTCGTATAGAAGACACAAAT---------------CCA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  A  Y  A  M  I  P  E  D  L  E  W  L  G  V  N  V  T  K  T  V  I  Q  S 
 E  A  Y  A  M  I  P  E  D  L  E  W  L  .  .  .  .  T  -  T  V  I  Q  S 
GAAGCTTATGCTATGATTCCAGAGGATCTAGAGTGGCTA------------ACG---ACAGTAATACAGAGT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  R  F  D  L  Y  Y  S  V  A  K  K  L  I  E  N  G  H  L  Y  I  C  T  C 
 E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAA---------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  R  E  E  F  K  R  K  K  L  A  S  I  P  C  K  D  R  D  N  P  P  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  L  Y  L  F  E  K  M  L  D  G  E  I  K  A  G  A  A  V  A  V  M  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  L  N  H  P  N  P  S  V  R  D  W  I  A  F  R  I  I  D  A  K  H  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  G  D  K  Y  R  V  F  P  M  M  S  F  S  V  A  V  D  D  H  Y  L  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  M  S  F  S  V  A  V  D  D  H  -  -  -  - 
---------------------------ATGATGAGTTTCAGCGTGGCAGTTGATGATCAT------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  H  V  L  R  G  K  D  Q  L  T  N  T  E  K  Q  R  Y  V  F  E  Y  N  G 
 -  H  V  L  R  G  K  D  Q  L  T  N  T  E  K  Q  R  Y  V  F  E  Y  N  - 
---CATGTACTCAGGGGCAAGGATCAGTTGACGAACACTGAAAAGCAGAGGTATGTCTTCGAATACAAT---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 W  N  K  P  Y  Y  Y  H  Y  G  M  I  R  F  P  G  T  R  L  K  T  S  L  M 
 -  -  -  P  Y  Y  Y  H  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  L  K  T  S  -  - 
---------CCATATTATTACCATTAT------------------------AGACTTAAAACCTCC------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  K  G  I  Q  A  G  Q  Y  D  G  W  S  D  V  R  L  G  T  V  R  A  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  R  G  Y  Q  P  E  T  F  R  R  Y  W  I  N  S  G  L  R  E  I  D  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  S  W  E  I  F  N  S  L  N  R  E  F  V  D  P  K  A  Y  R  F  S  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  D  P  V  E  I  K  M  E  G  S  N  G  L  T  A  R  L  P  Y  H  P  S  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  E  Y  G  V  R  K  Y  E  I  G  D  T  V  Y  I  S  K  G  D  A  D  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  D  G  E  R  F  R  L  K  D  L  C  Y  V  V  R  K  G  D  R  F  L  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  T  E  M  K  E  K  T  K  I  I  N  W  C  P  P  N  S  R  E  F  Q  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  P  D  G  S  I  D  K  G  L  I  E  P  A  S  K  G  Y  R  G  I  S  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548
 E  R  Y  G  Y  V  N  F  Y  D  S  D  E  K  A  Y  F  T  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

glu_arch_Halobacterium

Class I

Archaea/Halobacterium sp./amino acid sequences/Halobacterium_glu_aa

Archaea/Halobacterium sp./nucleotide sequences/Halobacterium_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  D  E  I  R  E  R  V  R  R  E  A  E  V  A  A  L  F  N  A  L  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  S  D  A  Q  V  G  A  I  M  G  P  M  M  G  E  N  P  E  F  R  E  H  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  E  I  P  G  V  V  S  P  V  I  A  D  V  N  G  M  D  R  E  E  K  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  L  G  E  L  A  P  E  R  L  E  E  L  D  A  E  D  E  E  D  D  Q  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  D  L  P  N  A  E  A  Y  D  E  I  R  M  R  C  A  P  N  P  N  G  P  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  R  C  A  P  N  P  N  G  P  W 
---------------------------------------ATGCGGTGTGCGCCGAACCCGAACGGCCCGTGG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 H  I  G  H  S  R  M  P  A  V  I  G  T  Y  A  E  E  Y  D  G  E  F  I  V 
 H  I  G  H  S  R  M  P  A  V  I  G  T  Y  A  E  E  -  -  -  E  F  I  V 
CACATCGGCCACTCGCGGATGCCGGCGGTCATCGGGACGTACGCCGAGGAG---------GAGTTCATCGTG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  F  D  D  T  D  P  E  T  K  R  P  L  L  W  A  Y  D  E  I  L  D  E  I 
 R  F  D  D  T  D  -  -  -  -  -  P  .  .  W  A  Y  D  E  I  L  D  E  I 
CGCTTCGACGACACCGAC---------------CCG------TGGGCGTACGACGAGATTCTCGACGAGATA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  Y  L  G  F  E  P  A  D  V  Y  R  A  S  D  R  L  D  V  Y  Y  E  H  A 
 G  Y  L  .  .  .  .  A  -  V  Y  R  A  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGGTACCTC------------GCC---GTGTACCGCGCCAGCGAC---------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  Q  L  I  G  M  G  G  A  Y  T  C  S  C  P  A  G  E  F  S  E  L  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  G  E  A  C  P  H  R  E  K  D  P  A  V  V  A  E  E  F  D  A  M  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  D  Y  N  S  G  E  M  V  L  R  V  K  T  D  I  E  H  K  N  P  A  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  W  V  A  F  R  I  I  E  T  P  H  P  R  E  E  A  A  A  Y  R  C  W  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  L  D  F  Q  S  G  V  D  D  H  L  T  G  V  T  H  I  I  R  G  I  D  L 
 M  L  D  F  Q  S  G  V  D  D  H  -  -  -  -  -  H  I  I  R  G  I  D  L 
ATGCTGGACTTCCAGTCGGGCGTCGACGACCAC---------------CACATCATCCGCGGCATCGACCTG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  D  S  A  K  R  Q  Q  F  V  Y  D  Y  F  D  W  E  Y  P  E  V  I  H  W 
 Q  D  S  A  K  R  Q  Q  F  V  Y  D  Y  F  -  -  -  -  P  E  V  I  H  W 
CAGGACTCCGCGAAGCGCCAGCAGTTCGTCTACGACTACTTC------------CCCGAGGTCATCCACTGG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  H  V  Q  V  D  A  Y  D  V  K  M  S  T  S  T  I  G  E  L  I  D  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  T  S  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------AAGATGTCGACGTCC---------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  L  D  G  W  D  D  P  R  A  P  T  L  P  S  V  Q  R  R  G  I  R  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  L  V  D  A  M  T  E  L  G  T  S  T  S  N  V  D  L  A  M  S  S  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  N  N  R  D  L  V  D  D  E  A  P  R  Q  F  F  V  R  D  G  F  D  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  S  G  A  E  E  Q  F  D  A  T  E  V  P  L  S  G  G  P  D  S  A  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  V  H  P  D  H  E  D  R  G  E  R  N  I  P  V  G  D  A  V  L  V  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 R  D  L  P  A  A  G  D  R  L  W  L  K  G  Y  G  P  V  E  F  D  G  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  D  Y  L  D  E  A  D  I  D  V  V  R  E  E  G  V  D  V  V  H  W  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  T  E  N  V  R  V  R  M  R  T  P  N  G  D  V  S  G  Y  A  E  P  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 S  D  V  D  P  D  A  V  V  Q  F  V  R  V  G  F  A  R  C  D  R  H  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586
 A  E  S  V  A  Y  Y  A  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

glu_bact_R_marinus

Class I

Archaea/Rhodothermus marinus/amino acid sequences/Rmarinus_glu_aa

Archaea/Rhodothermus marinus/nucleotide sequences/Rmarinus_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  T  Q  T  H  K  I  E  G  P  V  R  V  R  F  A  P  S  P  T  G  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  V  R  F  A  P  S  P  T  G  F  L 
------------------------------------CGCGTGCGCTTCGCCCCGAGCCCGACGGGCTTTCTG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 H  I  G  G  L  R  T  A  L  Y  N  F  L  F  A  R  K  H  G  G  Q  F  I  L 
 H  I  G  G  L  R  T  A  L  Y  N  F  L  F  A  R  K  -  -  -  Q  F  I  L 
CACATCGGTGGGTTGCGGACGGCGCTCTACAACTTCCTGTTTGCCCGTAAG---------CAGTTCATCCTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  I  E  D  T  D  Q  E  R  Y  V  P  G  A  E  E  D  I  I  E  S  L  R  W 
 R  I  E  D  T  D  -  -  -  -  -  P  G  A  E  E  D  I  I  E  S  L  R  W 
CGCATCGAAGATACCGAC---------------CCCGGCGCCGAGGAGGACATCATCGAATCGTTGCGCTGG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  G  L  T  Y  D  E  G  P  D  V  G  G  P  C  G  P  Y  R  Q  S  E  R  K 
 A  .  .  .  .  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  P  Y  R  Q  S  E  -  - 
GCC------------GAC---------------------------GGGCCGTACCGCCAGTCGGAG------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  L  Y  L  Q  Y  A  K  Q  L  V  E  A  G  H  A  Y  Y  A  F  D  T  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  L  E  E  M  R  R  R  L  Q  K  S  G  N  P  S  P  K  Y  D  A  I  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  S  M  R  N  S  L  T  L  P  A  E  E  V  E  R  L  L  A  E  G  V  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  I  R  L  K  V  P  R  R  E  T  I  R  F  Y  D  L  I  R  G  W  V  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  S  S  E  I  D  D  Q  V  L  I  K  S  D  G  M  P  T  Y  H  M  A  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  H  M  A  N  V 
---------------------------------------------------ACCTACCACATGGCCAACGTG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  D  D  H  L  M  G  I  T  H  V  I  R  G  E  E  W  L  S  S  T  P  K  H 
 V  D  D  H  -  -  -  -  -  H  V  I  R  G  E  E  W  L  S  S  T  P  K  H 
GTCGATGACCAC---------------CACGTGATCCGGGGCGAGGAATGGCTTTCTTCGACGCCCAAGCAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  L  L  Y  R  Y  L  G  W  E  M  P  Q  M  A  H  L  P  L  I  L  S  P  K 
 V  L  L  Y  R  Y  L  -  -  -  -  P  Q  M  A  H  L  -  -  -  -  -  -  - 
GTGCTGCTGTACCGGTACCTG------------CCGCAGATGGCACACCTG---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  G  K  L  S  K  R  N  A  D  A  L  G  I  P  V  L  V  R  Q  Y  R  E  L 
 -  -  K  L  S  K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------AAGCTCTCCAAGCGT---------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  Y  E  P  E  A  L  V  N  Y  L  A  F  L  G  W  N  P  G  T  E  Q  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  T  L  E  E  L  I  E  A  F  S  L  D  R  V  R  P  A  A  V  Q  F  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  K  L  Q  W  Y  N  Q  Q  F  I  R  R  M  S  V  E  E  L  A  R  K  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  Y  L  K  K  H  G  I  E  A  D  E  A  Y  V  R  K  V  A  A  L  M  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  I  T  F  V  E  E  L  A  T  F  C  R  F  F  Y  E  D  P  T  T  Y  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  G  V  Q  K  R  W  K  A  N  S  A  E  L  V  R  A  Y  A  D  R  L  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  K  E  F  T  A  E  T  A  E  Q  A  L  R  E  L  A  E  E  R  G  V  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  E  I  I  H  P  T  R  L  A  I  S  G  L  S  F  G  P  S  L  F  E  M  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500
 E  V  I  G  K  E  A  C  V  R  R  L  R  R  A  A  E  V  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

glu_bact_C_aggregans

Class I

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_glu_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  G  I  E  G  P  V  R  V  R  F  A  P  S  P  T  G  S  L  H  I  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  V  R  F  A  P  S  P  T  G  S  L  H  I  G  G 
------------------------CGGGTGCGTTTTGCCCCTAGCCCAACCGGCAGCTTGCACATCGGCGGT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  R  T  A  L  F  N  W  L  C  A  R  H  Y  G  G  Q  F  I  L  R  I  E  D 
 V  R  T  A  L  F  N  W  L  C  A  R  H  -  -  -  Q  F  I  L  R  I  E  D 
GTGCGTACCGCTCTCTTCAATTGGCTCTGTGCCCGTCAT---------CAGTTTATTCTGCGGATCGAAGAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  D  E  K  R  F  V  P  G  A  A  D  D  I  S  I  S  L  R  W  V  G  I  D 
 T  D  -  -  -  -  -  P  G  A  A  D  D  I  S  I  S  L  R  W  V  .  .  D 
ACTGAC---------------CCCGGTGCTGCCGATGATATTAGCATTTCGCTGCGCTGGGTT------GAT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 W  D  E  G  P  D  V  G  G  P  Y  G  P  Y  V  Q  S  Q  R  F  E  Q  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  P  Y  V  Q  S  Q  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------GGCCCCTACGTGCAGTCACAG------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  R  P  Y  V  D  Q  L  L  E  A  G  L  A  Y  M  S  F  T  T  E  E  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  Q  M  R  A  A  A  E  A  A  G  I  K  A  F  R  F  R  G  S  E  R  D  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  L  E  R  Q  R  E  L  A  A  S  G  K  P  Y  T  V  R  L  K  T  P  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  E  T  R  F  S  D  L  I  R  G  G  D  E  I  V  V  Q  N  D  Q  L  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  V  L  I  K  S  S  G  M  P  V  Y  H  F  A  H  L  V  D  D  H  L  M  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  H  F  A  H  L  V  D  D  H  -  -  - 
------------------------------GTCTACCACTTTGCCCACCTCGTTGACGACCAT---------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  T  L  V  M  R  G  E  E  W  V  P  S  T  P  Y  H  V  L  L  Y  D  Y  F 
 -  -  L  V  M  R  G  E  E  W  V  P  S  T  P  Y  H  V  L  L  Y  D  Y  F 
------CTTGTTATGCGTGGAGAAGAGTGGGTACCGAGCACACCGTACCACGTCTTACTCTACGACTACTTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  W  Q  R  P  I  F  A  H  L  P  A  I  L  R  H  D  G  K  G  K  L  S  K 
 -  -  -  -  P  I  F  A  H  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  S  K 
------------CCGATCTTTGCCCATCTG------------------------------AAACTGTCGAAG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  K  D  D  V  A  T  Q  R  F  R  E  R  G  Y  L  P  E  T  M  L  N  Y  L 
 R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGC---------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  L  Q  G  W  S  Y  D  G  V  T  E  I  M  N  R  E  E  L  I  A  R  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  E  R  I  Q  P  S  P  A  R  W  N  P  E  K  L  R  D  M  N  G  I  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  K  L  S  R  E  Q  L  A  E  R  V  L  P  F  M  Q  R  A  G  L  I  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  A  S  D  T  E  R  A  Y  L  L  Q  L  I  P  L  I  H  E  R  L  E  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Q  E  A  P  E  L  L  E  F  F  Y  C  E  V  T  P  G  V  T  Y  Q  P  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  I  P  K  K  H  D  A  V  Q  T  V  T  M  L  R  A  A  H  D  V  L  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  T  D  W  T  A  P  A  L  E  T  A  L  R  T  L  V  E  Q  L  G  V  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  P  L  F  S  A  I  R  I  A  V  T  G  R  S  V  A  P  P  L  F  D  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503
 A  G  V  G  R  E  R  S  L  E  R  L  A  A  A  I  A  A  L  E  Q  M  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

glu_bact_P_mikurensis

Class I

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/amino acid sequences/Pmikurensis_glu_aa

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/nucleotide sequences/Pmikurensis_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  A  A  S  K  P  V  V  T  R  F  A  P  S  P  T  G  E  L  H  V  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  T  R  F  A  P  S  P  T  G  E  L  H  V  G  G 
------------------------GTCACCCGCTTCGCCCCCTCGCCCACGGGGGAGCTGCACGTGGGCGGG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  R  T  A  L  Y  S  W  A  L  A  R  R  H  G  G  R  F  L  L  R  F  E  D 
 A  R  T  A  L  Y  S  W  A  L  A  R  R  -  -  -  R  F  L  L  R  F  E  D 
GCCCGCACGGCGCTGTACAGCTGGGCGCTGGCCCGCCGC---------CGGTTCCTGCTGCGCTTCGAGGAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  D  L  A  R  S  S  A  A  A  A  D  R  I  R  A  D  L  A  W  F  G  L  D 
 T  D  -  -  -  -  -  A  A  A  A  D  R  I  R  A  D  L  A  W  F  .  .  D 
ACCGAC---------------GCCGCCGCCGCCGACCGCATCCGCGCCGACCTCGCCTGGTTC------GAC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 W  D  N  E  G  G  V  V  P  R  Q  S  E  R  H  A  A  G  V  Y  D  A  A  V 
 -  -  -  E  G  .  .  .  P  R  Q  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GAAGGC---------CCCCGCCAGAGCGAG---------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  T  L  L  S  A  G  R  A  Y  E  R  D  G  A  V  L  F  R  F  G  C  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  F  E  D  A  V  Y  G  C  V  E  T  P  A  S  D  N  R  D  F  V  I  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  V  A  G  G  G  M  P  T  F  H  L  A  V  V  V  D  D  H  D  A  G  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  H  L  A  V  V  V  D  D  H  -  -  -  -  - 
------------------------ACCTTCCACCTCGCCGTCGTCGTCGACGACCAC---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 H  V  V  R  G  Q  E  H  L  S  N  T  P  K  H  A  A  L  C  D  A  L  G  F 
 H  V  V  R  G  Q  E  H  L  S  N  T  P  K  H  A  A  L  C  D  A  L  -  - 
CACGTCGTCCGCGGCCAGGAGCACCTCAGCAACACGCCCAAGCACGCGGCGTTGTGCGACGCCCTG------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  R  P  V  W  A  H  T  P  S  I  L  N  P  G  G  S  K  M  S  K  R  D  K 
 -  -  P  V  W  A  H  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  R  -  - 
------CCGGTGTGGGCGCACACG---------------------------AAGATGAGCAAGCGC------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  K  A  A  R  L  G  A  A  E  N  P  R  Q  E  L  V  V  P  G  V  T  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  L  A  A  F  L  A  K  D  N  D  D  T  A  I  A  T  A  I  A  A  A  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  A  L  P  A  V  E  V  A  D  F  R  R  A  G  Y  L  P  G  V  V  A  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  A  L  L  G  W  N  P  G  D  G  R  E  R  L  S  M  E  E  I  A  R  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  L  G  R  V  N  R  A  N  S  T  F  D  R  A  K  L  A  A  F  S  Q  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  I  A  M  E  P  A  A  F  A  A  A  L  R  D  H  L  A  A  Y  R  A  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  A  A  L  G  L  E  K  I  D  A  F  A  A  L  Y  Q  Q  R  A  V  T  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  P  A  S  A  G  R  F  F  V  E  P  P  A  A  Y  D  A  K  A  V  K  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  T  R  Q  D  G  A  G  L  A  H  L  A  A  A  R  D  A  L  A  G  V  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  D  E  A  R  V  Q  A  A  L  E  A  L  A  A  E  R  E  L  P  H  L  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  A  Q  P  L  R  V  A  L  T  G  T  A  V  S  P  D  I  A  A  T  V  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502
 L  G  R  E  E  V  L  A  R  I  D  R  C  V  E  R  F  S  G  G  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

glu_bact_B_thailandensis

Class I

Bacteria/Burkholderia thailandensis/amino acid sequences/Bthailandensis_glu_aa

Bacteria/Burkholderia thailandensis/nucleotide sequences/Bthailandensis_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  R  P  V  R  T  R  F  A  P  S  P  T  G  F  I  H  L  G  N  I  R  S 
 -  -  -  -  -  R  T  R  F  A  P  S  P  T  G  F  I  H  L  G  N  I  R  S 
---------------CGCACCCGTTTTGCGCCGAGCCCCACCGGCTTCATCCATCTCGGCAACATCCGATCC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  L  Y  P  W  A  F  A  R  K  M  K  G  T  F  V  L  R  I  E  D  T  D  V 
 A  L  Y  P  W  A  F  A  R  K  -  -  -  T  F  V  L  R  I  E  D  T  D  - 
GCGCTTTATCCGTGGGCGTTCGCCCGCAAG---------ACGTTCGTGCTGCGGATCGAGGACACCGAT---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  R  S  S  Q  E  A  V  D  A  I  L  E  G  M  A  W  L  G  L  D  Y  D  E 
 -  -  -  -  Q  E  A  V  D  A  I  L  E  G  M  A  W  L  .  .  D  -  -  - 
------------CAGGAGGCGGTCGACGCGATCCTCGAAGGGATGGCGTGGCTC------GAT---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  P  Y  Y  Q  M  Q  R  M  D  R  Y  R  E  V  L  A  Q  M  Q  E  K  G  L 
 G  P  Y  Y  Q  M  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCCCGTACTATCAGATGCAG---------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  Y  P  C  Y  M  S  T  E  E  L  D  A  L  R  E  R  Q  R  A  A  G  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  R  Y  D  G  T  W  R  P  E  P  G  K  V  L  P  E  P  P  A  G  V  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  L  R  F  R  N  P  L  T  G  T  V  A  W  D  D  A  V  K  G  R  V  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  N  E  E  L  D  D  L  V  V  A  R  P  D  G  T  P  M  Y  N  F  C  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  Y  N  F  C  V  V 
---------------------------------------------------ATGTACAACTTCTGCGTCGTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  D  D  L  D  M  G  I  T  H  V  I  R  G  D  D  H  V  N  N  T  P  R  Q 
 V  D  D  L  -  -  -  -  -  H  V  I  R  G  D  D  H  V  N  N  T  P  R  Q 
GTCGACGATCTC---------------CACGTGATCCGCGGCGACGACCACGTGAACAACACGCCGCGCCAG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  N  I  L  R  A  L  G  G  E  V  P  V  Y  A  H  L  P  T  V  L  N  E  Q 
 I  N  I  L  R  A  L  -  -  -  -  P  V  Y  A  H  L  -  -  -  -  -  -  - 
ATCAACATCCTGCGCGCGCTC------------CCGGTGTACGCGCACTTG---------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  E  K  M  S  K  R  H  G  A  M  S  V  M  G  Y  R  D  A  G  Y  L  P  E 
 -  -  K  M  S  K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------AAGATGAGCAAGCGT---------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  V  L  N  Y  L  A  R  L  G  W  S  H  G  D  A  E  I  F  T  R  E  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  E  W  F  D  L  E  H  L  G  K  S  P  A  Q  Y  D  H  N  K  L  N  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  N  H  Y  I  K  E  A  D  D  A  R  L  A  G  L  A  K  P  F  F  A  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  I  D  A  G  A  I  E  Q  G  P  D  L  V  S  V  M  G  L  M  K  D  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  T  V  K  E  I  A  E  N  S  A  M  F  Y  R  A  P  A  P  G  A  D  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  Q  H  V  T  D  A  V  R  P  A  L  V  E  F  A  A  A  L  K  T  V  E  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  K  E  A  I  A  A  A  L  K  A  V  L  G  A  H  K  L  K  M  P  Q  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 M  P  V  R  L  L  V  A  G  T  T  H  T  P  S  I  D  A  V  L  L  L  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469
 R  D  V  V  V  S  R  I  E  A  A  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

glu_bact_B_fragilis

Class I

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_glu_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  E  R  K  V  R  V  R  F  A  P  S  P  T  G  A  L  H  I  G  G  V  R 
 -  -  -  -  -  -  R  V  R  F  A  P  S  P  T  G  A  L  H  I  G  G  V  R 
------------------GGCACGTTTCATGCGAGCCAATGTTTCTTCTTTTCCCAACACCCAGGAAATATC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  A  L  Y  N  Y  L  F  A  R  Q  H  G  G  D  L  I  F  R  I  E  D  T  D 
 T  A  L  Y  N  Y  L  F  A  R  Q  -  -  -  D  L  I  F  R  I  E  D  T  D 
GAACATATGAGGACCTTTGCCCTCACCTACCAG---------GAAAGCATTCATAATATTACCTGTATGATA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  N  R  F  V  P  G  A  E  E  Y  I  L  E  S  F  K  W  L  G  I  Q  F  D 
 -  -  -  -  -  P  G  A  E  E  Y  I  L  E  S  F  K  W  L  .  .  .  .  D 
---------------CCAGTCCATTACTATTTTTTCTTGACCTTCAATGCTGAAATC------------CAA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  G  V  S  F  G  G  E  Y  G  P  Y  R  Q  S  E  R  R  E  I  Y  K  K  Y 
 -  G  V  .  .  .  .  .  .  .  .  Y  R  Q  S  E  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CTCCGC------------------------ATCCTCTTTCCAGCG------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  Q  V  L  L  D  N  G  K  A  Y  I  A  F  D  T  P  E  E  L  D  A  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  E  I  A  N  F  Q  Y  D  A  S  T  R  V  G  M  R  N  S  L  T  L  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  E  V  E  A  L  I  A  D  G  K  Q  Y  V  V  R  F  K  I  E  P  N  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  H  V  N  D  L  I  R  G  E  V  V  I  N  S  S  I  L  D  D  K  V  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  S  A  D  E  L  P  T  Y  H  L  A  N  I  V  D  D  H  L  M  E  V  S  H 
 -  -  -  -  -  -  -  T  Y  H  L  A  N  I  V  D  D  H  -  -  -  -  -  H 
---------------------CAGCAGAGCAAGGAAATTGATAACAGCCTCGGG---------------ACG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  I  R  G  E  E  W  L  P  S  A  P  L  H  V  L  L  Y  R  A  F  G  W  E 
 V  I  R  G  E  E  W  L  P  S  A  P  L  H  V  L  L  Y  R  A  F  -  -  - 
ATAACCGGAAGAAATCTCACCGCTCTTCGGGTCATGCCACTCAAGAGGGAATACAGGGAATCC---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  T  M  P  A  F  A  H  L  P  L  L  L  K  P  E  G  N  G  K  L  S  K  R 
 -  -  -  P  A  F  A  H  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  S  K  R 
---------TTTACTCAGTTTTCCATT------------------------------GGCAAAAGCCGGCAT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  G  D  R  L  G  F  P  V  F  P  L  E  W  H  D  P  K  S  G  E  I  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  Y  R  E  S  G  Y  L  P  E  A  V  I  N  F  L  A  L  L  G  W  N  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  D  Q  E  V  M  S  M  D  E  L  I  R  L  F  D  L  H  R  C  S  K  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  K  F  D  Y  K  K  G  I  W  F  N  H  T  Y  I  Q  Q  K  S  D  K  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  E  L  F  V  P  V  L  K  E  H  G  V  E  A  P  F  E  K  V  V  T  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  M  M  K  D  R  V  S  F  V  K  E  L  W  E  V  C  S  F  F  F  V  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  E  Y  D  E  K  T  V  K  K  R  W  K  E  D  S  A  K  C  M  T  E  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  V  L  A  G  I  E  D  F  S  I  E  G  Q  E  K  I  V  M  D  W  I  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  G  Y  H  T  G  N  I  M  N  A  F  R  L  T  L  V  G  E  G  K  G  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 M  F  D  I  S  W  V  L  G  K  E  E  T  L  A  R  M  K  R  A  V  E  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505
 K 
 - 
---

glu_bact_G_stearothermophilus

Class I

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/amino acid sequences/Gstearothermophilus_glu_aa

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/nucleotide sequences/Gstearothermophilus_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  K  D  V  R  V  R  Y  A  P  S  P  T  G  H  L  H  I  G  G  A  R  T 
 -  -  -  -  -  R  V  R  Y  A  P  S  P  T  G  H  L  H  I  G  G  A  R  T 
---------------CGCGTGCGCTATGCGCCGAGCCCGACCGGCCATTTGCATATCGGAGGGGCGCGGACC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  L  F  N  Y  L  F  A  R  H  H  G  G  K  M  I  V  R  I  E  D  T  D  I 
 A  L  F  N  Y  L  F  A  R  H  -  -  -  K  M  I  V  R  I  E  D  T  D  - 
GCGCTGTTTAACTATTTGTTTGCTCGCCAT---------AAAATGATCGTCCGCATCGAGGATACGGAT---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  R  N  V  E  G  G  E  Q  S  Q  L  E  N  L  Q  W  L  G  I  D  Y  D  E 
 -  -  -  -  E  G  G  E  Q  S  Q  L  E  N  L  Q  W  L  .  .  D  -  -  - 
------------GAAGGCGGCGAACAGTCGCAGCTCGAAAACTTACAATGGCTC------GAT---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  V  D  K  D  G  G  Y  G  P  Y  R  Q  T  E  R  L  D  I  Y  R  K  Y  V 
 S  V  .  .  .  .  .  .  .  .  Y  R  Q  T  E  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCCGTT------------------------TACCGCCAGACGGAG---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  E  L  L  E  Q  G  H  A  Y  K  C  F  C  T  P  E  E  L  E  R  E  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  Q  R  A  A  G  I  A  A  P  Q  Y  S  G  K  C  R  R  L  T  P  E  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  E  L  E  A  Q  G  K  P  Y  T  I  R  L  K  V  P  E  G  K  T  Y  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  D  L  V  R  G  K  V  T  F  E  S  K  D  I  G  D  W  V  I  V  K  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  I  P  T  Y  N  F  A  V  V  I  D  D  H  L  M  E  I  S  H  V  F  R  G 
 -  -  -  T  Y  N  F  A  V  V  I  D  D  H  -  -  -  -  -  H  V  F  R  G 
---------ACGTACAACTTTGCCGTCGTCATCGACGACCAC---------------CATGTGTTCCGCGGT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  E  H  L  S  N  T  P  K  Q  L  M  V  Y  E  Y  F  G  W  E  P  P  Q  F 
 E  E  H  L  S  N  T  P  K  Q  L  M  V  Y  E  Y  F  -  -  -  -  P  Q  F 
GAGGAGCATTTGTCCAACACGCCGAAGCAGCTGATGGTGTATGAATATTTT------------CCGCAGTTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  H  L  T  L  I  V  N  E  Q  R  K  K  L  S  K  R  D  E  S  I  I  Q  F 
 A  H  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  S  K  R  -  -  -  -  -  -  - 
GCCCATTTG---------------------------AAGTTGTCCAAGCGC---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  S  Q  Y  K  E  L  G  Y  L  P  E  A  M  F  N  F  F  A  L  L  G  W  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  E  G  E  E  E  I  F  S  K  D  E  L  I  R  I  F  D  V  S  R  L  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  P  S  M  F  D  T  K  K  L  T  W  M  N  N  Q  Y  I  K  K  L  D  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  L  V  E  L  A  L  P  H  L  V  K  A  G  R  L  P  A  D  M  S  D  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  Q  W  A  R  D  L  I  A  L  Y  Q  E  Q  M  S  Y  G  A  E  I  V  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  E  L  F  F  K  E  E  V  E  Y  E  D  E  A  R  Q  V  L  A  E  E  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  D  V  L  S  A  F  L  A  H  V  R  D  L  D  P  F  T  A  D  E  I  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  I  K  A  V  Q  K  A  T  G  Q  K  G  K  K  L  F  M  P  I  R  A  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  G  Q  T  H  G  P  E  L  P  F  A  I  Q  L  L  G  K  Q  K  V  I  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489
 L  E  R  A  L  Q  E  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

glu_bact_H_aurantiacus

Class I

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/amino acid sequences/Haurantiacus_glu_aa

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/nucleotide sequences/Haurantiacus_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  D  R  P  T  P  A  R  T  R  F  A  P  S  P  T  G  Y  L  H  I  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  T  R  F  A  P  S  P  T  G  Y  L  H  I  G  S 
------------------------AGCAGCAGCAGTGCTGATTCGGGCGAGCGTCACAGCTTTACCTAAAAC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  R  T  V  L  F  S  W  L  W  A  R  H  T  G  G  Q  F  L  L  R  I  E  D 
 L  R  T  V  L  F  S  W  L  W  A  R  H  -  -  -  Q  F  L  L  R  I  E  D 
CGCCAAGGTTTCGAATAGGCCTGGCGAGGTCGTGCGCCC---------AACGCGAATAGGCATAAACACTTG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  D  R  K  R  F  V  E  G  A  E  E  Q  L  T  S  S  L  Q  A  I  G  L  M 
 T  D  -  -  -  -  -  E  G  A  E  E  Q  L  T  S  S  L  Q  A  I  .  .  . 
GGGAAT---------------ATTGACAAAATCATGCAAGAGCTTGTCTAAACTGGGGGCATC---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 W  D  E  G  P  I  V  G  G  P  H  A  P  Y  K  Q  S  E  R  L  E  I  Y  Q 
 .  D  -  -  -  -  -  -  G  P  .  .  .  Y  K  Q  S  E  -  -  -  -  -  - 
---AGC------------------TTGGCC---------AACCGTTTGCGCCGG------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  H  A  Q  A  L  I  D  K  G  V  A  Y  R  S  Y  A  T  A  D  E  I  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  N  A  E  R  E  A  R  G  E  P  K  L  L  V  F  R  N  L  P  G  I  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  A  R  E  A  A  G  A  D  Y  N  V  R  L  S  L  K  T  T  G  Q  T  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  D  L  V  R  G  Q  I  V  F  D  N  A  A  L  K  M  P  D  P  V  L  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  D  G  F  P  T  Y  A  L  A  A  M  V  D  D  H  L  M  G  I  T  H  V  L 
 -  -  -  -  -  T  Y  A  L  A  A  M  V  D  D  H  -  -  -  -  -  H  V  L 
---------------TTCAAGGGTCATAAACTCTGTTTTATCATCGTA---------------GGCCAAATA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  A  D  E  W  I  P  T  W  P  I  H  H  Q  I  Y  E  A  F  G  W  E  Q  P 
 R  A  D  E  W  I  P  T  W  P  I  H  H  Q  I  Y  E  A  F  -  -  -  -  P 
GTTGATAATGGCTTCGGGCACAAAGCCTAAATCGATATACTCGGTGACCGATGTATC------------GGA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  W  V  H  V  P  Q  V  L  G  S  D  G  K  K  L  S  K  R  H  G  D  T  S 
 V  W  V  H  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  S  K  R  -  -  -  -  - 
AAGCTTCTTGCCATC---------------------------CCAAACTGGTTGCTC---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  T  E  Y  I  D  L  G  F  V  P  E  A  I  I  N  Y  L  A  L  I  G  W  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  D  D  K  T  E  F  M  T  L  E  E  L  I  E  R  F  D  L  N  R  I  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  G  G  V  F  D  R  D  K  L  L  H  F  N  G  V  Y  L  R  N  M  A  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  L  A  Q  R  V  A  P  Y  L  S  K  A  G  L  I  S  A  E  P  T  A  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  A  K  I  T  E  Y  L  P  L  V  Q  D  R  L  K  L  L  S  E  A  P  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  D  F  F  F  V  D  P  Q  G  Y  D  P  A  L  L  V  P  K  K  G  D  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  T  V  E  I  L  G  Q  V  K  A  S  F  E  A  V  E  T  W  D  A  P  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  K  L  L  H  D  F  V  N  Q  L  G  L  K  I  P  Q  V  F  M  P  I  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  I  S  G  R  T  T  S  P  G  L  F  E  T  L  A  V  L  G  K  A  V  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495
 A  R  I  S  T  A  A  A  A  L  S  S  A  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

glu_bact_A_aeolicus

Class I

Bacteria/Aquifex aeolicus/amino acid sequences/Aaeolicus_glu_aa

Bacteria/Aquifex aeolicus/nucleotide sequences/Aaeolicus_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  K  V  K  T  R  F  A  P  S  P  T  G  Y  L  H  L  G  N  A  R  T  A 
 -  -  -  -  K  T  R  F  A  P  S  P  T  G  Y  L  H  L  G  N  A  R  T  A 
------------AAAACGAGGTTCGCACCCAGTCCAACCGGATACCTACACCTCGGAAACGCAAGAACAGCC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  F  S  Y  L  F  A  R  H  N  N  G  G  F  V  L  R  I  E  D  T  D  P  E 
 I  F  S  Y  L  F  A  R  H  -  -  -  G  F  V  L  R  I  E  D  T  D  -  - 
ATATTCAGTTATCTGTTTGCAAGGCAC---------GGTTTTGTACTTCGTATAGAGGACACCGAT------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  S  K  K  E  Y  E  E  M  L  I  E  D  L  K  W  L  G  I  D  W  D  E  F 
 -  -  -  K  E  Y  E  E  M  L  I  E  D  L  K  W  L  .  .  D  -  -  -  F 
---------AAAGAGTATGAAGAAATGCTGATAGAGGATTTAAAGTGGCTC------GAT---------TTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  R  Q  S  E  R  F  D  I  Y  R  E  Y  V  N  K  L  L  E  S  G  H  A  Y 
 Y  R  Q  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACAGACAGTCCGAG---------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  C  F  C  T  P  E  E  L  E  K  E  R  E  E  A  R  K  K  G  I  P  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  S  G  K  C  R  H  L  T  P  E  E  V  E  K  F  K  K  E  G  K  P  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  R  F  K  V  P  E  N  R  T  V  V  F  E  D  L  I  K  G  H  I  A  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  D  D  F  G  D  F  V  I  V  R  S  D  G  S  P  T  Y  N  F  V  V  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  N  F  V  V  V  V 
------------------------------------------------ACTTACAACTTCGTCGTTGTTGTT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  D  A  L  M  G  I  T  H  V  I  R  G  E  D  H  I  P  N  T  P  K  Q  I 
 D  D  A  -  -  -  -  -  H  V  I  R  G  E  D  H  I  P  N  T  P  K  Q  I 
GACGACGCC---------------CACGTGATAAGAGGAGAGGACCACATACCCAACACTCCCAAGCAAATA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  I  Y  E  A  L  G  F  P  V  P  K  F  A  H  L  P  V  I  L  G  E  D  R 
 L  I  Y  E  A  L  -  -  -  -  P  K  F  A  H  L  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCATATACGAAGCTCTC------------CCCAAGTTCGCACACCTT------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  K  L  S  K  R  H  G  A  V  S  V  R  A  Y  R  E  E  G  Y  M  P  E  A 
 -  K  L  S  K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AAACTCTCAAAGAGG------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  F  N  Y  L  C  L  L  G  W  S  P  P  E  E  G  R  E  I  F  S  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  I  K  I  F  D  L  K  D  V  N  D  S  P  A  V  F  N  K  E  K  L  K  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 M  N  G  V  Y  I  R  E  V  L  P  L  D  V  L  L  E  R  A  I  P  F  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  A  G  Y  D  T  S  D  R  E  Y  I  K  K  V  L  E  Y  T  R  D  S  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  L  S  E  M  V  D  R  L  R  P  F  F  V  D  E  F  E  I  P  E  E  L  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  F  L  D  D  E  K  A  Y  Q  V  L  S  A  F  L  E  K  I  R  E  K  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  T  P  Q  E  V  K  K  L  A  K  E  I  Q  K  A  L  K  V  K  P  P  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 W  K  P  L  R  I  A  L  T  G  E  L  E  G  V  G  I  D  I  L  I  A  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473
 P  K  E  K  I  E  K  R  I  L  R  V  L  E  K  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

glu_bact_G_obscuriglobus

Class I

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/amino acid sequences/Gemmata_glu_aa

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/nucleotide sequences/Gemmata_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  V  R  T  R  F  A  P  S  P  T  G  Y  L  H  I  G  G  V  R  T  A  L 
 -  -  -  R  T  R  F  A  P  S  P  T  G  Y  L  H  I  G  G  V  R  T  A  L 
---------CTTGATGGCGTTCTCAATCCGGGCGAGCACCTTGTCGCGGCCGAGGAGCACGAGTGTTTCCGG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  N  W  L  Y  A  R  R  H  E  G  Q  F  V  L  R  I  D  D  T  D  A  A  R 
 F  N  W  L  Y  A  R  R  -  -  -  Q  F  V  L  R  I  D  D  T  D  -  -  - 
CAAGCCGAAGCCGGTCGTCTCACC---------GACGCGAAGCGGGCCGTCGAGATCCCGGGG---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  R  A  E  A  V  K  P  I  L  D  G  F  D  W  L  G  M  D  W  D  E  G  P 
 -  -  A  E  A  V  K  P  I  L  D  G  F  D  W  L  .  .  D  -  -  -  -  - 
------GGTCGCGTAGCCCATGAACGCTGCCAGGATCGTCGGCGCGTC------CTC---------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  K  D  A  S  G  D  S  F  G  P  H  K  P  Y  F  Q  G  Q  R  N  D  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  P  .  .  .  Y  F  Q  G  Q  -  -  -  -  - 
---------------------------GACGCC---------GAGCTTGTCCGCGAC---------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  A  A  A  M  K  L  M  A  E  G  K  A  Y  P  D  Y  T  T  Q  A  E  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  R  R  D  L  A  A  R  L  K  K  A  Y  V  H  R  G  S  N  R  D  V  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  E  N  L  R  L  Y  K  E  K  P  A  P  V  L  L  K  V  P  V  G  E  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  F  E  D  H  V  R  G  R  V  E  V  S  T  D  T  I  R  D  P  A  L  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  P  N  E  A  G  V  C  G  A  L  Y  A  F  A  T  V  V  D  E  V  D  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  A  F  A  T  V  V  D  E  V  -  -  - 
------------------------------CGCCCAACCGAGGCGCACGAGGTAGTTCATTAG---------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  T  H  V  I  R  A  E  E  H  L  A  N  T  P  V  Q  I  L  I  Y  N  A  L 
 -  -  H  V  I  R  A  E  E  H  L  A  N  T  P  V  Q  I  L  I  Y  N  A  L 
------ACCCAACTCGCGGTAGTACGCGACCGTTGCCAGGTTGAGATCGTCGCGCCCCTTCAGTTCCTCATC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  G  A  V  P  E  F  A  H  V  P  L  I  Y  R  N  G  K  K  I  S  K  R  D 
 -  -  -  -  P  E  F  A  H  V  -  -  -  -  -  -  -  -  K  I  S  K  R  - 
------------CGCTTTCAGCTTGGCGAT------------------------GTCGCGCTTGCTGAT---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  P  P  L  S  A  D  E  I  A  K  L  K  A  C  G  W  T  D  E  E  L  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  D  D  L  N  L  A  T  V  A  Y  Y  R  E  L  G  Y  I  P  A  A  L  M  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  L  V  R  L  G  W  A  L  N  A  T  D  E  I  F  P  L  E  T  A  I  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  D  T  K  D  V  T  K  A  P  G  N  F  D  E  K  K  L  F  W  V  Q  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  M  R  K  L  S  A  E  E  K  L  V  G  A  M  P  Y  L  L  R  S  K  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  N  P  I  S  D  T  T  R  A  V  L  L  K  V  A  E  A  A  A  D  R  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  F  S  E  F  V  F  Y  A  A  P  I  L  K  D  V  P  D  Y  N  P  K  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  D  K  L  A  K  P  G  V  A  D  R  L  R  G  F  A  D  E  L  R  A  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  F  D  A  P  T  I  L  A  A  F  M  G  Y  A  T  K  V  G  V  K  P  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  D  G  P  L  R  V  A  V  T  G  E  T  T  G  F  G  L  P  E  T  L  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521
 L  G  R  D  K  V  L  A  R  I  E  N  A  I  K  M  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

glu_bact_M_mobile

Class I

Bacteria/Mycoplasma mobile/amino acid sequences/Mmobile_glu_aa

Bacteria/Mycoplasma mobile/nucleotide sequences/Mmobile_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  K  T  R  I  R  T  R  Y  A  P  S  P  T  G  Y  L  H  I  G  G  A  R 
 -  -  -  -  -  -  R  T  R  Y  A  P  S  P  T  G  Y  L  H  I  G  G  A  R 
------------------TCTTTTTTGAATTATTTCTTTTCCGTATAAATAAATAGCTTTTGCAAGTTCAGG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  A  L  F  N  Y  L  F  A  K  H  F  N  G  D  F  I  V  R  I  E  D  T  D 
 T  A  L  F  N  Y  L  F  A  K  H  -  -  -  D  F  I  V  R  I  E  D  T  D 
TCCATGCTCATTAAAAGTTGTTGCTAATCTAAT---------TAATTTTTTACCATTTACATTCAAATCAGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  A  R  N  V  A  G  G  E  E  S  Q  L  D  N  L  E  W  L  Q  I  Y  P  D 
 -  -  -  -  -  A  G  G  E  E  S  Q  L  D  N  L  E  W  L  .  .  .  .  D 
---------------TGCCTTTTGAATTGAATCTACGCTGAAATTTTCAAAGTTTAA------------TTT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  S  P  K  N  P  N  E  K  Y  G  K  Y  R  Q  S  E  K  L  D  R  Y  N  E 
 -  S  P  .  .  .  .  .  .  .  .  .  Y  R  Q  S  E  -  -  -  -  -  -  - 
---TACAAC---------------------------AATCATTGGATTTTC---------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  V  E  I  L  L  K  K  G  L  A  Y  K  A  Y  D  T  T  Y  E  L  E  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  A  E  Q  I  A  K  G  I  F  S  F  R  Y  D  R  N  W  L  K  I  S  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  I  K  K  R  E  V  E  Q  T  Y  S  I  R  I  A  L  P  K  N  H  D  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 W  N  D  L  V  R  G  L  I  K  V  N  S  E  D  I  G  D  W  V  I  I  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  K  Y  P  T  Y  N  F  A  V  V  V  D  D  F  D  M  Q  I  S  H  V  L  R 
 -  -  -  -  T  Y  N  F  A  V  V  V  D  D  F  -  -  -  -  -  H  V  L  R 
------------ATAATTAGAAATAAATTGTTTTACTGAATCATC---------------TACGCCTTTTGA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  E  E  H  I  T  N  T  P  K  Q  L  A  V  Y  E  A  M  G  W  D  K  P  V 
 G  E  E  H  I  T  N  T  P  K  Q  L  A  V  Y  E  A  M  -  -  -  -  P  V 
ATTTGTAATTAAAGTTAGATGTCCAAAAACAGGTTTATCTCATCCCATAGCTTC------------TTGTTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  G  H  L  T  L  I  T  N  S  K  G  V  K  L  S  K  R  D  D  S  V  K  Q 
 F  G  H  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  S  K  R  -  -  -  -  -  - 
TGGGGTATTTGT---------------------------AGAAATTTGCATATC------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  I  S  N  Y  K  E  D  G  Y  V  S  W  A  I  S  N  Y  L  A  L  L  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  S  K  D  T  K  E  I  M  T  K  E  E  L  I  E  K  F  D  P  E  R  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  S  P  S  K  F  D  M  K  K  M  N  W  Y  G  K  H  Y  L  Q  E  I  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  E  I  F  E  Y  L  E  S  L  K  D  K  K  W  L  D  L  F  I  E  T  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  N  A  F  S  L  S  E  L  K  R  E  L  K  E  Y  E  N  P  M  I  E  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  I  E  I  N  D  V  V  K  K  F  K  Q  N  L  N  F  E  N  F  S  V  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  Q  K  A  I  D  K  T  G  T  D  L  N  V  N  G  K  K  L  F  L  P  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  A  T  T  F  N  E  H  G  P  E  L  A  K  A  I  Y  L  Y  G  K  E  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464
 Q  K  R  L  G  N  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

glu_bact_B_licheniformis

Class I

Bacteria/Bacillus licheniformis/amino acid sequences/Blicheniformis_glu_aa

Bacteria/Bacillus licheniformis/nucleotide sequences/Blicheniformis_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  N  E  V  R  V  R  Y  A  P  S  P  T  G  H  L  H  I  G  N  A  R  T 
 -  -  -  -  -  R  V  R  Y  A  P  S  P  T  G  H  L  H  I  G  N  A  R  T 
---------------CGGGTTCGTTATGCGCCGAGCCCAACAGGCCATTTACATATCGGAAATGCCAGAACC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  L  F  N  Y  L  F  A  R  S  Q  G  G  K  F  I  I  R  I  E  D  T  D  R 
 A  L  F  N  Y  L  F  A  R  S  -  -  -  K  F  I  I  R  I  E  D  T  D  - 
GCTCTTTTTAATTATTTGTTTGCCCGGAGC---------AAATTCATCATCCGCATTGAAGATACGGAC---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  R  N  I  E  G  G  E  Q  S  Q  L  N  Y  L  K  W  L  G  I  D  W  D  E 
 -  -  -  -  E  G  G  E  Q  S  Q  L  N  Y  L  K  W  L  .  .  D  -  -  - 
------------GAAGGCGGGGAGCAAAGCCAGCTGAACTATTTAAAATGGCTG------GAC---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  V  D  V  G  G  E  Y  G  P  Y  R  Q  S  E  R  N  D  I  Y  K  T  Y  Y 
 S  V  .  .  .  .  .  .  .  .  Y  R  Q  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGCGTG------------------------TACCGCCAATCCGAA---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  E  L  L  E  K  G  L  A  Y  K  C  Y  C  T  E  E  E  L  E  K  E  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  Q  A  A  R  G  E  M  P  R  Y  S  G  K  C  R  N  L  T  K  E  E  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  L  E  A  E  G  R  Q  P  S  I  R  F  K  V  P  Q  G  E  V  I  S  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  I  V  K  G  E  I  S  F  E  T  D  G  I  G  D  F  V  I  V  K  K  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  P  T  Y  N  F  A  V  A  V  D  D  Y  L  M  K  M  T  H  V  L  R  G  E 
 -  -  T  Y  N  F  A  V  A  V  D  D  Y  -  -  -  -  -  H  V  L  R  G  E 
------ACTTACAACTTTGCCGTAGCGGTCGATGACTAT---------------CATGTCCTGCGCGGCGAA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  H  I  S  N  T  P  K  Q  I  M  I  Y  N  A  L  G  W  D  I  P  A  F  G 
 D  H  I  S  N  T  P  K  Q  I  M  I  Y  N  A  L  -  -  -  -  P  A  F  G 
GACCACATTTCCAATACGCCAAAGCAGATCATGATTTACAACGCCCTT------------CCGGCATTTGGA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  M  T  L  I  V  N  E  N  R  K  K  L  S  K  R  D  E  S  I  I  Q  F  I 
 H  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  S  K  R  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATATG---------------------------AAACTGAGCAAACGT------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  Q  Y  E  E  L  G  Y  L  P  E  A  L  F  N  F  I  T  L  L  G  W  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  G  E  E  E  L  F  T  K  E  Q  F  I  E  I  F  D  V  H  R  L  S  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  A  V  F  D  T  H  K  L  K  W  V  N  N  Q  Y  V  K  K  L  D  L  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  I  E  L  T  V  P  H  L  Q  K  A  G  K  V  S  E  E  L  T  G  S  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  W  V  R  K  L  I  S  L  Y  Q  E  Q  L  S  Y  G  A  E  I  V  E  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  L  F  F  K  D  D  I  Q  Y  N  R  E  A  R  T  V  L  E  E  E  Q  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  V  L  R  V  F  A  E  T  L  E  Q  L  D  S  F  T  A  D  E  I  K  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  K  A  V  Q  K  E  T  G  H  K  G  K  K  L  F  M  P  I  R  V  A  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  Q  T  H  G  P  E  L  P  Q  S  I  E  L  L  G  K  D  T  V  L  K  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485
 N  N  I  I  Q 
 -  -  -  -  - 
---------------

glu_bact_B_burgdorferi

Class I

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_glu_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  T  R  V  R  Y  A  P  S  P  T  G  L  Q  H  I  G  G  I  R  T  A  L 
 -  -  -  R  V  R  Y  A  P  S  P  T  G  L  Q  H  I  G  G  I  R  T  A  L 
---------TATTCTTAAAAATTCCTGTGCTAATTTTATTCTTTCAAAAACTTTAGACTTGCCTATCAATTT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  N  Y  F  F  A  K  S  C  G  G  K  F  L  L  R  I  E  D  T  D  Q  S  R 
 F  N  Y  F  F  A  K  S  -  -  -  K  F  L  L  R  I  E  D  T  D  -  -  - 
TAAAGAATCAAAAAGCGGCGGAGA---------ACCAAGCGCTGCAATTCTAATAGGAAGAAG---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  S  P  E  A  E  N  D  L  Y  S  S  L  K  W  L  G  I  S  F  D  E  G  P 
 -  -  P  E  A  E  N  D  L  Y  S  S  L  K  W  L  .  .  .  .  D  -  -  - 
------AAAACCATTACTCTCAGCAAAATCATAAAAAATTTTATCATT------------TCT---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  V  G  G  D  Y  A  P  Y  V  Q  S  Q  R  S  A  I  Y  K  Q  Y  A  K  Y 
 -  -  -  G  .  .  .  P  Y  V  Q  S  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------AAT---------TAATTCTAAAATAGAACA---------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  I  E  S  G  H  A  Y  Y  C  Y  C  S  P  E  R  L  E  R  I  K  K  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  I  N  K  M  P  P  G  Y  D  R  H  C  R  N  L  S  N  E  E  V  E  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  I  K  K  I  K  P  V  V  R  F  K  I  P  L  E  G  D  T  S  F  D  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  L  G  R  I  T  W  A  N  K  D  I  S  P  D  P  V  I  L  K  S  D  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  T  Y  H  L  A  N  V  V  D  D  Y  L  M  K  I  T  H  V  L  R  A  Q  E 
 -  T  Y  H  L  A  N  V  V  D  D  Y  -  -  -  -  -  H  V  L  R  A  Q  E 
---CTCAAGATCATTTTTTGAAAAAAATTCTCTCTT---------------GCCAAGCAAAGTAACATAATT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 W  V  S  S  G  P  L  H  V  L  L  Y  K  A  F  K  W  K  P  P  I  Y  C  H 
 W  V  S  S  G  P  L  H  V  L  L  Y  K  A  F  -  -  -  -  P  I  Y  C  H 
AATAATAGCCTCTGGAAGATACCCATCTTCAATAAACTGTCTTAA------------ATGTCTTTTGCTTAA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  P  M  V  M  G  N  D  G  Q  K  L  S  K  R  H  G  S  T  A  L  R  Q  F 
 L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  S  K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTT---------------------------AAGGTGACAATAAAT---------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  E  D  G  Y  L  P  E  A  I  I  N  Y  V  T  L  L  G  W  S  Y  D  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  E  F  F  S  K  N  D  L  E  Q  F  F  S  I  E  K  I  N  K  S  P  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  D  Y  H  K  L  D  F  F  N  S  Y  Y  I  R  E  K  K  D  E  D  L  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  L  L  P  F  F  Q  K  K  G  Y  V  S  K  P  S  T  L  E  E  N  Q  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  L  L  I  P  L  I  K  S  R  I  K  K  L  S  D  A  L  N  M  T  K  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  E  D  I  K  S  W  N  L  D  E  F  L  S  R  K  K  T  A  K  E  V  C  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  L  E  L  I  K  P  I  L  E  G  F  E  K  R  S  S  E  E  N  D  K  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  D  F  A  E  S  N  G  F  K  L  G  E  I  L  L  P  I  R  I  A  A  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  K  V  S  P  P  L  F  D  S  L  K  L  I  G  K  S  K  V  F  E  R  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490
 L  A  Q  E  F  L  R  I  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

glu_bact_S_aureus

Class I

Bacteria/Staphylococcus aureus/amino acid sequences/Saureus_glu_aa

Bacteria/Staphylococcus aureus/nucleotide sequences/Saureus_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  D  R  I  R  V  R  Y  A  P  S  P  T  G  Y  L  H  I  G  N  A  R  T 
 -  -  -  -  -  R  V  R  Y  A  P  S  P  T  G  Y  L  H  I  G  N  A  R  T 
---------------AGAGTAAGATATGCACCAAGTCCAACTGGTTATCTTCATATTGGTAATGCAAGAACA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  L  F  N  Y  L  Y  A  K  H  Y  N  G  D  F  V  I  R  I  E  D  T  D  K 
 A  L  F  N  Y  L  Y  A  K  H  -  -  -  D  F  V  I  R  I  E  D  T  D  - 
GCATTATTCAATTACTTGTATGCTAAACAT---------GATTTTGTGATTCGAATTGAAGATACTGAT---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  R  N  L  E  D  G  E  T  S  Q  F  D  N  L  K  W  L  G  L  D  W  D  E 
 -  -  -  -  E  D  G  E  T  S  Q  F  D  N  L  K  W  L  .  .  D  -  -  - 
------------GAAGATGGAGAAACATCACAATTTGATAATCTTAAATGGTTA------GAT---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  V  D  K  D  N  G  Y  G  P  Y  R  Q  S  E  R  Q  H  I  Y  Q  P  L  I 
 S  V  .  .  .  .  .  .  .  .  Y  R  Q  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCTGTA------------------------TATCGTCAATCTGAA---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  Q  L  L  A  E  D  K  A  Y  K  C  Y  M  T  E  E  E  L  E  A  E  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  Q  I  A  R  G  E  M  P  R  Y  G  G  Q  H  A  H  L  T  E  E  Q  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  F  E  A  E  G  R  Q  P  S  I  R  F  R  V  P  Q  N  Q  T  Y  S  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  M  V  K  G  N  I  S  F  D  S  N  G  I  G  D  W  V  I  V  K  K  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  P  T  Y  N  F  A  V  A  I  D  D  H  Y  M  E  I  S  D  V  I  R  G  D 
 -  -  T  Y  N  F  A  V  A  I  D  D  H  -  -  -  -  -  D  V  I  R  G  D 
------ACGTACAATTTTGCAGTAGCTATAGATGATCAT---------------GATGTCATTCGTGGTGAT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  H  I  S  N  T  P  K  Q  I  M  I  Y  E  A  F  G  W  E  P  P  R  F  G 
 D  H  I  S  N  T  P  K  Q  I  M  I  Y  E  A  F  -  -  -  -  P  R  F  G 
GATCATATTTCAAACACGCCTAAACAAATTATGATTTATGAAGCATTT------------CCTCGTTTTGGT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  M  S  L  I  V  N  E  E  R  K  K  L  S  K  R  D  G  Q  I  L  Q  F  I 
 H  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  S  K  R  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATATG---------------------------AAGTTAAGTAAACGT------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  Q  Y  R  D  L  G  Y  L  P  E  A  L  F  N  F  I  A  L  L  G  W  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  G  E  E  E  I  F  S  K  E  E  F  I  K  I  F  D  E  K  R  L  S  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  A  F  F  D  K  Q  K  L  A  W  V  N  N  Q  Y  M  K  Q  K  D  T  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  F  Q  L  A  L  P  H  L  I  K  A  N  L  I  P  E  V  P  S  E  E  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  W  G  R  K  L  I  A  L  Y  Q  K  E  M  S  Y  A  G  E  I  V  P  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  M  F  F  K  E  M  P  A  L  G  E  E  E  Q  Q  V  I  N  G  E  Q  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  L  M  T  H  L  F  S  K  L  E  A  L  E  P  F  E  A  A  E  I  K  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  K  E  V  Q  K  E  T  G  I  K  G  K  Q  L  F  M  P  I  R  V  A  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  Q  M  H  G  P  E  L  P  N  T  I  E  V  L  G  K  E  K  V  L  N  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484
 K  Q  Y  K 
 -  -  -  - 
------------

glu_euk_C_parvum_Iowa_II

Class I

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/amino acid sequences/Cparvum_glu_aa

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/nucleotide sequences/Cparvum_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  T  N  N  K  T  K  S  D  N  K  S  K  T  G  Q  Y  E  G  K  L  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  I  Q  G  Q  V  V  T  R  F  P  P  E  P  S  G  Y  L  H  I  G  H  A  K 
 -  -  -  -  -  -  V  T  R  F  P  P  E  P  S  G  Y  L  H  I  G  H  A  K 
------------------TATAATAGGTTCTTCTGGCTTATCAGAACAGAATGGTTTATCTACAATAAAGTA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  A  L  L  N  Y  Y  Y  A  N  K  Y  E  G  K  L  L  L  R  F  D  D  T  N 
 A  A  L  L  N  Y  Y  Y  A  N  K  -  -  -  K  L  L  L  R  F  D  D  T  N 
ACCTCTTCTTTCAAGTTGAAGTCTATCTCCAGA---------TTTAATTAGTGGATCACAAAATGCAGGTGT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  V  L  E  N  E  E  F  Q  E  S  I  E  A  D  L  K  I  L  G  I  T  P  F 
 -  -  -  -  -  E  E  F  Q  E  S  I  E  A  D  L  K  I  L  .  .  .  .  F 
---------------AGTATTGACAAGGTCCTGAATTTCATCACCATCTTCTGGCTT------------TAA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  V  S  F  T  S  D  H  F  D  T  I  M  N  Y  C  E  E  M  F  K  L  G  K 
 N  V  S  F  T  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGGTCGTATTCTCTTAGAAT---------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  Y  V  D  D  T  C  V  E  V  M  R  E  E  R  G  K  G  I  E  S  K  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  N  S  V  D  E  N  L  R  L  W  K  E  M  I  D  G  T  E  H  G  L  K  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 C  V  R  A  K  I  D  M  Q  C  K  N  K  C  M  R  D  P  V  L  Y  R  C  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  T  P  H  H  R  T  G  T  K  Y  K  V  Y  P  T  Y  D  F  A  C  P  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  D  F  A  C  P  I  V 
---------------------------------------------TAAAGCTACGGCATCTTGCCCAACAGC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  S  I  E  G  V  T  H  A  L  R  T  N  E  Y  S  D  R  I  E  Q  Y  N  W 
 D  S  -  -  -  -  -  H  A  L  R  T  N  E  Y  S  D  R  I  E  Q  Y  N  W 
AAAGAA---------------ATCCATAAGTTGTTTGTTAATAGTCCAGAGTTTATCCCATTCCATAAGATT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  I  N  A  L  G  L  R  P  V  E  I  Y  E  F  S  R  L  N  F  V  N  T  V 
 V  I  N  A  L  -  -  -  -  V  E  I  Y  E  F  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
GGAATTTTTAGATGG------------GACGAATTGTAATAAAGC------------------------AAT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  S  K  R  K  L  T  W  I  V  N  N  G  L  V  E  G  W  D  D  P  R  F  P 
 L  S  K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCCTCTAACAGT------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  V  R  G  I  V  R  R  G  L  S  P  S  A  L  L  Q  F  V  T  E  Q  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  K  N  S  N  L  M  E  W  D  K  L  W  T  I  N  K  Q  L  M  D  P  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  R  F  F  A  V  G  Q  D  A  V  A  L  N  L  S  E  A  P  E  E  P  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  Q  R  D  L  H  Q  K  N  P  D  L  G  K  G  Q  I  V  M  Y  K  S  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  D  R  D  D  A  T  Q  I  L  S  G  E  E  I  T  L  M  K  W  G  N  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  Q  D  I  S  Q  I  D  K  Q  P  T  G  I  F  E  G  K  L  N  L  E  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  R  S  T  K  K  K  I  H  W  L  A  N  L  P  S  V  L  T  K  C  I  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  Y  D  H  L  I  N  K  R  K  P  E  D  G  D  E  I  Q  D  L  V  N  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 S  L  F  E  T  P  A  F  C  D  P  L  I  K  D  L  K  S  G  D  R  L  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  R  R  G  Y  F  I  V  D  K  P  F  C  S  D  K  P  E  E  P  I  I  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  I  P  D  G  K  S  K  A  S  S  T  I  S  S  K  V  D  A  Q  K  L  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555
 G  K  N 
 -  -  - 
---------

glu_euk_L_infantum

Class I

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_glu_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  R  F  L  P  M  H  M  L  V  N  I  H  L  K  A  L  T  L  S  N  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  T  T  A  P  Q  R  E  E  N  E  K  L  Q  L  S  N  A  E  K  G  K  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
---------------------------------------------------------------------GTG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  R  F  P  P  E  A  S  G  F  L  H  I  G  H  A  K  A  A  L  I  N  R  M 
 T  R  F  P  P  E  A  S  G  F  L  H  I  G  H  A  K  A  A  L  I  N  R  M 
ACCCGCTTCCCCCCAGAGGCTAGCGGGTTCCTGCATATCGGCCATGCGAAAGCTGCGCTGATCAACCGCATG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  A  D  A  Y  E  G  K  M  L  F  R  F  D  D  T  N  P  S  K  E  K  E  H 
 L  A  D  A  -  -  -  K  M  L  F  R  F  D  D  T  N  -  -  -  -  -  E  H 
CTGGCGGACGCG---------AAGATGCTTTTCCGCTTCGATGACACAAAT---------------GAGCAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  E  V  A  I  E  E  D  L  K  T  L  G  V  R  Y  D  F  G  P  T  Y  S  S 
 F  E  V  A  I  E  E  D  L  K  T  L  .  .  .  .  D  -  G  P  T  Y  S  S 
TTTGAGGTTGCCATCGAGGAGGATCTCAAGACACTA------------GAT---GGGCCAACATACTCGTCG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  Y  F  D  L  M  F  E  K  A  E  D  M  I  K  R  G  L  A  Y  C  D  K  T 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAC---------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  R  E  E  M  Q  K  C  R  F  N  G  I  P  T  K  Y  R  D  A  S  V  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  M  R  L  W  R  E  M  K  K  G  T  E  E  G  Q  I  T  C  L  R  A  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  I  D  D  P  N  K  A  M  R  D  P  V  M  Y  R  V  S  M  T  P  H  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  G  T  K  Q  V  A  Y  P  T  Y  D  F  C  C  P  L  V  D  S  V  E  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  D  F  C  C  P  L  V  D  S  -  -  -  - 
---------------------------ACCTATGACTTCTGCTGTCCTCTTGTCGACTCG------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  H  A  L  R  T  N  E  Y  H  D  R  N  A  Q  Y  Y  W  F  C  D  A  M  G 
 -  H  A  L  R  T  N  E  Y  H  D  R  N  A  Q  Y  Y  W  F  C  D  A  M  - 
---CATGCTCTTCGCACAAATGAGTATCACGACCGCAATGCCCAGTACTACTGGTTTTGCGACGCTATG---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  R  K  P  T  I  E  D  F  S  R  L  N  M  E  Y  S  V  M  S  K  R  M  L 
 -  -  -  P  T  I  E  D  F  -  -  -  -  -  -  -  -  V  M  S  K  R  -  - 
---------CCGACCATTGAGGACTTC------------------------GTAATGTCAAAGCGA------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  K  L  V  D  T  H  V  V  D  G  W  D  D  P  R  L  P  T  V  R  A  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  R  G  M  Q  I  E  A  L  R  Q  F  V  A  E  Q  G  M  S  K  S  V  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 M  E  W  S  K  I  W  Y  F  N  A  Q  I  L  D  P  T  S  P  R  Y  T  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  N  T  L  K  V  R  C  T  V  E  G  Q  R  H  M  E  A  E  K  K  P  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  K  D  S  S  M  G  E  K  T  Y  Y  K  S  D  I  I  F  L  D  A  E  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  L  I  K  D  G  D  E  V  T  L  M  D  W  G  N  A  Y  V  K  D  I  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  S  A  D  A  L  P  T  E  A  T  I  V  L  H  P  E  G  D  V  K  K  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  K  L  T  W  V  P  E  S  D  K  A  V  I  L  T  L  N  E  Y  D  N  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 T  K  K  K  P  D  P  E  E  S  I  D  D  I  I  A  P  V  S  R  Y  S  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  I  G  E  E  A  L  S  V  V  K  K  G  D  I  V  Q  L  E  R  R  G  Y  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  V  D  D  D  K  A  E  K  K  V  L  I  S  I  P  D  G  R  D  K  V  N  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  S  A  K  A  Q  Y  L  K  T  L  P  K  K  A  S  A  A  D  E  L  A  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594
 R  A  A  K  A  A  K  K  A  A  Q  K  A  A  A  K  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

glu_euk_N_ceranae

Class I

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_glu_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  N  K  N  K  K  L  I  F  V  N  F  L  F  S  K  K  H  G  M  A  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  A  I  N  F  R  E  I  C  S  L  L  D  I  S  E  S  Y  K  C  T  I  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  L  D  N  V  E  K  C  T  D  K  H  Y  N  D  A  L  N  L  L  D  T  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  N  E  V  K  S  N  S  L  V  N  D  L  I  F  C  I  I  N  S  N  F  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  K  V  F  K  S  N  K  L  R  L  E  N  L  Q  I  V  Y  E  S  A  F  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  K  P  F  L  K  E  F  S  A  K  D  K  I  N  K  E  V  K  K  N  L  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  P  A  V  T  R  F  A  P  E  P  S  G  C  L  H  I  G  H  L  K  A  L  L 
 -  -  -  V  T  R  F  A  P  E  P  S  G  C  L  H  I  G  H  L  K  A  L  L 
---------CAATGATGTATTTTTCTTGTTTAAAGGAATATTTTTAGTGTATTTTAATCCTTCAAAGTTAGT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  N  Y  N  L  A  E  K  S  N  G  T  L  L  L  R  F  D  D  T  N  P  V  K 
 V  N  Y  N  L  A  E  K  -  -  -  T  L  L  L  R  F  D  D  T  N  -  -  - 
GATAAACACTCTAATACAGTTTAT---------TGCCATGAATCTTGGACTAAGCGGATCAAT---------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  Y  E  K  Y  E  K  E  I  L  R  D  L  D  T  L  G  I  T  G  L  K  I  S 
 -  -  E  K  Y  E  K  E  I  L  R  D  L  D  T  L  .  .  .  .  L  K  I  S 
------AGCCCATATTTTATCCCACGATATAACATTAGTTTTATTAGA------------ATTAATATAATC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  S  S  D  Y  F  E  L  L  V  D  E  A  V  S  L  I  N  K  N  L  A  Y  V 
 H  S  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTAAGAGCTGT------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  N  T  D  Q  E  T  M  R  I  E  R  F  E  G  I  E  S  K  M  R  N  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 N  S  E  S  L  K  I  F  K  E  L  L  Q  G  R  A  P  G  Y  C  L  R  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  D  M  S  N  P  N  K  S  M  R  D  P  V  I  Y  R  A  S  D  K  M  H  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  C  K  L  Y  K  A  F  P  T  Y  D  F  V  C  P  I  V  D  S  I  E  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  D  F  V  C  P  I  V  D  S  -  -  -  - 
---------------------------GCATCTTCCATGCATTTTATCACTAGCCCTATA------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  V  V  C  R  A  N  E  Y  K  D  R  N  E  Q  Y  K  W  F  L  E  N  L  K 
 -  V  V  C  R  A  N  E  Y  K  D  R  N  E  Q  Y  K  W  F  L  E  N  L  - 
---CATCGATTTATTGGGATTAGACATATCAATCTTAGCTCTAAGACAGTATCCTGGCGCACGGCCTTG---

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  E  N  K  P  E  F  N  D  F  S  K  L  N  L  E  D  T  V  L  S  K  R  K 
 -  -  -  -  P  E  F  N  D  F  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  S  K  R  - 
------------AATTTTAAGACTTTCGGA------------------------TTCTATTCCTTCAAA---

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  D  K  L  I  S  D  S  L  V  T  G  W  D  D  P  R  L  A  T  I  Q  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  R  L  G  M  H  M  T  A  L  K  D  Y  I  N  L  Q  G  A  S  N  K  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  I  S  W  D  K  I  W  A  M  N  K  K  V  I  D  P  L  S  P  R  F  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  E  K  I  N  C  I  R  V  F  I  T  N  F  E  G  L  K  Y  T  K  N  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  N  K  K  N  T  S  L  G  S  K  D  V  L  F  S  D  T  L  L  F  S  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  G  F  V  L  K  E  N  E  E  F  T  L  M  N  W  G  N  A  I  V  E  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  V  E  N  S  I  V  T  E  L  Y  I  K  L  H  L  E  G  D  Y  K  S  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 N  K  I  S  W  V  S  E  S  G  A  V  T  A  T  G  I  E  Y  G  N  L  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 N  E  E  F  N  I  N  S  K  I  D  K  Q  Y  Y  V  E  S  S  I  T  N  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 T  D  M  K  H  V  Q  F  E  R  I  G  F  F  Y  C  D  S  P  C  V  F  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634
 V  P  F  T  K  Q  K  R  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

glu_euk_T_vaginalis

Class I

Eukaryotes/Trichomonas vaginalis/amino acid sequences/Tvaginalis_glu_aa

Eukaryotes/Trichomonas vaginalis/nucleotide sequences/Tvaginalis_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  D  I  K  L  R  F  A  P  S  P  T  G  Y  L  H  I  G  G  L  R  T  A 
 -  -  -  -  K  L  R  F  A  P  S  P  T  G  Y  L  H  I  G  G  L  R  T  A 
------------AAATTAAGATTTGCACCATCACCAACAGGTTACCTCCACATAGGAGGTTTGAGAACAGCT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  Y  N  Y  L  F  A  K  K  N  G  G  K  F  V  L  R  I  E  D  T  D  R  T 
 L  Y  N  Y  L  F  A  K  K  -  -  -  K  F  V  L  R  I  E  D  T  D  -  - 
CTTTACAATTACTTATTCGCAAAAAAA---------AAATTTGTATTGAGAATCGAAGATACAGAT------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  Y  V  E  G  A  I  E  N  L  I  E  S  L  E  W  A  G  I  T  H  D  E  G 
 -  -  -  E  G  A  I  E  N  L  I  E  S  L  E  W  A  .  .  .  .  D  -  - 
---------GAAGGTGCCATAGAAAACCTAATTGAGTCCCTTGAATGGGCA------------GAC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  V  V  K  D  G  N  L  T  E  V  G  N  C  G  P  Y  I  Q  S  Q  R  L  D 
 -  -  -  -  -  G  .  .  .  .  V  .  .  .  .  .  Y  I  Q  S  Q  -  -  - 
---------------GGT------------GTT---------------TACATCCAATCACAA---------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  Y  K  K  Y  V  D  K  L  I  E  D  G  H  A  Y  Y  C  F  C  S  K  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  D  H  L  R  E  E  Q  R  I  K  G  K  V  P  K  Y  D  G  L  C  R  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  L  E  E  A  K  K  R  V  A  A  G  E  D  Y  V  V  R  L  K  L  P  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  D  I  T  F  N  D  A  V  R  G  K  V  T  I  N  T  D  E  I  D  D  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  M  K  S  D  G  F  P  T  Y  H  M  A  V  I  V  D  D  H  L  M  G  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  H  M  A  V  I  V  D  D  H  -  -  -  -  - 
------------------------ACTTACCACATGGCTGTAATAGTTGATGACCAC---------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  I  V  R  G  E  E  W  L  P  S  T  P  K  H  V  Y  L  Y  E  C  L  G  W 
 H  I  V  R  G  E  E  W  L  P  S  T  P  K  H  V  Y  L  Y  E  C  L  -  - 
CACATTGTAAGAGGGGAAGAATGGCTTCCATCAACTCCAAAACACGTTTATCTTTATGAATGTCTT------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Q  P  P  E  F  V  H  L  P  T  V  L  N  K  D  R  K  K  L  S  K  R  Q  G 
 -  -  P  E  F  V  H  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  S  K  R  -  - 
------CCAGAATTTGTCCACCTT---------------------------AAGCTTTCTAAGAGA------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  V  S  V  E  D  F  K  K  R  G  Y  L  P  E  G  L  V  N  Y  L  A  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  W  S  P  E  D  G  E  E  I  M  S  L  D  E  L  V  E  K  F  S  F  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  G  K  S  G  G  I  F  D  T  D  K  L  N  W  V  N  S  H  Y  M  K  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  L  E  K  L  S  E  L  A  I  P  F  V  T  E  S  G  L  L  N  E  E  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  N  N  F  E  W  Y  K  I  L  I  E  T  V  R  E  A  C  D  K  L  E  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  R  H  I  E  F  L  F  G  D  I  E  I  T  E  D  Q  A  K  E  E  L  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  H  V  P  G  L  L  D  S  F  I  K  I  V  K  S  H  D  E  I  E  M  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  K  G  L  M  K  E  V  Q  K  D  S  G  V  K  G  K  Q  L  Y  M  P  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  A  I  S  G  N  V  H  G  P  E  M  Q  N  I  L  Y  L  L  G  K  D  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491
 I  E  R  A  E  K  I  K  D  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

glu_euk_P_chromatophora

Class I

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_glu_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_glu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  R  V  R  L  A  P  S  P  T  G  T  L  H  I  G  T  A  R  T  A  L  F 
 -  -  R  V  R  L  A  P  S  P  T  G  T  L  H  I  G  T  A  R  T  A  L  F 
------CGGGTACGATTAGCTCCTAGTCCAACTGGAACACTTCACATAGGAACTGCACGTACTGCATTATTT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  W  L  F  A  R  Q  Q  G  G  A  F  L  L  R  I  E  D  T  D  R  E  R  S 
 N  W  L  F  A  R  Q  -  -  -  A  F  L  L  R  I  E  D  T  D  -  -  -  - 
AATTGGTTGTTTGCACGTCAA---------GCATTTCTTCTGCGTATTGAGGACACTGAT------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  E  E  F  T  D  N  I  L  E  G  L  Q  W  I  G  L  D  W  D  E  D  P  V 
 -  E  E  F  T  D  N  I  L  E  G  L  Q  W  I  .  .  D  -  -  -  D  P  V 
---GAAGAATTCACTGATAATATTTTAGAAGGACTTCAATGGATT------GAC---------GATCCAGTA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  Q  S  H  R  L  E  A  H  K  A  A  I  Q  Q  L  L  A  N  G  K  A  Y  R 
 I  Q  S  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTCAAAGTCAT------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 C  Y  A  S  T  T  E  L  E  N  M  R  S  L  Q  K  A  E  N  N  A  P  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  N  R  H  R  N  L  T  R  S  Q  E  Q  S  L  I  S  E  G  R  E  A  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  F  R  I  D  D  N  E  I  I  E  W  N  D  L  I  R  G  P  M  L  W  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  D  L  G  G  D  M  V  I  A  R  Q  A  P  A  N  Q  I  G  D  P  L  Y  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  N 
---------------------------------------------------------------CTTTACAAT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  A  V  V  V  D  D  A  T  M  A  I  S  H  V  I  R  G  E  D  H  I  A  N 
 L  A  V  V  V  D  D  A  -  -  -  -  -  H  V  I  R  G  E  D  H  I  A  N 
CTAGCAGTAGTTGTAGATGATGCA---------------CATGTAATACGTGGTGAAGATCATATTGCTAAC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  A  K  Q  L  Q  L  Y  K  A  L  N  L  P  V  P  Q  F  A  H  T  P  L  I 
 T  A  K  Q  L  Q  L  Y  K  A  L  -  -  -  -  P  Q  F  A  H  T  -  -  - 
ACTGCCAAACAATTGCAACTTTATAAAGCTTTA------------CCACAATTTGCCCACACA---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  N  K  E  N  R  K  L  S  K  R  D  G  V  T  S  I  N  D  F  R  N  M  G 
 -  -  -  -  -  -  K  L  S  K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------AAATTATCTAAACGT---------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  S  S  S  S  L  A  N  Y  M  T  L  L  G  W  S  P  P  K  G  M  S  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  S  S  K  E  A  A  T  V  F  T  L  S  R  V  N  K  A  G  A  R  F  D  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  K  L  N  W  L  N  S  Q  T  L  H  E  L  D  L  R  E  L  R  E  Q  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  L  W  I  N  R  G  W  I  E  N  S  I  P  E  T  K  G  K  I  S  E  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  T  W  Q  I  D  L  C  E  L  L  K  P  S  L  V  L  L  S  D  G  V  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  I  P  F  F  Q  C  P  D  I  E  E  K  A  W  S  Q  I  K  T  A  S  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  A  L  R  E  L  L  N  V  L  I  N  K  G  W  D  G  Q  E  I  S  I  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  I  L  K  F  T  C  Q  A  T  D  T  K  K  G  I  L  M  K  S  L  R  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  L  G  S  I  Q  G  P  D  L  L  T  S  W  S  L  L  A  R  I  G  K  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489
 K  R  I  R  R  C  I  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

ile_arch_P_delaneyi

Class I

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_ile_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  W  D  E  R  K  D  A  P  I  F  A  F  L  E  G  P  P  T  A  N  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  F  L  E  .  P  P  T  A  N  G  F 
------------------------------------GCGTTCCTCGAG---CCGCCCACCGCTAACGGCTTC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 M  H  V  G  H  A  R  G  R  T  L  K  D  V  K  L  R  Y  A  R  M  R  G  Y 
 M  H  V  G  H  A  R  G  R  T  L  K  D  V  K  L  R  Y  -  -  -  -  -  - 
ATGCACGTTGGTCACGCCCGGGGCAGGACGCTGAAGGACGTGAAGCTCCGCTAT------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  V  W  D  Q  A  G  W  D  T  Q  G  L  P  V  E  L  E  V  E  K  R  L  G 
 -  -  W  D  Q  A  G  W  D  T  Q  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------TGGGACCAGGCCGGCTGGGACACCCAGGGG------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  R  S  K  K  E  I  E  E  Y  G  V  E  R  F  I  E  E  C  K  K  L  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D 
---------------------------------------------------------------------GAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  Y  L  G  H  W  E  R  A  S  K  R  L  G  L  W  L  D  Y  Q  H  A  Y  Q 
 Y  Y  L  G  H  W  E  R  A  S  K  R  L  .  .  .  .  D  -  -  H  A  Y  Q 
TACTACCTCGGGCACTGGGAGCGGGCGAGCAAGCGGCTA------------GAC------CACGCCTACCAG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  R  D  P  R  Y  I  E  A  I  W  E  F  V  K  R  A  H  E  K  G  L  L  Y 
 T  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACAAGGGAT---------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  G  R  R  V  V  P  R  C  P  R  C  G  T  A  L  S  S  H  E  L  A  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  E  E  V  D  D  P  S  V  Y  F  K  L  P  L  E  G  L  E  N  T  Y  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  W  T  T  T  P  W  T  I  I  A  N  E  A  A  V  V  H  P  E  E  W  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  I  A  V  G  D  E  V  W  I  L  A  E  K  R  L  E  A  F  A  K  E  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  E  N  Y  T  V  I  N  R  V  T  G  S  S  L  V  G  M  R  Y  R  H  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  E  E  V  P  Y  H  Q  R  H  E  P  P  Y  H  T  V  L  A  A  D  W  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  E  D  G  T  G  V  V  H  A  A  P  A  H  G  P  E  D  F  E  L  G  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  G  L  E  A  Y  T  P  L  R  E  D  G  V  F  G  E  E  A  G  A  F  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  W  F  E  D  A  S  R  K  V  V  E  V  L  K  E  K  G  L  L  V  H  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  V  R  H  E  Y  P  F  C  W  R  C  G  T  R  L  F  Y  Y  A  S  R  Q  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  I  R  L  T  D  E  L  K  R  K  M  A  E  E  V  Y  S  M  R  W  A  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 W  A  V  K  R  M  G  D  W  V  E  N  A  R  D  W  C  I  S  R  E  R  Y  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  T  P  L  P  V  W  R  C  T  G  C  G  H  I  V  V  V  G  S  L  E  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  K  L  A  V  D  P  E  S  V  P  E  D  P  H  R  P  H  I  D  R  V  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 R  C  P  E  C  G  G  V  M  K  R  E  P  F  V  V  D  V  W  M  D  S  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  M  D  S  G  V 
------------------------------------------------GACGTGTGGATGGACAGCGGCGTA

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  H  T  A  A  L  R  Q  Y  G  W  L  S  L  W  D  K  L  Y  P  Y  T  W  I 
 A  H  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  W  I 
GCGCACACT---------------------------------------------------------TGGATA

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 T  E  A  A  D  Q  T  R  G  W  F  Y  T  L  L  V  T  G  V  V  W  H  G  R 
 T  E  A  A  D  Q  T  R  G  .  F  Y  T  L  L  V  T  G  V  V  W  -  -  - 
ACCGAGGCCGCCGACCAGACCCGTGGC---TTCTACACGCTACTCGTGACGGGCGTAGTCTGG---------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 A  P  Y  R  S  V  L  L  Q  G  H  V  L  D  K  H  G  K  K  M  S  K  S  K 
 -  -  Y  .  S  V  L  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  - 
------TAC---AGCGTGCTGCTCCAG---------------------------AAGATGAGCAAGAGT---

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  N  V  I  W  A  M  D  W  M  E  K  N  G  T  D  P  M  R  I  F  L  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 R  A  P  W  D  S  I  N  F  D  P  D  E  V  K  R  Y  Q  G  Y  L  N  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 W  N  T  V  K  F  A  D  T  Y  M  E  L  D  Q  W  K  P  K  P  P  T  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 R  L  Q  A  E  D  R  W  I  L  Y  R  L  H  E  A  L  R  R  V  E  E  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  S  D  N  M  H  Q  A  V  Q  A  L  V  D  L  V  V  E  Q  L  S  H  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 I  P  L  I  R  P  R  V  W  E  E  E  A  T  E  S  K  D  A  A  Y  A  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 Y  Y  V  L  K  A  T  L  A  A  M  A  P  V  V  P  F  L  S  E  Y  L  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  F  I  R  K  Y  E  P  D  A  P  E  S  V  H  M  L  Q  W  P  Q  V  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 E  L  L  D  E  E  S  Y  R  A  V  E  E  A  L  D  A  A  E  K  V  L  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 R  S  E  R  R  L  K  R  R  W  P  L  R  R  A  A  V  A  A  K  P  G  T  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 L  S  P  S  R  L  Q  E  A  A  D  V  L  A  R  F  A  N  I  K  T  V  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 V  E  G  A  P  E  W  A  A  G  A  E  K  L  E  T  D  S  M  V  V  Y  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 M  E  L  D  E  E  T  M  L  E  G  L  A  R  E  V  I  R  R  A  Q  V  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 K  E  L  D  L  P  V  D  H  T  A  K  R  L  I  V  Y  A  A  G  R  L  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 A  V  E  R  H  M  E  L  I  A  R  E  V  R  V  E  R  V  E  L  A  A  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956
 P  A  E  G  K  R  W  R  I  E  E  D  E  L  V  V  A  L  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

ile_arch_T_volcanium

Class I

Archaea/Thermoplasma volcanium/amino acid sequences/Tvolcanium_ile_aa

Archaea/Thermoplasma volcanium/nucleotide sequences/Tvolcanium_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  A  Q  R  Y  R  L  I  E  Q  G  N  T  I  M  D  I  D  N  E  I  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  W  N  D  H  A  I  N  E  K  I  F  K  K  E  G  T  K  K  F  V  F  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  L  E 
------------------------------------------------------------GTCTTTCTTGAA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  P  P  T  A  N  G  R  P  H  I  G  H  A  M  T  R  T  I  K  D  I  V  L 
 .  P  P  T  A  N  G  R  P  H  I  G  H  A  M  T  R  T  I  K  D  I  V  L 
---CCGCCAACAGCTAACGGAAGACCTCACATAGGGCACGCAATGACGAGAACGATCAAGGATATAGTCCTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  Y  N  T  M  T  G  H  K  I  Y  R  R  Y  G  G  W  D  C  H  G  L  P  V 
 R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  R  R  Y  G  .  W  D  C  H  G  -  -  - 
CGGTAT------------------------TACAGGCGTTATGGA---TGGGACTGCCACGGT---------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  L  E  A  E  K  Y  F  G  F  K  T  K  S  D  I  I  N  Y  G  V  E  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  S  Y  C  R  D  S  V  F  R  Y  I  D  E  W  K  T  V  D  Q  I  I  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  F  R  Y  I  D  E  W  K  T  V  D  Q  I  I  .  . 
------------------------TTTAGGTACATAGATGAGTGGAAAACCGTAGACCAGATCATC------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  I  D  H  S  G  D  Y  I  T  L  R  N  E  Y  I  E  S  E  W  Y  V  L  K 
 .  .  D  -  -  G  D  Y  I  T  L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GAC------GGCGACTACATAACGTTGAGG------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  I  Y  E  N  G  L  L  Y  K  D  Y  T  V  V  P  Y  C  P  R  C  E  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  S  S  H  E  V  A  Q  G  Y  K  D  V  K  D  P  S  V  Y  V  R  F  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  G  S  E  N  T  Y  F  V  A  W  T  T  T  P  W  T  L  P  S  N  E  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  V  N  P  D  I  E  Y  S  L  I  E  Y  N  N  A  K  Y  Y  V  A  S  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  Q  Y  I  F  K  D  F  K  V  L  K  K  M  K  G  F  E  L  A  G  K  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  Q  L  L  P  F  L  D  P  P  A  G  A  L  R  V  V  T  G  D  F  V  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  D  G  S  G  I  V  H  A  A  P  A  F  G  S  D  D  Y  Q  I  G  K  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  V  P  I  L  N  P  V  D  K  N  G  R  F  S  D  E  R  L  P  W  Y  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  V  R  E  A  N  E  D  I  I  V  Y  L  K  N  N  G  L  L  I  K  S  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  E  H  S  Y  P  F  C  Y  R  C  D  T  P  L  L  Y  Y  P  L  D  A  W  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  R  V  S  S  V  R  D  K  L  V  E  N  N  E  K  I  R  W  K  P  D  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  H  G  R  F  G  N  F  L  D  E  A  K  D  W  N  L  S  R  D  R  F  W  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  P  L  P  V  W  R  C  R  N  N  H  V  R  F  I  G  S  R  K  E  I  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 M  G  A  T  V  P  Q  D  L  H  R  P  Y  I  D  E  V  K  F  V  C  P  D  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  E  E  M  R  R  E  P  Y  V  I  D  T  W  F  D  S  G  S  A  T  Y  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  D  S  G  S  A  T  Y  -  - 
---------------------------------GATACGTGGTTCGATTCAGGAAGCGCTACATAC------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 M  H  Y  P  F  E  D  N  F  D  P  S  S  D  L  P  V  S  F  I  T  E  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  T  E  A  I 
------------------------------------------------------TTCATAACTGAGGCCATC

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  Q  T  R  G  W  F  Y  V  L  H  V  I  S  T  I  M  F  N  K  N  A  Y  D 
 D  Q  T  R  G  .  F  Y  V  L  H  V  I  S  T  I  M  -  -  -  -  -  Y  . 
GACCAGACCAGGGGG---TTTTACGTTTTGCACGTAATTTCAACCATAATG---------------TAT---

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 S  A  L  S  I  S  F  I  L  D  E  Q  G  R  K  M  S  K  S  K  G  N  S  V 
 S  A  L  S  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  - 
AGCGCATTGTCTATA---------------------------AAGATGAGCAAAAGC---------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 F  A  L  D  Y  L  K  Q  V  A  P  D  S  L  R  L  F  F  L  Y  G  A  P  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 K  S  K  N  L  D  R  K  I  I  D  E  V  S  R  R  V  I  S  T  L  L  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Y  S  F  F  A  Y  N  A  N  I  D  G  F  E  F  K  G  I  L  E  A  K  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 L  D  K  W  L  I  S  K  I  N  T  F  I  I  E  S  R  R  A  Y  D  D  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 F  H  E  V  V  R  L  S  M  D  F  V  D  N  L  S  N  F  Y  L  R  L  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 R  R  F  W  A  E  D  V  T  E  D  K  L  A  A  Y  S  T  L  Y  T  A  I  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 T  C  S  K  V  L  A  P  I  V  P  F  V  S  D  Y  L  Y  L  S  L  H  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 Y  E  S  I  H  L  D  S  F  P  E  P  D  T  S  K  I  D  H  D  L  E  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 M  D  Q  A  Y  S  V  I  E  T  V  R  R  I  R  Q  E  I  N  I  K  G  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 P  V  K  E  I  L  L  S  G  N  I  D  P  E  I  I  P  V  V  S  Q  E  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 A  K  E  I  R  I  V  S  S  E  Q  R  P  L  K  Y  T  V  D  L  K  M  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 A  A  P  I  L  R  S  S  V  N  S  V  R  E  A  L  K  S  I  D  G  K  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 F  D  A  V  Q  N  G  G  K  L  R  V  L  D  H  E  L  T  G  E  M  L  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 S  T  I  P  D  P  D  Y  G  Y  S  R  D  E  K  N  G  I  D  V  F  V  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 R  I  D  R  N  E  Y  L  E  G  L  A  R  E  I  V  R  R  I  Q  L  M  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 E  M  N  L  D  Y  T  D  R  I  N  V  W  I  D  P  V  G  D  F  S  D  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 D  K  F  E  S  Y  I  K  A  E  T  Q  C  D  S  L  N  V  G  H  T  D  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 R  K  W  E  I  G  D  E  T  I  G  I  R  I  E  K  V  V  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

ile_arch_S_acidocaldarius

Class I

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/amino acid sequences/Sacidocaldarius_ile_aa

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/nucleotide sequences/Sacidocaldarius_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  S  K  F  D  P  L  K  F  E  E  E  V  L  K  Y  W  D  D  N  K  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  K  L  K  E  I  N  E  K  N  H  K  K  F  L  F  I  D  G  P  P  Y  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  F  I  D  .  P  P  Y  P  S 
------------------------------------------AGTTTCATTCTT---ATATTGCTCCCACTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  P  I  P  H  I  G  T  V  W  N  K  T  I  K  D  C  I  L  R  Y  E  R  L 
 S  .  I  P  H  I  G  T  V  W  N  K  T  I  K  D  C  I  L  R  Y  -  -  - 
CTT---TAGATCTACTTTATCATTAGGCGCTCTTATAGACAATAATATGTATTCATTTACATT---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 M  G  Y  S  V  K  D  Q  P  G  Y  D  T  H  G  L  P  I  E  V  E  T  E  K 
 -  -  -  -  -  K  D  Q  P  G  Y  D  T  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------TTGAATCCTTCTTATTAGATCCCTTATTAT---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  L  G  I  K  S  K  A  E  I  I  E  K  I  G  V  D  N  F  I  S  K  C  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  F  A  I  N  N  S  K  S  L  T  Q  N  F  R  N  L  G  I  F  M  D  W  E 
 -  -  -  I  N  N  S  K  S  L  T  Q  N  F  R  N  L  .  .  .  .  D  -  - 
---------CGATATATCAAGTCTGAGATTTTCGGAATCAACATTAAATTC------------ACT------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  P  Y  F  T  F  N  N  D  Y  I  S  N  S  W  A  V  I  K  K  A  Y  E  R 
 N  P  Y  F  T  F  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCTTGTGCAACTTTATCAGA---------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  L  L  Y  K  G  V  H  V  L  H  W  C  S  R  C  E  T  T  L  A  D  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  S  E  Y  R  D  L  E  D  P  S  I  Y  V  K  F  R  V  K  G  E  P  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  L  V  I  W  T  T  T  P  W  T  L  P  A  N  V  F  V  M  V  N  K  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  Y  A  D  V  R  V  G  D  E  I  L  V  I  A  K  D  R  V  K  E  L  M  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  A  R  I  K  E  Y  K  I  L  R  V  Y  K  G  E  E  L  I  G  L  E  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  P  L  A  D  I  V  N  A  Q  S  K  I  N  N  H  H  K  V  L  D  G  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  V  T  L  Q  E  G  T  G  L  V  H  S  A  P  G  H  G  D  I  D  F  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  K  K  Y  D  M  P  V  V  M  L  V  N  D  K  G  E  F  T  Q  D  S  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  A  G  K  Y  V  R  S  A  S  E  E  I  I  S  D  L  K  Q  R  N  A  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  A  S  K  I  V  H  R  Y  P  V  C  W  R  C  K  T  P  L  I  L  R  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  Q  W  F  I  A  V  S  K  L  K  D  N  L  M  G  E  I  D  R  V  R  W  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  D  W  G  K  T  R  I  G  N  M  V  K  E  V  R  D  W  V  I  S  R  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  W  G  I  P  L  P  I  W  V  C  S  N  C  E  N  I  I  V  V  G  G  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  L  N  K  I  S  I  N  Q  V  P  Q  D  L  H  R  P  W  I  D  S  V  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 R  C  E  K  C  G  G  E  A  R  R  I  S  D  V  A  D  V  W  F  D  S  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  F  D  S  G  V 
------------------------------------------------GAAGAATGCTACACCGCTGTCAAA

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  F  F  A  S  L  G  K  D  W  R  K  K  W  S  E  L  G  P  V  D  L  V  L 
 A  F  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  V  L 
CCATACATC------------------------------------------------------TACGCTATC

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  G  H  D  Q  L  R  G  W  F  F  S  L  L  R  T  G  V  I  L  M  D  R  A 
 E  G  H  D  Q  L  R  G  .  F  F  S  L  L  R  T  G  V  I  L  -  -  -  - 
TATCCATGGTCTATGCAAATCCTG---CACTTGGTTTATAGAGATCTTATTTAATTCATC------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 P  Y  E  A  V  L  V  H  G  F  M  L  D  E  Q  G  K  E  M  H  K  S  S  G 
 -  Y  .  A  V  L  V  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  M  H  K  S  -  - 
---AAT---ATTTTCACAATTACT---------------------------CCAGAATCTTTGCCT------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 N  Y  V  E  P  S  Q  V  V  S  K  Y  G  R  D  T  L  R  L  W  L  L  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 T  T  W  E  D  A  K  F  S  W  K  S  L  D  M  T  R  R  D  L  N  I  I  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 N  V  Y  V  F  A  N  T  Y  M  S  L  D  E  F  K  Y  S  K  Y  S  Y  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 I  K  D  Y  L  K  L  E  D  I  W  L  L  S  R  Y  Y  R  M  L  K  E  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 E  A  M  K  E  Y  K  V  H  E  L  A  N  K  V  T  T  F  I  I  D  D  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 R  F  Y  L  R  V  T  R  K  R  A  W  N  E  A  N  D  P  D  K  I  A  M  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 Y  V  L  Y  H  V  L  K  G  S  L  I  L  L  S  T  V  I  P  F  A  A  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 I  Y  L  D  F  V  Q  E  R  L  E  S  I  S  M  E  K  I  P  E  I  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 F  I  N  E  E  I  E  E  A  F  E  I  A  K  E  I  I  D  A  G  L  N  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 A  K  A  G  I  K  L  R  W  P  L  K  E  V  Y  V  F  L  V  S  D  K  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 R  S  I  E  K  I  T  D  V  L  S  S  L  L  N  S  K  S  I  I  I  E  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 D  G  Y  K  R  F  S  K  I  R  A  T  P  N  T  G  S  I  G  P  T  F  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 L  S  V  K  V  A  E  Y  I  Q  N  N  S  D  K  V  A  Q  D  I  V  S  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 Y  H  E  F  N  V  D  S  E  N  L  R  L  D  I  S  H  V  N  L  V  E  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 E  K  G  Y  A  S  A  R  F  S  K  G  V  V  L  L  K  Q  E  M  S  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 E  E  E  G  I  I  R  D  L  I  R  R  I  Q  F  M  R  K  Q  L  S  L  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 N  E  Y  I  L  L  S  I  R  A  P  N  D  K  V  D  L  I  K  K  W  E  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 I  K  N  E  T  R  A  K  E  L  R  I  G  D  V  S  G  D  L  I  Q  D  W  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 V  E  E  E  T  Y  T  I  G  V  S  K  A  D  V  S  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

ile_arch_M_kandleri

Class I

Archaea/Methanopyrus kandleri/amino acid sequences/Mkandleri_ile_aa

Archaea/Methanopyrus kandleri/nucleotide sequences/Mkandleri_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  A  G  E  M  A  E  A  L  G  E  E  L  E  R  E  I  Q  R  R  W  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 M  D  L  L  S  K  V  L  E  K  N  R  D  G  P  L  F  Y  F  L  D  G  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  F  L  D  .  P  P 
---------------------------------------------------TACTTCCTCGAC---CCACCT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  A  S  G  S  I  H  L  G  T  A  W  N  K  I  I  K  D  A  V  N  R  Y  K 
 Y  A  S  G  S  I  H  L  G  T  A  W  N  K  I  I  K  D  A  V  N  R  Y  - 
TACGCGAGCGGCTCGATTCACCTCGGTACAGCCTGGAACAAGATCATCAAGGACGCCGTGAACCGGTAC---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  M  R  G  Y  R  V  R  L  Q  P  G  W  D  C  H  G  L  P  I  E  V  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  R  L  Q  P  G  W  D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------CGACTGCAGCCCGGTTGGGACTGCCACGGT---------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  Q  E  V  L  S  D  E  I  E  C  K  K  D  I  E  E  K  V  G  V  D  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  E  K  C  K  E  F  A  L  K  H  V  E  I  M  T  E  Q  F  K  R  L  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  H  V  E  I  M  T  E  Q  F  K  R  L  .  . 
------------------------CTGAAGCACGTAGAGATCATGACGGAGCAGTTCAAGCGTCTG------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  M  D  W  D  N  P  Y  M  T  L  D  N  E  Y  I  E  G  A  W  Y  T  L  K 
 .  .  D  -  -  N  P  Y  M  T  L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GAC------AACCCGTACATGACCCTGGAC------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  A  H  E  R  G  L  L  D  R  D  V  R  I  V  N  W  C  P  R  C  E  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  A  D  H  E  V  E  Y  K  E  V  E  D  P  S  I  F  V  I  F  P  I  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  S  D  A  E  V  D  L  P  E  N  S  A  L  L  I  W  T  T  T  P  W  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  A  N  L  A  V  A  V  H  P  E  E  E  Y  V  L  A  R  A  E  V  D  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  W  H  L  I  V  A  D  K  L  K  V  V  L  S  V  V  T  D  S  Y  E  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  S  F  P  G  E  A  L  E  G  L  R  Y  R  P  P  L  W  E  E  V  P  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  E  L  H  E  E  D  D  R  V  H  R  V  Y  T  A  E  W  V  T  M  E  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  G  C  V  H  S  A  P  G  H  G  E  E  D  F  E  L  G  R  E  V  G  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  H  C  P  V  A  E  D  G  T  F  T  E  D  G  G  K  Y  E  G  L  Y  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  A  N  E  K  I  V  E  D  L  R  E  K  G  L  L  A  H  E  D  T  V  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  Y  G  H  C  W  R  C  K  T  P  I  I  Y  R  A  T  E  Q  W  F  L  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  E  V  K  D  E  M  L  E  W  I  E  R  V  E  W  I  P  E  W  A  G  H  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  F  K  S  W  V  E  N  A  R  D  W  C  I  S  R  Q  R  Y  W  G  I  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  V  W  E  C  E  E  C  G  H  L  E  V  I  G  S  L  S  E  L  E  A  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  S  L  P  P  G  E  P  D  L  H  R  P  W  V  D  E  V  V  L  K  C  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 C  G  S  Y  M  R  R  V  P  D  V  L  D  V  W  V  D  S  G  V  A  A  W  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  V  D  S  G  V  A  A  W  - 
------------------------------------GACGTCTGGGTAGACTCGGGAGTCGCCGCGTGG---

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 S  L  G  Y  P  R  R  E  D  E  F  E  R  W  F  L  K  E  G  R  C  D  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 D  P  E  A  G  A  D  F  I  T  E  G  H  D  Q  T  R  G  W  F  Y  S  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  F  I  T  E  G  H  D  Q  T  R  G  .  F  Y  S  Q  L 
---------------------TTCATCACCGAGGGTCACGACCAGACCCGCGGA---TTCTACTCGCAGCTA

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 G  C  G  V  V  T  F  D  T  C  P  Y  R  T  V  L  M  H  G  F  T  L  D  E 
 G  C  G  V  V  T  -  -  -  -  -  Y  .  T  V  L  M  H  -  -  -  -  -  - 
GGTTGTGGCGTCGTCACC---------------TAC---ACCGTGCTCATGCAC------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 E  G  R  K  M  S  K  S  L  G  N  V  V  D  P  M  D  V  V  E  K  Y  G  A 
 -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------AAGATGAGCAAGTCC------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 D  T  L  R  W  Y  V  L  R  S  N  A  P  W  R  D  M  H  F  S  W  Q  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 R  D  T  H  R  A  L  N  V  L  W  N  A  Y  R  F  T  K  M  Y  S  E  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 E  F  D  P  E  E  H  P  L  E  D  L  E  E  H  L  K  P  E  D  R  W  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 S  R  I  N  S  L  V  E  E  V  T  D  A  F  E  R  Y  H  V  H  E  A  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  L  Y  R  F  V  T  E  D  L  S  R  W  Y  I  R  L  V  R  E  R  V  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 E  G  D  D  P  E  K  L  A  V  Y  A  V  L  H  Y  T  F  D  R  L  V  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 L  A  P  I  V  P  H  V  A  E  R  I  Y  L  D  Y  V  R  A  G  D  D  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 S  V  H  L  T  D  W  P  E  V  D  D  R  W  V  D  E  G  L  E  K  A  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 L  V  R  K  A  A  E  A  A  L  S  V  R  Q  R  A  G  V  K  T  R  W  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 R  R  L  F  V  E  V  E  D  P  K  R  L  E  D  L  K  D  V  L  A  R  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 N  V  K  E  V  E  L  G  E  E  F  P  E  K  V  P  V  A  E  P  R  P  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 I  G  P  E  F  R  S  L  A  G  R  V  I  E  H  V  K  D  R  A  E  E  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 R  S  I  L  K  D  G  E  Y  R  T  E  L  D  G  E  D  V  V  L  T  E  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 V  K  V  T  E  D  L  P  E  G  W  E  A  E  E  F  E  G  G  R  V  Y  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 V  E  L  D  E  E  L  K  S  E  A  W  A  R  E  V  V  R  R  V  Q  E  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 K  E  L  D  L  N  L  E  E  R  I  R  V  W  I  E  T  D  E  E  I  A  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 V  E  E  H  S  E  Y  V  R  G  E  T  R  A  D  E  L  H  V  N  E  G  W  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 E  E  V  D  L  E  R  E  W  E  V  E  D  R  T  I  R  I  A  V  V  V  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

ile_arch_M_hungatei

Class I

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_ile_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  E  V  T  S  S  F  T  P  R  V  I  E  A  S  V  Q  K  F  W  T  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  I  Y  A  R  V  Q  E  Q  N  R  D  G  K  T  W  F  F  V  D  G  P  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  F  V  D  .  P  P  Y 
------------------------------------------------TTTTTCGTAGAT---CCGCCATAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  T  G  H  I  H  L  G  T  A  W  N  K  I  L  K  D  S  I  L  R  Y  K  R 
 T  T  G  H  I  H  L  G  T  A  W  N  K  I  L  K  D  S  I  L  R  Y  -  - 
ACCACCGGGCACATTCACCTTGGAACAGCATGGAATAAGATCCTCAAAGACAGCATTCTCCGGTAT------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 M  H  G  L  H  V  I  D  R  A  G  Y  D  M  H  G  L  P  I  E  V  R  V  E 
 -  -  -  -  -  -  I  D  R  A  G  Y  D  M  H  G  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------ATCGATCGTGCCGGATATGATATGCACGGC------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  E  L  G  F  E  N  K  K  D  I  E  A  F  G  I  G  A  F  I  E  R  C  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  F  A  L  S  H  K  D  I  M  S  E  Q  F  K  S  L  G  V  W  M  N  F  D 
 -  -  -  L  S  H  K  D  I  M  S  E  Q  F  K  S  L  .  .  .  .  N  -  - 
---------CTCAGCCATAAAGACATCATGTCAGAGCAGTTTAAATCTCTC------------AAC------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  P  Y  Q  T  I  M  P  E  Y  I  E  A  A  W  W  T  L  K  Q  A  D  E  K 
 D  P  Y  Q  T  I  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATCCCTACCAGACCATCATG---------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  L  L  D  R  G  H  R  V  V  N  W  C  P  R  C  E  T  A  I  A  D  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  E  Y  W  D  E  Q  D  P  S  I  F  V  K  F  P  I  H  G  L  M  N  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  V  I  W  T  T  T  P  W  T  L  P  A  N  V  A  V  A  V  D  K  D  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  A  R  V  E  A  I  K  E  G  K  K  E  I  L  W  I  A  K  D  L  V  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  L  K  R  G  K  Y  Q  D  Y  S  I  L  S  E  K  T  G  E  E  L  A  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  Y  D  S  P  L  A  D  L  I  P  R  Q  K  E  I  V  H  T  V  V  T  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  V  E  M  D  N  T  G  M  V  H  I  A  P  G  H  G  W  D  D  Y  L  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  E  K  G  L  D  V  F  C  P  V  D  G  A  G  Y  Y  T  D  E  G  G  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  G  Q  F  V  R  D  A  N  E  K  I  L  S  D  L  G  S  H  L  L  G  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  I  T  H  R  Y  G  H  C  W  R  C  K  T  P  I  I  Y  R  A  T  E  Q  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  I  S  V  P  K  M  K  E  K  M  L  S  E  I  K  A  T  S  W  Y  P  D  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  G  S  A  R  F  Y  D  F  V  S  D  A  R  D  W  C  I  S  R  Q  R  Y  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  I  P  I  P  V  W  Q  C  S  S  C  S  A  H  R  V  F  G  T  V  A  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 N  A  A  A  G  S  N  L  T  D  P  H  R  P  Y  V  D  E  I  T  V  P  C  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 C  G  G  T  M  K  R  V  E  D  I  F  D  V  W  F  D  S  A  M  A  S  W  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  F  D  S  A  M  A  S  W  - 
------------------------------------GATGTCTGGTTTGACTCGGCAATGGCATCCTGG---

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 T  L  G  F  P  R  N  D  A  L  F  H  E  M  W  P  A  D  F  I  T  E  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  T  E  G  Q 
------------------------------------------------------TTTATCACTGAAGGGCAG

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  Q  T  R  G  W  F  Y  S  Q  L  G  A  S  T  I  A  F  N  R  S  P  Y  K 
 D  Q  T  R  G  .  F  Y  S  Q  L  G  A  S  T  I  A  -  -  -  -  -  Y  . 
GACCAGACCAGAGGA---TTTTACTCACAGCTTGGTGCCTCTACGATTGCC---------------TAT---

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 S  V  L  M  H  G  F  A  L  D  A  D  G  R  K  M  S  K  S  L  G  N  V  V 
 S  V  L  M  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  - 
AGCGTCCTGATGCAT---------------------------AAGATGAGCAAGAGT---------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 T  P  E  E  V  V  Q  K  F  G  V  D  V  L  R  L  Y  I  L  S  S  N  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 W  E  D  L  K  F  N  W  D  G  V  S  T  V  N  R  T  M  N  I  L  W  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Y  R  F  P  L  P  Y  M  I  L  D  G  F  S  P  A  Q  T  S  D  G  K  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 D  E  Y  I  V  R  S  Y  R  E  M  P  E  I  D  R  W  I  I  S  R  I  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 I  A  R  S  V  S  A  D  M  D  E  Y  Q  L  H  R  V  T  R  L  L  M  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 I  L  E  D  L  S  R  W  Y  V  Q  I  V  R  P  R  M  W  L  E  E  D  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 D  K  K  F  A  Y  E  T  I  T  Y  C  L  R  T  L  C  R  L  L  A  P  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 P  H  I  T  E  A  M  Y  E  N  L  R  L  P  E  D  P  V  S  V  H  M  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 W  P  A  G  D  I  R  L  I  D  E  N  L  E  R  R  M  D  V  V  R  K  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  A  V  A  N  A  R  Q  A  G  K  R  K  L  R  W  P  V  Q  N  V  I  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 T  S  S  E  S  V  I  E  A  F  R  S  M  E  D  L  A  K  D  R  A  N  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 N  I  E  V  I  Q  G  S  W  E  R  M  R  F  N  A  E  P  V  M  K  K  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 P  S  F  G  K  K  G  P  V  V  K  G  L  I  E  A  A  D  G  S  A  L  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 Q  L  E  E  S  G  S  V  T  L  S  D  G  S  E  E  F  V  L  T  A  E  H  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 T  F  S  Q  H  L  P  E  G  I  F  G  A  E  M  T  D  A  S  V  Y  V  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 T  L  T  E  D  L  E  A  E  G  Y  S  R  E  I  I  R  R  L  Q  E  M  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 Q  L  D  L  N  V  E  D  N  I  V  I  D  A  V  I  E  D  V  H  L  R  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 L  S  A  S  W  L  D  L  I  K  Q  E  V  R  G  K  T  L  K  I  H  D  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 G  G  R  D  G  S  V  L  F  Q  L  D  R  D  W  D  I  E  G  V  N  V  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 G  I  S  L  A  G 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

ile_arch_A_fulgidus

Class I

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/amino acid sequences/ile_Arc_A_fulgidus

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/nucleotide sequences/Afulgidus_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  P  A  K  Y  S  P  K  D  V  E  S  E  I  F  K  F  W  E  D  N  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  R  K  V  K  E  K  G  G  R  K  F  Y  F  V  D  G  P  P  Y  T  T  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  F  V  D  .  P  P  Y  T  T  G  R 
------------------------------------GCTCTTTATGTA---TTCCCAGCCTTTGACGAGCTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  H  L  G  T  A  W  N  K  V  L  K  D  T  I  L  R  Y  K  R  M  M  G  F 
 I  H  L  G  T  A  W  N  K  V  L  K  D  T  I  L  R  Y  -  -  -  -  -  - 
GGCATCCATCTCCACTGTCGTTTCAATGAACTCCTCGACGTCGAGGTCGAGCTC------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  P  T  D  T  P  G  W  D  M  H  G  L  P  I  E  V  K  V  E  Q  E  L  G 
 -  -  T  D  T  P  G  W  D  M  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------AACAACCTCTCTGGCAAATGCCTCCCTCAC------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  R  T  K  R  D  I  E  S  F  G  I  D  K  F  I  E  R  C  M  N  Y  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
---------------------------------------------------------------------GTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  N  K  D  A  M  T  E  Q  F  K  S  L  A  V  W  M  D  W  E  N  P  Y  M 
 A  N  K  D  A  M  T  E  Q  F  K  S  L  .  .  .  .  D  -  -  N  P  Y  M 
AAGCTCCACACCATCGAAAACGAGCTTTTCGGGAATCTC------------CAC------CGCAAATTCCCC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  I  K  A  E  Y  M  N  A  A  W  F  A  I  K  R  A  H  E  R  G  L  L  E 
 T  I  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGCCTTTTC---------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  K  K  M  V  V  N  W  C  H  R  C  E  T  A  L  A  D  A  E  V  E  Y  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  E  E  D  P  S  I  Y  V  K  F  P  V  K  G  E  K  D  T  Y  I  V  I  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  T  T  P  W  T  L  P  A  N  M  A  V  A  V  H  P  S  L  E  Y  A  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  A  V  K  D  G  K  V  E  Y  L  I  L  A  K  E  L  A  D  S  V  L  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  D  Y  D  S  W  E  V  V  E  T  Y  L  G  E  D  L  E  G  L  E  Y  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  L  A  D  E  V  P  L  Q  K  N  W  K  H  Q  V  F  F  A  D  F  V  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  N  T  G  C  V  H  I  A  P  G  H  G  V  E  D  Y  E  L  G  V  E  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  E  V  F  N  P  V  D  D  R  G  V  Y  T  E  E  A  G  K  Y  A  G  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  K  E  A  N  D  D  I  I  D  D  L  Y  R  K  D  L  L  L  A  E  E  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  H  R  Y  G  H  C  W  R  C  K  T  P  I  I  Y  R  A  T  E  Q  W  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  I  S  E  L  K  D  E  M  L  E  E  I  D  K  V  M  W  I  P  E  W  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  A  R  F  K  D  W  V  S  N  A  K  D  W  C  I  S  R  Q  R  Y  W  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  I  P  V  W  I  C  E  K  C  G  E  M  K  V  V  G  S  I  N  E  I  E  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  N  D  L  D  L  H  R  P  K  I  D  A  V  T  F  S  C  Q  C  G  G  V  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 R  R  V  P  D  V  F  D  V  W  F  D  S  G  V  A  S  W  G  S  I  A  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  F  D  S  G  V  A  S  W  -  -  -  -  -  - 
---------------------TGGAACTCTCCTCATTACCCCTCCGCACTGACA------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  R  K  D  K  F  E  E  L  W  P  A  D  F  I  T  E  G  H  D  Q  T  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  T  E  G  H  D  Q  T  R  G 
---------------------------------------TATCTCGTTAATGCTGCCGACAACCTTCATCTC

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 W  F  Y  S  Q  L  G  T  S  V  V  C  F  D  K  A  P  Y  K  A  V  L  M  H 
 .  F  Y  S  Q  L  G  T  S  V  V  C  -  -  -  -  -  Y  .  A  V  L  M  H 
---GCACTTTTCGCAAATCCAGACAGGAATGGGGAT---------------CCT---TATGCACCAGTCCTT

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  F  T  L  D  E  Q  G  R  K  M  S  K  S  L  G  N  V  V  E  P  E  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------CGCACTTCCCGCCCA------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 V  G  Q  I  G  V  D  G  F  R  L  Y  V  L  Y  S  A  P  W  E  D  L  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 S  W  E  E  A  R  N  I  N  R  M  L  N  V  V  W  N  A  V  R  F  A  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Y  M  S  L  D  N  Y  S  F  G  E  K  G  E  L  K  I  E  D  R  W  I  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 R  L  E  S  F  I  K  E  A  N  E  A  M  E  G  Y  Q  V  H  R  V  V  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 F  F  D  F  F  V  E  D  F  S  R  W  Y  I  Q  I  I  R  P  R  V  W  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 R  D  S  P  S  K  L  A  A  Y  Y  T  M  F  R  V  I  D  R  S  L  R  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  P  F  A  P  L  I  A  E  W  F  Y  Q  H  V  V  K  E  F  R  E  G  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 S  I  F  M  E  E  Y  S  T  A  E  V  E  M  I  D  G  E  L  E  A  A  M  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 V  A  K  E  I  V  E  A  A  A  N  A  R  N  K  A  K  R  K  L  R  W  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 R  E  L  V  I  E  S  G  S  E  K  V  R  K  A  V  E  M  L  E  E  T  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 S  Q  C  N  V  K  Q  V  R  V  V  D  S  F  E  K  E  I  E  I  K  P  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 K  Y  I  G  P  L  L  K  E  K  A  G  E  F  A  K  Y  V  A  S  L  K  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 P  E  K  L  V  F  D  G  V  E  L  D  P  K  Q  A  I  V  V  D  Y  R  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 E  G  Y  E  Y  A  E  F  S  G  G  V  V  Y  I  Y  K  E  L  D  D  E  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 R  E  A  F  A  R  E  V  V  R  R  I  Q  E  M  R  K  E  L  D  L  D  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 E  F  I  E  T  T  V  E  M  D  A  E  L  V  K  G  W  E  D  Y  I  K  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 T  R  S  Q  K  L  V  F  G  K  A  E  G  Y  V  R  E  W  N  I  E  G  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

6100710081009101010111012101310141015101610171018
 V  K  I  G  I  K  R  L  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

ile_arch_M_thermautotrophicus

Class I

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/amino acid sequences/Mthermautotrophicus_ile_aa

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/nucleotide sequences/Mthermautotrophicus_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  I  Q  E  A  E  K  S  Y  R  P  H  R  I  E  E  K  V  Q  S  F  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  R  D  I  Y  E  R  V  K  E  L  R  E  D  R  P  R  Y  S  F  L  D  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  F  L  D  .  P 
------------------------------------------------------CCTCTGGGGTTC---GAG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  Y  C  S  G  R  I  H  L  G  T  A  W  N  K  I  M  K  D  T  Y  L  R  F 
 P  Y  C  S  G  R  I  H  L  G  T  A  W  N  K  I  M  K  D  T  Y  L  R  F 
TTCCCTGAATTCTTCGCTGCATTTAACTGACACCTCTATGCTGGCCTCAACGTCCAGGTCAAGGTCCTTCCT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  S  M  K  G  F  N  V  R  R  Q  P  G  W  D  T  H  G  L  P  I  E  H  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  R  Q  P  G  W  D  T  H  G  -  -  -  -  -  - 
------------------------TTCCCGGGCCATTGCCTCGCTCATGATCTC------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  E  G  L  L  G  V  R  S  K  K  D  I  E  D  K  I  G  I  E  E  F  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  C  R  E  F  A  V  E  N  K  A  V  M  T  G  Q  F  Q  R  L  G  V  W  M 
 -  -  -  -  -  -  V  E  N  K  A  V  M  T  G  Q  F  Q  R  L  .  .  .  . 
------------------TTTCTTGCCATCAGTTTCAACCGTGAACTCACCATCGGAGTC------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  W  D  D  P  Y  V  T  F  D  P  A  Y  M  E  S  C  W  W  T  L  K  R  A 
 D  -  -  D  P  Y  V  T  F  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAC------TCCGTCTGCGCCTTCCAGTTC------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 H  E  K  D  L  L  V  R  D  L  R  V  I  T  W  C  P  R  C  E  T  A  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  A  E  I  D  Y  H  D  K  E  D  P  S  I  Y  V  K  F  P  V  S  G  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  I  L  V  W  T  T  T  P  W  T  L  P  A  N  M  A  V  A  V  H  P  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  Y  A  Y  A  R  L  D  G  E  T  Y  I  M  A  E  A  L  V  E  K  V  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  E  A  E  I  L  K  R  V  K  G  T  E  L  E  G  L  T  Y  R  H  P  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  E  V  P  L  H  R  E  I  E  H  R  V  I  L  G  D  H  V  T  L  T  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  G  C  V  H  T  A  P  G  H  G  P  E  D  F  E  I  G  K  K  Y  G  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  I  C  P  V  D  E  A  G  I  F  T  E  E  A  G  K  Y  S  G  R  F  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  A  D  E  D  I  I  A  D  L  R  S  K  G  L  L  L  K  A  G  T  I  S  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  Y  G  F  C  W  R  C  K  T  P  I  I  Y  L  A  T  E  Q  W  F  L  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  E  I  K  D  K  M  L  R  E  L  D  R  V  Q  W  V  P  S  W  A  G  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  F  R  N  W  I  E  N  A  R  D  W  T  I  S  R  Q  R  Y  W  G  I  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  I  W  I  C  E  E  C  D  S  I  H  V  V  G  S  I  D  E  L  R  E  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  E  G  E  L  E  G  D  F  I  H  R  P  H  V  D  R  I  V  L  E  C  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 C  G  G  R  M  K  R  T  P  D  V  L  D  V  W  I  D  S  G  V  A  G  W  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  I  D  S  G  V  A  G  W  - 
------------------------------------GGCTGCCCAGCCAGCCACCCCGGAGTCTATCCA---

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  L  H  Y  P  S  E  T  E  L  F  R  E  W  F  P  Y  D  F  I  T  E  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  T  E  G  H 
------------------------------------------------------GACTATCCTGTCCACGTG

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  Q  T  R  G  W  F  Y  S  Q  L  G  C  G  V  I  A  L  D  E  V  P  Y  R 
 D  Q  T  R  G  .  F  Y  S  Q  L  G  C  G  V  I  A  -  -  -  -  -  Y  R 
GGGCCTGTGGATGAA---TCCCTCGAGTTCTCCCTCCACCGCCAGCTCCCT---------------TCCAAC

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  V  L  M  H  G  F  T  L  D  E  E  G  R  K  M  S  K  S  L  G  N  V  V 
 .  V  L  M  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  - 
---GTGTATGCTGTC---------------------------GGGTATTCCCCAGTA---------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 E  P  E  D  V  I  E  K  Y  G  A  D  V  L  R  F  Y  L  L  W  E  N  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 W  E  D  L  K  F  V  W  D  E  L  R  N  V  N  K  M  F  N  I  L  W  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Y  V  F  A  T  T  Y  M  S  L  D  R  F  Q  P  G  D  H  S  A  E  D  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 F  R  D  E  D  R  W  I  L  S  R  I  N  S  V  A  L  K  V  T  E  A  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 N  L  H  F  H  R  A  T  R  E  I  H  D  F  I  V  E  D  L  S  R  W  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 R  L  I  R  S  R  T  W  I  E  R  D  D  P  D  K  L  A  A  Y  H  T  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 T  V  L  K  T  L  I  V  T  L  S  P  M  A  P  H  V  C  E  D  I  Y  Q  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  V  R  G  A  E  P  D  S  P  E  S  I  H  M  L  D  W  I  L  D  E  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 V  D  S  Q  L  E  A  D  M  D  I  V  R  E  I  I  E  A  C  A  R  A  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 T  A  R  Y  K  L  R  W  P  V  R  E  M  V  V  V  S  E  D  E  G  V  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 A  A  E  S  L  K  N  V  I  A  E  Q  A  N  A  K  S  I  K  T  S  T  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 P  D  M  K  I  I  A  R  P  N  P  A  T  L  G  P  R  L  R  Q  D  I  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 V  M  R  E  L  E  G  A  D  G  S  A  V  K  A  A  L  D  S  D  G  E  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 V  E  T  D  G  K  K  F  K  L  T  S  E  D  I  V  F  E  T  E  L  P  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 I  V  S  A  Q  F  D  G  G  S  V  F  I  D  T  E  L  T  P  E  I  M  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 A  M  A  R  E  L  V  R  R  I  Q  D  M  R  K  D  L  D  L  D  V  E  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 I  E  V  S  V  K  C  S  E  E  F  R  E  L  T  E  P  Q  R  E  F  I  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 E  V  R  A  S  T  L  S  F  D  Y  S  E  L  E  Y  T  K  E  W  K  I  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 E  N  L  I  I  S  I  K  P  A  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

ile_arch_P_aerophilum

Class I

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_ile_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  H  G  D  L  P  L  P  P  S  Y  R  P  H  E  V  K  K  A  V  E  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  R  R  N  R  I  F  E  K  W  K  S  W  R  G  G  P  K  F  T  F  L  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  L  E  . 
---------------------------------------------------------ACTTTCCTTGAA---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  P  T  T  N  G  M  P  H  V  G  H  I  R  G  R  T  Y  K  D  V  V  I  R 
 P  P  T  T  N  G  M  P  H  V  G  H  I  R  G  R  T  Y  K  D  V  V  I  R 
CCTCCGACAACTAACGGCATGCCCCACGTCGGTCATATAAGGGGCCGCACTTACAAAGATGTCGTCATAAGG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  Y  R  L  L  G  Y  D  V  W  V  Q  G  G  W  D  M  Q  G  M  P  V  E  W 
 F  -  -  -  -  -  -  -  -  W  V  Q  G  G  W  D  M  Q  G  -  -  -  -  - 
TTT------------------------TGGGTGCAAGGCGGCTGGGATATGCAGGGA---------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  V  E  K  K  L  K  L  R  S  K  K  D  I  E  Q  F  G  L  E  K  F  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  C  N  S  L  V  E  E  Y  L  A  Y  W  R  E  W  G  T  K  R  L  G  L  W 
 -  -  -  -  -  -  E  E  Y  L  A  Y  W  R  E  .  G  T  K  R  L  .  .  . 
------------------GAGGAGTACTTGGCCTATTGGAGGGAG---GGTACTAAAAGGCTG---------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  D  L  E  N  A  Y  E  T  R  Q  P  H  Y  L  Q  Y  A  W  R  I  V  K  R 
 .  D  -  -  N  A  Y  E  T  R  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GAT------AACGCCTATGAGACTAGACAG---------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  H  E  L  G  L  L  T  E  D  Y  R  V  L  W  F  C  P  R  C  E  T  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  D  H  E  V  A  L  G  Y  D  E  R  E  D  P  S  I  Y  V  K  F  R  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  G  V  D  E  Y  L  V  I  W  T  T  T  P  W  T  I  V  D  N  E  A  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  H  P  D  Y  V  Y  A  K  V  E  V  E  V  G  G  R  R  E  Y  W  W  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  A  L  V  P  S  L  M  A  K  F  G  I  K  T  W  R  V  V  E  T  K  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  E  L  A  G  V  R  Y  I  H  P  L  A  E  E  V  P  E  R  A  S  R  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  V  V  T  A  E  F  V  T  L  E  Q  G  T  G  L  V  H  I  A  P  G  H  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  E  D  F  E  L  A  K  K  Y  G  L  P  V  T  N  S  V  E  I  N  G  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  E  L  G  G  R  Y  K  G  K  H  V  Y  D  V  D  K  E  V  T  R  D  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  K  G  L  L  V  F  E  E  K  I  R  H  E  Y  P  H  C  W  R  C  G  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  I  L  R  A  D  R  Q  W  F  I  A  I  S  R  I  R  D  K  M  Y  A  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  K  V  N  V  V  P  T  K  L  R  D  R  F  D  I  F  V  Q  N  A  R  D  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  I  S  R  S  R  V  W  G  T  P  L  P  V  W  R  C  K  K  D  G  R  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  I  G  S  L  E  E  L  K  K  L  A  K  E  L  P  P  V  D  D  F  K  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 H  R  P  W  I  D  Q  V  K  I  S  A  H  D  C  D  E  W  V  R  E  P  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 M  D  V  W  L  D  S  G  I  A  W  I  A  A  V  D  G  E  N  N  R  D  L  W 
 -  D  V  W  L  D  S  G  I  A  W  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GACGTCTGGCTGGACTCAGGCATTGCGTGGATA------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  K  L  F  P  Y  D  F  V  T  E  G  I  D  Q  T  R  G  W  F  Y  S  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  F  V  T  E  G  I  D  Q  T  R  G  .  F  Y  S  L  L 
---------------------TTCGTCACAGAGGGCATTGACCAAACCCGCGGC---TTCTATTCGCTACTC

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  T  S  V  L  Y  T  G  R  A  P  Y  K  N  V  L  I  Q  G  L  I  L  D  K 
 A  T  S  V  L  Y  -  -  -  -  -  Y  .  N  V  L  I  Q  -  -  -  -  -  - 
GCAACGTCTGTATTATAC---------------TAT---AACGTGTTGATTCAA------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 H  G  Q  K  M  S  K  S  K  G  N  V  I  W  A  K  D  L  F  E  K  Y  G  A 
 -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------AAGATGTCTAAAAGC------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  P  V  R  L  Y  I  L  S  K  V  A  P  W  E  D  L  S  F  D  P  D  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 K  Y  V  I  G  D  L  N  I  L  W  N  V  V  K  F  A  D  T  Y  M  S  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 G  F  D  A  E  K  Y  P  L  S  Q  W  L  E  K  G  L  E  E  D  K  W  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 S  E  L  N  I  M  I  S  E  F  T  N  F  V  K  N  F  E  F  H  K  A  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  W  R  E  F  V  V  E  T  L  S  H  R  Y  I  R  L  L  R  R  R  V  W  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  E  P  S  P  D  K  Y  A  A  Y  A  V  L  H  D  V  L  K  K  V  L  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 G  S  I  L  V  P  F  I  T  E  Y  L  W  Q  A  Y  V  R  K  Y  E  K  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 P  E  S  V  H  L  A  Q  Y  P  A  A  G  S  Y  D  K  E  L  I  Y  A  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  L  F  A  V  F  S  A  L  A  E  A  R  N  K  A  G  I  K  L  R  W  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 R  E  A  Y  V  N  G  A  K  Y  A  E  R  Y  T  E  L  L  K  Y  L  G  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 K  E  V  K  V  G  R  R  P  D  Y  L  C  V  K  E  G  E  L  E  V  C  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 D  K  I  E  P  E  L  Y  Y  E  A  L  A  R  E  L  I  R  R  I  Q  V  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 K  E  T  G  L  E  I  S  D  E  I  H  V  V  V  E  T  N  S  D  D  I  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 A  V  E  Q  Y  R  D  Y  I  A  R  E  T  R  A  V  K  L  I  I  D  A  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981
 Q  G  K  E  W  D  I  S  G  E  K  V  K  I  E  I  R  K  A  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

ile_arch_T_acidophilum

Class I

Archaea/Thermoplasma acidophilum/amino acid sequences/Tacidophilum_ile_aa

Archaea/Thermoplasma acidophilum/nucleotide sequences/Tacidophilum_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  L  R  E  I  D  S  E  I  L  K  Y  W  K  D  K  N  I  L  E  K  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  K  G  G  S  K  K  F  V  F  L  E  G  P  P  T  A  N  G  R  P  H  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  L  E  .  P  P  T  A  N  G  R  P  H  I  G 
------------------------CGTTTCATTTTT---GTATTCTGCGTGCTTATTGAGTGCTTCAAGGAA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  A  M  T  R  T  I  K  D  I  V  L  R  Y  N  T  M  T  D  H  K  I  Y  R 
 H  A  M  T  R  T  I  K  D  I  V  L  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  R 
GTCATCAGACAGATCGAGATGCGTGATTATCCTGTCCGTATA------------------------GACCTG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  V  G  G  W  D  C  H  G  L  P  V  E  L  E  A  E  K  H  F  G  F  H  T 
 R  V  G  .  W  D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TATCCTCCT---GAGCTCCCTTGCCAG---------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  S  E  I  V  N  F  G  V  E  K  F  N  Q  Y  C  R  E  S  I  F  R  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  R  Y  I 
------------------------------------------------------------CTCAACCATGTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  E  W  K  Q  V  D  D  L  I  G  F  S  I  D  H  N  G  D  Y  I  T  L  R 
 D  E  W  K  Q  V  D  D  L  I  .  .  .  .  D  -  -  G  D  Y  I  T  L  R 
CGGATCTAGCCGAACTCCATCGATCTCCAC------------TGA------TCTCTGCACTTCAAGGCCGTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  D  Y  M  E  S  E  W  F  A  L  K  T  M  Y  N  S  G  L  L  Y  K  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  V  V  P  Y  C  P  R  C  E  T  S  L  S  S  H  E  V  A  Q  G  Y  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  K  D  P  S  V  Y  V  R  F  K  S  A  D  E  E  N  T  Y  F  V  A  W  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  T  P  W  T  L  P  S  N  E  F  L  V  V  N  P  D  M  E  Y  S  L  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  Q  G  S  R  Y  Y  V  A  S  S  R  A  G  Y  I  F  K  E  Y  R  E  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  M  H  G  R  D  L  V  G  K  R  Y  L  Q  L  M  P  F  L  D  P  P  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  L  K  V  V  A  G  S  F  V  T  S  E  D  G  S  G  I  V  H  A  A  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  G  A  D  D  Y  Q  I  G  K  E  E  G  V  E  I  L  N  P  V  D  K  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  F  A  D  P  R  I  P  W  N  G  K  F  V  R  D  A  N  E  D  I  I  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  K  K  N  Q  M  L  L  K  S  E  K  Y  E  H  S  Y  P  F  C  Y  R  C  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  P  L  L  Y  Y  P  L  D  A  W  F  I  A  V  S  R  I  R  D  K  L  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Y  N  E  R  I  N  W  K  P  D  Y  L  K  H  G  R  F  G  N  F  L  G  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  D  W  N  L  S  R  D  R  F  W  G  T  P  L  P  A  W  R  C  K  N  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  V  F  V  G  S  R  K  E  I  E  D  L  G  G  K  V  P  E  D  L  H  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Y  I  D  E  V  R  F  K  C  P  T  C  G  E  E  M  S  R  E  P  Y  V  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D 
---------------------------------------------------------------------TGC

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 T  W  F  D  S  G  S  A  T  Y  A  A  S  H  Y  P  F  E  K  N  F  D  P  E 
 T  W  F  D  S  G  S  A  T  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCTTCCAGAGTCGAACCAAGTATCTATAAC------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 T  D  V  P  V  S  F  I  T  E  A  I  D  Q  T  R  G  W  F  Y  V  L  H  V 
 -  -  -  -  -  -  F  I  T  E  A  I  D  Q  T  R  G  .  F  Y  V  L  H  V 
------------------ATACGGCCTATGAAGGTCCTCTGGCACTTTGCC---TAGATCCTCTATCTCCTT

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  A  T  I  M  F  N  K  N  A  Y  E  S  A  L  S  I  N  F  I  L  D  A  Q 
 I  A  T  I  M  -  -  -  -  -  Y  .  S  A  L  S  I  -  -  -  -  -  -  - 
CCTGCTCCCGACGAA---------------CTT---TCTCCATGCTGGCAG---------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  R  K  M  S  K  S  K  G  N  S  V  Y  A  L  D  F  L  N  E  V  P  P  D 
 -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GAGGTTCCAGTCCTT---------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 S  L  R  L  F  F  L  Y  G  A  P  W  K  S  K  N  L  D  K  K  V  I  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 V  S  R  K  T  L  M  T  V  L  N  V  Y  S  F  F  A  Y  N  A  N  I  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 F  Q  W  N  G  L  Q  L  S  G  N  A  L  D  R  Y  M  V  S  K  V  N  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 V  R  S  S  R  D  A  Y  E  S  L  D  F  H  E  V  V  R  A  S  M  E  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 D  D  L  S  N  F  Y  L  R  L  S  R  R  R  F  W  A  E  G  F  D  D  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  S  A  Y  S  T  L  Y  Y  A  L  K  A  F  S  E  V  M  A  P  I  T  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 F  S  D  F  I  Y  L  N  L  G  G  D  K  E  S  V  H  L  E  A  F  P  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 D  S  T  L  M  D  E  K  L  E  S  E  M  D  R  A  Y  S  V  I  E  T  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 R  L  R  Q  E  N  S  I  K  G  R  Q  P  L  R  E  I  L  I  A  G  D  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  S  I  I  D  V  V  K  S  E  L  N  A  K  D  I  K  L  I  E  R  D  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 P  I  R  L  S  A  D  L  R  M  D  R  A  A  P  V  L  R  S  R  V  N  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 R  H  K  I  R  S  M  D  G  L  E  V  Q  R  Q  I  S  E  K  G  F  V  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 D  G  V  R  L  D  P  D  M  V  E  I  S  R  V  P  D  P  N  Y  A  Y  S  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 T  E  K  Y  G  I  D  V  F  I  N  K  N  I  D  R  D  G  Y  L  E  G  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 R  E  L  V  R  R  I  Q  V  M  R  K  E  M  N  L  N  Y  T  D  R  I  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 H  L  D  L  S  D  D  F  L  E  A  L  N  K  H  A  E  Y  I  K  N  E  T  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 S  D  S  I  I  T  D  K  V  E  G  M  K  L  W  E  I  N  G  E  P  V  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014
 K  I  D  L  A  R 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

ile_arch_N_equitans

Class I

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_ile_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Y  S  P  E  I  E  K  Q  I  L  E  Y  W  K  S  I  G  L  T  H  R  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  K  S  L  K  S  G  K  K  W  S  Y  L  D  G  P  P  F  A  N  D  D  I  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  Y  L  D  .  P  P  F  A  N  D  D  I  H 
------------------------------TATTAAATCTTC---GCCTTTATAATCGATACCTTCTATTTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  G  H  A  W  G  R  A  L  R  D  S  E  I  R  Y  R  L  M  R  G  Y  K  I 
 V  G  H  A  W  G  R  A  L  R  D  S  E  I  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAACTTTATAGGTTGGTATTTCTTTAGTTTTAGCTTTTTCCTCGCTTC------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  V  R  P  G  F  D  T  H  G  L  P  I  E  V  K  L  E  K  E  H  G  F  T 
 Y  V  R  P  G  F  D  T  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TATTAGGCCTTCCCTTATTAGATTGCTATC------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  K  D  D  I  I  K  Y  G  V  D  K  F  I  E  E  A  R  Q  F  A  Y  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  K  N 
---------------------------------------------------------------TTCTATCTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  N  K  Q  I  S  S  F  K  R  L  G  V  L  A  D  Y  D  N  P  Y  F  T  Y 
 I  N  K  Q  I  S  S  F  K  R  L  .  .  .  .  D  -  -  N  P  Y  F  T  Y 
TTTAGGCAATTGCTTGCTTATATACAATTTTGG------------AAT------TCCATGCTTGTTTCTTAA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  N  N  Y  I  E  R  I  W  K  I  I  K  K  A  W  E  E  G  L  L  Y  K  G 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGA---------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  Y  V  V  H  W  C  P  R  C  Q  T  A  L  A  P  N  Y  E  V  I  Y  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  E  D  P  S  I  F  V  K  F  P  L  K  N  E  D  A  Y  L  L  I  W  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  P  W  T  L  P  Y  N  L  G  V  M  V  N  P  N  A  T  Y  V  L  V  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  N  G  E  K  L  Y  I  A  K  D  R  L  I  V  L  V  T  L  G  H  K  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  L  K  E  V  Q  G  K  D  L  E  G  L  E  Y  Y  P  P  F  Y  E  E  W  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  I  Y  D  E  L  K  K  Q  Y  K  N  V  H  T  V  W  L  S  E  E  Y  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  E  E  G  T  G  L  V  H  A  A  P  G  C  G  P  E  D  F  E  V  G  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  N  V  P  P  F  N  D  L  K  E  D  G  S  F  V  R  E  P  F  K  G  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  K  K  D  D  D  K  F  I  E  L  L  E  K  K  G  L  L  F  H  K  D  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  H  N  Y  P  V  C  E  R  C  K  S  K  L  I  F  R  V  T  E  E  W  Y  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  V  T  A  Y  K  N  K  M  I  E  E  A  S  K  V  N  W  V  P  E  K  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  A  M  L  Q  W  L  S  N  I  R  D  W  A  I  S  R  Q  R  F  W  G  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  P  I  W  K  C  E  N  N  H  Y  L  V  I  S  S  K  E  E  L  E  K  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  L  T  L  K  R  F  I  I  I  V  K  H  K  E  L  D  K  D  Y  I  K  T  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  G  D  F  I  E  T  D  D  V  E  S  V  I  E  K  E  K  E  A  I  I  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 N  R  D  A  N  E  L  E  Q  K  L  K  E  K  Y  Y  V  Y  R  F  G  G  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Y  T  I  L  R  V  Y  S  Y  D  L  H  K  P  W  I  D  N  I  E  I  K  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 V  C  G  R  P  M  K  R  E  P  D  V  L  D  V  W  L  D  S  G  G  A  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  L  D  S  G  G  A  F  Y 
---------------------------------------AGGAACCCAATTGACTTTAGATGCTTCCTCAAT

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 A  T  F  D  N  E  E  A  Y  K  I  F  Y  P  F  D  F  I  L  E  G  W  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  L  E  G  W  D  Q 
------------------------------------------------TCTAAATATAAGCTTACTCTTACA

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 I  R  G  W  F  Y  S  L  L  G  E  G  V  L  Y  T  N  Q  S  P  Y  K  N  V 
 I  R  G  .  F  Y  S  L  L  G  E  G  V  L  Y  -  -  -  -  -  Y  .  N  V 
TCTCTCACA---AGGGTAATTATGCTTTATTTTGTCTTTATGGAA---------------CTC---TAATTC

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Y  V  S  G  F  V  L  D  E  Q  G  R  K  M  S  K  S  L  G  N  F  I  Y  A 
 Y  V  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  - 
TATAAATTT---------------------------TTTAAATGGCTCTCT---------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 R  E  L  M  E  K  Y  G  A  D  A  V  R  L  F  T  I  Q  A  T  G  P  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 D  L  I  L  R  I  D  G  I  K  E  K  Q  S  N  L  N  I  L  Y  N  I  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 Y  Y  F  D  Q  K  E  Y  L  K  V  N  P  E  P  K  K  L  N  I  V  D  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 V  I  Y  K  I  N  K  A  I  E  E  T  I  N  Y  F  E  N  Y  Q  I  W  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 P  K  P  L  E  E  F  W  L  E  L  S  R  F  Y  I  K  V  N  R  E  R  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 K  S  K  D  D  A  A  T  I  L  Y  V  L  K  Y  S  L  D  K  L  I  R  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 A  P  I  I  P  F  S  A  E  Y  L  Y  Q  K  M  R  D  E  L  G  Y  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 S  V  H  L  L  P  Y  P  E  P  E  K  I  E  F  Q  Y  L  E  E  I  E  I  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 K  K  V  I  E  M  A  N  S  L  R  N  K  H  G  I  G  I  R  W  P  L  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 L  Y  I  S  K  Q  L  P  K  E  I  E  E  I  L  K  E  V  L  N  V  K  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 V  Y  T  K  E  G  I  D  D  V  I  V  N  D  I  E  V  G  L  S  F  K  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 S  N  L  I  R  E  G  L  I  R  E  T  I  R  R  I  Q  E  A  R  K  K  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 L  K  K  Y  Q  P  I  K  L  K  I  E  G  I  D  Y  K  G  F  E  D  L  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 N  R  V  N  A  E  F  S  E  N  E  E  W  D  L  V  E  E  Y  N  I  K  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

61007100810091010101110121013101410151016
 K  V  K  I  F  V  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

ile_arch_P_horikoshii

Class I

Archaea/Pyrococcus horikoshii/amino acid sequences/Phorikoshii_ile_aa

Archaea/Pyrococcus horikoshii/nucleotide sequences/Phorikoshii_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  K  E  P  E  F  R  D  Y  T  P  G  K  L  E  E  K  I  E  E  F  W  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  N  N  I  Y  Q  K  I  K  E  L  R  K  N  G  P  K  Y  Y  F  L  D  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  F  L  D  .  P 
------------------------------------------------------CAAGAGCTCGCG---GTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  Y  V  S  G  A  I  H  L  G  T  A  W  N  K  I  I  K  D  M  I  I  R  F 
 P  Y  V  S  G  A  I  H  L  G  T  A  W  N  K  I  I  K  D  M  I  I  R  F 
ATCGGTTGTCTCTATTGTGACAACAATTCTATCATTGACGTCGAGGTCAAGCCTCTTTCTCATCTCTTGAAT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  T  M  Q  G  Y  N  V  W  R  Q  P  G  F  D  M  H  G  L  P  I  E  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  W  R  Q  P  G  F  D  M  H  G  -  -  -  -  -  - 
------------------------CCCTTCAGCTAGCAGTTCCCTTGTAAGGGT------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  E  Q  A  L  G  L  K  T  K  K  E  I  E  E  K  I  G  V  E  N  F  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  C  K  E  F  A  L  N  N  L  K  I  M  T  E  Q  F  K  M  L  G  I  W  M 
 -  -  -  -  -  -  L  N  N  L  K  I  M  T  E  Q  F  K  M  L  .  .  .  . 
------------------GATCTCAACATCAACCTCTCCCTTCTCGTAGAGCTCGAGCCC------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  W  D  D  P  Y  M  T  I  K  N  E  Y  I  E  S  A  W  F  T  L  K  K  A 
 D  -  -  D  P  Y  M  T  I  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCA------CACTAGCCTTGAATCTCCCTT------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 W  E  K  G  L  L  E  K  D  K  R  V  L  H  W  C  P  R  C  E  T  A  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  H  E  V  R  G  E  Y  K  L  R  K  D  P  S  I  Y  V  K  F  P  I  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  E  N  E  Y  L  L  I  W  T  T  T  P  W  T  L  P  A  N  L  A  V  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  P  E  Y  D  Y  V  K  V  K  V  E  F  N  G  K  E  E  Y  W  I  L  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  L  V  D  K  V  L  G  E  I  G  V  K  G  E  V  I  E  E  F  K  G  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  E  G  L  R  Y  I  H  V  L  M  D  E  Y  P  R  Q  K  E  F  R  E  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  W  A  H  R  I  I  L  A  D  F  V  T  L  E  E  G  T  G  L  V  H  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  G  H  G  E  E  D  F  E  V  G  K  K  Y  G  L  P  I  Y  S  P  V  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  G  R  Y  V  E  G  K  W  K  G  I  Y  V  K  E  A  D  P  Q  I  I  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  K  E  K  G  Y  L  V  K  A  G  E  I  E  H  K  Y  P  H  C  W  R  C  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  P  L  I  F  R  A  T  D  Q  W  F  L  K  V  S  K  V  K  D  R  I  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  N  D  E  K  V  T  W  Y  P  D  W  V  K  I  R  F  D  N  G  V  R  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  D  W  V  I  S  R  Q  R  Y  W  G  I  P  L  P  I  W  Q  S  E  D  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  Y  V  V  G  S  W  R  E  L  V  E  L  A  V  A  I  E  V  N  G  E  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  L  P  E  S  Y  E  E  K  L  K  V  I  E  E  K  L  G  P  E  D  L  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  Y  V  D  A  F  I  I  K  V  N  G  K  E  M  R  R  V  K  D  V  V  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V 
------------------------------------------------------------------TATAAC

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 W  F  D  S  G  I  A  S  W  A  S  L  G  Y  P  R  N  K  E  L  F  E  K  L 
 W  F  D  S  G  I  A  S  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTGAGCTTCTCCTCATAGCTTTCCGG---------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 W  P  A  D  F  I  V  E  G  E  D  Q  V  T  K  W  F  Y  S  Q  Q  A  A  S 
 -  -  -  -  F  I  V  E  G  E  D  Q  V  T  K  .  F  Y  S  Q  Q  A  A  S 
------------CCAGGAGCCAACCACGTATATTTCCCCATCCTC---CTGCCATATTGGAAGTGGAATCCC

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 V  I  A  F  D  T  V  P  Y  R  R  V  A  M  H  G  Y  V  L  D  E  K  G  D 
 V  I  A  -  -  -  -  -  Y  R  .  V  A  M  H  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCAGTAACG---------------CCAGTC---GCTGTCCCTAAC---------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 K  M  S  K  S  L  G  N  I  I  R  P  E  E  V  V  E  K  A  G  R  D  T  F 
 K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCCGGATACCACGT---------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 R  F  Y  M  L  W  A  T  N  P  W  E  N  L  K  F  S  W  K  G  V  E  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 R  R  M  L  N  I  L  W  N  V  Y  V  L  S  A  T  Y  M  S  L  D  N  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 P  R  N  V  K  V  E  E  L  A  F  R  E  E  D  K  W  I  L  S  R  V  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  I  R  E  V  E  N  G  I  E  T  F  Y  L  T  K  A  T  R  A  L  Y  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 V  V  E  D  L  S  R  W  Y  V  R  L  I  R  K  R  L  W  V  E  G  D  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 D  K  L  A  A  Y  Y  T  L  W  K  V  F  D  V  L  L  R  L  M  A  P  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 P  Y  I  T  E  E  I  Y  Q  N  L  M  R  P  F  I  G  I  E  S  V  H  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 D  W  P  K  V  D  E  S  A  V  D  E  D  L  E  K  E  M  E  F  I  R  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 V  E  A  G  S  A  A  R  Q  K  A  R  I  K  L  R  Y  P  V  R  K  I  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 E  T  Q  D  E  T  V  K  K  A  V  E  R  L  N  Y  I  L  R  D  Q  L  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 K  E  V  V  I  G  K  V  E  R  E  L  T  V  K  P  N  F  A  K  V  G  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 F  K  G  D  S  R  L  V  A  K  W  I  N  E  H  G  L  E  L  Y  E  K  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 V  D  V  E  I  E  G  K  K  F  H  L  T  R  E  H  I  I  V  E  E  K  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 D  F  L  V  A  E  D  F  E  G  G  R  V  Y  V  D  K  T  L  T  R  E  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 A  E  G  L  A  R  E  F  V  R  R  I  Q  E  M  R  K  R  L  D  L  D  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 D  R  I  V  V  T  I  E  T  T  D  D  N  R  E  L  L  Q  E  N  L  D  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 M  R  E  T  R  A  I  E  V  R  F  E  E  A  K  G  Y  V  V  E  W  P  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 Q  A  K  I  G  I  E  K  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

ile_arch_M_acetivorans

Class I

Archaea/Methanosarcina acetivorans/amino acid sequences/Methanosarcina_acetivorans_ile_aa

Archaea/Methanosarcina acetivorans/nucleotide sequences/Methanosarcina_acetivorans_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  K  E  I  T  A  K  Y  N  A  E  Q  I  E  K  K  V  T  Q  F  W  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  D  A  Y  R  K  T  R  E  R  R  K  T  G  K  R  L  F  F  V  D  G  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  F  V  D  .  P  P 
---------------------------------------------------CAGGTCCTTCAA---TTCAAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  T  T  G  H  I  H  L  G  T  A  W  N  K  I  I  K  D  T  I  L  R  Y  Y 
 Y  T  T  G  H  I  H  L  G  T  A  W  N  K  I  I  K  D  T  I  L  R  Y  - 
GAGCGCTAAGACCTTTTCGGCCTCGATCCTGACAGAGACGCGGATGTTTTCGTCCACAACAAGGTCGAG---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  M  N  N  R  Y  I  L  E  R  P  G  W  D  M  H  G  L  P  I  E  V  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  L  E  R  P  G  W  D  M  H  G  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------GCGGATGACTTCCCTTGCATATCCTTCAGC---------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  G  V  L  G  F  K  S  K  K  D  I  E  S  F  G  V  E  N  F  I  E  K  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  E  F  A  I  T  Q  K  Q  A  M  T  E  Q  F  Q  R  L  G  V  W  M  Q  W 
 -  -  -  -  I  T  Q  K  Q  A  M  T  E  Q  F  Q  R  L  .  .  .  .  Q  - 
------------GGTGACTGGAACAGTGGTCCCGTCAGCCAGTGTGAGTTCAAA------------GGC---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  E  P  Y  M  T  L  K  D  D  Y  I  E  A  A  W  W  T  L  K  Q  A  H  E 
 -  E  P  Y  M  T  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TTTCTTTAAAGTAAAACCCTC------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  D  L  L  E  V  G  K  R  S  V  N  W  C  P  R  C  E  T  A  I  A  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  V  E  Y  S  E  R  T  D  P  S  I  Y  V  K  F  K  V  K  G  E  E  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  I  V  I  W  T  T  T  P  W  T  I  P  A  N  V  A  V  A  V  H  P  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  Y  S  K  F  R  A  I  R  Q  D  G  S  E  E  I  L  I  A  A  T  E  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  N  V  L  K  Q  G  R  Y  A  D  F  K  V  L  E  T  M  L  G  E  E  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  L  E  Y  E  S  P  V  G  D  L  V  P  I  Q  N  E  I  K  H  G  V  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  D  F  V  T  V  E  N  T  G  C  V  H  I  A  P  G  H  G  M  D  D  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  G  V  K  H  K  L  P  I  L  C  P  V  G  S  N  G  A  Y  T  E  E  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  Y  A  G  K  N  V  R  E  A  N  P  I  V  I  E  D  L  K  A  R  N  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  A  E  G  T  V  T  H  R  Y  G  H  C  W  R  C  K  T  P  I  I  Y  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  E  Q  W  F  L  K  I  T  E  I  K  E  K  M  L  E  E  I  D  A  V  D  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  P  D  W  A  G  S  A  R  F  R  T  W  V  E  G  A  R  D  W  C  I  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Q  R  Y  W  G  I  P  L  P  V  W  K  C  K  K  C  G  K  L  E  V  I  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  A  E  L  L  E  K  A  G  L  S  G  D  I  E  L  H  R  P  Y  V  D  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 T  V  P  C  E  C  G  G  E  K  K  R  V  E  D  V  F  D  V  W  F  D  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  F  D  S  A 
---------------------------------------------------CGGGAACTTCAGGGTTGCCCA

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  A  S  W  A  T  L  K  F  P  Q  T  H  D  Q  F  D  E  W  W  P  A  D  F 
 V  A  S  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F 
GGAAGCAACAGC---------------------------------------------------------ACA

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  T  E  G  H  D  Q  T  R  G  W  F  Y  S  Q  L  G  A  S  M  V  G  F  G 
 V  T  E  G  H  D  Q  T  R  G  .  F  Y  S  Q  L  G  A  S  M  V  G  -  - 
GGGCACGGTAACCCTGTCCACATAGGGACG---CAGTTCGATGTCCCCGCTTAACCCTGCCTTTTC------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  A  P  Y  K  S  V  L  M  H  G  F  T  L  D  A  G  G  K  K  M  S  K  S 
 -  -  -  Y  .  S  V  L  M  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S 
---------TGT---TATTACCTCAAGTTT---------------------------GAGCGGAATTCCCCA

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  G  N  V  V  S  P  L  D  I  I  D  R  L  G  A  D  T  L  R  A  Y  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 S  S  S  A  P  W  E  D  L  K  Y  N  L  E  E  V  E  T  V  H  R  S  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 I  L  W  N  V  F  R  F  P  L  P  Y  M  A  L  D  N  F  D  P  M  Q  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 L  D  S  V  K  D  A  L  R  E  E  D  R  W  I  L  S  R  A  Q  S  V  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 A  V  N  E  A  M  S  G  Y  L  L  H  K  A  V  R  E  I  L  E  F  A  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 D  L  S  R  W  Y  I  Q  L  I  R  P  R  T  W  T  E  A  D  D  P  D  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  A  Y  C  V  L  Y  E  V  Y  V  T  I  T  K  L  I  S  P  F  M  P  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 A  E  E  M  Y  Q  N  L  I  R  N  V  D  P  N  A  P  E  S  V  H  M  C  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 W  P  K  V  N  D  T  Y  L  D  P  E  L  E  V  A  M  D  T  V  R  S  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  A  A  S  N  A  R  Q  K  A  G  R  K  L  R  W  P  V  S  R  I  I  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 P  E  S  E  A  A  A  K  A  V  N  R  L  G  S  V  L  M  D  Q  T  N  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 A  I  V  L  T  G  V  G  K  S  W  D  E  L  G  L  E  V  I  P  D  P  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 I  G  P  V  F  K  K  D  A  G  R  V  I  P  A  L  Q  K  V  E  G  F  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 K  K  A  F  A  E  T  G  E  F  E  L  T  L  A  D  G  T  T  V  P  V  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 G  M  A  N  F  K  E  T  L  P  E  G  T  A  S  A  E  S  D  A  G  L  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 V  D  A  N  L  T  P  E  L  E  A  E  G  Y  A  R  E  V  I  R  R  L  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 M  R  K  E  L  D  L  V  V  D  E  N  I  R  V  S  V  R  I  E  A  E  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 L  A  L  V  E  T  L  K  D  L  I  A  E  E  V  R  A  D  V  F  D  L  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 S  I  E  V  S  G  T  L  V  K  D  W  D  V  E  G  T  A  M  K  M  G  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

21043104410451046104710481049105010511052105310541055105610571058
 K  K 
 -  - 
------

ile_bact_R_marinus

Class I

Archaea/Rhodothermus marinus/amino acid sequences/Rmarinus_ile_aa

Archaea/Rhodothermus marinus/nucleotide sequences/Rmarinus_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  R  F  K  Q  V  E  Q  F  R  H  P  E  I  E  H  E  V  L  R  W  W  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  R  Q  I  F  P  R  S  I  A  Q  R  E  N  G  P  T  F  S  F  Y  E  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  F  Y  E  .  P 
------------------------------------------------------TCCTTCTACGAA---CCG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  T  A  N  G  K  P  G  I  H  H  V  L  A  R  T  I  K  D  I  F  C  R  Y 
 P  T  A  N  G  K  P  G  I  H  H  V  L  A  R  T  I  K  D  I  F  C  R  Y 
CCCACGGCCAACGGCAAGCCCGGCATCCATCACGTCCTGGCCCGGACGATCAAGGACATCTTCTGCCGCTAC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  T  M  K  G  F  R  V  E  R  K  A  G  W  D  T  H  G  L  P  V  E  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  E  R  K  A  G  W  D  T  H  G  -  -  -  -  -  - 
------------------------GAGCGGAAGGCGGGCTGGGACACGCACGGG------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  E  K  E  L  G  L  E  G  R  A  Q  V  E  A  F  G  I  E  K  Y  N  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 C  R  R  S  V  L  R  Y  K  E  L  W  D  Q  L  T  E  R  I  G  Y  W  V  D 
 -  -  -  -  -  L  R  Y  K  E  L  W  D  Q  L  T  E  R  I  .  .  .  .  D 
---------------CTGCGCTACAAGGAACTCTGGGACCAGCTCACGGAGCGGATC------------GAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  E  H  P  Y  I  T  F  E  N  T  Y  I  E  T  V  W  W  L  I  K  Q  I  Y 
 -  -  H  P  Y  I  T  F  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CACCCGTACATCACATTCGAG---------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  K  G  L  L  Y  K  G  Y  K  I  Q  W  Y  S  P  G  S  G  T  V  L  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 H  E  V  S  L  G  Y  K  E  V  D  D  P  S  A  Y  V  R  F  P  V  L  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  R  T  Y  L  L  A  W  T  T  T  P  W  T  L  I  S  N  V  A  L  A  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  D  I  T  Y  V  K  V  R  R  E  D  P  E  R  G  T  E  Y  L  I  L  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  R  L  D  V  L  R  D  E  S  V  E  V  V  E  T  F  P  G  R  A  L  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  R  Y  E  P  L  F  P  Y  F  K  D  R  F  K  E  G  E  A  W  R  V  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  D  F  V  S  T  E  E  G  T  G  I  V  H  L  A  P  A  F  G  A  E  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  A  A  Q  K  E  G  L  P  L  I  N  P  I  T  P  E  G  T  F  T  D  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  L  V  A  G  L  W  F  K  D  A  D  K  V  I  L  R  D  L  R  Q  R  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  F  R  Q  E  T  Y  R  H  N  Y  P  H  D  W  R  K  G  T  P  L  M  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  V  E  S  W  F  I  R  T  T  A  V  K  D  R  M  I  A  L  N  E  T  I  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 W  H  P  P  S  I  G  E  G  R  F  G  E  W  L  R  N  N  V  D  W  A  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  Q  R  Y  W  G  T  P  L  P  I  W  Q  S  D  R  N  P  D  Y  I  E  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  S  I  E  E  L  R  Q  K  L  G  G  T  F  P  P  E  A  Y  N  P  E  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  L  D  L  H  R  P  F  V  D  R  L  T  W  P  A  P  D  G  G  T  M  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  P  D  L  I  D  V  W  F  D  S  G  A  M  P  F  A  Q  W  H  Y  P  F  E 
 -  -  -  -  -  D  V  W  F  D  S  G  A  M  P  F  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GACGTCTGGTTCGACTCGGGGGCCATGCCCTTC------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 N  Q  E  A  F  R  R  T  F  P  A  D  F  I  A  E  G  V  D  Q  T  R  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  A  E  G  V  D  Q  T  R  G  . 
------------------------------------TTCATCGCCGAAGGCGTCGATCAGACGCGTGGC---

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 F  Y  T  L  H  A  I  A  T  M  V  M  D  S  V  A  F  R  H  V  V  V  N  G 
 F  Y  T  L  H  A  I  A  T  M  V  -  -  -  -  -  F  .  H  V  V  V  N  - 
TTCTACACGCTGCACGCTATCGCCACGATGGTG---------------TTC---CACGTGGTGGTCAAC---

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  V  L  D  E  K  G  E  K  M  S  K  S  K  G  N  V  V  D  P  F  D  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------AAGATGTCCAAGTCG---------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 E  R  Y  G  A  D  P  V  R  W  Y  M  I  S  N  A  P  P  W  E  N  I  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 S  E  R  E  L  D  A  T  R  R  R  F  F  N  T  L  E  N  V  Y  A  F  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 T  Y  A  N  V  D  G  F  V  Y  P  A  E  R  M  P  V  G  E  R  T  E  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 R  W  I  I  S  R  L  N  S  T  V  A  E  V  E  A  A  Y  E  D  Y  H  P  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 R  A  A  R  A  I  E  R  F  V  D  E  L  S  N  W  Y  V  R  R  S  R  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 F  W  S  A  R  T  G  E  Q  E  N  E  R  D  K  Q  A  A  Y  Q  T  V  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 C  L  E  T  T  A  L  L  M  A  P  I  A  P  F  F  S  E  W  L  Y  R  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 Q  E  G  S  E  V  K  G  P  E  S  V  H  L  A  D  F  P  K  V  D  R  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 I  D  P  V  L  E  Q  R  M  A  L  A  R  T  I  V  S  I  V  L  A  L  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 Q  A  R  I  N  V  R  Q  P  L  P  R  I  L  V  V  T  G  T  G  V  D  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 V  V  E  S  V  R  P  L  I  L  E  E  V  N  V  K  D  I  E  Y  V  E  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 S  R  V  V  R  R  T  A  R  P  N  Y  P  R  L  G  K  R  L  G  K  L  M  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 G  V  A  A  R  V  A  Q  L  T  E  E  E  I  D  R  Y  L  R  E  G  K  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 L  E  V  D  G  Q  Q  V  E  L  G  P  E  D  L  E  I  K  S  E  G  I  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 W  L  V  G  Q  E  D  G  V  T  V  A  L  D  T  N  R  T  E  E  L  M  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 G  L  A  R  E  A  I  N  R  I  Q  N  L  R  K  K  A  G  F  E  V  T  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 I  V  V  S  Y  R  A  E  G  Q  L  A  R  A  L  A  R  H  A  D  W  I  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 E  T  L  A  V  A  L  Q  P  S  E  Q  P  T  G  T  H  V  E  T  F  D  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 G  E  T  F  T  V  G  V  Q  R  V  P  V  A  T  T  T  G  Q  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

ile_arch_S_marinus

Class I

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_ile_aa

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  I  I  G  K  L  K  G  Q  Y  D  P  H  K  V  E  E  W  V  K  R  F  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  E  N  Q  I  Y  K  L  V  K  E  K  S  D  R  S  I  L  R  F  N  F  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  F  I  D 
------------------------------------------------------------AACTTTATAGAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  P  P  Y  P  S  G  D  V  P  H  I  G  T  A  W  N  K  T  L  K  D  I  V 
 .  P  P  Y  P  S  G  .  V  P  H  I  G  T  A  W  N  K  T  L  K  D  I  V 
---CCACCTTATCCAAGCGGT---GTCCCTCATATTGGTACAGCTTGGAATAAAACGTTAAAAGACATTGTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  R  Y  K  R  M  R  G  Y  N  V  F  D  R  P  G  Y  D  C  H  G  L  P  I 
 L  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  F  D  R  P  G  Y  D  C  H  G  -  -  - 
CTCCGCTAT------------------------TTTGATAGGCCGGGATATGATTGTCATGGT---------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  V  K  V  E  Q  K  L  G  V  K  V  K  R  E  I  E  E  K  I  G  V  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  V  N  E  C  K  K  L  V  F  N  N  I  K  S  L  T  K  W  F  K  E  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  N  N  I  K  S  L  T  K  W  F  K  E  L  . 
---------------------------TTTAACAATATTAAGAGCTTGACTAAATGGTTTAAAGAACTA---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  F  M  D  W  E  N  P  Y  L  T  L  R  D  E  Y  I  E  A  G  W  W  L  I 
 .  .  .  D  -  -  N  P  Y  L  T  L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GAT------AATCCGTATCTAACCCTTAGA---------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  K  A  A  E  Q  G  L  L  D  R  E  E  R  V  V  Y  W  C  P  R  C  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  L  A  E  Y  E  V  E  Y  K  V  L  T  D  P  S  I  Y  V  K  F  P  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  R  E  K  E  Y  L  L  I  W  T  T  T  P  W  T  L  P  A  N  T  F  V  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  H  P  D  I  T  Y  V  R  V  R  V  G  E  E  V  Y  I  L  A  K  P  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  K  V  M  S  E  A  G  I  K  E  Y  E  V  L  E  E  F  P  G  K  K  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  L  E  Y  D  H  P  L  I  D  I  V  P  L  Q  E  K  L  S  K  Y  H  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  M  A  P  E  F  V  T  T  T  E  G  T  G  L  V  H  G  A  P  G  H  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  D  F  T  V  A  K  K  I  G  I  D  F  I  A  S  P  I  D  D  E  G  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  N  V  A  G  K  Y  A  G  K  K  V  R  E  A  N  P  E  I  I  K  D  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  R  G  A  L  L  H  A  S  Q  I  T  H  K  Y  P  V  C  W  R  C  K  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  V  M  R  A  T  K  Q  W  V  L  R  V  T  K  L  K  E  K  L  I  N  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  K  V  N  W  I  P  D  W  A  L  D  R  M  M  H  M  L  E  N  L  Q  D  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  I  S  R  Q  R  Y  W  G  T  P  L  P  I  W  E  C  P  E  G  H  R  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  G  S  I  N  E  L  E  K  H  G  G  K  K  P  K  E  L  H  R  P  W  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  V  E  I  K  C  P  I  C  G  R  P  M  K  R  V  P  D  V  M  D  V  W  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  F 
------------------------------------------------------------GATGTATGGTTT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  S  A  I  S  F  Y  A  A  N  G  H  P  E  K  L  R  L  E  D  V  I  L  D 
 D  S  A  I  S  F  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACAGCGCCATCTCATTCTAT---------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 F  I  V  E  G  H  D  Q  I  R  G  W  F  F  S  L  L  R  A  G  V  L  G  F 
 F  I  V  E  G  H  D  Q  I  R  G  .  F  F  S  L  L  R  A  G  V  L  G  - 
TTTATAGTGGAAGGCCATGATCAAATACGTGGA---TTTTTCTCACTACTACGAGCAGGAGTCCTGGGT---

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 Q  S  K  P  Y  N  T  V  L  V  H  G  F  A  L  D  E  H  G  R  E  M  H  K 
 -  -  -  -  Y  .  T  V  L  V  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  M  H  K 
------------TAT---ACGGTCTTAGTTCAT---------------------------GAAATGCATAAG

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 S  L  G  N  Y  V  G  T  D  E  A  I  E  R  A  G  R  D  P  L  R  F  W  V 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGT---------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 S  Q  N  T  V  W  E  D  L  R  F  S  W  R  G  I  D  E  I  R  R  D  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 I  A  W  N  T  F  V  F  A  S  T  Y  M  N  L  D  K  Y  D  P  L  Q  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 I  D  D  Y  K  E  F  L  R  Y  E  D  K  W  L  L  S  R  I  N  S  I  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 K  I  T  E  S  L  E  K  Y  Y  I  H  E  A  A  R  E  L  R  K  F  I  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 D  V  S  H  W  Y  I  R  L  I  R  P  R  V  W  V  E  E  N  T  P  D  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  A  Y  S  V  L  Y  Y  V  L  E  K  W  L  R  M  M  A  P  F  T  P  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 A  E  K  I  Y  Q  E  V  F  R  K  A  N  P  E  L  P  L  S  I  H  L  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 W  P  S  I  D  D  E  Y  I  D  E  D  L  E  K  I  M  N  V  I  R  E  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  A  A  A  A  A  R  M  K  A  G  I  K  L  R  Q  P  V  K  S  L  T  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 T  D  R  E  R  I  R  E  V  T  R  K  Y  S  G  L  L  A  R  L  V  N  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 K  V  E  A  K  Q  V  A  E  I  G  K  I  V  K  Y  K  V  S  P  I  Y  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 I  G  P  L  Y  R  K  L  A  K  K  V  I  N  Y  I  M  E  N  Q  E  S  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 R  D  I  I  R  K  G  E  H  T  A  Y  I  E  G  Q  E  I  K  L  T  K  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 V  L  I  T  P  S  Y  V  E  G  Y  S  V  E  E  R  E  W  G  S  V  A  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 T  R  L  S  K  E  E  I  A  E  G  L  A  R  D  I  I  R  R  I  Q  V  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 K  E  I  N  L  P  L  D  A  K  I  E  T  Y  I  Y  A  P  R  K  H  V  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 L  K  P  Y  T  E  Y  I  K  N  E  T  R  S  E  K  L  T  Y  L  D  T  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 Q  L  E  K  I  Q  G  Y  R  K  E  W  E  I  Q  G  E  Q  Y  I  I  V  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

21043104410451046104710481049105010511052105310541055105610571058
 Q  L 
 -  - 
------

ile_arch_M_jannaschii

Class I

Archaea/Methanococcus jannaschii/amino acid sequences/Mjannaschii_ile_aa

Archaea/Methanococcus jannaschii/nucleotide sequences/Mjannaschii_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  K  V  E  P  V  N  F  R  E  L  D  K  K  I  K  K  F  W  E  E  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  Y  Q  K  V  K  K  K  N  E  R  N  K  E  F  Y  F  V  D  G  P  P  Y  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  F  V  D  .  P  P  Y  C 
---------------------------------------------TTCCCTCTCAAT---CTCCTTAAATTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  G  A  I  H  L  G  T  A  W  N  K  I  I  K  D  T  Y  L  R  F  K  R  M 
 S  G  A  I  H  L  G  T  A  W  N  K  I  I  K  D  T  Y  L  R  F  -  -  - 
ATCTAAGTCAATGCCCTCAACTTTAATTTTAATCTTCTCCTCAATATCTAAATCCATATCCTT---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  G  Y  N  V  L  D  K  A  G  W  D  M  H  G  L  P  I  E  V  K  V  E  N 
 -  -  -  -  -  L  D  K  A  G  W  D  M  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AACCTCTCTCATTAGCCCCTCTTTTATCAA---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  F  G  I  K  N  K  K  E  I  E  T  K  I  G  V  K  Q  F  I  E  K  C  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  F  A  L  K  H  K  E  I  M  E  K  Q  F  K  N  L  G  V  W  L  D  W  E 
 -  -  -  L  K  H  K  E  I  M  E  K  Q  F  K  N  L  .  .  .  .  D  -  - 
---------ATATCCATCTAATATTACAGCTCCTTCTTTCAACCTCTCCAT------------ATC------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  A  Y  M  P  I  T  K  E  Y  M  E  I  G  W  W  T  L  K  V  A  H  E  K 
 N  A  Y  M  P  I  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTTAATGCCTCAACAACCTT---------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  L  L  T  R  D  L  R  V  V  Y  W  C  P  R  C  E  T  A  L  A  E  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  R  G  E  Y  K  E  V  Y  D  P  S  V  Y  V  K  F  R  L  A  N  E  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  Y  I  V  I  W  T  T  T  P  W  T  L  V  A  N  L  A  V  T  V  H  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  D  Y  A  Y  V  E  V  E  F  D  D  K  K  E  V  W  I  I  A  E  K  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  E  V  I  N  K  A  K  K  F  H  N  I  K  N  Y  K  I  I  K  K  V  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  E  L  E  G  I  K  Y  I  H  P  L  L  E  E  N  E  R  Q  K  E  F  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  E  N  A  H  T  V  I  L  G  E  H  V  T  L  E  G  G  T  G  L  V  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  P  G  H  G  E  E  D  F  E  V  G  K  K  Y  N  L  P  I  Y  S  P  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  E  G  K  Y  V  E  G  K  W  K  G  V  F  V  K  D  A  D  A  E  I  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  L  K  N  K  G  L  L  V  Y  A  G  K  I  K  H  S  Y  P  H  C  W  R  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  T  P  L  L  F  R  A  T  E  Q  W  F  L  E  I  S  K  I  K  D  N  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  H  A  K  T  V  Q  W  I  P  H  W  V  E  T  R  Y  I  N  G  V  K  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  D  W  N  I  S  R  Q  R  Y  W  G  I  P  I  P  V  W  V  C  E  K  C  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  Y  I  V  V  G  S  V  E  E  L  E  E  K  M  I  N  K  D  E  V  G  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 N  D  L  H  K  P  T  V  D  K  I  K  L  R  C  E  C  G  G  E  M  K  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  D  V  L  D  V  W  F  D  S  G  L  A  P  Y  A  S  I  G  V  K  E  L  K 
 -  -  -  -  D  V  W  F  D  S  G  L  A  P  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GTGTAAATCATTAATCTCTCCAACTTCATCTTT---------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 K  A  D  F  I  T  E  G  H  D  Q  V  T  K  W  F  Y  S  Q  H  A  L  S  A 
 -  -  -  F  I  T  E  G  H  D  Q  V  T  K  .  F  Y  S  Q  H  A  L  S  A 
---------TACAACAATGTATTTTCCACACTTCTCACACAC---TACTGGAATAGGGATTCCCCAGTATCT

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 I  V  F  N  D  I  P  Y  K  K  C  L  M  H  G  F  T  L  D  E  H  G  D  K 
 I  V  -  -  -  -  -  Y  K  .  C  L  M  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
CTGCCT---------------TCCAAC---CTTAACTCCATT---------------------------TAT

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 M  S  K  S  L  G  N  V  V  N  P  D  D  V  V  E  K  Y  G  A  D  L  L  R 
 M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCACTGAACTGT------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 F  Y  L  L  S  A  N  K  V  W  E  D  L  R  F  V  W  S  E  M  D  D  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 S  L  F  N  T  L  W  N  A  Y  M  F  A  V  N  Y  M  V  L  D  N  F  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 D  E  K  Y  F  E  Y  L  K  D  E  D  R  W  I  V  S  R  I  N  S  V  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 I  A  I  E  N  L  E  V  P  Y  F  H  T  Y  T  W  T  L  K  D  F  I  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 D  L  S  R  W  Y  I  R  L  I  R  D  R  T  W  K  E  K  D  D  A  D  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  A  Y  Q  T  L  Y  Y  V  L  L  K  L  A  T  I  L  A  P  V  A  P  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 A  E  A  I  Y  Q  N  L  K  T  E  D  M  E  E  S  I  F  M  N  K  I  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 D  E  E  F  I  D  E  E  L  E  R  D  M  A  I  V  R  D  V  V  D  A  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 R  G  R  D  R  I  K  Y  T  L  R  Y  P  L  K  E  I  T  I  A  G  G  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 V  K  K  A  V  E  R  F  E  Y  I  I  K  E  Q  G  N  V  K  N  I  K  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 E  V  E  G  S  K  Y  I  I  K  P  N  Y  R  E  L  G  K  R  Y  R  S  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 P  K  V  V  E  A  L  N  K  A  D  A  K  E  L  M  E  R  L  K  E  G  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 I  L  D  G  Y  E  I  K  P  E  Y  V  E  I  R  L  E  I  P  E  H  I  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 V  E  F  S  K  G  T  V  F  I  N  T  E  I  T  D  D  L  I  K  E  G  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 R  E  V  I  R  R  I  Q  A  M  R  K  D  M  D  L  D  I  E  E  K  I  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 K  V  E  G  I  D  L  D  E  F  K  E  I  I  E  R  E  V  R  G  Q  F  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 E  I  K  A  D  Y  E  K  D  W  E  I  K  T  P  N  G  E  K  Y  N  V  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

4102510261027102810291030103110321033103410351036103710381039
 A  I  E  R  I  N  K 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

ile_arch_P_occultum

Class I

Archaea/Pyrodictium occultum/amino acid sequences/Poccultum_ile_aa

Archaea/Pyrodictium occultum/nucleotide sequences/Poccultum_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  R  S  Y  S  P  L  E  V  E  E  W  V  L  R  F  W  D  K  N  K  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  K  V  K  R  M  T  W  D  E  R  P  N  A  P  L  F  A  F  L  E  G  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  F  L  E  .  P  P 
---------------------------------------------------CCTCTCCACCGC---CCGCAG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  A  N  G  F  M  H  V  G  H  A  R  G  R  T  L  K  D  V  K  L  R  Y  A 
 T  A  N  G  F  M  H  V  G  H  A  R  G  R  T  L  K  D  V  K  L  R  Y  - 
CTTCCCCGTGGCGTAGACTAGGAGCCTCCTAGCGGTGTGGTCTACGGGGAGGTCCAGCTCCTTCCTGAG---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  M  R  G  Y  R  V  W  D  Q  A  G  W  D  T  Q  G  L  P  V  E  L  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  W  D  Q  A  G  W  D  T  Q  G  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------CCTGGCGAGGCCCTCCAGCATAGTCTCCTC---------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  K  K  L  G  M  R  S  K  R  D  I  E  R  Y  G  V  D  R  F  I  E  E  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  R  L  V  D  Y  Y  I  E  H  W  E  R  A  S  K  R  L  G  L  W  L  D  Y 
 -  -  -  -  D  Y  Y  I  E  H  W  E  R  A  S  K  R  L  .  .  .  .  D  - 
------------GGCGAACCTGGCTAGCACGTCAGCTGCCTCCCGCAGCCTCTC------------GGA---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  H  A  Y  Q  T  R  H  P  R  Y  I  E  A  I  W  E  F  I  K  K  A  H  E 
 -  H  A  Y  Q  T  R  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CTTGGCTGCTATAGCGGCGCG------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  G  L  L  Y  E  G  R  R  V  V  P  R  C  P  R  C  G  T  A  L  S  S  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  V  A  Q  G  Y  Q  E  V  D  D  P  S  V  Y  F  K  L  P  L  E  G  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  T  Y  L  V  A  W  T  T  T  P  W  T  I  I  A  N  E  A  A  A  V  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  E  W  Y  V  F  I  S  V  G  D  E  I  W  V  V  A  E  K  R  L  E  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  R  E  V  G  L  E  K  Y  M  V  V  E  R  V  K  G  A  T  L  A  G  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  R  H  P  L  A  E  E  V  P  Y  H  Q  R  H  E  P  P  Y  H  T  V  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  N  W  V  T  M  E  D  G  T  G  V  V  H  L  A  P  A  H  G  P  E  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  E  C  S  K  R  G  I  E  A  Y  T  P  L  R  E  D  G  Y  F  G  P  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  A  F  K  G  M  W  F  E  D  A  G  E  K  V  I  E  V  L  R  G  K  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  V  H  A  G  T  V  R  H  E  Y  P  F  C  W  R  C  G  T  R  L  F  Y  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  S  R  Q  W  F  I  R  I  T  D  E  I  R  R  K  M  V  D  G  V  R  S  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  W  A  P  S  W  A  A  R  R  M  S  D  W  V  E  N  A  R  D  W  C  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  E  R  Y  W  G  T  P  L  P  V  W  R  C  T  S  C  G  H  T  V  V  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 S  L  E  E  L  R  R  L  A  V  D  P  S  S  V  P  D  D  L  H  R  P  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  R  V  E  L  R  C  P  K  C  G  G  V  M  R  R  E  P  F  V  V  D  V  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W 
---------------------------------------------------------------CCAGTACCG

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 M  D  S  G  V  A  H  T  A  A  L  K  Q  Y  G  W  L  R  L  W  D  Q  L  Y 
 M  D  S  G  V  A  H  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCGCGGCTTATACACCAGTCGCG------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 P  Y  T  W  I  T  E  A  A  D  Q  T  R  G  W  F  Y  T  L  L  V  T  G  V 
 -  -  -  W  I  T  E  A  A  D  Q  T  R  G  .  F  Y  T  L  L  V  T  G  V 
---------CGAGCGTACCCCGTCGACCATCTTCCTCCGGAT---GTCCGTTATCCTTATGAACCACTGGCG

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 V  W  H  G  K  A  P  Y  R  S  V  L  L  Q  G  H  V  L  D  K  E  G  K  K 
 V  W  -  -  -  -  -  Y  .  S  V  L  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
GGACGC---------------GGT---GCAGCGCCAGCAGAA---------------------------GTG

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 M  S  K  S  K  G  N  V  V  W  A  L  E  W  M  E  K  H  G  A  D  P  M  R 
 M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACTAGGAGCCC------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 M  L  L  L  S  R  A  P  W  D  S  V  N  F  D  P  D  E  V  E  R  Y  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Y  L  N  I  L  W  N  T  V  K  F  A  D  T  Y  M  E  L  D  K  W  S  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 P  P  E  P  G  R  L  Q  A  E  D  R  W  I  I  Y  R  L  S  Q  A  L  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 V  E  E  A  V  E  N  D  N  M  H  Q  A  L  Q  T  L  V  D  L  V  V  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  S  H  R  Y  I  P  L  V  R  P  R  V  W  E  E  E  A  T  E  S  K  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  Y  A  T  L  Y  Y  V  L  R  R  T  I  A  A  M  A  P  F  T  P  F  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 E  Y  L  Y  Q  A  F  V  K  K  Y  E  P  G  A  P  E  S  V  H  M  L  E  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 P  S  V  D  E  K  L  L  D  E  E  S  Y  L  A  V  E  E  A  L  E  A  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 K  V  L  A  L  R  S  E  R  R  L  K  R  R  W  P  L  R  R  A  A  I  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 K  P  G  S  S  L  P  V  E  R  L  R  E  A  A  D  V  L  A  R  F  A  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 K  A  V  E  V  V  D  S  E  P  G  W  A  P  R  A  E  K  I  E  T  S  S  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 T  V  Y  V  D  M  Q  L  D  E  E  T  M  L  E  G  L  A  R  E  V  I  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 A  Q  V  L  R  K  E  L  D  L  P  V  D  H  T  A  R  R  L  L  V  Y  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 G  K  L  R  E  A  V  E  R  H  R  E  L  I  A  R  E  V  R  V  G  S  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 L  A  S  S  P  P  R  D  G  K  K  W  R  I  E  G  E  E  L  V  L  S  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985
 P 
 - 
---

ile_arch_Halobacterium

Class I

Archaea/Halobacterium sp./amino acid sequences/Halobacterium_ile_aa

Archaea/Halobacterium sp./nucleotide sequences/Halobacterium_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  R  F  G  D  E  P  D  Q  Y  E  P  A  D  V  E  D  R  V  F  D  Y  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  A  V  D  A  Y  E  Q  T  R  E  H  R  A  D  G  E  D  F  F  F  V  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  F  V  D  . 
---------------------------------------------------------TTCTTCGTCGAC---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  P  Y  T  S  G  A  A  H  M  G  H  A  W  N  K  S  L  K  D  A  Y  I  R 
 P  P  Y  T  S  G  A  A  H  M  G  H  A  W  N  K  S  L  K  D  A  Y  I  R 
CCGCCGTACACGTCGGGCGCCGCCCACATGGGTCACGCCTGGAACAAGAGCCTGAAGGACGCCTACATCCGG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  K  R  M  Q  G  Y  D  V  T  D  R  P  G  Y  D  M  H  G  L  P  I  E  T 
 Y  -  -  -  -  -  -  -  -  T  D  R  P  G  Y  D  M  H  G  -  -  -  -  - 
TAC------------------------ACGGACCGGCCGGGCTACGACATGCACGGG---------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  V  E  E  E  L  G  F  E  S  K  K  D  I  E  E  Y  G  E  Q  N  F  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  C  K  E  F  A  E  E  S  L  A  Q  L  Q  S  D  F  Q  S  F  G  V  W  M 
 -  -  -  -  -  -  E  E  S  L  A  Q  L  Q  S  D  F  Q  S  F  .  .  .  . 
------------------GAGGAGAGCCTCGCGCAACTCCAGTCGGACTTCCAGAGCTTC------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  W  E  N  P  Y  R  T  I  D  S  S  Y  M  E  S  A  W  W  A  F  D  Q  V 
 D  -  -  N  P  Y  R  T  I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAC------AACCCGTACCGGACCATCGAC------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 H  E  R  D  L  V  E  R  G  K  R  S  I  S  Q  C  P  R  C  E  T  A  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  N  E  V  E  Y  E  D  V  E  D  P  S  I  Y  V  T  F  D  L  D  D  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  R  L  V  I  W  T  T  T  P  W  T  I  P  A  N  E  F  V  A  V  D  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  T  Y  Q  K  V  R  A  T  R  D  G  E  E  H  V  L  Y  L  A  E  E  C  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  D  V  L  S  V  G  R  Y  D  D  Y  E  V  E  E  S  L  Q  G  S  D  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  W  S  Y  T  P  P  L  V  E  E  V  P  A  N  P  A  D  A  E  G  V  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  Y  H  G  D  W  V  E  V  D  R  T  G  L  V  H  S  A  P  G  H  G  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  F  E  R  G  E  E  L  G  L  P  V  F  C  P  V  G  E  N  G  V  Y  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  G  G  K  Y  A  G  Q  F  V  R  D  A  N  D  D  I  V  A  D  I  E  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  A  M  L  A  H  E  T  V  S  H  S  Y  G  H  C  W  R  C  D  T  G  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  I  V  T  D  Q  W  F  I  T  I  T  D  V  K  D  E  L  L  E  N  M  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  D  W  Y  P  Q  W  A  R  D  N  R  F  R  D  F  V  E  N  A  P  D  W  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  S  R  Q  R  Y  W  G  I  P  I  P  I  W  T  P  E  D  W  N  G  E  M  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 D  V  L  V  V  G  T  R  E  E  L  A  E  L  A  D  Q  D  V  D  P  D  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  L  H  K  D  T  V  D  D  L  T  V  T  K  D  G  T  T  Y  T  R  V  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  F  D  V  W  L  D  S  S  V  A  S  W  G  T  L  N  F  P  S  E  T  E  D 
 -  -  D  V  W  L  D  S  S  V  A  S  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GACGTCTGGCTCGACTCCTCGGTGGCGTCGTGG---------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Y  E  E  L  W  P  S  D  L  I  I  E  A  H  D  Q  T  R  G  W  F  W  S  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  I  I  E  A  H  D  Q  T  R  G  .  F  W  S  Q 
------------------------CTCATCATCGAGGCCCACGACCAGACCCGCGGC---TTCTGGTCGCAA

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  G  M  G  T  A  A  V  G  E  V  P  Y  K  N  V  V  M  H  G  H  A  L  M 
 L  G  M  G  T  A  A  -  -  -  -  -  Y  .  N  V  V  M  H  -  -  -  -  - 
CTCGGCATGGGAACCGCCGCC---------------TAC---AACGTCGTGATGCAC---------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 P  D  G  R  S  M  S  K  S  K  D  I  R  I  D  P  Q  E  L  I  D  E  Y  G 
 -  -  -  -  S  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TCGATGTCGAAGTCC---------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 A  D  P  M  R  L  F  V  L  S  V  S  P  R  G  D  D  M  R  V  S  H  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 V  G  N  L  Q  S  D  L  N  I  L  W  N  V  F  R  F  P  R  P  Y  M  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 D  D  F  D  A  N  V  P  T  G  F  G  G  S  G  D  G  V  S  I  D  D  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 L  E  T  V  D  E  W  L  L  S  T  L  Q  R  V  K  A  D  A  T  E  H  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 N  Y  E  Q  H  R  A  L  E  E  V  L  S  F  V  T  E  D  L  S  R  Y  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 Q  V  V  R  E  R  M  W  E  T  E  D  S  P  S  K  T  A  A  Y  A  T  M  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 R  A  L  L  E  V  T  A  L  L  A  P  Y  A  P  L  V  T  E  E  L  Y  Q  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 L  S  G  D  E  G  Y  D  T  V  H  M  C  D  W  P  A  V  D  E  S  L  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 P  D  L  E  A  A  V  D  V  L  R  D  V  E  E  A  G  S  H  A  R  Q  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 G  R  K  L  R  W  P  V  T  R  I  V  V  D  A  D  T  D  A  V  V  D  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 E  A  H  A  D  L  L  R  D  R  L  N  A  R  T  I  E  V  V  E  P  G  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 W  G  E  L  A  F  S  A  R  A  D  M  S  E  L  G  P  A  F  G  D  D  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 R  V  M  N  A  L  N  D  A  H  V  E  S  A  D  L  E  A  L  A  T  Q  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 E  A  L  G  E  D  V  E  L  T  E  E  M  V  E  F  V  E  E  T  P  E  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 A  G  A  N  F  E  T  G  T  V  Y  V  D  T  E  L  T  E  D  V  E  S  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 Y  A  R  E  V  I  R  R  V  Q  E  M  R  K  D  L  D  L  E  M  D  A  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 R  L  D  V  A  V  F  D  E  R  V  G  R  L  V  A  E  H  E  D  L  I  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 E  T  R  A  R  E  L  G  D  V  E  D  G  Y  R  E  E  W  D  V  E  G  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 L  A  L  E  I  A  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

ile_bact_E_coli

Class I

Bacteria/Escherichia coli/amino acid sequences/Ecoli_ile_aa

Bacteria/Escherichia coli/nucleotide sequences/Ecoli_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  D  Y  K  S  T  L  N  L  P  E  T  G  F  P  M  R  G  D  L  A  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  P  G  M  L  A  R  W  T  D  D  D  L  Y  G  I  I  R  A  A  K  K  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  T  F  I  L  H  D  G  P  P  Y  A  N  G  S  I  H  I  G  H  S  V  N  K 
 -  -  -  I  L  H  D  .  P  P  Y  A  N  G  S  I  H  I  G  H  S  V  N  K 
---------ATTCTGCATGAT---CCTCCTTATGCGAATGGCAGCATTCATATTGGTCACTCGGTTAACAAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  L  K  D  I  I  I  K  S  K  G  L  S  G  Y  D  S  P  Y  V  P  G  W  D 
 I  L  K  D  I  I  I  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Y  V  P  G  W  D 
ATTCTGAAAGACATTATCATTAAGTCC------------------------CCGTATGTGCCTGGCTGGGAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 C  H  G  L  P  I  E  L  K  V  E  Q  E  Y  G  K  P  G  E  K  F  T  A  A 
 C  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGTCATGGT---------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  F  R  A  K  C  R  E  Y  A  A  T  Q  V  D  G  Q  R  K  D  F  I  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  T  Q  V  D  G  Q  R  K  D  F  I  R  L 
------------------------------GCGACCCAGGTTGACGGTCAGCGCAAAGACTTTATCCGTCTG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  V  L  G  D  W  S  H  P  Y  L  T  M  D  F  K  T  E  A  N  I  I  R  A 
 .  .  .  .  D  -  -  H  P  Y  L  T  M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GAC------CACCCGTACCTGACCATGGAC------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  G  K  I  I  G  N  G  H  L  H  K  G  A  K  P  V  H  W  C  V  D  C  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  A  L  A  E  A  E  V  E  Y  Y  D  K  T  S  P  S  I  D  V  A  F  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  D  Q  D  A  L  K  T  K  F  G  V  S  N  V  N  G  P  I  S  L  V  I  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  T  T  P  W  T  L  P  A  N  R  A  I  S  I  A  P  D  F  D  Y  A  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Q  I  D  G  Q  A  V  I  L  A  K  D  L  V  E  S  V  M  Q  R  I  G  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  Y  T  I  L  G  T  V  K  G  A  E  L  E  L  L  R  F  T  H  P  F  M  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  D  V  P  A  I  L  G  D  H  V  T  L  D  A  G  T  G  A  V  H  T  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  H  G  P  D  D  Y  V  I  G  Q  K  Y  G  L  E  T  A  N  P  V  G  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  T  Y  L  P  G  T  Y  P  T  L  D  G  V  N  V  F  K  A  N  D  I  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  L  L  Q  E  K  G  A  L  L  H  V  E  K  M  Q  H  S  Y  P  C  C  W  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 H  K  T  P  I  I  F  R  A  T  P  Q  W  F  V  S  M  D  Q  K  G  L  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  S  L  K  E  I  K  G  V  Q  W  I  P  D  W  G  Q  A  R  I  E  S  M  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  N  R  P  D  W  C  I  S  R  Q  R  T  W  G  V  P  M  S  L  F  V  H  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 D  T  E  E  L  H  P  R  T  L  E  L  M  E  E  V  A  K  R  V  E  V  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  Q  A  W  W  D  L  D  A  K  E  I  L  G  D  E  A  D  Q  Y  V  K  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  T  L  D  V  W  F  D  S  G  S  T  H  S  S  V  V  D  V  R  P  E  F  A 
 -  -  -  D  V  W  F  D  S  G  S  T  H  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCT------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 G  H  A  A  D  M  Y  L  E  G  S  D  Q  H  R  G  W  F  M  S  S  L  M  I 
 -  -  -  -  -  M  Y  L  E  G  S  D  Q  H  R  G  .  F  M  S  S  L  M  I 
---------------ATGTATCTGGAAGGTTCTGACCAGCACCGTGGC---TTCATGTCCTCTCTGATGATC

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 S  T  A  M  K  G  K  A  P  Y  R  Q  V  L  T  H  G  F  T  V  D  G  Q  G 
 S  T  A  M  -  -  -  -  -  Y  .  Q  V  L  T  H  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCTACCGCGATG---------------TAT---CAGGTACTGACCCAC------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 R  K  M  S  K  S  I  G  N  T  V  S  P  Q  D  V  M  N  K  L  G  A  D  I 
 -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AAGATGTCTAAATCC------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 L  R  L  W  V  A  S  T  D  Y  T  G  E  M  A  V  S  D  E  I  L  K  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 A  D  S  Y  R  R  I  R  N  T  A  R  F  L  L  A  N  L  N  G  F  D  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 K  D  M  V  K  P  E  E  M  V  V  L  D  R  W  A  V  G  C  A  K  A  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 E  D  I  L  K  A  Y  E  A  Y  D  F  H  E  V  V  Q  R  L  M  R  F  C  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 V  E  M  G  S  F  Y  L  D  I  I  K  D  R  Q  Y  T  A  K  A  D  S  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 R  R  S  C  Q  T  A  L  Y  H  I  A  E  A  L  V  R  W  M  A  P  I  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 F  T  A  D  E  V  W  G  Y  L  P  G  E  R  E  K  Y  V  F  T  G  E  W  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  G  L  F  G  L  A  D  S  E  A  M  N  D  A  F  W  D  E  L  L  K  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 G  E  V  N  K  V  I  E  Q  A  R  A  D  K  K  V  G  G  S  L  E  A  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 T  L  Y  A  E  P  E  L  A  A  K  L  T  A  L  G  D  E  L  R  F  V  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 T  S  G  A  T  V  A  D  Y  N  D  A  P  A  D  A  Q  Q  S  E  V  L  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 L  K  V  A  L  S  K  A  E  G  E  K  C  P  R  C  W  H  Y  T  Q  D  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 K  V  A  E  H  A  E  I  C  G  R  C  V  S  N  V  A  G  D  G  E  K  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938
 F  A 
 -  - 
------

ile_bact_C_aggregans

Class I

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_ile_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  F  K  P  V  D  P  N  V  K  F  P  Q  L  E  E  E  V  L  A  W  W  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  D  V  V  A  K  S  L  A  A  G  E  K  P  F  V  F  Y  E  G  P  P  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  Y  E  .  P  P  T  A 
---------------------------------------------GTCTTCTATGAG---CCGCCGACCGCG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  G  R  P  G  L  H  H  T  I  S  R  S  F  K  D  V  I  L  R  Y  R  S  M 
 N  G  R  P  G  L  H  H  T  I  S  R  S  F  K  D  V  I  L  R  Y  -  -  - 
AATGGCCGTCCCGGTCTTCACCATACCATCTCGCGCAGCTTCAAAGATGTGATTTTGCGCTAT---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  G  Y  R  I  I  G  R  R  E  G  W  D  T  H  G  L  P  V  E  I  E  I  E 
 -  -  -  -  -  -  G  R  R  E  G  W  D  T  H  G  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------GGTCGCCGCGAAGGCTGGGACACCCACGGC------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  K  L  G  F  S  G  K  P  D  I  E  R  F  G  I  A  E  F  N  R  L  C  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  S  V  W  E  Y  I  Q  E  W  K  A  F  T  K  R  I  A  F  W  L  S  E  D 
 -  -  -  W  E  Y  I  Q  E  W  K  A  F  T  K  R  I  .  .  .  .  S  -  D 
---------TGGGAGTACATCCAGGAGTGGAAGGCGTTTACCAAGCGGATC------------AGC---GAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  Y  I  T  Y  E  N  D  Y  I  E  S  T  W  W  I  F  R  Q  L  W  D  R  G 
 A  Y  I  T  Y  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCGTATATCACCTACGAG------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  L  F  R  D  Y  K  V  T  M  H  C  P  R  C  G  T  S  L  S  D  H  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  L  G  A  R  D  D  V  D  D  P  S  V  Y  I  K  F  R  V  K  G  T  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  P  P  A  V  D  G  T  L  E  G  A  F  L  V  A  W  T  T  T  P  W  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  A  N  V  A  L  A  V  K  H  D  A  E  Y  V  E  V  E  H  N  G  E  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  M  A  A  T  L  I  N  Q  V  L  P  A  E  S  F  T  V  L  R  R  F  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  D  L  V  G  L  R  Y  E  P  L  F  R  G  V  P  G  A  G  D  T  V  D  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  T  A  Y  R  V  I  A  D  E  I  V  S  L  D  D  G  T  G  I  V  H  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  A  Y  G  D  L  E  V  G  R  K  H  G  L  P  T  L  F  S  V  G  L  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  V  L  P  E  F  A  D  L  G  F  A  G  K  F  F  K  E  A  D  P  D  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  N  L  K  A  R  G  L  L  L  R  S  G  R  V  R  H  Y  Y  P  F  C  W  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 C  G  T  P  L  L  Y  Y  A  K  R  S  W  Y  I  R  T  T  A  F  K  A  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  A  N  N  Q  Q  I  H  W  V  P  E  H  I  R  D  G  R  F  G  N  W  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  N  I  D  W  A  I  S  R  E  R  Y  W  G  T  P  I  P  I  W  T  N  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  S  H  M  V  C  I  G  S  L  A  E  L  E  E  K  V  G  R  S  L  R  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  L  H  R  P  Y  I  D  E  V  V  W  E  D  P  D  H  G  L  M  R  R  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  V  A  D  C  W  F  D  S  G  S  M  P  V  A  Q  W  H  Y  P  F  E  N  R 
 -  -  -  D  C  W  F  D  S  G  S  M  P  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GACTGCTGGTTCGACAGCGGTTCGATGCCGGTG------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  V  F  E  M  S  H  P  A  D  Y  I  C  E  A  V  D  Q  T  R  G  W  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  I  C  E  A  V  D  Q  T  R  G  .  F  Y 
------------------------------TATATCTGTGAGGCGGTAGACCAGACCCGCGGC---TTCTAC

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 T  L  H  A  V  S  T  L  L  F  D  R  P  A  F  K  N  V  I  C  L  G  H  I 
 T  L  H  A  V  S  T  L  L  -  -  -  -  -  F  .  N  V  I  C  L  -  -  - 
ACCTTGCACGCGGTCAGTACCCTGCTC---------------TTC---AACGTGATCTGTCTC---------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  D  K  D  G  Q  K  M  S  K  S  R  G  N  V  I  E  P  Q  E  V  I  N  A 
 -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------AAGATGAGCAAGAGC---------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 Y  G  V  D  A  L  R  W  Y  L  F  T  A  A  P  P  G  N  A  R  R  F  S  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 D  L  V  S  E  S  M  R  K  F  L  L  T  L  W  N  T  Y  A  F  F  V  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 A  N  L  D  R  W  Q  P  N  S  G  R  T  A  E  L  Q  P  I  D  R  W  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 A  A  L  N  Q  L  V  Q  T  A  T  A  A  F  E  E  Y  D  V  Y  S  A  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 A  I  E  H  F  V  D  E  L  S  N  W  Y  V  R  R  N  R  R  R  F  W  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  G  D  A  D  K  E  A  A  Y  Q  T  L  Y  T  C  L  V  T  V  A  K  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 A  P  F  I  P  F  V  S  E  E  I  Y  R  N  L  V  A  E  R  D  A  S  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  S  V  H  L  A  R  W  P  E  V  D  Q  A  L  L  D  D  Q  L  V  A  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  A  L  L  T  A  V  S  L  G  R  A  A  R  K  Q  A  N  I  K  V  R  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 L  S  E  L  W  L  R  A  S  T  P  A  L  L  N  G  V  R  R  F  E  A  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 R  D  E  L  N  V  K  V  V  R  Y  L  D  A  N  S  A  V  V  E  Y  R  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 P  N  L  R  L  V  G  K  K  F  G  K  L  V  P  A  I  T  T  A  L  R  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 T  G  D  D  A  R  A  A  A  Q  A  V  E  A  G  Q  P  V  H  L  S  V  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 Q  T  I  E  L  L  A  E  E  V  L  V  E  S  S  A  P  A  G  Y  A  V  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 A  D  G  M  L  V  A  L  N  T  T  V  T  E  E  L  R  L  E  G  A  A  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 L  V  R  Y  V  Q  D  A  R  K  S  A  G  L  A  I  S  D  R  I  R  L  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 S  S  T  D  E  A  A  L  L  A  A  T  L  A  Q  H  G  A  Y  I  Q  N  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 L  A  V  E  L  T  V  S  A  P  P  A  G  A  H  V  E  T  D  E  F  G  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 E  I  T  I  G  V  V  K  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

ile_bact_C_jejuni

Class I

Bacteria/Campylobacter jejuni/amino acid sequences/Cjejuni_ile_aa

Bacteria/Campylobacter jejuni/nucleotide sequences/Cjejuni_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  Y  K  E  T  L  L  L  P  S  T  T  F  A  M  R  A  N  L  A  E  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  Q  R  F  K  K  W  F  E  Q  N  Y  A  Y  E  K  M  K  E  N  R  K  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  K  S  F  T  L  H  D  G  P  P  Y  A  N  G  H  I  H  I  G  H  A  L  N 
 -  -  -  -  T  L  H  D  .  P  P  Y  A  N  G  H  I  H  I  G  H  A  L  N 
------------ATTTTCATTGCT---TTGACTTACCATAAACCAATCGGCTAATTCCTCATTTGGGAATTT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  I  L  K  E  T  I  I  K  T  H  Y  F  K  G  E  S  V  R  F  T  P  G  W 
 K  I  L  K  E  T  I  I  K  T  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  T  P  G  W 
ATTAAAACTGATGTTTAAATTTAATTCCAA------------------------TTTAAGTATATCAATTTG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  C  H  G  L  P  I  E  Q  Q  V  E  V  K  L  G  E  K  K  K  S  L  S  K 
 D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCAAAAAATTT------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  E  I  R  E  F  C  R  Q  H  A  S  E  F  V  D  I  Q  R  E  E  F  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  E  F  V  D  I  Q  R  E  E  F  K  D 
---------------------------------TTTGATTAAAACATTAGCATGTTCTAGAGCCTCATCTAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  G  I  I  A  D  W  D  K  P  Y  L  T  M  K  F  E  F  E  A  A  I  Y  R 
 L  .  .  .  .  D  -  -  K  P  Y  L  T  M  K  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACT------------TGG------TAAATTTAAAAGCTCTTTTGC---------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  L  C  E  I  A  K  K  G  L  L  C  E  R  S  K  P  V  F  W  S  W  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  S  A  L  A  E  A  E  V  E  Y  Q  D  K  E  D  Y  S  I  F  V  A  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  D  V  K  A  C  E  K  L  G  V  S  K  A  S  A  V  I  W  T  T  T  P  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  L  V  A  N  Q  A  I  A  L  N  P  N  E  N  Y  V  I  T  K  E  G  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  A  S  A  L  L  K  S  M  V  E  K  G  L  T  S  G  E  I  Q  K  E  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  K  E  F  E  K  L  E  A  I  N  P  L  N  G  R  K  S  V  L  I  M  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  V  L  M  D  G  G  S  G  L  V  H  T  A  P  G  H  G  E  D  D  Y  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 C  L  K  Y  G  I  E  V  L  M  P  V  D  D  S  G  C  Y  D  E  T  L  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  G  L  L  P  S  H  L  L  E  E  F  I  G  L  H  I  F  K  A  N  E  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  E  L  L  G  E  K  L  L  H  S  S  K  F  I  H  S  Y  P  F  C  W  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 H  K  P  V  I  Y  R  A  T  K  Q  W  F  I  L  M  D  E  P  K  L  Q  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  L  R  E  C  A  K  E  Q  L  L  K  T  T  F  Y  P  Q  S  G  V  K  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  S  M  V  E  N  R  P  D  W  C  I  S  R  Q  R  D  W  G  T  P  I  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 F  R  D  K  N  T  K  E  V  I  F  D  D  E  L  F  D  F  V  A  A  I  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  H  G  A  D  A  W  W  E  F  E  I  K  D  L  I  P  T  N  S  K  Y  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  N  L  E  K  V  Y  D  I  L  D  V  W  F  D  S  G  S  T  F  N  A  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  F  D  S  G  S  T  F  N  -  -  - 
------------------------------GGCCTTAAAAATATGAAGACCTATAAACTCTTC---------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 N  S  G  L  Y  D  A  G  E  K  R  A  S  M  Y  L  E  G  S  D  Q  H  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  Y  L  E  G  S  D  Q  H  R  G 
---------------------------------------ACATCCACTATCATCAACAGGCATTAAAACTTC

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 W  F  Q  S  S  L  L  V  G  T  A  I  N  E  S  A  P  Y  E  S  I  L  T  H 
 .  F  Q  S  S  L  L  V  G  T  A  I  -  -  -  -  -  Y  .  S  I  L  T  H 
---ACCGTATTTCAAACAAGCATAGTAATCATCTTC---------------AGT---TACAAGTCCACTTCC

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 G  F  T  T  D  E  K  G  Q  K  M  S  K  S  K  G  N  V  I  A  S  E  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------GATTAAAACAGATTT------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 A  K  T  Y  G  V  E  I  L  R  L  W  I  L  L  S  D  Y  S  S  D  L  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 S  D  N  I  L  K  Q  V  G  E  Q  Y  R  K  I  R  N  T  I  R  F  L  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 N  T  N  D  L  K  D  L  E  V  K  E  F  S  F  I  D  K  W  I  L  S  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 T  K  V  F  K  A  S  K  E  A  F  F  A  Y  E  F  A  K  G  F  S  L  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 N  F  L  S  A  D  L  S  G  I  Y  L  D  I  S  K  D  R  L  Y  C  D  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 N  A  Q  R  R  K  S  A  Q  V  A  M  A  L  M  A  K  E  L  L  N  L  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 P  N  L  S  Y  S  V  D  E  A  L  E  H  A  N  V  L  I  K  G  D  A  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 V  F  D  L  S  L  T  Q  D  F  D  Y  D  F  G  I  D  D  T  F  L  M  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 R  E  K  F  F  E  Q  I  D  I  L  K  K  D  K  I  I  K  S  T  L  E  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 L  N  I  S  F  N  K  F  P  N  E  E  L  A  D  W  F  M  V  S  Q  I  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 E  N  E  E  I  L  A  E  F  E  V  E  N  E  K  F  K  I  T  K  A  S  L  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 K  C  P  R  C  W  K  L  Q  S  K  N  E  E  T  P  C  L  R  C  E  E  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917
 K  G  V  Q  C 
 -  -  -  -  - 
---------------

ile_bact_P_mikurensis

Class I

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/amino acid sequences/Pmikurensis_ile_aa

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/nucleotide sequences/Pmikurensis_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  A  P  Q  E  K  A  S  A  K  K  A  G  K  N  A  Y  K  D  T  L  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  R  T  A  F  A  M  K  A  N  L  V  Q  S  E  P  Q  S  V  K  R  W  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  G  V  Y  R  Q  L  R  A  R  A  A  E  A  K  A  A  G  D  P  L  P  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  A  H  D  G  P  P  Y  A  N  G  D  I  H  L  G  H  L  L  N  K  V  L  K 
 V  A  H  D  .  P  P  Y  A  N  G  D  I  H  L  G  H  L  L  N  K  V  L  K 
GTCGCGCACGAC---CCGCCCTACGCCAACGGCGACATCCACCTGGGCCACCTGCTCAACAAGGTGCTCAAG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  L  V  V  R  S  R  S  M  E  G  F  D  C  P  Y  T  P  G  W  D  C  H  G 
 D  L  V  V  R  S  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Y  T  P  G  W  D  C  H  G 
GACCTGGTGGTCCGCAGC------------------------CCCTACACGCCCGGCTGGGACTGCCACGGC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  P  I  E  H  R  V  M  Q  E  L  G  P  G  G  R  E  L  E  P  L  K  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  K  C  A  A  Y  A  G  K  H  V  K  T  Q  R  Q  Q  M  E  R  L  L  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  G  K  H  V  K  T  Q  R  Q  Q  M  E  R  L  .  .  . 
---------------------GGCAAGCACGTCAAGACGCAGCGTCAGCAGATGGAGCGGCTG---------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  D  Y  E  N  P  Y  L  T  M  D  S  R  Y  E  A  G  V  L  E  V  F  A  G 
 .  D  -  -  N  P  Y  L  T  M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GAC------AACCCGTACCTCACGATGGAC---------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  L  E  A  G  L  V  Y  R  D  L  K  P  V  H  W  S  V  D  N  Q  T  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  E  A  E  L  E  Y  H  D  R  E  D  T  S  V  Y  V  R  F  A  M  N  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  S  E  G  L  L  I  W  T  T  T  P  W  T  L  P  A  N  L  A  V  A  V  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  R  M  E  Y  G  L  Y  E  I  A  G  N  D  P  T  W  I  A  V  A  L  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  V  A  A  K  R  E  V  G  L  P  G  P  L  K  V  V  K  G  E  A  L  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  T  Y  A  H  P  F  V  G  R  E  G  R  V  V  P  A  E  Y  V  T  D  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  T  G  L  V  H  T  A  P  G  H  G  A  E  D  Y  Q  T  G  L  R  E  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  V  Y  C  P  V  L  P  D  G  T  Y  D  D  T  V  P  D  W  L  R  G  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  W  E  A  N  Q  E  I  V  E  R  L  E  R  D  G  V  L  F  F  D  E  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  H  S  Y  P  H  D  W  R  G  K  Q  P  V  I  F  R  A  T  E  Q  W  F  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  V  D  K  P  A  T  G  P  L  A  G  K  T  L  R  Q  A  G  L  D  A  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  D  T  S  F  Q  P  A  W  G  Q  N  R  L  R  G  M  I  E  S  R  P  D  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 C  L  S  R  Q  R  S  W  G  L  P  I  P  A  F  F  D  A  Q  G  R  P  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 T  A  A  S  V  R  A  V  A  E  V  I  G  D  R  G  S  D  A  W  F  F  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  A  D  L  L  A  R  Y  D  P  A  A  D  P  D  A  P  A  W  A  G  D  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  A  S  L  V  K  G  G  D  T  F  D  V  W  F  E  S  G  S  S  W  H  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  F  E  S  G  S  S  W  H  -  - 
---------------------------------GACGTCTGGTTCGAGTCCGGCTCCAGCTGGCAC------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  R  E  G  W  R  E  A  Q  A  E  P  A  S  G  E  A  F  P  A  D  L  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  L 
---------------------------------------------------------------CTCTACCTG

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 E  G  S  D  Q  H  R  G  W  F  Q  H  S  L  L  P  A  L  A  V  T  G  R  P 
 E  G  S  D  Q  H  R  G  .  F  Q  H  S  L  L  P  A  L  A  V  -  -  -  - 
GAAGGCAGCGACCAGCACCGCGGC---TTCCAGCACTCGCTGCTCCCGGCGCTCGCCGTC------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 P  F  E  G  V  L  T  H  G  F  M  V  D  R  D  G  R  K  M  S  K  S  L  G 
 -  F  .  G  V  L  T  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  - 
---TTC---GGCGTGCTCACGCAC---------------------------AAGATGAGCAAGTCG------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 N  A  L  E  V  A  T  L  M  Q  Q  H  G  A  D  V  C  R  W  W  V  A  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 N  T  D  N  D  V  K  V  D  E  A  F  F  K  T  A  G  E  A  Y  R  K  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 N  T  L  R  F  L  L  S  N  L  D  G  F  R  M  R  G  G  R  V  K  F  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 A  D  A  T  S  L  D  A  W  L  T  G  E  L  V  T  L  S  V  S  V  R  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 Y  R  E  N  R  Y  R  R  A  Q  E  L  L  F  G  F  C  N  E  T  L  S  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 Y  L  S  A  V  K  D  R  L  Y  C  D  E  A  D  G  R  R  R  R  R  T  Q  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 T  L  Y  R  V  T  T  V  L  V  R  L  L  G  P  I  L  P  H  T  A  D  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 W  A  A  L  H  P  D  D  D  E  A  C  V  H  L  C  R  F  A  D  V  A  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 A  E  T  P  V  S  E  A  W  P  A  V  M  E  A  R  K  R  W  M  L  A  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 Q  H  R  E  R  A  K  A  C  G  G  A  D  A  P  L  D  L  G  L  V  L  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 A  E  L  P  E  G  F  D  P  V  E  L  A  D  L  C  G  V  S  R  V  E  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 E  A  E  E  V  A  V  V  D  L  S  R  Q  P  R  C  E  R  S  W  K  R  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 T  V  K  P  R  P  D  N  G  L  L  S  D  R  D  W  R  V  V  S  S  L  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962
 S  G 
 -  - 
------

ile_bact_B_thailandensis

Class I

Bacteria/Burkholderia thailandensis/amino acid sequences/Bthailandensis_ile_aa

Bacteria/Burkholderia thailandensis/nucleotide sequences/Bthailandensis_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  N  K  K  A  D  S  K  P  Q  A  K  Y  P  V  N  L  L  D  T  P  F  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 M  R  G  D  L  P  K  R  E  P  Q  W  V  K  D  W  E  A  R  G  V  Y  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  R  A  T  S  Q  G  R  P  K  F  I  L  H  D  G  P  P  Y  A  N  G  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  L  H  D  .  P  P  Y  A  N  G  D  I 
---------------------------------GACCGTCGCCGC---CGTGATCAGCACGAACTTCAGGTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  L  G  H  A  V  N  K  I  L  K  D  M  V  V  K  S  R  N  M  A  G  F  D 
 H  L  G  H  A  V  N  K  I  L  K  D  M  V  V  K  S  -  -  -  -  -  -  - 
GTCGCCGAGGCTCGCGAGCGCGTCGTAGCGCGCGCCCGACGCGCGCACTTC---------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  P  Y  V  P  G  W  D  C  H  G  M  P  I  E  I  Q  I  E  K  Q  F  G  K 
 -  P  Y  V  P  G  W  D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GATCCGGTTCGCGGCGCGCGCTTCCTCCAG---------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  L  P  A  A  E  V  M  A  K  A  R  A  Y  A  T  E  Q  I  E  K  Q  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  E  Q  I  E  K  Q  K  A 
---------------------------------------------GTAGTAGGTCTCGGTGAAGATCGTCTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  F  K  R  L  G  V  L  G  E  W  G  N  P  Y  K  T  M  N  F  Q  N  E  A 
 G  F  K  R  L  .  .  .  .  E  -  -  N  P  Y  K  T  M  N  -  -  -  -  - 
GCTTTGCGGCAGGAA------------TTC------CGTAAACGACAGGAACGGCGC---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  E  I  R  A  L  G  K  I  I  E  K  G  Y  V  Y  R  G  L  K  P  V  N  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 C  F  D  C  G  S  A  L  A  E  A  E  V  E  Y  K  D  R  T  D  P  T  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  L  F  A  F  A  E  P  E  K  T  A  H  A  F  G  L  A  A  L  P  R  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  G  I  V  I  W  T  T  T  P  W  T  I  P  A  N  Q  A  L  N  L  H  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  V  Y  A  L  V  D  T  E  R  G  L  L  V  M  A  E  E  R  V  E  A  C  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  D  F  G  L  T  G  R  V  V  A  T  T  R  G  D  K  L  A  N  L  R  F  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  P  L  A  A  A  H  P  G  Y  K  R  T  S  P  V  Y  L  G  D  Y  V  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  T  G  T  G  I  V  H  S  S  P  A  Y  G  V  E  D  F  T  S  C  K  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  M  T  D  S  D  I  I  N  P  V  M  G  D  G  R  Y  I  E  S  L  P  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  G  L  T  I  W  D  A  N  P  K  I  V  D  A  L  K  A  A  G  S  L  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 N  E  H  Y  S  H  S  Y  M  H  C  W  R  H  K  T  P  I  I  Y  R  A  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  W  F  A  G  M  D  T  Q  P  A  D  G  G  K  T  L  R  E  T  A  L  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  D  A  T  A  F  Y  P  S  W  G  K  Q  R  L  H  A  M  I  A  N  R  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 W  T  L  S  R  Q  R  Q  W  G  V  P  M  A  F  F  V  H  K  E  T  G  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 H  P  R  T  L  E  L  L  E  E  V  A  K  R  V  E  Q  Q  G  I  E  A  W  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 T  L  D  A  R  E  L  I  G  D  D  A  N  L  Y  E  K  N  R  D  T  L  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V 
------------------------------------------------------------------GATCTT

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 W  F  D  S  G  T  T  H  W  H  V  L  R  G  S  H  K  D  Q  L  Q  F  P  A 
 W  F  D  S  G  T  T  H  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGGATTCGCGTCCCAGATCGTGAGTCC---------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 D  L  Y  L  E  G  S  D  Q  H  R  G  W  F  H  S  S  L  L  T  A  S  M  L 
 -  L  Y  L  E  G  S  D  Q  H  R  G  .  F  H  S  S  L  L  T  A  S  M  L 
---GTTGATGATGTCCGAATCGGTCATCCCGTGCGC---GCACGACGTGAAATCCTCGACGCCGTACGCGGG

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 D  G  R  A  P  Y  K  G  L  L  T  H  G  F  T  V  D  G  E  G  R  K  M  S 
 -  -  -  -  -  Y  .  G  L  L  T  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S 
---------------GCC---GCCGGTGTCGGTCGT---------------------------CGTGCGCTT

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 K  S  L  G  N  G  I  D  P  H  E  V  A  N  R  L  G  A  E  I  I  R  L  W 
 K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTAACC------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 I  A  S  T  D  Y  S  G  E  L  A  I  S  E  E  I  L  K  R  V  T  E  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 R  R  I  R  N  T  L  R  F  L  L  A  N  L  S  D  F  D  Y  A  K  D  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 P  A  E  Q  W  L  E  I  D  R  Y  A  V  A  F  S  A  Q  L  Q  A  E  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 A  H  Y  E  K  Y  E  F  H  P  V  V  A  K  L  Q  T  F  C  S  E  D  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 G  F  Y  L  D  V  L  K  D  R  L  Y  T  S  A  P  A  S  K  A  R  R  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 Q  T  A  L  Y  H  V  T  Q  G  L  L  R  V  L  A  P  F  L  S  F  T  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  A  W  R  V  F  L  P  Q  S  E  T  I  F  T  E  T  Y  Y  A  Y  P  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 A  N  A  D  A  L  V  A  K  W  T  L  L  R  D  V  R  G  N  V  T  K  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 E  E  A  R  A  A  N  R  I  G  S  S  L  Q  A  Q  V  E  V  R  A  S  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 R  Y  D  A  L  A  S  L  G  D  D  L  K  F  V  L  I  T  S  A  A  T  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 K  V  D  A  Q  S  D  E  S  V  E  V  A  A  S  K  Y  Q  K  C  E  R  C  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 H  Y  R  E  D  V  G  A  H  A  D  H  P  T  L  C  G  R  C  F  S  N  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945
 E  N  G  E  T  R  S  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

ile_bact_S_elongatus

Class I

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_ile_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  E  V  S  A  Y  K  D  T  L  N  L  L  Q  T  P  F  N  M  R  A  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  V  R  E  P  E  I  Q  Q  F  W  A  D  R  Q  I  Y  E  T  L  S  R  Q  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  G  A  P  F  V  L  H  D  G  P  P  Y  A  N  G  A  L  H  M  G  H  A  L 
 -  -  -  -  -  V  L  H  D  .  P  P  Y  A  N  G  A  L  H  M  G  H  A  L 
---------------CGCCTCGGTTAA---CGTGGGTTGATCACGCAATTCCACTTGCGATACCAAGAAGAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  K  T  L  K  D  I  I  N  K  Y  Q  L  L  Q  G  R  K  V  R  Y  V  P  G 
 N  K  T  L  K  D  I  I  N  K  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  Y  V  P  G 
ATAGCGCAGATCATCGACCGCCGTTCCCGAGAG------------------------CAAGGCAGCCCGCCA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 W  D  C  H  G  L  P  I  E  L  K  V  L  Q  E  L  S  S  E  E  R  R  N  L 
 W  D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCCGAATCTGCCAC---------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  P  L  T  L  R  Q  K  A  K  A  Y  A  L  A  Q  V  E  Q  Q  S  Q  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  A  Q  V  E  Q  Q  S  Q  S  F 
---------------------------------------TTGTTGCCACTTGGCCGCAAGTTCTGGTTGATT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  R  Y  G  V  W  A  D  W  D  A  P  Y  L  T  L  T  P  E  Y  E  A  A  Q 
 Q  R  Y  .  .  .  .  D  -  -  A  P  Y  L  T  L  T  -  -  -  -  -  -  - 
CCAGTCATC------------CCA------TTGGAAAACTGATTTTGTCCG---------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  D  V  F  G  Q  M  V  L  K  G  Y  I  Y  R  G  L  K  P  V  H  W  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  S  R  T  A  L  A  E  A  E  L  E  Y  P  D  G  H  T  S  R  S  I  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  M  P  I  V  Q  L  S  E  A  A  Q  P  L  L  G  N  Y  A  N  L  A  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  W  T  T  T  P  W  T  I  P  A  N  L  A  V  A  V  N  G  E  L  T  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  V  Q  A  G  D  C  H  L  I  V  A  A  E  L  A  E  S  L  S  K  T  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  E  L  T  V  L  A  T  F  P  G  S  V  L  E  H  S  R  Y  R  H  P  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  R  E  S  P  V  V  I  G  G  D  Y  I  T  T  E  S  G  T  G  L  V  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  P  G  H  G  Q  D  D  F  I  V  G  N  R  Y  G  L  E  V  F  C  P  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  K  G  D  F  T  A  A  V  G  D  R  L  V  G  K  N  V  L  K  D  A  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  V  I  E  W  L  T  E  V  G  A  L  L  K  E  E  S  Y  A  H  R  Y  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  W  R  T  K  K  P  T  I  F  R  A  T  E  Q  W  F  A  S  V  E  G  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  Q  A  L  Q  A  I  A  E  V  D  W  I  P  A  Q  G  E  N  R  I  T  S  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  S  E  R  S  D  W  C  I  S  R  Q  R  T  W  G  V  P  I  P  V  F  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  E  S  G  E  A  L  L  N  A  E  T  I  A  H  V  R  A  I  V  A  E  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 S  D  A  W  W  E  L  D  V  A  D  L  L  P  E  P  Y  R  S  N  G  R  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  K  G  T  D  T  M  D  V  W  F  D  S  G  S  S  W  A  A  V  A  S  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  F  D  S  G  S  S  W  A  -  -  -  -  -  - 
---------------------CGCACGGAAAATCGTCGGCTTTTTGGTGCGCCA------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  G  L  H  Y  P  A  D  L  Y  L  E  G  S  D  Q  H  R  G  W  F  Q  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  L  E  G  S  D  Q  H  R  G  .  F  Q  S  S 
------------------------CGCGCCGACTTCGGTCAGCCACTCGATGACCGC---ATTGGCATCCTT

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  L  T  S  V  A  C  N  G  H  A  P  Y  R  R  V  L  T  H  G  F  A  L  D 
 L  L  T  S  V  A  C  -  -  -  -  -  Y  R  .  V  L  T  H  -  -  -  -  - 
GAGGACATTTTTGCCCACGAG---------------CGCCGT---GTCGCCCTTGTC---------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 E  K  G  R  K  M  S  K  S  L  G  N  V  V  D  P  A  I  V  I  N  G  G  K 
 -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GTAACGGTTGCCGAC---------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  Q  K  Q  E  P  P  Y  G  A  D  V  L  R  L  W  V  S  S  V  D  Y  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 D  V  P  I  G  K  N  I  L  K  Q  M  A  D  V  Y  R  K  I  R  N  T  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 F  L  L  G  N  L  H  D  F  D  P  A  K  D  A  L  P  W  E  K  L  P  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 D  R  Y  L  L  H  R  L  R  E  V  I  L  E  I  Q  D  A  F  E  S  F  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 F  R  F  F  Q  T  V  Q  N  F  C  V  V  D  L  S  N  F  Y  L  D  I  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 D  R  L  Y  I  S  A  P  D  S  L  R  R  R  S  C  Q  T  V  L  A  I  C  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 E  A  L  A  T  A  I  A  P  V  L  S  H  M  A  E  D  I  W  Q  S  L  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 P  A  R  T  K  S  V  F  Q  A  G  W  V  Q  L  Q  D  D  W  N  Q  P  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 A  A  K  W  Q  Q  L  R  D  L  R  S  E  V  N  K  V  L  E  Q  A  R  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 Q  A  I  G  S  S  L  E  A  K  L  Q  L  W  V  A  D  S  D  W  R  A  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 A  D  R  N  P  A  D  S  L  S  G  T  A  V  D  D  L  R  Y  L  F  L  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 Q  V  E  L  R  D  Q  P  T  G  L  T  E  A  K  Y  H  A  Q  T  E  D  W  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 I  A  V  V  D  A  E  G  Q  K  C  D  R  C  W  N  Y  S  T  T  V  G  Q  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954
 S  E  H  P  D  L  C  D  R  C  V  S  A  L  Q  G  T  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

ile_bact_B_fragilis

Class I

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_ile_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  K  K  F  A  E  Y  S  Q  F  D  L  S  K  V  N  K  D  V  L  K  K  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  E  N  Q  V  F  A  K  S  M  T  E  R  E  G  C  P  S  F  V  F  F  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  F  E  . 
---------------------------------------------------------GTATTTTTTGAA---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  P  S  A  N  G  M  P  G  I  H  H  V  M  A  R  S  I  K  D  I  F  C  R 
 P  P  S  A  N  G  M  P  G  I  H  H  V  M  A  R  S  I  K  D  I  F  C  R 
CCTCCATCAGCTAACGGTATGCCGGGTATTCACCACGTAATGGCTCGTTCTATCAAAGATATTTTCTGTCGT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  K  T  M  K  G  Y  Q  V  K  R  K  A  G  W  D  T  H  G  L  P  V  E  L 
 Y  -  -  -  -  -  -  -  -  K  R  K  A  G  W  D  T  H  G  -  -  -  -  - 
TAC------------------------AAACGTAAAGCCGGTTGGGACACACACGGA---------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  V  E  K  S  L  G  I  T  K  E  D  I  G  K  T  I  S  V  A  E  Y  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 H  C  R  Q  D  V  M  K  F  T  K  E  W  E  D  L  T  H  K  M  G  Y  W  V 
 -  -  -  -  -  -  M  K  F  T  K  E  W  E  D  L  T  H  K  M  .  .  .  . 
------------------ATGAAGTTTACAAAGGAATGGGAAGACCTGACCCACAAAATG------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  M  K  H  P  Y  I  T  Y  D  N  R  Y  I  E  T  L  W  W  L  L  K  Q  L 
 D  -  -  H  P  Y  I  T  Y  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAT------CATCCATACATTACATATGAT------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  K  K  G  L  L  Y  K  G  Y  T  I  Q  P  Y  S  P  A  A  G  T  G  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  H  E  L  N  Q  P  G  C  Y  R  D  V  K  D  T  T  V  V  A  Q  F  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  N  P  K  P  E  M  A  Q  W  G  T  P  Y  F  L  A  W  T  T  T  P  W  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  P  S  N  T  A  L  C  V  G  P  K  I  D  Y  V  A  V  Q  S  Y  N  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  G  Q  P  I  T  V  V  L  A  K  A  L  L  N  A  H  F  N  P  K  A  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  K  L  E  D  Y  K  A  G  D  K  L  V  P  F  K  V  I  A  E  Y  K  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  L  V  G  M  E  Y  E  Q  L  I  P  W  V  N  P  G  E  G  A  F  R  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  G  D  Y  V  T  T  E  D  G  T  G  I  V  H  I  A  P  T  F  G  A  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  Q  V  A  K  A  A  G  I  P  P  L  Q  L  V  N  K  K  G  E  L  R  P  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  D  L  T  G  K  F  Y  T  L  D  E  L  D  E  D  F  I  K  Q  R  V  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  L  Y  K  E  Y  A  G  R  F  V  K  N  A  Y  D  P  N  L  S  D  Q  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  L  D  V  S  I  C  M  M  M  K  V  N  N  Q  A  F  K  I  E  K  H  V  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  Y  P  H  C  W  R  T  D  K  P  V  L  Y  Y  P  L  D  S  W  F  I  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 T  A  C  K  E  R  M  I  E  L  N  K  T  I  N  W  K  P  E  S  T  G  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 R  F  G  K  W  L  E  N  L  N  D  W  N  L  S  R  S  R  Y  W  G  T  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  I  W  R  T  E  D  N  S  D  E  K  C  I  E  S  V  E  E  L  Y  N  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  K  S  V  A  A  G  Y  M  Q  S  N  P  Y  K  D  K  G  F  V  P  G  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 N  E  E  N  Y  N  K  I  D  L  H  R  P  Y  V  D  D  I  I  L  V  S  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 G  K  P  M  K  R  E  A  D  L  I  D  V  W  F  D  S  G  A  M  P  Y  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  F  D  S  G  A  M  P  Y  -  - 
---------------------------------GACGTATGGTTTGATTCGGGCGCAATGCCGTAT------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 I  H  Y  P  F  E  N  K  E  L  L  D  S  H  Q  V  Y  P  A  D  F  I  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  A  E 
------------------------------------------------------------TTTATAGCGGAA

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 G  V  D  Q  T  R  G  W  F  F  T  L  H  A  I  A  T  M  V  F  D  S  V  S 
 G  V  D  Q  T  R  G  .  F  F  T  L  H  A  I  A  T  M  V  -  -  -  -  - 
GGAGTAGACCAAACTCGCGGA---TTCTTTACTTTACATGCCATTGCAACAATGGTA---------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 Y  K  A  V  I  S  N  G  L  V  L  D  K  N  G  N  K  M  S  K  R  L  G  N 
 Y  .  A  V  I  S  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  R  -  -  - 
TAT---GCTGTTATTTCCAAT---------------------------AAGATGTCTAAACGT---------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 A  V  D  P  F  S  T  I  E  Q  Y  G  S  D  P  L  R  W  Y  M  I  T  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 S  P  W  D  N  L  K  F  D  V  D  G  I  E  E  V  R  R  K  F  F  G  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 Y  N  T  Y  S  F  F  A  L  Y  A  N  V  D  G  F  E  Y  K  E  A  D  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 M  N  E  R  P  E  I  D  R  W  I  L  S  V  L  N  T  L  V  K  E  V  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 C  Y  N  E  Y  E  P  T  K  A  G  R  L  I  S  D  F  V  N  D  N  L  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 W  Y  V  R  L  N  R  K  R  F  W  G  G  G  F  T  Q  D  K  L  S  A  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 T  L  Y  T  C  L  E  T  V  A  K  L  M  A  P  I  A  P  F  Y  A  D  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 Y  S  D  L  I  G  V  T  G  R  D  N  V  V  S  V  H  L  A  K  F  P  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 N  E  K  M  V  D  K  E  L  E  A  Q  M  Q  M  A  Q  D  V  T  S  M  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 A  L  R  R  K  V  N  I  K  V  R  Q  P  L  Q  C  I  M  I  P  V  V  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 V  Q  K  A  H  I  E  A  V  K  A  L  I  M  S  E  V  N  V  K  E  I  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 V  D  G  A  A  G  V  L  V  K  K  V  K  C  D  F  K  K  L  G  P  K  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 K  Q  M  K  A  V  A  A  A  V  A  E  M  S  Q  E  A  I  A  E  L  E  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 G  K  Y  T  F  D  L  G  G  A  E  A  V  I  E  S  A  D  V  E  I  F  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 D  I  P  G  W  L  V  A  N  E  G  K  L  T  V  A  L  E  V  T  V  T  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 L  R  R  E  G  I  A  R  E  L  V  N  R  I  Q  N  I  R  K  S  S  G  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

010611062106310641065106610671068106910701071107210731074107510761077107
 I  T  D  K  I  K  L  T  L  S  K  N  P  Q  T  D  D  A  V  N  E  Y  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

810791080108110821083108410851086108710881089109010911092109310941095109
 Y  I  C  N  Q  V  L  G  T  S  L  T  L  A  D  E  V  K  D  G  T  E  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610971098109911001101110211031104110511061107110811091110111111121113111
 F  D  D  F  S  L  F  V  N  V  V  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

ile_bact_G_stearothermophilus

Class I

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/amino acid sequences/Gstearothermophilus_ile_aa

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/nucleotide sequences/Gstearothermophilus_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  Y  K  E  T  L  L  M  P  Q  T  E  F  P  M  R  G  N  L  P  K  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  E  M  Q  K  K  W  E  E  M  D  I  Y  R  K  V  Q  E  R  T  K  G  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  F  V  L  H  D  G  P  P  Y  A  N  G  D  I  H  M  G  H  A  L  N  K  I 
 -  -  V  L  H  D  .  P  P  Y  A  N  G  D  I  H  M  G  H  A  L  N  K  I 
------CCGCTCGGCTTC---CGGCGCGGCGTCATACGGCTCATCGGCGATCGAAAAGGCGGAAACGATGAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  K  D  I  I  V  R  Y  K  S  M  S  G  Y  C  A  P  Y  V  P  G  W  D  T 
 L  K  D  I  I  V  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Y  V  P  G  W  D  T 
AAGCTGGCGCAAGTCGGCATCAAG------------------------GTCTTTCGGGTAGACGATGACGCT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  G  L  P  I  E  T  A  L  A  K  Q  G  V  D  R  K  S  M  S  V  A  E  F 
 H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCGGT------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  K  L  C  E  Q  Y  A  Y  E  Q  I  D  N  Q  R  R  Q  F  K  R  L  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  Y  E  Q  I  D  N  Q  R  R  Q  F  K  R  L  .  . 
------------------------AAGCAGCTCTTCTTCGCCGTCGATCGCGATCGGCTCCGGCAT------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  G  D  W  D  N  P  Y  I  T  L  K  P  E  Y  E  A  Q  Q  I  K  V  F  G 
 .  .  D  -  -  N  P  Y  I  T  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GAC------GACGTTTTCTCTTCGATTCGG------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  M  A  K  K  G  L  I  Y  K  G  L  K  P  V  Y  W  S  P  S  S  E  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  A  E  A  E  I  E  Y  K  D  K  R  S  P  S  I  Y  V  A  F  P  V  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  K  G  V  L  E  G  D  E  R  I  V  I  W  T  T  T  P  W  T  I  P  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  A  I  A  V  H  P  E  L  D  Y  H  V  V  E  T  N  G  Q  K  Y  V  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  A  L  V  E  S  V  A  N  E  V  G  W  D  A  W  S  V  V  K  T  V  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  E  L  E  Y  V  V  A  K  H  P  F  Y  E  R  D  S  L  V  V  C  G  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  T  T  D  A  G  T  G  C  V  H  T  A  P  G  H  G  E  D  D  F  L  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  K  Y  G  L  P  V  L  C  P  V  D  E  R  G  Y  M  T  S  E  A  P  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  G  M  F  Y  E  D  A  N  K  A  I  T  Q  K  L  E  E  A  G  A  L  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  G  F  I  T  H  S  Y  P  H  D  W  R  T  K  Q  P  T  I  F  R  A  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  W  F  A  S  I  D  K  I  R  S  E  L  L  Q  A  I  K  D  T  K  W  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  W  G  E  I  R  I  H  N  M  V  R  D  R  G  D  W  C  I  S  R  Q  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 W  G  V  P  I  P  V  F  Y  G  E  N  G  E  P  I  I  T  D  E  T  I  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  S  N  L  F  R  Q  Y  G  S  N  V  W  F  E  R  E  A  K  D  L  L  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  F  T  H  P  S  S  P  N  G  I  F  T  K  E  T  D  I  M  D  V  W  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  F  D 
---------------------------------------------------------CGTTGGCTGCTTCGT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  G  S  S  H  Q  A  V  L  V  E  R  D  D  L  A  R  P  A  D  L  Y  L  E 
 S  G  S  S  H  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  L  E 
CCGCCAGTCGTGCGGATA------------------------------------------CTCAAGCTTCTG

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 G  S  D  Q  Y  R  G  W  F  N  S  S  L  S  T  A  V  A  V  T  G  K  A  P 
 G  S  D  Q  Y  R  G  .  F  N  S  S  L  S  T  A  V  A  V  -  -  -  -  - 
TGTAATCGCCTTGTTGGCGTC---GTAAAACATTCCTTCAAACCCCGGCGCTTCGCT---------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 Y  K  G  V  L  S  H  G  F  V  L  D  G  E  G  R  K  M  S  K  S  L  G  N 
 Y  .  G  V  L  S  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  - 
CTC---GACCGGGCAAAGAAC---------------------------AAAGTCGTCTTCCCC---------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 V  V  V  P  A  K  V  M  E  Q  L  G  A  D  I  L  R  L  W  V  A  S  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 Y  Q  A  D  V  R  I  S  D  N  I  L  K  Q  V  S  E  V  Y  R  K  I  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 T  F  R  F  M  L  G  N  L  F  D  F  D  P  N  Q  N  A  V  P  I  G  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 G  E  V  D  R  Y  M  L  A  K  L  N  K  L  I  A  K  V  K  K  A  Y  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 Y  D  F  A  A  V  Y  H  E  M  N  H  F  C  T  V  E  L  S  A  F  Y  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 M  A  K  D  I  L  Y  I  E  A  A  D  S  R  A  R  R  A  V  Q  T  V  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  T  V  V  A  L  A  K  L  I  A  P  I  L  P  H  T  A  D  E  V  W  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 I  P  N  R  R  E  N  V  E  S  V  Q  L  T  D  M  P  E  P  I  A  I  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  E  E  L  L  S  K  W  D  A  F  M  D  V  R  D  D  I  F  K  A  L  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 A  R  N  E  K  V  I  G  K  S  L  T  A  S  V  I  V  Y  P  K  D  E  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 K  L  L  A  S  L  D  A  D  L  R  Q  L  L  I  V  S  A  F  S  I  A  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 P  Y  D  A  A  P  A  E  A  E  R  L  D  H  V  A  V  L  V  R  P  A  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 E  T  C  E  R  C  W  T  V  T  K  E  V  G  A  D  P  S  H  P  T  L  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924
 R  C  A  H  I  V  N  E  H  Y  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

ile_bact_H_aurantiacus

Class I

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/amino acid sequences/Haurantiacus_ile_aa

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/nucleotide sequences/Haurantiacus_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  F  A  A  V  D  P  K  V  S  F  P  T  L  E  D  E  I  A  A  W  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  H  G  I  V  K  K  T  L  D  H  G  D  A  S  R  P  F  V  F  F  E  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  F  E  .  P 
------------------------------------------------------GGCATATTCAGC---GAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  T  A  N  G  R  P  G  I  H  H  V  E  A  R  S  S  K  D  I  M  V  R  F 
 P  T  A  N  G  R  P  G  I  H  H  V  E  A  R  S  S  K  D  I  M  V  R  F 
TGCCGCCAAATCAACCTCGGTTCCCAAGGTTGCATTGATACGATCGGTGATCGCTAGATCAGCGGCCTTACG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  R  M  L  G  K  K  V  I  G  A  R  G  G  W  D  T  H  G  L  P  V  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  A  R  G  G  W  D  T  H  G  -  -  -  -  - 
---------------------------GCGGGCGATGCCTTCGCGCAGCAATTCATC---------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  V  E  K  K  L  G  F  A  G  K  P  D  I  E  K  Y  G  I  T  E  F  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  C  R  Q  S  V  W  D  Y  I  Q  E  W  E  K  L  T  Q  R  I  A  F  W  I 
 -  -  -  -  -  -  W  D  Y  I  Q  E  W  E  K  L  T  Q  R  I  .  .  .  . 
------------------TGTTTCGCCTTCGACTACAACCTCGAAGCTGGCCCCGGTTTC------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  L  E  D  P  Y  I  T  Y  D  N  K  Y  I  E  S  L  W  W  I  F  K  Q  L 
 D  -  -  D  P  Y  I  T  Y  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGC------GGCTTGCTCGCTGCTAAGATT------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 H  E  R  E  L  L  Y  R  D  Y  K  V  T  M  H  C  P  R  C  G  T  S  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  H  E  V  A  Q  G  Y  Q  D  N  T  D  D  P  S  V  W  V  R  F  R  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  S  D  H  A  L  D  A  Q  V  A  D  A  A  F  L  A  W  T  T  T  P  W  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  P  A  N  A  G  L  A  V  N  P  E  A  T  Y  V  L  A  E  H  E  G  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  I  L  A  E  A  L  V  G  A  V  L  G  E  T  A  A  T  L  A  S  F  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  D  L  R  G  L  R  Y  T  P  L  F  P  G  V  G  D  N  G  A  A  I  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  S  A  Y  R  V  V  A  D  E  F  V  S  L  E  D  G  T  G  I  V  H  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  A  Y  G  D  L  E  I  G  R  K  Y  G  L  P  T  L  F  S  V  E  L  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  V  L  G  S  F  E  S  F  G  F  A  G  M  F  F  K  E  A  D  P  K  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  Y  L  K  E  Q  G  L  L  F  K  S  G  R  V  L  H  T  Y  P  F  C  W  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 C  K  T  P  L  L  F  Y  A  K  Q  S  W  Y  I  R  T  T  A  L  K  Q  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  A  N  N  K  K  I  N  W  V  P  E  H  I  Q  A  G  R  F  G  N  W  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  N  I  D  W  A  I  S  R  E  R  Y  W  G  T  P  L  P  V  W  T  C  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 C  Q  H  I  D  V  V  G  S  L  A  E  L  G  E  R  W  G  Q  D  T  A  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  M  H  R  P  F  V  D  A  P  S  W  S  C  P  E  C  E  A  G  T  M  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  P  D  V  A  D  C  W  F  D  S  G  A  M  P  V  A  Q  W  H  Y  P  F  E 
 -  -  -  -  -  D  C  W  F  D  S  G  A  M  P  V  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AATGCGCTGCATCGTGCCAGCTTCGCACTCAGG------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 N  Q  E  L  F  E  V  A  G  Q  A  D  F  I  S  E  A  I  D  Q  T  R  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  S  E  A  I  D  Q  T  R  G  . 
------------------------------------ACCCCAACGTTCGCCAAGCTCCGCCAACGAACC---

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 F  Y  T  L  H  A  V  S  T  L  L  F  D  R  P  A  Y  K  N  V  I  C  L  G 
 F  Y  T  L  H  A  V  S  T  L  L  -  -  -  -  -  Y  .  N  V  I  C  L  - 
CACATCGATATGCTGACAGGTATCGCATGTCCA---------------GCC---ATAGCGCTCACGGCT---

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 H  L  L  D  G  K  G  E  K  M  S  K  S  K  G  N  I  V  S  P  W  E  M  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------CCAGTTGCCAAAACG---------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 E  K  Y  G  A  D  A  V  R  W  Y  M  F  A  A  G  Q  P  Y  N  P  R  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 S  A  D  L  V  S  E  S  L  R  Q  F  L  L  T  L  W  N  T  Y  S  F  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 T  Y  A  N  V  D  G  W  T  P  E  L  A  Q  G  D  L  A  A  I  D  R  W  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 L  A  R  L  N  A  L  V  R  D  V  R  N  D  L  S  N  Y  D  M  N  T  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 K  R  L  E  Q  F  V  D  E  L  S  N  W  Y  V  R  R  N  R  R  R  F  W  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 S  D  M  N  G  D  K  Q  A  A  Y  S  T  L  Y  T  C  L  V  T  I  S  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 M  A  P  F  T  P  F  V  A  E  S  L  Y  Q  N  L  V  R  S  Y  D  Q  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 A  E  S  V  H  M  A  L  Y  P  E  A  N  L  A  L  I  D  E  E  L  I  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 T  D  L  L  L  K  A  V  S  L  G  R  A  A  R  K  N  A  G  I  R  V  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 P  L  S  E  V  L  V  R  L  P  R  G  E  Q  L  D  E  L  S  A  E  L  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 E  L  N  I  K  S  V  R  W  L  G  V  G  D  G  L  V  S  Y  R  F  K  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 L  R  S  V  G  K  K  F  G  K  L  V  P  A  L  R  E  V  L  A  N  L  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 E  Q  A  A  D  A  A  H  K  V  E  T  G  A  S  F  E  V  V  V  E  G  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 L  T  L  A  A  D  D  V  L  M  E  A  S  S  P  E  G  Y  A  V  A  E  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 G  L  L  V  A  L  V  T  T  L  T  D  E  L  L  R  E  G  I  A  R  E  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 R  N  L  N  D  A  R  K  A  A  D  L  A  I  T  D  R  I  N  A  T  L  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 E  V  D  L  A  A  V  V  A  E  Y  A  E  Y  I  K  A  E  T  L  C  E  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 S  V  G  D  A  N  A  D  H  H  T  S  S  M  E  L  E  Q  G  K  L  S  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 I  S  K  I  G 
 -  -  -  -  - 
---------------

ile_bact_T_maritima

Class I

Bacteria/Thermotoga maritima/amino acid sequences/Tmaritima_ile_aa

Bacteria/Thermotoga maritima/nucleotide sequences/Tmaritima_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  Y  K  N  T  L  N  L  P  K  T  S  F  P  M  K  A  N  L  V  N  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  V  F  L  E  E  W  E  K  M  D  L  Y  N  Y  V  L  E  Q  R  K  G  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  F  V  L  H  D  G  P  P  Y  A  N  G  H  I  H  I  G  T  A  L  N  K  I 
 -  -  V  L  H  D  .  P  P  Y  A  N  G  H  I  H  I  G  T  A  L  N  K  I 
------GTCCTGCACGAT---CCCCCTTACGCAAACGGTCACATCCACATTGGAACGGCCCTGAACAAGATT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  K  D  I  V  V  K  Y  K  T  M  R  G  Y  R  A  P  Y  V  P  G  W  D  T 
 L  K  D  I  V  V  K  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Y  V  P  G  W  D  T 
CTGAAGGACATCGTCGTCAAATAC------------------------CCGTACGTTCCTGGCTGGGACACC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  G  L  P  I  E  H  R  V  S  Q  E  L  G  E  K  I  K  E  M  S  P  A  E 
 H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACGGT------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  R  K  K  C  E  E  F  A  L  R  F  V  D  I  Q  R  E  E  F  K  R  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  F  V  D  I  Q  R  E  E  F  K  R  L  . 
---------------------------CTCAGATTCGTTGATATACAGAGAGAAGAATTTAAAAGACTC---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  R  G  D  W  E  N  P  Y  I  T  L  K  P  D  Y  E  V  K  I  L  D  V  F 
 .  .  .  D  -  -  N  P  Y  I  T  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GAC------AATCCATACATCACGTTGAAG---------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  T  L  V  E  Q  G  N  V  Y  R  S  L  K  P  I  Y  W  C  P  R  C  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  L  A  E  A  E  I  E  Y  H  D  H  K  S  P  S  I  Y  V  K  F  R  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  D  P  N  F  F  I  V  I  W  T  T  T  P  W  T  L  P  A  N  V  G  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  H  P  D  Y  E  Y  S  V  V  K  V  G  E  E  K  W  V  I  A  T  D  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  A  F  S  K  E  T  G  I  D  C  S  N  V  V  E  K  I  K  G  K  D  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  K  E  F  V  H  P  I  F  D  D  R  T  S  R  V  I  L  A  D  Y  V  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  T  G  T  G  C  V  H  I  A  P  G  H  G  E  E  D  Y  I  Y  G  H  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  G  L  P  I  V  S  P  V  D  E  E  G  R  F  T  E  E  A  G  K  Y  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 M  F  I  E  D  A  N  E  V  I  I  E  D  L  K  R  K  G  I  L  V  H  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  I  T  H  S  Y  P  H  C  W  R  C  K  G  P  V  I  F  R  A  T  E  Q  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  I  S  V  D  H  N  N  L  R  Q  K  V  L  E  E  I  D  K  V  K  W  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  W  G  R  N  R  I  R  S  M  V  E  E  R  P  D  W  C  I  S  R  Q  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 W  G  T  P  I  P  A  V  K  C  K  E  C  G  E  V  V  L  D  P  K  V  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 H  F  M  K  I  V  E  K  E  G  T  N  A  W  F  E  K  E  V  E  E  L  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  D  F  V  C  P  K  C  G  K  R  S  F  E  K  M  L  D  T  L  D  V  W  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  I 
------------------------------------------------------------GACGTATGGATA

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  S  G  A  S  F  E  Y  I  T  T  K  R  E  D  H  P  F  P  L  D  M  Y  L 
 D  S  G  A  S  F  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  Y  L 
GATTCTGGTGCCTCCTTCGAA------------------------------------------ATGTACCTT

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  G  S  D  Q  H  R  G  W  F  H  S  S  I  F  L  A  V  A  K  R  G  S  A 
 E  G  S  D  Q  H  R  G  .  F  H  S  S  I  F  L  A  V  A  K  -  -  -  - 
GAAGGTAGCGATCAGCACAGGGGA---TTCCATTCTTCCATCTTCCTTGCCGTCGCAAAG------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 P  Y  K  E  V  L  T  H  G  F  I  K  D  E  Q  G  R  K  M  S  K  S  L  G 
 -  Y  .  E  V  L  T  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  - 
---TAC---GAAGTGCTAACACAC---------------------------AAGATGAGCAAGTCC------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 N  V  V  D  P  M  E  V  V  E  K  Y  G  A  E  I  L  R  L  W  L  A  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  Y  F  N  D  I  K  I  S  M  R  I  V  E  Q  Q  T  E  V  Y  R  K  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 N  T  F  R  F  L  L  G  N  L  E  D  F  D  P  E  L  D  R  V  P  H  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 L  L  T  I  D  R  W  A  L  G  R  L  Q  E  I  I  K  R  A  T  E  Y  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 S  Y  E  F  S  K  V  Y  N  L  V  V  K  Y  C  T  T  E  L  S  S  L  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 D  V  V  K  D  R  L  Y  V  E  A  K  D  S  I  Y  R  R  S  A  Q  T  V  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 H  E  I  L  I  S  L  M  K  I  L  A  P  I  M  T  F  T  M  E  E  V  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 H  L  H  E  K  D  R  K  Y  K  T  V  Q  A  E  Y  W  P  E  Y  R  E  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 I  D  R  K  L  M  E  D  F  E  K  L  L  S  I  R  E  D  V  L  K  A  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  K  R  Q  Q  D  V  I  G  H  S  L  D  A  E  V  V  L  V  P  K  N  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 I  K  A  L  L  E  K  Y  R  D  I  L  E  E  L  F  I  V  S  K  V  S  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 D  A  S  G  E  L  K  G  E  L  V  E  V  T  V  K  H  A  E  G  E  K  C  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 R  C  W  K  Y  T  T  E  I  S  A  S  E  D  F  P  G  V  C  P  R  C  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919
 V  L  K  G  E  R  K 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

ile_bact_A_aeolicus

Class I

Bacteria/Aquifex aeolicus/amino acid sequences/Aaeolicus_ile_aa

Bacteria/Aquifex aeolicus/nucleotide sequences/Aaeolicus_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  E  K  K  V  D  L  K  D  T  L  N  L  P  R  T  E  F  P  M  K  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  P  Q  R  E  P  Q  I  L  E  K  W  K  G  L  Y  E  K  I  Q  K  E  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  R  E  V  F  V  L  H  D  G  P  P  Y  A  N  G  H  I  H  V  G  H  A  L 
 -  -  -  -  -  V  L  H  D  .  P  P  Y  A  N  G  H  I  H  V  G  H  A  L 
---------------TCCTTCTATCTG---TTCTCCTCCCTCTCTCAGCTCAACCTGACTGACCGTAAAGAA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  K  I  L  K  D  V  I  N  K  Y  N  L  L  I  G  K  N  V  N  F  I  P  G 
 N  K  I  L  K  D  V  I  N  K  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  N  F  I  P  G 
GAAGTTCAGGTAATCCTCGTACTTTTTAAGGAG------------------------TATGTAAACCTTTGC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 W  D  C  H  G  L  P  I  E  R  A  V  E  K  E  L  S  K  K  K  I  K  K  E 
 W  D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCGTAAGGGTGCTT---------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  L  P  K  T  E  F  R  E  L  C  R  E  Y  A  K  K  Y  V  N  I  Q  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  K  Y  V  N  I  Q  R  E 
---------------------------------------------ATTCTCATCGGGCTTTGGCATTTCGTA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  F  V  R  L  G  V  L  G  D  W  E  H  P  Y  L  T  M  D  P  K  Y  E  A 
 D  F  V  R  L  .  .  .  .  D  -  -  H  P  Y  L  T  M  D  -  -  -  -  - 
GAGGAATACGCTCTC------------GTC------CCCTACGTGCTCCCATAGCTC---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  E  I  R  E  L  G  K  F  F  E  R  G  L  A  Y  R  S  K  K  P  V  Y  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 C  I  Y  D  K  T  A  E  A  E  A  E  V  E  Y  Y  E  K  E  D  P  S  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  K  F  P  L  K  S  G  E  K  F  G  I  K  D  K  K  V  F  A  I  I  W  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  T  P  W  T  L  P  A  N  L  G  I  M  V  K  E  D  A  D  Y  V  L  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  E  D  E  V  W  I  V  A  K  E  L  M  D  K  F  F  E  T  V  N  R  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  L  V  L  E  T  V  K  G  K  D  L  V  G  L  E  Y  T  H  P  F  V  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  K  L  K  G  H  L  S  E  E  T  L  K  N  M  W  K  I  Y  P  S  E  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  L  D  T  G  T  G  L  V  H  M  A  P  G  H  G  Q  E  D  Y  V  V  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  Y  G  L  E  P  Y  A  P  V  S  D  E  G  R  F  V  E  P  A  P  E  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  N  V  R  V  F  D  A  N  H  L  I  V  G  V  L  K  E  K  G  F  L  V  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  E  K  I  R  H  S  Y  P  H  C  W  R  C  K  N  P  V  I  F  R  A  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  W  F  I  G  M  D  I  E  F  F  G  K  T  L  R  Q  R  A  L  E  E  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  V  K  W  I  P  E  Y  G  K  N  R  I  K  S  M  V  E  N  R  P  D  W  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  S  R  Q  R  F  W  G  V  P  I  T  V  F  Y  C  E  N  C  G  E  I  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  R  E  V  F  E  R  V  A  Q  L  V  E  N  S  E  K  G  S  D  V  W  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  T  S  S  Q  L  L  P  E  G  Y  K  C  P  K  C  G  G  D  S  F  T  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  D  I  L  D  V  W  F  D  S  G  C  S  H  A  A  V  I  R  P  L  G  F  Q 
 -  -  -  -  D  V  W  F  D  S  G  C  S  H  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TTTCAGAACTCCTACGATTAAGTGGTTTGCGTC---------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 K  A  D  L  Y  L  E  G  S  D  Q  H  R  G  W  F  Q  A  S  L  L  E  S  V 
 -  -  -  L  Y  L  E  G  S  D  Q  H  R  G  .  F  Q  A  S  L  L  E  S  V 
---------TTCTACAAACCTCCCCTCGTCGCTGACGGGTGC---GGGCTCAAGTCCGTACCTCTGACCGAC

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 G  S  Y  L  E  A  P  Y  K  A  V  L  T  H  G  F  I  V  D  E  K  G  R  K 
 G  S  -  -  -  -  -  Y  .  A  V  L  T  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
TACGTA---------------TCC---AGCCATGTGAACGAG---------------------------TTC

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 M  S  K  S  L  G  N  V  I  S  P  Q  E  V  V  K  E  F  G  A  D  I  L  R 
 M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGAGGGGTATAT------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 L  W  V  V  S  E  D  Y  T  E  D  V  K  L  G  K  N  L  L  K  K  I  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 D  Y  R  K  I  R  N  T  L  R  F  I  I  G  N  L  Y  D  F  N  P  R  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 A  L  P  F  E  K  L  H  H  F  D  R  W  I  I  S  E  L  Q  N  L  L  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 V  H  E  N  Y  E  K  F  L  F  Y  R  V  H  N  H  I  K  N  F  V  I  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 L  S  A  I  Y  L  D  V  L  K  D  R  L  Y  V  Y  A  P  A  S  W  E  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 S  A  Q  T  A  L  W  H  L  L  I  A  L  T  T  S  T  A  P  Y  L  S  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 A  E  E  L  W  E  H  V  G  K  L  D  P  S  L  P  E  S  V  F  L  Y  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 P  K  P  D  E  N  L  K  D  E  E  V  L  K  D  Y  E  I  L  L  K  V  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 E  V  M  R  A  L  E  V  A  R  K  E  K  G  I  I  K  H  P  Y  E  A  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 Y  I  R  G  D  E  S  V  E  S  L  L  K  K  Y  E  D  Y  L  N  F  F  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 V  S  Q  V  E  L  R  E  G  G  E  V  Q  I  E  G  E  E  L  P  V  K  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 V  N  K  A  E  G  E  K  C  P  R  C  W  I  Y  Y  Q  K  E  E  F  V  G  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956
 V  C  K  R  C  A  K  A  L  S  E  M  G  I  E  L  N  A  V  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

ile_bact_M_mobile

Class I

Bacteria/Mycoplasma mobile/amino acid sequences/Mmobile_ile_aa

Bacteria/Mycoplasma mobile/nucleotide sequences/Mmobile_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  N  K  Y  K  E  T  L  N  I  P  Q  D  V  L  P  M  R  A  N  L  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  E  L  K  F  K  T  F  W  D  Q  N  K  I  Y  Q  K  A  L  E  K  N  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  K  P  F  I  L  H  D  G  P  P  Y  A  N  G  D  L  H  I  G  H  A  L  N 
 -  -  -  -  I  L  H  D  .  P  P  Y  A  N  G  D  L  H  I  G  H  A  L  N 
------------TAATGTTTTTAA---TTCATCAGTTTCTTTTATGTAAACTAATGCTTGATTTGCGCTTTT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  I  L  K  D  I  V  V  R  Y  K  S  L  S  G  F  Y  A  P  F  V  P  G  W 
 K  I  L  K  D  I  V  V  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  P  F  V  P  G  W 
AATAAGTTTGTCTTTAATTGCTATTTCAAT------------------------TTCAAAAAAGGAATTTCA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  T  H  G  L  P  I  E  N  K  I  L  K  E  L  K  I  D  D  H  K  N  I  S 
 D  T  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTTTCTTCTTG------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  L  E  L  R  K  Q  A  R  E  Y  A  L  S  Q  I  K  N  Q  K  K  Q  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  S  Q  I  K  N  Q  K  K  Q  F  L 
------------------------------------AGTTGGTAAAATTGGAGCTAAAATTAATAATAAAGT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  M  Q  L  F  S  D  F  K  D  Y  Y  Q  T  L  D  P  K  F  E  A  E  Q  L 
 T  M  .  .  .  .  D  -  -  D  Y  Y  Q  T  L  D  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTTGT------------ATT------AATCATTTTTCTTTGTAAATC------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  V  F  K  K  M  A  L  D  G  L  I  Y  K  S  L  Q  P  V  F  W  S  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  Q  S  A  L  A  E  A  E  V  E  Y  H  E  H  K  S  H  S  I  Y  T  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  I  V  K  G  N  K  F  V  E  K  N  D  F  L  V  I  W  T  T  T  P  W  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  I  A  N  S  G  V  S  V  K  E  E  F  S  Y  S  K  I  N  Y  E  N  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  I  F  A  T  D  L  V  Q  K  V  T  E  I  F  G  W  K  N  F  K  I  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  F  Q  G  K  D  L  V  G  I  E  Y  Q  R  P  I  K  Q  E  K  T  A  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  L  G  H  H  V  T  L  E  S  G  S  G  L  V  H  M  A  P  L  F  G  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  F  I  I  G  R  V  E  K  L  E  E  I  M  H  I  N  D  D  G  S  I  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  G  N  Q  F  A  N  K  F  Y  W  D  A  N  P  E  I  N  E  F  L  K  Q  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  L  L  L  H  H  S  F  L  Y  H  S  Y  P  H  D  W  R  T  N  K  P  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Y  R  G  S  N  Q  W  F  V  S  I  D  P  I  K  E  K  I  T  K  S  I  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  E  S  Y  P  T  W  G  I  S  R  L  K  T  M  I  D  N  R  T  S  W  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  R  Q  R  A  W  G  V  P  I  P  I  F  Y  N  E  K  N  E  P  V  F  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  L  F  D  H  I  I  D  L  V  S  K  Y  G  T  D  I  W  F  E  K  S  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  L  L  P  E  K  Y  K  N  K  N  W  T  K  E  K  D  I  M  D  V  W  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  F  D 
---------------------------------------------------------ATTGCCAAATTCATT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  G  T  T  S  M  G  V  K  I  E  G  A  P  V  P  W  D  V  Y  L  E  G  S 
 S  G  T  T  S  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  L  E  G  S 
AATACTTCCATCATCATT------------------------------------AATGATAAAATCATCCAA

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  Q  Y  R  G  W  F  N  S  S  L  I  N  S  V  V  Y  Y  N  Q  A  P  F  K 
 D  Q  Y  R  G  .  F  N  S  S  L  I  N  S  V  V  Y  -  -  -  -  -  F  K 
TCCAAAAAGAGGTGC---ATGAACTAGACCAGATCCTGATTCTAAAGTTAC---------------AATAGG

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 K  L  V  S  H  G  F  V  L  D  E  K  G  N  K  M  S  K  S  K  G  N  V  V 
 .  L  V  S  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  - 
---TGTTTTTTCTTG---------------------------TACTAAATCTTTACC---------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  P  Q  E  I  I  S  K  F  G  A  D  I  L  R  L  W  V  A  N  S  E  Y  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 S  D  V  T  I  G  E  N  I  I  N  Q  N  V  E  I  Y  R  K  F  R  N  T  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 R  F  L  I  A  N  L  V  D  F  D  Y  K  K  D  L  K  E  L  T  G  I  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 L  I  K  E  Q  L  E  T  L  K  F  N  T  K  I  A  Y  E  N  F  Q  F  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 V  I  K  L  T  N  N  F  V  Y  N  L  S  S  F  Y  L  D  F  S  K  D  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 Y  A  N  K  I  E  D  L  Q  R  K  M  I  Q  T  N  F  Y  N  I  T  K  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 L  L  I  L  A  P  I  L  P  T  T  I  E  E  V  Y  Q  I  F  D  Q  A  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 K  E  S  V  H  L  E  N  F  F  G  I  S  S  I  E  T  I  Q  E  E  K  W  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 S  F  F  E  L  K  N  K  V  Y  A  L  I  E  I  A  I  K  D  K  L  I  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 A  N  Q  A  L  V  Y  I  K  E  T  D  E  F  L  K  T  L  D  L  K  N  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 M  V  G  K  V  I  F  S  K  E  N  K  I  E  N  Y  E  G  H  L  C  E  R  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885
 R  I  Y  F  D  F  I  D  K  D  N  L  C  V  R  C  S  K  V  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

ile_bact_C_thermalis

Class I

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/amino acid sequences/Cthermalis_ile_aa

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/nucleotide sequences/Cthermalis_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  E  L  G  S  Y  K  D  T  V  N  L  P  K  T  K  F  D  M  R  A  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  K  R  E  P  E  I  Q  K  F  W  A  E  N  Q  I  Y  D  R  L  S  Q  Q  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  G  E  I  F  T  L  H  D  G  P  P  Y  A  N  G  S  L  H  I  G  H  A  L 
 -  -  -  -  -  T  L  H  D  .  P  P  Y  A  N  G  S  L  H  I  G  H  A  L 
---------------CAATTCTGTTAG---TGCGGGAGTATCGAGCAATTCTACCCCAGAAGTGATGAATAA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  K  I  L  K  D  I  I  N  R  Y  Q  L  Q  Q  G  R  K  V  R  C  I  H  G 
 N  K  I  L  K  D  I  I  N  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  C  I  H  G 
ATAGCGTAACTCATCAACACCGTTGGAATGAGT------------------------GTTTAAAAATTGCAG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 W  D  C  H  G  L  P  I  E  L  K  V  I  Q  S  M  K  P  Q  E  R  A  S  L 
 W  D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCGTTGTCGCAAATT---------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  P  L  E  L  R  H  K  A  R  D  F  A  L  K  A  M  Q  E  Q  C  A  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  A  M  Q  E  Q  C  A  S  L 
---------------------------------------GAGTTGGCGCAACTGAACCCAAGATTCTGCCAG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  R  W  G  V  I  G  D  W  E  N  S  Y  L  T  L  K  P  K  Y  E  A  A  Q 
 K  R  W  .  .  .  .  D  -  -  N  S  Y  L  T  L  K  -  -  -  -  -  -  - 
CTCTGAATT------------CTC------CACCCAGCCGGATTCAAATAC---------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  G  V  F  G  Q  M  V  L  K  G  Y  V  Y  R  G  F  K  P  V  Y  W  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  S  K  T  A  L  A  E  A  E  L  E  Y  P  E  G  H  T  S  R  S  L  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  F  P  M  T  H  I  E  P  S  V  F  P  K  L  K  S  F  L  P  H  L  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  I  W  T  T  T  P  W  T  I  P  A  N  L  A  V  A  V  N  P  D  L  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  V  V  E  M  S  R  K  D  A  E  T  Q  S  T  L  S  A  F  A  S  L  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Q  N  P  Q  Y  L  I  V  A  A  D  L  V  E  R  L  S  V  T  L  G  A  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  V  K  A  T  F  K  G  Y  E  L  E  H  C  K  Y  R  H  P  L  C  D  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  P  I  V  I  G  G  D  Y  V  T  T  E  S  G  T  G  L  V  H  T  A  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 H  G  Q  E  D  Y  Q  V  G  M  R  Y  N  L  P  I  L  S  P  V  D  A  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  F  T  A  E  A  G  Q  F  A  K  L  N  V  L  G  E  G  N  A  A  V  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  L  E  Q  A  G  S  L  L  K  E  E  P  Y  V  H  K  Y  P  Y  D  W  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  K  P  V  I  L  R  A  T  E  Q  W  F  A  S  V  E  G  F  R  D  A  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Q  E  I  A  H  V  R  W  I  P  A  Q  G  E  N  R  I  T  A  M  V  A  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 S  D  W  C  I  S  R  Q  R  S  W  G  V  P  I  P  V  F  Y  D  E  E  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  P  L  L  N  E  E  T  I  A  R  V  Q  N  I  F  A  E  K  G  S  D  A  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 W  E  M  S  V  E  E  L  L  P  E  K  Y  R  D  N  G  R  K  Y  R  K  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  T  M  D  V  W  F  D  S  G  S  S  W  A  A  V  L  Q  Q  R  P  E  L  S 
 -  -  -  D  V  W  F  D  S  G  S  S  W  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GTGGACGTATGGTTCTTCCTTCAGCAGCGAACC------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 Y  P  A  D  L  Y  L  E  G  S  D  Q  H  R  G  W  F  Q  S  S  L  L  T  S 
 -  -  -  -  L  Y  L  E  G  S  D  Q  H  R  G  .  F  Q  S  S  L  L  T  S 
------------TAATACGTTAAGCTTGGCAAATTGTCCGGCTTC---TGTAAAGTTACCATCGGCATCGAC

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 V  A  T  N  G  H  A  P  Y  K  T  V  L  T  H  G  Y  T  V  D  E  Q  G  R 
 V  A  T  -  -  -  -  -  Y  .  T  V  L  T  H  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGGAGAGAG---------------GCG---CCCCACTTGATAATC---------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 K  M  S  K  S  L  G  N  G  V  D  P  T  V  V  I  D  G  G  K  N  Q  K  E 
 K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACGAGTCCCGTACC---------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 E  P  P  Y  G  A  D  V  L  R  L  W  V  S  S  V  D  Y  S  A  D  V  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 S  K  N  I  L  K  Q  L  A  D  A  R  N  K  I  R  N  T  A  R  F  L  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 N  L  H  D  F  D  P  S  K  D  A  V  P  Y  E  Q  L  P  E  L  D  R  Y  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  H  R  M  T  E  V  F  N  E  V  T  Q  A  F  D  K  Y  Q  F  F  R  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 Q  T  V  Q  N  F  C  V  V  D  L  S  S  F  Y  L  D  I  A  K  D  R  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 I  S  A  A  N  S  F  R  R  R  S  C  Q  T  V  L  Q  I  A  L  E  N  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 K  A  I  A  P  V  L  C  H  M  A  E  D  I  W  Q  Y  L  P  Y  P  K  S  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  S  V  F  E  S  G  W  V  K  L  E  D  K  W  Q  N  S  E  L  A  E  S  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 V  Q  L  R  Q  L  R  T  E  V  N  K  V  L  E  Q  A  R  T  E  K  A  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 S  S  L  E  A  K  V  L  L  Y  V  A  D  A  N  L  R  Q  R  L  Q  F  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 P  S  T  D  A  Q  P  S  T  H  S  N  G  V  D  E  L  R  Y  L  F  I  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 G  V  E  L  L  D  T  P  A  T  L  T  E  L  K  Y  N  F  Q  S  E  A  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 I  G  V  A  K  A  D  G  K  K  C  D  R  C  W  N  Y  S  I  H  V  G  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978
 Q  A  H  P  L  L  C  E  R  C  I  P  A  L  A  G  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

ile_bact_C_A_asiaticus

Class I

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_ile_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  K  Y  P  E  Y  K  Q  L  D  L  V  Q  V  A  Q  E  I  N  E  F  W  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  H  D  I  F  L  E  S  I  K  N  R  E  G  K  P  S  F  T  F  Y  E  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  Y  E  .  P 
------------------------------------------------------CGTTTGGTATAC---AAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  S  A  N  G  E  P  G  I  H  H  V  L  S  R  A  L  K  D  L  F  C  R  Y 
 P  S  A  N  G  E  P  G  I  H  H  V  L  S  R  A  L  K  D  L  F  C  R  Y 
TGCTTCTTTTACAAAGTCTTCTTGAGAAGCTATAGCGAGCTGTATCTTATCCTGTACTTCTAAGCCCATAGA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  T  L  Q  G  Y  Q  V  K  R  K  S  G  W  D  T  H  G  L  P  V  E  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  K  R  K  S  G  W  D  T  H  G  -  -  -  -  -  - 
------------------------TATTACGTCTCTGGCAACACCTTCTTGTCG------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  E  K  S  L  G  I  T  K  E  E  I  G  K  R  I  S  I  E  E  Y  N  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 C  R  Q  T  V  M  R  Y  T  D  Q  W  E  K  L  T  T  E  L  G  Y  W  L  D 
 -  -  -  -  -  M  R  Y  T  D  Q  W  E  K  L  T  T  E  L  .  .  .  .  D 
---------------AAGTCTGATCATATCTTTACCTATATTGAGCATTAATTCTTG------------TAA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  E  N  P  Y  I  T  Y  D  R  Q  Y  I  E  S  V  W  Y  L  L  K  Q  L  Y 
 -  -  N  P  Y  I  T  Y  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ATCTTCTTGAGTAAGCGTAGT---------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  K  G  L  L  Y  K  G  Y  S  I  Q  P  Y  S  P  A  A  G  T  G  L  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 H  E  L  N  Q  P  G  C  Y  R  S  V  K  D  V  T  V  V  A  Q  F  K  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  A  E  Q  D  Y  V  L  A  W  T  T  T  P  W  T  L  P  A  N  S  A  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  G  E  N  I  T  Y  V  K  V  R  T  Y  N  P  Y  T  H  Q  L  V  Q  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  A  E  A  A  L  A  R  Y  F  T  T  S  P  D  R  E  A  V  A  H  Y  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  A  S  T  I  P  W  E  I  I  A  K  Y  Q  G  K  D  L  V  G  L  E  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  L  L  P  Y  V  Q  P  V  N  H  T  F  R  I  V  S  G  D  F  V  T  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  G  T  G  I  V  H  I  A  P  T  F  G  A  D  D  M  R  L  A  Q  K  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  P  A  I  T  V  E  R  D  G  K  A  V  P  I  V  D  K  Q  G  R  F  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  I  T  D  W  A  G  K  Y  V  K  E  D  Y  E  P  E  N  I  R  N  Q  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Y  K  S  A  D  V  L  I  A  I  K  L  K  Q  E  N  K  A  F  L  V  A  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  H  N  Y  P  H  C  W  R  T  D  K  P  I  L  Y  Y  P  L  D  A  W  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  T  T  A  Y  K  D  R  L  I  A  L  N  K  T  I  N  W  K  P  A  S  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 T  G  R  F  E  N  W  L  E  N  L  V  D  W  N  L  S  R  D  R  F  W  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  L  P  I  W  R  T  E  D  G  Q  E  E  L  C  I  G  S  I  Q  E  L  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  V  E  K  S  I  A  A  G  F  M  E  H  P  L  P  I  D  F  D  L  H  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Y  V  D  N  I  V  L  A  S  P  S  G  K  E  M  H  R  T  T  D  L  I  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V 
------------------------------------------------------------------TGCTAT

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 W  F  D  S  G  A  M  P  Y  A  Q  W  H  Y  P  F  E  N  K  E  T  F  Q  Q 
 W  F  D  S  G  A  M  P  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGATTTTTCTACTTCTTGGTTGAGTTC---------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 S  F  P  A  D  F  I  A  E  G  V  D  Q  T  R  G  W  F  F  T  L  H  A  I 
 -  -  -  -  -  F  I  A  E  G  V  D  Q  T  R  G  .  F  F  T  L  H  A  I 
---------------AGTACCCCAAAATCGATCACGACTCAAATTCCA---CACTAGATTTTCTAGCCAGTT

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 A  V  M  L  F  D  S  V  A  F  K  N  V  V  S  N  G  L  I  L  D  K  I  G 
 A  V  M  L  -  -  -  -  -  F  .  N  V  V  S  N  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCAAAGCGGCC---------------GGG---CCAATTGATTGTTTT------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 N  K  M  S  K  R  L  G  N  S  I  D  P  F  Q  I  M  Q  Q  H  G  P  D  A 
 -  K  M  S  K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AGCTGTAGTACGGAT------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 L  R  W  Y  M  I  S  N  A  N  P  W  D  N  L  K  F  D  T  E  G  L  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 V  T  R  K  F  F  S  T  L  Q  N  T  Y  S  F  F  A  L  Y  A  N  L  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 F  F  F  N  K  Q  S  N  I  P  L  K  G  R  P  E  I  D  R  W  I  L  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 L  H  S  L  I  Q  F  V  T  T  E  L  D  A  Y  E  P  T  R  A  C  R  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 Q  D  F  V  V  D  D  L  S  N  W  Y  V  R  L  N  R  K  R  F  W  K  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 Q  T  Q  D  K  T  A  A  Y  Q  T  L  Y  T  C  L  T  T  V  V  Q  L  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 P  I  A  P  F  Y  T  E  R  M  Y  K  D  L  Q  L  V  Q  Q  E  D  K  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 S  I  H  L  S  D  W  P  V  V  N  T  S  A  I  N  L  A  L  E  A  K  M  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 Q  A  Q  T  I  V  S  L  V  H  S  L  R  K  K  H  N  L  K  V  R  Q  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 T  K  L  I  V  P  V  T  N  E  A  M  Q  A  Q  I  E  A  V  A  D  L  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 A  E  T  N  I  K  Q  I  T  Y  I  A  H  T  S  E  L  V  A  K  K  V  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 N  F  K  Q  L  G  Q  R  Y  K  A  Q  I  K  P  I  T  E  A  L  T  T  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 Q  E  D  I  L  L  L  E  A  H  Q  E  L  M  L  N  I  G  K  D  M  I  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 S  L  E  D  V  M  I  I  S  E  D  I  P  G  W  S  V  A  S  Q  E  S  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 V  A  L  D  I  T  V  T  D  A  L  R  Q  E  G  V  A  R  D  V  I  N  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 Q  N  M  R  K  S  M  G  L  E  V  Q  D  K  I  Q  L  A  I  A  S  Q  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 F  V  K  E  A  V  T  V  Y  Q  T  Y  I  C  Q  E  T  Q  A  L  Q  F  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

010611062106310641065106610671068106910701071107210731074107510761077107
 L  E  S  L  T  K  G  E  Q  V  E  I  D  N  Y  V  L  Q  I  N  V  K  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

810791080108110821083108410851086108710881089109010911092109310941095109
 T  A  G  Q 
 -  -  -  - 
------------

ile_bact_B_licheniformis

Class I

Bacteria/Bacillus licheniformis/amino acid sequences/Blicheniformis_ile_aa

Bacteria/Bacillus licheniformis/nucleotide sequences/Blicheniformis_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  Y  K  D  T  L  L  M  P  K  T  D  F  P  M  R  G  N  L  P  N  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  E  I  Q  G  K  W  E  D  M  D  I  Y  S  L  V  Q  K  R  T  E  G  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 M  F  V  L  H  D  G  P  P  Y  A  N  G  D  I  H  M  G  H  A  L  N  K  V 
 -  -  V  L  H  D  .  P  P  Y  A  N  G  D  I  H  M  G  H  A  L  N  K  V 
------GTGCTTCATGAC---CCGCCGTATGCGAACGGCGATATTCATATGGGGCATGCGCTTAACAAAGTA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  K  D  F  I  V  R  S  R  S  M  S  G  Y  H  A  P  Y  V  P  G  W  D  T 
 L  K  D  F  I  V  R  S  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Y  V  P  G  W  D  T 
CTGAAGGATTTCATCGTCCGTTCG------------------------CCGTACGTTCCGGGCTGGGACACA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  G  L  P  I  E  T  A  L  T  K  N  K  K  V  K  R  K  E  M  T  V  A  E 
 H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACGGC------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  R  K  L  C  E  E  Y  A  W  Q  Q  I  E  G  Q  K  T  Q  F  K  R  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  W  Q  Q  I  E  G  Q  K  T  Q  F  K  R  L  . 
---------------------------TGGCAGCAAATCGAAGGCCAAAAAGCGCAATTTAAGCGGCTC---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  R  G  D  W  E  N  P  Y  V  T  L  K  P  E  F  E  A  Q  Q  I  K  V  F 
 .  .  .  D  -  -  N  P  Y  V  T  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GAT------AATCCATACGTGACGCTTAAG---------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  E  M  A  K  K  G  Y  I  Y  K  G  K  K  P  V  Y  W  S  P  S  S  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  L  A  E  A  E  I  E  Y  H  D  K  R  S  P  S  I  Y  V  A  F  D  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  G  K  G  V  L  T  N  G  E  K  I  V  I  W  T  T  T  P  W  T  I  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  L  G  I  A  V  H  P  E  L  E  Y  S  V  V  A  A  G  G  A  R  Y  V  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  S  A  L  I  E  S  V  A  K  A  I  G  F  E  D  H  E  V  V  Q  T  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  K  D  L  E  H  I  V  A  V  H  P  L  Y  G  R  D  S  L  V  M  L  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  V  T  T  D  A  G  T  G  C  V  H  T  A  P  G  H  G  E  D  D  F  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  Q  K  Y  G  L  D  V  L  C  P  V  D  E  K  G  H  M  T  S  E  A  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  E  G  L  F  Y  D  Q  A  N  K  P  I  T  E  Q  L  E  E  K  G  A  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  L  D  F  I  T  H  S  Y  P  H  D  W  R  T  K  K  P  T  I  F  R  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  Q  W  F  A  S  I  K  D  F  R  D  E  L  L  D  A  V  K  E  T  K  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  E  W  G  E  T  R  L  Y  N  M  I  R  D  R  G  D  W  C  I  S  R  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  W  G  V  P  I  P  V  F  Y  A  E  N  G  E  P  I  I  T  D  E  T  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 H  V  S  E  L  F  R  E  H  G  S  N  I  W  F  E  K  E  A  N  E  L  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  G  F  T  H  P  G  S  P  N  G  K  F  T  K  E  Q  D  I  M  D  V  W  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  F 
------------------------------------------------------------GACGTCTGGTTT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  S  G  S  S  H  Q  A  V  L  E  E  R  D  D  L  V  R  P  A  D  L  Y  L 
 D  S  G  S  S  H  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  L 
GATTCAGGTTCGTCTCATCAG------------------------------------------TTGTATCTG

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  G  S  D  Q  Y  R  G  W  F  N  S  S  I  S  T  A  V  A  V  T  G  K  A 
 E  G  S  D  Q  Y  R  G  .  F  N  S  S  I  S  T  A  V  A  V  -  -  -  - 
GAAGGATCTGACCAATACCGCGGC---TTTAACTCATCGATTTCGACAGCGGTTGCCGTA------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 P  Y  K  G  V  L  S  H  G  F  A  L  D  G  E  G  R  K  M  S  K  S  L  G 
 -  Y  .  G  V  L  S  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  - 
---TAT---GGCGTGCTTTCGCAC---------------------------AAAATGAGTAAATCA------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 N  V  V  V  P  A  K  I  M  N  Q  F  G  A  D  I  L  R  L  W  V  A  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  Y  Q  A  D  V  R  V  S  D  A  I  L  K  Q  V  A  E  V  Y  R  K  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 N  T  F  R  F  L  H  G  N  I  A  D  F  D  P  A  K  D  A  I  A  V  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 L  R  E  V  D  Q  Y  I  L  I  K  L  N  S  L  I  E  K  V  K  K  A  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 E  Y  D  F  A  V  I  Y  H  A  V  H  N  F  C  A  I  E  L  S  S  F  Y  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 D  F  A  K  D  V  V  Y  I  E  H  A  D  H  K  D  R  R  S  M  Q  T  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 Y  E  T  L  L  G  L  V  K  L  I  A  P  I  L  P  H  T  A  D  E  M  W  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 H  F  T  F  V  S  E  K  S  V  Q  L  T  D  M  P  E  T  R  D  I  P  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 K  E  T  E  E  K  F  D  S  F  M  K  L  R  G  D  V  L  K  A  L  E  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 R  N  E  K  I  I  G  K  S  S  V  A  S  L  T  L  Y  P  N  E  E  A  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 L  L  S  S  I  K  E  D  V  K  Q  L  F  I  V  S  E  L  L  I  G  G  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 A  E  A  P  E  G  A  Q  T  F  D  T  G  K  I  V  V  A  Q  A  E  G  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 C  E  R  C  R  M  V  S  K  E  I  G  Q  D  A  D  H  P  E  L  C  P  R  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922
 A  G  I  V  K  T  Y  Y  Q  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

ile_bact_B_burgdorferi

Class I

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_ile_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  F  K  K  V  E  N  K  A  N  F  P  K  I  E  E  K  I  L  K  F  W  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  K  I  F  E  K  S  I  K  Q  R  E  G  C  E  E  F  T  F  Y  D  G  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  Y  D  .  P  P 
---------------------------------------------------TTTATTTAGCAT---TTTCAA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  A  T  G  L  P  H  F  G  H  F  V  P  N  T  I  K  D  I  I  P  R  Y  Q 
 F  A  T  G  L  P  H  F  G  H  F  V  P  N  T  I  K  D  I  I  P  R  Y  - 
AGTTTCATTATTTTCTATGTATAAATTTATTCTATCGCTAACATCAAAATTTTTTTCTTTTCTTAAATT---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  M  Q  G  K  Y  V  K  R  N  F  G  W  D  T  H  G  L  P  V  E  Y  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  K  R  N  F  G  W  D  T  H  G  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------TGTCAGCCCTTCCAAGTACAACTCTTTAGT---------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  K  K  L  G  I  S  G  K  Y  E  I  E  N  Y  G  I  E  N  F  N  K  E  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  K  I  V  L  R  Y  T  E  E  W  K  N  I  I  L  R  L  G  R  W  V  D  F 
 -  -  -  -  L  R  Y  T  E  E  W  K  N  I  I  L  R  L  .  .  .  .  D  - 
------------TGCATTGGCTACTTTTATCTCGTAGGATGTTCCATTTATTAT------------TTC---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  K  G  Y  K  T  M  D  I  S  F  M  E  S  V  W  W  V  F  K  N  L  Y  E 
 -  K  G  Y  K  T  M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TAGCTTGCTAATTTCAGTAGA------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  G  L  I  Y  E  S  Y  Y  V  L  P  Y  S  P  K  L  A  T  P  L  S  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  V  N  L  G  E  Y  K  E  V  N  D  P  S  L  T  I  K  F  K  I  K  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  E  Y  L  L  V  W  T  T  T  P  W  T  L  P  S  N  L  G  I  A  V  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  I  E  Y  S  K  I  F  D  K  T  K  E  E  I  L  I  L  G  S  K  K  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  Y  Y  D  D  E  N  S  Y  T  I  I  E  K  F  K  G  S  K  L  E  G  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  E  P  I  F  N  Y  F  L  E  Q  K  D  K  G  A  F  K  V  H  T  A  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  T  T  D  D  G  T  G  I  V  H  I  A  P  F  G  E  E  D  Y  R  I  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  H  T  N  V  D  I  I  D  P  L  D  A  E  C  K  F  T  N  Q  V  K  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  G  L  F  V  K  D  A  D  K  K  I  I  E  N  L  K  L  R  N  F  L  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  E  N  Y  L  H  R  Y  P  F  C  Y  R  T  N  C  P  I  I  Y  R  P  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  W  F  V  N  V  E  K  I  K  T  K  L  L  E  V  N  E  K  I  N  W  M  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  H  L  K  K  G  R  F  G  K  W  L  E  N  A  K  D  W  A  I  S  R  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  W  G  N  P  I  P  I  W  I  C  S  K  T  G  K  K  I  C  I  G  S  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  L  E  N  L  S  G  Q  K  I  E  D  L  H  K  D  Q  I  D  K  I  T  W  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 S  K  D  G  G  K  F  I  R  T  S  E  V  L  D  C  W  F  E  S  G  A  M  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  C  W  F  E  S  G  A  M  P 
------------------------------------------TCCAGATTCAAACCAACAATCGAGAACCTC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Y  A  S  N  H  Y  P  F  T  N  E  I  N  F  K  N  I  F  P  A  D  F  I  A 
 Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  A 
GCT------------------------------------------------------------ATGTAAGTC

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  G  L  D  Q  T  R  G  W  F  Y  T  L  T  I  L  G  T  A  L  F  E  N  T 
 E  G  L  D  Q  T  R  G  .  F  Y  T  L  T  I  L  G  T  A  L  -  -  -  - 
TTCGATTTTTTGGCCAGATAGGTT---AAGCTCTTTTTTTGATCCAATGCAAATTTTTTT------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  F  K  N  V  I  V  N  G  L  V  L  S  S  D  G  R  K  M  S  K  S  F  K 
 -  F  .  N  V  I  V  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  - 
---TAT---AATTGGAATTGGATT---------------------------CCAATCTTTTGCATT------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 N  Y  T  D  P  M  Q  V  I  N  T  F  G  A  D  A  L  R  L  Y  L  I  M  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 P  V  V  K  A  D  D  L  K  Y  S  D  N  G  V  R  D  V  L  K  N  I  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 P  I  W  N  A  Y  S  F  F  T  T  Y  A  I  I  D  K  F  K  P  P  K  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 S  L  A  K  N  N  N  L  D  K  W  I  I  S  E  L  E  S  L  K  K  I  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 T  E  I  D  K  Y  N  L  T  K  S  I  E  S  L  L  E  F  I  D  K  L  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 W  Y  I  R  R  S  R  R  R  F  W  K  S  E  N  D  K  D  K  N  D  A  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 T  L  Y  Y  A  I  K  T  L  M  I  L  L  A  P  F  I  P  F  I  T  E  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 Y  Q  N  L  K  T  D  E  D  K  Q  S  I  H  L  N  D  Y  P  K  A  N  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 F  I  N  K  T  I  E  E  K  I  N  L  A  R  K  I  T  S  M  A  R  S  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 S  L  H  N  I  K  I  R  M  P  I  S  T  I  Y  I  V  T  K  N  Q  N  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 N  M  L  M  E  M  Q  E  I  I  L  D  E  I  N  A  K  E  M  K  I  K  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 E  E  E  L  I  T  Y  K  A  K  A  N  F  K  E  L  G  K  K  L  G  K  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 K  A  V  S  T  E  I  S  K  L  K  N  E  D  I  I  K  I  I  N  G  T  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 E  I  K  V  A  N  A  K  H  Y  L  S  L  N  D  I  I  L  E  R  E  E  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 N  L  K  V  I  N  E  E  S  I  T  I  G  I  D  S  L  I  T  K  E  L  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 E  G  L  T  R  E  F  V  R  Q  I  Q  N  L  R  K  E  K  N  F  D  V  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 R  I  N  L  Y  I  E  N  N  E  T  L  K  E  M  L  N  K  F  E  K  Y  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 T  E  T  L  A  L  N  I  I  L  N  K  S  K  L  E  K  K  I  N  L  A  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 I  F  T  L  I  G  I  E  K  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

ile_bact_D_radiodurans

Class I

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_ile_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  K  R  T  F  A  P  V  P  T  Q  P  N  F  R  Q  L  E  A  D  I  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  W  K  D  E  Q  V  F  E  Q  T  Q  T  R  P  A  P  A  G  E  F  V  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  Y 
---------------------------------------------------------------GCCATCCAG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  G  P  P  T  A  N  G  K  P  A  L  H  H  V  L  A  R  S  F  K  D  L  F 
 E  .  P  P  T  A  N  G  K  P  A  L  H  H  V  L  A  R  S  F  K  D  L  F 
TTC---CGCGAGGGCAATCCGGTCCTGCACCTCGAAGCCCGCCGCCTTGCGGGCCTCCTGAATGGCGCGAAC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  R  F  K  V  M  Q  G  H  H  V  T  R  K  G  G  W  D  T  H  G  L  P  V 
 P  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  T  R  K  G  G  W  D  T  H  G  -  -  - 
GAGATCACG------------------------AGGGGTCAGGGCGGTATCGAAGGCCACCAG---------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  I  S  V  E  K  K  L  G  W  L  G  R  N  H  G  A  S  R  E  E  L  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  N  R  L  C  R  T  S  V  W  E  T  I  Q  D  W  N  E  L  T  E  R  M  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  W  E  T  I  Q  D  W  N  E  L  T  E  R  M  . 
---------------------------CTGACCGGCCTGCACCGCCGTGGCGACGGCGCGGGCGTCCGC---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  W  L  D  L  G  D  P  Y  I  T  Y  Q  N  S  Y  V  E  S  V  W  N  L  L 
 .  .  .  D  -  -  D  P  Y  I  T  Y  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CTT------CACCGGAAGCTGCTTGCCGTA---------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  R  L  H  E  K  G  L  V  A  Q  D  Y  K  V  V  P  L  S  P  R  I  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  L  S  R  A  E  L  G  E  V  D  S  Y  R  M  V  D  D  P  S  V  Y  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  P  I  V  W  D  T  L  P  E  R  A  H  A  A  L  S  S  L  S  G  E  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Q  G  L  S  L  L  V  W  T  T  T  P  W  T  L  P  S  N  T  L  A  A  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  D  L  D  Y  V  V  A  D  S  P  S  G  R  V  I  V  A  E  G  A  V  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  S  A  L  H  K  D  A  A  P  L  E  V  L  A  R  F  K  G  R  D  L  E  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  E  Y  E  P  P  F  P  E  V  A  S  Q  L  G  V  V  S  E  L  H  E  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  G  K  P  V  L  H  F  V  V  M  A  D  F  V  S  D  V  D  G  S  G  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 H  E  A  P  A  Y  G  A  E  D  L  E  V  A  R  A  Y  G  V  P  L  M  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  D  D  H  G  I  L  Q  V  T  H  E  Q  G  K  F  F  K  D  A  D  K  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  A  D  M  K  A  R  G  L  M  F  W  A  G  T  L  K  H  R  Y  P  F  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  T  G  D  P  I  L  Y  F  A  K  K  G  W  Y  I  R  T  S  Q  V  A  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 M  L  A  Q  N  E  K  I  N  W  V  P  G  N  I  K  H  G  R  F  G  N  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  G  N  V  D  W  A  I  S  R  E  R  Y  W  G  T  P  L  P  F  W  Q  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 S  G  Q  L  R  V  I  G  S  V  A  E  L  S  E  L  A  G  R  D  L  S  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  L  H  R  P  Y  I  D  D  I  T  F  T  L  D  G  E  E  Y  R  R  V  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  L  D  V  W  F  D  S  G  S  M  P  Y  A  Q  W  G  L  L  L  N  E  Q  G 
 -  -  D  V  W  F  D  S  G  S  M  P  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CAGGTCGCGCCCCGCCAGCTCGGAGAGTTCCGC---------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 E  A  V  R  G  A  E  Q  F  A  K  H  Y  P  A  D  Y  I  C  E  A  I  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  I  C  E  A  I  D  Q 
------------------------------------------------GGCCCAGTCCACGTTGCCCTCCAG

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 T  R  G  W  F  Y  S  L  H  A  I  S  T  M  L  Y  D  Q  P  A  Y  K  N  V 
 T  R  G  .  F  Y  S  L  H  A  I  S  T  M  L  -  -  -  -  -  Y  .  N  V 
CCAGTTGCC---GCGCCCGTGCTTGATGTTGCCCGGCACCCAGTT---------------CGC---CATCTC

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 I  C  L  G  H  I  V  D  E  K  G  L  K  M  S  K  S  K  G  N  V  V  A  P 
 I  C  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  - 
GCCCGCCAC---------------------------CTTGGCGAAGTAGAG---------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 L  P  L  F  D  Q  Y  G  A  D  S  V  R  W  Y  M  F  M  A  S  D  P  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 Q  K  R  F  S  E  R  L  V  A  E  A  Q  R  S  Y  V  N  T  L  W  N  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 S  F  F  V  L  Y  A  N  L  D  Q  P  D  L  A  A  A  P  A  V  A  E  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 E  M  D  R  W  L  L  A  R  L  E  E  T  V  R  D  V  T  A  A  L  E  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 D  A  R  S  G  G  R  A  L  E  G  F  V  D  D  L  S  N  W  Y  V  R  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 R  S  R  F  W  G  E  G  G  T  V  D  T  A  A  Y  A  T  L  H  E  A  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 V  V  S  Q  L  T  A  P  F  T  P  F  L  A  D  A  L  Y  R  N  L  S  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  S  S  V  H  L  T  P  W  P  T  V  R  A  E  R  L  D  R  K  L  T  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 M  A  A  V  M  K  V  V  E  L  G  R  A  V  R  G  A  H  N  L  K  T  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 P  L  A  G  V  Q  V  R  A  A  S  P  E  A  L  D  A  L  K  R  S  Q  T  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 I  M  E  E  L  N  V  K  A  V  T  F  L  E  G  D  T  D  L  V  Q  Y  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 R  P  N  L  P  V  V  G  K  Q  Y  G  K  Q  L  P  V  L  K  K  A  L  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 A  D  A  R  A  V  A  T  A  V  Q  A  G  Q  G  F  S  V  Q  A  D  G  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 F  D  L  T  P  G  S  V  L  V  D  A  K  A  P  E  G  V  A  A  A  E  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 G  Y  L  V  A  F  D  T  A  L  T  P  E  L  V  R  E  G  L  A  R  D  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 R  A  I  Q  E  A  R  K  A  A  G  F  E  V  Q  D  R  I  A  L  A  L  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 D  G  E  A  L  E  A  A  Q  A  W  Q  D  F  I  A  G  E  V  L  A  E  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 A  Y  G  S  G  E  G  F  R  A  E  V  E  G  G  A  V  T  L  K  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

ile_euk_C_subellipsoidea

Class I

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/amino acid sequences/Csubellipsoidea_ile_aa

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/nucleotide sequences/Csubellipsoidea_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  H  E  K  L  I  S  G  S  S  W  I  F  H  S  A  G  P  Y  K  D  T  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  P  I  T  K  F  N  M  R  A  N  S  T  Q  R  E  P  E  L  Q  K  F  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  N  G  I  Y  E  Q  L  L  K  S  N  P  G  E  V  F  T  L  H  D  G  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  L  H  D  .  P  P 
---------------------------------------------------ACCTTACACGAT---CCTCCC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  A  N  G  D  T  H  L  G  H  A  L  N  K  I  L  K  S  I  I  V  N  Y  Q 
 Y  A  N  G  D  T  H  L  G  H  A  L  N  K  I  L  K  S  I  I  V  N  Y  - 
TATGCAAATGGGGACACACACTTGGGGCATGCGCTGAACAAGATCTTAAAATCCATCATTGTCAACTAC---

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  L  G  G  K  K  A  R  Y  V  P  G  W  D  C  H  G  L  P  I  E  L  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  R  Y  V  P  G  W  D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------AGATATGTGCCTGGCTGGGACTGCCATGGC---------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  Q  S  M  S  D  E  Q  R  R  E  L  D  P  I  K  L  R  R  K  A  R  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  L  K  T  V  K  A  Q  R  E  Q  F  K  R  Y  G  I  W  G  D  W  D  A  P 
 -  L  K  T  V  K  A  Q  R  E  Q  F  K  R  Y  .  .  .  .  D  -  -  A  P 
---CTGAAGACCGTCAAAGCGCAGCGCGAGCAGTTCAAGCGGTAC------------GAC------GCCCCC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  L  T  L  E  P  K  Y  E  A  A  Q  L  R  V  F  G  K  L  V  A  A  G  H 
 Y  L  T  L  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACCTGACGCTGGAG---------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  Y  R  G  R  K  P  V  H  W  S  P  S  S  A  T  A  L  A  E  A  E  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  P  E  G  H  T  S  R  S  I  Y  V  A  M  P  L  T  S  L  G  D  A  M  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  D  L  K  E  K  L  S  G  A  A  V  A  I  W  T  T  T  G  W  T  I  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 N  E  A  V  A  V  N  E  R  M  N  Y  G  A  E  S  W  A  H  R  R  L  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  E  E  L  V  D  S  L  G  A  K  F  G  V  Q  L  Q  R  L  G  S  L  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  Q  L  A  G  C  Q  Y  R  H  P  L  F  E  R  T  S  P  V  L  I  G  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  I  T  T  E  S  G  T  G  L  V  H  T  A  P  G  H  G  Q  E  D  Y  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  L  K  N  G  L  P  I  S  S  P  V  D  D  D  G  V  F  T  E  E  A  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  K  G  L  P  V  L  K  E  G  T  A  A  V  I  E  A  L  Q  Q  K  G  C  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  K  E  E  R  Y  A  H  K  Y  P  Y  D  W  R  T  K  L  P  T  I  F  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  D  Q  W  F  V  S  V  E  G  F  Q  A  A  A  M  D  A  V  R  S  V  Q  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  P  A  S  G  E  K  R  I  T  S  M  V  E  G  R  S  D  W  C  I  S  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 R  S  W  G  V  P  I  P  V  L  Y  Y  T  D  S  G  E  P  L  M  T  E  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  E  H  M  A  A  V  V  E  A  K  G  T  D  A  F  W  Q  L  P  I  E  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  P  E  R  L  R  T  E  A  P  K  L  R  K  Q  L  E  T  M  D  V  W  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  F  D 
---------------------------------------------------------GACGTGTGGTTTGAC

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 S  G  T  S  W  A  G  C  V  E  S  T  P  G  L  A  F  P  A  D  L  Y  L  E 
 S  G  T  S  W  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  L  E 
AGCGGCACCAGCTGGGCC------------------------------------------CTCTACCTGGAG

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  S  D  Q  H  R  G  W  F  Q  S  S  L  L  T  A  A  A  A  R  G  S  A  P 
 G  S  D  Q  H  R  G  .  F  Q  S  S  L  L  T  A  A  A  A  -  -  -  -  - 
GGGAGTGACCAGCACCGTGGC---TTCCAGAGCTCTCTTCTGACCGCAGCAGCCGCG---------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Y  K  A  V  L  T  H  G  F  T  L  D  E  K  G  Y  K  M  S  K  S  L  G  N 
 Y  .  A  V  L  T  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  - 
TAC---GCTGTGCTGACGCAC---------------------------AAGATGAGCAAGTCG---------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 V  V  D  P  R  S  I  I  E  G  G  K  D  K  N  K  E  P  A  L  G  A  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 L  R  L  W  V  A  S  V  D  Y  T  G  D  M  V  M  G  P  S  V  M  S  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 A  D  V  Y  R  K  L  R  F  T  L  R  F  I  L  G  N  L  H  D  F  A  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 S  D  A  V  P  Y  D  A  L  P  A  T  D  R  F  I  L  S  S  F  A  T  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 S  G  L  S  A  S  Y  E  T  Y  Q  F  F  R  V  Y  Q  A  V  Q  R  F  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  D  L  S  N  W  Y  L  D  V  I  K  D  R  L  Y  V  S  A  D  D  S  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 R  R  A  A  Q  T  V  L  H  S  L  L  Q  G  L  L  P  A  L  A  P  I  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 H  L  A  E  D  A  W  Q  A  L  P  W  E  A  P  S  V  S  V  F  Q  A  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 L  A  P  P  Q  Q  W  A  A  I  P  A  D  Q  Q  R  A  F  K  A  L  L  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 R  E  E  V  N  M  V  L  E  R  A  R  Q  D  G  F  L  G  A  S  L  E  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 V  L  L  H  V  A  D  A  D  L  A  A  S  L  R  S  L  Q  G  A  G  N  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 D  P  L  R  Y  A  F  I  V  S  Q  A  E  L  A  E  D  E  G  Q  V  A  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 S  Y  S  K  A  T  V  L  E  G  V  G  S  I  A  V  G  V  S  R  A  D  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 K  C  S  R  Q  A  P  A  P  G  H  S  S  L  M  H  K  C  W  N  Y  S  T  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 V  G  C  D  H  D  H  S  Q  L  C  E  R  C  A  P  V  I  R  G  M  G  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

9859869879889899909919929939949959969979989991000
 L  P  A  A  V  V  P  A  P  E  A  A  A  V  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

ile_euk_L_infantum

Class I

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_ile_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  G  E  G  Q  Q  Q  Q  Q  Q  D  P  P  A  G  H  Q  G  V  P  V  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  P  D  V  L  D  F  S  K  M  E  E  E  V  L  A  M  W  R  E  K  D  C  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  T  S  M  K  L  S  E  G  R  Q  P  F  S  F  Y  D  G  P  P  F  A  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  F  Y  D  .  P  P  F  A  T  G 
---------------------------------------AAAGTACACATC---CTCGTCCGTCACCACTAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  P  H  Y  G  H  I  L  A  G  T  I  K  D  M  V  T  R  F  A  Y  Q  T  N 
 L  P  H  Y  G  H  I  L  A  G  T  I  K  D  M  V  T  R  F  -  -  -  -  - 
CTTCGCCTTCTTACGCAGCTGCTGTACGCGGCTCACGAACTCACGCGCGCGCCACGA---------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  H  V  I  R  R  F  G  W  D  C  H  G  L  P  V  E  Y  E  I  D  K  M  L 
 -  -  -  I  R  R  F  G  W  D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CTTGTCAACCAGCACAACGACGTCGTTGTC---------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  I  K  T  S  H  D  V  A  K  L  G  I  D  K  Y  N  D  E  C  K  K  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  R  Y  V  D  E  W  R  K  T  V  E  R  V  G  R  W  I  D  F  D  N  D  Y 
 T  R  Y  V  D  E  W  R  K  T  V  E  R  V  .  .  .  .  D  -  -  N  D  Y 
GAACTTGGCCACCTCATTCTGCGTCATGGCCTGGATACCCTT------------CAT------GCGGTACTT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  T  M  H  L  T  Y  M  E  S  I  W  W  V  F  S  Q  L  W  E  K  K  M  V 
 K  T  M  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCTGCCAAGCAC------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  R  G  F  R  V  M  P  Y  S  T  A  C  T  T  P  L  S  N  F  E  A  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  Y  K  E  V  S  D  L  A  V  T  V  A  F  Q  A  R  A  D  P  N  T  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  A  W  T  T  T  P  W  T  L  P  S  N  L  S  L  C  V  H  P  E  L  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  K  V  L  D  N  K  S  K  R  H  Y  W  L  A  E  A  R  L  A  E  V  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  K  D  S  K  K  A  S  K  A  K  D  V  D  N  A  A  E  A  D  A  A  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  V  V  E  K  V  K  G  A  Q  L  V  G  E  K  Y  V  P  L  F  P  Y  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  S  M  S  A  T  A  F  R  V  I  S  G  T  Y  V  T  T  D  A  G  T  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  H  Q  A  P  A  F  G  E  D  D  Y  Q  A  C  L  D  A  G  I  F  E  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  K  F  V  C  P  V  D  E  N  G  M  F  T  S  E  V  T  D  F  A  G  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  K  A  A  D  P  E  I  I  K  A  L  E  T  K  G  H  L  F  H  K  A  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  H  S  Y  P  F  C  W  R  S  D  T  P  L  I  Y  K  A  V  E  S  W  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  V  E  A  F  R  D  R  L  I  E  C  N  D  K  T  Y  W  V  P  D  F  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 T  R  R  F  S  N  W  L  A  E  A  R  D  W  N  V  S  R  N  R  Y  W  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  M  P  V  W  H  S  E  D  W  E  E  V  V  C  I  S  S  I  K  Q  L  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  S  G  V  T  G  I  T  D  I  H  R  Q  F  V  D  D  I  T  I  P  S  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 P  G  M  P  P  L  K  R  V  P  M  V  F  D  C  W  F  E  S  G  S  M  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  C  W  F  E  S  G  S  M  P  Y 
---------------------------------------GGTGATGCCGGTGACGCCGGAGAGCTCCTCGAG

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  Q  E  H  F  P  F  E  N  Q  E  K  F  K  S  L  F  P  A  D  F  V  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  V  S  E 
------------------------------------------------------------CGGCGTGCCCCA

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 G  L  D  Q  T  R  G  W  F  Y  T  L  L  V  L  G  V  A  L  F  D  V  S  P 
 G  L  D  Q  T  R  G  .  F  Y  T  L  L  V  L  G  V  A  L  -  -  -  -  - 
GTAACGGTTGCGTGACACGTT---GTCACGCGCCTCGGCGAGCCAGTTGGAGAAGCG---------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 F  R  N  V  A  V  S  G  L  V  L  A  E  D  G  K  K  M  S  K  R  L  K  N 
 F  .  N  V  A  V  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  R  -  -  - 
ATC---TACCCAGTACGTCTT---------------------------GAAGGCCTCGACGTT---------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Y  P  E  P  K  V  V  I  D  T  Y  G  A  D  A  L  R  M  Y  M  I  S  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 V  V  R  A  E  P  L  R  F  R  E  A  G  V  K  A  V  V  K  D  I  L  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 L  F  N  A  A  K  F  F  I  S  N  T  N  Y  C  T  A  A  G  G  Q  V  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 Q  V  R  S  T  N  E  M  D  R  W  I  L  A  S  C  Q  S  L  L  R  Y  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  E  M  R  L  Y  H  L  Y  N  V  V  P  G  I  L  R  F  V  G  D  L  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 W  Y  V  R  M  N  R  R  R  M  K  N  A  T  D  S  E  D  R  S  Q  A  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 T  M  L  Y  L  L  F  S  V  S  R  I  V  G  H  I  A  P  F  V  A  E  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 Y  Q  Q  I  K  P  L  L  P  A  N  E  Q  V  D  S  V  H  Y  L  M  I  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 E  D  T  S  L  D  D  P  E  L  E  R  A  M  S  R  M  M  N  I  V  D  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 R  V  L  R  D  Q  M  V  I  P  I  K  R  P  V  R  Q  V  V  I  V  H  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 Q  Q  Y  I  D  D  V  R  K  V  A  G  Y  I  K  D  E  V  N  A  F  E  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 M  S  S  G  E  N  Y  L  E  T  K  L  D  A  N  F  E  V  L  G  R  K  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 K  E  M  P  A  I  R  K  G  I  Q  A  M  T  Q  N  E  V  A  K  F  L  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 K  K  G  V  V  V  G  K  E  L  T  I  E  D  V  K  V  L  R  Q  V  K  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 I  A  D  F  Q  S  N  T  D  N  D  V  V  V  L  V  D  K  R  Q  D  Q  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 I  D  S  W  R  A  R  E  F  V  S  R  V  Q  Q  L  R  K  K  A  K  L  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 T  D  E  V  D  V  Y  F  E  A  E  E  A  D  L  T  A  S  I  L  H  S  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 Q  I  N  Q  T  L  R  G  V  W  T  T  M  D  Q  K  P  S  D  A  E  L  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

010611062106310641065106610671068106910701071107210731074107510761077107
 E  E  D  N  N  I  S  G  V  A  V  R  L  V  F  T  K  P  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

ile_euk_G_lamblia

Class I

Eukaryotes/Giardia lamblia/amino acid sequences/Glamblia_ile_aa

Eukaryotes/Giardia lamblia/nucleotide sequences/Glamblia_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  F  T  P  Y  V  P  P  S  V  L  H  I  P  Q  G  L  L  D  F  P  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  E  E  M  L  N  Y  W  D  Q  I  Q  A  F  E  T  Q  L  R  L  T  R  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  P  F  N  F  Y  D  G  P  P  F  A  T  G  L  P  H  Y  G  H  L  L  A  G 
 -  -  -  N  F  Y  D  .  P  P  F  A  T  G  L  P  H  Y  G  H  L  L  A  G 
---------AACTTCTACGAC---CCGCCGTTCGCCACTGGGCTTCCTCACTACGGTCATCTTTTAGCCGGT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  I  K  D  V  V  C  R  Y  Y  S  M  N  R  R  Y  V  N  R  R  F  G  W  D 
 T  I  K  D  V  V  C  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  N  R  R  F  G  W  D 
ACCATAAAGGATGTTGTCTGTAGATAT------------------------AATCGTCGTTTTGGCTGGGAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 C  H  G  L  P  V  E  Y  E  V  D  K  M  L  D  V  K  S  P  S  D  V  I  N 
 C  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGCCACGGA---------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  I  G  I  R  K  Y  N  Q  T  C  R  S  I  V  M  R  Y  S  Q  E  W  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  R  Y  S  Q  E  W  E  A 
---------------------------------------------ATGAGATATTCGCAGGAGTGGGAGGCC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  V  K  R  S  G  R  W  I  D  F  K  R  D  Y  K  T  M  N  L  L  F  M  E 
 I  V  K  R  S  .  .  .  .  D  -  -  R  D  Y  K  T  M  N  -  -  -  -  - 
ATCGTCAAGCGATCT------------GAC------CGTGACTACAAGACTATGAAT---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  V  W  W  V  F  K  E  L  Y  D  K  G  L  V  Y  E  G  T  K  V  M  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  T  A  C  A  T  P  L  S  N  F  E  A  N  L  N  Y  K  E  V  Q  D  M  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 C  I  V  S  F  P  V  I  V  P  D  T  N  R  E  V  G  G  T  V  D  K  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  E  E  K  I  S  L  W  K  K  V  F  S  P  F  P  E  V  H  L  V  A  W  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  T  P  W  T  L  P  S  N  L  A  L  C  V  N  P  S  L  A  Y  L  L  C  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  V  L  D  S  D  G  G  K  A  E  N  S  P  C  Y  L  V  A  E  S  L  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  L  F  P  P  L  V  D  K  K  T  K  K  E  T  P  T  H  E  V  L  H  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  G  Q  D  L  A  G  L  R  Y  N  P  L  F  P  Y  F  K  S  S  Y  G  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 H  A  C  W  K  V  V  A  D  D  Y  V  T  S  D  S  G  V  G  I  V  H  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  F  F  G  E  D  D  Y  R  V  G  L  E  N  N  I  I  V  K  D  G  D  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 C  P  L  D  D  S  G  N  F  L  P  D  V  V  D  F  A  G  L  Y  V  K  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 N  K  P  I  L  K  Y  L  K  E  A  G  R  L  V  S  Q  S  T  C  T  H  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  Y  C  W  R  S  D  T  P  L  I  Y  R  A  I  P  S  W  F  V  R  V  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  K  D  S  L  I  R  N  N  L  K  A  S  W  V  P  K  A  I  Q  E  K  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 H  N  W  L  E  N  A  R  D  W  S  I  S  R  N  R  F  W  G  C  P  I  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 W  M  S  A  D  K  T  Q  L  K  V  I  G  S  I  S  E  L  S  E  L  T  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 P  L  T  R  I  R  D  I  H  R  D  Y  L  D  N  M  T  I  P  D  P  R  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 D  Y  P  P  M  R  R  I  S  P  V  F  D  C  W  F  E  S  G  S  M  P  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  C  W  F  E  S  G  S  M  P  Y  - 
------------------------------------GACTGCTGGTTTGAGTCTGGGTCTATGCCCTAT---

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Q  K  H  Y  P  F  H  P  D  Y  K  K  A  Q  G  V  D  A  F  L  K  E  F  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 G  D  F  I  A  E  G  L  D  Q  T  R  G  W  F  Y  T  L  L  I  L  S  T  A 
 -  -  F  I  A  E  G  L  D  Q  T  R  G  .  F  Y  T  L  L  I  L  S  T  A 
------TTTATCGCTGAAGGCCTTGATCAGACACGAGGC---TTCTACACACTTCTCATTCTCTCAACAGCT

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 L  F  D  S  P  P  S  M  N  C  I  V  N  G  L  V  L  A  S  D  G  Q  K  M 
 L  -  -  -  -  -  S  .  N  C  I  V  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M 
CTC---------------TCC---AACTGCATCGTCAAC---------------------------AAGATG

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 S  K  R  I  R  N  Y  P  D  V  N  H  I  I  N  T  Y  G  S  D  A  L  R  L 
 S  K  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCCAAGCGT---------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 Y  L  V  N  S  P  A  V  R  A  Q  E  L  R  F  R  E  E  G  V  K  G  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 K  D  L  F  V  P  W  Y  N  S  F  R  F  F  T  Q  Q  A  T  R  Y  H  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 T  G  K  D  F  L  S  L  L  I  H  S  E  K  P  L  F  E  E  A  L  K  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 V  T  S  V  L  D  M  W  I  L  A  S  F  E  Q  L  V  A  T  V  R  R  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 A  S  Y  Q  L  Y  N  V  L  P  E  L  L  R  F  I  D  D  L  T  K  W  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 R  F  N  R  D  T  L  K  G  E  D  G  V  S  A  T  Y  V  S  L  N  V  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 Y  V  L  F  M  L  C  R  L  M  A  P  Y  T  P  F  V  C  D  W  M  Y  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 L  R  P  V  M  N  L  P  G  V  F  D  K  V  A  Y  R  S  I  H  F  W  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 P  S  L  A  P  N  T  F  K  F  Q  A  Q  P  N  V  I  Q  K  M  T  A  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 D  V  I  M  L  G  R  M  V  R  K  D  K  C  G  V  T  S  F  K  M  P  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 S  V  T  I  A  H  D  R  K  E  I  L  D  E  L  K  T  L  V  S  F  I  Q  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 E  L  N  V  L  E  V  N  F  H  V  G  E  E  G  L  A  T  F  A  V  I  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 F  I  A  I  K  E  V  Y  A  G  D  K  K  V  L  G  N  V  I  N  K  V  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 L  C  D  I  S  K  P  E  N  L  A  F  V  K  E  L  R  K  T  G  R  C  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 D  G  I  T  V  T  S  D  L  C  K  V  M  L  E  P  I  P  V  P  N  Y  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 A  A  D  E  N  G  F  L  C  S  F  D  T  R  I  T  Q  E  I  K  Q  K  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

010611062106310641065106610671068106910701071107210731074107510761077107
 V  R  I  L  F  S  K  I  Q  Q  L  R  R  R  V  G  M  D  F  R  D  K  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

810791080108110821083108410851086108710881089109010911092109310941095109
 V  Y  V  Y  S  V  Q  E  G  D  E  L  V  Q  Y  A  V  D  S  I  A  D  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610971098109911001101110211031104110511061107110811091110111111121113111
 N  G  T  I  R  N  S  E  P  G  N  I  E  S  K  S  A  T  E  M  A  S  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

411151116111711181119112011211122112311241125112611271128112911301131113
 N  D  I  F  K  C  T  V  Q  I  V  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

ile_euk_P_chromatophora

Class I

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_ile_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  T  N  P  L  S  H  Y  K  D  T  L  N  L  L  K  T  E  F  S  M  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  A  A  I  R  E  P  E  L  Q  S  F  W  E  K  E  K  T  Y  E  K  L  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  N  S  G  E  K  F  V  L  H  D  G  P  P  Y  A  N  G  D  L  H  M  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  V  L  H  D  .  P  P  Y  A  N  G  D  L  H  M  G  H 
---------------------ACTCAATACATT---AAAAGATTCGCATCCCAAATCTAGTTGTGAAACTAA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  L  N  K  V  L  K  D  I  I  N  K  Y  Q  L  L  R  G  R  K  V  C  F  V 
 V  L  N  K  V  L  K  D  I  I  N  K  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  C  F  V 
AAGCCAGTCACGAAGTACATCAACTTCCCTATTACCAGA------------------------AATCAATGG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  G  W  D  C  H  G  L  P  I  E  L  K  V  L  Q  S  L  E  S  K  E  R  Q 
 P  G  W  D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTACTTTTAATTTCCAATCT---------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  L  T  P  I  A  L  R  K  K  A  K  E  Y  A  K  K  Q  I  K  I  Q  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  K  Q  I  K  I  Q  K  A 
---------------------------------------------AGGAATTTTAAGATTATTTTGTCTCCA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  F  I  R  W  G  V  W  G  E  W  D  K  P  Y  L  T  F  N  K  D  Y  E  A 
 G  F  I  R  W  .  .  .  .  E  -  -  K  P  Y  L  T  F  N  -  -  -  -  - 
ATTATTAGGGACGGT------------ATT------AGATAGATCTTCTACGGGATA---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  Q  I  G  V  F  G  N  M  V  L  A  G  H  I  Y  R  G  L  K  P  V  H  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  P  S  S  R  T  A  L  A  E  A  E  L  E  Y  P  D  D  H  I  S  P  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  V  S  F  P  I  I  E  L  T  E  N  L  C  Q  E  L  K  K  Q  G  L  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  R  I  D  Q  N  L  K  R  Y  F  D  V  V  I  W  T  T  T  P  W  T  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  N  L  G  I  S  V  S  A  S  L  E  Y  C  V  V  V  D  E  Q  N  R  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  I  A  K  V  L  V  D  N  L  S  T  I  L  D  R  S  F  K  I  K  A  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  G  F  E  L  E  G  L  I  Y  R  N  P  L  I  D  R  T  N  T  V  I  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  D  Y  I  T  T  E  T  G  T  G  L  V  H  T  A  P  G  H  G  V  D  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  T  G  H  S  Y  N  L  P  I  L  C  P  V  D  Q  A  G  T  L  T  S  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  A  F  S  G  L  N  V  L  K  D  A  N  T  S  I  I  Q  A  L  H  I  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  L  I  K  K  E  D  Y  N  H  R  Y  P  Y  D  W  R  T  K  K  P  T  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  T  T  E  Q  W  F  A  S  L  E  G  F  R  K  K  A  L  E  A  I  Q  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  W  I  P  D  S  G  R  N  R  I  E  S  M  V  K  E  R  G  D  W  C  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 R  Q  R  T  W  G  V  P  I  P  V  F  Y  E  K  S  T  G  E  V  L  L  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  T  L  N  H  I  Q  K  L  I  A  E  H  G  S  D  V  W  W  E  F  E  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  L  L  P  P  I  Y  T  A  E  S  N  R  W  R  K  G  T  D  T  M  D  V  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W 
---------------------------------------------------------------GCGATGATT

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 F  D  S  G  S  S  W  A  S  V  T  S  K  R  E  G  L  S  Y  P  A  D  L  Y 
 F  D  S  G  S  S  W  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y 
GTAATCCTCTTTTTTAATGAGATC------------------------------------------TTTGAG

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  E  G  S  D  Q  H  R  G  W  F  Q  S  S  L  L  T  S  T  A  V  N  G  Y 
 L  E  G  S  D  Q  H  R  G  .  F  Q  S  S  L  L  T  S  T  A  V  -  -  - 
TACATTTAGCCCTGAAAATGCCCCTGC---ACTCGTGAGAGTACCTGCTTGGTCTACTGGACA---------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 A  P  Y  K  K  V  I  T  H  G  F  V  L  D  E  K  G  R  K  M  S  K  S  L 
 -  -  Y  K  .  V  I  T  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  - 
------ATAACT---CCCAGTATTAAA---------------------------ATGTACTAAACCTGT---

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 G  N  I  I  D  P  A  S  I  L  K  G  G  K  N  Q  K  D  E  P  P  Y  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 D  I  L  R  L  W  V  S  S  V  D  Y  S  V  D  V  S  I  G  S  N  V  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 Q  L  A  D  V  Y  R  K  V  R  N  T  S  R  Y  L  L  G  N  L  H  D  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 P  I  T  D  G  I  D  I  E  E  L  P  L  L  D  K  W  M  L  N  R  T  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 V  I  D  E  V  T  T  A  F  E  Q  F  E  F  F  R  F  F  Q  T  L  Q  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 C  V  V  D  L  S  N  F  Y  L  D  I  A  K  D  R  L  Y  V  S  A  A  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 S  R  R  R  S  C  Q  T  V  L  H  L  L  L  E  C  I  A  S  L  I  A  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 L  C  H  M  A  E  D  I  W  Q  S  L  P  Y  P  V  E  D  L  S  V  F  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 G  W  P  T  V  P  N  N  W  R  Q  N  N  L  K  I  P  I  N  H  L  R  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 R  S  I  V  N  R  Q  L  E  I  T  R  S  N  G  M  L  K  G  S  L  E  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 V  R  L  E  I  K  S  K  P  L  I  R  A  I  E  M  L  V  H  S  G  N  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 V  D  V  L  R  D  W  L  L  V  S  Q  L  D  L  G  C  E  S  F  S  N  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 S  T  N  K  A  E  E  T  S  F  D  V  I  V  Q  V  S  K  A  E  G  S  K  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 E  R  C  W  H  Y  E  K  D  T  G  I  D  T  G  Y  P  S  L  C  R  R  C  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967
 N  T  L  E  R  R  K 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

ile_euk_N_ceranae

Class I

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_ile_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  F  D  S  N  L  S  I  N  D  I  E  T  K  I  L  K  F  W  K  D  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 C  F  K  K  S  N  E  L  S  K  N  K  K  K  Y  T  F  Y  D  G  P  P  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  Y  D  .  P  P  F  A 
---------------------------------------------AATAGGATAAAA---TTTGGTAATTTG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  G  L  P  H  F  G  H  I  L  A  G  T  V  K  D  V  I  T  R  Y  Q  Y  Q 
 T  G  L  P  H  F  G  H  I  L  A  G  T  V  K  D  V  I  T  R  Y  -  -  - 
CTTAATCTTTTCACTATCTACTTCCACATTAACTGTGTCATTCATTTTAAGCCCGCAGGATTT---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  N  K  R  V  D  R  R  F  G  W  D  C  H  G  L  P  V  E  F  E  I  D  K 
 -  -  -  -  -  D  R  R  F  G  W  D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AAATTCTCGTGCCAATTTTTTCTCTAATAC---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  L  G  I  S  V  K  Q  E  I  L  E  M  G  I  D  K  Y  N  A  E  C  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  V  M  K  H  S  S  E  W  K  D  T  V  E  K  M  G  R  W  V  D  F  D  N 
 -  -  M  K  H  S  S  E  W  K  D  T  V  E  K  M  .  .  .  .  D  -  -  N 
------AACATTATATTTTTCTTCTGATAAATCTAAAAATGCAAGATC------------TTG------TTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  Y  K  T  M  D  L  S  F  M  T  S  V  W  Y  V  F  S  Q  L  Y  K  K  G 
 S  Y  K  T  M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTAATAATCTTAATTTT------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  V  Y  R  G  Y  R  V  M  P  F  S  T  G  C  M  T  T  L  S  S  S  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  S  N  Y  K  M  V  N  D  L  S  A  V  V  E  F  P  L  K  S  K  L  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  K  V  S  I  L  A  W  T  T  T  P  W  T  L  P  S  N  C  G  L  V  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  D  F  D  Y  Q  I  F  E  I  D  H  K  F  Y  C  M  L  P  N  R  I  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  N  K  K  E  V  I  L  H  E  L  F  K  G  E  L  L  I  G  L  E  Y  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  F  N  Y  F  E  E  Y  R  R  C  G  F  F  K  I  I  G  G  S  F  V  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  D  G  T  G  I  V  H  A  A  P  A  F  G  E  D  D  Y  N  C  F  V  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  L  I  K  Q  N  D  L  V  P  C  P  V  D  E  N  G  K  F  T  A  E  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  Y  K  G  I  Y  V  K  D  A  D  K  L  I  I  K  H  L  K  E  K  I  F  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  K  Q  I  S  H  N  Y  P  F  C  W  R  S  E  K  P  L  I  Y  R  L  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  W  F  I  K  V  S  D  S  V  D  K  L  I  K  N  N  E  I  I  N  W  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  D  I  K  H  K  K  F  G  K  W  L  S  N  A  K  D  W  A  F  S  R  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  W  G  T  P  I  P  L  W  I  S  D  D  Y  S  E  I  L  C  V  E  S  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  L  E  K  L  S  G  K  K  I  T  D  L  H  M  E  F  I  D  D  I  I  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  N  G  K  T  L  R  R  I  P  E  V  F  D  C  W  F  E  S  G  C  M  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  C  W  F  E  S  G  C  M  P  Y 
---------------------------------------CTGTGCATAAGGCATACATCCCGACTCAAACCA

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  Q  H  S  W  P  F  R  K  V  D  N  L  N  C  E  E  I  R  H  H  F  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 S  D  N  T  L  V  Y  E  N  K  I  L  E  N  F  P  A  D  F  I  G  E  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  G  E  G  I 
------------------------------------------------------TTCAACACATAAAATTTC

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 D  Q  T  R  G  W  F  Y  T  L  H  V  I  S  T  L  L  F  D  K  P  A  F  K 
 D  Q  T  R  G  .  F  Y  T  L  H  V  I  S  T  L  L  -  -  -  -  -  F  . 
ACTATAATCGTCACT---CCATAGTGGAATTGGTGTACCCCAAAACCTACT---------------ATC---

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 N  V  I  V  N  G  I  V  L  A  E  N  G  K  K  M  S  K  K  D  K  N  Y  P 
 N  V  I  V  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  K  -  -  -  -  - 
AGCATTGGATAACCA---------------------------TTTAGGCACCCAATT---------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  P  N  I  V  M  K  T  F  G  A  D  S  L  R  M  Y  L  I  S  S  P  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 E  A  D  N  L  L  F  K  E  D  G  V  K  D  V  S  K  L  L  I  I  P  W  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 N  V  L  K  F  Y  T  T  S  L  Q  K  R  N  D  C  E  K  L  E  L  D  N  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 I  N  Y  T  F  N  E  F  L  S  S  V  S  N  Y  M  N  N  Y  Q  L  S  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 C  G  L  A  Y  K  F  L  D  N  L  S  N  W  Y  L  R  I  H  R  E  E  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 S  G  N  T  K  I  L  F  N  I  L  K  K  F  S  V  I  M  S  P  F  A  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 F  S  E  Y  S  F  Q  C  L  L  S  S  Q  Q  N  E  K  S  S  S  I  N  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 H  F  Q  M  Y  P  E  A  Q  D  S  G  D  N  S  F  E  N  A  K  D  I  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 A  I  R  Y  L  R  D  K  H  T  I  S  L  K  T  P  L  K  E  V  K  I  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 D  E  L  F  M  K  D  A  A  K  F  S  N  T  I  I  R  E  C  H  V  F  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 I  F  V  K  E  S  E  V  P  E  L  K  I  E  Y  K  A  K  P  C  F  E  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 K  K  D  L  K  T  M  N  D  K  I  K  I  I  N  K  L  T  Q  S  E  I  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 L  A  F  L  D  L  S  E  E  K  Y  N  V  K  R  E  N  I  L  I  E  K  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 T  F  P  T  G  L  C  F  A  S  N  K  F  V  I  L  V  D  N  T  I  D  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 V  L  E  K  K  L  A  R  E  F  N  S  F  I  Q  K  L  R  K  S  C  G  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 M  N  D  T  V  N  V  E  V  D  S  E  K  I  K  Q  I  T  K  K  F  Y  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 N  F  S  T  E  G  Q  I  V  S  P  I  D  S  D  A  Q  I  D  V  F  S  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 G  Q  E  L  K  V  I  L  R  L  N  K  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

ile_euk_C_parvum_Iowa_II

Class I

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/amino acid sequences/Cparvum_ile_aa

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/nucleotide sequences/Cparvum_ile_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  T  F  S  V  V  S  E  R  P  D  F  P  K  L  E  E  E  I  L  E  Y  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  K  I  N  I  L  K  L  T  L  E  K  T  K  G  R  P  N  Y  S  F  Y  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  F  Y  D  . 
---------------------------------------------------------TCATTTTATGAT---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  P  F  A  T  G  L  P  H  Y  G  H  I  L  A  G  T  V  K  D  V  V  T  R 
 P  P  F  A  T  G  L  P  H  Y  G  H  I  L  A  G  T  V  K  D  V  V  T  R 
CCTCCATTTGCTACAGGATTACCACATTATGGTCATATACTTGCAGGTACTGTTAAAGATGTAGTTACAAGA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  A  T  Q  K  G  Y  Y  C  E  R  R  F  G  W  D  C  H  G  L  P  V  E  H 
 Y  -  -  -  -  -  -  -  -  E  R  R  F  G  W  D  C  H  G  -  -  -  -  - 
TAT------------------------GAAAGAAGATTTGGATGGGATTGCCATGGA---------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  I  D  K  Q  L  N  I  T  S  R  E  D  V  L  N  K  G  I  D  F  Y  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  C  R  S  I  V  L  R  Y  T  Q  E  W  K  S  T  V  E  R  V  G  R  L  I 
 -  -  -  -  -  -  L  R  Y  T  Q  E  W  K  S  T  V  E  R  V  .  .  .  . 
------------------TTAAGATATACTCAAGAATGGAAATCAACTGTTGAAAGAGTT------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  F  D  N  G  Y  K  T  M  D  L  N  F  M  Q  T  V  W  W  V  F  K  Q  L 
 D  -  -  N  G  Y  K  T  M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAT------AATGGTTATAAAACTATGGAT------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  D  K  N  L  V  Y  R  A  Y  R  V  M  P  Y  S  T  A  C  A  T  P  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  F  E  C  N  L  N  Y  K  D  V  N  D  P  S  V  I  I  T  F  P  L  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  P  N  I  Q  F  L  A  W  T  T  T  P  W  T  L  P  S  N  V  A  I  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  P  E  K  K  Y  L  Y  F  K  T  N  H  S  N  D  I  T  Y  V  V  A  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  L  E  W  V  L  S  E  L  K  I  K  E  Y  N  I  I  S  D  C  I  G  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  H  N  K  K  V  I  P  L  F  D  Y  F  K  N  H  E  S  S  H  Q  F  W  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  L  A  D  N  Y  V  T  D  N  T  G  T  G  I  V  H  M  A  P  A  F  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  D  Y  R  V  C  V  S  N  G  I  I  D  N  H  G  T  N  L  P  C  P  M  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  N  G  R  F  T  E  P  V  N  D  L  K  G  I  W  F  K  D  S  D  K  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  Q  E  L  K  K  K  S  R  L  L  T  D  N  T  C  M  H  S  Y  P  F  C  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  S  D  T  P  L  Q  Y  R  A  V  P  S  W  F  I  N  V  E  S  L  K  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  L  I  N  N  E  K  T  N  W  I  P  N  Y  V  K  E  K  R  F  H  N  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Q  D  A  R  D  W  C  V  S  R  N  R  F  W  G  T  P  I  P  I  W  V  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 D  Y  T  I  I  K  C  I  G  S  I  E  E  L  K  S  L  A  S  N  L  K  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  I  N  D  I  H  R  H  F  I  D  Y  I  E  I  P  D  P  R  G  N  N  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  L  K  R  I  E  E  V  F  D  C  W  F  E  S  G  S  M  P  Y  A  S  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  C  W  F  E  S  G  S  M  P  Y  -  -  -  - 
---------------------------GATTGTTGGTTTGAATCTGGTTCTATGCCTTAT------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Y  P  F  E  N  Q  E  L  F  N  N  I  F  P  A  D  F  V  G  E  G  L  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  V  G  E  G  L  D  Q 
------------------------------------------------TTTGTTGGTGAAGGTTTAGATCAA

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 T  R  G  W  F  Y  T  L  M  V  L  S  T  A  L  F  D  Q  P  A  F  K  N  I 
 T  R  G  .  F  Y  T  L  M  V  L  S  T  A  L  -  -  -  -  -  F  .  N  I 
ACAAGAGGA---TTTTATACATTAATGGTATTATCAACAGCATTA---------------TTT---AATATT

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  V  N  G  L  V  L  A  S  D  G  K  K  M  S  K  R  L  K  N  Y  P  D  P 
 I  V  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  R  -  -  -  -  -  -  - 
ATTGTTAAT---------------------------AAAATGTCAAAAAGA---------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 L  D  I  V  N  K  Y  G  A  D  S  L  R  L  F  L  I  N  S  P  V  V  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 E  T  L  R  F  K  E  E  G  V  K  D  V  I  K  D  V  L  L  P  W  Y  H  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 Y  R  F  F  V  Q  E  A  I  R  Y  E  N  T  N  H  N  I  K  F  K  S  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 Q  V  I  K  N  T  N  N  I  M  D  K  W  I  Y  S  E  A  Q  S  L  L  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 V  K  T  E  M  D  A  Y  R  L  Y  N  V  T  P  R  L  I  S  F  L  D  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 C  N  W  Y  V  R  L  N  R  D  R  M  R  G  I  Y  G  M  N  D  T  K  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  E  I  L  Y  Q  V  L  M  L  T  V  K  L  L  S  P  F  I  P  F  T  C  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 L  L  Y  S  N  L  K  N  A  L  I  D  E  L  E  E  E  K  P  E  T  V  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 L  L  I  P  E  V  E  E  E  F  I  D  K  K  I  E  E  A  I  N  Q  L  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 I  I  V  M  G  R  N  L  R  E  K  K  K  V  S  V  K  T  P  L  K  S  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 I  V  H  K  D  K  S  V  L  D  Y  L  V  E  S  K  L  I  N  Y  I  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 L  N  I  L  Q  V  I  T  D  N  N  S  E  F  E  K  I  T  K  L  V  A  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 N  F  K  V  L  G  S  R  L  G  K  S  M  K  D  V  T  N  Y  I  K  N  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 N  N  E  I  I  Q  Q  F  L  K  D  G  T  I  K  I  H  G  Y  E  L  N  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 E  I  I  I  Q  T  V  V  D  N  N  S  V  I  D  M  N  N  E  I  I  Y  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 S  S  Q  F  V  I  G  L  D  F  T  S  D  I  E  F  E  N  M  A  Y  S  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 L  A  N  K  I  Q  K  I  R  K  E  K  N  M  D  P  D  A  N  V  T  I  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 Q  L  I  S  N  K  N  E  S  K  K  F  H  T  V  M  T  S  Y  N  D  Y  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 K  I  I  R  K  P  I  K  E  I  S  D  S  E  L  L  N  S  I  K  D  R  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

010611062106310641065106610671068106910701071107210731074107510761077107
 F  E  C  E  I  E  V  G  M  D  D  K  V  N  V  I  V  I  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

leu_arch_P_delaneyi

Class I

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_leu_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  R  K  E  P  I  N  E  F  A  A  K  L  Y  E  I  A  R  K  W  Q  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  M  K  S  R  I  F  E  V  E  P  D  E  S  K  P  K  F  F  I  T  A  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  T  A  .  F 
------------------------------------------------------GTCTTTTAGCTG---TAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  Y  P  N  S  P  L  H  L  G  H  S  R  T  Y  T  I  T  D  V  Y  A  R  Y 
 P  Y  P  N  S  P  L  H  L  G  H  S  R  T  Y  T  I  T  D  V  Y  A  R  Y 
TGCAGCTTTCTCGTCGAACTCCTGCACACCATCTATCAGCGATAGCAACGCCTCGTCGGCGCTGCGGAGGAA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  R  M  R  G  Y  N  V  L  F  P  M  G  F  H  Y  T  G  T  P  I  L  T  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  F  P  M  G  F  H  Y  T  G  -  -  -  -  -  - 
------------------------TGCCGCGTCCTTCTTGGGAACACCTGCGTT------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  E  S  I  A  K  G  D  R  E  L  I  E  L  M  I  E  V  Y  D  V  P  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  I  E  K  L  K  E  P  L  S  L  A  R  Y  F  H  N  D  A  K  M  A  M  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  Y  F  H  N  D  A  K  M  A  M  I 
------------------------------------TACACGCAATATAGATTTCACATCCTCAACTATCTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  S  G  Y  S  I  D  W  R  R  E  F  T  T  I  D  E  E  F  K  R  F  I  V 
 E  S  .  .  .  .  D  -  -  R  E  F  T  T  I  D  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCCAC------------TAG------TTCAGGGTCACGCTTCTCCGG------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 W  Q  F  T  K  L  K  E  K  G  L  I  K  K  G  T  H  P  V  G  W  C  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 H  N  M  P  V  G  M  H  D  T  K  G  D  V  E  P  E  I  G  E  F  T  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  F  E  L  E  K  D  L  Y  L  P  A  A  T  L  R  P  E  T  V  F  G  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  I  W  V  N  P  K  A  E  Y  V  V  V  K  L  D  G  K  R  Y  I  V  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  A  A  F  K  L  R  F  Q  R  D  D  V  V  E  E  A  A  I  K  G  E  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  G  K  R  A  R  N  P  A  T  G  K  A  V  P  I  L  P  A  E  F  V  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  T  A  S  G  I  V  M  S  V  P  A  H  A  P  Y  D  Y  V  A  L  E  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  R  E  H  P  E  V  L  E  R  L  G  V  D  P  D  E  L  R  P  I  P  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  V  K  G  Y  G  E  I  P  A  K  E  I  V  E  K  M  G  I  K  S  Q  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  D  L  L  D  E  A  T  K  K  L  Y  S  D  E  Y  H  Y  G  V  V  R  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  I  E  H  V  Y  S  D  M  P  E  P  Y  R  S  F  A  V  A  P  V  K  A  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  A  G  K  S  V  V  E  A  R  E  A  A  T  K  W  L  A  A  L  G  Y  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  M  Y  E  V  L  N  R  P  V  Y  C  R  C  G  T  E  I  V  V  K  V  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 D  Q  W  F  I  D  Y  G  N  S  E  W  K  K  L  A  Y  E  L  L  N  S  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  V  P  E  D  M  R  E  E  F  V  K  T  I  D  W  L  H  E  R  A  A  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 T  R  G  L  G  T  E  L  P  W  A  K  G  W  I  I  E  S  L  S  D  S  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  S  L  S  D  S  T  I 
------------------------------------------------CGCCTCCCTGGCCTCTACAACACT

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Y  M  A  F  Y  T  I  I  H  K  I  R  M  Y  G  I  K  P  E  Q  L  T  V  E 
 Y  M  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTGCCAGC---------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 F  W  D  Y  V  L  L  G  K  G  S  A  E  E  V  A  K  K  T  G  I  K  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  V  E  E  L  R  R  D  F  D  Y  W  Y  P  L  D  S  R  H  S  G  R  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  R  H  S  G  R  D  L 
------------------------------------------------TTCTTTAGCTGGTATCTCCCCATA

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 V  P  N  H  L  T  F  F  I  F  N  H  A  A  I  F  P  R  D  K  W  P  R  Q 
 V  P  N  .  L  T  F  F  I  F  N  H  A  A  I  -  -  -  -  -  -  P  .  Q 
GCCCTTTAC---TATGAGCGGTATAGGCCGTAGCTCGTCTGGATC------------------TAC---GGG

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 I  V  V  N  G  F  V  L  L  E  G  K  K  M  S  K  S  L  R  N  I  V  P  L 
 I  V  V  N  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  - 
ATGCTCTCTCTT------------------------GTATGGAGCATGTGC---------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 R  R  A  L  R  V  Y  G  A  D  T  V  R  A  T  L  L  A  A  A  E  I  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 D  A  N  F  S  E  D  L  A  K  S  V  M  S  Q  L  R  K  F  E  N  Y  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  S  R  S  M  D  S  E  E  T  I  A  D  K  W  L  L  S  M  L  Q  Q  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  A  T  T  K  A  L  D  E  L  R  T  R  A  A  T  I  N  I  L  Y  E  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 N  D  V  A  K  Y  L  E  L  R  G  G  K  P  G  P  A  L  K  E  Y  I  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 W  T  K  M  M  T  P  I  A  P  H  I  A  E  E  V  W  H  E  I  L  G  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 T  F  V  S  I  E  T  W  P  S  V  D  P  E  K  R  D  P  E  V  E  L  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 S  Y  V  D  K  I  V  E  D  V  K  S  I  L  R  V  Y  K  G  E  A  K  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 V  I  A  V  A  K  P  E  S  W  H  I  A  R  I  V  S  S  Y  V  A  K  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 Q  L  R  D  A  I  R  A  V  I  N  A  G  V  P  K  K  D  A  A  Q  I  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 K  L  Y  E  F  L  R  S  A  D  E  A  L  L  S  L  I  D  G  V  Q  E  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 E  K  A  A  I  V  Q  L  K  D  Y  I  V  R  K  T  G  I  E  Q  I  E  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 Y  V  D  E  A  E  N  K  M  P  Q  Q  K  I  R  Q  V  I  P  L  R  P  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987
 L  I  E 
 -  -  - 
---------

leu_arch_M_aeolicus_Nankai

Class I

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/amino acid sequences/MaeolicusNankai_leu_aa

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/nucleotide sequences/MaeolicusNankai_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  V  D  F  V  K  I  A  E  K  W  Q  K  R  W  E  E  D  K  I  F  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  S  K  L  K  Y  T  E  Q  E  K  K  D  K  F  F  I  T  A  A  F  P  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  T  A  .  F  P  Y  L 
---------------------------------------------ATTTAATATGTT---TTCGTCTATTGG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  G  V  L  H  A  G  H  L  R  T  F  T  I  P  E  I  T  A  R  Y  Q  R  M 
 N  G  V  L  H  A  G  H  L  R  T  F  T  I  P  E  I  T  A  R  Y  -  -  - 
GTTAGAAATTCCATTTTTAACTATTTCATTTATTAATTTTGGAATTTCTTTTCCATATCTTCT---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  N  K  T  V  L  W  T  F  G  F  H  V  S  G  T  P  I  I  G  L  A  E  L 
 -  -  -  -  -  L  W  T  F  G  F  H  V  S  G  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------TGGCATCATTTTATTAACGGGAGCTCCTTT---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  K  K  Q  A  P  E  T  I  W  A  Y  N  K  L  H  N  I  P  M  G  E  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  L  T  T  P  E  N  I  V  N  Y  F  S  K  K  A  T  E  S  F  K  K  M  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  Y  F  S  K  K  A  T  E  S  F  K  K  M  . 
---------------------------TTCTTCCCCCAATTCACAATTTTCATTTATATAACTATTATC---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  A  L  D  W  R  R  N  F  K  T  D  D  E  T  F  K  K  F  V  E  W  Q  F 
 .  .  .  D  -  -  R  N  F  K  T  D  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TGT------TGATATATAATTATTATTTTT---------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  K  L  K  E  K  N  L  I  V  K  G  S  H  P  V  R  Y  C  P  S  C  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  V  E  D  H  D  L  L  K  G  E  E  A  T  L  Q  E  Y  I  L  L  K  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  K  L  N  I  E  I  D  G  E  D  K  E  Y  E  C  I  I  P  M  A  T  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  E  T  I  Y  G  V  V  N  A  W  I  N  P  N  D  T  Y  H  I  I  K  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  E  V  Q  S  Q  E  E  G  S  D  E  I  S  L  K  Y  N  G  I  W  I  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  E  A  S  D  K  L  K  N  Q  D  R  T  V  E  L  I  K  E  I  K  G  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  V  G  K  I  V  I  N  P  V  N  N  K  E  V  P  L  Y  P  A  D  F  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  E  M  G  T  G  C  V  M  S  V  P  A  H  A  P  K  D  F  V  A  L  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  Y  S  S  I  N  K  E  L  T  D  D  E  L  I  S  L  I  K  I  D  G  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  Y  P  A  K  E  I  V  E  K  M  G  I  T  N  Q  K  D  E  K  L  E  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  H  T  I  Y  K  Q  E  F  H  K  G  I  L  N  E  N  C  G  E  Y  E  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  V  R  D  I  K  D  K  L  A  S  D  F  I  N  N  N  M  A  E  T  L  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  S  I  P  E  V  V  C  R  C  G  E  K  C  I  V  K  T  V  K  G  Q  W  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  T  Y  S  D  L  E  W  K  K  K  A  H  N  W  V  D  K  M  N  F  V  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 T  I  R  M  D  F  H  N  K  I  D  W  M  K  D  K  A  C  A  R  K  K  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  T  R  F  P  F  D  K  D  W  V  I  E  S  L  S  D  S  T  L  Y  M  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  S  L  S  D  S  T  L  Y  M  A  - 
------------------------------------CTCATATTCTCCACAATTTTCATTTAATATCCC---

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Y  T  V  A  K  T  I  N  T  N  N  I  L  P  E  Q  L  I  P  E  L  F  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 V  Y  Y  G  K  G  D  I  N  E  I  S  N  N  T  K  I  P  V  E  L  I  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 M  R  N  E  F  E  Y  Y  Y  P  L  D  W  R  C  S  A  K  D  L  V  P  N  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  W  R  C  S  A  K  D  L  V  P  N  . 
------------------------------------AAGTGCTACAAAATCCTTTGGAGCATGTGCTGG---

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 L  T  F  M  I  F  N  H  V  A  L  F  D  D  E  K  Y  Y  P  K  G  I  V  V 
 L  T  F  M  I  F  N  H  V  A  L  -  -  -  -  -  -  -  P  .  G  I  V  V 
ACTCATTACACAGCCTGTTCCCATTTCGGAGCT---------------------TGG---CTCCTTATTATT

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 N  G  Y  V  T  I  E  G  K  K  L  S  K  S  K  G  P  V  L  P  I  E  E  V 
 N  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAC------------------------CAATTCCTCTCCCTT------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 A  T  N  Y  G  P  D  V  G  R  F  Y  I  T  T  C  A  E  L  P  H  D  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 V  K  F  K  E  M  E  H  A  R  D  N  L  I  R  F  Y  E  L  A  T  E  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 D  T  E  K  T  I  T  E  L  S  T  I  D  K  W  L  L  H  K  V  H  S  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 K  I  I  N  E  S  Y  N  E  F  Q  L  R  K  I  G  T  L  F  Y  G  L  T  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 N  L  K  W  Y  K  R  R  G  G  N  N  N  Q  L  L  K  Y  V  V  E  I  W  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 K  V  L  A  P  I  T  P  H  L  C  E  E  I  W  E  M  F  G  Y  N  K  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 N  Y  I  S  N  E  T  F  P  Q  L  D  N  S  Y  I  N  E  N  C  E  L  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 E  F  I  K  N  T  M  D  D  I  R  N  I  I  N  I  A  N  I  A  P  K  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 Y  L  Y  T  A  D  D  W  K  F  E  V  L  K  I  M  M  E  N  K  G  A  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 N  K  M  M  P  L  I  M  K  N  A  E  L  R  R  Y  G  K  E  I  P  K  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 N  E  I  V  K  N  G  I  S  N  P  I  D  E  E  N  I  L  N  D  A  K  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 L  E  N  E  F  Q  C  K  I  I  V  N  G  E  D  I  G  N  K  K  R  F  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969
 P  N  K  V  A  I  Y  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

leu_arch_S_acidocaldarius

Class I

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/amino acid sequences/Sacidocaldarius_leu_aa

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/nucleotide sequences/Sacidocaldarius_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  F  L  N  E  I  A  S  K  W  Q  K  V  W  D  S  E  R  V  Y  E  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  D  R  T  K  E  K  K  F  I  T  V  A  F  P  Y  T  N  S  P  L  H  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  T  V  .  F  P  Y  T  N  S  P  L  H  I  G 
------------------------CTCCTTTACGTC---TTTATTTAGAAGGAATTGGGCATTAGAGGTCAG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  G  R  T  Y  I  T  A  D  I  Y  A  R  Y  L  R  M  K  G  Y  N  V  L  F 
 H  G  R  T  Y  I  T  A  D  I  Y  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  F 
AATCTCGCTCTCATTTATACCAATTTCAGCTAAGTCCTTTAT------------------------CTCATA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  F  A  F  Q  F  T  G  T  P  I  L  S  I  A  D  A  V  K  R  G  D  E  E 
 P  F  A  F  Q  F  T  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGCCAACCTAGCCATTTCTTTATC------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  I  S  T  F  T  N  V  Y  Q  I  P  I  G  V  I  S  K  F  S  D  P  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  S  A  Y  F  K  E  D  M  R  N  T  A  L  T  L  G  L  S  I  D  R  R  R 
 -  -  A  Y  F  K  E  D  M  R  N  T  A  L  T  L  .  .  .  .  D  -  -  R 
------CATTTTTGACTTCATGGAGTTAATCAAATCTATTGTGTACCT------------CTC------AGC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  F  T  T  I  D  P  A  F  E  R  F  V  Q  W  Q  Y  K  R  L  Q  E  I  G 
 E  F  T  T  I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCTCTTCTCGTATTTTAA------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  I  K  K  E  K  A  P  V  A  Y  C  P  V  D  E  F  P  V  G  M  H  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  G  D  I  E  P  E  I  I  D  L  D  V  I  Y  F  Q  G  E  K  L  L  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  A  T  S  R  P  E  T  I  F  G  A  V  A  I  L  I  N  P  E  S  D  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  V  I  D  N  K  S  G  K  R  L  V  I  S  T  E  A  F  K  K  L  S  F  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 M  N  L  T  E  E  E  R  K  K  G  E  E  L  I  G  L  N  V  T  N  P  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  K  K  L  A  V  L  P  S  K  Y  V  E  S  K  Q  G  T  G  L  V  M  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  A  H  E  P  L  H  Y  L  A  L  S  E  L  K  E  S  F  E  I  V  P  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  S  E  D  Y  G  D  F  P  A  M  E  V  L  E  T  A  Q  T  T  S  A  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  K  D  Y  I  D  T  L  Y  R  L  E  F  H  K  G  S  I  R  D  E  V  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  V  P  D  Y  M  K  Q  F  V  R  E  R  I  A  G  R  S  V  R  E  A  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  V  V  E  L  L  R  N  L  G  V  H  G  D  I  Y  E  I  I  N  G  P  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 C  R  C  G  A  E  V  V  V  K  V  F  D  D  Q  W  F  I  D  Y  S  N  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 W  K  S  S  V  L  K  N  L  D  K  V  E  I  L  P  S  D  A  K  R  E  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  I  I  F  N  M  K  P  R  P  F  T  R  S  R  G  L  G  V  R  L  P  W  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  R  Q  I  I  D  S  L  S  D  S  T  I  Y  T  V  F  Y  I  V  A  N  K  V 
 -  -  -  -  -  D  S  L  S  D  S  T  I  Y  T  V  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CCTACAGTAAACCGGTCCGTTTATTATCTCGTA------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  S  Y  P  T  S  I  L  N  E  R  F  W  D  Y  V  V  L  G  R  G  D  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Q  L  S  R  E  L  G  I  P  K  E  Q  L  E  E  L  R  K  E  V  E  Y  W  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 P  V  D  S  R  H  S  G  R  D  L  V  Q  N  H  I  P  Y  Y  L  Y  H  H  V 
 -  -  -  S  R  H  S  G  R  D  L  V  Q  N  .  I  P  Y  Y  L  Y  H  H  V 
---------GTAGTCCTTTAGCTCTTGTGCACTAGTAGTCTG---TGTTTCAAGAACTTCCATTGCAGGAAA

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 G  V  L  G  E  D  K  V  P  K  R  I  V  L  N  G  F  I  R  V  G  G  K  K 
 G  V  -  -  -  -  -  -  P  .  R  I  V  L  N  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
ATCACC------------------CAC---AACTATCTCGAAACT------------------------ATA

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 M  S  K  S  F  G  N  V  Y  P  L  N  K  A  I  R  E  Y  G  V  D  T  V  R 
 M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGTAAGGGTTC------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 L  A  L  T  S  T  S  S  L  S  D  D  I  E  F  S  P  N  I  A  K  S  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  Q  L  K  H  I  H  D  F  I  Y  N  L  L  K  L  Q  S  V  N  E  M  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 V  D  L  W  I  S  S  L  I  S  E  Y  I  D  L  I  D  N  C  L  S  N  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  R  T  A  Y  K  T  I  Y  Y  D  I  Y  E  D  L  K  D  Y  L  E  L  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 G  K  I  N  S  D  I  V  K  N  I  I  S  V  W  V  R  L  M  A  P  F  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 H  L  A  E  E  L  W  H  K  L  D  N  S  L  V  V  R  Q  K  F  P  V  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  L  K  Y  E  K  R  A  L  L  E  I  E  Y  L  R  Y  T  I  D  L  I  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 M  K  S  K  M  P  K  E  P  E  T  V  I  I  Y  V  N  E  D  N  M  Q  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 L  I  R  K  A  I  E  S  L  K  E  R  K  S  L  L  D  F  E  K  E  V  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 K  E  M  A  R  L  A  Y  E  I  A  G  D  L  P  D  K  I  K  D  L  A  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 G  I  N  E  S  E  I  L  T  S  N  A  Q  F  L  L  N  K  L  D  V  K  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 Y  I  Y  N  S  K  D  P  S  T  P  D  I  K  G  K  K  S  I  A  L  P  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942
 P  G  I  I  L  T 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

leu_arch_M_kandleri

Class I

Archaea/Methanopyrus kandleri/amino acid sequences/Mkandleri_leu_aa

Archaea/Methanopyrus kandleri/nucleotide sequences/Mkandleri_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  E  R  P  E  E  R  Q  W  K  E  W  E  E  A  G  L  F  E  A  D  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  R  E  S  V  Y  I  T  V  A  Y  P  Y  P  S  G  S  M  H  V  G  H  A  R 
 -  -  -  -  -  Y  I  T  V  .  Y  P  Y  P  S  G  S  M  H  V  G  H  A  R 
---------------TACATCACGGTC---TACCCGTACCCGTCGGGTTCGATGCACGTGGGTCACGCGCGG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  Y  L  V  P  D  I  Y  A  R  F  K  R  M  Q  G  Y  N  V  L  F  P  M  A 
 T  Y  L  V  P  D  I  Y  A  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  L  F  P  M  A 
ACGTACCTGGTTCCGGACATCTACGCGCGGTTC------------------------CTGTTCCCGATGGCC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  H  V  T  G  T  P  V  V  G  I  A  E  R  I  K  E  G  D  E  D  T  I  R 
 F  H  V  T  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCCACGTGACGGGT---------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  Y  R  D  L  Y  G  V  P  E  E  E  L  E  K  F  T  E  P  E  A  I  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E 
---------------------------------------------------------------------GAG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  F  A  R  E  Y  E  E  N  M  K  R  M  G  Y  S  I  D  W  R  R  K  F  T 
 Y  F  A  R  E  Y  E  E  N  M  K  R  M  .  .  .  .  D  -  -  R  K  F  T 
TACTTCGCGCGCGAGTACGAGGAGAACATGAAGCGCATG------------GAC------CGGAAGTTCACA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  V  D  P  E  Y  R  S  F  I  T  W  Q  Y  L  R  L  R  E  K  G  L  V  D 
 T  V  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACGGTCGAC---------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  G  E  H  P  V  R  Y  C  P  H  C  E  N  P  V  G  D  H  D  L  L  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  D  A  T  I  E  E  L  T  L  V  K  F  P  V  E  G  D  D  L  I  L  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  T  F  R  P  E  T  L  Y  G  A  T  N  V  W  V  K  P  D  E  E  Y  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  E  V  D  G  E  R  W  V  V  S  E  E  A  Y  R  N  L  R  H  Q  K  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  E  K  V  D  T  V  R  G  E  E  L  I  G  E  S  V  V  N  P  V  T  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  L  P  V  L  P  A  E  F  I  D  P  K  F  G  T  G  V  V  Y  S  V  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  A  P  A  D  A  A  A  L  E  D  L  K  K  D  P  S  V  L  E  E  Y  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  P  S  V  V  E  E  L  E  P  V  Q  V  I  E  V  E  G  Y  G  E  F  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  D  A  L  E  E  H  G  I  E  S  Q  T  D  P  E  L  E  K  A  T  Q  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  R  A  E  L  H  K  G  V  M  V  V  D  E  F  E  G  T  P  V  R  E  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  E  I  K  S  R  L  I  E  S  G  D  A  D  V  M  Y  D  F  S  E  K  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  C  R  C  G  T  E  C  V  V  R  I  L  K  D  Q  W  F  L  R  Y  S  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  W  K  E  R  A  E  E  L  L  G  R  M  E  I  V  P  E  E  V  R  A  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  D  T  I  E  W  L  D  D  W  A  C  A  R  R  V  G  L  G  T  P  L  P  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  P  D  W  I  V  E  P  L  S  D  S  T  V  Y  M  A  Y  Y  T  I  A  H  R 
 -  -  -  -  -  -  E  P  L  S  D  S  T  V  Y  M  A  -  -  -  -  -  -  - 
------------------GAGCCGCTGAGCGACTCGACGGTGTACATGGCG---------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  K  G  K  G  E  L  P  P  E  V  F  D  Y  V  F  L  G  E  G  D  P  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  A  E  K  A  G  L  D  V  E  E  L  E  A  M  R  E  E  F  E  Y  W  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  N  W  R  L  S  A  K  D  L  V  T  N  H  L  T  F  F  I  F  H  H  A  A 
 -  -  W  R  L  S  A  K  D  L  V  T  N  .  L  T  F  F  I  F  H  H  A  A 
------TGGCGGCTCTCGGCGAAGGACCTGGTCACGAAT---CTGACGTTCTTCATCTTCCACCACGCGGCG

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  F  P  E  D  K  W  P  K  G  I  V  V  F  G  M  G  L  L  E  G  Q  K  M 
 L  -  -  -  -  -  -  P  .  G  I  V  V  F  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M 
CTG------------------CCG---GGTATCGTCGTGTTC------------------------AAGATG

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 S  S  S  K  G  N  V  V  L  L  S  E  A  L  D  E  Y  G  P  D  V  V  R  L 
 S  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGCTCGTCC---------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 F  L  A  T  S  A  E  P  W  Q  D  F  D  W  R  D  E  Y  V  R  G  V  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 H  L  E  R  F  E  T  L  I  R  D  H  A  D  E  S  V  E  D  K  D  A  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 R  W  F  L  H  E  F  R  E  V  V  E  E  T  T  E  A  L  E  G  F  Q  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 R  A  Y  N  R  A  F  Y  G  V  M  K  L  L  R  E  Y  E  A  M  K  G  H  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 K  I  L  G  E  I  A  E  D  W  L  K  L  L  H  P  V  I  P  F  A  T  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  W  R  E  V  L  G  E  D  S  F  L  L  E  E  E  W  P  D  P  S  E  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  E  P  E  L  S  V  A  K  E  V  L  D  R  L  I  E  D  V  R  D  V  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 V  I  G  A  E  P  G  Y  T  L  H  V  Y  L  A  P  E  W  Q  W  R  A  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 L  I  L  K  D  K  E  F  G  E  V  M  S  E  L  M  K  D  E  G  L  R  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 G  D  E  V  A  K  I  V  Q  E  L  T  K  E  D  L  P  E  D  V  D  V  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 L  R  E  A  L  T  E  F  L  E  A  A  G  R  A  L  T  D  K  T  G  A  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 V  V  I  H  T  D  P  E  E  A  P  G  P  E  D  R  K  A  G  A  R  P  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943
 P  G  I  W  L  E  E 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

leu_arch_M_hungatei

Class I

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_leu_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  E  E  T  Q  A  L  E  A  A  I  R  K  Q  W  D  G  V  F  I  A  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  E  K  K  K  F  Y  L  T  V  A  Y  P  Y  P  S  G  A  M  H  V  G  H  G 
 -  -  -  -  -  -  Y  L  T  V  .  Y  P  Y  P  S  G  A  M  H  V  G  H  G 
------------------TATCTGACCGTT---TACCCGTACCCGAGTGGGGCCATGCATGTCGGTCATGGC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  T  Y  I  V  P  D  V  V  A  R  F  W  R  M  R  G  R  E  V  L  Y  P  M 
 R  T  Y  I  V  P  D  V  V  A  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  P  M 
CGGACCTACATCGTTCCTGATGTTGTCGCCCGGTTC------------------------CTCTATCCGATG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  F  H  V  T  G  A  P  V  I  G  I  S  K  R  I  A  R  R  D  E  S  A  I 
 A  F  H  V  T  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCATTTCATGTCACCGGT------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  L  Y  R  D  L  Y  R  V  P  E  D  V  L  E  T  F  T  D  P  L  N  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  H  F  S  N  E  Y  E  R  V  M  T  Q  A  G  L  S  I  D  W  S  R  R  F 
 N  H  F  S  N  E  Y  E  R  V  M  T  Q  A  .  .  .  .  D  -  -  R  R  F 
AACCATTTTTCAAATGAGTATGAACGGGTCATGACCCAGGCA------------GAC------CGACGGTTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  T  V  E  P  T  Y  S  K  F  I  E  W  Q  W  Y  H  L  R  E  A  G  H  V 
 T  T  V  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACCACGGTTGAA------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  K  G  A  H  P  V  R  Y  C  P  Q  C  E  N  P  V  G  D  H  D  L  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  D  K  A  E  I  Q  K  F  T  L  I  M  F  Q  Y  G  D  A  F  I  P  C  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  L  R  P  E  T  I  Y  G  V  T  N  L  W  V  N  P  T  V  E  Y  V  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  V  D  G  K  E  W  I  L  S  R  Q  A  M  E  K  I  A  L  Q  D  H  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  E  I  G  T  I  P  G  S  D  L  V  E  K  K  V  S  H  P  F  C  G  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  I  L  P  A  V  F  V  D  P  D  M  A  T  G  L  V  M  S  V  P  A  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  Y  D  Y  I  A  L  R  D  L  Q  R  K  G  Q  Y  T  D  I  K  P  V  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  T  V  E  G  Y  G  E  F  P  A  V  E  A  V  E  K  A  D  I  I  N  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  P  N  L  V  E  L  T  Q  S  V  Y  T  A  E  H  A  T  G  K  M  Y  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  G  G  K  P  V  K  I  A  R  E  E  I  A  G  V  L  I  E  K  H  H  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  M  Y  E  F  D  I  R  P  V  V  C  R  C  G  S  R  V  F  V  K  V  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 N  Q  W  F  L  E  Y  S  D  E  A  W  K  Q  Q  V  K  D  H  L  E  N  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  V  P  Q  E  V  R  A  E  F  F  R  T  V  D  W  L  K  D  W  A  C  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 R  I  G  L  G  T  K  M  P  W  D  P  E  W  L  I  E  P  L  S  D  S  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  P  L  S  D  S  T  I 
------------------------------------------------GAACCGCTCTCTGACTCGACCATC

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Y  M  A  Y  Y  T  I  A  S  R  I  K  H  I  D  P  A  L  L  T  P  A  V  F 
 Y  M  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACATGGCC---------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  Y  I  F  L  G  K  E  S  E  G  L  P  E  R  E  R  L  D  G  M  R  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 F  L  Y  W  Y  P  Y  D  F  R  F  S  A  K  D  L  I  S  N  H  L  T  F  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  F  R  F  S  A  K  D  L  I  S  N  .  L  T  F  Q 
------------------------TTCAGATTCTCTGCAAAAGATCTCATCTCAAAC---CTGACCTTCCAG

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  F  H  H  C  T  I  F  P  K  E  C  L  P  H  G  M  V  V  F  G  M  G  L 
 L  F  H  H  C  T  I  -  -  -  -  -  -  P  .  G  M  V  V  F  -  -  -  - 
CTCTTCCACCACTGCACGATA------------------CCC---GGTATGGTTGTCTTT------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  N  G  A  K  M  S  S  S  K  G  N  V  Y  L  L  E  D  A  I  N  D  F  G 
 -  -  -  -  K  M  S  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------AAGATGTCCTCGTCC---------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 A  D  T  V  R  M  F  L  I  G  S  G  E  P  W  Q  D  F  D  W  R  N  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 V  S  S  T  K  K  Q  I  E  R  F  A  Q  T  I  R  D  G  L  A  A  D  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  T  D  I  D  R  W  L  V  S  R  M  Q  N  H  I  S  L  V  T  T  A  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 N  F  Q  T  R  Q  A  L  Q  E  A  F  F  G  F  E  S  D  L  K  W  Y  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 R  L  G  Q  N  P  A  G  K  S  A  M  K  S  L  C  S  T  W  V  R  L  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 P  I  I  P  F  T  C  E  D  L  W  K  E  I  G  E  G  L  V  S  F  A  P  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 P  E  S  D  A  S  L  V  D  D  A  A  E  I  A  E  E  L  L  V  R  T  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 D  I  E  S  I  L  R  I  L  K  T  P  P  R  K  V  T  I  C  V  A  P  S  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 K  W  E  I  M  T  L  I  A  G  A  P  D  K  K  N  V  I  R  D  V  M  Q  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 E  E  I  K  S  R  G  K  E  A  A  D  A  V  K  Q  C  T  N  L  F  H  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 P  S  D  L  V  D  R  I  I  A  N  K  P  D  E  L  A  V  F  K  A  A  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 F  L  A  E  D  T  K  L  E  I  E  V  I  P  A  D  A  C  Q  H  M  K  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924
 S  A  L  P  F  K  P  A  I  I  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

leu_arch_A_fulgidus

Class I

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/amino acid sequences/leu_Arc_A_fulgidus

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/nucleotide sequences/Afulgidus_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  D  F  R  I  I  E  E  K  W  Q  K  A  W  E  K  D  R  I  F  E  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  N  E  K  E  K  F  F  L  T  I  P  Y  P  Y  L  N  G  N  L  H  A  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  F  L  T  I  .  Y  P  Y  L  N  G  N  L  H  A  G  H 
---------------------CTCATTCTCAAT---TTTCAGGTTCTGCTGCAGAACTTCCCACTCCTTAAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  R  T  F  T  I  G  D  A  F  A  R  Y  M  R  M  K  G  Y  N  V  L  F  P 
 T  R  T  F  T  I  G  D  A  F  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  F  P 
TAGCATCAGCTTCTTTCTGTCTTTGAAAATCTTCTTGAC------------------------CTTCCTAAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  G  F  H  V  T  G  T  P  I  I  G  L  A  E  L  I  A  K  R  D  E  R  T 
 L  G  F  H  V  T  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCCTCGTCCTGCATAAGCTG---------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  E  V  Y  T  K  Y  H  D  V  P  L  E  D  L  L  Q  L  T  T  P  E  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  E  Y  F  S  R  E  A  L  Q  A  L  K  S  I  G  Y  S  I  D  W  R  R  V 
 -  E  Y  F  S  R  E  A  L  Q  A  L  K  S  I  .  .  .  .  D  -  -  R  V 
---CTCAACAAGGTTTCGGAGGTATTCCTCAATTCTCTCCGCCTC------------GGT------GTATTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  T  T  T  D  E  E  Y  Q  R  F  I  E  W  Q  Y  W  K  L  K  E  L  G  L 
 F  T  T  T  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGGGTAGCTTTCGAG---------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  V  K  G  T  H  P  V  R  Y  C  P  H  D  Q  N  P  V  E  D  H  D  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  G  E  E  A  T  I  V  E  F  T  V  I  K  F  R  L  E  D  G  D  L  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  C  A  T  L  R  P  E  T  V  F  G  V  T  N  I  W  V  K  P  T  T  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  A  E  V  D  G  E  K  W  F  V  S  K  E  A  Y  E  K  L  T  Y  T  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  V  R  L  L  E  E  V  D  A  S  Q  F  F  G  K  Y  V  I  V  P  L  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  K  V  P  I  L  P  A  E  F  V  D  T  D  N  A  T  G  V  V  M  S  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  H  A  P  F  D  L  A  A  I  E  D  L  K  R  D  E  E  T  L  A  K  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  D  K  S  V  V  E  S  I  K  P  I  V  L  I  K  T  D  I  E  G  V  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  K  L  I  R  E  L  G  V  K  S  Q  K  D  K  E  L  L  D  K  A  T  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  Y  K  K  E  Y  H  T  G  I  M  L  D  N  T  M  N  Y  A  G  M  K  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  A  K  E  R  V  H  E  D  L  V  K  L  G  L  G  D  V  F  Y  E  F  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  P  V  I  C  R  C  G  T  K  C  V  V  K  V  V  R  D  Q  W  F  L  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  N  R  E  W  K  E  K  V  L  N  H  L  E  K  M  R  I  I  P  D  Y  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  E  F  R  N  K  I  E  W  L  R  D  K  A  C  A  R  R  K  G  L  G  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  P  W  D  K  E  W  L  I  E  S  L  S  D  S  T  I  Y  M  A  Y  Y  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  S  L  S  D  S  T  I  Y  M  A  -  -  -  - 
---------------------------CTTAACCAAATCCTCATGAACTCTCTCCTTCGC------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  K  Y  I  N  A  G  L  L  K  A  E  N  M  T  P  E  F  L  D  Y  V  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 G  K  G  E  V  G  K  V  A  E  A  S  K  L  S  V  E  L  I  Q  Q  I  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 D  F  E  Y  W  Y  P  V  D  L  R  S  S  G  K  D  L  V  A  N  H  L  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  S  S  G  K  D  L  V  A  N  .  L  L  F 
---------------------------TATTGGCTTTATGCTCTCTACAACGCTTTTGTC---TCCGTACTT

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Y  L  F  H  H  V  A  I  F  P  P  D  K  W  P  R  A  I  A  V  N  G  Y  V 
 Y  L  F  H  H  V  A  I  -  -  -  -  -  -  P  .  A  I  A  V  N  -  -  - 
CGCCAGCGTTTCCTCGTCTCTCTT------------------CAG---AAAAGGAGCGTGTGC---------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 S  L  E  G  K  K  M  S  K  S  K  G  P  L  L  T  M  K  R  A  V  Q  Q  Y 
 -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------TGCGTTGTCAGTGTC------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 G  A  D  V  T  R  L  Y  I  L  H  A  A  E  Y  D  S  D  A  D  W  K  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  V  E  G  L  A  N  H  L  R  R  F  Y  N  L  V  K  E  N  Y  L  K  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 G  E  L  T  T  L  D  R  W  L  V  S  R  M  Q  R  A  I  K  E  V  R  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 M  D  N  L  Q  T  R  R  A  V  N  A  A  F  F  E  L  M  N  D  V  R  W  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 L  R  R  G  G  E  N  L  A  I  I  L  D  D  W  I  K  L  L  A  P  F  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 H  I  C  E  E  L  W  H  L  K  H  D  S  Y  V  S  L  E  S  Y  P  E  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  T  R  V  D  E  E  A  E  R  I  E  E  Y  L  R  N  L  V  E  D  I  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 I  K  K  F  V  S  D  A  K  E  V  Y  I  A  P  A  E  D  W  K  V  K  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 K  V  V  A  E  S  G  D  V  G  E  A  M  K  Q  L  M  Q  D  E  E  L  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 L  G  K  E  V  S  N  F  V  K  K  I  F  K  D  R  K  K  L  M  L  V  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 W  E  V  L  Q  Q  N  L  K  F  I  E  N  E  T  G  L  K  V  I  L  D  T  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932
 R  V  P  E  E  K  R  R  Q  A  V  P  G  K  P  A  I  Y  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

leu_arch_M_thermautotrophicus

Class I

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/amino acid sequences/Mthermautotrophicus_leu_aa

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/nucleotide sequences/Mthermautotrophicus_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  L  K  G  H  D  G  G  D  S  V  D  I  E  R  K  W  R  D  R  W  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  G  I  F  Q  A  D  P  D  D  R  E  K  I  F  L  T  V  A  Y  P  Y  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  T  V  .  Y  P  Y  P  S 
------------------------------------------ATCAGATGCATC---GAGTACGCTGTACTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  A  M  H  I  G  H  G  R  T  Y  T  V  P  D  V  Y  A  R  F  K  R  M  Q 
 G  A  M  H  I  G  H  G  R  T  Y  T  V  P  D  V  Y  A  R  F  -  -  -  - 
GTCTATCACCGTAACCTCTGATTTACCAAGGTCCCTGATGATCCTCCTTACAAATTCAGC------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  Y  N  V  L  F  P  M  A  W  H  V  T  G  A  P  V  I  G  I  A  R  R  I 
 -  -  -  -  L  F  P  M  A  W  H  V  T  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GCCCTCAGCTGAAACCCTTCCCATTATGGA------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  R  K  D  P  W  T  L  K  I  Y  R  E  V  H  R  V  P  E  D  E  L  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  S  D  P  E  Y  I  V  E  Y  F  S  R  E  Y  R  S  V  M  E  D  M  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  E  Y  F  S  R  E  Y  R  S  V  M  E  D  M  .  . 
------------------------AACGGTATTCTGGACCATCTCCTCTGCAACCTGCACATCCCT------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  I  D  W  R  R  E  F  K  T  T  D  P  T  Y  S  R  F  I  Q  W  Q  I  R 
 .  .  D  -  -  R  E  F  K  T  T  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ATC------GTCAGGCCATGGAGCTTCTGC------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  L  R  D  L  G  L  V  R  K  G  A  H  P  V  K  Y  C  P  E  C  E  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  G  D  H  D  L  L  E  G  E  G  V  A  I  N  Q  L  T  L  L  K  F  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  D  S  Y  L  V  A  A  T  F  R  P  E  T  I  Y  G  A  T  N  L  W  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  D  E  D  Y  V  R  V  E  T  G  G  E  E  W  I  I  S  R  A  A  V  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  S  H  Q  K  L  D  L  K  V  S  G  D  V  N  P  G  D  L  I  G  M  C  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  N  P  V  T  G  Q  E  H  P  I  L  P  A  S  F  V  D  P  E  Y  A  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  V  F  S  V  P  A  H  A  P  A  D  F  I  A  L  E  D  L  R  T  D  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  L  E  R  Y  G  L  E  D  V  V  A  D  I  E  P  V  N  V  I  A  V  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  G  E  F  P  A  A  E  V  I  E  K  F  G  V  R  N  Q  E  D  P  R  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  A  T  G  E  L  Y  K  I  E  H  A  R  G  V  M  S  S  H  I  P  V  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  M  K  V  S  E  A  R  E  V  I  A  D  E  L  K  D  Q  G  L  A  D  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  E  F  A  E  R  P  V  I  C  R  C  G  G  R  C  V  V  R  V  M  E  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 W  F  M  K  Y  S  D  D  A  W  K  D  L  A  H  R  C  L  D  G  M  K  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  E  E  V  R  A  N  F  E  Y  Y  I  D  W  L  N  D  W  A  C  S  R  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  L  G  T  R  L  P  W  D  E  R  W  I  I  E  P  L  T  D  S  T  I  Y  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  P  L  T  D  S  T  I  Y  M 
------------------------------------------CTCATCTGCAAGGCCCTGGTCCTTCAGTTC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  Y  Y  T  I  A  H  R  L  R  E  M  D  A  G  E  M  D  D  E  F  F  D  A 
 A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATC---------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  F  L  D  D  S  G  T  F  E  D  L  R  E  E  F  R  Y  W  Y  P  L  D  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  W 
---------------------------------------------------------------------ACC

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  L  S  A  K  D  L  I  G  N  H  L  T  F  H  I  F  H  H  S  A  I  F  P 
 R  L  S  A  K  D  L  I  G  N  .  L  T  F  H  I  F  H  H  S  A  I  -  - 
AAATTTCTCTATAACCTCGGCCGCCGGGAA---ACCGTAGCCATCCACTGCTATGACATTCACGGG------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 E  S  G  W  P  R  G  A  V  V  F  G  M  G  L  L  E  G  N  K  M  S  S  S 
 -  -  -  -  P  .  G  A  V  V  F  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  S  S 
------------ATC---AAGACCGTACCTTTC------------------------GTCCTCAAGGGCTAT

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 K  G  N  V  I  L  L  R  D  A  I  E  K  H  G  A  D  V  V  R  L  F  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 S  S  A  E  P  W  Q  D  F  D  W  R  E  S  E  V  I  G  T  R  R  R  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 W  F  R  E  F  G  E  R  V  S  G  I  L  D  G  R  P  V  L  S  E  V  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 A  E  P  E  S  F  I  G  R  W  M  M  G  Q  L  N  Q  R  I  R  E  A  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 A  L  E  S  F  Q  T  R  K  A  V  Q  E  A  L  Y  L  L  K  K  D  V  D  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 Y  L  K  R  V  E  G  R  V  D  D  E  V  K  S  V  L  A  N  V  L  H  A  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 I  R  L  M  A  P  F  I  P  Y  T  A  E  E  M  W  E  R  Y  G  G  E  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 V  A  E  A  P  W  P  D  F  S  D  D  A  E  S  R  D  V  Q  V  A  E  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 V  Q  N  T  V  R  D  I  Q  E  I  M  K  I  L  G  S  T  P  E  R  V  H  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 Y  T  S  P  K  W  K  W  D  V  L  R  V  A  A  E  V  G  K  L  D  M  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 I  M  G  R  V  S  A  E  G  I  H  D  N  M  K  E  V  A  E  F  V  R  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 I  R  D  L  G  K  S  E  V  T  V  I  D  E  Y  S  V  L  M  D  A  S  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 I  E  S  E  V  G  A  R  V  V  I  H  S  K  P  D  Y  D  P  E  N  K  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948
 N  A  V  P  L  K  P  A  I  Y  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

leu_arch_P_aerophilum

Class I

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_leu_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  E  L  S  S  L  F  I  K  M  A  E  K  W  Q  A  K  W  A  E  A  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  E  P  E  P  R  P  G  A  A  K  F  F  V  T  A  A  Y  P  Y  P  N  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  V  T  A  .  Y  P  Y  P  N  G  A 
------------------------------------TTCGTAACAGCG---TATCCCTATCCCAACGGCGCT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  H  I  G  H  G  R  T  Y  L  I  A  D  V  L  A  R  F  H  R  H  M  G  R 
 I  H  I  G  H  G  R  T  Y  L  I  A  D  V  L  A  R  F  -  -  -  -  -  - 
ATTCACATTGGCCACGGGCGGACGTATTTAATTGCCGACGTGTTGGCGCGTTTT------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  V  L  F  P  M  G  F  H  Y  T  G  T  P  I  L  T  I  A  E  A  I  A  S 
 -  -  L  F  P  M  G  F  H  Y  T  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CTATTCCCCATGGGATTTCACTACACGGGC------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  D  A  T  V  I  E  E  Y  M  A  I  Y  G  V  P  K  D  E  I  E  K  M  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  P  L  Y  L  A  R  Y  F  H  E  Q  S  K  R  A  M  Q  K  F  G  L  G  I 
 -  -  -  -  -  -  R  Y  F  H  E  Q  S  K  R  A  M  Q  K  F  .  .  .  . 
------------------CGGTACTTCCACGAGCAGTCAAAAAGGGCGATGCAGAAATTC------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  W  T  R  E  F  T  T  I  D  P  E  Y  Q  R  F  I  Q  W  Q  F  E  K  L 
 D  -  -  R  E  F  T  T  I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAC------AGGGAGTTCACGACTATCGAC------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  E  R  G  L  I  V  R  G  R  H  P  V  G  W  C  P  R  H  S  M  P  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  H  D  T  K  D  D  K  E  P  E  I  G  Q  W  T  L  I  Y  F  A  D  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  L  V  F  P  A  A  T  L  R  P  E  T  V  L  G  V  T  N  M  W  I  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  A  E  Y  A  V  I  E  H  N  G  R  K  M  V  V  S  K  D  A  A  F  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  F  Q  G  D  V  R  I  L  R  E  A  R  G  R  E  F  V  G  R  S  V  Q  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  V  T  G  E  W  V  P  V  Y  E  A  K  F  V  D  P  K  V  G  T  G  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 M  S  V  P  A  H  A  P  Y  D  Y  A  A  L  R  D  L  N  A  V  R  L  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  I  R  V  E  G  Y  G  D  Y  P  A  K  E  V  V  E  R  M  G  I  K  S  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  D  P  A  L  E  E  A  T  R  E  V  Y  S  A  E  Y  T  K  G  V  M  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  V  V  G  R  V  G  A  H  L  S  E  P  A  R  S  M  L  R  A  V  F  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Y  F  A  G  R  P  V  R  E  A  R  E  F  I  S  K  W  L  V  E  A  G  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  V  M  Y  D  I  M  N  K  P  V  Y  C  R  C  G  T  E  I  V  V  K  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  D  Q  W  F  I  N  Y  G  E  G  R  W  K  E  L  A  R  K  L  V  E  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  I  V  P  P  E  A  K  A  H  F  L  A  T  I  D  W  L  D  K  R  A  C  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 R  T  R  G  L  G  T  P  L  P  W  S  D  G  W  V  I  E  S  L  S  D  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  S  L  S  D  S  T 
---------------------------------------------------GAGAGCCTCAGCGACTCCACT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  Y  M  A  F  Y  T  V  I  K  R  I  R  Q  F  G  I  K  P  E  Q  L  I  K 
 I  Y  M  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATATACATGGCC------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  F  W  D  Y  V  F  L  G  V  G  T  P  E  E  V  A  K  R  T  G  V  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 E  Q  L  K  A  I  R  E  E  F  D  F  W  Y  P  L  D  S  R  N  S  G  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  R  N  S  G  K  D 
---------------------------------------------------TCCCGCAACTCGGGCAAGGAC

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  I  P  N  H  L  T  F  F  I  F  N  H  V  A  I  F  P  R  E  K  W  P  R 
 L  I  P  N  .  L  T  F  F  I  F  N  H  V  A  I  -  -  -  -  -  -  P  . 
TTAATACCAAAC---TTGACGTTCTTCATCTTTAACCACGTGGCCATA------------------CCG---

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 Q  I  V  A  N  G  W  V  L  R  E  G  E  K  M  S  K  S  K  R  N  V  L  P 
 Q  I  V  A  N  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  - 
CAAATAGTGGCCAAC------------------------AAAATGTCGAAGTCA------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 L  D  K  A  V  D  M  Y  G  P  D  P  L  R  A  T  L  A  I  T  A  E  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 Q  D  L  D  F  R  H  A  E  A  I  R  N  A  Q  Q  L  M  S  I  Y  S  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 Q  R  L  A  Q  T  A  E  D  R  S  P  N  W  L  D  K  W  L  V  S  E  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  V  L  E  R  A  R  E  A  Y  E  K  V  R  V  R  Q  A  A  V  E  V  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 N  A  K  S  V  F  D  Q  Y  L  A  S  V  E  R  P  S  K  L  A  V  E  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 R  A  W  A  V  A  M  E  P  I  A  P  H  L  A  E  E  I  W  S  I  L  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  G  L  V  V  K  A  P  W  P  Q  L  R  P  D  P  V  A  L  L  A  K  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 V  D  M  V  I  D  D  V  K  R  I  P  A  F  G  E  G  V  K  R  V  V  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 V  N  P  N  Y  A  W  V  K  A  A  L  S  G  D  V  K  A  V  I  N  A  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 P  P  Q  A  A  K  R  V  V  D  I  V  K  T  L  G  D  E  L  R  G  L  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 A  V  G  K  F  D  E  A  E  A  L  A  S  Y  K  N  Y  M  E  K  A  L  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 P  M  E  I  Y  N  A  D  D  P  S  A  P  D  L  G  S  K  K  K  V  A  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945
 L  R  P  G  I  Y  I  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

leu_arch_T_acidophilum

Class I

Archaea/Thermoplasma acidophilum/amino acid sequences/Tacidophilum_leu_aa

Archaea/Thermoplasma acidophilum/nucleotide sequences/Tacidophilum_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  D  R  G  R  R  C  C  T  H  S  G  V  I  A  L  D  I  E  A  K  W  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  A  W  D  R  D  G  I  F  V  P  K  M  D  G  R  K  K  F  M  I  T  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  I  T  V  . 
---------------------------------------------------------CTCGTCAAAGCC---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 W  P  Y  T  N  G  S  L  H  V  G  H  G  R  T  Y  T  L  G  D  I  I  A  R 
 W  P  Y  T  N  G  S  L  H  V  G  H  G  R  T  Y  T  L  G  D  I  I  A  R 
TATCATTATGTCCTTCCTGCGCTTCGCCAGGTACTGCATGTATTTCTTCGACTGGCCGGAAACACTGTTATT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  K  R  S  R  N  Y  N  V  L  F  P  M  G  F  H  Q  S  G  T  P  I  L  A 
 Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  F  P  M  G  F  H  Q  S  G  -  -  -  -  - 
GAG------------------------GTCGGCATTCGCCACAGTTATCTCCACCGA---------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  S  E  R  I  R  A  G  D  R  S  T  I  D  L  Y  T  S  Y  L  K  E  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  K  D  I  D  A  L  I  E  S  F  K  D  P  K  N  I  A  D  Y  F  S  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  Y  F  S  N  A 
------------------------------------------------------GTCGAACGGATCAACCGA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  I  N  D  F  K  H  L  G  Y  S  I  D  W  T  R  R  F  T  S  A  D  E  F 
 I  I  N  D  F  K  H  L  .  .  .  .  D  -  -  R  R  F  T  S  A  D  -  - 
CACGTATGTGTCCGATACGTAGCT------------CTC------GTGAGGTATAACGGGCATCAA------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  Q  K  F  V  Q  W  Q  F  R  R  L  N  E  K  G  L  V  K  Q  G  R  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  L  Y  S  L  E  D  D  N  A  V  G  E  D  D  I  K  D  G  D  T  D  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  I  E  E  Y  T  A  I  F  F  R  G  K  S  F  D  L  I  A  A  S  L  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  T  I  Y  G  I  T  N  I  W  V  N  P  D  V  K  Y  V  K  V  K  I  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  M  A  V  V  S  E  E  C  S  T  K  L  K  F  Q  G  N  E  I  E  V  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  A  S  V  Q  E  I  Q  K  Q  T  Y  T  T  P  A  G  K  E  V  K  V  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  D  F  V  D  P  D  N  G  T  G  I  V  Y  S  V  P  S  H  S  V  Y  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  Y  Y  R  K  K  R  G  K  D  F  P  V  I  I  E  A  P  M  K  M  K  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  S  K  Y  D  L  E  T  E  E  G  R  E  E  A  T  K  D  L  Y  R  N  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  Y  G  K  L  V  D  S  G  P  Y  T  G  M  T  V  R  E  A  R  E  A  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  D  L  I  S  S  G  N  A  F  T  F  Y  E  T  S  R  H  A  V  T  R  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  K  V  I  V  A  V  L  P  D  Q  W  F  L  D  Y  S  Q  P  W  L  K  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  H  T  M  I  N  T  M  T  M  H  P  E  V  Y  R  N  V  M  N  D  A  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 W  L  K  E  R  P  C  A  R  R  R  G  L  G  T  R  L  P  F  D  D  R  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  E  S  L  S  D  S  T  I  Y  P  A  V  Y  T  N  S  I  P  L  R  S  L  Y 
 -  E  S  L  S  D  S  T  I  Y  P  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CGCCTCCCGCGCTTCCCTCACGGTCATGCCGGT------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  T  G  K  L  D  D  D  A  I  T  R  I  F  M  N  G  E  P  K  N  E  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 S  E  A  K  R  Q  F  E  Y  W  Y  P  V  D  I  R  L  T  A  I  P  H  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  L  T  A  I  P  H  I  S 
------------------------------------------CTTTCCGCGCTTCTTCCGGTAATACACGTA

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 N  H  L  S  F  Y  V  L  N  H  A  A  I  F  P  K  E  K  W  P  A  G  L  I 
 N  .  L  S  F  Y  V  L  N  H  A  A  I  -  -  -  -  -  -  P  .  G  L  I 
ATC---AACAGAGTGCGACGGTACGGAATACACTATCCC------------------CAC---ATCGGCCTG

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  S  G  L  V  V  S  N  G  A  K  I  S  K  S  K  G  N  V  V  S  L  L  E 
 I  S  -  -  -  -  -  -  -  -  K  I  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTATAC------------------------GGTGTAGGTCTGCTT---------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 I  A  K  K  Y  S  A  D  I  Y  R  L  Y  V  A  V  Q  A  D  I  S  S  T  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 D  W  N  E  T  D  L  A  S  I  T  R  R  F  N  E  F  K  D  L  M  A  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 K  Q  D  T  S  D  L  T  F  E  E  A  W  F  V  A  R  F  S  V  R  L  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 F  M  E  S  M  D  R  Y  Q  I  R  D  A  Y  I  N  I  F  Y  G  V  L  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  R  Y  L  S  S  R  G  G  D  V  N  R  A  L  T  P  V  I  A  D  W  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  L  M  P  V  I  P  H  H  A  E  E  Y  W  H  S  Y  V  S  D  T  Y  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 V  D  P  F  D  E  N  F  Q  D  R  Y  E  R  T  V  R  R  F  G  M  T  C  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 Q  M  Y  S  A  M  D  Y  V  E  K  V  L  Q  D  V  K  N  I  M  Q  V  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 I  E  P  K  S  V  E  I  T  V  A  N  A  D  V  V  R  A  A  Q  E  F  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 N  S  V  S  G  Q  S  K  K  Y  M  Q  Y  L  A  K  R  R  K  D  I  M  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 G  F  D  E  Y  D  V  L  Q  R  N  Q  V  Y  L  S  K  Q  I  G  C  P  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910
 I  E  R  G  D  V  I  N  G  K  I  A  L  P  G  K  P  V  I  Y  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

leu_arch_N_equitans

Class I

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_leu_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  K  F  F  V  T  A  A  F  P  Y  V  N  G  Y  L  H  L  G  H  L  V  T 
 -  -  -  -  F  V  T  A  .  F  P  Y  V  N  G  Y  L  H  L  G  H  L  V  T 
------------TTTGTAACAGCA---TTCCCATATGTAAATGGTTATTTACATTTGGGCCATCTAGTAACA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  I  K  A  E  I  T  A  R  Y  K  K  M  R  G  Y  D  V  L  F  P  M  G  F 
 Y  I  K  A  E  I  T  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  F  P  M  G  F 
TACATAAAAGCAGAAATTACAGCAAGATAC------------------------TTATTCCCAATGGGCTTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  A  T  G  A  P  I  Y  A  A  A  Y  K  V  S  I  G  D  P  K  Q  I  E  T 
 H  A  T  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATGCTACTGGT------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  K  K  M  G  I  K  D  I  E  K  F  K  D  P  A  Y  W  V  E  Y  F  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  Y  F  S  K 
---------------------------------------------------------GAGTATTTCTCTAAA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  A  K  E  D  L  S  K  L  G  F  M  I  E  W  E  R  S  F  T  T  V  F  N 
 A  A  K  E  D  L  S  K  L  .  .  .  .  E  -  -  R  S  F  T  T  V  -  - 
GCAGCAAAAGAGGATTTATCTAAATTG------------GAA------AGATCTTTTACCACAGTA------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  P  F  H  K  F  V  E  W  Q  Y  H  R  L  R  E  K  G  Y  I  Y  R  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 H  P  I  V  W  D  P  K  V  N  M  V  I  G  D  H  D  R  P  D  D  Y  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  R  P  I  E  G  V  I  I  K  F  Y  S  K  D  L  D  A  Y  L  P  A  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  R  P  E  T  V  F  G  V  V  N  I  W  V  N  P  E  T  E  Y  V  L  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  K  K  V  F  Y  V  Y  E  L  Y  S  L  Y  K  K  F  G  R  L  P  L  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  N  R  D  K  L  E  K  L  I  Q  D  Y  N  N  L  L  D  R  L  K  Q  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  G  I  D  L  I  A  H  A  E  E  I  A  Y  K  P  K  E  E  F  V  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  E  F  A  E  K  E  G  I  K  I  E  E  K  D  I  E  L  L  Y  E  Y  Y  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  K  V  E  T  Q  E  E  K  W  I  L  P  N  T  I  V  I  E  E  L  K  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  F  E  I  E  I  I  G  K  I  D  K  L  I  K  T  L  A  E  N  P  V  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  L  V  P  V  L  P  A  K  F  V  D  P  E  V  G  T  G  I  V  M  S  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  H  A  P  Y  D  Y  V  G  L  L  D  L  I  K  T  E  L  K  E  F  A  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  L  K  N  V  R  P  V  V  K  V  E  G  F  S  E  M  P  A  K  D  I  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  M  N  I  T  S  Q  E  E  R  D  K  L  E  K  A  T  Q  R  L  Y  S  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  Y  H  G  V  L  T  E  H  A  Q  Q  F  Q  G  L  P  V  K  E  A  K  M  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  A  E  Y  L  M  E  N  G  Y  G  Y  I  Y  Y  T  L  P  V  R  F  K  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Y  G  N  K  V  V  V  K  L  V  K  G  Q  W  F  I  K  Y  S  D  K  Q  W  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  L  A  H  K  A  V  E  N  M  K  F  Y  P  P  Q  V  K  E  L  I  K  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  D  W  Y  D  D  W  A  F  T  H  Q  K  E  L  G  T  A  L  P  W  D  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 W  V  I  E  S  L  S  D  S  T  I  Y  T  A  Y  Y  T  I  A  H  I  L  Q  H 
 -  -  -  E  S  L  S  D  S  T  I  Y  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GAATCCCTCTCTGATTCTACAATATACACAGCT------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 P  E  K  Y  N  I  D  W  D  K  L  T  I  D  V  F  D  Y  V  F  L  G  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  P  K  E  I  A  K  K  T  G  I  S  E  E  I  L  K  E  M  R  N  Q  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Y  W  Y  P  V  D  I  R  F  S  A  Q  D  L  I  A  N  H  L  V  F  Y  I  F 
 -  -  -  -  -  -  I  R  F  S  A  Q  D  L  I  A  N  .  L  V  F  Y  I  F 
------------------ATAAGGTTTAGCGCCCAAGATTTAATAGCAAAC---TTGGTATTCTATATATTC

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 H  H  V  A  I  F  P  E  S  K  W  P  R  G  I  A  V  S  G  F  V  T  V  N 
 H  H  V  A  I  -  -  -  -  -  -  P  .  G  I  A  V  S  -  -  -  -  -  - 
CACCATGTAGCAATT------------------CCC---GGTATAGCAGTTTCT------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 G  E  K  M  S  K  S  K  G  N  F  I  T  I  R  E  A  I  Q  R  Y  G  R  D 
 -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------AAGATGTCTAAAAGC---------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 A  V  R  L  A  A  A  Y  A  G  N  A  E  L  V  D  Q  N  I  D  L  E  F  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  K  A  K  N  E  I  I  P  R  I  E  S  Y  L  D  M  E  G  Y  D  R  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 N  S  L  D  K  W  I  V  N  R  I  R  L  Y  F  K  K  L  E  E  Y  Y  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 I  R  P  R  D  V  I  N  E  F  F  K  L  E  N  D  F  N  F  Y  R  A  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 L  E  K  P  H  K  R  A  I  E  Y  F  K  K  A  V  K  A  L  W  P  I  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 H  V  V  R  E  P  A  W  I  G  K  E  E  P  D  E  P  W  I  R  V  G  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 V  D  Q  V  I  K  D  L  A  N  T  L  K  L  V  R  I  S  M  A  R  N  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 H  R  L  A  D  L  V  K  L  Y  Y  E  G  A  K  L  T  E  E  E  K  E  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 R  E  F  I  E  W  K  P  V  R  I  K  I  I  Y  K  N  P  S  E  F  D  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 R  D  I  I  P  Y  I  E  K  V  F  G  G  K  V  V  L  E  L  A  S  E  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977
 E  E  K  A  K  R  A  K  E  F  K  P  A  F  V  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

leu_arch_M_acetivorans

Class I

Archaea/Methanosarcina acetivorans/amino acid sequences/Methanosarcina_acetivorans_leu_aa

Archaea/Methanosarcina acetivorans/nucleotide sequences/Methanosarcina_acetivorans_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  Q  D  Y  K  P  H  E  I  E  E  K  W  Q  K  K  W  N  E  S  L  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  A  D  P  D  K  R  E  K  F  F  I  T  I  P  Y  P  Y  L  N  G  N  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  T  I  .  Y  P  Y  L  N  G  N  L  H 
------------------------------TTCATAACAATC---TACCCATACCTTAACGGGAACCTGCAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  G  H  T  R  T  F  T  I  G  D  V  V  A  R  H  K  R  M  L  G  Y  N  V 
 A  G  H  T  R  T  F  T  I  G  D  V  V  A  R  H  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCAGGACATACCCGGACCTTCACCATCGGCGACGTGGTGGCAAGGCAC------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  Y  P  M  G  F  H  V  T  G  T  P  I  V  G  L  A  E  L  I  A  S  R  D 
 L  Y  P  M  G  F  H  V  T  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTTACCCTATGGGTTTCCACGTAACCGGC------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  Q  T  M  D  V  Y  E  H  L  H  G  I  P  G  D  I  L  P  T  L  D  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  K  I  V  D  Y  F  K  R  E  A  E  K  A  M  R  M  I  G  Y  S  I  D  W 
 -  -  -  -  D  Y  F  K  R  E  A  E  K  A  M  R  M  I  .  .  .  .  D  - 
------------GACTATTTCAAGCGGGAAGCCGAGAAAGCTATGCGCATGATC------------GAC---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  R  K  F  T  T  T  D  P  T  Y  K  K  F  I  E  W  Q  Y  I  R  L  E  E 
 -  R  K  F  T  T  T  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CGCAAGTTCACGACAACCGAC------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  G  L  I  V  K  G  S  H  P  V  K  W  C  P  N  D  N  N  P  V  E  D  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  I  L  Y  G  E  E  A  T  I  V  E  Y  T  L  I  K  F  R  Y  N  D  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  P  C  A  T  L  R  P  E  T  T  F  G  V  T  N  L  W  V  N  P  D  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  V  K  A  R  V  E  K  D  G  N  E  E  F  W  V  V  S  K  E  A  F  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  T  F  T  D  R  T  V  E  Y  V  E  D  V  P  A  K  S  I  I  G  I  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  N  P  I  T  G  D  E  V  I  S  L  P  A  S  F  V  K  P  E  N  G  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  V  M  S  V  P  A  H  A  P  F  D  Y  L  A  L  R  D  L  Y  D  A  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  E  Y  G  I  T  E  D  L  R  D  I  K  L  I  S  L  I  Q  V  P  E  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  F  P  A  K  E  I  V  E  S  M  G  I  A  N  Q  K  A  P  K  A  E  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  K  I  V  Y  R  R  E  F  H  G  G  V  L  K  E  I  T  G  K  Y  R  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  V  S  K  I  K  D  V  L  T  R  D  L  I  A  S  N  A  G  E  T  F  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  S  E  P  V  V  C  R  C  G  T  P  C  V  V  N  M  V  K  G  Q  W  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  Y  S  N  P  E  W  K  A  K  V  Y  K  C  L  S  Q  M  R  I  I  P  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Y  R  V  E  F  E  N  K  V  D  W  L  K  D  K  A  C  A  R  R  K  G  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 T  R  L  P  F  D  K  E  W  L  I  E  S  L  G  D  S  T  I  Y  M  S  Y  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  S  L  G  D  S  T  I  Y  M  S  -  - 
---------------------------------GAGTCCCTCGGGGATTCGACAATCTACATGAGC------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  I  A  R  F  L  E  R  G  D  L  A  L  E  Q  L  T  L  S  F  F  D  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  L  G  I  G  D  S  A  A  V  S  A  E  T  G  L  K  Q  E  L  V  E  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  S  H  F  N  Y  W  Y  P  V  D  L  R  S  S  G  K  D  L  V  P  N  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  S  S  G  K  D  L  V  P  N  .  L 
---------------------------------CTGCGTTCTTCCGGAAAGGACCTTGTCCCTAAC---CTG

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  F  F  L  F  H  H  V  A  L  F  E  E  E  K  W  P  R  A  L  A  V  N  G 
 L  F  F  L  F  H  H  V  A  L  -  -  -  -  -  -  P  .  A  L  A  V  N  - 
CTCTTCTTCCTCTTCCACCACGTAGCCCTC------------------CCA---GCCCTTGCAGTAAAC---

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 F  V  S  L  E  G  Q  K  M  S  K  S  K  G  P  I  L  T  L  E  S  A  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------AAGATGAGCAAGTCC------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 A  Y  G  A  D  I  T  R  M  Y  I  L  S  T  A  E  Q  T  Q  D  A  D  W  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 K  T  G  I  D  S  A  R  R  Q  V  D  R  F  Y  S  F  A  K  D  V  I  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 G  K  R  A  T  L  S  T  E  L  K  L  I  D  R  W  M  L  S  R  M  Q  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 I  M  E  T  N  I  A  L  D  S  I  Q  T  R  E  A  I  Q  N  S  F  F  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 I  N  D  V  R  W  Y  Q  R  R  G  G  E  A  L  L  Y  Y  V  L  D  N  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 R  L  M  A  P  F  T  P  H  L  C  E  E  I  W  E  A  M  G  H  E  D  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 S  L  A  Q  Y  P  L  D  N  E  D  L  I  D  E  G  A  E  L  A  E  E  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 K  S  T  L  N  D  I  E  E  I  V  R  V  T  K  M  T  P  Q  K  V  Y  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 T  A  P  A  W  K  A  E  A  I  R  C  A  C  E  L  Q  I  E  A  P  L  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 G  A  L  I  K  T  L  M  A  N  P  E  L  K  R  F  G  K  E  I  P  K  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 Q  K  I  I  P  E  F  K  S  G  G  A  E  R  Y  E  T  F  A  Y  L  G  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 E  Q  A  L  L  K  E  S  A  S  F  L  E  K  E  I  G  C  P  V  E  I  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 A  D  S  P  E  Y  D  P  Q  K  K  S  R  F  A  E  P  L  R  P  A  I  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961
 E 
 - 
---

leu_arch_M_jannaschii

Class I

Archaea/Methanococcus jannaschii/amino acid sequences/Mjannaschii_leu_aa

Archaea/Methanococcus jannaschii/nucleotide sequences/Mjannaschii_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  M  V  M  I  D  F  K  E  I  E  K  K  W  Q  K  R  W  E  E  A  K  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  A  N  P  D  D  R  E  K  F  F  I  T  A  A  F  P  Y  L  N  G  V  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  T  A  .  F  P  Y  L  N  G  V  L  H 
------------------------------TTTATAACTGCG---TTTCCATATTTAAATGGAGTTTTGCAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  G  H  L  R  T  F  T  I  P  E  V  V  A  R  F  Q  R  M  K  N  K  N  V 
 A  G  H  L  R  T  F  T  I  P  E  V  V  A  R  F  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCTGGACATTTAAGAACTTTCACTATCCCAGAGGTTGTTGCAAGATTC------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  W  T  F  G  Y  H  V  T  G  T  P  I  L  G  L  A  E  L  I  K  N  R  D 
 L  W  T  F  G  Y  H  V  T  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTATGGACTTTTGGTTATCATGTTACAGGA------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  K  T  I  W  A  Y  T  E  L  H  G  I  P  K  E  E  L  L  E  L  T  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  K  I  V  E  Y  F  S  K  K  A  E  E  A  F  K  R  M  G  F  S  L  D  W 
 -  -  -  -  E  Y  F  S  K  K  A  E  E  A  F  K  R  M  .  .  .  .  D  - 
------------GAATATTTCTCAAAGAAAGCTGAAGAAGCATTTAAAAGAATG------------GAT---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  R  N  F  K  T  D  D  K  V  F  N  K  F  I  E  W  Q  F  H  K  L  K  E 
 -  R  N  F  K  T  D  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AGGAACTTTAAAACGGATGAT------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  G  L  I  V  K  G  S  H  P  V  R  Y  C  P  R  C  D  N  P  V  E  D  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  I  L  V  G  E  N  A  T  L  V  E  Y  I  L  I  K  F  T  T  E  D  G  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  M  P  M  A  T  L  R  P  E  T  V  F  G  V  T  N  V  W  V  N  P  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  Y  V  K  A  K  V  Y  L  E  K  E  T  E  N  G  I  E  L  I  E  N  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  I  M  A  K  E  C  A  E  K  L  K  H  Q  D  R  K  I  E  I  I  E  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  G  E  Q  L  I  N  K  K  V  K  N  P  V  T  G  K  E  V  P  I  L  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  F  V  K  T  N  I  G  T  G  C  V  M  S  V  P  A  H  A  P  Y  D  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  L  R  D  L  G  L  V  D  E  I  G  L  I  P  L  I  N  V  P  G  Y  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  P  A  K  E  I  V  E  K  M  G  I  K  S  Q  E  E  E  D  K  L  E  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  K  K  I  Y  K  D  E  F  H  K  G  V  L  N  E  N  C  L  D  Y  E  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  V  R  E  I  K  D  K  L  T  K  D  L  I  D  K  G  L  A  E  I  M  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  S  E  E  K  V  I  C  R  C  G  T  P  C  I  V  K  M  V  K  G  Q  W  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  K  Y  S  D  E  K  W  K  E  L  A  H  K  C  I  D  K  M  R  F  I  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 N  L  R  Q  V  F  H  E  K  I  D  W  M  K  D  K  A  C  V  R  R  R  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  T  K  F  P  F  E  E  G  W  V  I  E  S  L  S  D  S  T  I  Y  P  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  S  L  S  D  S  T  I  Y  P  A  - 
------------------------------------GAATCTCTATCTGATTCAACAATTTATCCAGCA---

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Y  T  V  A  K  Y  I  N  Q  H  N  I  K  P  E  Q  L  T  L  E  L  F  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  F  L  G  K  G  D  V  D  K  I  A  K  E  T  G  I  P  K  D  I  I  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 M  R  K  E  F  I  Y  Y  Y  P  V  D  W  R  C  S  A  K  D  L  I  P  N  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  W  R  C  S  A  K  D  L  I  P  N  . 
------------------------------------TGGAGATGTTCAGCTAAGGATTTGATTCCAAAC---

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  T  F  Y  I  F  N  H  V  A  I  F  P  E  E  F  W  P  R  G  I  V  V  N 
 L  T  F  Y  I  F  N  H  V  A  I  -  -  -  -  -  -  P  .  G  I  V  V  N 
TTAACATTCTATATCTTTAACCACGTTGCAATA------------------CCA---GGGATAGTAGTTAAT

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 G  Y  V  T  I  E  G  K  K  L  S  K  S  K  G  P  V  L  P  V  L  E  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------AAGTTATCTAAGTCA---------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 E  K  F  G  A  D  V  G  R  F  Y  I  T  T  C  A  E  L  P  Q  D  A  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 K  F  K  E  M  E  N  T  K  K  V  L  E  R  L  Y  L  F  A  K  E  I  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 R  R  G  E  T  G  E  E  F  S  Y  I  D  K  W  L  L  S  R  L  Y  K  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 K  Q  Y  D  E  Y  M  E  N  F  E  L  R  K  A  G  I  L  L  Y  Q  L  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 D  L  K  W  Y  R  R  R  G  G  N  N  I  R  V  L  E  E  F  L  E  V  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 K  L  M  M  P  F  T  P  H  L  C  E  E  M  W  E  I  L  G  K  E  G  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 S  L  A  K  F  P  E  V  K  E  E  F  I  N  D  E  I  E  K  G  E  E  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 K  A  V  M  E  D  I  K  E  I  I  N  V  A  K  V  Q  P  K  R  I  Y  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 T  A  D  D  W  K  Y  E  I  L  K  I  I  K  E  N  E  G  K  T  I  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 M  P  I  I  M  K  N  P  E  F  R  K  Y  G  K  E  I  P  K  L  V  N  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 I  K  L  N  A  E  I  I  N  E  V  E  V  L  E  N  A  K  E  F  L  K  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 V  G  V  E  D  I  I  I  N  G  E  D  K  A  N  K  K  R  V  A  I  P  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942
 P  A  I  Y  L  E 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

leu_arch_P_occultum

Class I

Archaea/Pyrodictium occultum/amino acid sequences/Poccultum_leu_aa

Archaea/Pyrodictium occultum/nucleotide sequences/Poccultum_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  E  F  A  E  K  L  Y  K  I  A  R  K  W  Q  E  R  W  L  R  S  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  E  A  D  P  D  E  S  K  P  K  F  F  I  T  A  A  F  P  Y  P  N  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  T  A  .  F  P  Y  P  N  S  P 
------------------------------------TTCATAACCGCG---TTCCCCTATCCCAATAGCCCG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  H  L  G  H  S  R  T  Y  T  I  T  D  A  Y  A  R  F  M  R  M  R  G  Y 
 L  H  L  G  H  S  R  T  Y  T  I  T  D  A  Y  A  R  F  -  -  -  -  -  - 
CTGCATCTGGGGCATAGCAGAACATACACCATAACGGATGCGTACGCGCGCTTC------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  V  L  F  P  M  G  F  H  F  T  G  T  P  I  L  T  M  A  E  A  I  A  N 
 -  -  L  F  P  M  G  F  H  F  T  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CTGTTCCCGATGGGCTTCCACTTCACCGGC------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  D  K  D  L  I  D  L  M  I  N  V  Y  D  V  P  P  E  D  I  D  K  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  P  L  S  L  A  R  Y  F  S  R  D  A  K  Q  A  M  I  E  S  G  Y  S  I 
 -  -  -  -  -  -  R  Y  F  S  R  D  A  K  Q  A  M  I  E  S  .  .  .  . 
------------------AGATACTTCAGCCGCGACGCAAAGCAGGCGATGATAGAGTCC------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  W  R  R  E  F  T  T  I  D  E  E  F  K  K  F  I  V  W  Q  F  T  R  L 
 D  -  -  R  E  F  T  T  I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAC------AGAGAGTTCACAACAATAGAC------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  E  K  G  L  L  K  K  G  T  H  P  V  G  W  C  P  V  H  N  M  P  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  H  D  T  K  G  D  V  E  P  E  I  G  E  F  T  L  I  L  F  E  L  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  L  Y  L  P  A  A  T  L  R  P  E  T  V  F  G  V  T  N  V  W  V  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  A  D  Y  V  I  V  A  I  D  G  R  R  Y  V  V  S  E  R  A  A  F  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  F  Q  R  D  N  V  V  V  E  R  K  L  R  G  E  E  L  L  G  R  R  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  P  A  T  G  R  A  V  P  I  L  P  A  D  F  V  D  P  N  T  A  T  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  M  S  V  P  A  H  A  P  Y  D  Y  V  A  L  E  E  L  K  R  E  K  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  L  K  K  L  G  V  D  P  A  E  L  E  P  I  P  L  I  R  V  K  G  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  I  P  A  R  D  I  V  E  K  M  G  I  K  S  Q  L  Q  R  K  L  L  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  T  R  K  L  Y  S  D  E  Y  H  S  G  I  V  R  E  D  I  L  N  Y  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  D  M  P  E  P  Y  R  S  F  A  I  A  P  V  K  A  W  I  A  G  R  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  E  A  R  D  A  A  A  R  W  L  A  A  L  G  Y  G  D  R  M  Y  E  I  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  R  P  V  Y  C  R  C  G  N  E  I  V  V  K  V  L  K  D  Q  W  F  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Y  G  N  P  E  W  K  K  L  A  Y  E  L  L  N  S  M  R  V  V  P  D  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 R  E  E  F  V  K  T  I  E  W  L  H  E  R  A  A  A  R  T  R  G  L  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  L  P  W  S  K  G  W  I  I  E  S  L  S  D  S  T  I  Y  M  A  F  Y  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  S  L  S  D  S  T  I  Y  M  A  -  -  - 
------------------------------GAAAGTCTAAGCGACTCTACAATATACATGGCG---------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  I  H  K  I  R  R  Y  G  L  K  P  E  Q  L  T  T  G  F  W  D  Y  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  G  K  G  D  P  D  K  V  S  E  K  T  G  I  G  R  D  V  L  E  D  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 R  E  F  N  Y  W  Y  P  L  D  S  R  H  S  G  R  D  L  V  P  N  H  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  R  H  S  G  R  D  L  V  P  N  .  L  T 
------------------------------TCGCGGCATAGCGGTAGGGACCTGGTGCCGAAC---CTAACG

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 F  F  I  F  N  H  A  A  I  F  P  R  E  K  W  P  R  Q  I  V  V  N  G  F 
 F  F  I  F  N  H  A  A  I  -  -  -  -  -  -  P  .  Q  I  V  V  N  -  - 
TTCTTCATATTCAACCATGCTGCCATC------------------CCT---CAGATAGTGGTGAAT------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 V  L  L  E  G  K  K  M  S  K  S  L  R  N  I  I  P  L  R  R  A  L  R  V 
 -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------AAGATGAGTAAGAGC---------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 Y  G  A  D  T  V  R  A  T  L  L  A  A  A  E  L  L  Q  D  A  N  F  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 E  L  A  R  S  V  M  D  R  L  R  R  F  E  S  Y  A  Q  R  A  R  E  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 G  E  E  T  V  A  D  R  W  L  R  S  I  L  Q  R  R  V  E  E  V  T  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 F  E  E  L  R  T  R  A  A  T  V  T  V  L  Y  E  M  S  N  D  V  V  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  E  I  R  G  G  E  P  G  P  A  L  R  E  Y  I  E  A  W  T  K  M  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 P  I  A  P  H  I  A  E  E  V  W  H  E  I  L  G  K  E  S  F  V  S  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 K  W  P  S  P  D  P  S  R  R  D  L  Q  A  E  L  M  V  A  Y  V  D  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 V  E  D  V  K  S  I  L  R  V  Y  K  G  E  P  R  R  L  V  V  A  V  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 P  S  S  W  R  I  A  R  I  V  A  A  H  V  A  R  R  S  Q  L  R  D  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 H  A  A  I  E  A  G  A  P  G  K  E  A  A  R  L  V  R  R  L  Y  E  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 Q  S  V  D  E  E  L  L  S  L  I  E  G  V  D  V  F  D  E  K  Y  A  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 A  M  R  D  Y  I  S  A  K  T  R  I  R  E  I  S  V  Y  Y  V  E  E  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981
 G  R  L  P  E  S  K  L  N  Q  V  T  P  L  R  P  A  I  L  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

leu_arch_Halobacterium

Class I

Archaea/Halobacterium sp./amino acid sequences/Halobacterium_leu_aa

Archaea/Halobacterium sp./nucleotide sequences/Halobacterium_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  Y  Q  P  R  E  I  E  E  K  W  Q  D  R  W  A  E  G  G  R  Y  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  P  E  P  D  A  D  E  D  A  T  F  V  T  V  P  Y  P  Y  P  S  G  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  V  T  V  .  Y  P  Y  P  S  G  G  M 
---------------------------------GATGTAGCCGGC---CGTCTCGTACAGTTCGGTCTCGTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  I  G  H  A  R  T  Y  T  V  P  D  V  Y  A  R  Y  R  R  L  Q  G  D  N 
 H  I  G  H  A  R  T  Y  T  V  P  D  V  Y  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  - 
GACCTCGTCGAGCGCCGCGAGTTCGTCGTCCTCGCGCTCGCGGACGTCCGC---------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  L  F  P  I  A  W  H  V  T  G  T  P  I  I  G  A  V  N  R  L  Q  K  G 
 -  L  F  P  I  A  W  H  V  T  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GACCGCGTCACCCTTCTCGCGCAGCGACTC---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  E  E  Q  L  S  V  L  R  D  T  Y  N  V  P  E  D  E  L  E  T  L  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  M  G  F  A  R  Y  F  I  E  N  H  Y  K  E  N  M  Q  S  L  G  L  S  I 
 -  -  -  -  -  R  Y  F  I  E  N  .  Y  K  E  N  M  Q  S  L  .  .  .  . 
---------------GTCGATGACCTCGCGCAC---GTCCGCCAGGTTCTCGACCAGTCG------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  W  R  R  E  F  T  T  N  D  E  R  Y  S  K  F  V  T  W  Q  Y  E  T  L 
 D  -  -  R  E  F  T  T  N  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAC------TGACTCCAGGTCGGCGTCCGG------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  D  H  G  R  L  E  K  G  L  H  P  V  K  Y  C  T  D  E  E  N  P  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  H  D  I  L  E  G  E  E  A  E  F  Q  E  Y  T  L  V  K  F  G  H  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  V  V  P  M  A  T  L  R  P  E  T  V  R  G  V  T  N  A  Y  I  D  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  D  Y  V  E  A  E  V  D  G  E  R  W  L  V  S  D  E  A  A  E  K  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  Q  Q  R  D  V  R  I  L  D  R  F  T  G  D  R  L  V  G  E  R  V  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  V  T  G  E  D  V  L  V  L  P  A  D  F  V  D  A  D  N  A  T  G  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 M  S  V  P  A  H  S  P  D  D  W  V  A  L  E  E  A  K  A  D  D  D  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  E  Y  G  I  D  P  A  D  V  D  A  I  E  P  K  A  I  I  D  V  E  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  D  E  F  P  A  R  A  A  V  A  E  H  G  I  E  S  S  D  D  P  A  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  A  T  Q  Q  V  Y  N  R  E  F  H  S  G  T  L  K  E  M  Y  G  E  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  E  V  V  E  D  V  R  D  E  L  A  D  H  F  Q  A  S  G  E  F  D  T  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  E  F  S  E  E  V  V  C  R  C  G  G  E  V  E  V  A  K  Q  D  T  W  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  T  Y  S  D  E  D  W  K  E  L  A  H  D  A  I  A  D  L  D  A  I  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 N  T  R  D  Q  L  D  H  T  V  D  W  L  N  E  W  P  C  I  R  N  Y  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  T  R  L  P  W  D  D  D  F  V  I  E  P  L  S  D  S  T  V  Y  M  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  P  L  S  D  S  T  V  Y  M  S  - 
------------------------------------CGTGTCGAACTCCCCGCTGGCCTGGAAGTGGTC---

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Y  T  I  A  H  R  L  E  D  V  P  P  E  E  L  D  R  E  F  F  D  T  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Y  G  A  D  A  V  D  D  P  D  E  T  A  L  D  L  R  E  E  W  D  Y  W  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 P  V  D  Y  R  I  S  G  N  D  L  I  S  N  H  L  T  F  Y  L  F  H  H  T 
 -  -  -  Y  R  I  S  G  N  D  L  I  S  N  .  L  T  F  Y  L  F  H  H  T 
---------GGCCCGCGCCGGGAACTCGTCGTCGTAGGCCTC---GTCGATGATGGCCTTCGGCTCGATGGC

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 D  L  F  D  E  S  K  W  P  E  G  I  A  V  A  G  M  G  L  L  E  G  K  A 
 D  L  -  -  -  -  -  -  P  .  G  I  A  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  A 
GTCGAC------------------GTA---CCGCATCCGATCGTC------------------------GAC

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 M  S  S  S  S  G  H  V  V  L  P  T  E  A  I  E  E  Y  G  A  D  T  V  R 
 M  S  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCAGTCGTCCGG------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 F  F  L  L  N  S  A  E  P  W  Q  D  F  D  W  R  G  D  E  V  G  T  T  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 D  Q  L  A  R  F  H  E  R  A  Q  D  V  I  E  S  E  A  G  E  R  D  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 R  I  D  R  W  L  L  S  K  L  Q  S  T  V  R  D  A  T  E  A  M  D  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 Q  T  R  K  A  S  Q  E  A  F  Y  H  F  E  E  H  L  T  W  Y  R  K  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 D  L  D  R  P  G  A  R  W  T  L  Q  E  V  L  Q  T  R  L  R  L  L  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 I  V  P  F  L  A  N  E  L  H  E  Q  L  T  G  D  P  V  E  D  A  A  W  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  P  D  A  D  L  E  S  A  R  V  E  V  E  E  R  L  V  E  N  L  A  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 V  R  E  V  I  D  V  T  G  T  D  P  D  S  I  A  I  Y  T  A  A  P  W  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 H  R  V  Y  E  T  V  R  E  T  G  P  D  V  G  A  V  M  G  K  V  M  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 E  S  L  R  E  K  G  D  A  V  N  D  L  A  Q  D  L  V  A  D  V  R  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 E  D  D  E  L  A  A  L  D  E  V  D  E  T  E  L  Y  E  T  A  A  G  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 A  R  E  F  D  A  S  V  D  V  V  A  E  Q  D  A  D  A  D  R  A  S  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946
 V  P  F  R  P  A  I  D  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

leu_bact_B_burgdorferi

Class I

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_leu_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  K  Y  E  F  I  K  I  E  K  K  W  Q  E  F  W  D  N  N  K  T  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  E  E  D  P  S  I  P  K  E  K  R  L  Y  I  L  D  M  F  P  Y  P  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  I  L  D  .  F  P  Y  P  S  A 
---------------------------------------TATATACTTGAC---TTCCCCTATCCTTCTGCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  G  L  H  V  G  H  P  E  G  Y  T  A  T  D  I  F  G  R  Y  K  L  L  N 
 N  .  L  H  V  G  H  P  E  G  Y  T  A  T  D  I  F  G  R  Y  -  -  -  - 
AAC---CTTCATGTTGGTCATCCAGAAGGATACACAGCAACAGACATATTTGGAAGATAC------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  F  H  V  L  H  P  I  G  F  D  S  F  G  L  P  A  E  N  Y  A  I  Q  T 
 -  -  -  -  L  H  P  I  G  F  D  S  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------CTTCACCCAATAGGATTTGATAGCTTTGGA------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  T  H  P  Q  K  S  T  E  E  N  I  N  K  F  K  K  Q  I  K  A  L  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  E  E  N  I  N  K  F  K  K  Q  I  K  A  L  .  . 
------------------------GAAGAAAATATTAATAAGTTTAAAAAACAAATAAAAGCTTTG------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  Y  D  W  D  R  E  I  R  T  H  E  E  N  Y  Y  K  W  T  Q  W  I  F  L 
 .  .  D  -  -  R  E  I  R  T  H  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GAT------CGAGAAATTAGAACACATGAG------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  L  Y  K  K  G  L  A  Y  V  K  E  M  P  V  W  Y  C  P  E  L  G  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  A  N  E  E  I  I  Q  T  S  D  G  P  K  S  E  R  G  S  Y  S  V  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  Y  L  R  Q  W  V  L  K  I  T  K  Y  A  E  R  L  L  D  D  L  E  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  W  P  E  S  V  K  E  M  Q  R  N  W  I  G  K  S  T  G  V  E  I  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  I  E  G  H  S  D  K  I  K  V  F  T  T  R  P  D  T  I  F  G  I  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  V  I  A  P  E  N  K  L  I  E  K  I  T  K  N  N  F  K  Q  N  V  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  V  K  H  E  E  L  K  S  D  L  N  R  T  S  L  E  K  D  K  S  G  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  G  S  Y  A  F  H  P  I  T  N  E  K  I  P  I  W  V  G  S  Y  V  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  Y  G  T  G  A  V  M  G  V  P  A  H  D  E  R  D  F  Q  F  A  K  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  L  K  I  L  P  V  I  S  K  S  G  K  N  E  I  L  E  K  A  F  V  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  I  S  I  N  S  P  N  E  F  N  N  L  K  N  S  E  V  K  D  K  V  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 W  L  T  K  N  K  K  G  K  E  K  V  A  Y  K  L  R  D  W  I  F  S  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  Y  W  G  E  P  I  P  I  L  F  D  K  L  G  N  A  I  P  L  E  E  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  P  L  K  L  P  E  I  A  N  Y  K  P  S  G  T  G  E  S  P  L  S  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  D  W  V  N  V  K  D  M  G  F  T  R  E  T  N  T  M  P  Q  W  A  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Q  W  A  G  S 
------------------------------------------------------CCTCAATGGGCAGGCTCT

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 C  W  Y  Y  L  R  Y  L  D  P  K  N  S  K  E  F  A  N  K  K  K  I  E  Y 
 C  W  Y  Y  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGTTGGTATTATTTA---------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 W  M  P  V  D  L  Y  I  G  G  A  E  H  T  V  L  H  L  L  Y  S  R  F  W 
 -  -  -  -  -  L  Y  I  G  G  A  E  H  T  V  L  .  L  L  Y  S  R  F  W 
---------------CTATACATAGGCGGAGCTGAACATACAGTATTA---CTGCTTTACTCAAGGTTTTGG

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 H  K  V  L  Y  D  L  G  Y  V  N  T  K  E  P  F  K  K  L  I  N  Q  G  I 
 H  K  V  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  K  .  L  I  N  Q  -  - 
CACAAGGTTCTT---------------------------------TTTAAA---CTAATAAATCAA------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 I  T  S  F  S  Y  Q  K  E  N  G  V  L  I  P  N  D  Q  V  I  E  K  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 K  F  F  D  K  K  D  N  K  E  V  T  Q  V  I  A  K  M  S  K  S  L  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  - 
------------------------------------------------AAAATGTCAAAATCT---------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 V  I  N  P  D  D  I  I  K  E  F  G  A  D  S  M  R  I  Y  E  M  F  M  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 P  L  T  D  S  K  P  W  N  T  K  G  I  I  G  V  F  R  F  L  N  K  I  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 N  L  R  E  K  E  L  S  K  E  N  P  P  R  E  I  I  S  E  L  H  K  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 K  K  V  T  E  D  T  E  K  L  N  F  N  T  A  I  S  A  M  M  I  F  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 E  L  L  K  Y  E  K  N  Y  L  N  I  F  K  P  F  I  I  I  L  S  P  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 P  H  L  A  E  E  L  W  E  Y  I  G  E  L  P  S  L  F  K  N  S  K  W  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 K  F  D  E  S  L  I  I  K  G  K  K  E  I  V  L  Q  I  N  G  K  I  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 K  I  L  L  N  K  E  T  G  E  K  E  L  K  E  I  A  M  E  N  S  K  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 S  N  L  L  N  K  K  I  V  K  I  I  V  I  K  N  K  L  V  N  I  V  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

leu_bact_B_licheniformis

Class I

Bacteria/Bacillus licheniformis/amino acid sequences/Blicheniformis_leu_aa

Bacteria/Bacillus licheniformis/nucleotide sequences/Blicheniformis_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  F  D  H  Q  T  I  E  K  K  W  Q  D  Y  W  L  K  N  K  T  F  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  E  D  K  S  K  P  K  F  Y  A  L  D  M  F  P  Y  P  S  G  A  G  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  A  L  D  .  F  P  Y  P  S  G  .  G  L  H 
---------------------------CAGCTCTTCAAG---TTCTTTGTCCGCGTCGGC---AACGTTCAG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  G  H  P  E  G  Y  T  A  T  D  I  L  S  R  M  K  R  M  Q  G  Y  N  V 
 V  G  H  P  E  G  Y  T  A  T  D  I  L  S  R  M  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTCGCTTTCACCTTTCCGTTCAGCTGAACGACGATTTCAATTTCATC------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  H  P  M  G  W  D  A  F  G  L  P  A  E  Q  Y  A  L  D  T  G  N  D  P 
 L  H  P  M  G  W  D  A  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACAGGCCATGCTTCATACGCGATCGTTTC------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  V  F  T  E  Q  N  I  D  N  F  R  R  Q  I  R  A  L  G  F  S  Y  D  W 
 -  -  -  -  E  Q  N  I  D  N  F  R  R  Q  I  R  A  L  .  .  .  .  D  - 
------------AAGCAATTTCACGAAGCCTTCCATGTATTCTTTCGGAAGCTG------------TGC---

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  R  E  V  N  T  T  D  P  D  Y  Y  K  W  T  Q  W  I  F  L  K  L  Y  E 
 -  R  E  V  N  T  T  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GATGAAGACCATCAGCTGTGA------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  G  L  A  Y  V  D  E  V  P  V  N  W  C  P  A  L  G  T  V  L  A  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  V  I  D  G  K  S  E  R  G  G  H  P  V  E  R  R  P  M  K  Q  W  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  I  T  A  Y  A  D  R  L  L  E  D  L  E  E  L  D  W  P  E  S  I  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 M  Q  R  N  W  I  G  R  S  E  G  A  H  V  H  F  A  V  D  G  T  D  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  T  V  F  T  T  R  P  D  T  L  F  G  A  T  Y  A  V  L  A  P  E  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  V  Q  K  I  T  T  P  E  Q  Q  D  A  V  D  A  Y  I  E  E  V  Q  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  D  L  E  R  T  D  L  A  K  T  K  T  G  V  F  T  G  A  Y  A  V  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  N  G  E  K  I  P  V  W  I  A  D  Y  V  L  A  T  Y  G  T  G  A  V  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  V  P  A  H  D  E  R  D  H  E  F  A  S  A  F  G  L  P  I  K  E  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  G  G  D  V  E  K  E  A  Y  T  G  D  G  E  H  I  H  S  D  F  L  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  D  K  A  A  A  I  E  K  M  I  Q  W  L  E  E  N  G  K  G  E  K  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  Y  R  L  R  D  W  L  F  S  R  Q  R  Y  W  G  E  P  I  P  V  I  H  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  D  G  T  S  T  P  V  P  E  E  E  L  P  L  I  L  P  K  T  S  E  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  S  G  T  G  E  S  P  L  A  N  I  K  E  W  V  E  V  T  D  P  E  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  K  G  R  R  E  T  N  T  M  P  Q  W  A  G  S  C  W  Y  F  L  R  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Q  W  A  G  S  C  W  Y  F  L  -  -  - 
------------------------------TCCGTTTGCCGGATTAACCGCATATGCACCTGT---------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  P  K  N  P  N  E  L  A  S  P  E  K  L  Q  E  W  L  P  V  D  M  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  Y  I 
---------------------------------------------------------------GGCGTTGAC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  G  A  E  H  A  V  L  H  L  L  Y  A  R  F  W  H  K  F  L  Y  D  I  G 
 G  G  A  E  H  A  V  L  .  L  L  Y  A  R  F  W  H  K  F  L  -  -  -  - 
TGCGTCTTTCTGTTCAGGCGTTGT---TTTTTGAACCAAATCATGCTCCGGAGCCAGCAC------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  V  P  T  K  E  P  F  K  Q  L  Y  N  Q  G  M  I  L  G  E  N  N  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  F  .  Q  L  Y  N  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
---------------------CGT---GAAAACCGTAAACGT---------------------------AAC

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 M  S  K  S  K  G  N  V  V  N  P  D  E  I  V  E  T  H  G  A  D  T  L  R 
 M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGCGCCCCTTC------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  Y  E  M  F  M  G  P  L  D  A  S  I  A  W  S  T  T  G  L  D  G  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 R  F  L  D  R  V  W  R  L  F  I  D  D  N  G  G  L  N  E  K  I  V  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 A  G  E  T  L  E  R  V  Y  H  E  T  V  M  K  V  T  D  H  F  E  G  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 F  N  T  G  I  S  Q  L  M  V  F  I  N  E  A  Y  K  A  D  Q  L  P  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 Y  M  E  G  F  V  K  L  L  S  P  V  A  P  H  L  A  E  E  L  W  S  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 G  H  E  E  T  I  T  Y  E  A  W  P  V  Y  D  E  A  K  L  V  D  D  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  I  V  V  Q  L  N  G  K  V  K  A  K  L  N  V  P  A  D  A  D  K  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  E  E  L  A  K  N  N  E  K  V  K  E  Q  L  E  G  K  T  I  R  K  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804
 A  V  P  G  K  L  V  N  I  V  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

leu_bact_B_thailandensis

Class I

Bacteria/Burkholderia thailandensis/amino acid sequences/Bthailandensis_leu_aa

Bacteria/Burkholderia thailandensis/nucleotide sequences/Bthailandensis_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  S  A  P  C  V  A  R  R  S  K  P  S  P  N  H  T  M  H  E  R  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  A  D  V  E  A  A  A  Q  S  D  W  R  A  A  D  A  Y  R  S  K  E  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  R  K  K  F  Y  C  V  S  M  L  P  Y  P  S  G  K  L  H  M  G  H  V  R 
 -  -  -  -  -  Y  C  V  S  .  L  P  Y  P  S  G  K  L  H  M  G  H  V  R 
---------------TACTGCGTGTCG---CTGCCTTACCCGTCGGGCAAGCTGCACATGGGTCACGTGCGC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  Y  T  I  N  D  V  M  Y  R  Y  L  R  M  N  G  Y  N  T  L  M  P  M  G 
 N  Y  T  I  N  D  V  M  Y  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  M  P  M  G 
AACTACACGATCAACGACGTGATGTACCGCTAT------------------------CTGATGCCGATGGGT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 W  D  A  F  G  M  P  A  E  N  A  A  M  A  N  G  V  P  P  A  Q  W  T  Y 
 W  D  A  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y 
TGGGACGCGTTCGGG------------------------------------------------------TAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  N  I  A  Y  M  K  K  Q  M  Q  S  M  G  L  A  I  D  W  S  R  E  V  T 
 D  N  I  A  Y  M  K  K  Q  M  Q  S  M  .  .  .  .  D  -  -  R  E  V  T 
GACAACATCGCGTACATGAAGAAGCAGATGCAGTCGATG------------GAC------CGCGAGGTCACG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  C  K  P  D  Y  Y  K  W  N  Q  W  L  F  L  K  M  L  E  K  G  I  A  Y 
 T  C  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACCTGCAAG---------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  K  T  G  T  V  N  W  D  P  V  D  Q  T  V  L  A  N  E  Q  V  I  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  G  W  R  S  G  A  L  V  E  K  R  E  I  P  M  Y  Y  M  R  I  T  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  D  E  L  L  N  D  L  D  G  L  G  W  P  E  R  V  K  I  M  Q  Q  N  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  G  K  S  F  G  V  N  F  G  F  P  Y  E  L  D  G  E  K  K  L  L  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  T  T  R  A  D  T  I  M  G  V  T  F  C  A  I  A  A  E  H  P  L  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  L  A  Q  D  K  P  E  L  Q  A  F  I  D  E  C  K  R  G  G  V  A  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  I  A  T  M  E  K  K  G  V  A  T  G  F  S  V  S  H  P  L  T  G  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  E  V  W  I  G  N  Y  V  L  M  S  Y  G  E  G  A  V  M  G  V  P  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  E  R  D  F  A  F  A  K  K  Y  G  L  P  I  R  Q  V  I  A  V  E  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  Y  S  T  D  A  W  Q  E  W  Y  G  D  K  T  R  A  V  C  V  N  S  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Y  D  G  L  A  Y  D  A  A  V  D  A  I  A  A  D  L  K  A  G  G  F  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  Q  I  T  Y  R  L  R  D  W  G  I  S  R  Q  R  Y  W  G  T  P  I  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  H  C  P  S  C  G  D  V  P  V  P  E  Q  D  L  P  V  V  L  P  E  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  P  D  G  T  G  N  P  L  A  K  S  D  A  F  L  N  C  A  C  P  K  C  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  A  A  K  R  E  T  D  T  M  D  T  F  V  D  S  A  W  Y  F  S  R  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  F  V  D  S  A  W  Y  F  S  -  -  - 
------------------------------GACACGTTCGTCGATTCCGCGTGGTACTTCTCG---------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  P  D  A  Q  T  M  V  D  A  R  T  D  Y  W  M  P  M  D  Q  Y  I  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  Y  I  G  G 
---------------------------------------------------------CAGTACATCGGCGGC

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  E  H  A  I  L  H  L  L  Y  S  R  F  W  A  K  V  M  R  D  L  G  L  V 
 I  E  H  A  I  L  .  L  L  Y  S  R  F  W  A  K  V  M  -  -  -  -  -  - 
ATCGAGCACGCGATCCTG---CTGCTGTACTCGCGCTTCTGGGCGAAGGTGATG------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  F  G  E  P  A  K  N  L  L  T  Q  G  M  V  L  N  E  T  F  Y  R  E  D 
 -  -  -  -  -  A  .  N  L  L  T  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GCG---AACCTGCTCACGCAG------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 A  A  G  K  K  T  W  Y  N  P  A  D  V  T  V  S  F  D  D  K  G  R  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 G  A  V  L  K  A  D  G  Q  P  V  V  L  G  G  I  E  K  M  S  K  S  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  - 
---------------------------------------------------AAGATGTCGAAGTCG------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 N  G  V  D  P  Q  M  L  I  D  H  Y  G  A  D  T  A  R  L  F  T  M  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 A  P  P  E  Q  Q  L  E  W  S  G  A  G  V  D  G  A  S  R  F  L  R  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 W  A  F  G  F  A  N  R  E  A  L  A  V  R  A  P  F  D  V  A  Q  L  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 A  D  K  T  L  R  R  E  I  H  G  V  L  K  Q  A  D  F  D  Y  Q  R  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 Y  N  T  V  V  S  A  A  M  K  M  L  N  A  I  E  G  A  K  G  A  T  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 V  L  R  E  T  Y  G  V  L  L  R  V  L  Y  P  V  V  P  H  V  T  Y  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 W  K  A  L  G  Y  A  D  E  F  G  P  L  L  D  A  P  W  P  K  V  D  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 A  L  E  Q  A  E  I  E  L  V  L  Q  I  N  G  K  V  R  G  A  L  K  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 K  D  A  S  R  E  A  I  E  A  A  A  V  A  D  E  M  F  A  K  F  A  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882
 K  P  A  K  K  I  I  V  V  P  G  R  L  V  N  V  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

leu_bact_C_Amoebophilus_asiaticus

Class I

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_leu_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  H  Y  D  F  K  A  I  E  Q  K  W  Q  Q  Y  W  K  N  N  Q  I  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  T  I  E  P  S  K  P  K  Y  Y  I  L  D  M  F  P  Y  P  S  G  E  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  I  L  D  .  F  P  Y  P  S  G  E  .  L 
------------------------------TATATTTTAGAT---TTCCCTTACCCTTCTGGTGAG---CTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  V  G  H  P  L  G  Y  I  A  S  D  I  V  A  R  Y  K  R  S  K  G  Y  Q 
 H  V  G  H  P  L  G  Y  I  A  S  D  I  V  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  - 
CATGTAGGCCACCCACTGGGCTATATTGCCTCGGATATTGTGGCTAGGTAT---------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  L  H  P  M  G  F  D  A  F  G  L  P  A  E  Q  F  A  I  Q  T  G  Q  H 
 -  L  H  P  M  G  F  D  A  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CTTCATCCAATGGGGTTTGATGCATTCGGT---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  A  I  T  T  A  K  N  I  G  R  Y  K  Q  Q  L  C  Q  L  G  L  S  Y  D 
 -  -  -  -  -  A  K  N  I  G  R  Y  K  Q  Q  L  C  Q  L  .  .  .  .  D 
---------------GCTAAAAATATAGGGCGCTATAAGCAACAGCTTTGCCAGTTA------------GAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  D  R  C  I  S  T  C  E  P  A  Y  Y  K  W  T  Q  W  I  F  I  Q  L  F 
 -  -  R  C  I  S  T  C  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------AGATGCATTAGCACATGCGAG---------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  S  W  Y  D  I  S  L  Q  K  A  R  P  I  D  E  L  I  T  L  F  D  Q  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  N  Q  Q  V  Q  A  S  C  D  K  E  V  S  L  F  T  A  K  E  W  Q  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  E  E  S  K  Q  Q  H  L  L  A  Y  R  L  A  F  L  E  D  T  T  V  N  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 C  P  E  L  G  T  V  L  A  N  E  E  V  K  D  G  L  S  E  R  G  G  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  I  R  K  Q  M  K  Q  W  S  L  R  I  T  A  Y  T  D  R  L  L  A  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  H  L  K  W  P  L  S  T  K  E  M  Q  R  N  W  I  G  R  S  I  G  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  N  F  T  V  I  A  N  G  Q  E  H  T  I  P  V  F  T  T  R  P  D  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  G  V  T  Y  L  A  L  S  P  E  H  P  L  A  K  L  I  S  T  G  T  Q  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  A  I  D  T  Y  I  T  Q  A  T  N  R  S  E  R  D  R  L  A  D  V  N  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  T  G  M  F  T  G  A  Y  A  I  H  P  F  T  K  Q  P  L  P  I  W  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  Y  V  L  A  G  Y  G  T  G  A  V  M  G  V  P  A  H  D  S  R  D  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  A  Q  H  F  Q  L  P  I  I  Q  V  V  A  G  G  D  T  A  Q  S  A  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  R  E  G  S  L  F  N  S  Q  F  L  N  G  L  S  I  Q  E  A  T  K  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  Q  K  L  E  S  L  G  I  G  K  Q  K  T  T  Y  R  L  R  N  A  I  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 R  Q  R  Y  W  G  E  P  I  P  I  Y  Y  K  N  N  I  P  Y  P  I  P  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  L  P  L  E  L  P  S  L  A  S  F  K  P  T  P  T  G  E  P  P  L  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  P  N  W  K  T  K  E  G  Y  P  I  E  L  S  T  M  P  G  W  A  G  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  G  W  A  G  S  S 
---------------------------------------------------CCAGGATGGGCAGGATCTAGT

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 W  Y  F  F  R  Y  M  D  P  N  N  E  A  S  F  V  G  S  T  A  Q  N  Y  W 
 W  Y  F  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGGTATTTTTTT------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 Q  A  V  D  L  Y  L  G  G  A  E  H  A  T  G  H  L  L  Y  A  R  F  W  T 
 -  -  -  -  L  Y  L  G  G  A  E  H  A  T  G  .  L  L  Y  A  R  F  W  T 
------------TTATATTTGGGTGGAGCAGAACACGCTACAGGC---TTACTTTATGCGCGATTTTGGACT

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Q  F  L  Y  D  L  G  Y  V  N  I  E  E  P  F  Q  E  L  I  H  Q  G  M  I 
 Q  F  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  .  E  L  I  H  Q  -  -  - 
CAATTTTTA---------------------------------TTT---GAGCTTATTCACCAA---------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 Q  G  K  S  S  F  V  Y  R  I  K  G  T  N  Q  F  V  S  Y  N  L  R  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Y  E  T  T  A  M  H  V  D  I  H  L  V  K  N  N  I  L  D  L  E  R  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 N  W  R  P  D  L  Q  T  A  T  F  V  L  E  N  G  Q  Y  I  C  G  S  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 E  K  M  S  K  S  K  Y  N  T  V  N  P  D  T  V  V  E  Q  Y  G  A  D  T 
 -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AAGATGTCTAAATCA------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  R  L  Y  T  M  F  L  G  P  I  E  Q  A  K  P  W  D  M  H  G  I  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 V  F  R  F  L  V  K  V  W  R  L  F  Y  L  E  K  G  A  I  I  T  N  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 P  T  K  E  V  Q  K  A  I  H  K  A  I  K  K  V  E  E  D  I  K  R  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 F  N  T  A  V  S  N  L  M  I  C  V  N  E  L  T  A  L  K  C  N  N  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 A  L  T  N  L  V  L  I  L  A  P  F  A  P  H  L  A  E  E  L  W  E  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 G  H  Q  H  S  I  A  Q  A  P  F  P  T  Y  E  E  I  Y  L  Q  E  E  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 E  Y  P  I  A  I  N  G  K  V  R  A  K  I  N  F  P  V  D  M  P  Q  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 I  E  E  Q  V  L  T  H  E  S  I  Q  K  W  I  Q  G  Q  Q  I  K  R  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923
 V  I  S  S  K  M  V  N  I  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

leu_bact_C_aggregans

Class I

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_leu_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  D  V  K  T  D  K  N  H  I  E  R  Y  D  P  A  A  I  E  A  K  W  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  K  W  A  A  D  Q  I  Y  R  T  P  P  I  D  P  A  K  P  K  Y  Y  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  L 
---------------------------------------------------------------TACGTACTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  F  Y  P  Y  P  S  G  D  G  L  S  V  G  H  C  R  N  Y  V  P  T  D  V 
 D  .  Y  P  Y  P  S  G  D  .  L  S  V  G  H  C  R  N  Y  V  P  T  D  V 
GAT---TACCCCTATCCCAGCGGTGAT---CTAAGTGTGGGACACTGTCGCAACTATGTACCCACCGATGTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  A  R  Y  Y  R  M  R  G  Y  N  V  L  H  P  M  G  W  D  A  F  G  L  P 
 V  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  H  P  M  G  W  D  A  F  G  -  - 
GTCGCCCGCTAC------------------------CTCCATCCAATGGGATGGGACGCCTTCGGT------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  E  N  A  A  I  K  T  K  T  N  P  A  V  L  T  R  R  Y  S  A  N  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  R  Y  S  A  N  Y  K 
------------------------------------------------CGCCGTTACAGCGCCAATTACAAG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  Q  M  N  M  L  G  L  S  Y  D  W  D  R  E  I  T  S  S  E  P  D  Y  Y 
 R  Q  M  N  M  L  .  .  .  .  D  -  -  R  E  I  T  S  S  E  -  -  -  - 
CGCCAGATGAACATGCTT------------GAC------CGCGAAATTACCTCGTCTGAA------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 H  W  T  Q  W  I  F  L  R  L  Y  Q  S  W  Y  D  R  R  V  D  K  A  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  S  E  L  E  A  E  L  A  E  Y  G  T  S  R  L  D  L  P  L  T  E  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  T  A  E  D  W  R  N  A  T  P  L  Q  R  Q  E  I  L  R  R  F  R  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  R  G  E  A  V  V  N  W  D  P  V  D  K  T  V  L  A  N  E  E  V  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  G  T  A  W  R  S  G  A  K  V  E  R  R  V  L  K  Q  W  F  F  R  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  Y  A  D  R  L  D  R  D  L  D  T  V  D  W  P  S  K  I  V  T  M  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  W  I  G  R  S  R  G  A  E  V  I  F  H  T  E  G  G  D  P  I  I  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  T  R  P  D  T  L  W  G  A  T  F  M  V  L  S  P  E  H  P  L  V  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  T  T  E  A  Q  R  A  Q  V  E  A  Y  V  E  Q  A  R  Q  R  P  T  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  V  A  E  E  K  E  K  T  G  V  W  T  G  G  Y  A  I  N  P  V  N  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  I  P  I  W  I  A  D  Y  V  L  M  G  Y  G  T  G  A  I  M  A  V  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 H  D  E  R  D  F  A  F  A  L  K  Y  N  L  P  I  I  P  V  I  T  R  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 N  A  S  R  S  L  L  R  T  E  T  I  A  A  D  T  A  D  V  L  R  A  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  T  V  T  A  Q  D  D  G  N  L  L  V  E  L  S  G  D  R  A  H  E  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 T  I  V  Q  P  R  L  C  N  G  W  T  E  V  A  G  S  G  W  L  F  I  F  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  A  V  I  E  L  D  S  T  A  A  D  E  Q  I  T  A  R  L  R  A  A  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 N  V  T  L  P  S  A  M  A  Y  L  H  S  I  P  A  Y  R  D  I  I  Y  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  L  G  T  P  I  H  S  G  P  I  N  G  I  A  A  E  E  A  I  E  R  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 T  Y  L  E  Q  Q  G  I  G  K  G  R  T  N  Y  K  M  R  D  W  L  I  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Q  R  Y  W  G  T  P  I  P  I  I  H  R  E  D  G  L  E  I  A  L  S  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 E  L  P  L  T  L  P  N  V  E  S  Y  E  P  T  A  T  G  E  S  P  L  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 I  D  D  W  V  N  V  T  L  P  D  G  S  R  G  R  R  E  T  D  T  M  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  T 
------------------------------------------------------------------GGAACG

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 F  A  C  S  S  W  Y  F  L  R  F  A  D  N  H  N  D  K  A  L  A  S  P  E 
 F  A  C  S  S  W  Y  F  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTGCCTGTTCATCGTGGTACTTCCTG---------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 A  L  D  Y  W  L  P  V  D  M  Y  V  G  G  A  E  H  A  V  M  H  L  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  Y  V  G  G  A  E  H  A  V  M  .  L  L  Y 
---------------------------ATGTACGTCGGTGGAGCCGAACACGCCGTCATG---CTACTCTAC

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 A  R  F  W  T  K  V  L  Y  D  L  G  V  V  K  F  F  E  P  F  T  C  L  R 
 A  R  F  W  T  K  V  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  .  C  L  R 
GCCCGTTTCTGGACGAAGGTGCTT---------------------------------TTC---TGCCTGCGC

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 N  Q  G  L  I  L  A  P  A  R  E  V  N  G  Q  I  I  I  E  K  M  S  K  S 
 N  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S 
AATCAA---------------------------------------------------AAGATGTCGAAGTCG

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 K  G  N  V  I  T  P  D  E  V  V  A  E  H  G  A  D  A  L  R  G  Y  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 F  I  S  D  F  E  L  S  V  P  W  N  T  D  G  V  P  G  V  K  R  W  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 R  V  W  R  I  V  L  Y  P  T  A  E  R  G  Q  S  T  T  P  M  S  E  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 L  R  R  I  A  H  Q  T  I  Q  R  V  E  H  D  I  L  N  F  K  F  N  T  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 V  A  A  L  M  E  F  T  N  A  L  Y  R  A  R  D  A  G  L  A  G  T  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 W  Q  E  A  I  E  L  L  L  L  L  M  A  P  I  T  P  H  I  A  E  E  L  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 A  R  L  G  K  P  Y  S  I  H  Q  Q  R  W  P  V  A  D  P  A  I  A  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 E  E  V  E  I  V  I  Q  V  N  G  K  V  R  G  K  L  T  V  P  V  E  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 E  A  Q  L  R  E  L  A  L  N  N  E  R  V  Q  Q  F  I  N  G  K  Q  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999
 S  V  I  V  V  P  G  R  L  V  N  V  V  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

leu_bact_C_jejuni

Class I

Bacteria/Campylobacter jejuni/amino acid sequences/Cjejuni_leu_aa

Bacteria/Campylobacter jejuni/nucleotide sequences/Cjejuni_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  Y  E  A  S  L  I  E  K  K  W  Q  K  I  W  D  E  N  E  Y  F  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  D  D  L  N  L  P  K  K  Y  I  L  S  M  F  P  Y  P  S  G  R  I  H  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  I  L  S  .  F  P  Y  P  S  G  R  I  H  M 
---------------------------TAAAATTTCTTC---GCTCGCACTACTTGAAATTTCAAATTCAGC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  H  V  R  N  Y  T  I  G  D  A  L  A  R  Y  Y  R  K  I  G  F  N  V  L 
 G  H  V  R  N  Y  T  I  G  D  A  L  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
CCTTTTTTTACCATTAATACTTACAGCTAAATTTAAAGTATCTTT------------------------TAA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  P  I  G  F  D  S  F  G  M  P  A  E  N  A  A  I  K  H  K  I  H  P  K 
 H  P  I  G  F  D  S  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTTTTGAAATTTTTACATTTAAAAAG---------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  W  T  Y  E  N  I  A  Y  M  K  K  E  L  F  S  L  G  F  S  F  S  K  K 
 -  -  -  Y  E  N  I  A  Y  M  K  K  E  L  F  S  L  .  .  S  -  -  -  - 
---------AATAATATAAAAAGCCTCTTGCTCCAAAGCTTCATTTTTACA------TAA------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  M  L  A  T  S  D  P  L  Y  T  K  F  E  Q  E  F  F  I  K  M  F  E  K 
 R  M  L  A  T  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCCATACAAGCTGCAATTAA---------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  L  I  Y  T  K  E  A  N  V  N  W  C  E  Q  D  Q  T  V  L  A  N  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  E  D  G  K  C  W  R  C  G  H  E  V  V  Q  K  K  M  P  G  Y  Y  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  T  A  Y  A  E  E  L  L  K  D  L  E  E  L  K  D  K  W  P  N  Q  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  M  Q  E  N  W  I  G  K  S  E  G  L  E  F  S  L  N  L  D  E  E  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Q  K  T  K  E  S  S  L  E  V  F  T  T  R  A  D  T  I  Y  G  V  S  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  L  A  P  E  H  K  I  V  Q  N  L  L  S  Q  N  L  L  N  Q  D  V  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  I  K  V  I  Q  N  Q  S  P  R  E  R  Q  S  S  E  K  E  G  Y  F  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  Y  A  I  H  P  L  S  G  E  K  I  P  L  W  V  A  N  F  V  L  A  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  S  G  A  V  M  A  V  P  A  H  D  E  R  D  F  E  F  A  T  K  Y  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  I  K  Q  V  I  Q  T  Q  E  N  L  P  Y  M  Q  K  L  G  K  L  I  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Q  E  F  D  N  L  D  C  N  E  A  R  L  K  I  I  S  Q  F  E  A  K  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  K  R  V  V  N  F  K  I  R  D  W  G  V  S  R  Q  R  Y  W  G  A  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  M  I  K  C  Q  S  C  G  I  V  P  Q  K  L  E  N  L  P  I  T  L  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  V  Q  I  T  G  E  G  N  P  L  D  K  H  P  T  W  K  N  C  I  C  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 C  G  K  E  A  Q  K  E  S  D  T  L  D  T  F  F  E  S  S  W  Y  F  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  F  F  E  S  S  W  Y  F  A  - 
------------------------------------AGGATGAATGGCATAAATTCCTAAAAAATAACC---

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  A  S  D  E  K  T  W  Q  E  K  A  L  D  E  K  S  V  K  Y  W  M  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  Q  Y  I  G  G  I  E  H  A  I  L  H  L  L  Y  A  R  F  F  Q  K  A  L 
 -  Q  Y  I  G  G  I  E  H  A  I  L  .  L  L  Y  A  R  F  F  Q  K  A  L 
---TAAATTTTGTGAAAGCAAATTTTGAACAATCTT---TTCTGGAGCTAAAGCGATATACGAAACTCCATA

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 R  D  L  G  Y  L  T  Q  N  E  P  F  D  R  L  L  T  Q  G  M  V  L  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  .  R  L  L  T  Q  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------AGA---TTCTTTGGTTTTTTG------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  A  K  M  S  K  S  K  G  N  V  V  D  P  D  E  I  I  E  K  Y  G  A  D 
 -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------AGAAAATTCCAAACC---------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 T  A  R  L  F  I  L  F  A  A  P  P  A  K  E  L  E  W  N  D  D  A  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 G  A  Y  R  F  I  C  K  L  Y  D  R  A  Q  N  V  K  K  G  E  L  V  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 K  Q  E  N  L  N  K  E  E  K  Y  A  R  L  K  V  Y  E  A  L  K  K  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  V  Y  H  Q  S  F  A  F  N  T  L  I  A  A  C  M  E  A  L  N  A  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 L  C  K  N  E  A  L  E  Q  E  A  F  Y  I  I  L  N  I  L  E  P  I  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 H  V  C  F  E  L  S  E  E  L  F  K  C  K  N  F  K  K  L  E  L  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 V  F  V  K  D  T  L  N  L  A  V  S  I  N  G  K  K  R  A  E  F  E  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 S  S  A  S  K  E  E  I  L  A  F  A  K  E  N  T  A  K  W  L  E  G  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809
 I  V  K  E  I  Y  V  E  G  K  L  V  N  L  V  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

leu_bact_C_thermalis

Class I

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/amino acid sequences/Cthermalis_leu_aa

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/nucleotide sequences/Cthermalis_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  S  R  Y  N  P  A  A  I  E  E  K  W  Q  K  T  W  V  E  Q  G  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  T  E  E  N  Q  D  K  P  K  F  Y  A  L  S  M  F  P  Y  P  S  G  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  A  L  S  .  F  P  Y  P  S  G  S  L 
---------------------------------TTCTTGCATTTG---ATCGGCTTGAGCGGGAACTTGAAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  M  G  H  V  R  N  Y  V  I  T  D  V  I  A  R  L  K  R  M  Q  G  Y  R 
 H  M  G  H  V  R  N  Y  V  I  T  D  V  I  A  R  L  -  -  -  -  -  -  - 
TGTGCCTCTAGTTTTACCATTAATCTGAATTACTAATGTCATTTCATCTGC---------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  L  H  P  M  G  W  D  A  F  G  L  P  A  E  N  A  A  I  K  N  N  I  P 
 -  L  H  P  M  G  W  D  A  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CAACCACGACTGTTTGTGAACCGATTCCTG---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  A  K  W  T  Q  R  N  I  A  Q  M  R  D  Q  L  K  R  L  G  L  S  I  D 
 -  -  -  -  -  Q  R  N  I  A  Q  M  R  D  Q  L  K  R  L  .  .  .  .  D 
---------------CAAGAGAATTAATGTTTTAATTCCTTCCGCATACACTGGAGA------------TGC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  D  K  E  L  A  T  C  S  P  D  Y  Y  K  W  T  Q  W  I  F  L  Q  F  L 
 -  -  K  E  L  A  T  C  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CAGGGCATTACTGAGTTTCAT---------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  A  G  L  A  Y  Q  K  E  A  A  V  N  W  D  P  V  D  Q  T  V  L  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  Q  V  D  S  E  G  R  S  W  R  S  G  A  K  V  E  K  K  L  L  K  Q  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  L  K  I  T  D  Y  A  E  E  L  L  Q  D  L  D  Q  L  I  G  W  P  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  K  L  M  Q  A  N  W  I  G  K  S  T  G  A  Y  L  E  F  P  I  V  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  E  K  I  G  V  F  T  T  R  P  D  T  V  Y  G  V  T  Y  V  V  L  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  H  P  L  T  R  Q  V  T  T  P  D  R  K  A  A  V  E  A  F  I  Q  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  A  E  S  E  L  E  R  T  A  E  D  K  P  K  R  G  I  P  T  G  G  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  N  P  F  T  G  A  E  I  P  I  W  I  A  D  Y  V  L  Y  E  Y  G  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  V  M  G  V  P  A  H  D  T  R  D  F  Q  F  A  Q  G  N  N  L  P  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  V  I  V  P  P  N  N  D  V  E  M  L  R  V  T  P  L  Q  E  A  Y  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  G  I  M  V  N  S  G  S  F  D  G  T  D  S  V  K  G  K  Q  A  V  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Y  A  E  K  Q  G  W  G  K  A  R  I  Q  Y  R  L  R  D  W  L  I  S  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  Y  W  G  A  P  I  P  V  V  H  C  P  N  C  G  I  V  P  V  P  E  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  P  V  R  L  P  E  D  I  E  F  T  G  R  G  G  S  P  L  A  Q  L  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 W  V  N  V  P  C  P  T  C  G  T  P  A  K  R  E  T  D  T  M  D  T  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  F  I 
------------------------------------------------------------TACATCATTGTT

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  S  S  W  Y  F  L  R  F  P  D  A  T  N  D  K  L  V  F  D  S  A  R  V 
 D  S  S  W  Y  F  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGGTGGCACAATGACAACCTG---------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 N  D  W  M  P  V  D  Q  Y  V  G  G  I  E  H  A  I  L  H  L  L  Y  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  Q  Y  V  G  G  I  E  H  A  I  L  .  L  L  Y  S  R 
---------------------AGTACCGTATTCATACAATACGTAGTCAGCAAT---AATCGGAATTTCTGC

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 F  F  T  K  V  L  R  D  R  P  K  G  G  T  E  G  D  R  N  L  L  N  F  D 
 F  F  T  K  V  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACCTGTAAACGGGTTAAT------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 E  P  F  Q  R  L  L  T  Q  G  M  V  Q  G  L  T  Y  M  N  P  N  K  A  D 
 -  -  F  .  R  L  L  T  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GCT---GGCTGCAACCTCTTG---------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 K  D  K  W  V  P  T  S  I  V  N  A  D  D  P  R  D  P  Q  T  G  E  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 K  L  V  Y  A  T  M  S  K  S  K  G  N  G  V  A  P  E  E  V  I  A  K  Y 
 -  -  -  -  -  T  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CGAACTACCAACTAT------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 G  V  D  T  A  R  M  F  I  L  F  K  A  P  P  E  K  D  L  E  W  D  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 D  V  Q  G  Q  F  R  F  L  N  R  V  W  Q  L  V  T  E  F  A  Q  Q  P  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 V  K  E  T  S  I  K  N  P  K  S  K  I  E  K  D  L  R  R  A  I  H  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 I  Q  A  I  T  E  D  L  E  G  E  Y  Q  F  N  T  A  V  S  E  L  M  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 S  N  A  L  A  D  A  T  C  K  D  S  P  V  Y  A  E  G  I  K  T  L  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  L  A  P  F  A  P  H  I  A  D  E  L  W  H  A  I  A  N  Q  E  S  V  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 K  Q  S  W  L  K  A  D  P  D  A  L  V  A  D  E  M  T  L  V  I  Q  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 G  K  T  R  G  T  I  Q  V  P  A  Q  A  D  R  Q  M  Q  E  K  L  A  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 S  E  P  A  Q  R  Y  V  E  G  K  E  I  K  K  V  I  V  V  P  G  K  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869
 N  F  A  I  G 
 -  -  -  -  - 
---------------

leu_bact_D_radiodurans

Class I

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_leu_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  K  V  P  G  C  V  C  A  G  A  I  F  L  L  M  V  E  R  P  A  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  A  T  A  T  A  L  V  P  S  P  I  S  E  A  E  P  S  P  I  N  L  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  H  L  M  T  Q  E  A  T  K  P  N  I  Q  E  P  R  A  E  R  Y  N  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  I  E  Q  K  W  Q  G  Q  W  Q  E  S  G  L  Y  K  F  D  E  N  A  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  K  F  Y  A  L  T  M  F  P  Y  P  S  G  N  L  H  I  G  H  W  Y  A  N 
 -  -  -  Y  A  L  T  .  F  P  Y  P  S  G  N  L  H  I  G  H  W  Y  A  N 
---------TACGCCCTGACG---TTCCCGTACCCCTCGGGCAACCTGCACATCGGCCACTGGTACGCCAAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  A  P  D  A  R  A  R  W  L  R  M  R  G  Y  N  V  L  F  P  M  A  F  D 
 V  A  P  D  A  R  A  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  L  F  P  M  A  F  D 
GTGGCCCCCGACGCCCGCGCGCGCTGG------------------------CTGTTTCCGATGGCTTTCGAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  F  G  L  P  A  E  N  A  A  I  K  N  N  T  N  P  A  T  W  T  Y  A  N 
 A  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  A  N 
GCCTTCGGG------------------------------------------------------TACGCCAAC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  E  R  M  T  G  Q  F  S  R  M  G  T  M  I  D  W  S  R  K  F  A  T  C 
 I  E  R  M  T  G  Q  F  S  R  M  .  .  .  .  D  -  -  R  K  F  A  T  C 
ATCGAGCGCATGACCGGGCAGTTCTCGCGCATG------------GAC------CGCAAGTTCGCCACCTGC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  P  E  Y  Y  R  W  N  Q  W  F  F  I  E  F  W  K  R  G  L  A  Y  K  K 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAC---------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  G  L  V  N  W  C  P  K  D  Q  T  V  L  A  N  E  Q  V  V  N  G  H  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  R  C  G  T  A  V  E  R  R  N  L  S  Q  W  Y  L  K  I  T  D  Y  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  L  L  D  F  S  A  T  D  M  P  E  K  V  R  A  M  Q  T  N  W  I  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  V  G  A  E  V  T  F  D  T  P  A  G  P  E  T  V  F  T  T  R  P  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  M  G  A  T  F  M  V  L  A  P  E  H  A  K  V  K  E  L  T  T  D  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  A  E  V  E  A  Y  V  A  A  A  G  R  K  T  D  V  E  R  Q  Q  E  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  T  G  V  F  T  G  S  Y  A  T  H  P  I  S  G  H  Q  L  P  I  W  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  Y  V  L  V  T  Y  G  T  G  S  I  M  A  V  P  A  H  D  E  R  D  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  A  K  K  F  D  L  P  I  R  E  V  I  R  A  E  G  S  E  G  M  G  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  S  E  P  Y  S  G  E  G  Q  I  V  N  S  G  E  F  D  G  M  P  G  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  S  I  A  A  I  I  A  R  L  E  E  R  G  V  A  K  A  K  T  T  Y  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 R  D  W  L  F  A  R  Q  R  Y  W  G  T  P  I  P  F  V  H  C  E  K  C  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 M  Q  P  V  P  E  D  Q  L  P  V  K  L  P  E  N  V  A  F  T  P  T  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  P  L  K  L  D  E  E  W  K  T  T  T  C  P  C  C  G  G  P  A  E  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 T  D  T  M  D  T  F  V  D  S  S  W  Y  M  Y  R  Y  L  S  P  N  Y  D  G 
 -  -  -  -  D  T  F  V  D  S  S  W  Y  M  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GACACCTTCGTGGACTCGAGCTGGTACATGTAC---------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  P  F  D  P  S  K  A  G  L  L  P  V  D  L  Y  T  G  G  I  E  H  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  T  G  G  I  E  H  A  I 
------------------------------------------CTGTACACGGGCGGCATCGAGCACGCCATT

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  H  L  L  Y  S  R  F  W  T  K  V  M  R  D  M  G  L  T  T  Q  S  E  P 
 L  .  L  L  Y  S  R  F  W  T  K  V  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTG---CTGCTGTACTCGCGCTTCTGGACCAAAGTGATG---------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 F  A  R  L  R  N  Q  G  M  V  L  G  E  D  G  E  K  M  S  K  S  R  G  N 
 F  .  R  L  R  N  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  - 
TTT---CGGCTGCGCAACCAG---------------------------AAGATGTCCAAGTCG---------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 V  V  D  P  D  D  L  V  R  E  Y  G  A  D  T  V  R  A  F  L  M  F  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 P  W  E  L  G  G  P  W  D  P  Q  G  I  N  G  P  S  K  W  L  S  R  V  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 N  V  F  F  E  E  K  V  S  G  P  E  E  K  M  Q  G  A  D  V  R  F  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 H  S  A  L  K  K  V  N  D  D  F  E  R  M  S  F  N  T  I  I  S  T  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  L  T  N  A  L  V  K  A  K  R  S  P  V  F  G  T  P  V  W  E  E  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 D  I  F  N  R  M  L  A  P  V  V  P  H  I  A  E  E  I  W  H  E  R  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 K  G  S  V  H  T  A  Q  W  P  Q  V  D  E  A  A  A  V  R  D  T  V  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 G  V  Q  V  S  G  K  V  R  G  E  V  S  I  S  K  T  A  S  Q  E  E  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 S  A  A  R  A  I  A  E  V  Q  K  H  L  E  G  K  T  V  V  K  E  I  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874
 P  G  R  I  I  N  I  V  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

leu_bact_E_coli

Class I

Bacteria/Escherichia coli/amino acid sequences/Ecoli_leu_aa

Bacteria/Escherichia coli/nucleotide sequences/Ecoli_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  N  P  G  I  I  S  T  S  S  A  R  K  A  V  L  T  R  A  F  G  L  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  A  D  L  K  N  H  I  N  A  T  F  V  A  V  L  K  T  G  P  L  A  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  E  Q  Y  R  P  E  E  I  E  S  K  V  Q  L  H  W  D  E  K  R  T  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  T  E  D  E  S  K  E  K  Y  Y  C  L  S  M  L  P  Y  P  S  G  R  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  C  L  S  .  L  P  Y  P  S  G  R  L  H 
------------------------------TTCGCCTTTCAG---CTGCCACAGCGTGAAGCAGATGTGCGG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 M  G  H  V  R  N  Y  T  I  G  D  V  I  A  R  Y  Q  R  M  L  G  K  N  V 
 M  G  H  V  R  N  Y  T  I  G  D  V  I  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGTGAACGGGTTAAGCATACGGACTACCGCCAGCAGCGCTTCCTGCAT------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  Q  P  I  G  W  D  A  F  G  L  P  A  E  G  A  A  V  K  N  N  T  A  P 
 L  Q  P  I  G  W  D  A  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGTCGGTGCTTTCGCCAGTTTGTTCATCAG------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  P  W  T  Y  D  N  I  A  Y  M  K  N  Q  L  K  M  L  G  F  G  Y  D  W 
 -  -  -  -  Y  D  N  I  A  Y  M  K  N  Q  L  K  M  L  .  .  .  .  D  - 
------------GGTTACTTTAGCGATAGTTTTATGCACATCGCGACGCAGCGC------------AGT---

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  R  E  L  A  T  C  T  P  E  Y  Y  R  W  E  Q  K  F  F  T  E  L  Y  K 
 -  R  E  L  A  T  C  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---ATCGACGTTCAGTGCCGCAAC------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  G  L  V  Y  K  K  T  S  A  V  N  W  C  P  N  D  Q  T  V  L  A  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  V  I  D  G  C  C  W  R  C  D  T  K  V  E  R  K  E  I  P  Q  W  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  I  T  A  Y  A  D  E  L  L  N  D  L  D  K  L  D  H  W  P  D  T  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  M  Q  R  N  W  I  G  R  S  E  G  V  E  I  T  F  N  V  N  D  Y  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  L  T  V  Y  T  T  R  P  D  T  F  M  G  C  T  Y  L  A  V  A  A  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  L  A  Q  K  A  A  E  N  N  P  E  L  A  A  F  I  D  E  C  R  N  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  A  E  A  E  M  A  T  M  E  K  K  G  V  D  T  G  F  K  A  V  H  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  G  E  E  I  P  V  W  A  A  N  F  V  L  M  E  Y  G  T  G  A  V  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  P  G  H  D  Q  R  D  Y  E  F  A  S  K  Y  G  L  N  I  K  P  V  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  A  D  G  S  E  P  D  L  S  Q  Q  A  L  T  E  K  G  V  L  F  N  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  F  N  G  L  D  H  E  A  A  F  N  A  I  A  D  K  L  T  A  M  G  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  R  K  V  N  Y  R  L  R  D  W  G  V  S  R  Q  R  Y  W  G  A  P  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 M  V  T  L  E  D  G  T  V  M  P  T  P  D  D  Q  L  P  V  I  L  P  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  V  M  D  G  I  T  S  P  I  K  A  D  P  E  W  A  K  T  T  V  N  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  A  L  R  E  T  D  T  F  D  T  F  M  E  S  S  W  Y  Y  A  R  Y  T  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  F  M  E  S  S  W  Y  Y  A  -  -  -  - 
---------------------------GTTTGCTGCCCAAACGGGAATTTCTTCGCCCGT------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 P  E  Y  K  E  G  M  L  D  S  K  A  A  N  Y  W  L  P  V  D  I  Y  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  I  G 
------------------------------------------------------------TTTGGTGTTACG

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  I  E  H  A  I  M  H  L  L  Y  F  R  F  F  H  K  L  M  R  D  A  G  M 
 G  I  E  H  A  I  M  .  L  L  Y  F  R  F  F  H  K  L  M  -  -  -  -  - 
GCATTCGTCAATAAAGGCGGC---TTCAGGATTATTTTCCGCCGCTTTCTGTGCCAG---------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 V  N  S  D  E  P  A  K  Q  L  L  C  Q  G  M  V  L  A  D  A  F  Y  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  A  .  Q  L  L  C  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------ACC---AAAGGTGTCCGGGCG---------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 G  E  N  G  E  R  N  W  V  S  P  V  D  A  I  V  E  R  D  E  K  G  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 V  K  A  K  D  A  A  G  H  E  L  V  Y  T  G  M  S  K  M  S  K  S  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  - 
---------------------------------------------------AGTGATTTTGATAAA------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 N  G  I  D  P  Q  V  M  V  E  R  Y  G  A  D  T  V  R  L  F  M  M  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 S  P  A  D  M  T  L  E  W  Q  E  S  G  V  E  G  A  N  R  F  L  K  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 W  K  L  V  Y  E  H  T  A  K  G  D  V  A  A  L  N  V  D  A  L  T  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 Q  K  A  L  R  R  D  V  H  K  T  I  A  K  V  T  D  D  I  G  R  R  Q  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 F  N  T  A  I  A  A  I  M  E  L  M  N  K  L  A  K  A  P  T  D  G  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 D  R  A  L  M  Q  E  A  L  L  A  V  V  R  M  L  N  P  F  T  P  H  I  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 F  T  L  W  Q  E  L  K  G  E  G  D  I  D  N  A  P  W  P  V  A  D  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 A  M  V  E  D  S  T  L  V  V  V  Q  V  N  G  K  V  R  A  K  I  T  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 V  D  A  T  E  E  Q  V  R  E  R  A  G  Q  E  H  L  V  A  K  Y  L  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907
 V  T  V  R  K  V  I  Y  V  P  G  K  L  L  N  L  V  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

leu_bact_G_obscuriglobus

Class I

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/amino acid sequences/Gemmata_leu_aa

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/nucleotide sequences/Gemmata_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  S  Y  N  H  A  D  V  E  R  R  W  Q  Q  F  W  E  T  N  K  T  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  A  D  P  G  E  P  G  T  E  G  K  P  K  Y  Y  I  L  D  M  F  P  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  I  L  D  .  F  P  Y  P 
---------------------------------------------GTCGTCGATCTC---GGGCACCTTCAG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  G  A  G  L  H  V  G  H  P  E  G  Y  T  A  T  D  I  L  A  R  F  K  R 
 S  G  .  G  L  H  V  G  H  P  E  G  Y  T  A  T  D  I  L  A  R  F  -  - 
CACGGC---CTTCTTGCCGTTGATCTGAACCGGCACCTCGATCTCGTCGGCCTTCGCCAGCGCGGG------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 M  N  N  F  H  V  L  H  P  M  G  W  D  A  Y  G  L  P  A  E  Q  Y  A  V 
 -  -  -  -  -  -  L  H  P  M  G  W  D  A  Y  G  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------GGCGAGCGTGTCCGTGTGCCCCAGGGCGCG------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  K  N  V  H  P  R  I  T  T  Q  Q  N  I  N  T  F  R  R  Q  I  K  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  Q  N  I  N  T  F  R  R  Q  I  K  A  L 
------------------------------TTCCAGCACCGCGCGGGGTCGCGCCTCCAGCTTGGTGGCGTG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  F  S  Y  D  W  D  R  E  V  D  T  T  D  P  N  Y  F  K  W  T  Q  W  I 
 .  .  .  .  D  -  -  R  E  V  D  T  T  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------CAT------GGAGATCGCGGTGTTGAAGCG------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  L  T  I  Y  D  T  W  Y  D  P  V  A  R  K  G  R  P  I  A  E  L  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  A  E  V  T  G  Q  G  P  D  A  V  R  K  Y  Q  D  D  H  R  L  A  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  E  V  P  V  N  W  C  P  A  L  G  T  V  L  A  N  E  E  V  I  D  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  E  R  G  G  H  P  V  E  R  R  P  L  R  Q  W  L  M  R  I  T  A  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  R  L  L  E  D  L  E  P  L  D  W  S  H  S  I  K  E  M  Q  R  N  W  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  K  S  E  G  A  E  V  E  F  K  L  A  D  H  D  A  T  V  R  V  F  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  P  D  T  L  Y  G  A  T  Y  M  V  L  S  P  E  H  P  L  V  P  A  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  P  S  H  A  A  A  V  K  E  Y  Q  Q  A  A  A  R  K  S  D  F  E  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  T  A  K  K  K  T  G  V  F  T  G  A  Y  A  I  N  P  L  G  N  E  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  I  W  I  A  D  Y  V  L  A  T  Y  G  T  G  A  I  M  A  V  P  G  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  R  D  F  E  F  A  K  E  F  G  L  P  I  V  T  V  V  R  P  T  D  E  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  A  K  T  G  S  T  V  S  D  L  K  E  P  Y  C  E  E  G  I  A  I  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  R  L  N  G  L  P  T  A  E  A  K  R  D  V  I  V  T  L  E  G  R  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  H  R  R  V  N  Y  K  L  R  D  W  L  F  S  R  Q  R  Y  W  G  E  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  V  L  H  G  A  G  G  E  L  V  A  L  S  P  G  D  L  P  L  V  P  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  E  D  F  K  P  T  G  T  P  E  G  P  L  S  K  A  T  D  W  V  N  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  G  G  K  G  F  K  R  E  T  N  T  M  P  Q  W  A  G  S  C  W  Y  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Q  W  A  G  S  C  W  Y  F  L 
---------------------------------------CGGCACGGCCATGATCGCGCCGGTTCCGTAGGT

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 R  Y  I  D  P  Q  N  T  G  A  F  A  D  P  A  K  L  K  H  W  L  P  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  Y  V  G  G  A  E  H  A  V  L  H  L  L  Y  A  R  F  W  H  K  V  L  F 
 L  Y  V  G  G  A  E  H  A  V  L  .  L  L  Y  A  R  F  W  H  K  V  L  - 
GAACACGCCGGTCTTCTTCTTGGCGGTCTCGGT---CTCGAAGTCGCTCTTCCGCGCCGCCGCCTGCTG---

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 D  R  G  Y  L  P  C  P  E  P  F  Q  R  L  V  N  Q  G  M  I  L  G  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  .  R  L  V  N  Q  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------GGT---CGCCGGCACCAGCGG---------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 E  L  T  A  Y  Q  K  G  G  K  W  V  S  A  N  A  V  T  D  E  E  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 A  E  I  K  Q  G  P  V  Q  T  V  S  V  T  E  E  Q  V  E  K  K  G  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 F  V  L  K  E  D  N  S  I  R  V  D  S  R  A  H  K  M  S  K  S  R  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  - 
------------------------------------------------CATCAGCCACTGGCG---------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 V  V  N  P  D  D  I  V  K  E  Y  G  A  D  S  L  R  L  Y  E  M  F  M  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 P  L  E  A  V  K  P  W  N  T  K  S  V  E  G  V  Y  R  F  L  S  R  A  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 R  L  I  V  D  D  M  A  E  S  L  T  L  N  P  A  V  K  D  V  E  P  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 D  T  L  R  V  L  H  R  T  I  Q  K  V  G  E  D  T  E  G  L  R  F  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 A  I  S  A  M  M  E  F  V  N  H  A  T  K  L  E  A  R  P  R  A  V  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 P  F  V  L  L  L  A  P  Y  A  P  H  V  A  E  E  L  W  R  A  L  G  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 D  T  L  A  Y  A  P  W  P  K  F  D  P  A  L  A  K  A  D  E  I  E  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 V  Q  I  N  G  K  K  K  A  V  L  K  V  P  A  E  I  D  D  A  A  L  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 A  A  R  A  D  E  A  V  K  A  A  I  D  G  K  T  V  K  M  V  K  V  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921
 R  K  L  V  N  I  V  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

leu_bact_G_stearothermophilus

Class I

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/amino acid sequences/Gstearothermophilus_leu_aa

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/nucleotide sequences/Gstearothermophilus_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  F  N  H  R  E  I  E  Q  K  W  Q  D  Y  W  E  K  N  K  T  F  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  D  D  D  D  K  P  K  F  Y  V  L  D  M  F  P  Y  P  S  G  A  G  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  L  D  .  F  P  Y  P  S  G  .  G  L  H 
---------------------------CCGCTCCTCGAG---TTCTTTTGGCAAGTCGGC---CACGTGCAG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  G  H  P  E  G  Y  T  A  T  D  I  L  A  R  M  K  R  M  Q  G  Y  N  V 
 V  G  H  P  E  G  Y  T  A  T  D  I  L  A  R  M  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCGCGACCGCACTTTGCCGTTGATTTGCACGACGATTTCGACGACGTC------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  H  P  M  G  W  D  A  F  G  L  P  A  E  Q  Y  A  L  D  T  G  N  D  P 
 L  H  P  M  G  W  D  A  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCCGGCCACGGTTCGTAGGCGATCGTGTC------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  E  F  T  Q  K  N  I  D  N  F  R  R  Q  I  K  S  L  G  F  S  Y  D  W 
 -  -  -  -  Q  K  N  I  D  N  F  R  R  Q  I  K  S  L  .  .  .  .  D  - 
------------CAAGAGCTTGACGAAGCCTTCCATGTATTCTTTTTTCATTTG------------CGC---

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  R  E  I  N  T  T  D  P  N  Y  Y  K  W  T  Q  W  I  F  L  K  L  Y  E 
 -  R  E  I  N  T  T  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GATAAACACCATCAGCTGCGA------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  G  L  A  Y  M  D  E  M  P  V  N  W  C  P  A  L  G  T  V  L  A  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  V  I  N  G  R  S  E  R  G  G  H  P  V  I  R  K  P  M  R  Q  W  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  I  T  A  Y  A  D  R  L  L  E  D  L  E  E  L  D  W  P  E  S  I  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 M  Q  R  N  W  I  G  R  S  E  G  A  E  I  E  F  A  V  D  G  H  D  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  T  V  F  T  T  R  P  D  T  L  F  G  A  T  Y  T  V  L  A  P  E  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  V  E  K  I  T  T  P  E  Q  K  P  A  V  D  A  Y  L  K  E  I  Q  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  D  L  E  R  T  D  L  A  K  E  K  T  G  V  F  T  G  A  Y  A  I  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  T  G  D  R  L  P  I  W  I  A  D  Y  V  L  M  S  Y  G  T  G  A  I  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  V  P  A  H  D  E  R  D  Y  E  F  A  K  T  F  H  L  P  I  K  E  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  G  G  N  I  E  K  E  A  Y  T  G  D  G  E  H  I  N  S  E  F  L  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  N  K  Q  E  A  I  D  K  M  I  A  W  L  E  E  H  G  K  G  R  K  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  Y  R  L  R  D  W  L  F  S  R  Q  R  Y  W  G  E  P  I  P  I  I  H  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  D  G  T  M  T  P  V  P  E  E  E  L  P  L  V  L  P  K  T  D  E  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  S  G  T  G  E  S  P  L  A  N  I  E  E  W  V  N  V  V  D  P  K  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  K  G  R  R  E  T  N  T  M  P  Q  W  A  G  S  C  W  Y  Y  L  R  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Q  W  A  G  S  C  W  Y  Y  L  -  -  - 
------------------------------ATCGCCGGTGACCGGGTGAATGGCGTACGCGCC---------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  P  H  N  D  K  Q  L  A  D  P  E  K  L  K  K  W  L  P  V  D  V  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  I 
---------------------------------------------------------------GTAGGCGTC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  G  A  E  H  A  V  L  H  L  L  Y  A  R  F  W  H  K  F  L  Y  D  L  G 
 G  G  A  E  H  A  V  L  .  L  L  Y  A  R  F  W  H  K  F  L  -  -  -  - 
AACGGCTGGCTTTTGCTCCGGCGT---GATTTTTTCCACGAGCGGATGCTCCGGCGCCAA------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  V  P  T  K  E  P  F  Q  K  L  F  N  Q  G  M  I  L  G  E  N  N  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  F  .  K  L  F  N  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
---------------------CCG---CGTGAAGACGGTGAA---------------------------CTC

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 M  S  K  S  K  G  N  V  V  N  P  D  D  I  V  E  S  H  G  A  D  T  L  R 
 M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATTTCCGCTCC------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  Y  E  M  F  M  G  P  L  E  A  S  I  A  W  S  T  K  G  L  D  G  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 R  F  L  D  R  V  W  R  L  F  V  T  E  N  G  E  L  N  P  N  I  V  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 P  A  N  D  T  L  E  R  V  Y  H  Q  T  V  K  K  V  T  E  D  Y  E  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 R  F  N  T  A  I  S  Q  L  M  V  F  I  N  E  A  Y  K  A  E  Q  M  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 E  Y  M  E  G  F  V  K  L  L  S  P  V  C  P  H  I  G  E  E  L  W  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  G  H  T  D  T  I  A  Y  E  P  W  P  A  Y  D  E  T  K  L  V  D  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 V  E  I  V  V  Q  I  N  G  K  V  R  S  R  L  H  V  P  A  D  L  P  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 A  L  E  E  R  A  L  A  D  E  K  I  K  E  Q  L  E  G  K  T  V  R  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805
 I  A  V  P  G  K  L  V  N  I  V  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

leu_bact_M_mobile

Class I

Bacteria/Mycoplasma mobile/amino acid sequences/Mmobile_leu_aa

Bacteria/Mycoplasma mobile/nucleotide sequences/Mmobile_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Y  N  H  N  E  I  E  K  K  W  Q  T  R  W  E  K  T  K  A  F  K  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  K  S  K  D  K  F  Y  A  L  D  M  F  P  Y  P  S  G  S  G  L  H  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  Y  A  L  D  .  F  P  Y  P  S  G  .  G  L  H  V  G 
---------------------AGCTTCTTCAAT---TCTTTTTTCATCTCAATC---TTCTATTTCAAAAGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  P  E  G  Y  T  A  T  D  I  I  S  R  Y  K  R  L  K  G  F  D  V  L  H 
 H  P  E  G  Y  T  A  T  D  I  I  S  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  H 
TTCACGTAATTTTCCATTTACTTGAATTGCTACAATATCTTT------------------------ATAAGT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  I  G  W  D  A  F  G  L  P  A  E  Q  Y  A  L  S  S  G  K  H  P  Q  P 
 P  I  G  W  D  A  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGGTCAACTTTGAAACATAATTTC------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  T  L  K  N  I  E  N  F  R  R  Q  L  K  S  L  G  F  S  F  D  Y  E  K 
 -  -  L  K  N  I  E  N  F  R  R  Q  L  K  S  L  .  .  .  .  D  -  -  K 
------AAACATAATTGCAAAATCTTTTAAAGGTTTTAATGAATAAAT------------ATA------ATT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  V  N  T  T  D  P  S  Y  Y  R  W  T  Q  W  I  F  K  Q  I  Y  K  K  G 
 E  V  N  T  T  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACAAAAATCATTAATTT------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  A  E  I  R  E  V  D  V  N  W  C  P  G  L  G  T  V  L  A  N  E  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  E  N  D  K  G  E  M  V  S  E  R  G  S  F  P  V  Y  K  K  P  M  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 W  V  L  K  I  T  N  Y  A  D  R  L  L  E  D  L  N  L  L  D  W  P  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  K  K  L  Q  T  N  W  I  G  K  E  E  I  D  G  K  I  T  Y  K  L  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 W  I  F  A  R  Q  R  Y  W  G  E  P  F  P  V  Y  F  D  E  D  N  N  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  I  D  E  L  V  E  L  P  H  M  E  N  I  M  P  S  G  T  G  E  G  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  T  N  T  E  W  V  Q  Y  K  K  N  N  K  I  F  K  R  D  T  N  T  M  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P 
---------------------------------------------------------------------ATA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  W  A  G  S  C  W  Y  Y  L  A  Y  I  M  K  Q  E  D  G  T  Y  L  P  I 
 Q  W  A  G  S  C  W  Y  Y  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCAACAACTTCCTGCTCATTGAGGCATTGT------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  S  K  K  A  Y  E  A  F  S  K  W  L  P  V  D  L  Y  I  G  G  Q  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  I  G  G  Q  E  H 
------------------------------------------------CATAATATTTTCCATATGAGGTAA

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  V  L  H  L  L  Y  A  R  F  W  H  K  I  L  Y  D  L  K  I  V  P  T  K 
 A  V  L  .  L  L  Y  A  R  F  W  H  K  I  L  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCAACAAG---ATCAATCAAATAAACATTGTTATCTTCATCAAA---------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  P  F  Q  K  L  I  N  Q  G  M  I  L  G  K  D  G  Q  K  M  S  K  S  L 
 -  -  F  .  K  L  I  N  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  - 
------TCT---AAAAATTCAATCTTG---------------------------TTCTTCTTTTCCAAT---

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  N  V  V  N  P  D  E  I  I  Q  N  F  G  A  D  T  L  R  V  Y  E  M  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 M  G  P  L  T  D  T  K  K  W  N  E  S  T  V  E  A  T  Y  K  W  I  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  K  R  I  F  Q  I  F  I  E  D  K  S  K  I  N  S  L  H  K  D  D  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  S  E  H  N  L  L  I  K  E  I  T  Q  D  I  E  D  L  K  F  N  I  M  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 S  K  L  M  I  F  V  N  S  L  Y  K  K  E  K  I  Y  S  L  K  P  L  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 F  A  I  M  F  S  T  I  A  P  H  I  S  E  E  L  L  E  S  L  G  E  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  M  F  Q  S  W  P  T  Y  E  N  N  K  I  L  L  T  K  D  I  V  A  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 V  N  G  K  L  R  E  T  F  E  I  E  N  D  W  D  E  K  R  V  I  E  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 K  K  L  P  N  V  K  K  H  L  E  N  K  I  I  K  K  E  I  Y  I  A  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630
 I  L  N  F  I  I 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

leu_bact_M_smegmatis

Class I

Bacteria/Mycobacterium smegmatis/amino acid sequences/Msmegmatis_leu_aa

Bacteria/Mycobacterium smegmatis/nucleotide sequences/Msmegmatis_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  E  P  A  T  T  P  T  T  P  D  E  Q  I  P  R  H  R  Y  N  A  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  G  Q  I  E  R  A  W  Q  E  T  W  S  D  R  G  T  F  N  V  A  N  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  S  L  A  P  T  D  G  S  D  V  P  A  D  K  M  F  V  Q  D  M  F  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  V  Q  D  .  F  P  Y 
------------------------------------------------CACCAGGTACTG---GTCGGCCTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  S  G  D  G  L  H  V  G  H  P  L  G  Y  I  A  T  D  V  Y  A  R  Y  Y 
 P  S  G  .  G  L  H  V  G  H  P  L  G  Y  I  A  T  D  V  Y  A  R  Y  - 
GGGGAAAGG---GTGTGCCAGCGAGGTGTCGTGGCCCAGCCGCTTCCACAGTTCCTCGGCGAGGTGCGG---

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  M  L  G  R  N  V  L  H  A  L  G  F  D  A  F  G  L  P  A  E  Q  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  L  H  A  L  G  F  D  A  F  G  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------CAGTGGTTCGATCGCGGCGCGCGCCGCCAC---------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  Q  T  G  T  H  P  R  T  R  T  E  A  N  I  V  N  F  R  R  Q  L  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  A  N  I  V  N  F  R  R  Q  L  G  R 
---------------------------------GTTGCGAAGGGCCGCATAGTCTTCGCGCACACCTTCGAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  G  L  G  H  D  T  R  R  S  F  S  T  T  D  V  D  Y  Y  K  W  T  Q  W 
 L  .  .  .  .  D  -  -  R  S  F  S  T  T  D  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGT------------GCG------CTCGTCGCTGAGTGCCTCGTG---------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  F  L  Q  I  Y  N  A  W  F  D  R  D  Q  N  K  A  R  R  I  S  E  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  E  F  E  S  G  K  R  T  L  D  D  G  R  N  W  A  D  L  S  K  G  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  D  V  I  D  G  Y  R  L  V  Y  R  A  D  S  M  V  N  W  C  P  G  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  V  L  A  N  E  E  V  T  S  E  G  R  S  D  R  G  N  F  P  V  F  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  L  R  Q  W  M  M  R  I  T  A  Y  S  D  R  L  L  E  D  L  D  V  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 W  P  E  K  V  K  T  M  Q  R  N  W  I  G  R  S  T  G  A  S  V  L  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  A  A  D  D  I  E  V  F  T  T  R  P  D  T  L  F  G  A  T  Y  L  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  P  E  H  D  L  V  D  T  L  V  T  D  A  W  P  D  G  T  D  E  R  W  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  G  A  A  T  P  R  E  A  V  A  A  Y  R  T  D  I  A  A  K  S  D  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  Q  E  N  K  T  K  T  G  V  F  L  G  A  Y  A  T  N  P  A  D  G  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  P  I  F  I  A  D  Y  V  L  A  G  Y  G  T  G  A  I  M  A  V  P  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  Q  R  D  W  D  F  A  K  E  F  G  L  P  I  I  E  V  V  T  G  G  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  E  A  A  Y  A  G  D  G  T  M  V  N  S  G  F  L  D  G  M  D  V  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  K  E  A  I  I  A  R  L  E  A  D  G  R  G  K  R  R  V  E  Y  K  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  W  L  F  A  R  Q  R  Y  W  G  E  P  F  P  I  V  Y  D  A  D  G  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 H  P  L  P  E  S  A  L  P  V  E  L  P  D  V  P  D  Y  S  P  V  L  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 P  D  D  A  D  S  E  P  S  P  P  L  N  K  A  T  E  W  V  H  V  E  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  G  D  G  L  Q  S  Y  T  R  D  T  N  V  M  P  Q  W  A  G  S  S  W  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Q  W  A  G  S  S  W  Y 
---------------------------------------------CGCGCCGTAGGTCCAGCGCTCGTCGGT

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 E  L  R  Y  T  D  P  H  N  P  D  E  M  C  A  K  E  N  E  A  Y  W  M  G 
 E  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCGTC------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 P  R  P  D  E  H  G  P  E  D  P  G  G  V  D  L  Y  V  G  G  V  E  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  V  G  G  V  E  H  A 
---------------------------------------------GGCCGCGGTCGCGAACAGCACCGAGGC

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 V  L  H  L  L  Y  S  R  F  W  H  K  V  L  Y  D  L  G  Y  V  S  S  R  E 
 V  L  .  L  L  Y  S  R  F  W  H  K  V  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACCCGT---GCGGCCGATCCAGTTGCGCTGCATGGTCTTGAC------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 P  Y  R  R  L  V  N  Q  G  Y  I  Q  A  F  A  Y  T  D  S  R  G  T  Y  V 
 -  Y  R  .  L  V  N  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GAGGAG---GTCGGAGTACGC------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 P  A  A  E  V  I  E  R  D  G  K  F  F  W  P  G  P  D  G  E  I  E  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 Q  E  F  G  K  I  G  K  S  L  K  N  S  V  S  P  D  E  I  C  D  N  Y  G 
 -  -  -  -  K  I  G  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GTCGGCGCGGTACAC---------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  D  T  L  R  V  Y  E  M  S  M  G  P  L  E  A  S  R  P  W  A  T  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 V  V  G  A  H  R  F  L  Q  R  V  W  R  V  V  I  D  E  T  S  G  N  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 V  V  E  H  E  A  L  S  D  E  T  L  R  L  L  H  R  T  I  E  G  V  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 D  Y  A  A  L  R  N  N  T  A  A  A  K  L  I  E  Y  T  N  H  L  T  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 G  V  A  A  R  A  A  I  E  P  L  V  L  M  V  A  P  L  A  P  H  L  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 E  L  W  K  R  L  G  H  D  T  S  L  A  H  G  P  F  P  E  A  D  P  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 L  V  E  D  T  I  E  F  P  V  Q  V  N  G  K  V  R  G  K  I  V  V  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 D  A  D  K  A  A  L  E  A  A  A  L  A  D  E  K  V  Q  A  F  L  A  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953
 T  P  K  K  V  I  V  V  P  G  R  L  V  N  L  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

leu_bact_S_aureus

Class I

Bacteria/Staphylococcus aureus/amino acid sequences/Saureus_leu_aa

Bacteria/Staphylococcus aureus/nucleotide sequences/Saureus_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  Y  N  H  N  Q  I  E  K  K  W  Q  D  Y  W  D  E  N  K  T  F  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  D  N  L  G  Q  K  K  F  Y  A  L  D  M  F  P  Y  P  S  G  A  G  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  A  L  D  .  F  P  Y  P  S  G  .  G  L  H 
---------------------------AATTTCTTGCAT---TTCTTTTGATGTATCTTT---AATTTTAAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  G  H  P  E  G  Y  T  A  T  D  I  I  S  R  Y  K  R  M  Q  G  Y  N  V 
 V  G  H  P  E  G  Y  T  A  T  D  I  I  S  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTAGCTCTCAATTTACCATTAACTTGAACAACGATTTCTACTTCATC------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  H  P  M  G  W  D  A  F  G  L  P  A  E  Q  Y  A  L  D  T  G  N  D  P 
 L  H  P  M  G  W  D  A  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGTTGGCCAAGGTTGGTACGTAATAGACTC------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  E  F  T  K  K  N  I  Q  T  F  K  R  Q  I  K  E  L  G  F  S  Y  D  W 
 -  -  -  -  K  K  N  I  Q  T  F  K  R  Q  I  K  E  L  .  .  .  .  D  - 
------------TAACATTTTAACGAAGCCTTCAATGTAAGGTTTATAAACTTC------------ACA---

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  R  E  V  N  T  T  D  P  E  Y  Y  K  W  T  Q  W  I  F  I  Q  L  Y  N 
 -  R  E  V  N  T  T  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AATAAATACCATTAATTGACT------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  G  L  A  Y  V  D  E  V  A  V  N  W  C  P  A  L  G  T  V  L  S  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  V  I  D  G  V  S  E  R  G  G  H  P  V  Y  R  K  P  M  K  Q  W  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  I  T  E  Y  A  D  Q  L  L  A  D  L  D  D  L  D  W  P  E  S  L  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 M  Q  R  N  W  I  G  R  S  E  G  A  K  V  S  F  D  V  D  N  S  E  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  E  V  F  T  T  R  P  D  T  I  Y  G  A  S  F  L  V  L  S  P  E  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  V  D  S  I  T  T  D  E  Y  K  D  Q  V  K  A  Y  Q  T  E  A  S  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  D  L  E  R  T  D  L  A  K  D  K  S  G  V  F  T  G  A  Y  A  I  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  S  G  E  K  V  Q  I  W  I  A  D  Y  V  L  S  T  Y  G  T  G  A  I  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  V  P  A  H  D  D  R  D  Y  E  F  A  K  K  F  D  L  P  I  I  E  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  G  G  N  V  E  E  A  A  Y  T  G  E  G  K  H  I  N  S  G  E  L  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  E  N  E  A  A  I  T  K  A  I  Q  L  L  E  K  K  G  A  G  E  K  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 N  Y  K  L  R  D  W  L  F  S  R  Q  R  Y  W  G  E  P  I  P  V  I  H  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  D  G  T  M  T  T  V  P  E  E  E  L  P  L  L  L  P  E  T  D  E  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  S  G  T  G  E  S  P  L  A  N  I  D  S  F  V  N  V  V  D  E  K  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 M  K  G  R  R  E  T  N  T  M  P  Q  W  A  G  S  C  W  Y  Y  L  R  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Q  W  A  G  S  C  W  Y  Y  L  -  -  - 
------------------------------ACCAGATAAAGGATTAATTGCATATGCACCAGT---------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  P  K  N  E  N  M  L  A  D  P  E  K  L  K  H  W  L  P  V  D  L  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  I 
---------------------------------------------------------------CGCTTTCAC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  G  V  E  H  A  V  L  H  L  L  Y  A  R  F  W  H  K  V  L  Y  D  L  G 
 G  G  V  E  H  A  V  L  .  L  L  Y  A  R  F  W  H  K  V  L  -  -  -  - 
TTGATCTTTATATTCATCAGTTGT---TGAATCAACCAATGCATGCTCAGGACTTAAGAC------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  V  P  T  K  E  P  F  Q  K  L  F  N  Q  G  M  I  L  G  E  G  N  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  F  .  K  L  F  N  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
---------------------AGT---AAATACTTCTACTTT---------------------------AAC

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 M  S  K  S  K  G  N  V  I  N  P  D  D  I  V  Q  S  H  G  A  D  T  L  R 
 M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTGGCACCTTC------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  Y  E  M  F  M  G  P  L  D  A  A  I  A  W  S  E  K  G  L  D  G  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 R  F  L  D  R  V  W  R  L  M  V  N  E  D  G  T  L  S  S  K  I  V  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 N  N  K  S  L  D  K  V  Y  N  Q  T  V  K  K  V  T  E  D  F  E  T  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 F  N  T  A  I  S  Q  L  M  V  F  I  N  E  C  Y  K  V  D  E  V  Y  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 Y  I  E  G  F  V  K  M  L  A  P  I  A  P  H  I  G  E  E  L  W  S  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 G  H  E  E  S  I  T  Y  Q  P  W  P  T  Y  D  E  A  L  L  V  D  D  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  I  V  V  Q  V  N  G  K  L  R  A  K  I  K  I  A  K  D  T  S  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 M  Q  E  I  A  L  S  N  D  N  V  K  A  S  I  E  G  K  D  I  M  K  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804
 A  V  P  Q  K  L  V  N  I  V  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

leu_bact_S_elongatus

Class I

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_leu_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  N  G  A  N  S  R  S  Q  E  Y  Q  G  V  S  V  D  S  R  Y  D  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  I  E  T  K  W  Q  Q  S  W  A  A  A  Q  L  D  R  T  P  E  A  D  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  K  F  Y  A  L  S  M  F  P  Y  P  S  G  N  L  H  M  G  H  V  R  N  Y 
 -  -  -  Y  A  L  S  .  F  P  Y  P  S  G  N  L  H  M  G  H  V  R  N  Y 
---------GCCCCGCGTTTT---CATAATTTGAATCACCAAAGGAATTTCATCGACGATGAGTGCCGATTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  I  T  D  A  I  A  R  V  K  R  R  Q  G  F  R  V  L  H  P  M  G  W  D 
 T  I  T  D  A  I  A  R  V  -  -  -  -  -  -  -  -  L  H  P  M  G  W  D 
ATCCAAGACGGGCCAGCCTTCAAGGTG------------------------CTGCCAAAGTTCCTCGGCAAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  F  G  L  P  A  E  N  A  A  I  D  R  G  V  Q  P  A  D  W  T  Y  Q  N 
 A  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  Q  N 
GTGAGGGGC------------------------------------------------------CCCAGGCAT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  A  Q  M  R  E  Q  L  K  Q  L  G  L  S  Y  D  W  D  R  E  V  T  T  C 
 V  A  Q  M  R  E  Q  L  K  Q  L  .  .  .  .  D  -  -  R  E  V  T  T  C 
GGGTGCATCGTTAAGTGCATTGGTCAGCTTCAT------------CGC------GAGCTGATAATCTTCTTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  P  D  Y  Y  R  W  T  Q  W  L  F  L  Q  F  F  E  A  G  L  A  Y  Q  K 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAG---------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  A  T  V  N  W  D  P  I  D  Q  T  V  L  A  N  E  Q  V  D  S  E  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  W  R  S  G  A  K  V  E  R  R  Q  L  K  Q  W  F  L  K  I  T  D  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  E  L  L  Q  D  L  D  Q  L  T  G  W  P  E  R  V  R  L  M  Q  A  N  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  G  K  S  T  G  A  Y  L  E  F  P  I  V  N  S  S  D  R  V  K  V  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  R  P  D  T  V  Y  G  V  S  Y  V  V  L  A  P  E  H  P  L  V  T  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  T  P  E  Q  Q  T  A  V  A  A  F  A  A  E  V  S  Q  T  S  E  L  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  A  E  D  R  P  K  R  G  V  P  T  G  G  F  V  T  N  P  F  T  G  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  P  I  W  I  A  D  Y  V  L  V  E  Y  G  T  G  A  V  M  G  V  P  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  S  R  D  F  A  F  A  Q  R  Y  G  L  P  V  Q  P  V  I  Q  P  T  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  I  A  E  P  W  P  A  P  F  T  E  A  G  V  M  V  N  S  G  Q  F  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  S  S  T  E  A  K  A  K  I  I  A  F  A  E  E  Q  G  W  G  Q  A  H  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  Y  R  L  R  D  W  L  I  S  R  Q  R  Y  W  G  C  P  I  P  I  V  H  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  D  C  G  P  V  A  A  A  D  L  P  V  Q  L  P  D  S  V  Q  F  S  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  P  S  P  L  A  Q  L  E  D  W  V  T  T  T  C  P  S  C  G  K  P  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 R  E  T  D  T  M  D  T  F  M  C  S  S  W  Y  Y  L  R  Y  S  D  A  S  N 
 -  -  -  -  -  -  D  T  F  M  C  S  S  W  Y  Y  L  -  -  -  -  -  -  - 
------------------ACCCATTACGGCACCCGTGCCGTACTCAACCAA---------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  E  I  A  F  T  K  D  K  V  N  D  W  L  P  V  D  Q  Y  V  G  G  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  Y  V  G  G  I  E 
---------------------------------------------------GCCGCGTTTGGGGCGATCTTC

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 H  A  I  L  H  L  L  Y  S  R  F  F  T  K  V  L  R  D  R  G  L  L  S  F 
 H  A  I  L  .  L  L  Y  S  R  F  F  T  K  V  L  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGCTGTCCGCTC---TTCGCTGGTTTGGCTGACTTCCGCTGCAAAGGC------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 D  E  P  F  K  R  L  L  T  Q  G  M  V  Q  G  L  T  Y  K  N  P  K  T  G 
 -  -  -  F  .  R  L  L  T  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CTG---CACCAACGGATGTTC------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 K  Y  V  P  S  D  R  I  S  D  P  S  Q  P  V  D  P  D  T  G  D  R  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 V  F  F  E  K  M  S  K  S  K  Y  N  G  V  D  P  A  R  V  L  D  R  Y  G 
 -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GGCCTGCATCAAGCG---------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 A  D  T  A  R  M  F  I  L  F  K  A  P  P  E  K  D  L  E  W  D  D  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 V  E  G  Q  F  R  F  L  N  R  V  W  R  L  V  Q  T  A  S  Q  V  E  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 T  A  A  D  D  K  A  E  K  D  L  R  R  A  V  H  T  A  I  Q  A  V  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 D  L  E  E  D  Y  Q  L  N  T  A  I  A  E  L  M  K  L  T  N  A  L  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  P  M  P  G  S  P  A  Y  L  E  G  V  Q  T  L  V  L  L  L  A  P  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 P  H  I  A  E  E  L  W  Q  Q  L  G  G  E  R  S  V  H  L  E  G  W  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 L  D  E  S  A  L  I  V  D  E  I  P  L  V  I  Q  I  M  G  K  T  R  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 I  T  V  P  A  S  A  D  R  D  Q  L  Q  Q  L  A  E  N  S  E  I  A  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 W  L  D  G  Q  T  I  R  K  V  I  V  V  P  G  K  L  V  N  F  V  I  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865
 P 
 - 
---

leu_bact_T_maritima

Class I

Bacteria/Thermotoga maritima/amino acid sequences/Tmaritima_leu_aa

Bacteria/Thermotoga maritima/nucleotide sequences/Tmaritima_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  E  Y  R  P  Q  E  I  E  K  K  W  Q  E  V  W  E  E  K  K  V  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  P  Q  R  S  E  K  P  K  Y  Y  A  L  V  M  F  P  Y  P  S  G  T  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  A  L  V  .  F  P  Y  P  S  G  T  L  H 
------------------------------TATGCCCTCGTG---TTTCCGTATCCCTCTGGAACTCTCCAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  G  H  V  K  N  Y  V  I  G  D  I  V  A  R  Y  K  R  M  R  G  Y  N  V 
 V  G  H  V  K  N  Y  V  I  G  D  I  V  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTAGGGCACGTGAAAAACTACGTCATAGGTGACATAGTTGCAAGATAC------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  H  P  F  G  Y  D  A  F  G  L  P  A  E  N  A  A  I  E  K  G  I  H  P 
 L  H  P  F  G  Y  D  A  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTCACCCGTTCGGATACGACGCATTCGGA------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  E  W  T  R  K  N  I  A  T  I  R  Q  Q  V  K  K  L  G  I  S  Y  D  W 
 -  -  -  -  R  K  N  I  A  T  I  R  Q  Q  V  K  K  L  .  .  .  .  D  - 
------------AGGAAGAACATTGCCACCATTCGGCAGCAGGTGAAAAAACTC------------GAC---

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  R  E  I  A  T  C  D  E  E  Y  Y  K  W  T  Q  W  I  F  L  Q  L  Y  K 
 -  R  E  I  A  T  C  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AGAGAAATAGCGACCTGCGAC------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  G  L  A  Y  K  K  K  A  A  V  N  W  C  P  K  C  K  T  V  L  A  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  V  K  D  G  K  C  E  R  C  G  T  S  V  T  I  R  H  L  E  Q  W  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  I  T  D  Y  A  E  R  L  L  N  D  L  D  K  L  T  G  W  P  E  H  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  M  Q  R  N  W  I  G  K  S  T  G  A  E  I  D  F  P  V  E  G  S  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  I  R  V  F  T  T  R  P  D  T  L  W  G  V  T  F  M  A  L  A  P  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  L  V  E  E  L  V  P  E  E  K  K  E  E  L  Q  E  F  L  E  R  V  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Q  D  R  F  R  R  T  S  V  E  A  E  K  E  G  F  F  L  G  R  Y  A  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  V  T  G  E  R  I  P  I  Y  V  A  N  Y  I  L  M  E  Y  G  T  G  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 M  G  V  P  A  H  D  Q  R  D  F  S  F  A  K  K  Y  G  I  P  I  K  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  K  P  A  D  K  D  L  D  P  E  K  M  E  E  A  Y  E  G  E  G  I  M  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  S  G  P  F  D  G  T  P  S  S  E  G  I  E  K  V  I  N  W  L  E  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  I  G  K  R  S  V  Q  Y  K  L  R  D  W  L  I  S  R  Q  R  Y  W  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  I  P  I  I  Y  C  E  K  C  G  V  V  P  V  P  E  E  D  L  P  V  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  K  D  V  E  F  L  P  T  G  Q  S  P  L  S  F  H  E  G  F  K  K  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 C  P  V  C  G  G  E  A  Q  R  E  T  D  T  M  D  T  F  V  D  S  S  W  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  F  V  D  S  S  W  Y 
---------------------------------------------GACACTTTCGTTGATTCTTCCTGGTAC

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  L  R  Y  V  N  P  H  L  E  D  K  P  F  E  P  D  D  V  N  Y  W  L  P 
 F  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCCTC------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  D  Q  Y  I  G  G  V  E  H  A  V  L  H  L  L  Y  S  R  F  V  T  K  V 
 -  -  Q  Y  I  G  G  V  E  H  A  V  L  .  L  L  Y  S  R  F  V  T  K  V 
------CAGTACATTGGAGGAGTGGAACACGCCGTACTG---TTGCTGTACTCCAGATTCGTAACCAAGGTA

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  H  D  L  G  Y  L  N  F  D  E  P  F  T  N  L  F  T  Q  G  M  I  Y  K 
 L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  .  N  L  F  T  Q  -  -  -  -  - 
CTG---------------------------------TTC---AACCTTTTCACACAG---------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 D  G  A  K  M  S  K  S  K  G  N  V  V  S  P  D  E  M  I  E  K  Y  G  A 
 -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------AAGATGTCCAAGTCG------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 D  T  L  R  M  Y  I  L  F  M  A  P  P  E  K  D  A  E  W  S  D  A  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 E  G  V  H  R  F  V  K  R  L  W  N  T  F  Y  T  V  L  P  F  V  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 N  T  E  N  L  V  L  K  N  S  T  E  K  E  L  R  R  K  L  H  S  I  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 K  I  T  E  D  I  E  G  G  F  K  F  N  T  A  I  S  G  L  M  E  L  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 H  L  S  Q  Y  L  N  S  V  P  Q  E  E  W  N  R  K  L  L  R  E  I  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 K  L  T  L  A  L  S  P  F  A  P  H  L  A  E  E  F  W  H  D  L  G  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 S  L  V  V  Q  Q  S  W  P  S  Y  D  P  K  A  L  E  V  E  E  V  E  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 I  Q  I  N  G  K  V  R  D  K  V  V  V  P  V  D  I  S  E  E  D  L  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 I  V  L  E  R  E  R  V  K  E  Y  V  D  G  K  P  I  R  K  F  I  Y  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824
 G  R  I  V  N  I  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

leu_bact_T_thermophilus

Class I

Bacteria/Thermus thermophilus/amino acid sequences/Tthermophilus_leu_aa

Bacteria/Thermus thermophilus/nucleotide sequences/Tthermophilus_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  K  Y  N  P  H  A  I  E  A  K  W  Q  R  F  W  E  E  K  G  F  M  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  K  D  L  P  G  G  R  G  K  Q  Y  V  L  V  M  F  P  Y  P  S  G  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  L  V  .  F  P  Y  P  S  G  D  L 
---------------------------------GGCCCGCGCCAC---CAGGGGGGCGTCCTTGGGGATGTG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  M  G  H  L  K  N  Y  T  M  G  D  V  L  A  R  F  R  R  M  Q  G  Y  E 
 H  M  G  H  L  K  N  Y  T  M  G  D  V  L  A  R  F  -  -  -  -  -  -  - 
GATCGTCCCCCGCACCCGCCCGTTCACCTGGACGGCCACCTCCACCACGTC---------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  L  H  P  M  G  W  D  A  F  G  L  P  A  E  N  A  A  L  K  F  G  V  H 
 -  L  H  P  M  G  W  D  A  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CTCGGGCCAGCCCGCCTCAAAGAGGCTATC---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  K  D  W  T  Y  E  N  I  R  Q  A  K  E  S  L  R  L  M  G  I  L  Y  D 
 -  -  -  -  -  Y  E  N  I  R  Q  A  K  E  S  L  R  L  M  .  .  .  .  D 
---------------CATCTGCAGGTAGTAGCGAATGGCGGTGCGGTAGACCGGGGT------------CTT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  D  R  E  V  T  T  C  E  P  E  Y  Y  R  W  N  Q  W  I  F  L  K  M  W 
 -  -  R  E  V  T  T  C  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CTCGTAGAGGGCGTTCAGGAA---------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  K  G  L  A  Y  R  A  K  G  L  V  N  W  C  P  K  C  Q  T  V  L  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  Q  V  V  E  G  R  C  W  R  H  E  D  T  P  V  E  K  R  E  L  E  Q  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  L  R  I  T  A  Y  A  E  R  L  L  K  D  L  E  G  L  N  W  P  E  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  A  M  Q  R  A  W  I  G  R  S  E  G  A  E  I  L  F  P  V  E  G  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  R  I  P  V  F  T  T  R  P  D  T  L  F  G  A  T  F  L  V  L  A  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  P  L  T  L  E  L  A  A  P  E  K  R  E  E  V  L  A  Y  V  E  A  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  K  T  E  I  E  R  Q  A  E  G  R  E  K  T  G  V  F  L  G  A  Y  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  P  A  T  G  E  R  I  P  I  W  T  A  D  Y  V  L  F  G  Y  G  T  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  M  A  V  P  A  H  D  Q  R  D  Y  E  F  A  R  K  F  G  L  P  I  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  I  E  R  P  G  E  P  L  P  E  P  L  E  R  A  Y  E  E  P  G  I  M  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  S  G  P  F  D  G  T  E  S  E  E  G  K  R  K  V  I  A  W  L  E  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  L  G  K  G  R  V  T  Y  R  L  R  D  W  L  I  S  R  Q  R  Y  W  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  I  P  M  V  H  C  E  A  C  G  V  V  P  V  P  E  E  E  L  P  V  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  D  L  K  D  V  E  D  I  R  P  K  G  K  S  P  L  E  A  H  P  E  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  T  T  C  P  K  C  G  G  P  A  K  R  D  T  D  T  M  D  T  F  F  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  F  F  D  S 
------------------------------------------------------CCCGGGCTCCTCGTAGGC

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 S  W  Y  Y  L  R  Y  T  D  P  H  N  D  R  L  P  F  D  P  E  K  A  N  A 
 S  W  Y  Y  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCTTTCCAGGGGCTC---------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 W  M  P  V  D  Q  Y  I  G  G  V  E  H  A  V  L  H  L  L  Y  S  R  F  F 
 -  -  -  -  -  Q  Y  I  G  G  V  E  H  A  V  L  .  L  L  Y  S  R  F  F 
---------------CCTCTGGTCGTGGGCAGGGACGGCCATGATGGC---GGTGCCGTAGCCAAAGAGCAC

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 T  K  F  L  H  D  L  G  M  V  K  V  E  E  P  F  Q  G  L  F  T  Q  G  M 
 T  K  F  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  .  G  L  F  T  Q  -  - 
GTAGTCCGCGGT---------------------------------TAG---GTAGGCCCCCAGGAA------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 V  L  A  W  T  D  F  G  P  V  E  V  E  G  S  V  V  R  L  P  E  P  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  R  L  E  I  P  E  S  A  L  S  L  E  N  V  R  K  M  G  A  E  L  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 H  E  D  G  T  L  H  L  W  K  P  A  V  M  S  K  S  K  G  N  G  V  M  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------GATCCTCACCTCCTT---------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 G  P  F  V  K  E  Q  G  A  D  I  A  R  I  T  I  L  F  A  A  P  P  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  M  V  W  T  E  E  G  V  Q  G  A  W  R  F  L  N  R  I  Y  R  R  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 E  D  R  E  A  L  L  E  T  S  G  V  F  Q  A  E  A  L  E  G  K  D  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  Y  G  K  L  H  E  T  L  K  K  V  T  E  D  L  E  A  L  R  F  N  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 I  A  A  L  M  E  F  L  N  A  L  Y  E  Y  R  K  D  R  P  V  T  P  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 R  T  A  I  R  Y  Y  L  Q  M  L  F  P  F  A  P  H  L  A  E  E  L  W  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 W  F  W  P  D  S  L  F  E  A  G  W  P  E  L  D  E  K  A  L  E  K  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 V  E  V  A  V  Q  V  N  G  R  V  R  G  T  I  H  I  P  K  D  A  P  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 V  A  R  A  E  A  L  K  V  R  N  V  R  A  H  L  E  G  K  E  V  V  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878
 I  Y  V  P  G  K  I  L  N  L  V  V  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

leu_euk_L_infantum

Class I

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_leu_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  T  A  R  R  D  A  L  V  A  I  E  Q  E  K  Q  A  Y  W  A  A  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  H  E  F  D  A  P  A  P  G  E  A  R  P  A  K  Y  L  T  T  F  P  F  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  T  T  F  .  F  P 
---------------------------------------------------GCCGGCGAGGCG---GAGGTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  M  N  G  K  L  H  L  G  H  G  F  S  L  T  K  A  E  F  A  S  R  F  Q 
 Y  M  N  G  K  L  H  L  G  H  G  F  S  L  T  K  A  E  F  A  S  R  F  - 
GTGTGTGACGTTCGACAACATCACGGCATCGTCGATGACGGGCTGCGTCGACATGGCCTGCTCCCCGTA---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  M  M  G  R  R  S  L  W  P  F  G  F  H  V  T  G  T  P  I  A  A  C  A 
 -  -  -  -  -  -  -  L  W  P  F  G  F  H  V  T  G  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------GGACATGAAGGCCATCAGGGCCTTGCTCAT---------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  K  I  A  K  E  M  Q  Q  Y  G  N  P  P  Q  F  P  A  E  L  L  E  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  K  A  M  V  V  K  E  P  T  E  A  L  G  Q  H  K  S  K  R  G  K  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  A  K  P  Q  W  L  I  M  Q  S  M  G  I  P  D  S  E  I  A  K  F  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  Q  Y  W  L  D  Y  F  P  P  I  A  M  E  D  L  K  S  F  G  C  H  I  D 
 -  -  -  -  -  D  Y  F  P  P  I  A  M  E  D  L  K  S  F  .  .  .  .  D 
---------------CGGCTTCGGGAACGGCTGCGTGACGACAGAGCCCTCGTGCTG------------CCA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 W  R  R  S  F  M  T  T  E  R  S  P  Y  F  D  R  F  V  R  W  Q  F  N  I 
 -  -  R  S  F  M  T  T  .  .  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CTCCATCGTGTGTGGCGC------CAT---------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  R  R  E  N  L  L  N  Y  G  K  R  Y  C  V  Y  S  P  R  D  G  Q  P  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  D  H  D  R  A  S  G  E  G  V  L  P  Q  E  Y  A  L  V  K  L  I  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 N  P  L  A  Q  P  C  F  A  E  H  K  D  I  I  G  D  R  N  V  V  L  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  T  L  R  P  E  T  V  I  G  Q  T  N  C  W  V  S  N  K  L  N  Y  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  Y  V  R  N  A  K  G  E  D  E  V  Y  I  M  T  A  R  A  A  R  N  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  Q  N  F  Y  V  N  G  Q  V  G  T  D  P  E  P  L  F  E  V  E  G  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 M  V  G  I  P  L  S  A  P  L  A  P  Y  T  T  I  Y  T  L  P  M  A  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  E  A  K  G  T  G  V  V  M  S  V  P  S  D  S  P  D  D  Y  I  N  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  L  L  N  K  P  E  Y  R  V  K  L  G  I  K  D  E  W  V  V  P  F  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  P  I  I  D  I  P  E  L  G  T  E  G  A  K  F  M  C  E  K  L  K  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  P  N  A  T  E  L  L  E  E  A  K  K  V  C  Y  Q  Q  G  F  Y  H  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 M  I  S  G  P  Y  A  G  V  K  V  S  E  A  K  V  K  T  H  R  D  M  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  D  Q  C  I  R  Y  Y  E  P  V  R  Q  V  I  S  R  S  G  D  E  C  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  L  C  D  Q  W  Y  L  E  Y  G  K  D  D  W  K  K  L  V  Q  D  H  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 K  M  D  M  F  F  P  G  V  R  N  G  F  E  E  T  L  N  W  L  A  D  W  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 C  S  R  T  F  G  L  G  T  Y  L  P  C  D  A  S  H  T  M  I  I  D  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  S  L 
---------------------------------------------------------------GCCGTGGTA

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 S  D  S  T  I  Y  M  A  Y  Y  T  I  D  R  F  F  N  V  G  A  D  G  S  T 
 S  D  S  T  I  Y  M  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAGCCCTGCTGGTAGCACACTTT------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  L  C  G  K  A  D  N  P  Y  G  L  A  P  E  M  F  T  D  E  V  F  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 I  Y  H  G  V  G  D  A  A  T  V  A  G  A  V  R  M  P  V  E  S  L  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 M  R  N  E  F  E  Y  W  Y  P  V  D  L  R  C  S  G  K  D  L  I  Q  N  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  C  S  G  K  D  L  I  Q  N  . 
------------------------------------GACGCCGGTACCCTTCGCCTCCGTGATGGTGGC---

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 L  T  M  F  L  Y  N  H  A  A  I  W  P  T  D  E  S  K  W  P  R  A  I  F 
 L  T  M  F  L  Y  N  H  A  A  I  -  -  -  -  -  -  -  -  P  .  A  I  F 
AGGCAGCGTGTAGATTGTCGTGTAAGGCGCCAG------------------------CAT---TGCTCCCTC

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 C  N  G  H  I  Q  V  D  N  E  K  M  A  K  S  R  G  N  F  I  S  L  R  E 
 C  N  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  A  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACCTC------------------------GACCTGGCCGTTTAC---------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  M  D  M  Y  G  A  D  A  T  R  L  T  C  A  D  A  G  D  S  M  D  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 N  F  V  R  E  T  A  A  G  F  V  L  K  M  T  T  L  L  E  Q  A  K  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 V  E  R  T  D  L  R  S  G  G  Y  N  E  F  D  K  I  F  N  N  T  M  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 I  I  T  R  T  E  G  F  Y  H  R  M  Q  F  R  M  V  L  N  T  A  F  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 L  S  N  E  Y  S  Q  Y  K  M  Y  C  D  D  L  N  V  H  A  Q  L  G  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 Y  Y  E  V  V  A  L  M  M  M  P  L  A  P  H  T  M  E  H  L  W  Q  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 L  Q  H  E  G  S  V  V  T  Q  P  F  P  K  P  T  A  K  L  D  Y  S  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 V  A  S  R  V  M  T  I  A  L  K  E  I  R  S  Q  V  I  K  N  A  K  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 G  P  V  E  E  V  I  V  Y  T  R  R  E  Y  T  D  W  Q  R  Q  A  L  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 L  H  E  L  Y  E  A  N  G  N  T  F  P  E  D  M  A  K  Q  V  V  A  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 T  K  I  M  S  K  A  L  M  A  F  M  S  F  V  K  G  N  V  E  K  Y  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 Q  A  M  S  T  Q  P  V  I  D  D  A  V  M  L  S  N  V  T  H  N  L  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 L  A  G  V  S  V  V  R  I  L  S  A  E  D  E  T  Y  K  E  H  D  A  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 R  K  C  L  P  G  E  P  S  V  A  L  P  P  V  V  K  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

leu_euk_C_subellipsoidea

Class I

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/amino acid sequences/Csubellipsoidea_leu_aa

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/nucleotide sequences/Csubellipsoidea_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  S  E  C  G  Q  S  R  F  A  L  L  G  S  P  S  M  W  R  A  S  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  L  A  H  F  S  K  D  V  G  F  A  S  Y  P  F  T  E  L  E  A  K  W  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  F  W  L  R  N  K  T  F  R  T  P  D  I  G  E  L  D  T  S  K  P  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  I  L  D  M  F  P  Y  P  S  G  A  G  L  H  V  G  H  P  A  G  Y  T  A 
 Y  I  L  D  .  F  P  Y  P  S  G  A  .  L  H  V  G  H  P  A  G  Y  T  A 
TACATTTTAGAC---TTCCCATATCCCAGCGGTGCA---CTTCACGTTGGGCACCCAGCTGGTTACACAGCG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  D  I  L  A  R  L  K  R  M  Q  G  A  N  V  L  H  P  I  G  W  D  A  F 
 T  D  I  L  A  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  L  H  P  I  G  W  D  A  F 
ACAGACATCCTGGCAAGGTTG------------------------CTGCATCCAATCGGATGGGATGCTTTT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  L  P  A  E  Q  Y  A  L  Q  T  G  T  H  P  R  V  T  T  E  R  N  V  N 
 G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  R  N  V  N 
GGT------------------------------------------------------GAGCGAAACGTCAAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  F  R  Q  Q  L  Q  S  L  G  F  S  Y  D  W  D  R  E  V  S  T  T  D  P 
 R  F  R  Q  Q  L  Q  S  L  .  .  .  .  D  -  -  R  E  V  S  T  T  D  - 
CGCTTCCGGCAACAGCTGCAGTCACTG------------GAC------AGGGAGGTGTCGACGACAGAT---

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  Y  Y  K  W  T  Q  W  I  F  L  Q  L  F  N  K  G  L  A  Y  Q  A  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  V  N  W  C  P  A  L  G  T  V  L  A  N  E  E  V  I  D  G  K  S  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  D  H  P  V  V  R  L  P  M  K  Q  W  M  L  R  I  T  Q  Y  A  Q  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  D  D  L  D  E  L  D  W  P  D  S  I  K  D  M  Q  R  N  W  I  G  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  G  A  T  I  T  F  G  L  Q  V  Y  T  T  R  P  D  T  I  F  G  A  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  V  L  A  P  E  H  P  L  L  D  S  L  T  T  A  E  Q  K  I  D  V  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  V  R  K  A  A  L  K  S  D  L  E  R  T  E  L  Q  K  V  K  T  G  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  G  S  H  A  I  N  P  A  T  G  K  A  V  P  I  W  V  A  D  Y  V  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  Y  G  S  G  A  I  M  A  V  P  A  H  D  T  R  D  Y  E  F  A  T  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Q  L  P  V  V  R  V  V  Q  G  P  S  G  E  D  N  E  L  P  F  T  G  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  A  T  S  S  S  C  A  A  A  G  L  S  L  D  G  Q  G  T  A  E  A  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  V  V  R  W  L  E  Q  Q  G  K  G  A  A  Q  I  N  F  K  L  R  D  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  A  R  Q  R  Y  W  G  E  P  F  P  I  V  Y  A  E  G  S  D  E  P  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  S  E  E  D  L  P  L  T  L  P  E  T  D  N  F  R  P  S  G  T  P  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  L  A  N  I  T  E  W  V  H  F  V  D  P  K  T  G  K  R  Y  R  R  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  T  M  P  Q  W  A  G  S  C  W  Y  Y  L  R  Y  L  Q  P  W  N  T  D  R 
 -  -  -  P  Q  W  A  G  S  C  W  Y  Y  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CCGCAGTGGGCTGGATCTTGCTGGTACTACCTG------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 A  I  D  P  E  V  E  K  Y  W  L  P  V  D  L  Y  V  G  G  A  E  H  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  V  G  G  A  E  H  A  V 
------------------------------------------CTGTATGTCGGTGGTGCGGAGCATGCTGTG

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  H  L  L  Y  A  R  F  W  H  K  V  L  F  D  L  G  V  V  S  T  K  E  P 
 L  .  L  L  Y  A  R  F  W  H  K  V  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTG---CTGTTGTATGCCAGGTTTTGGCACAAGGTGCTG---------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 F  R  R  L  V  S  Q  G  M  I  L  G  E  V  E  Y  T  A  Y  K  D  A  Q  G 
 F  R  .  L  V  S  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCCGG---CTAGTGAGCCAG---------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 Q  Y  V  D  E  N  H  P  E  A  T  A  V  R  V  E  E  G  Q  V  D  K  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 N  G  F  V  L  R  S  D  P  S  V  R  V  S  T  R  A  H  K  M  S  K  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  - 
------------------------------------------------------AAGATGAGCAAGAGC---

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 G  N  V  V  N  P  D  D  V  V  T  M  Y  G  A  D  S  L  R  L  Y  E  M  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 M  G  P  I  R  E  T  K  V  W  S  T  K  S  V  E  G  V  H  R  F  L  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 S  Y  R  L  V  T  G  S  N  V  A  D  V  E  P  T  K  D  Q  L  R  L  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  T  I  K  R  V  T  E  E  T  E  E  L  R  F  N  T  G  I  S  A  L  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 F  V  N  S  A  F  K  W  E  E  V  P  R  S  V  L  E  P  F  V  L  L  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 P  Y  A  P  H  I  A  E  E  L  W  Q  V  L  G  H  S  D  T  L  T  Y  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 W  P  T  Y  N  E  E  L  L  V  S  D  T  F  N  L  P  V  Q  V  N  G  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 R  G  T  V  E  V  S  K  Q  I  S  Q  A  D  A  E  V  A  G  R  S  I  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 V  S  K  F  L  E  G  K  P  L  K  K  V  I  F  V  P  G  R  I  V  N  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891
 V  G  K 
 -  -  - 
---------

leu_euk_G_lamblia

Class I

Eukaryotes/Giardia lamblia/amino acid sequences/Glamblia_leu_aa

Eukaryotes/Giardia lamblia/nucleotide sequences/Glamblia_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  C  L  S  R  L  Q  A  I  E  K  K  W  Q  R  Y  W  S  S  R  N  T  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 M  A  E  P  P  V  G  S  D  R  D  K  R  D  S  K  K  F  F  V  T  F  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  V  T  F  .  Y 
------------------------------------------------------GTATGCAGAAAG---TTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  Y  M  N  G  R  L  H  L  G  H  L  F  S  A  T  R  A  E  F  A  V  G  Y 
 P  Y  M  N  G  R  L  H  L  G  H  L  F  S  A  T  R  A  E  F  A  V  G  Y 
ATGTTCCGAGAACGGCAGCTTTGTTACTAGCGCGTCCGGGCCGTCTGTCTTGGATGCAGATATGAGTTGTGC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  L  M  R  G  D  S  S  L  F  P  F  G  F  H  V  T  G  M  P  I  C  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  F  P  F  G  F  H  V  T  G  -  -  -  -  -  - 
------------------------ATCTTTCTTTGGTGTTTCTAGGACGTCTAT------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  K  K  L  A  D  E  I  E  H  Y  G  C  P  P  V  L  P  T  A  D  S  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  P  G  S  V  T  A  S  E  N  A  I  D  K  V  G  Q  F  K  A  K  K  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  N  A  K  T  V  S  K  S  Q  W  D  I  L  I  D  L  G  V  P  E  K  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  K  F  V  D  P  Y  H  W  V  K  H  F  P  A  L  C  Y  K  D  M  C  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  H  F  P  A  L  C  Y  K  D  M  C  K  F 
------------------------------CACACGCAGCTGCTTCAGTGCCTCTGCTAGTGTATCCTGAGA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  A  R  V  D  W  R  R  S  M  I  T  T  D  A  N  P  Y  Y  D  L  F  V  K 
 .  .  .  .  D  -  -  R  S  M  I  T  T  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------ACG------GGAGTTCGACCTACCAAGTAC------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 W  Q  F  R  K  L  Y  R  D  G  Y  I  K  F  G  K  R  N  C  I  W  S  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  G  Q  A  C  M  D  H  D  R  F  S  G  E  G  V  Q  P  Q  E  Y  I  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  L  E  L  I  N  Y  T  T  L  L  E  E  Q  R  E  Q  Q  Q  E  G  E  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  D  G  M  D  D  S  L  A  E  K  L  N  I  K  L  P  R  F  Y  S  N  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  K  A  I  F  D  Q  L  W  E  N  Q  V  D  N  A  K  V  Y  L  L  A  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  R  P  E  T  M  V  G  Q  T  N  C  W  V  L  P  T  G  R  Y  G  A  Y  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  N  K  D  E  V  I  I  V  S  E  H  A  A  V  N  M  A  H  Q  G  L  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  K  P  F  G  E  L  D  F  I  C  E  I  S  G  S  D  L  L  L  A  T  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  P  L  S  P  Y  E  Q  I  F  V  L  P  L  E  T  I  K  M  D  K  G  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  V  T  S  V  P  S  D  A  P  D  D  Y  A  C  Y  K  D  I  L  E  N  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  I  A  E  K  Y  G  V  D  V  G  L  M  L  E  P  Y  S  P  L  P  I  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  P  D  I  G  T  L  S  A  V  R  L  C  E  E  S  N  V  S  S  L  H  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  K  L  T  Q  I  K  E  I  C  Y  T  K  G  F  Y  T  G  I  M  K  M  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 F  A  G  Q  C  V  K  D  C  K  Q  S  C  R  D  L  L  V  Q  N  N  Q  C  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  Y  S  E  P  E  S  E  V  I  S  R  S  N  C  V  C  V  V  A  A  A  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 W  Y  L  D  Y  G  N  V  A  W  K  D  K  V  R  Y  N  I  E  K  Y  L  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Y  H  D  E  V  K  N  Q  F  N  R  T  V  D  G  F  R  E  W  A  A  S  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 F  G  L  G  T  K  L  P  F  D  E  R  Y  V  I  E  S  L  S  D  S  T  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  S  L  S  D  S  T  I  Y 
---------------------------------------------CTTTACACACTGGCCGGCAAATGGGCC

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 N  A  Y  Y  T  V  A  H  Y  L  Q  G  G  S  L  D  G  S  T  S  L  F  P  V 
 N  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATCTT------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  I  V  D  D  S  F  F  D  Y  V  F  D  L  S  N  N  L  P  E  K  F  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 Y  F  S  T  D  P  A  G  A  D  R  L  H  Q  L  K  K  S  L  L  V  P  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 N  S  Q  I  I  L  A  I  R  S  A  E  D  L  L  T  A  M  R  E  S  F  C  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 W  Y  P  V  D  L  R  C  S  G  K  D  L  I  P  N  H  L  T  M  M  L  Y  N 
 -  -  -  -  -  L  R  C  S  G  K  D  L  I  P  N  .  L  T  M  M  L  Y  N 
---------------AATTGTCTCCAGAGGCAAAACAAAGATTTGCTC---AGGACTGAGAGGGGCTCGGAC

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 H  T  A  I  W  S  D  D  E  A  K  W  P  R  G  M  R  A  N  G  H  L  Q  L 
 H  T  A  I  -  -  -  -  -  -  -  -  P  .  G  M  R  A  N  -  -  -  -  - 
GGTAGCCAAGAG------------------------TAT---ATCCAATTCTCCAAA---------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 N  D  A  K  M  S  K  A  T  G  N  F  L  T  A  D  E  A  I  R  K  Y  G  A 
 -  -  -  K  M  S  K  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GTGGGCCATGTTCAC------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 D  A  V  R  F  A  L  A  D  A  G  D  G  L  D  D  A  N  F  R  E  E  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 N  N  A  V  L  R  L  Y  N  L  L  A  T  C  Q  E  L  L  A  A  S  A  V  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 Y  P  E  S  Y  E  D  I  Y  S  T  I  E  A  S  S  A  D  C  I  H  E  C  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 F  L  A  S  I  L  D  C  T  L  R  A  C  S  A  F  E  R  C  S  F  R  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 L  I  I  S  F  N  E  L  G  H  S  R  D  Q  Y  I  H  S  C  E  T  R  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 P  Y  C  R  F  L  I  E  E  Y  V  S  T  Q  A  K  L  L  A  V  I  C  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 I  A  E  E  L  N  A  E  V  L  G  R  S  N  S  I  F  R  D  P  L  Q  S  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 D  T  L  A  E  A  L  K  Q  L  R  V  F  L  K  I  D  E  Y  V  Q  A  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 V  R  L  K  N  Y  L  V  D  V  L  K  P  R  K  D  G  T  V  K  L  P  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 A  K  I  A  Q  V  Y  V  A  Q  D  C  P  E  W  Q  T  R  V  A  E  F  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 S  M  Y  Y  D  E  T  E  E  Y  G  G  L  G  A  L  P  K  D  A  S  S  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

010611062106310641065106610671068106910701071107210731074107510761077107
 S  K  Y  C  I  D  V  L  E  T  P  K  K  D  L  Q  K  V  M  K  Y  A  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

810791080108110821083108410851086108710881089109010911092109310941095109
 L  I  S  A  S  K  T  D  G  P  D  A  L  V  T  K  L  P  F  S  E  H  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610971098109911001101110211031104110511061107110811091110111111121113111
 L  S  A  Y  S  D  A  V  R  T  G  L  G  V  E  Q  I  S  F  Y  M  V  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

411151116111711181119112011211122112311241125112611271128112911301131113
 G  P  V  P  P  E  S  C  K  A  A  T  P  G  K  P  I  V  F  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

leu_euk_P_chromatophora

Class I

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_leu_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  E  S  S  A  P  Q  S  I  H  Y  Q  P  A  A  I  E  K  R  W  Q  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  R  N  D  R  I  Y  Q  T  P  Q  N  S  D  G  E  A  F  Y  A  L  S  M  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  A  L  S  .  F 
------------------------------------------------------TACGCTCTTTCG---TTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  Y  P  S  G  K  L  H  M  G  H  V  R  N  Y  V  I  T  D  V  I  A  R  A 
 P  Y  P  S  G  K  L  H  M  G  H  V  R  N  Y  V  I  T  D  V  I  A  R  A 
CCCTATCCTTCAGGGAAACTTCATATGGGGCATGTGCGTAACTATGTAATCACTGATGTAATTGCAAGAGCG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  R  M  R  G  K  R  V  L  H  P  M  G  W  D  A  F  G  L  P  A  E  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  H  P  M  G  W  D  A  F  G  -  -  -  -  -  - 
------------------------TTGCACCCTATGGGATGGGATGCATTTGGT------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  I  E  R  G  I  D  P  S  K  W  T  N  T  N  I  Q  Q  M  R  K  Q  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  T  N  I  Q  Q  M  R  K  Q  L  D 
------------------------------------AATACTAATATTCAGCAGATGCGAAAACAACTCGAT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  L  G  L  S  I  D  W  E  R  E  I  S  T  C  N  E  D  Y  Y  R  W  T  Q 
 Q  L  .  .  .  .  D  -  -  R  E  I  S  T  C  N  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAACTA------------GAT------CGAGAAATCTCTACCTGCAAT------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 W  L  F  L  Q  F  Y  D  A  G  L  A  Y  Q  Q  E  A  T  V  N  W  D  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  Q  T  V  L  A  N  E  Q  V  N  G  D  G  C  S  W  R  S  G  A  K  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  R  K  L  R  Q  W  F  L  R  I  T  N  Y  A  E  I  L  L  R  D  L  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  T  G  W  P  E  R  V  R  T  M  Q  A  N  W  I  G  R  S  K  G  C  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  F  L  I  Y  N  E  E  D  R  L  T  D  Q  F  I  T  V  F  T  T  R  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  I  C  G  I  S  Y  I  A  V  S  V  D  H  D  I  V  S  Q  S  L  M  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  R  S  R  I  Q  R  F  C  K  E  I  S  F  Q  K  D  N  N  H  I  S  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  I  K  Q  G  I  P  L  G  K  Y  A  C  H  P  L  N  G  R  R  I  P  I  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  A  D  Y  V  L  A  D  H  G  T  G  A  V  M  G  V  P  A  H  D  Q  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  I  F  A  H  S  Y  G  L  I  I  K  P  V  I  I  S  E  N  T  N  H  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  S  F  S  N  I  Q  S  A  F  I  D  L  G  K  L  I  K  S  G  I  F  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  S  S  E  E  A  G  E  A  I  L  S  Q  A  Q  L  A  R  W  G  Q  S  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  Y  K  L  H  D  W  L  I  S  R  Q  R  Y  W  G  C  P  I  P  I  I  H  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Q  S  C  G  T  V  P  V  P  T  T  D  L  P  V  E  L  P  K  N  L  N  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  K  G  G  S  P  L  S  L  V  S  K  W  V  K  T  S  C  P  K  C  G  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  Q  R  E  T  D  T  M  D  T  F  M  C  S  S  W  Y  F  L  R  Y  S  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  F  M  C  S  S  W  Y  F  L  -  -  -  -  - 
------------------------GACACATTTATGTGTTCTTCTTGGTATTTCTTG---------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  N  K  K  E  P  F  S  S  E  K  I  Q  D  W  L  P  V  N  H  Y  V  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Y  V  G  G 
---------------------------------------------------------CACTATGTAGGTGGT

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  E  H  A  I  L  H  L  L  Y  S  R  F  F  T  K  V  L  N  D  R  G  L  L 
 I  E  H  A  I  L  .  L  L  Y  S  R  F  F  T  K  V  L  -  -  -  -  -  - 
ATAGAACACGCAATTCTC---TTACTTTACTCTCGTTTTTTTACCAAGGTATTG------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 N  F  S  E  P  F  I  R  L  L  P  Q  G  M  V  Q  G  I  T  Y  K  V  P  S 
 -  -  -  -  -  F  .  R  L  L  P  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------TTT---CGCCTTTTGCCTCAA------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 T  G  E  Y  I  P  V  D  N  I  T  D  L  D  N  P  I  D  P  N  S  G  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 L  E  V  I  F  E  K  M  S  K  S  K  G  N  G  V  D  P  T  R  V  I  E  H 
 -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------AAAATGTCCAAATCA---------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 F  G  A  D  T  A  R  M  F  I  L  F  K  A  P  P  E  K  D  L  E  W  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 S  D  V  E  G  Q  F  R  F  L  Q  R  I  S  R  L  V  E  M  V  L  K  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 I  R  L  N  L  K  E  D  L  S  T  T  I  N  S  K  K  L  N  K  D  E  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 V  H  R  A  T  H  Y  A  I  A  A  I  T  E  D  L  D  G  E  V  Q  L  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  I  A  E  L  M  K  L  N  N  I  L  S  S  V  S  D  S  I  S  E  P  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  E  G  L  K  T  L  I  I  L  L  A  P  F  A  P  H  L  S  E  E  L  W  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 R  L  V  N  D  S  N  S  I  H  N  Q  R  W  P  I  L  D  P  S  A  L  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  N  I  K  L  V  I  Q  V  N  G  R  V  R  G  F  I  D  V  P  A  N  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 K  E  K  L  E  K  L  A  L  N  S  E  S  A  Q  K  W  I  S  G  K  L  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878
 R  V  I  T  V  P  G  K  L  V  N  I  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

leu_euk_N_ceranae

Class I

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_leu_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_leu_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  C  N  E  H  E  S  T  K  L  N  Y  L  N  S  L  E  K  S  R  D  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  D  I  S  D  K  P  K  Y  F  I  T  F  P  Y  P  Y  M  N  G  K  L  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  T  F  .  Y  P  Y  M  N  G  K  L  H  L 
---------------------------TTTATTACTTTT---TATCCATATATGAATGGAAAACTACATCTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  H  L  Y  S  I  S  K  A  D  F  M  S  Y  Y  K  E  L  Q  G  F  N  V  L 
 G  H  L  Y  S  I  S  K  A  D  F  M  S  Y  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
GGTCATTTATATTCGATATCAAAAGCAGATTTTATGTCATATTAT------------------------TTA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  P  L  A  F  H  C  T  G  M  P  I  A  A  L  A  K  K  L  G  E  E  L  E 
 F  P  L  A  F  H  C  T  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTCCTTTGGCTTTTCATTGCACAGGT---------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  K  K  T  D  I  S  T  K  E  I  I  Q  N  L  G  F  N  D  V  M  P  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  P  V  H  W  I  K  T  F  P  K  L  C  I  S  S  L  K  T  F  G  A  N  I 
 -  -  -  -  -  -  K  T  F  P  K  L  C  I  S  S  L  K  T  F  .  .  .  . 
------------------AAAACATTTCCTAAGCTGTGCATTAGTTCATTGAAAACTTTT------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  W  R  R  S  F  V  T  T  D  I  N  K  Y  Y  D  S  F  V  R  W  Q  F  F 
 D  -  -  R  S  F  V  T  T  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAC------AGATCTTTCGTTACGACAGAT------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  L  K  E  L  G  Y  L  S  F  G  K  R  H  S  I  Y  C  P  L  D  K  Q  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 C  L  D  H  D  R  R  K  G  E  N  I  K  P  V  R  Q  I  M  F  K  F  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  D  K  I  L  L  V  R  Q  N  S  I  G  K  P  Y  K  L  V  C  G  K  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  V  V  S  F  K  Y  N  N  T  S  F  L  A  E  K  I  I  F  D  N  L  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Q  I  N  N  V  K  Y  K  E  S  L  V  L  S  M  D  L  K  D  G  L  T  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  T  N  I  E  V  E  V  I  E  K  N  I  L  V  V  K  T  D  T  K  S  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  L  Y  E  K  E  I  K  A  L  N  E  I  E  E  T  L  F  T  L  S  T  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  G  I  V  E  S  V  A  K  L  S  V  E  N  T  K  D  L  L  V  Q  T  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  I  S  V  Y  I  P  E  K  E  V  I  S  R  S  G  G  I  C  V  V  S  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  Q  W  Y  I  D  Y  S  N  E  K  W  K  S  K  V  K  K  C  L  D  N  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 C  G  P  D  T  R  S  M  L  Y  A  G  I  D  W  V  N  K  W  G  F  S  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  G  L  G  T  K  I  P  W  D  T  Q  Y  L  I  D  S  L  S  D  S  T  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  S  L  S  D  S  T  I  Y 
---------------------------------------------GATAGTTTAAGTGATAGTACAATTTAC

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 M  A  F  Y  T  V  K  H  L  L  F  E  D  L  E  G  K  L  E  I  F  P  S  N 
 M  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGGCA------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  L  S  N  D  V  W  D  Y  I  F  A  G  K  D  L  V  P  E  L  Y  G  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  L  L  E  K  C  R  N  N  F  Q  Y  F  Y  P  V  D  L  R  V  S  G  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  V  S  G  K  D 
---------------------------------------------------TTAAGAGTCAGCGGTAAAGAT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  I  K  N  H  L  L  F  F  M  F  N  H  V  A  L  F  D  E  K  Y  W  P  K 
 L  I  K  N  .  L  L  F  F  M  F  N  H  V  A  L  -  -  -  -  -  -  P  . 
CTTATAAAAAAT---TTACTGTTTTTTATGTTTAACCATGTAGCGCTA------------------CCA---

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 R  I  F  T  N  G  H  L  M  L  N  K  E  K  M  S  K  S  T  G  N  F  L  S 
 R  I  F  T  N  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  - 
CGTATTTTTACTAAT------------------------AAAATGTCTAAAAGT------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 V  D  D  A  L  L  K  Y  G  K  S  A  T  R  M  C  L  A  V  C  G  D  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 D  D  A  N  F  V  E  D  N  A  N  L  F  I  L  K  I  Y  T  F  V  K  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 Q  K  L  N  E  L  V  R  K  K  S  E  N  E  T  I  A  S  Y  S  N  A  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 L  L  L  E  T  V  S  V  N  V  T  E  A  L  N  A  Y  N  S  M  K  Y  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 V  V  K  F  S  F  F  E  M  V  N  L  I  N  L  Y  N  N  I  N  G  T  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 L  L  K  N  L  V  Y  K  S  A  T  Q  L  L  Y  P  I  M  P  D  L  C  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  I  E  K  Y  F  D  S  E  F  N  L  P  E  P  K  L  K  T  N  K  M  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  F  E  Y  I  S  E  L  I  K  K  I  A  A  S  K  Q  A  K  N  N  S  C  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 K  I  A  V  G  K  N  Y  P  E  W  K  K  E  I  F  E  L  I  D  K  I  D  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 P  R  N  N  E  I  K  K  N  K  V  F  I  A  S  L  L  D  S  V  K  P  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 Q  K  S  K  I  N  I  T  K  G  N  N  F  V  M  D  Y  L  V  N  P  D  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 V  M  K  F  N  E  Y  E  I  I  N  E  F  K  F  Y  I  E  N  M  S  N  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884
 A  I  L  E  E  H  C  D  A  E  P  L  N  P  I  I  T  F  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

met_arch_P_aerophilum

Class I

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_metALPHA_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_metALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  K  Y  V  I  G  S  A  W  P  Y  V  Q  T  V  P  H  L  G  N  M  I  G 
 -  -  -  -  V  I  G  S  .  W  P  Y  V  Q  T  V  P  H  L  G  N  M  I  . 
------------CTGTTCCCACGG---TTTCCTAGAGTATTTCTGGTTTCTAAGCTCCTCTAATTTGGC---

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  V  L  S  A  D  V  Y  A  R  Y  L  R  L  K  G  H  E  V  V  F  V  S  G 
 S  V  L  S  A  D  V  Y  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  V  S  G 
TAAGGCCTTTACTTCTTCCTCTGTTATTTTCCT------------------------CGCTTTCCCCACGGC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  D  V  H  G  T  P  V  E  V  E  A  I  Q  L  G  V  D  P  A  E  Y  S  M 
 S  D  V  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M 
GGGCGGCCTCTTCGC------------------------------------------------------GCT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  M  H  A  I  V  A  E  L  F  K  K  W  N  I  S  F  D  L  Y  T  H  T  H 
 K  M  H  A  I  V  A  E  L  F  K  K  W  .  .  .  .  D  L  Y  T  H  T  H 
CTCGGGGATGGCCGGCGCAAGGCCTACTGCGAGGAATTT------------GGCGTGGTACATTACGGCGTT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  E  T  H  I  K  F  V  Q  D  F  Y  L  K  I  Y  E  N  G  Y  I  F  T  K 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGC---------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  D  E  V  P  Y  C  P  R  D  K  I  Y  L  P  D  R  F  I  I  G  K  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  C  G  Y  E  R  A  R  G  D  Q  C  E  N  C  G  R  L  L  D  P  K  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  E  P  K  C  A  V  C  G  S  K  P  E  W  R  I  T  K  H  W  Y  L  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  R  L  E  D  R  I  R  K  Y  V  E  E  N  P  H  L  P  P  N  A  K  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  L  A  M  L  K  E  G  L  R  P  R  A  V  T  R  D  N  K  W  G  I  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  F  P  G  A  E  G  K  T  I  Y  V  W  F  E  A  V  L  G  Y  I  S  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  E  A  V  L  G  Y  I  -  -  - 
------------------------------CGTAGTGGTGGGCATCACGTAGCCGCCGCCATT---------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  E  Y  F  K  K  I  G  R  E  E  E  W  K  R  F  W  L  D  P  E  T  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  F  F  V  G  K  D  N  V  P  F  H  V  I  I  L  P  A  L  L  L  A  N  G 
 V  F  F  V  G  K  D  N  V  P  F  .  V  I  I  L  P  A  L  L  L  A  .  . 
GTCCAGCCAGAACCTCTTCCACTCCTCCTCCCT---TATTTTTTTGAAATACTCAACTACGGCCGA------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  G  Y  V  M  P  T  T  T  A  S  T  E  Y  L  L  Y  E  G  D  K  F  S  K 
 .  .  Y  -  -  P  T  T  .  A  S  T  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  S  K 
------AAC------AAACCACAC---TATAGTCTT------------------------CGGTATGCCCCA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  R  R  W  G  V  W  I  D  E  A  L  Q  L  L  P  A  D  Y  W  R  F  V  L 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTT---------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  Y  I  R  P  E  N  R  D  T  N  F  S  W  S  T  A  L  E  I  I  N  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  N  D  D  V  G  N  Y  A  N  R  V  L  S  F  I  K  N  R  M  G  G  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  P  R  G  K  P  S  R  D  D  E  E  F  I  E  K  V  K  R  L  F  E  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  A  H  Y  E  A  I  E  L  K  D  A  V  H  T  V  V  E  I  A  R  E  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  Y  L  N  A  R  A  P  W  D  L  V  K  K  D  V  D  A  A  N  A  V  M  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 H  A  Y  W  S  L  K  F  L  A  V  G  L  A  P  A  I  P  E  S  A  E  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 W  K  M  M  G  L  D  A  P  L  T  W  E  E  A  K  R  P  P  A  V  G  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  G  E  V  R  P  L  F  R  K  I  T  E  E  E  V  K  A  L  L  A  K  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570
 E  L  R  N  Q  K  Y  S  R  K  Y  P  W  E  Q  V  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

met_arch_T_volcanium

Class I

Archaea/Thermoplasma volcanium/amino acid sequences/Tvolcanium_met_aa

Archaea/Thermoplasma volcanium/nucleotide sequences/Tvolcanium_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  G  I  K  I  L  V  N  C  A  L  P  Y  A  N  G  P  L  H  V  G  H  I 
 -  -  -  -  -  -  L  V  N  C  .  L  P  Y  A  N  G  P  L  H  V  G  H  I 
------------------CTTGTAAACTGT---CTGCCTTATGCAAACGGGCCGTTACATGTTGGGCATATT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  G  A  Y  L  G  A  D  V  F  V  R  F  N  R  L  I  G  N  E  V  L  Y  V 
 A  .  A  Y  L  G  A  D  V  F  V  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  V 
GCA---GCATACCTCGGTGCAGACGTATTTGTAAGGTTT------------------------CTATATGTA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  G  S  D  E  Y  G  T  P  I  T  V  R  A  E  K  E  G  K  S  P  Q  E  I 
 S  G  S  D  E  Y  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCCGGAAGTGATGAATATGGA---------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  D  R  Y  Y  A  E  H  I  E  T  F  K  K  L  G  I  N  F  D  I  F  M  R 
 -  D  R  Y  Y  A  E  H  I  E  T  F  K  K  L  .  .  .  .  D  I  F  M  R 
---GATAGATACTATGCAGAACACATAGAAACATTCAAAAAACTT------------GATATTTTTATGAGG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  T  Y  P  E  H  S  S  V  A  Q  E  F  F  L  K  L  L  N  E  G  V  I  E 
 T  T  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACAACGTAT---------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  G  T  M  I  A  P  Y  C  R  K  I  G  R  F  M  P  D  R  Y  I  E  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 C  P  Y  C  G  Y  K  K  A  R  G  D  Q  C  D  N  C  G  R  T  L  D  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  L  I  N  P  V  C  I  L  S  G  E  T  P  E  F  R  E  T  E  H  F  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  L  D  L  F  E  E  R  L  E  E  W  L  K  T  K  T  F  W  K  P  N  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  Y  T  R  N  F  I  Q  G  G  L  K  K  R  A  I  T  R  D  I  D  W  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  V  P  L  E  G  Y  E  H  K  R  I  Y  V  W  F  E  A  L  I  G  Y  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  E  A  L  I  G  Y  I  - 
------------------------------------TATGTGTGGTTTGAGGCTTTGATTGGATATATC---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  A  K  M  F  S  E  V  I  G  K  P  N  Y  W  K  E  F  Y  F  D  K  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  N  Y  Y  F  I  G  K  D  N  I  P  F  H  S  I  I  W  P  A  M  L  L  G 
 -  -  Y  Y  F  I  G  K  D  N  I  P  F  .  S  I  I  W  P  A  M  L  L  G 
------TATTACTTTATAGGAAAGGACAATATACCTTTT---AGCATAATATGGCCGGCTATGCTGTTGGGC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  G  E  L  N  L  P  Y  D  I  P  A  N  E  Y  L  T  F  K  G  E  Q  F  S 
 Y  -  -  -  -  -  P  .  D  I  P  A  N  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  F  S 
TAC---------------CCA---GATATTCCTGCAAAC------------------------CAGTTTTCG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  S  R  G  I  G  Y  T  V  D  E  L  L  R  V  I  P  P  D  Y  L  R  Y  Y 
 K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAGAGC------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  A  S  I  L  P  E  T  G  D  S  D  F  S  L  E  E  L  V  K  T  V  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  L  I  D  K  Y  G  N  F  V  H  R  T  L  S  F  I  N  K  Y  D  L  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  K  P  N  S  L  N  D  E  A  F  E  Y  A  Q  N  A  F  K  E  Y  C  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  S  Q  V  H  I  K  R  S  L  A  I  W  L  N  L  A  I  Y  A  N  S  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  K  S  E  P  W  N  L  I  K  T  D  R  D  Q  C  N  Y  K  L  Y  V  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  L  A  Q  Y  L  T  A  M  I  Y  P  F  T  P  T  S  A  K  A  I  W  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  G  V  N  M  D  I  D  S  S  F  S  I  L  N  S  I  N  D  F  S  V  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543
 S  R  I  P  F  E  K  L  D  I  D  K  L  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

met_arch_S_acidocaldarius

Class I

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/amino acid sequences/Sacidocaldarius_met_aa

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/nucleotide sequences/Sacidocaldarius_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  V  L  V  T  S  A  W  P  Y  V  N  A  V  P  H  L  G  N  L  I  G  S 
 -  -  -  L  V  T  S  .  W  P  Y  V  N  A  V  P  H  L  G  N  L  I  .  S 
---------TTAGTAACATCT---TGGCCTTATGTTAATGCTGTTCCACATCTAGGAAATTTAATA---TCT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  L  S  A  D  V  F  A  R  Y  A  R  L  K  Y  G  K  E  N  V  V  F  V  S 
 I  L  S  A  D  V  F  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  V  S 
ATATTATCAGCAGATGTATTTGCAAGATAT------------------------------GTTTTTGTAAGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  S  D  E  H  G  T  P  I  E  I  E  A  R  K  R  N  I  E  P  R  K  L  T 
 G  S  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGTAGTGATGAACATGGT------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  Q  A  H  A  Y  D  K  K  L  F  I  D  T  W  K  I  S  F  D  N  Y  S  R 
 D  Q  A  H  A  Y  D  K  K  L  F  .  D  T  W  .  .  .  .  D  N  Y  S  R 
GATCAAGCACATGCCTATGATAAGAAATTATTT---GACACATGG------------GATAATTATAGCAGG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  E  S  E  V  H  K  E  F  V  R  N  F  L  I  K  L  E  K  Y  I  K  V  E 
 T  E  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACTGAGTCT---------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  D  E  I  P  Y  C  E  K  D  K  L  F  L  P  D  R  F  V  K  G  V  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  C  G  F  E  D  A  R  G  D  Q  C  D  N  C  G  R  L  L  T  P  R  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  N  A  K  C  A  L  C  G  N  P  P  V  F  K  V  T  K  H  W  F  F  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  E  F  G  D  K  I  R  D  W  I  S  S  S  S  T  M  P  D  N  V  K  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  L  S  W  V  K  E  G  L  R  P  R  S  I  T  R  D  N  M  W  G  I  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  F  K  G  A  E  N  K  T  I  Y  V  W  F  E  A  L  L  G  Y  L  S  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  E  A  L  L  G  Y  L  -  -  - 
------------------------------TATGTCTGGTTTGAAGCTCTTCTAGGTTATCTA---------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  E  Y  F  K  N  L  G  K  E  E  M  W  K  E  F  W  L  Y  N  D  T  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  Y  F  I  G  K  D  N  I  P  F  H  A  V  I  L  P  A  M  L  M  A  S  N 
 Y  Y  F  I  G  K  D  N  I  P  F  .  A  V  I  L  P  A  M  L  M  A  S  - 
TATTATTTCATAGGAAAGGATAACATTCCTTTC---GCTGTTATATTACCTGCAATGTTAATGGCAAGT---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  K  Y  N  L  P  S  V  I  A  A  T  E  Y  L  L  Y  E  G  Q  K  F  S  K 
 -  -  -  -  -  P  .  V  I  A  A  T  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  S  K 
---------------CCT---GTTATAGCTGCTACT------------------------AAGTTTAGCAAG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  R  K  I  G  V  W  I  D  E  A  D  K  L  M  D  V  E  Y  W  R  F  I  L 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGT---------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  R  L  R  P  E  E  K  D  T  N  F  T  W  R  E  A  L  R  I  V  N  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  N  D  D  I  G  N  Y  A  N  R  V  L  S  M  V  K  R  Y  C  D  G  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  S  P  K  E  A  I  L  N  D  E  D  K  N  L  I  T  L  I  T  E  S  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  M  G  E  L  F  E  L  G  K  I  K  A  G  S  E  E  I  L  K  L  A  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  N  L  Y  L  N  N  R  A  P  W  S  L  V  K  T  N  R  D  E  A  N  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  Y  I  S  V  N  S  L  R  T  L  A  I  M  L  Y  P  I  M  P  T  Y  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 N  L  Y  Q  Q  L  G  L  S  D  L  E  S  E  T  W  D  S  A  G  S  L  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 M  P  G  H  K  I  G  E  I  R  S  L  F  K  K  I  D  M  S  P  E  E  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571
 K  K  L  D  E  I  R  R  E  V  E  K  E  R  P  D  L  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

met_arch_T_acidophilum

Class I

Archaea/Thermoplasma acidophilum/amino acid sequences/Tacidophilum_met_aa

Archaea/Thermoplasma acidophilum/nucleotide sequences/Tacidophilum_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  Q  I  K  I  L  V  N  C  A  L  P  Y  A  N  G  P  L  H  I  G  H  I 
 -  -  -  -  -  -  L  V  N  C  .  L  P  Y  A  N  G  P  L  H  I  G  H  I 
------------------TACCAGGGATTC---GTCGATCTTCTCGAATGGAATCGCCCCCCTGTGAACCGA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  G  A  Y  L  G  A  D  V  F  V  R  Y  N  R  L  M  G  N  Q  V  L  Y  V 
 A  .  A  Y  L  G  A  D  V  F  V  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  V 
AAA---GTGCATCTCATAGAGATGCCGGTACGATTGCCC------------------------GTTCCATAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  G  S  D  E  Y  G  T  P  I  T  V  R  A  E  K  E  G  R  S  P  K  E  I 
 S  G  S  D  E  Y  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTTTCCGCGGAGGATGGTAT---------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  D  I  Y  Y  E  E  H  L  R  T  F  E  N  L  G  I  S  F  D  I  F  M  R 
 -  D  I  Y  Y  E  E  H  L  R  T  F  E  N  L  .  .  .  .  D  I  F  M  R 
---ATCATGGTTCAGCTTTTGCCTGTCGTTCTTGATCGTCTTCCA------------GTTGAAGAAGCCATT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  T  W  P  E  H  S  E  N  A  Q  D  F  F  I  K  L  L  N  E  G  Y  I  E 
 T  T  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGCATATAT---------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  G  T  M  I  A  P  F  C  R  K  I  G  R  F  M  P  D  R  Y  I  E  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 C  P  Y  C  H  Y  P  K  A  R  G  D  Q  C  D  N  C  G  R  T  L  D  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  L  I  D  P  K  C  I  L  S  G  E  T  P  E  F  R  E  T  E  H  F  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  L  D  L  L  E  D  R  L  K  S  W  I  S  S  K  N  F  W  K  P  N  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  Y  T  Q  N  F  I  S  G  G  L  K  K  R  P  I  T  R  D  I  D  W  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  I  P  L  D  G  Y  D  S  K  R  I  Y  V  W  F  E  A  L  I  G  Y  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  E  A  L  I  G  Y  I  - 
------------------------------------CTTGCCTATGAAGTAGTAATTCCTGACCTCGGG---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  A  K  E  Y  S  K  R  T  G  N  P  D  L  W  K  E  Y  Y  M  D  P  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  N  Y  Y  F  I  G  K  D  N  I  P  F  H  A  I  I  W  P  A  M  L  M  G 
 -  -  Y  Y  F  I  G  K  D  N  I  P  F  .  A  I  I  W  P  A  M  L  M  G 
------CGCTTCGAACCACACATATATTCTCTTTGAATC---TCCGTCCAGAGGTATCTTGACACCCCAGTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  G  G  F  N  L  P  Y  D  I  P  A  N  E  Y  L  T  F  K  G  Q  Q  F  S 
 Y  -  -  -  -  -  P  .  D  I  P  A  N  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  F  S 
GAT---------------ACG---CTTCAGTCCGCCAGA------------------------GACGTTTGG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  S  R  G  I  G  Y  S  V  D  D  L  L  K  A  V  P  A  D  Y  L  R  Y  Y 
 K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTCCA------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  A  S  I  L  P  E  T  G  D  S  D  F  S  L  E  E  L  V  N  T  V  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  L  I  D  K  Y  G  N  L  V  Y  R  I  L  S  F  M  D  R  Y  S  I  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  P  V  D  V  S  G  D  E  E  F  K  Y  A  Q  R  S  F  E  L  W  S  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  S  G  V  H  V  K  R  G  L  L  R  W  L  D  L  A  I  Y  A  N  G  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  R  S  E  P  W  K  T  I  K  N  D  R  Q  K  L  N  H  D  L  Y  L  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  I  T  E  V  L  T  V  M  V  Y  P  Y  I  P  S  S  A  E  K  I  W  N  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  G  I  P  F  A  I  G  Q  S  Y  R  H  L  Y  E  M  H  A  F  S  V  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547
 G  A  I  P  F  E  K  I  D  L  E  S  L  V  S  K  L  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

met_arch_Halobacterium

Class I

Archaea/Halobacterium sp./amino acid sequences/Halobacterium_met_aa

Archaea/Halobacterium sp./nucleotide sequences/Halobacterium_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  Y  E  D  Y  P  T  D  D  P  A  V  V  T  A  G  L  P  Y  A  N  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  V  T  A  .  L  P  Y  A  N  G  D 
------------------------------------GGTCGTGAGGAG---CGCGGCCTCGCCGGCGGCGAG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  H  I  G  H  L  R  S  Y  V  S  A  D  A  F  T  R  A  L  Q  K  L  G  Q 
 L  H  I  G  H  L  R  S  Y  V  S  A  D  A  F  T  R  A  -  -  -  -  -  - 
CACCATCCCGTTGGACTCAACGCCGAACAGCTCCGCTTTCTCGAGGTTCGCGAC------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  A  V  Y  V  C  G  S  D  M  H  G  T  P  I  A  V  N  A  A  E  E  G  V 
 -  -  V  Y  V  C  G  S  D  M  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GGCGTCGAGGTCGTGGAGCTGTTTGATACC------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  P  E  E  F  A  L  R  H  H  K  Q  Y  R  E  T  F  P  K  F  N  V  D  F 
 -  -  -  -  -  -  L  R  H  H  K  Q  Y  R  E  T  F  P  K  F  .  .  D  - 
------------------GTCCGCGCCCTCGATTCCCTCAGCGGTCTGGATTTCGCCGAC------GTC---

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  Q  Y  G  H  T  H  D  E  T  N  T  E  L  T  K  E  F  V  R  A  W  E  D 
 -  Q  Y  G  H  T  H  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CTGGAACTCCTCGAAGCCGAT------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  G  Y  V  H  E  K  E  I  D  V  A  Y  D  P  E  A  D  Q  W  L  P  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  V  E  G  T  C  P  Y  C  G  E  H  A  R  G  D  E  C  D  E  G  C  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 H  L  E  P  G  E  I  E  D  P  V  S  T  I  T  G  N  P  A  E  Y  R  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  H  K  F  L  R  L  S  A  L  Q  E  H  L  Q  G  F  I  N  R  V  E  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  N  A  Q  N  Q  P  R  E  W  I  E  G  E  L  Q  D  L  C  I  T  R  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  W  G  I  D  Y  P  G  E  G  A  E  D  L  V  L  Y  V  W  V  D  A  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  V  D  A  P  I 
------------------------------------------------CATCGCCTGCGCGATCTCGGTCTC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  Y  V  S  A  T  K  Q  Y  S  E  R  A  G  D  L  D  W  E  S  V  W  K  D 
 E  Y  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACCTCGTC---------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  D  G  E  I  V  H  V  I  G  R  D  I  I  Q  H  H  T  V  Y  W  P  A  M 
 -  -  -  -  -  V  H  V  I  G  R  D  I  I  Q  H  .  T  V  Y  W  P  A  M 
---------------GTCCGCGAGTTCGCTGTTCACGCGCTCCGCGAA---GTCCCACGAGAAGTTCACGTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  E  A  A  D  Y  A  E  P  R  A  V  C  A  A  G  F  V  N  I  D  G  K  G 
 L  E  A  .  .  Y  -  -  P  .  A  V  C  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  G 
GCGCTCGAA------GGC------CAT---GTACCGCAGGAGGTC------------------------CTC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  S  T  S  K  N  R  A  I  W  A  E  E  Y  L  D  E  G  F  D  P  D  L  L 
 L  S  T  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCGGCCCAGAT------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  Y  Y  M  T  T  A  S  G  F  E  R  D  V  N  F  S  W  D  R  F  A  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  N  S  E  L  A  D  V  V  G  N  F  V  Y  R  A  L  L  F  A  N  R  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  G  T  P  E  A  G  L  S  D  E  V  E  T  E  I  A  Q  A  M  D  D  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  A  L  N  D  Y  D  L  R  T  A  G  E  R  T  V  A  L  A  R  F  G  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Y  I  Q  R  N  E  P  W  K  L  D  D  E  E  A  T  P  V  I  R  D  C  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  V  K  A  V  A  V  L  L  Q  P  F  T  P  E  K  A  E  E  V  W  Q  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  E  A  D  T  V  A  D  A  T  I  A  D  C  L  Q  E  P  P  A  E  F  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  E  E  L  F  T  K  V  E  D  D  R  V  A  E  L  D  E  T  L  Q  E  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  A  A  S  A  D  D  S  E  E  T  E  G  G  E  E  S  D  V  E  L  E  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  D  D  R  I  G  F  E  E  F  Q  S  L  D  L  R  V  G  E  I  Q  T  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 G  I  E  G  A  D  D  L  A  R  L  E  V  D  I  G  H  E  V  R  Q  I  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 G  I  K  Q  L  H  D  L  D  A  L  P  G  T  K  V  V  V  V  A  N  L  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 A  E  L  F  G  V  E  S  N  G  M  V  L  A  A  G  E  A  A  D  L  L  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683
 H  G  D  S  V  P  G  T  K  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

met_arch_M_acetivorans

Class I

Archaea/Methanosarcina acetivorans/amino acid sequences/Methanosarcina_acetivorans_met_aa

Archaea/Methanosarcina acetivorans/nucleotide sequences/Methanosarcina_acetivorans_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  D  S  S  S  K  P  V  L  V  T  C  G  L  P  Y  A  N  G  K  A  H  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  V  T  C  .  L  P  Y  A  N  G  K  A  H  I 
---------------------------TTCTTTGTCCGG---AAGAGCTGCTACAATCGCCCCGCCGTCATC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  H  L  R  T  Y  V  P  A  D  I  F  A  R  S  L  R  K  E  G  R  E  V  T 
 G  H  L  R  T  Y  V  P  A  D  I  F  A  R  S  -  -  -  -  -  -  -  -  T 
GGCTGCGAGCATCATGCCGTTTGACTCAACCCCGCAAAGTTTGGC------------------------TAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  V  C  G  S  D  T  H  G  T  P  I  V  V  N  A  E  E  L  G  I  T  P  K 
 F  V  C  G  S  D  T  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATATTTGCCTACGAGCTCTTCGGAAGT---------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  L  V  E  I  Y  H  K  H  F  D  E  T  F  K  Q  L  G  V  Y  F  D  A  F 
 -  -  -  E  I  Y  H  K  H  F  D  E  T  F  K  Q  L  .  .  .  .  D  A  F 
---------CACTTCAACCCTCAGGAGTTTTCTGGACTTCTTTACAGGTTC------------CTTCCCTAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  T  T  D  D  P  E  N  H  N  R  T  L  D  I  V  N  R  L  I  E  K  D  Y 
 G  T  T  D  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCTGATGTCAAGCTT---------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  Y  P  K  I  I  E  I  A  Y  C  P  A  C  N  R  F  L  P  D  R  Y  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  A  C  P  H  C  G  E  T  A  R  G  D  E  C  D  Q  G  C  G  K  H  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  G  E  L  Q  N  P  V  C  T  I  C  G  G  P  A  E  Y  R  H  Q  E  H  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  F  K  L  S  E  F  G  D  Y  L  M  D  Y  L  S  N  D  L  G  G  T  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  R  N  Y  A  L  G  W  V  K  Q  G  L  T  D  W  C  I  T  R  N  L  E  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  V  R  F  P  G  H  E  D  L  V  V  Y  V  W  V  D  A  P  I  G  Y  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  V  D  A  P  I  G  Y  I  - 
------------------------------------CTCGTGGGACTGGAAGTATGTGTTCCCGAAAGA---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  T  E  E  W  A  A  Q  A  G  D  S  W  E  K  F  W  K  G  E  G  E  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
---------------------------------------------------------------------GGC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  F  I  G  G  D  I  T  Y  H  H  C  I  F  W  P  A  M  L  N  G  A  D  Y 
 H  F  I  G  G  D  I  T  Y  H  .  C  I  F  W  P  A  M  L  N  G  .  .  Y 
TTCTTCGATTTCTGCGCTTACTTCAGGTTC---TTTTCCTTCGGGGACTTCTCCATAGTTCTT------AAA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  V  P  T  A  V  V  A  S  G  M  V  K  I  E  D  K  K  F  S  K  T  R  G 
 -  -  P  .  A  V  V  A  S  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  S  K  T  -  - 
------GGT---GTACAGGAAGTTGCC------------------------GATCTTTTCCTGGAG------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  V  V  W  V  G  E  D  Y  L  D  H  G  F  H  P  D  L  L  R  Y  Y  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  Y  T  S  H  T  K  E  L  N  F  S  W  R  V  L  Q  E  K  I  N  A  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  A  V  L  G  N  F  L  Y  R  T  M  L  F  A  F  K  N  Y  G  E  V  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  K  L  E  P  E  V  S  A  E  I  E  E  A  L  K  E  V  K  E  A  M  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  E  F  K  K  A  V  D  S  A  M  A  L  A  S  F  G  N  T  Y  F  Q  S  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  P  W  K  L  I  K  E  D  R  S  A  C  G  Q  V  I  Y  N  C  L  H  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  A  L  S  L  I  F  E  P  V  L  P  Q  T  M  E  T  A  W  K  G  L  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  S  D  I  H  A  S  R  Y  E  E  A  L  V  P  L  K  A  G  T  K  L  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  E  L  L  F  T  K  L  E  D  D  R  I  G  E  M  E  E  I  A  N  Q  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 K  A  A  N  A  K  K  S  A  A  K  G  G  E  K  E  P  S  K  S  E  G  M  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 P  S  E  E  A  K  V  A  E  K  A  A  K  A  E  E  K  V  P  I  E  T  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Q  I  E  Y  E  D  F  A  K  L  D  I  R  V  G  K  V  L  F  V  E  P  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 K  S  R  K  L  L  R  V  E  V  D  I  G  E  E  K  P  R  Q  L  V  A  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 A  S  Y  Y  T  S  E  E  L  V  G  K  Y  V  V  V  L  A  N  L  K  P  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 L  C  G  V  E  S  N  G  M  M  L  A  A  D  D  G  G  A  I  V  A  A  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708
 P  D  K  E  I  K  P  G  S  R  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

met_arch_M_aeolicus_Nankai

Class I

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/amino acid sequences/MaeolicusNankai_met_aa

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/nucleotide sequences/MaeolicusNankai_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  N  K  Y  L  L  T  T  A  L  A  Y  T  N  G  P  L  H  L  G  H  A  R 
 -  -  -  -  -  L  L  T  T  .  L  A  Y  T  N  G  P  L  H  L  G  H  A  R 
---------------TCCTACTGGAAG---TTTTTCAGGCGATAATAAAGCCACTTCCTCATCACCAGCAGC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  T  Y  I  P  A  D  I  I  K  R  Y  L  K  L  K  G  N  D  V  I  H  V  G 
 .  T  Y  I  P  A  D  I  I  K  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  V  G 
---TACCATTCCTTGGGATTCAACGCCACATAATTT------------------------TACAATTTTTTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  T  D  N  H  G  V  P  I  T  L  T  A  E  K  E  G  V  K  P  E  D  I  V 
 G  T  D  N  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACCAATTAATTCTTCTGG------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  K  Y  H  N  E  I  K  R  D  L  D  N  L  S  V  E  F  D  S  Y  G  K  T 
 N  K  Y  H  N  E  I  K  R  D  L  D  N  L  .  .  .  .  D  S  Y  G  K  T 
TACAATTAATTTTAAAAGTTTTTTGGACTTAGGAACTTCCTC------------TTGAGCAACTTTTAATTC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  S  D  T  H  I  Q  N  A  Q  E  F  Y  K  K  L  K  E  N  G  Y  I  Y  E 
 H  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AATTTT------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  E  I  E  Q  F  Y  C  P  D  C  D  K  F  L  A  D  R  Y  V  E  G  S  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  F  C  E  G  E  A  R  G  D  H  C  E  V  C  G  R  H  L  E  P  T  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  N  P  Y  C  V  I  C  N  A  T  P  Q  L  K  K  T  T  H  Y  F  F  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  A  L  S  D  N  L  D  N  Y  V  K  N  S  N  M  P  D  H  I  K  N  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  S  W  I  R  E  L  H  D  W  D  I  S  R  G  I  K  W  G  V  P  I  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  E  N  Q  V  M  Y  V  W  L  E  A  P  I  G  Y  I  S  F  T  K  M  M  G 
 -  -  -  -  -  -  Y  V  W  L  E  A  P  I  G  Y  I  -  -  -  -  -  -  - 
------------------TTCCGAGCATTTATCAAGTAAAGCCAAATCTTC---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  I  W  K  E  Y  W  L  K  N  N  D  N  N  T  E  N  Q  N  T  K  I  W  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  W  H 
------------------------------------------------------------------TGCAAT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  I  G  K  D  I  T  V  H  H  A  V  F  W  P  G  M  L  L  G  H  G  E  Y 
 F  I  G  K  D  I  T  V  H  .  A  V  F  W  P  G  M  L  L  G  .  .  .  Y 
GATTGCAATGAGCTCCGTATTTATCCT---TTGGAATTCATCAAATGAAAAATCACAATC---------TGG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  L  P  N  S  I  F  S  G  G  Y  L  T  L  E  G  K  K  M  S  T  S  K  K 
 -  -  P  .  S  I  F  S  G  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  T  S  -  - 
------TGC---TAAAAAGTATCTCAA------------------------AAAATCATCGACCCA------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 W  V  V  W  V  D  D  F  I  K  Y  F  D  S  D  Y  L  R  Y  F  L  M  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  P  L  N  R  D  C  D  F  S  F  D  E  F  Q  K  R  I  N  T  E  L  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  I  A  N  F  T  H  R  A  L  V  F  S  H  R  K  F  G  A  L  P  V  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  P  E  E  E  L  N  K  E  D  L  A  L  L  D  K  C  S  E  T  I  E  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 N  K  N  M  M  D  C  N  L  K  D  A  L  V  D  I  I  H  L  A  K  E  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  Y  F  Q  K  M  E  P  W  T  V  D  D  E  N  R  L  K  Q  I  M  F  V  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  V  I  T  K  H  I  A  Y  L  L  Y  P  F  M  P  N  K  T  N  E  L  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  M  N  E  E  M  D  L  E  I  R  G  N  E  L  K  K  P  I  V  V  F  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  E  N  D  T  I  K  M  V  K  E  K  L  L  K  S  E  N  S  K  N  T  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 K  K  K  N  T  K  K  N  K  N  G  E  K  M  E  L  I  G  I  D  D  F  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 I  E  L  K  V  A  Q  I  L  E  A  E  E  V  P  K  S  K  K  L  L  K  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 V  D  I  G  D  E  K  R  Q  V  V  A  G  I  K  G  H  Y  T  P  E  E  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 G  K  K  I  V  L  V  C  N  L  K  P  A  K  L  C  G  V  E  S  Q  G  M  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 L  A  A  G  D  E  E  V  A  L  L  S  P  E  K  D  L  P  V  G  S  T  I  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

met_arch_M_hungatei

Class I

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_met_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  S  R  P  L  L  V  T  C  G  L  P  Y  T  N  G  P  C  H  L  G  H  L 
 -  -  -  -  -  -  L  V  T  C  .  L  P  Y  T  N  G  P  C  H  L  G  H  L 
------------------CTTGTTACCTGT---CTTCCCTATACCAACGGCCCCTGCCATCTCGGCCATCTC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  T  Y  V  P  A  D  F  Y  V  R  F  M  R  R  K  G  E  E  V  V  F  I  C 
 R  T  Y  V  P  A  D  F  Y  V  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  I  C 
CGGACATATGTACCTGCGGATTTTTACGTGCGGTTC------------------------GTCTTTATCTGC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  S  D  N  H  G  T  P  I  V  V  S  A  E  K  E  G  T  T  P  R  Q  I  S 
 G  S  D  N  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCTCGGATAATCATGGA------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  R  Y  H  T  H  F  S  D  T  F  T  K  M  Q  V  H  F  D  H  F  G  M  T 
 E  R  Y  H  T  H  F  S  D  T  F  T  K  M  .  .  .  .  D  H  F  G  M  T 
GAACGGTATCATACCCATTTCTCTGACACCTTCACCAAGATG------------GATCACTTCGGGATGACC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  D  P  T  T  H  A  R  T  K  H  L  V  S  R  L  I  D  R  G  Y  V  Y  P 
 D  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATGAT------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  V  I  Q  Q  A  Y  C  I  H  C  Q  K  F  L  P  D  R  Y  L  E  G  I  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  H  C  K  K  P  A  R  G  D  E  C  D  Q  G  C  G  K  H  L  E  P  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  L  E  P  T  C  K  I  C  G  N  R  A  E  Y  R  E  Q  E  H  F  F  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  S  G  F  Q  D  W  L  R  E  Y  L  G  E  L  K  G  T  D  N  A  I  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  L  G  W  V  N  E  D  L  H  D  W  C  I  T  R  T  L  E  W  G  V  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  G  H  D  D  L  V  V  Y  V  W  V  D  A  P  I  G  Y  I  G  F  T  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  V  D  A  P  I  G  Y  I  -  -  -  -  - 
------------------------TATGTATGGGTTGATGCCCCCATTGGATATATC---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  A  E  K  T  G  R  D  W  K  T  Y  W  C  G  E  N  T  R  V  T  H  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  H  F  I 
------------------------------------------------------------ACCCATTTTATC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  Q  D  I  T  Y  H  H  C  V  F  W  P  A  M  L  H  G  A  G  Y  G  T  P 
 G  Q  D  I  T  Y  H  .  C  V  F  W  P  A  M  L  H  G  .  .  Y  -  -  P 
GGACAGGACATTACCTATCAC---TGTGTCTTCTGGCCGGCCATGCTCCATGGT------TAT------CCC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  A  V  V  A  S  G  M  L  K  I  D  D  H  K  F  S  K  S  R  G  Y  V  V 
 .  A  V  V  A  S  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  S  K  S  -  -  -  -  - 
---GCAGTAGTTGCCTCA------------------------AAGTTCTCTAAGTCA---------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 W  T  N  E  D  Y  L  D  Q  G  L  P  A  D  Y  L  R  Y  Y  L  L  S  Y  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  H  T  K  E  M  N  F  S  W  Q  L  F  Q  E  R  I  N  N  E  V  V  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  G  N  F  I  Y  R  S  L  H  L  S  Q  K  Q  F  G  G  V  P  E  G  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  Q  E  I  F  D  R  I  T  E  A  I  G  Q  V  T  G  L  V  E  A  Y  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  G  A  V  D  A  I  L  A  L  S  A  W  G  N  T  Y  I  Q  S  K  E  P  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  L  A  K  T  D  Q  A  A  M  A  Q  V  M  R  N  C  L  Q  L  A  K  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 T  L  L  I  E  P  V  M  P  E  R  A  G  L  I  W  S  Q  L  G  Q  D  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  A  N  N  G  F  S  A  G  L  E  P  L  S  P  G  P  L  P  A  P  S  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 F  S  K  I  D  D  K  M  T  Q  E  L  D  K  R  L  R  D  R  I  D  A  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 A  E  K  K  P  K  T  P  E  I  S  I  E  E  F  A  K  V  E  M  K  T  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 I  L  S  A  E  Q  V  P  K  S  T  K  L  L  K  L  Q  V  S  I  G  D  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 R  Q  I  V  S  G  I  A  Q  F  H  N  P  E  E  L  V  G  K  D  V  V  V  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 T  N  L  K  P  A  K  I  F  G  I  E  S  N  G  M  I  L  A  A  G  D  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664
 S  L  L  R  P  E  T  P  V  P  S  G  T  K  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

met_arch_M_jannaschii

Class I

Archaea/Methanococcus jannaschii/amino acid sequences/Mjannaschii_met_aa

Archaea/Methanococcus jannaschii/nucleotide sequences/Mjannaschii_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  Y  L  I  T  T  A  L  A  Y  T  N  G  P  L  H  L  G  H  A  R  S  T 
 -  -  -  L  I  T  T  .  L  A  Y  T  N  G  P  L  H  L  G  H  A  R  .  T 
---------CTAATAACAACT---TTAGCTTATACAAACGGCCCTCTACATTTAGGGCATGCAAGA---ACT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  I  P  A  D  I  I  Y  K  Y  L  K  L  R  G  E  D  V  I  H  V  G  G  T 
 Y  I  P  A  D  I  I  Y  K  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  V  G  G  T 
TACATCCCAGCAGATATTATATATAAATAC------------------------ATCCACGTTGGAGGAACT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  N  H  G  V  P  I  T  L  T  A  E  K  E  G  K  S  P  E  E  I  V  E  K 
 D  N  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  K 
GATAACCACGGA------------------------------------------------------GAAAAA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  H  N  E  I  K  E  D  L  D  L  L  G  V  E  F  D  A  F  G  K  T  H  S 
 Y  H  N  E  I  K  E  D  L  D  L  L  .  .  .  .  D  A  F  G  K  T  H  S 
TACCATAATGAGATTAAAGAAGATTTAGATTTGTTA------------GATGCATTTGGCAAAACTCACAGC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  I  H  I  E  T  A  Q  E  F  Y  L  K  L  K  E  N  G  Y  I  Y  E  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  E  Q  F  Y  C  P  N  C  K  K  F  L  P  D  R  Y  V  E  G  I  C  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 C  G  G  E  A  R  G  D  H  C  E  V  C  G  R  H  L  E  P  F  E  L  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  Y  C  V  I  C  K  G  K  P  E  I  R  K  T  K  H  H  F  F  K  L  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  K  K  E  L  E  E  Y  I  K  N  A  K  E  M  P  E  H  V  K  N  M  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  W  I  K  E  L  H  D  W  D  I  S  R  D  I  S  W  G  V  P  I  P  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  Q  V  M  Y  V  W  L  E  A  P  I  G  Y  I  S  F  T  K  M  L  G  E  I 
 -  -  -  -  Y  V  W  L  E  A  P  I  G  Y  I  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TATGTTTGGTTAGAAGCCCCTATTGGCTATATC---------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  K  K  Y  W  L  E  K  D  T  K  I  Y  H  F  I  G  K  D  I  T  V  H  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  H  F  I  G  K  D  I  T  V  H  . 
------------------------------------TATCACTTCATTGGAAAGGATATAACTGTTCAT---

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  V  F  W  P  G  M  L  I  A  H  G  S  F  N  L  P  T  A  V  V  S  G  G 
 A  V  F  W  P  G  M  L  I  A  .  .  .  .  .  L  P  .  A  V  V  S  G  - 
GCCGTTTTCTGGCCAGGAATGTTGATTGCT---------------TTACCA---GCAGTAGTTAGTGGA---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  L  T  L  E  G  R  K  M  S  T  S  K  R  W  V  V  W  V  K  D  F  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  T  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------AAGATGAGCACAAGT------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  F  D  A  D  Y  L  R  Y  Y  L  I  M  S  A  P  L  F  K  D  C  D  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  D  D  F  K  N  K  I  N  N  E  L  I  N  I  I  G  N  F  T  H  R  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  F  T  H  R  K  F  K  K  V  P  I  V  D  E  D  R  L  K  E  E  D  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  L  K  K  C  E  E  T  L  E  A  V  D  K  N  I  R  S  F  K  F  R  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  V  N  I  L  H  L  A  I  E  G  N  S  Y  F  Q  K  M  E  P  W  A  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  E  E  R  L  K  E  I  L  Y  T  C  C  K  T  V  K  T  L  V  Y  L  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  Y  M  P  K  K  S  L  A  L  L  E  L  M  N  E  E  L  D  L  E  L  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 N  E  L  K  K  P  K  I  I  F  K  K  I  D  N  K  K  I  E  E  M  K  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  Y  E  N  K  K  E  E  T  K  G  G  E  K  M  E  Q  I  D  I  S  Y  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 K  I  D  L  R  V  G  E  V  V  E  A  E  D  I  P  K  S  K  K  L  L  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 M  V  D  L  G  D  E  K  R  Q  I  V  S  G  I  K  G  Y  Y  K  P  E  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 V  G  K  K  V  I  V  I  C  N  L  K  P  A  K  L  C  G  V  L  S  E  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 I  L  A  A  E  D  D  E  G  N  V  S  L  L  T  V  D  K  D  I  K  A  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651
 K  V  R 
 -  -  - 
---------

met_arch_M_kandleri

Class I

Archaea/Methanopyrus kandleri/amino acid sequences/Mkandleri_met_aa

Archaea/Methanopyrus kandleri/nucleotide sequences/Mkandleri_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  K  V  L  V  T  T  A  L  A  Y  T  N  G  P  L  H  I  G  H  V  R  S 
 -  -  -  -  L  V  T  T  .  L  A  Y  T  N  G  P  L  H  I  G  H  V  R  . 
------------CTCTCCGGGCTC---TTCCCTCTTACTCTCGTCGATAGTCAACAATGCGGGTTCGTC---

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  Y  L  P  A  D  V  Y  T  R  F  L  K  M  R  G  I  D  A  I  H  I  G  G 
 T  Y  L  P  A  D  V  Y  T  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  I  G  G 
AACGGCCAGGATCATCGCTTCCGACCGTACGCC------------------------GGCTAGTACAACCAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  D  N  H  G  V  P  I  A  L  Q  A  E  L  E  G  K  D  P  E  E  I  V  E 
 T  D  N  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E 
CTTACGTCCGACGAG------------------------------------------------------TCC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  Y  H  E  M  I  K  E  D  L  E  R  L  N  I  H  F  D  E  F  S  C  T  C 
 K  Y  H  E  M  I  K  E  D  L  E  R  L  .  .  .  .  D  E  F  S  .  .  . 
GATATCGATCCGGAGCTTGATGAGTCGATCAGAGCCCTC------------TTCTTTGATCTT---------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  E  F  N  P  D  H  V  D  M  T  Q  W  F  F  K  R  L  Y  E  A  G  Y  I 
 R  E  F  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGGTCTAATCG------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  E  R  E  V  E  Q  L  Y  C  P  E  C  E  R  P  L  P  D  R  Y  V  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  C  P  Y  C  G  A  E  G  A  R  G  D  H  C  E  A  C  G  R  Y  L  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  Q  L  E  E  P  R  C  V  I  C  G  S  K  P  E  V  R  R  T  M  H  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  K  L  S  E  F  E  E  D  L  K  K  W  L  E  S  N  D  N  L  P  K  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  N  Y  A  I  Q  W  V  R  E  G  L  K  D  W  D  I  V  R  D  L  D  W  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  P  V  P  L  E  G  Y  E  D  K  V  F  Y  V  W  F  D  A  P  I  G  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  P  I  G  Y  V 
---------------------------------------TATCTCCTGGTCAGTCTCGGCTTCGGGAACGTT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  F  T  K  Q  Y  C  D  R  V  G  Q  D  W  K  D  Y  W  F  S  E  D  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  V  H  F  I  G  K  D  I  I  V  H  H  A  L  F  W  P  A  M  L  M  G  V 
 -  V  H  F  I  G  K  D  I  I  V  H  .  A  L  F  W  P  A  M  L  M  G  . 
---CACACGGTCCCGGAAGTCTCCCCACGAGAAATC---ATCCCTGGTGAGCGGGCTCACCACTATGAG---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  A  T  L  P  Y  T  I  V  A  G  E  Y  L  T  L  E  G  E  K  M  S  T  S 
 .  .  .  L  P  .  T  I  V  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  T  S 
---------CAGATC---AGGGAACAGCTTGGT------------------------ACCACGACTTGTACT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  G  W  V  V  W  V  K  D  F  T  K  L  F  P  A  D  L  L  R  Y  Y  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  V  S  P  L  T  R  D  A  D  F  S  W  G  D  F  R  D  R  V  N  N  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  A  N  L  G  N  F  V  Y  R  T  L  S  F  I  Y  R  F  L  D  G  N  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  A  E  T  D  Q  E  I  V  D  K  I  K  E  T  H  Q  R  V  T  E  H  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  F  R  F  R  E  A  L  T  E  V  L  R  L  S  K  F  G  N  E  Y  F  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 H  E  P  W  K  L  K  D  E  D  P  E  R  C  A  E  V  L  R  G  C  A  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  K  A  L  A  V  M  L  A  P  F  L  P  D  S  A  E  K  I  W  Q  S  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Y  E  D  S  V  H  D  V  D  W  E  E  A  L  E  D  V  E  T  K  E  I  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  E  P  I  F  P  K  V  T  E  E  D  L  E  K  A  K  A  L  L  P  E  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 G  E  S  E  G  Q  D  D  E  Y  V  S  L  E  E  F  N  R  L  D  L  R  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 K  I  K  E  A  E  R  V  E  G  S  D  R  L  I  K  L  R  I  D  I  G  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 T  V  T  A  V  A  G  L  Y  P  T  Y  E  P  E  E  L  V  G  R  K  V  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 L  A  N  I  Q  P  K  E  M  F  G  V  R  S  E  A  M  I  L  A  V  G  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668
 P  A  L  L  T  I  D  E  S  K  R  E  V  E  P  G  E  R  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

met_arch_M_thermautotrophicus

Class I

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/amino acid sequences/Mthermautotrophicus_met_aa

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/nucleotide sequences/Mthermautotrophicus_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  K  V  F  I  T  C  A  L  P  Y  A  N  G  P  T  H  L  G  H  L  R  S 
 -  -  -  -  F  I  T  C  .  L  P  Y  A  N  G  P  T  H  L  G  H  L  R  . 
------------TTTATCACCTGC---CTTCCATATGCCAACGGCCCCACGCATCTCGGTCATCTGAGG---

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  Y  I  P  A  D  I  Y  A  R  Y  R  R  L  R  G  D  D  V  L  F  V  C  A 
 T  Y  I  P  A  D  I  Y  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  F  V  C  A 
ACCTACATACCTGCAGACATATATGCGAGGTAC------------------------CTCTTCGTCTGTGCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  D  E  H  G  T  P  I  A  V  K  A  E  A  E  G  R  T  P  L  E  V  A  T 
 T  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T 
ACCGATGAACACGGA------------------------------------------------------ACC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  Y  H  E  M  I  R  G  D  L  E  R  C  D  I  S  F  D  S  F  T  R  T  T 
 R  Y  H  E  M  I  R  G  D  L  E  R  C  D  -  -  -  -  S  F  T  R  T  T 
CGCTACCATGAAATGATAAGGGGGGACCTTGAGAGGTGTGAC------------AGTTTCACCAGGACCACA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  E  L  H  H  E  I  A  Q  K  F  F  L  K  L  Y  E  K  G  F  I  Y  E  K 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAT---------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  I  K  Q  L  Y  C  G  D  C  Q  R  F  L  P  D  R  Y  V  E  G  T  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  C  G  S  E  G  A  R  G  D  H  C  E  G  C  G  R  H  L  E  P  L  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  D  P  R  C  M  V  C  G  S  E  P  E  V  R  D  S  R  H  Y  F  F  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  Q  F  Q  D  E  I  R  E  W  I  E  G  S  E  M  P  S  N  V  R  N  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  Q  W  L  R  E  G  L  K  D  W  I  L  T  R  D  M  E  W  G  V  Q  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  E  G  N  E  G  K  I  I  Y  V  W  G  E  A  F  L  G  Y  I  S  S  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  G  E  A  F  L  G  Y  I  -  -  -  - 
---------------------------TACGTGTGGGGTGAGGCCTTCCTTGGCTACATC------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  W  S  K  K  T  G  R  D  W  R  E  Y  W  D  S  G  A  I  H  F  I  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  F  I  G  K 
------------------------------------------------------ATCCACTTCATCGGAAAG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  I  I  Y  H  H  A  I  F  W  P  A  L  L  M  A  Y  G  C  R  T  P  A  N 
 D  I  I  Y  H  .  A  I  F  W  P  A  L  L  M  A  Y  -  -  -  -  P  .  N 
GACATAATATACCAC---GCCATATTCTGGCCAGCCCTCCTGATGGCGTAT------------CCC---AAC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  I  A  G  E  Y  L  S  L  E  G  Q  K  M  S  T  S  K  N  W  V  V  W  T 
 I  I  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  T  S  -  -  -  -  -  -  - 
ATAATAGCCGGG------------------------AAGATGTCCACCAGT---------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  D  F  L  E  R  F  D  R  D  L  L  R  Y  Y  L  T  V  N  A  P  L  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  T  D  F  S  W  D  D  F  Q  R  R  V  N  D  E  L  A  D  V  L  G  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  H  R  T  F  S  F  T  G  R  F  F  D  G  R  V  P  A  A  G  E  L  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  D  L  E  F  L  E  S  I  R  A  A  H  D  T  V  A  E  L  L  D  K  F  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  R  D  A  L  M  H  I  I  K  L  A  K  R  G  N  K  Y  F  N  D  Q  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 W  K  A  V  K  E  S  P  A  R  A  S  T  C  L  H  L  C  N  L  L  A  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  G  K  L  L  R  P  F  M  P  S  A  A  G  R  I  L  S  I  M  N  L  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  A  W  G  F  H  E  L  R  E  G  Q  V  I  E  R  A  K  P  L  F  S  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 T  D  E  A  I  E  E  E  K  A  K  L  I  E  E  D  D  E  V  E  T  V  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  D  F  T  T  M  D  I  R  V  G  V  I  R  S  A  E  R  I  E  G  S  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  L  K  L  I  I  D  V  G  E  R  E  M  Q  V  V  A  G  L  A  E  K  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 P  E  D  L  V  E  R  K  I  T  V  L  V  N  L  K  P  A  K  L  F  G  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 S  E  G  M  V  L  A  T  G  E  S  L  N  I  L  D  P  G  D  A  E  V  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651
 R  I  R 
 -  -  - 
---------

met_arch_N_equitans

Class I

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_met_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  I  L  V  T  A  A  L  P  Y  S  N  G  P  I  H  L  G  H  I  A  G  A 
 -  -  -  L  V  T  A  .  L  P  Y  S  N  G  P  I  H  L  G  H  I  A  .  A 
---------CTAGTTACTGCG---TTGCCATATTCGAATGGGCCAATCCATTTGGGCCATATCGCT---GCT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  L  P  A  D  I  F  Y  R  F  V  K  L  K  G  Y  N  A  L  Y  I  C  G  S 
 Y  L  P  A  D  I  F  Y  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  I  C  G  S 
TATCTGCCAGCAGATATATTTTATAGATTC------------------------TTGTACATATGTGGGTCT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  Q  Y  G  S  P  I  E  L  N  A  I  K  L  N  I  D  P  K  D  Y  A  S  F 
 D  Q  Y  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  F 
GACCAATATGGA------------------------------------------------------TCATTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  R  K  I  Q  E  E  I  F  K  K  F  N  I  K  F  D  I  Y  S  G  T  A  E 
 Y  R  K  I  Q  E  E  I  F  K  K  F  .  .  .  .  D  I  Y  S  G  T  .  E 
TATAGAAAAATACAAGAAGAGATTTTCAAAAAATTT------------GATATATATTCAGGAACG---GAA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  N  I  H  P  I  I  V  K  E  F  F  L  S  L  F  S  A  G  L  L  I  E  K 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCC---------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  Q  E  L  P  Y  D  P  K  I  K  R  F  L  P  D  R  F  V  V  G  Q  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  C  G  Y  E  K  A  Y  G  D  Q  C  E  K  C  G  R  L  L  E  P  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  N  P  K  S  A  I  T  G  E  K  V  I  F  K  K  T  R  H  L  F  F  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  K  L  K  D  K  L  K  Q  Y  I  E  S  K  K  D  V  W  N  D  F  T  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 W  S  L  A  L  L  D  N  F  K  E  R  A  I  T  R  D  N  K  W  G  V  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  A  K  E  M  L  E  I  L  K  K  A  L  K  E  G  K  T  P  K  D  F  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  I  D  S  T  N  E  K  D  L  E  N  H  I  K  E  Y  E  N  K  V  L  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V 
------------------------------------------------------------------TATGTA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 W  F  D  A  P  I  G  Y  I  S  F  T  F  E  T  S  P  E  Y  R  Y  Y  W  D 
 W  F  D  A  P  I  G  Y  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGGTTTGATGCGCCCATAGGGTATATA---------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  K  E  K  P  Y  I  V  H  F  I  G  K  D  N  I  P  F  H  T  I  F  W  P 
 -  -  -  -  -  -  -  V  H  F  I  G  K  D  N  I  P  F  .  T  I  F  W  P 
---------------------GTGCATTTTATTGGGAAAGACAATATTCCTTTC---ACAATATTTTGGCCT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  L  I  I  G  R  N  L  G  Y  K  N  I  N  H  I  L  D  F  D  I  A  L  P 
 A  L  I  I  G  .  .  .  .  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P 
GCATTAATAATTGGG------------TAT---------------------------------------CCT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  Q  V  F  G  N  P  Y  L  N  Y  Y  G  K  K  F  S  K  S  K  R  W  G  V 
 .  Q  V  F  G  N  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  S  K  S  -  -  -  -  - 
---CAAGTATTTGGTAAT------------------------AAATTCTCAAAAAGC---------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  L  D  N  I  D  K  I  D  I  D  I  D  Y  F  R  F  Y  L  A  Y  I  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  S  K  D  M  S  F  E  W  D  Q  F  K  E  V  I  N  K  E  L  V  D  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  N  F  I  H  R  V  L  T  F  I  Y  N  R  F  N  G  I  P  P  K  I  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  D  D  K  D  K  E  L  L  D  K  I  K  Q  L  P  E  K  V  F  N  F  I  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  G  E  I  G  N  A  L  R  E  I  V  N  T  S  N  L  A  N  K  Y  F  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  E  P  W  K  T  N  D  P  N  T  I  A  I  A  F  E  A  V  K  T  F  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  L  Y  P  F  I  P  E  K  A  K  L  L  A  S  I  A  N  I  D  I  K  W  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 F  N  Q  K  V  E  K  I  N  K  P  F  I  V  F  H  K  L  S  D  N  Q  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 M  A  K  Q  I  L  T  N  P  K  E  Y  D  L  G  K  K  K  V  I  G  V  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Y  E  D  E  L  Y  K  I  E  L  E  C  D  D  N  P  W  V  C  L  K  R  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  K  R  K  I  K  Y  I  Y  D  T  V  K  G  D  V  P  P  H  I  I  D  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 T  Y  I  Y  L  L  P  A  L  E  K  P  N  L  E  K  A  E  E  E  Y  G  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 S  Y  L  D  F  A  K  L  D  M  R  V  G  K  I  I  D  V  Q  D  H  P  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 D  K  L  Y  I  I  K  V  S  L  G  N  K  Q  K  T  L  V  G  G  L  K  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 Y  K  K  E  E  L  I  G  K  Y  V  V  L  I  N  N  L  K  P  K  Q  L  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 I  T  S  E  G  M  L  L  A  A  D  D  G  K  E  V  A  L  L  M  P  D  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776
 I  S  L  G  S  K  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

met_arch_A_fulgidus

Class I

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/amino acid sequences/met_Arc_A_fulgidus

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/nucleotide sequences/Afulgidus_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  L  V  T  C  G  L  P  Y  A  N  G  K  A  H  V  G  H  L  R  T  Y  V 
 -  -  L  V  T  C  .  L  P  Y  A  N  G  K  A  H  V  G  H  L  R  T  Y  V 
------CTCGTCACCTGC---TTACCTTACGCTAACGGCAAGGCTCATGTCGGGCACCTCAGGACGTACGTT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  A  D  V  Y  V  R  Y  L  R  M  A  G  E  E  V  V  F  V  C  G  S  D  C 
 P  A  D  V  Y  V  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  V  C  G  S  D  C 
CCCGCTGACGTTTACGTCCGATAT------------------------GTTTTCGTTTGCGGGAGCGACTGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  G  T  P  I  V  V  N  A  E  Q  Q  G  L  S  P  K  E  L  V  D  I  Y  H 
 H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  I  Y  H 
CACGGC------------------------------------------------------GATATATATCAC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  H  F  I  K  I  F  D  A  L  N  I  K  F  D  F  Y  G  R  T  D  S  D  Y 
 E  H  F  I  K  I  F  D  A  L  .  .  .  .  D  F  Y  G  R  T  D  S  -  - 
GAGCACTTCATCAAGATTTTTGACGCTTTG------------GACTTCTACGGCAGAACGGACAGC------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  H  H  R  T  T  E  I  V  K  R  L  I  E  K  G  Y  V  Y  P  K  E  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  A  Y  C  P  K  C  Q  R  F  L  P  D  R  Y  V  E  G  I  C  P  Y  C  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  L  A  R  G  D  E  C  D  Q  G  C  G  R  H  L  E  P  G  E  I  K  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  C  K  I  C  G  S  K  A  E  F  R  S  Q  R  H  Y  F  F  K  L  T  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  D  F  L  E  D  Y  L  S  K  L  K  G  T  E  N  A  L  N  Y  A  R  N  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  K  N  L  R  D  W  C  I  T  R  N  L  E  W  G  V  R  F  P  G  E  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  V  V  Y  V  W  V  D  A  P  I  G  Y  I  S  F  T  E  R  A  C  E  E  K 
 -  -  -  Y  V  W  V  D  A  P  I  G  Y  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TACGTCTGGGTTGATGCCCCCATAGGCTACATC------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  C  D  W  R  K  I  W  I  D  G  D  A  E  I  I  H  F  I  G  L  D  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  F  I  G  L  D  I  V 
---------------------------------------------ATCCACTTTATAGGCCTCGACATCGTT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  H  H  C  I  F  W  P  A  M  L  K  G  A  D  Y  A  L  P  S  A  V  V  A 
 Y  H  .  C  I  F  W  P  A  M  L  K  G  .  .  Y  -  -  P  .  A  V  V  A 
TACCAC---TGCATTTTCTGGCCTGCGATGCTGAAAGGA------TAC------CCT---GCGGTGGTGGCG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  G  M  V  K  V  E  G  K  T  F  S  K  S  R  G  Y  V  V  W  V  E  E  D 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGC------------------------ACCTTCTCGAAGTCG------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  L  K  S  G  L  S  P  D  Y  L  R  Y  Y  I  V  N  Y  T  S  H  Q  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  N  F  S  W  E  V  F  R  E  K  V  N  N  E  V  I  A  T  L  G  N  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  R  V  L  L  F  A  W  K  N  F  G  E  V  R  M  E  G  V  D  E  E  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  K  I  R  E  T  E  Q  K  I  L  S  A  L  E  E  W  E  F  K  A  A  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  F  M  E  L  A  T  Y  G  N  V  Y  F  Q  N  A  K  P  W  E  L  I  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  K  E  A  A  R  R  A  V  A  S  C  L  Q  L  A  K  A  L  I  I  F  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  V  M  P  E  S  M  E  R  M  A  K  A  I  G  L  D  L  E  N  V  R  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  A  Y  K  V  D  E  V  M  K  L  S  K  P  E  V  P  F  A  K  V  E  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  I  E  K  L  Q  K  V  M  E  K  R  F  R  G  E  E  G  E  K  M  E  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  E  I  S  I  E  D  F  Q  K  L  D  I  R  I  G  R  V  L  K  A  E  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 K  K  S  K  K  L  I  K  L  I  I  D  I  G  D  E  Q  R  Q  I  V  S  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 A  E  D  Y  T  P  E  E  L  E  G  K  L  V  V  V  L  A  N  L  K  P  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 F  M  G  V  E  S  R  G  M  I  L  A  A  E  K  D  G  K  A  I  L  L  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659
 E  K  E  V  E  P  G  T  R  V  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

met_arch_P_delaneyi

Class I

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_met_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  R  W  V  V  T  S  A  W  P  Y  V  N  N  V  P  H  L  G  N  L  I  G 
 -  -  -  -  V  V  T  S  .  W  P  Y  V  N  N  V  P  H  L  G  N  L  I  . 
------------TAGTGGAGGCCT---CTCCATGACGCGTTTTCTGGCTTCTGCTAGTAGTTCTTTAAC---

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  I  L  S  A  D  V  F  A  R  Y  L  R  L  R  G  E  D  V  V  F  V  S  G 
 S  I  L  S  A  D  V  F  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  V  S  G 
CTCGGGGAAGTCGCTGGGCAGCTTGCGGAAGAG------------------------GCCCGGCTTGAGCAG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  D  E  H  G  T  P  I  E  I  E  A  I  R  R  G  V  E  P  K  Q  L  T  D 
 S  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D 
TGGCTTAGATGCTTC------------------------------------------------------CCT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  A  H  E  Y  V  S  K  L  F  Q  E  Y  R  I  S  F  D  N  Y  T  R  T  E 
 Q  A  H  E  Y  V  S  K  L  F  Q  E  Y  .  .  .  .  D  N  Y  T  R  T  E 
TTCGGCGGCGTCTGGTGTGAAGGGTGCTAGAAGTACTGC------------GGCGTTGGCGGCCACATACAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  P  V  H  K  N  F  V  Q  E  F  M  M  K  L  Y  Q  N  G  Y  I  F  E  Q 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGT---------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  D  V  L  P  Y  C  P  R  D  R  M  F  L  P  D  R  F  V  V  G  T  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  C  G  F  E  K  A  Y  G  D  Q  C  D  N  C  G  R  L  L  H  P  T  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  N  P  R  C  A  I  C  G  G  P  V  E  F  R  K  S  R  H  W  F  F  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  K  L  Q  E  R  L  L  R  W  L  Q  E  S  R  L  P  P  N  V  K  N  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  N  W  V  K  E  G  L  K  P  R  S  V  T  R  D  N  K  W  G  I  P  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  P  G  A  E  G  K  T  I  Y  V  W  F  D  A  L  L  G  Y  V  S  A  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  L  L  G  Y  V  -  -  -  - 
---------------------------CTCTGTCGAGGATATGTACCATGGCAGTGTATA------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  Y  G  I  K  K  K  S  D  D  E  L  W  K  R  Y  W  F  D  K  E  T  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  Y  F  I  G  K  D  N  I  P  F  H  A  I  I  L  P  A  M  F  M  A  S  G 
 V  Y  F  I  G  K  D  N  I  P  F  .  A  I  I  L  P  A  M  F  M  A  .  . 
AGTCTCCTTATCAAACCAATAACGCTTCCAAAG---ATCGTCACTCTTTTTCTTTATACCATATTC------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  P  Y  T  L  P  W  Y  I  S  S  T  E  Y  L  M  Y  E  G  E  Q  F  S  K 
 .  .  Y  -  -  P  .  Y  I  S  S  T  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  F  S  K 
------TAC------TAG---CGCATCAAACCAGAC------------------------CGGGAAGGGTGC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  R  R  W  G  I  W  M  D  E  A  L  E  L  L  P  A  D  Y  W  R  F  T  L 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGG---------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  K  M  R  P  E  T  K  D  T  N  F  T  W  S  E  F  T  R  I  V  N  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 M  N  D  D  I  G  N  F  V  H  R  V  L  K  F  I  K  S  R  F  G  N  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  E  P  S  N  M  K  E  L  D  K  E  Y  L  D  Y  I  L  L  A  P  N  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  S  Y  I  E  S  F  R  L  K  Q  A  L  E  E  V  V  E  L  A  R  R  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Q  Y  L  N  A  K  A  P  W  E  K  I  K  T  D  P  P  D  A  A  T  T  M  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  A  A  N  A  V  A  T  L  A  V  L  L  A  P  F  T  P  D  A  A  E  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 W  R  M  L  N  M  E  G  S  V  H  R  S  G  R  W  L  E  A  S  K  P  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  P  G  H  V  L  G  E  P  E  P  L  F  R  K  L  P  S  D  F  P  E  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573
 K  E  L  L  A  E  A  R  K  R  V  M  E  K  R  P  P  L  L  R  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

met_arch_P_horikoshii

Class I

Archaea/Pyrococcus horikoshii/amino acid sequences/Phorikoshii_met_aa

Archaea/Pyrococcus horikoshii/nucleotide sequences/Phorikoshii_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  R  Y  M  V  T  S  A  L  P  Y  A  N  G  P  I  H  A  G  H  L  A  G 
 -  -  -  -  M  V  T  S  .  L  P  Y  A  N  G  P  I  H  A  G  H  L  A  . 
------------TGCTCCCAACTT---CTCTTTGTCGGGCATCAGTAAAGCAACGTTCTCGCCATCGTC---

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  Y  L  P  A  D  I  F  V  R  Y  L  R  L  K  G  E  D  V  V  F  I  C  G 
 A  Y  L  P  A  D  I  F  V  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  I  C  G 
GGCCAGGAGCATTCCCTGGCTTTCAACCCCTCT------------------------AACAATAATGACGTA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  D  E  H  G  T  P  I  S  F  R  A  L  K  E  G  R  S  P  R  E  I  V  D 
 T  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D 
CTTGTTGAGCAATTC------------------------------------------------------CAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  F  H  E  H  I  K  I  T  F  Q  R  A  K  I  S  F  D  F  F  G  R  T  E 
 E  F  H  E  H  I  K  I  T  F  Q  R  A  .  .  .  .  D  F  F  G  R  T  E 
GTCAACTTTAACTATATATAGCTTGTCTGCATTTGGATG------------GATTATCTTCCCTACCCTAAG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  P  I  H  Y  K  L  S  Q  Q  F  F  L  K  A  Y  E  N  G  H  L  V  K  K 
 L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTC---------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  T  K  Q  A  Y  C  E  H  D  K  M  F  L  P  D  R  F  V  I  G  T  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  C  G  A  E  N  Q  R  G  D  Q  C  E  V  C  G  R  P  L  T  P  E  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  N  P  R  C  A  L  C  G  R  P  I  S  F  R  E  S  A  H  Y  Y  I  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  D  F  A  E  K  L  K  R  W  I  E  N  Q  P  W  K  P  N  V  K  N  M  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  K  W  I  E  E  G  L  E  E  R  A  I  T  R  D  L  N  W  G  I  P  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  D  E  E  D  M  K  N  K  V  L  Y  V  W  F  E  A  P  I  G  Y  I  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  E  A  P  I  G  Y  I  -  - 
---------------------------------TTTATGGTCGAAGTACTTATTACCGAATGATGC------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  M  E  Y  F  K  R  L  G  K  P  N  E  W  K  K  Y  W  L  N  I  D  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  R  V  I  H  F  I  G  K  D  N  I  P  F  H  A  I  F  W  P  A  F  L  M 
 -  -  -  I  H  F  I  G  K  D  N  I  P  F  .  A  I  F  W  P  A  F  L  M 
---------GAGGGCTTGTCTATCTAGCTCATCGAGTTCTCC---CTCTGGGACTATCCCATCAAAGTACCT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  Y  G  K  Y  K  D  E  E  V  E  A  E  W  N  L  P  Y  D  I  P  A  N  E 
 A  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  .  D  I  P  A  N  - 
GTTCAC------------------------------------------GAG---CTCGTTTATCCTAGT---

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  L  T  L  E  G  K  K  F  S  T  S  R  N  W  A  I  W  V  H  E  F  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  K  F  S  T  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------TGAATCTCTAGTTTC------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  F  P  A  D  Y  L  R  Y  Y  L  T  T  I  M  P  E  T  R  D  S  D  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  A  E  F  K  T  R  I  N  E  E  L  V  N  N  L  G  N  F  V  H  R  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  F  V  N  R  Y  F  D  G  I  V  P  E  R  G  E  L  D  E  L  D  R  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  E  E  I  E  K  A  F  E  E  V  G  E  L  I  M  N  Y  R  F  K  D  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  R  V  M  E  L  A  S  F  G  N  K  Y  F  D  H  K  Q  P  W  K  T  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  D  R  A  R  T  G  T  T  V  N  I  S  L  Q  I  V  K  A  L  G  I  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  P  F  L  P  D  A  S  E  K  I  W  H  L  L  N  L  D  E  V  K  K  W  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 F  K  E  L  P  A  G  H  R  V  R  K  A  E  I  L  F  K  K  V  T  D  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  I  Y  F  I  L  N  Y  M  G  R  N  N  P  E  G  A  K  M  L  L  E  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 Y  K  R  E  D  V  I  K  V  A  K  E  K  F  G  E  E  S  K  I  I  L  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  Y  K  D  I  K  L  E  E  G  K  E  E  K  E  M  E  Y  V  K  F  E  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 A  K  L  D  L  R  V  G  K  I  I  E  V  K  D  H  P  N  A  D  K  L  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 V  K  V  D  L  G  K  E  V  R  T  L  V  A  G  L  K  K  Y  Y  K  P  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 L  L  N  K  Y  V  I  I  V  A  N  L  E  P  K  K  L  R  G  V  E  S  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 M  L  L  A  A  D  D  G  E  N  V  A  L  L  M  P  D  K  E  V  K  L  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723
 K  V  R 
 -  -  - 
---------

met_bact_R_marinus

Class I

Archaea/Rhodothermus marinus/amino acid sequences/Rmarinus_met_aa

Archaea/Rhodothermus marinus/nucleotide sequences/Rmarinus_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  E  T  R  F  D  R  I  L  V  T  A  A  L  P  Y  A  N  G  P  I  H  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  V  T  A  .  L  P  Y  A  N  G  P  I  H  I 
---------------------------CTGGTGACGGCG---CTGCCCTACGCGAACGGTCCCATTCACATC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  H  L  A  G  A  Y  L  P  A  D  L  Y  C  R  Y  Q  R  L  K  G  R  D  V 
 G  H  L  A  .  A  Y  L  P  A  D  L  Y  C  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCCACCTGGCC---GCCTACCTGCCGGCCGATCTGTACTGCCGCTAC------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  F  I  C  G  S  D  E  L  G  V  A  I  L  M  R  A  L  E  E  G  T  T  P 
 L  F  I  C  G  S  D  E  L  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTGTTCATCTGCGGATCGGACGAACTGGGT------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  A  I  V  D  R  Y  H  P  M  I  R  D  S  F  A  R  F  G  M  S  F  D  Y 
 -  -  -  -  D  R  Y  H  P  M  I  R  D  S  F  A  R  F  .  .  .  .  D  Y 
------------GATCGTTATCATCCGATGATCCGCGACAGCTTCGCCCGCTTC------------GACTAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  G  R  T  T  S  P  V  H  F  E  T  S  Q  D  F  F  R  W  L  D  E  K  G 
 Y  G  R  T  T  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACGGGCGCACGACCTCG------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  F  K  L  K  T  E  K  Q  L  Y  D  P  E  A  G  I  F  L  A  D  R  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  G  T  C  P  I  C  G  Y  E  D  A  Y  G  D  Q  C  E  R  C  G  S  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  P  T  D  L  I  N  P  R  S  V  L  S  N  A  T  P  E  L  R  E  T  T  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 W  Y  L  P  L  G  D  F  Q  P  K  L  E  A  W  I  A  T  H  P  E  W  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  V  L  G  Q  V  R  S  W  L  Q  Q  G  L  R  D  R  A  V  T  R  D  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 W  G  V  P  V  P  E  D  V  A  R  R  H  G  V  P  A  E  G  K  V  L  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V 
------------------------------------------------------------------TACGTC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  F  D  A  P  I  G  Y  I  S  A  T  R  E  W  A  Q  Q  Q  G  D  P  E  A 
 W  F  D  A  P  I  G  Y  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGGTTCGACGCCCCCATCGGGTACATC---------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 W  R  R  Y  W  Q  D  E  R  T  R  L  I  H  F  I  G  K  D  N  I  V  F  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  H  F  I  G  K  D  N  I  V  F  . 
------------------------------------ATTCATTTCATCGGAAAGGACAACATCGTCTTC---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 C  L  M  F  P  A  M  L  M  A  H  G  E  F  V  L  P  D  N  V  P  A  N  E 
 C  L  M  F  P  A  M  L  M  A  H  -  -  -  -  -  P  .  N  V  P  A  N  - 
TGCCTGATGTTTCCCGCCATGCTCATGGCGCAT---------------CCC---AACGTGCCGGCCAAC---

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  L  N  L  E  G  H  K  L  S  T  S  R  G  W  A  V  W  L  H  E  Y  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  K  L  S  T  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------AAGCTCTCGACCAGC------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  F  P  P  D  L  L  R  Y  A  L  A  T  M  L  P  E  T  R  D  A  D  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 W  K  E  F  Q  Q  R  V  N  A  E  L  A  D  I  L  G  N  F  V  H  R  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  F  A  Q  R  F  A  E  G  R  V  P  P  L  R  N  A  R  P  V  D  E  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  R  E  L  A  T  F  P  E  R  I  G  S  A  Y  E  Q  F  R  F  R  E  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Q  E  T  M  N  L  A  R  L  G  N  K  Y  F  N  D  T  E  P  W  H  T  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 T  D  P  Q  A  C  A  N  T  I  H  V  S  L  Q  I  C  A  S  L  S  I  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  P  V  L  P  F  A  A  A  R  L  R  E  M  L  R  L  E  G  V  R  P  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  D  G  E  G  A  L  G  W  D  D  A  A  R  P  L  L  P  E  G  H  E  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 R  P  E  I  L  F  T  K  I  E  D  E  V  I  E  R  Q  I  A  R  L  E  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  Q  Q  A  A  A  K  T  D  G  P  P  Y  A  P  L  K  P  E  I  V  Y  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 F  D  R  L  D  L  R  V  G  R  V  E  K  A  E  R  V  P  K  S  K  K  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 R  L  E  V  D  L  G  F  E  K  R  Q  I  L  A  G  V  A  E  Q  M  A  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 D  L  E  G  R  R  V  V  V  V  A  N  L  K  P  R  K  M  M  G  L  E  S  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 G  M  L  L  M  A  E  D  R  E  G  R  L  V  P  V  T  A  E  S  E  P  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699
 V  V  R 
 -  -  - 
---------

met_arch_S_marinus

Class I

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_met_aa

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  M  S  I  F  Y  I  T  T  P  I  Y  Y  P  N  A  P  P  H  I  G  H  A  Y 
 -  -  -  -  -  Y  I  T  T  .  I  Y  Y  P  N  A  P  P  H  I  G  H  A  Y 
---------------TACATAACAACA---ATATATTATCCAAACGCACCACCCCATATAGGGCATGCTTAC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  T  V  F  A  D  V  L  A  R  Y  H  R  L  I  G  D  E  V  F  F  M  T  G 
 T  T  V  F  A  D  V  L  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  F  F  M  T  G 
ACAACGGTTTTCGCCGATGTCTTGGCGAGATAT------------------------TTCTTTATGACTGGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  D  E  H  G  L  K  L  Q  R  A  A  E  K  K  G  V  H  P  K  Q  F  V  D 
 N  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D 
AATGATGAGCATGGA------------------------------------------------------GAT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  M  A  D  V  Y  K  K  Y  W  E  L  L  D  I  S  Y  D  Y  F  I  R  T  T 
 E  M  A  D  V  Y  K  K  Y  W  E  L  L  D  -  -  -  -  Y  F  I  R  T  T 
GAAATGGCTGATGTTTATAAGAAGTATTGGGAATTGCTTGAT------------TACTTTATACGTACAACG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  D  Y  H  E  K  V  V  K  T  A  I  Q  K  L  Y  D  K  G  L  V  Y  K  A 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAT---------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  Y  A  G  W  Y  C  V  D  C  E  K  F  Y  S  P  G  E  Y  I  E  I  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  P  H  C  P  I  H  K  K  P  L  E  W  L  E  E  E  T  Y  Y  F  K  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  F  E  D  F  I  I  D  V  L  K  N  K  D  I  V  Y  P  R  S  Y  A  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  L  G  K  V  E  K  E  G  L  R  D  V  S  I  A  R  P  K  E  R  V  W  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  I  E  V  P  F  D  K  N  Y  T  V  Y  V  W  F  D  A  L  L  N  Y  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  L  L  N  Y  I  - 
------------------------------------TATGTATGGTTCGACGCGCTCCTAAACTATATT---

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  I  G  Y  L  E  D  M  D  R  F  N  K  Y  W  P  N  V  H  H  V  I  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  H  V  I  G  K 
------------------------------------------------------CACCATGTTATCGGAAAA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  I  L  W  F  H  T  V  V  W  F  S  I  L  K  A  L  D  I  E  L  P  K  K 
 D  I  L  W  F  .  T  V  V  W  F  S  I  L  K  A  L  -  -  -  -  P  K  . 
GATATCTTATGGTTC---ACAGTAGTATGGTTTTCGATACTTAAAGCACTA------------CCAAAG---

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  L  V  H  A  F  L  I  N  R  G  L  K  I  G  K  S  A  G  N  V  I  A  I 
 L  L  V  H  -  -  -  -  -  -  -  -  K  I  G  K  S  -  -  -  -  -  -  - 
CTGCTGGTTCAT------------------------AAAATAGGTAAGAGT---------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  D  L  I  D  R  Y  Q  D  S  D  G  V  R  Y  I  L  M  R  V  F  N  M  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  D  V  D  V  S  T  E  L  F  D  S  I  Y  N  S  E  L  A  D  T  L  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  V  R  R  I  G  V  L  A  K  K  K  L  G  G  I  V  Y  K  R  E  V  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  L  S  T  S  I  V  E  T  L  N  K  Y  N  E  Y  M  E  A  Y  D  V  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  I  Q  V  V  M  D  L  L  R  K  A  N  A  Y  V  N  L  T  R  P  W  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 M  D  P  G  K  E  L  Y  S  L  L  E  T  I  R  A  S  T  T  M  L  Y  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  P  K  A  A  S  K  V  S  K  A  F  G  Y  R  I  G  N  P  S  E  Y  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500
 G  E  I  E  R  Y  N  I  V  D  A  P  I  L  F  R  K  I  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

met_arch_P_occultum

Class I

Archaea/Pyrodictium occultum/amino acid sequences/Poccultum_met_aa

Archaea/Pyrodictium occultum/nucleotide sequences/Poccultum_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  R  W  V  V  A  S  A  W  P  Y  V  N  N  V  P  H  L  G  N  L  I  G 
 -  -  -  -  V  V  A  S  .  W  P  Y  V  N  N  V  P  H  L  G  N  L  I  . 
------------GTAGTAGCGTCT---TGGCCCTACGTCAACAACGTGCCGCACCTAGGCAACCTTATC---

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  V  L  S  A  D  V  F  A  R  Y  L  R  L  R  G  E  D  V  V  F  V  S  G 
 S  V  L  S  A  D  V  F  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  V  S  G 
TCAGTGCTCTCTGCCGACGTGTTCGCCCGCTAT------------------------GTGTTCGTGAGCGGG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  D  E  H  G  T  P  I  E  I  E  A  I  K  R  G  V  H  P  R  Q  L  T  D 
 S  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D 
AGCGATGAGCACGGT------------------------------------------------------GAC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  A  H  E  Y  V  S  R  L  F  R  E  F  R  I  S  F  D  N  Y  T  R  T  E 
 Q  A  H  E  Y  V  S  R  L  F  R  E  F  .  .  .  .  D  N  Y  T  R  T  E 
CAGGCCCACGAGTACGTGTCCAGGCTCTTCAGGGAGTTC------------GACAACTACACACGCACCGAG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  P  V  H  R  E  F  V  R  E  F  M  M  K  L  Y  E  N  G  Y  I  F  E  Q 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGC---------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  D  I  L  P  Y  C  P  R  D  K  M  F  L  P  D  R  F  V  V  G  T  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  C  G  Y  P  Y  A  H  G  D  Q  C  D  N  C  G  R  L  L  H  P  T  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  N  P  R  C  A  I  C  G  G  P  V  E  F  R  K  S  K  H  W  F  F  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  K  L  Q  D  R  L  L  K  W  L  E  E  S  N  L  P  P  N  V  K  N  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  N  W  V  R  E  G  L  K  P  R  S  V  T  R  D  N  K  W  G  I  P  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  P  G  A  E  G  K  T  I  Y  V  W  F  D  A  L  L  G  Y  I  S  A  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  L  L  G  Y  I  -  -  -  - 
---------------------------TATGTATGGTTTGACGCTCTCCTTGGCTACATA------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  Y  G  L  K  K  G  D  E  S  L  W  K  R  Y  W  F  D  K  E  T  R  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
---------------------------------------------------------------------GTA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  F  I  G  K  D  N  I  P  F  H  A  I  I  F  P  A  M  L  M  A  S  G  D 
 Y  F  I  G  K  D  N  I  P  F  .  A  I  I  F  P  A  M  L  M  A  .  .  . 
TACTTCATAGGCAAGGACAACATACCCTTC---GCCATAATATTCCCGGCGATGCTCATGGCC---------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  Y  T  L  P  W  Y  I  A  S  T  E  Y  L  M  Y  E  G  E  Q  F  S  K  S 
 .  .  .  L  P  .  Y  I  A  S  T  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  F  S  K  S 
---------CTCCCA---TATATAGCCTCGACC------------------------CAGTTCTCCAAGAGT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  R  W  G  I  W  I  D  E  A  L  E  I  L  P  A  D  Y  W  R  F  A  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  M  R  P  E  T  R  D  T  N  F  T  W  K  E  F  T  R  I  V  N  S  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  D  D  I  G  N  F  V  H  R  V  L  K  F  I  K  S  R  F  G  G  R  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  P  G  E  M  K  E  L  D  R  D  Y  L  D  Y  T  L  K  A  P  E  R  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  Y  L  D  S  F  R  L  K  Q  A  L  D  E  V  V  E  L  A  R  H  G  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Y  L  N  A  K  A  P  W  D  K  I  K  T  E  P  S  D  A  A  T  T  M  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  A  N  A  V  A  T  L  A  V  M  L  A  P  F  T  P  D  A  A  E  R  L  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 R  M  L  N  M  R  G  S  V  H  E  P  G  R  W  R  E  A  S  R  P  L  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  G  H  E  I  G  E  P  E  P  L  F  R  K  L  A  N  D  F  P  E  K  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572
 E  I  L  E  E  A  R  K  K  V  M  E  K  R  P  P  L  L  R  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

met_bact_C_aggregans

Class I

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_met_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  E  H  I  L  V  A  V  A  W  P  Y  A  N  G  P  R  H  I  G  H  V  A 
 -  -  -  -  -  L  V  A  V  .  W  P  Y  A  N  G  P  R  H  I  G  H  V  A 
---------------TTGCATCCGCGC---CTCCTCTTCGATCACCTTTTCATCGAGCTTCTTGAAGAGCGG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  F  G  V  P  A  D  I  F  A  R  Y  H  R  L  R  G  N  R  V  L  M  V  S 
 .  F  G  V  P  A  D  I  F  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  M  V  S 
---CGGCTGGCGTAATACCTGCCCCACCGGTAACAC------------------------CCGATCGTAGTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  T  D  E  H  G  T  P  I  T  L  V  A  D  K  E  G  T  T  P  Q  A  I  A 
 G  T  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACCGGTCAAGACCCGATG------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  R  Y  N  K  I  I  G  D  D  L  Y  N  L  G  L  S  Y  D  T  F  T  R  T 
 D  R  Y  N  K  I  I  G  D  D  L  Y  N  L  .  .  .  .  D  T  F  T  R  T 
GCCGTTATAGCCCAAGTACTCGTGCAGGCGCTGGCTGGAGAA------------CGTAAAGATGATCTTGAG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  T  A  N  H  Y  A  V  T  Q  D  I  F  R  T  L  Y  E  R  G  Y  I  I  R 
 T  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGTATC------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  E  T  L  G  A  F  S  A  T  T  G  R  T  L  P  D  R  Y  I  E  G  T  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  L  C  G  Y  D  E  A  R  G  D  Q  C  D  N  C  G  S  Q  L  D  P  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  I  N  P  R  S  K  V  D  G  Q  P  P  V  F  K  P  T  E  H  F  F  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  P  A  F  A  E  Q  L  H  D  W  I  N  R  Q  D  H  W  R  P  N  V  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  S  L  N  F  L  K  D  L  K  P  R  A  I  T  R  D  L  E  W  G  V  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  L  P  E  Y  A  N  R  D  D  K  K  I  Y  V  W  F  D  A  V  I  G  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  V  I  G  Y  L 
---------------------------------------CTCCATCGTCAAAAACTCACTCGAGACGACGTT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  A  S  I  E  W  A  Q  N  S  G  Q  P  D  A  W  R  E  W  W  Q  N  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  R  H  F  Y  F  M  G  K  D  N  I  V  F  H  T  V  I  W  P  A  M  L  L 
 -  -  -  F  Y  F  M  G  K  D  N  I  V  F  .  T  V  I  W  P  A  M  L  L 
---------CATCGCCGGCCAGATGACGGTATGGAAAACAAT---GTCTTTGCCCATGAAGTAAAAGTGACG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  Y  G  A  G  G  Q  F  G  A  D  P  G  G  K  Y  D  G  I  P  L  Q  L  P 
 G  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P 
CGCATC---------------------------------------------------------------GGC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  N  V  V  S  S  E  F  L  T  M  E  G  K  K  F  S  S  S  R  G  I  V  I 
 .  N  V  V  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  S  S  S  -  -  -  -  - 
---GAGATAACCGATGAC------------------------TTTGTCGTCGCGGTT---------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  V  N  D  F  L  S  R  Y  D  A  D  A  L  R  Y  F  L  T  I  A  G  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  Q  D  T  D  F  T  W  A  E  F  V  R  R  N  N  D  E  L  V  A  T  W  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 N  L  V  N  R  T  L  S  N  V  Y  K  N  F  G  S  V  P  Q  P  G  P  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  V  D  E  Q  V  L  A  E  V  T  G  G  I  E  T  V  G  E  L  L  A  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  F  K  A  A  L  A  E  A  M  R  L  A  A  Q  V  N  I  Y  L  S  E  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  W  K  V  I  K  S  D  H  E  R  A  A  T  I  W  Y  V  A  L  R  C  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 T  L  K  I  I  F  T  P  F  L  P  F  S  S  Q  R  L  H  E  Y  L  G  Y  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  Y  I  A  G  P  L  T  F  R  E  V  T  E  A  N  G  R  T  H  R  V  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 G  D  Y  D  R  W  V  G  R  W  E  P  S  V  L  P  V  G  Q  V  L  R  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 Q  P  L  F  K  K  L  D  E  K  V  I  E  E  E  L  A  R  M  Q  S  R  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

met_bact_C_jejuni

Class I

Bacteria/Campylobacter jejuni/amino acid sequences/Cjejuni_met_aa

Bacteria/Campylobacter jejuni/nucleotide sequences/Cjejuni_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  Y  I  T  T  P  I  Y  Y  V  N  D  V  P  H  L  G  H  A  Y  T  T  I 
 -  -  Y  I  T  T  P  I  Y  Y  V  N  D  V  .  H  L  G  H  A  Y  T  T  I 
------CACTAAAGAGCCGTTTTGCACAAGTTGTTCAGGGGC---TAAAACAAGTTTATCTCCGCTTTTTGC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  A  D  T  L  A  R  F  Y  R  L  Q  G  H  E  T  R  F  L  T  G  T  D  E 
 I  A  D  T  L  A  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  L  T  G  T  D  E 
AGAAAGTATCATACCATCGCTTTC------------------------AAGATTGCTTATAACGCAAACTTG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  G  Q  K  I  E  E  A  A  K  L  R  N  S  T  P  Q  E  Y  A  D  K  I  S 
 H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  K  I  S 
TTTACC------------------------------------------------------TTCTTTATCGTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  E  F  K  K  L  W  D  E  F  E  I  T  Y  D  I  Y  A  R  T  T  D  T  R 
 F  E  F  K  K  L  W  D  E  F  .  .  .  .  D  I  Y  A  R  T  T  D  -  - 
AAGTTCGAGTTGAAATTTTAAAAGTTTTTC------------ATTTTGACAATCAAGTACCTTAGC------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  I  E  F  I  K  A  M  F  L  K  M  W  Q  K  G  D  I  Y  K  D  E  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  H  Y  C  I  S  C  E  S  F  F  T  Q  S  Q  L  I  N  D  C  S  C  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 C  G  K  Q  T  R  I  L  K  E  E  S  Y  F  F  K  L  S  K  Y  Q  D  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  Q  W  Y  E  E  K  D  P  I  L  P  K  N  K  K  N  E  L  I  N  F  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  G  L  K  D  L  S  I  T  R  T  S  F  D  W  G  I  K  L  P  Q  E  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  D  K  H  I  I  Y  V  W  L  D  A  L  F  I  Y  V  S  S  L  D  F  Q  N 
 -  -  -  -  -  -  Y  V  W  L  D  A  L  F  I  Y  V  -  -  -  -  -  -  - 
------------------TTCTTCTAAATAACGATTACACTGTAAGTTTTC---------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  G  E  N  A  K  F  W  P  A  H  V  H  L  V  G  K  D  I  L  R  F  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  L  V  G  K  D  I  L  R  F  .  A 
---------------------------------GTAAAATTTTAAAACACCTTCTTTTGAAATATT---TTG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  Y  W  P  A  F  L  M  S  V  D  L  P  L  P  K  F  I  G  A  H  G  W  W 
 I  Y  W  P  A  F  L  M  S  V  -  -  -  -  P  .  F  I  G  A  H  -  -  - 
AGAATATTTTGTACTCATACCTATAATGCG------------TCC---TTCATTGCTAAGCTC---------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  K  E  G  E  K  M  S  K  S  K  G  N  V  V  K  P  K  E  V  V  D  A  Y 
 -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------ATTTTCGCTAAAATC------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  S  E  A  F  R  Y  F  L  L  R  E  V  P  F  G  N  D  G  D  F  S  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 M  L  I  N  R  I  N  A  E  L  S  N  E  F  G  N  L  L  N  R  I  I  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  T  K  Y  S  Q  G  N  I  S  K  E  G  V  L  K  F  Y  N  A  E  L  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  K  E  H  L  N  L  A  V  E  F  L  E  N  L  Q  C  N  R  Y  L  E  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  K  A  L  S  V  A  N  L  A  I  S  K  Y  E  P  W  S  L  I  K  E  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 H  E  Q  A  N  A  L  V  A  L  C  A  N  I  L  A  K  T  S  L  L  L  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  L  P  K  S  S  Q  K  V  A  L  A  L  N  F  E  I  S  S  A  N  Y  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 M  I  L  D  N  E  L  L  D  F  K  A  N  P  C  E  A  L  F  P  K  V  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  L  L  K  Q  E  I  K  E  E  P  K  K  E  E  S  P  K  I  K  I  D  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  K  I  E  I  K  V  A  K  V  L  D  C  Q  N  I  E  G  S  E  K  L  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 F  Q  L  E  L  D  D  K  E  I  R  Q  V  L  S  G  I  A  K  Y  Y  K  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 D  L  I  G  K  Q  V  C  V  I  S  N  L  K  K  A  K  I  F  G  H  E  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 G  M  I  L  S  A  K  S  G  D  K  L  V  L  I  A  P  E  Q  L  V  Q  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628
 S  L  V  G 
 -  -  -  - 
------------

met_bact_P_mikurensis

Class I

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/amino acid sequences/Pmikurensis_met_aa

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/nucleotide sequences/Pmikurensis_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  S  D  R  E  K  P  G  V  F  Y  V  T  T  P  I  Y  Y  V  N  D  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  T  T  .  I  Y  Y  V  N  D  R  P 
---------------------------------TACGTCACCACG---ATCTACTACGTGAACGACAGGCCC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 H  L  G  H  V  Y  T  T  L  V  A  D  V  A  A  R  F  H  R  L  R  G  D  D 
 H  L  G  H  V  Y  T  T  L  V  A  D  V  A  A  R  F  -  -  -  -  -  -  - 
CACCTCGGGCACGTCTACACGACGCTGGTCGCCGACGTGGCCGCCCGCTTC---------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  F  F  L  T  G  V  D  E  H  A  A  K  V  S  D  R  A  A  E  N  G  M  G 
 -  F  F  L  T  G  V  D  E  H  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TTCTTCCTCACCGGCGTGGACGAGCACGCG---------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  Q  A  W  A  D  R  N  A  L  A  F  R  E  T  F  D  K  L  R  L  T  F  D 
 -  -  -  -  -  D  R  N  A  L  A  F  R  E  T  F  D  K  L  .  .  .  .  D 
---------------GACCGCAACGCGCTGGCGTTCCGGGAGACCTTCGACAAGCTG------------GAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  F  V  R  T  S  S  D  R  H  K  E  R  V  T  A  Y  V  T  E  L  L  A  S 
 D  F  V  R  T  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACTTCGTCCGCACCAGCAGC---------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  D  V  Y  E  G  R  Y  E  G  W  Y  D  A  G  Q  E  E  Y  V  P  E  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  E  A  Q  G  F  R  S  E  V  N  G  K  P  L  V  K  K  S  E  T  N  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  R  L  S  A  Y  R  E  R  V  L  A  H  I  E  A  H  P  G  F  V  Q  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  R  R  N  E  V  V  N  R  I  K  E  A  Q  D  V  P  I  S  R  T  G  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  G  A  D  G  R  R  W  G  I  P  V  P  G  D  A  E  Q  T  I  Y  V  W  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  I 
------------------------------------------------------------TACGTGTGGATC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  A  L  F  N  Y  L  T  Y  A  D  D  E  H  R  R  R  Y  W  Q  A  G  A  T 
 D  A  L  F  N  Y  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T 
GACGCGCTCTTCAACTACCTC------------------------------------------------ACG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  Y  I  A  K  D  I  L  W  F  H  A  A  I  W  P  A  L  L  L  A  L  R  E 
 H  Y  I  A  K  D  I  L  W  F  .  A  A  I  W  P  A  L  L  L  A  L  -  - 
CACTACATCGCCAAGGACATCCTCTGGTTC---GCGGCGATCTGGCCGGCCTTGCTGCTTGCCCTT------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  P  G  Y  G  W  V  N  L  P  Q  T  V  F  T  H  S  Y  W  V  S  D  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  .  T  V  F  T  H  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------CCC---ACGGTCTTCACGCAC------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  K  M  S  K  S  L  G  N  F  L  D  P  E  A  I  D  R  A  V  E  A  Y  G 
 -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AAGATGAGCAAGAGC------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  D  A  L  R  Y  F  L  A  T  K  G  P  L  G  T  T  D  A  S  F  S  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  F  D  T  V  Y  H  S  D  L  A  N  T  F  G  N  S  A  S  R  V  T  N  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  V  R  Y  C  G  G  A  V  P  C  A  A  D  R  G  G  G  L  A  E  E  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  A  V  A  A  A  T  A  A  Y  D  A  G  D  L  E  G  A  A  E  A  A  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  V  R  R  V  D  A  Y  V  E  A  T  Q  P  F  K  M  W  K  A  E  E  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  E  V  G  P  I  L  A  R  C  V  E  A  L  R  V  A  S  V  L  L  W  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 T  P  H  K  V  E  D  F  W  S  R  I  G  C  G  A  Q  A  E  A  L  A  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  R  G  D  L  A  A  W  A  A  W  G  G  L  A  A  G  M  A  V  Q  K  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539
 A  L  F  P  R  V  E  P  A  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

met_bact_S_elongatus

Class I

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_met_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  S  T  F  A  L  T  T  P  L  Y  Y  V  N  D  V  P  H  I  G  S  A  Y 
 -  -  -  -  -  A  L  T  T  .  L  Y  Y  V  N  D  V  P  H  I  G  S  A  Y 
---------------GCCCTGACGACT---CTCTACTACGTCAACGATGTGCCGCACATCGGCAGTGCCTAC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  T  I  A  A  D  A  I  A  R  F  H  R  L  Q  G  D  R  V  L  M  I  T  G 
 T  T  I  A  A  D  A  I  A  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  L  M  I  T  G 
ACCACGATCGCGGCGGATGCGATCGCTCGTTTC------------------------TTGATGATCACCGGC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  D  E  H  G  Q  K  I  Q  R  T  A  E  K  N  G  K  P  P  Q  E  H  C  N 
 S  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N 
AGCGACGAGCATGGC------------------------------------------------------AAT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  I  V  A  R  F  Q  D  L  W  Q  L  L  N  I  R  Y  D  R  F  S  R  T  T 
 A  I  V  A  R  F  Q  D  L  W  Q  L  L  .  .  .  .  D  R  F  S  R  T  T 
GCGATCGTGGCTCGCTTCCAAGACCTCTGGCAGCTGCTC------------GACCGCTTCAGCCGCACCACC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  P  R  H  Q  A  I  V  E  V  F  Y  R  R  V  E  A  Q  G  D  I  Y  V  G 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAT---------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  Q  Q  G  W  Y  C  V  A  C  E  E  F  K  E  E  R  D  L  L  E  D  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 C  P  I  H  T  N  Q  A  V  E  W  R  D  E  E  N  Y  F  F  R  L  S  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  E  A  L  E  A  H  Y  A  A  N  P  D  F  I  Q  P  E  S  R  R  N  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  S  F  V  E  R  G  L  Q  D  F  S  I  S  R  V  N  L  E  W  G  F  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  D  N  P  K  H  T  L  Y  V  W  F  D  A  L  L  G  Y  V  T  A  L  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  L  L  G  Y  V  -  -  -  -  - 
------------------------TACGTCTGGTTTGATGCGCTGCTGGGTTATGTG---------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  D  A  E  P  T  L  E  N  A  L  S  Q  W  W  P  I  N  L  H  L  I  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  H  L  I  G  K 
------------------------------------------------------CTGCACCTGATCGGCAAA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  I  L  R  F  H  A  V  Y  W  P  A  M  L  L  S  A  G  L  P  L  P  D  R 
 D  I  L  R  F  .  A  V  Y  W  P  A  M  L  L  S  A  -  -  -  -  P  .  R 
GACATTCTGCGTTTC---GCGGTCTACTGGCCGGCGATGTTGCTTTCGGCA------------CCC---CGC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  F  G  H  G  F  L  T  K  D  G  L  K  M  G  K  S  L  G  N  T  L  D  P 
 V  F  G  H  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  G  K  S  -  -  -  -  -  -  - 
GTCTTTGGTCAT------------------------AAGATGGGCAAGAGT---------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  D  L  V  D  R  F  G  S  D  A  V  R  Y  Y  F  L  K  E  I  E  F  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  G  D  Y  Q  E  T  R  F  V  N  V  V  N  A  D  L  A  N  D  L  G  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  N  R  T  L  S  M  A  K  R  Y  C  Q  L  Q  I  P  L  G  S  T  A  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  D  N  P  L  R  Q  Q  G  E  A  L  T  D  S  V  K  S  A  Y  D  R  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  S  E  A  C  G  Q  I  L  A  L  V  Q  A  G  N  R  Y  L  D  Q  E  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 W  T  R  F  K  Q  G  E  Q  A  K  V  E  E  I  L  Y  T  V  L  E  S  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  A  A  Y  W  L  S  P  L  V  P  G  I  S  Q  E  I  Y  R  Q  L  G  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  D  F  N  D  P  A  I  A  Q  Q  L  D  P  E  S  H  G  H  W  G  F  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525
 A  A  Q  Q  F  L  D  P  S  P  V  F  R  S  L  E  L  A  P  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

met_bact_H_aurantiacus

Class I

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/amino acid sequences/Haurantiacus_met_aa

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/nucleotide sequences/Haurantiacus_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  K  N  I  L  V  A  V  A  W  P  Y  A  S  G  A  R  H  L  G  H  V  A 
 -  -  -  -  -  L  V  A  V  .  W  P  Y  A  S  G  A  R  H  L  G  H  V  A 
---------------TTCGAGCTTTTT---CAGCACGCTTGGGGCGGCCAACTCACGACCTGCGGGCAGATC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  F  G  V  P  S  D  V  F  A  R  Y  Q  R  L  V  G  N  N  V  L  M  V  S 
 .  F  G  V  P  S  D  V  F  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  M  V  S 
---CCATTCCCAGCGGCCAATCCAAGTACTAGGTTC------------------------CTGGCTTTCTTG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  T  D  D  H  G  T  P  I  T  V  R  A  D  R  E  G  K  T  P  R  E  V  T 
 G  T  D  D  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCGTTCTTCAAACAGCAA------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  F  Y  N  A  E  I  R  N  N  L  R  D  L  G  L  S  Y  D  L  F  T  R  T 
 D  F  Y  N  A  E  I  R  N  N  L  R  D  L  .  .  .  .  D  L  F  T  R  T 
GAAGGGCAAAAATGGCGTAAACAAGGTGCGCAAATTATTAAT------------AACATACAAAATCGTGCC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  T  E  N  H  Y  Q  I  T  Q  A  F  F  T  R  L  Q  E  K  G  Y  I  F  A 
 S  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACCGCG------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  E  M  I  G  T  Y  S  E  A  D  K  R  F  L  P  D  R  Y  V  E  G  T  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  H  C  G  Y  T  K  A  R  G  D  Q  C  D  N  C  G  K  Q  L  D  P  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  I  E  P  R  S  T  L  S  G  A  T  P  V  F  K  P  T  T  H  F  F  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  P  A  F  V  E  R  L  R  E  W  I  E  S  Q  N  H  W  R  P  N  V  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  S  L  G  L  L  D  D  V  P  A  R  A  I  T  R  D  L  T  W  G  V  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  V  E  G  D  E  F  D  S  K  R  I  Y  V  W  F  D  A  V  I  G  Y  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  V  I  G  Y  L  - 
------------------------------------GACGACCTCATAGGGCAATTCCAATTCGCCATG---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  A  V  E  W  S  I  K  V  G  R  P  E  A  W  R  D  W  W  L  N  S  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  H  Y  Y  F  M  G  K  D  N  I  V  F  H  S  V  I  W  P  A  M  L  I  G 
 -  -  Y  Y  F  M  G  K  D  N  I  V  F  .  S  V  I  W  P  A  M  L  I  G 
------GTTGAGCCACCAATCGCGCCAAGCCTCAGGCCG---AACCTTGATCGACCATTCAACTGCTGCTGA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  G  E  L  E  L  P  Y  E  V  V  S  S  E  F  L  T  L  A  G  G  E  K  I 
 H  -  -  -  -  -  P  .  E  V  V  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  I 
AAG---------------ATC---CCACACATAAATTCG---------------------------CGGAAT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  S  S  R  A  E  G  N  S  I  P  F  V  G  E  F  L  A  Q  Y  D  P  D  P 
 S  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGGCACGCC---------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  R  Y  F  L  V  I  A  G  P  E  T  S  D  T  E  W  S  L  G  E  F  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  N  N  E  E  L  V  A  T  W  G  N  L  V  N  R  V  L  S  I  T  H  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  G  H  V  P  T  P  Q  A  L  T  A  E  D  E  A  A  L  A  T  V  R  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  E  T  V  G  K  E  L  E  Q  A  H  F  K  A  G  L  I  A  T  M  A  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  S  V  N  E  Y  L  A  S  Q  E  P  W  K  V  L  K  T  D  R  E  R  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 T  I  L  Y  V  A  L  Q  A  I  N  N  L  R  T  L  F  T  P  F  L  P  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 S  Q  K  L  H  E  L  L  G  N  E  G  Y  L  A  G  P  L  L  F  E  E  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  S  Q  H  S  H  E  V  L  T  C  E  P  S  T  W  I  G  R  W  E  W  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574
 L  P  A  G  R  E  L  A  A  P  S  V  L  F  K  K  L  E  L  P  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

met_bact_S_aureus

Class I

Bacteria/Staphylococcus aureus/amino acid sequences/Saureus_met_aa

Bacteria/Staphylococcus aureus/nucleotide sequences/Saureus_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  K  E  T  F  Y  I  T  T  P  I  Y  Y  P  S  G  N  L  H  I  G  H  A 
 -  -  -  -  -  -  Y  I  T  T  .  I  Y  Y  P  S  G  N  L  H  I  G  H  A 
------------------TATATAACAACC---ATATACTATCCTAGTGGGAATTTACATATAGGACATGCA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  S  T  V  A  G  D  V  I  A  R  Y  K  R  M  Q  G  Y  D  V  R  Y  L  T 
 Y  S  T  V  A  G  D  V  I  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  Y  L  T 
TATTCTACAGTGGCTGGAGATGTTATTGCAAGATAT------------------------CGTTATTTGACT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  T  D  E  H  G  Q  K  I  Q  E  K  A  Q  K  A  G  K  T  E  I  E  Y  L 
 G  T  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGAACGGATGAACACGGT------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  E  M  I  A  G  I  K  Q  L  W  A  K  L  E  I  S  N  D  D  F  I  R  T 
 D  E  M  I  A  G  I  K  Q  L  W  A  K  L  .  .  .  .  D  D  F  I  R  T 
GATGAGATGATTGCTGGAATTAAACAATTGTGGGCTAAGCTT------------GATGATTTTATCAGAACA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  E  E  R  H  K  H  V  V  E  Q  V  F  E  R  L  L  K  Q  G  D  I  Y  L 
 T  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACTGAA------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  E  Y  E  G  W  Y  S  V  P  D  E  T  Y  Y  T  E  S  Q  L  V  D  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  E  N  G  K  I  I  G  G  K  S  P  D  S  G  H  E  V  E  L  V  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  Y  F  F  N  I  S  K  Y  T  D  R  L  L  E  F  Y  D  Q  N  P  D  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  P  P  S  R  K  N  E  M  I  N  N  F  I  K  P  G  L  A  D  L  A  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  T  S  F  N  W  G  V  H  V  P  S  N  P  K  H  V  V  Y  V  W  I  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  I  D  A 
------------------------------------------------------TATGTTTGGATTGATGCG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  V  N  Y  I  S  A  L  G  Y  L  S  D  D  E  S  L  F  N  K  Y  W  P  A 
 L  V  N  Y  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTAGTTAACTATATT---------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  I  H  L  M  A  K  E  I  V  R  F  H  S  I  I  W  P  I  L  L  M  A  L 
 -  I  H  L  M  A  K  E  I  V  R  F  .  S  I  I  W  P  I  L  L  M  A  L 
---ATTCATTTAATGGCTAAGGAAATTGTGCGATTC---TCAATTATTTGGCCTATTTTATTGATGGCATTA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  L  P  L  P  K  K  V  F  A  H  G  W  I  L  M  K  D  G  K  M  S  K  S 
 -  -  -  -  P  K  .  V  F  A  H  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S 
------------CCTAAA---GTCTTTGCACAT------------------------AAAATGAGTAAATCT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  G  N  V  V  D  P  N  I  L  I  D  R  Y  G  L  D  A  T  R  Y  Y  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  E  L  P  F  G  S  D  G  V  F  T  P  E  A  F  V  E  R  T  N  F  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  N  D  L  G  N  L  V  N  R  T  I  S  M  I  N  K  Y  F  D  G  E  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  Y  Q  G  P  L  H  E  L  D  E  E  M  E  A  M  A  L  E  T  V  K  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  E  S  M  E  S  L  Q  F  S  V  A  L  S  T  V  W  K  F  I  S  R  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  Y  I  D  E  T  T  P  W  V  L  A  K  D  D  S  Q  K  D  M  L  G  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 M  A  H  L  V  E  N  I  R  Y  A  A  V  L  L  R  P  F  L  T  H  A  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  I  F  E  Q  L  N  I  N  N  P  Q  F  M  E  F  S  S  L  E  Q  Y  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  T  E  P  I  M  V  T  G  Q  P  K  P  I  F  P  R  L  D  S  E  A  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  Y  I  K  E  S  M  Q  P  P  A  T  E  E  E  K  E  E  I  P  S  K  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  D  I  K  D  F  D  K  V  E  I  K  A  A  T  I  I  D  A  E  H  V  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 S  D  K  L  L  K  I  Q  V  D  L  D  S  E  Q  R  Q  I  V  S  G  I  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 F  Y  T  P  D  D  I  I  G  K  K  V  A  V  V  T  N  L  K  P  A  K  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 G  Q  K  S  E  G  M  I  L  S  A  E  K  D  G  V  L  T  L  V  S  L  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657
 A  I  P  N  G  A  V  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

met_bact_T_maritima

Class I

Bacteria/Thermotoga maritima/amino acid sequences/Tmaritima_met_aa

Bacteria/Thermotoga maritima/nucleotide sequences/Tmaritima_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  F  Y  I  T  T  P  I  Y  Y  V  N  S  E  P  H  I  G  S  A  Y  T  T 
 -  -  -  Y  I  T  T  .  I  Y  Y  V  N  S  E  P  H  I  G  S  A  Y  T  T 
---------CTTCGCACCTGG---GATTTCTCCATCTACAGTCAAAAGTCTCAAGGTATCGCCGGACTTTGC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  V  A  D  I  I  A  R  Y  K  R  F  M  G  Y  D  V  F  F  L  T  G  T  D 
 I  V  A  D  I  I  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  F  F  L  T  G  T  D 
GGCGAGAAGCATTCCCTGAGACTCTAT------------------------ATTAGCGACAACGACGATCAG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  H  G  Q  K  V  L  Q  A  A  Q  Q  A  G  K  D  P  Q  E  F  C  D  E  L 
 E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  E  L 
TTTTCCTAC------------------------------------------------------CGTTCCAAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  E  K  F  K  R  L  W  K  E  L  K  I  T  N  D  Y  F  I  R  T  T  D  E 
 A  E  K  F  K  R  L  W  K  E  L  .  .  .  .  D  Y  F  I  R  T  T  D  - 
ATCGATTATCAATCTGAGAAGTTTTCTGGAATT------------CGCTTCGAGGACCTTTGCGATTCT---

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 M  H  M  K  T  V  Q  E  F  V  A  K  M  K  E  N  G  D  V  Y  K  G  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  G  W  Y  C  V  P  C  E  T  F  W  N  E  D  E  V  I  K  E  G  E  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  C  P  E  C  K  R  P  V  K  W  V  E  E  E  N  Y  F  F  R  L  S  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  D  S  L  L  K  Y  Y  E  E  H  P  D  F  V  E  P  D  F  R  R  N  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  K  I  L  E  G  G  L  K  D  L  S  I  T  R  T  T  F  K  W  G  V  P  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  D  D  P  E  H  V  I  Y  V  W  V  D  A  L  I  N  Y  I  S  A  I  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  V  D  A  L  I  N  Y  I  -  -  -  -  - 
------------------------TGTGAGCCGGTAGGAATCCATGAGTTCATGGTA---------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  W  N  D  E  M  F  N  K  W  W  P  A  D  L  H  L  I  G  K  E  I  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  H  L  I  G  K  E  I  N  R 
------------------------------------------GGAAGGAGAAGGGAGTCTTCCGTTGAAATA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  H  S  I  I  W  P  A  M  L  M  S  V  G  L  P  L  P  K  K  V  F  A  H 
 F  .  S  I  I  W  P  A  M  L  M  S  V  -  -  -  -  P  K  .  V  F  A  H 
CTT---TATCATAGCCGTGATCCTGTGAAGGAGATTTCC------------GAGATC---ATTCAATCTGTG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  W  L  T  V  N  G  Q  K  I  S  K  S  L  G  N  A  I  D  P  R  F  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  K  I  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------GCCGTCTTTTCCGAA---------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  R  Y  G  N  D  V  V  R  Y  Y  L  I  R  D  I  M  F  G  K  D  G  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  E  E  R  L  V  H  R  L  N  S  D  L  A  N  D  Y  G  N  L  L  H  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  A  M  I  K  K  Y  F  N  G  R  L  P  S  P  S  A  Q  E  G  F  D  S  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  K  E  R  F  F  E  T  K  D  A  Y  H  E  L  M  D  S  Y  R  L  T  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  D  K  I  W  E  F  I  A  D  V  N  K  Y  F  N  D  T  K  P  W  I  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  E  G  N  M  E  R  L  G  T  V  L  Y  N  S  L  E  A  V  F  K  V  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 M  T  L  P  V  M  P  D  T  S  E  E  V  F  R  R  V  S  F  E  E  K  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  E  H  L  E  N  W  G  V  L  K  P  G  S  T  V  I  H  G  E  P  L  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  I  D  A  K  D  F  K  K  V  V  E  T  V  S  A  E  Q  N  A  I  T  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  F  S  K  V  D  L  R  I  A  K  V  L  E  A  E  K  V  P  N  S  R  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  R  L  I  I  D  L  G  T  E  K  R  Q  I  V  A  G  I  A  E  H  Y  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 E  E  L  V  G  K  L  I  V  V  V  A  N  L  K  P  A  K  L  M  G  I  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Q  G  M  L  L  A  A  K  S  G  D  T  L  R  L  L  T  V  D  G  E  I  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629
 G  A  K  V  S 
 -  -  -  -  - 
---------------

met_bact_B_burgdorferi

Class I

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_met_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  K  M  N  L  V  T  A  A  L  P  Y  V  N  N  I  P  H  L  G  N  L  V 
 -  -  -  -  -  L  V  T  A  .  L  P  Y  V  N  N  I  P  H  L  G  N  L  V 
---------------GTTTGGAATATC---AGATAAAATTTTGTTCTTAGAATTTTCTAATATTAAATTTAT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  V  L  S  A  D  A  F  A  R  Y  S  K  M  S  G  I  E  T  L  Y  V  C  G 
 Q  V  L  S  A  D  A  F  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  V  C  G 
TCCGTTTATTTTAAGCTCTCCGTTTTCTGCTAC------------------------TATGTCAATTTTAGG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  D  E  Y  G  T  A  T  E  T  K  A  L  I  E  N  T  T  P  L  E  L  C  N 
 T  D  E  Y  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N 
TGGGCAGGCAAGATC------------------------------------------------------TGA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  Y  Y  E  I  H  K  S  I  Y  K  W  F  N  I  E  F  D  I  F  G  R  T  T 
 K  Y  Y  E  I  H  K  S  I  Y  K  W  F  .  .  .  .  D  I  F  G  R  T  T 
ATCTTCTACAATTATAACTTTAAAATTTTTATTTTTGTC------------TAGCATTCCTTCAGATTTTAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  K  N  H  Q  D  I  V  Q  N  F  F  L  Q  L  E  K  N  G  Y  I  K  E  R 
 N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCC---------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  T  E  Q  F  Y  C  N  K  D  S  M  F  L  A  D  R  Y  V  I  G  E  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  C  Q  S  M  A  K  G  D  Q  C  D  N  C  S  K  L  L  N  P  T  D  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  P  K  C  I  I  C  K  N  K  P  I  L  K  K  T  N  H  L  Y  L  D  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  I  K  T  K  L  E  K  W  I  K  N  P  D  T  S  K  N  W  N  T  N  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  M  T  K  A  F  L  R  D  G  L  K  E  R  A  I  T  R  D  L  K  W  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  V  P  K  K  G  F  E  N  K  V  F  Y  V  W  F  D  A  P  I  G  Y  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  P  I  G  Y  I  - 
------------------------------------TAAGTCTCTGATTAGGTATATTAAGTTTGAGAT---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  T  K  N  I  I  K  N  W  E  S  W  W  K  N  N  D  Q  V  N  L  V  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Q  F 
---------------------------------------------------------------ATTTCCAAG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  G  K  D  N  I  L  F  H  T  I  I  F  P  C  I  E  I  G  S  E  E  N  W 
 I  G  K  D  N  I  L  F  .  T  I  I  F  P  C  I  E  I  G  S  -  -  -  - 
GGAAGAAATTTTAAGTATTTCTTT---AGCAGATTTTAGTTCTGTCTTTTTAAAAAGATT------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  I  L  N  Q  L  S  S  S  E  Y  L  N  Y  E  N  L  K  F  S  K  S  E  G 
 -  -  L  .  Q  L  S  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  S  K  S  -  - 
------TGG---TATTTGTTTCCAAAA------------------------TATTACATCTCCAAA------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  G  I  F  G  N  D  A  I  T  T  G  I  P  S  D  I  W  R  F  Y  I  Y  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  R  P  E  K  S  D  F  Q  F  M  W  Q  D  L  M  E  R  V  N  T  E  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  N  F  S  N  L  V  N  R  V  L  T  F  Q  R  K  F  F  G  D  V  I  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  E  I  Q  N  K  F  W  K  Q  I  T  P  K  Y  N  K  I  L  N  L  F  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  E  L  K  S  A  L  K  E  I  L  K  I  S  S  L  G  N  K  I  F  Q  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  P  W  K  R  K  N  N  S  P  Q  E  T  K  E  L  I  S  N  L  I  Y  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 R  D  L  S  I  L  M  M  P  F  I  P  E  T  S  K  K  I  Q  Q  F  F  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 S  Y  Q  F  S  T  K  I  L  G  T  K  S  G  I  K  K  I  E  F  T  E  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 F  N  K  L  E  Q  K  K  I  N  N  L  K  L  K  Y  S  G  D  K  N  M  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 N  E  Q  A  E  N  L  P  I  A  K  E  Q  P  E  N  L  F  R  E  K  V  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  V  V  K  I  N  K  I  E  R  N  P  E  A  K  N  L  F  I  L  K  L  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 G  T  N  K  D  K  Q  I  V  S  G  L  E  G  Y  Y  T  E  E  E  L  L  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 H  I  I  I  V  D  N  L  K  P  A  K  F  R  G  I  K  S  E  G  M  L  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 A  E  D  K  N  K  N  F  K  V  I  I  V  E  D  S  I  Q  N  P  I  A  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 R  I  I  L  E  N  D  Q  N  K  D  L  A  C  P  P  K  I  D  I  N  K  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 K  A  N  I  V  A  E  N  G  E  L  K  I  N  G  I  N  L  I  L  E  N  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734
 N  K  I  L  S  K  D  I  P  N  G  T  V  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

met_bact_B_fragilis

Class I

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_met_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  K  N  F  K  R  T  T  V  T  S  A  L  P  Y  A  N  G  P  V  H  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  T  V  T  S  .  L  P  Y  A  N  G  P  V  H  I  G 
------------------------ACCGTCACATCG---CTGCCGTATGCGAACGGCCCCGTCCATATCGGC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 H  L  A  G  V  Y  V  P  A  D  I  Y  V  R  Y  L  R  L  K  K  E  D  V  L 
 H  L  A  .  V  Y  V  P  A  D  I  Y  V  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
CATTTGGCC---GTATATGTACCGGCAGACATCTATGTCCGCTAT------------------------CTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  I  G  G  S  D  E  H  G  V  P  I  T  I  R  A  K  K  E  G  I  T  P  Q 
 F  I  G  G  S  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCATCGGAGGCTCCGACGAACATGGG---------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  V  V  D  R  Y  H  F  L  I  K  K  S  F  E  E  F  G  I  S  F  D  V  Y 
 -  -  -  D  R  Y  H  F  L  I  K  K  S  F  E  E  F  .  .  .  .  D  V  Y 
---------GACCGCTATCACTTCCTGATTAAGAAATCATTCGAAGAATTC------------GACGTATAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  R  T  S  S  K  T  H  H  E  L  A  S  D  F  F  K  K  L  Y  E  K  G  E 
 S  R  T  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGCCGTACATCGTCC---------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  I  E  K  T  S  E  Q  Y  Y  D  E  E  A  H  Q  F  L  A  D  R  Y  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  E  C  P  H  C  H  S  E  G  A  Y  G  D  Q  C  E  K  C  G  T  S  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  T  D  L  I  N  P  K  S  A  I  S  G  S  K  P  V  M  K  E  T  K  H  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  L  P  L  D  K  H  E  T  W  L  R  Q  W  I  L  E  E  H  K  E  W  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  V  Y  G  Q  C  K  S  W  L  D  M  G  L  Q  P  R  A  V  S  R  D  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 W  G  I  P  V  P  V  E  G  A  E  G  K  V  L  Y  V  W  F  D  A  P  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  P  I  G 
---------------------------------------------TACGTATGGTTCGATGCACCAATCGGT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  I  S  N  T  K  E  L  L  P  D  S  W  E  T  W  W  K  D  P  E  T  R  L 
 Y  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACATA------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  H  F  I  G  K  D  N  I  V  F  H  C  I  V  F  P  A  M  L  K  A  E  G 
 V  H  F  I  G  K  D  N  I  V  F  .  C  I  V  F  P  A  M  L  K  A  E  - 
GTTCACTTTATCGGAAAAGATAATATCGTATTT---TGCATCGTATTTCCGGCTATGCTGAAAGCTGAA---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  Y  I  L  P  D  N  V  P  S  N  E  F  L  N  L  E  G  D  K  I  S  T  S 
 -  -  -  -  P  .  N  V  P  S  N  -  -  -  -  -  -  -  -  K  I  S  T  S 
------------CCG---AATGTACCGAGCAAC------------------------AAAATATCCACTTCA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  N  W  A  V  W  L  H  E  Y  L  E  D  F  P  G  K  Q  D  V  L  R  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  T  A  N  A  P  E  T  K  D  N  D  F  T  W  K  D  F  Q  A  R  N  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  L  V  A  V  Y  G  N  F  V  N  R  A  M  V  L  T  Q  K  Y  F  E  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  P  A  A  G  E  L  I  D  Y  D  K  E  T  L  K  E  F  S  D  V  K  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  E  K  L  L  N  V  F  K  F  R  D  A  Q  K  E  A  M  N  L  A  R  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  K  Y  L  A  D  T  E  P  W  K  L  A  K  T  D  M  E  R  V  G  T  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 N  I  S  L  Q  L  V  A  N  L  A  I  A  F  E  P  F  L  P  F  S  S  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  R  Q  M  L  N  M  D  S  F  D  W  A  E  L  G  R  N  D  L  L  P  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 H  Q  L  N  K  P  E  L  L  F  E  K  I  E  D  A  T  I  E  A  Q  V  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  L  D  T  K  K  A  N  E  E  A  N  Y  K  A  K  P  I  R  A  N  I  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 D  D  F  M  K  L  D  I  R  V  G  T  V  L  E  C  Q  K  V  P  K  A  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  L  Q  F  K  I  D  D  G  L  E  T  R  T  I  V  S  G  I  A  Q  H  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 P  E  E  L  V  G  K  Q  V  C  F  I  A  N  L  A  P  R  K  L  K  G  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 S  E  G  M  I  L  S  A  E  N  N  D  G  S  L  A  V  V  M  P  G  R  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679
 K  P  G  S  E  V  K 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

met_bact_B_licheniformis

Class I

Bacteria/Bacillus licheniformis/amino acid sequences/Blicheniformis_met_aa

Bacteria/Bacillus licheniformis/nucleotide sequences/Blicheniformis_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  Q  E  K  N  T  F  Y  I  T  T  P  I  Y  Y  P  S  G  K  L  H  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  Y  I  T  T  .  I  Y  Y  P  S  G  K  L  H  I  G 
------------------------TACATCACTACA---ATTTATTACCCAAGTGGGAAGCTACATATTGGA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 H  A  Y  T  T  V  A  G  D  A  M  A  R  Y  K  R  L  R  G  F  D  V  R  Y 
 H  A  Y  T  T  V  A  G  D  A  M  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  Y 
CATGCCTACACGACCGTTGCAGGTGATGCGATGGCTCGTTAT------------------------AGATAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  T  G  T  D  E  H  G  Q  K  I  Q  Q  T  A  E  K  E  N  I  T  P  Q  E 
 L  T  G  T  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTAACTGGTACAGATGAGCACGGA------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  V  D  R  A  A  E  D  I  Q  Q  L  W  K  K  L  D  I  S  N  D  D  F  I 
 -  -  D  R  A  A  E  D  I  Q  Q  L  W  K  K  L  D  -  -  -  -  D  F  I 
------GATCGTGCGGCAGAAGACATTCAGCAGCTTTGGAAAAAGCTCGAC------------GACTTCATT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  T  T  E  E  R  H  K  N  V  I  E  K  V  F  Q  K  L  L  D  N  G  D  I 
 R  T  T  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGGACGACAGAG------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  L  D  E  Y  E  G  W  Y  S  I  P  D  E  T  F  Y  T  E  T  Q  L  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  E  R  N  E  K  G  E  V  I  G  G  K  S  P  D  S  G  H  P  V  E  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  E  E  S  Y  F  F  R  M  G  K  Y  A  D  R  L  L  A  F  Y  E  E  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  F  I  Q  P  E  S  R  K  N  E  M  I  N  N  F  I  K  P  G  L  E  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  V  S  R  T  T  F  D  W  G  I  K  V  P  G  N  P  K  H  V  I  Y  V  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W 
---------------------------------------------------------------TATGTTTGG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  D  A  L  F  N  Y  I  T  A  L  G  F  N  T  A  N  D  E  N  Y  Q  K  Y 
 I  D  A  L  F  N  Y  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATAGATGCGCTGTTTAATTACATT------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  P  A  D  V  H  L  V  G  K  E  I  V  R  F  H  T  I  Y  W  P  I  M  L 
 -  -  -  -  V  H  L  V  G  K  E  I  V  R  F  .  T  I  Y  W  P  I  M  L 
------------GTTCATCTTGTCGGTAAGGAGATCGTCCGCTTC---ACCATTTACTGGCCGATTATGCTG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  A  L  D  L  P  L  P  K  K  V  F  A  H  G  W  L  L  M  K  D  G  K  M 
 M  A  L  -  -  -  -  P  K  .  V  F  A  H  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M 
ATGGCATTG------------CCGAAA---GTTTTTGCCCAC------------------------AAAATG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  K  S  K  G  N  V  V  D  P  V  T  L  I  D  K  Y  G  L  D  A  L  R  Y 
 S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCTAAATCA---------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  L  L  R  E  V  P  F  G  S  D  G  V  F  T  P  E  G  F  V  E  R  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  D  L  A  N  D  L  G  N  L  L  N  R  T  V  A  M  V  N  K  Y  F  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  V  Q  S  Y  E  G  P  V  T  A  F  D  E  Q  L  S  S  F  S  Q  K  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  A  Y  E  Q  A  I  E  N  M  E  F  S  V  A  L  S  S  L  W  Q  F  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  T  N  K  Y  I  D  E  T  A  P  W  V  L  A  K  D  K  D  K  E  K  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Q  S  V  M  Y  H  L  A  E  S  L  R  I  T  A  V  L  L  Q  P  F  L  T  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 T  P  E  K  I  F  A  Q  L  G  V  T  D  A  S  L  K  T  W  D  S  I  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  G  Q  L  K  S  V  K  V  Q  K  G  E  P  L  F  P  R  L  E  A  E  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  A  Y  I  K  S  K  M  Q  G  T  A  P  K  E  E  P  K  Q  E  E  K  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  R  L  P  E  I  T  I  D  D  F  M  S  T  E  L  R  V  A  E  V  I  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 E  P  V  K  K  A  D  R  L  L  K  L  Q  L  D  L  G  F  E  K  R  Q  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 S  G  I  A  K  H  Y  K  P  E  E  L  V  G  R  K  V  I  C  V  T  N  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 P  V  K  L  R  G  E  L  S  Q  G  M  I  L  A  G  E  D  N  G  V  L  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662
 A  A  V  D  S  S  L  S  N  G  T  R  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

met_bact_B_thailandensis

Class I

Bacteria/Burkholderia thailandensis/amino acid sequences/Bthailandensis_met_aa

Bacteria/Burkholderia thailandensis/nucleotide sequences/Bthailandensis_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  S  A  R  S  A  A  A  V  R  E  T  A  A  P  R  G  E  C  G  R  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  A  R  T  S  A  A  G  R  P  A  R  I  A  A  S  L  R  F  S  A  S  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  R  D  P  M  S  A  S  D  L  H  P  V  Q  A  G  A  P  Q  G  R  R  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  V  T  S  A  L  P  Y  A  N  G  Q  I  H  I  G  H  L  V  E  Y  I  Q  T 
 L  V  T  S  .  L  P  Y  A  N  G  Q  I  H  I  G  H  L  V  E  Y  I  Q  T 
GGTCTTCTCCTC---GACGTCGAGCGTGAGCTGCAGCAGTTTGTCCGAGCCTTCGACCGCCTGGCACGCGAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  I  W  A  R  T  M  R  M  H  G  H  E  I  Y  Y  I  G  A  D  D  T  H  G 
 D  I  W  A  R  T  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  Y  I  G  A  D  D  T  H  G 
GATCTTCGCGATGCGCAG------------------------CGAGATGAACGGCGATGCTTCGTCGTCGGC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  P  V  M  L  R  A  E  Q  E  G  V  S  P  K  Q  L  I  E  R  V  W  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  R  V  W  R  E 
------------------------------------------------------CGTCGCGCCGGCCGCGTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 H  K  R  D  F  D  S  F  G  V  S  F  D  N  F  Y  T  T  D  S  D  E  N  R 
 H  K  R  D  F  D  S  F  .  .  .  .  D  N  F  Y  T  T  D  S  -  -  -  - 
GGCCGCCGCGGCGCCTTGCAGCGA------------CGCGAGGAGCGCGTCGATCTGCTT------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  L  S  E  K  I  Y  L  A  L  K  E  A  G  F  I  A  E  R  E  I  E  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  D  P  V  K  Q  M  F  L  P  D  R  F  I  K  G  E  C  P  K  C  H  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  Q  Y  G  D  S  C  E  V  C  G  T  T  Y  Q  P  T  D  L  V  N  P  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  V  S  G  A  T  P  V  R  K  T  S  T  H  H  F  F  R  L  S  D  P  R  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  A  F  L  R  E  W  V  S  G  L  A  Q  P  E  A  T  N  K  M  R  E  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  D  A  G  E  A  K  L  A  D  W  D  I  S  R  D  A  P  Y  F  G  F  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  G  A  P  G  K  Y  F  Y  V  W  L  D  A  P  V  G  Y  Y  A  S  F  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  L  D  A  P  V  G  Y  Y  -  -  -  -  - 
------------------------ATTGACGCGCGCCTGGAAGTCCTCGAGGTTCAG---------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  C  E  R  R  G  L  D  F  D  A  W  I  S  K  D  S  T  T  E  Q  Y  H  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  H  F 
---------------------------------------------------------------GTAGCTCTG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  G  K  D  I  L  Y  F  H  T  L  F  W  P  A  M  L  E  F  S  G  H  R  T 
 I  G  K  D  I  L  Y  F  .  T  L  F  W  P  A  M  L  E  F  S  -  -  -  - 
CGCGGTGATGAACGTGCCGCGCGA---CGACATCTTCGCGCCGTCGACCGTCAGGAAGCC------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  T  N  V  F  A  H  G  F  L  T  V  D  G  A  K  M  S  K  S  R  G  T  F 
 P  .  N  V  F  A  H  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  - 
GTT---CGGCGTGCGGTGGCC------------------------GAACAGCGTGTGGAA------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  T  A  Q  S  Y  I  D  A  G  L  N  P  E  W  L  R  Y  Y  F  A  A  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 N  A  T  M  E  D  I  D  L  N  L  E  D  F  Q  A  R  V  N  S  D  L  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  Y  V  N  I  A  S  R  A  A  G  F  L  I  K  R  F  D  G  R  V  Q  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  T  N  H  P  L  L  V  T  L  R  D  A  I  P  Q  I  A  A  H  Y  E  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  Y  G  R  A  L  R  Q  T  M  E  L  A  D  A  V  N  G  Y  V  D  T  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  W  E  L  A  K  D  P  A  N  A  V  A  L  H  E  T  C  T  V  S  L  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 F  R  L  L  S  L  A  L  K  P  V  L  P  R  V  A  E  G  V  E  A  F  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 I  A  P  L  T  W  A  D  A  N  K  P  L  S  S  E  Q  P  I  R  A  Y  Q  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  M  T  R  V  D  P  K  Q  I  D  A  L  L  A  A  N  R  S  S  L  Q  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 A  A  A  D  A  A  G  A  T  N  G  N  G  A  K  A  A  K  S  A  K  A  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 A  A  S  A  D  D  E  A  S  P  F  I  S  I  D  D  F  A  K  I  D  L  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 A  K  I  V  A  C  Q  A  V  E  G  S  D  K  L  L  Q  L  T  L  D  V  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 E  K  T  R  N  V  F  S  G  I  K  S  A  Y  Q  P  E  Q  L  V  G  K  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 V  M  V  A  N  L  A  P  R  K  M  K  F  G  L  S  E  G  M  V  L  A  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  A  D  E  K  A  E  P  G  L  Y  I  L  E  P  H  S  G  A  K  P  G  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770
 V  K 
 -  - 
------

met_bact_D_radiodurans

Class I

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_met_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  N  P  P  Q  H  P  E  A  Q  S  P  E  T  R  D  R  E  F  F  I  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  T  A 
------------------------------------------------------------TTCATCACCGCC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  I  D  Y  A  N  G  T  P  H  I  G  H  V  Y  E  K  I  L  A  D  A  I  A 
 .  I  D  Y  A  N  G  T  P  H  I  G  H  V  Y  E  K  I  L  A  D  A  I  A 
---ATCGACTATGCCAACGGCACCCCGCACATCGGGCACGTCTACGAAAAGATTCTGGCCGACGCGATTGCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  Y  Q  R  L  A  G  R  D  V  T  F  V  M  G  T  D  E  H  G  E  K  I  S 
 R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  V  M  G  T  D  E  H  G  -  -  -  - 
CGTTAC------------------------ACGTTTGTGATGGGCACCGACGAGCACGGC------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  A  A  A  K  G  G  V  T  P  Q  E  L  V  D  D  L  S  E  R  A  F  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  D  L  S  E  .  A  F  Q  G 
------------------------------------------GACGACCTCTCGGAG---GCCTTTCAGGGC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  W  K  K  L  G  I  S  Y  D  F  F  I  R  T  T  S  A  K  H  K  K  Y  V 
 L  W  K  K  L  .  .  .  .  D  F  F  I  R  T  T  S  -  -  -  -  -  -  - 
CTGTGGAAAAAGCTC------------GACTTTTTTATCCGCACCACCTCG---------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  D  V  L  Q  R  V  Y  D  A  G  D  I  Y  F  A  E  Y  E  G  L  Y  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  A  E  R  Y  V  T  E  K  E  L  V  E  G  P  D  G  V  R  R  F  P  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  D  P  P  E  L  R  R  E  A  N  Y  F  F  N  M  Q  K  Y  Q  P  W  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  T  L  Q  Q  N  P  D  L  I  Q  P  A  G  Y  R  N  E  V  L  E  M  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  D  I  G  P  L  S  I  S  R  P  K  A  R  V  P  W  G  I  E  L  P  W  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  D  H  V  T  Y  V  W  F  D  A  L  L  S  Y  L  T  P  L  V  S  Q  G  Q 
 -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  L  L  S  Y  L  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------TACGTGTGGTTCGATGCGCTGCTGAGCTACCTG------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  A  S  M  S  G  K  A  W  H  V  I  G  K  D  I  L  K  P  H  A  V  F  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  W  H  V  I  G  K  D  I  L  K  P  .  A  V  F  W 
------------------------TGGCACGTCATCGGCAAGGACATCCTCAAGCCG---GCGGTGTTCTGG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  T  M  L  R  A  A  G  L  P  L  Y  R  R  L  V  V  H  S  H  I  L  A  E 
 P  T  M  L  R  A  A  -  -  -  -  Y  R  .  L  V  V  H  -  -  -  -  -  - 
CCGACCATGCTGCGCGCCGCC------------TACCGC---TTGGTGGTGCAC------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  G  R  K  M  G  K  S  L  G  N  A  I  D  P  E  E  L  V  A  A  W  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  A  I  R  Y  A  L  L  R  E  A  S  L  G  A  D  S  P  F  G  E  G  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  S  R  L  N  S  D  L  A  N  D  L  G  N  L  L  S  R  T  V  S  M  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  Y  R  G  G  V  I  P  A  A  T  E  P  T  D  R  E  R  E  I  E  A  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  A  L  P  D  E  V  L  R  L  V  D  E  L  K  I  N  M  A  I  D  A  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  .  .  .  .  .  .  .  .  M 
------------------------------------------AAA------------------------ATG

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  F  V  R  D  L  N  R  Y  I  A  E  S  T  P  W  T  L  A  K  S  P  E  T 
 S  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  K  S  -  -  - 
AGC------------------------------------------------------AAGTCG---------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Q  G  R  L  D  T  V  L  Y  T  A  A  E  G  L  R  V  A  S  V  A  L  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  I  P  T  K  A  K  E  L  R  E  Q  L  G  L  G  R  Q  G  Y  P  L  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  W  G  L  T  P  A  G  T  R  V  Q  G  G  A  I  L  F  P  K  P  E  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  D  E  T  K  N  A  E  A  K  P  P  K  P  Q  A  K  K  E  K  K  T  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  T  A  P  A  K  T  T  E  Q  K  P  E  A  A  A  P  A  Q  N  D  G  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 S  I  D  D  F  A  K  I  D  L  R  I  A  E  V  V  A  C  E  A  V  E  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 D  K  L  L  K  L  T  V  K  L  G  D  E  T  R  T  V  V  S  G  I  R  K  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 Y  E  P  E  A  L  V  G  R  K  V  V  L  V  A  N  L  K  P  A  K  L  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 I  E  S  Q  G  M  I  L  A  A  E  D  D  A  G  N  L  D  L  V  G  T  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681
 D  L  P  S  G  T  K  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

met_bact_G_stearothermophilus

Class I

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/amino acid sequences/Gstearothermophilus_met_aa

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/nucleotide sequences/Gstearothermophilus_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  K  K  T  F  Y  L  T  T  P  I  Y  Y  P  S  D  K  L  H  I  G  H  A 
 -  -  -  -  -  -  Y  L  T  T  .  I  Y  Y  P  S  D  K  L  H  I  G  H  A 
------------------TATTTGACGACG---ATTTATTACCCAAGCGACAAATTGCACATTGGCCATGCT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  T  T  V  A  G  D  A  M  A  R  Y  K  R  L  R  G  Y  D  V  M  Y  L  T 
 Y  T  T  V  A  G  D  A  M  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  M  Y  L  T 
TATACGACCGTGGCGGGGGATGCGATGGCTCGCTAT------------------------ATGTATTTGACC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  T  D  E  H  G  Q  K  I  Q  R  K  A  Q  E  K  G  V  T  P  Q  Q  Y  V 
 G  T  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGAACGGACGAACATGGG------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  D  I  V  A  G  I  Q  E  L  W  R  K  L  D  I  S  Y  D  D  F  I  R  T 
 D  D  I  V  A  G  I  Q  E  L  W  R  K  L  D  -  -  -  -  D  F  I  R  T 
GACGACATTGTCGCCGGCATCCAAGAGTTGTGGAGAAAACTGGAC------------GATTTTATCCGGACG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  Q  E  R  H  K  K  I  V  E  K  I  F  A  R  L  V  E  Q  G  D  I  Y  L 
 T  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACACAG------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  E  Y  E  G  W  Y  C  T  P  C  E  S  F  Y  T  E  R  Q  L  V  D  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 C  P  D  C  G  R  P  V  E  K  V  K  E  E  S  Y  F  F  R  M  S  K  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  R  L  L  Q  Y  Y  E  E  N  P  D  F  I  Q  P  E  S  R  K  N  E  M  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  N  F  I  K  P  G  L  E  D  L  A  V  S  R  T  T  F  D  W  G  I  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  G  D  P  K  H  V  I  Y  V  W  I  D  A  L  A  N  Y  I  T  A  L  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  I  D  A  L  A  N  Y  I  -  -  -  -  - 
------------------------TACGTCTGGATCGATGCGCTGGCCAACTACATC---------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  T  D  N  D  E  K  F  R  K  Y  W  P  A  D  V  H  L  V  G  K  E  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  L  V  G  K  E  I  V 
---------------------------------------------GTCCATCTCGTCGGCAAGGAGATCGTC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  F  H  T  I  Y  W  P  I  M  L  M  A  L  G  L  P  L  P  K  K  V  F  G 
 R  F  .  T  I  Y  W  P  I  M  L  M  A  L  -  -  -  -  P  K  .  V  F  G 
CGCTTC---ACGATTTACTGGCCGATCATGCTGATGGCGCTC------------CCGAAA---GTGTTCGGA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  G  W  L  L  M  K  D  G  K  M  S  K  S  K  G  N  V  V  D  P  V  M  I 
 H  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAT------------------------AAAATGTCGAAATCG------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  D  R  Y  G  L  D  A  L  R  Y  Y  L  L  R  E  V  P  F  G  S  D  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  T  P  E  G  F  I  E  R  I  N  Y  D  L  A  N  D  L  G  N  L  L  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  V  A  M  I  E  K  Y  F  G  G  A  I  P  P  Y  R  G  P  K  T  P  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  D  L  S  E  T  A  R  E  V  V  R  Q  Y  E  E  A  M  E  R  M  E  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  A  L  S  A  V  W  Q  L  I  G  R  T  N  K  Y  I  D  E  T  Q  P  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  A  K  E  E  S  K  R  E  E  L  A  S  V  M  A  H  L  A  E  S  L  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  A  V  L  L  Q  P  F  L  T  R  T  P  E  R  I  F  T  Q  L  G  I  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 R  S  L  K  E  W  D  S  L  Y  D  F  G  L  I  P  E  G  T  N  V  Q  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  P  L  F  P  R  L  D  I  G  V  E  V  E  Y  I  K  A  H  M  Q  G  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  A  E  A  A  K  E  E  K  Q  A  A  R  A  E  E  I  S  I  D  D  F  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  D  L  R  V  A  E  V  V  H  A  E  R  M  K  N  A  D  K  L  L  K  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  D  L  G  G  E  K  R  Q  V  I  S  G  I  A  E  F  Y  K  P  E  E  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 G  K  K  V  I  C  V  A  N  L  K  P  A  K  L  R  G  E  W  S  E  G  M  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 L  A  G  G  S  G  D  G  F  S  L  A  T  V  D  Q  H  V  P  N  G  T  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649
 K 
 - 
---

met_bact_G_obscuriglobus

Class I

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/amino acid sequences/Gemmata_met_aa

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/nucleotide sequences/Gemmata_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  E  Q  T  V  T  D  K  P  R  W  F  Q  T  T  A  I  D  Y  P  N  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  Q  T  T  .  I  D  Y  P  N  S  R 
------------------------------------TGCAACCAACTC---CGTGATGCGCAGGTCGTCGGG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  H  I  G  T  A  F  E  K  L  G  A  D  V  Q  A  R  Y  R  R  M  E  G  F 
 P  H  I  G  T  A  F  E  K  L  G  A  D  V  Q  A  R  Y  -  -  -  -  -  - 
TTGGGCCTTCAGTGCGATCGCGTCCGCGTACTTCACTTCGGCCCACGGGGTCGG------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  V  F  F  L  M  G  N  D  E  N  T  V  K  V  S  K  R  A  A  E  L  G  Q 
 -  -  F  F  L  M  G  N  D  E  N  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CTCCGCGCTCTTGGGGATGAACGGCTTCAG------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  T  Q  V  Y  C  D  D  M  A  R  Q  F  R  E  V  W  A  A  L  D  I  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  D  D  M  A  R  Q  F  R  E  V  W  A  A  L  D  -  -  - 
------------------CGCGTCCTTGTCCGTCTTCACGAGTTTCCACGGAGCGTTCGCTTC---------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  T  F  V  Q  T  S  S  E  R  H  K  Q  C  C  R  K  F  I  Q  K  V  Y  D 
 -  T  F  V  Q  T  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CGTCGGCGTGAGGAAGTCCTG------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  G  H  I  Y  K  G  S  Y  E  G  W  Y  C  D  G  C  E  E  F  K  S  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  R  D  E  N  A  G  N  C  P  V  H  K  R  P  L  T  R  R  S  E  P  C  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  F  R  L  S  A  F  Q  D  R  L  L  A  H  Y  K  E  N  P  D  F  I  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  S  R  R  N  E  M  I  S  L  I  E  T  E  G  L  R  D  I  N  I  S  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  E  D  W  G  I  R  I  P  F  D  P  E  F  T  I  Y  V  W  F  D  A  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  L  L 
------------------------------------------------GAAGTTCACGAACCCGTGGCTGAA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  Y  I  T  G  I  G  Y  G  D  D  E  A  T  F  R  K  H  W  P  C  D  T  H 
 T  Y  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  H 
CACCTTCTT---------------------------------------------------------GGTGAT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  I  G  K  D  I  T  R  F  H  C  A  L  W  P  A  M  L  W  A  A  G  E  E 
 F  I  G  K  D  I  T  R  F  .  C  A  L  W  P  A  M  L  W  A  A  -  -  - 
GTCCTTACCGATAAAGTGCGTGTCGCA---CCAGTGTTTGCGGAACGTCGCTTCGTCGTCGCC---------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  P  K  K  V  F  S  H  G  F  V  N  F  E  G  K  I  G  K  S  R  E  E  E 
 -  P  K  .  V  F  S  H  -  -  -  -  -  -  -  K  I  G  K  S  -  -  -  - 
---GGTGAT---CGTGAGCAGCGC---------------------GAACTCCGGGTCGAA------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  R  A  R  G  L  D  Y  L  L  E  P  M  L  I  I  Q  R  F  S  A  E  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  Y  Y  F  M  R  E  C  P  Y  P  S  D  G  E  I  S  P  E  R  F  M  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  N  S  E  L  A  N  N  L  G  N  L  F  S  R  E  M  T  I  T  W  K  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  G  V  F  D  G  T  A  G  Q  V  P  D  P  V  V  P  G  L  N  L  E  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  G  E  V  R  E  H  I  E  A  C  R  Y  H  L  A  L  Q  K  I  V  Q  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  T  P  T  N  Q  Y  L  E  A  N  A  P  W  K  L  V  K  T  D  K  D  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  K  V  L  F  N  A  V  Q  S  L  R  V  A  S  I  L  L  K  P  F  I  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 S  A  E  T  I  Y  T  S  F  N  F  P  T  P  W  A  E  V  K  Y  A  D  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  L  K  A  Q  P  D  D  L  R  I  T  A  E  L  V  A  D  K  V  K  P  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532
 P  R  I  G 
 -  -  -  - 
------------

met_bact_C_thermalis

Class I

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/amino acid sequences/Cthermalis_met_aa

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/nucleotide sequences/Cthermalis_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  F  A  D  R  S  K  D  T  F  A  V  T  T  P  L  Y  Y  V  N  D  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  V  T  T  .  L  Y  Y  V  N  D  L  P 
---------------------------------CACTGGTCTAGG---CCCCAATTGTTGTATATCGCTCAG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 H  I  G  S  A  Y  P  T  M  A  A  D  A  L  A  R  F  E  R  L  L  G  K  S 
 H  I  G  S  A  Y  P  T  M  A  A  D  A  L  A  R  F  -  -  -  -  -  -  - 
TATCCCCCAATTTGAGTGACTACTGAATGGAGTGGTAATGAAAGTTTGAGC---------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  L  M  I  T  G  T  D  E  H  G  Q  K  I  Q  R  A  A  E  S  H  G  R  S 
 -  L  M  I  T  G  T  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TCCTAATTGCTGATAAATTTCGGTGCAAGT---------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  Q  E  Y  C  D  R  I  S  S  S  F  V  S  L  W  E  L  L  N  I  Q  Y  D 
 -  -  -  -  -  D  R  I  S  S  S  F  V  S  L  W  E  L  L  .  .  .  .  D 
---------------AGCATACAATACTTCCTCCACTTCTGTCTGTCGCTTTTGTTT------------CGG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  F  S  R  T  T  A  T  Q  H  E  A  I  V  K  E  F  F  G  R  V  W  D  A 
 R  F  S  R  T  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCTTTCTCATCAATGAATTT---------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  D  I  Y  S  D  R  Q  Q  G  W  Y  C  V  S  C  E  E  F  K  E  E  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  L  E  G  N  Y  C  P  L  H  P  N  K  Q  V  E  W  R  D  E  Q  N  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  R  L  S  R  Y  Q  E  Q  L  E  A  H  Y  Q  K  Y  P  D  F  I  Q  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  R  R  N  E  V  L  N  F  V  S  Q  G  L  Q  D  F  S  I  S  R  V  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  W  G  F  P  V  P  V  A  P  E  Q  T  L  Y  V  W  F  D  A  L  L  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  L  L  G  Y 
------------------------------------------GGTTAAAAAGCCGTGTCCGAAAACTCGCCC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  T  A  L  L  D  P  D  S  E  A  T  L  E  N  A  L  A  Q  W  W  P  I  N 
 V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGG---------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  H  I  I  G  K  D  I  L  R  F  H  A  V  Y  W  P  A  M  L  M  S  A  G 
 I  H  I  I  G  K  D  I  L  R  F  .  A  V  Y  W  P  A  M  L  M  S  A  - 
GATAATGTGTATGTTAATGGGCCACCATTGAGC---AGCATTTTCCAAAGTTGCTTCGCTGTCAGGATC---

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  P  L  P  G  R  V  F  G  H  G  F  L  T  K  D  G  Q  K  M  G  K  T  M 
 -  -  -  P  .  R  V  F  G  H  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  G  K  T  - 
---------CAC---TCCTAACAATGCATC------------------------TGGCGCGACGGGAAC---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  N  T  I  D  P  V  A  L  V  K  Q  Y  G  S  D  A  V  R  Y  Y  F  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  I  E  F  G  K  D  G  D  F  S  E  T  R  F  I  N  T  V  N  A  D  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  N  L  G  N  L  L  N  R  T  L  S  M  V  R  K  Y  C  A  G  K  V  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  G  E  V  A  A  E  H  P  L  K  A  I  A  T  S  L  G  Q  E  V  K  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Y  E  V  L  A  F  D  R  A  C  E  A  I  L  D  L  V  R  A  S  N  K  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  E  K  A  P  W  S  L  Y  K  Q  K  R  Q  T  E  V  E  E  V  L  Y  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  E  S  V  R  L  A  A  Y  L  L  A  P  I  I  P  H  T  C  T  E  I  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Q  L  G  F  A  I  D  F  N  H  K  A  Q  T  F  I  T  T  P  F  S  S  H  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 N  W  G  I  L  S  D  I  Q  Q  L  G  E  P  R  P  V  F  Q  R  I  E  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531
 Q  K  V 
 -  -  - 
---------

met_bact_C_A_asiaticus

Class I

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_met_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  Q  Q  A  N  P  N  R  Y  T  I  T  A  A  L  P  Y  A  N  G  P  I  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  I  T  A  .  L  P  Y  A  N  G  P  I  H 
------------------------------ATTTTCAATACG---AAAAAGCAAAGTTGGAGCTGGCAATAA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  G  H  L  A  G  V  Y  I  P  A  D  I  Y  A  R  Y  L  R  S  K  K  K  E 
 I  G  H  L  A  .  V  Y  I  P  A  D  I  Y  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  - 
AGTTCCTGGCTTAAT---CTCCATACTACCTGCATTGTCCCAATCTAGATT---------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  I  F  I  S  G  S  D  E  H  G  V  P  I  T  I  R  A  Q  Q  E  G  I  T 
 -  I  F  I  S  G  S  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CTTCTGGCTGGTAAAAGGCAAAAAGGGTGC---------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  Q  Q  I  V  D  K  Y  H  H  L  N  K  Q  N  L  Q  D  L  G  I  S  F  D 
 -  -  -  -  -  D  K  Y  H  H  L  N  K  Q  N  L  Q  D  L  .  .  .  .  D 
---------------CACCTGTTCTGGCATGGTTTTGATTAAATGCCAAGGTGCTGT------------CTT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  F  S  R  T  S  S  E  V  H  H  Q  T  A  S  D  F  F  T  T  L  Y  N  K 
 I  F  S  R  T  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTGCCTGCTCTAGCTAGATC---------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  I  L  I  A  K  E  T  E  Q  Y  Y  D  P  A  S  H  Q  F  L  A  D  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  R  G  T  C  P  K  C  G  Y  T  D  A  Y  G  D  Q  C  E  V  C  G  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  S  P  E  E  L  I  D  P  R  S  A  L  S  G  E  T  P  I  L  K  A  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 H  W  Y  L  P  L  D  K  Y  E  N  W  L  K  H  W  I  L  E  T  H  T  D  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  S  N  V  Y  G  Q  C  K  S  W  L  E  Q  G  L  Q  P  R  A  V  T  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  D  W  G  V  P  V  P  L  P  E  A  Y  H  K  V  L  Y  V  W  F  D  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  P 
---------------------------------------------------ATTATCTTTACCCACAAAATG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  G  Y  I  S  A  T  K  E  W  A  I  E  N  N  Q  N  W  E  P  F  W  K  D 
 I  G  Y  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACTAGCTTGGT------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  T  T  K  L  V  H  F  V  G  K  D  N  I  V  F  H  C  I  I  F  P  V  M 
 -  -  -  -  -  V  H  F  V  G  K  D  N  I  V  F  .  C  I  I  F  P  V  M 
---------------GATAGGTGCATCAAACCACACATATAGCACTTT---GTAAGCTTCTGGTAACGGCAC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  Q  A  H  E  G  Y  I  L  P  E  Q  V  P  A  N  E  F  M  N  L  A  G  G 
 L  Q  A  H  -  -  -  -  -  P  .  Q  V  P  A  N  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGGAACTCCCCA---------------TAC---ACGAGGCTGTAAACC------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  I  S  T  S  R  N  H  A  V  W  L  H  E  Y  L  E  N  F  K  G  Q  Q  D 
 K  I  S  T  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCCATATACATTAGA---------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  L  R  Y  V  L  C  V  N  A  P  E  A  K  D  S  D  F  T  W  Q  D  F  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  K  N  N  N  E  L  V  A  T  L  G  N  F  V  N  R  T  L  V  L  I  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Y  Y  A  G  I  V  P  E  M  T  S  L  I  H  T  D  Q  A  I  I  I  Q  M  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  A  A  D  S  I  G  Q  S  I  E  K  Y  R  F  K  E  A  I  Q  K  W  M  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  A  R  A  G  N  K  Y  L  A  D  T  A  P  W  H  L  I  K  T  M  P  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  Q  T  I  L  N  I  S  L  Q  L  T  A  H  I  A  I  L  G  A  P  F  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  T  S  Q  K  L  S  Q  M  L  L  L  D  N  L  D  W  D  N  A  G  S  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  I  K  P  G  T  L  L  P  A  P  T  L  L  F  E  R  I  E  N  E  K  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557
 Q  E  Q  S  H 
 -  -  -  -  - 
---------------

met_euk_C_parvum_Iowa_II

Class I

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/amino acid sequences/Cparvum_met_aa

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/nucleotide sequences/Cparvum_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 K  R  S  F  R  V  Y  S  D  Y  C  R  N  N  L  T  Y  N  K  M  T  K  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  T  Y  R  N  S  S  G  K  Y  Y  Y  F  T  T  A  I  N  Y  T  N  G  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  F  T  T  .  I  N  Y  T  N  G  T  P 
---------------------------------TACTTCACGACT---ATAAACTATACTAATGGAACACCG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  M  G  H  A  Y  E  I  V  T  S  D  I  L  V  R  I  A  R  L  F  G  F  N 
 H  M  G  H  A  Y  E  I  V  T  S  D  I  L  V  R  I  -  -  -  -  -  -  - 
CATATGGGGCACGCATATGAAATAGTAACTTCTGATATTCTTGTTAGAATT---------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  R  F  Q  T  G  T  D  E  H  G  Q  K  I  A  A  T  A  E  K  K  G  I  S 
 -  R  F  Q  T  G  T  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AGATTTCAAACAGGAACTGATGAACATGGG---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  K  E  L  C  D  E  N  V  K  Q  F  K  N  M  N  E  K  L  Q  I  S  T  D 
 -  -  -  -  -  D  E  N  V  K  Q  F  K  N  M  N  E  K  L  .  .  .  .  D 
---------------GATGAAAATGTAAAACAATTTAAAAATATGAATGAAAAACTT------------GAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  F  I  R  T  T  D  A  D  H  Y  E  S  C  K  E  L  W  R  R  C  E  A  K 
 R  F  I  R  T  T  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGGTTTATTAGAACAACTGAT---------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  D  I  Y  L  G  K  Y  N  G  W  Y  N  V  R  E  E  S  F  M  T  E  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  K  M  L  N  Y  T  D  P  I  S  G  L  P  L  T  K  M  E  E  P  S  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  R  I  T  N  Y  L  E  S  I  K  N  H  I  I  D  N  P  E  F  I  Q  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  S  R  E  S  I  L  A  R  L  E  A  L  G  S  D  S  E  D  L  S  I  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  S  F  S  W  G  V  P  V  P  N  D  Q  E  H  V  M  Y  V  W  F  D  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  L 
---------------------------------------------------TATGTTTGGTTTGATGCTCTA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  N  Y  I  T  G  L  K  W  A  D  F  D  N  D  L  E  E  N  S  L  F  N  K 
 T  N  Y  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACAAATTATATT------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  W  E  N  T  V  H  I  V  G  K  D  I  T  W  F  H  S  V  I  W  P  A  M 
 -  -  -  -  -  V  H  I  V  G  K  D  I  T  W  F  .  S  V  I  W  P  A  M 
---------------GTTCATATCGTTGGTAAAGACATTACTTGGTTC---TCCGTAATCTGGCCTGCGATG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  L  S  V  G  L  S  L  P  K  T  I  F  A  H  G  F  V  T  A  P  D  G  K 
 L  L  S  V  -  -  -  -  P  .  T  I  F  A  H  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTATTAAGTGTC------------CCA---ACGATTTTTGCTCAT---------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  M  S  K  S  L  G  N  V  V  D  P  F  E  Q  I  D  K  I  G  S  D  P  F 
 K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAAATGAGTAAGAGC---------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  Y  Y  L  A  R  E  G  R  F  G  N  D  I  K  Y  Q  P  S  S  V  I  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  N  G  E  L  A  D  T  Y  G  N  L  I  S  R  I  T  N  L  T  H  K  F  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  G  V  A  P  S  L  S  Q  S  L  L  L  D  K  P  V  D  I  D  T  V  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  Y  Y  L  A  W  N  C  F  R  I  D  E  C  I  Q  I  A  M  D  L  S  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  N  K  F  L  T  D  H  A  P  W  N  K  D  N  G  K  S  D  E  E  R  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  I  R  I  V  L  E  G  S  Y  Y  I  S  I  L  L  S  P  F  I  T  L  A  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  E  V  F  N  R  L  G  T  P  E  K  I  I  P  E  V  D  I  N  Y  N  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  P  G  T  P  I  L  I  G  E  P  L  F  K  R  I  V  N  K  E  E  K  T  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  E  L  K  A  E  K  R  E  R  E  K  Q  R  R  S  G  N  K  K  L  S  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581
 K  D  K  G  K 
 -  -  -  -  - 
---------------

met_euk_C_subellipsoidea

Class I

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/amino acid sequences/Csubellipsoidea_met_aa

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/nucleotide sequences/Csubellipsoidea_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  A  L  H  T  S  R  E  A  L  L  A  A  Y  P  L  H  A  S  R  K  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  S  S  W  N  L  L  R  L  R  T  Q  G  T  R  V  N  A  E  P  H  M  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  R  L  R  T  .  G  T  R  V  N  A  E  P  H  M  G  S 
---------------------AGGCTGAGAACA---GGAACGCGGGTGAATGCAGAGCCGCACATGGGCAGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  Y  T  T  M  A  A  D  A  I  T  R  F  Q  R  L  R  G  K  R  V  S  F  V 
 A  Y  T  T  M  A  A  D  A  I  T  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  S  F  V 
GCTTACACCACCATGGCAGCAGATGCCATTACCAGGTTT------------------------AGCTTTGTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  G  T  D  E  H  G  E  K  I  A  E  A  A  A  K  K  G  Q  E  P  Q  Q  H 
 T  G  T  D  E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACCGGGACGGATGAACATGGA---------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 C  D  G  V  V  A  S  F  K  G  L  W  E  E  M  D  I  Q  Y  D  S  F  I  R 
 -  D  G  V  V  A  S  F  K  G  L  W  E  E  M  D  -  -  -  -  S  F  I  R 
---GATGGAGTCGTGGCATCTTTCAAGGGCCTGTGGGAGGAGATGGAC------------AGCTTCATTCGC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  T  D  P  K  H  A  T  V  V  R  A  I  L  D  R  V  W  E  K  G  D  I  Y 
 T  T  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACTACAGAC---------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  A  K  Y  E  G  W  Y  C  V  G  C  E  A  Y  K  D  D  S  E  M  E  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 H  A  C  P  F  H  K  T  R  C  V  E  R  E  E  E  N  Y  F  F  A  L  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  Q  Q  Q  I  Q  R  V  I  E  E  D  K  S  F  V  Q  P  A  A  R  R  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  L  G  W  V  E  A  G  L  R  D  F  S  I  S  R  A  A  V  S  W  G  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  P  R  D  P  A  Q  T  V  Y  V  W  F  D  A  L  L  G  Y  M  S  A  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  L  L  G  Y  M  -  -  -  - 
---------------------------TACGTTTGGTTCGACGCCCTCCTCGGCTACATG------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  E  G  A  S  P  D  E  A  E  L  A  A  R  G  W  P  A  D  V  H  L  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  L  V  G 
---------------------------------------------------------GTGCACCTGGTGGGC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  D  I  L  R  F  H  A  L  Y  W  P  G  M  L  L  S  A  G  L  P  L  P  R 
 K  D  I  L  R  F  .  A  L  Y  W  P  G  M  L  L  S  A  -  -  -  -  P  . 
AAGGACATTCTGCGCTTC---GCCCTCTACTGGCCCGGCATGCTCCTCTCCGCC------------CCC---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  I  F  A  H  G  F  L  T  K  D  G  M  K  M  G  K  S  L  G  N  I  L  E 
 K  I  F  A  H  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  .  .  S  .  .  .  .  .  . 
AAGATCTTCGCACAC------------------------AAGATG------TCC------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  R  K  L  L  A  A  Y  G  S  D  A  V  R  F  Y  F  L  K  E  V  V  F  G 
 .  .  K  .  .  .  .  .  .  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------AAG------------------TCC------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  D  G  D  F  S  E  Q  R  F  R  D  T  V  N  A  F  L  A  N  S  V  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  L  N  R  T  L  G  L  L  R  K  N  C  A  G  S  L  P  L  A  A  A  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  A  D  N  P  L  R  A  V  A  E  L  E  V  A  A  A  A  L  A  Y  E  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  L  H  D  A  L  E  A  V  V  A  I  A  G  R  G  N  L  Y  M  E  Q  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  W  T  A  F  K  K  G  T  D  E  E  K  R  A  A  E  L  A  L  V  A  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  A  V  R  I  V  A  V  L  L  S  P  V  T  P  R  L  S  S  E  I  Y  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  G  Y  G  P  E  A  Y  E  G  L  S  W  G  D  A  S  W  G  G  L  P  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Q  A  T  P  P  P  K  P  V  F  A  R  L  E  G  D  F  V  T  E  V  A  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559
 K  S  A  A  V  A  A 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

met_euk_L_infantum

Class I

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_met_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  K  F  F  T  E  K  A  N  H  Q  A  L  K  A  V  L  C  A  M  F  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  P  L  E  V  T  L  G  S  T  Y  S  T  P  Y  L  Q  L  P  K  S  R  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  Y  S  C  N  E  A  A  R  L  L  W  N  T  H  A  A  P  S  P  A  D  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  E  G  E  A  E  W  L  E  W  E  S  T  V  L  T  P  A  L  T  P  L  Y  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  R  R  I  T  G  E  A  E  V  A  L  K  K  L  D  S  T  I  E  E  H  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  V  A  V  K  G  A  P  S  S  T  S  F  L  V  D  S  V  L  F  A  S  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  A  L  C  E  G  G  L  L  P  A  A  Q  A  A  R  V  P  H  L  V  K  W  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  V  F  Q  A  E  H  A  E  L  I  A  S  A  F  D  V  L  S  V  Q  E  C  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  F  L  R  V  P  Q  T  Y  E  V  S  P  K  K  Q  K  V  F  F  A  T  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  A  T  T  . 
---------------------------------------------------------TTCGCCACGACG---

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  Y  Y  V  N  A  S  P  H  I  G  H  V  Y  S  T  L  I  V  D  V  L  G  R 
 I  Y  Y  V  N  A  S  P  H  I  G  H  V  Y  S  T  L  I  V  D  V  L  G  R 
ATCTACTACGTGAACGCGTCGCCACACATCGGCCACGTCTACAGCACGCTCATCGTCGACGTTCTCGGCCGC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  H  R  V  K  G  E  E  V  F  V  M  T  G  T  D  E  H  G  Q  K  V  A  E 
 Y  -  -  -  -  -  -  -  -  F  V  M  T  G  T  D  E  H  G  -  -  -  -  - 
TAT------------------------TTTGTGATGACGGGCACGGACGAGCACGGC---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  A  A  K  Q  G  V  S  P  M  D  F  T  T  S  V  S  S  E  F  K  Q  C  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  S  V  S  S  E  F  K  Q  C  F 
---------------------------------------ACGAGCGTGTCGAGCGAGTTTAAGCAGTGTTTC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  E  M  N  Y  D  M  N  Y  F  I  R  T  T  N  P  T  H  E  K  L  V  Q  D 
 K  E  M  N  -  -  -  -  Y  F  I  R  T  T  N  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAGGAGATGAAT------------TACTTCATCCGCACGACGAAC---------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  W  K  K  L  E  A  K  G  D  I  Y  L  G  K  Y  E  G  W  Y  S  V  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  S  F  L  T  A  Q  N  V  A  D  G  V  D  K  D  G  K  P  C  K  V  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  S  G  H  V  V  T  W  V  E  E  E  N  Y  M  F  R  L  S  A  F  R  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  L  K  Y  F  H  D  H  P  N  C  I  V  P  E  F  R  R  R  E  V  I  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  E  K  G  L  F  D  L  S  I  S  R  K  R  E  S  V  M  N  W  S  I  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  G  D  E  R  H  C  I  Y  V  W  L  D  A  L  F  N  Y  Y  T  G  A  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  L  D  A  L  F  N  Y  Y  -  -  -  -  - 
------------------------TACGTGTGGCTGGATGCCCTCTTCAACTACTAC---------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  V  A  A  D  G  T  E  T  L  D  E  D  H  H  T  L  N  R  W  P  A  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
---------------------------------------------------------------------GTG

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 H  V  V  G  K  D  I  L  K  F  H  A  I  Y  W  P  A  F  L  M  S  A  E  L 
 H  V  V  G  K  D  I  L  K  F  .  A  I  Y  W  P  A  F  L  M  S  A  -  - 
CACGTGGTCGGCAAGGACATCCTCAAGTTT---GCCATTTACTGGCCAGCCTTCCTGATGTCCGCG------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  L  P  E  R  L  V  S  H  G  W  W  T  K  D  R  R  K  I  S  K  S  L  G 
 -  -  P  .  R  L  V  S  H  -  -  -  -  -  -  -  -  K  I  S  K  S  -  - 
------CCG---CGGCTGGTGTCGCAT------------------------AAGATCAGCAAGTCG------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 N  A  F  D  P  V  E  K  A  K  E  F  G  I  D  A  L  K  Y  F  L  M  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 S  N  F  Q  D  D  G  D  Y  S  D  K  N  M  V  A  R  L  N  G  E  L  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 T  L  G  N  L  V  S  R  C  V  A  P  K  I  N  V  N  G  M  W  P  E  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 E  Y  S  E  S  D  K  T  L  I  A  S  L  N  N  L  A  G  T  V  D  H  Y  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 C  L  P  D  I  Q  H  A  L  I  A  I  F  D  V  L  R  S  L  N  A  Y  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 E  N  A  P  W  K  L  V  K  T  D  T  A  R  L  G  T  V  L  Y  V  T  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 G  L  R  I  C  T  M  F  L  Q  P  V  M  P  Q  K  A  K  E  I  M  D  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 G  V  P  E  A  A  R  V  D  M  E  N  Y  L  F  G  I  V  K  P  R  T  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 A  G  L  A  E  G  Q  V  I  F  Q  K  V  T  L  P  T  E  E  G  E  R  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747
 E  G  Q 
 -  -  - 
---------

met_euk_P_chromatophora

Class I

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_met_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  Y  T  V  T  T  P  L  Y  Y  V  N  D  R  P  H  L  G  S  A  Y  T  T 
 -  -  -  -  V  T  T  P  L  Y  Y  V  N  D  R  P  H  L  G  S  A  Y  T  T 
------------GTCACCACACCACTCTATTACGTTAATGATCGTCCTCATTTAGGAAGTGCTTATACAACT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  A  C  D  A  L  A  R  Y  Q  R  L  I  G  K  S  V  V  F  I  T  G  C  D 
 L  A  C  D  A  L  A  R  Y  Q  R  L  I  G  .  .  .  .  .  .  .  .  C  D 
TTAGCTTGTGATGCATTAGCACGCTATCAACGGCTAATAGGA------------------------TGTGAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  H  G  Q  K  I  Q  R  T  A  E  A  A  S  L  K  P  Q  E  S  C  N  Q  V 
 E  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  .  .  .  .  Q  V 
GAACATGGT------------------------------------------CAG------------CAAGTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  E  E  Y  H  H  L  W  S  R  W  Q  I  S  N  D  R  F  I  R  T  T  D  L 
 S  E  E  Y  H  H  L  W  S  R  W  .  .  .  .  D  R  F  I  R  T  T  D  - 
AGTGAAGAATATCATCATCTTTGGAGCCGTTGG------------GATCGTTTTATTCGTACTACCGAT---

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  H  Q  A  I  V  K  E  F  F  L  R  V  E  K  A  G  D  I  L  E  G  Q  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  G  W  Y  C  V  A  C  E  E  F  K  D  E  P  V  D  A  E  G  D  N  Q  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  I  H  Q  R  R  L  E  W  R  D  E  P  N  L  F  F  N  L  S  R  Y  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  I  E  E  L  I  Q  K  P  G  F  I  L  P  V  S  R  R  R  E  I  E  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  A  Q  G  L  H  N  F  S  I  S  R  I  N  L  P  W  G  I  P  V  P  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  D  H  T  F  Y  V  W  F  D  A  L  I  G  Y  L  T  A  L  L  E  P  S  D 
 -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A  L  I  G  Y  L  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------TATGTTTGGTTTGATGCGCTTATTGGGTATTTA------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  P  E  L  D  I  I  L  R  R  G  W  P  A  N  V  H  V  I  G  K  D  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  V  I  G  K  D  I  L 
---------------------------------------------GTACACGTTATAGGTAAAGACATTCTT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  F  H  A  V  Y  W  P  A  M  L  M  S  A  G  L  E  V  P  D  M  V  F  G 
 R  F  .  A  V  Y  W  P  A  M  L  M  S  A  -  -  -  -  P  .  M  V  F  G 
AGATTT---GCTGTATATTGGCCAGCAATGCTAATGTCAGCT------------CCA---ATGGTTTTTGGC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  G  F  L  T  R  E  G  K  K  M  G  K  S  L  G  N  I  L  D  P  E  L  L 
 H  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  G  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAT------------------------AAAATGGGAAAATCA------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  E  E  Y  G  R  D  S  V  R  W  Y  L  L  R  D  I  P  F  G  E  D  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  Q  K  K  R  F  I  D  L  I  N  N  D  L  S  N  T  I  G  N  L  L  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  L  S  M  A  R  R  W  F  A  N  A  V  P  D  C  R  E  A  V  T  D  Q  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  L  A  K  A  S  Q  S  A  I  L  I  N  I  T  A  L  D  K  L  E  F  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  A  E  A  T  L  D  L  A  A  Q  A  N  T  F  L  S  E  Q  A  P  W  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  K  Q  E  G  G  R  E  Q  V  G  A  D  L  Y  A  V  L  E  T  T  R  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  L  L  L  I  P  L  I  P  E  L  S  I  R  L  Q  K  Q  L  G  L  K  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  D  G  A  K  V  S  P  K  G  I  T  W  E  S  S  L  S  W  G  Q  L  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524
 G  S  H  L  P  E  P  I  P  V  M  A  R  L  E  N  N  T  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

met_euk_N_ceranae

Class I

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_met_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_met_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  K  K  V  P  S  K  K  I  I  T  S  A  L  P  Y  V  N  N  Q  P  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  I  T  S  .  L  P  Y  V  N  N  Q  P  H  L 
---------------------------ATAATTACAAGT---CTGCCATACGTTAACAACCAGCCACATTTA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  N  I  I  G  C  V  L  S  A  D  M  Y  A  R  F  C  R  K  N  N  E  D  V 
 G  N  I  I  .  C  V  L  S  A  D  M  Y  A  R  F  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGTAATATCATA---TGCGTGTTAAGTGCCGATATGTATGCAAGATTT------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  F  L  S  G  T  D  E  Y  G  T  A  I  E  M  A  A  F  A  Q  N  K  T  P 
 V  F  L  S  G  T  D  E  Y  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTTTTTTTGTCTGGTACTGACGAATATGGA------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  Q  I  C  E  E  N  R  I  I  H  K  K  I  Y  D  W  F  N  I  D  F  D  F 
 -  -  -  -  E  E  N  R  I  I  H  K  K  I  Y  D  W  F  .  .  D  -  -  F 
------------GAAGAAAACAGAATTATACATAAAAAAATTTATGACTGGTTT------GAT------TTT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  G  H  T  T  S  T  A  H  T  K  N  V  Q  D  F  F  N  K  I  H  N  N  G 
 F  G  H  T  T  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTGGACATACAACAAGC------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  F  T  E  Q  E  I  E  Q  F  F  C  D  K  C  Q  I  F  L  A  D  R  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  G  T  C  K  F  C  K  Y  T  D  A  K  G  D  Q  C  D  G  C  G  H  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  S  L  D  L  I  D  A  K  C  T  L  C  H  S  F  P  N  I  K  S  T  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  F  F  D  F  N  N  F  K  D  K  L  Q  K  L  F  N  T  N  S  Q  Y  W  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  N  G  K  Q  I  T  K  S  W  L  D  Q  E  L  L  P  R  C  M  T  R  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  N  R  W  G  V  P  V  P  L  K  D  F  E  E  K  V  F  Y  V  W  F  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  V  W  F  D  A 
------------------------------------------------------TATGTTTGGTTCGATGCA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  I  G  Y  F  T  F  Y  K  E  Y  V  A  A  R  S  E  S  K  E  L  D  K  N 
 V  I  G  Y  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTTATAGGATATTTT---------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  V  F  A  T  D  N  I  L  Q  D  C  E  L  V  Q  F  M  G  K  D  N  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Q  F  M  G  K  D  N  V  F 
------------------------------------------GTTCAGTTTATGGGTAAAGATAATGTATTT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  H  T  I  V  F  P  S  L  I  F  A  T  N  D  S  Y  P  L  I  K  K  L  S 
 F  .  T  I  V  F  P  S  L  I  F  A  T  -  -  -  -  -  -  I  K  .  L  S 
TTT---ACAATTGTATTTCCATCTTTAATATTTGCTACT------------------ATAAAA---CTGTCA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  T  E  F  L  L  F  E  N  E  K  F  S  K  S  R  G  H  G  I  F  G  L  D 
 V  T  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTTACT------------------------AAGTTTTCAAAAAGC---------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  V  D  N  T  M  G  Q  S  C  L  W  R  Y  Y  L  A  K  I  R  P  E  K  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  S  N  F  S  F  T  H  F  T  N  V  I  D  A  D  L  N  N  N  I  G  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 C  N  R  V  L  K  Y  I  K  N  K  N  D  K  L  I  S  I  D  K  L  E  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  D  L  M  V  Q  T  I  D  K  I  Y  K  E  Y  L  T  S  F  S  A  I  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  E  A  L  E  K  I  L  E  I  S  K  V  G  N  E  Y  V  Q  Q  V  V  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  I  E  V  P  K  G  F  Q  V  A  F  S  I  V  V  L  I  G  Q  L  L  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  I  P  V  S  S  E  K  L  L  K  M  C  N  R  K  K  E  N  F  C  E  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Y  I  I  K  S  A  E  I  G  D  D  I  K  P  L  F  N  K  L  D  D  S  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560
 E  R  I  K  N  F  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

trp_arch_P_delaneyi

Class I

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_trp_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  G  E  K  S  Y  K  L  D  P  W  A  S  A  V  K  L  E  Y  D  K  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  Y  F  G  I  K  P  F  Q  E  L  L  P  R  V  S  Q  V  F  G  E  P  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  M  K  R  G  V  I  F  G  H  R  D  Y  E  T  I  L  D  A  Y  K  S  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  I  A  L  V  T  G  F  M  P  S  G  K  F  H  F  G  H  K  M  V  A  D  Q 
 -  -  A  L  V  T  G  F  M  P  S  G  K  F  H  F  G  H  K  M  V  A  D  Q 
------GATTCCTCCCAGCCTACGCTGCTCCTCGACAGTAGCTCTTCCGCCAGTTAATGCACGCTTAAGCTT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  I  Y  Y  Q  K  L  G  F  E  V  F  I  V  I  A  D  A  E  A  Y  A  V  R 
 I  I  Y  Y  Q  K  .  .  .  E  V  F  I  V  I  A  D  A  E  .  .  .  V  - 
GCGAACAGCAACATCTAC---------TAGGAATATCGTATAGTCTGGCCTAGAGCT---------GTT---

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  L  D  R  K  K  V  I  E  I  G  L  Y  E  Y  V  A  N  L  I  A  L  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  I  E  I  G  L  Y  .  Y  V  A  N  L  I  A  L  .  . 
---------------------GTGATAGGTGGACGCTGG---CCTTAGCCCTAGCTCGTTCTCAAA------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  K  N  K  H  T  H  I  Y  F  Q  T  N  Y  E  K  P  Y  Y  R  L  I  Q  M 
 .  .  .  .  .  T  H  I  Y  F  Q  T  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GAACCTAATATGAGGGTCTTGGTC---------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  S  R  K  I  T  M  A  E  M  E  A  I  Y  G  D  L  E  P  G  K  V  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  A 
------------------------------------------------------------------TGGCTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  L  T  Q  A  A  D  I  L  H  P  Q  L  E  Y  F  G  G  F  K  Y  V  L  V 
 A  L  T  Q  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  V 
TAGATCACCATAGATAGCTTCCATTTC---------------------------------------GTAGTA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  V  G  A  D  Q  D  P  H  I  R  F  T  R  D  I  A  D  R  F  E  N  E  L 
 P  V  G  A  D  Q  D  P  H  I  R  F  T  R  D  I  A  D  R  F  -  -  -  - 
TGGCTTCTCATAGTTAGTCTGGAAGTATATATGGGTATGTTTGTTCTTCTCAAGTCCTAG------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  L  R  R  P  A  S  T  Y  H  R  F  Q  T  G  L  D  G  N  K  M  S  S  S 
 -  -  -  R  P  A  S  T  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  S  S 
---------CTCGTACAGTCCTATTTC------------------------------AGCATATGCTTCCGC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  P  D  Y  T  I  F  L  T  D  P  V  D  V  A  V  R  K  L  K  R  A  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  G  R  A  T  V  E  E  Q  R  R  L  G  G  I  P  E  K  C  T  I  Y  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  V  Y  H  L  L  R  D  D  R  E  L  V  R  I  Y  N  E  C  K  Q  G  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  C  G  P  D  K  Q  Y  A  A  E  L  L  A  K  F  L  E  E  H  Q  K  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376
 E  K  A  R  D  R  V  L  E  Y  V  E  P  P  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

trp_arch_S_acidocaldarius

Class I

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/amino acid sequences/Sacidocaldarius_trp_aa

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/nucleotide sequences/Sacidocaldarius_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  Q  D  F  T  V  T  P  W  E  V  K  G  K  V  D  Y  D  K  L  I  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  G  T  Q  K  M  T  S  E  L  K  E  R  A  K  R  A  I  N  D  E  L  H  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 M  L  R  R  D  V  F  F  S  H  R  D  F  D  L  I  L  N  D  Y  E  K  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  F  F  L  Y  T  G  R  A  P  S  L  G  M  H  I  G  H  L  I  P  F  I  F 
 -  -  F  L  Y  T  G  R  A  P  S  L  G  M  H  I  G  H  L  I  P  F  I  F 
------GAGCCACTGAAAAGCAACGTCTATATCTGGATTTCCGCCGTATTTCCTGTGAAGTTCCACTGTAGC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  K  W  L  Q  E  K  F  K  V  N  V  Y  I  E  I  T  D  D  E  K  F  L  R 
 T  K  W  L  Q  E  .  .  .  .  N  V  Y  I  E  I  T  D  D  E  .  .  .  . 
TTGCCCACCAGAAAATGC------------TTTTCTCTCAACAGTTTTAGGATCATCTGT------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  V  D  Y  T  L  D  Q  T  K  E  W  S  Y  E  N  I  L  D  I  I  A  V  G 
 .  .  .  .  T  -  -  -  -  K  E  W  S  Y  E  N  I  L  D  I  I  A  V  . 
------------TGA------------TCCTTCTGGTCCTGTAAGAGGAGGGAGGAACTTACTATGTAT---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  D  P  N  K  T  F  I  F  Q  D  T  E  Y  I  K  N  M  Y  P  L  S  V  K 
 .  .  .  .  .  T  F  I  F  Q  D  T  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CCCTAAGCTTTCAGCTATATCTCT---------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  A  K  K  L  T  F  N  E  V  R  A  T  F  G  L  D  T  S  S  N  I  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  F  Y  P  A  L  Q  I  V  P  T  M  F  E  K  R  R  C  L  I  P  A  G  I 
 -  F  Y  P  A  L  Q  I  V  P  T  M  -  -  -  -  -  -  L  I  P  A  G  I 
---ATTGGAGGAAGTATCAAGTCCAAATGTAGCTCT------------------TTTTTTAGCAACTTTTAC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  Q  D  P  Y  W  R  L  Q  R  D  I  A  E  S  L  G  Y  F  K  A  A  Q  I 
 D  Q  D  P  Y  W  R  L  Q  R  D  I  A  E  S  L  -  -  -  K  A  A  Q  I 
GGACAGTGGGTACATATTTTTAATGTACTCAGTGTCCTGGAATATGAA---------GGGATCGAACCCAAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  S  K  F  L  P  P  L  T  G  P  E  G  K  M  S  S  S  Q  P  E  T  A  I 
 H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  S  S  -  -  -  -  -  - 
AGC------------------------------------TGTCTGATCCAATGT------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  L  T  D  D  P  K  T  V  E  R  K  I  M  K  Y  A  F  S  G  G  Q  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  E  L  H  R  K  Y  G  G  N  P  D  I  D  V  A  F  Q  W  L  Y  M  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  P  D  D  Q  R  I  R  K  I  E  E  D  Y  R  S  G  A  M  L  T  G  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  Q  I  L  V  D  K  L  D  A  F  L  E  E  H  R  E  K  R  E  K  A  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381
 L  V  N  V  F  K  F  D  G  D  L  A  R  D  M  W  K  R  I  H  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

trp_arch_M_kandleri

Class I

Archaea/Methanopyrus kandleri/amino acid sequences/Mkandleri_trp_aa

Archaea/Methanopyrus kandleri/nucleotide sequences/Mkandleri_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  D  P  W  D  V  E  E  V  D  Y  E  R  L  T  E  E  F  G  I  R  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  E  K  V  R  E  L  L  P  R  R  F  P  L  L  D  R  G  I  V  F  G  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  Y  D  S  F  L  K  D  Y  N  D  G  K  L  V  S  V  L  S  G  M  M  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  L  S  G  M  M  P  S 
---------------------------------------------AGCGTCCTCAGCGGAATGATGCCCAGC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  R  M  H  L  G  H  K  T  V  V  D  Q  L  V  F  Y  Q  Q  E  M  D  V  K 
 G  R  M  H  L  G  H  K  T  V  V  D  Q  L  V  F  Y  Q  Q  .  .  .  .  K 
GGCCGAATGCACCTCGGCCACAAGACGGTCGTCGATCAACTAGTGTTTTACCAGCAG------------AAG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  Y  V  P  I  A  D  L  E  A  H  H  A  R  N  M  D  L  D  R  A  H  R  I 
 V  Y  V  P  I  A  D  L  E  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  R  I 
GTGTACGTTCCCATCGCCGACCTGGAGGCA---------------------------------CACAGGATC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  V  E  E  Y  V  L  N  Y  A  A  L  G  L  D  L  D  P  D  R  C  E  I  Y 
 A  V  E  .  Y  V  L  N  Y  A  A  L  .  .  .  .  .  .  .  .  C  E  I  Y 
GCCGTCGAA---TACGTCCTCAACTACGCCGCGTTG------------------------TGTGAGATCTAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  Q  S  E  R  K  T  V  Q  R  M  A  L  L  L  A  G  R  L  T  W  N  T  V 
 L  Q  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCCAATCCGAG------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  N  T  Y  G  F  T  G  E  T  N  M  G  H  A  F  A  P  I  V  Q  A  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  A  P  I  V  Q  A  A  D 
---------------------------------------------TTCGCGCCGATCGTCCAAGCCGCCGAT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  L  H  P  Q  E  I  E  G  P  H  R  V  L  V  P  V  G  V  D  Q  D  P  H 
 I  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  V  P  V  G  V  D  Q  D  P  H 
ATACTA---------------------------------CTCGTACCCGTAGGCGTCGATCAGGACCCTCAC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  R  L  T  R  D  I  A  E  K  E  D  L  I  K  P  A  S  T  Y  H  R  F  M 
 L  R  L  T  R  D  I  A  E  K  E  -  -  -  K  P  A  S  T  Y  -  -  -  - 
CTCCGGTTGACTCGGGATATAGCGGAAAAGGAG---------AAGCCGGCCAGCACGTAC------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  G  L  T  G  G  K  M  S  S  S  K  P  N  T  A  I  F  L  T  D  D  P  E 
 -  -  -  -  -  -  K  M  S  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------AAAATGTCC---------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  A  K  E  K  V  W  N  A  K  T  G  G  G  A  T  L  E  E  H  R  E  H  G 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  N  P  D  E  C  V  V  Y  E  L  M  V  Y  H  L  A  D  R  I  G  G  D  E 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  L  R  E  I  R  K  K  C  R  E  G  D  I  I  C  G  E  C  K  R  M  V  G 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  K  .  .  .  . 
---------------------------------------------------------AAA------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  A  L  A  E  I  L  E  E  L  E  R  R  R  E  D  V  R  D  E  L  P  D  L 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374
 L  S  Q  H  P  D  A  P  E  V  P  E  D  W 
 .  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TCA------------------------------------

trp_arch_M_thermautotrophicus

Class I

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/amino acid sequences/Mthermautotrophicus_trp_aa

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/nucleotide sequences/Mthermautotrophicus_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  D  P  W  G  S  A  K  L  E  Y  Q  D  L  I  E  N  F  G  V  R  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  E  V  L  D  E  V  P  E  P  S  W  L  M  R  R  G  I  I  F  G  H  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  E  R  I  I  S  A  M  K  K  G  E  D  F  A  V  V  T  G  M  M  P  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  V  V  T  G  M  M  P  S  G 
------------------------------------------GCGGTTGTAACAGGGATGATGCCAAGCGGA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  M  H  I  G  H  K  M  I  V  D  Q  L  R  W  Y  D  R  M  G  A  E  I  F 
 R  M  H  I  G  H  K  M  I  V  D  Q  L  R  W  Y  D  R  .  .  .  E  I  F 
AGGATGCATATAGGCCACAAGATGATCGTGGACCAGCTCAGATGGTACGACAGG---------GAGATATTC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  P  I  A  D  M  E  A  Y  S  A  R  G  V  D  F  E  D  S  R  R  I  A  I 
 I  P  I  A  D  M  E  .  .  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  R  I  A  I 
ATACCCATAGCAGACATGGAG------TCA---------------------------AGGAGGATAGCCATT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  E  Y  I  A  G  Y  I  A  L  G  L  D  L  E  K  D  N  I  H  V  Y  L  Q 
 E  .  Y  I  A  G  Y  I  A  L  .  .  .  .  .  .  .  .  I  H  V  Y  L  Q 
GAG---TACATCGCAGGGTACATTGCCCTC------------------------ATACACGTCTACCTCCAG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  E  N  L  M  V  E  D  L  A  Y  V  L  A  G  K  V  N  F  N  E  L  R  A 
 S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCAGAG------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  Y  G  F  T  G  S  T  S  M  A  H  M  Y  A  P  I  I  Q  V  S  D  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  A  P  I  I  Q  V  S  D  I  L 
---------------------------------------TACGCCCCCATAATACAGGTCTCAGACATCCTG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 H  P  Q  L  D  E  L  G  G  P  R  P  V  I  V  P  V  G  P  D  Q  D  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  V  P  V  G  P  D  Q  D  P  H 
---------------------------------------ATTGTCCCTGTGGGCCCGGACCAGGACCCCCAT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  R  L  T  R  D  I  A  A  R  F  R  D  R  Y  G  F  I  L  P  S  S  T  Y 
 I  R  L  T  R  D  I  A  A  R  F  -  -  -  -  -  -  -  L  P  S  S  T  Y 
ATAAGGCTGACACGGGATATAGCAGCCAGGTTC---------------------CTCCCCTCATCAACATAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  R  F  M  G  G  L  T  G  G  K  M  S  S  N  R  P  K  S  A  I  F  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  S  N  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------AAGATGTCAAGCAAC---------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  T  P  E  E  A  E  A  K  I  R  N  A  K  T  G  G  R  E  T  L  K  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  E  L  G  G  V  P  E  E  C  I  I  Y  E  T  L  L  Y  H  M  S  G  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  R  L  E  E  I  Y  E  S  C  R  N  G  T  L  M  C  G  E  C  K  N  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  E  F  I  R  K  F  F  E  E  L  S  V  K  R  E  K  A  L  P  A  A  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364
 I  L  E  G 
 -  -  -  - 
------------

trp_arch_P_aerophilum

Class I

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_trp_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  E  E  F  V  V  T  P  W  E  V  R  G  R  V  D  Y  E  K  L  L  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  G  A  K  P  L  T  K  D  E  V  A  L  L  E  K  Y  A  G  E  V  H  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  R  R  G  F  F  Y  A  H  R  D  F  D  F  I  M  K  W  H  G  E  G  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 W  A  L  Y  T  G  R  G  P  S  G  P  V  H  I  G  H  M  V  P  W  I  L  L 
 -  A  L  Y  T  G  R  G  P  S  -  P  V  H  I  G  H  M  V  P  W  I  L  L 
---CTCCGGGTTCCCCCCGTATTTCCTCTG---CTCTGCTGTTGGCCTGCCCCCGGTGAAGGCGTTCATTAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  W  F  S  D  K  F  G  L  E  V  Y  F  Q  I  T  D  D  E  K  F  Y  D  D 
 K  W  F  S  D  .  .  .  .  E  V  Y  F  Q  I  T  D  D  E  .  .  .  .  . 
CTTGCGCCTCACGGT------------TAGGGTGTATATGGCGGAGTCTGGGTTTGA---------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  E  M  K  L  E  E  A  T  N  W  A  Y  E  N  A  L  D  V  I  A  L  G  F 
 .  .  .  .  .  .  .  A  T  N  W  A  Y  E  N  A  L  D  V  I  A  L  .  . 
---------------------GAATTTTGAGTATAGAGTTGAGGGCTTGGGGTAGCCCAGGGCATC------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  P  E  R  L  H  L  I  I  D  T  K  D  I  K  P  L  Y  P  I  A  V  R  V 
 .  .  .  .  L  H  L  I  I  D  T  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GCGGAAGTAGGGGTCTTGATCTAT------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  K  K  L  T  W  N  T  V  K  A  T  F  G  F  T  D  S  T  N  I  G  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  Y  P  S  L  Q  I  A  V  A  F  L  P  T  E  L  R  R  E  A  T  P  V  L 
 F  Y  P  S  L  Q  I  A  V  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
TGTAAAGCCGAAAGTCGCCTTTACTGTATTCCA------------------------------------CAG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  P  C  A  I  D  Q  D  P  Y  F  R  L  A  R  D  I  A  D  A  L  G  Y  P 
 I  P  C  A  I  D  Q  D  P  Y  F  R  L  A  R  D  I  A  D  A  L  -  -  - 
CGGCTTTATGTCCTTCGTGTCTATTATTAAATGCAGCCTCTCTGGGGAGAAACCTAGGGCAAT---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  P  S  T  L  Y  S  K  F  I  M  A  L  T  G  E  S  K  M  S  A  S  N  P 
 K  P  S  T  L  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  A  S  -  - 
GGCGTTTTCATACGCCCA---------------------------------GTCGTAGAACTTCTC------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  S  A  I  Y  T  L  D  D  E  K  T  V  R  R  K  V  M  N  A  F  T  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  P  T  A  E  E  Q  R  K  Y  G  G  N  P  E  V  C  P  V  F  H  Y  H  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  F  D  P  D  D  A  S  V  E  K  I  R  Q  D  C  K  S  G  A  L  L  C  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  C  K  L  K  L  H  E  K  I  T  K  F  L  K  E  H  R  E  R  R  E  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375
 R  G  K  V  D  E  Y  R  L  S  V  K  L  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

trp_arch_M_acetivorans

Class I

Archaea/Methanosarcina acetivorans/amino acid sequences/Methanosarcina_acetivorans_trp_aa

Archaea/Methanosarcina acetivorans/nucleotide sequences/Methanosarcina_acetivorans_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  T  K  L  D  P  W  S  S  S  D  I  T  D  Y  S  K  L  F  E  E  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  S  P  F  E  N  V  L  P  E  I  P  S  P  H  M  Y  M  R  R  K  V  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  H  R  D  Y  E  Q  I  A  E  A  M  R  T  G  A  P  F  S  V  M  D  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  M  D  G  F 
------------------------------------------------------TTCAAAGACCGAACATTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 M  P  S  G  K  V  H  L  G  H  K  M  V  M  D  Q  I  V  W  H  Q  E  M  G 
 M  P  S  G  K  V  H  L  G  H  K  M  V  M  D  Q  I  V  W  H  Q  E  .  . 
CTCGGGTTTTCCTCCCAGTTTTTTCTGCTCTTCGAGGGTTACGCAGCCCCCGGTTTTTGCCCGCTT------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  S  A  F  V  G  I  A  D  R  E  A  F  S  V  R  G  F  S  W  Q  K  C  R 
 .  S  A  F  V  G  I  A  D  R  E  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  C  R 
---TGCCCCTTCCTTCGGGGAGTCCGTAAGGGC---------------------------------CCCACC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  I  G  V  E  E  Y  I  L  S  L  I  A  L  G  F  K  P  D  G  L  I  Y  F 
 E  I  G  V  E  .  Y  I  L  S  L  I  A  L  G  -  -  -  -  -  L  I  Y  F 
CTGCAGTCCGCTCAT---CCTGTGGTAGGTGGAGGCTGGAGGAAT---------------GAACTCGACTGT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  S  G  C  G  S  V  K  D  L  A  F  E  L  G  A  K  V  N  F  S  E  L  S 
 Q  S  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACTTCCCT---------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  I  Y  G  F  S  G  E  T  S  L  S  H  M  L  S  V  A  T  Q  A  A  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  S  V  A  T  Q  A  A  D  I 
------------------------------------------CTCTTTCTGGGCGGTTTTTCCCCTGACGCT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  Q  P  Q  L  E  E  F  G  G  P  K  P  V  V  V  P  V  G  P  D  Q  D  P 
 L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  V  P  V  G  P  D  Q  D  P 
CAG---------------------------------------CCTGAACATGTTCATCTTGCCTGCAAGCCC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  L  R  L  T  R  G  L  A  G  K  M  N  M  F  R  V  E  E  R  E  D  V  K 
 H  L  R  L  T  R  G  L  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCTTGTCAGGCGGAGGTGAGGGTCCTGGTC------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  G  R  K  Y  L  S  V  R  G  K  T  A  Q  K  E  A  L  Q  E  L  K  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  P  G  K  V  K  L  Y  E  E  H  I  D  V  L  E  Y  P  D  L  A  G  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  L  V  R  E  V  T  V  E  F  G  G  Y  A  F  I  P  P  A  S  T  Y  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  A  S  T  Y  -  - 
------------------------------------------------GAGGGCAATAAGGCTTAA------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  M  S  G  L  Q  G  G  K  M  S  S  S  I  P  E  S  Q  I  A  L  T  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------CTTCTGCCAGGAAAA---------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  K  E  G  A  K  K  V  K  R  A  K  T  G  G  C  V  T  L  E  E  Q  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  G  G  K  P  E  E  C  S  V  F  E  L  M  L  F  H  L  I  A  S  D  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  L  E  I  K  Q  E  C  I  S  G  T  R  M  C  G  S  C  K  Q  L  A  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  M  Q  E  F  L  K  D  H  Q  E  K  R  E  L  A  R  E  H  L  D  E  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437
 I  I  Y  K  D 
 -  -  -  -  - 
---------------

trp_arch_N_equitans

Class I

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_trp_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  K  V  T  P  W  E  V  Q  I  K  D  E  S  D  Y  Q  R  L  I  E  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  V  K  P  I  D  E  K  L  K  E  K  L  K  E  Y  T  K  E  L  H  P  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  R  N  I  F  Y  A  H  R  D  L  D  L  V  L  K  D  Y  E  E  G  R  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  L  Y  T  G  I  A  P  S  K  G  K  M  H  I  G  H  L  V  P  F  I  L  T 
 F  L  Y  T  G  I  A  P  S  K  .  K  M  H  I  G  H  L  V  P  F  I  L  T 
CCAAAAGAACACAACATCTATATCTGGGTT---TCCATATTTTCTATGTAATTCCAAAGTAGGTTGCCCTCC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  W  F  Q  E  K  F  D  V  N  V  Y  I  M  F  P  D  E  E  K  Y  W  A  K 
 R  W  F  Q  E  .  .  .  .  N  V  Y  I  M  F  P  D  E  E  .  .  .  .  . 
AGAAAAGGCTTTCAT------------TACTTCTTCATAGCTATCATCTAAAAATAT---------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  V  D  D  Y  K  E  V  R  R  K  I  K  E  M  H  A  K  Y  I  A  A  L  G 
 .  V  -  -  -  -  -  -  R  R  K  I  K  E  M  H  A  K  .  I  A  A  L  . 
---AGA------------------CCCCCTTAATCCCCAAATCATTTTGCTTAA---TTCTGCAGCTTT---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  D  P  D  K  T  F  M  F  I  N  S  E  Y  I  K  H  L  Y  S  A  A  I  P 
 .  .  .  .  .  T  F  M  F  I  N  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AGCTATGTCTCTTTGAAGTCTAAA---------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  A  R  H  I  N  L  S  Q  A  R  A  V  F  G  F  N  D  S  T  S  V  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  F  Y  T  V  L  Q  I  V  P  T  F  F  E  N  K  R  P  L  I  P  A  G  I 
 -  F  Y  T  V  L  Q  I  V  P  T  F  -  -  -  -  -  -  L  I  P  A  G  I 
---ATTAAACCCAAATACTGCTCTCGCTTGTGATAA------------------TGGTATCGCTGCAGAGTA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  Q  D  P  Y  F  R  L  Q  R  D  I  A  P  K  L  N  K  Y  K  A  A  E  I 
 D  Q  D  P  Y  F  R  L  Q  R  D  I  A  P  K  L  -  -  -  K  A  A  E  I 
TAAATGTTTTATATATTCAGAATTAATGAACATAAAAGTTTTGTCTGG---------CAATGCCGCAATATA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  S  K  M  I  W  G  L  R  G  P  Y  T  K  M  S  S  S  D  P  D  S  A  I 
 L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  S  S  -  -  -  -  -  - 
TTT------------------------------------ATAATCATCAACTTT------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  L  D  D  S  Y  E  E  V  K  R  K  I  M  K  A  F  S  G  G  Q  P  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  L  H  R  K  Y  G  G  N  P  D  I  D  V  V  F  F  W  L  K  A  L  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  D  T  K  K  L  K  E  L  E  Q  S  Y  R  E  G  T  L  T  T  G  E  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  Y  A  I  E  K  I  W  R  F  L  K  D  L  Q  E  K  A  K  K  V  D  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377
 K  Y  F  Y  D  G  K  L  A  K  Q  M  W  E  W  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

trp_arch_T_acidophilum

Class I

Archaea/Thermoplasma acidophilum/amino acid sequences/Tacidophilum_trp_aa

Archaea/Thermoplasma acidophilum/nucleotide sequences/Tacidophilum_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  N  P  W  S  S  S  D  F  F  D  Y  E  R  L  K  R  E  F  G  I  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 M  N  V  P  F  D  H  F  L  F  R  R  H  L  I  L  G  Q  R  S  I  D  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  Y  A  L  K  H  H  M  K  F  N  V  M  T  G  L  M  P  S  G  E  M  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  V  M  T  G  L  M  P  S  G  E  M  H  L 
------------------------------AACGTTATGACTGGCCTCATGCCTTCAGGAGAGATGCATCTT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  N  K  S  A  I  D  Q  V  I  F  F  Q  K  L  G  G  R  V  S  I  A  V  A 
 G  N  K  S  A  I  D  Q  V  I  F  F  Q  K  .  .  .  R  V  S  I  A  V  A 
GGCAACAAGAGCGCCATAGACCAGGTCATCTTCTTCCAGAAG---------AGGGTTTCCATAGCGGTGGCT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  L  E  S  Y  S  T  R  G  I  S  L  E  R  A  R  E  V  A  I  E  K  Y  I 
 D  L  E  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  A  R  E  V  A  I  E  .  Y  I 
GATCTCGAA---------------------------------GCCAGGGAAGTTGCCATAGAG---TACATA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  N  Y  I  A  M  G  L  E  P  C  E  I  Y  F  Q  S  R  N  S  D  V  Q  F 
 L  N  Y  I  A  M  .  .  .  .  C  E  I  Y  F  Q  S  R  -  -  -  -  -  - 
TTGAACTACATTGCCATG------------TGCGAGATATATTTTCAGTCCAGA------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  A  Y  M  L  G  N  R  T  N  M  S  E  L  R  S  L  Y  G  F  T  D  T  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  L  L  H  I  N  A  P  L  I  Q  A  A  D  V  L  H  T  Q  M  K  K  Y  G 
 -  -  -  -  -  N  A  P  L  I  Q  A  A  D  V  L  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AATGCGCCGCTGATACAGGCCGCAGACGTACTG------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  P  A  P  T  V  V  P  V  G  F  D  Q  D  P  H  L  R  L  M  R  D  L  A 
 -  -  -  -  -  V  V  P  V  G  F  D  Q  D  P  H  L  R  L  M  R  D  L  A 
---------------GTCGTGCCTGTTGGCTTCGATCAGGACCCGCACCTGAGATTGATGAGGGACCTTGCC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  R  M  R  I  F  N  I  Q  L  E  N  D  L  V  V  S  V  R  G  K  D  D  P 
 K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAG---------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  E  Y  I  D  M  A  Y  E  Y  L  S  S  R  Y  T  N  V  K  K  D  Y  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  V  V  R  A  D  G  V  D  Q  Q  D  L  V  G  I  D  L  D  L  A  H  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  K  Y  N  D  F  A  F  I  A  P  S  A  T  Y  Q  K  L  M  K  G  L  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  P  S  A  T  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------GCTCCGTCTGCAACATAC---------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  K  M  S  S  S  V  P  D  S  L  I  S  L  N  D  D  P  K  E  A  R  R  K 
 -  K  M  S  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AAGATGTCTTCATCC------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  M  A  G  M  T  G  G  R  D  T  E  E  E  Q  R  R  L  G  G  E  P  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 C  P  I  F  D  L  Y  N  Y  E  I  D  D  D  K  H  V  K  E  V  Y  D  D  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  N  G  K  R  M  C  G  F  C  K  R  E  I  A  D  R  M  A  S  W  L  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426
 L  S  K  K  R  E  E  A  R  E  K  L  S  L  Y  I  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

trp_arch_A_fulgidus

Class I

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/amino acid sequences/trp_Arc_A_fulgidus

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/nucleotide sequences/Afulgidus_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  V  T  P  W  E  V  E  G  V  I  D  Y  S  K  L  I  E  E  F  G  M  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  F  S  E  V  L  P  E  I  D  N  P  H  I  L  M  R  R  G  A  I  F  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  D  Y  W  R  I  I  E  A  M  R  K  K  E  P  W  A  V  M  S  G  F  M  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  V  M  S  G  F  M  P 
------------------------------------------------GACCACACATCTATCCGGCTCACC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  G  L  P  H  F  G  H  K  M  T  M  D  E  I  V  W  H  Q  S  A  G  G  K 
 S  G  L  P  H  F  G  H  K  M  T  M  D  E  I  V  W  H  Q  S  .  .  .  K 
GCCAAGCCTTCTCTGCTCCTCGGCTGTCGCCCTTCCACCCGTGAAGGCCTTCATGACCTT---------CTC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  F  V  A  I  A  D  M  E  A  H  S  V  R  G  L  S  W  E  K  T  R  E  L 
 A  F  V  A  I  A  D  M  E  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  T  R  E  L 
TTCAGGAGGGTCGAGGAGGGAGATGTA---------------------------------AGTAAGCCCTGT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  M  L  Y  I  K  S  I  I  A  L  G  L  R  E  D  A  V  I  Y  F  Q  S  K 
 G  M  -  Y  I  K  S  I  I  A  L  .  .  .  .  .  A  V  I  Y  F  Q  S  K 
CGTAAA---GTGGTAGGTTGAGGATGGGGGAAT---------------AATTTCAACCTCTATCTTTCTCAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  S  H  V  K  D  L  A  F  E  L  S  A  E  V  N  F  S  E  L  R  A  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  F  N  S  D  T  S  L  A  K  M  F  V  T  A  I  Q  A  A  D  I  L  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  V  T  A  I  Q  A  A  D  I  L  -  - 
---------------------------------CCTGCTCCTAACTCTCACTCCTCCTTCAACTGG------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  L  E  E  F  G  G  P  K  P  V  V  V  P  V  G  A  D  Q  D  P  H  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  V  P  V  G  A  D  Q  D  P  H  M  R 
---------------------------------CGTCAGTCGCATGTGGGGGTCCTGATCAGCCCCAACAGG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  T  R  D  L  A  A  R  I  S  I  F  S  F  E  P  V  E  G  G  V  R  V  R 
 L  T  R  D  L  A  A  R  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACCACCACTGGCTTTGGCCCTCCAAA---------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  R  K  G  A  E  Y  L  S  S  L  R  D  L  E  F  D  K  K  I  Y  E  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 M  D  I  F  G  E  A  E  E  I  E  R  A  V  R  K  I  E  V  E  I  G  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  F  I  P  P  S  S  T  Y  H  R  F  T  T  G  L  T  G  G  K  M  S  S  S 
 -  -  -  P  P  S  S  T  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  S  S 
---------GGCGATGATGGATTTGAT------------------------------CCAGCTCAAACCCCT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  P  E  S  Y  I  S  L  L  D  P  P  E  E  G  A  K  K  V  M  K  A  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  G  R  A  T  A  E  E  Q  R  R  L  G  G  E  P  D  R  C  V  V  F  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  S  F  H  L  I  D  S  D  E  E  L  N  Q  I  E  A  E  C  R  E  G  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  C  G  K  C  K  K  M  A  A  E  L  V  K  S  F  L  K  E  H  Q  E  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420
 E  A  V  D  L  S  N  Y  T  I  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

trp_arch_M_hungatei

Class I

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_trp_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  T  E  V  V  N  P  W  A  S  D  Q  S  V  D  I  E  R  L  H  A  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  I  E  R  I  E  T  V  I  D  L  L  P  E  T  P  D  F  I  R  R  G  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  G  H  R  D  Y  H  Q  I  A  N  A  I  R  T  N  E  P  F  N  V  M  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  V  M  T  G 
---------------------------------------------------------ACACTTGTCTGCCTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  M  P  S  G  H  P  H  L  G  H  L  M  V  M  K  E  V  V  W  H  V  Q  Q 
 F  M  P  S  G  H  P  H  L  G  H  L  M  V  M  K  E  V  V  W  H  V  Q  . 
CCCTCCCAGCTCTTTCTGTTCCTGGAGTGTCATCCGGCCACCGGTCAGGGCTGCCATGATCTTTCTGGT---

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  G  R  G  Y  I  C  I  A  D  R  E  A  H  A  V  R  N  L  T  W  E  Q  C 
 .  .  R  G  Y  I  C  I  A  D  R  E  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  C 
------GTCATCCTCATAAAACCCGATGATACTCTC---------------------------------ACC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  K  Y  G  D  E  Y  L  S  C  L  Y  A  L  G  Y  H  G  E  T  Y  E  Q  S 
 R  K  Y  G  D  -  Y  L  S  C  L  Y  A  L  G  -  -  -  E  T  Y  E  Q  S 
GGGCATGAACCGGTG---GGTTGCGGACGGAGTGACAAACCCATA---------GGTTCGCTCTATTGCCCT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  N  R  V  V  Q  D  L  A  F  E  A  S  A  K  V  N  F  S  E  L  S  A  I 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAC---------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  G  F  T  P  D  T  D  I  G  H  A  M  S  V  L  T  Q  V  A  D  I  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  S  V  L  T  Q  V  A  D  I  L  - 
------------------------------------GGCTTCTTTTGACCGGACACTGACATGGGTGTC---

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  Q  V  N  E  E  P  A  P  T  I  V  P  V  G  L  D  Q  D  P  H  I  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  V  P  V  G  L  D  Q  D  P  H  I  R  L 
------------------------------AGCTACTCCTCTTGTCAGACGGATATGCGGATCCTGGTCAAG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  R  G  V  A  H  K  L  R  M  F  T  V  E  D  R  D  T  H  V  S  V  R  S 
 T  R  G  V  A  H  K  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCCCACCGGCACGATGGTCGGGGC------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  E  A  P  E  E  A  M  E  A  I  H  K  A  F  R  G  S  K  R  Y  E  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  D  I  F  N  V  P  L  D  V  V  K  K  T  V  R  A  I  E  R  T  H  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  G  F  V  T  P  S  A  T  F  H  R  F  M  P  G  L  T  G  G  K  M  S  S 
 -  -  -  -  T  P  S  A  T  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  S 
------------GAGGCAGGAGAGGTATTC------------------------------GAGGTTTCGTAC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  I  P  E  S  I  I  G  F  Y  E  D  D  K  T  V  T  R  K  I  M  A  A  L 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGC---------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  G  G  R  M  T  L  Q  E  Q  K  E  L  G  G  E  A  D  K  C  P  V  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  N  L  F  H  M  V  S  D  D  A  E  L  A  E  I  R  R  K  C  M  A  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  M  C  G  Q  C  K  K  D  S  A  A  R  V  L  A  F  L  D  E  F  R  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422
 M  A  V  A  A  D  Q  I  R  S  E  K  S  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

trp_arch_P_horikoshii

Class I

Archaea/Pyrococcus horikoshii/amino acid sequences/Phorikoshii_trp_aa

Archaea/Pyrococcus horikoshii/nucleotide sequences/Phorikoshii_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  E  E  F  K  V  T  P  W  E  V  E  G  V  V  D  Y  D  K  L  I  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  G  T  S  P  L  T  E  D  L  L  E  K  T  A  E  L  T  K  S  E  L  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  F  R  R  K  F  F  F  S  H  R  D  Y  D  L  I  L  K  D  Y  E  E  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  F  F  L  Y  T  G  R  G  P  S  G  P  M  H  I  G  H  I  I  P  F  F  A 
 -  -  F  L  Y  T  G  R  G  P  S  G  P  M  H  I  G  H  I  I  P  F  F  A 
------TTCCTTTATACTGGAAGAGGACCAAGTGGGCCAATGCACATAGGGCATATAATTCCATTTTTTGCC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  K  W  L  Q  E  K  F  G  V  N  L  Y  I  Q  I  T  D  D  E  K  F  L  F 
 T  K  W  L  Q  E  .  .  .  .  N  L  Y  I  Q  I  T  D  D  E  .  .  .  . 
ACAAAATGGCTACAGGAG------------AACTTATACATCCAGATAACCGACGATGAA------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  E  N  L  T  F  D  D  T  K  R  W  A  Y  D  N  I  L  D  I  I  A  V  G 
 .  .  .  .  T  -  -  -  -  K  R  W  A  Y  D  N  I  L  D  I  I  A  V  . 
------------ACC------------AAACGATGGGCTTACGACAATATATTAGACATAATCGCAGTG---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  D  P  D  K  T  F  I  F  Q  N  S  E  F  T  K  I  Y  E  M  A  I  P  I 
 .  .  .  .  .  T  F  I  F  Q  N  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------ACATTCATATTCCAAAATAGCGAA---------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  K  K  I  N  F  S  M  A  K  A  V  F  G  F  T  E  Q  S  K  I  G  M  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  F  P  A  I  Q  I  A  P  T  F  F  E  R  K  R  C  L  I  P  A  A  I  D 
 F  F  P  A  I  Q  I  A  P  T  F  -  -  -  -  -  -  L  I  P  A  A  I  D 
TTCTTCCCAGCGATCCAAATAGCCCCCACATTC------------------CTAATCCCAGCAGCAATAGAT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  D  P  Y  W  R  L  Q  R  D  F  A  E  S  L  G  Y  Y  K  T  A  A  L  H 
 Q  D  P  Y  W  R  L  Q  R  D  F  A  E  S  L  -  -  -  K  T  A  A  L  H 
CAGGATCCTTATTGGAGACTACAGAGAGATTTCGCTGAAAGCCTA---------AAGACCGCAGCACTTCAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  K  F  V  P  S  L  T  S  L  S  G  K  M  S  A  S  K  P  E  T  A  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  A  S  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------AAAATGAGCGCCTCA---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  T  D  S  P  E  D  V  E  K  K  V  W  K  F  T  L  T  G  G  R  P  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  E  Q  R  E  K  G  G  E  P  E  K  C  V  V  F  K  W  L  E  I  F  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  D  D  K  K  L  K  E  R  Y  Y  A  C  K  N  G  E  L  T  C  G  E  C  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  Y  L  I  S  K  I  Q  E  F  L  K  E  H  Q  R  R  R  K  K  A  E  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  E  K  F  K  Y  T  G  K  L  A  Q  E  M  W  N  E  A  I  P  E  P  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386
 R  S 
 -  - 
------

trp_arch_P_occultum

Class I

Archaea/Pyrodictium occultum/amino acid sequences/Poccultum_trp_aa

Archaea/Pyrodictium occultum/nucleotide sequences/Poccultum_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  E  E  F  R  L  D  P  W  A  S  A  V  R  L  E  Y  E  K  L  F  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  G  I  K  P  F  R  E  L  L  P  R  V  T  E  V  L  G  E  P  L  H  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  R  G  V  I  F  G  H  R  D  F  D  S  V  L  E  A  Y  R  S  G  E  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  L  V  T  G  F  M  P  S  G  R  F  H  F  G  H  K  M  V  A  D  Q  I  I 
 A  L  V  T  G  F  M  P  S  G  R  F  H  F  G  H  K  M  V  A  D  Q  I  I 
GCCCTTGTAACCGGCTTCATGCCCAGCGGCCGCTTCCACTTCGGCCACAAGATGGTGGCGGATCAGATAATA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  Y  Q  K  L  G  F  E  I  F  I  V  I  A  D  A  E  A  Y  A  V  R  K  L 
 Y  Y  Q  K  .  .  .  E  I  F  I  V  I  A  D  A  E  .  .  .  V  -  -  - 
TACTACCAGAAG---------GAGATATTCATTGTTATAGCTGACGCGGAG---------GTC---------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  R  R  K  V  I  E  T  G  L  Y  E  Y  V  A  N  L  I  A  L  G  L  E  K 
 -  -  -  -  -  I  E  T  G  L  Y  .  Y  V  A  N  L  I  A  L  .  .  .  . 
---------------ATAGAGACGGGCCTCTAC---TACGTTGCCAACCTCATAGCCCTG------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  R  H  T  H  I  Y  F  Q  T  N  Y  E  T  P  Y  Y  R  L  I  Q  M  F  S 
 .  .  .  T  H  I  Y  F  Q  T  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------ACCCACATATACTTCCAGACCAAC---------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  K  I  T  M  A  E  M  E  A  I  Y  G  D  L  E  P  G  K  V  M  A  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  A  A  L 
------------------------------------------------------------ATGGCCGCGCTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  Q  A  A  D  I  L  H  P  Q  L  D  Y  F  G  G  F  K  H  V  L  V  P  V 
 T  Q  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  V  P  V 
ACCCAGGCTGCAGACATACTA---------------------------------------CTCGTACCCGTT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  A  D  Q  D  P  H  I  R  L  A  R  D  I  A  D  R  F  E  N  E  L  G  L 
 G  A  D  Q  D  P  H  I  R  L  A  R  D  I  A  D  R  F  -  -  -  -  -  - 
GGAGCCGATCAAGACCCACACATAAGGCTTGCAAGAGATATCGCTGACAGGTTT------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  R  P  A  S  T  Y  H  R  F  Q  S  G  L  D  G  N  K  M  S  S  S  R  P 
 -  R  P  A  S  T  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  S  S  -  - 
---AGGCCGGCCTCGACCTAC------------------------------AAGATGAGCAGCTCT------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  Y  T  I  F  L  S  D  P  I  D  V  A  V  R  K  L  K  N  A  L  T  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  A  T  V  E  E  Q  R  R  L  G  G  E  P  E  K  C  T  V  Y  E  F  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  H  L  V  R  D  D  K  K  L  A  R  I  Y  Q  E  C  R  G  G  R  L  L  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  P  D  K  Q  Y  A  A  E  L  L  A  K  F  L  E  E  H  Q  R  K  L  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374
 A  K  D  R  V  L  E  Y  V  E  P  P  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

trp_arch_Halobacterium

Class I

Archaea/Halobacterium sp./amino acid sequences/Halobacterium_trp_aa

Archaea/Halobacterium sp./nucleotide sequences/Halobacterium_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  D  D  S  V  T  P  Y  A  V  E  G  D  V  D  Y  E  K  L  L  A  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  A  D  A  L  A  D  D  Q  R  E  R  F  P  D  H  P  L  V  R  R  G  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  A  G  R  G  V  D  D  F  L  D  A  E  V  Q  S  I  V  T  G  I  G  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  I  V  T  G  I  G  P  S 
---------------------------------------------TCCATCGTCACCGGCATCGGGCCGTCC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  P  M  H  L  G  H  A  M  V  F  Y  F  A  K  R  L  Q  D  E  L  G  A  R 
 G  P  M  H  L  G  H  A  M  V  F  Y  F  A  K  R  L  Q  D  .  .  .  .  R 
GGCCCGATGCACCTCGGCCACGCGATGGTGTTCTACTTCGCGAAGCGCCTGCAGGAC------------CGC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  Y  V  P  L  S  D  D  E  K  Y  W  F  K  D  Q  T  P  A  E  T  G  D  Y 
 V  Y  V  P  L  S  D  D  E  .  .  .  .  .  .  .  T  -  -  -  -  G  D  Y 
GTCTACGTCCCGCTCTCGGACGACGAG---------------------ACG------------GGCGACTAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  R  E  N  L  R  D  L  L  A  V  G  F  D  P  D  L  T  R  F  V  V  D  T 
 L  R  E  N  L  R  D  L  L  A  V  .  .  .  .  .  .  T  R  F  V  V  D  T 
CTCCGGGAGAACCTGCGGGACCTGCTCGCCGTC------------------ACGCGCTTCGTCGTGGACACG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  D  A  D  V  V  Y  P  L  A  T  A  F  G  K  D  I  T  H  S  T  L  E  S 
 K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAA---------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  Y  G  T  P  E  N  V  G  Q  G  F  Y  P  A  V  Q  T  A  H  L  L  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  Y  P  A  V  Q  T  A  H  L  L  -  - 
---------------------------------TTCTACCCCGCGGTCCAGACGGCCCACCTGCTG------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  L  V  H  G  E  H  E  T  L  V  P  I  A  V  D  Q  D  P  H  V  R  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  V  P  I  A  V  D  Q  D  P  H  V  R  V  S 
---------------------------CTCGTCCCCATCGCGGTGGACCAGGACCCCCACGTGCGGGTGAGC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  D  V  A  A  K  A  R  Y  P  V  G  K  P  G  A  L  L  M  Q  F  L  P  S 
 R  D  V  A  A  K  A  -  -  -  -  -  K  P  G  A  L  L  -  -  -  -  -  - 
CGCGACGTCGCCGCGAAAGCC---------------AAGCCCGGCGCGCTGCTG------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  G  G  P  G  K  M  S  S  S  E  G  V  A  I  R  L  T  D  D  P  D  T  V 
 -  -  -  -  -  K  M  S  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AAGATGAGCAGTTCC------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  Q  K  I  R  K  H  A  Y  T  G  G  Q  S  S  V  E  A  H  R  E  Q  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  P  E  V  D  V  P  F  Q  Y  M  S  A  F  F  E  P  D  D  D  E  L  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  E  R  E  Y  R  A  G  D  L  L  S  G  E  L  K  E  L  A  A  D  R  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  F  L  E  G  H  Q  D  R  R  D  E  L  D  D  V  E  A  E  L  P  A  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377
 L  T  E  N  E  R  G  R  A  R  D  A  V  G  F  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

trp_bact_E_coli

Class I

Bacteria/Escherichia coli/amino acid sequences/Ecoli_trp_aa

Bacteria/Escherichia coli/nucleotide sequences/Ecoli_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  K  P  I  V  F  S  G  A  Q  P  S  G  E  L  T  I  G  N  Y  M  G  A 
 -  -  -  -  I  V  F  S  G  A  Q  P  S  G  E  L  T  I  G  N  Y  M  .  A 
------------CACAAAACCAATCGCTTCGTACACCGCTTTTAGCGTACGGGAAGCGTGTGCGCT---TTT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  R  Q  W  V  N  M  Q  D  D  Y  H  C  I  Y  C  I  V  D  Q  H  A  I  T 
 L  R  Q  W  V  N  M  Q  D  D  -  H  C  I  Y  C  I  V  D  Q  H  -  -  - 
TTCTGCGCCGTCTTTCATCACCTGTTGCAG---GGCTTCATCGTTGCGGAAACGGTGGTAACG---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  R  Q  D  A  Q  K  L  R  K  A  T  L  D  T  L  A  L  Y  L  A  C  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  K  A  T  L  D  T  L  A  L  Y  L  A  C  .  . 
------------------------ATCAGCCACTTCACCTTTCAGATGACCATACATCTTGCCTTC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  P  E  K  S  T  I  F  V  Q  S  H  V  P  E  H  A  Q  L  G  W  A  L  N 
 .  .  .  .  S  T  I  F  V  Q  S  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------CGGGATGCTCTGGCCCGTTACCGC------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 C  Y  T  Y  F  G  E  L  S  R  M  T  Q  F  K  D  K  S  A  R  Y  A  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  N  A  G  L  F  D  Y  P  V  L  M  A  A  D  I  L  L  Y  Q  T  N  L  V 
 -  -  -  -  -  -  D  Y  P  V  L  M  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  L  V 
------------------CAGGCCGATAACGTTATTGCGGTTATCGTCAGA---------------GGTCGG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  V  G  E  D  Q  K  Q  H  L  E  L  S  R  D  I  A  Q  R  F  N  A  L  Y 
 P  V  G  E  D  Q  K  Q  H  L  E  L  S  R  D  I  A  Q  R  F  -  -  -  - 
CTCCAGCAGCGACATTACGCGCGCGCCAGATTTCGGAATAAACGGCTCTGGCACCTTAAA------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  D  I  F  K  V  P  E  P  F  I  P  K  S  G  A  R  V  M  S  L  L  E  P 
 -  -  -  -  -  -  P  E  P  F  I  P  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------GGCGATATCGCGGCTCAG------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  K  K  M  S  K  S  D  D  N  R  N  N  V  I  G  L  L  E  D  P  K  S  V 
 -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------AGTTTGATACAGCAG---------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  K  K  I  K  R  A  V  T  D  S  D  E  P  P  V  V  R  Y  D  V  Q  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  G  V  S  N  L  L  D  I  L  S  A  V  T  G  Q  S  I  P  E  L  E  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  E  G  K  M  Y  G  H  L  K  G  E  V  A  D  A  V  S  G  M  L  T  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Q  E  R  Y  H  R  F  R  N  D  E  A  F  L  Q  Q  V  M  K  D  G  A  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334
 A  S  A  H  A  S  R  T  L  K  A  V  Y  E  A  I  G  F  V  A  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

trp_bact_C_aggregans

Class I

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_trp_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  R  K  P  R  V  F  S  G  I  Q  P  S  G  N  L  H  I  G  N  Y  L  G 
 -  -  -  -  -  R  V  F  S  G  I  Q  P  S  G  N  L  H  I  G  N  Y  L  . 
---------------CGGCAACACAAAACCCACCCGTTCAAGGATCAGGGTCATCTTGGGTTCGGCGAC---

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  I  Q  Q  W  V  A  G  Q  G  Q  K  T  N  F  I  C  I  V  D  L  H  A  I 
 A  I  Q  Q  W  V  A  G  Q  G  Q  -  T  N  F  I  C  I  V  D  L  H  -  - 
ACGCGCCTGTTCGGCGCCAATCGCTAAAATGCG---TAGCTCTGCCGGATCGTCCATCAACTGATA------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  V  P  Q  E  P  A  A  L  H  R  Q  T  R  E  L  A  A  L  L  L  A  C  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  R  Q  T  R  E  L  A  A  L  L  L  A  C  . 
---------------------------CACAACCTCGGCCAATTCACTTTTTAGTGCGCCATACCCTTT---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  D  P  Q  Q  T  T  L  F  V  Q  S  H  V  R  A  H  A  E  C  A  W  V  F 
 .  .  .  .  .  T  T  L  F  V  Q  S  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GATCTCAGGCCGACTTTTTCCGGT---------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  C  L  T  P  L  G  W  L  E  R  M  T  Q  Y  K  T  K  A  Q  K  Q  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  M  T  G  L  L  T  Y  P  V  L  M  A  A  D  I  L  L  Y  D  A  D  E  V 
 -  -  -  -  -  -  T  Y  P  V  L  M  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  E  V 
------------------ATCGACGATCCGAATAGCATGACCGCGAGTGGT---------------CTTGGA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  V  G  E  D  Q  K  Q  H  I  E  L  T  R  D  L  A  Q  R  F  N  Y  L  Y 
 P  V  G  E  D  Q  K  Q  H  I  E  L  T  R  D  L  A  Q  R  F  -  -  -  - 
CGTCGGATCGTTCAAGCCCATAATGCGGGCTCCGCTCTCACGGATGACCGGCTCAGGAAT------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  E  T  F  V  I  P  E  P  V  I  R  E  S  G  A  R  I  M  G  L  N  D  P 
 -  -  -  -  -  -  P  E  P  V  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------CCGCTGTGCCAGATCGCG------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  S  K  M  S  K  S  D  T  T  R  G  H  A  I  R  I  V  D  E  P  D  E  I 
 -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CTCATCGGCGTCATA---------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  W  A  I  K  R  A  V  T  D  S  Y  N  E  I  R  F  S  D  D  P  D  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  V  N  N  L  L  Q  I  Y  E  L  L  T  G  K  S  R  P  E  I  E  A  H  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  G  K  G  Y  G  A  L  K  S  E  L  A  E  V  V  I  E  S  L  R  P  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  R  Y  Y  Q  L  M  D  D  P  A  E  L  D  R  I  L  A  I  G  A  E  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  A  V  A  E  P  K  M  T  L  I  L  E  R  V  G  F  V  L  P  N  D  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

trp_bact_C_jejuni

Class I

Bacteria/Campylobacter jejuni/amino acid sequences/Cjejuni_trp_aa

Bacteria/Campylobacter jejuni/nucleotide sequences/Cjejuni_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  V  L  T  G  L  Q  P  S  G  D  L  H  I  G  N  Y  F  G  A  I  K  Q 
 -  R  V  L  T  G  L  Q  P  S  G  D  L  H  I  G  N  Y  F  .  A  I  K  Q 
---AGAGTATTAACAGGCCTTCAGCCAAGTGGCGATTTGCATATAGGTAATTATTTT---GCGATTAAGCAA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 M  V  D  A  Q  E  K  S  Q  M  F  M  F  I  A  N  Y  H  A  M  T  S  S  Q 
 M  V  D  A  Q  E  K  -  Q  M  F  M  F  I  A  N  Y  H  -  -  -  -  -  - 
ATGGTAGATGCACAAGAAAAA---CAAATGTTTATGTTTATTGCTAATTATCAT------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  G  E  K  L  K  Q  N  S  L  K  A  A  A  A  F  L  S  L  G  I  D  P  Q 
 -  -  -  -  -  K  Q  N  S  L  K  A  A  A  A  F  L  S  L  .  .  .  .  . 
---------------AAACAAAATTCCTTAAAAGCTGCTGCGGCTTTTTTAAGCCTT---------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  S  V  F  W  L  Q  S  D  V  K  E  V  M  E  L  Y  W  I  L  S  Q  F  T 
 .  S  V  F  W  L  Q  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AGCGTTTTTTGGTTGCAAAGTGAT---------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  M  G  L  L  E  R  A  H  S  Y  K  D  K  V  A  K  G  L  S  A  S  H  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  F  S  Y  P  V  L  M  A  A  D  I  L  L  F  D  T  R  I  V  P  V  G  K 
 -  -  S  Y  P  V  L  M  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  I  V  P  V  G  K 
------TCTTATCCTGTTTTAATGGCGGCAGATATTTTA---------------ATTGTCCCTGTAGGAAAA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  Q  I  Q  H  V  E  I  A  R  D  I  A  L  K  V  N  N  E  W  G  E  I  F 
 D  Q  I  Q  H  V  E  I  A  R  D  I  A  L  K  V  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATCAAATCCAGCATGTTGAAATCGCACGCGATATTGCTTTAAAAGTT------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  L  P  E  A  R  V  N  E  E  V  A  V  V  V  G  T  D  G  A  K  M  S  K 
 -  -  P  E  A  R  V  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K 
------CCAGAAGCGAGAGTTAAT------------------------------------AAAATGAGTAAA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  Y  Q  N  T  I  D  I  F  S  S  E  K  T  L  K  K  Q  I  S  S  I  V  T 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCT---------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  S  T  A  L  E  D  P  K  D  H  E  N  C  N  I  F  K  I  A  K  L  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  E  S  G  Q  K  E  L  Q  I  R  Y  E  K  G  G  E  G  Y  G  H  F  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  L  N  E  L  V  N  A  Y  F  K  E  A  R  E  K  Y  N  E  L  L  E  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  H  L  K  E  I  L  D  F  G  A  T  K  A  R  K  I  A  Q  E  K  M  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319
 I  Y  E  K  I  G  L 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

trp_bact_P_mikurensis

Class I

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/amino acid sequences/Pmikurensis_trp_aa

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/nucleotide sequences/Pmikurensis_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  K  D  A  A  S  V  T  P  G  R  R  R  I  L  T  G  L  Q  P  S  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  I  L  T  G  L  Q  P  S  G  Q 
---------------------------------------GCCGGCGAGGACCGCGTTCGCGGCGGCGGCTCC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  H  L  G  N  Y  C  G  A  I  Q  P  L  L  G  L  Q  E  A  A  A  A  G  E 
 L  H  L  G  N  Y  C  .  A  I  Q  P  L  L  G  L  Q  E  A  -  -  -  -  - 
CTCGCGGAGCACGCCGTCGAC---CGCGTCGTCCCGGAGGATCTCCGCCCGCCGGGC---------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  K  L  F  V  F  V  A  S  Y  H  A  L  T  S  V  A  D  P  A  V  L  R  A 
 -  K  L  F  V  F  V  A  S  Y  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  A 
---GTCCATGACCAGTTCGAAGAGAGCCTGCTT---------------------------------CGCCCG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  C  R  R  V  V  I  D  Y  L  A  F  G  L  D  P  A  K  I  N  L  Y  L  Q 
 N  C  R  R  V  V  I  D  Y  L  A  F  .  .  .  .  .  .  I  N  L  Y  L  Q 
GTACCGGTCCGCGAGGGCGAGCGTCCGCAGGTCGTC------------------GAAGATCCGGAACACGGC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  D  V  P  A  V  T  E  L  A  W  L  L  A  C  V  C  P  K  A  A  M  D  R 
 Q  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGAAGC------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  V  A  Y  K  E  K  V  D  R  G  A  K  P  S  L  G  L  F  T  Y  P  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  P  V  L 
---------------------------------------------------------CCCGTCGACGCCCGG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  A  A  D  I  L  G  V  R  P  D  A  V  P  V  G  A  D  Q  T  Q  N  V  E 
 Q  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  A  V  P  V  G  A  D  Q  T  Q  N  V  E 
CAGCGTCCCGCCGTCGGC---------------GGGCACCTTGAAGACATCGCCGTAGGTCCGGTTGAACCG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  A  R  D  L  A  G  R  F  N  R  T  Y  G  D  V  F  K  V  P  E  L  L  V 
 Y  A  R  D  L  A  G  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  L  L  V 
CCCCGCCAGGTCGCGGGCGTACTCGAC------------------------------GGCGTCGGGCCGAAC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  A  D  G  G  T  L  P  G  V  D  G  E  K  M  S  K  S  Y  G  N  T  I  D 
 R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  - 
GCC------------------------------------CAAGCCCAGCGAAGG------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  F  M  D  E  K  P  L  R  K  R  I  M  K  I  K  T  D  S  A  D  P  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  K  D  P  E  A  S  A  V  F  R  I  F  S  Q  I  A  G  A  D  D  L  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  A  L  A  D  R  Y  R  A  S  G  E  A  G  M  G  Y  G  E  A  K  Q  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  E  L  V  M  D  H  F  G  P  A  R  A  R  R  A  E  I  L  R  D  D  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  D  G  V  L  R  E  G  A  A  A  A  N  A  V  L  A  G  V  M  D  D  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342
 R  A  C  G  L  R 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

trp_bact_S_elongatus

Class I

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_trp_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  S  S  G  T  I  V  L  C  S  H  L  D  S  A  C  P  M  G  K  P  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  V 
------------------------------------------------------------------CGCGTT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  S  G  V  Q  P  T  G  N  L  H  L  G  N  Y  L  G  A  I  R  N  W  V  E 
 L  S  G  V  Q  P  T  G  N  L  H  L  G  N  Y  L  .  A  I  R  N  W  V  E 
CTTTCCGGCGTTCAACCGACCGGCAACTTGCACCTCGGCAACTATCTC---GCGATTCGCAATTGGGTCGAA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  Q  Q  Q  Y  D  N  F  F  C  V  V  D  L  H  A  I  T  V  P  H  E  A  A 
 G  Q  Q  Q  -  D  N  F  F  C  V  V  D  L  H  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCCAACAGCAG---GACAACTTTTTCTGTGTGGTTGATCTGCAT---------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  L  A  E  N  T  Y  R  T  A  A  L  Y  L  A  C  G  I  D  L  S  C  S  T 
 -  -  A  E  N  T  Y  R  T  A  A  L  Y  L  A  C  .  .  .  .  S  -  -  T 
------GCCGAAAACACCTATCGGACGGCGGCGCTCTATCTCGCCTGC------------AGC------ACC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  F  V  Q  S  H  V  P  A  H  S  E  L  T  W  L  L  N  C  I  T  P  L  N 
 I  F  V  Q  S  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTTTTGTCCAGTCTCAT------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  L  E  G  M  I  Q  F  K  E  K  A  L  K  Q  G  E  N  V  S  T  G  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  Y  P  V  L  M  A  A  D  I  L  L  Y  D  A  D  R  V  P  V  G  E  D  Q 
 D  Y  P  V  L  M  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  R  V  P  V  G  E  D  Q 
GATTACCCCGTGCTGATGGCAGCAGATATTCTG---------------CGCGTGCCGGTGGGCGAAGACCAA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  Q  H  L  E  L  T  R  D  I  A  V  R  I  N  H  L  F  G  R  D  D  T  P 
 K  Q  H  L  E  L  T  R  D  I  A  V  R  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAGCAACACTTGGAGTTGACCCGCGACATTGCGGTTCGCATC------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  F  K  L  P  E  P  L  I  P  K  A  G  A  R  V  M  S  L  T  D  G  T  K 
 -  -  -  -  P  E  P  L  I  P  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------CCGGAGCCATTGATTCCC------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  M  S  K  S  D  P  T  E  L  S  R  I  N  L  L  D  P  P  E  L  I  E  K 
 K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAAATGTCGAAGTCC---------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  V  K  R  C  K  T  D  P  Q  R  G  L  E  F  D  N  P  D  R  P  E  C  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 N  L  L  S  L  Y  A  I  L  S  G  R  S  R  E  T  V  A  A  E  C  A  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  W  G  Q  F  K  P  L  L  A  E  A  A  I  E  A  L  R  P  I  Q  T  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  E  V  R  S  E  P  G  Y  L  D  S  V  L  K  Q  G  R  E  R  A  S  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355
 A  N  A  T  L  R  R  V  Q  D  A  L  G  F  S  R  P  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

trp_bact_B_fragilis

Class I

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_trp_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  K  E  K  I  I  L  T  G  D  R  P  T  G  K  L  H  I  G  H  Y  V  G 
 -  -  -  -  -  I  I  L  T  G  D  R  P  T  G  K  L  H  I  G  H  Y  V  . 
---------------ATCATATTAACAGGCGACCGTCCTACCGGAAAGCTCCACATCGGACACTACGTA---

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  L  K  R  R  V  E  L  Q  N  S  G  S  F  D  K  T  F  I  F  I  A  D  A 
 S  L  K  R  R  V  E  L  Q  N  S  -  -  -  D  K  .  F  I  F  I  A  D  A 
TCGCTGAAACGGAGAGTCGAACTGCAAAACTCC---------GACAAA---TTCATCTTCATTGCCGATGCA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  A  L  T  D  N  I  D  N  P  E  K  V  R  Q  N  V  I  E  V  A  L  D  Y 
 Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  Q  N  V  I  E  V  A  L  D  Y 
CAG------------------------------------CGTCAGAACGTAATTGAAGTAGCTCTCGATTAT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  A  C  G  L  D  P  E  K  S  T  I  F  I  Q  S  Q  I  P  E  L  C  E  L 
 L  A  C  .  .  .  .  .  .  S  T  I  F  I  Q  S  Q  -  -  -  -  -  -  - 
CTGGCTTGC------------------TCAACCATCTTCATCCAGTCCCAG---------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  F  Y  Y  M  D  L  V  T  V  S  R  L  Q  R  N  P  T  V  K  T  E  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 M  R  N  F  E  T  S  I  P  V  G  F  F  T  Y  P  I  S  Q  A  A  D  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  P  I  S  Q  A  A  D  I  T 
---------------------------------------ACTTACCCCATCAGTCAGGCTGCCGACATCACT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  F  R  A  T  T  V  P  V  G  E  D  Q  E  P  M  I  E  Q  A  R  E  I  V 
 -  -  -  -  -  T  V  P  V  G  E  D  Q  E  P  M  I  E  Q  A  R  E  I  V 
---------------ACCGTACCGGTTGGTGAAGACCAGGAGCCCATGATCGAGCAAGCCAGAGAGATTGTC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  R  F  N  Y  I  Y  G  E  T  L  V  E  P  E  I  L  L  P  D  N  A  A  C 
 R  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  I  L  L  P  -  -  -  -  - 
CGCCGTTTC------------------------------CCGGAGATCCTTTTACCG---------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  R  L  P  G  T  D  G  K  A  K  M  S  K  S  L  G  N  C  I  Y  L  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------AAGATGAGTAAATCG---------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  A  D  E  I  Q  K  K  V  M  S  M  F  T  D  P  D  H  L  R  V  Q  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  K  I  E  G  N  T  V  F  T  Y  L  D  A  F  C  R  P  E  H  F  E  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  P  D  Y  P  N  L  N  E  L  K  A  H  Y  Q  R  G  G  L  G  D  V  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  R  F  L  N  S  I  M  Q  E  E  L  E  P  I  R  N  R  R  K  E  F  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  I  P  A  I  Y  E  M  L  R  K  G  C  E  V  A  R  A  A  A  A  D  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  D  V  R  K  A  M  K  I  N  Y  F  D  D  A  E  L  I  N  E  Q  V  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363
 F  N  K 
 -  -  - 
---------

trp_bact_H_aurantiacus

Class I

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/amino acid sequences/Haurantiacus_trp_aa

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/nucleotide sequences/Haurantiacus_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  S  L  P  R  V  F  S  G  I  Q  P  S  G  N  L  H  L  G  N  Y  L  G 
 -  -  -  -  -  R  V  F  S  G  I  Q  P  S  G  N  L  H  L  G  N  Y  L  . 
---------------CGGGTTTTTTCGGGCATTCAACCATCAGGCAATTTGCACCTTGGCAACTATTTG---

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  I  H  T  W  V  Q  E  Q  N  Q  Y  D  N  F  F  C  I  V  D  L  H  A  I 
 A  I  H  T  W  V  Q  E  Q  N  Q  -  D  N  F  F  C  I  V  D  L  H  -  - 
GCGATTCATACCTGGGTGCAAGAGCAAAATCAA---GATAATTTCTTCTGTATTGTCGATCTGCAT------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  V  P  Q  D  P  A  E  L  R  K  N  V  R  D  L  A  A  L  Y  L  A  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  K  N  V  R  D  L  A  A  L  Y  L  A  A  . 
---------------------------CGCAAAAATGTGCGCGATTTGGCCGCGCTGTATCTGGCCGCA---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  S  L  E  H  A  T  I  F  V  Q  S  H  V  P  A  H  V  E  L  G  W  I  L 
 .  .  .  .  .  A  T  I  F  V  Q  S  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GCCACGATTTTTGTCCAATCGCAT---------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  C  Q  T  P  L  G  W  L  N  R  M  T  Q  F  K  D  K  S  Q  K  Q  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  A  A  G  L  M  N  Y  P  T  L  M  A  A  D  I  L  L  Y  D  T  Q  V  V 
 -  -  -  -  -  -  N  Y  P  T  L  M  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  V  V 
------------------AATTATCCAACGCTGATGGCTGCTGATATTTTG---------------GTTGTG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  V  G  D  D  Q  R  Q  H  I  E  L  T  R  D  I  A  E  R  F  N  H  L  Y 
 P  V  G  D  D  Q  R  Q  H  I  E  L  T  R  D  I  A  E  R  F  -  -  -  - 
CCAGTGGGCGACGATCAACGTCAGCATATTGAGCTAACTCGCGATATTGCCGAGCGTTTT------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  E  T  F  V  I  P  E  A  L  I  R  P  V  A  A  R  V  M  G  L  D  D  P 
 -  -  -  -  -  -  P  E  A  L  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------CCCGAGGCCTTGATTCGG------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  Q  K  M  S  K  S  N  K  A  A  N  H  S  I  P  L  L  G  D  L  K  A  T 
 -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------AAGATGAGCAAGAGC---------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  K  A  M  M  R  A  V  T  D  S  G  S  E  I  K  F  D  E  T  R  P  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  N  L  L  G  I  Y  Q  A  L  T  G  K  D  K  A  T  I  E  A  E  F  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Q  G  Y  G  K  L  K  G  A  V  A  D  V  V  I  A  T  L  E  P  L  Q  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  N  Q  L  T  A  D  P  A  E  L  D  G  I  L  K  R  G  A  E  R  A  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328
 V  A  N  A  T  L  L  R  A  Y  Q  Q  L  G  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

trp_bact_G_obscuriglobus

Class I

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/amino acid sequences/Gemmata_trp_aa

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/nucleotide sequences/Gemmata_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  V  S  V  R  P  R  I  L  S  G  V  Q  P  S  G  K  L  H  L  G  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  R  I  L  S  G  V  Q  P  S  G  K  L  H  L  G  N  Y 
---------------------CCCGACGGACTGCCGCACCAGTTGCAACGTGATCTGCGCCGCCGCACGGGC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  G  A  I  K  Q  H  I  E  R  Q  D  T  G  E  C  F  Y  F  I  A  D  Y  H 
 F  .  A  I  K  Q  H  I  E  R  Q  D  T  -  E  C  F  Y  F  I  A  D  Y  H 
CTT---GGCGCCGGCGGTGAGCACCTCCTCGACGTACCC---GTCGCGCGCGAGTTGCTTCCGGCGCTCGCG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  L  T  S  L  K  E  A  E  E  K  E  A  G  T  A  A  K  N  K  S  I  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  P  A  R  Q  I  L  A  E  N  V  R  D  V  A  L  D  Y  L  A  L  G  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  A  E  N  V  R  D  V  A  L  D  Y  L  A  L  .  .  . 
---------------------CATCGGGTTCCGGTACAGGTCGGCCATCTCGGCCTGCTCGGC---------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  A  K  A  S  F  F  R  Q  S  D  V  P  E  V  C  E  L  A  W  F  F  S  S 
 .  A  -  -  S  F  F  R  Q  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CAG------CAGCGCAAACGCGTTGCACTT---------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  F  G  T  A  H  L  E  R  A  H  S  Y  K  D  K  V  A  R  G  I  T  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  G  L  F  T  Y  P  L  L  M  A  A  D  I  L  I  Y  R  S  H  L  V  P  V 
 -  -  -  -  T  Y  P  L  L  M  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  L  V  P  V 
------------GCCGTCGGTACCCGGCACGACCGCGGCTTCGTT---------------GAGCGGGAAAAT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  K  D  Q  E  Q  H  L  E  M  T  R  D  V  A  G  A  F  N  N  A  Y  G  E 
 G  K  D  Q  E  Q  H  L  E  M  T  R  D  V  A  G  A  F  -  -  -  -  -  - 
CTCTCCGTAGGCGTTGTTGAACGCCCCGGCGACATCGCGGGTCATCTCCAGGTG------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  F  P  L  P  D  G  V  Y  N  E  A  A  V  V  P  G  T  D  G  Q  K  M  S 
 -  -  -  -  P  D  G  V  Y  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S 
------------GTGCGAACGGTAGATGAG---------------------------------CAGCCCGAC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  S  Y  G  N  T  I  E  I  F  A  E  G  K  P  L  K  N  A  V  M  G  V  V 
 K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCTCGG------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  D  S  T  P  V  E  E  P  K  N  P  D  K  C  N  A  F  A  L  Y  K  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  T  A  A  E  Q  A  E  M  A  D  L  Y  R  N  P  M  K  G  A  E  G  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  R  P  F  G  Y  G  D  A  K  T  L  L  L  A  K  I  D  S  Y  F  A  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  E  R  R  K  Q  L  A  R  D  P  G  Y  V  E  E  V  L  T  A  G  A  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359
 A  R  A  A  A  Q  I  T  L  Q  L  V  R  Q  S  V  G  M  G  S  R  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

trp_bact_C_thermalis

Class I

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/amino acid sequences/Cthermalis_trp_aa

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/nucleotide sequences/Cthermalis_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  M  R  V  L  S  G  I  Q  S  T  G  N  L  H  L  G  N  Y  L  G  A  I 
 -  -  -  R  V  L  S  G  I  Q  S  T  G  N  L  H  L  G  N  Y  L  .  A  I 
---------TACGGAGAAGCCCAAAGCTGTTTTAACTTTGCTCAGGGTATCGTTAGCGATCGC---TGCTTT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  N  W  V  E  G  Q  S  Q  Y  E  N  Y  L  F  V  A  D  L  H  A  I  T  V 
 R  N  W  V  E  G  Q  S  Q  -  E  N  Y  L  F  V  A  D  L  H  -  -  -  - 
TTGCTTGCCATCGCGCAATACTGACTC---ATATCCCTTATCTGCCATTACCTCGTTGTA------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  H  K  P  E  E  L  A  A  N  T  Y  T  L  A  A  L  Y  L  A  C  G  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  A  A  N  T  Y  T  L  A  A  L  Y  L  A  C  .  .  . 
---------------------TGTTTCGGTTAGCAGTGGTTTAAATTGTCCCCAGCCCATATC---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  K  Y  S  T  I  F  I  Q  S  H  V  P  A  H  S  E  L  T  W  L  F  N  C 
 .  .  .  S  T  I  F  I  Q  S  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TTCCTGCTTGGTTTTGCCAGATAG---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  T  P  L  N  W  L  E  D  M  I  Q  F  K  E  K  A  V  K  Q  G  E  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  V  G  L  L  D  Y  P  V  L  M  A  S  D  I  L  L  Y  Q  P  D  K  V  P 
 -  -  -  -  -  D  Y  P  V  L  M  A  S  D  I  L  -  -  -  -  -  K  V  P 
---------------ATTAATTCGACTCAACTCTGAGGGGTCTGACTT---------------TCCGTCTGT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  G  E  D  Q  K  Q  H  L  E  I  T  R  D  I  A  A  R  F  N  Y  Q  F  A 
 V  G  E  D  Q  K  Q  H  L  E  I  T  R  D  I  A  A  R  F  -  -  -  -  - 
CAGACTCATCACCCTTGCGCCTTCTGCCCGAATCAAAGGTTCTGGTAACTTCAACAC---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  E  N  P  V  L  K  L  P  E  P  L  I  R  A  E  G  A  R  V  M  S  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  P  L  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------AATGTCGCGAGTAATTTC------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  G  T  K  K  M  S  K  S  D  P  S  E  L  S  R  I  N  L  L  D  T  P  D 
 -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TTGATAGAGTAAGAT---------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  I  Q  Q  K  I  K  R  C  K  T  D  P  I  R  G  L  V  F  D  D  P  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  E  C  N  N  L  L  T  L  Y  M  L  L  S  G  K  T  K  Q  E  V  A  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 C  Q  D  M  G  W  G  Q  F  K  P  L  L  T  E  T  A  I  A  A  L  K  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Q  D  K  Y  N  E  V  M  A  D  K  G  Y  L  E  S  V  L  R  D  G  K  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334
 A  A  A  I  A  N  D  T  L  S  K  V  K  T  A  L  G  F  S  V  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

trp_bact_A_aeolicus

Class I

Bacteria/Aquifex aeolicus/amino acid sequences/Aaeolicus_trp_aa

Bacteria/Aquifex aeolicus/nucleotide sequences/Aaeolicus_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  I  V  S  G  M  R  P  T  G  K  L  H  L  G  H  Y  F  G  V  I  R  N 
 -  R  I  V  S  G  M  R  P  T  G  K  L  H  L  G  H  Y  F  .  V  I  R  N 
---CGAATAGTTAGCGGAATGAGACCCACCGGGAAGCTCCATCTCGGACACTACTTC---GTTATAAGAAAC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  V  K  L  Q  E  E  H  E  C  F  F  F  I  A  D  W  H  A  L  T  T  A  Y 
 W  V  K  L  Q  E  E  -  E  C  F  F  F  I  A  D  W  H  -  -  -  -  -  - 
TGGGTGAAACTTCAGGAAGAG---GAGTGTTTTTTCTTCATAGCGGACTGGCAT------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  N  T  K  E  L  R  Q  N  I  R  E  V  M  I  D  W  L  A  L  G  L  D  P 
 -  -  -  -  -  -  R  Q  N  I  R  E  V  M  I  D  W  L  A  L  .  .  .  . 
------------------AGACAAAACATAAGGGAGGTTATGATAGATTGGCTCGCTCTG------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  K  S  V  L  F  I  Q  S  L  V  K  E  H  A  E  L  F  L  L  F  G  M  I 
 .  .  S  V  L  F  I  Q  S  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------AGTGTCCTCTTTATTCAATCTCTC------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  P  K  S  W  L  E  L  N  P  T  Y  K  D  L  K  Y  N  L  L  R  L  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  E  K  E  F  K  E  K  L  K  E  R  I  S  E  I  V  N  L  I  P  F  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  K  E  E  K  F  R  E  H  L  L  E  N  L  T  Q  T  M  I  E  A  L  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  E  I  E  P  E  I  L  K  R  L  N  V  S  K  R  D  F  Y  E  T  D  T  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  F  L  G  Y  P  V  L  Q  A  A  D  I  L  I  Y  K  G  E  G  V  P  V  G 
 -  -  -  G  Y  P  V  L  Q  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  G  V  P  V  G 
---------GGATATCCAGTTCTACAAGCGGCGGACATACTC---------------GGTGTGCCCGTGGGA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  D  Q  L  P  H  I  E  L  S  R  E  I  A  R  R  F  N  R  L  Y  G  K  I 
 E  D  Q  L  P  H  I  E  L  S  R  E  I  A  R  R  F  -  -  -  -  -  -  - 
GAGGATCAACTTCCTCACATAGAACTCTCCCGTGAAATAGCAAGAAGGTTT---------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  P  E  P  K  A  L  L  T  E  T  P  K  I  P  G  T  D  G  R  K  M  S  K 
 -  -  -  P  K  A  L  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K 
---------CCAAAAGCCCTCCTGACA---------------------------------AAGATGTCAAAA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  Y  G  N  A  V  F  F  S  D  E  K  E  E  V  E  K  K  V  M  K  M  F  T 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCT---------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  P  Q  K  I  R  K  N  D  P  G  R  P  E  I  C  P  V  F  S  W  H  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  T  K  D  E  E  L  V  K  K  I  E  E  D  C  R  A  G  R  L  G  C  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 C  K  R  I  L  L  K  H  L  E  E  F  L  E  P  I  R  E  R  R  R  E  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  R  I  N  E  I  E  E  V  F  Y  E  N  S  R  K  A  R  E  I  A  Q  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395
 M  E  E  V  R  K  A  M  N  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

trp_bact_B_thailandensis

Class I

Bacteria/Burkholderia thailandensis/amino acid sequences/Bthailandensis_trp_aa

Bacteria/Burkholderia thailandensis/nucleotide sequences/Bthailandensis_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  F  P  D  R  I  F  S  G  M  R  P  T  G  S  L  H  L  G  H  Y  H  G  V 
 -  -  -  -  R  I  F  S  G  M  R  P  T  G  S  L  H  L  G  H  Y  H  .  V 
------------CGTATCTTTTCCGGCATGCGACCCACGGGGTCGCTCCATCTCGGCCACTATCAC---GTG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  K  N  W  V  K  L  Q  S  E  Y  P  C  F  F  C  V  V  D  W  H  A  L  T 
 L  K  N  W  V  K  L  Q  S  E  -  P  C  F  F  C  V  V  D  W  H  -  -  - 
CTGAAGAACTGGGTCAAGCTGCAGTCCGAG---CCGTGCTTCTTCTGCGTCGTCGACTGGCAT---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  H  Y  E  T  P  E  V  I  E  K  N  V  W  D  V  L  I  D  W  L  A  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  K  N  V  W  D  V  L  I  D  W  L  A  S  . 
---------------------------GAGAAGAACGTCTGGGACGTGCTGATCGACTGGCTTGCGTCG---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  D  P  A  Q  A  T  L  F  I  Q  S  K  V  P  E  H  A  E  L  A  L  L  L 
 .  .  .  A  -  -  T  L  F  I  Q  S  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GCG------ACGCTCTTCATCCAGAGCAAG---------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  M  S  T  P  L  G  W  L  E  R  V  P  T  Y  K  E  Q  I  E  K  L  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  D  L  S  T  Y  G  F  L  G  Y  P  V  L  M  A  A  D  I  L  L  Y  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  Y  P  V  L  M  A  A  D  I  L  -  -  -  - 
---------------------------GGCTATCCGGTGCTGATGGCGGCCGACATCCTG------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  L  V  P  V  G  E  D  Q  V  P  H  V  E  M  T  R  E  I  A  R  R  F  N 
 -  L  V  P  V  G  E  D  Q  V  P  H  V  E  M  T  R  E  I  A  R  R  F  - 
---CTCGTGCCGGTCGGCGAGGATCAGGTGCCGCACGTCGAGATGACGCGCGAGATCGCGCGCCGCTTC---

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  L  Y  G  R  E  P  G  F  E  E  K  A  L  E  A  A  K  K  L  G  G  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  K  L  Y  H  E  L  R  N  A  Y  Q  Q  E  G  D  D  E  A  L  E  Q  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  M  L  Q  E  S  Q  S  L  S  M  S  D  R  E  R  L  F  G  Y  L  E  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  K  I  I  L  V  E  P  Q  A  L  L  T  E  A  S  R  M  P  G  L  D  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  P  Q  A  L  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------CCGCAGGCGCTTCTGACC---------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  M  S  K  S  Y  G  N  T  I  G  L  R  E  D  A  E  T  I  T  K  K  V  R 
 K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAGATGTCGAAGTCG---------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  M  P  T  D  P  A  R  V  R  R  T  D  P  G  D  P  D  K  C  P  V  W  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  H  Q  V  Y  T  D  E  A  T  H  E  W  V  Q  K  G  C  R  S  A  G  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 C  L  D  C  K  Q  P  V  V  E  G  I  L  R  E  Q  Q  P  M  L  E  R  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  Y  M  D  D  P  S  L  L  R  A  I  V  A  D  G  C  D  K  A  R  K  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400
 T  E  T  M  R  D  V  R  E  A  M  G  L  S  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

trp_bact_B_licheniformis

Class I

Bacteria/Bacillus licheniformis/amino acid sequences/Blicheniformis_trp_aa

Bacteria/Bacillus licheniformis/nucleotide sequences/Blicheniformis_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  K  T  I  F  S  G  I  Q  P  S  G  S  V  T  L  G  N  Y  I  G  A  M 
 -  -  -  T  I  F  S  G  I  Q  P  S  G  S  V  T  L  G  N  Y  I  .  A  M 
---------TTTTCGGCCGAGTCCCATCGCGTTTTCCATTTTTTTTAGCATCTTGTTTGCTGT---ATTTGC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  Q  F  V  D  L  Q  D  D  Y  N  C  Y  F  C  I  V  D  Q  H  A  I  T  V 
 K  Q  F  V  D  L  Q  D  D  -  N  C  Y  F  C  I  V  D  Q  H  -  -  -  - 
GCGTTCGGCGCCTTCGTCCAAAATCCG---CAGCTCTTCAGATTCGATCAATTCGTGGTA------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  Q  D  R  L  A  L  R  K  N  I  R  N  L  A  A  L  Y  L  A  I  G  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  R  K  N  I  R  N  L  A  A  L  Y  L  A  I  .  .  . 
---------------------GACTTCGGCAAGGTCTGATTTAAATTCGCCGTAGCCTTTGCC---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  K  K  A  T  L  F  I  Q  S  E  V  P  A  H  A  Q  A  G  W  M  L  Q  C 
 .  .  .  A  T  L  F  I  Q  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CTCTTCGATTGAGGCTTGTCCGAG---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  A  Y  I  G  E  L  E  R  M  T  Q  Y  K  D  K  S  A  G  K  E  A  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  G  L  L  T  Y  P  P  L  M  A  A  D  I  L  L  Y  G  T  D  V  V  P  V 
 -  -  -  -  T  Y  P  P  L  M  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  V  V  P  V 
------------CAGGGTGATGAACGCTTTTTGGTTCGGATCTGA---------------GAGCGGGTCGGC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  E  D  Q  K  Q  H  L  E  L  T  R  N  L  A  E  R  F  N  K  K  Y  N  D 
 G  E  D  Q  K  Q  H  L  E  L  T  R  N  L  A  E  R  F  -  -  -  -  -  - 
AAGTGACATAATGCGGGCGCCGACCTTCGGTATTTTAACCTCCGGAACCGTAAA------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  F  T  V  P  E  V  K  I  P  K  V  G  A  R  I  M  S  L  A  D  P  L  K 
 -  -  -  -  P  E  V  K  I  P  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------CGCCAAGTTCCGGGTTAA------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  M  S  K  S  D  P  N  Q  K  A  F  I  T  L  L  D  E  P  K  Q  L  E  K 
 K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGTTCCATAAAGCAG---------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  I  K  S  A  V  T  D  S  D  G  I  V  K  Y  D  K  E  N  K  P  G  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  L  L  T  I  Y  S  I  L  G  Q  A  S  I  E  E  L  E  A  K  Y  E  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  Y  G  E  F  K  S  D  L  A  E  V  V  I  G  A  L  K  P  I  Q  D  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  E  L  I  E  S  E  E  L  D  R  I  L  D  E  G  A  E  R  A  N  Q  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330
 N  K  M  L  K  K  M  E  N  A  M  G  L  G  R  K  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

trp_bact_B_burgdorferi

Class I

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_trp_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  R  K  V  M  L  T  G  D  R  P  T  G  A  L  H  L  G  H  Y  V  G  S 
 -  -  -  -  V  M  L  T  G  D  R  P  T  G  A  L  H  L  G  H  Y  V  .  S 
------------TTTTAATTTTTTCTCAGCGCTATATTTTATTCCATTCCAAGTTTTTGAAAGCCC---TAA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  V  N  R  L  K  F  Q  E  E  Y  E  T  Y  F  I  I  A  D  L  H  T  L  T 
 V  V  N  R  L  K  F  Q  E  E  -  E  T  Y  F  I  I  A  D  L  H  -  -  - 
ATCCTTAACATCTTTTACTACTTTATTTGC---AAACCTCGCCTTGCTTGTACCATCAAAAAT---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  K  P  D  L  K  S  I  N  T  I  P  S  N  V  R  E  M  V  L  D  Y  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  S  N  V  R  E  M  V  L  D  Y  L  A 
---------------------------------TCTTTTATCTCTTATTGGCTTTAAAAAACTATTCAAAGC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 C  G  I  N  P  D  K  V  S  I  Y  L  Q  S  A  I  P  E  L  F  E  L  H  L 
 C  .  .  .  .  .  .  V  S  I  Y  L  Q  S  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAA------------------CTCAACATCACCTACTTTACCCTT---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  F  S  M  I  V  T  V  A  R  L  Q  R  I  P  S  I  K  D  M  S  I  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  L  K  E  I  P  Y  G  L  L  G  Y  P  V  L  M  S  A  D  I  L  M  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  Y  P  V  L  M  S  A  D  I  L  -  -  - 
------------------------------AGACATAATTTTTTTTTCTAATAAATTTTCATC---------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  N  L  V  P  V  G  R  D  N  E  S  H  I  E  F  A  R  E  L  A  R  R  F 
 -  -  L  V  P  V  G  R  D  N  E  S  H  I  E  F  A  R  E  L  A  R  R  F 
------TGCATTATCAAGGCTCTTGCTCATTTTATTTTTGCCATAAATACCCACCAAAGGACGAGAATCTGT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  H  L  Y  K  N  N  F  F  P  I  P  E  S  V  F  T  D  S  R  P  L  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  S  V  F  T  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------TTTGTACAAATGGTTAAA---------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  Y  G  K  N  K  M  S  K  S  L  D  N  A  I  F  L  N  D  D  E  N  L  L 
 -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------TTCATTATCACGCCC------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  K  K  I  M  S  M  Y  T  D  P  N  R  I  R  A  D  I  P  G  N  V  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  P  I  F  I  Y  H  S  F  F  N  S  N  H  E  E  V  E  D  L  K  S  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  K  G  K  V  G  D  V  E  V  K  K  K  L  F  L  A  L  N  S  F  L  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  R  D  K  R  S  F  Y  E  A  K  K  K  D  Y  I  D  E  I  I  F  D  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  K  A  R  F  I  A  N  K  V  V  K  D  V  K  D  L  I  G  L  S  K  T  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351
 N  G  I  K  Y  S  A  E  K  K  L  K  N  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

trp_bact_C_A_asiaticus

Class I

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_trp_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  R  I  L  T  G  I  Q  C  T  G  R  P  H  L  G  N  V  L  G  A  M  L 
 -  -  R  I  L  T  G  I  Q  C  T  G  R  P  H  L  G  N  V  L  .  A  M  L 
------CGTATACTCACAGGCATTCAATGTACAGGAAGGCCCCATTTGGGGAATGTACTG---GCCATGTTA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  T  L  E  L  A  A  K  P  T  Y  D  T  F  I  F  L  A  D  L  H  T  L  T 
 P  T  L  E  L  A  A  .  .  T  -  D  T  F  I  F  L  A  D  L  H  -  -  - 
CCTACTTTAGAATTGGCTGCC------ACC---GACACTTTTATCTTTCTGGCAGATTTACAT---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  L  K  D  S  Q  E  R  R  N  Y  V  Y  A  A  A  A  A  W  L  A  L  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  N  Y  V  Y  A  A  A  A  A  W  L  A  L  .  . 
------------------------AGAAATTATGTATATGCTGCTGCTGCTGCTTGGCTTGCCTTG------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  P  A  K  V  T  F  Y  R  Q  S  K  V  P  A  V  C  E  L  V  W  Y  L  S 
 .  .  .  .  V  T  F  Y  R  Q  S  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GTCACCTTTTATAGACAATCTAAA------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 C  F  T  P  Y  P  M  L  A  N  A  H  A  F  K  D  K  A  D  R  M  S  M  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  A  G  L  F  T  Y  P  I  L  M  A  A  D  I  L  L  Y  H  A  D  I  V  P 
 -  -  -  -  -  T  Y  P  I  L  M  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  I  V  P 
---------------ACCTACCCCATACTGATGGCAGCAGACATCTTA---------------ATAGTACCA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  G  K  D  Q  L  Q  H  L  E  I  T  R  D  I  A  T  S  F  N  Q  Q  Y  G 
 V  G  K  D  Q  L  Q  H  L  E  I  T  R  D  I  A  T  S  F  -  -  -  -  - 
GTTGGGAAAGATCAGCTACAACATTTAGAGATTACTCGTGATATTGCCACCAGCTTT---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  V  F  H  L  P  Q  A  L  I  D  N  S  I  A  T  V  P  G  I  D  G  Q  K 
 -  -  -  -  -  P  Q  A  L  I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
---------------CCCCAGGCATTAATAGAT------------------------------------AAA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  S  K  S  Y  H  N  T  I  D  I  F  L  P  E  K  E  L  R  K  L  V  M  R 
 M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGAGTAAATCA------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  Q  T  D  S  K  S  V  A  E  S  K  D  P  D  T  C  I  V  F  K  L  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  V  A  N  T  T  D  I  D  T  M  R  K  N  Y  T  A  G  G  Y  G  Y  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  K  E  E  L  F  A  T  I  L  E  R  F  A  V  A  R  E  K  F  A  Q  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  D  I  S  N  L  E  K  I  L  M  S  G  E  A  K  A  S  V  V  A  T  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322
 L  S  T  I  R  G  K  L  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

trp_bact_D_radiodurans

Class I

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_trp_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  R  V  F  S  G  I  Q  P  T  G  D  P  H  I  G  N  Y  F  G  A  M  Q 
 -  -  R  V  F  S  G  I  Q  P  T  G  D  P  H  I  G  N  Y  F  .  A  M  Q 
------CTTCAGGAAGCCCACCTTCTGCCGCACTTCGTCCATCACTTCGCTGGCGATGGC---GGCTTCCTG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  Y  V  R  L  G  E  Q  Y  G  K  Q  S  L  Y  C  V  V  D  L  H  A  I  T 
 N  Y  V  R  L  G  E  Q  -  -  -  Q  S  L  Y  C  V  V  D  L  H  -  -  - 
GTCGCCCTGGCGCAGCGCGTCGCG---------GGGGTCGGCGCGGAGTTGCGCGGCCCGCGT---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  P  G  A  F  D  P  Q  T  L  A  Q  K  T  F  D  M  A  V  A  N  F  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Q  K  T  F  D  M  A  V  A  N  F  A  I 
------------------------------CATCTTCTTGCAGTCCACGCAGCCGATGCCCGCCGTGCGGCA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  L  D  P  S  K  V  V  F  F  V  Q  S  H  V  P  E  H  Q  E  L  S  W  I 
 .  .  .  .  .  .  V  V  F  F  V  Q  S  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------GAGCGTCTCAGGCGGCGAAAACAG------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  T  C  V  T  P  V  G  E  L  E  R  M  T  Q  Y  K  D  K  S  A  Q  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  V  P  S  G  L  L  M  Y  P  A  L  M  A  A  D  I  L  L  Y  K  A  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  M  Y  P  A  L  M  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  I 
---------------------GATGGTGTTGCCCTTGCTCTTGCTCATCTTGCC---------------GGG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  P  V  G  E  D  Q  T  Q  H  I  E  L  T  R  E  I  A  R  K  F  N  H  N 
 V  P  V  G  E  D  Q  T  Q  H  I  E  L  T  R  E  I  A  R  K  F  -  -  - 
AATCCGCAGGGCCTCTTTGTTGTAGACGGCCTTGGGCTCGGTGAACGTCTCGCCGAAGTTGTG---------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  G  E  T  F  T  E  P  K  A  V  Y  N  K  E  A  L  R  I  P  G  V  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  P  K  A  V  Y  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------CTCGATGTGCTGGGTCTG---------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  G  K  M  S  K  S  K  G  N  T  I  G  I  L  E  P  F  G  D  I  W  Q  K 
 -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GATGTCGGCGGCCAT---------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  R  V  A  P  T  D  P  A  R  V  R  R  T  D  P  G  D  P  D  K  C  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  D  Y  H  K  L  F  S  P  P  E  T  L  E  T  V  Y  Q  G  C  R  T  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  G  C  V  D  C  K  K  M  L  M  T  H  I  T  E  H  L  D  P  I  Q  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  A  Q  L  R  A  D  P  D  Y  V  R  D  A  L  R  Q  G  D  Q  E  A  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330
 I  A  S  E  V  M  D  E  V  R  Q  K  V  G  F  L  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

trp_bact_S_aureus

Class I

Bacteria/Staphylococcus aureus/amino acid sequences/Saureus_trp_aa

Bacteria/Staphylococcus aureus/nucleotide sequences/Saureus_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  T  L  F  S  G  I  Q  P  S  G  I  P  T  I  G  N  Y  I  G  A  L  K 
 -  -  T  L  F  S  G  I  Q  P  S  G  I  P  T  I  G  N  Y  I  .  A  L  K 
------CTTACGTCCTAAACCCATCGCTTTTTCCATTTTTTTGACAGTTTTAAATGAAGC---ATGTGCTTT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  F  V  D  V  Q  N  D  Y  D  C  Y  F  C  I  V  D  Q  H  A  I  T  M  P 
 Q  F  V  D  V  Q  N  D  -  D  C  Y  F  C  I  V  D  Q  H  -  -  -  -  - 
ATCTCTACCTTGATCTAAAATATC---AAGTTTATCTGAGTTATAGAAACTTTCGTA---------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  D  R  L  K  L  R  K  Q  T  R  Q  L  A  A  I  Y  L  A  S  G  I  D  P 
 -  -  -  -  -  -  R  K  Q  T  R  Q  L  A  A  I  Y  L  A  S  .  .  .  . 
------------------TATTTCAGCAAGGTCGCCTTTGAATTTACCGTAACCTTCGCC------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  K  A  T  L  F  I  Q  S  E  V  P  A  H  V  Q  A  G  W  M  L  T  T  I 
 .  .  A  T  L  F  I  Q  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ATCTTTAATAGGCATGTCTGTTAA------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  S  V  G  E  L  E  R  M  T  Q  Y  K  D  K  A  Q  K  A  V  E  G  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  G  L  L  T  Y  P  P  L  M  A  A  D  I  V  L  Y  N  T  N  I  V  P  V 
 -  -  -  -  T  Y  P  P  L  M  A  A  D  I  V  -  -  -  -  -  I  V  P  V 
------------TGAAATAAAGTTTTTAGCGTTGTCATCACTTTT---------------TGGATCTTGTAA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  D  D  Q  K  Q  H  I  E  L  T  R  N  L  V  D  R  F  N  S  R  Y  N  D 
 G  D  D  Q  K  Q  H  I  E  L  T  R  N  L  V  D  R  F  -  -  -  -  -  - 
ACTCATAACACGGCCACCGACTTTAGGCATACGAATTTCAGGTTTCACAAGGAC------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  L  V  K  P  E  I  R  M  P  K  V  G  G  R  V  M  S  L  Q  D  P  T  R 
 -  -  -  -  P  E  I  R  M  P  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------AAGATTACGTGTTAATTC------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  M  S  K  S  D  D  N  A  K  N  F  I  S  L  L  D  E  P  N  V  A  A  K 
 K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTGTAAAGAACAAT---------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  I  K  S  A  V  T  D  S  D  G  I  I  K  F  D  R  D  N  K  P  G  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  L  I  S  I  Y  A  G  L  T  D  M  P  I  K  D  I  E  A  K  Y  E  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  Y  G  K  F  K  G  D  L  A  E  I  V  K  A  F  L  V  E  F  Q  E  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  S  F  Y  N  S  D  K  L  D  D  I  L  D  Q  G  R  D  K  A  H  K  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329
 F  K  T  V  K  K  M  E  K  A  M  G  L  G  R  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

trp_bact_R_marinus

Class I

Archaea/Rhodothermus marinus/amino acid sequences/Rmarinus_trp_aa

Archaea/Rhodothermus marinus/nucleotide sequences/Rmarinus_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  T  A  T  T  A  T  A  P  Q  T  T  Q  P  T  G  A  A  T  R  T  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  V 
------------------------------------------------------------------CTCCTG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  S  G  I  Q  P  S  G  E  L  H  L  G  N  Y  F  G  A  I  R  Q  H  L  E 
 V  S  G  I  Q  P  S  G  E  L  H  L  G  N  Y  F  .  A  I  R  Q  H  L  E 
CGCCCGCCGGCGGCCCTTGCGGGCCCCCTCGCGCAGCACGTCTATCAC---GTCCGGATGCTTCAGCAGCTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  H  E  R  Y  E  S  Y  F  F  I  V  N  Y  H  A  L  T  T  I  H  D  R  E 
 L  H  E  .  .  E  S  Y  F  F  I  V  N  Y  H  .  L  -  -  -  -  -  -  - 
GCGCCGCCG------CGCCTCGGCAAAGTGCTCGTCGATGAGCCG---CAG---------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  L  R  R  Y  T  F  E  A  A  V  T  Y  L  A  L  G  F  N  P  E  K  A  A 
 -  -  R  R  Y  T  F  E  A  A  V  T  Y  L  A  L  .  .  .  .  .  .  A  A 
------GCCACCCCGCCGGTAGGCTTCGGCGATCCGGTTGCGCGTTTC------------------GATCAG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  F  V  Q  S  D  V  P  E  V  T  E  L  A  W  I  F  Y  N  L  V  P  V  S 
 L  F  V  Q  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCAAACACGTTACAGCG------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  L  E  K  G  V  A  Y  K  D  K  V  A  Q  G  L  P  A  N  A  G  L  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N 
---------------------------------------------------------------------GCC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  P  V  L  Q  A  A  D  I  L  I  Y  G  G  T  L  V  P  V  G  A  D  Q  K 
 Y  P  V  L  Q  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  L  V  P  V  G  A  D  Q  K 
ATCAATGCCCGGCACCACGGCCACCTCTTC---------------CGGAATGGGGAACAGCGGCCGATCCGG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  N  I  E  I  C  R  D  I  A  Q  R  F  N  R  T  F  C  P  P  D  R  P  L 
 Q  N  I  E  I  C  R  D  I  A  Q  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGGGCAGAACGTCCGGTTGAAGCGCTGCGCGATGTCGCG---------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  P  I  P  E  P  L  I  R  E  E  V  A  V  V  P  G  I  D  G  R  K  M  S 
 -  -  -  P  E  P  L  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S 
---------GAGCGTGCCCCCGTAGAT------------------------------------GAGCCCGGC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  S  Y  G  N  T  I  G  I  F  D  E  G  K  T  L  R  K  K  V  M  S  I  V 
 K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTGGC------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  D  S  T  P  L  E  A  P  K  D  P  D  R  C  N  V  F  A  L  I  K  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  D  E  E  T  R  N  R  I  A  E  A  Y  R  R  G  G  Y  G  Y  G  D  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  E  L  I  R  L  I  D  E  H  F  A  E  A  R  E  R  R  R  E  L  L  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  D  Y  V  I  D  V  L  R  E  G  A  R  K  G  R  R  R  A  Q  E  M  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354
 Q  V  R  D  L  V  G  L  N  Y  A  T  Y  R  P  E  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

trp_euk_L_infantum

Class I

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_trp_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  D  P  A  A  Q  E  V  V  V  T  P  W  T  V  E  G  D  V  N  Y  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  I  K  H  F  G  C  Q  A  I  D  E  K  L  L  E  R  M  E  R  L  T  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  P  H  H  F  L  R  R  G  I  F  F  S  H  R  D  L  N  L  I  L  D  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  K  G  Q  P  F  Y  L  Y  T  G  R  G  P  S  S  E  S  M  H  V  G  H  L 
 -  -  -  -  -  -  Y  L  Y  T  G  R  G  P  S  S  E  .  M  H  V  G  H  L 
------------------CATAGGTACGTCGACGTTGGTGTTACCACCAAG---CAGCTGCTCCTTCTTATC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  P  F  M  F  T  K  W  L  Q  D  T  F  H  V  P  L  V  I  Q  L  T  D  D 
 I  P  F  M  F  T  K  W  L  Q  D  T  -  -  -  P  L  V  I  Q  L  T  D  D 
TGCGCCACCACCGCTGAAGGCGTGTTTGTTGATCTT---------CATCTTGGGGGTGTCTGTCAGAAAGAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  K  F  F  F  K  D  L  T  M  D  E  I  D  K  M  T  T  E  N  L  K  D  I 
 E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  K  M  T  T  E  N  L  K  D  I 
GGC------------------------------------ACTAAGACCGGGGAAGAACTTGGAGTGGATAAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  A  F  G  F  D  P  K  L  T  F  I  F  R  D  F  E  Y  V  G  R  M  Y  R 
 I  A  F  .  .  .  .  .  .  T  F  I  F  R  D  F  E  -  -  -  -  -  -  - 
GGCTGGCTT------------------CGCCACGTCGCGCGTAAGACGGAA---------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  V  A  R  I  E  K  A  Y  T  A  S  Q  V  R  G  C  F  G  F  K  M  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  C  G  R  W  M  F  P  A  I  Q  A  A  P  S  F  S  A  A  F  P  H  I  F 
 -  -  -  -  -  M  F  P  A  I  Q  A  A  P  S  F  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AGGGAACATCCAGCGGCCGCAGTTGTCCTCCAT------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  Q  E  K  G  N  V  F  C  M  I  P  Q  A  I  D  Q  D  P  Y  F  R  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  I  P  Q  A  I  D  Q  D  P  Y  F  R  L  T 
---------------------------GCGTGCGACAATGCGATACATCCGTCCCACGTACTCAAAGTCCCT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  D  V  A  P  R  M  G  Y  L  K  P  A  V  I  H  S  K  F  F  P  G  L  S 
 R  D  V  A  P  R  M  -  -  -  -  P  A  V  I  H  S  -  -  -  -  -  -  - 
GAAGATGAACGTCAGCTTCGG------------GGCAATGATGTCCTTCAA---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  S  K  G  K  M  S  S  S  T  G  A  A  V  F  L  T  D  T  P  K  M  I  K 
 -  -  -  -  K  M  S  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TGTCAAGTCCTTGAA---------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  K  I  N  K  H  A  F  S  G  G  G  A  D  K  K  E  Q  L  L  L  G  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  N  V  D  V  P  M  Q  W  L  R  F  F  L  E  D  D  E  E  L  T  R  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  D  Y  M  L  G  R  I  M  T  G  D  V  K  K  V  L  I  Q  Q  I  T  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  T  A  H  Q  E  A  R  K  K  V  T  E  A  D  V  E  L  F  T  A  V  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396
 M  G  P  A  K  E  E  A  E  S  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

trp_euk_D_discoideum

Class I

Eukaryotes/Dictyostelium discoideum/amino acid sequences/Ddiscoideum_trp_aa

Eukaryotes/Dictyostelium discoideum/nucleotide sequences/Ddiscoideum_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  I  D  E  V  N  F  K  D  K  T  K  V  T  V  F  S  G  M  Q  P  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  V  F  S  G  M  Q  P  T  S 
------------------------------------------TTTATTTGCAATTTTATTTGCTTTTTCAGA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  A  L  H  L  G  N  Y  L  G  A  M  G  N  W  L  K  I  Q  D  L  V  T  K 
 S  .  L  H  L  G  N  Y  L  .  A  M  G  N  W  L  K  I  Q  D  L  -  -  - 
TCC---TAATAAAATATCTCTAACTAA---CGGATTTGATTGATAATAATTAATTTTTTCACG---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  N  K  E  E  E  E  L  L  N  L  S  E  S  S  S  S  S  S  S  S  Q  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  I  N  E  K  H  K  L  I  F  S  I  V  D  L  H  S  L  T  S  T  K  S  L 
 -  -  -  -  -  -  K  L  I  F  S  I  V  D  L  H  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------ACCAGAGGTTTCAGATGCAATTGATAATAG------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  P  K  E  L  Q  S  N  T  I  S  V  A  I  N  Y  L  A  C  G  I  D  P  E 
 -  -  -  -  -  Q  S  N  T  I  S  V  A  I  N  Y  L  A  C  .  .  .  .  . 
---------------ACCAATGATTGTATCAGTTTTTGATTTTTTAATTTTTAATTT---------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  V  I  L  F  N  Q  S  M  V  P  A  H  S  E  L  T  W  I  L  N  C  I  T 
 .  V  I  L  F  N  Q  S  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TGTTAATGAAATTCTTGAAATCTC---------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  F  S  K  L  S  N  M  I  Q  F  K  E  K  T  K  S  S  N  E  A  S  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  G  L  L  S  Y  P  V  L  M  A  A  D  I  L  L  Y  K  A  T  H  V  P  V 
 -  -  -  -  S  Y  P  V  L  M  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  H  V  P  V 
------------GATATCTCTGGTGAATTCTAAATGCTGAGTTTG---------------TACATGTGTGGC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  E  D  Q  T  Q  H  L  E  F  T  R  D  I  A  Q  A  F  H  S  N  F  K  S 
 G  E  D  Q  T  Q  H  L  E  F  T  R  D  I  A  Q  A  F  -  -  -  -  -  - 
TTTATACAATAAAATATCGGCAGCCATTAAAACTGGATATGATAAAAGTCCATT------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  F  F  P  Y  P  S  I  I  T  S  E  Q  S  K  R  I  M  S  L  Q  D  G  R 
 -  -  -  -  -  P  S  I  I  T  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CTCTTTAAATTGAATCAT---------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  K  M  S  K  S  D  P  L  E  I  S  R  I  S  L  T  D  T  D  D  Q  I  K 
 -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AGTTAACTCTGAATG------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  K  I  K  K  S  K  T  D  T  I  I  G  I  T  Y  D  P  I  N  R  P  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  N  L  L  S  I  A  S  E  T  S  G  I  P  I  T  D  L  Q  S  E  F  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  S  N  A  I  F  K  E  F  L  S  N  S  I  I  K  N  I  S  P  I  R  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  N  Y  Y  Q  S  N  P  K  L  V  R  D  I  L  L  Q  G  S  E  K  A  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377
 I  A  N  K  N  L  N  I  I  K  D  I  V  G  L  Y  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

trp_euk_G_lamblia

Class I

Eukaryotes/Giardia lamblia/amino acid sequences/Glamblia_trp_aa

Eukaryotes/Giardia lamblia/nucleotide sequences/Glamblia_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  T  D  A  T  A  E  A  A  A  V  A  Y  E  D  I  I  T  R  F  G  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  I  T  D  D  L  L  K  R  F  E  T  V  T  G  T  K  A  H  P  M  L  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  L  F  Y  A  H  R  D  F  E  E  F  L  S  Y  Y  E  K  G  H  P  I  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  I 
------------------------------------------------------------------TACATA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  T  G  R  G  P  S  S  G  A  L  H  L  G  H  L  L  P  F  I  F  T  K  Y 
 Y  T  G  R  G  P  S  S  G  .  L  H  L  G  H  L  L  P  F  I  F  T  K  Y 
TATACGGGTCGCGGCCCTTCATCGGGG---CTGCACCTTGGACACCTTCTACCCTTCATTTTCACCAAGTAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  Q  D  A  F  K  C  Y  V  V  I  Q  I  T  D  D  E  K  F  L  R  N  R  S 
 L  Q  D  A  -  -  -  Y  V  V  I  Q  I  T  D  D  E  -  -  -  -  -  -  - 
CTCCAGGATGCA---------TACGTAGTTATACAGATCACGGACGACGAA---------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  S  Y  A  E  V  D  S  Y  T  R  E  N  I  K  D  I  I  A  C  G  F  D  P 
 -  -  -  -  -  -  D  S  Y  T  R  E  N  I  K  D  I  I  A  C  .  .  .  . 
------------------GATAGCTATACCAGGGAAAACATCAAGGACATTATTGCATGC------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  K  T  F  I  F  I  N  S  Q  Y  L  S  L  K  N  R  Y  R  F  S  C  L  V 
 .  .  T  F  I  F  I  N  S  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ACGTTTATTTTTATCAATTCGCAG------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  R  M  L  P  I  S  Q  L  R  A  S  F  G  F  S  N  D  A  N  V  G  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  F  P  P  K  Q  M  L  P  V  Y  S  T  Y  F  D  G  L  P  F  T  R  V  P 
 A  F  P  P  K  Q  M  L  P  V  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCGTTCCCCCCGAAACAGATGCTACCTGTATAC---------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  P  V  G  T  G  N  E  D  A  A  D  A  V  S  T  K  K  A  S  K  K  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  K  D  A  V  L  S  P  V  H  V  V  E  E  L  F  P  D  S  K  R  Y  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  M  C  L  I  A  S  G  I  E  Q  D  P  Y  F  R  L  A  R  D  L  A  P  R 
 -  -  -  L  I  A  S  G  I  E  Q  D  P  Y  F  R  L  A  R  D  L  A  P  R 
---------CTTATCGCCTCCGGTATCGAGCAGGACCCTTACTTTCGATTGGCTCGCGACCTGGCCCCGCGT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  G  H  P  K  N  A  Y  L  L  G  K  F  L  P  G  L  Q  G  S  G  T  K  M 
 M  -  -  -  -  N  A  Y  L  L  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M 
ATG------------AATGCGTACTTGCTAGGG---------------------------------AAGATG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  A  S  D  P  N  S  A  I  Y  L  T  D  T  P  A  Q  I  K  N  K  I  N  R 
 S  A  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGCGCCTCG---------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  A  F  S  G  G  R  D  T  E  E  E  H  R  A  F  G  A  D  L  S  V  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  V  R  Y  L  E  V  F  M  K  D  D  A  E  L  E  K  L  K  A  D  Y  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  K  L  L  T  G  E  V  K  A  T  L  I  G  I  L  Q  G  L  I  K  E  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429
 E  R  R  D  K  V  D  T  T  M  I  E  S  F  T  V  K  K  E  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

trp_euk_C_parvum_Iowa_II

Class I

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/amino acid sequences/Cparvum_trp_aa

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/nucleotide sequences/Cparvum_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  T  K  N  P  I  L  F  S  A  L  C  V  V  K  G  S  I  S  T  L  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  S  G  K  V  S  K  L  K  F  K  N  E  K  V  S  F  N  Y  S  L  S  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  E  M  N  D  D  T  L  E  E  L  N  N  I  I  S  Y  K  I  K  E  N  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  Q  V  F  K  I  L  S  K  E  A  A  S  I  Y  G  S  E  H  L  E  S  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  I  P  D  D  I  E  L  R  I  V  T  L  R  N  F  Y  L  S  A  T  R  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  L  R  N  T  K  D  I  G  N  V  L  I  E  N  I  S  L  D  H  E  N  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  L  V  N  F  K  V  E  N  P  L  V  R  A  S  E  E  N  F  K  D  L  C  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  E  Y  S  I  Q  D  I  K  D  G  K  F  I  V  P  S  L  E  D  S  L  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  I  N  L  D  I  I  G  D  E  L  V  N  P  W  E  V  K  A  D  N  A  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  D  Y  N  K  L  I  D  K  F  G  C  K  L  I  T  K  D  M  I  E  R  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  L  T  G  Q  K  A  H  H  F  F  R  R  N  I  F  L  S  H  R  D  F  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  L  D  V  Y  E  K  G  E  L  F  Y  L  Y  T  G  R  G  P  S  S  E  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  Y  T  G  R  G  P  S  S  E  .  L 
---------------------------------TATTTGTACACTGGAAGAGGTCCATCGTCTGAA---TTG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  V  G  H  L  V  P  F  L  F  T  K  Y  L  Q  D  T  F  K  V  P  L  V  I 
 H  V  G  H  L  V  P  F  L  F  T  K  Y  L  Q  D  T  -  -  -  P  L  V  I 
CATGTAGGGCATCTAGTCCCATTCCTTTTTACTAAATATCTTCAAGACACA---------CCATTAGTAATC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  L  T  D  D  E  K  F  I  F  K  S  N  L  T  L  E  E  T  H  N  Y  A  Y 
 Q  L  T  D  D  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  N  Y  A  Y 
CAACTGACTGATGATGAA---------------------------------------CATAATTACGCATAT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  N  M  K  D  I  I  A  C  G  F  D  P  E  L  T  F  I  F  T  N  L  E  Y 
 E  N  M  K  D  I  I  A  C  .  .  .  .  .  .  T  F  I  F  T  N  L  E  - 
GAGAATATGAAAGATATCATTGCATGT------------------ACTTTCATTTTCACAAATCTTGAG---

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  A  E  L  Y  P  D  I  L  R  I  E  K  K  I  S  C  S  Q  I  K  S  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  F  K  D  S  C  N  V  G  K  F  A  F  P  A  V  Q  A  A  P  A  F  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  F  P  A  V  Q  A  A  P  A  F  -  - 
---------------------------------GCTTTCCCAGCAGTTCAAGCTGCTCCAGCCTTT------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  F  P  H  I  F  G  G  R  T  D  I  H  C  L  V  P  H  A  I  D  Q  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  V  P  H  A  I  D  Q  D  P 
------------------------------------------TTGGTGCCCCATGCGATTGATCAGGATCCA

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  F  R  M  V  R  D  V  A  P  R  L  G  Y  L  K  P  S  S  I  H  S  I  F 
 Y  F  R  M  V  R  D  V  A  P  R  L  -  -  -  -  P  S  S  I  H  S  -  - 
TACTTTAGAATGGTCAGAGACGTTGCCCCAAGGCTT------------CCTTCATCAATCCACTCT------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  P  S  L  Q  G  S  Q  T  K  M  S  A  S  V  Q  N  S  S  I  F  V  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  A  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------AAGATGAGTGCAAGT------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 N  E  E  S  I  R  N  K  I  M  K  Y  A  F  S  G  G  Q  A  T  E  E  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 R  R  L  G  A  N  L  D  V  D  V  S  W  Q  Y  L  R  F  L  M  E  D  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  L  E  E  I  G  K  K  Y  S  S  G  E  M  L  S  G  E  I  K  S  I  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Q  E  L  V  K  L  T  K  N  H  Q  K  N  R  E  A  I  N  D  D  V  I  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593
 F  T  N  K  S  R  E  Q  L  L  K  L  F  I  N  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

trp_euk_P_chromatophora

Class I

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_trp_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  R  L  R  I  L  S  G  V  Q  P  T  G  S  L  H  I  G  N  W  L  G  A 
 -  -  -  -  R  I  L  S  G  V  Q  P  T  G  -  L  H  I  G  N  W  L  .  A 
------------CTTAAGAAAACCTAAAGCAGAACGCACCCT---TAGAGTTGTATCAGCTACTGA---AGC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  R  N  W  V  N  L  Q  N  T  H  E  T  Y  V  C  V  V  D  L  H  A  I  T 
 I  R  N  W  V  N  L  Q  N  T  -  E  T  Y  V  C  V  V  D  L  H  -  -  - 
TTTTTGGGCACCCTCTTTTAGAATATTATC---ATATGTACGATCATTTATTATTTCGTTATA---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 M  S  Y  D  P  I  K  L  A  E  D  T  R  N  T  A  A  L  Y  L  A  C  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  A  E  D  T  R  N  T  A  A  L  Y  L  A  C  .  . 
------------------------AGCATCTATGAGTAATTGTTTAAAATTACCCCAACCCATTTC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  P  E  H  S  T  V  F  V  Q  S  H  V  R  A  H  S  E  L  C  W  L  L  N 
 .  .  .  .  S  T  V  F  V  Q  S  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TGTTTCACGTCCCTTTCCAGATAA------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 C  L  T  P  L  N  W  L  E  R  M  I  Q  F  K  E  K  S  I  K  Q  G  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  S  I  G  L  L  D  Y  P  I  M  M  A  A  D  I  L  L  Y  D  A  D  L  V 
 -  -  -  -  -  -  D  Y  P  I  M  M  A  A  D  I  L  -  -  -  -  -  L  V 
------------------ATTAATACGACTATTATCATCAGGATGACTCTT---------------ACCATC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  V  G  E  D  Q  K  Q  H  L  E  L  A  R  D  I  A  Q  Q  R  V  N  S  R 
 P  V  G  E  D  Q  K  Q  H  L  E  L  A  R  D  I  A  Q  Q  R  -  -  -  - 
TACAAGACTCATAATCCTTGCCCCTTCTGACATAATTAGAGGCTCAGGGACTTTGACTAT------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  G  K  D  E  N  V  I  V  K  V  P  E  P  L  I  M  S  E  G  A  R  I  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  P  L  I  M  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------TATATCTCTCGCTAATTC---------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  L  V  D  G  R  S  K  M  S  K  S  H  P  D  D  N  S  R  I  N  L  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------ATCATAAAGCAGGAT------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  P  D  L  I  K  K  K  I  K  R  A  K  T  D  S  N  I  G  L  E  F  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  D  R  P  E  A  D  N  L  L  G  I  Y  A  I  L  S  G  K  G  R  E  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  I  E  C  S  E  M  G  W  G  N  F  K  Q  L  L  I  D  A  T  I  E  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  P  I  Q  N  H  Y  N  E  I  I  N  D  R  T  Y  M  D  N  I  L  K  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  Q  K  A  N  S  V  A  D  T  T  L  Q  R  V  R  S  A  L  G  F  L  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338
 I  G 
 -  - 
------

trp_euk_N_ceranae

Class I

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_trp_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_trp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  E  D  E  T  I  Q  N  I  T  P  W  E  A  Q  V  V  T  D  N  K  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  I  N  Y  E  K  I  I  T  Q  F  G  C  K  E  Y  H  E  E  L  T  K  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  E  M  T  G  V  P  P  H  F  Y  F  L  R  N  I  V  F  A  H  R  D  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  L  L  E  K  L  K  S  K  S  F  Y  L  Y  T  G  R  G  P  S  S  K  S  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  Y  T  G  R  G  P  S  S  K  .  M 
---------------------------------TTCTTTTCCGCCACTAAAAGCATATTTTCGTAT---TTT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  L  G  H  V  I  P  F  Q  L  C  K  Y  F  Q  D  T  F  N  C  P  L  V  I 
 H  L  G  H  V  I  P  F  Q  L  C  K  Y  F  Q  D  T  -  -  -  P  L  V  I 
AGCAATTTGAGCCGGTGTGTCGGTTAAAAAAATTGAACTTGTAGTATCACT---------CTTCCTATTAAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  M  T  D  D  E  K  F  L  F  K  D  Q  S  F  E  E  S  T  K  Y  C  A  E 
 Q  M  T  D  D  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  K  Y  C  A  E 
TCCTTTTAAATCGGGCAA------------------------------------CATTACGCTAGCTTTGTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  I  K  D  I  I  A  F  G  F  N  P  K  L  T  Y  I  F  S  N  V  E  S  S 
 N  I  K  D  I  I  A  F  .  .  .  .  .  .  T  Y  I  F  S  N  V  E  -  - 
TCTAGCTAATCTAAAATAAGGATC------------------TATAAGACACATAGCGCCTTTGTT------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 H  L  F  E  K  N  T  L  K  I  A  K  S  I  S  L  N  E  A  C  K  I  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  D  N  N  S  N  I  G  M  I  G  F  P  A  K  E  I  A  P  C  F  A  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  F  P  A  K  E  I  A  P  C  F  -  -  - 
------------------------------TAGCGAAATTGATTTAGCAATTTTTAATGTATT---------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  E  F  L  N  K  G  A  M  C  L  I  P  C  A  V  D  Q  D  P  Y  F  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  I  P  C  A  V  D  Q  D  P  Y  F  R  L 
------------------------------ATATGTTAACTTTGGATTAAAACCAAATGCTATGATGTCCTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  R  D  K  A  S  V  M  K  E  P  K  P  T  T  L  Y  V  S  L  L  P  D  L 
 A  R  D  K  A  S  V  M  -  -  -  -  P  T  T  L  Y  V  -  -  -  -  -  - 
AATATTTTCTGCGCAGTATTTAGT------------TGACTGATCTTTAAATAA------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  G  V  N  R  K  M  S  A  S  D  T  T  S  S  I  F  L  T  D  T  P  A  Q 
 -  -  -  -  -  K  M  S  A  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AGGACAATTAAATGT------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  A  K  K  I  R  K  Y  A  F  S  G  G  K  E  T  L  E  E  H  K  R  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  D  T  A  V  D  I  S  Y  Q  Y  L  R  Y  F  Y  D  D  N  I  D  L  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  K  N  A  Y  E  K  G  E  M  S  T  G  D  I  K  N  K  C  I  D  V  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  F  V  K  D  Y  Q  E  R  R  N  S  I  T  E  E  L  F  Q  E  F  C  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385
 L 
 - 
---

tyr_arch_P_delaneyi

Class I

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_tyr_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  P  E  E  R  L  K  L  I  T  R  N  T  V  E  I  V  T  L  E  E  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  K  I  E  A  G  E  K  L  K  G  Y  L  G  F  E  P  S  G  L  F  H  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  G  Y  L  G  F  E  P  S  G  L  F  H  I  G 
---------------------------AAAGGCTATCTAGGGTTTGAGCCTAGTGGCCTCTTCCACATAGGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 W  L  V  W  A  N  K  V  K  D  L  V  D  A  G  I  E  F  Y  L  L  A  A  T 
 W  L  V  W  A  N  K  V  K  D  L  V  D  A  -  -  E  F  Y  L  L  A  A  T 
TGGCTTGTCTGGGCTAATAAGGTCAAAGATCTAGTAGATGCC------GAGTTCTATCTGCTAGCTGCTACG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 W  H  A  W  I  N  D  K  L  G  G  D  M  E  L  I  R  K  A  A  R  H  V  V 
 W  H  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  K  A  A  R  H  V  V 
TGGCAC---------------------------------------------AAAGCTGCACGGCATGTAGTA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  V  L  E  A  I  G  V  D  K  A  K  L  K  V  V  D  A  E  D  L  V  S  D 
 D  V  L  E  A  I  .  .  .  .  .  .  L  K  V  V  D  A  E  D  -  -  -  - 
GATGTGCTAGAGGCTATA------------------CTAAAGGTTGTTGATGCAGAGGAT------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  E  Y  W  A  I  L  L  R  V  A  K  N  N  T  L  A  R  I  K  R  A  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  M  G  R  R  A  E  E  A  E  L  D  F  S  K  L  I  Y  P  A  M  Q  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  P  A  M  Q  V  T 
------------------------------------------------ATATACCCGGCGATGCAAGTCACG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  I  F  Y  L  D  L  D  I  A  L  G  G  L  D  Q  R  K  A  H  M  L  A  R 
 D  I  F  -  -  -  -  -  I  A  L  G  G  L  D  Q  R  K  A  H  M  L  A  R 
GACATATTC---------------ATAGCTCTAGGTGGGCTTGATCAACGCAAGGCACACATGCTGGCCAGA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  T  A  E  K  L  G  R  K  K  P  I  A  I  H  T  P  L  L  T  G  L  Q  G 
 D  T  A  E  K  L  -  -  -  -  P  I  A  I  H  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATACTGCGGAGAAGCTT------------CCTATAGCTATTCATACA------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  G  R  M  N  P  S  M  V  D  E  E  Q  H  A  V  E  F  K  M  S  K  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  - 
------------------------------------------------------AAGATGAGTAAGTCT---

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  E  T  A  V  F  V  Y  D  S  P  E  D  I  E  K  K  I  L  R  A  Y  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  R  E  V  K  F  N  P  I  M  E  I  N  K  Y  L  L  F  A  R  P  G  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  V  I  E  R  P  E  K  Y  G  G  T  I  I  V  E  S  Y  E  E  L  E  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  I  E  G  R  L  H  P  L  D  L  K  K  A  T  A  K  A  L  I  E  M  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  V  R  R  Y  F  E  Q  N  R  E  A  R  E  T  L  E  E  L  K  K  A  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362
 T  R 
 -  - 
------

tyr_arch_T_volcanium

Class I

Archaea/Thermoplasma volcanium/amino acid sequences/Tyr_Arc_T_volcanium_aa

Archaea/Thermoplasma volcanium/nucleotide sequences/Tvolcanium_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  I  D  K  L  M  K  N  T  R  E  I  V  T  L  E  D  A  Q  K  L  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  A  G  V  K  S  Y  I  G  I  E  P  S  G  I  P  H  V  A  T  A  V  M  W 
 -  -  -  -  K  S  Y  I  G  I  E  P  S  G  I  P  H  V  A  T  .  V  M  W 
------------TTTGAGCTCAGTTGGTGCAATTTTGCCGGATATATAGTCATTCTGGAA---ATCAACATT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  R  K  L  A  E  L  Q  D  D  I  K  I  Y  V  L  L  A  D  W  H  A  M  I 
 P  R  K  L  A  E  L  Q  D  -  -  K  I  Y  V  L  L  A  D  W  -  -  -  - 
TTCTATTCGAACATTTCCAGATGGTTT------GATTATATCTCTTCCATAGTACGGGAT------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  N  K  L  H  G  D  L  D  L  I  R  K  G  G  E  L  L  K  R  S  F  M  A 
 -  -  -  -  H  .  .  .  .  .  .  .  K  G  G  E  L  L  K  R  S  F  M  A 
------------AAG---------------------GGGTGGGCAGAAAGCAGCATTGACTTTTCTTTCAAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  G  L  T  K  A  E  Y  L  W  A  S  Q  L  V  S  S  S  N  Y  W  E  M  F 
 E  .  .  .  .  A  E  Y  L  W  A  S  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTC------------ATTTATGAGAATGGCCGAGTTCGG---------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  K  T  A  K  R  S  T  L  K  R  L  T  R  A  L  P  I  M  G  R  T  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  A  E  K  D  F  S  M  Y  I  Y  P  I  M  Q  V  T  D  I  F  Y  L  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  P  I  M  Q  V  T  D  I  F  -  -  -  - 
---------------------------ATGTCGCTGATCCATCCCTCCAAATGCAATATC------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  I  A  F  G  G  M  D  Q  R  H  A  H  M  L  A  R  D  I  A  D  K  M  K 
 -  I  A  F  G  G  M  D  Q  R  H  A  H  M  L  A  R  D  I  A  D  K  M  - 
---TATGTCGGTAACCTGCATTATAGGGTAAATGTACATACTAAAGTCTTTTTCTGCATCGGCCTCAGT---

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  K  K  A  V  S  V  H  G  Y  L  L  S  S  L  K  G  N  T  R  M  D  N  F 
 -  -  -  A  V  S  V  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CGGAAGGGCTCTTGTGAG---------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  K  M  S  K  S  D  P  N  S  A  I  L  I  N  D  E  Y  K  D  I  E  R  K 
 -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---ATTCGAAGAAGAAAC------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  N  A  A  F  C  P  P  E  K  V  D  G  N  P  L  A  E  I  M  K  Y  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  P  Y  Y  G  R  D  I  I  I  E  K  P  S  G  N  V  R  I  E  N  V  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  Q  N  D  Y  I  S  G  K  I  A  P  T  E  L  K  K  A  M  I  P  I  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331
 E  M  I  E  P  A  R  K  V  A  Y  D  M  D  L  S  I  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

tyr_arch_M_kandleri

Class I

Archaea/Methanopyrus kandleri/amino acid sequences/Mkandleri_tyr_aa

Archaea/Methanopyrus kandleri/nucleotide sequences/Mkandleri_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  V  E  E  R  L  K  L  V  T  R  N  A  V  E  V  V  T  E  E  E  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  L  L  E  E  K  E  E  P  V  A  Y  V  G  F  E  P  S  G  K  V  H  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  A  Y  V  G  F  E  P  S  G  K  V  H  L  G 
---------------------------GACGAAGTCCCGCTCCAGCTCTTCGTAACTGGTGTAGGTGACATC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  K  L  V  I  D  K  M  I  D  L  Q  E  A  G  F  H  V  I  I  L  L  A  D 
 H  K  L  V  I  D  K  M  I  D  L  Q  E  A  -  -  H  V  I  I  L  L  A  D 
GCCACCGTATTTCTCCGGACGTTCGATCGTGACCTCATCGTA------GAATATGAAGTACCGATAGATCTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  H  A  Y  L  N  E  K  G  T  L  E  E  V  R  E  L  A  D  Y  N  R  R  C 
 L  H  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  E  L  A  D  Y  N  R  R  C 
GAGGAT---------------------------------------TCGAAGCTTTTCCCGGATGACCTCCGG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  L  A  M  G  L  D  P  N  K  T  E  F  V  L  G  S  E  F  Q  L  D  E  D 
 F  L  A  M  .  .  .  .  .  .  T  E  F  V  L  G  S  E  -  -  -  -  -  - 
CTCGTCGTCGAC------------------GCTGGAAGACATCTTCTCGTCTCC------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  A  L  D  V  Y  R  M  A  R  H  T  T  M  R  R  A  R  R  S  M  D  M  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  R  S  E  E  N  P  P  V  S  Q  V  V  Y  P  L  M  Q  A  L  D  I  V  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  P  L  M  Q  A  L  D  I  V  - 
------------------------------------TAGGTGCACGATGTCCAGTGCCTGCATAAGAGG---

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  N  V  D  L  A  V  G  G  L  E  Q  R  K  I  H  M  L  A  R  D  V  L  P 
 -  -  -  -  L  A  V  G  G  L  E  Q  R  K  I  H  M  L  A  R  D  V  L  P 
------------TACCGGAGGGTTTTCCTCGCTCCTAGCGATCATATCCATGCTGCGTCGGGCTCGGCGCAT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  L  G  Y  D  S  P  T  C  L  H  T  P  I  I  H  G  L  D  G  D  E  K  M 
 K  L  -  -  -  -  P  T  C  L  H  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M 
GGTAGT------------CCGGTACACGTCCAGCGC------------------------------GAGGAC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  S  S  K  N  N  F  I  A  V  D  D  E  P  E  V  I  R  E  K  L  R  K  A 
 S  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
GAA---------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  C  P  A  R  E  A  E  G  N  P  I  L  E  I  Y  R  Y  F  I  F  R  E  Y 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  E  V  T  I  E  R  P  E  K  Y  G  G  D  V  T  Y  T  S  Y  E  E  L  E 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  K  .  .  .  .  .  .  .  .  S  -  -  -  -  - 
---------------------------GAC------------------------ACC---------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  D  F  V  D  G  E  L  H  P  L  D  L  K  E  N  A  A  G  Y  L  S  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324
 L  K  P  V  R  K  A  V  S  A  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

tyr_arch_M_hungatei

Class I

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_tyr_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  T  Y  A  R  V  I  R  N  T  V  E  V  V  T  D  E  E  L  R  S  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  R  P  V  R  K  V  Y  A  G  Y  E  P  S  G  E  I  H  L  G  H  L  V  T 
 -  -  -  -  -  K  V  Y  A  G  Y  E  P  S  G  E  I  H  L  G  H  L  V  T 
---------------AAGGTCTACGCAGGATATGAGCCAAGTGGAGAGATCCATCTTGGACACCTGGTTACT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  N  K  L  I  D  L  R  D  A  G  F  E  V  T  V  L  L  A  D  L  H  A  F 
 I  N  K  L  I  D  L  R  D  A  -  -  E  V  T  V  L  L  A  D  L  H  .  . 
ATCAATAAACTGATAGACCTGAGAGATGCA------GAAGTCACTGTTCTCCTTGCCGATCTCCAC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  N  R  K  G  T  M  E  E  V  K  K  L  A  E  Y  N  R  R  C  F  E  G  L 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  K  L  A  E  Y  N  R  R  C  F  E  G  L 
---------------------------------AAACTTGCAGAATATAACCGCCGCTGTTTTGAAGGGCTG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  L  T  D  I  K  Y  V  L  G  S  S  F  Q  L  S  P  E  Y  Q  I  L  V  H 
 .  .  .  .  I  K  Y  V  L  G  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------ATCAAATATGTGCTCGGGTCCAGT------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  L  S  Q  A  I  T  L  N  R  A  K  R  S  M  D  E  V  G  R  Q  M  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  T  V  S  Q  M  V  Y  P  I  M  Q  M  A  D  I  A  M  L  G  V  D  A  A 
 -  -  -  -  -  -  V  Y  P  I  M  Q  M  A  D  I  A  -  -  -  -  -  A  A 
------------------GTATACCCCATTATGCAGATGGCTGATATTGCC---------------GCTGCA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  G  G  I  D  Q  R  K  I  H  M  L  A  R  E  Y  L  P  S  K  N  Y  P  S 
 L  G  G  I  D  Q  R  K  I  H  M  L  A  R  E  Y  L  P  S  K  -  -  -  - 
CTTGGCGGAATTGATCAGCGGAAGATCCATATGCTGGCTCGTGAGTATCTGCCATCGAAA------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  V  C  I  H  V  P  I  L  Q  G  L  D  G  K  K  M  S  S  S  Q  G  N  Y 
 P  V  C  I  H  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  S  S  -  -  -  - 
CCGGTCTGTATTCATGTC---------------------------AAGATGTCCTCTTCC------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  S  V  A  E  S  E  E  D  I  R  K  K  M  K  K  A  F  C  P  P  E  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  N  P  V  L  Q  V  L  Q  H  H  I  F  P  R  L  D  T  V  T  I  E  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  K  F  G  G  N  R  T  F  G  S  Y  E  E  M  E  Q  A  Y  A  K  G  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  P  A  D  L  K  T  A  V  A  E  S  L  I  T  I  L  A  P  V  R  E  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313
 K 
 - 
---

tyr_arch_M_thermautotrophicus

Class I

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/amino acid sequences/Mthermautotrophicus_tyr_aa

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/nucleotide sequences/Mthermautotrophicus_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  D  S  L  K  T  I  T  R  D  V  L  E  V  I  T  P  E  E  L  M  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  K  K  D  E  P  V  V  Y  T  G  Y  E  P  S  G  R  I  H  L  G  H  A  L 
 -  -  -  -  -  -  V  V  Y  T  G  Y  E  P  S  G  R  I  H  L  G  H  A  L 
------------------GCTACTGGAGTACATCTCAAGCAGCTCATCGAGTTCCAGTTCCAGGTCGCCCCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  V  R  K  L  R  E  L  Q  D  A  G  F  R  V  K  I  L  L  A  D  Y  H  A 
 T  V  R  K  L  R  E  L  Q  D  A  -  -  R  V  K  I  L  L  A  D  Y  H  . 
GAATTTCTCAGGTCTCCTTATGGTCATCATTCC------TGGCATTATGAAGTACTTCACGATTTCGAT---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  L  N  G  K  G  S  M  E  R  I  R  E  L  A  D  Y  N  Q  K  C  F  L  A 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  E  L  A  D  Y  N  Q  K  C  F  L  A 
------------------------------------CTTCTTAACCTTCTCCCTTATTTCATCGGGGGAATC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  G  L  S  P  E  R  T  E  F  I  L  G  S  S  F  Q  T  E  P  E  Y  T  D 
 L  .  .  .  .  .  .  T  E  F  I  L  G  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATC------------------CTTACTTGATGACATCTTTTCAGA---------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  V  Y  R  L  A  L  I  T  T  L  L  R  A  K  R  S  M  A  Q  I  T  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  R  D  H  K  V  A  E  V  I  Y  P  L  M  Q  V  I  D  M  V  Y  L  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  P  L  M  Q  V  I  D  M  V  -  -  -  - 
---------------------------GCCCAGGTAAACCATGTCTATGACCTGCATTAA------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  V  A  L  G  G  M  E  Q  R  K  I  H  M  L  A  R  E  N  L  P  R  L  G 
 -  V  A  L  G  G  M  E  Q  R  K  I  H  M  L  A  R  E  N  L  P  R  L  - 
---TGCAACCTTATGGTCCCTGGATTCCCTGGTTATCTGGGCCATACTCCTTTTTGCTCGCAGGAGGGT---

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  D  A  P  V  C  I  H  T  P  L  L  H  G  T  D  G  S  E  K  M  S  S  S 
 -  -  -  P  V  C  I  H  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  S  S 
---------CAGTCTGTAGACCAGGTC------------------------------TCCCAGTATGAACTC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  G  N  F  I  A  V  D  D  S  P  D  E  I  R  E  K  V  K  K  S  Y  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 M  G  E  T  E  G  N  P  I  I  E  I  V  K  Y  F  I  M  P  E  Y  G  M  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  I  R  R  P  E  K  F  G  G  D  L  E  L  E  L  D  E  L  L  E  M  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  S  E  L  H  P  L  D  L  K  N  A  V  S  D  Y  L  V  D  M  L  E  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319
 R  E  Y  M  E  G  V 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

tyr_arch_T_acidophilum

Class I

Archaea/Thermoplasma acidophilum/amino acid sequences/Tacidophilum_tyr_aa

Archaea/Thermoplasma acidophilum/nucleotide sequences/Tacidophilum_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  H  L  I  E  K  I  Y  K  N  T  R  E  V  V  T  R  E  D  A  E  R  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  K  S  D  I  K  S  Y  I  G  I  E  P  S  G  I  P  H  I  A  T  A  V  M 
 -  -  -  -  -  K  S  Y  I  G  I  E  P  S  G  I  P  H  I  A  T  .  V  M 
---------------GAGATCTGCCGGTTGAATCTCTCCCCTTTGGTAAGCCTGATCGAAGTT---TACGCT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 W  P  R  K  L  A  E  I  Q  D  D  I  K  V  T  V  L  L  A  D  W  H  A  M 
 W  P  R  K  L  A  E  I  Q  D  -  -  K  V  T  V  L  L  A  D  W  -  -  - 
GTCGAGATTTATTACGCCATTGGATCCGTG------AATACTCTTTCCGTAATAAGGTATTAT---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  N  N  K  L  H  G  D  L  D  L  I  R  K  G  G  E  I  L  R  K  T  F  Q 
 -  -  -  -  -  H  .  .  .  .  .  .  .  K  G  G  E  I  L  R  K  T  F  Q 
---------------AGG---------------------CGGGCAGTAAGCTGCATTTATCTTCCTTTCGAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  E  G  L  T  K  A  D  Y  V  W  A  S  D  L  V  D  S  S  E  Y  W  R  M 
 A  E  .  .  .  .  A  D  Y  V  W  A  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCTTC------------CACCAGTATTGCTGAATTCGGATC------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  I  D  T  A  K  R  S  T  L  K  R  V  I  R  S  L  P  I  M  G  R  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  D  A  E  K  D  F  S  M  Y  L  Y  P  I  M  Q  V  T  D  I  F  Y  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  P  I  M  Q  V  T  D  I  F  -  -  - 
------------------------------CCTCTGATCCATTCCGCCGAATGCCATGTCCAC---------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  D  M  A  F  G  G  M  D  Q  R  H  A  H  M  L  A  R  D  I  A  E  K  M 
 -  -  M  A  F  G  G  M  D  Q  R  H  A  H  M  L  A  R  D  I  A  E  K  M 
------GTCGGTGACCTGCATTATCGGATAGAGATACATGCTGAAGTCCTTCTCGGCGTCGGTCTCATTCCT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  R  K  K  V  V  S  V  H  G  F  L  L  S  S  L  K  G  N  A  R  M  D  N 
 -  -  -  -  V  V  S  V  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------AAGTGATCTTATCACACG------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  V  K  M  S  K  S  D  P  N  S  A  I  L  V  T  D  H  M  E  D  I  E  R 
 -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GGAAGAGTCTACAAG---------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  I  N  A  A  Y  C  P  P  Q  Q  V  E  G  N  P  V  A  E  I  M  K  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  I  P  Y  Y  G  K  S  I  E  I  H  G  S  N  G  V  I  N  L  D  S  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  F  D  Q  A  Y  Q  R  G  E  I  Q  P  A  D  L  K  H  K  V  A  T  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332
 N  E  M  V  E  P  A  R  R  S  L  E  G  L  D  L  S  E  F  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

tyr_arch_M_aeolicus_Nankai

Class I

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/amino acid sequences/MaeolicusNankai_tyr_aa

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/nucleotide sequences/MaeolicusNankai_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  T  K  L  E  N  I  L  K  N  T  S  E  V  V  S  E  E  E  L  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  N  E  I  S  K  G  N  D  K  I  A  Y  I  G  F  E  P  S  G  R  I  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  A  Y  I  G  F  E  P  S  G  R  I  H  L 
------------------------------ATAGCCTATATCGGATTTGAGCCAAGTGGAAGAATACATTTA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  H  Y  L  Q  I  K  K  M  I  D  L  Q  N  A  G  F  K  I  I  I  L  L  A 
 G  H  Y  L  Q  I  K  K  M  I  D  L  Q  N  A  -  -  K  I  I  I  L  L  A 
GGGCACTACCTCCAAATAAAAAAAATGATAGATTTGCAAAATGCA------AAAATTATTATTCTTCTTGCT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  L  H  A  Y  L  N  Q  K  G  T  M  E  E  I  K  E  L  A  E  Q  N  K  K 
 D  L  H  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  E  L  A  E  Q  N  K  K 
GACCTCCAT---------------------------------------GAATTGGCAGAACAGAACAAAAAA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  F  D  A  I  G  L  N  A  T  Y  I  Y  G  S  E  F  Q  L  K  P  E  Y  N 
 V  F  D  A  I  .  .  .  A  T  Y  I  Y  G  S  E  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTATTTGATGCCATA---------GCCACATATATATATGGAAGCGAA------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  D  L  Y  K  V  A  V  N  T  T  L  K  R  A  R  R  S  M  E  V  I  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  D  D  N  P  K  V  A  G  V  V  Y  P  L  M  Q  V  I  D  I  K  H  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  P  L  M  Q  V  I  D  I  K  -  -  - 
------------------------------GTTTATCCACTTATGCAGGTAATAGATATTAAA---------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  D  V  A  V  G  G  M  E  Q  R  K  I  H  M  L  A  R  E  I  L  P  S  M 
 -  -  V  A  V  G  G  M  E  Q  R  K  I  H  M  L  A  R  E  I  L  P  S  M 
------GTGGCCGTTGGAGGAATGGAACAGAGAAAAATACACATGCTTGCAAGGGAAATTTTACCATCTATG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  Y  K  A  P  V  C  I  H  N  P  V  L  T  G  L  D  G  E  G  K  M  S  S 
 -  -  -  -  P  V  C  I  H  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  S 
------------CCAGTTTGCATACATAAC------------------------------AAAATGTCCTCC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  K  G  N  F  I  A  V  D  D  D  D  A  T  I  K  S  K  I  K  K  A  Y  C 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCA---------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  I  G  E  V  E  G  N  P  I  L  E  I  A  K  Y  Y  L  N  Y  P  I  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  R  P  E  K  F  G  G  N  L  I  I  N  S  Y  N  G  L  E  E  L  Y  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  D  L  H  P  M  D  L  K  N  A  V  V  K  G  I  I  E  M  L  T  L  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317
 G  P  N  S  E 
 -  -  -  -  - 
---------------

tyr_arch_N_equitans

Class I

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_tyr_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  I  E  E  R  I  N  L  I  A  Q  K  P  T  E  E  I  L  T  I  D  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  Q  Y  L  E  Q  G  I  D  L  N  H  Y  I  G  F  E  I  S  G  F  V  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  H  Y  I  G  F  E  I  S  G  F  V  H  L 
------------------------------TGCTACATACTCTTTTAAATCTAATGGATGTATTTGCTTTTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  T  G  I  I  S  M  L  K  V  R  D  F  Q  K  A  K  V  K  T  T  L  F  L 
 G  T  .  I  I  S  M  L  K  V  R  D  F  Q  K  A  -  -  K  T  T  L  F  L 
AGCATA---TTCTTTTAATTGTTCGACATTATCAAATTCCATTGTTTG------TTTTTTGTTTTCTATTAC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  D  Y  H  S  W  I  N  K  K  L  G  G  D  L  E  T  I  R  K  V  A  K  G 
 A  D  Y  H  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  K  V  A  K  . 
TATGGGCTCTTT---------------------------------------------TAGCTCTATTTC---

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  F  A  E  A  L  K  V  S  L  K  T  V  G  G  D  P  D  E  V  K  V  V  L 
 Y  F  A  E  A  L  K  V  S  .  .  .  V  -  -  -  -  -  -  -  K  V  V  L 
TATGGGGCAATAAGCCTTTCTAATTTT---------ATC---------------------TATTGCAGTCTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  S  E  L  Y  E  K  L  G  I  E  Y  L  E  N  I  I  K  I  S  M  N  T  T 
 G  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGGTTTAGA---------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  N  R  I  K  K  G  I  T  I  M  G  R  K  Q  G  E  S  I  S  F  A  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  Y  V  P  M  Q  V  A  D  I  Y  S  L  N  V  N  L  A  H  G  G  I  D  Q 
 L  Y  V  P  M  Q  V  A  D  I  Y  -  -  -  -  -  L  A  H  G  G  I  D  Q 
CTTATAACCAAAAGCATCTGAAACCTCTATGGC---------------CCTTTGGTCTATTCCCCCATGGGC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  K  A  H  V  I  A  I  E  V  S  D  A  F  G  Y  K  P  I  A  V  H  H  H 
 R  K  A  H  V  I  A  I  E  V  S  D  A  F  -  -  -  P  I  A  V  H  H  - 
TAAATTAACATTTAAGCTATATATATCTGCAACTTGCATAGG---------TAATTGGGCGAAACTTAT---

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  L  L  G  M  H  I  D  E  N  I  R  Q  K  L  L  E  A  K  K  T  N  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  L  F  E  D  S  V  I  D  I  K  M  S  K  S  K  P  E  T  A  I  F  I  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------TTTCTCATACAATTC---------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  T  P  E  D  I  R  R  K  I  R  K  A  Y  C  P  I  G  E  I  E  L  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  I  E  L  V  E  Y  V  I  Y  P  I  L  K  E  P  I  V  I  E  N  K  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  Q  T  M  E  F  D  N  V  E  Q  L  K  E  A  Y  A  K  K  Q  I  H  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  L  K  E  Y  V  A  E  K  L  I  E  I  L  E  P  A  R  K  Y  F  L  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376
 K  G  N  K  Y  L  E  E  L  K  N  L  Q  I  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

tyr_arch_S_acidocaldarius

Class I

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/amino acid sequences/Sacidocaldarius_tyr_aa

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/nucleotide sequences/Sacidocaldarius_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  I  D  E  K  I  K  L  I  T  R  N  T  D  E  V  I  T  V  D  E  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  K  L  E  E  N  S  K  L  K  G  Y  I  G  F  E  P  S  G  L  F  H  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  G  Y  I  G  F  E  P  S  G  L  F  H  I  G 
---------------------------TCTTGCCGTAGCTAGCTTTAAGTCTAACGGATGCAATTTACCTTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 W  L  I  W  A  Q  K  L  K  D  L  I  K  A  G  V  D  M  S  I  L  V  A  T 
 W  L  I  W  A  Q  K  L  K  D  L  I  K  A  -  -  D  M  S  I  L  V  A  T 
AATGAAAATGCGTTCTAGTTCTTCGTATGATTTTATCTCTAT------ACCATACTTGGCATCTCTCTCTAT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 W  H  A  M  I  N  D  K  L  G  G  D  L  E  K  I  K  L  A  G  K  Y  A  L 
 W  H  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  L  A  G  K  Y  A  L 
TTTCAA---------------------------------------------AACAGGGTTATCGTTTACTAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  V  L  E  G  F  G  V  D  M  S  K  L  K  V  V  Y  A  E  D  L  V  E  N 
 E  V  L  E  G  F  .  .  .  .  .  .  L  K  V  V  Y  A  E  D  -  -  -  - 
TCCCTTTGGACAATATGA------------------AACTAATTCTGGTGAGTCATGAAT------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  D  Y  W  S  L  V  V  K  V  A  K  N  T  S  L  A  R  M  K  R  A  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  M  G  R  R  S  E  E  A  E  L  D  T  S  K  L  I  Y  P  A  M  Q  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  P  A  M  Q  V  S 
------------------------------------------------TTTTTTCCTTTGTAATTTTTCTGC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  I  F  F  Q  D  L  D  I  A  L  G  G  T  D  Q  R  K  A  H  M  L  A  R 
 D  I  F  -  -  -  -  -  I  A  L  G  G  T  D  Q  R  K  A  H  M  L  A  R 
CACGTCTCT---------------TTTTCTCTGATCTGTACCACCTAAAGCTATGTCAAGATCCTGGAAGAA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  V  A  E  K  L  Q  R  K  K  V  I  A  I  H  T  P  L  L  V  G  L  Q  G 
 D  V  A  E  K  L  -  -  -  -  V  I  A  I  H  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
TATGTCGGAAACTTGCAT------------TAATTTTGAGGTATCAAG------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  Q  R  M  N  T  E  G  L  E  E  D  D  Y  L  A  T  I  K  M  S  K  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  - 
------------------------------------------------------TACCACTAAGCTCCA---

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  E  T  A  I  F  I  H  D  S  P  E  L  V  E  S  K  L  K  N  S  Y  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  G  V  V  N  D  N  P  V  L  Q  I  N  K  Y  I  I  F  G  E  Q  G  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  K  I  E  R  D  A  K  Y  G  G  D  I  E  I  K  S  Y  E  E  L  E  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  I  E  G  K  L  H  P  L  D  L  K  L  A  T  A  R  K  L  N  D  I  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  I  R  K  R  I  S  S  K  S  Q  F  V  D  L  I  S  S  I  E  K  S  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361
 R 
 - 
---

tyr_arch_M_acetivorans

Class I

Archaea/Methanosarcina acetivorans/amino acid sequences/Methanosarcina_acetivorans_tyr_aa

Archaea/Methanosarcina acetivorans/nucleotide sequences/Methanosarcina_acetivorans_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  R  L  E  L  I  R  R  N  V  Q  E  I  V  T  E  E  E  L  E  G  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  N  K  E  A  P  R  A  Y  V  G  Y  E  P  S  G  K  I  H  M  G  H  V  L 
 -  -  -  -  -  -  R  A  Y  V  G  Y  E  P  S  G  K  I  H  M  G  H  V  L 
------------------TATAAAGTTGCTCTCCATCTCAGCATAGCTGTGGTATGTGATGTCTCCCCCGAA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  V  N  K  L  I  D  L  Q  K  A  G  F  K  I  T  V  L  L  A  D  V  H  A 
 T  V  N  K  L  I  D  L  Q  K  A  -  -  K  I  T  V  L  L  A  D  V  H  . 
TTTTTCCGGCCTTTCAATGACAACTGTCTCGTA------GAAGATGTGGTAGCGGAAAAGAGCAAGGAT---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  L  N  K  K  G  T  L  E  E  V  R  K  I  A  D  Y  N  R  R  C  F  I  A 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  K  I  A  D  Y  N  R  R  C  F  I  A 
------------------------------------CTTAAACTTCCTGTAGATATCTTCTCCCGTATCGTC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  G  L  D  E  E  Q  T  D  F  V  Y  G  S  D  F  Q  L  G  A  E  Y  M  L 
 L  .  .  .  .  .  .  T  D  F  V  Y  G  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAT------------------TGAAGAAGCCATCTTTGTTCCGTC---------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  V  L  K  L  S  R  A  V  T  L  N  R  A  K  R  S  M  D  E  V  G  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  D  D  P  T  V  S  Q  M  V  Y  P  L  M  Q  A  I  D  I  A  L  L  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  P  L  M  Q  A  I  D  I  A  -  -  -  - 
---------------------------CAGGGCAATGTCAATAGCCTGCATCAGGGGATA------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  V  A  V  G  G  I  D  Q  R  K  I  H  M  L  A  R  E  N  L  K  S  L  G 
 -  V  A  V  G  G  I  D  Q  R  K  I  H  M  L  A  R  E  N  L  K  S  L  - 
---GGTGGGGTCGTCCATTGCGCGTCCTACTTCGTCCATGCTTCTCTTTGCCCTGTTGAGGGTGACTGC---

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  E  T  P  I  C  I  H  T  P  I  L  L  G  L  D  G  T  K  M  A  S  S  K 
 -  -  -  P  I  C  I  H  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  A  S  S  - 
---------GAGCACGTTTAACATGTA---------------------------GTATACGAAATCGGT---

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  N  F  I  S  I  D  D  T  G  E  D  I  Y  R  K  F  K  K  A  F  C  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  D  V  E  E  N  P  I  L  A  L  F  R  Y  H  I  F  P  R  Y  E  T  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  E  R  P  E  K  F  G  G  D  I  T  Y  H  S  Y  A  E  M  E  S  N  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  E  K  V  H  P  M  D  L  K  N  A  A  A  K  Y  I  N  E  I  L  D  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317
 R  K  V  L  L 
 -  -  -  -  - 
---------------

tyr_arch_S_marinus

Class I

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_tyr_aa

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  V  N  D  K  I  K  L  A  S  R  N  T  V  E  V  I  T  L  E  D  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  V  F  E  E  K  E  H  P  R  G  Y  I  G  F  E  P  S  G  L  V  H  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  G  Y  I  G  F  E  P  S  G  L  V  H  V  G 
---------------------------TGCTTCAGCTGTAGCGTTTTTTAGGTCTAGCGGATGTATTTTTCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 W  L  V  W  M  N  K  V  R  D  L  L  E  A  G  V  D  F  Y  I  L  E  A  T 
 W  L  V  W  M  N  K  V  R  D  L  L  E  A  -  -  D  F  Y  I  L  E  A  T 
CTCAACATATAGTTTCTCTAGTTCATCGTATGATTCAATAGT------TCCACCATATTTTTCCGGACGATC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 W  H  A  Y  I  N  D  K  L  G  G  D  M  D  L  I  R  K  A  A  R  L  V  R 
 W  H  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  K  A  A  R  L  V  R 
TATGTA---------------------------------------------TATTATCGGGTTAAACATTGT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  V  M  E  G  F  G  I  D  V  S  K  I  K  F  V  D  A  E  E  L  V  S  D 
 K  V  M  E  G  F  .  I  -  -  -  -  -  K  F  V  D  A  E  E  -  -  -  - 
TTCGCGTGGAGGACAATA---TTT---------------TATTTCTTCCGGTGGATCATG------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  D  Y  W  G  I  L  V  R  S  A  K  N  V  S  L  A  R  V  K  R  A  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  M  G  R  K  S  E  E  A  E  T  D  F  S  K  L  I  Y  P  L  M  Q  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  P  L  M  Q  V  S 
------------------------------------------------AGGTTTTTTTCTACCTATTTTCTC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  I  F  Y  L  D  L  D  I  A  L  G  G  T  D  Q  R  K  A  H  M  L  A  R 
 D  I  F  -  -  -  -  -  I  A  L  G  G  T  D  Q  R  K  A  H  M  L  A  R 
AGCAATATC---------------GGCTTTTCTCTGATCAGTTCCTCCCAACGCAATATCTAGGTCTAAATA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  I  A  E  K  I  G  R  K  K  P  V  A  I  H  T  P  I  I  T  G  L  K  G 
 D  I  A  E  K  I  -  -  -  -  P  V  A  I  H  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAATATGTCACTGACTTG------------TATTAGTTTTGAAAAATC------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  G  R  R  M  D  I  V  G  E  I  D  E  V  Y  A  T  H  K  M  S  K  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  - 
------------------------------------------------------ACGGACAAGTATTCC---

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  E  T  A  I  F  V  H  D  P  P  E  E  I  R  A  K  I  R  K  A  Y  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  R  E  T  M  F  N  P  I  I  E  I  N  K  Y  L  L  F  A  T  P  G  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  Y  I  D  R  P  E  K  Y  G  G  P  I  T  I  E  S  Y  D  E  L  E  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  V  E  G  K  I  H  P  L  D  L  K  N  A  T  A  E  A  L  N  K  L  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  I  R  K  K  L  R  T  D  P  E  A  R  E  I  L  E  T  L  L  K  T  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362
 T  R 
 -  - 
------

tyr_arch_Halobacterium

Class I

Archaea/Halobacterium sp./amino acid sequences/Halobacterium_tyr_aa

Archaea/Halobacterium sp./nucleotide sequences/Halobacterium_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  T  H  E  L  V  T  R  N  A  A  E  V  V  T  E  E  E  V  E  A  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  D  P  E  G  K  R  A  Y  V  G  Y  E  P  S  G  V  L  H  L  G  H  L  L 
 -  -  -  -  -  -  R  A  Y  V  G  Y  E  P  S  G  V  L  H  L  G  H  L  L 
------------------CGGGCGTACGTCGGCTACGAGCCCTCCGGCGTCCTCCACCTCGGCCACCTGCTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  A  N  K  L  I  D  L  Q  D  A  G  I  E  V  V  V  L  L  A  D  V  H  A 
 T  A  N  K  L  I  D  L  Q  D  A  -  -  E  V  V  V  L  L  A  D  V  H  . 
ACCGCGAACAAGCTCATCGACCTGCAGGACGCC------GAGGTCGTCGTGCTGCTGGCGGACGTCCAC---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  L  N  D  K  G  T  F  E  E  I  R  E  T  A  E  Q  M  K  A  Q  F  L  A 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  E  T  A  E  Q  M  K  A  Q  F  L  A 
------------------------------------GAGACGGCCGAGCAGATGAAGGCCCAGTTCCTCGCC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  G  L  D  E  E  Q  T  E  F  V  L  G  S  D  Y  Q  L  D  E  D  Y  E  L 
 Y  .  .  .  .  .  .  T  E  F  V  L  G  S  D  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAC------------------ACGGAGTTCGTCCTCGGCAGCGAC---------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  L  H  A  L  Q  V  E  T  S  L  K  R  A  Q  R  A  M  A  E  I  Q  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  T  A  K  V  S  H  V  V  Y  P  L  M  Q  A  L  D  I  E  Y  L  D  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  P  L  M  Q  A  L  D  I  E  -  -  -  -  - 
------------------------GTCTACCCGCTGATGCAGGCCCTCGACATCGAG---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  A  I  G  G  L  D  Q  R  K  V  H  M  L  A  R  E  E  L  P  S  L  G  Y 
 L  A  I  G  G  L  D  Q  R  K  V  H  M  L  A  R  E  E  L  P  S  L  -  - 
CTCGCCATCGGCGGCCTCGACCAGCGGAAGGTCCACATGCTCGCCCGCGAGGAACTCCCGAGCCTC------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  K  R  P  A  L  H  T  P  I  I  G  D  L  T  T  G  E  G  K  M  S  S  S 
 -  -  R  P  A  L  H  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  S  S 
------CGGCCCGCGCTCCACACG---------------------------------AAGATGAGCTCCAGC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  G  V  S  I  S  M  E  D  S  T  E  E  L  A  E  K  V  N  S  A  F  C  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  E  R  D  P  E  G  D  L  V  N  P  V  L  E  L  F  Q  Y  H  V  F  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  E  T  V  V  V  E  R  P  D  E  Y  G  G  D  L  S  Y  D  D  Y  E  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  D  D  L  E  S  G  E  L  H  P  A  D  A  K  G  A  L  A  D  Y  L  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326
 L  V  A  P  G  R  Q  R  L  R  E  L  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

tyr_bact_C_aggregans

Class I

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_tyr_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  L  S  E  L  L  S  R  G  V  A  E  V  I  V  E  S  E  L  R  A  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  S  G  T  P  L  R  L  K  Q  G  F  D  P  T  K  P  D  M  H  I  G  H  A 
 -  -  -  -  -  -  R  L  K  Q  G  F  D  P  T  .  P  D  M  H  I  G  H  A 
------------------CGCCTGAAACAAGGGTTTGATCCGACA---CCCGACATGCATATCGGGCACGCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  G  L  R  K  L  R  A  F  Q  E  L  G  H  Q  V  V  L  I  V  G  D  W  T 
 V  G  L  R  K  L  R  A  F  Q  E  L  -  -  Q  V  V  L  I  V  G  D  W  - 
GTAGGGCTGCGTAAGCTACGCGCCTTCCAAGAACTG------CAGGTGGTGTTGATCGTCGGTGACTGG---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  Q  I  G  D  P  S  G  R  D  E  T  R  A  R  L  S  A  A  E  V  R  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  A  N 
---------------------------------------------------------------CGCGCCAAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  E  T  Y  M  E  Q  F  F  R  V  V  D  R  Q  R  T  E  V  R  W  Q  S  E 
 A  E  T  Y  M  E  Q  F  F  R  V  .  .  .  .  .  T  E  V  R  W  Q  S  E 
GCCGAGACCTACATGGAGCAATTTTTCCGGGTG---------------ACCGAGGTACGCTGGCAGAGTGAA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  F  G  Q  F  T  L  E  N  A  L  D  L  A  G  R  F  T  L  A  Q  M  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 H  E  T  F  R  K  R  Y  E  T  G  A  P  L  T  I  L  E  L  M  Y  P  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  Y  P  M  L 
---------------------------------------------------------ATGTATCCGATGCTG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  A  Y  D  S  V  A  I  R  A  D  V  E  F  G  G  T  D  Q  K  F  N  I  L 
 Q  A  Y  D  S  V  -  -  -  -  -  V  E  F  G  G  T  D  Q  K  F  N  I  L 
CAAGCGTATGACTCGGTC---------------GTTGAGTTTGGTGGTACGGACCAGAAGTTTAATATTCTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  G  R  E  L  M  A  Q  L  G  M  T  P  Q  Q  V  F  L  V  P  L  I  P  G 
 A  G  R  E  L  M  A  Q  L  -  -  -  -  Q  Q  V  F  L  V  -  -  -  -  - 
GCCGGACGAGAGCTGATGGCGCAGTTG------------CAGCAAGTCTTCCTGGTA---------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  D  G  R  K  M  S  K  T  F  N  N  T  V  D  I  R  M  P  P  T  E  M  Y 
 -  -  -  -  K  M  S  K  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------AAGATGTCGAAGACG---------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  R  I  M  S  M  S  D  E  V  L  P  L  Y  F  E  V  L  T  D  V  P  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  I  A  E  M  K  T  A  M  A  T  G  Q  V  N  P  R  D  L  K  M  R  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  E  I  V  A  Q  F  H  D  P  A  A  A  A  A  A  E  A  T  F  I  R  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  E  R  E  L  P  E  D  I  P  N  F  T  L  E  A  P  T  G  I  V  D  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  A  S  G  L  A  P  S  K  S  E  A  R  R  L  I  D  G  G  G  V  R  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  E  R  V  E  G  Y  T  L  T  I  N  P  G  A  N  V  V  V  Q  V  G  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390
 K  F  V  R  V  V 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

tyr_bact_C_jejuni

Class I

Bacteria/Campylobacter jejuni/amino acid sequences/Cjejuni_tyr_aa

Bacteria/Campylobacter jejuni/nucleotide sequences/Cjejuni_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  I  K  K  I  L  A  E  V  K  R  G  C  A  E  L  I  D  E  E  R  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  L  I  K  N  Y  Y  E  K  G  E  N  F  F  I  K  A  G  F  D  P  T  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  I  K  A  G  F  D  P  T  .  P 
---------------------------------------TGCATTAGCACTGATGCTTCTTCTTGC---AGA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  L  H  L  G  H  S  V  V  L  T  K  M  A  F  L  Q  K  H  G  A  I  V  Q 
 D  L  H  L  G  H  S  V  V  L  T  K  M  A  F  L  Q  K  H  -  -  I  V  Q 
AGTAGAACTTTCCAAACCACATTCAACCAAAGCCTTAGCAAGCCAAATTTTTCCTTG------AAACTCAGC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  L  I  G  D  F  T  G  Q  I  G  D  P  S  G  K  S  A  T  R  K  K  L  D 
 F  L  I  G  D  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATATCACTTGGCAAAGC------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  E  Q  V  L  I  N  A  K  T  Y  K  T  Q  V  F  K  V  L  D  K  E  K  T 
 -  -  -  -  L  I  N  A  K  T  Y  K  T  Q  V  F  K  V  .  .  .  .  .  T 
------------CTCTGTAATCTCTAAAGCTAAATTTTCTTTAGCTTTTTTAGG---------------TTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  I  K  F  N  S  T  W  L  N  E  L  G  A  A  G  I  V  E  L  T  S  T  F 
 Q  I  K  F  N  S  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TATATCTTTTTTTATTTGCGC---------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  V  A  R  M  L  E  R  D  D  F  T  K  R  F  K  E  Q  S  P  I  S  I  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  F  L  Y  P  L  L  Q  G  Y  D  S  V  A  L  K  S  D  I  E  M  G  G  T 
 -  -  L  Y  P  L  L  Q  G  Y  D  S  V  -  -  -  -  -  I  E  M  G  G  T 
------ACTCATTTTGTTTACACCGTCTAAACCTTCGAG---------------CACAGCTTGTTCTTTTCC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  Q  K  F  N  L  L  M  G  R  Q  L  Q  R  V  Y  N  I  G  K  E  Q  A  V 
 D  Q  K  F  N  L  L  M  G  R  Q  L  Q  R  V  Y  -  -  -  -  -  Q  A  V 
TATGTTATAAACTCTTTGAAGCTGTCTTCCCATCAAAAGATTAAATTT---------------CATTTCAAT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  M  M  P  L  L  E  G  L  D  G  V  N  K  M  S  K  S  L  N  N  Y  I  G 
 I  M  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  - 
ATCGCTTTT------------------------------AGGATACAAAAACTC------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  T  E  K  A  N  D  M  Y  A  K  I  L  S  I  S  D  E  L  M  F  R  Y  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  L  L  S  Q  K  S  L  E  E  I  A  Q  I  K  K  D  I  E  Q  G  N  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  K  K  A  K  E  N  L  A  L  E  I  T  E  R  F  H  S  K  E  E  A  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  K  S  E  F  D  R  I  H  S  Q  N  A  L  P  S  D  M  A  E  F  E  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  K  I  W  L  A  K  A  L  V  E  C  G  L  E  S  S  T  S  A  A  R  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  S  A  N  A  V  S  V  N  S  Q  K  V  S  D  E  Q  M  Y  L  E  Q  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401
 Y  I  L  Q  I  G  K  R  K  F  A  K  L  K  V  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

tyr_bact_P_mikurensis

Class I

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/amino acid sequences/Pmikurensis_tyr_aa

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/nucleotide sequences/Pmikurensis_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  E  D  T  P  N  L  Y  D  V  L  E  A  R  G  L  V  A  Q  C  T  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  I  R  E  R  L  G  S  P  V  T  L  Y  C  G  F  D  P  T  A  D  S  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  L  Y  C  G  F  D  P  T  .  D  S  L  H 
------------------------------GGGGTCCGCGACCTTGTCGCCGTGGAT---GACGCCGCCGCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  G  H  L  V  P  V  M  A  L  A  H  A  Q  R  C  G  H  K  P  L  A  L  V 
 L  G  H  L  V  P  V  M  A  L  A  H  A  Q  R  C  -  -  K  P  L  A  L  V 
CTGGATCAGCCGGCGGGCCTCGCCGTTGCTCTTGGCGAAGCCGGCACG------CAGCTCGACGACGCCGAC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  G  A  T  A  R  V  G  D  P  S  G  K  N  T  A  R  R  M  L  S  P  E  E 
 G  G  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGGCGAGGC---------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  D  A  N  A  L  A  I  G  E  Q  I  G  R  I  V  R  F  D  D  S  P  T  G 
 -  D  A  N  A  L  A  I  G  E  Q  I  G  R  I  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
---GTCGCGCGCCGCCGCGGCCGCGGGCTCGCCGTGCACGAGCCG---------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  K  L  V  N  N  L  D  W  I  A  G  L  T  W  L  D  F  L  R  D  V  G  S 
 A  K  L  V  N  N  L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCCGCGTTGATGCCGGCGCCGCT------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  V  S  V  N  R  M  V  G  M  E  S  V  K  P  R  L  A  E  G  S  G  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  L  E  F  S  Y  M  L  L  Q  A  Y  D  F  A  H  L  G  A  E  H  G  C  T 
 -  -  -  -  S  Y  M  L  L  Q  A  Y  D  F  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------CCAGACCGCGCCGGCCTCGGTCTTGCCGAACTT---------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  Q  I  G  G  Q  D  Q  W  G  N  I  V  F  G  T  E  L  G  R  K  M  H  G 
 V  Q  I  G  G  Q  D  Q  W  G  N  I  V  F  G  T  E  L  G  R  K  M  -  - 
CATCGTGAGCGCCGCCAGGTCCAGGCCGTGCATCTTCCGCCCCAGCTCGGTGCCGAAGACGATGTT------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  D  L  A  A  L  T  M  P  L  I  T  K  A  D  G  R  K  F  G  K  T  E  A 
 -  -  L  A  A  L  T  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  G  K  T  -  - 
------CTGCCCGCCGATCTGCAC---------------------------GGCGAAGTCGTACGC------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  A  V  W  L  D  A  E  R  T  P  V  F  D  F  F  Q  F  W  R  N  A  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  D  V  G  R  L  L  R  Y  F  T  F  L  P  I  D  E  I  E  A  L  E  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  G  A  G  I  N  A  A  K  A  R  L  A  Y  E  V  T  R  L  V  H  G  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  A  A  A  A  R  D  G  A  A  K  A  F  A  G  G  A  V  D  D  A  V  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  P  L  D  L  A  S  P  V  G  V  V  E  L  M  K  R  A  G  F  A  K  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  E  A  R  R  L  I  Q  G  G  G  V  R  I  H  G  D  K  V  A  D  P  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  V  S  A  G  D  A  R  G  G  H  V  L  L  R  A  G  K  K  R  L  Y  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415
 D  V  A  E  A  G  S 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

tyr_bact_S_elongatus

Class I

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_tyr_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  D  S  W  T  W  L  Q  R  G  T  H  E  I  F  P  D  Q  P  E  S  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  D  V  S  L  L  A  R  L  Q  Q  G  D  R  P  L  R  I  K  L  G  I  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  I  K  L  G  I  D  P 
------------------------------------------------TCCGCCTTGAATTTGCCGACGCGC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  G  S  D  I  H  L  G  H  S  I  I  F  R  K  L  R  Q  F  Q  D  A  G  H 
 T  .  S  D  I  H  L  G  H  S  I  I  F  R  K  L  R  Q  F  Q  D  A  -  - 
TTC---ACTGGTCAGCCCCAAGCCCACAGCACTGACTAAGTAAAAAGCCTTAGCAGGAAAGTTAAC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  A  V  L  I  I  G  D  F  T  A  R  I  G  D  P  T  G  K  S  E  V  R  R 
 T  A  V  L  I  I  G  D  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGCGGAAACTCCGGCACGGCTTCTGC---------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  L  T  A  E  D  V  Q  R  N  A  E  T  Y  L  D  Q  L  R  P  I  L  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  Q  R  N  A  E  T  Y  L  D  Q  L  R  P  I  L  -  - 
---------------------GTGGTATTGGCTAACAACATCAAGTGCCAGCAGTTTTTGGCGATC------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  T  P  G  R  L  E  I  R  Y  N  S  E  W  L  A  G  L  D  L  A  K  I  L 
 -  -  -  -  -  -  E  I  R  Y  N  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------TAAATCTTGGCTAGTTAGCAA---------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  L  L  G  T  M  T  V  G  Q  M  L  A  K  E  G  F  S  E  R  Y  D  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  P  V  Y  L  H  E  F  L  Y  P  L  M  Q  G  Y  D  S  V  A  V  Q  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  P  L  M  Q  G  Y  D  S  V  -  -  -  -  - 
------------------------CAAAATGGGCAGCAGTAAGCCGAATTGAGGCTG---------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  E  L  G  G  T  D  Q  K  F  N  I  A  V  G  R  D  L  Q  R  H  F  G  L 
 V  E  L  G  G  T  D  Q  K  F  N  I  A  V  G  R  D  L  Q  R  H  F  -  - 
CTGCAAGTCTCTTCCCACAGCAATGTTGAACTTTTGGTCTGTGCCACCCAGTTCTACATCCGATTG------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  P  Q  F  G  L  L  L  P  I  L  I  G  L  D  G  S  Q  K  M  S  K  S  L 
 -  -  Q  F  G  L  L  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  - 
------ATCGTAGCCCTGCATCAG------------------------------TGTTCCTTTGTCGTA---

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  N  Y  V  G  L  N  E  D  A  L  S  M  Y  S  K  L  E  K  V  P  D  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  A  D  Y  F  E  L  L  T  S  Q  D  L  A  A  L  P  E  N  P  R  D  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  L  L  A  L  D  V  V  S  Q  Y  H  G  A  E  A  A  A  A  A  Q  K  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  E  L  V  Q  G  S  A  V  Q  A  E  A  V  P  E  F  P  L  S  Q  V  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  A  K  A  F  Y  L  V  S  A  V  G  L  G  L  T  S  S  E  A  R  R  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  G  G  A  V  R  L  D  G  Q  K  L  D  D  P  N  H  I  F  E  A  P  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402
 L  K  G  R  V  I  Q  V  G  K  K  K  F  V  R  L  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

tyr_bact_B_fragilis

Class I

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_tyr_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  F  V  E  E  L  R  W  R  G  M  V  H  D  M  M  P  G  T  E  E  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  K  E  Q  V  T  A  Y  V  G  I  D  P  T  A  D  S  L  H  I  G  H  L  C 
 -  -  -  -  -  T  A  Y  V  G  I  D  P  T  .  D  S  L  H  I  G  H  L  C 
---------------ACTGCTTATGTGGGTATTGACCCGACA---GATTCATTGCATATCGGACACTTATGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  V  M  I  L  R  H  F  Q  R  C  G  H  K  P  L  A  L  I  G  G  A  T  G 
 G  V  M  I  L  R  H  F  Q  R  C  -  -  K  P  L  A  L  I  G  G  A  -  - 
GGTGTGATGATATTGCGTCACTTCCAGCGTTGT------AAACCATTGGCTTTGATTGGTGGTGCG------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 M  I  G  D  P  S  G  K  S  A  E  R  N  L  L  D  E  E  T  L  R  H  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  H  N  Q 
------------------------------------------------------------CGTCACAATCAG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  C  I  K  K  Q  L  A  K  F  L  D  F  E  S  D  A  P  N  R  A  E  L  V 
 A  C  I  K  K  Q  L  A  K  F  .  .  .  .  .  .  A  -  -  -  -  E  L  V 
GCTTGTATCAAAAAGCAACTAGCTAAGTTT------------------GCT------------GAACTAGTG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  N  Y  D  W  M  K  E  F  T  F  L  D  F  A  R  E  V  G  K  H  I  T  V 
 N  N  Y  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACAACTATGAT------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  Y  M  M  A  K  E  S  V  K  K  R  L  N  G  E  A  R  D  G  L  S  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  F  T  Y  Q  L  L  Q  G  Y  D  F  L  H  L  Y  E  T  K  G  C  K  L  Q 
 -  -  T  Y  Q  L  L  Q  G  Y  D  F  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Q 
------ACCTATCAGTTGTTGCAAGGTTATGACTTTCTT---------------------------CTGCAG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  G  G  S  D  Q  W  G  N  I  T  T  G  T  E  L  I  R  R  T  N  G  G  E 
 M  G  G  S  D  Q  W  G  N  I  T  T  G  T  E  L  I  R  R  T  -  -  -  - 
ATGGGAGGCTCTGATCAGTGGGGAAATATCACTACCGGTACTGAACTGATTCGTCGTACT------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  Y  A  L  T  C  P  L  I  T  K  A  D  G  G  K  F  G  K  T  E  S  G  N 
 A  Y  A  L  T  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  G  K  T  -  -  -  - 
GCTTATGCATTGACTTGT---------------------------AAATTTGGTAAGACC------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  W  L  D  P  R  Y  T  S  P  Y  K  F  Y  Q  F  W  L  N  V  S  D  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  E  R  Y  I  K  I  F  T  S  L  D  K  A  E  I  D  G  L  I  A  E  H  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  A  P  H  L  R  V  L  Q  K  R  L  A  K  E  V  T  V  M  V  H  S  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  Y  N  A  A  V  D  A  S  N  I  L  F  G  N  A  T  S  D  A  L  K  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  E  D  T  L  L  A  V  F  E  G  V  P  Q  F  E  I  S  R  D  A  L  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  V  K  A  V  D  L  F  V  D  N  A  A  V  F  A  S  K  G  E  M  R  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  Q  G  G  G  V  S  L  N  K  E  K  L  A  A  F  D  Q  V  I  T  T  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430
 L  L  D  E  K  Y  L  L  V  Q  R  G  K  K  N  Y  Y  L  I  I  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

tyr_bact_G_stearothermophilus

Class I

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/amino acid sequences/Gstearothermophilus_tyr_aa

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/nucleotide sequences/Gstearothermophilus_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  L  L  E  E  L  Q  W  R  G  L  V  N  Q  T  T  D  E  D  G  L  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  L  N  E  E  K  V  T  L  Y  C  G  F  D  P  T  A  D  S  L  H  I  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  T  L  Y  C  G  F  D  P  T  .  D  S  L  H  I  G  H 
---------------------CGCGTCTTGGATGCGCTCCCCGTTCAC---AATGGCGCCGTTTTGGATGTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  V  T  I  M  T  L  R  R  F  Q  Q  A  G  H  Q  P  I  A  L  V  G  G  A 
 L  V  T  I  M  T  L  R  R  F  Q  Q  A  -  -  Q  P  I  A  L  V  G  G  A 
TTCGCGCGCCTGGCGCTTCGACGGCGAAATGCCGGCAGA------CAGCTCGACAAGCGGAACGTCGCCGCC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  G  L  I  G  D  P  S  G  R  K  S  E  R  T  L  N  A  K  E  T  V  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  T 
------------------------------------------------------------------GTCGCC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 W  S  A  R  I  K  A  Q  L  E  R  F  L  D  F  E  A  E  S  N  P  A  K  I 
 W  S  A  R  I  K  A  Q  L  E  R  F  .  .  .  .  A  -  -  -  -  -  K  I 
GCTAAAGAGCGCTTCAGAAATGCGAATCGCTTGCCT------------GCC---------------CACTTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  N  N  Y  D  W  I  G  P  L  D  V  I  S  F  L  R  D  I  G  K  H  F  S 
 K  N  N  Y  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCAGCAAGCGCCCT---------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  N  Y  M  L  A  K  E  S  V  Q  S  R  I  E  M  G  I  S  F  T  E  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S 
---------------------------------------------------------------------TTG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  M  M  L  Q  A  Y  D  F  L  N  L  Y  E  T  E  G  C  R  L  Q  I  G  G 
 Y  M  M  L  Q  A  Y  D  F  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Q  I  G  G 
GTAAAACTCATACGGCGACGTTTTTTCCGG---------------------------TTTTCCAAACTTCGT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  D  Q  W  G  N  I  T  A  G  L  E  L  I  R  R  T  K  G  E  A  K  A  F 
 S  D  Q  W  G  N  I  T  A  G  L  E  L  I  R  R  T  -  -  -  -  -  A  F 
CCCATCGGCTTTCGTCACGAGCGGAACCGTCAAACCGAATGCTTTCGCCTC---------------GATGAG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  L  T  V  P  L  V  T  K  A  D  G  T  K  F  G  K  T  E  S  G  A  V  W 
 G  L  T  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  G  K  T  -  -  -  -  -  - 
CTCAAGCCCCGC---------------------------ACCGATTTGTAGTCG------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  D  P  E  K  T  S  P  Y  E  F  Y  Q  F  W  I  N  T  D  D  R  D  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  Y  L  K  Y  F  T  F  L  S  K  E  E  I  G  A  L  E  Q  E  L  R  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  E  K  R  A  A  Q  R  A  L  A  E  E  V  T  K  L  V  H  G  E  E  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  Q  A  I  R  I  S  E  A  L  F  S  G  D  I  A  N  L  T  A  A  E  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  G  F  K  D  V  P  S  F  I  H  E  G  G  D  V  P  L  V  E  L  L  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  G  I  S  P  S  K  R  Q  A  R  E  D  I  Q  N  G  A  I  Y  V  N  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  I  Q  D  A  G  A  V  L  T  A  E  H  R  L  E  G  R  F  T  V  I  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419
 G  K  K  K  Y  H  L  I  R  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

tyr_bact_H_aurantiacus

Class I

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/amino acid sequences/Haurantiacus_tyr_aa

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/nucleotide sequences/Haurantiacus_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  T  I  D  E  I  L  S  R  G  V  S  E  V  I  V  E  A  N  V  R  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  N  A  G  K  P  L  R  L  K  L  G  I  D  P  T  R  S  D  I  H  I  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  R  L  K  L  G  I  D  P  T  .  S  D  I  H  I  G  H 
---------------------CGCCTCAAATTGGGCATCGACCCAACC---AGCGATATTCATATTGGCCAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  V  A  L  R  K  M  R  Q  F  Q  E  L  G  H  T  V  V  L  I  V  G  D  W 
 A  V  A  L  R  K  M  R  Q  F  Q  E  L  -  -  T  V  V  L  I  V  G  D  W 
GCAGTGGCGTTGCGCAAGATGCGCCAATTTCAAGAGCTT------ACCGTCGTTTTGATTGTGGGCGACTGG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  A  Q  I  G  D  P  T  G  R  D  E  S  R  P  R  L  T  V  E  E  T  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  S 
------------------------------------------------------------------AAAAGC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  A  K  Y  Y  M  D  Q  V  F  K  V  I  D  P  A  K  T  E  V  R  W  Q  S 
 N  A  K  Y  Y  M  D  Q  V  F  K  V  .  .  .  .  .  T  E  V  R  W  Q  S 
AACGCCAAATATTACATGGATCAAGTGTTTAAAGTG---------------ACTGAAGTTCGCTGGCAAAGC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  W  F  G  Q  F  D  L  E  K  A  F  G  L  I  G  R  F  T  V  N  Q  M  L 
 E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAA---------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  H  E  T  F  R  K  R  Y  E  A  G  Q  Q  L  T  V  L  E  L  M  Y  P  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  Y  P  M 
------------------------------------------------------------ATGTACCCAATG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  Q  A  Y  D  S  I  A  I  K  P  D  I  E  F  G  G  T  D  Q  K  F  N  I 
 L  Q  A  Y  D  S  I  -  -  -  -  -  I  E  F  G  G  T  D  Q  K  F  N  I 
CTGCAAGCCTACGATTCGATT---------------ATTGAGTTTGGTGGCACTGACCAAAAATTCAACATT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  A  G  R  Q  L  M  E  Q  M  G  M  E  S  Q  D  V  I  L  V  P  L  I  I 
 L  A  G  R  Q  L  M  E  Q  M  -  -  -  -  Q  D  V  I  L  V  -  -  -  - 
TTGGCTGGGCGACAATTGATGGAACAAATG------------CAGGATGTCATCCTCGTG------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  T  D  G  R  K  M  S  K  S  F  N  N  S  V  D  I  L  M  S  P  N  D  K 
 -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AAGATGAGCAAAAGC------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  G  K  I  M  S  M  G  D  D  V  L  P  V  Y  Y  E  V  W  S  D  A  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  E  V  K  A  M  S  E  A  I  K  A  G  S  V  N  P  R  D  L  K  M  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  R  D  I  I  R  Q  L  D  G  E  A  A  A  A  E  A  E  A  E  F  I  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  Q  Q  R  D  L  P  T  D  M  P  E  V  A  L  S  E  A  A  N  I  V  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  V  S  T  K  L  A  A  S  K  G  E  A  R  R  L  I  D  G  G  G  V  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  G  E  K  I  S  S  Y  D  S  L  V  Q  P  V  G  E  Q  I  L  Q  V  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393
 R  K  F  V  K  L  L  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

tyr_bact_T_maritima

Class I

Bacteria/Thermotoga maritima/amino acid sequences/Tmaritima_tyr_aa

Bacteria/Thermotoga maritima/nucleotide sequences/Tmaritima_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  P  E  E  Q  V  K  I  L  K  R  N  V  V  D  L  I  S  E  E  E  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  R  I  K  R  K  G  K  L  R  V  K  L  G  V  D  P  S  R  P  D  L  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  V  K  L  G  V  D  P  S  .  P  D  L  H  L 
---------------------------CTCTATCCTCTCTCCGTCGATGTACAC---ACCTTGAGAAACGAG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  H  A  V  V  L  R  K  L  R  E  F  Q  D  L  G  H  T  V  V  L  I  I  G 
 G  H  A  V  V  L  R  K  L  R  E  F  Q  D  L  -  -  T  V  V  L  I  I  G 
TCTTTTAGCCTCACTTTTGCTGGATGCAGCTCCTATCTCCACGAG------CACGATGTTCTTCTCCTGAGA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  F  T  A  R  I  G  D  P  S  G  R  N  E  T  R  P  M  L  T  K  E  E  V 
 D  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AATCTC------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  E  N  A  K  T  Y  Q  E  Q  A  F  K  I  L  D  P  K  R  T  E  L  R  F 
 L  E  N  A  K  T  Y  Q  E  Q  A  F  K  I  .  .  .  .  .  T  E  L  R  F 
CTTTGCGTTTTCTTCACCATGGAAGAAGCGCGTTATCTCGTA---------------CACGTCTCGTGGATT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  G  E  W  L  D  R  M  T  F  A  D  V  I  I  L  A  S  K  Y  T  V  A  R 
 N  G  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATCGTTTT---------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  L  E  R  D  D  F  A  K  R  F  K  E  G  I  P  I  A  I  S  E  F  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y 
------------------------------------------------------------------GAAAGC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  L  A  Q  A  Y  D  S  V  A  I  Q  S  D  V  E  L  G  G  T  D  Q  L  F 
 P  L  A  Q  A  Y  D  S  V  -  -  -  -  -  V  E  L  G  G  T  D  Q  L  F 
GATGTAGTTTCCGTAGCTTTTGCTCAT---------------TGTTCCCTCGATGATCGGCATCGTCATGAC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  L  L  V  G  R  K  I  Q  E  E  Y  G  Q  E  P  Q  I  V  M  T  M  P  I 
 N  L  L  V  G  R  K  I  Q  E  E  Y  -  -  -  -  Q  I  V  M  T  M  -  - 
GATCTGGGGCTCTTGACCGTATTCTTCCTGTATCTT------------GAGGTTGAAAAGCTGATC------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  E  G  T  D  G  K  L  K  M  S  K  S  Y  G  N  Y  I  A  F  N  D  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------GGCAACGGAATCGTA---------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  E  M  Y  G  K  L  M  S  I  P  D  E  L  I  I  K  Y  M  R  L  L  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  P  E  E  R  I  E  E  Y  E  R  K  M  K  E  K  T  I  N  P  R  D  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  V  L  A  Y  E  I  T  R  F  F  H  G  E  E  N  A  K  K  A  Q  E  H  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  K  V  F  Q  K  K  E  I  P  D  E  M  P  V  V  E  I  S  Q  E  K  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  D  L  L  V  E  I  G  A  A  S  S  K  S  E  A  K  R  L  V  S  Q  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  Y  I  D  G  E  R  I  E  D  I  K  F  T  V  E  P  D  G  E  R  V  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401
 V  G  K  R  K  F  Y  R  I  S  G  G  E  T  K  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

tyr_bact_A_aeolicus

Class I

Bacteria/Aquifex aeolicus/amino acid sequences/Aaeolicus_tyr_aa

Bacteria/Aquifex aeolicus/nucleotide sequences/Aaeolicus_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  P  E  E  Q  L  R  I  I  K  E  G  T  V  E  I  I  E  E  E  E  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  K  L  K  E  G  R  P  L  R  V  K  A  G  F  D  P  T  A  P  D  L  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  V  K  A  G  F  D  P  T  .  P  D  L  H  L 
---------------------------GTTTATTTTAAGACCTCCGCCCTGTAT---TCTTCTGGCTTCGTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  H  V  V  L  L  Q  K  L  R  Q  F  Q  Q  L  G  H  E  V  F  F  I  I  G 
 G  H  V  V  L  L  Q  K  L  R  Q  F  Q  Q  L  -  -  E  V  F  F  I  I  G 
CTTTGATTTTACCGCTCCTATTTTTACGAGGAAATCTACGGCTCT------TTTCTCATTTAGTTTTACAAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  F  T  A  M  I  G  D  P  T  G  R  S  Q  T  R  P  P  L  S  R  E  Q  V 
 D  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGGTGC------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  E  N  A  K  T  Y  E  H  Q  V  F  K  V  L  I  P  E  K  T  T  V  V  F 
 L  E  N  A  K  T  Y  E  H  Q  V  F  K  V  .  .  .  .  .  T  T  V  V  F 
TTCCGAGTGAAAGCGCTTGACTATAGTAAAGGCGAGGAGTTT---------------GTGCATCTCCCTTCT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  S  T  W  L  E  E  L  G  T  K  G  L  I  E  L  C  A  K  Y  T  V  A  R 
 N  S  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATTTTCTC---------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  L  E  R  E  D  F  S  K  R  F  K  E  G  I  P  I  Y  I  H  E  F  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y 
------------------------------------------------------------------TGACAT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  L  L  Q  A  Y  D  S  V  A  I  K  A  D  V  E  I  G  G  T  D  Q  K  F 
 P  L  L  Q  A  Y  D  S  V  -  -  -  -  -  V  E  I  G  G  T  D  Q  K  F 
CTTCCTTACGCCGTCCGTTCCCACGAG---------------GCACACCTGAGGCTCCTGCCCGTACTCCCT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  L  L  I  G  R  D  I  Q  R  E  Y  G  Q  E  P  Q  V  C  I  T  L  P  L 
 N  L  L  I  G  R  D  I  Q  R  E  Y  -  -  -  -  Q  V  C  I  T  L  -  - 
CTGTATGTCTCTACCTATGAGTAGGTTAAACTTTTG------------TATCTCAACGTCAGCCTT------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  V  G  T  D  G  V  R  K  M  S  K  S  Y  G  N  Y  V  G  I  T  E  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------CGGATATATAAACTC---------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  T  M  F  A  K  I  M  S  I  P  D  E  I  M  W  D  W  F  L  L  L  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  N  K  E  E  I  E  K  M  R  R  E  M  H  P  M  E  A  K  K  L  L  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  I  V  K  R  F  H  S  E  E  E  A  R  K  A  K  E  W  W  E  K  T  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  R  E  F  P  E  D  A  P  L  V  K  L  N  E  K  K  L  R  A  V  D  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  K  I  G  A  V  K  S  K  N  E  A  R  R  V  I  Q  G  G  G  L  K  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  E  K  V  T  D  P  N  T  E  I  E  I  N  G  E  L  K  V  K  V  G  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392
 K  F  Y  R  V  V  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

tyr_bact_G_obscuriglobus

Class I

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/amino acid sequences/Gemmata_tyr_aa

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/nucleotide sequences/Gemmata_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  F  P  P  V  D  E  Q  L  A  V  L  T  R  G  A  A  Q  F  D  G  S  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  E  E  L  K  K  K  L  E  K  S  F  T  S  G  K  P  L  R  V  K  Y  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  V  K  Y  G  I 
------------------------------------------------------GATCTTCCGCCGCGCCTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  P  T  G  F  D  V  H  L  G  H  T  V  P  L  R  K  L  R  Q  F  Q  E  F 
 D  P  T  .  F  D  V  H  L  G  H  T  V  P  L  R  K  L  R  Q  F  Q  E  F 
ACTTTTACT---TGTCAGCTTCGTTTCGGCGATCAGGTCGACGGCCAGCATCGCGCCGTCTTTAATCTTGTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  H  T  A  V  L  I  I  G  T  A  T  A  A  V  G  D  P  S  G  R  D  A  S 
 -  -  T  A  V  L  I  I  G  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------TATGCTGATGTCGTCAATGTTAACGGG---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  Q  G  L  T  T  E  Q  I  D  K  N  A  Q  T  Y  L  T  Q  I  A  K  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  K  N  A  Q  T  Y  L  T  Q  I  A  K  V  . 
---------------------------GAAGCGCACGATGTCTGCCGCCAGCGTTTTCTTGGCTTCCAG---

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  V  S  K  A  E  V  R  P  N  G  E  W  F  S  K  F  T  F  A  D  M  L  K 
 .  .  .  .  A  E  V  R  P  N  G  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TCGGGTTACGTCCTCGTGCGACCG------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  L  G  H  T  T  M  Q  R  M  I  E  R  D  D  F  T  K  R  I  K  A  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  I  Y  L  H  E  C  L  Y  P  L  M  Q  G  H  D  S  V  E  I  R  A  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  L  Y  P  L  M  Q  G  H  D  S  V  -  -  -  -  -  V 
---------------------GTCCGTGCCGCGAAGGATCGGCATCGTGAGGCA---------------GCC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  L  G  G  T  E  Q  L  Y  N  L  M  V  G  R  D  L  Q  R  A  A  G  Q  E 
 E  L  G  G  T  E  Q  L  Y  N  L  M  V  G  R  D  L  Q  R  A  A  -  -  - 
GGCGGCCCGCTGAAGGTCGCGGCCCACCATCAGGTTGTAAAGCTGTTCGGTGCCGCCGAGTTC---------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  Q  I  C  L  T  M  P  I  L  R  G  T  D  G  E  K  K  M  G  K  S  V  G 
 -  Q  I  C  L  T  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  G  K  S  -  - 
---GATCTCGACGGAGTCGTG------------------------------CAGGTAGATCGCGGC------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  Y  I  G  L  N  E  P  A  K  D  M  F  G  K  T  M  R  I  H  D  E  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  E  W  Y  A  L  L  T  D  R  S  H  E  D  V  T  R  L  L  T  T  P  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  K  K  T  L  A  A  D  I  V  R  F  Y  H  G  E  E  V  A  S  A  T  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  W  D  N  A  A  K  N  I  D  P  V  N  I  D  D  I  S  I  P  A  D  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  D  G  A  M  L  A  V  D  L  I  A  E  T  K  L  T  A  S  K  S  E  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  K  I  E  E  G  A  F  N  Y  G  P  G  R  T  K  P  A  D  V  K  A  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404
 P  V  T  D  G  L  V  I  R  L  G  R  K  I  L  R  V  R  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

tyr_bact_C_thermalis

Class I

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/amino acid sequences/Cthermalis_tyr_aa

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/nucleotide sequences/Cthermalis_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  V  T  N  L  S  S  P  R  Q  E  P  S  S  Q  L  A  T  A  T  P  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  W  L  R  R  G  V  S  E  I  F  P  D  Q  P  D  S  S  N  P  E  E  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  K  L  L  K  M  T  N  R  P  L  R  I  K  F  G  I  D  P  T  G  A  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  I  K  F  G  I  D  P  T  .  A  E  I 
---------------------------------ACTGGCGCTGACAATGTAAAACAATTT---TGGAAATTT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  L  G  H  S  I  P  V  R  K  L  R  A  F  Q  D  A  G  H  K  A  V  L  L 
 H  L  G  H  S  I  P  V  R  K  L  R  A  F  Q  D  A  -  -  K  A  V  L  L 
GATTTGAGATAGCGAAAATTCTGGTACGGCTGAAGTATCGGCTGTATTGCC------CAGTGACATTGCTGC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  G  D  F  T  A  R  I  G  D  P  T  G  R  S  E  V  R  R  Q  L  S  A  A 
 I  G  D  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTTTGAGCGTT------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  V  A  E  N  A  K  N  Y  L  D  Q  V  R  P  I  L  D  F  A  P  D  K  L 
 -  -  A  E  N  A  K  N  Y  L  D  Q  V  R  P  I  L  -  -  -  -  -  -  - 
------GGGAGTTTCCGGCAATCCATCTAAGGGTAAATTTGTCAATAACTC---------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  V  R  Y  N  S  E  W  L  S  K  L  D  L  T  K  I  L  E  L  L  S  T  M 
 E  V  R  Y  N  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCTGGCGTTTTTTCCAGCTT---------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  V  G  Q  M  L  A  K  E  G  F  A  E  R  Y  E  K  E  N  P  I  Y  I  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  F  L  Y  P  L  V  Q  G  Y  D  S  V  A  L  E  A  D  V  E  L  G  G  T 
 -  -  L  Y  P  L  V  Q  G  Y  D  S  V  -  -  -  -  -  V  E  L  G  G  T 
------TCTTTGCAAATCTCGCCCTACAGCAATGTTAAA---------------ACCCAACTCTACATCTGC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  Q  K  F  N  I  A  V  G  R  D  L  Q  R  H  F  G  Q  K  P  Q  F  G  V 
 D  Q  K  F  N  I  A  V  G  R  D  L  Q  R  H  F  -  -  -  -  Q  F  G  V 
TTCTAACGCTACAGAATCGTATCCCTGTACCAGGGGATAGAGAAATTC------------GGGATTTTCTTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  L  P  I  L  I  G  T  D  G  N  Q  K  M  S  K  S  L  G  N  Q  V  G  L 
 L  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  - 
CTCGTA------------------------------TTGCCCGACAGTCAT---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  E  E  P  L  L  M  Y  S  K  L  E  K  T  P  D  H  L  L  K  D  Y  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  L  T  N  L  P  L  D  G  L  P  E  T  P  R  D  R  Q  K  L  L  A  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  V  S  Q  Y  H  G  K  E  A  A  Q  N  A  Q  K  A  A  M  S  L  V  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  T  A  D  T  S  A  V  P  E  F  S  L  S  Q  I  K  F  P  A  K  L  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  V  S  A  S  G  L  C  P  T  S  S  E  A  R  R  Q  V  Q  G  G  A  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  D  G  D  R  L  N  Q  V  D  L  I  F  N  S  P  D  E  L  D  G  K  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423
 Q  V  G  K  N  K  F  V  K  L  V  N  G  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

tyr_bact_M_mobile

Class I

Bacteria/Mycoplasma mobile/amino acid sequences/Mmobile_tyr_aa

Bacteria/Mycoplasma mobile/nucleotide sequences/Mmobile_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  S  F  L  K  E  L  Q  E  K  N  L  I  Q  D  I  S  N  I  E  K  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  S  L  K  N  K  M  G  I  Y  V  G  F  D  P  S  A  K  S  I  H  L  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  G  I  Y  V  G  F  D  P  S  .  K  S  I  H  L  G  N 
---------------------GGTATTTATGTAGGTTTTGATCCAAGT---AAAAGCATTCATTTAGGAAAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  V  V  I  N  V  L  L  I  A  K  K  H  R  I  P  T  V  A  L  I  G  G  A 
 F  V  V  I  N  V  L  L  I  A  K  K  H  -  -  P  T  V  A  L  I  G  G  A 
TTTGTTGTTATTAATGTACTTTTAATTGCAAAAAAACAC------CCAACAGTCGCTTTAATTGGTGGAGCA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  G  G  I  G  D  P  S  G  K  K  S  E  R  I  L  I  D  E  D  T  L  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  K 
------------------------------------------------------------------AAAAAG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  T  E  A  I  K  K  Q  I  K  H  F  L  P  D  A  K  I  V  N  N  S  D  F 
 N  T  E  A  I  K  K  Q  I  K  H  F  .  .  .  A  K  I  V  N  N  S  D  - 
AACACAGAAGCAATTAAAAAGCAAATTAAACATTTT---------GCAAAAATTGTTAATAATAGTGAT---

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  K  N  Q  S  F  I  D  F  L  R  D  V  G  K  F  I  Q  V  S  Y  M  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  E  I  V  K  N  R  L  E  S  G  I  S  F  T  E  F  A  Y  S  L  I  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y  S  L  I  Q  A 
---------------------------------------------------GCATATTCACTAATTCAAGCA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  D  F  H  Y  L  F  K  N  H  N  V  G  I  Q  F  G  G  S  D  Q  W  G  N 
 N  D  F  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Q  F  G  G  S  D  Q  W  G  N 
AATGATTTTCAT---------------------------ATTCAATTTGGAGGTTCAGATCAATGAGGGAAT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  T  T  G  L  E  L  I  R  K  R  N  G  E  N  S  F  S  G  G  F  T  I  K 
 I  T  T  G  L  E  L  I  R  K  R  -  -  -  -  -  -  S  G  G  F  T  I  - 
ATTACGACAGGTCTTGAATTAATTAGAAAAAGA------------------AGTGGAGGTTTTACAATC---

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  L  L  K  S  D  G  T  K  F  G  K  S  E  Q  G  A  I  Y  L  D  P  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  G  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------AAATTTGGAAAAAGT---------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  S  P  Y  T  M  Y  Q  F  L  L  N  Q  N  D  S  D  L  L  N  L  F  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  S  D  L  G  I  K  E  I  L  E  I  I  T  K  H  S  E  N  P  E  K  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  Q  K  M  L  A  N  N  I  V  N  R  I  H  G  K  N  A  L  N  E  V  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  S  N  I  L  F  K  N  G  K  I  N  D  L  S  K  S  E  V  S  I  I  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  F  E  V  N  H  V  N  F  S  N  D  E  K  I  I  D  I  L  D  R  A  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  K  S  K  N  E  I  R  K  L  I  E  Q  K  G  L  V  V  G  A  E  I  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  F  D  Q  I  L  K  D  S  N  L  T  H  G  V  I  F  A  R  Q  G  K  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415
 I  F  I  I  K  K  S 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

tyr_bact_B_burgdorferi

Class I

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_tyr_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  L  A  L  S  L  L  H  K  R  G  F  L  K  Q  C  T  S  L  K  V  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  L  M  D  R  E  K  I  V  F  Y  A  G  V  D  A  T  S  S  S  L  H  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  Y  A  G  V  D  A  T  S  S  .  L  H  I  G 
------------------------TACCCTTTTACCATTAATATAAACACCTCCAGA---AATCAATCTTCT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  L  I  P  F  L  A  M  M  H  L  R  Q  H  G  H  M  P  I  V  L  I  G  D 
 H  L  I  P  F  L  A  M  M  H  L  R  Q  H  -  -  M  P  I  V  L  I  G  D 
GCCTTCTGATTTGCTGGGCACAATTTTTGAATCTAACATTAA------CAATAATATCTCTTCTTTTAGGCT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  T  A  K  I  G  D  P  S  G  K  S  E  M  R  K  I  L  S  S  E  E  I  G 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G 
AGA------------------------------------------------------------------CTC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  N  A  L  L  I  K  N  Q  L  Q  R  I  T  K  F  T  S  E  C  F  I  H  N 
 N  N  A  L  L  I  K  N  Q  L  Q  R  I  .  .  .  .  .  E  C  F  I  H  N 
TTGAACTTTCAAGGCTTCTGCCTCTCCGTGAACAATTTT---------------CAAAATCTCTTTGGCCTT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  N  W  L  D  N  L  N  Y  I  E  F  L  R  D  V  G  M  H  F  S  V  N  R 
 S  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTTAA------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  L  S  F  E  T  Y  K  R  R  M  D  F  G  L  S  F  I  E  F  N  Y  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  Y  Q  L 
------------------------------------------------------------AAAAAGATTAGA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  Q  S  Y  D  Y  Y  M  L  N  K  I  K  N  C  R  L  Q  I  G  G  D  D  Q 
 L  Q  S  Y  D  Y  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Q  I  G  G  D  D  Q 
ATCAAGATAAACAGCGCCTTT---------------------------ACTTCTTGTAATTAATGGAAAAGT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 W  G  N  I  I  S  G  V  D  L  I  R  K  K  N  G  S  E  T  F  G  L  T  F 
 W  G  N  I  I  S  G  V  D  L  I  R  K  K  -  -  -  -  T  F  G  L  T  F 
AAGCCCAAAAGTTTCTGATCCATTTTTTTTTCTAATTAGGTC------------AATATTCCCCCATTGATC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  L  I  T  R  S  D  G  K  K  M  G  K  S  E  K  G  A  V  Y  L  D  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  G  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------TTTAATTTTATTAAG------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  F  S  I  Y  D  F  Y  Q  Y  F  R  N  T  S  D  S  D  V  K  T  F  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  F  T  F  L  E  E  D  E  I  E  L  I  S  N  F  K  G  N  S  L  N  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  E  I  L  A  F  E  I  T  K  I  V  H  G  E  A  E  A  L  K  V  Q  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  F  A  A  F  R  G  S  G  D  R  S  N  I  P  F  F  K  F  S  F  S  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  E  E  I  L  L  V  D  L  M  L  D  S  K  I  V  P  S  K  S  E  G  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  I  D  S  G  G  V  Y  I  N  G  K  R  V  E  S  Q  S  H  L  L  T  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405
 D  F  N  N  N  E  V  E  L  R  V  G  K  K  K  F  L  R  I  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

tyr_bact_C_A_asiaticus

Class I

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_tyr_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Y  D  F  I  A  N  L  R  W  R  G  M  I  H  D  I  T  P  G  L  E  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  Q  K  E  M  I  T  G  Y  I  G  F  D  P  T  A  P  S  L  H  V  G  N  L 
 -  -  -  -  -  -  T  G  Y  I  G  F  D  P  T  .  P  S  L  H  V  G  N  L 
------------------ACTGGTTATATTGGTTTTGATCCTACA---CCTTCATTGCATGTAGGAAATCTG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  T  I  M  L  L  K  H  F  Q  L  A  G  H  K  P  I  A  V  V  G  G  A  T 
 A  T  I  M  L  L  K  H  F  Q  L  A  -  -  K  P  I  A  V  V  G  G  A  - 
GCTACTATTATGCTGCTTAAACATTTTCAACTAGCA------AAGCCTATTGCCGTAGTAGGGGGTGCT---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  M  I  G  D  P  S  F  K  S  T  E  R  K  F  L  S  E  E  E  L  L  H  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  H  N 
---------------------------------------------------------------CTACATAAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  S  C  I  M  K  Q  L  K  C  F  L  D  F  S  S  S  A  N  T  A  E  L  L 
 Q  S  C  I  M  K  Q  L  K  C  F  .  .  .  .  .  .  A  -  -  -  E  L  L 
CAATCATGCATTATGAAACAGTTGAAGTGTTTT------------------GCC---------GAGTTACTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  N  I  D  W  F  K  D  F  G  F  L  R  F  L  R  E  V  G  K  H  I  S  I 
 N  N  I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACAATATAGAT------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  Y  M  M  A  K  E  S  V  K  R  R  L  E  D  G  I  S  F  T  E  F  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  Y 
------------------------------------------------------------------TCTTAC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  L  L  Q  G  Y  D  F  Y  Y  L  Y  N  T  K  G  V  K  L  Q  M  G  G  A 
 Q  L  L  Q  G  Y  D  F  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Q  M  G  G  A 
CAGTTGCTACAAGGATATGATTTTTAT---------------------------CTACAAATGGGTGGGGCA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  Q  W  G  N  L  T  T  G  I  E  L  I  R  R  K  T  G  E  E  A  F  A  L 
 D  Q  W  G  N  L  T  T  G  I  E  L  I  R  R  K  -  -  -  -  A  F  A  L 
GATCAATGGGGAAATCTTACCACAGGTATAGAACTAATTCGTAGAAAA------------GCTTTTGCTTTA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  A  P  L  I  T  K  A  D  G  T  K  F  G  K  S  E  Q  G  N  I  W  L  D 
 T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  G  K  S  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACTGCA---------------------------AAGTTTGGTAAGTCA------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  T  M  T  S  P  Y  E  F  Y  Q  F  W  L  N  C  T  D  E  D  A  C  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  K  V  F  T  L  L  S  K  E  E  I  D  N  L  I  E  L  H  V  Q  A  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Q  R  I  L  Q  K  Q  I  A  K  E  L  T  I  R  V  H  S  E  T  D  Y  M  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  R  K  T  S  E  L  L  F  G  H  A  T  A  E  D  L  W  E  L  S  E  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  K  V  I  F  K  S  I  P  E  V  H  I  T  L  T  Q  L  T  E  A  E  H  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  D  L  V  A  S  T  G  F  G  I  M  F  N  S  K  G  E  V  R  R  A  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  G  S  L  S  V  N  K  E  K  I  T  D  P  L  Q  K  P  N  L  K  L  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427
 D  K  Y  L  L  V  Q  R  G  K  K  H  H  Y  L  I  K  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

tyr_bact_D_radiodurans

Class I

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_tyr_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  M  S  E  I  R  R  N  V  P  V  N  E  Q  I  Q  L  L  K  R  G  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  L  V  S  E  E  D  L  K  R  K  I  E  K  G  E  P  L  R  V  K  L  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  V  K  L  G  A 
------------------------------------------------------CGCGTCAAGCTCGGCGCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  P  T  R  P  D  L  H  L  G  H  A  V  I  L  R  K  M  R  Q  F  Q  D  L 
 D  P  T  .  P  D  L  H  L  G  H  A  V  I  L  R  K  M  R  Q  F  Q  D  L 
GACCCCACC---CCCGACCTGCACCTCGGGCACGCCGTCATTCTGCGCAAAATGCGGCAGTTTCAGGACCTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  H  K  V  I  M  L  I  G  D  F  T  A  T  I  G  D  P  S  G  K  S  K  T 
 -  -  K  V  I  M  L  I  G  D  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------AAGGTCATCATGCTGATCGGCGACTTC---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  P  P  L  S  L  E  E  A  R  A  N  A  E  S  Y  L  A  Q  C  R  L  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  A  N  A  E  S  Y  L  A  Q  C  R  L  I  L 
---------------------------CGCGCCAACGCCGAGAGCTACCTCGCGCAGTGCCGCCTGATTCTG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  Q  E  P  E  A  L  E  I  R  Y  N  S  E  W  L  E  Q  L  G  Y  K  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  E  I  R  Y  N  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------GAAATCAGGTACAACTCCGAG------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  G  L  A  A  K  Y  T  V  A  R  I  L  E  R  D  D  F  T  K  R  L  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  T  P  I  S  M  H  E  L  L  Y  P  L  T  Q  G  Y  D  S  V  A  L  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  P  L  T  Q  G  Y  D  S  V  -  -  -  - 
---------------------------CTCTACCCGCTCACCCAGGGCTACGACTCGGTG------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  V  E  L  G  G  T  D  Q  L  F  N  N  L  V  G  R  A  L  Q  R  D  Y  G 
 -  V  E  L  G  G  T  D  Q  L  F  N  N  L  V  G  R  A  L  Q  R  D  Y  - 
---GTGGAACTCGGGGGCACCGACCAGTTGTTCAACAACCTGGTGGGCCGCGCCCTGCAACGCGACTAC---

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  E  A  Q  V  V  L  T  L  P  L  L  V  G  L  D  G  T  E  K  M  S  K  S 
 -  -  -  Q  V  V  L  T  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S 
---------CAGGTCGTGCTGACGCTG------------------------------AAGATGTCCAAGAGC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  D  N  Y  I  G  L  T  D  E  P  H  A  M  F  A  G  L  M  K  V  P  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  L  D  N  Y  F  T  L  L  T  D  L  P  R  E  R  I  E  E  L  L  A  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  V  A  A  H  R  E  L  A  R  E  V  V  R  A  F  H  P  D  A  D  L  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  E  A  R  F  R  S  V  A  K  G  G  I  P  D  N  I  P  A  V  S  V  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  E  L  N  E  Q  G  H  V  S  M  A  K  L  V  V  L  A  G  L  E  P  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  A  A  R  K  L  I  Q  N  R  G  L  K  L  G  G  E  T  Y  S  D  P  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Q  L  T  R  E  Q  L  T  E  G  V  V  I  Q  K  G  K  D  K  F  A  R  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411
 L  E  G 
 -  -  - 
---------

tyr_euk_L_infantum

Class I

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_tyr_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  T  D  D  R  Y  K  L  L  R  S  V  G  E  E  C  I  Q  E  S  E  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  L  I  E  K  K  P  L  I  R  C  Y  D  G  F  E  P  S  G  R  M  H  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  C  Y  D  G  F  E  P  S  G  R  M  H  I  A 
---------------------------CGCTGCTACGATGGCTTCGAGCCCTCCGGCCGCATGCACATTGCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  G  I  F  K  A  V  N  V  N  K  C  T  A  A  G  C  E  F  V  F  W  V  A 
 Q  .  I  F  K  A  V  N  V  N  K  C  T  A  A  -  -  E  F  V  F  W  V  A 
CAG---ATCTTCAAGGCGGTCAATGTCAACAAGTGCACCGCCGCC------GAGTTTGTCTTCTGGGTGGCG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  W  F  A  L  M  N  D  K  V  G  G  E  L  E  K  I  R  I  V  G  R  Y  L 
 D  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  K  I  R  I  V  G  R  Y  L 
GACTGG------------------------------------GAGAAGATCCGCATTGTTGGCCGGTACCTC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  E  V  W  K  A  A  G  M  D  T  D  K  V  L  F  L  W  S  S  E  E  I  M 
 I  E  V  W  .  .  .  .  .  .  .  .  .  V  L  F  L  W  S  S  E  -  -  - 
ATTGAGGTGTGG---------------------------GTTTTGTTTTTGTGGAGCAGCGAG---------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  H  A  D  T  Y  W  R  M  V  L  D  I  G  R  Q  N  T  I  A  R  I  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 C  C  T  I  M  G  K  T  E  G  T  L  T  A  A  Q  V  L  Y  P  L  M  Q  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  P  L  M  Q  C 
---------------------------------------------------CTGTACCCGCTGATGCAGTGC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 C  D  I  F  F  L  K  A  D  I  C  Q  L  G  L  D  Q  R  K  V  N  M  L  A 
 C  D  I  F  -  -  -  -  -  I  C  Q  L  G  L  D  Q  R  K  V  N  M  L  A 
TGCGACATCTTC---------------ATCTGCCAACTGGGCCTGGACCAGCGCAAGGTGAACATGCTCGCA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  E  Y  C  D  L  I  G  R  K  L  K  P  V  I  L  S  H  H  M  L  A  G  L 
 R  E  Y  C  D  L  I  -  -  -  -  -  P  V  I  L  S  H  -  -  -  -  -  - 
CGCGAGTACTGCGACCTGATT---------------CCGGTCATTCTGTCACAC------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  R  G  Q  A  K  M  S  K  S  D  P  D  S  A  I  F  M  E  D  T  E  E  D 
 -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AAGATGAGCAAGAGT------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  A  R  K  I  R  Q  A  Y  C  P  R  V  K  Q  S  A  S  A  I  T  D  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  P  V  A  T  D  D  R  N  P  V  L  D  Y  F  Q  C  V  V  Y  A  R  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  V  A  A  I  D  G  T  T  Y  A  T  Y  E  D  L  E  Q  A  F  V  S  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  S  E  D  A  L  K  S  C  L  I  D  E  V  N  A  L  L  A  P  V  R  Q  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  A  S  N  E  E  A  H  E  L  L  E  A  V  K  S  Y  R  K  G  G  A  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  L  A  E  T  A  L  P  A  A  P  E  K  P  H  A  C  M  W  M  P  A  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  V  P  L  D  V  A  E  G  M  I  K  A  T  E  D  F  I  A  A  H  P  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  V  T  V  V  L  P  D  W  S  A  V  A  S  D  E  I  T  G  V  E  K  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  A  A  L  Q  V  N  C  A  L  L  K  A  Y  G  L  P  N  S  V  K  I  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  N  E  V  I  L  G  N  R  N  D  F  W  V  S  V  I  G  I  A  R  K  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  S  H  I  E  E  L  Y  G  G  E  L  R  N  A  G  Q  V  I  A  A  L  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  A  T  A  L  M  L  S  V  S  H  V  I  S  T  S  L  D  G  H  I  N  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  R  E  Y  T  K  E  R  I  E  C  V  Q  T  L  E  G  R  I  P  A  L  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 P  G  A  A  P  A  V  L  G  A  D  D  V  L  Y  L  D  D  N  D  M  D  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  K  I  K  K  A  Y  S  A  P  N  E  E  A  N  P  V  I  S  V  A  Q  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  A  Q  H  G  A  L  N  I  E  R  G  E  A  N  G  G  N  V  S  Y  N  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 E  A  L  V  A  D  C  G  S  G  A  L  H  P  A  D  L  K  A  A  V  L  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 L  L  D  R  S  A  Q  A  R  A  L  L  N  G  E  L  K  K  N  M  T  A  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682
 N  A  E  K  K  M  A  K  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

tyr_euk_C_parvum_Iowa_II

Class I

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/amino acid sequences/Cparvum_tyr_aa

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/nucleotide sequences/Cparvum_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  S  N  S  C  T  E  T  I  P  K  Y  I  L  K  G  S  E  E  P  L  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  K  L  T  L  E  E  R  H  K  L  C  L  S  V  G  E  E  C  I  Q  E  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  L  E  L  L  K  R  K  E  H  P  I  C  Y  D  G  F  E  P  S  G  R  M  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  C  Y  D  G  F  E  P  S  G  R  M  H 
---------------------------------GGTAAAGGTGATATCACCACCATACTCTTCTTTTCTAGA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  A  Q  C  I  L  K  T  I  N  V  N  K  L  T  E  C  G  C  V  F  V  F  Y 
 I  A  Q  .  I  L  K  T  I  N  V  N  K  L  T  E  C  -  -  V  F  V  F  Y 
AACATGGAA---ACCGAATTTGGGGAATACTAGAGTATTAATATATTCAAT------ATTTCCTTCAATAAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  A  D  W  F  A  L  L  N  N  K  M  G  G  D  L  E  K  I  K  I  V  G  E 
 V  A  D  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  I  V  G  E 
GCCTGGAGGACA---------------------------------------------AACAAATATTGCAGA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  F  V  H  I  W  K  A  A  G  M  D  M  T  N  V  R  F  V  W  A  S  D  F 
 Y  F  V  H  I  W  K  A  A  .  .  .  .  .  .  V  R  F  V  W  A  S  D  - 
AGAAGTGTCAGATTTTGACATTTTTTC------------------AGGAAGCATCTTATGGGAAAGGAT---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  N  G  E  D  S  N  E  Y  W  L  R  V  F  D  I  S  R  K  F  N  I  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  K  R  C  C  Q  I  M  G  R  Q  E  N  D  E  Q  P  C  A  S  V  F  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  Y  P 
---------------------------------------------------------------TGAAGCACA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 C  M  Q  C  A  D  I  F  Q  L  K  A  D  I  C  Q  L  G  M  D  Q  R  K  V 
 C  M  Q  C  A  D  I  F  -  -  -  -  -  I  C  Q  L  G  M  D  Q  R  K  V 
CGGTTGTTCATCATTTTCTTGTCT---------------ACATCTTTTAATTCTAGTAATATTAAACTTTCT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  M  L  A  R  E  Y  C  D  A  A  G  I  K  H  K  P  V  I  L  S  H  K  M 
 N  M  L  A  R  E  Y  C  D  A  A  -  -  -  -  -  P  V  I  L  S  H  K  M 
AGAAATATCAAAAACTCTTAACCAATACTCATT---------------AATAAAATCAGATGCCCAAACAAA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  P  G  L  L  E  G  Q  E  K  M  S  K  S  D  T  S  S  A  I  F  V  E  D 
 L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCT---------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  P  E  A  V  V  K  K  I  K  K  A  F  C  P  P  G  I  I  E  G  N  P  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  E  Y  I  N  T  L  V  F  P  K  F  G  H  F  H  V  S  R  K  E  E  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  D  I  T  F  T  N  K  E  D  F  H  K  A  Y  L  S  G  D  L  H  P  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  K  K  G  L  S  D  A  L  N  L  M  L  Q  P  I  R  D  H  F  N  T  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376
 R  A  K  E  L  L  Q  L  V  Q  S  F  K  V  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

tyr_euk_C_subellipsoidea

Class I

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/amino acid sequences/Csubellipsoidea_tyr_aa

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/nucleotide sequences/Csubellipsoidea_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  T  D  A  V  T  V  L  E  P  E  K  E  Q  G  A  Q  Q  L  K  I  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  L  R  S  R  G  L  V  Q  D  I  T  S  P  S  L  E  K  V  A  A  T  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  T  V  Y  C  G  F  D  P  T  A  E  S  L  H  L  G  N  L  L  G  I  I  V 
 -  T  V  Y  C  G  F  D  P  T  .  E  S  L  H  L  G  N  L  L  G  I  I  V 
---ACGGTGTACTGCGGATTCGACCCCACA---GAGAGCCTGCACTTGGGCAACTTGCTGGGCATCATCGTG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  T  W  F  Q  R  C  G  H  Q  P  V  A  L  L  G  G  A  T  G  R  V  G  D 
 L  T  W  F  Q  R  C  -  -  Q  P  V  A  L  L  G  G  A  .  G  R  V  .  . 
CTCACTTGGTTCCAGCGCTGC------CAGCCAGTGGCTCTGCTGGGGGGTGCA---GGCCGTGTG------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  S  G  R  S  T  E  R  P  V  L  S  E  D  E  I  E  R  N  V  Q  G  I  R 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  N  V  Q  G  I  R 
------------------------------------------------------AATGTTCAGGGCATCAGG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  I  L  E  S  L  I  G  S  S  N  G  A  G  P  A  P  Q  I  L  N  N  L  D 
 R  I  L  E  -  -  -  -  -  S  .  .  .  .  P  -  -  Q  I  L  N  N  L  D 
CGGATCTTGGAG---------------AGC------------CCT------CAAATCCTGAACAACCTGGAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 W  F  K  E  V  G  L  L  S  F  L  R  D  V  G  K  F  A  R  V  G  T  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  R  D  A  V  K  S  R  M  E  L  D  N  E  G  I  S  F  T  E  F  T  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  Q 
---------------------------------------------------------------ACCTACCAG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  L  Q  G  Y  D  F  V  H  L  N  R  E  H  G  V  R  M  Q  I  G  G  S  D 
 L  L  Q  G  Y  D  F  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  Q  I  G  G  S  D 
CTGCTGCAGGGGTATGACTTTGTG---------------------------ATGCAGATAGGCGGGTCGGAT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  M  G  N  I  I  T  G  L  D  L  I  R  R  M  G  G  G  A  P  E  A  A  C 
 Q  M  G  N  I  I  T  G  L  D  L  I  R  R  M  -  -  -  -  -  -  -  -  C 
CAGATGGGCAACATCATCACAGGGCTGGACCTCATCCGGCGCATG------------------------TGC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  G  L  T  F  P  L  L  T  K  A  D  G  T  K  M  G  K  S  A  D  G  A  V 
 F  G  L  T  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  G  K  S  -  -  -  -  - 
TTCGGCCTCACTTTC---------------------------AAAATGGGCAAGAGC---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  L  A  A  E  K  M  S  P  F  K  F  Y  Q  Y  L  L  T  S  V  G  D  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  I  K  F  L  R  M  L  T  F  V  P  L  E  D  I  A  Q  L  E  A  S  M  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  P  G  Y  Q  P  N  T  A  Q  R  L  L  A  S  E  V  T  R  F  V  H  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  G  L  D  Q  A  L  N  A  T  Q  A  L  A  P  G  S  D  T  K  L  D  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  L  E  A  V  A  G  S  A  P  T  V  E  L  P  A  G  Q  V  L  G  Q  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  D  I  M  V  A  I  K  L  Q  E  S  K  S  A  G  R  R  L  I  K  G  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  R  V  N  N  Q  K  V  S  D  E  Q  R  R  L  S  E  D  D  F  I  D  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450
 L  A  L  I  A  A  G  K  K  N  K  M  L  L  R  I  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

tyr_euk_G_lamblia

Class I

Eukaryotes/Giardia lamblia/amino acid sequences/Glamblia_tyr_aa

Eukaryotes/Giardia lamblia/nucleotide sequences/Glamblia_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  T  L  A  T  L  P  P  L  T  P  A  Q  K  Q  H  L  L  E  K  L  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  I  M  C  P  E  E  L  H  A  L  L  H  A  D  G  N  K  R  L  T  C  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  C  Y  D 
------------------------------------------------------------TGCAATTCTTCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  F  E  P  S  G  R  I  H  I  A  Q  G  I  A  K  A  I  N  V  N  R  L  L 
 G  F  E  P  S  G  R  I  H  I  A  Q  .  I  A  K  A  I  N  V  N  R  L  L 
CTCCACATATGCCGTCTCCAGCTCCTCATAATTAGC---TTGACTGCAGTCAGCGGCACTACCGTCCCGGTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  S  G  I  D  C  V  F  Y  V  A  D  W  F  A  A  L  N  N  K  C  D  A  E 
 R  S  -  -  D  C  V  F  Y  V  A  D  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTATGG------AACAACTGATCCTAAACACTCTGTTGA---------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  S  K  I  Q  I  L  G  R  Y  F  V  E  V  W  K  A  C  G  M  L  G  V  S 
 -  -  -  -  Q  I  L  G  R  Y  F  V  E  V  W  K  A  C  .  .  .  .  V  - 
------------CTCAAGAATAGGATTGCCGCTCTCGGCTCCTGGTTCTGGACA------------GAT---

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  P  V  V  F  S  T  G  Q  K  A  S  V  R  F  V  W  A  S  E  F  I  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  V  W  A  S  E  -  -  -  - 
---------------------------------------AGAGTCAGGAACAGACTTGCT------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  S  S  S  Y  W  M  R  V  M  N  I  A  R  S  F  T  V  P  R  M  Q  R  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  T  I  M  G  R  T  E  G  D  D  Q  P  I  S  Q  I  L  Y  P  S  M  Q  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  P  S  M  Q  C 
---------------------------------------------------AACCAGATCCAGCTTTAGCTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  D  I  F  E  L  K  L  D  L  V  E  M  G  L  D  Q  R  K  V  N  A  L  A 
 A  D  I  F  -  -  -  -  -  L  V  E  M  G  L  D  Q  R  K  V  N  A  L  A 
AAAGATATCCGC---------------ATATAGTATTTGAGAAATTGGCTGATCATCACCCTCTGTTCGGCC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  D  Y  C  D  K  S  V  E  L  R  H  H  K  P  V  I  L  M  H  H  M  L  L 
 R  D  Y  C  D  K  S  -  -  -  -  -  -  -  P  V  I  L  M  H  -  -  -  - 
CATTATAGTTGAGCATCGCTG---------------------ACGTGCAATATTCATTAC------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  L  V  G  D  G  K  M  S  K  S  V  P  D  S  A  I  Y  M  D  D  S  F  E 
 -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------GATGAACTCACTTGC---------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  I  Q  R  K  I  M  N  A  S  C  P  E  P  G  A  E  S  G  N  P  I  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  Y  K  Y  I  V  F  G  A  I  E  Q  E  M  I  S  T  E  C  L  G  S  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  L  P  Y  D  R  D  G  S  A  A  D  C  S  Q  F  A  N  Y  E  E  L  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  Y  V  E  G  R  I  A  P  H  V  L  K  S  S  L  V  H  Y  I  D  S  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  P  V  R  A  H  F  K  S  T  P  E  L  S  R  L  L  S  D  V  H  N  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387
 S  V  R 
 -  -  - 
---------

tyr_euk_P_chromatophora

Class I

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_tyr_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  E  S  T  S  N  R  I  L  P  K  W  L  M  R  G  I  V  D  L  F  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  S  E  G  S  S  D  Q  I  F  Q  L  R  L  S  E  A  E  K  F  A  R  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  V  K  L  G  I  D  P  T  G  T  D  I  H  L  G  H  S  I  L  F  R  K  L 
 R  V  K  L  G  I  D  P  T  G  .  D  I  H  L  G  H  S  I  L  F  R  K  L 
CGTGTAAAACTAGGTATTGATCCGACTGGT---GATATTCACCTCGGGCACAGTATTTTGTTCAGAAAGTTG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  A  F  Q  D  A  G  H  I  A  V  L  I  I  G  D  F  T  A  R  I  G  D  P 
 R  A  F  Q  D  A  -  -  I  A  V  L  I  I  G  D  F  .  A  -  -  -  -  - 
AGAGCTTTTCAAGATGCA------ATAGCCGTTTTAATTATAGGCGACTTT---GCT---------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  G  K  N  T  T  R  V  Q  L  S  I  E  E  V  E  A  N  A  Q  T  Y  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  R  .  .  .  .  I  .  .  .  .  .  N  A  Q  T  Y  L  Q 
------------------AGA------------ATC---------------AATGCTCAAACCTATTTACAG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  L  G  K  D  Q  P  K  E  K  A  L  L  D  F  E  T  P  G  R  L  E  V  Y 
 Q  L  G  K  D  .  .  .  .  .  .  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  Y 
CAGCTTGGAAAAGAC------------------TTA---------------------------GAGGTGTAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  N  S  T  W  L  G  E  M  D  L  L  E  I  I  K  L  L  G  T  A  T  V  G 
 Q  N  S  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAAAATAGCACC------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  M  L  A  K  E  D  F  A  N  R  Y  K  L  G  T  P  I  A  L  H  E  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
---------------------------------------------------------------------TTA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  P  L  L  Q  G  Y  D  S  V  A  I  R  A  D  V  E  L  G  G  T  D  Q  R 
 Y  P  L  L  Q  G  Y  D  S  V  -  -  -  -  -  V  E  L  G  G  T  D  Q  R 
TATCCTTTGCTACAAGGATATGATTCTGTT---------------GTTGAGTTAGGGGGGACTGATCAACGA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  N  V  A  I  G  R  D  L  Q  R  Y  Y  G  Q  R  P  Q  F  C  L  L  L  P 
 F  N  V  A  I  G  R  D  L  Q  R  Y  Y  -  -  -  -  Q  F  C  L  L  L  - 
TTTAATGTTGCAATAGGACGTGATCTTCAGAGGTATTAT------------CAGTTTTGTTTATTATTA---

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  L  P  G  L  D  G  V  Q  K  M  S  K  S  L  H  N  T  V  N  L  T  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------AAAATGAGTAAAAGT------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  L  S  M  Y  S  K  L  E  K  L  P  D  N  V  V  N  Q  Y  L  T  L  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  I  D  L  A  N  L  V  G  T  P  R  E  R  Q  K  R  M  A  F  Q  I  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  W  H  G  D  A  A  A  S  A  A  Q  L  D  A  A  K  L  V  V  G  I  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  E  L  K  Q  N  L  K  E  V  S  L  N  E  V  K  F  P  A  K  A  F  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  S  A  V  G  I  C  A  S  S  S  E  A  R  R  K  I  Q  G  G  G  V  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  G  E  K  I  I  D  P  N  Q  E  F  A  K  A  S  D  L  S  G  K  V  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420
 L  G  K  K  I  F  R  R  L  I  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

tyr_euk_N_ceranae

Class I

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_tyr_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_tyr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  E  K  L  S  N  L  K  I  T  E  N  N  K  S  I  G  W  R  V  V  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  I  G  W  R  V  V  V  G 
---------------------------------------------AGTATAGGCTGGAGAGTTGTTGTAGGT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  N  L  H  L  G  H  V  S  S  L  L  K  I  I  M  E  V  K  D  V  G  Y  A 
 D  N  L  H  L  G  H  V  S  S  L  L  K  I  I  M  .  V  K  D  V  -  -  A 
GATAATCTACATTTAGGACATGTCTCAAGTCTTTTAAAAATAATAATG---GTTAAAGATGTT------GCT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  R  I  L  I  D  D  L  D  Y  S  L  K  H  N  E  N  L  L  N  K  N  R  E 
 V  R  I  L  I  D  D  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  K  N  R  E 
GTGAGAATTCTTATAGATGATTTG---------------------------------AACAAAAATAGAGAA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  I  K  K  I  I  I  K  I  F  K  S  Y  N  I  K  N  V  S  F  F  L  S  S 
 A  I  K  K  I  I  I  K  I  .  .  .  .  .  .  .  .  V  S  F  F  L  S  S 
GCGATTAAGAAAATAATAATTAAGATT------------------------GTTAGTTTTTTTTTGTCTTCT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  L  R  N  S  E  N  Y  V  N  D  F  Y  K  L  I  S  V  T  T  E  D  E  A 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAT---------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  L  C  L  E  T  S  N  D  V  K  M  G  D  L  L  Q  P  V  L  K  T  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Q  P  V  L  K  T  L  D 
---------------------------------------------TTACAACCCGTTCTTAAGACACTTGAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  L  Y  L  D  V  D  I  I  V  H  C  N  D  K  V  V  S  L  V  E  K  S  K 
 F  L  -  -  -  -  -  I  I  V  H  C  N  D  K  V  .  S  L  V  E  K  S  K 
TTTTTA---------------ATTATTGTTCATTGTAATGATAAAGTG---AGTTTAGTTGAAAAAAGTAAA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  F  I  N  L  D  I  K  S  I  K  Y  I  N  N  G  L  I  C  N  F  K  N  N 
 Q  F  I  N  L  -  -  -  -  I  K  Y  I  N  N  -  -  -  -  -  -  K  N  N 
CAATTTATTAATTTA------------ATTAAATATATTAATAAT------------------AAAAACAAT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  I  P  D  L  D  K  T  L  S  I  W  L  F  D  K  E  R  V  V  Y  K  K  I 
 K  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAGATA------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  K  F  F  C  E  E  G  N  T  D  T  S  V  L  K  I  F  E  S  I  I  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  V  K  L  E  N  K  H  L  N  I  T  T  V  D  G  N  I  I  T  Y  N  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  E  L  M  S  D  F  K  N  K  L  V  H  P  A  D  L  K  T  S  C  S  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297
 I  L  E  I  F  K  K  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

val_arch_P_delaneyi

Class I

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_val_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  A  E  P  S  S  A  P  T  F  R  P  K  I  E  E  K  R  W  S  K  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  K  E  L  L  S  K  W  S  K  E  K  L  Y  E  F  N  P  E  R  E  G  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  I  I  D  T  P  P  P  Y  P  S  G  K  W  H  V  G  G  A  A  H  Y  A  Q 
 -  I  I  D  T  P  P  .  Y  P  S  G  K  W  H  V  G  G  A  A  H  Y  A  Q 
---ATCATAGATACGCCGCCT---TATCCTAGCGGCAAATGGCACGTAGGTGGTGCGGCACATTACGCACAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  D  M  I  A  R  Y  F  R  M  K  G  W  N  V  F  V  P  W  Y  A  D  R  N 
 I  D  M  I  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  F  V  P  W  Y  A  D  R  N 
ATAGACATGATAGCACGCTAC------------------------TTTGTACCATGGTATGCCGATCGTAAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  L  P  V  E  V  A  V  E  K  K  Y  K  I  V  A  H  E  M  A  K  T  K  E 
 G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGC---------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  R  L  K  F  L  E  L  C  S  K  E  L  D  K  I  E  E  E  L  V  R  I  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  K  I  E  E  E  L  V  R  I  W 
---------------------------------------GACAAAATAGAGGAAGAGCTGGTAAGAATATGG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  R  L  G  C  S  F  T  Y  I  Q  N  G  T  D  S  P  E  Y  R  R  I  T  Q 
 S  R  L  .  .  .  .  T  -  -  Q  N  G  T  D  S  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCCCGGCTT------------ACA------CAGAACGGGACAGATAGC------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  T  F  I  E  L  W  R  R  G  L  I  Y  E  A  E  R  P  V  N  W  C  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 C  R  T  T  L  S  E  A  E  I  E  H  R  E  E  D  A  Y  L  Y  Y  V  K  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  V  K  E  T  G  E  E  I  V  I  A  T  T  R  P  E  L  I  G  A  A  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  V  Y  N  P  E  D  E  R  Y  K  R  L  K  G  L  H  A  I  V  P  I  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  E  V  P  I  L  E  H  P  A  A  K  P  E  F  G  T  G  L  V  M  V  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  G  D  W  T  D  V  Q  M  L  K  D  L  G  L  E  P  K  V  I  V  N  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  T  L  N  E  K  A  G  F  L  Q  G  L  P  I  R  E  A  R  R  R  I  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  L  E  K  H  G  L  I  E  K  K  E  S  L  R  H  S  V  P  I  C  W  R  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  T  P  V  E  I  V  H  V  R  E  Y  F  L  K  Q  L  E  F  K  D  K  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  I  A  L  K  V  H  F  R  P  E  K  H  R  R  K  L  L  D  W  I  D  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  M  D  W  P  I  S  R  T  R  Y  Y  G  T  E  I  P  L  W  T  C  R  R  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  A  K  L  V  P  E  P  G  R  Y  Y  R  P  W  L  E  E  P  P  W  D  K  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  K  C  G  A  P  R  S  E  L  E  G  E  K  R  V  F  D  T  W  F  D  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  D  S  S 
---------------------------------------------------GACACATGGTTTGACTCTAGT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  S  V  L  Y  A  S  G  Y  M  R  N  P  R  L  F  E  R  A  F  P  Q  N  E 
 I  S  V  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATAAGCGTGCTA------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  L  P  Y  T  M  R  P  Q  G  L  D  I  I  R  T  W  L  Y  F  T  M  L  R 
 -  -  -  -  -  M  R  P  Q  G  L  D  I  I  R  T  .  L  Y  F  T  M  L  R 
---------------ATGCGACCCCAGGGACTCGACATCATACGCACA---CTCTACTTCACTATGCTCCGG

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  Y  Q  L  L  G  K  P  A  F  R  W  I  R  V  T  G  M  G  L  D  P  T  G 
 V  Y  Q  L  -  -  -  -  -  F  .  W  I  R  V  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCTACCAGCTG---------------TTC---TGGATACGCGTAACA------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 R  T  M  H  K  S  L  G  N  V  I  D  P  E  P  Y  I  E  T  Y  G  A  E  P 
 -  T  M  H  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---ACTATGCACAAGAGC------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 F  R  F  W  A  A  A  A  A  R  L  G  D  D  Y  R  F  S  E  Q  V  L  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 G  K  L  F  L  T  K  L  W  N  I  S  R  F  V  S  S  F  P  R  P  A  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 Y  K  L  R  P  I  D  L  A  F  L  G  A  L  N  E  L  I  K  R  V  D  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Y  G  E  E  L  D  V  H  Q  P  I  N  E  L  Y  N  F  T  W  N  V  F  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 H  Y  I  E  I  V  K  T  R  A  Y  N  R  E  G  E  F  S  E  E  E  Q  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 A  W  Y  T  L  H  A  I  L  D  A  L  L  R  M  L  A  P  I  L  P  F  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 D  A  L  Y  R  R  L  Y  G  K  S  V  H  Q  Q  Q  F  P  E  P  N  P  E  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 S  T  D  Y  A  K  M  L  D  K  I  L  S  L  N  S  A  V  W  S  W  K  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 H  G  Y  K  L  S  D  K  V  E  G  Y  K  L  Y  V  S  K  D  L  E  P  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 K  D  L  S  Y  M  H  K  I  E  I  V  V  K  E  P  P  P  G  A  E  K  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827
 D  D  V  Y  I  A  K  A  Q  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

val_arch_T_volcanium

Class I

Archaea/Thermoplasma volcanium/amino acid sequences/Val_Arc_T_volcanium_aa

Archaea/Thermoplasma volcanium/nucleotide sequences/Tvolcanium_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  L  D  I  D  Q  M  E  K  K  W  L  K  Y  W  E  D  N  D  I  Y  T  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  P  S  E  R  E  K  V  F  T  I  D  T  P  P  P  T  V  S  G  K  M  H  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  I  D  T  P  P  .  T  V  S  G  K  M  H  M 
---------------------------ACTATTGATACTCCACCA---ACTGTATCGGGTAAAATGCATATG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  H  S  F  S  Y  S  H  I  D  F  I  A  R  Y  K  R  M  R  G  Y  H  V  F 
 G  H  S  F  S  Y  S  H  I  D  F  I  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  F 
GGGCACTCTTTCTCCTACTCGCACATAGATTTCATAGCAAGATAC------------------------TTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  P  W  G  F  D  D  N  G  L  A  T  E  R  Y  V  E  K  E  T  G  I  K  P 
 F  P  W  G  F  D  D  N  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTCCATGGGGTTTTGACGATAACGGC---------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  D  G  N  V  E  H  F  I  N  L  C  R  E  F  S  Q  A  S  E  K  A  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  A  S  E  K  A  L  I 
------------------------------------------------CAGGCCAGTGAAAAGGCACTGATA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  G  W  K  R  M  G  M  S  C  Y  F  K  D  Y  Y  V  T  S  S  P  E  S  V 
 E  G  W  K  R  M  .  .  .  .  Y  -  -  D  Y  Y  V  T  S  S  -  -  -  - 
GAAGGCTGGAAAAGAATG------------TAT------GACTATTATGTTACAAGTTCT------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  I  S  Q  S  M  F  L  D  L  V  K  K  N  R  V  Y  R  D  L  A  P  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  C  P  T  C  K  T  S  I  S  Q  I  E  M  K  D  E  M  L  K  S  K  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  I  N  F  D  V  E  G  S  K  L  T  I  A  T  S  R  P  E  L  L  G  S  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  A  L  F  V  N  N  E  D  E  R  Y  K  N  I  I  G  R  E  A  T  V  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  G  H  K  V  P  I  M  G  D  E  S  I  D  K  D  F  G  T  G  A  E  M  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 C  T  F  G  D  Q  N  D  L  D  L  W  K  K  Y  S  L  P  L  R  I  S  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  D  G  K  M  N  E  N  A  G  P  L  N  G  L  S  I  N  D  G  R  K  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  E  L  L  K  S  E  G  F  V  V  K  E  E  D  I  K  H  S  V  N  T  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  C  G  T  P  V  E  I  F  I  E  K  Q  W  F  I  R  Y  L  D  L  K  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  I  D  S  G  R  A  V  K  W  I  P  D  Y  M  R  T  R  Y  E  N  W  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  L  K  W  D  W  C  I  S  R  Q  R  Y  Y  G  V  P  F  P  V  W  Y  C  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  C  G  N  T  V  F  A  D  D  K  D  L  P  V  D  P  R  L  Q  P  P  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  C  D  K  C  G  S  S  N  L  V  P  E  R  D  V  M  D  T  W  A  T  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  A  T  S  S 
---------------------------------------------------GATACATGGGCTACATCGTCA

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  T  P  R  I  A  L  S  H  F  G  L  F  D  K  Y  Y  P  E  D  L  R  G  Q 
 L  T  P  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  G  Q 
CTTACTCCCAGG------------------------------------------------CTGAGGGGGCAG

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  H  D  I  I  S  F  W  A  F  T  T  I  A  R  S  K  I  H  D  N  T  I  P 
 G  H  D  I  I  S  F  .  A  F  T  T  I  A  R  S  K  I  H  -  -  -  -  - 
GGCCATGATATCATATCGTTC---GCTTTTACAACAATAGCCAGGTCAAAGATCCAT---------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 W  L  T  L  M  I  S  G  N  V  F  D  M  Y  G  E  K  M  S  K  S  K  G  N 
 W  .  T  L  M  I  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  - 
TGG---ACTTTGATGATAAGC---------------------------AAAATGAGCAAGAGC---------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  V  D  I  Y  A  I  T  D  K  Y  G  A  D  A  L  R  F  W  A  S  T  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Q  G  E  D  I  R  V  K  E  Q  D  F  V  R  G  R  R  T  V  I  K  M  Y  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  N  R  L  I  D  I  L  R  N  G  R  P  L  K  N  V  D  E  P  K  H  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 N  L  W  I  L  T  E  E  S  K  V  V  K  L  V  T  D  S  M  D  N  Y  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 S  K  A  R  S  A  L  D  V  F  F  W  N  T  F  C  D  N  Y  L  E  M  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 A  I  V  Q  A  A  N  E  K  N  D  L  G  T  V  D  E  T  I  Y  T  A  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 V  M  R  D  V  V  K  M  Y  A  P  I  M  P  F  I  T  E  E  I  Y  Q  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 E  I  E  G  K  K  K  S  V  H  I  D  C  W  P  M  E  N  R  E  Y  V  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 S  E  V  R  Y  V  T  S  I  I  D  K  I  R  A  A  K  S  N  A  K  V  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 G  T  P  V  R  K  A  L  I  K  C  N  A  S  I  A  E  K  Y  R  D  M  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790
 R  M  M  R  I  G  S  I  D  I  E  D  S  D  K  L  E  V  S  V  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

val_arch_M_aeolicus_Nankai

Class I

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/amino acid sequences/MaeolicusNankai_val_aa

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/nucleotide sequences/MaeolicusNankai_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  M  N  K  E  Y  D  I  N  I  E  K  E  I  Q  K  K  W  L  E  Q  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  K  F  D  D  D  E  K  R  P  P  Y  I  I  D  T  P  P  P  Y  P  T  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  I  D  T  P  P  .  Y  P  T  G  R 
------------------------------------TAATAAACCAAATTCAGA---AAATCCATCTTTTAA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 M  H  L  G  H  A  L  N  W  T  Y  M  D  I  I  A  R  F  K  R  M  N  N  Y 
 M  H  L  G  H  A  L  N  W  T  Y  M  D  I  I  A  R  F  -  -  -  -  -  - 
TATTTTTTCAATGGTTTCATTGTCTGCATTTTTAACGAAATCCATAACTTTTTT------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  V  L  F  P  Q  G  W  D  C  H  G  L  P  T  E  V  K  V  E  E  I  H  G 
 -  -  L  F  P  Q  G  W  D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------TATTTTTGATTTATTTGGTATGATTTCAGA------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  T  K  T  D  I  D  R  H  E  F  R  K  L  C  I  E  L  T  D  E  N  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  E  N  I  E 
---------------------------------------------------------CTCATAATCATGGTT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  M  R  E  Q  I  N  S  L  G  I  S  I  D  W  D  R  E  Y  I  T  M  S  P 
 K  M  R  E  Q  I  N  S  L  .  .  .  .  D  -  -  R  E  Y  I  T  M  S  - 
GTTGGTGTATATCTCAACGCGTTCCAA------------AGG------TTTATTAGATTTATATCTTCT---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  Y  V  K  K  S  Q  T  A  F  V  K  M  H  K  D  N  L  V  Y  R  G  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  V  N  W  C  P  R  C  Q  T  A  I  A  F  A  E  V  E  Y  K  D  R  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  L  N  H  I  K  F  T  Y  A  E  D  E  N  K  Y  L  E  I  A  T  S  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  L  L  A  A  C  V  G  I  V  V  N  P  E  D  K  R  Y  E  D  V  V  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  V  K  V  P  L  F  N  H  E  V  K  V  Y  P  D  K  D  V  E  M  D  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  G  V  V  M  V  C  T  F  G  D  K  T  D  V  V  W  V  N  R  H  N  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  K  E  A  I  T  E  K  G  E  L  S  E  I  C  G  K  Y  A  G  M  T  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  A  K  K  Q  I  I  N  D  L  K  E  E  G  Y  L  I  K  Q  D  P  L  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  V  G  V  C  W  R  C  K  T  P  I  E  I  I  V  G  D  Q  W  F  V  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  E  L  L  D  M  V  E  K  A  T  N  E  I  K  W  T  P  E  H  M  K  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  L  Q  W  I  K  D  M  G  W  D  W  C  I  S  R  Q  R  L  F  A  T  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  V  W  Y  C  K  D  C  G  E  V  I  V  A  K  E  E  D  L  P  I  D  P  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  E  C  P  Y  T  C  K  C  G  N  K  N  L  T  P  E  T  D  V  L  D  T  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W 
---------------------------------------------------------------ATCCAATAC

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 M  D  S  S  I  T  P  M  A  I  T  E  W  E  T  N  N  E  F  F  N  K  R  Y 
 M  D  S  S  I  T  P  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCTGTTTCAGGAGTTAAATTTTT------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  V  Q  L  R  P  Q  G  H  D  I  I  R  T  W  A  F  Y  T  I  I  K  S  I 
 -  -  -  L  R  P  Q  G  H  D  I  I  R  T  .  A  F  Y  T  I  I  K  S  I 
---------CTCCTTAGCTACAATTACTTCCCCACAATCTTT---ATACCATACTGGAATTGGTGTAGCAAA

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  L  T  D  K  K  P  W  D  E  I  V  I  N  G  M  V  F  G  E  D  G  H  K 
 A  L  -  -  -  -  -  W  .  E  I  V  I  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
TAATCT---------------CCA---CCAACCCATGTCTTT---------------------------ATG

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 M  S  K  S  R  G  N  V  V  E  P  F  E  I  T  K  D  Y  G  A  D  A  L  R 
 M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCAGGAGTCCA------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  W  A  S  N  S  T  I  G  N  D  V  P  F  A  W  K  E  V  D  Y  G  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 F  L  R  K  F  W  N  A  S  R  F  A  K  M  N  L  D  D  E  T  I  E  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 K  N  S  I  N  D  S  K  I  K  L  I  V  G  G  N  D  V  E  I  S  N  P  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 N  C  V  N  V  D  N  P  V  D  L  W  I  L  S  K  L  N  R  L  I  E  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 S  N  D  L  E  N  Y  K  F  N  T  V  G  D  I  E  K  F  V  W  H  D  L  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 D  N  Y  I  E  M  V  K  Y  R  L  Y  N  K  E  D  S  E  K  A  K  I  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 F  N  A  Q  Y  T  L  Y  T  V  I  T  T  V  L  K  L  M  A  P  F  T  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 F  S  D  I  V  G  E  I  Y  K  I  D  D  L  H  G  S  W  C  K  V  D  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 S  I  S  Q  E  N  E  N  D  G  E  I  A  K  N  T  I  V  S  I  R  R  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 S  N  K  G  M  P  L  N  A  P  L  E  R  V  E  I  Y  T  N  N  H  D  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 G  L  L  K  V  V  E  D  I  K  G  T  L  N  I  N  E  L  K  I  I  N  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 P  E  L  E  H  K  I  S  E  I  I  P  N  K  S  K  I  G  P  E  F  K  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 S  K  K  V  M  D  F  V  K  N  A  D  N  E  T  I  E  K  I  L  K  D  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 E  S  E  F  G  L  L  T  K  E  H  V  K  D  V  K  R  A  L  F  S  G  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906
 I  V  E  T  V  N  I  D  G  L  I  D  S  I  A  I  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

val_arch_S_acidocaldarius

Class I

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/amino acid sequences/Sacidocaldarius_val_aa

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/nucleotide sequences/Sacidocaldarius_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  S  Q  D  E  I  N  K  K  L  E  E  W  P  K  H  Y  D  P  K  G  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  K  W  Q  N  L  W  M  T  K  E  F  W  E  K  V  F  R  F  R  D  E  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  S  P  V  F  V  I  D  T  P  P  P  F  T  S  G  E  L  H  M  G  H  A  Y 
 -  -  -  -  -  V  I  D  T  P  P  .  F  T  S  G  E  L  H  M  G  H  A  Y 
---------------TATAGCTAACCTATTTTG---TTTAAGTGTCCTTATTGCTGAAGTTGCTTTTTTGAT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 W  V  T  I  S  D  T  I  G  R  F  K  R  L  E  G  Y  N  V  L  L  P  Q  G 
 W  V  T  I  S  D  T  I  G  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  P  Q  G 
ATATTCTCCTAATTTCTGTGCTTCTCTATCATC------------------------GTTCTCTAGGGTTAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 W  D  T  Q  G  L  P  T  E  L  K  V  Q  Y  K  L  K  I  P  K  E  N  R  E 
 W  D  T  Q  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACTCATCTTATCACC---------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  F  L  K  K  C  I  E  W  T  E  D  M  I  R  S  M  R  T  A  M  I  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  D  M  I  R  S  M  R  T  A  M  I  R  L 
------------------------------ATATATTGCTGACTCATCCTCCATAAATAACCTGTGTTTTAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  Y  R  A  E  W  E  R  F  E  Y  R  T  Y  E  S  K  Y  R  R  I  I  Q  K 
 .  .  .  .  E  -  -  R  .  E  Y  R  T  Y  E  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------CTC------AAT---TTCCCAGAAATAAGAATA---------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  L  I  D  M  H  K  M  G  L  V  E  M  R  E  G  P  V  Y  W  C  P  K  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  T  A  L  A  Q  S  E  V  G  Y  K  E  E  D  G  V  L  A  Y  I  L  F  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  V  D  G  E  G  G  V  T  I  A  T  T  R  P  E  L  L  G  A  T  Q  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  V  N  P  D  D  E  R  Y  K  S  L  V  G  R  K  V  K  I  P  I  F  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  I  S  I  I  A  D  K  A  V  E  M  T  F  G  T  G  A  V  M  I  S  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  D  P  Q  D  I  R  W  Q  L  T  Y  R  L  P  V  Y  E  V  V  D  D  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  I  K  N  T  N  G  L  L  D  G  L  T  V  K  E  A  R  K  K  I  I  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  K  E  K  G  Y  L  I  K  V  E  K  I  T  H  N  V  L  A  H  T  E  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  C  L  S  P  I  E  F  L  I  K  K  Q  I  Y  I  K  V  L  E  W  R  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  L  E  D  Y  K  K  M  K  F  T  P  Q  R  M  S  Y  Y  L  E  E  W  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 N  L  E  W  D  W  N  I  S  R  Q  R  V  Y  G  T  P  I  P  F  W  Y  C  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 N  G  H  L  I  P  A  S  E  E  V  L  P  I  D  P  S  K  V  N  P  P  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  C  P  H  C  G  L  D  L  K  P  V  K  D  V  A  D  V  W  V  D  S  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  V  D  S  S  V 
------------------------------------------------CAGATAACCTTTTTCTTTTAATAT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 T  V  L  Y  L  T  G  F  Y  D  D  K  S  R  F  T  K  T  F  P  S  S  L  R 
 T  V  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R 
TTCAATAAT---------------------------------------------------------CTTTCC

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  Q  G  T  D  I  I  R  T  W  L  F  Y  T  Y  Y  R  T  L  A  L  A  G  N 
 L  Q  G  T  D  I  I  R  T  .  L  F  Y  T  Y  Y  R  T  L  A  L  -  -  - 
CTTATCATCTACGACTTCATAAACAGG---CCTATACGTTAATTGCCAACGGATATCCTGAGG---------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  P  F  K  E  V  L  I  N  G  Q  V  L  G  P  D  G  T  R  M  S  K  S  K 
 -  -  F  .  E  V  L  I  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  M  S  K  S  - 
------TAT---TACAGCTCCAGTTCC---------------------------AATTATACTGATTTC---

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 G  N  V  V  S  P  L  D  K  V  D  E  Y  G  A  D  A  I  R  L  T  L  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  K  I  G  D  D  F  P  F  K  W  D  T  V  K  S  K  K  L  L  L  Q  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 W  N  A  G  R  L  S  Y  P  F  I  G  K  K  K  V  N  K  P  S  K  I  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 I  D  K  W  I  L  Q  E  H  K  K  F  V  Q  Q  S  I  E  A  Y  R  N  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 F  Y  I  V  V  E  S  I  Y  S  Y  F  W  E  T  I  A  D  E  Y  L  E  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 K  H  R  L  F  M  E  D  E  S  A  I  Y  T  L  S  R  I  I  K  D  L  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 L  L  Y  P  I  A  P  H  I  T  E  E  M  Y  E  R  L  Y  G  D  K  M  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 T  L  E  N  L  P  D  I  S  D  L  E  D  D  R  E  A  Q  K  L  G  E  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 K  K  A  T  S  A  I  R  T  L  K  I  Q  N  R  L  A  I  P  T  P  I  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 K  I  Y  G  P  D  D  F  I  A  K  I  K  I  I  E  E  D  L  K  K  T  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814
 L  I  D  I  I  Y  Q  E  N  N  E  I  K  V  E  L  L  S  D  H  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

val_arch_P_aerophilum

Class I

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_val_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  H  R  L  P  T  R  W  D  I  K  W  E  E  E  L  L  K  L  W  E  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  R  F  K  T  K  I  S  G  S  R  P  V  F  V  I  D  T  P  P  P  Y  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  I  D  T  P  P  .  Y  L  S 
------------------------------------------GTCATTGACACTCCTCCG---TACCTCTCA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  N  R  P  H  I  G  Q  T  A  S  Y  A  H  F  D  M  I  A  R  F  L  R  M 
 .  N  R  P  H  I  G  Q  T  A  S  Y  A  H  F  D  M  I  A  R  F  -  -  - 
---AACAGGCCGCATATAGGCCAAACCGCCTCCTACGCTCATTTCGACATGATAGCCAGGTTT---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  G  V  D  V  I  F  P  F  Y  L  D  R  N  G  L  P  I  E  V  Q  V  E  K 
 -  -  -  -  -  I  F  P  F  Y  L  D  R  N  G  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------ATATTCCCGTTTTACCTTGACAGAAACGGC---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  Y  G  V  V  A  H  E  I  P  R  E  K  F  I  K  M  C  K  E  E  L  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  S 
------------------------------------------------------------------GACAGC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  E  G  E  F  V  S  S  L  R  R  W  G  L  S  F  D  Y  W  P  N  G  T  D 
 Y  E  G  E  F  V  S  S  L  R  R  W  .  .  .  .  D  -  -  P  N  G  T  D 
TACGAGGGAGAGTTCGTCTCTTCGCTCAGGCGCTGG------------GAC------CCTAACGGCACGGAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  P  E  Y  R  R  M  T  Q  K  T  F  I  E  L  W  H  K  G  L  V  Y  E  A 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGC---------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  R  P  T  P  W  C  P  R  C  R  T  A  L  A  E  P  E  I  E  Y  R  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  T  Y  L  N  Y  I  K  F  K  V  K  E  T  G  E  D  I  I  I  A  T  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  E  L  L  P  A  T  V  A  V  I  F  H  P  D  D  S  R  Y  T  R  L  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 M  H  A  V  V  P  P  E  G  Q  V  V  P  I  L  P  H  K  A  A  N  P  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  S  G  L  V  M  I  S  T  F  G  D  T  R  D  L  M  I  V  N  E  L  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  I  R  I  I  I  D  E  G  G  R  I  K  T  G  K  Y  A  G  V  S  I  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  R  A  K  I  I  E  D  L  K  N  A  G  L  L  V  K  Q  E  R  L  V  H  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  P  V  C  W  R  C  K  T  P  L  E  I  I  V  T  R  E  L  F  I  K  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  F  K  E  K  L  I  E  L  A  G  K  M  E  F  K  P  P  E  Y  R  Q  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  D  W  I  K  S  L  E  L  D  W  P  V  S  R  R  R  Y  Y  A  T  E  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  W  W  C  A  K  P  N  G  E  R  V  P  L  L  P  K  G  G  E  Y  Y  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 W  R  D  E  P  P  P  E  V  K  E  A  C  K  D  G  R  L  E  G  D  T  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  D  T  W  F  D  S  S  I  S  W  M  Y  A  S  G  V  T  K  D  F  N  A  F 
 -  D  T  W  F  D  S  S  I  S  W  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GACACGTGGTTTGATTCGTCTATTTCGTGGATG------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 S  K  V  Y  P  H  S  I  M  R  P  Q  G  Y  D  I  I  R  T  W  L  Y  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  M  R  P  Q  G  Y  D  I  I  R  T  .  L  Y  Y  S 
------------------------ATGAGGCCTCAGGGTTACGACATTATAAGGACT---CTGTACTACTCC

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  L  R  A  Y  L  L  Y  G  D  V  P  F  R  Y  V  R  I  N  G  M  G  L  D 
 L  L  R  A  Y  L  L  -  -  -  -  -  F  .  Y  V  R  I  N  -  -  -  -  - 
CTCTTAAGGGCGTATTTGCTA---------------TTC---TACGTGAGAATTAAC---------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  K  G  E  A  M  H  K  S  K  G  N  V  I  D  L  L  A  P  V  E  K  Y  G 
 -  -  -  -  A  M  H  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GCCATGCATAAATCA---------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 A  D  P  V  R  F  W  A  A  A  A  G  R  L  G  T  D  Y  R  Y  N  E  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 I  R  E  G  K  E  F  L  T  K  V  W  N  I  S  R  F  V  L  S  F  P  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Q  Q  K  P  Q  L  A  P  V  D  R  A  L  L  A  R  L  Y  D  V  A  K  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 I  T  A  Y  S  E  F  D  V  Y  E  P  A  H  A  L  Y  N  F  I  W  H  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 A  D  H  Y  I  E  L  V  K  S  R  A  Y  N  R  E  G  V  F  T  E  E  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 R  A  A  I  W  T  L  Y  T  A  W  R  Y  S  L  K  L  L  A  P  I  M  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 V  T  D  K  I  W  R  E  A  Y  G  R  S  I  H  D  E  M  I  E  D  P  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 E  W  K  E  G  D  Q  A  L  F  H  L  V  K  K  I  N  S  A  V  W  R  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 N  R  R  G  M  S  L  A  D  R  L  D  A  V  L  Y  V  S  E  L  A  M  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 A  K  D  L  K  Y  M  H  K  V  S  D  V  R  P  G  R  G  A  E  Q  I  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799
 E  G  L  V  W  L  G 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

val_arch_T_acidophilum

Class I

Archaea/Thermoplasma acidophilum/amino acid sequences/Tacidophilum_val_aa

Archaea/Thermoplasma acidophilum/nucleotide sequences/Tacidophilum_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  I  D  V  N  Q  M  E  E  K  W  I  R  Y  W  D  E  K  D  V  Y  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  P  A  D  R  D  K  V  F  A  I  D  T  P  P  P  T  V  S  G  K  M  H  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  I  D  T  P  P  .  T  V  S  G  K  M  H  M 
---------------------------ATCTTTTCTTCCTTTTAC---TGCTACCTTCACCCTGGTTCCAAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  H  S  F  S  Y  P  H  I  D  F  I  A  R  Y  K  R  M  R  G  Y  H  V  F 
 G  H  S  F  S  Y  P  H  I  D  F  I  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  F 
GGACACCTTTGCTGCTGATTTTGCAGATCTTATCGCATCGATCAC------------------------ATT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  P  W  G  F  D  D  N  G  L  P  T  E  R  Y  V  E  K  E  T  G  I  K  P 
 F  P  W  G  F  D  D  N  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCATCGCTGTATCTGCGCTTCTCATC---------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  D  S  N  V  E  E  F  I  R  L  C  K  E  I  S  E  S  S  E  K  S  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  S  S  E  K  S  L  L 
------------------------------------------------CGCCTTTGCCACATCCAGCATGAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  G  W  K  R  I  G  M  S  C  Y  F  K  D  Y  Y  V  T  S  S  P  E  S  I 
 E  G  W  K  R  I  .  .  .  .  Y  -  -  D  Y  Y  V  T  S  S  -  -  -  - 
CTTTGAAGCCGTATAAAC------------CGT------GTCACCGGCTGCAGAAGCCTT------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  I  S  Q  S  M  F  L  D  L  V  R  K  G  R  V  Y  R  D  L  A  P  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  C  P  T  C  K  T  S  I  S  Q  I  E  M  K  D  Q  E  M  H  T  K  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  I  N  F  S  V  G  D  R  P  L  T  I  A  T  T  R  P  E  M  L  G  S  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  A  V  F  V  N  P  D  D  A  R  Y  R  D  L  I  G  K  E  A  T  V  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  G  N  H  V  R  I  M  A  D  A  S  V  D  M  N  F  G  T  G  A  E  M  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 C  T  F  G  D  Q  N  D  L  D  L  W  K  K  Y  N  L  P  L  K  I  S  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  D  G  R  M  T  E  E  A  G  P  L  K  G  L  S  I  S  D  A  R  K  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  E  I  L  R  E  G  G  H  V  V  K  E  E  S  I  K  H  S  V  N  T  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  C  G  T  P  I  E  I  F  I  E  K  Q  W  F  I  K  Y  L  D  L  K  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  I  E  N  G  R  K  I  E  W  T  P  E  Y  M  R  V  R  Y  E  N  W  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  L  K  W  D  W  L  I  S  R  Q  R  Y  Y  G  V  P  F  P  V  W  Y  C  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  C  G  N  T  V  Y  A  D  E  S  E  L  P  V  D  P  R  I  Q  K  P  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  C  D  R  C  G  S  T  N  L  V  P  E  R  D  V  M  D  T  W  A  T  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  A  T  S  S 
---------------------------------------------------CTCTATGGGTGTTCCGCACCT

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  T  P  R  I  A  L  T  H  F  G  L  F  D  K  Y  Y  P  E  D  L  R  G  Q 
 L  T  P  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  G  Q 
CTCATGGGTGTT------------------------------------------------GAGAATCTCTAC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  H  D  I  I  S  F  W  A  F  T  T  I  A  R  S  K  I  H  D  D  R  I  P 
 G  H  D  I  I  S  F  .  A  F  T  T  I  A  R  S  K  I  H  -  -  -  -  - 
TATCTTCTTCCTCGCATCCGA---GCTCAGGCCTTTGAGCGGCCCAGCTTCCTCAGT---------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 W  F  R  I  M  I  S  G  N  V  Y  D  M  Y  G  E  K  M  S  K  S  K  G  N 
 W  .  R  I  M  I  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  - 
GTC---GCTGATCTTCAGTGG---------------------------GTCATTCTGGTCGCC---------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  V  D  I  Y  S  M  I  D  K  Y  G  A  D  A  L  R  F  W  A  S  T  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Q  G  D  D  I  R  I  K  D  Q  D  F  T  R  G  R  R  T  V  I  K  M  Y  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  K  K  L  I  D  I  L  K  G  D  R  K  I  R  L  F  E  D  V  K  H  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 N  R  W  I  L  T  E  D  S  R  I  M  E  T  I  T  T  H  M  D  N  Y  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 S  K  A  R  T  A  L  D  T  F  F  W  N  V  F  C  D  N  Y  L  E  M  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 P  I  I  Q  K  A  S  A  A  G  D  Y  D  T  V  D  E  T  V  Y  T  A  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 V  M  L  D  V  A  K  A  Y  A  P  I  M  P  F  I  A  E  E  I  Y  Q  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 D  F  P  G  R  K  I  S  I  H  V  D  S  W  P  D  E  K  R  R  Y  S  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 N  E  E  V  S  Y  I  V  S  V  I  D  A  I  R  S  A  K  S  A  A  K  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 V  G  T  R  V  K  V  A  S  V  K  G  R  K  D  L  I  E  K  Y  R  D  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791
 S  G  M  L  R  I  D  S  M  E  I  A  D  G  D  A  V  D  A  T  V  F  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

val_arch_P_horikoshii

Class I

Archaea/Pyrococcus horikoshii/amino acid sequences/Phorikoshii_val_aa

Archaea/Pyrococcus horikoshii/nucleotide sequences/Phorikoshii_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  P  K  N  Y  D  P  N  E  I  E  P  K  W  Q  K  Y  W  L  E  E  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  K  Y  R  L  D  E  N  K  P  S  Y  A  I  D  T  P  P  P  F  T  S  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  I  D  T  P  P  .  F  T  S  G  T 
------------------------------------GCTATAGATACGCCACCA---TTCACGAGCGGTACC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  H  L  G  H  V  L  S  H  T  W  I  D  I  I  A  R  Y  K  R  M  R  G  Y 
 L  H  L  G  H  V  L  S  H  T  W  I  D  I  I  A  R  Y  -  -  -  -  -  - 
CTGCACCTCGGTCACGTGCTTAGTCATACCTGGATTGATATTATAGCTAGATAC------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  V  L  F  P  Q  G  F  D  N  H  G  L  P  T  E  L  K  V  E  K  E  F  G 
 -  -  L  F  P  Q  G  F  D  N  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CTCTTTCCCCAGGGATTCGATAATCATGGA------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  T  K  D  Q  P  E  E  F  L  K  K  C  V  E  W  T  W  Q  A  I  E  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  W  Q  A  I  E  A  M 
---------------------------------------------------TGGCAGGCTATAGAAGCAATG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  K  Q  F  I  R  I  G  Y  S  A  D  W  D  L  E  Y  H  T  M  D  D  W  Y 
 R  K  Q  F  I  R  I  .  .  .  .  D  -  -  L  E  Y  H  T  M  D  -  -  - 
AGAAAGCAGTTTATAAGGATA------------GAC------CTTGAATATCACACGATGGAT---------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  A  A  V  Q  R  S  L  L  E  F  Y  K  K  G  L  I  Y  R  E  E  H  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  W  C  P  K  C  R  T  S  L  A  K  A  E  V  G  Y  V  E  E  E  G  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  Y  I  K  L  P  L  A  D  G  S  G  Y  I  P  I  A  T  T  R  P  E  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  A  C  V  A  V  F  V  H  P  D  D  E  R  Y  K  H  L  V  G  K  K  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  P  I  F  E  R  E  V  P  I  L  A  D  E  D  V  D  P  N  F  G  T  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  Y  N  C  T  Y  G  D  E  Q  D  I  V  W  Q  K  R  Y  N  L  P  V  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  I  N  E  D  G  T  M  N  E  N  A  G  P  Y  A  G  L  K  I  E  E  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  K  I  A  E  D  L  E  K  M  G  L  L  Y  K  K  E  K  I  K  H  R  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  H  T  E  R  S  S  C  M  A  P  I  E  L  L  P  K  K  Q  W  F  I  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  D  L  I  D  E  I  I  K  V  A  K  E  I  N  W  Y  P  E  D  M  F  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  K  D  W  A  E  S  M  D  W  D  W  V  I  S  R  Q  R  V  F  G  T  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  F  W  V  C  K  N  G  H  I  I  P  A  R  E  E  D  L  P  V  D  P  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  K  P  P  V  D  K  C  P  V  C  G  A  E  I  E  P  V  T  D  V  L  D  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  C 
------------------------------------------------------------------GATTGC

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 W  V  D  S  S  I  T  P  L  I  I  T  K  W  H  E  A  I  K  G  D  E  E  A 
 W  V  D  S  S  I  T  P  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGGGTTGATTCCAGTATAACTCCACTC---------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  K  W  F  E  H  N  F  P  T  A  L  R  P  Q  G  T  D  I  I  R  T  W  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  P  Q  G  T  D  I  I  R  T  .  A 
---------------------------------CTTAGACCCCAGGGAACAGATATAATAAGGACT---GCC

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  Y  T  I  L  R  T  Y  V  L  T  G  K  K  P  W  K  D  I  V  I  N  G  M 
 F  Y  T  I  L  R  T  Y  V  L  -  -  -  -  -  W  .  D  I  V  I  N  -  - 
TTCTACACGATACTCAGAACTTACGTCTTA---------------TGG---GATATAGTGATAAAC------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  A  G  P  D  G  R  K  M  S  K  S  Y  G  N  V  V  S  P  E  E  V  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------AAGATGAGCAAAAGC------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 K  Y  G  A  D  A  L  R  L  W  T  A  L  A  P  P  G  E  D  H  P  F  K  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 E  T  V  D  Y  N  Y  R  F  L  Q  K  V  W  N  I  Y  R  F  A  E  R  H  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 K  D  F  D  Y  E  K  Y  R  D  V  E  L  E  P  L  D  K  W  I  L  S  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 H  R  I  I  K  F  A  T  E  E  L  E  R  Y  R  F  N  L  I  T  R  E  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 T  F  I  W  H  E  V  A  D  D  Y  I  E  M  I  K  Y  R  L  Y  G  E  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  S  K  L  K  A  K  V  A  L  Y  E  L  L  Y  N  V  M  L  L  L  A  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 V  P  H  I  T  E  E  I  Y  H  A  I  F  K  E  K  I  G  E  K  S  V  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  S  W  P  E  Y  R  E  D  R  I  D  E  E  A  E  K  I  G  E  L  A  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 I  V  S  E  M  R  K  Y  K  N  S  H  G  L  P  L  N  A  K  L  K  H  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 I  Y  A  L  D  S  Y  E  R  L  K  L  I  E  R  D  I  A  G  T  M  N  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 R  L  E  I  V  K  G  E  P  H  L  E  E  R  I  V  E  V  K  P  N  Y  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 I  G  P  K  Y  G  K  L  V  P  R  I  V  Q  Y  L  R  E  N  A  E  S  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 R  E  I  K  E  K  G  K  A  E  F  E  V  E  G  K  K  V  E  L  T  K  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 I  T  V  R  K  E  V  F  S  E  G  E  K  V  E  T  S  V  V  D  D  V  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891
 V  F  F 
 -  -  - 
---------

val_arch_Halobacterium

Class I

Archaea/Halobacterium sp./amino acid sequences/Halobacterium_val_aa

Archaea/Halobacterium sp./nucleotide sequences/Halobacterium_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  E  L  P  D  S  Y  D  P  D  R  I  E  P  K  W  Q  D  E  W  E  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  V  Y  E  Y  D  P  S  D  A  D  T  S  Y  I  V  D  T  P  P  P  Y  P  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  V  D  T  P  P  .  Y  P  T 
------------------------------------------CTGCCCGTCGGACTCGAC---GACGGTGTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  N  L  H  L  G  H  G  L  Q  W  S  Y  I  D  F  V  A  R  F  R  S  L  Q 
 G  N  L  H  L  G  H  G  L  Q  W  S  Y  I  D  F  V  A  R  F  -  -  -  - 
CCCGGAGTGGATCTGTGCCTGTATCTCCGCGGGGTCGGCGGCGTCGAGGGCCGCCATCAC------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  D  A  V  L  F  P  Q  G  W  D  C  H  G  L  P  T  E  V  K  V  E  E  N 
 -  -  -  -  L  F  P  Q  G  W  D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GGGGCCGATCTTCGAGTCCTCGCCGTCGAC------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  D  I  H  R  T  D  V  S  R  E  E  F  R  E  M  C  V  E  H  T  E  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  E  R 
---------------------------------------------------------------GTCGTCGCC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  D  G  M  K  Q  T  M  R  E  L  G  F  S  Q  D  W  N  A  E  Y  R  T  M 
 I  D  G  M  K  Q  T  M  R  E  L  .  .  .  .  D  -  -  A  E  Y  R  T  M 
GTCGAAGTAGAGTTCGATGCGGTCGAGGTCGGC------------CCC------GGACTTCCACGCGCGGAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  P  E  Y  W  G  K  T  Q  E  S  F  V  R  M  A  D  D  G  M  V  Y  R  D 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTC---------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  H  P  V  N  W  C  P  R  C  E  T  A  I  A  D  A  E  V  E  N  V  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  G  T  L  Y  Y  V  T  F  D  G  V  G  N  D  D  I  E  I  A  T  T  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  L  L  A  A  C  V  G  M  A  V  S  P  D  D  E  R  Y  E  D  R  I  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  F  E  V  P  L  F  G  Q  E  V  E  L  V  A  D  A  D  V  D  P  E  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  G  A  V  M  I  C  T  F  G  D  K  Q  D  V  D  W  W  A  E  Y  D  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  R  P  V  F  T  E  D  G  H  L  N  D  L  A  G  E  F  A  G  L  D  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  A  K  D  E  I  A  D  A  L  D  D  A  G  R  L  G  D  T  E  S  T  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  V  G  A  C  W  R  C  D  T  P  I  E  I  L  S  K  E  Q  W  F  V  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  Q  D  L  V  L  E  K  G  A  E  V  E  W  I  P  E  H  M  H  D  R  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  W  T  E  G  M  E  W  D  W  V  I  S  R  Q  R  V  F  A  T  P  I  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 W  Q  C  N  D  C  G  H  W  H  I  A  S  E  A  E  T  P  V  D  P  T  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  P  A  L  D  D  C  P  E  C  G  A  D  E  W  T  G  E  R  D  V  M  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T 
------------------------------------------------------------------GGTCTC

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 W  M  D  S  S  I  T  P  L  H  I  S  G  W  P  E  E  I  D  L  D  E  F  E 
 W  M  D  S  S  I  T  P  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCTTCGCTCGCGATGTGCCAGTGGCC---------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  V  G  L  R  P  Q  G  H  D  I  I  R  T  W  A  F  Y  T  L  L  R  T  G 
 -  -  -  L  R  P  Q  G  H  D  I  I  R  T  .  A  F  Y  T  L  L  R  T  G 
---------GATGACCCAGTCCCACTCCATGCCCTCCGTCCA---GACGAGGCGGTCGTGCATGTGCTCGGG

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  L  T  D  E  K  P  W  D  D  A  L  I  N  G  M  V  L  D  P  D  G  K  K 
 A  L  -  -  -  -  -  W  D  .  A  L  I  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
AATCCA---------------CTTCTC---GACGAGGTCCTG---------------------------CGA

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 M  S  K  S  S  G  D  A  V  T  P  D  E  A  I  A  E  Y  S  A  D  A  L  R 
 M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGAATCTCGAT------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Q  A  L  A  L  G  G  Q  P  G  S  D  V  Q  F  Q  W  K  E  V  K  S  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  F  L  T  K  L  W  N  I  V  K  F  A  E  G  H  F  D  E  D  T  P  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 A  D  P  A  Y  R  D  A  D  R  W  L  L  S  E  L  T  R  V  S  E  D  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 S  E  M  A  D  Y  R  F  D  A  A  L  R  R  L  R  E  F  V  W  E  D  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 D  D  Y  V  E  L  V  K  G  R  L  Y  N  G  R  P  G  E  R  D  A  A  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 T  I  Y  T  A  V  T  A  V  V  R  M  L  S  P  F  S  P  H  A  A  E  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 W  T  S  L  P  G  T  E  G  S  V  Y  S  A  A  W  P  D  V  D  L  L  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 D  A  E  V  A  G  R  R  I  A  E  T  A  S  E  I  R  A  W  K  S  E  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 M  P  L  N  A  D  L  D  R  I  E  L  Y  F  D  G  D  D  S  H  L  D  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 D  L  S  E  T  V  N  A  P  I  K  L  A  S  G  R  P  D  I  E  L  V  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 D  V  D  G  E  D  S  K  I  G  P  E  F  R  S  D  A  G  A  V  M  A  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 D  A  A  D  P  A  E  I  Q  A  Q  I  H  S  G  D  T  V  T  V  E  S  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 Q  A  F  D  L  D  S  E  W  L  T  V  D  E  E  Y  R  A  A  S  G  E  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878
 A  V  V  E  T  S  F  G  T  V  L  V  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

val_arch_M_acetivorans

Class I

Archaea/Methanosarcina acetivorans/amino acid sequences/Methanosarcina_acetivorans_val_aa

Archaea/Methanosarcina acetivorans/nucleotide sequences/Methanosarcina_acetivorans_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  E  S  E  I  P  K  E  Y  N  A  N  E  V  E  E  K  W  M  E  K  W  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  S  M  Y  H  F  N  W  G  E  D  P  R  P  Q  Y  I  I  D  T  P  P  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  I  D  T  P  P  .  Y 
------------------------------------------------ATTATTGATACCCCACCT---TAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  T  G  N  F  H  I  G  N  A  L  N  W  C  Y  I  D  Y  I  A  R  Y  K  R 
 P  T  G  N  F  H  I  G  N  A  L  N  W  C  Y  I  D  Y  I  A  R  Y  -  - 
CCTACAGGCAATTTCCACATCGGAAACGCGCTCAACTGGTGTTACATCGACTATATAGCCAGATAC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 M  R  G  Y  N  V  M  F  P  Q  G  W  D  C  H  G  L  P  T  E  V  K  V  E 
 -  -  -  -  -  -  M  F  P  Q  G  W  D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------ATGTTCCCCCAGGGCTGGGACTGCCACGGC------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  I  H  G  I  T  K  N  Q  V  P  R  A  E  F  R  K  M  C  R  E  L  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A 
---------------------------------------------------------------------GCA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  N  I  E  K  M  R  K  T  M  L  R  L  G  F  S  V  D  W  S  N  E  F  V 
 G  N  I  E  K  M  R  K  T  M  L  R  L  .  .  .  .  D  -  -  N  E  F  V 
GGAAACATCGAAAAGATGCGCAAAACAATGCTGCGTCTG------------GAC------AACGAATTCGTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  M  E  P  S  Y  F  V  K  T  Q  K  S  F  V  R  M  Y  N  D  G  H  I  Y 
 T  M  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACCATGGAG---------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 H  E  D  H  P  V  N  W  C  P  R  C  E  T  A  I  A  F  A  E  V  E  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  R  Q  T  K  L  N  F  V  H  F  D  K  V  D  I  A  T  T  R  P  E  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  A  C  V  A  V  A  V  N  P  K  D  E  R  Y  S  Q  H  I  G  K  E  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  P  I  F  G  Q  K  V  T  L  I  A  D  E  A  V  E  P  E  F  G  T  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  M  I  C  T  F  G  D  K  Q  D  V  R  W  W  V  K  Y  G  L  P  L  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  L  D  K  Q  G  R  M  T  K  A  A  G  K  Y  E  G  M  T  L  A  E  C  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  A  V  I  A  D  L  K  A  A  G  F  L  Y  D  Q  K  S  L  E  Q  N  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  C  W  R  C  D  T  P  I  E  I  L  S  E  P  Q  W  F  V  K  I  N  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  I  L  K  A  A  D  E  I  K  W  Y  P  E  Y  M  K  V  R  L  Q  N  W  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  T  M  E  W  D  W  C  I  S  R  Q  R  I  F  A  T  P  I  P  I  W  Y  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  K  C  G  E  V  M  I  A  E  E  S  W  L  P  I  D  P  N  E  N  T  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  A  C  A  C  G  S  T  E  F  E  P  E  T  D  V  L  D  T  W  M  D  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  M  D  S  S 
---------------------------------------------------GATACCTGGATGGACTCCTCG

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  T  A  L  H  V  S  G  W  E  S  E  H  E  M  R  L  P  T  Q  I  R  P  Q 
 I  T  A  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  P  Q 
ATTACTGCCCTC------------------------------------------------ATCCGTCCCCAG

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  H  D  I  I  R  T  W  A  F  Y  T  I  L  R  S  L  A  L  E  G  K  R  P 
 G  H  D  I  I  R  T  .  A  F  Y  T  I  L  R  S  L  A  L  -  -  -  -  - 
GGACATGACATCATCAGGACC---GCTTTCTATACAATCCTTAGGAGTCTGGCCCTT---------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 W  D  S  I  V  I  N  G  M  V  L  G  P  D  G  H  K  M  S  K  S  L  G  N 
 W  .  S  I  V  I  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  - 
TGG---TCCATAGTGATCAAC---------------------------AAGATGAGCAAGTCC---------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  I  S  P  E  E  V  T  T  Q  Y  S  A  D  A  F  R  Q  W  G  A  V  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 S  T  G  S  D  V  M  F  R  W  K  D  V  V  S  A  S  R  F  L  Q  K  M  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 S  I  Y  R  F  S  M  S  H  L  K  D  F  E  P  A  D  A  E  N  F  P  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 A  L  L  T  I  D  R  W  L  L  S  K  L  N  K  L  V  D  T  A  T  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  G  Y  Q  F  D  S  T  F  K  A  I  R  G  F  A  W  E  V  L  A  D  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 L  E  L  V  K  G  R  L  Y  G  E  D  P  E  G  R  K  A  A  Q  Y  V  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 T  T  T  R  T  L  S  L  L  L  A  P  F  I  P  F  F  A  E  E  M  Y  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 F  S  E  E  S  V  H  T  Q  T  W  P  A  V  N  E  K  L  I  S  E  E  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 A  A  G  E  M  I  K  E  I  T  G  E  V  R  R  Y  K  S  D  L  G  M  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 N  A  P  L  K  K  I  E  I  Y  N  A  E  I  D  T  G  D  I  A  G  A  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 S  E  V  E  L  M  A  G  A  P  S  F  E  Y  V  P  V  E  V  K  P  N  M  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 F  L  G  P  R  F  R  K  E  A  G  A  V  V  K  A  L  Q  A  E  D  P  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 I  E  A  Q  A  A  S  G  K  I  T  I  T  V  N  G  E  A  V  K  L  E  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 A  V  E  I  R  K  E  V  I  S  G  G  R  E  V  D  V  L  D  V  K  G  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869
 V  V  I  V  R 
 -  -  -  -  - 
---------------

val_arch_M_hungatei

Class I

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_val_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  R  V  L  R  E  L  P  K  T  Y  D  Y  R  E  V  E  A  R  W  Q  Q  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  K  D  E  D  V  Y  F  K  E  G  S  E  K  P  Q  F  V  I  D  T  P  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  I  D  T  P  P  . 
---------------------------------------------------GTCATTGATACGCCACCA---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  P  T  G  E  F  H  I  G  N  A  F  N  W  C  Y  I  D  F  L  A  R  Y  K 
 Y  P  T  G  E  F  H  I  G  N  A  F  N  W  C  Y  I  D  F  L  A  R  Y  - 
TACCCAACCGGGGAATTTCATATCGGAAATGCATTCAACTGGTGTTATATCGACTTTTTAGCCAGATAC---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  M  K  G  Y  N  V  M  F  P  Q  G  W  D  C  H  G  L  P  T  E  V  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  M  F  P  Q  G  W  D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------ATGTTCCCGCAGGGGTGGGACTGCCATGGC---------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  E  I  H  K  I  T  K  N  D  V  D  R  Q  K  F  R  E  M  C  R  E  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  G  N  I  R  K  M  R  A  S  M  R  R  M  A  F  S  I  D  W  S  H  E  Y 
 I  G  N  I  R  K  M  R  A  S  M  R  R  M  .  .  .  .  D  -  -  H  E  Y 
ATTGGCAATATCAGGAAGATGCGGGCATCCATGCGCAGGATG------------GAC------CACGAATAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  T  M  M  P  E  Y  F  G  K  T  Q  L  S  F  L  R  M  Y  H  A  G  Q  I 
 I  T  M  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCACCATGATG------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  Q  S  D  H  P  V  N  F  C  P  R  C  E  T  A  I  A  F  A  E  V  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  D  R  T  T  K  L  N  Y  F  N  F  S  G  L  E  I  A  T  S  R  P  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  A  A  C  V  A  V  A  V  H  P  D  D  D  R  Y  K  D  R  K  G  E  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  V  P  L  F  G  H  E  V  P  I  I  C  D  E  A  V  D  P  S  F  G  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  V  M  I  C  T  F  G  D  K  Q  D  V  I  W  W  K  V  H  N  L  P  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  A  I  D  K  T  G  H  M  T  Q  I  A  G  K  Y  E  G  M  D  T  T  S  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  E  A  I  L  A  D  M  K  S  E  G  I  L  L  R  Q  E  P  L  E  Q  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  T  C  W  R  C  K  T  P  I  E  I  L  S  E  H  Q  W  F  V  R  I  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  A  A  L  K  A  A  K  E  V  K  W  Y  P  E  H  M  F  L  R  M  E  N  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  S  Q  M  E  W  D  W  C  I  S  R  Q  R  I  F  A  S  P  I  P  V  W  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 C  K  D  C  G  E  I  I  L  P  E  E  S  E  L  P  V  D  P  T  V  D  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  R  P  C  P  K  C  G  S  S  N  Y  I  P  E  T  D  V  L  D  T  W  M  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  M  D 
---------------------------------------------------------GATACCTGGATGGAC

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  S  I  S  V  M  H  V  T  G  W  D  G  T  Q  K  V  P  P  L  F  P  A  Q 
 S  S  I  S  V  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCTTCCATCTCGGTGATG------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  R  P  Q  G  H  D  I  I  R  T  W  A  F  Y  T  I  L  R  A  V  S  L  T 
 I  R  P  Q  G  H  D  I  I  R  T  .  A  F  Y  T  I  L  R  A  V  S  L  - 
ATTCGTCCACAGGGCCATGATATCATTCGGACT---GCATTTTACACGATACTTCGTGCAGTATCCCTC---

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  G  K  P  W  E  Q  I  L  V  N  G  M  V  L  G  E  D  G  F  K  M  S  K 
 -  -  -  -  W  .  Q  I  L  V  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K 
------------TGG---CAGATCCTGGTAAAC---------------------------AAGATGAGTAAG

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  R  G  N  V  T  V  P  E  E  I  L  E  Q  Y  G  A  D  S  L  R  Q  W  A 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGC---------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 A  L  G  A  A  T  G  S  D  I  Q  F  N  W  N  D  V  V  A  A  N  R  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 T  K  M  W  N  I  S  R  F  A  L  M  Q  L  D  R  A  Q  Y  K  A  D  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 V  T  A  L  A  D  R  W  L  L  T  K  L  S  Q  T  V  R  D  V  S  E  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 E  T  Y  Q  F  D  K  A  L  K  A  I  R  E  F  A  W  D  V  L  A  D  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 I  E  I  V  K  G  R  L  Y  S  D  S  D  T  R  D  G  A  C  V  A  I  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 S  M  D  A  I  C  R  M  L  A  P  F  T  P  Y  F  A  E  E  V  W  S  F  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 E  E  S  S  V  H  Q  Q  P  W  V  T  F  S  Y  E  D  E  E  A  V  R  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 E  I  L  V  Q  V  I  S  E  I  R  R  Y  K  H  D  K  G  L  A  L  N  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 L  G  N  V  T  V  Y  T  T  L  A  V  D  D  A  G  D  A  S  T  A  S  N  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 T  L  T  W  K  T  G  M  P  E  L  T  Q  V  V  S  G  V  K  F  D  M  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 I  G  P  K  L  R  G  K  A  K  G  F  M  Q  A  I  E  A  L  P  K  E  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 T  S  V  P  A  M  I  T  V  D  G  E  E  I  A  V  P  E  G  S  V  I  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 L  S  Y  T  V  A  G  A  S  V  D  L  I  P  V  S  D  S  L  V  I  T  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865
 Q 
 - 
---

val_arch_N_equitans

Class I

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_val_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  Y  N  P  K  E  I  E  Q  W  Y  K  E  N  Y  K  Y  F  F  G  E  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  I  L  I  I  D  T  P  P  P  Y  P  A  P  L  W  H  I  G  A  A  L  S  Y 
 -  -  -  I  I  D  T  P  P  .  Y  P  A  P  L  W  H  I  G  A  A  L  S  Y 
---------ATTATTGATACTCCCCCA---TACCCAGCACCATTATGGCATATAGGAGCGGCTTTAAGTTAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  L  Q  D  F  I  A  R  G  F  R  K  L  G  Y  K  V  I  F  P  E  G  F  D 
 A  L  Q  D  F  I  A  R  G  -  -  -  -  -  -  -  -  I  F  P  E  G  F  D 
GCTTTACAAGATTTTATTGCGAGGGGT------------------------ATATTTCCTGAAGGCTTTGAT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  N  G  I  P  I  E  M  Y  L  E  K  Y  E  K  I  P  F  G  S  I  D  R  E 
 G  N  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGGAATGGT---------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  Y  I  K  K  C  R  Q  I  L  D  S  W  R  E  K  M  D  K  I  L  K  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  S  W  R  E  K  M  D  K  I  L  K  D  L 
------------------------------GATAGTTGGAGAGAAAAAATGGACAAAATCCTAAAAGATCTA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  L  S  M  D  F  E  H  R  Y  N  T  D  D  P  E  Y  R  A  L  T  Q  K  T 
 .  .  .  .  D  -  -  H  R  Y  N  T  D  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GAT------CATAGATACAATACAGACGAT------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  A  E  L  W  E  K  G  L  I  Y  E  A  E  Y  P  I  N  Y  C  P  H  C  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  A  I  A  D  A  E  I  E  R  K  I  K  K  T  K  L  V  Y  I  K  F  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  D  S  D  D  Y  I  T  V  A  T  T  R  P  E  L  L  G  A  C  K  A  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  H  P  D  D  E  R  Y  K  K  Y  H  N  K  I  A  I  V  P  Y  Y  N  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  P  I  I  P  H  K  M  A  D  P  N  F  G  T  G  A  V  M  I  C  S  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  W  V  D  V  Q  I  F  R  E  L  Q  L  K  P  E  K  I  I  D  E  N  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  T  I  E  P  V  K  G  L  T  T  K  E  G  R  E  K  M  I  E  V  L  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  G  V  V  E  K  I  E  E  I  E  H  S  V  P  V  H  E  R  C  E  T  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  I  I  P  M  K  E  F  Y  L  K  Q  L  P  F  K  E  E  I  K  K  L  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  I  E  F  I  P  E  R  Y  R  K  N  L  E  N  W  I  D  S  I  T  I  D  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  I  S  R  R  R  W  Y  A  T  E  I  P  L  W  Y  C  P  K  C  G  Y  I  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  A  K  D  G  K  Y  H  Q  P  W  K  E  E  M  V  C  P  R  C  N  T  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  G  E  T  R  V  L  D  T  W  M  D  S  S  I  T  I  Y  Y  L  I  K  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  M  D  S  S  I  T  I  Y  -  -  -  -  -  - 
---------------------GATACTTGGATGGATTCCTCTATTACAATCTAT------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  K  I  L  G  I  D  E  E  G  L  F  N  N  Y  T  L  R  P  Q  G  Y  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  P  Q  G  Y  E  I 
------------------------------------------------TTAAGACCCCAAGGCTACGAAATA

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  R  T  W  L  Y  Y  T  L  L  R  V  Y  Q  L  T  G  K  K  A  F  D  F  V 
 I  R  T  .  L  Y  Y  T  L  L  R  V  Y  Q  L  -  -  -  -  -  F  .  F  V 
ATTAGGACT---CTATACTATACTTTATTAAGAGTATACCAACTA---------------TTC---TTTGTT

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  I  N  G  M  G  L  D  K  H  G  R  K  M  S  K  R  Y  G  N  V  I  E  P 
 V  I  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  R  -  -  -  -  -  -  - 
GTAATCAAT---------------------------AAAATGAGTAAAAGA---------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  T  L  L  E  K  Y  G  A  D  T  L  R  Y  W  F  A  M  E  I  S  I  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  Y  R  I  N  E  Q  K  I  A  G  I  M  K  F  M  N  K  V  W  N  I  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 Y  I  S  Q  Y  Q  Y  R  E  T  Q  N  L  K  P  T  D  E  W  I  I  N  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 K  Y  L  E  N  K  A  I  E  Y  I  R  N  F  E  F  N  K  L  A  R  E  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 R  F  V  W  D  V  F  A  N  H  Y  I  E  L  T  K  K  R  A  K  N  N  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 S  A  I  Y  A  L  Y  F  V  F  E  R  V  L  N  M  L  S  I  F  S  P  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 A  K  Y  L  A  K  K  L  Y  N  K  D  I  E  K  E  K  L  K  Y  W  G  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 R  L  D  L  L  Y  K  G  E  K  L  I  E  F  N  N  Y  V  W  K  L  K  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 Q  G  K  K  L  K  D  P  I  S  I  E  I  P  K  E  L  E  I  F  K  E  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751
 I  L  L  H  N  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

val_bact_R_marinus

Class I

Archaea/Rhodothermus marinus/amino acid sequences/Rmarinus_val_aa

Archaea/Rhodothermus marinus/nucleotide sequences/Rmarinus_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  G  E  P  L  L  K  T  E  R  V  R  K  V  Y  D  P  Q  E  I  E  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  Y  A  Y  W  E  A  N  N  F  F  R  A  E  I  R  P  D  R  T  P  F  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  I 
------------------------------------------------------------------TTCCAG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 M  M  P  P  P  N  V  T  G  R  L  H  M  G  H  A  L  Q  D  T  I  Q  D  A 
 M  M  P  P  .  N  V  T  G  R  L  H  M  G  H  A  L  Q  D  T  I  Q  D  A 
AAACCGTTCTTT---GGCGATTTCTTTTTCCAGCCGCGCCCGCTCCTGCTCCAGATCGATCACGTCGGCCAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  T  R  I  R  R  M  Q  G  Y  E  A  L  W  L  P  G  I  D  H  A  G  I  A 
 L  T  R  I  -  -  -  -  -  -  -  -  L  W  L  P  G  I  D  H  A  G  -  - 
CGGCACGTACAC------------------------CGCACTGGCCTTTGGCCGCTCCAGCCCCAT------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  Q  N  V  V  E  R  E  L  R  D  K  E  G  K  T  R  H  D  L  G  R  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  L  Q  R  V  W  R  W  K  E  E  Y  G  D  I  I  L  Q  Q  K  R  R  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  E  Y  G  D  I  I  L  Q  Q  K  R  R  L  . 
---------------------------CCGGATCTCCCGGCCGGGCGGCACGCCGTAGGTGCTCCGCAC---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  S  C  D  W  S  R  T  R  F  T  M  D  E  G  F  T  R  A  V  Q  E  A  F 
 D  -  -  -  -  -  R  -  R  F  T  M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCG---------------CTC---GATGCGGCCGAAGCG---------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  R  L  Y  N  E  G  L  I  Y  R  G  D  Y  L  V  N  W  C  P  V  D  Q  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  L  S  D  E  E  V  D  N  V  E  Q  D  G  H  L  W  Y  I  R  Y  P  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  G  S  G  Y  I  T  I  A  T  T  R  P  E  T  M  L  G  D  T  A  V  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  P  E  D  E  R  Y  R  H  L  I  G  K  K  V  R  L  P  L  L  G  R  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  I  I  A  D  E  H  V  K  R  D  F  G  A  G  A  L  K  I  T  P  G  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  N  D  F  E  I  G  Q  R  H  G  L  P  I  I  N  I  M  N  P  D  G  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  E  N  G  G  P  Y  A  G  L  D  R  F  E  A  R  K  R  I  V  E  D  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  Q  G  L  L  E  K  V  E  P  Y  R  H  T  V  P  I  S  S  R  S  K  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  E  P  M  L  S  R  Q  W  F  V  R  M  R  P  L  A  E  P  A  I  E  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  R  G  E  I  R  F  Y  P  E  R  W  A  N  E  Y  F  R  W  M  E  N  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  W  C  I  S  R  Q  I  W  W  G  H  R  I  P  V  W  Y  Y  T  D  E  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  I  D  E  S  K  G  F  V  V  S  I  E  Q  P  E  P  G  M  V  Q  D  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  L  D  T  W  F  S  S  W  L  W  P  F  A  T  L  G  W  P  D  Q  T  P  D 
 -  -  D  T  W  F  S  S  W  L  W  P  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CTTCGACTCGTCGATCTGGCCGTTTTCGTCCGT---------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  A  Y  F  Y  P  T  T  V  L  V  S  G  Y  D  I  L  F  F  W  I  A  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  V  S  G  Y  D  I  L  F  F  .  I  A  R  M 
------------------------GCGGATGTTTTCCATCCAGCGGAAGTACTCGTT---CCACCGCTCCGG

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  M  A  G  I  H  F  T  G  K  I  P  F  R  D  V  F  I  T  G  M  V  K  D 
 I  M  A  G  I  H  F  -  -  -  -  -  F  .  D  V  F  I  T  -  -  -  -  - 
ATAAAACCGGATCTCTCCCCG---------------GGC---CTCGGCCAGCGGCCT---------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  Y  G  R  W  M  S  K  S  L  G  N  G  I  D  P  L  E  M  I  D  Q  Y  G 
 -  -  -  -  W  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------CATCGGCTCGATGAT---------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 A  D  A  V  R  Y  S  L  T  V  L  C  T  Q  G  Q  D  I  K  L  D  P  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 F  E  M  G  R  N  F  A  N  K  I  W  N  A  F  N  V  F  G  Q  F  M  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 D  D  E  G  R  P  L  R  D  Y  R  R  Q  R  R  F  E  E  L  S  L  V  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 W  M  V  T  R  L  N  Q  T  I  A  T  V  N  E  A  I  D  R  Y  R  L  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 A  L  L  T  I  Y  D  L  F  W  G  D  Y  C  D  W  Y  L  E  L  I  K  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 R  G  Q  A  M  D  D  E  T  I  A  L  A  V  E  L  Y  E  K  M  I  Q  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 H  P  F  M  P  F  I  T  E  A  L  W  W  R  L  R  P  R  G  E  R  E  A  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 I  V  S  R  W  P  E  Q  N  P  D  E  I  D  E  T  A  L  A  R  F  G  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 Q  E  M  I  S  G  I  R  N  V  R  S  T  Y  G  V  P  P  G  R  E  I  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  I  N  V  P  E  E  E  A  E  E  V  A  H  L  E  A  H  R  D  Y  F  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 L  A  R  V  S  E  L  T  V  G  M  G  L  E  R  P  K  A  S  A  T  V  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 G  R  Y  E  V  Y  V  P  L  A  D  V  I  D  L  E  Q  E  R  A  R  L  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 E  I  A  Q  K  E  R  F  L  E  S  V  R  K  K  L  Q  N  P  Q  F  L  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 A  P  A  E  V  V  A  R  E  R  Q  K  E  Q  D  A  R  A  E  L  E  R  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895
 A  N  L  A  A  L  S 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

val_arch_M_jannaschii

Class I

Archaea/Methanococcus jannaschii/amino acid sequences/Mjannaschii_val_aa

Archaea/Methanococcus jannaschii/nucleotide sequences/Mjannaschii_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  M  P  K  D  Y  N  I  E  I  E  K  Q  I  Q  K  K  W  E  E  S  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  K  F  D  E  E  S  N  K  P  P  Y  I  I  D  T  P  P  P  Y  P  T  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  I  D  T  P  P  .  Y  P  T  G  R 
------------------------------------ATTATAGATACACCACCA---TACCCAACTGGTAGA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  H  L  G  H  A  L  N  W  T  Y  M  D  I  I  A  R  Y  K  R  M  K  G  F 
 L  H  L  G  H  A  L  N  W  T  Y  M  D  I  I  A  R  Y  -  -  -  -  -  - 
TTACACTTAGGACATGCATTAAACTGGACTTACATGGATATAATAGCAAGATAC------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  V  L  F  P  Q  G  W  D  C  H  G  L  P  T  E  V  K  V  E  E  I  H  G 
 -  -  L  F  P  Q  G  W  D  C  H  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CTCTTCCCGCAAGGTTGGGACTGTCATGGA------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  T  K  S  D  V  D  R  H  K  F  R  E  L  C  I  E  L  T  K  E  N  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  E  N  I  E 
---------------------------------------------------------AAAGAAAACATTGAA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  M  R  R  Q  I  K  S  L  G  I  S  I  D  W  D  K  E  Y  I  T  M  T  P 
 K  M  R  R  Q  I  K  S  L  .  .  .  .  D  -  -  K  E  Y  I  T  M  T  - 
AAAATGAGAAGACAGATAAAATCCTTA------------GAT------AAAGAGTATATAACAATGACT---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  Y  I  K  K  S  Q  T  A  F  V  R  M  Y  K  D  G  L  I  Y  R  G  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  V  N  W  C  P  R  C  Q  T  A  I  A  F  A  E  V  E  Y  K  E  R  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  L  N  Y  I  K  F  P  A  A  D  G  E  G  H  L  L  I  A  T  T  R  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  M  A  A  C  V  A  I  L  V  H  P  E  D  E  R  Y  K  H  L  I  G  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  I  V  P  L  F  G  H  K  V  K  L  L  A  D  E  D  V  E  K  E  F  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  A  V  M  V  C  T  F  G  D  K  T  D  V  L  W  V  N  R  H  K  L  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  K  A  I  D  E  K  G  E  L  T  E  I  A  G  K  Y  K  G  L  K  T  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  R  E  K  I  I  E  D  L  K  K  E  G  Y  L  V  K  Q  E  P  I  K  Q  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  G  V  C  W  R  C  K  T  P  I  E  I  I  V  T  E  Q  W  F  V  N  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  L  I  P  K  V  R  E  V  A  D  E  I  K  W  I  P  E  H  M  K  I  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  N  W  I  E  D  M  D  W  D  W  V  I  S  R  Q  R  I  F  A  T  P  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  W  Y  C  P  K  C  G  N  V  V  V  A  K  E  E  D  L  P  I  D  P  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  G  Y  V  C  D  K  C  G  N  K  D  L  I  P  E  T  D  V  L  D  T  W  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  M 
------------------------------------------------------------GATACATGGATG

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  S  S  I  T  P  M  V  I  T  K  W  L  D  D  D  K  F  F  E  K  H  Y  P 
 D  S  S  I  T  P  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACTCTTCAATAACACCAATG---------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  Q  L  R  P  Q  G  H  D  I  I  R  T  W  A  F  Y  T  I  V  K  S  V  A 
 -  -  L  R  P  Q  G  H  D  I  I  R  T  .  A  F  Y  T  I  V  K  S  V  A 
------TTAAGACCACAGGGGCATGACATAATTAGAACA---GCTTTCTATACAATTGTCAAGTCAGTAGCT

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  T  G  K  K  P  W  D  E  I  V  I  N  G  M  V  F  G  E  D  G  H  K  M 
 L  -  -  -  -  -  W  .  E  I  V  I  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M 
TTG---------------TGG---GAGATTGTTATAAAC---------------------------AAGATG

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  K  S  R  G  N  V  V  E  P  D  E  I  I  A  K  Y  G  A  D  A  L  R  L 
 S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGTAAGAGT---------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 W  A  S  N  S  V  V  G  D  D  V  Q  F  L  W  K  E  V  D  Y  G  Y  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  R  K  S  W  N  A  C  R  F  A  K  M  H  I  S  D  D  I  I  D  E  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 K  P  M  E  I  S  N  P  I  D  L  W  I  L  S  K  L  Q  R  L  I  E  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  K  D  L  E  N  Y  R  F  N  T  I  V  E  I  Y  K  F  V  W  H  E  F  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 D  N  Y  I  E  M  V  K  Y  R  L  Y  G  D  D  E  E  A  K  K  E  A  R  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 T  L  Y  Y  V  I  D  K  V  V  R  L  L  C  P  F  A  P  H  F  S  D  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 A  E  I  Y  K  I  D  N  L  H  F  S  F  P  E  V  D  N  R  F  I  N  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 A  E  K  F  G  E  I  A  K  N  T  V  I  S  I  R  R  F  K  A  N  S  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  L  N  A  P  L  K  Y  V  E  I  Y  T  E  D  E  E  T  Y  L  A  L  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 T  A  E  D  I  K  G  T  L  K  I  E  E  L  K  I  I  K  G  K  P  A  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 S  K  I  V  E  I  I  P  D  K  S  K  I  G  P  E  F  K  K  N  A  K  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 M  D  L  I  K  N  A  D  E  E  T  L  E  K  I  I  N  E  G  L  E  T  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 G  V  I  R  K  E  H  I  K  D  V  K  R  A  L  F  C  E  G  E  E  V  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878
 V  D  I  E  G  V  L  A  M  A  I  I  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

val_arch_P_occultum

Class I

Archaea/Pyrodictium occultum/amino acid sequences/Poccultum_val_aa

Archaea/Pyrodictium occultum/nucleotide sequences/Poccultum_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  A  K  P  S  S  G  Q  S  F  L  P  R  I  K  E  K  R  W  S  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  K  E  L  L  E  K  W  S  E  E  R  L  Y  E  F  D  P  D  R  E  G  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  V  I  D  T  P  P  P  Y  P  S  G  K  W  H  V  G  G  A  A  H  Y  A  Q 
 -  V  I  D  T  P  P  .  Y  P  S  G  K  W  H  V  G  G  A  A  H  Y  A  Q 
---CAGGTCCTTGGCGAAGGG---CATCTCCTTGCTCAGGTATAGCTTGTAGCCCTCGACCTTCTGGGACAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  D  M  I  A  R  Y  F  R  M  K  G  W  N  V  F  V  P  W  Y  A  D  R  N 
 I  D  M  I  A  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  F  V  P  W  Y  A  D  R  N 
CTTGTAGCCGTGGCTGCGCTT------------------------CTGGAGCACTTTGTCGAGCATCTTCGC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  L  P  V  E  V  T  I  E  K  K  Y  N  I  L  A  H  E  M  A  K  T  K  E 
 G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTA---------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  R  K  K  F  L  E  L  C  S  Q  E  L  D  R  V  E  E  E  L  V  R  I  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  R  V  E  E  E  L  V  R  I  W 
---------------------------------------CATTCTCAGCAAGGCGTCCAGTATAGTGTGGAG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  G  L  G  C  S  F  T  Y  I  R  N  G  T  D  S  P  E  Y  R  R  I  T  Q 
 R  G  L  .  .  .  .  T  -  -  R  N  G  T  D  S  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGTGAACCA------------TTC------GCTGAACTCGCCCTCCCT------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  T  F  I  E  L  W  R  R  G  L  I  Y  E  D  E  R  P  V  N  W  C  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 C  R  T  S  L  S  E  A  E  I  E  H  R  E  E  D  S  Y  L  Y  Y  V  K  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  V  K  E  T  G  E  E  I  L  I  A  T  T  R  P  E  L  I  G  A  A  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  V  Y  N  P  E  D  E  R  Y  K  R  L  K  G  L  H  A  I  V  P  I  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  E  V  P  I  L  E  H  P  A  A  K  P  D  F  G  T  G  L  V  M  V  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  G  D  W  T  D  V  Q  M  I  K  D  L  G  L  E  P  K  V  I  I  N  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  T  M  N  E  K  A  G  F  L  K  G  L  P  V  R  E  A  R  R  R  M  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  L  E  K  R  G  L  I  A  K  K  E  L  I  R  H  S  V  P  V  C  W  R  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  T  P  V  E  I  V  H  V  R  E  Y  F  L  K  Q  L  E  F  Q  D  K  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  I  V  K  K  M  H  F  K  P  E  K  H  R  Q  K  L  L  D  W  I  D  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  M  D  W  P  I  S  R  T  R  Y  Y  G  T  E  I  P  I  W  T  C  R  R  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  A  K  L  V  P  E  P  G  R  Y  Y  R  P  W  L  E  E  P  P  W  E  R  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  R  C  G  A  P  R  S  E  L  E  G  E  T  R  V  F  D  T  W  F  D  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  D  S  S 
---------------------------------------------------CTCGCGCACATGTACTATCTC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  S  V  L  Y  A  S  G  Y  M  R  N  L  K  L  F  E  R  V  F  S  R  D  E 
 I  S  V  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACGGGGGTTTT------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  L  P  Y  T  L  R  P  Q  G  V  D  I  I  R  T  W  L  Y  F  S  V  L  R 
 -  -  -  -  -  L  R  P  Q  G  V  D  I  I  R  T  .  L  Y  F  S  V  L  R 
---------------CACCATGCGGCGCCTGGCTTCGCGTACGGGCAG---TTTGAGGAACCCTGCCTTCTC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  Y  Q  L  L  G  K  P  A  F  R  W  V  R  V  T  G  M  G  L  D  P  K  G 
 V  Y  Q  L  -  -  -  -  -  F  .  W  V  R  V  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTTCATTGTGCC---------------CAC---GGGCTCCAGCCCGAG------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 R  A  M  H  K  S  L  G  N  V  I  D  P  E  P  Y  I  E  A  Y  G  A  E  P 
 -  A  M  H  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GTCGCCATAGCTGCT------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 F  R  F  W  A  A  A  A  A  R  L  G  D  D  Y  R  F  S  E  Q  T  L  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 G  K  L  F  L  T  K  L  W  N  I  A  R  F  V  S  S  F  P  R  P  T  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 Y  R  L  R  P  I  D  L  V  F  L  G  A  L  N  N  L  I  R  R  V  D  H  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Y  G  E  E  L  D  V  H  Q  P  V  N  E  L  Y  N  F  T  W  N  I  F  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 H  Y  L  E  L  V  K  T  R  A  Y  N  R  E  G  E  F  S  E  E  E  Q  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 A  W  F  T  L  H  T  I  L  D  A  L  L  R  M  L  A  P  I  L  P  F  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 D  A  L  Y  R  R  L  Y  G  D  S  V  H  R  Q  K  F  P  E  P  N  P  E  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 D  T  A  Y  A  K  M  L  D  K  V  L  Q  L  N  S  A  L  W  T  W  K  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 H  G  Y  K  L  S  Q  K  V  E  G  Y  K  L  Y  L  S  K  E  M  E  P  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 K  D  L  E  Y  M  H  R  I  E  T  V  V  G  E  P  P  E  T  A  E  K  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  G  A  Y  I  A  G  L  R  G  G  T  G  A  Q  R  G  G  M  T  G  A  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843
 L  N  R 
 -  -  - 
---------

val_bact_E_coli

Class I

Bacteria/Escherichia coli/amino acid sequences/Ecoli_val_aa

Bacteria/Escherichia coli/nucleotide sequences/Ecoli_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  K  T  Y  N  P  Q  D  I  E  Q  P  L  Y  E  H  W  E  K  Q  G  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  P  N  G  D  E  S  Q  E  S  F  C  I  M  I  P  P  P  N  V  T  G  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  I  M  I  P  P  .  N  V  T  G  S  L 
---------------------------------GGCGACAAAGCCTTCGTT---CAGCTTGTTCTCAATACG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  M  G  H  A  F  Q  Q  T  I  M  D  T  M  I  R  Y  Q  R  M  Q  G  K  N 
 H  M  G  H  A  F  Q  Q  T  I  M  D  T  M  I  R  Y  -  -  -  -  -  -  - 
GCTGATTTCGCCTTCGATCTTCGCTACTTCTTTCGCCAGACGTGCCAGCTC---------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  L  W  Q  V  G  T  D  H  A  G  I  A  T  Q  M  V  V  E  R  K  I  A  A 
 -  L  W  Q  V  G  T  D  H  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CATCGGGATCAGCAGTTCTGCGCCGTCGAC---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  E  G  K  T  R  H  D  Y  G  R  E  A  F  I  D  K  I  W  E  W  K  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  E 
------------------------------------------------------------------TTCTGC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  G  G  T  I  T  R  Q  M  R  R  L  G  N  S  V  D  W  E  R  E  R  F  T 
 S  G  G  T  I  T  R  Q  M  R  R  L  .  .  .  .  D  -  -  R  E  R  F  T 
ATCCGCGCTGCAACCACGCAGCAGCAGCTCCAGCGG------------GAT------TTCTGCACGGATGTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  D  E  G  L  S  N  A  V  K  E  V  F  V  R  L  Y  K  E  D  L  I  Y  R 
 M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACGTAC------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  K  R  L  V  N  W  D  P  K  L  R  T  A  I  S  D  L  E  V  E  N  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  K  G  S  M  W  H  I  R  Y  P  L  A  D  G  A  K  T  A  D  G  K  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  V  V  A  T  T  R  P  E  T  L  L  G  D  T  G  V  A  V  N  P  E  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  Y  K  D  L  I  G  K  Y  V  I  L  P  L  V  N  R  R  I  P  I  V  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  H  A  D  M  E  K  G  T  G  C  V  K  I  T  P  A  H  D  F  N  D  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  G  K  R  H  A  L  P  M  I  N  I  L  T  F  D  G  D  I  R  E  S  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  F  D  T  K  G  N  E  S  D  I  Y  S  S  E  I  P  A  E  F  Q  K  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  F  A  A  R  K  A  V  V  A  A  V  D  A  L  G  L  L  E  E  I  K  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  L  T  V  P  Y  G  D  R  G  G  V  V  I  E  P  M  L  T  D  Q  W  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  A  D  V  L  A  K  P  A  V  E  A  V  E  N  G  D  I  Q  F  V  P  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Y  E  N  M  Y  F  S  W  M  R  D  I  Q  D  W  C  I  S  R  Q  L  W  W  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 H  R  I  P  A  W  Y  D  E  A  G  N  V  Y  V  G  R  N  E  D  E  V  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  N  N  L  G  A  D  V  A  L  R  Q  D  E  D  V  L  D  T  W  F  S  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  S  S  A 
---------------------------------------------------GGAGGAGAACCAGGTGTCGAG

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  W  T  F  S  T  L  G  W  P  E  N  T  D  A  L  R  Q  F  H  P  T  S  V 
 L  W  T  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
AACGTCTTCATC---------------------------------------------------------GCG

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 M  V  S  G  F  D  I  I  F  F  W  I  A  R  M  I  M  M  T  M  H  F  I  K 
 M  V  S  G  F  D  I  I  F  F  .  I  A  R  M  I  M  M  T  M  H  F  -  - 
GCCAACATAAACATTACCCGCTTCGTCATA---TGCCGGGATACGGTGACCCCACCATAGCTGACG------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  E  N  G  K  P  Q  V  P  F  H  T  V  Y  M  T  G  L  I  R  D  D  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  .  T  V  Y  M  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------GGA---ATACATGTTTTCGTA------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Q  K  M  S  K  S  K  G  N  V  I  D  P  L  D  M  V  D  G  I  S  L  P  E 
 -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GTTCTCAACCGCTTC------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  L  E  K  R  T  G  N  M  M  Q  P  Q  L  A  D  K  I  R  K  R  T  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Q  F  P  N  G  I  E  P  H  G  T  D  A  L  R  F  T  L  A  A  L  A  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 G  R  D  I  N  W  D  M  K  R  L  E  G  Y  R  N  F  C  N  K  L  W  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 S  R  F  V  L  M  N  T  E  G  Q  D  C  G  F  N  G  G  E  M  T  L  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 A  D  R  W  I  L  A  E  F  N  Q  T  I  K  A  Y  R  E  A  L  D  S  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 F  D  I  A  A  G  I  L  Y  E  F  T  W  N  Q  F  C  D  W  Y  L  E  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 K  P  V  M  N  G  G  T  E  A  E  L  R  G  T  R  H  T  L  V  T  V  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 G  L  L  R  L  A  H  P  I  I  P  F  I  T  E  T  I  W  Q  R  V  K  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 C  G  I  T  A  D  T  I  M  L  Q  P  F  P  Q  Y  D  A  S  Q  V  D  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 A  L  A  D  T  E  W  L  K  Q  A  I  V  A  V  R  N  I  R  A  E  M  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 A  P  G  K  P  L  E  L  L  L  R  G  C  S  A  D  A  E  R  R  V  N  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 R  G  F  L  Q  T  L  A  R  L  E  S  I  T  V  L  P  A  D  D  K  G  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 S  V  T  K  I  V  D  G  A  E  L  L  I  P  M  A  G  L  I  N  K  E  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 L  A  R  L  A  K  E  V  A  K  I  E  G  E  I  S  R  I  E  N  K  L  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 E  G  F  V  A  R  A  P  E  A  V  I  A  K  E  R  E  K  L  E  G  Y  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951
 A  K  A  K  L  I  E  Q  Q  A  V  I  A  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

val_bact_C_jejuni

Class I

Bacteria/Campylobacter jejuni/amino acid sequences/Cjejuni_val_aa

Bacteria/Campylobacter jejuni/nucleotide sequences/Cjejuni_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Y  D  K  N  L  E  K  E  Y  Y  Q  I  C  E  E  R  G  Y  F  E  I  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  K  T  I  Q  E  K  D  K  N  F  C  I  M  M  P  P  P  N  V  T  G  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  I  M  M  P  P  .  N  V  T  G  V  L 
---------------------------------GATGAATTTTTCATTTGA---CATGGAGTTAAGCTTGAA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  I  G  H  A  L  T  F  T  L  Q  D  I  M  T  R  Y  K  R  M  D  G  Y  K 
 H  I  G  H  A  L  T  F  T  L  Q  D  I  M  T  R  Y  -  -  -  -  -  -  - 
ACTTTCTTTTTCAAGCTTATTTTTTTGATTTTCAAGTCTTGTTAAAATACC---------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  L  Y  Q  P  G  L  D  H  A  G  I  A  T  Q  N  V  V  E  K  Q  L  L  T 
 -  L  Y  Q  P  G  L  D  H  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AATAAAAATTTCTAAATTCTCGCTAACATC---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  G  I  K  K  E  E  L  G  R  E  E  F  I  E  K  V  W  E  W  K  E  Q  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  Q  S 
---------------------------------------------------------------TTTATCGTT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  G  K  I  L  D  Q  M  R  T  L  G  I  T  P  A  W  S  R  L  R  F  T  M 
 G  G  K  I  L  D  Q  M  R  T  L  .  .  .  .  A  -  -  R  L  R  F  T  M 
AAATTTGATATAAGCTTTTTCTATTTTAGAATT------------TAA------AGCACGGCGGATACTAAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  E  G  L  V  N  A  V  K  K  A  F  V  E  L  Y  D  K  R  L  I  V  R  G 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAT---------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  Y  M  I  N  W  C  T  H  D  G  A  L  S  D  I  E  V  E  Y  K  E  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  K  L  Y  H  I  K  Y  F  L  K  D  S  D  E  F  L  V  V  A  T  T  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  T  F  F  G  D  T  A  V  M  V  H  P  D  D  E  R  Y  A  K  F  V  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  V  I  L  P  I  S  K  K  A  I  K  I  I  A  D  K  H  V  E  K  E  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  G  V  V  K  V  T  P  A  H  D  M  N  D  Y  E  V  G  L  R  H  N  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  I  S  V  F  D  E  K  G  I  L  N  E  H  C  L  E  F  Q  G  L  E  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  A  R  E  K  I  V  A  K  L  E  S  L  G  F  I  E  K  I  E  E  Y  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  I  G  Y  C  Y  R  C  N  N  I  V  E  P  Y  I  S  K  Q  W  F  V  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  I  A  Q  E  S  I  E  K  V  A  L  G  E  S  K  F  Y  P  N  H  W  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  F  N  A  W  M  K  D  L  R  D  W  C  I  S  R  Q  L  W  W  G  H  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  V  Y  Y  C  E  C  S  H  E  W  A  S  Q  H  T  P  K  T  C  P  K  C  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  Q  N  F  K  Q  D  E  D  V  L  D  T  W  F  S  S  G  L  W  A  M  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  S  S  G  L  W  A  M  -  - 
---------------------------------ACAAGTTTTAGGCGTATGTTGGCTTGCCCATTC------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  G  W  G  N  E  N  W  G  K  D  K  I  W  S  E  K  D  L  K  D  F  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 N  S  L  L  I  T  G  F  D  I  L  F  F  W  V  A  R  M  M  F  Q  S  T  N 
 -  -  L  L  I  T  G  F  D  I  L  F  F  .  V  A  R  M  M  F  Q  S  T  N 
------CCAAGCATTAAAGCTATTTATCCAGTGATTTGG---AAATTTACTTTCTCCAAGCGCAACTTTTTC

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  L  H  Q  L  P  F  K  D  I  Y  L  H  A  L  V  K  D  E  Q  G  R  K  M 
 V  -  -  -  -  -  F  .  D  I  Y  L  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M 
TAT---------------TTC---TTTTACAAACCATTG---------------------------GTTGCA

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  K  S  L  G  N  V  I  D  P  N  E  S  I  K  E  Y  S  A  D  I  L  R  F 
 S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACGATAACA---------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 T  L  A  L  L  A  I  Q  G  R  D  I  K  L  S  N  D  K  L  L  Q  V  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 F  T  N  K  I  Y  N  A  K  N  Y  L  L  L  N  E  S  K  F  E  D  L  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  T  L  H  S  E  L  A  K  Y  I  Y  A  K  F  Q  T  C  V  K  D  V  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 N  L  D  N  Y  R  F  N  D  A  A  N  T  L  Y  K  F  F  W  D  D  F  C  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 W  G  I  E  L  S  K  A  E  K  S  S  V  K  E  L  G  S  I  F  K  E  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 K  L  L  N  P  F  M  P  F  I  S  E  Y  L  Y  H  K  L  S  D  T  E  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 T  S  P  S  I  M  I  S  K  Y  P  K  F  K  E  Q  D  K  N  I  E  K  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 S  L  L  I  E  S  I  V  S  I  R  R  A  K  S  L  I  D  L  G  N  S  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  K  A  Y  I  K  F  N  D  K  K  I  K  D  E  I  K  A  Y  M  N  F  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 M  L  A  K  C  E  Q  I  E  F  S  E  E  K  L  P  K  A  I  C  D  V  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 N  L  E  I  F  I  T  L  E  N  V  D  L  S  G  I  L  T  R  L  E  N  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 N  K  L  E  K  E  S  F  K  L  N  S  M  L  S  N  E  K  F  I  A  N  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 K  E  V  V  E  Q  N  K  E  A  L  E  N  L  K  I  Q  L  E  K  I  S  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870
 L  Q  N  L  R  G 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

val_bact_B_thailandensis

Class I

Bacteria/Burkholderia thailandensis/amino acid sequences/Bthailandensis_val_aa

Bacteria/Burkholderia thailandensis/nucleotide sequences/Bthailandensis_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  D  T  T  L  A  K  S  F  E  P  Q  T  I  E  S  Q  W  G  P  E  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  R  G  Y  A  T  P  A  L  D  P  S  R  P  D  F  S  I  Q  L  P  P  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  I  Q  L  P  P  .  N 
------------------------------------------------TCGATCCAGTTGCCGCCC---AAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  T  G  T  L  H  M  G  H  A  F  N  Q  T  I  M  D  G  L  V  R  Y  H  R 
 V  T  G  T  L  H  M  G  H  A  F  N  Q  T  I  M  D  G  L  V  R  Y  -  - 
GTGACGGGCACGCTGCACATGGGCCACGCGTTCAATCAGACGATCATGGACGGGCTCGTGCGCTAC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 M  L  G  H  N  T  L  W  V  P  G  T  D  H  A  G  I  A  T  Q  I  V  V  E 
 -  -  -  -  -  -  L  W  V  P  G  T  D  H  A  G  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------CTGTGGGTGCCCGGCACCGACCACGCGGGC------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  Q  L  D  A  Q  G  V  S  R  H  D  L  G  R  E  K  F  V  E  R  V  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  K  E  Q  S  G  S  T  I  T  G  Q  V  R  R  I  G  A  S  P  D  W  S  R 
 -  -  E  Q  S  G  S  T  I  T  G  Q  V  R  R  I  .  .  .  .  D  -  -  R 
------GAGCAGTCCGGCTCGACGATCACGGGCCAGGTTCGCCGCATC------------GAT------CGC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  Y  F  T  M  N  D  K  M  S  E  A  V  R  E  V  F  V  R  L  Y  E  Q  G 
 E  Y  F  T  M  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGTACTTCACGATGAAC------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  I  Y  R  G  K  R  L  V  N  W  D  P  V  L  L  T  A  V  S  D  L  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  S  E  E  E  N  G  H  L  W  H  I  R  Y  P  L  A  D  G  S  G  H  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  A  T  T  R  P  E  T  M  L  G  D  V  A  V  M  V  H  P  E  D  E  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  H  L  V  G  Q  R  V  K  L  P  L  C  D  R  E  I  P  I  I  A  D  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  D  R  E  F  G  T  G  V  V  K  V  T  P  A  H  D  F  N  D  Y  Q  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Q  R  H  Q  L  A  P  I  E  I  L  T  L  D  A  K  I  N  D  N  A  P  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  R  G  L  D  R  F  D  A  R  K  A  V  V  D  E  L  D  A  Q  G  F  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  V  K  P  H  K  L  M  V  P  R  G  D  R  T  G  V  V  I  E  P  M  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  Q  W  F  V  A  M  T  K  P  A  P  E  G  T  F  H  P  G  K  S  I  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  S  L  D  V  V  R  R  G  Q  I  K  F  V  P  E  N  W  T  T  T  Y  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 W  L  E  N  I  Q  D  W  C  I  S  R  Q  L  W  W  G  H  Q  I  P  A  W  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  E  N  G  E  I  F  V  A  R  S  E  E  D  A  R  A  Q  A  A  A  K  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  G  A  L  R  R  D  D  D  V  L  D  T  W  F  S  S  A  L  V  P  F  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  S  S  A  L  V  P  F  -  - 
---------------------------------GACACGTGGTTCTCGTCGGCGCTCGTGCCGTTC------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  G  W  P  N  E  T  P  E  M  K  H  F  L  P  S  S  V  L  V  T  G  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  V  T  G  F  D 
---------------------------------------------------GTGCTCGTCACCGGCTTCGAC

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  I  F  F  W  V  A  R  M  V  M  M  T  T  H  F  T  G  K  V  P  F  E  T 
 I  I  F  F  .  V  A  R  M  V  M  M  T  T  H  F  -  -  -  -  -  F  .  T 
ATCATCTTCTTC---GTCGCCCGGATGGTGATGATGACGACGCACTTC---------------TTC---ACC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  Y  V  H  G  L  V  R  D  A  E  G  Q  K  M  S  K  S  K  G  N  T  L  D 
 V  Y  V  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  - 
GTGTACGTGCAC---------------------------AAGATGTCGAAGAGC------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 P  I  D  I  V  D  G  I  G  L  D  A  L  V  A  K  R  T  T  G  L  M  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 K  Q  A  A  S  I  E  K  K  T  R  K  E  F  P  D  G  I  P  A  F  G  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 A  L  R  F  T  M  A  S  M  A  T  L  G  R  N  V  N  F  D  L  A  R  C  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 G  Y  R  N  F  C  N  K  L  W  N  A  T  R  F  V  L  M  N  C  E  G  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 C  G  F  D  K  P  E  V  C  G  A  G  D  C  G  P  G  G  Y  L  D  F  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 A  D  R  W  I  V  S  L  M  Q  R  V  E  A  D  I  A  K  G  F  A  D  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 F  D  N  I  A  N  A  I  Y  K  F  V  W  D  E  Y  C  D  W  Y  L  E  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 K  V  Q  I  Q  N  G  T  P  E  Q  Q  R  A  T  R  R  T  L  L  R  V  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 T  V  L  R  L  A  H  P  I  I  P  F  I  T  E  A  L  W  Q  K  V  A  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 A  G  R  Y  P  A  G  K  A  E  G  E  A  S  L  M  V  Q  A  Y  P  V  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 P  K  K  L  D  E  A  S  E  Q  W  A  A  E  L  K  A  V  V  D  A  C  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 L  R  G  E  M  N  L  S  P  A  T  K  V  P  L  L  A  A  G  D  A  A  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 R  A  F  A  P  Y  V  Q  A  L  A  R  L  S  E  V  R  V  L  P  D  E  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 L  D  A  D  A  H  G  A  P  I  A  I  V  G  D  N  K  L  V  L  K  V  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 D  V  A  A  E  R  E  R  L  S  K  E  I  A  R  L  E  G  E  I  A  K  C  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 A  K  L  G  N  E  A  F  V  A  K  A  P  P  A  V  V  E  Q  E  Q  K  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955
 A  E  F  R  N  T  L  T  K  L  G  A  Q  L  A  R  L  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

val_bact_S_elongatus

Class I

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_val_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  T  S  A  S  Q  L  Q  T  Q  Y  S  P  A  A  T  E  V  R  W  Q  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  E  E  T  S  A  F  Q  A  N  S  Q  S  S  A  E  P  Y  C  I  V  I  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  I  V  I  P  P 
------------------------------------------------------TGCATTGTAATTCCGCCG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  N  V  T  G  S  L  H  M  G  H  A  F  E  A  S  L  I  D  V  L  I  R  F 
 .  N  V  T  G  S  L  H  M  G  H  A  F  E  A  S  L  I  D  V  L  I  R  F 
---AATGTGACAGGGAGCCTGCACATGGGCCATGCTTTTGAAGCCTCGCTGATTGATGTTTTAATTCGTTTT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  R  M  R  G  K  N  A  L  W  L  P  G  T  D  H  A  S  I  A  V  Q  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  W  L  P  G  T  D  H  A  S  -  -  -  -  -  - 
------------------------TTATGGCTACCTGGAACTGACCACGCCAGT------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  D  R  Q  L  R  E  E  G  L  S  R  Y  D  L  G  R  E  K  F  L  E  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  Q  W  K  A  E  S  G  G  T  I  V  G  Q  L  R  R  L  G  V  S  V  D  W 
 -  -  -  -  A  E  S  G  G  T  I  V  G  Q  L  R  R  L  .  .  .  .  D  - 
------------GCTGAATCAGGTGGAACGATTGTTGGTCAACTGCGGCGTTTA------------GAC---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  R  E  R  F  T  M  D  E  G  L  S  K  A  V  L  E  A  F  I  Q  L  Y  E 
 -  R  E  R  F  T  M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CGTGAACGCTTCACGATGGAT------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  G  L  I  Y  R  G  Q  Y  L  V  N  W  C  P  A  S  Q  S  A  V  S  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  V  E  M  K  E  V  D  G  S  L  W  Y  F  R  Y  P  L  T  D  G  S  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  E  V  A  T  T  R  P  E  T  M  L  G  D  T  A  V  A  V  N  P  Q  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  Y  Q  H  L  I  G  K  T  I  T  L  P  L  V  Q  R  E  I  P  I  I  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  W  V  E  A  E  F  G  T  G  C  V  K  V  T  P  A  H  D  P  N  D  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  G  Q  R  H  Q  L  P  L  I  T  V  M  N  K  D  G  T  M  N  E  N  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  F  E  G  L  D  R  F  E  A  R  K  A  V  V  A  A  L  E  E  A  G  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  K  V  E  D  Y  R  H  S  I  P  I  S  D  R  G  K  V  P  V  E  P  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  T  Q  W  F  V  K  I  E  P  L  A  Q  R  A  L  E  A  L  N  G  E  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  R  F  V  P  E  R  W  T  K  V  Y  R  D  W  L  E  N  L  R  D  W  C  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  R  Q  L  W  W  G  H  Q  I  P  A  W  Y  A  V  S  E  T  N  G  V  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  S  T  P  F  V  V  A  K  S  A  E  E  A  Q  Q  Q  A  I  A  Q  F  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  V  V  L  Q  Q  D  E  D  V  L  D  T  W  F  S  S  G  L  W  P  F  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  S  S  G  L  W  P  F  -  - 
---------------------------------GATACCTGGTTCTCATCTGGTTTATGGCCATTT------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  G  W  P  N  Q  T  E  D  L  E  T  F  Y  P  T  S  T  L  V  T  G  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  L  V  T  G  F  D 
---------------------------------------------------ACCTTAGTCACGGGTTTCGAC

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  I  F  F  W  V  A  R  M  T  M  M  A  G  H  F  T  G  K  M  P  F  K  D 
 I  I  F  F  .  V  A  R  M  T  M  M  A  G  H  F  -  -  -  -  -  F  .  D 
ATCATCTTTTTC---GTGGCTCGGATGACGATGATGGCGGGTCACTTC---------------TTT---GAT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  Y  I  H  G  L  V  R  D  E  N  N  K  K  M  S  K  S  A  G  N  G  I  D 
 V  Y  I  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  - 
GTCTATATCCAC---------------------------AAGATGTCAAAATCA------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 P  L  I  L  I  D  R  Y  G  T  D  A  L  R  Y  A  L  I  R  E  V  V  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  Q  D  I  R  L  D  Y  N  R  K  T  D  E  S  A  T  V  E  T  S  R  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 A  N  K  V  W  N  A  S  R  F  V  M  L  N  L  D  D  K  T  P  E  Q  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 M  A  A  T  A  D  L  E  L  A  D  R  W  I  L  S  R  Y  H  A  T  T  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 L  I  N  Q  I  E  A  Y  D  L  G  A  A  A  K  Q  L  Y  E  F  I  W  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 F  C  D  W  Y  I  E  L  V  K  P  R  L  Y  G  E  D  A  Q  S  R  L  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 Q  Q  T  L  A  Q  I  L  E  G  I  L  R  L  L  H  P  F  M  P  H  V  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 E  I  W  H  T  L  N  Q  V  G  E  D  Q  F  L  A  L  Q  S  F  P  Q  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 S  E  W  I  Q  P  E  L  D  R  E  F  Q  L  M  I  D  V  I  R  T  L  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  R  A  E  A  G  L  K  P  G  Q  K  I  T  A  I  L  Q  S  D  S  E  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 R  C  N  L  E  Q  S  Q  A  Y  I  R  D  L  T  K  T  E  M  L  T  I  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 S  L  T  E  E  P  Q  A  L  V  G  V  T  A  T  V  Q  V  L  L  P  L  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 L  V  D  L  A  A  L  Q  T  K  L  S  R  N  L  E  K  V  E  K  E  I  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 L  S  G  R  L  N  S  S  N  F  V  D  K  A  P  A  E  V  V  A  E  T  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909
 N  L  L  E  A  E  K  Q  A  E  L  L  R  D  R  L  T  R  L  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

val_bact_T_thermophilus

Class I

Bacteria/Thermus thermophilus/amino acid sequences/Tthermophilus_val_aa

Bacteria/Thermus thermophilus/nucleotide sequences/Tthermophilus_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  L  P  K  A  Y  D  P  K  S  V  E  P  K  W  A  E  K  W  A  K  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  V  A  N  P  K  S  G  K  P  P  F  V  I  F  M  P  P  P  N  V  T  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  I  F  M  P  P  .  N  V  T  G  S 
------------------------------------GCCGGGGGAGGCGAGCTT---CTGGCTCCGCTCCGC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  H  M  G  H  A  L  D  N  S  L  Q  D  A  L  I  R  Y  K  R  M  R  G  F 
 L  H  M  G  H  A  L  D  N  S  L  Q  D  A  L  I  R  Y  -  -  -  -  -  - 
CAGGGCCAAAAGCTCCTTGAGCCGCTTCTCCTGGCGGCGCCGCCACTCCTCCAC------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  A  V  W  L  P  G  T  D  H  A  G  I  A  T  Q  V  V  V  E  R  L  L  L 
 -  -  V  W  L  P  G  T  D  H  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GCGGGCCGTCACCCGGGGCATGGCCTTGAC------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  E  G  K  T  R  H  D  L  G  R  E  K  F  L  E  R  V  W  Q  W  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  E 
------------------------------------------------------------------CCGCAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  G  G  T  I  L  K  Q  L  K  R  L  G  A  S  A  D  W  S  R  E  A  F  T 
 S  G  G  T  I  L  K  Q  L  K  R  L  .  .  .  .  D  -  -  R  E  A  F  T 
CTCCTGGGCCGGGGGGAGCCCGGCCTCGGCCTTCAG------------CGT------CTGCTTCAGGGCCTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  D  E  K  R  S  R  A  V  R  Y  A  F  S  R  Y  Y  H  E  G  L  A  Y  R 
 M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAAGGC------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  P  R  L  V  N  W  C  P  R  C  E  T  T  L  S  D  L  E  V  E  T  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  P  G  K  L  Y  T  L  R  Y  E  V  E  G  G  G  F  I  E  I  A  T  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  E  T  V  F  A  D  Q  A  I  A  V  H  P  E  D  E  R  Y  R  H  L  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  R  A  R  I  P  L  T  E  V  W  I  P  I  L  A  D  P  A  V  E  K  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  T  G  A  L  K  V  T  P  A  H  D  P  L  D  Y  E  I  G  E  R  H  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  P  V  S  V  I  N  L  E  G  R  M  E  G  E  R  V  P  E  A  L  R  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  R  F  E  A  R  R  K  A  V  E  L  F  R  E  A  G  H  L  V  K  E  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  T  I  A  L  A  T  C  S  R  C  G  T  P  I  E  Y  A  I  F  P  Q  W  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  R  M  R  P  L  A  E  E  V  L  K  G  L  R  R  G  D  I  A  F  V  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  W  K  K  V  N  M  D  W  L  E  N  V  K  D  W  N  I  S  R  Q  L  W  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  H  Q  I  P  A  W  Y  C  E  D  C  Q  A  V  N  V  P  R  P  E  R  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  D  P  T  S  C  E  A  C  G  S  P  R  L  K  R  D  E  D  V  F  D  T  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W 
---------------------------------------------------------------GTGCCCCCA

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  S  S  A  L  W  P  L  S  T  L  G  W  P  E  E  T  E  D  L  K  A  F  Y 
 F  S  S  A  L  W  P  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCAGAGCTGGCGGGAGATGTTCCA------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  G  D  V  L  V  T  G  Y  D  I  L  F  L  W  V  S  R  M  E  V  S  G  Y 
 -  -  -  V  L  V  T  G  Y  D  I  L  F  L  .  V  S  R  M  E  V  S  G  Y 
---------GGCGATGTCCCCCCGCCTTAGGCCCTTTAGGAC---CTCCGCAAGGGGCCTCATCCTGAGCCA

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 H  F  M  G  E  R  P  F  K  T  V  L  L  H  G  L  V  L  D  E  K  G  Q  K 
 H  F  -  -  -  -  -  F  .  T  V  L  L  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
CCACTG---------------CTC---GGGGGTGCCGCAGCG---------------------------GTC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 M  S  K  S  K  G  N  V  I  D  P  L  E  M  V  E  R  Y  G  A  D  A  L  R 
 M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCCTCCTTCAC------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 F  A  L  I  Y  L  A  T  G  G  Q  D  I  R  L  D  L  R  W  L  E  M  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 N  F  A  N  K  L  Y  N  A  A  R  F  V  L  L  S  R  E  G  F  Q  A  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 D  T  P  T  L  A  D  R  F  M  R  S  R  L  S  R  G  V  E  E  I  T  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 Y  E  A  L  D  L  A  Q  A  A  R  E  V  Y  E  L  V  W  S  E  F  C  D  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Y  L  E  A  A  K  P  A  L  K  A  G  N  A  H  T  L  R  T  L  E  E  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 A  V  L  L  K  L  L  H  P  M  M  P  F  L  T  S  E  L  Y  Q  A  L  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 K  E  E  L  A  L  E  A  W  P  E  P  G  G  R  D  E  E  A  E  R  A  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 A  L  K  Q  A  V  T  A  V  R  A  L  K  A  E  A  G  L  P  P  A  Q  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 R  V  Y  L  E  G  E  T  A  P  V  E  E  N  L  E  V  F  R  F  L  S  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 D  L  L  P  E  R  P  A  K  A  L  V  K  A  M  P  R  V  T  A  R  M  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  G  L  L  D  V  E  E  W  R  R  R  Q  E  K  R  L  K  E  L  L  A  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  R  S  Q  R  K  L  A  S  P  G  F  R  E  K  A  P  K  E  V  V  E  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862
 E  A  R  L  K  E  N  L  E  Q  A  E  R  I  R  E  A  L  S  Q  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

val_bact_T_maritima

Class I

Bacteria/Thermotoga maritima/amino acid sequences/Tmaritima_val_aa

Bacteria/Thermotoga maritima/nucleotide sequences/Tmaritima_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  E  L  S  T  R  Y  N  P  A  E  I  E  T  K  W  Y  R  Y  W  E  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  Y  F  T  P  K  G  V  G  E  K  F  S  I  V  I  P  P  P  N  I  T  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  I  V  I  P  P  .  N  I  T  G  R 
------------------------------------GTCTTTGTTTGCGAGTTT---CTCCAGACGATCTAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  H  M  G  H  A  L  N  I  T  L  Q  D  I  V  V  R  Y  K  R  M  K  G  Y 
 I  H  M  G  H  A  L  N  I  T  L  Q  D  I  V  V  R  Y  -  -  -  -  -  - 
TTCTTTCTGGATCTTCTCCATGATCTGTTTCAATCTCTCTTTTTCCTTTTCGAA------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  V  L  W  V  P  G  E  D  H  A  G  I  A  T  Q  N  A  V  E  K  F  L  L 
 -  -  L  W  V  P  G  E  D  H  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ATAGGCCTCTATTTCCTCTTCAACGTAGGC------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  T  Q  G  K  T  R  E  E  I  G  R  E  K  F  L  E  I  T  W  E  W  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N 
---------------------------------------------------------------------GTA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  Y  R  R  E  I  R  E  Q  I  K  A  L  G  A  S  V  D  W  T  R  E  R  F 
 K  Y  R  R  E  I  R  E  Q  I  K  A  L  .  .  .  .  D  -  -  R  E  R  F 
CACCTTCACTCTCTGAGACTGCGGCAGATTCATCTCGGC------------GAC------CACCATGTTCAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  L  D  E  G  L  S  R  A  V  R  K  V  F  V  E  L  Y  R  K  G  L  I  Y 
 T  L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGCCTGGT---------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  G  K  Y  I  V  N  W  C  P  R  C  K  T  V  L  S  D  E  E  V  E  H  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  H  K  S  K  L  Y  Y  V  K  Y  P  V  K  D  S  D  E  Y  I  V  V  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  R  P  E  T  M  L  G  D  T  A  V  A  V  H  P  E  D  E  R  Y  K  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  G  K  T  L  I  L  P  L  V  G  R  E  I  P  V  V  A  D  K  Y  V  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  F  G  T  G  A  V  K  V  T  P  A  H  D  P  N  D  Y  L  I  A  Q  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  L  P  M  I  E  I  F  D  D  N  A  R  I  N  E  N  G  G  K  Y  K  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  R  Y  E  A  R  E  K  I  V  K  D  L  E  E  Q  G  F  L  V  K  I  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  T  H  S  V  G  H  C  Y  R  C  D  T  V  I  E  P  K  L  S  D  Q  W  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  S  T  K  P  L  A  K  R  A  I  E  A  V  E  N  G  E  I  R  F  F  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  W  T  K  V  Y  L  N  W  M  Y  E  I  R  D  W  C  I  S  R  Q  L  W  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  H  R  I  P  V  W  Y  C  Q  D  C  G  H  L  N  V  S  E  E  D  V  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 C  E  K  C  G  S  T  N  L  K  Q  D  E  D  V  L  D  T  W  F  S  S  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  S  S  A  L 
------------------------------------------------CTGACAGTACCAGACGGGAATCCT

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 W  P  F  S  T  L  G  W  P  E  E  T  E  D  L  K  R  Y  Y  P  T  D  L  L 
 W  P  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L 
GTGGCCCCA---------------------------------------------------------CTTCGT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  T  G  F  D  I  I  F  F  W  V  A  R  M  I  M  M  G  Y  E  F  M  N  D 
 V  T  G  F  D  I  I  F  F  .  V  A  R  M  I  M  M  G  Y  E  F  -  -  - 
CCATCTCTCCGGGAAGAACCTTATCTC---ATTTTCTACGGCCTCAATAGCTCTTTTGGCAAG---------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  P  F  S  H  V  Y  I  H  Q  L  V  R  D  K  Y  G  R  K  M  S  K  S  L 
 -  -  F  .  H  V  Y  I  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  - 
------GAA---CTGGTCGGAAAGCTT---------------------------GCAGTGCCCAACAGA---

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  N  G  I  D  P  L  E  V  I  D  E  Y  G  A  D  P  M  R  F  T  L  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  A  A  Q  G  R  D  I  K  L  D  P  R  Y  F  D  A  Y  K  K  F  A  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 I  W  N  A  T  R  F  V  L  M  N  L  E  D  Y  K  E  V  P  L  E  N  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 T  V  D  K  W  I  L  T  R  L  N  K  T  V  E  E  V  T  N  A  L  E  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  F  N  I  A  A  R  T  I  Y  N  F  F  W  D  D  F  C  D  W  Y  I  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 S  K  P  R  L  K  T  E  E  R  N  L  V  Q  T  V  L  V  K  V  L  D  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 L  R  L  L  H  P  F  M  P  F  L  T  E  E  L  W  Q  K  L  P  V  A  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 S  I  T  I  A  K  W  P  E  I  E  R  E  L  I  D  E  T  A  E  K  E  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 R  L  M  N  M  V  R  G  V  R  N  V  R  A  E  M  N  L  P  Q  S  Q  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 K  V  Y  I  K  G  Y  E  V  T  E  E  E  E  L  L  L  K  T  L  G  N  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 E  V  S  F  V  N  E  K  P  P  K  T  A  T  A  Y  V  E  E  E  I  E  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 V  D  L  G  G  L  I  D  F  E  K  E  K  E  R  L  K  Q  I  M  E  K  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 K  E  I  D  R  L  E  K  K  L  A  N  K  D  F  V  E  K  A  P  E  E  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 E  E  T  K  E  K  L  N  T  N  R  E  R  L  A  R  L  E  S  I  L  R  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865
 E 
 - 
---

val_bact_C_thermalis

Class I

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/amino acid sequences/Cthermalis_val_aa

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/nucleotide sequences/Cthermalis_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  A  T  I  P  N  L  P  S  L  Y  D  P  F  T  T  E  A  K  W  Q  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  E  D  N  Q  V  Y  K  A  D  P  Q  R  G  G  E  P  Y  C  I  V  I  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  I  V  I  P  P 
------------------------------------------------------TGCATCGTCATTCCTCCT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  N  V  T  G  S  L  H  M  G  H  A  F  D  N  T  L  I  D  S  L  I  R  Y 
 .  N  V  T  G  S  L  H  M  G  H  A  F  D  N  T  L  I  D  S  L  I  R  Y 
---AACGTGACTGGTAGCCTCCACATGGGTCACGCCTTCGATAACACGCTGATAGATTCCCTGATCCGCTAC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  R  M  K  G  Y  N  A  L  Y  L  P  G  T  D  H  A  S  I  A  V  H  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  L  P  G  T  D  H  A  S  -  -  -  -  -  - 
------------------------CTATATCTCCCTGGAACCGACCACGCCAGT------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  E  K  Q  L  Q  A  E  G  K  T  R  Y  E  L  G  R  E  K  F  L  E  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  Q  W  K  D  S  S  K  G  T  I  V  G  Q  L  R  R  L  G  V  S  V  D  W 
 -  -  -  -  D  S  S  K  G  T  I  V  G  Q  L  R  R  L  .  .  .  .  D  - 
------------GACTCATCTAAGGGTACAATTGTCGGTCAACTGCGCCGCTTG------------GAT---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  R  E  R  F  T  M  D  E  G  L  N  K  A  V  I  E  E  F  V  R  F  H  E 
 -  R  E  R  F  T  M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CGGGAACGCTTCACGATGGAT------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  G  L  I  Y  R  S  K  Y  L  V  N  W  C  P  A  T  Q  S  A  V  S  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  V  E  N  K  E  V  N  G  H  L  W  H  F  R  Y  P  L  T  D  G  S  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  E  L  A  T  T  R  P  E  T  M  L  G  D  T  A  V  A  V  N  P  N  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  Y  K  H  L  I  G  K  T  L  T  L  P  I  M  Q  R  E  I  P  V  I  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  F  V  D  P  E  F  G  T  G  C  V  K  V  T  P  A  H  D  P  N  D  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  G  Q  R  H  D  L  P  F  I  N  I  M  N  K  D  G  T  L  N  E  N  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  F  Q  G  Q  D  R  F  V  A  R  K  N  V  V  K  R  L  E  A  D  G  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  K  V  E  E  Y  K  H  A  V  P  Y  S  D  R  G  K  V  P  I  E  P  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  T  Q  W  F  V  K  I  R  P  L  A  D  R  T  L  S  F  L  D  E  Q  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  Q  F  V  P  Q  R  W  T  K  V  Y  R  D  W  L  V  K  L  R  D  W  C  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  R  Q  L  W  W  G  H  Q  I  P  A  W  Y  A  V  S  E  T  G  G  E  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  N  T  P  F  V  V  A  R  S  E  A  E  A  R  E  K  A  N  A  Q  F  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  V  K  L  E  Q  D  P  D  V  L  D  T  W  F  S  S  G  L  W  P  F  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  S  S  G  L  W  P  F  -  - 
---------------------------------GATACGTGGTTTTCTTCGGGATTATGGCCCTTT------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  G  W  P  D  R  T  E  D  L  E  F  Y  Y  P  T  A  T  L  V  T  G  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  L  V  T  G  F  D 
---------------------------------------------------ACCCTAGTCACGGGATTTGAC

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  I  F  F  W  V  A  R  M  T  M  L  G  G  H  F  T  G  Q  M  P  F  K  D 
 I  I  F  F  .  V  A  R  M  T  M  L  G  G  H  F  -  -  -  -  -  F  .  D 
ATTATCTTCTTT---GTGGCAAGAATGACCATGCTAGGGGGGCATTTT---------------TTC---GAT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  Y  I  H  G  L  V  L  D  E  N  G  K  K  M  S  K  S  A  G  N  G  I  D 
 V  Y  I  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  - 
GTTTACATCCAC---------------------------AAAATGTCCAAGTCA------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 P  L  L  L  M  D  K  Y  G  T  D  A  L  R  Y  T  L  V  K  E  V  V  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  Q  D  I  R  L  D  Y  N  R  Q  K  D  E  S  A  S  V  E  A  S  R  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 A  N  K  L  W  N  A  A  R  F  V  M  M  N  L  D  G  K  T  P  Q  Q  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 V  E  A  L  H  A  T  S  L  Q  L  S  D  R  W  I  L  S  R  Y  H  Q  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 K  Q  S  T  D  Y  I  D  N  Y  G  L  G  E  A  A  K  G  L  Y  E  F  I  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 G  D  F  C  D  W  Y  I  E  L  V  K  S  R  L  F  Q  K  D  A  E  G  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 S  R  L  V  A  Q  Q  T  L  A  Y  V  L  E  G  I  L  K  L  L  H  P  F  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 P  H  I  T  E  E  I  W  H  T  L  T  Q  S  E  E  G  Q  S  I  S  V  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 Y  P  E  S  D  A  T  L  I  D  S  E  L  E  Q  Q  F  E  L  L  I  E  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 R  T  L  R  N  L  R  A  E  A  G  I  K  P  G  V  K  V  K  A  V  M  Q  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  S  D  R  E  R  Q  I  L  T  S  S  E  L  Y  I  Q  D  L  A  K  V  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 L  T  I  T  S  A  L  E  T  A  L  E  P  A  I  A  D  V  V  G  T  V  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 L  I  P  L  A  G  V  V  D  V  A  V  L  K  A  K  L  E  K  S  L  S  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 Q  A  E  A  K  S  L  S  A  R  L  S  N  P  T  F  V  D  K  A  P  A  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 V  Q  G  A  K  D  A  L  A  E  A  E  K  Q  I  E  I  L  Q  A  R  L  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914
 L  K 
 -  - 
------

val_bact_M_smegmatis

Class I

Bacteria/Mycobacterium smegmatis/amino acid sequences/Msmegmatis_val_aa

Bacteria/Mycobacterium smegmatis/nucleotide sequences/Msmegmatis_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  A  S  P  E  N  R  A  D  A  L  P  K  S  W  D  P  G  A  V  E  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  Y  Q  G  W  V  D  A  G  Y  F  T  A  D  P  A  S  D  K  P  P  Y  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  I 
------------------------------------------------------------------GCGCCG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  L  P  P  P  N  V  T  G  S  L  H  M  G  H  A  L  D  H  T  L  M  D  V 
 V  L  P  P  .  N  V  T  G  S  L  H  M  G  H  A  L  D  H  T  L  M  D  V 
TTCGGCCTCGAC---GACAGTGCCCGACGTGTCGACCTCGACCACGACGGTGCCCTGCGACAGGCGCACCTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  T  R  R  K  R  M  Q  G  Y  E  V  L  W  L  P  G  M  D  H  A  G  I  A 
 L  T  R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  L  W  L  P  G  M  D  H  A  G  -  - 
GACCGACGCCGA------------------------GGTGAGCCACGCGAGCGCGGCGACGGCGGG------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  Q  T  V  V  E  K  Q  L  A  A  D  G  K  T  K  E  D  L  G  R  E  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  A  K  V  W  D  W  K  R  E  S  G  G  T  I  G  G  Q  M  R  R  L  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  S  G  G  T  I  G  G  Q  M  R  R  L  .  D 
------------------------GATGAGCTTCTGCATATCGGTGATGCGTTGTGTCGCAACGGT---CGG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  V  D  W  S  R  D  R  F  T  M  D  E  G  L  S  R  A  V  R  T  I  F  K 
 -  -  -  -  -  R  D  R  F  T  M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CTCGGGCCACGTCGCGACCAC------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  L  F  D  A  G  L  I  Y  Q  A  E  R  L  V  N  W  S  P  V  L  E  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  S  D  L  E  V  K  Y  E  D  V  E  G  E  L  V  S  F  R  Y  G  S  M  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  D  E  P  H  I  V  V  A  T  T  R  V  E  T  M  L  G  D  T  A  I  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  P  D  D  E  R  Y  R  H  L  V  G  K  T  L  P  H  P  F  V  D  R  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  I  V  A  D  T  H  V  D  P  E  F  G  T  G  A  V  K  V  T  P  A  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  N  D  F  E  I  G  M  R  H  G  L  P  M  P  T  I  M  D  T  K  G  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  D  T  G  T  Q  F  D  G  M  D  R  F  E  A  R  V  K  V  R  E  A  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  Q  G  R  I  V  A  E  K  R  P  Y  L  H  S  V  G  H  S  E  R  S  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  I  E  P  R  L  S  L  Q  W  W  V  K  V  E  S  L  A  K  A  A  G  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  R  N  G  D  T  V  I  H  P  P  S  L  E  P  R  W  F  A  W  V  D  N  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 H  D  W  C  I  S  R  Q  L  W  W  G  H  R  I  P  I  W  H  G  P  D  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  V  C  V  G  P  D  E  T  P  P  E  G  W  E  Q  D  P  D  V  L  D  T  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W 
---------------------------------------------------------------TCCCCACCA

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  S  S  A  L  W  P  F  S  T  M  G  W  P  D  H  T  P  E  L  A  K  F  Y 
 F  S  S  A  L  W  P  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAACTGCCGCGAGATGCACCAATC------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  T  S  V  L  V  T  G  Y  D  I  L  F  F  W  V  A  R  M  M  M  F  G  T 
 -  -  -  V  L  V  T  G  Y  D  I  L  F  F  .  V  A  R  M  M  M  F  G  T 
---------GGTGTCGCCGTTGCGCACCGCGTCACCCGCGGC---GGCGAGCGACTCGACCTTGACCCACCA

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  V  G  D  D  P  A  V  T  L  E  G  A  R  G  R  Q  V  P  F  E  N  V  F 
 F  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  .  N  V  F 
CTGCAG---------------------------------------------------GTG---GTACGGGCG

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  H  G  L  I  R  D  E  F  G  R  K  M  S  K  S  R  G  N  G  I  D  P  L 
 L  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTCTC---------------------------CGCCTCGCGCACCTT------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  W  V  E  K  F  G  A  D  A  L  R  F  T  L  A  R  G  A  S  P  G  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  S  I  G  E  D  H  A  R  A  S  R  N  F  A  T  K  L  F  N  A  T  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 A  L  M  N  G  A  A  P  A  P  L  P  A  A  S  E  L  T  D  A  D  R  W  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 L  G  R  L  E  E  V  R  A  E  V  D  S  A  F  D  N  Y  E  F  N  R  A  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 E  A  L  Y  H  F  A  W  D  E  F  C  D  W  Y  V  E  L  A  K  V  Q  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 Q  E  E  V  H  T  A  R  T  T  A  V  L  A  A  V  L  D  T  L  L  K  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 H  P  V  M  P  F  V  T  E  T  L  W  K  T  L  T  G  G  E  S  V  V  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 T  W  P  E  P  S  G  F  A  P  D  T  V  A  T  Q  R  I  T  D  M  Q  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 I  T  E  V  R  R  F  R  S  D  Q  G  L  A  D  R  Q  K  V  P  A  R  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 D  V  E  A  A  G  L  T  A  Q  L  P  A  V  A  A  L  A  W  L  T  E  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 D  G  F  S  P  S  A  S  V  E  V  R  L  S  Q  G  T  V  V  V  E  V  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 S  G  T  V  D  V  E  A  E  R  R  R  L  E  K  D  L  G  G  R  P  E  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 G  H  H  H  G  Q  T  R  Q  R  G  L  P  V  Q  G  A  R  P  G  G  R  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872
 P  G  Q  A  S  P  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

val_bact_M_mobile

Class I

Bacteria/Mycoplasma mobile/amino acid sequences/Mmobile_val_aa

Bacteria/Mycoplasma mobile/nucleotide sequences/Mmobile_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  K  I  Y  N  H  K  I  V  E  K  D  K  N  E  K  W  I  K  K  E  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  T  H  D  L  T  K  K  P  F  S  I  L  L  P  P  P  N  V  T  G  K  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  I  L  L  P  P  .  N  V  T  G  K  L  H 
------------------------------TCTATCTTGTTACCTCCT---AATGTAACAGGAAAATTACAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  G  H  A  W  N  T  T  L  Q  D  F  L  I  R  L  K  R  L  Q  G  Y  D  V 
 I  G  H  A  W  N  T  T  L  Q  D  F  L  I  R  L  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTGGGCATGCTTGAAATACAACTCTTCAAGATTTTTTAATTAGATTA------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  W  L  P  G  T  D  H  A  G  I  A  T  Q  A  K  V  E  K  R  L  L  D  Q 
 L  W  L  P  G  T  D  H  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTGTGATTACCAGGAACTGATCATGCAGGT------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  I  F  K  S  D  L  T  K  E  E  L  F  E  K  A  M  D  W  K  N  E  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  E  Y  A 
------------------------------------------------------------AATGAATATGCA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  E  I  K  K  Q  W  S  K  L  G  L  A  L  D  Y  K  K  E  R  F  T  L  D 
 N  E  I  K  K  Q  W  S  K  L  .  .  .  .  D  -  -  K  E  R  F  T  L  D 
AACGAAATAAAAAAACAATGGTCAAAATTA------------GAT------AAAGAAAGATTTACATTAGAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  L  S  N  K  A  V  N  D  I  F  V  M  L  Y  K  D  G  Y  I  Y  R  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  A  I  Y  Y  D  T  F  L  Q  T  S  L  S  N  I  E  V  I  N  V  E  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  K  M  Y  Y  L  K  Y  F  L  E  N  S  N  S  E  Y  V  L  V  A  T  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  E  T  L  A  S  D  V  A  L  I  I  N  P  N  D  K  K  N  S  H  Y  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  N  F  V  N  P  L  T  K  K  I  I  K  M  H  S  D  D  Y  A  I  M  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  S  G  I  V  K  I  S  A  H  D  M  N  D  F  D  V  I  K  R  L  N  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  I  E  T  I  D  K  F  G  K  M  T  N  A  I  P  E  F  E  N  M  S  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  A  R  E  N  I  V  L  K  L  K  K  E  N  L  I  D  K  I  E  N  I  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  I  I  M  S  E  R  S  N  T  V  A  E  V  L  V  M  P  Q  W  F  I  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  P  F  S  K  M  I  L  K  K  I  Q  N  E  N  E  D  D  K  K  V  L  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  K  K  F  E  N  I  L  K  I  W  M  Q  E  A  H  D  W  N  I  S  R  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 W  W  G  H  K  I  P  A  W  Y  D  E  K  G  N  I  K  V  Q  T  T  S  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  N  W  T  Q  D  Q  D  V  L  D  T  W  F  S  S  G  I  A  P  F  S  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  S  S  G  I  A  P  F  -  -  - 
------------------------------GATACTTGATTTAGTAGTGGCATTGCACCTTTT---------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  W  P  Q  K  S  E  F  L  K  R  Y  Y  P  T  S  V  I  V  T  A  Y  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  I  V  T  A  Y  D  I 
------------------------------------------------GTAATTGTGACAGCTTATGATATT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  F  F  W  V  A  R  M  Y  F  M  G  I  Y  S  M  K  N  I  P  F  K  K  A 
 I  F  F  .  V  A  R  M  Y  F  M  G  I  Y  S  -  -  -  -  -  F  K  .  A 
ATTTTCTTT---GTTGCAAGAATGTATTTTATGGGTATTTATTCT---------------TTCAAA---GCT

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  I  H  G  L  I  R  D  E  Q  G  R  K  M  S  K  S  L  G  N  G  I  D  P 
 L  I  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  - 
TTAATACAT---------------------------AAAATGTCAAAATCA---------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 M  D  L  I  E  K  Y  G  A  D  S  L  R  W  F  L  M  T  N  S  T  P  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  I  R  F  N  Y  D  K  I  E  S  A  W  S  L  I  N  K  I  W  N  I  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 Y  I  K  M  L  D  S  D  K  K  E  I  I  P  E  E  I  E  Q  N  A  N  S  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  L  E  K  F  E  N  L  K  I  L  I  Y  E  K  S  E  T  F  E  F  S  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 G  K  E  I  F  K  F  I  N  E  D  F  S  S  V  Y  I  E  I  I  K  G  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 S  K  E  F  I  S  K  I  W  S  N  F  L  I  L  L  H  P  F  L  P  F  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 D  H  L  Y  F  E  L  N  K  K  E  L  L  E  S  D  F  F  E  L  K  S  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 N  N  L  F  I  D  E  T  I  E  I  I  S  T  L  R  E  Y  R  T  R  F  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 S  H  K  I  D  L  N  Y  N  L  V  S  I  N  N  S  N  Q  C  D  F  N  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 L  K  K  Y  L  I  K  K  M  A  N  A  N  F  S  E  N  G  Q  I  F  F  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 N  N  Y  E  L  R  L  Q  I  P  E  E  V  K  K  E  E  E  T  I  R  I  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 I  L  F  L  E  S  E  I  K  R  S  Q  S  I  L  S  N  E  K  F  I  N  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839
 S  E  I  K  V  K  E  E  K  E  K  L  E  K  Y  I  K  E  F  E  E  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

val_bact_B_burgdorferi

Class I

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_val_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  C  R  P  L  E  K  Y  D  P  K  A  F  E  D  E  I  Y  T  K  W  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  N  V  F  L  P  D  N  S  L  F  E  K  F  S  M  V  A  P  P  P  N  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  M  V  A  P  P  .  N  V  T 
------------------------------------------AGTATGGTTGCGCCTCCT---AATGTTACT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  V  L  H  M  G  H  A  L  N  F  V  L  Q  D  V  L  V  R  Y  K  R  M  K 
 G  V  L  H  M  G  H  A  L  N  F  V  L  Q  D  V  L  V  R  Y  -  -  -  - 
GGCGTGTTGCACATGGGGCATGCTCTTAATTTTGTTTTGCAAGATGTTCTTGTAAGGTAT------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  H  N  T  L  W  L  F  G  T  D  H  A  G  I  A  T  Q  A  V  F  E  R  H 
 -  -  -  -  L  W  L  F  G  T  D  H  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TTGTGGCTTTTTGGCACAGATCATGCAGGA------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  K  K  I  G  K  S  K  D  D  F  E  R  E  E  L  V  Q  E  I  F  K  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  R  H  R  G  I  I  V  N  Q  I  N  K  L  G  A  S  Y  D  H  S  R  E  R 
 D  R  H  R  G  I  I  V  N  Q  I  N  K  L  .  .  .  .  D  -  -  R  E  R 
GATAGGCATAGAGGGATAATTGTTAATCAGATAAACAAACTT------------GAT------AGAGAAAGG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  T  L  D  E  N  L  C  K  A  V  N  K  V  F  K  D  L  Y  F  K  G  L  I 
 F  T  L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTACTCTTGAT------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  R  G  E  Y  L  V  N  L  D  P  G  S  G  S  V  V  S  D  E  E  I  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  E  V  D  G  K  L  Y  F  V  K  Y  F  I  D  N  S  S  F  I  E  V  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  R  P  E  T  M  F  G  D  T  A  I  A  V  N  P  N  D  E  R  Y  K  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  G  K  E  V  T  I  P  L  T  T  K  K  I  K  V  I  A  D  F  Y  V  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  F  G  T  G  A  L  K  V  T  P  A  H  D  P  N  D  F  E  I  S  K  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  I  S  K  V  N  I  L  T  Q  D  G  K  L  N  K  N  V  P  L  Q  Y  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  S  A  K  D  A  R  F  K  I  E  T  E  L  M  E  K  G  F  L  Q  D  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  H  K  Q  Q  V  G  H  C  Y  R  S  G  E  V  I  E  P  Y  L  S  T  Q  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  V  R  M  K  P  L  A  D  K  A  L  K  A  L  E  N  G  E  L  K  F  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  K  W  E  N  T  Y  K  Y  W  L  S  N  I  R  D  W  C  I  S  R  Q  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 W  G  H  R  I  P  V  W  Y  N  V  D  T  S  E  L  I  V  S  D  T  D  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  D  E  K  N  M  G  K  R  F  V  Q  D  P  D  V  L  D  T  W  F  S  S  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  S  S  W 
---------------------------------------------------GATACTTGGTTTTCTTCTTGG

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  W  P  F  S  S  L  G  W  P  N  V  D  V  D  F  K  N  Y  Y  P  T  N  T 
 L  W  P  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T 
CTATGGCCCTTT---------------------------------------------------------ACC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  I  T  A  Y  D  I  I  F  F  W  V  A  R  M  V  M  A  G  L  E  F  T  G 
 L  I  T  A  Y  D  I  I  F  F  .  V  A  R  M  V  M  A  G  L  E  F  -  - 
TTGATAACAGCTTACGATATAATATTTTTT---GTTGCAAGAATGGTGATGGCAGGATTAGAATTT------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Q  V  P  F  K  D  V  Y  I  T  P  L  L  R  D  K  Q  G  K  K  M  S  K  S 
 -  -  -  F  .  D  V  Y  I  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S 
---------TTC---GATGTTTATATAACA---------------------------AAAATGTCAAAGTCT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  G  N  G  I  D  P  L  D  I  I  N  E  Y  G  S  D  S  L  R  F  T  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 F  L  S  V  Q  G  Q  D  L  N  I  D  A  K  D  F  M  F  G  A  K  F  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 K  V  F  N  A  S  K  F  I  L  L  N  L  K  N  R  K  I  L  N  D  L  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 N  D  I  D  K  W  L  L  T  S  L  N  S  T  I  L  G  V  E  S  S  F  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 Y  K  Y  N  E  A  S  K  F  V  Y  E  F  F  W  N  D  F  C  D  W  Y  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 I  S  K  I  D  L  N  N  E  N  V  D  I  Q  N  M  A  I  S  K  L  L  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 L  K  K  S  L  L  I  L  H  P  F  I  P  F  V  T  E  K  I  Y  S  E  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 E  K  E  D  I  L  A  L  N  E  Y  P  N  F  D  I  A  N  N  F  Q  E  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 E  I  F  K  V  L  K  T  F  I  I  A  I  R  T  L  K  S  E  F  N  I  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 S  V  E  I  D  V  A  L  K  F  D  A  D  F  K  Y  E  A  Y  F  K  A  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 S  I  V  K  R  M  I  N  F  K  N  I  F  Y  N  E  N  Y  D  G  M  L  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 A  A  V  G  F  E  I  Y  A  D  V  K  S  L  I  D  K  T  K  E  L  I  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  K  Q  L  E  K  Y  K  M  L  N  I  S  V  S  K  K  L  E  N  E  N  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 M  N  A  P  K  E  I  V  E  S  E  K  L  K  F  V  E  F  S  S  L  I  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875
 I  N  N  Y  I  I  N  L  K  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

val_bact_C_A_asiaticus

Class I

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_val_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  L  S  T  H  Y  N  P  I  E  V  E  Q  K  W  Y  S  H  W  M  S  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  F  K  A  S  P  H  S  E  K  E  P  Y  T  I  V  L  P  P  P  N  I  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  I  V  L  P  P  .  N  I  T  G 
---------------------------------------AAATTTTGTATTGCTTAA---TTTAGTTACAGC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  L  H  M  G  H  V  L  N  T  T  L  Q  D  V  L  I  R  K  A  R  M  Q  G 
 V  L  H  M  G  H  V  L  N  T  T  L  Q  D  V  L  I  R  K  -  -  -  -  - 
TGCTAAAAAACCTTGATAATATTCCAGGTCCTTTTTCAATCGTCCTAACTCCTGTTC---------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  E  A  C  W  V  P  G  I  D  H  A  S  I  A  T  E  T  K  V  V  A  M  L 
 -  -  -  C  W  V  P  G  I  D  H  A  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------AATATAAAATGCATGCCCTTGAACATGGCA---------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  A  K  G  I  Q  K  K  D  L  T  R  E  A  F  L  A  H  A  W  E  W  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E 
---------------------------------------------------------------------TGT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  Y  G  S  I  I  L  E  Q  I  K  Q  L  G  A  S  C  D  W  D  R  L  H  F 
 K  Y  G  S  I  I  L  E  Q  I  K  Q  L  .  .  .  .  D  -  -  R  L  H  F 
ATTACTGTAAAGCAATAACGGTTCTTTTGGGTTTATTTG------------GAT------AATTTCTGTAAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  M  D  A  G  P  S  E  A  V  K  K  V  F  I  Q  L  Y  E  K  G  Y  I  Y 
 T  M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAAAGTAAA---------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  G  K  R  M  I  N  W  D  P  V  G  K  T  A  L  A  D  D  E  V  N  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  V  S  S  K  L  Y  Y  V  R  Y  A  I  V  G  S  D  Q  H  I  I  I  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  R  P  E  T  I  L  G  D  T  A  I  C  I  H  P  H  D  M  R  Y  Q  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  G  K  Q  A  I  V  P  I  A  N  R  T  I  P  I  I  T  D  T  Y  V  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  F  G  T  G  C  L  K  V  T  P  A  H  D  M  N  D  Y  D  L  G  Q  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  L  E  V  I  D  I  L  N  E  D  G  T  L  N  V  T  A  G  H  Y  I  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  R  F  V  V  R  E  K  I  A  Q  Q  L  Q  A  E  G  Y  L  E  K  I  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  T  S  N  I  G  L  S  E  R  T  H  A  V  V  E  P  R  L  S  K  Q  W  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  R  I  Q  E  L  A  K  P  A  F  E  H  V  L  D  N  T  I  Q  F  H  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  F  K  H  M  Y  Q  A  W  L  N  N  V  R  D  W  C  I  S  R  Q  L  W  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  H  Q  I  P  A  F  Y  L  P  D  G  T  V  I  V  A  E  D  K  A  A  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  K  A  H  M  N  P  V  Y  K  N  L  T  E  A  D  I  R  Q  D  E  D  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  T  W  F  S  S  W  L  W  P  I  S  V  F  D  G  F  G  N  P  E  N  Q  D 
 D  T  W  F  S  S  W  L  W  P  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACCGTACCATCTGGCAAGTAAAATGCAGGGAT---------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  Q  Y  F  Y  P  T  Q  V  L  V  T  A  P  E  I  I  F  F  W  V  A  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  V  T  A  P  E  I  I  F  F  .  V  A  R  M 
------------------------ATACATATGTTTAAACTTGGCCGGGTGAAACTG---GGTATTATCCAG

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  M  A  G  Y  A  F  T  N  R  L  P  F  K  H  V  Y  F  T  G  I  V  R  D 
 I  M  A  G  Y  A  F  -  -  -  -  -  F  .  H  V  Y  F  T  -  -  -  -  - 
CACATGTTCAAAAGCGGGTTT---------------TCG---GAACCATTGCTTAGA---------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  L  G  K  K  M  S  K  S  L  G  N  S  P  E  P  I  D  L  I  K  Q  Y  G 
 -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------ACGTTCAGAAAGGCC---------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 A  D  G  V  R  V  G  M  L  F  S  S  P  A  G  N  D  L  L  F  D  I  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 C  E  Q  G  R  N  F  A  N  K  I  W  N  A  F  R  L  I  K  G  W  E  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 A  K  S  S  Q  P  D  D  T  M  A  I  N  W  F  E  A  R  F  N  Q  V  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 T  I  E  E  H  F  E  Q  F  R  I  S  D  A  L  M  S  I  Y  K  L  I  W  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 D  F  C  A  W  Y  L  E  M  V  K  P  A  Y  G  E  P  I  S  P  T  T  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 A  T  V  E  F  L  A  K  L  L  K  I  L  H  P  F  M  P  F  I  T  E  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 W  H  Q  L  Q  P  R  S  A  Q  D  C  I  T  V  A  P  W  P  Q  S  I  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 D  N  Q  L  L  E  E  A  A  L  S  F  T  L  I  T  E  I  R  N  I  R  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  Q  I  N  P  K  E  P  L  L  L  Y  S  N  T  M  L  P  A  W  F  S  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 S  N  Y  I  Q  K  L  G  Y  I  N  Q  I  A  V  S  E  G  P  I  Q  D  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 S  C  H  V  Q  G  H  A  F  Y  I  P  F  Q  Q  K  I  D  V  E  Q  E  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 R  L  K  K  D  L  E  Y  Y  Q  G  F  L  A  A  V  T  K  K  L  S  N  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 F  V  E  Q  A  P  P  A  V  V  E  I  E  R  R  K  Q  S  D  A  I  A  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877
 K  V  M  E  S  R  L  L  E  I  S  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

val_bact_D_radiodurans

Class I

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_val_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  D  P  H  T  T  T  L  P  T  Q  F  D  P  T  G  I  E  P  K  W  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  W  R  S  E  P  F  R  A  D  A  T  S  G  K  D  P  F  T  I  V  I  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  I  V  I  P  P 
------------------------------------------------------GCCCTGCGCCTGCTTGAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  N  V  T  G  N  L  H  L  G  H  A  L  D  N  T  L  I  D  T  L  I  R  Y 
 .  N  V  T  G  N  L  H  L  G  H  A  L  D  N  T  L  I  D  T  L  I  R  Y 
---CTTGTCGAGTTCGGCGAGGCGTTTTTGCTGCTTTTTCACCCAGTCGGCGATGTCCACCGTGCCTTCCAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  R  M  A  G  F  E  A  L  Y  L  P  G  M  D  H  A  G  I  S  T  Q  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  L  P  G  M  D  H  A  G  -  -  -  -  -  - 
------------------------GGCCACCTGCGAGAGCGTGCGGCCTTCCAG------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  E  R  Q  L  K  D  A  G  T  S  R  H  D  L  G  R  E  A  F  L  E  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  E  W  K  G  K  S  G  G  M  I  L  D  Q  L  T  R  L  G  V  S  A  D  W 
 -  -  -  -  G  K  S  G  G  M  I  L  D  Q  L  T  R  L  .  .  .  .  D  - 
------------CGGCGAGAGGCCCAGTTCGCTCTTGAGGCTGCGAGCACTGTC------------CAG---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  R  E  R  F  T  M  D  E  G  L  S  R  A  V  R  T  Q  F  V  K  L  Y  H 
 -  R  E  R  F  T  M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GAAAGCTTTGGTGGCTTCCGC------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  G  L  A  Y  R  G  E  R  I  V  N  W  D  P  A  S  Q  T  T  L  S  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  I  D  R  E  V  R  K  G  K  M  Y  T  L  S  Y  K  L  E  N  S  A  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  S  N  G  E  T  G  E  I  R  I  A  T  V  R  P  E  T  I  F  A  D  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  A  V  H  P  E  D  E  R  F  R  H  L  V  G  Q  K  A  R  I  P  L  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  W  V  P  I  I  A  D  E  A  V  E  M  E  F  G  V  G  A  L  K  I  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  H  D  P  T  D  F  E  V  G  E  R  H  G  L  E  R  P  S  V  I  D  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  N  L  T  R  D  E  L  V  P  A  E  F  Q  G  L  E  R  F  A  A  R  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  V  K  A  L  E  E  S  G  D  L  L  E  Q  K  D  H  D  T  A  I  G  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  R  T  K  V  P  V  E  P  I  I  S  E  Q  W  F  V  K  M  K  P  F  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Q  V  L  E  G  L  D  K  G  E  I  K  L  V  P  E  R  Y  T  K  V  N  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 W  L  E  N  I  R  D  W  N  I  S  R  Q  L  W  W  G  H  Q  I  P  A  W  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  K  E  G  N  I  Y  V  P  D  P  E  N  P  E  L  D  C  D  Q  D  P  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  H  L  N  L  R  R  D  P  D  V  F  D  T  W  F  S  S  N  L  W  P  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  S  S  N  L  W  P  F  - 
------------------------------------GGGGTTTTCCGGGTCGGGCACGTAGATGTTGCC---

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 T  L  G  W  P  D  T  D  S  E  D  F  R  K  F  Y  P  T  Q  V  L  V  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  V  T  G 
---------------------------------------------------------ATCGCGGATGTTTTC

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Y  D  I  L  F  F  W  V  A  R  M  Q  M  A  G  Y  G  L  T  G  Q  A  P  F 
 Y  D  I  L  F  F  .  V  A  R  M  Q  M  A  G  Y  G  L  -  -  -  -  -  F 
CAGCCAGTCACGGTTGAC---CGTGTAGCGCTCGGGCACCAGCTTGATCTCGCC---------------CAA

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  T  V  M  L  H  G  L  Y  L  D  A  K  G  Q  K  M  S  K  S  K  G  N  G 
 .  T  V  M  L  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  - 
---CTGGTCGGCAAAGGG---------------------------AATGATGGGCTCCAC------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  D  P  L  E  L  F  G  Q  Y  G  V  D  A  C  R  F  A  F  T  F  L  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  G  Q  D  I  K  H  D  A  R  R  F  E  Q  G  R  N  F  A  N  K  L  W  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 A  T  R  F  A  L  M  R  L  G  E  A  R  I  E  G  S  D  D  L  S  A  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 R  A  A  V  T  L  P  D  G  V  L  L  R  S  K  D  V  L  A  Q  L  K  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 D  D  L  T  L  A  D  R  W  I  I  S  R  L  N  D  V  T  A  E  A  S  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 L  D  A  F  D  I  G  A  A  I  R  T  L  Y  S  F  T  W  D  E  F  C  D  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 Y  I  E  A  A  K  P  E  L  A  S  G  N  L  G  T  M  A  T  L  K  V  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 E  H  V  L  K  L  L  H  P  F  M  P  F  I  T  S  E  L  Y  A  A  L  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 R  R  Q  I  A  V  H  S  W  P  Q  P  D  A  A  L  H  D  A  E  A  T  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 F  D  A  L  R  S  A  V  D  S  A  R  S  L  K  S  E  L  G  L  S  P  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 R  L  N  V  A  V  D  G  D  L  A  D  V  V  R  Q  N  A  R  V  V  E  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 A  R  V  N  L  V  P  A  L  E  G  R  T  L  S  Q  V  A  P  G  V  T  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 A  P  L  E  G  T  V  D  I  A  D  W  V  K  K  Q  Q  K  R  L  A  E  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 K  Q  I  K  Q  A  Q  G  K  L  N  N  E  G  F  V  A  R  A  P  A  E  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 E  E  E  K  R  R  V  A  D  F  G  A  Q  K  E  R  L  E  G  V  L  A  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913
 G 
 - 
---

val_bact_S_aureus

Class I

Bacteria/Staphylococcus aureus/amino acid sequences/Saureus_val_aa

Bacteria/Staphylococcus aureus/nucleotide sequences/Saureus_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  M  K  P  K  Y  D  P  R  E  V  E  A  G  R  Y  E  E  W  V  K  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  F  K  P  S  E  D  K  S  K  E  T  Y  T  I  V  I  P  P  P  N  V  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  I  V  I  P  P  .  N  V  T  G 
---------------------------------------GTTTTCATTAGAGAGCTT---ATCTACTCTATC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  L  H  L  G  H  A  W  D  T  T  L  Q  D  I  I  T  R  M  K  R  M  Q  G 
 K  L  H  L  G  H  A  W  D  T  T  L  Q  D  I  I  T  R  M  -  -  -  -  - 
TAATTCGCTTTGAAGTTTAGCTAATTCTTTTTCCAAACGGCTGATTTCCTTATCCAT---------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  D  T  L  Y  L  P  G  M  D  H  A  G  I  A  T  Q  A  K  V  E  A  K  L 
 -  -  -  L  Y  L  P  G  M  D  H  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TACCACTTTACCTGCAATTACAACTGATGT---------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  E  Q  G  I  T  R  Y  D  L  G  R  E  K  F  L  E  Q  A  W  D  W  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E 
---------------------------------------------------------------------TTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  Y  A  S  F  I  R  A  Q  W  A  K  L  G  L  G  L  D  Y  S  R  E  R  F 
 E  Y  A  S  F  I  R  A  Q  W  A  K  L  .  .  .  .  D  -  -  R  E  R  F 
TTTATCTTTAGCTTGAATTAAAATAGGTATTTCTTTAGA------------TAC------ACGTGATTGTCT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  L  D  E  G  L  S  K  A  V  K  K  V  F  V  D  L  Y  N  K  G  I  I  Y 
 T  L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACAGATTT---------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  G  E  R  I  I  N  W  D  P  K  A  R  T  A  L  S  D  I  E  V  I  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  V  Q  G  A  F  Y  H  F  K  Y  P  Y  A  D  V  E  G  F  I  E  I  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  R  P  E  T  M  L  G  D  T  A  I  V  V  N  P  N  D  E  R  Y  K  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  G  K  T  V  I  L  P  I  V  G  R  E  L  P  I  L  A  D  E  Y  V  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  F  G  S  G  A  M  K  V  T  P  A  H  D  P  N  D  F  E  I  G  Q  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Q  L  E  N  I  I  V  M  D  E  N  G  K  M  N  N  K  A  G  K  Y  E  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  R  F  D  C  R  K  Q  L  V  E  D  L  K  E  Q  D  L  V  I  K  I  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  V  H  S  V  G  H  S  E  R  S  G  A  V  V  E  P  Y  L  S  T  Q  W  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  R  M  E  D  L  A  K  R  S  L  D  N  Q  K  T  D  D  R  I  D  F  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Q  R  F  E  H  T  F  N  Q  W  M  E  N  I  R  D  W  T  I  S  R  Q  L  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 W  G  H  Q  I  P  A  W  Y  H  K  E  T  G  E  I  Y  V  G  E  E  A  P  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  I  E  N  W  Q  Q  D  E  D  V  L  D  T  W  F  S  S  A  L  W  P  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  S  S  A  L  W  P  F  - 
------------------------------------ATCAGTTGGCGCTTCTTCTCCAACATATATTTC---

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  L  G  W  P  D  L  E  S  E  D  F  K  R  Y  Y  P  T  N  A  L  V  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  V  T  G 
---------------------------------------------------------CGTCCAATCTCTAAT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Y  D  I  I  F  F  W  V  A  R  M  I  F  Q  G  L  E  F  T  D  R  R  P  F 
 Y  D  I  I  F  F  .  V  A  R  M  I  F  Q  G  L  E  F  -  -  -  -  -  F 
ATTTTCCATCCATTGGTT---TGTATGTTCGAAACGTTGCGGATAAAAATCAAT---------------TTG

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 N  D  V  L  L  H  G  L  V  R  A  E  D  G  R  K  M  S  K  S  L  G  N  G 
 .  D  V  L  L  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  - 
---ATCTAATGAACGTTT---------------------------TTGCGTTGATAAATA------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  D  P  M  D  V  I  D  E  Y  G  A  D  S  L  R  Y  F  L  A  T  G  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 P  G  H  D  L  R  Y  S  T  E  K  V  E  S  V  W  N  F  I  N  K  I  W  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  A  R  F  S  L  M  N  I  G  E  D  F  K  V  E  D  I  D  L  S  G  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 S  L  A  D  K  W  I  L  T  R  L  N  E  T  I  A  T  V  T  D  L  S  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 Y  E  F  G  E  V  G  R  A  L  Y  N  F  I  W  D  D  F  C  D  W  Y  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 M  S  K  I  P  M  N  G  N  D  E  E  Q  K  Q  V  T  R  S  V  L  S  Y  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 L  D  N  I  M  R  M  L  H  P  F  M  P  F  V  T  E  K  I  W  Q  S  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 H  E  G  E  T  I  V  K  A  S  W  P  E  V  R  E  S  L  I  F  E  E  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 Q  T  M  Q  Q  L  V  E  I  I  K  S  V  R  Q  S  R  V  E  V  N  T  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 S  K  E  I  P  I  L  I  Q  A  K  D  K  E  I  E  T  T  L  S  Q  N  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 Y  L  I  K  F  C  N  P  S  T  L  N  I  S  T  D  V  E  I  P  E  K  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 T  S  V  V  I  A  G  K  V  V  L  P  L  E  G  L  I  D  M  D  K  E  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 R  L  E  K  E  L  A  K  L  Q  S  E  L  D  R  V  D  K  K  L  S  N  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 F  V  S  K  A  P  E  K  V  I  N  E  E  K  R  K  K  Q  D  Y  Q  E  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876
 D  G  V  K  A  R  I  E  Q  L  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

val_euk_L_infantum

Class I

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_val_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  A  T  Y  D  P  A  A  V  E  A  D  W  Y  P  W  W  E  K  S  G  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  P  A  S  D  H  K  S  E  T  A  T  K  P  F  V  I  I  A  P  P  P  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  I  I  A  P  P  .  N  V 
---------------------------------------------ATTAGGGATAGACATCTT---CTTCAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  G  Y  L  H  L  G  H  A  L  T  G  A  V  Q  D  T  L  I  R  F  H  R  M 
 T  G  Y  L  H  L  G  H  A  L  T  G  A  V  Q  D  T  L  I  R  F  -  -  - 
TCCCTCAATCTGCTTCATGAGGCCGTCCAGCTGCTTCTCCAGCTTCGCCACCTCCTTCCCGAC---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  G  D  N  T  L  Y  L  P  G  T  D  H  A  G  I  A  T  Q  V  V  V  E  R 
 -  -  -  -  -  L  Y  L  P  G  T  D  H  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GTTCACGCCCACCTCCTTTGTCACCACGGA---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  V  M  K  E  E  G  K  S  R  H  D  L  G  R  D  E  F  M  K  R  L  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  K  K  N  H  A  G  M  I  T  E  Q  F  R  R  I  G  L  S  L  D  W  T  R 
 -  -  K  N  H  A  G  M  I  T  E  Q  F  R  R  I  .  .  .  .  D  -  -  R 
------CAGCTCCTGCAGCTCCGCCGTATGCGCCGTCACCCACACGTC------------GTT------CGA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  R  F  T  M  D  E  Q  S  S  A  A  V  V  E  A  F  V  R  L  H  E  D  G 
 E  R  F  T  M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTACGAGGCCTTGGTGGA------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  V  H  R  D  T  R  L  V  N  W  C  C  A  L  Q  S  A  I  S  D  L  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  F  V  E  V  P  K  T  S  K  M  T  I  P  L  Y  D  R  K  V  D  M  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  T  H  V  A  Y  K  L  A  D  S  D  D  E  L  V  I  A  T  T  R  P  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  L  G  D  T  A  V  A  I  H  P  D  D  E  R  Y  K  K  F  H  G  K  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  C  P  F  R  D  D  I  I  P  I  V  L  D  A  T  L  V  D  M  N  F  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  A  V  K  I  T  P  A  H  D  P  N  D  F  E  S  G  K  R  H  N  L  Q  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  V  M  M  N  L  K  G  Y  V  T  M  E  P  F  K  G  M  H  R  F  D  C  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  E  I  V  K  K  L  E  E  M  G  L  L  R  G  V  E  P  Y  E  Y  R  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  C  E  R  T  G  D  I  V  E  P  M  L  M  P  Q  W  F  I  D  C  S  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  R  R  S  V  E  A  V  R  N  G  D  L  R  L  Y  P  P  S  H  E  A  V  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Y  H  W  L  E  N  I  K  P  W  C  V  S  R  Q  L  W  W  G  H  R  I  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  K  V  V  G  S  L  P  K  D  V  D  P  W  V  V  A  R  N  L  Q  E  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  K  A  K  K  K  F  G  L  T  D  E  Q  V  A  E  A  S  F  E  Q  D  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  L  D  T  W  F  S  S  G  L  W  P  F  A  T  L  G  W  P  T  D  S  D  D 
 -  -  D  T  W  F  S  S  G  L  W  P  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GAACCAGGTGTCCAGCACATCCGGGTCCTGCTC---------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 M  K  R  F  F  P  N  S  L  M  E  T  G  H  D  I  L  F  F  W  V  A  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  M  E  T  G  H  D  I  L  F  F  .  V  A  R  M 
------------------------GTGCGCCTCCTGCAGATTGCGGGCGACCACCCA---GTCCACGTCTTT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  M  L  S  L  H  F  T  N  K  L  P  Y  K  E  V  F  L  H  A  M  V  R  D 
 V  M  L  S  L  H  F  -  -  -  -  -  Y  .  E  V  F  L  H  -  -  -  -  - 
CGGCAGCGAGCCGACAACTTT---------------GTG---CCACCAGAGCTGACG---------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 K  N  G  E  K  M  S  K  S  K  G  N  V  I  D  P  L  Y  V  I  H  G  V  S 
 -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------CAGCCAGTGGTACCA---------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  Q  T  L  H  N  T  V  R  S  G  N  L  G  D  K  E  V  E  K  A  I  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Q  K  E  F  F  P  E  G  I  P  E  C  G  S  D  A  L  R  F  G  L  L  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 T  Q  S  G  R  S  V  N  L  D  I  Q  R  V  V  A  Y  R  Q  F  C  N  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 W  N  V  V  R  Y  V  L  Y  H  A  L  G  T  D  Y  V  P  S  K  Q  Q  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 P  A  E  D  A  A  M  L  P  L  E  C  R  W  I  L  S  R  L  D  A  A  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 E  A  T  Q  G  M  S  E  G  L  Y  D  F  A  L  A  T  G  A  V  Y  R  F  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  H  E  L  C  D  V  F  L  E  L  T  K  P  T  I  Q  K  G  G  E  K  Q  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 L  V  Q  D  V  L  L  H  V  V  E  K  A  L  R  L  L  H  P  M  M  P  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 T  E  E  L  W  H  R  L  P  N  Y  S  S  F  G  S  E  S  I  M  L  A  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 P  T  P  S  G  W  L  S  A  A  S  D  S  A  M  S  I  I  L  D  V  V  H  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 V  R  S  T  K  A  S  Y  S  L  T  N  K  H  K  P  D  V  W  V  T  A  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 A  E  L  Q  E  L  F  A  A  E  K  M  M  I  S  T  L  G  V  V  G  E  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 V  V  S  P  A  E  E  T  A  A  V  P  K  G  C  G  F  S  V  V  T  K  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 G  V  N  M  M  L  M  G  F  I  D  V  G  K  E  V  A  K  L  E  K  Q  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 G  L  M  K  Q  I  E  G  M  K  K  K  M  S  I  P  N  Y  E  T  K  V  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 E  I  R  V  T  N  T  E  K  L  K  T  L  E  A  Q  S  A  Q  L  R  D  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967
 E  K  M  S  S  L  K 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

val_euk_N_gruberi

Class I

Eukaryotes/Naegleria gruberi/amino acid sequences/Ngruberi_val_aa

Eukaryotes/Naegleria gruberi/nucleotide sequences/Ngruberi_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  K  R  I  T  I  K  Q  A  T  P  N  N  Q  N  K  K  F  G  L  M  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  G  I  S  S  V  H  Q  Q  Q  Y  R  N  F  H  Y  N  N  I  Q  D  E  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  S  E  E  S  S  T  T  K  L  N  R  I  L  T  S  S  F  D  P  S  R  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  D  W  Y  S  W  W  E  E  K  G  L  F  K  G  E  D  S  T  T  K  P  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  I  L  L  P  P  P  N  V  T  G  S  L  H  I  G  H  A  L  T  A  S  I  Q 
 T  I  L  L  P  P  .  N  V  T  G  S  L  H  I  G  H  A  L  T  A  S  I  Q 
ACAATTTTACTTCCACCT---AATGTGACAGGAAGTCTTCACATTGGACATGCTCTCACTGCCTCTATTCAA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  S  L  C  R  Y  K  K  M  N  G  Y  N  V  L  W  V  P  G  V  D  H  A  G 
 D  S  L  C  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  W  V  P  G  V  D  H  A  G 
GACTCACTTTGTAGATAT------------------------TTGTGGGTTCCTGGTGTTGACCATGCTGGT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  S  T  Q  V  A  V  E  K  K  I  A  K  E  E  G  K  T  R  H  D  L  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  E  F  L  K  R  V  W  S  W  K  E  E  Y  G  N  R  I  D  N  Q  M  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  E  Y  G  N  R  I  D  N  Q  M  K  A 
---------------------------------GAAGAGTATGGCAATAGAATTGATAATCAAATGAAGGCT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  G  S  M  T  D  W  S  R  K  V  F  T  M  D  A  Q  F  S  S  A  V  L  E 
 M  .  .  .  .  D  -  -  R  K  V  F  T  M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATG------------GAT------AGAAAAGTCTTTACTATGGAT---------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 C  F  V  R  L  A  R  D  G  L  I  Y  R  D  A  K  L  V  N  W  C  P  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  T  A  I  S  D  I  E  V  E  Y  I  S  L  K  K  K  T  K  V  M  V  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 C  E  E  K  S  F  D  F  G  V  M  H  T  F  K  Y  P  V  I  S  S  P  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  E  I  I  G  Y  I  N  V  S  T  T  R  L  E  T  M  L  G  D  T  A  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  H  P  E  D  E  R  Y  K  N  F  H  N  K  F  I  L  H  P  F  D  S  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  V  P  I  I  C  D  E  K  L  V  N  M  E  I  G  T  G  A  V  K  I  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  H  S  F  E  D  F  E  C  G  K  R  H  G  L  E  F  I  T  I  L  N  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  S  L  N  D  Q  V  P  V  E  F  S  G  K  N  R  F  I  V  R  K  L  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  K  L  K  D  M  E  L  F  I  S  E  Q  D  H  E  M  E  L  P  I  C  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  K  D  I  L  E  P  M  L  L  N  Q  W  F  V  K  C  D  S  L  A  K  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  D  L  V  N  N  N  E  I  L  I  H  P  S  Y  H  K  T  T  W  N  N  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  N  I  H  D  W  C  I  S  R  Q  L  W  W  G  H  R  I  P  A  F  K  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  D  L  S  K  L  E  P  L  M  E  E  L  R  K  E  K  S  F  I  M  E  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 N  K  N  S  S  N  I  E  N  I  W  I  V  A  H  K  E  E  E  A  I  S  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Q  K  N  V  P  N  F  S  N  F  V  L  E  Q  D  E  D  V  L  D  T  W  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  S 
---------------------------------------------------------GATACTTGGTTCTCA

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 S  G  L  Y  P  L  A  A  F  G  W  P  S  R  S  E  N  V  L  K  D  L  D  Y 
 S  G  L  Y  P  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCTGGACTTTATCCATTG------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 R  Y  P  S  S  V  M  E  T  G  S  D  I  L  F  F  W  V  A  R  M  V  M  L 
 -  -  -  -  -  V  M  E  T  G  S  D  I  L  F  F  .  V  A  R  M  V  M  L 
---------------GTCATGGAAACAGGAAGTGACATTCTCTTCTTT---GTTGCAAGAATGGTCATGCTT

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 C  T  Y  L  S  D  N  K  E  K  P  F  N  E  I  Y  L  H  S  M  V  R  D  K 
 C  T  Y  L  -  -  -  -  -  -  -  F  .  E  I  Y  L  H  -  -  -  -  -  - 
TGCACTTACTTG---------------------TTC---GAAATTTACCTCCAC------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Q  G  R  K  M  S  K  S  L  G  N  V  I  D  P  I  D  M  I  K  G  T  T  F 
 -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------AAGATGTCTAAAAGT------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  D  L  K  R  G  I  E  K  N  T  N  I  T  K  Q  E  M  K  K  A  L  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 V  Q  Q  E  F  P  N  G  I  P  Q  C  G  T  D  A  L  R  F  T  L  I  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 T  Q  Q  G  R  Q  I  N  L  D  V  M  R  A  Q  S  N  R  H  L  C  N  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 W  Q  S  A  R  F  C  L  S  H  F  E  R  F  N  Y  S  V  P  G  N  D  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  S  E  L  L  L  K  S  F  A  S  L  E  K  S  Q  Q  V  L  Q  N  Q  W  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 L  L  N  L  S  E  T  I  D  V  T  R  N  S  I  D  N  F  M  F  S  D  G  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 T  S  I  Y  Q  F  F  I  Y  Q  F  C  D  N  Y  L  E  I  V  K  P  I  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 S  S  N  T  M  T  P  L  I  E  N  T  L  H  T  L  N  Y  C  L  V  T  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 K  L  L  H  P  Y  M  P  F  I  T  E  E  L  Y  H  C  C  P  L  N  G  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 N  A  L  Y  A  K  L  S  N  K  N  S  S  Y  I  P  T  S  S  I  L  E  C  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 Y  P  T  S  F  T  A  D  E  I  G  S  I  L  E  I  G  S  S  K  Q  L  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 E  K  M  D  K  I  L  Q  I  V  Q  Q  L  R  S  M  K  Q  N  L  Q  L  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 K  S  E  L  T  A  Y  I  F  Y  Q  G  S  S  T  T  A  F  N  L  S  E  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 I  K  I  I  Q  T  L  T  K  F  T  S  I  K  F  I  T  E  E  E  S  K  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 K  H  T  L  Y  L  T  A  T  A  F  S  T  P  Q  G  T  V  M  T  Q  L  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 P  D  E  F  Q  L  E  K  E  I  E  K  W  Q  K  K  I  E  Q  L  A  S  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 A  K  Y  L  K  Q  V  H  P  N  L  P  P  E  V  K  Q  Q  I  E  D  K  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

010611062106310641065106610671068106910701071107210731074107510761077107
 Q  N  Q  I  E  T  Q  K  A  Q  E  T  C  S  Q  L  E  H  L  L  D  N  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

810791080108110821083108410851086108710881089109010911092109310941095109
 Q 
 - 
---

val_euk_N_ceranae

Class I

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_val_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  L  K  M  D  R  K  A  L  K  E  E  K  K  K  Q  K  L  E  K  F  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  K  T  T  Q  S  K  I  S  K  A  P  K  P  A  K  N  K  S  S  S  G  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  M  P  V  E  Q  K  W  N  N  Y  W  L  S  N  N  L  F  E  P  Q  E  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  K  F  V  M  C  M  P  P  P  N  I  T  G  S  L  H  I  G  H  S  M  M  I 
 -  -  -  V  M  C  M  P  P  .  N  I  T  G  S  L  H  I  G  H  S  M  M  I 
---------ATAACTTGTATACATCAA---ATTATCGAAAAACTGGGAATAAATCTCTTCTGTAATGAAGGG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  I  Q  D  A  I  C  R  Y  M  R  L  I  N  Y  E  V  L  Y  L  P  G  T  D 
 A  I  Q  D  A  I  C  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  L  P  G  T  D 
CATATACGGACTGAATATTTTTATAGA------------------------TTGGATATATTTTTTAGTTTT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 H  A  G  I  A  T  Q  T  V  V  M  K  Q  L  E  K  E  K  K  T  Y  N  R  E 
 H  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATTTTTTT---------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  F  L  E  A  T  W  K  W  K  E  N  Y  G  S  R  I  L  D  Q  F  K  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  N  Y  G  S  R  I  L  D  Q  F  K  R  L 
------------------------------ATGTGTGGTAGAAATCACTTTATTTCTTTCTTGTATCAGCCA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  T  S  A  D  F  S  R  Q  K  F  T  M  D  A  G  M  N  K  A  V  T  E  A 
 .  .  .  .  D  -  -  R  Q  K  F  T  M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------ATC------ATTAGACAAATCTAGATTAAG------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  C  S  L  Y  E  K  G  L  I  Y  R  D  N  K  I  V  N  W  C  C  K  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  T  L  S  D  I  E  I  D  Y  L  S  V  G  K  N  T  I  L  K  I  D  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  Y  E  F  G  V  I  Y  V  F  K  Y  P  V  K  F  V  K  D  G  Y  E  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  H  I  E  V  A  T  T  R  P  E  T  I  L  G  D  V  A  L  C  A  N  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  A  R  Y  T  K  Y  D  K  I  I  P  R  N  P  I  T  E  E  E  L  S  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  D  E  A  A  E  M  D  L  E  S  G  V  L  K  I  T  P  A  H  D  P  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  E  I  G  K  K  N  N  L  K  N  I  K  I  F  D  N  Q  N  K  I  I  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  N  Y  Y  K  L  K  R  L  D  A  R  D  L  V  V  Q  T  L  K  N  K  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  V  E  K  K  P  Y  E  Q  V  L  P  M  C  S  R  S  S  D  L  L  E  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  K  E  Q  W  W  C  S  C  S  E  M  A  K  K  A  I  D  A  V  K  T  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  K  I  Y  P  E  E  S  K  D  D  W  Y  R  W  F  E  N  P  R  D  W  C  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  R  Q  L  W  W  G  H  R  I  P  A  Y  K  T  P  D  G  V  W  T  I  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 N  K  E  Q  A  I  R  S  Y  K  K  N  N  P  L  N  A  H  Y  Q  E  S  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  Q  D  E  D  V  L  D  T  W  F  S  S  G  L  W  P  F  A  T  L  G  W  P 
 -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  S  S  G  L  W  P  F  -  -  -  -  -  - 
---------------------ATCTCTAGCATCAAGTCTTTTTAATTTGTAATA------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 N  K  N  Q  D  L  D  K  Y  F  P  T  S  L  L  E  T  G  K  D  I  L  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  E  T  G  K  D  I  L  F  F 
---------------------------------------ATTCTTTTTTCCTATTTCAAAATCAATTGGGTC

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 W  V  G  R  M  V  M  M  S  L  E  L  T  G  K  V  P  F  K  K  V  L  L  H 
 .  V  G  R  M  V  M  M  S  L  E  L  -  -  -  -  -  F  K  .  V  L  L  H 
---TGCGGGGGTAATTTTTAAAACACCAGATTCAAG---------------TTCATC---AACAAAAGAAAG

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  I  V  R  D  A  Y  G  R  K  M  S  K  S  L  G  N  V  I  D  P  I  H  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------TATTATTTTATCATA------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  D  G  A  S  I  E  T  L  L  D  A  L  K  L  G  N  L  T  K  E  N  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 N  A  E  S  A  V  K  K  D  F  I  N  G  I  T  V  C  G  A  D  A  L  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 T  L  L  S  Y  M  N  G  I  N  D  I  K  L  D  I  E  R  V  K  G  N  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 F  C  N  K  I  W  N  A  A  L  F  V  K  K  I  V  D  E  I  I  S  S  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 L  S  Y  Q  D  L  L  N  L  D  L  S  N  E  D  D  K  L  L  V  W  L  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 E  R  N  K  V  I  S  T  T  H  K  A  F  K  E  Y  K  F  M  S  A  V  Q  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 I  H  Q  F  F  L  Y  D  F  C  D  V  Y  I  E  I  V  K  K  I  K  T  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 Y  I  Q  A  C  F  M  M  L  I  D  S  I  K  I  F  S  P  Y  M  P  F  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  E  I  Y  S  Q  F  F  D  N  S  L  M  Y  T  S  Y  P  E  I  I  H  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 F  S  T  N  F  K  S  T  L  S  K  I  K  A  I  R  A  D  I  E  K  Y  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 E  K  V  D  V  I  L  D  G  C  E  C  F  D  K  I  D  I  Q  F  I  S  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883
 I  P  N  I  N  T  I  K  F  G  E  G  Y  E  V  K  K  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

val_euk_G_lamblia

Class I

Eukaryotes/Giardia lamblia/amino acid sequences/Glamblia_val_aa

Eukaryotes/Giardia lamblia/nucleotide sequences/Glamblia_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  G  Q  G  K  S  K  A  K  A  A  K  A  A  K  G  G  S  G  K  A  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  K  A  E  G  K  A  L  R  T  E  L  K  A  F  E  Y  E  Y  E  T  P  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  K  K  N  I  S  G  A  W  P  K  A  Y  N  P  S  V  I  E  K  S  W  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 W  W  E  A  A  G  F  F  S  P  D  M  Q  K  N  I  R  S  K  D  S  R  C  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  T  L  L  I  P  P  P  N  V  T  G  S  L  H  I  G  H  A  L  T  N  S  I 
 -  T  L  L  I  P  P  .  N  V  T  G  S  L  H  I  G  H  A  L  T  N  S  I 
---ACCCTGCTGATCCCTCCA---AATGTCACTGGGTCCCTACATATTGGCCACGCTCTCACTAATTCCATT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  D  A  L  V  R  W  Y  R  M  M  G  Y  R  T  L  Y  L  P  G  L  D  H  A 
 Q  D  A  L  V  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  L  P  G  L  D  H  A 
CAAGACGCGCTTGTGCGGTGG------------------------TTGTACCTCCCCGGGCTTGATCACGCT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  I  A  T  Q  S  V  V  E  R  N  I  M  K  T  E  G  K  T  R  H  D  L  G 
 G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGG---------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  E  R  F  L  E  R  A  W  A  W  K  E  Q  F  G  G  R  I  L  S  Q  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  Q  F  G  G  R  I  L  S  Q  L  R 
------------------------------------GAGCAGTTCGGTGGGCGAATTCTGTCTCAGCTGCGA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  L  G  S  S  F  D  W  S  R  S  V  F  T  L  D  P  A  R  S  R  V  H  N 
 I  L  .  .  .  .  D  -  -  R  S  V  F  T  L  D  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTTTA------------GAT------CGGTCTGTCTTCACGCTGGAC------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  S  F  V  K  L  F  N  R  G  L  I  Y  R  D  S  R  L  V  N  W  D  C  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  Q  T  A  V  S  D  V  E  V  E  Y  I  D  L  K  L  P  R  Q  L  S  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 N  H  D  P  G  K  S  Y  P  F  G  Y  L  W  R  F  S  Y  K  V  I  P  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  A  D  K  S  E  A  D  L  L  T  A  F  Q  S  G  E  L  K  F  A  C  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 C  A  K  F  Y  T  S  S  I  L  P  L  L  D  S  D  S  I  A  E  G  S  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  Y  E  L  L  R  L  H  Q  C  A  D  P  G  C  L  F  T  A  E  E  L  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  T  T  R  P  E  T  I  I  G  D  T  A  V  A  V  H  P  R  D  H  R  Y  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  L  H  G  R  C  L  F  H  P  I  L  L  G  K  K  V  P  I  V  L  D  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  V  D  M  E  Y  G  T  G  C  V  K  V  T  P  A  H  D  P  N  D  F  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  R  R  N  K  L  E  Y  L  Q  I  F  T  D  D  G  R  I  V  Q  M  I  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  H  N  G  I  T  Y  H  L  P  A  R  F  A  G  V  K  R  F  D  G  R  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 M  L  S  Y  L  K  E  A  A  L  Y  R  G  R  T  P  N  P  M  V  I  G  T  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Q  R  S  G  D  I  L  E  P  M  V  K  P  Q  W  Y  L  N  C  E  Q  M  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  A  L  N  A  V  Y  A  P  P  S  E  A  E  R  L  L  I  V  P  E  M  H  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  T  W  K  S  Y  L  A  N  I  R  P  W  C  I  S  R  Q  L  W  W  G  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 I  P  C  Y  K  F  W  F  G  D  N  P  E  P  S  G  D  K  T  E  H  W  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 A  C  S  E  E  E  A  R  R  I  I  T  K  K  H  L  D  V  Q  G  Q  L  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 K  Q  D  D  D  V  T  D  T  W  F  S  S  G  L  F  P  F  S  C  F  A  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  S  S  G  L  F  P  F  -  -  -  -  -  - 
---------------------GACACGTGGTTTTCATCGGGGCTCTTCCCCTTC------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 E  R  D  F  S  R  Y  Y  P  G  S  V  L  E  T  G  N  D  I  I  F  F  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  E  T  G  N  D  I  I  F  F  .  V 
---------------------------------GTTCTGGAGACAGGTAACGATATCATCTTCTTC---GTG

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 A  R  M  V  M  L  S  L  E  L  Y  N  V  L  P  F  R  E  V  Y  L  H  A  L 
 A  R  M  V  M  L  S  L  E  L  -  -  -  -  -  F  .  E  V  Y  L  H  -  - 
GCTCGGATGGTCATGCTCAGTCTCGAACTC---------------TTC---GAGGTGTACCTCCAT------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 V  R  D  A  H  G  A  K  M  S  K  S  K  G  N  V  V  D  P  I  D  V  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------AAAATGTCGAAGTCT------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 G  I  T  L  Q  E  M  G  D  K  V  R  A  T  N  L  P  P  K  E  I  E  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 L  E  L  Q  S  K  D  F  P  I  G  I  P  E  C  G  T  D  A  L  R  F  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 C  A  Y  T  G  Q  G  R  S  I  N  L  D  V  N  K  I  V  A  Y  R  N  F  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 N  K  I  F  N  A  V  K  F  G  C  Y  F  S  G  I  C  D  V  L  D  V  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 G  A  T  N  A  C  G  R  F  W  Q  S  N  I  R  H  Y  E  D  F  N  D  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 M  R  V  Y  R  T  T  L  S  A  R  T  F  K  T  T  A  A  T  V  G  E  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 P  T  A  A  Y  T  T  N  D  P  N  D  I  Y  T  P  C  T  Q  S  E  D  H  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 S  I  V  A  A  R  W  I  L  S  R  L  Y  N  T  V  R  T  V  T  K  S  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 E  F  R  I  A  D  A  C  T  A  I  Y  T  F  W  Y  D  D  L  C  D  V  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 E  L  V  K  P  I  I  A  S  M  S  A  E  P  K  R  L  D  A  H  A  E  I  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 R  M  V  Y  F  C  C  I  D  Q  G  L  R  L  L  H  P  F  M  P  F  L  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 E  L  F  Q  H  L  P  R  W  S  K  E  E  G  L  E  T  L  M  Y  A  E  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 T  S  Y  G  A  H  H  F  V  T  F  G  S  K  H  E  L  L  G  E  E  L  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 D  E  Q  K  K  V  E  G  T  S  I  Y  R  L  S  S  V  L  R  D  R  A  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

210431044104510461047104810491050105110521053105410551056105710581059106
 E  M  V  A  H  L  K  P  L  M  T  A  A  R  A  L  R  G  Q  Y  N  I  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

010611062106310641065106610671068106910701071107210731074107510761077107
 S  S  T  P  R  Y  Y  I  A  C  D  K  S  D  E  H  Y  K  H  I  M  D  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

810791080108110821083108410851086108710881089109010911092109310941095109
 Y  V  I  K  T  L  C  N  M  R  Q  L  D  I  V  S  P  K  V  K  F  S  N  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610971098109911001101110211031104110511061107110811091110111111121113111
 G  C  T  V  L  S  A  T  L  L  I  Y  M  D  L  R  G  L  I  D  V  E  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

411151116111711181119112011211122112311241125112611271128112911301131113
 L  S  K  V  S  K  E  M  E  Q  I  R  T  Q  I  E  K  L  D  K  L  M  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

211331134113511361137113811391140114111421143114411451146114711481149115
 S  N  Y  D  R  M  P  E  H  L  R  K  Q  N  D  E  K  M  A  G  F  L  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

011511152115311541155115611571158115911601161116211631164116511661167116
 L  L  Q  L  E  E  L  A  A  S  Y  Q  A  M  K  E  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

val_euk_C_subellipsoidea

Class I

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/amino acid sequences/Csubellipsoidea_val_aa

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/nucleotide sequences/Csubellipsoidea_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  D  A  A  R  A  T  P  K  G  Q  K  K  D  Y  A  A  E  M  P  K  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  P  K  F  V  E  A  A  T  Y  A  W  W  E  D  C  G  Y  F  K  P  N  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  D  A  E  P  F  V  I  V  I  P  P  P  N  V  T  G  S  L  H  L  G  H  A 
 -  -  -  -  -  -  V  I  V  I  P  P  .  N  V  T  G  S  L  H  L  G  H  A 
------------------GTGATCGTTATCCCACCC---AATGTGACGGGCTCGTTGCACCTTGGCCATGCT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  M  V  A  V  E  D  T  L  T  R  W  H  R  M  S  G  R  N  A  L  W  V  P 
 L  M  V  A  V  E  D  T  L  T  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  L  W  V  P 
CTCATGGTCGCCGTAGAGGATACACTGACGCGGTGG------------------------CTGTGGGTACCT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  T  D  H  A  G  I  A  T  Q  T  V  V  E  K  Q  L  Q  R  E  Q  G  I  T 
 G  T  D  H  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGAACAGACCATGCAGGC------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  H  D  L  G  R  E  A  F  V  G  E  V  Y  K  W  V  D  T  Y  G  G  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  Y  G  G  K  I 
---------------------------------------------------GACACTTACGGAGGCAAGATC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  A  Q  L  R  R  M  G  A  S  P  D  W  S  R  L  A  F  T  M  D  D  K  L 
 L  A  Q  L  R  R  M  .  .  .  .  D  -  -  R  L  A  F  T  M  D  -  -  - 
CTGGCGCAGCTGCGGCGTATG------------GAC------CGCCTGGCATTCACCATGGAC---------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  A  A  V  L  E  A  F  L  R  L  H  K  E  G  L  I  Y  R  D  N  R  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  W  C  T  R  L  K  T  A  V  S  D  I  E  V  D  Y  I  D  I  A  E  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  L  A  V  P  G  Y  D  E  K  V  M  F  G  V  L  T  S  F  A  Y  P  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  G  A  G  E  I  V  V  A  T  T  R  P  E  T  M  L  G  D  T  A  V  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  P  D  D  P  R  Y  A  H  L  H  G  K  H  V  V  H  P  L  D  G  R  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  I  I  T  D  A  E  L  V  D  I  S  F  G  T  G  A  V  K  I  T  P  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  P  N  D  F  A  T  G  K  R  H  A  L  D  F  I  N  I  L  T  N  D  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  N  E  R  G  G  Q  F  A  G  Q  P  R  F  Q  A  R  K  T  V  V  D  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  E  K  G  L  Y  R  G  E  A  G  N  A  M  R  L  G  L  C  S  R  S  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  I  E  P  V  L  K  P  Q  W  W  V  S  C  K  G  M  A  D  D  A  C  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  R  D  G  R  I  S  I  L  P  D  E  F  K  A  T  W  F  R  W  L  E  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  D  W  C  I  S  R  Q  L  W  F  G  H  R  I  P  A  Y  Y  V  T  L  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  G  D  A  A  P  P  G  T  M  D  E  R  M  D  R  W  V  V  A  R  D  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 S  A  R  K  V  A  E  E  R  F  P  G  K  V  Q  N  L  V  Q  D  D  D  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  T  W  F  S  S  G  L  F  P  F  S  V  F  G  W  P  E  Q  T  P  D  L  A 
 D  T  W  F  S  S  G  L  F  P  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACACCTGGTTTTCCTCGGGCCTGTTCCCCTTC---------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  Y  Y  P  T  T  L  L  E  T  G  H  D  I  L  F  F  W  V  A  R  M  V  M 
 -  -  -  -  -  -  L  L  E  T  G  H  D  I  L  F  F  .  V  A  R  M  V  M 
------------------CTGCTGGAGACGGGGCACGACATCCTCTTCTTC---GTCGCCCGCATGGTCATG

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 M  G  M  K  L  T  G  E  V  P  F  K  Q  I  Y  L  H  S  M  V  R  D  A  H 
 M  G  M  K  L  -  -  -  -  -  F  .  Q  I  Y  L  H  -  -  -  -  -  -  - 
ATGGGCATGAAACTC---------------TTC---CAGATCTACCTGCAC---------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  R  K  M  S  K  S  L  G  N  V  I  D  P  L  H  V  I  E  G  I  S  L  E 
 -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------AAGATGTCCAAGTCC---------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 G  L  Y  S  T  L  G  G  G  N  L  E  K  N  E  M  E  R  A  K  Q  G  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 A  D  F  P  E  G  I  E  E  C  G  T  D  A  L  R  F  T  L  L  S  Y  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Q  A  L  S  V  N  L  D  I  K  R  V  V  A  N  R  Y  W  C  N  K  L  W  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 A  V  K  F  A  L  E  R  L  G  D  D  F  R  P  S  P  Q  L  P  A  A  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 L  P  L  P  C  R  W  I  L  S  R  L  N  A  A  T  Q  K  V  V  T  G  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 T  Y  S  F  A  D  G  T  Q  A  L  Y  G  W  W  Q  Y  D  L  C  D  V  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  L  V  K  P  V  I  P  R  P  G  A  E  A  E  A  A  G  A  E  T  A  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 A  A  F  T  S  S  P  E  G  Q  Q  A  Y  K  D  T  L  W  L  C  L  D  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 L  R  L  L  H  P  F  M  P  F  V  T  E  E  L  W  Q  R  L  P  G  R  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 Q  S  G  G  F  A  S  I  M  I  A  P  F  P  A  A  Q  P  S  W  A  D  P  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 G  E  D  E  V  A  L  I  L  D  V  V  R  A  A  R  S  L  R  S  D  Y  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 K  T  K  Q  R  Q  A  L  H  I  A  C  K  V  A  S  S  A  D  V  L  R  R  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 S  E  L  I  G  T  L  A  L  S  D  T  V  K  V  L  Q  E  G  E  E  A  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 G  C  G  V  Y  V  V  N  D  A  M  T  V  C  L  D  L  E  G  I  V  D  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 K  E  A  E  K  L  Q  A  K  Q  A  K  L  A  E  Q  I  E  V  L  N  T  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 S  M  S  D  Y  E  E  K  T  P  E  D  I  R  R  A  D  A  E  K  L  K  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005
 A  D  E  E  A  M  L  Q  Q  H  L  K  S  M  L  E  R  A  Q  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

val_euk_P_chromatophora

Class I

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_val_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  A  V  S  S  F  N  N  A  S  E  M  L  A  K  V  Y  E  P  V  E  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  R  W  Q  K  A  W  E  E  S  R  I  F  H  P  D  P  N  A  P  G  E  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  V  V  I  P  P  P  N  V  T  G  S  L  H  M  G  H  A  F  N  S  A  L  I 
 S  V  V  I  P  P  .  N  V  T  G  S  L  H  M  G  H  A  F  N  S  A  L  I 
TAGAATTTCTTTATTAGC---TGATAAATCTCTCTCCAAACGAATTCTAAGAGCTTCTAGATCGACTAATCC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  T  I  V  R  F  Q  R  L  L  G  K  N  T  L  C  L  P  G  T  D  H  A  S 
 D  T  I  V  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  L  C  L  P  G  T  D  H  A  S 
ATCAATAGGAAGCAATAC------------------------TAAACATGAAGGTAATTCTGGACTTTCCCA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  A  V  Q  T  I  L  E  R  Q  L  K  E  Q  G  K  S  K  E  D  L  G  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  F  L  D  L  A  W  R  W  K  V  Q  S  G  G  I  I  V  N  Q  M  R  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Q  S  G  G  I  I  V  N  Q  M  R  R  L 
------------------------------TGCAAACTGATTCGGCTTAAGTCCGGCTACTGTACGAAGGTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  Y  S  A  D  W  Q  R  E  R  F  T  L  D  K  G  L  N  D  A  V  I  E  A 
 .  .  .  .  D  -  -  R  E  R  F  T  L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------AAT------AATAAATTCTAAGAATTGTTG------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  V  L  L  H  E  Q  G  L  I  Y  R  G  E  Y  L  V  N  W  C  P  A  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  A  V  S  D  L  E  V  E  T  R  D  V  K  G  S  L  W  Y  F  R  Y  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  N  S  S  A  Y  L  E  I  A  T  T  R  P  E  T  L  L  G  D  V  A  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  N  P  D  D  K  R  Y  K  S  L  V  G  Q  K  L  I  L  P  L  V  G  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  F  I  I  A  D  D  H  V  D  A  N  F  G  T  G  C  V  K  V  T  P  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  P  N  D  F  A  I  G  M  R  H  N  L  S  Q  V  T  V  I  D  K  N  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 M  N  D  M  A  G  I  F  A  G  L  D  R  F  Q  A  R  K  A  V  V  A  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  A  K  G  L  L  V  K  I  E  T  Y  Q  H  S  I  P  Y  S  D  R  G  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  I  E  P  L  L  S  F  Q  W  F  V  N  A  E  P  L  A  L  N  C  R  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  D  T  D  H  L  K  F  V  P  K  R  W  E  K  V  Y  R  N  W  L  I  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  D  W  C  I  S  R  Q  L  W  W  G  H  Q  I  P  V  W  F  V  I  S  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 N  S  Q  L  N  E  H  T  P  Y  I  V  A  R  T  S  V  E  A  L  E  Q  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  C  Y  G  D  K  I  V  I  N  Q  D  E  D  V  L  D  T  W  F  S  S  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  T  W  F  S  S  G  L 
------------------------------------------------AGCCACTATATAAGGCGTATGCTC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 W  P  F  S  T  L  G  W  P  D  S  N  S  A  D  F  Q  C  W  Y  P  N  S  T 
 W  P  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T 
GTTAAGTTG------------------------------------------------------------ACT

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  V  T  G  F  D  I  I  F  F  W  V  A  R  M  T  M  M  A  S  S  F  T  K 
 L  V  T  G  F  D  I  I  F  F  .  V  A  R  M  T  M  M  A  S  S  F  -  - 
AATACACCAATCTCTAATGTCTATTAGCCA---GCGATATACTTTTTCCCAGCGTTTTGGTACAAA------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  M  P  F  K  E  V  Y  I  H  G  L  V  R  D  E  N  N  C  K  M  S  K  S 
 -  -  -  F  .  E  V  Y  I  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S 
---------ATC---TGCTTCACGACAATT---------------------------CCATTGAAAAGATAA

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 M  G  N  G  I  D  P  L  V  L  I  D  R  Y  G  A  D  A  L  R  F  A  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 W  E  V  A  G  A  G  Q  D  I  R  L  D  Y  N  R  N  E  N  T  S  L  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 E  S  S  R  N  F  A  N  K  I  W  N  A  C  R  F  T  L  M  N  L  N  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 N  T  N  N  L  G  T  P  D  P  R  Q  L  K  L  S  D  R  W  I  L  S  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 A  Q  V  N  I  E  M  S  E  Y  Y  S  S  Y  N  L  G  E  A  A  K  A  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  F  T  W  N  D  L  C  D  W  F  I  E  L  A  K  R  R  I  N  S  D  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 T  L  R  Q  T  T  F  Q  V  L  M  I  V  L  E  Q  I  L  V  M  L  H  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 M  P  H  I  T  E  E  L  W  H  G  L  M  R  V  P  A  N  V  F  L  A  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 P  W  P  M  I  D  R  G  A  I  D  N  L  L  E  Q  Q  F  L  E  F  I  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 I  R  I  V  R  N  L  R  T  V  A  G  L  K  P  N  Q  F  A  P  V  L  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 T  K  R  S  D  L  A  A  V  L  K  E  S  I  Q  D  I  M  S  L  T  R  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 L  V  E  I  L  W  E  S  P  E  L  P  S  C  L  S  G  M  S  G  E  L  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 L  L  P  I  D  G  L  V  D  L  E  A  L  R  I  R  L  E  R  D  L  S  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 N  K  E  I  L  I  L  I  N  R  L  D  N  P  N  F  I  N  K  A  P  E  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 V  S  E  A  K  T  N  L  E  Q  L  K  I  Q  S  A  V  A  Q  G  R  L  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916
 I  L  G  F 
 -  -  -  - 
------------

val_euk_C_parvum_Iowa_II

Class I

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/amino acid sequences/Cparvum_val_aa

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/nucleotide sequences/Cparvum_val_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  T  D  K  F  K  L  F  A  D  F  L  K  D  K  P  S  L  K  H  E  M  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  S  Y  N  P  S  E  V  E  S  H  W  D  A  I  W  C  E  S  K  I  Y  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  F  E  R  A  S  N  L  P  F  E  N  K  F  V  I  A  L  P  P  P  N  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  I  A  L  P  P  .  N  V  T 
------------------------------------------GTTATTGCCCTTCCTCCC---AATGTTACG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  R  L  H  L  G  H  T  L  T  A  A  I  Q  D  S  L  C  R  Y  N  R  L  I 
 G  R  L  H  L  G  H  T  L  T  A  A  I  Q  D  S  L  C  R  Y  -  -  -  - 
GGAAGGCTTCATTTGGGTCATACACTTACTGCAGCAATTCAAGATAGTTTATGCCGTTAT------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  K  E  V  L  W  I  P  G  T  D  H  A  G  I  A  T  Q  T  V  V  E  R  I 
 -  -  -  -  L  W  I  P  G  T  D  H  A  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------CTTTGGATTCCAGGCACAGATCATGCCGGC------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  H  Q  T  D  N  V  T  R  H  D  L  G  R  D  N  F  L  K  K  V  W  E  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  E  K  H  G  S  A  I  C  S  Q  F  R  R  L  G  C  S  L  D  W  S  R  E 
 -  E  K  H  G  S  A  I  C  S  Q  F  R  R  L  .  .  .  .  D  -  -  R  E 
---GAAAAACATGGATCTGCTATCTGTTCTCAATTTCGTAGACTT------------GAT------AGAGAA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  F  T  L  D  E  N  M  S  K  A  V  N  N  A  F  I  Q  L  F  N  Q  G  Y 
 F  F  T  L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTTTTACCTTGGAT---------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  F  R  K  T  R  L  V  S  W  C  S  Y  L  R  T  A  L  S  D  I  E  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  L  E  V  N  K  P  S  R  I  R  I  P  G  Y  E  K  T  V  E  V  G  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 W  H  F  S  Y  P  L  E  Q  H  G  Q  T  H  E  W  H  F  M  P  E  N  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 N  I  E  K  I  T  V  A  T  T  R  I  E  T  M  L  G  D  V  A  I  A  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  K  D  N  R  Y  K  S  L  I  G  K  Y  C  L  H  P  F  I  K  D  R  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  I  I  A  D  E  H  V  D  P  E  F  G  T  G  C  V  K  I  T  P  A  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  N  D  F  E  I  A  S  R  Y  N  E  K  H  K  S  E  P  L  F  E  K  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  I  S  V  F  T  N  D  G  N  I  G  P  G  F  G  I  F  S  G  I  H  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  C  R  E  L  V  E  K  E  L  E  K  I  K  L  L  V  E  K  T  P  N  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  M  Q  I  P  I  C  S  R  S  N  D  I  V  E  L  F  L  I  P  Q  W  W  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 N  C  K  P  F  A  E  K  A  C  K  A  V  K  N  H  E  L  Q  I  E  P  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 H  E  Q  T  W  F  Y  W  L  E  N  I  Q  D  W  C  I  S  R  Q  L  W  W  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 H  R  I  P  A  Y  K  I  I  S  S  K  L  N  S  T  E  E  I  W  V  A  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  E  E  T  A  I  K  E  A  I  Q  K  Y  G  L  S  E  C  D  F  H  V  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  S  D  V  L  D  T  W  F  S  S  G  L  I  P  F  S  P  L  G  W  P  D  E 
 -  -  -  -  -  D  T  W  F  S  S  G  L  I  P  F  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GATACATGGTTTTCATCTGGTTTAATACCATTT------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  N  Q  K  T  K  L  N  D  L  S  T  F  F  P  T  T  L  L  E  T  G  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  E  T  G  S  D 
---------------------------------------------------CTTTTAGAAACTGGATCAGAT

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 I  L  F  F  W  V  A  R  M  V  M  L  S  F  A  C  T  D  K  L  P  F  K  T 
 I  L  F  F  .  V  A  R  M  V  M  L  S  F  A  C  -  -  -  -  -  F  .  T 
ATATTATTCTTT---GTTGCGCGAATGGTCATGTTGAGTTTTGCTTGT---------------TTC---ACT

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  Y  L  H  A  M  V  R  D  S  Q  G  R  K  M  S  K  S  L  G  N  V  I  D 
 I  Y  L  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  M  S  K  S  -  -  -  -  -  - 
ATTTATTTACAT---------------------------AAGATGTCAAAATCA------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 P  I  E  I  I  E  G  I  S  L  D  D  L  N  K  K  L  D  Q  G  N  L  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Q  E  I  K  K  S  K  E  N  N  L  K  D  F  P  D  G  I  P  E  C  G  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 A  L  R  I  G  L  L  A  Y  T  K  Q  G  R  N  I  N  L  D  T  K  R  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 A  Y  R  H  F  C  N  K  L  W  N  A  C  K  F  A  F  G  N  I  E  N  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 N  H  M  K  Q  N  F  E  A  I  T  I  N  E  L  F  S  N  H  S  E  D  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 W  E  D  Y  Y  I  L  Y  R  L  M  V  C  I  N  C  V  K  E  S  F  D  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  F  S  D  V  V  T  A  T  Y  N  F  W  L  Y  E  L  C  D  V  Y  L  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 I  K  S  R  F  K  N  I  E  S  S  F  R  Y  A  Y  T  A  A  Q  V  L  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 C  I  E  Y  G  L  V  L  L  H  P  L  T  P  F  V  T  E  E  L  Y  Q  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 K  Q  V  T  R  S  S  I  I  S  S  I  S  T  S  E  F  P  Q  I  F  V  H  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 G  L  I  S  S  R  D  H  E  F  K  K  M  M  N  I  V  T  K  I  R  S  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 A  I  L  G  I  S  N  K  D  K  I  N  I  K  V  H  V  V  Y  N  G  T  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 E  Y  I  D  L  I  S  N  V  A  A  A  F  V  T  K  L  S  Q  I  G  G  T  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 V  L  L  N  P  S  I  D  E  I  D  E  L  K  K  N  C  L  L  D  I  V  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 K  T  V  Y  Y  L  K  P  P  E  F  V  D  L  S  I  A  L  K  K  I  E  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

985986987988989990991992993994995996997998999100010011002100310041005100
 I  D  S  N  V  K  S  L  E  S  Y  N  K  K  K  S  S  S  S  Y  D  K  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

610071008100910101011101210131014101510161017101810191020102110221023102
 E  S  V  K  K  L  N  D  E  K  I  D  Q  L  V  S  T  I  D  A  L  R  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

410251026102710281029103010311032103310341035103610371038103910401041104
 H  S  N  I  E  S  L  I  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

ala_arch_P_delaneyi

Class II

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_ala_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  A  D  P  K  E  Y  Q  L  E  F  F  R  E  K  G  F  T  R  R  R  C  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  G  G  E  Y  F  W  T  L  N  P  E  Q  E  H  C  N  D  A  P  C  V  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  F  W  N  L  P  K  K  V  N  D  L  S  V  A  E  A  R  R  K  F  I  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  A  E  A  R  R  K  F  I  R  F 
------------------------------------TGCACCAATCTCTACCATTAATCCTTGTTCCACGGG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  E  R  N  G  H  E  F  I  E  P  R  P  V  V  A  R  W  R  E  D  L  Y  L 
 F  E  R  N  G  H  E  F  I  E  .  R  P  V  V  A  -  -  -  -  -  -  Y  L 
TATTAGCGCAATTGTAATGCCATCAGGATC---TTGGCTTAGTAATTT------------------ATCATG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  I  A  S  I  V  V  F  Q  P  H  V  T  S  G  V  V  P  P  P  A  N  P  L 
 T  I  A  S  I  V  V  F  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  P  L 
GAGCGGCAGTTTATCTTTAACAACATA------------------------------------GATCCTCTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  I  V  Q  P  S  I  R  L  E  D  I  D  N  V  G  L  T  L  G  R  H  L  T 
 V  I  V  Q  P  S  I  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T 
GGCTAATTGTTCGACTATATATCTCCG------------------------------------------TAG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  F  E  M  G  G  H  H  A  F  N  Y  P  D  K  H  V  Y  W  K  E  E  T  V 
 S  F  E  M  G  G  H  H  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  E  E  T  V 
CTTCTCTACACGCTTCTCGAGCTCCGTGAC---------------------------GTTTACACGCTCCTC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  L  A  F  E  F  F  T  E  E  L  G  I  P  P  E  H  I  T  F  K  E  S  W 
 R  L  A  F  E  F  F  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAGCTCTGAGGCATAACGAGCAAC------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 W  E  G  G  G  N  A  G  P  S  F  E  V  T  V  G  G  L  E  L  A  T  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  F  E  V  T  V  -  -  -  E  L  A  T  L  V 
---------------------------TATCTCGGCAGTATTGGC---------GCCAAAGCACGCCTCTAC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  M  Q  Y  R  V  T  D  G  G  Y  E  P  I  P  L  R  V  V  D  T  G  Y  G 
 F  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  V  V  D  T  G  Y  G 
ATCCCA---------------------------------------AACGCCACCTTGATATAGCCTAAATCC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  E  R  L  A  W  F  T  Q  K  V  P  T  A  F  H  A  I  Y  G  S  L  L  D 
 I  E  R  L  A  W  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTAGAGTTTCTCGGCCTCATT---------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  F  Y  K  L  L  G  I  E  P  A  P  R  N  L  L  W  A  A  A  R  D  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  L  D  P  E  N  P  E  S  I  K  R  F  Y  E  R  A  A  R  D  V  G  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  S  E  A  E  K  L  L  R  R  E  A  A  V  Y  A  L  L  D  H  S  K  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  L  M  L  A  D  G  I  V  P  S  N  T  G  E  G  Y  L  A  R  L  V  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  A  I  R  L  I  K  K  L  G  S  D  V  S  L  V  E  L  V  E  R  Q  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  W  G  N  D  Y  Y  P  Q  M  L  R  N  I  D  Y  I  L  K  V  T  R  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  E  R  Y  R  R  S  L  E  R  G  L  R  E  V  T  R  L  L  R  R  K  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  S  L  D  D  L  I  V  L  Y  D  S  H  G  L  P  P  D  M  V  A  E  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  K  L  G  V  K  V  D  V  P  H  N  F  Y  A  I  V  A  E  R  H  G  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  G  I  A  R  R  A  E  H  P  S  L  P  Q  D  V  V  G  W  L  K  G  F  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  T  E  R  L  F  H  Q  N  P  Y  L  R  E  F  N  A  K  V  L  G  V  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  Y  L  V  L  D  R  T  A  F  Y  P  T  G  G  G  Q  L  H  D  T  G  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 R  L  C  G  E  E  Y  Q  V  K  R  V  E  K  V  G  D  V  I  V  H  V  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  E  P  R  S  N  C  S  E  A  W  G  R  I  D  W  E  R  R  Y  R  L  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 H  H  T  G  V  H  V  I  L  G  A  A  R  R  V  L  G  E  H  V  W  Q  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 A  E  K  T  P  E  K  A  R  L  D  I  T  H  Y  E  T  P  S  P  E  E  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 R  I  E  E  L  A  N  R  A  I  L  E  R  I  D  V  E  T  K  I  M  D  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  A  E  K  L  Y  G  F  R  L  Y  Q  G  G  V  P  M  T  P  K  L  R  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 K  I  G  D  W  D  V  E  A  C  F  G  T  H  V  A  N  T  A  E  I  G  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 K  I  T  R  V  E  K  L  Q  D  G  V  I  R  L  E  L  V  A  G  S  E  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 R  Y  A  S  E  L  E  E  R  V  N  R  V  A  N  I  V  S  G  S  V  T  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 E  K  R  V  E  K  L  I  R  D  Y  N  N  T  R  Q  N  L  N  K  L  R  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 I  V  E  Q  L  A  E  R  I  K  K  E  P  L  T  I  D  G  I  R  I  Y  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 K  D  K  L  P  L  H  D  L  Y  Q  E  L  T  K  L  L  S  Q  E  D  P  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 I  T  I  A  L  I  P  V  E  Q  G  L  M  V  E  I  G  A  G  S  S  A  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 R  V  N  L  R  E  L  A  R  L  L  S  N  K  G  F  R  G  G  G  K  P  T  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 I  N  M  L  A  R  N  V  D  E  N  E  V  L  E  V  I  I  S  A  L  R  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917
 I  K  E  K  P 
 -  -  -  -  - 
---------------

ala_arch_T_volcanium

Class II

Archaea/Thermoplasma volcanium/amino acid sequences/Tvolcanium_ala_aa

Archaea/Thermoplasma volcanium/nucleotide sequences/Tvolcanium_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  M  E  K  Q  T  G  E  L  D  L  K  F  F  K  N  N  G  F  E  K  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 C  R  V  C  G  S  Y  F  W  T  T  D  S  R  R  E  T  C  G  D  T  P  C  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  Y  T  F  I  G  N  P  P  V  P  K  K  Y  T  L  S  E  M  R  K  A  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  L  S  E  M  R  K  A  F  F 
------------------------------------------GATCCTTGAAACTATGTCGATATCGCTTGT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  F  F  E  K  R  G  H  K  L  L  E  P  Y  P  V  V  P  R  W  R  E  D  V 
 D  F  F  E  K  R  G  H  K  L  L  E  .  Y  P  V  V  P  -  -  -  -  -  - 
TTCAGCTTCTATTGCAGGAATCTCCTTTTCCCCAAG---TATCGAGTTGGATTT------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  L  V  N  A  S  I  Y  D  F  Q  P  H  V  T  S  G  I  V  K  P  P  G  N 
 L  L  V  N  A  S  I  Y  D  F  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N 
TAGTTTTGTACGGGCAGAGTCTAGATCTCTTTT------------------------------------ATC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  I  V  M  S  Q  P  S  I  R  M  N  D  V  D  L  V  G  V  T  G  R  H  L 
 P  I  V  M  S  Q  P  S  I  R  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCAGCTTGATCTATGTTCTTTTTCGATATATT---------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  S  F  E  M  L  C  H  D  A  F  N  S  K  N  D  F  V  Y  W  K  E  E  T 
 T  S  F  E  M  L  C  H  D  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  E  E  T 
CTCCAAAGCCGGAACACCTGCAACGAACGTTAT---------------------------TATCTTCTTTAT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  R  Y  S  Y  E  F  L  T  D  G  L  G  I  D  G  S  L  I  T  Y  K  E  K 
 V  R  Y  S  Y  E  F  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTAAGCACACCTATCGACGATATATT---------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  W  S  G  G  G  N  A  G  N  A  L  E  V  F  V  R  G  L  E  V  A  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  E  V  F  V  -  -  -  E  V  A  T  L 
------------------------------AACGCCACCTTCAAAGAG---------ATACTTACCTATGGC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  F  M  D  M  K  E  D  Q  E  G  E  V  E  I  E  G  T  R  Y  T  K  M  D 
 V  F  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATATACCA---------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 M  Q  I  V  D  T  G  Y  G  L  E  R  L  T  W  L  S  Q  G  T  P  T  V  Y 
 M  Q  I  V  D  T  G  Y  G  L  E  R  L  T  W  L  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTTTTGATGGTGTCCTCATCAATTCTTTTGTAGTGGGTTATGTCAAG------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Q  A  I  Y  P  E  I  I  D  Y  V  L  E  N  S  Y  V  E  S  I  D  N  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  S  D  V  V  R  V  S  V  M  R  E  P  Y  D  E  A  F  V  L  S  T  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  K  Y  P  N  A  L  E  R  F  E  K  A  K  K  V  R  D  I  F  V  L  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  A  R  S  L  M  H  M  F  E  A  F  V  I  P  S  N  V  K  V  G  Y  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  L  L  I  R  R  S  I  R  A  Q  K  N  I  G  F  K  G  S  L  I  N  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  R  N  Y  N  E  L  K  D  I  V  K  P  L  P  I  E  F  I  K  D  V  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  E  M  Q  K  Y  S  E  L  E  K  R  G  Q  Q  V  I  E  K  I  L  K  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  S  I  D  I  D  D  L  V  L  L  Y  D  S  H  G  I  S  P  D  V  V  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 M  A  A  E  K  G  L  K  V  M  I  P  P  N  F  H  A  M  V  I  S  R  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  K  S  A  L  K  K  S  A  K  V  Y  P  N  I  E  T  R  T  L  Y  Y  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 S  T  M  R  E  F  T  G  L  V  M  Y  S  K  G  N  E  V  I  L  D  K  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 F  Y  P  E  G  G  G  Q  P  A  D  H  G  Y  F  E  F  K  G  K  K  I  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  D  V  Q  K  H  G  N  A  I  V  H  K  L  D  G  E  I  P  E  G  V  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 K  G  V  I  D  W  E  R  R  S  R  L  M  V  H  H  T  A  T  H  L  L  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 V  L  R  D  I  L  G  D  H  V  W  Q  S  G  V  Q  K  D  V  S  E  S  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  I  T  H  Y  K  R  I  D  E  D  T  I  K  K  I  E  H  R  I  F  E  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 T  E  G  R  P  V  S  V  K  N  L  D  W  Y  M  A  I  G  K  Y  G  F  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 F  E  G  G  V  P  L  S  P  K  V  R  V  V  E  I  E  G  V  D  A  E  G  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 G  G  T  H  L  K  N  I  S  S  I  G  V  L  K  I  K  K  I  E  A  I  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 N  I  Y  R  I  T  F  V  A  G  V  P  A  L  E  L  F  E  D  S  Y  D  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 Y  R  V  S  N  I  S  K  K  N  I  D  Q  A  G  D  F  V  E  N  T  V  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  S  K  I  K  R  D  L  D  S  A  R  T  K  L  I  E  E  E  I  R  K  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 S  I  K  L  G  E  K  E  I  P  A  I  E  A  E  T  S  D  I  D  I  V  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 I  A  H  S  K  G  I  E  V  I  I  E  S  R  V  G  T  K  F  R  Y  T  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 S  P  S  G  K  S  K  Q  I  L  H  D  L  L  H  T  D  A  E  G  N  D  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878
 S  Y  V  I  V  D  H  K  E  L  S  I  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

ala_arch_S_acidocaldarius

Class II

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/amino acid sequences/Sacidocaldarius_ala_aa

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/nucleotide sequences/Sacidocaldarius_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  K  A  N  E  N  E  Y  R  L  N  F  F  L  S  R  G  Y  E  R  K  I  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  S  C  S  T  P  F  W  T  L  D  K  L  K  E  N  C  S  D  V  P  C  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  Y  F  F  D  I  N  I  K  S  P  P  L  T  V  R  E  S  R  E  K  F  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  V  R  E  S  R  E  K  F  L  R 
---------------------------------------GCCTCTGATACTAATTACAATATTTTGATTGTT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  F  E  K  R  G  H  T  I  V  P  P  K  P  V  V  A  K  W  R  D  D  L  Y 
 F  F  E  K  R  G  H  T  I  V  P  .  K  P  V  V  A  -  -  -  -  -  -  Y 
AGATGTGATCTTCCTCATTACTTCTTTTATAAG---TTCATCTATGAAGTC------------------AAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  T  I  A  S  I  V  D  F  Q  P  F  V  T  S  G  L  A  K  P  P  A  N  P 
 L  T  I  A  S  I  V  D  F  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  P 
TCCATTGACGCTTATTCTCTCTGCAATCTC------------------------------------TAACAA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  V  V  S  Q  P  C  I  R  L  E  D  V  D  N  V  G  I  T  F  G  R  H  L 
 L  V  V  S  Q  P  C  I  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTCTGCAAGTTCTCATGTTCTTCTAAATG------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  T  F  E  M  A  A  H  H  A  F  N  Y  P  D  K  Q  I  Y  W  K  D  E  T 
 T  T  F  E  M  A  A  H  H  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  D  E  T 
TAATTTCGAGATTTCATTTAATTTCTCGTCCTG---------------------------ACCAGCTACATA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  A  F  A  K  E  F  F  T  E  E  L  G  I  P  E  D  Q  L  N  F  K  E  S 
 V  A  F  A  K  E  F  F  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCTAGTCTTATTACACCGTCTTGAAG---------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 W  W  E  G  G  G  N  A  G  P  C  F  E  V  T  V  G  G  L  E  L  A  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  F  E  V  T  V  -  -  -  E  L  A  T  L 
------------------------------ATCCCAATTTTCTATTTC---------TATCTCAGATCCTTC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  F  M  Q  Y  E  I  R  G  Q  D  Y  V  P  L  K  L  K  I  V  D  T  G  Y 
 V  F  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  I  V  D  T  G  Y 
AGGTATTCC---------------------------------------AGTCCTCTCAATATATAGTGGTCT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  V  E  R  I  A  W  F  T  Q  R  T  P  T  A  F  H  A  I  Y  G  N  L  V 
 G  V  E  R  I  A  W  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACTTTTCTGCGGTCATTAATTAT------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  S  F  Y  K  K  I  G  V  S  E  V  N  N  E  L  L  K  A  A  A  I  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  R  I  D  P  D  I  K  E  T  I  T  T  H  R  E  H  L  A  K  Q  L  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  L  K  Y  V  N  E  E  L  T  R  A  A  R  V  F  Q  V  L  D  H  T  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  A  L  M  L  A  D  G  L  V  P  S  N  S  G  E  G  Y  L  G  R  L  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  R  A  L  R  V  L  R  L  L  G  S  D  V  K  L  H  E  L  I  K  D  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  Y  W  K  E  D  F  P  Q  M  L  K  N  K  N  Y  I  I  D  A  V  I  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  E  K  Y  N  D  T  I  S  K  I  P  S  I  L  S  T  L  S  K  K  S  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  L  D  E  L  I  N  I  Y  D  S  N  G  I  S  P  D  L  I  L  D  E  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  R  N  I  N  I  S  V  E  I  P  H  N  F  Y  S  I  V  A  K  K  H  Q  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  L  V  R  E  N  K  K  D  K  I  P  K  E  V  I  D  E  I  N  N  K  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  P  T  V  P  L  Y  Y  K  D  Q  Y  L  R  T  F  N  A  K  V  L  L  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  N  F  L  V  L  D  Q  T  T  F  Y  P  E  G  G  G  Q  I  G  D  T  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  R  S  I  E  G  N  K  Q  V  K  V  V  D  T  Q  K  Y  K  G  V  I  V  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 I  L  D  K  D  S  P  F  I  Q  G  E  Q  V  Y  G  E  I  D  W  Q  R  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 R  I  M  K  H  H  T  V  T  H  V  I  L  S  A  T  R  K  V  L  G  E  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 W  Q  A  G  A  E  K  T  E  Y  K  G  R  L  D  V  T  H  Y  K  L  P  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 E  E  I  R  K  I  E  D  F  A  N  Y  I  I  N  D  R  R  K  V  R  P  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 I  E  R  T  E  A  E  M  K  Y  G  V  S  I  Y  A  G  G  I  P  E  G  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 I  R  L  I  E  I  E  N  W  D  I  E  G  C  G  G  T  H  L  I  N  T  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 I  G  G  V  K  I  V  N  V  E  K  L  Q  D  G  V  I  R  L  E  Y  V  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 D  M  V  S  N  Y  A  R  Q  Q  D  E  K  L  N  E  I  S  K  L  L  N  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 I  S  Q  I  N  V  R  L  K  K  H  L  E  E  H  E  N  L  Q  N  L  L  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 Y  R  K  I  L  L  D  R  I  Q  E  I  A  E  R  I  S  V  N  G  I  T  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 I  L  R  D  F  I  D  E  Q  L  I  K  E  V  M  R  K  I  T  S  N  N  Q  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 I  V  I  S  I  R  G  K  D  T  K  N  V  E  I  A  T  S  K  D  I  K  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 K  I  V  D  E  L  R  K  I  G  G  R  G  G  G  K  G  T  Y  G  S  V  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907
 T  V  E  E  E  K  I  I  D  T  I  K  S  A  I  T  N  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

ala_arch_M_kandleri

Class II

Archaea/Methanopyrus kandleri/amino acid sequences/Mkandleri_ala_aa

Archaea/Methanopyrus kandleri/nucleotide sequences/Mkandleri_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  W  M  K  V  D  P  S  E  F  E  L  E  F  F  E  E  I  G  F  E  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  C  P  E  C  G  E  Y  F  W  G  P  P  E  A  E  V  C  N  E  T  P  C  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  Y  S  F  I  G  D  P  P  A  S  V  K  L  D  V  W  E  A  G  E  E  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  V  W  E  A  G  E  E  F  F 
------------------------------------------GACGTATGGGAGGCCGGAGAGGAGTTCTTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  F  F  E  R  H  D  H  E  V  L  D  R  Y  P  V  V  A  R  W  R  D  D  I 
 R  F  F  E  R  H  D  H  E  V  L  D  .  Y  P  V  V  A  -  -  -  -  -  - 
CGGTTCTTCGAACGGCACGATCACGAGGTCCTCGAC---TACCCCGTCGTCGCC------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  L  T  I  A  S  I  A  C  F  Q  P  W  V  T  S  G  E  V  P  P  P  A  N 
 H  L  T  I  A  S  I  A  C  F  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N 
CACCTGACTATCGCCTCGATAGCCTGCTTCCAA------------------------------------AAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  L  V  I  N  Q  P  C  I  R  L  N  D  I  D  N  V  G  R  T  G  R  H  F 
 P  L  V  I  N  Q  P  C  I  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCTCTAGTGATCAACCAGCCCTGTATACGGCTC---------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  L  F  H  M  G  G  H  H  A  F  N  N  H  P  H  D  R  R  D  I  Y  W  K 
 T  L  F  H  M  G  G  H  H  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
ACGCTCTTCCACATGGGAGGCCACCACGCCTTC------------------------------------AAG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  E  T  V  R  L  C  Y  E  F  T  V  E  K  L  G  I  P  E  E  K  I  A  F 
 E  E  T  V  R  L  C  Y  E  F  T  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGGAAACCGTGCGCCTGTGCTACGAGTTCACCGTG------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  E  S  W  W  E  G  G  G  N  A  G  P  C  F  E  V  V  V  D  G  L  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  F  E  V  V  V  -  -  -  E  L 
---------------------------------------TGCTTCGAGGTGGTGGTC---------GAGCTC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  T  L  V  F  M  Q  Y  E  Q  V  G  G  E  Y  R  E  L  P  Q  K  I  V  D 
 A  T  L  V  F  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  K  I  V  D 
GCGACGCTGGTGTTCATG---------------------------------------CAGAAGATCGTCGAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  G  Y  G  I  E  R  Y  A  W  I  T  T  G  E  P  T  A  Y  D  A  V  F  G 
 T  G  Y  G  I  E  R  Y  A  W  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACCGGGTACGGTATCGAGCGGTACGCGTGGATA---------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  L  V  D  A  T  A  R  D  L  G  V  E  I  D  G  E  A  R  E  I  L  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  A  R  V  A  G  L  M  D  V  E  T  E  S  D  L  R  V  L  R  N  R  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  R  L  D  L  D  V  N  E  L  V  R  V  A  E  P  V  E  F  V  Y  G  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  H  A  R  C  L  A  F  M  L  G  D  G  V  V  P  S  N  A  G  E  G  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  R  L  V  I  R  R  A  L  R  L  L  D  G  L  D  A  E  R  E  Y  L  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  V  E  R  V  L  E  D  L  R  G  T  Y  P  E  L  A  E  R  E  E  Y  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  A  L  E  C  E  I  D  R  Y  T  R  A  L  K  R  G  K  K  E  V  R  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  E  E  K  G  E  L  S  F  E  D  L  V  E  L  Y  D  S  H  G  I  P  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  A  R  E  I  A  E  D  E  G  V  E  V  E  V  P  D  D  F  Y  S  R  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  R  H  E  G  P  E  E  V  E  E  G  L  E  E  L  E  R  I  A  V  E  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  P  E  T  E  L  A  F  Y  D  D  E  K  R  L  E  F  K  A  E  V  I  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Y  E  V  N  G  D  A  W  V  V  L  D  R  T  Y  F  Y  P  E  G  G  G  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 A  D  R  G  T  M  R  W  K  D  G  E  A  E  V  K  D  V  Q  K  V  R  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 V  F  H  R  I  D  G  D  V  P  P  E  G  A  E  V  E  C  E  V  D  G  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 R  M  R  L  T  R  N  H  T  A  T  H  V  I  L  E  A  A  R  R  V  L  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 H  V  W  Q  A  G  A  H  K  S  T  D  E  A  R  L  D  V  T  H  H  R  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 S  D  E  E  L  R  E  I  E  R  L  A  N  E  I  V  M  K  D  L  P  V  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 R  F  M  D  R  N  E  A  E  R  R  Y  G  F  E  L  Y  Q  G  G  V  V  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 R  E  I  R  V  V  E  I  E  G  W  N  V  Q  A  C  A  G  T  H  C  D  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 G  E  I  G  P  I  K  I  V  G  R  E  R  I  Q  D  G  V  E  R  I  R  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  G  E  A  A  L  E  R  I  W  E  T  E  D  L  L  R  E  T  C  E  V  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 V  N  P  E  N  L  P  K  T  V  K  R  F  F  E  E  W  K  E  Q  R  K  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  R  L  E  R  E  L  V  E  A  K  L  R  A  A  P  A  E  G  R  R  V  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 F  T  V  T  L  V  E  L  E  D  V  E  V  G  S  V  A  G  T  V  E  E  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 K  E  H  E  N  L  V  L  V  A  K  I  V  S  N  G  S  C  Q  V  V  V  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 G  E  S  A  P  P  A  G  E  L  M  R  E  I  G  K  L  I  E  G  G  G  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 D  E  R  L  A  Q  G  G  G  R  N  P  D  G  L  T  E  D  R  L  V  E  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918
 E  D  L  A  G  G 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

ala_arch_M_hungatei

Class II

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_ala_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  M  E  D  E  Y  Q  L  E  Y  F  K  S  E  G  L  T  R  N  I  C  S  S  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  K  A  F  W  T  R  N  P  D  R  M  V  C  G  D  A  P  C  E  P  Y  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  G  N  P  I  F  R  A  K  T  V  D  E  M  R  E  A  Y  L  S  F  F  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  V  D  E  M  R  E  A  Y  L  S  F  F  E  K 
---------------------------ACTGTAGATGAAATGCGGGAAGCATATCTCTCCTTTTTTGAGAAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  G  H  T  R  I  D  R  Y  P  V  A  A  R  W  R  D  D  I  Y  L  T  I  A 
 Q  G  H  T  R  I  D  .  Y  P  V  A  A  -  -  -  -  -  -  Y  L  T  I  A 
CAGGGGCATACCCGGATTGAC---TATCCGGTCGCTGCA------------------TATCTGACAATTGCA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  I  A  D  F  Q  P  F  V  T  S  G  V  V  P  P  P  A  N  P  L  T  I  S 
 S  I  A  D  F  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  P  L  T  I  S 
TCGATCGCAGATTTTCAG------------------------------------AATCCCCTTACCATCTCT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  P  C  I  R  L  N  D  L  D  S  V  G  R  S  G  R  H  L  T  C  F  E  M 
 Q  P  C  I  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  C  F  E  M 
CAGCCCTGTATCCGTCTC---------------------------------------ACATGCTTTGAGATG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  A  H  H  A  F  N  S  D  E  K  E  I  Y  W  K  D  R  T  V  E  L  C  D 
 M  A  H  H  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  D  R  T  V  E  L  C  D 
ATGGCTCATCATGCCTTC---------------------------AAAGATCGCACGGTTGAGCTCTGTGAT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  L  L  T  S  L  G  A  N  K  E  M  V  T  Y  K  E  H  P  W  I  G  G  G 
 Q  L  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGCTCCTGACG------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  A  G  P  S  V  E  V  L  I  G  G  L  E  V  A  T  L  V  F  M  S  L  G 
 -  -  -  -  S  V  E  V  L  I  -  -  -  E  V  A  T  L  V  F  M  -  -  - 
------------AGTGTGGAGGTTTTGATA---------GAGGTTGCAACGTTGGTGTTCATG---------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  Q  K  T  E  K  P  P  I  E  L  E  G  T  P  Y  Y  P  M  T  L  R  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  I  V 
------------------------------------------------------------CTTCGGATTGTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  T  G  Y  G  L  E  R  F  V  W  A  S  Q  G  S  P  T  I  Y  D  A  V  F 
 D  T  G  Y  G  L  E  R  F  V  W  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATACGGGGTATGGACTTGAACGGTTTGTCTGGGCA------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  E  M  V  S  H  V  M  Q  E  A  G  F  G  H  R  L  H  D  S  D  F  I  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  L  G  E  N  A  K  F  A  G  L  M  D  I  S  G  Q  R  I  F  E  L  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  V  A  E  K  I  G  I  P  T  D  K  L  E  K  M  I  A  P  V  E  S  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  I  V  D  H  T  R  C  L  S  Y  M  L  G  D  C  I  V  P  S  N  A  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  Y  L  A  R  L  V  L  R  R  T  L  R  M  M  R  E  L  D  L  P  D  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  G  D  L  I  E  R  Q  M  K  I  I  G  L  S  K  F  E  Q  D  P  D  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 M  E  I  V  D  R  E  V  D  K  Y  R  T  T  M  E  R  G  A  R  T  V  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  A  Q  T  Y  K  K  K  C  E  K  I  P  L  D  E  I  I  T  L  Y  D  S  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  I  P  P  D  M  V  K  D  L  A  T  S  Q  G  A  V  V  D  L  P  D  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Y  S  R  I  A  N  M  H  S  E  S  E  Q  I  Q  E  K  N  P  L  F  D  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  R  L  A  H  L  P  E  T  R  K  L  F  Y  E  R  P  G  S  M  E  F  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  V  L  E  I  F  D  G  Q  Y  V  V  L  D  Q  T  L  F  Y  P  E  G  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Q  P  G  D  T  G  L  F  L  T  P  D  G  L  T  V  R  V  C  D  T  I  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  E  S  I  L  H  R  I  D  G  G  N  V  R  K  G  D  M  I  R  G  I  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 E  D  R  R  L  S  L  M  R  H  H  T  A  T  H  I  L  L  H  A  A  K  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 L  G  A  H  I  H  Q  A  G  A  Q  K  G  E  Y  S  S  R  I  D  I  R  H  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 K  H  I  T  P  E  E  L  K  K  I  E  V  V  A  N  R  L  V  M  A  N  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 T  S  I  A  W  E  D  R  T  D  A  E  Q  K  Y  G  F  C  L  Y  Q  G  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 P  P  G  S  R  I  R  V  V  K  V  A  G  D  I  E  A  C  A  G  T  H  C  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 H  T  G  D  I  G  T  I  S  I  I  R  V  E  H  V  Q  D  G  V  E  R  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 F  A  A  G  I  A  A  I  Q  H  K  H  H  Q  E  D  L  L  N  R  S  A  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 F  S  V  Q  V  E  A  L  P  A  T  S  K  R  F  F  D  E  W  K  E  Q  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  I  E  K  L  S  S  R  I  S  E  L  E  S  K  N  L  E  T  V  D  Y  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 I  S  V  L  V  K  R  L  D  L  P  N  P  E  L  V  K  V  A  T  G  I  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 K  G  G  I  A  I  L  V  A  G  G  E  T  A  R  V  V  V  S  S  G  Q  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 V  K  A  G  D  V  I  S  T  V  C  A  V  L  G  G  K  G  G  G  K  P  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 A  Q  G  G  G  P  D  V  S  K  I  D  D  A  L  A  A  G  E  S  F  I  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916
 A  L  H  V 
 -  -  -  - 
------------

ala_arch_M_thermautotrophicus

Class II

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/amino acid sequences/Mthermautotrophicus_ala_aa

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/nucleotide sequences/Mthermautotrophicus_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  T  M  S  H  Q  L  E  K  L  G  Y  R  K  Y  E  C  R  S  C  G  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  W  S  M  K  E  R  A  T  C  G  D  A  P  C  D  E  Y  G  F  I  G  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  T  D  R  S  Y  D  L  Y  E  I  Q  D  K  F  M  E  F  F  A  E  R  G  H 
 -  -  -  -  -  -  D  L  Y  E  I  Q  D  K  F  M  E  F  F  A  E  R  G  H 
------------------GACCTCTATGAGATACAGGATAAATTCATGGAGTTCTTCGCCGAAAGGGGCCAT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  P  I  R  R  Y  P  V  L  A  K  R  W  R  D  D  V  F  L  V  G  A  S  I 
 E  P  I  R  .  Y  P  V  L  A  -  -  -  -  -  -  -  F  L  V  G  A  S  I 
GAACCCATCAGG---TACCCGGTACTTGCA---------------------TTCCTTGTCGGGGCATCAATA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  N  F  Q  P  W  V  T  S  G  L  V  K  P  P  A  N  P  L  V  V  A  Q  P 
 Y  N  F  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  P  L  V  V  A  Q  P 
TACAACTTTCAA------------------------------------AACCCCCTCGTGGTTGCGCAGCCA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  I  R  L  N  D  V  D  N  V  G  R  T  G  R  H  L  T  C  F  T  M  G  G 
 S  I  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  C  F  T  M  G  G 
TCAATAAGACTC---------------------------------------ACATGCTTCACAATGGGGGGT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 H  H  A  F  N  S  E  D  N  T  V  Y  W  E  E  E  T  I  K  Y  C  H  D  F 
 H  H  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  E  E  T  I  K  Y  C  H  D  F 
CATCATGCATTC---------------------------GAAGAAGAAACCATAAAGTACTGTCATGACTTT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  T  H  I  G  I  D  P  S  E  I  T  F  I  E  S  W  W  Q  G  G  G  N  E 
 L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTAACA------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  P  C  Y  E  V  C  V  R  G  V  E  L  A  T  L  V  F  I  Q  Y  R  T  L 
 -  -  C  Y  E  V  C  V  -  -  -  E  L  A  T  L  V  F  I  -  -  -  -  - 
------TGCTATGAGGTATGCGTC---------GAACTTGCAACCCTCGTCTTCATA---------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  D  G  G  R  E  E  I  P  L  K  I  V  D  T  G  Y  G  L  E  R  F  A  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  I  V  D  T  G  Y  G  L  E  R  F  A  W 
---------------------------CTCAAGATAGTTGACACAGGCTATGGCCTTGAAAGGTTCGCCTGG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  S  Q  G  T  P  T  A  Y  D  A  C  L  G  P  V  I  E  K  L  V  E  L  T 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATA---------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  V  K  I  D  E  E  I  L  A  E  N  A  Q  V  A  G  M  M  D  I  E  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  D  L  R  E  L  R  K  R  V  A  D  K  L  G  I  S  V  E  E  L  E  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  A  P  M  E  S  V  Y  A  I  A  D  H  T  R  C  L  A  F  M  L  A  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  I  P  S  N  V  K  E  G  Y  L  A  R  L  I  I  R  R  T  L  R  L  M  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  L  G  M  K  E  S  L  K  D  I  M  N  I  Q  V  E  F  L  E  G  H  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  I  R  S  H  H  E  H  I  L  N  I  I  D  L  E  E  H  R  Y  A  R  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  R  G  R  R  I  V  E  K  T  I  K  Y  L  K  R  D  G  K  A  E  M  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  I  L  I  K  L  Y  D  S  H  G  I  P  P  E  T  I  G  E  I  A  E  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  F  Q  V  K  I  P  D  N  F  Y  T  L  V  A  E  R  N  E  T  E  T  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  E  E  D  V  H  L  D  Y  P  A  T  E  L  L  F  Y  D  E  P  D  D  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  Q  A  E  V  I  G  I  H  E  N  G  L  I  L  D  R  T  L  F  Y  P  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  G  Q  P  S  D  T  G  Y  I  T  A  E  G  C  R  L  R  I  K  H  A  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  G  A  V  V  V  H  R  T  D  D  E  I  C  I  E  P  G  T  T  I  R  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 I  D  S  D  R  R  L  Q  L  T  R  N  H  T  A  T  H  L  I  V  S  A  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 K  V  L  G  D  H  I  W  Q  A  G  A  Q  K  G  V  K  S  S  R  L  D  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 H  Y  R  R  I  T  L  E  E  L  Q  E  I  E  R  L  A  N  E  Y  V  M  M  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 V  P  L  K  V  R  W  M  D  R  D  L  A  E  R  K  Y  G  F  I  L  Y  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 G  V  V  P  G  S  R  I  R  V  V  E  I  P  G  V  D  V  Q  A  C  A  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 H  V  H  R  T  G  D  I  G  L  I  R  I  N  R  T  E  R  I  Q  D  G  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 R  I  E  F  S  A  G  S  A  A  I  E  I  M  Q  K  T  G  D  I  L  R  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 S  D  I  F  K  V  T  P  S  Q  L  P  G  T  C  E  R  F  F  T  E  W  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  R  N  E  V  S  R  L  K  E  K  V  A  S  L  K  I  L  E  M  K  D  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  R  I  N  D  L  T  V  I  I  D  T  V  D  A  D  M  D  E  M  K  N  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 L  E  L  S  A  T  V  D  A  V  V  L  A  N  P  E  G  K  I  V  G  A  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 E  D  A  V  K  A  G  L  R  I  N  E  V  I  S  Q  A  A  A  V  L  G  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 G  G  G  R  P  H  L  A  Q  G  A  G  P  A  T  D  K  V  D  E  A  L  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898
 A  R  A  A  L  S  T  V  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

ala_arch_M_aeolicus_Nankai

Class II

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/amino acid sequences/MaeolicusNankai_ala_aa

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/nucleotide sequences/MaeolicusNankai_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  I  K  H  D  Y  N  V  Q  L  F  K  E  K  G  F  I  R  K  Q  C  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 C  N  Q  Y  F  W  T  L  D  P  K  R  E  T  C  G  D  S  P  C  D  E  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  I  G  S  S  I  T  N  K  E  Y  T  Y  N  E  M  V  K  E  F  L  N  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  N  E  M  V  K  E  F  L  N  F  F 
---------------------------------AATAGAATTATCCTTTTCATTTACTAAATTATCGGCAAT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  K  N  G  H  T  P  I  K  R  Y  P  V  S  A  R  R  W  R  D  D  I  L  L 
 D  K  N  G  H  T  P  I  K  .  Y  P  V  S  A  -  -  -  -  -  -  -  L  L 
AGACATTAACTCCTTAGGAGCTCCCTC---TTTTTCAACCAATAA---------------------AAATTT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  I  A  S  I  A  V  F  Q  P  W  V  T  K  G  I  V  K  P  V  A  N  P  L 
 T  I  A  S  I  A  V  F  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  P  L 
ATCATTGAGATTTCCTTTTTCCAATTC------------------------------------TTGTTCCTT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  I  A  Q  P  C  I  R  L  N  D  I  D  N  V  G  R  T  G  R  H  M  T  C 
 V  I  A  Q  P  C  I  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  C 
CCATTCTTCGAAAAATCTATTTACGGT---------------------------------------GGCATT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  T  M  G  G  H  H  A  F  N  T  D  E  D  F  K  Y  W  T  D  R  T  V  E 
 F  T  M  G  G  H  H  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  D  R  T  V  E 
TAATAAAATATCCTCCATCAGACTTAC---------------------------ATATTCCAATCTTTCTAC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  C  Y  N  F  F  T  N  L  G  I  D  G  S  S  I  T  F  I  E  S  W  W  E 
 L  C  Y  N  F  F  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCCATCTTGAATTCGTTCTGT---------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  G  G  N  A  G  P  C  Y  E  V  I  T  H  G  V  E  L  A  T  L  V  F  M 
 -  -  -  -  -  -  -  C  Y  E  V  I  T  -  -  -  E  L  A  T  L  V  F  M 
---------------------GCCCTCAATATCCAATAT---------ATTTCCTGGAACTACTCCTCCCTG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  Y  E  K  T  E  Q  G  D  Y  I  E  M  P  L  K  I  V  D  T  G  Y  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  I  V  D  T  G  Y  G  L 
------------------------------------------CATAACCGTAGATTTGACTGGTATGGCATC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  R  F  V  W  A  S  K  G  T  P  T  V  Y  E  A  V  F  G  D  I  I  G  K 
 E  R  F  V  W  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAATACTATTTGATTTGC------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  M  D  D  A  N  I  N  M  N  D  I  G  P  K  I  L  A  E  S  A  T  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  L  M  D  I  E  N  V  G  D  L  R  I  L  R  Q  K  V  A  E  K  L  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  V  N  E  L  D  S  I  L  S  P  I  E  N  I  Y  A  I  A  D  H  T  R  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  A  F  M  L  G  D  G  I  V  P  S  N  V  K  D  G  Y  L  A  R  L  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  K  T  L  R  Y  I  K  N  V  G  L  S  L  S  L  K  D  I  V  A  M  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  N  L  K  E  I  Y  P  E  L  M  D  M  K  E  Y  I  M  D  V  L  E  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  N  K  Y  I  Q  T  I  T  K  G  K  G  A  V  E  R  I  A  K  S  K  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  T  L  D  D  L  I  E  L  Y  D  S  K  G  L  P  P  E  V  V  R  D  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  E  I  N  K  K  G  S  K  N  N  K  G  N  K  T  I  K  I  T  V  P  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 F  Y  T  I  V  A  E  R  H  E  E  K  K  E  D  S  K  S  E  K  G  E  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  E  K  S  T  I  S  I  N  L  D  D  I  P  E  T  E  L  L  F  Y  S  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Y  Q  K  E  V  E  A  K  I  L  K  I  I  G  N  V  V  I  L  D  K  T  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Y  P  E  G  G  G  Q  K  Y  D  I  G  L  I  G  N  K  K  I  I  S  V  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 N  N  N  G  I  V  C  H  T  V  E  N  T  D  G  L  N  E  E  D  T  I  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 K  L  N  W  E  N  R  L  N  L  M  R  N  H  T  A  T  H  I  I  N  A  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 S  K  V  L  G  K  H  I  W  Q  T  G  S  N  V  E  S  N  K  A  R  L  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 T  H  Y  K  R  I  T  R  E  E  I  K  E  I  E  K  I  A  N  Q  I  V  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 A  I  P  V  K  S  T  V  M  G  R  N  E  A  E  Q  K  Y  G  F  K  I  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 G  G  V  V  P  G  N  I  L  R  I  L  D  I  E  G  V  D  V  E  A  C  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 T  H  C  Q  N  T  S  E  V  G  Y  I  K  I  L  K  T  E  R  I  Q  D  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  R  L  E  Y  T  S  G  I  N  S  V  N  E  V  S  L  M  E  D  I  L  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 A  S  S  I  V  G  V  P  C  E  N  L  P  K  T  V  N  R  F  F  E  E  W  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  Q  K  K  I  I  E  E  L  H  K  K  I  G  E  L  E  K  G  N  L  N  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 F  E  K  V  G  K  Y  D  L  L  V  E  K  V  E  G  A  P  K  E  L  M  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 A  D  N  L  V  N  E  K  D  N  S  I  V  I  L  L  N  N  S  G  Y  I  L  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 K  C  G  E  K  V  E  I  K  M  G  E  L  L  R  K  I  A  K  G  G  G  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910
 K  M  A  Q  G  K  C  A  D  D  I  E  T  L  K  S  K  V  V  G  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

ala_arch_M_acetivorans

Class II

Archaea/Methanosarcina acetivorans/amino acid sequences/Methanosarcina_acetivorans_ala_aa

Archaea/Methanosarcina acetivorans/nucleotide sequences/Methanosarcina_acetivorans_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  E  D  E  Y  Q  L  D  F  F  K  N  N  G  F  V  R  K  Q  C  Q  K  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  K  F  F  W  T  R  D  P  E  R  N  T  C  G  D  A  P  C  D  P  Y  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  G  S  P  V  F  S  R  E  F  N  I  S  E  M  R  E  Y  Y  L  S  F  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  I  S  E  M  R  E  Y  Y  L  S  F  F  E 
------------------------------AATATTTCAGAGATGCGCGAATACTACCTCTCCTTCTTTGAA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  R  G  H  T  R  L  D  R  Y  P  V  V  A  R  W  R  D  D  I  Y  L  T  I 
 A  R  G  H  T  R  L  D  .  Y  P  V  V  A  -  -  -  -  -  -  Y  L  T  I 
GCAAGAGGGCATACAAGGCTTGAC---TATCCTGTGGTAGCC------------------TACCTGACCATT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  S  I  A  D  F  Q  P  F  V  T  S  G  Q  V  P  P  P  A  N  P  L  T  I 
 A  S  I  A  D  F  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  P  L  T  I 
GCTTCAATCGCAGACTTCCAG------------------------------------AACCCCCTGACGATT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  Q  P  C  I  R  L  N  D  L  D  S  V  G  R  S  G  R  H  L  T  N  F  E 
 S  Q  P  C  I  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  N  F  E 
TCCCAGCCCTGCATCAGGTTA---------------------------------------ACTAATTTTGAA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  M  A  H  H  A  F  N  K  R  G  N  E  I  Y  W  K  E  H  T  L  E  L  C 
 M  M  A  H  H  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  E  H  T  L  E  L  C 
ATGATGGCTCATCACGCTTTC---------------------------AAGGAACACACTCTGGAACTCTGC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  E  L  L  T  S  L  K  V  D  P  F  A  V  T  Y  K  E  E  P  W  A  G  G 
 D  E  L  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACGAGCTCTTAACC---------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  N  A  G  P  C  V  E  V  I  V  H  G  L  E  L  A  T  L  V  F  M  D  L 
 -  -  -  -  -  C  V  E  V  I  V  -  -  -  E  L  A  T  L  V  F  M  -  - 
---------------TGTGTTGAGGTTATCGTG---------GAGCTTGCGACCCTTGTTTTCATG------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  T  D  K  K  G  D  I  L  I  K  G  E  T  Y  S  K  M  D  N  Y  I  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  Y  I  V  D 
---------------------------------------------------------AATTACATCGTGGAT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  G  Y  G  L  E  R  F  V  W  A  S  K  G  S  P  T  I  Y  D  A  L  F  P 
 T  G  Y  G  L  E  R  F  V  W  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACCGGCTACGGTCTTGAGCGTTTTGTCTGGGCT---------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  I  V  N  E  L  M  G  L  A  G  L  E  H  E  L  N  N  T  E  Y  S  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  A  Q  N  A  R  L  A  G  F  M  D  V  S  E  K  A  N  L  L  E  L  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  V  A  S  S  I  G  M  T  V  D  K  L  S  V  I  M  E  P  V  E  K  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  I  T  D  H  T  R  C  L  T  F  M  L  G  D  G  I  I  P  S  N  V  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  Y  L  A  R  L  V  L  R  R  T  L  R  M  M  K  D  L  D  I  R  T  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  E  I  V  D  M  H  I  R  N  M  P  E  Y  P  E  F  R  A  N  F  P  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  D  I  L  E  S  E  E  E  K  F  N  I  T  M  E  R  G  R  R  I  I  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  A  S  H  F  K  K  T  G  E  K  I  P  L  S  Q  L  T  E  L  Y  D  S  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  I  P  P  E  M  A  K  E  V  A  A  D  I  G  V  G  V  E  F  P  D  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Y  S  I  I  G  E  L  H  N  K  A  E  E  K  E  E  E  V  I  P  F  A  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  K  H  L  P  K  T  K  R  R  F  Y  D  E  P  T  R  L  E  F  E  A  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  D  V  F  D  N  H  I  V  L  D  N  T  F  F  Y  A  E  G  G  G  Q  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  I  G  T  I  S  V  G  D  I  V  Y  K  V  V  D  V  Q  V  Y  E  G  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 V  H  T  V  D  I  P  D  G  E  L  E  I  T  K  G  D  I  I  T  G  K  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 E  R  R  R  M  T  L  A  R  H  H  T  A  T  H  I  V  N  D  A  A  R  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 L  G  K  H  I  W  Q  A  G  A  Q  K  F  E  D  H  S  R  L  D  L  S  H  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 K  H  I  S  P  E  E  L  K  Q  I  E  L  L  A  N  R  T  V  M  E  N  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 V  I  T  E  W  M  P  R  I  E  A  E  Q  V  Y  G  F  G  L  Y  Q  G  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 P  P  G  E  K  I  R  I  V  K  V  G  D  D  V  E  A  C  G  G  T  H  C  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 S  T  G  V  I  G  P  I  K  I  L  K  T  E  R  I  Q  D  G  V  E  R  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 F  A  A  G  I  A  A  V  R  A  M  Q  K  M  E  S  L  L  V  D  S  A  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  S  V  P  P  E  H  L  P  V  S  V  E  R  F  F  G  E  W  K  D  L  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  N  E  R  L  K  E  D  L  A  R  S  R  V  Y  R  M  L  G  D  A  S  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 A  G  L  R  V  V  S  E  Q  V  P  G  A  D  S  L  E  L  Q  K  I  A  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 L  L  K  Q  E  N  V  V  T  L  L  A  S  D  L  E  G  V  K  L  V  A  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 G  E  K  A  I  E  C  G  I  N  A  G  N  L  V  R  E  M  S  K  I  V  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 G  G  G  G  K  P  A  L  A  M  G  G  G  T  D  P  T  R  I  Q  D  A  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925
 R  G  L  E  L  V  K  E  A  C  K  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

ala_arch_S_marinus

Class II

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_ala_aa

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  E  E  E  F  M  N  E  F  L  K  K  T  G  Y  Q  V  Y  K  C  K  K  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  E  R  F  W  S  L  V  P  R  D  T  C  P  D  R  P  C  S  K  Y  D  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  N  E  Y  K  G  V  P  P  L  T  F  D  E  A  R  R  K  F  I  E  F  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  D  E  A  R  R  K  F  I  E  F  F  T 
------------------------------ACATTTGATGAAGCAAGAAGGAAATTCATAGAATTCTTTACC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  H  G  H  G  Y  V  D  P  Y  P  V  L  A  R  W  R  N  D  L  Y  L  T  I 
 S  H  G  H  G  Y  V  D  .  Y  P  V  L  A  -  -  -  -  -  -  Y  L  T  I 
TCTCATGGACATGGATATGTTGAC---TACCCAGTTCTTGCT------------------TATTTGACAATT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  S  I  I  V  F  Q  P  A  V  T  E  G  I  V  D  P  P  Y  N  P  L  V  I 
 A  S  I  I  V  F  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  P  L  V  I 
GCGTCAATAATTGTTTTTCAA------------------------------------AATCCGCTAGTCATA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  Q  P  S  V  R  L  E  D  I  D  N  V  G  L  T  F  G  R  H  L  T  S  F 
 V  Q  P  S  V  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  S  F 
GTTCAGCCCAGTGTTAGGTTG------------------------------------------ACAAGTTTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  M  G  G  H  H  A  F  N  K  K  D  Q  Y  V  Y  W  V  N  E  T  L  Q  Y 
 E  M  G  G  H  H  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  N  E  T  L  Q  Y 
GAAATGGGAGGACATCACGCATTT---------------------------GTAAACGAAACACTTCAATAC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  F  D  F  F  T  K  I  I  G  I  E  P  E  N  I  V  F  K  E  S  W  W  E 
 A  F  D  F  F  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCATTCGACTTCTTTACA------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  G  G  N  A  G  P  A  Y  E  V  L  V  D  G  L  E  L  A  T  L  V  F  M 
 -  -  -  -  -  -  -  A  Y  E  V  L  V  -  -  -  E  L  A  T  L  V  F  M 
---------------------GCATACGAGGTTCTAGTT---------GAGCTTGCCACACTAGTATTTATG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  Y  K  I  V  N  G  K  K  V  R  N  P  V  L  V  V  D  T  G  Y  G  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  V  V  D  T  G  Y  G  I  E 
---------------------------------------GTACTCGTAGTTGATACTGGTTATGGTATAGAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  I  A  W  F  T  Q  R  T  P  T  A  F  H  T  I  F  S  S  L  L  E  T  Y 
 R  I  A  W  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGAATTGCCTGGTTT---------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  N  I  L  G  I  D  E  P  P  Y  D  V  L  K  K  I  V  Y  L  L  S  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  I  E  D  V  Y  M  L  N  K  Y  L  E  E  I  D  Y  S  E  Y  Y  K  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  D  T  I  N  L  Y  T  A  L  D  H  V  K  T  L  S  L  M  L  S  D  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  S  S  N  T  G  E  G  Y  L  A  R  L  V  I  R  R  L  L  R  T  L  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  G  I  K  V  S  T  L  E  D  I  V  L  E  L  I  D  K  Q  A  K  Y  W  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  R  Y  V  Y  D  K  F  H  R  R  L  D  Y  I  L  D  V  M  S  Y  E  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  Y  I  D  I  V  T  R  G  I  R  E  V  D  R  F  I  K  K  K  K  K  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  D  D  L  I  Q  I  Y  D  S  K  G  I  P  P  E  I  V  V  E  R  A  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Y  G  Q  E  I  R  V  P  S  N  F  Y  S  L  I  A  A  R  H  G  G  S  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  I  K  E  K  E  H  E  L  P  D  E  I  V  E  W  A  S  K  H  D  P  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  L  F  H  E  N  P  Y  L  R  R  A  S  A  K  V  L  D  S  L  N  E  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  F  D  Q  T  I  F  Y  P  R  A  G  G  Q  D  H  D  K  G  Y  V  I  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 N  E  H  I  P  V  K  H  V  Y  K  V  G  E  V  I  V  H  Q  L  A  T  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  L  V  P  G  T  Q  V  E  L  V  I  D  W  Y  N  R  Y  R  L  M  R  H  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 T  A  T  H  I  V  L  G  A  A  R  K  V  L  G  E  H  V  W  Q  A  G  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 K  T  V  E  K  A  R  L  D  I  T  H  Y  K  S  L  S  D  E  E  I  R  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 E  E  L  A  N  K  V  I  D  E  R  I  D  L  K  F  Y  F  L  P  K  F  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  K  R  F  G  L  R  I  Y  Q  G  G  A  V  Y  S  P  I  L  R  I  V  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 P  G  W  D  A  E  A  C  F  G  T  H  V  Y  N  T  S  E  I  G  G  I  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 I  K  A  E  K  I  Q  D  G  V  I  R  L  E  Y  I  A  S  T  R  L  P  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 I  S  D  L  Q  K  E  V  D  K  A  L  K  F  L  G  A  K  G  L  P  I  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 V  A  K  K  V  S  E  E  L  D  K  Y  K  T  L  L  I  Q  Y  R  R  L  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  I  L  L  K  H  L  L  E  E  A  L  E  I  C  G  L  K  T  V  V  I  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 Q  L  E  D  E  Q  L  Y  K  S  I  I  E  D  L  S  L  K  K  R  V  L  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 Y  V  S  D  K  F  V  E  I  A  I  H  P  D  E  A  N  N  R  K  L  D  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 K  L  V  E  I  L  Q  N  M  G  G  R  G  G  G  K  P  D  H  I  Y  I  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909
 K  E  P  K  Q  I  V  K  L  I  V  E  A  I  T  N  L  L  C  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

ala_arch_M_jannaschii

Class II

Archaea/Methanococcus jannaschii/amino acid sequences/Mjannaschii_ala_aa

Archaea/Methanococcus jannaschii/nucleotide sequences/Mjannaschii_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  H  N  Y  K  V  K  L  F  D  E  L  G  F  V  R  K  K  C  K  K  C  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  W  F  W  T  L  D  E  E  R  E  T  C  G  D  A  P  C  D  I  Y  S  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  K  P  I  T  K  K  P  Y  T  Y  K  E  M  V  K  E  F  I  N  F  F  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  K  E  M  V  K  E  F  I  N  F  F  K  E 
---------------------------ATTCAATAACACAACTATGGCATTTTCAGTAGCTAAGTTATCAGC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  G  H  E  P  I  K  R  A  P  V  T  A  R  R  W  R  D  D  I  L  L  T  I 
 H  G  H  E  P  I  K  .  A  P  V  T  A  -  -  -  -  -  -  -  L  L  T  I 
TATGTTCAACATCTCTTTTGG---AGCCTCAACTTTCTC---------------------AATTGTCTCAAA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  S  I  A  V  F  Q  P  W  I  T  K  G  I  V  K  P  K  A  N  P  L  V  I 
 A  S  I  A  V  F  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  P  L  V  I 
TTTATTTATTAATTCAAATTT------------------------------------CTTCTTTCTCTGCTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  Q  P  C  I  R  L  N  D  I  D  N  V  G  R  T  G  R  H  L  T  C  F  T 
 A  Q  P  C  I  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  C  F  T 
CTTCCACTCTTCAAAGAATCT---------------------------------------AATCTCAGCACT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  G  G  H  H  A  F  N  R  E  D  D  F  K  Y  W  Q  D  E  T  V  E  L  C 
 M  G  G  H  H  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  D  E  T  V  E  L  C 
CTCCTCTAATATATCCTCCAT---------------------------GCCACTTGAATAAATCAGCCTTTC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  N  F  F  K  K  L  G  I  D  E  K  S  I  T  F  I  E  S  W  W  E  G  G 
 F  N  F  F  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACACCATCTTGAAC---------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  N  A  G  P  C  Y  E  V  I  T  H  G  V  E  L  A  T  L  V  F  M  Q  Y 
 -  -  -  -  -  C  Y  E  V  I  T  -  -  -  E  L  A  T  L  V  F  M  -  - 
---------------AACATCAACGATATTTCC---------TTCAATAATAACAATCCTTAAAAC------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  K  V  G  D  N  Y  K  E  I  P  L  K  I  V  D  T  G  Y  G  I  E  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  I  V  D  T  G  Y  G  I  E  R  F 
---------------------------------AAATTTCTCCTCTGCCTCATTTCTATCCATAAATATACT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  W  A  S  T  G  E  P  T  I  Y  D  A  I  F  K  N  I  V  N  K  L  K  E 
 V  W  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTTATGTT---------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  A  G  V  K  D  I  D  K  E  I  L  A  K  I  T  E  V  A  G  L  M  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  D  V  G  D  L  R  K  L  R  E  E  V  A  N  K  V  N  I  P  V  E  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  K  L  I  S  P  Y  E  D  I  Y  A  I  V  D  H  T  R  A  L  A  F  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  D  G  I  V  P  S  N  V  K  D  G  Y  L  V  R  M  L  I  R  K  T  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 H  M  D  R  L  N  L  S  T  P  I  T  E  I  V  A  M  Q  L  N  E  L  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  Y  P  E  L  L  D  M  E  D  Y  I  M  E  I  L  E  I  E  T  N  K  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  T  I  E  R  G  K  G  I  V  E  R  L  L  K  S  K  K  E  I  D  L  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  I  E  L  Y  D  S  H  G  L  P  P  E  I  V  K  D  V  A  K  S  L  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  V  K  I  P  D  N  F  Y  T  I  V  A  E  R  H  E  N  K  K  E  V  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  I  K  L  P  E  V  N  V  D  K  T  E  L  L  F  Y  E  Y  P  K  M  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  E  A  K  I  L  R  I  V  D  D  Y  V  I  L  D  R  T  A  F  Y  P  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  G  Q  K  A  D  T  G  Y  I  I  K  G  D  K  K  F  R  V  V  D  V  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  N  N  I  V  Y  H  K  I  E  N  L  N  D  E  L  K  E  G  D  I  V  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 V  I  D  W  K  R  R  L  S  L  M  R  N  H  T  A  T  H  I  I  N  A  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Q  K  V  L  G  R  H  V  W  Q  A  G  S  D  V  D  V  D  K  A  R  L  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 T  H  Y  K  R  I  S  R  E  E  L  K  D  I  E  R  V  A  N  E  I  V  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 N  Y  N  I  K  S  I  F  M  D  R  N  E  A  E  E  K  F  G  F  R  I  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 G  G  V  V  P  G  N  V  L  R  I  V  I  I  E  D  E  N  G  N  I  V  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 Q  A  C  G  G  T  H  C  Q  N  T  G  E  V  G  F  I  K  I  I  K  T  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 V  Q  D  G  V  E  R  L  I  Y  S  S  G  L  S  A  L  K  A  V  Q  E  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 D  I  L  E  E  S  A  E  I  L  R  C  P  T  E  E  L  P  K  V  I  K  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 F  E  E  W  K  E  Q  R  K  K  I  E  E  L  E  K  K  I  G  E  L  K  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  L  I  N  K  F  E  T  I  G  N  Y  K  V  L  V  E  K  V  E  A  N  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  M  L  N  I  A  D  N  L  A  T  E  N  A  I  V  V  L  L  N  D  K  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 I  L  C  K  R  G  E  N  V  D  I  K  M  N  E  L  I  R  Y  I  A  K  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 G  R  E  H  L  A  Q  G  K  Y  E  G  D  V  E  E  I  K  K  K  V  I  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892
 I  K  N  K 
 -  -  -  - 
------------

ala_arch_P_occultum

Class II

Archaea/Pyrodictium occultum/amino acid sequences/Poccultum_ala_aa

Archaea/Pyrodictium occultum/nucleotide sequences/Poccultum_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  H  V  D  P  K  E  Y  E  L  E  F  F  K  E  K  G  F  I  R  R  R  C  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  G  G  E  Y  F  W  T  L  N  P  E  Q  E  H  C  N  D  A  P  C  V  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  F  W  D  V  P  K  R  S  T  D  L  S  V  A  E  A  R  R  K  F  L  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  A  E  A  R  R  K  F  L  R  F 
------------------------------------GGAGGCCTTGGAGCCGGCGCCAACCTCTACCACAAC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  E  R  N  G  H  E  I  I  E  P  R  P  V  V  A  R  W  R  E  D  L  Y  L 
 F  E  R  N  G  H  E  I  I  E  .  R  P  V  V  A  -  -  -  -  -  -  Y  L 
ACCCTGCTCAACTGGCACCAGCGCTACTGT---GCCCTCCGGGTCCTC------------------AGCCTC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  I  A  S  I  V  V  F  Q  P  H  V  T  S  G  I  V  P  P  P  A  N  P  L 
 T  I  A  S  I  V  V  F  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  P  L 
CTGGTAGAGTTCGCGGAGGGGGATATC------------------------------------CAGTGGGCT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  I  V  Q  P  S  I  R  L  E  D  I  D  N  V  G  L  T  L  G  R  H  L  T 
 V  I  V  Q  P  S  I  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T 
GCTCTTAGCCTTCTCCACCATATCCTT------------------------------------------ATT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  F  E  M  G  G  H  H  A  F  N  Y  P  D  K  R  V  Y  W  K  E  E  T  V 
 S  F  E  M  G  G  H  H  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  E  E  T  V 
GTAGTCGCGTATAAGCTTCTCTACGCGCTT---------------------------CATCCTGGCTATATT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  L  A  F  E  F  F  T  E  E  L  G  I  P  P  E  H  V  T  F  K  E  S  W 
 R  L  A  F  E  F  F  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTTTAGGCGGCTCTCCAGCTCGGA------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 W  E  G  G  G  N  A  G  P  S  F  E  V  T  V  G  G  L  E  L  A  T  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  F  E  V  T  V  -  -  -  E  L  A  T  L  V 
---------------------------TATCTTGACGGAGCCTAT---------GTTGGACACATGTGTGCC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  M  K  Y  R  V  V  D  G  R  Y  E  P  I  P  V  K  V  V  D  T  G  Y  G 
 F  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  K  V  V  D  T  G  Y  G 
GAAGCA---------------------------------------CTTAGCCGACATGGGGACGCCGCCCTG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  E  R  I  A  W  F  T  Q  R  V  P  T  A  F  H  A  I  Y  G  S  L  L  E 
 I  E  R  I  A  W  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATATAGGCGGAAACCATAGAC---------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  F  H  K  L  L  G  V  E  P  P  P  S  K  L  L  W  A  A  A  R  D  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  L  D  P  E  D  P  E  S  V  R  R  F  Y  E  R  A  A  R  D  A  G  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  R  E  A  E  E  L  L  R  R  A  A  A  V  Y  A  L  L  D  H  S  K  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  L  M  L  G  D  G  I  V  P  S  N  T  G  E  G  Y  L  A  R  L  V  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  A  L  R  L  I  R  R  L  G  S  D  A  S  L  V  E  L  V  E  R  Q  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  W  G  R  D  Y  Y  P  R  M  L  E  N  L  D  Y  I  V  K  V  T  R  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  E  R  F  D  R  S  I  E  R  G  L  R  E  V  A  R  L  L  R  R  K  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  S  L  D  D  L  I  L  L  Y  D  S  H  G  L  P  P  D  M  V  A  E  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  K  L  G  V  R  V  H  V  P  H  N  F  Y  A  I  V  A  R  R  H  G  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  G  V  A  R  R  S  E  K  P  S  L  P  E  D  V  V  E  W  L  R  G  F  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  T  V  R  L  F  H  E  D  P  Y  M  R  E  F  T  A  R  V  L  G  V  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  Y  L  V  L  D  R  T  A  F  Y  P  T  G  G  G  Q  L  H  D  T  G  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 R  L  C  G  E  E  Y  R  V  V  R  V  E  K  V  D  G  V  I  V  H  V  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  E  P  P  G  G  C  S  E  A  W  G  R  I  D  W  E  R  R  Y  R  L  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 H  H  T  A  V  H  V  L  L  G  A  A  R  R  V  L  G  N  H  V  W  Q  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 A  E  K  T  P  E  K  A  R  L  D  I  T  H  Y  E  L  P  S  S  E  E  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 R  I  E  E  L  A  N  K  A  I  L  E  R  I  P  V  E  A  R  I  M  D  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  A  E  K  V  Y  G  F  R  L  Y  Q  G  G  V  P  M  S  A  K  I  R  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 R  I  G  D  W  D  V  E  A  C  F  G  T  H  V  S  N  S  A  E  I  G  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 K  I  T  R  V  E  K  L  Q  D  G  V  V  R  F  E  L  V  A  G  S  E  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 R  Y  A  S  E  L  E  S  R  L  N  N  I  A  R  M  V  G  G  G  A  A  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 E  K  R  V  E  K  L  I  R  D  Y  N  K  T  R  Q  S  V  N  I  L  S  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 V  V  K  D  M  V  E  K  A  K  S  S  P  L  A  I  D  G  L  R  V  Y  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 R  D  D  I  P  L  R  E  L  Y  Q  E  A  A  K  Q  L  S  L  E  D  P  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 V  T  V  A  L  V  P  V  E  Q  G  V  V  V  E  V  G  A  G  S  K  A  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 R  V  D  L  R  Q  L  A  R  L  L  A  S  R  G  F  R  G  G  G  K  P  S  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 V  T  M  M  A  R  G  L  S  A  E  E  A  L  D  A  L  L  S  A  L  R  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922
 V  E  G  K  G  G  S  G  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

ala_bact_C_aggregans

Class II

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_ala_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  K  L  T  A  A  Q  I  R  E  T  F  I  S  F  F  K  R  H  G  H  T  H 
 -  -  -  -  T  A  A  Q  I  R  E  T  F  I  S  F  F  K  R  H  G  H  T  H 
------------TTCGGCCAACACGTCTACCGCAGCAGTGATAGCAGCCGCCAAGCGGTCGGGGGTCCGTCC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  P  S  S  S  L  V  V  A  D  D  P  T  L  L  F  A  N  S  G  M  V  Q  F 
 V  P  S  S  .  L  V  V  -  -  -  -  -  -  L  F  A  N  S  G  M  V  Q  F 
ACCGGCTTGCGC---TTCCGGTCG------------------GACGATAGCGGCAAGCGGTTTGACAATATG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  D  V  F  L  G  R  E  Q  R  P  Y  T  R  A  V  T  A  Q  K  C  L  R  V 
 K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  R  A  V  T  A  Q  K  C  L  R  V 
CAC---------------------------------AACAATTGTAAGTAATTGCGGTTTACCGTTGATCTG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  G  K  H  N  D  L  E  E  V  G  P  S  P  R  H  H  T  F  F  E  M  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F  E  M  L  G 
---------------------------------------------------CATCTCACGCAGGCGTTCGAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  F  S  F  G  D  Y  F  K  A  E  A  I  R  L  A  W  K  L  L  T  E  E  F 
 N  F  S  F  -  -  -  -  K  A  E  A  I  R  L  A  W  K  L  L  T  -  -  - 
CGAATCGGCTTC------------CAGCAGCGGAATCCCGGCGACCGTTTGCGTGCGATGTAC---------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  L  P  V  E  R  L  W  F  T  V  F  A  G  D  D  E  V  P  P  D  D  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  A  L  W  I  A  Q  G  A  D  P  S  R  V  L  R  F  G  R  K  D  N  F  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  M  G  D  T  G  P  C  G  P  C  S  E  I  T  I  Y  I  G  D  D  L  S  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  S  E  I  T  I  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------CCCGGTCAGAGCCTCAAC------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  R  A  E  G  V  N  S  D  D  P  N  Y  V  E  I  W  N  N  V  F  M  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  W  N  N  V  F  M  -  - 
------------------------------------------ATTCACGTGTGTGCCACCGCACAG------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  R  A  T  M  Q  P  L  P  R  P  S  V  D  T  G  M  G  L  E  R  M  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  P  S  V  D  T  G  M  G  L  E  R  M  A  M 
---------------------------CTCAATTCCGGTACCGCGTTCAATGGTCACGACGCGCACGGTATC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  M  Q  G  V  H  S  T  Y  D  T  D  L  F  V  S  I  I  N  R  I  I  A  V 
 V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACC---------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  G  S  D  E  E  H  Y  Q  A  H  R  S  A  Y  R  A  I  A  D  H  S  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  A  F  L  I  A  D  G  V  L  P  G  N  L  G  R  P  Y  V  L  R  R  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  R  A  A  Y  Q  G  R  T  I  G  F  E  R  P  F  L  A  E  V  I  T  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  D  Q  M  G  E  V  Y  P  E  L  V  N  R  R  E  L  I  L  S  A  A  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  E  R  Q  F  L  R  T  L  S  G  G  L  S  R  L  N  A  V  I  E  Q  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  R  G  E  T  V  I  P  G  T  D  A  F  V  L  K  D  T  Y  G  F  P  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  T  Q  K  I  A  A  E  Q  G  L  T  V  D  E  A  G  Y  E  A  A  M  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  R  A  R  S  R  A  A  A  A  G  K  R  G  G  E  A  D  L  W  A  E  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  P  A  S  H  F  T  G  Y  E  R  L  S  D  R  A  T  V  I  G  M  L  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  D  A  I  T  S  A  M  V  G  R  Q  V  Q  I  V  L  D  T  T  P  F  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  S  G  G  Q  V  G  D  T  G  V  L  V  G  P  E  G  S  V  Q  I  E  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  R  P  L  P  G  L  I  V  H  Y  G  R  V  V  S  G  T  I  H  V  G  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  Q  A  T  V  D  M  V  R  R  A  D  I  Q  R  N  H  T  A  T  H  M  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  A  L  R  D  V  L  G  E  H  A  A  Q  A  G  S  L  V  A  P  D  R  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 F  D  F  T  H  T  K  P  L  D  P  E  E  L  R  E  I  E  R  R  L  N  A  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 V  R  A  D  A  S  V  R  W  E  I  T  G  Y  R  S  A  I  A  R  G  A  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 L  F  G  E  K  Y  G  D  T  V  R  V  V  T  I  E  R  G  T  G  I  E  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  Y  A  S  R  D  S  L  E  L  C  G  G  T  H  V  N  R  T  G  E  I  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 V  R  I  L  G  E  G  S  I  G  S  G  I  R  R  V  E  A  L  T  G  R  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 E  L  W  A  E  E  Q  A  Q  T  L  R  D  L  A  A  R  I  N  A  Q  P  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 L  I  E  R  I  E  A  L  L  A  E  N  R  Q  R  R  Q  E  L  E  A  L  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 K  L  A  R  E  M  L  D  T  L  V  H  R  T  Q  T  V  A  G  I  P  L  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 A  E  V  E  A  D  S  V  E  R  L  R  E  M  G  E  Y  L  R  D  K  L  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 A  V  I  V  L  G  A  Q  I  N  G  K  P  Q  L  L  T  I  V  T  S  D  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 K  R  G  L  N  A  V  H  I  V  K  P  L  A  A  I  V  G  G  G  G  G  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 P  E  I  A  Q  A  G  G  R  T  P  D  R  L  A  A  A  I  T  A  A  V  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894
 L  A  E  Q  V  G 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

ala_bact_P_mikurensis

Class II

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/amino acid sequences/Pmikurensis_ala_aa

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/nucleotide sequences/Pmikurensis_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  E  P  S  A  K  D  V  R  Q  Q  F  L  D  F  F  A  Q  K  H  G  H  K 
 -  -  -  -  S  A  K  D  V  R  Q  Q  F  L  D  F  F  A  Q  K  .  G  H  K 
------------TCCGCCAAAGACGTCCGCCAGCAGTTCCTCGACTTCTTTGCGCAGAAG---GGGCACAAG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  V  P  S  A  P  V  V  P  H  G  D  P  T  L  L  F  A  N  A  G  M  N  P 
 V  V  P  .  A  P  V  V  P  -  -  -  -  -  -  L  F  A  N  A  G  M  N  P 
GTCGTGCCC---GCGCCGGTGGTGCCC------------------CTGTTCGCCAACGCGGGCATGAACCCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  K  P  Y  F  L  G  E  E  V  A  T  D  K  R  V  C  D  T  Q  K  C  I  R 
 F  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  R  V  C  D  T  Q  K  C  I  R 
TTCAAG---------------------------------AAGCGGGTCTGCGACACCCAGAAGTGCATCCGC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  G  G  K  H  N  D  L  E  D  V  G  R  D  T  Y  H  H  T  F  F  E  M  L 
 A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F  E  M  L 
GCC---------------------------------------------------ACCTTCTTCGAGATGCTC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  N  W  S  F  G  D  Y  F  K  K  E  A  I  R  W  A  W  E  L  L  V  D  V 
 G  N  W  S  F  -  -  -  -  K  K  E  A  I  R  W  A  W  E  L  L  V  -  - 
GGCAACTGGAGCTTC------------AAGAAGGAAGCGATCCGCTGGGCGTGGGAGCTGCTCGTC------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  G  L  E  P  E  R  L  H  A  T  Y  F  E  G  D  E  A  E  G  L  E  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  E  A  R  D  L  W  L  Q  L  L  P  A  E  R  V  H  P  G  N  K  K  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  W  E  M  G  D  T  G  P  C  G  P  C  S  E  L  H  Y  D  G  T  A  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  S  E  L  H  Y  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------TGCTCGGAACTCCACTAC------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  G  A  A  K  V  N  A  D  D  P  D  V  I  E  I  W  N  L  V  F  I  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  W  N  L  V  F  I  -  - 
------------------------------------------GAGATCTGGAACCTGGTCTTCATC------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  R  S  T  T  G  K  L  E  P  L  P  A  K  H  V  D  T  G  M  G  F  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  K  H  V  D  T  G  M  G  F  E  R 
------------------------------------GCGAAGCACGTCGACACGGGCATGGGCTTCGAGCGG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  V  R  V  L  Q  G  H  S  S  N  Y  D  T  D  V  F  T  P  L  F  E  A  I 
 I  V  R  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCGTCCGCGTG------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  E  A  T  G  A  G  P  Y  T  G  E  L  E  K  P  E  D  V  A  Y  R  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  D  H  I  R  T  L  V  F  A  L  A  D  G  A  H  C  D  K  D  G  R  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  L  R  R  I  L  R  R  A  V  R  Y  G  R  Q  T  L  G  Q  E  Q  P  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  E  L  V  P  A  V  V  A  N  F  G  D  A  F  P  E  L  R  E  R  A  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  A  A  E  I  R  E  E  E  E  S  F  S  K  T  L  G  R  G  I  Q  L  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  S  A  R  R  V  E  E  A  A  G  R  G  G  G  K  T  I  A  A  T  D  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  L  H  D  T  Y  G  F  P  L  D  L  T  E  L  M  A  A  E  R  G  M  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  A  E  G  F  D  R  L  M  G  E  A  R  V  R  S  R  G  G  G  D  G  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  A  A  M  A  S  L  R  E  E  V  Q  R  G  F  D  A  G  W  Y  A  G  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 F  T  G  F  E  T  A  E  A  P  F  Q  Q  N  Q  I  H  V  F  R  R  Q  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 H  W  L  S  L  T  A  G  E  S  A  T  A  G  D  A  V  A  I  V  L  K  M  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  F  Y  A  E  M  G  G  Q  V  G  D  T  G  S  I  Q  L  R  T  G  G  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 A  V  R  D  T  Q  K  V  G  A  V  H  V  H  L  G  E  V  V  S  G  E  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 T  D  P  D  V  I  L  A  V  A  V  D  L  E  R  R  R  A  I  E  A  N  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 A  T  H  L  L  N  R  S  L  R  D  R  V  S  D  D  V  Q  Q  R  G  S  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 E  A  E  R  L  R  F  D  F  N  H  G  A  A  L  G  D  D  E  L  A  A  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 G  D  L  A  A  A  I  A  A  R  R  G  V  F  S  G  N  A  P  E  A  Q  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 G  I  R  G  L  R  A  V  F  G  E  K  Y  P  P  V  V  R  V  V  S  V  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 P  V  D  K  L  L  A  D  P  D  N  A  A  W  E  E  L  S  V  E  L  C  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 T  H  A  G  N  T  A  D  L  G  A  F  A  L  V  G  Q  E  A  V  G  K  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 R  R  V  T  A  V  T  G  E  P  A  V  A  A  R  E  E  A  A  R  L  M  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  D  A  A  A  G  L  D  P  E  A  V  A  A  Q  L  D  G  L  T  K  R  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 A  A  T  L  P  L  A  E  R  A  A  T  R  A  K  L  A  T  L  G  E  A  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 K  H  R  K  E  A  G  A  Q  A  T  D  A  V  L  D  A  A  R  A  A  A  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 V  A  D  G  A  V  L  V  T  G  I  D  G  A  D  G  K  S  L  R  V  A  M  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 V  V  N  K  L  R  P  Q  S  P  A  M  L  A  A  T  E  D  G  K  V  S  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 A  S  V  P  K  D  K  V  Q  A  G  W  K  A  G  E  W  V  N  A  A  A  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 V  G  G  R  G  G  G  K  P  D  R  A  Q  A  G  G  K  D  P  A  K  L  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949
 A  L  D  A  A  R  A  W  T  A  D  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

ala_bact_S_elongatus

Class II

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_ala_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  P  K  Q  Y  G  M  M  G  L  I  C  S  L  S  F  I  S  L  R  Q  S  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  A  P  A  L  S  G  D  Q  I  R  E  T  F  L  K  F  F  E  G  K  G  H  R 
 -  -  -  -  -  S  G  D  Q  I  R  E  T  F  L  K  F  F  E  G  K  G  H  R 
---------------AGCGGTGATCAAATCCGCGAAACCTTTCTGAAATTCTTTGAAGGCAAGGGGCACCGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  L  P  S  A  S  L  I  P  E  D  P  T  V  L  L  T  I  A  G  M  L  P  F 
 R  L  P  .  A  S  L  I  P  -  -  -  -  -  L  L  T  I  A  G  M  L  P  F 
CGCCTACCC---GCCTCGCTGATCCCT---------------TTGCTGACGATCGCAGGCATGTTGCCGTTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  P  I  F  L  G  Q  Q  V  A  E  V  P  R  A  T  T  S  Q  K  C  I  R  T 
 K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  R  A  T  T  S  Q  K  C  I  R  T 
AAG---------------------------------CCACGGGCCACAACGTCGCAAAAGTGCATTCGCACC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  D  I  E  N  V  G  R  T  A  R  H  H  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S  F 
---------------------------------------ACCTTCTTTGAAATGCTGGGCAACTTCAGCTTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  D  Y  F  K  K  E  A  I  A  F  A  W  E  L  V  T  E  V  F  Q  V  P  A 
 -  -  -  -  K  K  E  A  I  A  F  A  W  E  L  V  T  -  -  -  -  -  -  - 
------------AAGAAAGAAGCGATCGCCTTTGCTTGGGAACTCGTCACG---------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  R  L  A  V  S  V  F  E  E  D  D  E  A  F  A  I  W  R  D  Q  I  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  E  A  R  I  Q  R  L  G  A  K  D  N  F  W  A  S  G  P  T  G  P  C  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  C  S  E  I  Y  Y  D  F  H  P  E  L  G  N  D  G  L  D  L  E  D  D  S 
 -  C  S  E  I  Y  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TGCTCCGAGATCTATTAC---------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  F  I  E  V  Y  N  L  V  F  M  Q  Y  N  R  D  A  A  G  N  L  T  A  L 
 -  -  -  E  V  Y  N  L  V  F  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GAGGTCTACAACCTCGTGTTCATG---------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  K  Q  N  I  D  T  G  M  G  L  E  R  M  A  Q  V  L  Q  G  V  P  N  N 
 -  K  Q  N  I  D  T  G  M  G  L  E  R  M  A  Q  V  -  -  -  -  -  -  - 
---AAGCAGAATATCGATACGGGCATGGGGCTGGAGCGCATGGCTCAAGTC---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  E  T  D  L  I  F  P  I  I  Q  A  V  A  A  I  A  Q  R  D  Y  A  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  E  S  V  K  V  S  L  K  V  I  G  D  H  L  R  A  V  T  H  L  I  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  V  T  A  S  N  L  G  R  G  Y  V  L  R  R  L  I  R  R  V  V  R  H  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  L  I  G  I  D  R  P  F  T  A  E  I  A  E  T  A  I  A  L  M  A  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  P  N  L  R  E  R  E  A  A  I  K  A  E  L  T  R  E  E  Q  R  F  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  L  E  R  G  E  K  L  L  A  E  L  L  A  A  A  T  D  Q  I  R  G  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  F  V  L  Y  D  T  Y  G  F  P  L  E  L  T  Q  E  I  A  E  E  K  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  V  D  L  A  G  F  E  A  A  M  A  A  Q  R  Q  R  S  Q  A  A  H  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  D  L  T  V  Q  G  S  L  D  R  L  A  E  Q  I  H  P  T  E  F  V  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  D  A  V  A  T  A  K  V  T  A  L  L  R  E  G  Q  S  V  E  A  A  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  D  R  V  Q  I  V  L  D  H  T  P  F  Y  A  E  S  G  G  Q  V  G  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  V  L  T  G  E  S  L  I  V  R  I  E  D  V  Q  K  E  S  G  F  F  V  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Y  G  Q  I  E  R  G  L  L  Q  V  G  D  S  V  T  A  Q  I  D  R  A  C  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  R  A  Q  A  N  H  T  A  T  H  L  L  Q  A  A  L  K  L  I  V  D  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  S  Q  A  G  S  L  V  A  F  D  R  L  R  F  D  F  N  C  P  R  A  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 P  E  E  L  R  Q  I  E  D  Q  I  N  Q  W  I  A  E  A  H  G  T  V  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 V  M  P  I  A  T  A  K  A  K  G  A  V  A  M  F  G  E  K  Y  G  A  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 R  V  I  D  V  P  G  V  S  M  E  L  C  G  G  T  H  V  A  N  T  A  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 G  L  F  K  I  I  S  E  A  G  V  A  S  G  V  R  R  I  E  A  V  A  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 A  V  L  E  Y  L  N  V  R  D  A  V  V  R  D  L  S  D  R  F  K  A  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  E  L  S  D  R  V  T  A  L  Q  E  E  L  K  A  N  Q  K  Q  L  T  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 K  A  E  L  A  I  A  K  S  D  A  L  V  S  Q  A  I  P  V  G  D  A  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 L  V  E  T  L  T  G  V  D  A  A  A  L  Q  T  A  A  E  R  L  Q  Q  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 G  D  A  G  A  V  V  L  G  S  S  P  E  E  G  K  V  T  L  V  A  A  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 P  A  I  I  A  K  G  L  K  A  G  Q  F  I  G  G  I  A  K  I  C  G  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 G  G  G  R  P  N  L  A  Q  A  G  G  R  D  A  S  K  L  P  E  A  I  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899
 A  L  D  Q  L  K  T  A  I  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

ala_bact_B_fragilis

Class II

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_ala_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  T  A  K  E  T  R  D  S  F  K  N  F  F  E  S  K  G  H  Q  I  V  P 
 -  -  T  A  K  E  T  R  D  S  F  K  N  F  F  E  S  K  G  H  Q  I  V  P 
------TCCTGCCAGTTCCAGTACCTTCTCAACAGCAGCGTTCAGTCCGTCCGGATTCTTGCCACCGGCTGT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  A  P  M  V  I  K  D  D  P  T  L  M  F  T  N  A  G  M  N  Q  F  K  D 
 .  A  P  M  V  I  -  -  -  -  -  -  M  F  T  N  A  G  M  N  Q  F  K  - 
---GAAGTGAGGTTGACC------------------CAGTTTGGCAGCTTCTTTCACCAGATTACCTGC---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  I  L  G  N  H  P  A  K  Y  H  R  V  A  D  S  Q  K  C  L  R  V  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  R  V  A  D  S  Q  K  C  L  R  V  -  - 
------------------------------CATAACAGTCAGCATTGGTTTATTGGCATCTACTGT------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  H  N  D  L  E  E  V  G  H  D  T  Y  H  H  T  M  F  E  M  L  G  N  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  M  F  E  M  L  G  N  W 
---------------------------------------------GATGTTCTTCACTACTTCGGCGGGCAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  F  G  D  Y  F  K  K  E  A  I  S  W  A  W  E  Y  L  V  D  V  L  K  L 
 S  F  -  -  -  -  K  K  E  A  I  S  W  A  W  E  Y  L  V  -  -  -  -  - 
CGGCAA------------GACTTTAATGCCGTTAATCTCTTGTACATTTTTCAGCAG---------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  P  E  H  L  Y  A  T  V  F  E  G  S  P  E  E  G  L  E  R  D  N  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  S  Y  W  E  Q  Y  L  P  K  D  H  I  I  N  G  N  K  H  D  N  F  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 M  G  D  T  G  P  C  G  P  C  S  E  I  H  I  D  L  R  P  A  E  E  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  S  E  I  H  I  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------TGCTTCGATACGGCGTAC---------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  I  S  G  R  D  L  V  N  H  D  H  P  Q  V  I  E  I  W  N  L  V  F  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  W  N  L  V  F  M 
------------------------------------------------ACAGAATTCAATGGATGAGCCAAA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  Y  N  R  K  A  D  S  T  L  E  P  L  P  A  K  V  I  D  T  G  M  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  K  V  I  D  T  G  M  G  F 
------------------------------------------GGCGATTGCGCCCAGTTCTTTCGCTTCTTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  R  L  C  M  A  L  Q  G  K  T  S  N  Y  D  T  D  V  F  Q  P  L  I  K 
 E  R  L  C  M  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATAGGGATGTTGCGGTG------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  I  A  Q  M  A  G  T  E  Y  G  K  N  E  Q  N  D  I  A  M  R  V  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  H  I  R  T  I  A  F  S  I  T  D  G  Q  L  P  S  N  A  K  A  G  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  R  R  I  L  R  R  A  V  R  Y  G  Y  T  F  L  G  Q  K  Q  A  F  M  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  L  L  P  V  L  I  D  S  M  G  D  A  Y  P  E  L  I  A  Q  K  E  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  K  V  I  K  E  E  E  E  S  F  L  R  T  L  E  T  G  I  R  L  L  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  M  A  D  T  K  A  N  G  K  T  E  I  S  G  K  D  A  F  T  L  Y  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  G  F  P  L  D  L  T  E  L  I  L  R  E  N  G  M  T  V  N  V  E  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  A  E  M  Q  Q  Q  K  Q  R  A  R  N  A  A  A  I  E  T  G  D  W  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  K  E  G  T  T  E  F  V  G  Y  D  Y  T  E  Y  E  T  S  I  L  R  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Q  V  K  Q  K  N  Q  T  L  Y  Q  I  V  L  D  Y  T  P  F  Y  A  E  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  Q  V  G  D  T  G  V  L  V  N  E  F  E  T  I  E  V  I  D  T  K  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 N  N  L  P  I  H  I  T  K  K  L  P  E  H  P  E  A  P  M  M  A  C  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 T  D  K  R  A  A  C  A  A  N  H  S  A  T  H  L  L  D  E  A  L  R  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  G  E  H  V  E  Q  K  G  S  L  V  T  P  D  S  L  R  F  D  F  S  H  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Q  K  V  T  D  E  E  L  R  K  V  E  H  L  V  N  A  K  I  R  A  N  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 L  Q  E  H  R  N  I  P  I  E  E  A  K  E  L  G  A  I  A  L  F  G  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Y  G  D  H  V  R  V  I  Q  F  G  S  S  I  E  F  C  G  G  T  H  V  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 T  G  N  I  G  M  V  K  I  I  S  E  S  S  V  A  A  G  V  R  R  I  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 Y  T  G  A  R  V  E  E  M  L  D  T  I  Q  D  T  L  S  D  L  K  A  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 N  N  T  P  D  L  G  V  A  I  R  K  Y  I  D  E  N  A  G  L  K  K  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  D  F  M  K  E  K  E  A  A  V  K  E  R  L  L  K  N  V  Q  E  I  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 I  K  V  I  K  F  C  L  P  M  P  A  E  V  V  K  N  I  A  F  Q  L  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 E  I  T  E  N  L  F  F  V  A  G  T  V  D  A  N  K  P  M  L  T  V  M  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 S  D  N  L  V  A  G  G  L  K  A  G  N  L  V  K  E  A  A  K  L  I  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 G  G  G  G  Q  P  H  F  A  T  A  G  G  K  N  P  D  G  L  N  A  A  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872
 K  V  L  E  L  A  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

ala_bact_G_stearothermophilus

Class II

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/amino acid sequences/Gstearothermophilus_ala_aa

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/nucleotide sequences/Gstearothermophilus_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  K  L  T  S  A  E  V  R  R  M  F  L  E  F  F  Q  E  K  G  H  T  V 
 -  -  -  -  T  S  A  E  V  R  R  M  F  L  E  F  F  Q  E  K  G  H  T  V 
------------ACATCTGCCGAAGTGCGGCGCATGTTTTTAGAGTTTTTCCAGGAAAAAGGCCATACGGTG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  P  S  A  S  L  I  P  V  D  D  P  S  L  L  W  I  N  S  G  V  A  T  L 
 E  P  .  A  S  L  I  P  -  -  -  -  -  -  L  W  I  N  S  G  V  A  T  L 
GAGCCG---GCATCGCTCATTCCG------------------CTGTGGATCAACAGCGGCGTCGCGACGTTG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  K  Y  F  D  G  R  I  I  P  E  N  P  R  I  C  N  A  Q  K  S  I  R  T 
 K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  R  I  C  N  A  Q  K  S  I  R  T 
AAA---------------------------------CCGCGCATTTGCAATGCGCAAAAATCGATTCGCACG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  D  I  E  N  V  G  K  T  A  R  H  H  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S  I 
---------------------------------------ACGTTTTTTGAAATGCTCGGCAACTTTTCGATC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  D  Y  F  K  R  E  A  I  H  W  A  W  E  F  L  T  S  D  K  W  I  G  F 
 -  -  -  -  K  R  E  A  I  H  W  A  W  E  F  L  T  -  -  -  -  -  -  - 
------------AAGCGTGAAGCGATCCATTGGGCATGGGAGTTTTTAACG---------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  P  E  R  L  S  V  T  V  H  P  E  D  E  E  A  Y  N  I  W  C  N  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  L  P  E  E  R  I  I  R  L  E  G  N  F  W  D  I  G  E  G  P  S  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  T  E  I  F  Y  D  R  G  E  A  F  G  N  D  P  N  D  P  E  L  Y  P  G 
 N  T  E  I  F  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AATACGGAAATTTTTTAT------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  E  N  E  R  Y  L  E  V  W  N  L  V  F  S  Q  F  N  H  N  P  D  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  E  V  W  N  L  V  F  S  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------GAAGTATGGAACCTTGTCTTTTCG---------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  T  P  L  P  K  K  N  I  D  T  G  M  G  L  E  R  M  C  S  I  L  Q  D 
 -  -  -  -  -  K  K  N  I  D  T  G  M  G  L  E  R  M  C  S  I  -  -  - 
---------------AAGAAAAACATCGACACCGGCATGGGCTTGGAGCGGATGTGCTCGATT---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  P  T  N  F  E  T  D  L  F  M  P  I  I  R  A  T  E  Q  I  S  G  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  G  E  D  R  E  K  D  V  A  F  K  V  I  A  D  H  I  R  A  V  T  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  G  D  G  A  L  P  S  N  E  G  R  G  Y  V  L  R  R  L  L  R  R  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  Y  A  K  H  I  G  I  E  R  P  F  M  Y  E  L  V  P  V  V  G  E  I  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  D  Y  Y  P  E  V  K  E  K  A  D  F  I  A  R  V  I  R  S  E  E  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  H  E  T  L  H  E  G  L  A  I  L  S  N  V  I  E  K  A  K  S  E  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  V  I  P  G  E  D  V  F  R  L  Y  D  T  Y  G  F  P  I  E  L  T  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Y  A  A  E  A  G  M  K  V  D  H  D  G  F  E  R  E  M  E  R  Q  R  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  R  A  A  R  Q  D  V  D  S  M  Q  V  Q  G  G  V  L  G  D  I  K  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  R  F  V  G  Y  D  E  L  V  A  S  S  T  V  L  A  I  V  K  D  G  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  E  E  V  R  A  G  E  E  A  Q  I  I  V  D  V  T  P  F  Y  A  E  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  Q  I  A  D  Q  G  T  F  A  G  E  T  G  T  A  V  V  K  D  V  Q  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  N  G  Q  H  L  H  S  I  V  V  E  S  G  T  V  K  K  G  A  V  Y  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 R  V  D  E  A  K  R  A  R  I  I  K  N  H  T  A  T  H  L  L  H  Q  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 K  D  V  L  G  R  H  V  N  Q  A  G  S  L  V  A  P  D  R  L  R  F  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 T  H  F  G  Q  V  K  P  E  E  L  E  R  I  E  A  I  V  N  E  Q  I  W  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 S  L  P  V  D  I  F  Y  K  P  L  E  E  A  K  A  M  G  A  M  A  L  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 E  K  Y  G  D  I  V  R  V  V  K  V  G  D  Y  S  L  E  L  C  G  G  C  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 V  P  N  T  S  A  I  G  L  F  K  I  V  S  E  S  G  I  G  A  G  T  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 I  E  A  V  T  G  E  A  A  Y  R  F  M  S  E  Q  L  A  I  L  Q  E  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 Q  K  L  K  T  S  P  K  E  L  N  A  R  L  D  G  L  F  A  E  L  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  R  E  N  E  S  L  S  A  R  L  A  H  M  E  A  E  H  L  T  R  Q  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 D  V  N  G  V  P  V  L  A  A  K  V  Q  A  N  D  M  N  Q  L  R  A  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 D  D  L  K  Q  K  L  G  T  A  V  I  V  L  A  A  V  Q  G  G  K  V  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 I  A  A  V  T  D  D  L  V  K  Q  G  F  H  A  G  K  L  V  K  E  V  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 R  C  G  G  G  G  G  G  R  P  D  L  A  Q  A  G  G  K  D  A  Q  K  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878
 E  A  L  N  Y  V  E  T  W  V  K  S  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

ala_bact_T_thermophilus

Class II

Bacteria/Thermus thermophilus/amino acid sequences/Tthermophilus_ala_aa

Bacteria/Thermus thermophilus/nucleotide sequences/Tthermophilus_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  T  A  E  I  R  E  K  F  L  S  F  F  E  G  K  G  H  L  R  L  P  S 
 -  R  T  A  E  I  R  E  K  F  L  S  F  F  E  G  K  G  H  L  R  L  P  . 
---GGGGAGGAGGCCGGGGAGGGCCTCCCGGGCCTTCCTGGGGTCCAGGCCGCCCCCCTGGGCCAGGGC---

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  S  L  I  P  E  D  D  P  S  L  L  F  T  S  A  G  M  A  P  L  K  P  Y 
 F  S  L  I  P  -  -  -  -  -  -  L  F  T  S  A  G  M  A  P  L  K  -  - 
CTTGCCCCCGCCCCG------------------GAGGGCCCGGAAGAGGGCCCCCGCCTCGAGGCC------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  L  G  A  K  P  I  F  G  G  R  E  W  R  R  V  T  T  C  Q  E  C  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  R  V  T  T  C  Q  E  C  L  R 
---------------------------------------CGAAAGCACCAGGGCCACGTCCGCCCCCCGGGC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  G  D  I  E  N  V  G  R  T  S  R  H  N  T  Y  F  E  M  L  G  N  F  S 
 V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  F  E  M  L  G  N  F  S 
CAC---------------------------------------GCCGGGAAGCTCCGCCACCGTCCACCTGAG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  G  D  Y  F  K  K  E  A  I  L  W  A  W  E  F  L  T  E  H  L  K  L  D 
 F  -  -  -  -  K  K  E  A  I  L  W  A  W  E  F  L  T  -  -  -  -  -  - 
CCC------------CAGGGAAGCCCCCCCGCCGCCCCCCAAGGCCGCCTGGAC------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  G  R  L  W  V  T  V  F  E  D  D  D  E  A  Y  E  I  W  R  D  L  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  P  E  E  R  I  G  R  F  G  E  D  E  N  Y  W  P  G  G  A  I  T  H  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  N  G  P  S  G  P  C  S  E  I  F  Y  D  R  G  P  A  Y  G  T  P  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  C  S  E  I  F  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------CACCCCGGCGGAGACCGC---------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  G  P  N  T  G  S  G  D  R  F  V  E  I  W  N  L  V  F  T  Q  Y  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  W  N  L  V  F  T  -  -  -  - 
------------------------------------CTTGGACTCAAGGCCCTCTAGGGG------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  G  P  I  P  G  P  G  I  L  K  P  L  P  Q  K  N  I  D  T  G  M  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  K  N  I  D  T  G  M  G  L 
------------------------------------------GGCCATGGCCCCCTCCTTCCTCGCCTCCTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  R  V  A  A  I  L  Q  D  V  E  D  F  Y  R  T  D  T  F  F  P  I  I  Q 
 Y  R  V  A  A  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGGGGCATGTAGCGCCA------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  V  A  R  M  S  G  R  P  Y  E  G  K  T  S  V  S  H  R  V  I  A  D  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  R  A  V  V  A  A  L  S  D  G  A  T  F  S  N  T  G  R  G  Y  V  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  L  L  R  R  A  L  R  H  G  Y  L  L  G  L  S  D  P  F  L  H  R  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  L  V  A  E  L  L  G  D  F  Y  P  E  M  R  E  N  L  P  A  V  E  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  R  L  E  E  E  R  F  L  E  T  L  E  G  G  L  K  R  L  D  A  L  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  L  K  P  G  E  V  L  P  G  K  E  A  F  R  L  Y  D  T  Y  G  F  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  L  T  V  E  I  A  A  E  R  G  Y  G  V  D  T  E  G  F  Q  K  A  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  Q  Q  S  R  S  R  A  A  M  A  F  E  R  E  I  F  K  K  G  A  Q  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  E  L  Y  A  E  R  G  A  T  E  F  L  G  Y  N  A  L  E  A  E  A  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  A  L  L  A  G  D  Q  S  L  L  E  A  G  P  G  T  E  V  Q  V  V  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  T  P  F  Y  A  E  G  G  G  Q  I  G  D  F  G  L  L  E  W  P  G  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  R  V  E  T  T  R  K  T  E  R  G  I  F  L  H  K  A  R  V  E  E  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  R  V  G  E  R  V  R  A  V  V  D  P  R  R  R  D  T  E  R  N  H  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 T  H  L  L  H  A  A  L  R  A  V  L  G  P  H  V  R  Q  A  G  S  L  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 P  D  R  L  R  F  D  F  T  H  P  E  P  L  K  P  E  E  L  E  R  V  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 L  V  N  R  W  I  M  A  D  F  P  V  T  W  R  Y  M  P  L  E  E  A  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 E  G  A  M  A  L  F  G  E  K  Y  G  E  V  V  R  V  V  R  V  E  G  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 L  E  G  L  E  S  K  E  L  C  G  G  C  H  V  R  R  T  G  E  I  G  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 L  I  R  S  E  E  A  V  S  A  G  V  R  R  I  E  A  V  T  G  E  E  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 R  F  A  R  G  S  L  N  R  L  K  A  L  A  E  R  L  E  V  G  E  A  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  E  R  L  E  K  L  L  A  E  L  K  E  K  E  R  E  V  E  S  L  K  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  V  Q  A  A  L  G  G  G  G  G  A  S  L  E  E  K  G  G  L  R  W  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 A  E  L  P  G  L  D  A  K  A  L  R  Q  A  A  D  D  L  V  A  R  G  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 V  A  L  V  L  S  G  G  Q  A  V  L  K  L  S  P  K  A  Q  G  M  G  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 A  G  A  L  F  R  A  L  A  E  K  A  G  G  R  G  G  G  K  G  A  L  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882
 G  G  G  L  D  P  R  K  A  R  E  A  L  P  G  L  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

ala_bact_H_aurantiacus

Class II

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/amino acid sequences/Haurantiacus_ala_aa

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/nucleotide sequences/Haurantiacus_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  G  S  E  L  R  Q  R  F  L  D  Y  F  A  R  Q  G  H  A  V  V  P  S 
 -  K  G  S  E  L  R  Q  R  F  L  D  Y  F  A  R  Q  G  H  A  V  V  P  S 
---CAGCAAACCGTTGGCTTCGGCTAAGGCTTGATCAAGCGCAGCCGCATCGCGACCGCCAGCTTGGGCAAA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  S  L  I  P  A  D  N  P  T  L  L  F  T  V  A  G  M  V  Q  F  N  D  V 
 S  .  L  I  P  -  -  -  -  -  -  L  F  T  V  A  G  M  V  Q  F  N  -  - 
ATC---GCGACCGCC------------------GGCAGCCAAGGCTTTGACTAAATTGCCAGCATG------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  L  G  R  E  S  R  P  Y  S  R  A  V  S  S  Q  K  C  L  R  I  S  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  R  A  V  S  S  Q  K  C  L  R  I  -  -  - 
---------------------------GGCGAGCAGCAAAGGCTTGCCATCGATTACCGTGCC---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  N  D  L  E  N  V  G  P  S  P  R  H  H  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S 
------------------------------------------GCGGAAGCTATCAGCATCGCTGGCTTCAAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  G  D  Y  F  K  K  D  A  I  R  F  A  W  E  F  L  T  Q  E  I  G  L  D 
 F  -  -  -  -  K  K  D  A  I  R  F  A  W  E  F  L  T  -  -  -  -  -  - 
GCG------------TGGCGTGCCAGCTTGCTCAATTTTTTGGGCGAGCAAGCT------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  K  R  M  W  V  S  I  Y  E  G  D  E  Q  I  P  A  D  E  E  A  H  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 W  L  A  Y  M  P  A  E  R  I  L  R  F  D  A  K  D  N  L  W  S  A  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  G  P  R  G  P  C  S  E  I  H  Y  Y  I  G  D  D  P  D  N  Q  V  P  E 
 -  -  -  -  -  -  C  S  E  I  H  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------AGTTACTGCCTCGATCCG------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  V  N  S  E  D  D  T  Y  M  E  I  W  N  L  V  F  M  Q  Y  N  R  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  W  N  L  V  F  M  -  -  -  -  -  - 
------------------------------AACGTGAACACCACCGCAAAGCTC------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  G  V  L  T  L  L  P  K  P  S  I  D  T  G  M  S  L  E  R  L  A  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  K  P  S  I  D  T  G  M  S  L  E  R  L  A  I  V 
------------------------ACTTGCATTGCCACAACCAACGGTGACCACCCGCACCACATCGCCATA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  Q  G  V  F  R  S  Y  E  T  D  L  F  T  P  I  I  H  T  V  M  E  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  T  G  S  D  H  Y  Q  A  N  S  S  A  Y  H  V  V  A  D  H  S  R  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  F  M  I  A  D  G  L  R  P  G  N  E  G  R  S  Y  V  L  R  R  L  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  A  A  Y  F  G  Q  T  I  G  F  K  A  P  F  L  A  E  T  I  A  T  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  M  M  G  A  A  Y  P  E  L  R  S  K  Q  A  Y  I  A  E  V  V  T  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  E  R  F  N  K  T  L  A  G  G  L  R  Q  L  E  A  M  L  P  N  Q  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  A  V  F  S  G  A  D  A  F  K  L  Y  D  T  Y  G  F  P  L  D  L  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  I  V  A  E  R  G  L  T  V  D  L  A  G  Y  E  A  E  L  E  A  Q  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  G  R  G  A  A  Q  F  K  K  G  A  V  T  E  R  W  A  E  R  N  L  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  S  F  T  G  Y  N  E  L  E  S  W  G  H  V  L  A  L  E  F  D  G  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  G  T  V  Q  R  G  Q  E  V  A  F  V  L  D  R  T  P  C  Y  A  E  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  Q  M  G  D  S  G  V  L  V  G  P  H  G  T  I  V  I  D  D  V  Q  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  P  G  V  F  V  H  R  G  K  V  S  K  G  S  V  S  L  G  E  Q  V  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 T  V  D  A  A  R  R  R  D  I  V  R  N  H  T  A  T  H  L  L  H  R  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  D  T  L  G  D  H  A  E  Q  K  G  S  L  V  A  P  E  R  L  R  F  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 N  N  Q  K  G  L  S  S  E  Q  L  Q  Q  I  E  D  Q  V  N  A  W  I  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 D  S  K  V  E  A  A  E  M  A  L  P  Q  A  R  E  L  G  A  M  A  L  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 E  K  Y  G  D  V  V  R  V  V  T  V  G  C  G  N  A  S  D  H  I  H  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 S  E  A  P  V  C  S  R  E  L  C  G  G  V  H  V  A  R  T  G  E  I  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 F  K  I  V  S  E  G  S  V  A  S  G  V  R  R  I  E  A  V  T  G  R  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 A  E  W  V  S  Q  Q  A  Q  L  I  R  T  L  G  D  K  L  G  A  Q  P  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 V  E  E  K  L  D  A  L  L  L  D  Q  K  A  R  R  D  E  I  E  R  L  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 E  I  A  A  G  Q  V  D  S  L  L  A  Q  K  I  E  Q  A  G  T  P  L  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 A  R  V  E  A  S  D  A  D  S  F  R  R  L  G  E  Q  L  R  D  K  I  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 G  V  V  I  L  G  T  V  I  D  G  K  P  L  L  L  A  A  A  T  A  D  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 K  A  G  R  H  A  G  N  L  V  K  A  L  A  A  K  V  G  G  G  G  G  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 A  D  F  A  Q  A  G  G  R  D  A  A  A  L  D  Q  A  L  A  E  A  N  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889
 L 
 - 
---

ala_bact_T_maritima

Class II

Bacteria/Thermotoga maritima/amino acid sequences/Tmaritima_ala_aa

Bacteria/Thermotoga maritima/nucleotide sequences/Tmaritima_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  Y  M  T  S  E  E  I  R  E  A  F  L  K  F  F  E  K  K  G  H  K  I 
 -  -  -  -  T  S  E  E  I  R  E  A  F  L  K  F  F  E  K  K  G  H  K  I 
------------CTCTTCGAGACGTTCCAGAACGTCTTTTATCCTCTCCGGATGTCTTCCACCCGCTTGGGC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  P  S  A  S  L  I  P  D  D  P  Q  L  L  F  T  V  A  G  M  V  P  F  K 
 L  P  .  A  S  L  I  P  -  -  -  -  -  L  F  T  V  A  G  M  V  P  F  K 
AAAATT---TCGGCCTCCTCCGTT---------------CGCTATGTTTCGTGCTATAGAGGAGGCATCGTA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  I  F  W  G  K  V  E  P  V  Y  T  R  V  A  T  C  Q  K  C  L  R  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  R  V  A  T  C  Q  K  C  L  R  T  - 
---------------------------------GAGGGAAACCTTGTTTTCGAACTTACTGAAGAGAAT---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  I  E  N  V  G  K  T  P  R  H  H  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S  F  - 
------------------------------------TATTCCTCCGAGGTGTTTTGCCTCGACGCCTTC---

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  Y  F  K  E  E  A  I  E  W  A  W  E  F  L  T  Q  V  L  G  V  P  E  E 
 -  -  -  K  E  E  A  I  E  W  A  W  E  F  L  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GAAGACCTTTACACCATCTTCCAGCTGTTTCATGGCTAT------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  L  W  V  S  V  Y  E  E  D  E  E  A  F  R  I  W  N  E  K  I  G  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  K  R  I  L  R  M  G  K  E  D  N  F  W  G  P  A  G  P  T  G  P  C  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  D  T  E  I  F  Y  D  T  G  Y  S  K  G  C  P  E  G  E  G  C  T  P  A 
 -  D  T  E  I  F  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GACCGCTTCGATTCTTCG---------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  S  E  G  R  F  V  E  I  W  N  L  V  F  T  E  Y  Y  Q  D  E  E  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  E  I  W  N  L  V  F  T  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------TCCGCCACAGAGTTCTTTACTCAC---------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  H  P  L  P  R  K  N  I  D  T  G  A  G  L  E  R  F  C  A  M  M  Q  G 
 -  -  -  -  -  R  K  N  I  D  T  G  A  G  L  E  R  F  C  A  M  -  -  - 
---------------CGTGAAAAGCGCAACAACTCCGGACTTTACCGCTTCTTCGTAGCTCGT---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  Y  S  N  F  D  T  D  L  F  Q  P  I  I  K  R  I  E  E  L  T  G  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  K  T  D  E  E  K  D  V  S  I  R  V  I  A  D  H  I  R  A  I  T  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  S  E  G  V  F  P  S  N  E  G  R  G  Y  V  L  R  R  I  I  R  R  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  H  G  I  L  L  G  M  S  E  P  F  L  Y  R  I  V  D  A  V  V  E  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  K  V  Y  P  E  I  V  R  G  E  G  M  V  K  E  V  L  S  A  E  E  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  L  K  T  L  E  Q  G  M  K  V  F  D  E  I  V  E  K  K  G  K  I  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  D  A  F  R  L  Y  D  T  Y  G  L  P  L  E  L  T  L  E  I  A  K  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  V  E  V  D  V  Q  E  F  N  K  Y  M  E  E  Q  Q  R  K  S  R  A  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  D  V  E  F  A  R  R  Y  E  Y  L  E  K  L  P  K  D  F  R  T  E  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  Y  E  K  L  E  D  E  G  E  V  V  L  V  A  R  D  D  E  T  V  E  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 S  E  G  T  V  E  V  V  F  S  R  T  P  F  Y  A  E  K  G  G  Q  V  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 T  G  M  V  E  W  R  D  G  K  A  L  V  E  Y  V  F  E  A  S  E  G  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  H  R  I  K  I  L  D  G  T  L  R  R  G  Q  K  V  I  L  R  V  D  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 R  R  E  A  T  M  R  N  H  T  A  T  H  L  L  H  A  A  L  K  K  V  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 D  H  V  R  Q  A  G  S  L  V  A  P  D  R  L  R  F  D  F  T  H  F  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  S  S  A  E  I  E  Q  V  E  D  L  V  N  E  W  I  M  E  A  I  P  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 V  R  Y  T  S  Y  E  E  A  V  K  S  G  V  V  A  L  F  T  E  K  Y  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 V  V  R  V  V  E  V  P  G  V  S  K  E  L  C  G  G  T  H  V  K  N  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 Q  I  G  L  F  K  I  I  S  E  E  S  V  S  S  G  V  R  R  I  E  A  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 G  F  S  A  L  E  L  L  R  N  Q  K  K  L  I  D  Q  L  K  E  I  L  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 R  E  D  E  L  T  D  R  V  L  S  L  R  E  K  V  K  E  L  E  K  K  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 Q  G  R  I  S  E  E  R  I  A  M  K  Q  L  E  D  G  V  K  V  F  H  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 F  E  G  V  E  A  K  H  L  G  G  I  A  D  N  V  L  K  K  E  G  E  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 V  I  L  F  S  K  F  E  N  K  V  S  L  V  V  K  V  S  E  N  L  L  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 Y  D  A  S  S  I  A  R  N  I  A  K  E  L  G  G  N  G  G  G  R  K  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863
 A  Q  A  G  G  R  H  P  E  R  I  K  D  V  L  E  R  L  E  E  F  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

ala_bact_G_obscuriglobus

Class II

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/amino acid sequences/Gemmata_ala_aa

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/nucleotide sequences/Gemmata_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  S  S  S  E  I  R  Q  Q  F  V  D  F  F  C  K  K  H  G  H  T  N  I 
 -  -  S  S  S  E  I  R  Q  Q  F  V  D  F  F  C  K  K  .  G  H  T  N  I 
------CCTCTTCAAGCCCGGCACATCGACCGTCAGGCCCTGCTCCTGGGCCAT---GAGCGTGATGTCGAT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  S  S  P  V  V  P  L  N  D  P  T  L  L  F  A  N  A  G  M  N  Q  F  K 
 A  S  .  P  V  V  P  -  -  -  -  -  -  L  F  A  N  A  G  M  N  Q  F  K 
GATGAC---GTAGGTGTCGTG------------------GCCGCTCACCTGCGTGCGCCCCTCGTCCTTCAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  Y  F  L  G  T  E  K  P  P  V  V  R  V  A  N  T  Q  K  C  I  R  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  V  A  N  T  Q  K  C  I  R  A  - 
---------------------------------GCGCCGCAGGGTGCGCAGGAACGCCGCCTCTTCGTC---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  K  H  N  D  L  D  D  V  G  R  D  T  Y  H  H  T  F  F  E  M  L  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F  E  M  L  G  N 
------------------------------------------------CGCGCCGAAGTGCTCCACCACCGT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 W  S  F  G  D  Y  F  K  K  D  A  I  A  W  A  W  E  L  L  T  E  V  W  K 
 W  S  F  -  -  -  -  K  K  D  A  I  A  W  A  W  E  L  L  T  -  -  -  - 
GTCAACGAG------------CGGCTCGTTCGTGCCGAGCACCTGGTACCCGTACCGCTC------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  D  P  T  R  L  H  V  T  V  F  E  G  D  P  A  N  G  I  P  R  D  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  A  G  F  W  K  A  V  G  V  P  E  E  R  I  H  L  G  N  K  K  D  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 W  E  M  G  N  T  G  P  C  G  P  C  T  E  I  H  I  D  R  T  P  D  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  T  E  I  H  I  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------CGGGGTGAACACGTCCGT---------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  G  P  L  V  N  G  G  T  D  K  V  I  E  I  W  N  L  V  F  I  Q  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  W  N  L  V  F  I  -  -  - 
---------------------------------------GTCGACGTGCTGGGCGGGCAGCGG---------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  N  E  D  Q  S  L  T  P  L  P  A  Q  H  V  D  T  G  M  G  F  E  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Q  H  V  D  T  G  M  G  F  E  R  I 
---------------------------------CAGGTTCCAGATCTCGATGACCTTGTCCGTGCCGCCGTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 C  S  V  V  Q  G  K  S  S  N  Y  D  T  D  V  F  T  P  L  F  E  A  I  Q 
 C  S  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACCAGCGG---------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  V  T  L  C  D  R  P  Y  G  G  D  L  N  D  L  K  D  T  A  Y  R  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  D  H  I  R  T  L  T  F  A  L  T  D  G  A  T  I  G  N  V  G  R  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  L  K  R  I  L  R  R  A  E  R  Y  G  Y  Q  V  L  G  T  N  E  P  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  R  L  V  D  T  V  V  E  H  F  G  A  A  F  P  E  L  K  K  N  P  H  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  K  D  Q  I  R  D  E  E  A  A  F  L  R  T  L  R  R  G  I  T  L  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  I  A  A  Q  M  K  D  E  G  R  T  Q  V  S  G  K  E  A  F  K  L  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  Y  G  V  I  I  D  I  T  L  Q  M  A  Q  E  Q  G  L  T  V  D  V  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436
 L  K  R  R 
 -  -  -  - 
------------

ala_bact_C_thermalis

Class II

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/amino acid sequences/Cthermalis_ala_aa

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/nucleotide sequences/Cthermalis_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  Y  L  S  G  N  E  I  R  Q  K  F  L  E  F  Y  S  Q  R  G  H  Q  I 
 -  -  -  -  S  G  N  E  I  R  Q  K  F  L  E  F  Y  S  Q  R  G  H  Q  I 
------------AGTGGTAACGAAATTCGGCAAAAGTTTTTAGAATTCTATTCCCAGCGAGGACATCAGATC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  A  S  A  S  L  V  P  E  D  P  T  V  L  L  T  I  A  G  M  L  P  F  K 
 L  A  .  A  S  L  V  P  -  -  -  -  -  L  L  T  I  A  G  M  L  P  F  K 
CTCGCT---GCATCCCTCGTGCCA---------------TTACTGACGATCGCGGGGATGTTACCATTTAAA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  I  F  L  G  Q  R  S  P  E  F  K  R  A  T  S  S  Q  K  C  I  R  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  P  .  .  .  R  A  T  S  S  Q  K  C  I  R  T  - 
------------------------CCT---------CGCGCTACGTCATCTCAAAAGTGTATCCGCACC---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  I  E  N  V  G  R  T  A  R  H  H  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S  F  - 
------------------------------------ACTTTTTTTGAGATGCTAGGAAATTTCAGCTTT---

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  Y  F  K  E  Q  A  I  A  W  G  W  E  I  S  T  T  V  F  G  L  P  P  E 
 -  -  -  K  E  Q  A  I  A  W  G  W  E  I  S  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------AAAGAACAAGCGATCGCTTGGGGATGGGAAATATCGACA------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  L  V  A  S  V  F  E  S  D  D  E  A  Y  A  I  W  R  D  K  I  G  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  A  R  I  K  R  M  G  E  D  D  N  F  W  Y  S  G  P  T  G  P  C  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 C  S  E  I  Y  Y  D  F  H  P  E  R  G  D  A  N  I  D  L  E  D  D  T  R 
 C  S  E  I  Y  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGCTCGGAAATATACTAC------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  I  E  F  Y  N  L  V  F  M  Q  Y  N  R  D  A  E  G  N  L  T  P  L  A 
 -  -  E  F  Y  N  L  V  F  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GAGTTTTACAACTTGGTATTCATG------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  K  N  I  D  T  G  M  G  L  E  R  M  A  Q  I  L  Q  K  V  P  N  N  Y 
 K  K  N  I  D  T  G  M  G  L  E  R  M  A  Q  I  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAGAAAAATATCGATACGGGAATGGGACTGGAACGGATGGCGCAGATC------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  T  D  L  I  F  P  I  I  K  T  A  A  E  I  A  G  I  D  Y  N  N  C  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  K  T  K  V  S  L  K  V  I  G  D  H  I  R  A  V  M  H  M  I  A  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  R  A  S  N  T  G  R  G  Y  V  L  R  R  L  I  R  R  V  V  R  H  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  I  G  V  Y  R  R  D  V  T  C  N  V  F  T  P  E  V  V  E  T  A  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  S  E  S  A  Y  P  N  V  R  V  R  E  A  Q  I  K  A  E  L  Q  R  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  Q  F  L  K  T  L  E  R  G  E  K  L  L  D  E  I  I  E  I  A  K  Q  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  Q  T  Q  I  S  G  E  S  A  F  T  L  Y  D  T  Y  G  F  P  L  E  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  E  V  A  E  E  Y  N  L  T  V  D  V  D  S  F  E  V  E  M  E  K  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  R  A  K  E  A  H  E  T  I  D  L  T  V  Q  G  S  L  D  K  L  A  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  H  A  T  E  F  V  G  Y  T  Q  P  V  A  T  A  E  I  K  V  L  L  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  Q  C  V  E  E  A  E  A  G  Q  D  V  Q  I  V  L  D  K  T  P  F  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  S  G  G  Q  I  G  D  R  G  Y  L  S  G  D  A  I  L  V  R  I  E  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  K  E  S  D  F  F  V  H  F  G  R  I  E  R  G  T  L  R  V  G  D  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 T  A  Q  I  D  R  A  C  R  R  R  A  Q  A  N  H  S  A  T  H  L  L  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  L  K  K  I  V  D  D  S  I  S  Q  A  G  S  L  V  D  F  T  K  L  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 D  F  N  C  P  R  P  V  T  P  D  E  L  Q  Q  I  E  E  T  I  N  T  W  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 A  E  A  H  T  A  E  I  S  I  L  P  L  A  E  A  K  A  R  G  A  V  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 F  G  E  K  Y  G  E  E  V  R  V  L  D  F  P  G  V  S  M  E  L  C  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 T  H  V  S  N  T  A  E  I  G  V  F  K  I  I  S  E  A  G  V  A  S  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 R  R  I  E  A  V  A  G  S  A  V  L  D  Y  L  N  V  R  D  K  V  V  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  S  D  R  F  K  V  K  P  E  E  L  P  D  R  I  T  T  L  Q  T  E  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 N  T  Q  K  Q  L  D  T  L  K  A  Q  L  A  L  A  K  S  E  S  L  L  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 A  E  S  V  G  E  F  K  Y  V  V  A  Q  M  E  A  V  D  P  E  S  L  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 A  A  E  R  L  L  Q  K  L  G  N  G  A  V  V  L  G  S  V  P  E  E  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 V  S  L  V  A  A  F  S  P  E  V  N  K  K  G  L  Q  A  G  K  F  I  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 I  A  K  I  C  G  G  G  G  G  G  R  P  N  L  A  Q  A  G  G  R  D  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882
 K  L  P  E  A  L  E  T  A  L  S  E  L  R  S  A  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

ala_bact_M_mobile

Class II

Bacteria/Mycoplasma mobile/amino acid sequences/Mmobile_ala_aa

Bacteria/Mycoplasma mobile/nucleotide sequences/Mmobile_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  S  K  E  I  R  N  K  W  L  N  F  F  E  S  K  G  H  L  I  I  P  S 
 -  K  S  K  E  I  R  N  K  W  L  N  F  F  E  S  K  G  H  L  I  I  P  . 
---AATGATTCCTTTTTCTTTTAAAAGTTCAAATAAATCTTCTGCTTTTTCAATTTTCTTATCGATACT---

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  S  L  I  P  I  K  D  D  S  L  L  W  I  N  S  G  V  A  T  L  K  D  F 
 K  S  L  I  P  -  -  -  -  -  -  L  W  I  N  S  G  V  A  T  L  K  -  - 
TTGCGAAAGAATATT------------------TTTATATTTTTCAAAAATTATATTAGAGATGTC------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  S  G  K  K  I  P  P  S  K  R  L  T  N  S  Q  K  S  I  R  T  N  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  R  L  T  N  S  Q  K  S  I  R  T  -  -  - 
---------------------------GAAAAATTTACCCTTACTAATTTCAGAACCTAAAAT---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  N  V  G  K  T  A  R  H  H  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S  I  G  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S  I  -  -  - 
------------------------------TAAAGATTGTAAAGAAGCCATTTTTAAATTCAT---------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  K  K  E  A  I  N  F  G  F  E  F  I  F  D  V  L  K  F  D  R  E  K  I 
 -  K  K  E  A  I  N  F  G  F  E  F  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TTCAGTGTTTTTAAATTTCATAATGCTAAAATCAGACTC------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  F  T  Y  F  S  E  D  L  E  T  L  E  I  L  K  S  L  N  V  P  D  S  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  I  K  G  S  R  K  T  N  F  W  D  M  G  N  G  P  C  G  P  N  L  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  L  E  I 
------------------------------------------------------------ATTTTCTAAAAC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  Y  D  R  G  P  K  Y  S  N  R  G  I  E  L  L  K  N  D  I  E  N  D  R 
 F  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAATTT------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  I  E  I  W  N  I  V  F  S  Q  F  N  N  D  G  N  G  N  Y  E  L  L  K 
 -  -  E  I  W  N  I  V  F  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ATTTTTTCCTTTTGAATCTAAAGA------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  K  N  I  D  T  G  A  G  L  E  R  L  A  C  I  L  Q  D  T  P  T  N  F 
 Q  K  N  I  D  T  G  A  G  L  E  R  L  A  C  I  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGTACCACCACATAAATCAGCTGTTATTTTTGGGAAATTAACAATTCT------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  T  D  L  F  L  P  I  I  K  E  I  E  K  L  S  I  Y  K  Y  K  I  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  F  L  K  D  K  I  Q  E  K  I  N  L  N  F  K  I  I  S  D  H  L  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  V  N  A  I  N  D  G  A  K  P  S  N  N  G  R  G  Y  I  I  R  R  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  R  A  Y  R  S  G  I  F  L  G  I  K  G  K  S  F  L  H  K  M  T  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  R  D  S  L  I  Y  D  I  D  V  E  K  V  S  K  I  I  K  K  E  E  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  S  K  T  I  S  E  G  I  N  L  L  K  E  K  I  K  S  K  F  P  K  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  I  D  I  E  N  K  S  Q  V  A  K  Y  F  K  E  N  N  L  T  F  D  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  A  F  E  L  F  S  T  F  G  F  P  V  E  I  I  K  E  I  L  E  D  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  I  E  L  D  I  S  N  L  P  K  Y  L  E  E  H  A  N  K  S  R  S  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  S  A  M  Q  K  V  I  N  S  L  E  L  V  K  E  K  V  S  E  F  V  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 S  T  L  K  T  K  S  K  I  L  Y  L  L  N  E  T  E  E  I  H  F  T  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  N  E  I  S  Y  L  I  L  D  K  T  P  F  Y  A  T  A  G  G  Q  R  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  G  L  L  I  Q  D  K  N  R  I  E  V  L  E  V  F  K  D  K  H  L  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  H  K  V  K  G  K  I  L  K  S  E  L  I  N  A  E  V  D  S  N  I  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  L  E  R  N  H  S  G  T  H  L  V  F  N  A  L  S  R  E  F  G  K  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 E  Q  L  G  S  D  N  N  E  E  R  L  T  F  D  F  P  L  S  K  K  P  S  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 E  E  I  K  N  V  E  K  R  V  N  E  Y  I  N  M  S  V  D  R  E  Y  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 T  T  L  E  G  A  K  K  L  N  A  V  M  T  L  E  E  Q  E  Y  M  D  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  V  R  I  V  N  F  P  K  I  T  A  D  L  C  G  G  T  H  I  E  N  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 K  I  E  T  F  K  I  I  S  L  D  S  K  G  K  N  K  F  R  I  K  A  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 S  K  K  I  V  E  E  Y  L  K  D  E  I  S  K  N  K  L  V  L  E  N  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 E  K  N  K  S  L  F  Q  G  Y  K  M  N  F  S  W  S  K  N  L  D  E  Q  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 E  Q  I  T  K  H  I  D  Q  A  R  S  D  Y  K  K  L  L  K  N  S  E  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 L  E  K  L  E  S  D  F  S  I  M  K  F  K  N  T  E  I  I  F  D  M  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 K  M  A  S  L  Q  S  L  V  A  T  L  R  E  K  N  P  K  A  I  V  I  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 S  E  I  S  K  G  K  F  F  I  C  V  G  S  K  E  F  S  A  K  D  I  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 I  I  F  E  K  Y  K  G  K  G  G  G  N  N  I  L  S  Q  G  S  I  D  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905
 I  E  K  A  E  D  L  F  E  L  L  K  E  K  G  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

ala_bact_B_burgdorferi

Class II

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_ala_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  L  N  K  L  R  K  K  Y  I  D  F  F  K  S  K  K  H  F  E  I  M  G 
 -  T  L  N  K  L  R  K  K  Y  I  D  F  F  K  S  K  K  H  F  E  I  M  . 
---CTCATCAATCAAAATAGCTTTTATTCTTCTTATACCTGAAGATGAGGATTGTTCTTTTTGTATTTT---

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  S  L  V  P  E  N  D  P  T  V  L  F  N  T  A  G  M  Q  P  L  I  P  Y 
 K  S  L  V  P  -  -  -  -  -  -  L  F  N  T  A  G  M  Q  P  L  I  -  - 
AGTACCAAGTTCATT------------------GCCTCCACAAACTTCAAGCGAAAATCCATCTAT------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  L  G  E  V  H  P  S  G  D  M  L  V  N  V  Q  K  C  L  R  T  G  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  M  L  V  N  V  Q  K  C  L  R  T  -  -  - 
---------------------------TCCAAAAAGAGCCATAGCACCTTTTTCTCGAGCTTC---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  E  V  G  D  L  S  H  L  T  F  F  E  M  L  G  N  W  S  L  G  A  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F  E  M  L  G  N  W  S  L  -  -  -  - 
---------------------------ATTTTTTATCTGTAAATTAACAATCTCTTCAAC------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  E  Y  S  V  K  C  S  F  E  F  L  T  S  S  D  Y  L  N  I  P  K  D  S 
 K  E  Y  S  V  K  C  S  F  E  F  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCATCCGTCATCTTTTCAGAATGAACAAAATCAAACCT---------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  Y  V  S  V  F  E  G  D  Q  E  I  P  R  D  T  E  T  A  K  V  W  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  G  I  S  K  D  R  I  H  Y  L  S  K  D  H  N  F  W  G  P  V  G  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  P  C  G  P  D  T  E  I  Y  V  D  T  G  K  S  K  C  S  L  D  C  N  I 
 -  -  -  -  -  D  T  E  I  Y  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AAAACCCAACTTATCAAC---------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  C  S  C  G  K  Y  F  E  I  W  N  N  V  F  M  Q  Y  N  K  D  E  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  W  N  N  V  F  M  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------TAGTTTAAAAGCAATATCACCAGG------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  Y  I  E  L  G  R  K  C  V  D  T  G  M  G  L  E  R  T  I  A  F  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  R  K  C  V  D  T  G  M  G  L  E  R  T  I  A  F  -  - 
------------------TTGCTCTCCTTGAGATAAAGTTTTAAAAAACTTTTCTTCTTCTTTGCT------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  K  S  S  V  Y  D  T  D  A  F  M  P  I  I  K  R  I  E  Y  I  S  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  Y  G  Q  K  E  D  D  D  R  C  I  R  I  I  S  D  H  V  K  A  A  C  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  L  A  D  S  S  V  V  F  P  S  N  L  G  Q  G  Y  V  L  R  R  L  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  S  I  R  Y  A  K  K  L  G  I  K  S  H  F  L  A  D  L  V  D  S  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  I  Y  R  S  F  Y  N  E  L  T  E  K  K  D  F  I  K  K  E  L  S  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  E  K  F  F  K  T  L  S  Q  G  E  Q  E  F  I  K  I  T  R  N  L  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  T  I  P  G  D  I  A  F  K  L  Y  D  T  Y  G  F  P  Y  E  V  T  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  A  I  E  Y  G  F  N  V  D  K  L  G  F  N  E  H  F  K  K  H  Q  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  K  K  G  G  D  K  V  F  K  G  G  L  A  D  Y  T  Y  E  T  T  K  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  A  T  H  L  L  H  K  A  L  Q  L  V  L  G  D  H  V  R  Q  K  G  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  T  A  E  R  L  R  F  D  F  V  H  S  E  K  M  T  D  D  E  I  K  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  E  I  V  N  L  Q  I  K  N  S  L  S  V  K  K  I  I  M  E  L  S  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  E  K  G  A  M  A  L  F  G  E  K  Y  D  D  L  V  S  V  Y  E  I  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 F  S  L  E  V  C  G  G  P  H  V  E  N  T  N  E  L  G  T  F  K  I  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594
 E  Q  S  S  S  S  G  I  R  R  I  K  A  I  L  I  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

ala_bact_C_A_asiaticus

Class II

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_ala_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  C  S  S  N  I  R  Q  K  F  V  D  F  F  K  Q  K  D  H  H  H  V  K  A 
 -  C  S  S  N  I  R  Q  K  F  V  D  F  F  K  Q  K  D  H  H  H  V  K  A 
---TAATATATATTTCTCTAATATGTGGCGAGCTGTAACTAGTACTTGGTTTATTCCGCTGGCATCATTTCC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  P  I  V  N  K  E  D  P  T  L  L  F  T  N  A  G  M  N  Q  F  K  D  F 
 .  P  I  V  N  -  -  -  -  -  -  L  F  T  N  A  G  M  N  Q  F  K  -  - 
---TGCTGTAGCAAA------------------GCCTCCTTGAATAAGAGTTGCTAACTCTTTAAT------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  L  N  Q  Q  E  A  P  Y  Q  R  A  I  S  T  Q  P  C  L  R  V  S  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  R  A  I  S  T  Q  P  C  L  R  V  -  -  - 
---------------------------TAACTCTTCAGAAATAAATAATGCGATATGTGGCTG---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  N  D  L  E  E  V  G  V  D  T  Y  H  H  T  M  F  E  M  L  G  N  W  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  M  F  E  M  L  G  N  W  S 
------------------------------------------AAAGCTAAGAGCTACTTGTTTAAGTGCTTC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  G  E  Y  F  K  E  E  A  I  A  C  A  W  E  L  L  T  E  V  Y  K  L  P 
 F  -  -  -  -  K  E  E  A  I  A  C  A  W  E  L  L  T  -  -  -  -  -  - 
TAC------------TACTTCTTCAATAAGTACTTGAATTTCTTGAACTTGCTT------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  E  R  L  Y  V  T  V  F  Q  G  D  E  E  E  S  L  E  L  D  Q  E  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  T  W  E  K  Y  I  S  R  D  R  I  L  Y  G  N  K  K  D  N  F  W  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  D  T  G  P  C  G  P  C  S  E  I  H  V  D  I  R  T  E  E  E  I  Q  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  C  S  E  I  H  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------TGCATCGGCAGTAATGGC------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  A  G  K  E  L  V  N  T  G  H  P  Q  V  I  E  I  W  N  L  V  F  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  W  N  L  V  F  I  - 
---------------------------------------------TGCATGCGTACCTCCACAAAGTTC---

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  N  R  L  A  S  G  Q  L  M  E  L  P  A  K  H  V  D  T  G  M  G  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  K  H  V  D  T  G  M  G  F  E 
---------------------------------------TCCATATTTCTCTCCAAACAACGCTGTGACACC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  L  T  M  V  L  Q  G  K  S  S  T  Y  D  T  D  I  F  V  P  L  I  H  N 
 R  L  T  M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATTGACTTAGCATC---------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  M  R  L  S  H  K  T  Y  G  K  D  N  K  V  D  I  A  M  R  V  V  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  I  R  A  I  T  F  A  I  A  D  G  Q  L  P  S  N  T  Q  A  G  Y  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  R  I  L  R  R  A  V  R  Y  G  Y  T  N  L  G  F  E  T  P  F  M  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  V  S  I  L  A  Q  Q  F  K  N  V  Y  P  Q  I  K  Q  Q  Q  S  Y  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  V  I  K  S  E  E  E  S  F  F  K  T  L  A  V  G  L  H  R  L  E  H  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  E  T  L  N  I  N  G  Q  Q  V  I  D  G  P  T  A  F  E  L  Y  D  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  F  P  P  D  L  T  R  L  I  A  Q  E  K  G  L  E  V  D  E  E  G  F  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  A  L  Q  N  Q  R  I  R  S  Q  Q  A  A  V  L  E  Q  G  D  W  H  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  K  D  V  D  S  V  F  I  G  Y  D  Q  L  E  L  I  A  K  V  I  Q  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 S  I  Y  Q  K  G  E  E  I  Y  Q  I  V  L  D  Q  T  P  F  Y  P  E  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  Q  V  G  D  T  G  T  L  I  V  G  E  Q  I  I  A  V  F  D  T  K  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Y  E  R  I  I  H  Y  T  H  E  L  P  H  D  L  H  A  T  V  Q  A  V  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  K  K  R  N  L  I  A  S  N  H  S  A  T  H  L  L  H  A  A  L  R  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  G  S  H  I  E  Q  K  G  S  L  V  N  E  K  L  L  R  F  D  F  P  H  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 T  K  V  S  P  E  Q  I  R  E  I  E  H  I  V  N  Q  K  I  R  A  N  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 L  H  E  V  R  S  M  L  L  E  D  A  K  S  M  G  V  T  A  L  F  G  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Y  G  E  Y  V  R  V  I  T  F  D  P  Y  F  S  K  E  L  C  G  G  T  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 S  A  T  G  K  L  G  F  F  K  I  T  A  E  T  G  I  A  A  G  T  R  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 E  A  I  T  A  D  A  A  E  N  F  I  I  E  Q  L  S  I  L  N  Q  A  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 A  L  K  K  P  N  D  L  V  K  S  I  Y  H  L  L  E  E  K  A  N  L  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 K  I  L  S  Y  Q  A  Q  E  V  R  S  V  I  D  N  L  Y  Q  H  I  K  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 Q  E  I  Q  V  L  I  E  E  V  K  V  P  N  V  E  A  L  K  Q  V  A  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 F  R  T  N  K  G  P  F  F  L  T  L  T  S  I  I  D  Q  Q  P  H  I  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 F  I  S  E  E  L  I  H  K  T  Q  M  N  A  N  I  I  I  K  E  L  A  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 I  Q  G  G  G  G  G  Q  P  F  F  A  T  A  K  G  N  D  A  S  G  I  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878
 V  L  V  T  A  R  H  I  L  E  K  Y  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

ala_bact_S_aureus

Class II

Bacteria/Staphylococcus aureus/amino acid sequences/Saureus_ala_aa

Bacteria/Staphylococcus aureus/nucleotide sequences/Saureus_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  K  L  K  A  S  E  I  R  Q  K  Y  L  D  F  F  V  E  K  G  H  M  V 
 -  -  -  -  K  A  S  E  I  R  Q  K  Y  L  D  F  F  V  E  K  G  H  M  V 
------------AATGTAATCTTTAATAAAGCTTAATGATTTTGAGATATTTTCAGGTTGTGTACCGCCACC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  P  S  A  P  L  V  P  I  D  D  D  T  L  L  W  I  N  S  G  V  A  T  L 
 E  P  .  A  P  L  V  P  -  -  -  -  -  -  L  W  I  N  S  G  V  A  T  L 
TTGAGC---ATCTGGACGACCGCC------------------TGGTGCCATTTGTTTGATAAGATCACCGGC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  K  Y  F  D  G  R  E  T  P  K  K  P  R  I  V  N  S  Q  K  A  I  R  T 
 K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  R  I  V  N  S  Q  K  A  I  R  T 
TTT---------------------------------AACCATCGATACTTTATCATCAACATTACTTGCAAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  D  I  E  N  V  G  F  T  A  R  H  H  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S  I 
---------------------------------------CATTGTCGAGCGAATTGCTTTCGCATTTGGTAC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  D  Y  F  K  Q  E  A  I  E  F  A  W  E  F  L  T  S  D  K  W  M  G  M 
 -  -  -  -  K  Q  E  A  I  E  F  A  W  E  F  L  T  -  -  -  -  -  -  - 
------------AACCAATACTTTATAGCCATTGATTTCTTCAACTTGATC---------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  P  D  K  L  Y  V  T  I  H  P  E  D  M  E  A  Y  N  I  W  H  K  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  L  E  E  S  R  I  I  R  I  E  G  N  F  W  D  I  G  E  G  P  S  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  T  E  I  F  Y  D  R  G  E  A  Y  G  Q  D  D  P  A  E  E  M  Y  P  G 
 N  T  E  I  F  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCTAAATATAAGAAAGC------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  E  N  E  R  Y  L  E  V  W  N  L  V  F  S  E  F  N  H  N  K  D  H  S 
 -  -  -  -  -  -  -  E  V  W  N  L  V  F  S  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------AATTTCAGAAGTATTGCGGACATG---------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  T  P  L  P  N  K  N  I  D  T  G  M  G  L  E  R  M  A  S  V  S  Q  N 
 -  -  -  -  -  N  K  N  I  D  T  G  M  G  L  E  R  M  A  S  V  -  -  - 
---------------TACACGCACAACATCACCATATTTTTCACCGAATAATGCCATTGCGCC---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  R  T  N  Y  E  T  D  L  F  M  P  I  M  N  E  I  E  K  V  S  G  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  L  V  N  N  E  Q  D  V  A  F  K  V  I  A  D  H  I  R  T  I  A  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  S  D  G  A  L  P  A  N  E  G  R  G  Y  V  L  R  R  L  L  R  R  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  F  S  Q  T  L  G  I  N  E  P  F  M  Y  K  L  V  D  I  V  A  D  I  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  P  Y  Y  P  N  V  K  E  K  A  D  F  I  K  R  V  I  K  S  E  E  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  H  E  T  L  E  D  G  L  A  I  L  N  E  L  I  K  K  A  K  A  T  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  I  N  G  K  D  A  F  K  L  Y  D  T  Y  G  F  P  I  E  L  T  E  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  V  Q  A  G  L  K  V  D  M  T  T  F  E  S  E  M  Q  Q  Q  R  D  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  Q  A  R  Q  N  S  Q  S  M  Q  V  Q  S  E  V  L  K  N  I  T  S  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  F  V  G  Y  D  T  A  T  A  Q  T  T  L  T  H  L  I  Y  N  G  E  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 S  Q  V  E  A  G  E  T  V  Y  F  M  L  T  E  T  P  F  Y  A  V  S  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Q  V  A  D  T  G  I  V  Y  N  D  N  F  E  I  A  V  S  E  V  T  K  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 N  G  Q  N  L  H  K  G  V  V  Q  F  G  Q  V  N  V  G  A  T  V  S  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  N  Q  N  D  R  R  D  I  Q  K  N  H  S  A  T  H  L  L  H  A  A  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 S  V  L  G  D  H  V  N  Q  A  G  S  L  V  E  A  D  R  L  R  F  D  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 H  F  G  P  M  T  N  D  E  I  D  Q  V  E  R  L  V  N  E  E  I  W  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 I  D  V  N  I  Q  E  M  D  I  V  S  A  K  E  M  G  A  M  A  L  F  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 K  Y  G  D  V  V  R  V  V  N  M  A  P  F  S  I  E  L  C  G  G  I  H  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 R  N  T  S  E  I  G  L  F  K  I  V  S  E  S  G  T  G  A  G  V  R  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 E  A  L  T  G  K  A  A  F  L  Y  L  E  D  I  Q  E  K  F  N  T  M  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 Q  L  K  V  K  S  D  N  Q  V  V  D  K  L  T  Q  L  Q  D  E  E  K  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 L  K  Q  L  E  Q  R  D  K  E  I  T  S  L  K  M  G  N  I  E  D  Q  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 E  I  N  G  Y  K  V  L  V  T  E  V  D  V  P  N  A  K  A  I  R  S  T  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 D  D  F  K  S  K  L  Q  D  T  I  I  I  L  A  S  N  V  D  D  K  V  S  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 V  A  T  V  P  K  S  L  T  N  N  V  K  A  G  D  L  I  K  Q  M  A  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 V  G  G  K  G  G  G  R  P  D  M  A  Q  G  G  G  T  Q  P  E  N  I  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876
 S  L  S  F  I  K  D  Y  I  K  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

ala_euk_L_infantum

Class II

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_ala_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  F  T  E  W  P  V  S  R  V  R  Q  E  F  V  D  Y  F  K  K  Q  G  H 
 -  -  -  -  -  -  P  V  S  R  V  R  Q  E  F  V  D  Y  F  K  K  Q  G  H 
------------------CCTGTGAGTAGGGTTCGCCAGGAGTTCGTCGACTACTTCAAGAAGCAGGGCCAC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  F  V  P  S  S  P  V  C  P  H  D  D  P  T  L  L  F  I  N  A  G  M  N 
 T  F  V  P  S  .  P  V  C  P  -  -  -  -  -  -  L  F  I  N  A  G  M  N 
ACATTTGTGCCCAGC---CCTGTCTGCCCG------------------CTGTTCATCAATGCCGGCATGAAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  F  K  A  L  F  L  G  T  A  D  P  N  T  D  F  G  R  L  K  R  A  A  N 
 Q  F  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  R  A  A  N 
CAGTTCAAG------------------------------------------------AAGCGCGCTGCCAAC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  Q  M  C  I  R  A  G  G  K  H  N  D  L  E  D  V  G  R  D  T  Y  H  H 
 S  Q  M  C  I  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCGCAGATGTGCATTCGCGCT---------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  F  F  E  M  L  G  S  W  S  F  G  D  Y  F  K  K  E  A  I  Q  W  A  W 
 T  F  F  E  M  L  G  S  W  S  F  -  -  -  -  K  K  E  A  I  Q  W  A  W 
ACCTTTTTCGAGATGCTAGGATCATGGTCCTTT------------AAGAAAGAGGCCATCCAGTGGGCCTGG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  L  L  T  E  V  Y  K  L  P  K  D  Q  L  Y  V  T  Y  F  E  G  D  E  N 
 E  L  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGCTCCTGACA------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  G  L  D  P  D  L  E  A  K  E  L  W  G  Q  F  L  P  E  S  Q  I  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  N  A  K  D  N  F  W  E  M  G  D  T  G  P  C  G  P  C  S  E  V  H  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  S  E  V  H  F 
------------------------------------------------------TGCTCGGAGGTTCACTTT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  R  I  G  G  R  N  A  A  S  L  V  N  K  D  D  P  M  V  V  E  I  W  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  W  N 
------------------------------------------------------------GAGATCTGGAAT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  V  F  M  Q  F  E  R  R  A  G  G  S  L  T  P  L  P  Q  K  H  I  D  T 
 L  V  F  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  K  H  I  D  T 
CTGGTGTTTATG------------------------------------------CAGAAGCACATAGACACC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  M  G  L  E  R  L  T  S  I  L  Q  G  V  K  S  N  Y  D  T  D  A  W  I 
 G  M  G  L  E  R  L  T  S  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCATGGGTCTGGAGCGCCTCACTTCTATT------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  L  F  E  A  I  Q  T  A  T  G  Y  P  K  S  Y  A  E  I  R  N  D  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  D  A  L  V  A  Y  R  V  V  A  D  H  I  R  C  L  T  S  A  V  G  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  M  P  D  S  V  G  R  G  F  V  L  R  R  I  I  R  R  A  V  R  Y  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  F  L  G  A  K  P  G  F  F  T  Q  L  V  D  S  V  C  T  S  L  G  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  P  H  L  K  E  P  R  N  I  Q  R  I  K  T  V  L  A  D  E  E  Q  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  K  T  W  E  M  G  L  K  H  F  N  H  A  V  N  E  C  R  A  N  N  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  I  S  G  S  E  A  F  V  L  H  D  R  Y  G  F  P  V  D  L  T  C  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  E  K  D  G  M  T  V  D  L  E  G  F  N  A  E  M  K  E  S  K  V  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  R  V  A  A  T  K  T  F  I  D  A  Y  Q  L  E  E  L  K  T  R  G  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Q  T  D  D  A  A  K  Y  V  W  E  D  S  T  G  D  L  L  A  I  F  D  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 N  S  K  F  I  S  L  L  E  P  G  N  D  L  G  A  E  G  V  G  I  I  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 T  T  N  F  Y  A  E  S  G  G  Q  V  Y  D  T  G  R  L  V  A  A  S  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  F  E  V  K  K  V  Y  N  V  A  G  Y  V  V  H  V  G  N  L  S  K  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  S  S  I  P  S  S  A  V  V  Q  L  Q  V  D  Y  E  R  R  L  P  I  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 N  H  T  T  T  H  Q  L  N  W  V  L  R  R  V  L  G  E  K  P  D  N  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 E  V  Q  Q  K  G  S  L  V  T  D  E  M  L  R  F  D  F  S  Y  N  T  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 S  N  E  D  L  V  R  V  E  R  L  L  N  E  K  I  Q  A  G  L  P  V  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  E  V  P  L  E  A  A  S  K  I  N  G  L  R  H  M  F  G  E  K  Y  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 P  V  S  V  I  S  I  G  T  P  I  N  E  M  L  A  N  P  E  K  E  E  W  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 D  Y  A  V  E  F  C  G  G  T  H  L  K  N  L  K  E  A  E  K  A  V  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 S  E  E  A  L  M  K  G  V  R  R  V  V  V  A  T  K  S  E  A  D  K  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 K  A  G  A  V  L  K  G  Q  Y  D  E  L  M  K  K  E  A  T  A  T  S  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 A  L  S  V  L  N  K  K  V  G  D  S  C  I  P  L  V  L  K  N  E  M  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 N  I  D  A  A  I  K  R  M  N  A  T  L  K  S  Q  A  A  E  A  R  D  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 A  E  A  G  K  A  L  G  A  S  Y  D  A  A  A  A  P  F  L  V  H  Q  M  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 E  F  G  A  E  R  E  A  L  Q  A  F  S  D  G  F  T  S  T  V  S  G  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 G  V  F  L  I  G  S  D  D  E  K  A  L  A  I  V  S  M  P  A  A  F  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 R  K  M  S  A  V  A  W  A  K  S  S  I  G  K  G  G  G  K  P  N  A  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 S  G  L  P  A  K  D  V  A  A  A  A  A  K  A  M  E  E  A  E  R  M  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962
 S  L 
 -  - 
------

ala_euk_D_discoideum

Class II

Eukaryotes/Dictyostelium discoideum/amino acid sequences/Ddiscoideum_ala_aa

Eukaryotes/Dictyostelium discoideum/nucleotide sequences/Ddiscoideum_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  V  N  Q  I  R  K  T  F  I  D  F  F  R  E  K  C  E  H  T  F  V  P 
 -  D  V  N  Q  I  R  K  T  F  I  D  F  F  R  E  K  .  E  H  T  F  V  P 
---GTTTGCATTTGCAAATTCTCTTGAAACGAGAATAGCTTCATCGATTTT---TAATTTAGAACCAACACC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  S  A  V  I  P  H  D  D  P  T  L  L  F  A  N  A  G  M  N  Q  F  K  P 
 S  .  A  V  I  P  -  -  -  -  -  -  L  F  A  N  A  G  M  N  Q  F  K  - 
TTG---AACATCAACTTT------------------TAAAACTTCGGTAACCTTTACAACCCAAGCATT---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  F  L  G  Q  V  N  P  K  S  E  Q  A  K  L  K  R  A  V  N  S  Q  K  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  .  R  A  V  N  S  Q  K  C 
------------------------------------------AAT---AGTAACTTTACCTTTTTCTTCATC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  R  A  G  G  K  H  N  D  L  D  D  V  G  K  D  T  Y  H  H  T  F  F  E 
 I  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F  E 
TGGACTAAT---------------------------------------------------AGTGATTAAAGG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 M  L  G  N  W  S  F  G  N  Y  F  K  K  E  A  I  T  W  A  W  E  L  L  T 
 M  L  G  N  W  S  F  -  -  -  -  K  K  E  A  I  T  W  A  W  E  L  L  T 
AGTATTTGAATTGAAGTTTAC------------AACCTTTGGTTGAGATTTAGCCAATTCTTCAGAGGTTTT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  V  Y  K  L  D  K  E  R  L  Y  V  T  Y  F  R  G  D  P  E  K  G  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  D  L  E  A  K  N  L  W  L  Q  Y  L  P  E  E  R  V  L  P  F  G  M  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  N  F  W  E  M  G  D  Q  G  P  C  G  P  C  S  E  I  H  Y  D  K  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  S  E  I  H  Y  -  -  -  - 
------------------------------------------GAGGGCATTATTGAATCT------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  R  D  G  A  S  F  V  N  A  D  D  P  T  L  I  E  I  W  N  L  V  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  W  N  L  V  F  I 
------------------------------------------------GATACGACGTACACCAGCACCCAA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  Y  N  R  E  A  D  K  S  L  R  P  L  P  Q  K  H  V  D  T  G  M  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  K  H  V  D  T  G  M  G  L 
------------------------------------------GTTTGACAAATGTGTACCACCACAAAATTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  R  L  T  S  I  I  Q  K  V  P  T  N  Y  D  T  D  V  F  M  P  I  F  A 
 E  R  L  T  S  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATGGAATAGTTTGCCCA------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  I  Q  E  V  T  G  Y  P  E  P  Y  G  G  K  V  G  A  E  D  T  Q  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  M  A  Y  R  V  I  A  D  H  I  R  T  L  T  F  S  I  A  D  G  A  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  V  D  G  R  G  Q  V  L  R  R  I  L  R  R  A  V  R  Y  G  K  Q  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  A  P  A  G  F  F  S  K  L  V  D  V  V  I  A  N  F  G  E  F  F  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  R  K  K  P  E  H  I  K  M  V  L  T  R  E  E  D  M  F  N  K  T  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  G  I  V  E  F  E  K  M  I  K  K  S  V  N  N  T  L  S  A  E  N  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  L  S  T  C  Y  G  F  P  I  D  L  T  T  I  M  A  E  E  K  N  Y  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  I  K  G  Y  E  G  L  C  E  A  Q  S  E  I  D  R  K  R  Q  K  E  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  E  L  T  L  G  A  E  A  N  A  W  L  K  N  N  D  I  K  P  T  D  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 F  K  Y  K  Q  H  E  I  Q  S  V  I  K  A  I  W  N  G  K  E  F  V  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  P  K  G  T  L  I  G  V  V  L  E  N  S  N  F  Y  A  E  Q  G  G  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Y  D  I  G  Q  L  S  F  I  D  D  Q  K  T  A  F  D  V  K  D  C  K  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 G  G  Y  V  L  H  I  G  Y  L  S  Y  E  C  D  S  L  K  V  G  D  R  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  T  V  D  Y  T  R  R  S  P  I  M  S  N  H  T  S  T  H  M  V  N  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  K  N  I  L  G  D  G  I  D  Q  R  G  S  F  V  D  A  Q  R  F  R  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 F  S  F  G  R  A  I  T  K  D  E  L  I  K  I  D  Q  I  V  N  D  Q  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 K  Q  L  D  V  H  A  K  E  V  G  L  A  S  A  K  K  I  N  G  L  R  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 F  G  E  V  Y  P  D  P  V  R  V  V  S  V  G  V  P  V  E  Q  L  I  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 P  T  N  P  E  W  A  N  Y  S  I  E  F  C  G  G  T  H  L  S  N  T  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 A  E  L  F  T  I  T  S  E  E  T  L  G  A  G  V  R  R  I  V  A  V  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 S  E  A  A  S  A  I  E  L  N  K  E  L  E  V  R  F  N  N  A  L  K  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 G  S  E  L  A  K  E  I  V  S  L  L  D  L  L  K  V  V  T  I  S  A  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 R  M  N  L  V  E  T  L  K  E  V  Q  A  L  Q  R  K  Q  V  K  E  Q  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 I  L  A  Q  Q  A  Q  T  Y  L  E  K  T  S  E  E  L  A  K  S  Q  P  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 F  V  D  L  V  N  F  N  S  N  T  P  L  I  T  E  T  I  K  K  I  Q  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 S  P  M  T  A  I  M  L  I  S  P  D  E  E  K  G  K  V  T  C  I  G  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 P  K  D  S  E  I  S  K  T  L  T  A  N  A  W  V  V  K  V  T  E  V  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 G  K  G  G  G  K  V  D  V  A  Q  G  V  G  S  K  L  D  K  I  D  E  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946
 L  V  S  R  E  F  A  N  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

ala_euk_C_subellipsoidea

Class II

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/amino acid sequences/Csubellipsoidea_ala_aa

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/nucleotide sequences/Csubellipsoidea_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  S  E  I  R  E  K  F  L  S  F  Y  E  S  R  G  H  T  R  M  Q  G  A 
 M  A  S  E  I  R  E  K  F  L  S  F  Y  E  S  R  G  H  T  R  M  Q  .  A 
ATGGCGTCAGAGATTCGGGAGAAATTCCTAAGCTTCTATGAGAGCAGGGGGCACACGCGCATGCAG---GCA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  L  I  P  A  D  P  T  V  L  L  T  I  A  G  M  L  Q  F  K  P  V  F  L 
 S  L  I  P  -  -  -  -  -  L  L  T  I  A  G  M  L  Q  F  K  -  -  -  - 
TCCCTCATACCA---------------CTGCTTACCATCGCCGGCATGCTGCAATTCAAG------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  Q  A  P  R  S  V  P  R  A  T  T  T  Q  K  C  V  R  V  S  D  I  E  N 
 -  -  -  -  R  .  .  .  R  A  T  T  T  Q  K  C  V  R  V  -  -  -  -  - 
------------CGC---------AGAGCCACTACCACGCAGAAGTGCGTGCGGGTC---------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  G  V  T  A  R  H  H  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S  F  G  D  Y  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F  E  M  L  G  N  F  S  F  -  -  -  -  K 
------------------------ACCTTCTTTGAGATGCTGGGCAACTTCAGCTTT------------AAG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  E  A  I  Q  M  A  W  E  L  S  T  K  V  L  G  I  P  A  Q  R  I  W  V 
 A  E  A  I  Q  M  A  W  E  L  S  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCGGAGGCCATCCAGATGGCGTGGGAGCTGTCGACC------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  V  Y  K  D  D  E  E  A  A  A  L  W  R  D  G  V  G  F  P  A  E  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  R  L  G  D  E  D  N  F  W  A  S  G  P  T  G  P  C  G  P  C  S  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  S  E  L 
------------------------------------------------------------TGTTCAGAGCTG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  Y  D  F  H  P  E  R  G  T  V  G  A  S  L  E  D  D  S  R  F  I  E  F 
 Y  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  F 
TACTAT------------------------------------------------------------GAGTTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  N  L  V  F  M  E  S  N  R  G  P  D  G  K  L  T  P  L  A  N  K  N  I 
 Y  N  L  V  F  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  K  N  I 
TACAACCTCGTCTTCATG------------------------------------------AACAAGAACATT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  T  G  M  G  L  E  R  V  A  Q  I  L  Q  C  V  P  N  N  Y  E  T  D  L 
 D  T  G  M  G  L  E  R  V  A  Q  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACACTGGCATGGGGTTGGAGCGTGTTGCACAGATC------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  F  P  I  V  A  A  A  G  K  L  A  G  L  D  Y  H  S  A  S  P  G  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  A  L  K  V  M  G  D  H  A  R  A  V  V  Y  M  V  S  D  G  V  S  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  I  G  R  G  Y  V  L  R  R  L  I  R  R  T  I  M  K  G  R  L  L  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  E  V  M  L  P  A  L  A  E  T  V  I  G  L  S  D  G  C  D  P  A  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  N  S  Q  R  I  I  A  E  L  A  R  E  E  E  K  F  A  S  T  L  E  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  F  P  C  P  S  Y  A  D  F  L  C  M  S  G  S  L  D  Q  F  L  L  W  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  G  S  T  A  T  V  S  G  A  A  A  F  E  L  Y  D  T  Y  G  F  P  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  T  Q  E  M  A  A  E  R  D  I  Q  V  D  A  A  G  F  E  A  E  M  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  K  S  R  S  R  E  A  V  R  S  I  D  M  T  A  G  H  A  L  G  D  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Q  Q  L  G  R  T  S  F  I  G  Y  E  H  G  P  L  R  V  P  G  S  V  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  L  R  G  G  S  S  V  E  S  A  S  A  G  D  E  V  E  V  I  L  D  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  F  Y  A  E  S  G  G  Q  V  G  D  R  G  C  L  T  G  V  A  S  S  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 N  N  G  A  A  S  S  S  G  S  G  L  E  L  R  V  R  D  T  Q  K  A  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 G  A  L  V  V  H  H  G  S  I  E  R  G  D  L  H  V  G  Q  M  V  M  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 V  D  T  S  S  R  Q  G  A  R  K  H  H  T  A  T  H  L  L  Q  S  A  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Q  V  L  K  E  E  G  E  I  S  Q  Q  G  S  M  V  T  A  D  R  L  R  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 F  N  L  H  R  G  L  K  E  A  E  V  A  R  V  E  E  L  V  N  G  W  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 E  D  T  A  L  T  T  R  E  M  P  L  A  E  A  K  A  A  G  A  V  A  M  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 G  E  K  Y  N  D  A  A  V  R  V  V  E  V  P  G  A  S  M  E  L  C  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 T  H  V  E  R  T  A  Q  I  G  A  F  K  I  V  S  E  A  G  I  A  S  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 R  R  I  E  A  V  V  G  P  A  A  V  Q  Y  L  N  Q  V  D  G  I  V  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 L  A  S  Q  L  K  I  K  S  E  E  I  P  G  R  V  A  A  L  A  E  E  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 S  A  Q  K  E  V  A  K  L  R  A  E  L  A  L  A  K  S  A  A  L  A  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 A  A  T  T  A  S  G  A  R  V  V  V  S  R  L  D  G  I  D  N  K  A  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  A  A  K  G  L  Q  E  R  L  G  D  D  S  A  V  A  L  M  G  V  S  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 G  K  V  A  I  V  V  A  L  G  G  G  A  V  K  K  G  L  K  A  G  A  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 G  N  L  A  K  L  C  G  G  G  G  G  G  R  P  N  L  A  T  A  G  G  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907
 P  A  G  L  P  A  A  L  E  A  A  E  T  Q  L  M  E  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

ala_euk_P_chromatophora

Class II

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_ala_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  S  S  S  V  S  N  S  N  R  P  M  T  G  A  E  I  R  E  A  F  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  G  A  E  I  R  E  A  F  L  D 
---------------------------------------TTTAGCAATCTTAAGAGCACTTTCAAAACTTTT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  F  A  K  R  G  H  Q  R  M  A  S  A  L  L  I  P  D  D  S  T  V  L  L 
 F  F  A  K  R  G  H  Q  R  M  A  .  A  L  L  I  P  -  -  -  -  -  L  L 
TAAATTACGCCCACCAGCTTGTGCCAAATTCGC---TCCACCACCACCACC---------------AATGTG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  I  A  G  M  L  P  F  K  P  I  F  L  G  R  E  Q  P  P  A  L  S  A  T 
 T  I  A  G  M  L  P  F  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  S  A  T 
ATTGACAACTTTTCCAGCATTTAATCC---------------------------------AAAACTAACTTT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  S  Q  K  C  I  R  T  N  D  I  E  N  V  G  K  T  A  R  H  H  T  F  F 
 S  S  Q  K  C  I  R  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F 
ACCCTCCTCCAATATACTGCCTAA---------------------------------------CTTTGCTGC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  M  L  G  N  F  S  F  G  N  Y  F  K  E  Q  A  I  I  W  A  W  E  L  S 
 E  M  L  G  N  F  S  F  -  -  -  -  K  E  Q  A  I  I  W  A  W  E  L  S 
TGTACTTAATAATGCAGCCTGTAC------------TGATACTAATATCTGAAAATCACCTACAAGTTCTAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  E  V  F  G  L  D  P  A  N  L  V  V  S  I  F  Q  E  D  N  E  A  A  L 
 T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTG---------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  W  Q  N  L  I  G  V  N  P  K  R  I  I  R  M  G  A  K  D  N  F  W  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  G  P  I  G  P  C  G  P  C  S  E  I  Y  Y  D  F  H  P  D  L  G  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  S  E  I  Y  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------AAGATAGGGAAGGACAGC---------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  I  N  L  E  D  D  S  R  F  I  E  F  Y  N  L  V  F  M  E  S  N  C  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  F  Y  N  L  V  F  M  -  -  -  -  - 
---------------------------------TTTGAACAAACCAATCTCTCCTGT---------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  Q  G  N  L  T  P  L  E  N  K  N  I  D  T  G  M  G  L  E  R  M  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  K  N  I  D  T  G  M  G  L  E  R  M  A  Q 
---------------------------AGGGATATTCACAACTCGTACGTAAGCTCCATATTTTTCACCAAA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  L  Q  K  K  S  N  N  Y  E  T  D  L  I  F  P  L  I  K  K  A  A  S  L 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAT---------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  G  I  D  Y  S  E  V  N  E  K  G  K  I  S  L  K  V  I  G  D  H  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  I  S  Q  L  I  C  D  G  V  S  A  S  N  L  G  R  G  Y  I  L  R  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  R  R  V  V  R  H  G  R  L  L  G  I  N  D  H  F  L  V  A  M  G  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  I  E  L  M  S  K  A  Y  P  Q  L  E  E  K  R  D  I  I  L  N  E  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  E  E  A  R  F  L  E  T  L  E  R  G  E  K  L  L  S  D  I  L  K  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  Q  Q  I  S  G  E  Q  A  F  E  L  Y  D  T  Y  G  F  P  L  E  L  T  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  I  T  Q  E  H  G  R  T  V  D  V  A  G  F  E  V  A  M  K  A  Q  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  A  K  E  A  I  V  T  I  D  P  T  L  R  S  T  I  E  G  I  A  E  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  P  T  L  F  F  G  Y  E  V  L  D  R  S  C  Q  V  V  A  L  I  V  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  L  V  Q  E  A  S  T  G  D  V  V  K  V  I  L  D  G  T  P  F  Y  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 S  G  G  Q  V  G  D  R  G  M  L  L  G  S  E  T  E  K  T  S  L  I  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  E  N  V  S  R  N  Q  G  L  F  I  H  S  G  R  I  K  K  G  T  L  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 G  D  L  V  I  A  K  V  D  T  H  L  R  R  R  A  Q  A  H  H  T  A  T  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  L  Q  S  A  L  K  Q  L  V  D  A  S  I  S  Q  A  G  S  L  V  D  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 R  L  R  F  D  F  S  Y  P  G  A  I  S  L  E  K  L  E  K  I  E  N  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 N  D  W  I  N  E  I  H  R  V  E  V  T  E  M  K  L  E  Q  A  K  V  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 A  I  A  M  F  G  E  K  Y  G  A  Y  V  R  V  V  N  I  P  N  V  S  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 L  C  G  G  T  H  V  S  N  T  G  E  I  G  L  F  K  I  I  S  E  T  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 A  S  G  I  R  R  I  E  A  I  A  G  T  A  V  L  P  Y  L  N  D  R  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 L  V  K  E  L  G  D  H  F  K  A  P  P  S  E  V  M  V  R  V  I  A  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 D  E  L  K  T  T  N  K  A  L  L  T  A  R  S  E  L  I  S  A  K  S  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 L  A  S  Q  V  E  L  V  G  D  F  Q  I  L  V  S  S  F  T  G  V  Q  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 L  L  S  T  A  A  K  Q  L  Q  E  Q  L  G  D  N  T  A  V  L  L  G  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 L  E  E  G  K  V  S  F  V  A  A  F  G  K  D  V  V  Q  R  G  L  N  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 K  V  V  N  H  I  A  K  L  C  G  G  G  G  G  G  R  A  N  L  A  Q  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 G  R  N  L  K  S  F  E  S  A  L  K  I  A  K  S  E  L  V  S  L  L  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891
 S  P  L 
 -  -  - 
---------

ala_euk_N_ceranae

Class II

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_ala_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  E  Y  T  V  K  K  L  K  R  A  F  F  S  Y  F  K  S  K  G  H  E  I 
 -  -  -  -  T  V  K  K  L  K  R  A  F  F  S  Y  F  K  S  K  G  H  E  I 
------------TAGCTTAACATTTTTGTCAGTTTTAAAACTAAACTGCAATATTCCATTTTTCATTAAAAA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  K  S  S  S  V  I  P  S  N  D  P  S  L  L  F  T  N  S  G  M  V  Q  F 
 I  K  S  S  .  V  I  P  -  -  -  -  -  -  L  F  T  N  S  G  M  V  Q  F 
AAATCCATCTTT---TTTATCACG------------------TTGTTTTACGTATCCATGAACAAAATCTTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  N  I  L  M  G  Q  E  T  N  L  K  R  A  C  S  I  Q  R  C  I  R  A  G 
 K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  R  A  C  S  I  Q  R  C  I  R  A  - 
ACA------------------------------CTTAAACAATTTGATAAAATTGCCTATGTTTTTTAA---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  K  H  N  D  L  D  D  V  G  K  D  T  Y  H  H  T  F  F  E  M  M  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F  E  M  M  G  N 
------------------------------------------------TTGCTCATATTTTACAGGTGTATC

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 W  S  F  G  D  Y  F  K  K  E  A  I  E  Y  A  W  D  F  L  V  N  I  L  K 
 W  S  F  -  -  -  -  K  K  E  A  I  E  Y  A  W  D  F  L  V  -  -  -  - 
CCGTGTCAC------------TTTTAAATTCTTTAAATTTTTTGTAAAATTTTCTTTCTT------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  E  Q  D  R  L  Y  V  T  Y  Y  K  D  M  D  S  E  S  Y  N  I  W  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  L  P  S  E  R  I  I  E  A  D  K  N  D  N  F  W  E  M  G  D  T  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 C  G  P  C  T  E  I  H  Y  D  R  I  G  G  R  D  A  S  R  L  V  N  Q  D 
 -  -  -  C  T  E  I  H  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------AATTACTCGCCTAACATT---------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  P  D  V  I  E  I  W  N  I  V  F  I  E  Y  N  R  T  P  T  G  L  E  P 
 -  -  -  -  -  E  I  W  N  I  V  F  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GTGACATCCACCACAAAGCTCTCT---------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  E  R  K  C  I  D  T  G  I  G  F  E  R  L  L  S  I  L  N  N  V  K  S 
 -  -  R  K  C  I  D  T  G  I  G  F  E  R  L  L  S  I  -  -  -  -  -  - 
------AACAATCGATGGATATTCTTCATTTTTCATATAAATTAAATTTTCTTC------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  Y  L  T  N  C  F  I  P  I  I  K  N  I  E  N  M  T  D  K  K  Y  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  L  T  I  E  D  T  A  F  R  A  V  S  D  H  C  R  T  I  A  V  C  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  N  V  E  F  S  N  E  G  Q  G  Y  V  L  R  R  I  L  R  R  A  V  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  H  D  I  L  K  M  Q  R  G  D  I  G  N  L  V  K  E  I  L  K  E  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  E  I  L  E  N  D  D  G  E  I  D  H  N  L  Y  D  T  K  I  K  K  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  D  V  N  R  E  E  D  K  F  L  E  T  L  Q  K  G  L  E  R  F  K  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  M  N  S  Q  I  I  S  S  E  E  I  F  R  L  Y  D  T  Y  G  F  P  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  V  Q  M  L  A  E  E  H  N  V  K  L  D  F  S  K  F  E  E  C  K  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  R  E  L  S  K  K  I  N  N  E  I  T  E  I  I  L  S  D  V  S  V  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  Q  F  K  Y  T  E  N  G  I  S  G  R  L  Q  F  F  T  L  E  K  K  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  F  N  V  I  N  D  D  I  S  S  S  L  E  S  I  C  N  I  S  E  N  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  F  F  N  L  P  P  E  N  T  R  I  G  M  V  F  D  R  T  C  F  Y  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  G  G  Q  I  G  D  T  G  L  I  T  F  Y  E  D  N  V  E  V  G  R  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  D  D  C  K  K  V  N  G  Y  V  L  H  Y  G  K  L  Q  G  K  V  T  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  N  L  E  Y  D  D  R  S  D  I  E  R  N  H  T  G  T  H  L  F  N  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  R  K  E  I  N  T  M  Q  R  G  S  L  V  A  K  N  K  F  R  F  D  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 G  H  K  I  D  L  Q  K  V  E  D  N  I  N  L  C  I  Q  Q  N  L  P  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 I  K  F  M  P  K  E  D  L  L  K  E  E  N  L  I  Y  M  K  N  E  E  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 S  I  V  R  M  I  C  I  G  K  L  E  N  P  E  I  R  E  L  C  G  G  C  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 V  K  N  T  G  D  L  Y  K  L  K  I  I  S  E  S  S  I  S  S  N  V  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 V  I  G  I  T  G  N  E  V  R  K  A  E  K  K  I  E  E  I  K  L  K  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 N  G  E  V  V  H  L  D  K  S  L  P  L  F  E  R  L  R  L  E  A  K  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 E  N  I  E  V  I  T  K  A  K  K  E  N  F  T  K  N  L  K  N  L  K  M  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 I  A  V  T  R  D  T  P  V  K  Y  E  Q  K  I  L  Y  E  Y  Q  T  L  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 E  T  K  K  D  I  L  K  N  I  G  N  F  I  K  L  F  K  E  D  E  D  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 L  W  G  K  C  E  D  F  V  H  G  Y  V  K  Q  T  N  S  E  E  I  R  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 F  K  D  G  F  F  L  M  K  N  G  I  L  Q  F  S  F  K  T  D  K  N  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892
 L  L  F  N 
 -  -  -  - 
------------

ala_euk_C_parvum_Iowa_II

Class II

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/amino acid sequences/Cparvum_ala_aa

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/nucleotide sequences/Cparvum_ala_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 I  E  Q  V  I  T  C  K  Y  L  K  K  M  S  S  E  T  N  K  I  W  T  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  G  D 
---------------------------------------------------------------ACAGGAGAT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  V  R  R  Q  F  V  K  Y  F  E  G  L  D  H  T  F  Y  R  S  S  P  V  I 
 E  V  R  R  Q  F  V  K  Y  F  E  G  L  D  H  T  F  Y  R  S  .  P  V  I 
GAGGTTCGAAGACAATTCGTGAAATACTTTGAGGGATTAGATCATACATTCTACAGATCT---CCAGTAATT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  L  N  D  P  T  I  L  F  I  N  A  G  M  N  Q  F  K  S  I  F  L  G  T 
 P  -  -  -  -  -  -  L  F  I  N  A  G  M  N  Q  F  K  -  -  -  -  -  - 
CCT------------------CTGTTTATTAATGCTGGAATGAATCAATTTAAG------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  E  P  N  S  E  L  S  K  L  V  R  V  A  N  S  Q  K  C  I  R  A  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  .  R  V  A  N  S  Q  K  C  I  R  A  -  - 
---------------------------TTG---AGAGTTGCAAATTCTCAAAAATGTATTAGAGCT------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  H  N  D  L  D  D  V  G  K  D  V  Y  H  H  T  F  F  E  M  L  G  S  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  F  E  M  L  G  S  W 
---------------------------------------------ACATTTTTTGAAATGTTAGGATCATGG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  F  G  D  Y  F  K  E  E  A  I  E  W  A  F  K  L  L  T  Q  V  Y  G  I 
 S  F  -  -  -  -  K  E  E  A  I  E  W  A  F  K  L  L  T  -  -  -  -  - 
TCATTT------------AAAGAAGAAGCGATTGAATGGGCATTTAAACTTTTGACT---------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  K  D  R  L  Y  A  T  Y  F  G  G  D  P  K  L  P  S  C  P  P  D  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  K  R  I  W  L  K  Y  L  P  E  D  R  I  L  S  C  G  S  K  E  N  F  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  M  A  D  T  G  P  C  G  P  C  S  E  I  H  Y  D  R  I  G  G  R  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  S  E  I  H  Y  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------TGTTCTGAAATACATTAT------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  S  L  V  N  K  D  D  P  D  V  I  E  I  W  N  L  V  F  M  Q  Y  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  W  N  L  V  F  M  -  -  -  - 
------------------------------------GAAATTTGGAATCTTGTATTTATG------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  V  D  S  T  L  T  P  L  P  K  K  C  V  D  T  G  M  G  L  E  R  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  K  C  V  D  T  G  M  G  L  E  R  L  V 
------------------------------AAAAAATGTGTTGATACTGGTATGGGATTAGAAAGATTGGTT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  I  L  Q  N  K  T  S  N  Y  D  I  D  L  F  K  P  I  F  D  Q  I  H  Q 
 S  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCAATC------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  I  S  S  S  G  V  Q  I  P  R  Y  S  G  K  V  G  D  I  D  D  P  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  D  M  S  Y  R  V  I  S  D  H  I  R  T  L  T  I  A  I  A  D  G  C  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  S  N  E  G  R  G  Y  V  L  R  R  I  L  R  R  A  I  R  Y  G  S  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  K  A  G  S  N  G  E  P  W  F  Y  K  L  V  D  S  V  S  N  I  M  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  Y  K  E  I  P  E  N  I  Q  I  I  K  E  V  I  L  D  E  E  K  Q  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  T  L  F  K  G  T  E  R  F  N  K  V  I  N  K  L  K  S  S  Q  N  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  D  Q  N  K  K  L  F  P  A  S  E  A  F  Q  L  Y  S  T  Y  G  F  P  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  L  T  E  L  M  A  N  E  Q  G  F  D  F  D  R  Q  G  F  Q  L  C  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 N  H  H  L  A  S  E  G  K  N  N  K  S  F  D  D  L  I  L  K  P  D  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 N  N  L  L  L  E  F  G  L  K  E  T  D  D  Q  Y  K  Y  Q  S  Q  T  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  D  F  Y  S  N  L  I  A  I  F  D  G  N  Q  L  L  N  A  T  E  I  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 K  V  I  G  L  I  F  D  K  T  T  F  Y  S  E  S  G  G  Q  V  A  D  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 F  I  D  F  Q  Y  N  N  N  D  E  V  S  I  F  Q  V  I  D  C  K  K  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 N  Y  V  L  H  I  G  I  L  L  Q  G  K  I  E  I  S  P  E  L  K  S  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 S  V  D  Y  S  R  R  N  L  I  K  K  N  H  T  G  T  H  I  L  N  F  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 R  Q  I  L  G  S  T  C  D  Q  R  G  S  V  V  D  P  N  K  L  R  F  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 S  S  Q  K  P  L  T  L  D  Q  I  E  E  I  E  K  M  I  N  Q  I  I  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 K  Q  T  V  Y  C  Q  T  V  E  L  S  I  A  K  Q  I  P  N  I  R  A  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 G  E  T  Y  P  D  P  V  R  V  L  S  V  S  K  S  V  D  S  L  I  N  S  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 T  D  N  N  D  Q  E  K  V  S  I  E  F  C  G  G  T  H  V  E  N  T  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 I  I  S  F  S  I  I  S  E  E  G  I  A  K  G  I  R  R  I  V  A  V  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 N  Q  S  E  I  A  I  E  N  A  K  R  L  K  Q  E  F  K  K  L  E  E  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 G  K  E  L  E  T  L  L  N  S  F  K  S  K  L  D  E  T  K  L  L  P  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 Y  R  R  Q  L  S  Q  I  I  E  E  N  Y  K  R  V  I  A  D  A  K  K  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 K  E  R  L  N  M  A  K  E  L  A  T  K  I  G  Q  E  Y  S  Q  Q  L  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 N  N  E  F  P  A  L  I  L  N  I  K  Q  I  Q  G  D  S  K  S  M  D  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 G  Q  D  I  S  K  K  Y  P  E  A  P  I  M  L  F  T  S  G  E  F  N  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 G  V  S  V  I  S  I  M  P  K  S  K  S  D  K  L  S  S  S  N  W  L  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977978979980981982983984
 T  I  E  L  C  N  G  K  C  G  G  T  D  L  R  S  V  G  S  S  K  T  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

9859869879889899909919929939949959969979989991000100110021003
 E  S  I  E  S  M  I  Q  L  A  L  D  L  L  K  K  N  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

asn_arch_T_volcanium

Class II

Archaea/Thermoplasma volcanium/amino acid sequences/Tvolcanium_asn_aa

Archaea/Thermoplasma volcanium/nucleotide sequences/Tvolcanium_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  S  I  A  E  A  S  S  E  A  H  V  G  S  E  V  S  V  R  G  W  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  I  R  S  S  G  G  V  T  F  I  V  I  R  D  S  T  G  I  V  Q  C  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  K  N  E  L  T  P  E  Q  Y  D  E  I  S  S  L  G  I  E  S  S  L  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  G  T  M  K  K  E  P  R  S  P  T  G  Y  E  I  S  I  H  K  F  T  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  K  N  D  V  F  P  I  T  K  D  Q  G  E  E  F  L  L  D  N  R  H  L  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  R  S  R  E  F  T  S  I  L  K  V  R  S  T  I  F  R  S  F  A  D  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  S  T  I  F  R  S  F  A  D  F  F 
---------------------------------GTCCGATCAACAATATTCAGATCTTTTGCTGACTTCTTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  D  Q  G  Y  Y  Q  V  H  T  P  F  M  V  S  T  A  V  E  G  G  S  T  L 
 Y  D  Q  G  Y  Y  Q  V  H  T  P  F  M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACGATCAGGGATATTACCAGGTTCATACTCCTTTCATGGTC------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  K  V  D  F  F  G  E  P  I  F  L  N  Q  S  A  Q  F  Y  L  E  T  M  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  N  Q  S  A  Q  F  Y  L  E  -  -  - 
------------------------------TTTCTAAATCAAAGTGCGCAGTTCTACTTGGAA---------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  S  L  E  K  V  F  T  I  A  P  S  F  R  A  E  K  S  R  T  R  R  H  L 
 -  -  -  E  K  V  F  T  I  A  P  S  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GAAAAGGTATTCACAATAGCACCGAGCTTTAGAGCT---------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  E  Y  W  H  A  E  A  E  V  A  W  I  D  N  R  E  M  M  D  V  E  E  N 
 T  E  Y  W  H  A  E  A  E  V  A  -  -  -  N  R  E  M  M  D  V  E  E  N 
ACTGAATACTGGCATGCGGAAGCAGAAGTAGCA---------AATAGAGAAATGATGGATGTAGAGGAAAAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 M  I  Y  Y  I  I  Q  R  V  I  E  E  N  Y  D  D  L  K  L  L  G  R  D  P 
 M  I  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGATATAT---------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  A  L  R  A  M  K  P  P  F  P  R  V  K  Y  S  D  I  I  K  V  A  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  G  M  Q  L  K  Y  G  D  D  L  G  A  D  E  E  R  Q  I  T  M  R  Y  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  P  V  F  V  T  N  Y  P  K  E  L  K  P  F  Y  M  P  Q  D  P  D  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  E  V  L  N  H  D  L  L  A  P  E  G  Y  G  E  I  I  G  G  S  Q  R  I 
 -  -  -  -  N  H  D  L  L  A  -  -  -  -  -  E  I  I  G  G  S  Q  R  - 
------------AACCACGACCTGCTTGCA---------------GAAATTATAGGCGGAAGCCAAAGG---

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 W  D  Y  K  E  L  M  Q  R  I  R  E  A  G  L  D  E  S  A  Y  Y  W  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  L  R  K  Y  G  S  V  P  H  S  G  F  G  L  G  M  D  R  L  A  M  W  I 
 -  -  -  -  -  -  -  V  P  H  S  G  F  G  L  G  M  D  R  L  A  M  W  - 
---------------------GTGCCGCATTCAGGGTTTGGACTTGGTATGGACAGGCTAGCAATGTGG---

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429
 M  H  L  D  N  I  R  E  A  I  P  Y  P  R  T  I  R  R  T  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

asn_arch_P_aerophilum

Class II

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_asn_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  I  H  P  S  V  T  E  L  E  K  L  V  I  D  K  E  S  Y  K  R  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  E  W  L  K  Y  S  W  R  W  A  V  N  E  K  Y  K  L  V  F  K  V  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Q  A 
---------------------------------------------------------------GTCCAAGCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  I  L  R  A  L  R  E  F  L  D  S  K  G  F  V  E  V  L  S  P  I  I  G 
 S  I  L  R  A  L  R  E  F  L  D  S  K  G  F  V  E  V  L  S  P  I  I  G 
TCTATTCTGAGGGCGTTGCGAGAGTTTCTCGATTCCAAAGGCTTTGTGGAAGTGCTGTCTCCCATTATAGGC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  V  T  D  P  G  I  R  G  A  K  Q  A  S  I  D  F  Y  G  A  E  Y  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  V 
------------------------------------------------------------------AAGGTT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 M  S  S  A  I  L  Y  K  Q  Y  M  A  R  V  L  G  K  I  Y  F  V  S  P  N 
 M  S  S  A  I  L  Y  K  Q  -  -  -  -  -  -  G  K  I  Y  F  V  S  P  N 
ATGTCTTCCGCCATTCTCTACAAGCAG------------------GGCAAGATCTACTTCGTCAGCCCAAAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  R  L  E  P  P  D  S  I  F  T  G  R  H  L  V  E  F  Y  Q  L  D  L  E 
 I  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  E  F  Y  Q  L  D  L  E 
ATTAGGCTG------------------------------------GTGGAGTTCTACCAATTAGACTTGGAG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  Y  K  A  T  Y  H  E  A  M  D  L  A  E  D  L  I  T  Y  V  V  K  Y  V 
 M  Y  -  -  -  Y  H  E  A  M  D  L  A  E  D  L  I  T  -  -  -  -  -  - 
ATGTAC---------TACCATGAGGCAATGGACTTGGCAGAGGACCTCATAACT------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  D  V  H  G  K  E  L  E  A  V  L  G  R  Q  L  Y  E  F  K  R  P  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  Y  S  H  K  E  A  V  E  F  V  N  K  L  G  C  E  N  S  P  R  E  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  W  E  C  E  K  V  M  S  A  H  H  D  S  P  F  F  V  Y  D  Y  P  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  R  G  F  Y  D  R  E  D  P  E  R  P  G  V  L  R  D  F  D  M  L  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  F  D  M  L  Y  - 
---------------------------------------------------GACTTCGACATGTTATAC---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  G  F  G  E  A  I  S  G  A  E  R  E  F  E  P  E  R  L  V  E  R  I  R 
 -  -  -  -  E  A  I  S  G  A  E  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GAGGCTATAAGCGGGGCTGAGAGG------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  G  G  E  D  P  A  K  Y  Q  W  F  L  Q  M  A  K  E  L  Y  P  L  Q  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Q  T 
---------------------------------------------------------------CTACAGACC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  G  F  G  I  G  V  E  R  L  T  R  Y  I  C  G  L  R  A  V  W  E  A  R 
 A  G  F  G  I  G  V  E  R  L  T  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCTGGGTTTGGGATTGGGGTGGAGAGGCTCACCAGATAT---------------------------------

337338339340341342343344345346347348
 P  Y  P  K  V  A  G  I  I  G  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

asn_arch_T_acidophilum

Class II

Archaea/Thermoplasma acidophilum/amino acid sequences/Tacidophilum_asn_aa

Archaea/Thermoplasma acidophilum/nucleotide sequences/Tacidophilum_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  S  I  A  E  V  S  T  K  A  Y  V  G  S  K  V  S  I  R  G  W  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  I  R  S  S  G  G  V  T  F  V  V  V  R  D  S  S  G  I  I  Q  C  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  K  N  E  L  P  E  D  V  Y  D  T  I  S  S  L  G  I  E  S  S  V  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  G  T  L  K  E  D  R  R  S  P  S  G  Y  E  I  A  V  D  S  F  R  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  K  N  D  V  F  P  I  T  K  D  Q  G  E  E  F  L  L  D  N  R  H  L  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  R  S  R  E  F  T  S  V  L  K  I  R  S  T  I  F  R  S  F  A  D  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  S  T  I  F  R  S  F  A  D  F  F 
---------------------------------ATAAGATCGACCATATTCAGATCCTTCGCGGACTTCTTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  E  N  G  Y  Y  Q  V  Q  T  P  F  M  V  S  T  A  V  E  G  G  S  T  L 
 Y  E  N  G  Y  Y  Q  V  Q  T  P  F  M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TATGAGAACGGCTACTATCAGGTTCAGACGCCATTCATGGTT------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  K  V  D  F  F  G  E  P  I  Y  L  N  Q  S  A  Q  F  Y  L  E  T  M  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  N  Q  S  A  Q  F  Y  L  E  -  -  - 
------------------------------TATCTCAATCAGAGCGCGCAGTTCTATCTTGAG---------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  S  L  E  K  V  F  T  I  A  P  S  F  R  A  E  K  S  R  T  R  R  H  L 
 -  -  -  E  K  V  F  T  I  A  P  S  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GAAAAGGTATTCACCATCGCACCGAGTTTTAGAGCT---------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  E  Y  W  H  A  E  A  E  V  A  W  I  D  N  N  E  M  M  D  I  E  E  R 
 T  E  Y  W  H  A  E  A  E  V  A  -  -  -  N  N  E  M  M  D  I  E  E  R 
ACCGAATACTGGCATGCCGAGGCGGAGGTGGCC---------AACAATGAGATGATGGACATAGAGGAACGC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 M  I  Y  Y  I  V  S  R  V  T  E  D  N  E  D  E  L  K  M  L  N  R  D  P 
 M  I  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGATATAC---------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  V  L  K  A  M  K  P  P  F  P  R  I  R  Y  S  E  I  I  K  V  A  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  G  L  P  L  K  Y  G  D  D  L  G  A  D  E  E  R  Q  I  T  M  K  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  P  I  F  V  T  N  Y  P  K  D  L  K  P  F  Y  M  P  V  D  P  E  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  E  V  L  N  H  D  M  L  A  P  E  G  Y  G  E  I  I  G  G  S  Q  R  I 
 -  -  -  -  N  H  D  M  L  A  -  -  -  -  -  E  I  I  G  G  S  Q  R  - 
------------AACCATGATATGCTTGCT---------------GAGATAATCGGAGGGAGCCAGAGA---

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 W  N  Y  D  E  L  M  Q  R  I  R  E  A  N  L  D  E  S  A  Y  Y  W  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  L  R  K  Y  G  S  V  P  H  S  G  F  G  L  G  L  D  R  L  A  M  W  I 
 -  -  -  -  -  -  -  V  P  H  S  G  F  G  L  G  L  D  R  L  A  M  W  - 
---------------------GTACCGCACTCTGGCTTCGGGCTTGGCCTGGACAGGCTTGCGATGTGG---

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429
 M  H  L  D  N  I  R  E  A  I  P  Y  P  R  T  I  R  R  T  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

asn_arch_N_equitans

Class II

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_asn_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  L  Y  L  M  Q  I  K  G  W  V  H  K  V  R  D  L  G  K  I  K  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  I  R  D  G  Y  K  I  M  Q  A  V  I  K  K  G  E  S  P  D  Y  L  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  D  I  P  I  E  S  A  V  E  I  E  G  E  E  R  E  T  N  G  K  K  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  V  K  D  L  K  I  L  A  K  A  E  P  L  P  I  D  P  K  K  A  T  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  R  F  D  Y  R  I  I  D  L  K  L  P  E  R  Q  T  L  F  R  L  R  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  A  K 
------------------------------------------------------------TTAAGGGCCAAA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  Q  K  F  F  R  D  W  F  M  E  N  G  F  V  E  I  N  T  P  K  I  V  I 
 V  Q  K  F  F  R  D  W  F  M  E  N  G  F  V  E  I  N  T  P  K  I  V  - 
GTACAAAAATTCTTTAGAGATTGGTTTATGGAAAATGGTTTTGTCGAAATAAATACTCCTAAAATAGTT---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  G  A  E  S  G  A  E  V  F  P  V  L  Y  F  G  K  E  A  Y  L  T  Q  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  T  Q  S 
---------------------------------------------------------TATTTAACACAATCT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  Q  L  Y  K  Q  M  M  V  S  V  F  P  K  V  F  E  I  A  F  A  Y  R  A 
 P  Q  L  Y  K  Q  -  -  -  -  -  -  P  K  V  F  E  I  A  F  A  Y  R  A 
CCCCAATTGTATAAACAA------------------CCAAAGGTATTCGAAATTGCTTTCGCTTATAGGGCA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  P  S  R  T  S  R  H  L  A  E  F  T  S  V  D  A  E  M  G  F  I  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  E  F  T  S  V  D  A  E  M  G  -  -  -  - 
---------------------------GCAGAATTCACTTCTGTAGATGCTGAAATGGGA------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  Y  D  V  I  N  T  I  K  K  M  L  I  D  V  S  E  K  A  M  Q  T  K  E 
 E  Y  D  V  I  N  T  I  K  K  M  L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAATATGATGTTATTAATACAATAAAGAAAATGTTAATC---------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  E  E  L  A  K  P  I  D  L  G  F  E  I  I  T  F  D  E  A  K  E  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  G  N  P  N  E  D  L  T  T  E  E  E  R  K  L  G  E  H  F  M  E  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  S  F  V  A  V  T  K  Y  P  W  S  E  R  P  F  Y  T  M  R  L  D  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  S  Y  T  R  G  F  D  I  I  F  R  G  L  E  I  I  S  G  A  Q  R  E  H 
 -  -  -  -  -  G  F  D  I  I  F  -  -  -  E  I  I  S  G  A  Q  R  -  - 
---------------GGTTTTGATATTATATTT---------GAAATAATAAGTGGGGCACAAAGA------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  Y  E  K  L  L  E  N  I  K  E  K  G  I  D  P  N  K  L  E  Y  Y  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  F  K  Y  G  M  P  P  H  G  G  F  G  L  G  L  E  R  Y  L  R  Q  L  L 
 -  -  -  -  -  -  P  P  H  G  G  F  G  L  G  L  E  R  Y  L  R  Q  -  - 
------------------CCCCCTCATGGGGGATTTGGATTGGGATTAGAGAGGTATTTAAGACAA------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404
 G  L  D  D  V  R  E  V  I  L  F  Y  R  D  I  D  R  L  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

asn_bact_R_marinus

Class II

Archaea/Rhodothermus marinus/amino acid sequences/Rmarinus_asn_aa

Archaea/Rhodothermus marinus/nucleotide sequences/Rmarinus_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  L  P  F  Q  Y  I  E  E  L  P  R  Y  V  G  Q  T  V  T  L  K  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  Y  N  K  R  S  S  K  G  L  H  F  L  M  L  R  D  G  T  G  L  V  Q  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  V  A  Q  E  K  V  D  A  D  T  W  Q  V  A  E  E  A  T  Q  E  C  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  V  V  G  T  V  V  R  D  E  R  Q  I  G  G  H  E  I  H  V  E  R  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  I  G  P  S  E  N  Y  P  I  T  P  K  P  H  G  I  E  F  L  M  D  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 H  L  W  L  R  S  R  R  P  W  A  I  M  R  I  R  N  R  V  I  R  A  I  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  N  R  V  I  R  A  I  H 
------------------------------------------GCCCCACTGGAAATTCCGGGCCGACTCCTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  F  F  Q  E  R  G  F  L  Q  L  D  A  P  I  L  T  G  N  A  V  E  G  T 
 D  F  F  Q  E  R  G  F  L  Q  L  D  A  P  I  L  T  -  -  -  -  -  -  - 
CCAGAGCGGCAGGTTTTCCAGTTCTTTTTCGATCTCGTCCAGACGCTGGTT---------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  T  L  F  E  I  D  Y  F  G  D  R  A  Y  L  S  Q  S  G  Q  L  Y  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  S  Q  S  G  Q  L  Y  A  E 
---------------------------------------CCGTCGGTTTTCGGCCCGCTCGGCCTCCAGTTG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  M  A  M  A  F  G  K  V  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  E  K  S  K  T  R 
 -  -  -  -  -  -  G  K  V  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  -  -  -  -  -  - 
------------------CGCTTCGATGCGGGCGTCGATCATCCGGGCCGTCTC------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  H  L  T  E  F  W  M  I  E  P  E  M  A  F  Y  D  L  E  M  N  M  A  L 
 -  -  -  T  E  F  W  M  I  E  P  E  M  A  -  -  -  L  E  M  N  M  A  L 
---------CGAGTAGGTCAGCCGCGGGAAGGGCGGCTGCAC---------CGCCGCAACGTCGCGTCCGAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  E  E  L  V  V  H  I  V  Q  E  V  L  R  H  C  R  T  E  L  E  V  L  G 
 A  E  E  L  V  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACCTCCAGCTCCGTCCG------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  D  V  A  A  L  E  R  V  Q  P  P  F  P  R  L  T  Y  S  E  A  V  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  R  S  D  E  T  A  R  M  I  D  A  R  I  E  A  L  K  E  E  Q  Q  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  A  E  R  A  E  N  R  R  R  Y  G  Q  A  R  K  A  E  K  R  R  I  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  E  I  E  I  N  Q  R  L  D  E  I  E  K  E  L  E  N  L  P  L  W  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  A  R  N  F  Q  W  G  N  D  F  G  N  S  D  E  T  V  L  T  W  H  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  P  I  I  V  H  R  F  P  A  A  I  K  A  F  Y  M  K  R  D  P  E  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  L  A  L  G  M  D  V  L  A  P  E  G  Y  G  E  I  I  G  G  G  Q  R  A 
 -  -  -  -  G  M  D  V  L  A  -  -  -  -  -  E  I  I  G  G  G  Q  R  - 
------------TATTTCATGGCCGCCGAT---------------CACAACGGTCCCCACCACCTCCAG---

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  D  L  A  F  L  E  A  Q  I  E  A  H  G  L  P  R  E  A  F  E  W  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  L  R  R  Y  G  S  V  P  H  S  G  F  G  L  G  L  E  R  T  L  A  W  I 
 -  -  -  -  -  -  -  V  P  H  S  G  F  G  L  G  L  E  R  T  L  A  W  - 
---------------------CAACATCAGAAAATGCAGTCCCTTCGAGCTTCGCTTGTTGTAGAGCCA---

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501
 C  G  V  H  H  V  R  E  V  I  P  F  P  R  L  L  G  R  L  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

asn_arch_S_marinus

Class II

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_asn_aa

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  E  N  V  V  W  Y  H  I  E  D  V  L  S  D  D  F  I  G  K  K  V  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  R  G  W  I  Y  R  R  S  V  V  G  G  K  A  F  V  R  V  R  G  S  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  I  Q  V  V  V  D  R  E  K  C  G  E  E  I  V  R  I  L  K  D  I  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  A  S  V  M  T  C  G  E  L  V  K  Q  P  R  A  P  G  G  Y  E  V  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  W  F  R  I  V  G  Y  S  R  D  F  P  I  K  G  G  E  G  I  D  Y  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  N  R  H  L  W  I  R  S  R  K  L  T  E  I  M  K  I  K  H  S  V  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  H  S  V  L  K 
---------------------------------------------------ATCAAGCACAGTGTTCTCAAA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  G  R  E  Y  F  V  E  N  D  W  W  E  V  T  P  P  I  L  T  A  S  A  V 
 A  G  R  E  Y  F  V  E  N  D  W  W  E  V  T  P  P  I  L  T  -  -  -  - 
GCTGGGAGAGAATACTTTGTAGAGAATGATTGGTGGGAAGTAACACCCCCAATACTGACA------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  G  G  A  T  L  F  P  V  K  Y  F  D  K  T  A  Y  L  S  Q  S  A  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  S  Q  S  A  Q  L 
------------------------------------------------TATCTAAGCCAGAGCGCTCAACTA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  L  E  A  L  I  Y  S  L  E  K  V  W  S  L  T  T  S  F  R  A  E  K  S 
 Y  L  E  -  -  -  -  -  -  E  K  V  W  S  L  T  T  S  F  R  A  -  -  - 
TATCTTGAA------------------GAAAAAGTATGGAGCCTCACAACTAGTTTTAGAGCG---------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  T  R  R  H  L  A  E  Y  W  H  L  E  A  E  A  A  W  Y  N  M  E  D  M 
 -  -  -  -  -  -  A  E  Y  W  H  L  E  A  E  A  A  -  -  -  M  E  D  M 
------------------GCAGAATACTGGCATTTAGAAGCAGAGGCTGCA---------ATGGAGGATATG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 M  R  V  A  E  E  L  V  A  Y  I  V  Q  Y  I  L  E  H  N  K  R  Q  L  E 
 M  R  V  A  E  E  L  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGAGGGTAGCTGAAGAACTAGTAGCG---------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  L  G  R  D  L  K  I  L  K  N  S  V  E  P  P  Y  P  R  I  R  Y  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  I  E  I  L  Q  K  K  G  V  N  I  E  W  G  D  D  L  G  A  D  E  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  L  T  M  E  F  D  K  P  F  F  I  T  H  F  P  K  E  I  K  S  F  Y  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  L  D  P  E  N  E  K  L  A  L  G  F  D  L  L  A  P  E  G  Y  G  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  F  D  L  L  A  -  -  -  -  -  E  I 
---------------------------------GGATTCGATCTCTTAGCG---------------GAAATT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  G  G  S  E  R  E  D  D  Y  N  K  L  L  N  R  I  I  E  Q  G  Y  D  P 
 I  G  G  S  E  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATAGGTGGGAGCGAGCGT------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  D  Y  K  W  Y  L  D  L  R  K  Y  G  S  V  P  H  S  G  F  G  L  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  P  H  S  G  F  G  L  G  I 
------------------------------------------GTACCCCATAGTGGTTTCGGCTTAGGAATC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  R  L  V  M  W  I  A  G  L  D  H  I  R  D  A  T  P  F  P  R  F  R  G 
 E  R  L  V  M  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGAGACTAGTTATGTGG------------------------------------------------------

433434435436
 R  I  Y  P 
 -  -  -  - 
------------

asn_bact_E_coli

Class II

Bacteria/Escherichia coli/amino acid sequences/Ecoli_asn_aa

Bacteria/Escherichia coli/nucleotide sequences/Ecoli_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  V  V  P  V  A  D  V  L  Q  G  R  V  A  V  D  S  E  V  T  V  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  V  R  T  R  R  D  S  K  A  G  I  S  F  L  A  V  Y  D  G  S  C  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  V  Q  A  V  I  N  N  S  L  P  N  Y  N  E  D  V  L  R  L  T  T  G  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  V  I  V  T  G  K  V  V  A  S  P  G  Q  G  Q  Q  F  E  I  Q  A  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  E  V  A  G  W  V  E  D  P  D  T  Y  P  M  A  A  K  R  H  S  I  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  R  E  V  A  H  L  R  P  R  T  N  L  I  G  A  V  A  R  V  R  H  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  H  T  L 
---------------------------------------------------------TTCAAACTTCCTGCC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  Q  A  L  H  R  F  F  N  E  Q  G  F  F  W  V  S  T  P  L  I  T  A  S 
 A  Q  A  L  H  R  F  F  N  E  Q  G  F  F  W  V  S  T  P  L  I  T  -  - 
GCAGTTTTCGAGAATGGTCACTGCGTCGGTGTAATCCACCTGCGCGAAATCGGCCTCAATGAAGCG------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  T  E  G  A  G  E  M  F  R  V  S  T  L  D  L  E  N  L  P  R  N  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  K  V  D  F  D  K  D  F  F  G  K  E  S  F  L  T  V  S  G  Q  L  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  T  V  S  G  Q  L  N  G 
------------------------------------------ATCGTTCAGGTTAGCAAACGCCACTTCCGG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  T  Y  A  C  A  L  S  K  I  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  E  N  S  N  T 
 E  -  -  -  -  -  -  S  K  I  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  -  -  -  -  - 
CTC------------------CAGGTGACGGCTGGTGTTGGAGTTTTCAGCACGGAA---------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  R  H  L  A  E  F  W  M  L  E  P  E  V  A  F  A  N  L  N  D  I  A  G 
 -  -  -  -  A  E  F  W  M  L  E  P  E  V  A  -  -  -  L  N  D  I  A  G 
------------CAATGCGCAAGCGTAGGTTTCGCCGTTCAACTG---------GGTCAGGAAAGACTCTTT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  A  E  A  M  L  K  Y  V  F  K  A  V  L  E  E  R  A  D  D  M  K  F  F 
 L  A  E  A  M  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACCAAAGAAGTCTTTGTCGAA---------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  E  R  V  D  K  D  A  V  S  R  L  E  R  F  I  E  A  D  F  A  Q  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  T  D  A  V  T  I  L  E  N  C  G  R  K  F  E  N  P  V  Y  W  G  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  S  S  E  H  E  R  Y  L  A  E  E  H  F  K  A  P  V  V  V  K  N  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  D  I  K  A  F  Y  M  R  L  N  E  D  G  K  T  V  A  A  M  D  V  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  M  D  V  L  A 
------------------------------------------------------TTGTTGCCCCTGGCCCGG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  G  I  G  E  I  I  G  G  S  Q  R  E  E  R  L  D  V  L  D  E  R  M  L 
 -  -  -  -  E  I  I  G  G  S  Q  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TTTACCCGTCACAATGACCGAGCA------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  M  G  L  N  K  E  D  Y  W  W  Y  R  D  L  R  R  Y  G  T  V  P  H  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  P  H  S 
------------------------------------------------------------GAGGAAGGAGAT

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  F  G  L  G  F  E  R  L  I  A  Y  V  T  G  V  Q  N  V  R  D  V  I  P 
 G  F  G  L  G  F  E  R  L  I  A  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCAGCTTTTGAATCTCGGCGGGTACGTACCCATCC------------------------------------

457458459460461462463464465466
 F  P  R  T  P  R  N  A  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

asn_bact_C_aggregans

Class II

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_asn_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  L  L  P  T  A  T  V  A  T  I  A  R  H  V  G  Q  R  V  T  L  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  V  Y  H  K  T  E  K  G  K  L  I  F  I  L  L  R  D  G  S  G  T  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 C  V  T  F  K  K  N  V  S  E  A  T  F  A  T  A  Q  A  L  T  Q  E  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 C  R  I  T  G  S  V  R  A  D  E  R  A  P  G  G  Y  E  L  D  V  E  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  L  V  G  P  S  H  E  Y  P  I  T  P  K  E  H  G  V  E  F  L  M  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  H  L  W  V  R  S  A  K  Q  H  A  I  L  R  I  R  A  E  V  I  A  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  A  E  V  I  A  A  A 
---------------------------------------------CCATGGTAACGGATAGGCGCCTTCGAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  E  W  L  N  E  Q  G  F  V  R  F  D  T  P  I  L  T  A  T  A  A  E  G 
 Q  E  W  L  N  E  Q  G  F  V  R  F  D  T  P  I  L  T  -  -  -  -  -  - 
TTCTCCCTGATGTGCAGCGATCAGCTCGATGGCCTGATCGTAGGTAATACGCGG------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  T  N  L  F  A  T  D  Y  F  D  L  G  K  A  Y  L  A  Q  T  G  Q  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  A  Q  T  G  Q  L  Y 
---------------------------------------------ACGCCGGTCGAGCACACGGGCAACAAT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  E  A  G  M  M  S  F  G  K  V  Y  C  F  G  P  T  F  R  A  E  K  S  K 
 V  E  -  -  -  -  -  -  G  K  V  Y  C  F  G  P  T  F  R  A  -  -  -  - 
GGCGCT------------------CCGCATGTTATCTTCGTGATCGGCGAACGCCACTTC------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  R  R  H  L  T  E  F  W  M  I  E  P  E  V  A  F  A  D  H  E  D  N  M 
 -  -  -  -  -  T  E  F  W  M  I  E  P  E  V  A  -  -  -  H  E  D  N  M 
---------------GTGACGGCGTGTTTTGCTCTTCTCGGCGCGGAA---------GAAACAGTAGACTTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  L  Q  E  Q  F  V  S  A  I  V  A  R  V  L  D  R  R  R  E  D  L  K  V 
 R  L  Q  E  Q  F  V  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCCGAACGACATCATCCCGGCTTC------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  E  R  D  I  S  L  L  E  Q  V  V  P  P  F  P  R  I  T  Y  D  Q  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  L  I  A  A  H  Q  G  E  V  E  G  A  Y  P  L  P  W  G  E  D  F  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  H  E  T  L  I  A  S  K  F  D  R  P  V  F  V  E  R  F  P  S  A  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  F  Y  M  Q  P  D  P  N  R  P  E  V  A  L  C  A  D  L  L  A  P  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  A  D  L  L  A  -  -  - 
---------------------------------------------CTCGTATCCGCCCGGGGC---------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  G  E  I  I  G  G  S  Q  R  I  H  D  P  D  L  L  E  Q  R  I  R  A  H 
 -  -  E  I  I  G  G  S  Q  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------TACACTACCGGTGATGCGACACGA------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  L  R  L  E  D  Y  Q  W  Y  L  D  L  R  R  Y  G  T  V  P  H  S  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  P  H  S  G  F 
------------------------------------------------------GAGAATAAAGATGAGTTT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  M  G  I  E  R  V  V  A  W  I  T  G  T  R  H  I  R  E  T  I  P  F  P 
 G  M  G  I  E  R  V  V  A  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCTTTTTCCGTCTTGTGGTAGACCCATCC------------------------------------------

433434435436437438439440
 R  Q  L  Y  R  I  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

asn_bact_S_elongatus

Class II

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_asn_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  S  A  R  I  V  D  L  L  S  Q  G  Q  P  G  Q  T  V  V  V  R  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  R  T  A  R  Q  L  K  E  F  T  F  V  E  V  N  D  G  S  C  L  K  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  V  V  L  G  Q  E  L  A  D  Y  E  M  L  A  K  Q  L  D  T  G  A  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  V  E  G  Q  L  V  A  S  P  A  K  G  Q  R  V  E  L  Q  A  A  S  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  V  G  G  A  D  P  E  Q  Y  P  L  Q  K  K  R  H  S  F  E  F  L  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  A  H  L  R  P  R  T  N  S  L  G  A  V  M  R  V  R  N  A  A  A  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  N  A  A  A  T  A 
------------------------------------------------GTTCGCAATGCTGCGGCAACTGCG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  H  D  F  F  Q  E  R  G  F  L  W  V  H  T  P  I  I  T  A  S  D  C  E 
 I  H  D  F  F  Q  E  R  G  F  L  W  V  H  T  P  I  I  T  -  -  -  -  - 
ATTCATGACTTCTTCCAAGAGCGCGGCTTCCTCTGGGTGCATACGCCGATTATCACG---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  A  G  E  L  F  T  V  T  N  L  D  L  D  K  L  G  Q  S  Q  Q  A  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  E  Q  D  F  F  G  K  R  A  Y  L  T  V  S  G  Q  L  E  A  E  I  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  T  V  S  G  Q  L  E  A  E  -  -  - 
------------------------------TATTTAACCGTCAGCGGCCAGCTCGAAGCCGAG---------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  A  F  S  N  V  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  E  N  S  N  T  S  R  H  L 
 -  -  -  S  N  V  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------AGCAACGTCTACACCTTTGGCCCGACTTTTCGCGCT---------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  E  F  W  M  V  E  P  E  M  A  F  C  D  L  G  G  D  M  D  L  A  E  A 
 A  E  F  W  M  V  E  P  E  M  A  -  -  -  L  G  G  D  M  D  L  A  E  A 
GCAGAGTTTTGGATGGTCGAGCCGGAGATGGCT---------CTTGGCGGCGACATGGACTTGGCCGAAGCC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  L  K  F  V  F  Q  R  V  S  D  R  C  S  E  D  L  E  F  F  N  Q  R  I 
 F  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCTTGAAA---------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  S  E  V  L  N  R  A  E  T  I  L  N  N  D  F  E  R  V  S  Y  T  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  A  L  L  E  K  A  D  R  S  F  D  Y  P  V  A  W  G  I  D  L  Q  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  E  R  Y  L  A  E  E  Y  F  R  K  P  L  I  V  Y  D  Y  P  R  E  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  F  Y  M  R  L  N  D  D  Q  K  T  V  A  A  M  D  V  L  A  P  G  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  M  D  V  L  A  -  -  -  - 
------------------------------------------GCAATGGACGTGCTGGCA------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  I  I  G  G  S  Q  R  E  E  R  L  D  V  L  K  Q  R  L  A  E  A  N  L 
 E  I  I  G  G  S  Q  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAATCATCGGCGGTTCTCAGCGG------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  E  E  N  Y  W  W  Y  L  D  L  R  R  Y  G  S  V  P  H  A  G  F  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  P  H  A  G  F  G  L 
------------------------------------------------GTTCCCCATGCCGGATTTGGCCTA

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  F  E  R  L  V  Q  F  I  T  G  M  G  N  I  R  D  V  I  P  F  P  R  T 
 G  F  E  R  L  V  Q  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCTTTGAGCGACTGGTGCAATTC------------------------------------------------

457458459460461462
 P  Q  N  A  E  F 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

asn_bact_B_fragilis

Class II

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_asn_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  K  I  S  R  T  K  I  V  D  L  M  K  R  E  D  F  G  A  M  V  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  G  W  V  R  T  R  R  G  S  K  Q  V  N  F  I  A  L  N  D  G  S  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  N  V  Q  V  V  V  D  L  A  N  F  D  E  E  M  L  K  Q  I  T  T  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 C  L  S  V  N  G  V  L  T  E  S  V  G  A  G  Q  K  A  E  V  Q  A  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  E  V  L  G  T  C  D  N  T  Y  P  L  Q  K  K  G  H  S  M  E  F  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  I  A  H  L  R  P  R  T  N  T  F  G  A  V  F  R  I  R  H  N  M  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  H  N  M  A  I 
---------------------------------------------------CGGGAATTCGAATTTATGTCC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  I  H  K  F  F  H  E  K  G  F  F  Y  F  H  T  P  I  I  T  A  S  D  C 
 A  I  H  K  F  F  H  E  K  G  F  F  Y  F  H  T  P  I  I  T  -  -  -  - 
TTTGGCAACAGCTTCTTCCAGTATTTTAATACCTTCCGTGTATGGCAGACGGACGAAGTC------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  G  A  G  Q  M  F  Q  V  T  T  M  N  L  Y  D  L  K  K  D  A  N  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  V  Y  D  D  D  F  F  G  K  Q  A  S  L  T  V  S  G  Q  L  E  G  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  L  T  V  S  G  Q  L  E  G  E  - 
------------------------------------AGCCAAATCCATATTCTCCTGAATTTCGTTGAA---

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  A  T  A  L  G  A  I  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  E  N  S  N  T  P  R 
 -  -  -  -  -  G  A  I  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CATCCAAAACTCGGCCAAGTGACGCGGAGTGTTAGA---------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  L  A  E  F  W  M  I  E  P  E  V  A  F  N  E  I  Q  E  N  M  D  L  A 
 -  -  A  E  F  W  M  I  E  P  E  V  A  -  -  -  I  Q  E  N  M  D  L  A 
------CGTATAGATTGCACCTAAAGCGGTAGCAGCTAA---------CAACTGTCCCGAAACAGTCAAACT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  E  F  I  K  Y  C  V  R  W  A  L  D  N  C  A  D  D  V  K  F  L  N  D 
 E  E  F  I  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCTTGTTTGCCAAA---------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  F  D  K  G  L  I  E  R  L  E  G  V  L  K  E  D  F  V  R  L  P  Y  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  G  I  K  I  L  E  E  A  V  A  K  G  H  K  F  E  F  P  V  Y  W  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  L  A  S  E  H  E  R  Y  L  V  E  D  H  F  K  R  P  V  I  L  T  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  K  E  I  K  A  F  Y  M  K  Q  N  E  D  G  K  T  V  R  A  M  D  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  M  D  V  L 
---------------------------------------------------------CTTCTGTCCGGCGCC

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  P  K  I  G  E  I  I  G  G  S  E  R  E  S  D  Y  N  K  L  M  T  R  I 
 F  -  -  -  -  E  I  I  G  G  S  E  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAC------------CACACCGTTCACGCTCAGACAAGC---------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  E  M  H  I  P  M  K  D  M  W  W  Y  L  D  T  R  K  F  G  T  C  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  P  H 
---------------------------------------------------------------AAAGTTAAC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  G  F  G  L  G  F  E  R  L  L  L  F  V  T  G  M  S  N  I  R  D  V  I 
 S  G  F  G  L  G  F  E  R  L  L  L  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTGTTTGCTGCCTCTGCGGGTGCGAACCCATCCTTTCAC---------------------------------

457458459460461462463464465466467
 P  F  P  R  T  P  R  N  A  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

asn_bact_H_aurantiacus

Class II

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/amino acid sequences/Haurantiacus_asn_aa

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/nucleotide sequences/Haurantiacus_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  L  L  P  S  M  Y  I  R  D  S  A  D  H  V  G  E  A  V  K  L  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  V  Y  H  K  T  E  K  G  K  L  V  F  I  Q  L  R  D  G  T  A  T  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 C  V  V  F  K  K  N  V  S  E  E  V  F  A  R  A  K  E  L  T  Q  E  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 C  Y  I  H  G  T  L  R  A  D  E  R  S  S  L  G  F  E  L  D  V  T  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  I  V  H  L  T  Q  N  Y  P  I  T  P  K  E  H  G  T  Q  F  L  M  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  H  L  W  V  R  S  A  K  Q  H  A  L  L  R  I  R  A  Q  V  I  A  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  A  Q  V  I  A  A  A 
---------------------------------------------CCATTCCAAATCGGCTAATGGTGCATT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  E  Y  L  N  S  E  H  F  V  R  Y  D  S  P  I  L  T  A  T  A  A  E  G 
 Q  E  Y  L  N  S  E  H  F  V  R  Y  D  S  P  I  L  T  -  -  -  -  -  - 
ATCGGGAGCAACAGTTGCCCCTGCCGCCACACCTTGCTTGATTTTTTCAATCGC------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  S  D  L  F  A  T  E  Y  F  D  L  G  N  A  Y  L  A  Q  T  G  Q  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  A  Q  T  G  Q  L  Y 
---------------------------------------------TAAAATTTTGAGATCTTCTTCGCAGCG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  E  S  G  M  A  T  F  G  R  V  Y  C  F  G  P  T  F  R  A  E  K  S  K 
 V  E  -  -  -  -  -  -  G  R  V  Y  C  F  G  P  T  F  R  A  -  -  -  - 
ATCAAG------------------GGAAACGAAATTTTCTTGCAATTCCATATTATCGTC------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  R  R  H  L  T  E  F  W  M  I  E  P  E  F  A  F  A  D  Q  D  D  N  M 
 -  -  -  -  -  T  E  F  W  M  I  E  P  E  F  A  -  -  -  Q  D  D  N  M 
---------------GATCATCCAAAATTCGGTCAGGTGGCGACGAGT---------TTCAGCCCGAAAAGT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  L  Q  E  N  F  V  S  Y  I  V  Q  R  V  L  D  R  C  E  E  D  L  K  I 
 E  L  Q  E  N  F  V  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGGGCCAAAACAATAAACCCGACC------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  E  R  D  T  S  K  L  E  N  I  V  P  P  F  P  R  I  S  Y  D  E  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  K  I  K  Q  G  V  A  A  G  A  T  V  A  P  D  N  A  P  L  A  D  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 W  G  D  D  F  G  A  P  H  E  T  Y  L  A  S  L  F  D  K  P  L  F  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  Y  P  T  K  V  K  A  F  Y  M  Q  P  A  E  G  R  P  E  V  V  R  C  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  A 
------------------------------------------------------------------TTCAAA

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  L  I  A  P  E  G  Y  G  E  I  I  G  G  S  Q  R  I  H  D  A  E  L  L 
 D  L  I  A  -  -  -  -  -  E  I  I  G  G  S  Q  R  -  -  -  -  -  -  - 
ACCCAAGCTCGA---------------AAGTGTACCATGGATATAGCACGA---------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  A  R  I  R  E  H  G  L  D  V  A  D  Y  Q  W  Y  L  D  L  R  R  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  V  P  H  S  G  F  G  M  G  I  E  R  C  V  A  W  L  A  G  T  R  H  I 
 -  V  P  H  S  G  F  G  M  G  I  E  R  C  V  A  W  -  -  -  -  -  -  - 
---TTGAATAAAAACCAACTTGCCTTTTTCGGTTTTGTGATAGACCCAACC---------------------

433434435436437438439440441442443444445446447
 R  E  A  I  P  F  P  R  Q  L  Y  R  I  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

asn_bact_G_obscuriglobus

Class II

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/amino acid sequences/Gemmata_asn_aa

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/nucleotide sequences/Gemmata_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  K  I  S  V  S  D  A  R  R  A  E  A  V  G  R  H  V  R  L  Q  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  R  T  R  R  D  S  K  G  G  F  S  F  I  E  L  N  D  G  S  C  Q  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  Q  V  V  A  P  G  E  L  A  N  Y  E  S  V  V  K  H  L  H  T  G  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  R  I  D  G  E  V  K  A  S  P  A  K  G  Q  A  T  E  V  L  A  A  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  L  I  G  D  A  D  V  N  T  Y  P  L  Q  K  K  G  H  S  F  E  F  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  I  A  H  L  R  P  R  T  N  T  L  G  A  V  A  R  V  R  H  Q  V  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  H  Q  V  S  I 
---------------------------------------------------CGGGTACTCCCACGTCTTGCC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  I  H  Q  F  F  H  E  R  G  F  Y  Y  V  H  T  P  V  I  T  A  S  D  C 
 S  I  H  Q  F  F  H  E  R  G  F  Y  Y  V  H  T  P  V  I  T  -  -  -  - 
GCTCTTCAGCAGGATGTCCACGCCCTCCGTGTACGACACCCGCTTGAACCCGTTGTTGAG------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  G  A  G  A  M  F  R  V  S  T  I  D  P  E  A  P  P  K  A  E  G  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  Y  K  Q  D  F  F  G  K  P  A  Y  L  T  V  S  G  Q  L  Q  G  E  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  T  V  S  G  Q  L  Q  G  E  -  - 
---------------------------------CGCGAGGTCCATGTTGTCGGTGAGGTCGTAGAA------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  C  A  L  G  K  I  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  E  N  S  N  T  P  R  H 
 -  -  -  -  G  K  I  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------CATCCAGAACTCGGCGAGGTGCCGCGGGGTGTTCGA------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  A  E  F  W  M  I  E  P  E  M  A  F  Y  D  L  T  D  N  M  D  L  A  E 
 -  A  E  F  W  M  I  E  P  E  M  A  -  -  -  L  T  D  N  M  D  L  A  E 
---GGTGTAGATCTTCCCCAGCGCGCACGCGAACGC---------AAGTTGCCCGCTCACCGTCAGGTACGC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  F  L  K  R  I  I  S  D  A  M  T  Y  C  L  E  D  L  K  F  F  A  E  K 
 A  F  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGGCTTGCCGAA------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  E  N  N  K  G  L  F  E  K  L  E  N  V  L  N  N  G  F  K  R  V  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  E  G  V  D  I  L  L  K  S  G  K  T  W  E  Y  P  V  A  W  G  V  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  S  E  H  E  R  Y  L  A  E  Q  H  F  K  C  P  V  I  L  Y  D  Y  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  L  K  P  F  Y  M  K  V  N  D  D  G  K  T  V  R  A  M  D  V  L  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  M  D  V  L  V  - 
---------------------------------------------------CGTGGCCTGCCCCTTGGC---

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  V  G  E  I  I  G  G  S  Q  R  E  E  R  L  D  V  L  E  S  R  M  R  E 
 -  -  -  E  I  I  G  G  S  Q  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CACCTCGCCGTCGATGCGCACGCT---------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  G  L  P  P  E  G  Y  E  W  Y  L  D  L  R  R  Y  G  T  V  P  H  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  P  H  S  G 
---------------------------------------------------------TTCGATGAAGCTGAA

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  G  L  G  L  E  R  T  I  L  F  L  S  G  M  A  N  I  R  D  V  I  P  F 
 F  G  L  G  L  E  R  T  I  L  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCCGCCCTTCGAGTCGCGCCGGGTGCGCACCCA---------------------------------------

457458459460461462463464465
 P  R  T  P  G  N  A  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

asn_bact_C_thermalis

Class II

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/amino acid sequences/Cthermalis_asn_aa

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/nucleotide sequences/Cthermalis_asn_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  R  R  I  I  E  I  L  R  N  G  Q  S  D  E  S  V  T  V  Q  G  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  T  K  R  D  L  K  G  F  A  F  V  E  V  N  D  G  S  S  L  A  S  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  V  L  K  A  E  M  P  D  Y  E  A  T  L  K  Q  I  N  T  G  A  S  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  S  G  V  L  V  P  S  Q  G  K  G  Q  R  I  E  L  Q  A  E  T  V  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  G  D  A  D  P  E  T  Y  P  L  Q  K  K  R  H  S  F  E  F  L  R  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  H  L  R  S  R  T  N  S  L  G  A  V  F  R  V  R  N  A  C  A  T  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  N  A  C  A  T  A  I 
---------------------------------------------CTCAACCGGATATTCAAAGGTTTTTGT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 H  Q  F  F  Q  E  R  S  F  L  W  V  H  T  P  V  I  T  R  N  D  C  E  G 
 H  Q  F  F  Q  E  R  S  F  L  W  V  H  T  P  V  I  T  -  -  -  -  -  - 
GGCTTTTTCTAACTGCGCGATCGCCTCTGTATAAGTAATTCGTTCAAATTGGTT------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  G  E  L  F  T  V  T  S  L  D  L  K  K  I  P  Q  T  E  N  G  K  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  S  Q  D  F  F  G  G  Q  A  F  L  T  V  S  G  Q  L  E  A  E  V  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  T  V  S  G  Q  L  E  A  E  -  -  - 
------------------------------TAAATCCATATTTCCCACTAAATCGCAAAAAGC---------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 M  A  F  S  N  V  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  E  N  S  N  T  S  R  H  L 
 -  -  -  S  N  V  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CCAAAATTCTGCTAAATGTCGAGATGTATTAGAATT---------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  E  F  W  M  V  E  P  E  M  A  F  C  D  L  V  G  N  M  D  L  A  E  A 
 A  E  F  W  M  V  E  P  E  M  A  -  -  -  L  V  G  N  M  D  L  A  E  A 
GTAGACGTTGCTAAACGCCATCGCCATGACTTC---------TTGTCCGCTGACAGTTAAAAAAGCTTGTCC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  L  K  H  I  F  K  Y  V  L  E  T  C  P  E  D  M  K  F  F  N  Q  R  I 
 F  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCAAAAAA---------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  D  S  V  L  A  T  A  D  N  I  I  N  N  Q  F  E  R  I  T  Y  T  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  A  Q  L  E  K  A  T  K  T  F  E  Y  P  V  E  W  G  L  D  L  Q  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  E  R  Y  L  A  E  E  L  F  K  K  P  V  I  V  T  D  Y  P  K  Q  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  F  Y  M  R  V  N  D  D  D  K  T  V  R  A  M  D  V  L  A  P  K  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  M  D  V  L  A  -  -  -  - 
------------------------------------------CAATTCAATTCTTTGCCC------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  I  I  G  G  S  Q  R  E  E  R  L  E  V  L  E  K  R  M  Q  A  Q  D  I 
 E  I  I  G  G  S  Q  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGGCACTAGCACCCCGCTAATTTC------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 N  P  D  D  L  W  W  Y  L  D  L  R  R  Y  G  T  V  P  H  A  G  F  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  P  H  A  G  F  G  L 
------------------------------------------------GTTCACTTCTACAAACGCAAACCC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  F  E  R  L  V  Q  F  M  T  G  M  G  N  I  R  D  V  I  P  F  P  R  A 
 G  F  E  R  L  V  Q  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTTAAATCGCGTTTGGTGCGTAC------------------------------------------------

457458459460461462
 P  L  S  A  E  F 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

asn_bact_M_mobile

Class II

Bacteria/Mycoplasma mobile/amino acid sequences/Mmobile_asn_aa

Bacteria/Mycoplasma mobile/nucleotide sequences/Mmobile_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  S  I  K  H  L  L  I  N  A  K  K  Y  D  Q  K  E  F  E  I  K  A  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  A  S  N  R  G  N  T  N  I  R  F  V  E  I  N  D  G  S  T  I  K  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  V  V  I  K  K  E  I  M  S  F  L  E  V  D  K  I  R  L  G  A  A  I  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  K  G  V  L  K  Y  T  P  G  M  A  Q  E  I  E  L  N  A  D  K  F  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  K  N  T  D  E  D  F  P  I  Q  K  K  E  T  S  L  E  A  L  R  E  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 H  L  R  H  R  T  T  T  L  R  A  I  M  L  I  R  S  T  L  A  L  E  I  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  S  T  L  A  L  E  I  H 
------------------------------------------ATTAGATCAACACTTGCTTTAGAAATTCAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  F  Y  N  E  R  G  Y  L  W  V  S  S  P  I  I  T  G  N  D  G  E  G  A 
 K  F  Y  N  E  R  G  Y  L  W  V  S  S  P  I  I  T  -  -  -  -  -  -  - 
AAATTTTACAATGAAAGAGGATATTTATGAGTATCTTCACCTATAATTACA---------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  E  S  F  V  V  D  D  E  S  K  D  F  F  F  N  K  K  A  T  L  G  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  L  G  V  T 
---------------------------------------------------------ACATTAGGAGTTACT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  Q  L  H  A  E  A  Y  A  L  G  F  S  K  V  Y  T  F  A  P  T  F  R  A 
 G  Q  L  H  A  E  -  -  -  -  -  -  S  K  V  Y  T  F  A  P  T  F  R  A 
GGACAATTGCATGCTGAA------------------AGTAAAGTTTATACTTTTGCCCCTACTTTTAGAGCT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  N  S  N  T  T  K  H  A  A  E  F  W  M  M  E  P  E  V  A  F  F  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  E  F  W  M  M  E  P  E  V  A  -  -  -  L 
---------------------------GCTGAATTTTGAATGATGGAGCCGGAAGTAGCA---------TTA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  D  L  I  K  M  S  D  D  M  L  R  Q  V  I  K  R  T  V  E  A  H  P  H 
 K  D  L  I  K  M  S  D  D  M  L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAAGATCTTATTAAAATGTCAGATGATATGTTAAGA------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  F  E  F  F  E  K  N  K  P  G  L  L  K  N  L  N  L  F  L  N  N  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  I  L  E  Y  R  E  A  I  K  I  L  E  K  V  K  D  R  F  E  D  K  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  F  G  K  D  L  A  T  E  H  E  K  Y  L  A  E  K  H  I  Q  G  P  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  I  N  Y  P  K  S  F  K  A  F  Y  M  F  Q  N  E  D  N  E  T  V  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A 
---------------------------------------------------------------------GCT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  D  L  L  V  P  G  I  G  E  V  I  G  G  S  K  R  E  T  R  Y  E  K  L 
 Y  D  L  L  V  -  -  -  -  E  V  I  G  G  S  K  R  -  -  -  -  -  -  - 
TATGATTTACTTGTA------------GAAGTAATTGGTGGTTCTAAACGT---------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  Q  R  V  K  D  L  K  I  N  Q  E  D  L  Q  W  Y  L  D  L  R  R  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  A  S  S  A  G  F  G  L  G  F  E  R  L  I  M  Y  I  T  G  T  E  N  I 
 -  A  S  S  A  G  F  G  L  G  F  E  R  L  I  M  Y  -  -  -  -  -  -  - 
---GCTTCAAGTGCAGGTTTTGGTTTAGGTTTTGAAAGATTGATTATGTAC---------------------

433434435436437438439440441442443444445446447
 R  D  T  I  P  F  P  R  T  P  K  N  M  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

asn_bact_B_burgdorferi

Class II

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_asn_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  F  A  S  I  K  D  I  L  K  N  P  I  L  N  S  N  V  T  I  N  G  W  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  T  K  R  S  N  G  K  I  G  F  I  E  I  N  D  G  S  T  L  K  G  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  V  I  N  E  E  E  N  Q  F  S  E  K  D  L  K  K  L  T  T  G  T  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  L  T  G  L  L  V  E  S  P  A  K  G  Q  N  Y  E  I  K  T  H  S  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  I  G  E  T  D  P  E  T  Y  P  L  Q  K  K  R  H  S  F  E  F  L  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  P  H  L  R  I  R  T  N  T  F  G  A  I  A  R  V  R  N  K  I  S  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  N  K  I  S  Y  K 
------------------------------------------------GTAAGAAACAAAATTTCATACAAA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  H  E  Y  F  Q  K  N  G  F  F  Y  I  N  T  P  I  I  T  S  N  D  G  E 
 I  H  E  Y  F  Q  K  N  G  F  F  Y  I  N  T  P  I  I  T  -  -  -  -  - 
ATTCATGAATATTTCCAAAAAAATGGTTTTTTTTATATTAATACACCAATAATTACA---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  A  G  E  M  F  R  V  S  T  L  K  F  N  K  L  N  N  A  L  S  N  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  K  D  D  F  F  G  K  E  A  F  L  S  V  T  G  Q  L  H  G  E  A  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  S  V  T  G  Q  L  H  G  E  -  -  - 
------------------------------TTTCTCTCTGTCACTGGTCAATTGCATGGGGAA---------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 M  A  L  S  K  I  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  E  N  S  N  T  T  R  H  A 
 -  -  -  S  K  I  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TCTAAAATATATACATTCGGACCAACATTTAGAGCA---------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  E  F  W  M  I  E  P  E  M  A  F  Y  K  L  N  D  N  I  A  L  A  E  D 
 S  E  F  W  M  I  E  P  E  M  A  -  -  -  L  N  D  N  I  A  L  A  E  D 
TCAGAATTTTGGATGATAGAACCAGAAATGGCT---------CTTAACGACAATATTGCCCTAGCAGAAGAT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  L  K  Y  L  L  S  S  I  L  N  E  C  S  Q  D  M  D  F  L  E  N  Y  I 
 L  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCTTGAAA---------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  K  G  L  I  K  K  L  E  N  V  I  N  S  N  F  E  V  I  T  Y  T  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  E  I  L  E  N  S  K  K  N  F  E  I  K  P  Y  W  G  I  D  L  Q  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  E  R  Y  L  T  E  E  T  F  K  K  P  V  V  V  I  D  Y  P  K  N  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  F  Y  M  K  A  N  K  D  N  K  T  V  K  G  M  D  I  L  V  P  K  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  M  D  I  L  V  -  -  -  - 
------------------------------------------GGAATGGACATACTTGTT------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  I  I  G  G  S  E  R  E  D  D  L  Q  K  L  E  N  R  I  K  E  L  N  L 
 E  I  I  G  G  S  E  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGATTATAGGGGGAAGCGAAAGA------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 N  I  E  H  L  N  W  Y  L  D  L  R  R  F  G  S  A  P  H  S  G  F  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  P  H  S  G  F  G  L 
------------------------------------------------GCTCCTCATTCTGGCTTTGGACTT

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  L  E  R  L  V  Q  Y  S  T  G  I  S  N  I  R  D  S  I  P  F  P  R  T 
 G  L  E  R  L  V  Q  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGACTTGAAAGATTGGTGCAATAC------------------------------------------------

457458459460461462
 P  K  N  L  Y  F 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

asn_bact_C_A_asiaticus

Class II

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_asn_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  R  I  K  I  K  E  L  F  I  A  N  P  V  G  T  K  V  C  I  K  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  R  T  K  R  I  S  K  Q  V  V  F  I  M  L  N  D  G  S  T  I  H  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  I  V  T  E  P  E  K  F  A  E  D  I  M  Q  H  I  A  T  G  V  S  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  C  G  T  V  I  A  S  Q  G  G  N  Q  A  I  E  L  Q  A  D  T  I  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  G  T  A  T  D  Y  P  L  Q  P  K  K  H  S  L  E  F  L  R  E  I  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  R  F  R  T  N  T  F  S  A  V  F  R  I  R  H  A  I  S  Y  A  I  H  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  H  A  I  S  Y  A  I  H  Q 
---------------------------------------GCCCCATTCATCAATAGGATAAGCAAACTTTTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  F  H  E  Q  G  F  V  Y  L  H  T  P  I  I  T  A  V  D  A  E  G  A  G 
 F  F  H  E  Q  G  F  V  Y  L  H  T  P  I  I  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCTTTATTAGGCTGAGAAGCTTTTAAAATATCAATTGCTTCTGTATA------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  M  F  S  V  T  T  L  N  M  E  Q  L  P  K  T  P  Q  G  Q  V  D  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  D  F  F  G  Q  K  T  S  L  T  V  S  G  Q  L  E  A  E  A  A  A  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  S  L  T  V  S  G  Q  L  E  A  E  -  -  -  -  - 
------------------------ATCATCTTTACAATGCTCTAATGCAAAACCAAT---------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  A  E  V  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  E  N  S  N  T  T  R  H  L  A  E 
 -  A  E  V  Y  T  F  G  P  T  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  E 
---CTCTGCTAAAGCTATGTTATCAGCTAAATCATAAAA---------------------------CTCGGC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  W  M  V  E  P  E  M  A  F  Y  D  L  A  D  N  I  A  L  A  E  R  F  L 
 F  W  M  V  E  P  E  M  A  -  -  -  L  A  D  N  I  A  L  A  E  R  F  L 
TAAGTGCCGGGTAGTGTTAGAGTTTTC---------AGTTGGACCAAATGTATATACTTCTGCCAAACCTAA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  Y  V  I  G  F  A  L  E  H  C  K  D  D  L  E  F  L  Q  K  R  E  L  D 
 K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGC---------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  R  V  G  K  Q  T  D  K  S  F  L  P  L  L  D  R  L  D  N  I  L  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  F  A  C  I  S  Y  T  E  A  I  D  I  L  K  A  S  Q  P  N  K  E  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  A  Y  P  I  D  E  W  G  C  D  L  Q  S  E  H  E  R  Y  L  V  E  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  T  K  P  V  I  I  T  N  Y  P  R  A  I  K  A  F  Y  M  H  Q  Q  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  K  T  V  A  A  M  D  I  L  F  P  G  I  G  E  I  I  G  G  S  Q  R  E 
 -  -  -  -  -  A  M  D  I  L  F  -  -  -  -  E  I  I  G  G  S  Q  R  - 
---------------TAACTCTATGGCTTGGTT------------AGCTATAACAGTACCACAAACAGA---

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  R  L  D  K  L  T  E  A  I  Q  S  M  G  M  N  S  N  I  L  Q  W  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  T  R  L  F  G  T  V  P  H  S  G  F  G  L  G  L  E  R  L  V  Q  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  V  P  H  S  G  F  G  L  G  L  E  R  L  V  Q  F  - 
---------------------TAGCATTATAAAAACTACTTGCTTACTAATACGCTTGGTTCTTACCCA---

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477
 T  G  M  D  N  I  R  D  V  I  P  F  P  R  T  P  G  N  A  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

asn_bact_S_aureus

Class II

Bacteria/Staphylococcus aureus/amino acid sequences/Saureus_asn_aa

Bacteria/Staphylococcus aureus/nucleotide sequences/Saureus_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  T  T  I  K  Q  A  K  D  H  L  N  Q  D  V  T  I  G  A  W  L  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  R  S  S  G  K  I  A  F  L  Q  L  R  D  G  T  G  F  M  Q  G  V  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  S  E  V  D  E  E  V  F  K  L  A  K  E  I  T  Q  E  S  S  L  Y  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  T  I  T  E  D  N  R  S  D  L  G  Y  E  M  Q  V  K  S  I  E  V  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  A  H  D  Y  P  I  T  P  K  N  H  G  T  E  F  L  M  D  H  R  H  L  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  R  S  K  K  Q  H  A  V  M  K  I  R  N  E  V  I  R  A  T  Y  E  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  N  E  V  I  R  A  T  Y  E  F  F 
---------------------------------AAAATCTTCGCCCCATTCAATATCATCAAAGCCTTCTGC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  K  D  G  F  T  K  V  D  P  P  I  L  T  A  S  A  P  E  G  T  S  E  L 
 N  K  D  G  F  T  K  V  D  P  P  I  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTCAAGAACTCAATTGCATCATCATATGAAATTCTAGGGAA------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  H  T  K  Y  F  D  Q  D  A  F  L  S  Q  S  G  Q  L  Y  L  E  A  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  S  Q  S  G  Q  L  Y  L  E  -  -  - 
------------------------------ACAATTTTCTAAAACTGATTTTACTACATGTGT---------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  A  H  G  K  V  F  S  F  G  P  T  F  R  A  E  K  S  K  T  R  R  H  L 
 -  -  -  G  K  V  F  S  F  G  P  T  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TTCTAAACTTTCAGCATGATTTGTGAAAGCCATTTC---------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  E  F  W  M  I  E  G  E  M  A  F  T  N  H  A  E  S  L  E  I  Q  E  Q 
 I  E  F  W  M  I  E  G  E  M  A  -  -  -  H  A  E  S  L  E  I  Q  E  Q 
GTGTCTACGTGTTTTTGATTTTTCAGCTCTGAA---------AAATGAAAATACTTTTCCGTGTGCCATTGC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  V  T  H  V  V  K  S  V  L  E  N  C  K  L  E  L  K  M  L  E  R  D  T 
 Y  V  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCAGCTTC---------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  K  L  E  K  V  A  T  P  F  P  R  I  S  Y  D  D  A  I  E  F  L  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  G  F  D  D  I  E  W  G  E  D  F  G  A  P  H  E  T  A  I  A  N  H  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  L  P  V  F  I  T  N  Y  P  T  K  I  K  P  F  Y  M  Q  P  N  P  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  E  T  V  L  C  A  D  L  I  A  P  E  G  Y  G  E  I  I  G  G  S  E  R 
 -  -  -  -  -  C  A  D  L  I  A  -  -  -  -  -  E  I  I  G  G  S  E  R 
---------------TTTCACTTGCATTTCGTA---------------ATTATCTTCTGTAATTGTGCCTGT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  D  D  L  E  L  L  E  Q  R  V  K  E  H  G  L  D  E  E  A  Y  S  Y  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  D  L  R  R  Y  G  S  V  P  H  C  G  F  G  L  G  L  E  R  T  V  A  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  P  H  C  G  F  G  L  G  L  E  R  T  V  A  W 
------------------------TCCATCACGTAATTGTAAAAAGGCGATTTTACCACTTGAACGTTTATT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430
 I  S  G  V  E  H  V  R  E  T  A  P  F  P  R  L  L  N  R  L  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

asn_euk_L_infantum

Class II

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_asn_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  H  A  K  A  L  A  R  L  R  M  H  H  A  A  R  Q  R  M  F  S  V  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  R  A  L  W  V  V  A  K  L  T  M  P  E  K  E  A  P  G  W  Q  T  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  V  N  L  A  M  I  T  E  K  P  H  A  L  A  S  P  M  M  A  S  S  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  A  V  D  E  A  P  S  F  A  T  T  S  P  P  L  A  P  G  R  G  F  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  S  C  S  V  L  V  P  V  S  L  E  P  P  L  P  A  T  S  L  P  W  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  G  L  R  T  G  T  C  A  S  S  S  S  A  L  V  L  T  A  A  S  S  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  S  L  R  Q  H  W  S  S  C  T  T  L  S  R  C  P  F  F  S  L  A  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  C  L  L  R  H  R  R  T  L  P  P  H  H  H  H  R  S  P  R  L  P  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  P  C  R  T  I  A  I  Q  L  H  S  V  L  L  F  K  A  S  G  S  K  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  A  E  S  E  R  T  M  E  N  E  Q  Q  R  T  A  A  V  A  Q  L  K  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  G  L  D  D  R  G  A  K  D  L  S  S  K  P  E  R  V  A  D  V  L  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  A  Q  H  S  I  D  E  A  S  P  R  E  Q  K  V  M  L  F  N  V  W  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  K  K  P  E  H  R  D  P  V  T  A  F  I  L  D  G  K  L  D  S  T  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  D  A  A  I  R  F  V  N  A  A  G  S  D  V  V  D  T  A  A  M  L  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 C  G  V  G  V  T  V  S  R  E  D  V  E  K  A  V  A  A  A  L  V  A  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  A  A  L  K  T  K  W  D  K  N  P  N  M  M  L  G  Q  M  R  R  V  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  R  W  A  D  V  E  H  V  R  A  A  L  E  R  Q  V  P  G  L  I  K  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  V  E  A  K  P  A  A  A  K  K  E  A  A  A  M  P  K  K  E  V  E  S  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  Q  N  S  N  F  K  D  V  A  Q  G  L  P  R  S  P  I  G  E  L  P  S  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  E  G  A  C  V  Y  V  V  G  W  A  H  R  V  R  H  Q  S  R  M  S  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  L  R  D  G  T  G  F  I  Q  C  V  F  D  G  S  T  E  P  F  H  R  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 C  V  A  I  R  G  T  L  R  H  E  P  K  A  K  S  E  L  Q  P  P  M  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 H  V  N  E  Y  A  V  V  G  D  S  D  G  T  I  E  T  V  I  T  A  E  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  D  K  L  Y  D  Q  R  H  V  V  V  R  G  T  L  A  S  S  V  L  K  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R 
------------------------------------------------------------------GATGGC

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 H  E  L  L  R  V  F  R  E  H  F  W  S  H  Q  Y  Y  E  V  T  P  P  T  L 
 H  E  L  L  R  V  F  R  E  H  F  W  S  H  Q  Y  Y  E  V  T  P  P  T  L 
GGCGTCGACCTTCTGCGTGCTGTCGAGTTTGCCGTCAAGGATGAAGGCGGTCACGGGATCGCGGTGCTCAGG

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 V  Q  T  Q  V  E  G  G  S  T  L  F  E  V  L  Y  Y  G  E  K  A  Y  L  T 
 V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  T 
CTT------------------------------------------------------------GATGCTGTG

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 Q  S  S  Q  L  Y  L  E  S  V  T  A  S  L  G  N  V  Y  C  C  M  P  S  Y 
 Q  S  S  Q  L  Y  L  E  -  -  -  -  -  -  G  N  V  Y  C  C  M  P  S  Y 
CTGCGCGAAGAAGGCCAGCACATC------------------GCTGGACAGGTCTTTGGCGCCCCTGTCGTC

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 R  A  E  R  S  K  T  K  R  H  L  S  E  F  T  H  L  E  A  E  Y  D  V  C 
 R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  E  F  T  H  L  E  A  E  Y  D  -  - 
AAGGCC---------------------------AGCGGTGCGCTGCTGCTCGTTCTCCATGGTGCG------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 S  F  E  D  L  L  N  H  L  E  G  M  F  C  T  V  I  R  T  V  I  E  R  V 
 -  F  E  D  L  L  N  H  L  E  G  M  F  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CGCCCGTGGGCCTTTCGAGCCCGATGCCTTAAAGAGTAA------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 G  D  L  V  A  M  L  N  P  S  Q  L  I  D  P  N  G  N  V  R  D  P  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 Y  K  F  T  P  K  R  P  F  R  R  L  R  Y  A  D  A  I  Q  F  C  N  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 G  I  L  N  T  E  T  G  K  P  F  E  F  G  E  D  I  T  D  Q  P  E  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 M  V  A  K  L  G  E  F  V  F  M  T  H  F  P  A  S  M  K  S  F  Y  M  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 R  D  P  D  D  P  T  L  T  E  S  V  D  V  L  A  P  G  I  G  E  V  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  D  V  L  A  -  -  -  -  E  V  L  G 
------------------------------TGCAAGAGGCGGTGACGT------------GGGCGCCTCGTC

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 G  S  M  R  M  Y  K  Y  D  E  L  L  D  A  Y  K  R  E  G  L  D  A  S  T 
 G  S  M  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACCGCCGGCCG------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 Y  Y  W  Y  T  D  Q  R  R  Y  G  G  A  P  H  G  G  F  G  L  G  V  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  P  H  G  G  F  G  L  G  V  E  R 
------------------------------------CTTTTCGGGCATCGTCAGCTTCGCCACCACCCACAA

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 L  L  V  W  M  L  N  L  D  S  V  K  D  A  C  L  Y  P  R  Y  M  G  R  C 
 L  L  V  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCCCGCCACAT------------------------------------------------------------

889890
 K  P 
 -  - 
------

asn_euk_N_ceranae

Class II

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_asn_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  Y  E  E  V  S  L  K  N  L  K  I  K  N  D  Y  K  S  I  E  L  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  S  K  S  D  M  H  K  R  I  K  T  F  G  W  V  D  C  C  R  T  G  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  T  F  F  D  L  T  C  Q  F  K  S  I  K  C  V  Y  E  K  K  I  D  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  C  T  S  L  T  I  Y  G  T  I  Q  E  N  K  S  K  K  E  N  A  E  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  L  V  E  K  L  E  I  F  N  D  A  I  A  P  S  F  P  L  N  K  E  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  D  T  M  M  K  Y  G  H  L  A  L  R  N  K  Q  R  G  F  F  L  K  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  R 
------------------------------------------------------------------GTCGTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  S  L  L  K  I  I  R  D  I  F  Y  E  G  N  F  I  E  I  T  P  P  T  I 
 S  S  L  L  K  I  I  R  D  I  F  Y  E  G  N  F  I  E  I  T  P  P  T  I 
TTTTTTTACACCTTCATCATTCAAAAATTTGATAGCATCTACGTATCTTATTCTTTTAAATGGGCGTTTAGG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  Q  T  Q  V  E  G  G  S  T  L  F  K  L  K  Y  Y  D  K  D  A  Y  L  T 
 V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  T 
GAC------------------------------------------------------------TCTTTTAAT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  S  S  Q  L  Y  L  E  T  V  A  P  V  A  Y  R  A  Y  C  I  A  S  S  Y 
 Q  S  S  Q  L  Y  L  E  -  -  -  -  -  -  Y  R  A  Y  C  I  A  S  S  Y 
AGATTCAGTAACCAAATGTTCAAT------------------AAATTCAATATTTGCTAATTCTGCTTCTAC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  A  E  K  S  N  T  T  R  H  L  S  E  Y  T  H  V  E  A  E  L  A  N  I 
 R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  E  Y  T  H  V  E  A  E  L  A  -  - 
ATGAGT---------------------------ACTTTTTTCTGCACGGTACGACGAAGCAATACA------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  F  E  D  L  I  N  N  I  E  H  L  V  T  E  S  I  K  R  F  Y  D  L  L 
 -  F  E  D  L  I  N  N  I  E  H  L  V  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GTAAGCTACAGGTGCAACTGTCTCCAAATAAAGTTGCGA------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  D  E  I  K  D  L  Y  P  E  I  K  L  Q  N  V  P  K  R  P  F  K  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  Y  V  D  A  I  K  F  L  N  D  E  G  V  K  K  D  D  D  T  D  F  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  D  D  I  P  D  S  R  E  K  I  I  C  E  R  F  G  K  G  E  P  V  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  H  F  L  V  E  H  K  P  F  Y  M  K  L  D  S  S  N  E  T  C  T  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S 
---------------------------------------------------------------------TTT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  D  L  L  Y  P  G  I  G  E  I  V  G  G  S  M  R  L  D  N  Y  N  K  L 
 F  D  L  L  Y  -  -  -  -  E  I  V  G  G  S  M  R  -  -  -  -  -  -  - 
CGATTTGTTCTCCTG------------AATAGTCAATGAAGTACATTTTGT---------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  D  G  F  K  R  E  G  L  N  P  E  D  Y  D  W  Y  L  D  M  A  R  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  C  S  H  G  G  Y  G  L  G  F  E  R  L  L  M  A  L  M  R  Y  T  N  I 
 -  C  S  H  G  G  Y  G  L  G  F  E  R  L  L  M  A  -  -  -  -  -  -  - 
---CCAGCCAAATGTTTTAATTCTTTTATGCATATCACTCTTAGAAATTTC---------------------

433434435436437438439440441442443444445446447
 E  F  A  T  L  Y  P  R  N  T  R  R  C  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

asn_euk_C_parvum_Iowa_II

Class II

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/amino acid sequences/Cparvum_asn_aa

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/nucleotide sequences/Cparvum_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  K  P  E  K  K  F  V  T  E  Y  S  V  T  G  R  L  R  I  A  S  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  G  E  D  G  G  V  S  Y  I  G  K  K  V  T  V  G  G  W  A  R  T  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  Q  C  S  D  T  L  L  F  I  S  L  N  D  G  S  T  S  S  N  L  Q  C  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  E  K  T  V  K  G  F  E  E  G  L  K  A  T  A  G  C  S  F  K  I  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  I  V  K  S  P  A  Q  G  Q  S  V  E  L  L  L  N  T  G  D  D  E  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  C  G  L  C  D  A  S  K  Y  P  L  A  K  K  H  H  S  K  E  F  L  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  A  H  L  R  P  R  S  Q  F  F  S  S  V  M  R  I  R  N  S  L  A  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  N  S  L  A  I  A 
------------------------------------------------ATCAGAAATTCTCTTGCTATTGCA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  H  E  Y  F  Q  K  N  G  F  M  Y  I  H  T  P  I  I  T  A  A  D  C  E 
 I  H  E  Y  F  Q  K  N  G  F  M  Y  I  H  T  P  I  I  T  -  -  -  -  - 
ATTCATGAATATTTCCAAAAGAACGGTTTTATGTACATTCACACTCCAATTATTACT---------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  A  G  E  M  F  Q  V  T  T  V  L  P  P  E  S  K  N  N  I  S  N  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  S  K  I  E  G  S  Q  D  M  A  V  D  Y  K  K  D  F  F  G  K  A  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y 
---------------------------------------------------------------------TAT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  T  V  S  G  Q  L  A  L  E  N  F  A  C  S  M  S  D  V  Y  T  F  G  P 
 L  T  V  S  G  Q  L  A  L  E  -  -  -  -  -  -  S  D  V  Y  T  F  G  P 
TTGACTGTTTCTGGACAACTTGCTTTAGAG------------------TCTGATGTTTATACATTTGGACCA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  F  R  A  E  N  S  H  T  T  R  H  L  A  E  F  W  M  I  E  P  E  M  A 
 T  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  E  F  W  M  I  E  P  E  M  A 
ACTTTCAGAGCG---------------------------GCTGAATTTTGGATGATCGAGCCTGAAATGGCA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  A  D  L  S  D  N  M  K  L  G  E  G  L  L  K  Y  T  V  E  Y  V  L  I 
 -  -  -  L  S  D  N  M  K  L  G  E  G  L  L  K  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CTTAGTGATAACATGAAACTTGGAGAAGGACTTCTTAAA------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  N  M  P  D  L  L  Y  L  D  K  N  I  E  N  G  L  V  E  R  L  K  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 C  K  E  E  F  A  R  I  S  Y  T  E  A  I  E  M  L  K  P  H  D  K  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  V  P  V  S  W  G  M  D  L  G  S  E  H  E  K  Y  I  T  D  V  L  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  P  C  I  I  Y  N  Y  P  K  D  I  K  S  F  Y  M  K  L  N  E  D  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  V  A  A  M  D  I  L  V  P  K  I  G  E  V  I  G  G  S  Q  R  E  D  D 
 -  -  -  A  M  D  I  L  V  -  -  -  -  E  V  I  G  G  S  Q  R  -  -  - 
---------GCAATGGATATCCTAGTC------------GAGGTTATCGGTGGTTCTCAGAGA---------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  E  K  L  E  N  A  I  K  S  R  N  M  D  P  A  P  Y  W  W  Y  N  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  K  Y  G  S  V  P  H  S  G  F  G  L  G  F  E  R  L  I  M  M  V  T  G 
 -  -  -  -  -  V  P  H  S  G  F  G  L  G  F  E  R  L  I  M  M  -  -  - 
---------------GTTCCACATTCAGGGTTTGGTTTAGGATTTGAAAGACTAATCATGATG---------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499
 V  E  N  V  R  D  V  I  P  F  P  R  Y  P  N  H  C  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

asn_euk_C_subellipsoidea

Class II

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/amino acid sequences/Csubellipsoidea_asn_aa

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/nucleotide sequences/Csubellipsoidea_asn_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 Q  V  G  Q  S  L  R  I  G  G  W  V  K  T  G  R  G  A  G  G  G  E  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  L  E  V  N  D  G  S  C  F  N  S  M  Q  V  A  E  A  V  G  G  F  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  T  P  S  G  T  S  V  L  L  E  G  Q  L  V  K  A  P  E  N  A  K  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  E  L  K  V  S  K  V  V  H  V  G  A  C  D  N  S  A  G  N  Y  A  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  K  K  M  T  M  E  F  L  R  G  L  M  H  L  R  P  R  T  N  T  I  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  A  R  I  R  N  A  L  A  V  A  T  H  D  F  F  Q  S  H  G  F  L  Y  V 
 -  -  -  I  R  N  A  L  A  V  A  T  H  D  F  F  Q  S  H  G  F  L  Y  V 
---------ATACGCAACGCGCTGGCGGTTGCGACGCACGATTTCTTCCAGTCACATGGCTTCCTGTACGTG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 H  T  P  L  I  T  C  S  D  C  E  G  A  G  E  I  N  C  G  A  Q  V  T  T 
 H  T  P  L  I  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACACGCCACTCATCACC------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  L  S  K  A  E  Q  A  D  K  E  P  K  V  T  E  E  E  V  Q  A  L  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  V  S  A  Q  G  Q  A  V  A  A  A  K  A  A  D  K  A  L  Q  K  A  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  E  V  N  K  L  Q  K  A  K  A  A  L  A  A  K  K  E  R  A  E  L  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  M  V  G  G  I  E  R  L  P  D  G  R  I  D  Y  T  G  D  F  F  A  R  P 
 -  -  -  -  G  .  E  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------GGC---GAG---------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  Y  L  T  V  S  G  Q  M  N  A  E  Y  Y  A  C  A  L  S  N  V  Y  T  F 
 .  .  .  .  .  S  G  Q  M  N  A  E  -  -  -  -  -  -  S  N  V  Y  T  F 
---------------TCCGGGCAGATGAATGCGGAG------------------TCCAACGTGTACACGTTC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  P  T  F  R  R  A  L  F  F  L  L  F  C  F  C  N  S  H  T  A  R  H  L 
 G  P  T  F  R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGGCCCACCTTCAGGCGC------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  E  F  W  M  I  E  P  E  M  A  F  A  D  L  E  D  D  M  R  C  A  E  D 
 A  E  F  W  M  I  E  P  E  M  A  -  -  -  L  E  D  D  M  R  C  A  E  D 
GCGGAGTTCTGGATGATTGAGCCGGAAATGGCC---------CTGGAGGATGACATGCGTTGCGCTGAGGAC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  V  Q  H  C  C  R  H  L  L  A  T  C  M  P  D  L  E  F  I  N  K  Q  V 
 Y  V  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACGTGCAG---------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  S  G  A  I  A  R  L  Q  Q  I  A  H  T  P  F  E  R  V  T  Y  T  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  E  I  L  E  E  V  V  K  S  K  K  K  K  F  E  F  P  V  E  W  G  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  A  S  E  H  E  R  Y  L  T  E  E  V  F  K  K  P  V  I  V  Y  N  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  A  I  K  A  F  Y  M  R  Q  N  D  D  G  K  T  V  A  A  M  D  V  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  M  D  V  L  V 
------------------------------------------------------GCCATGGACGTGCTGGTT

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  K  V  G  E  L  I  G  G  S  Q  R  E  D  R  L  E  V  L  E  A  R  L  K 
 -  -  -  -  E  L  I  G  G  S  Q  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GAGCTCATCGGGGGGTCCCAGAGG------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  A  G  M  P  L  E  P  Y  S  G  Y  L  D  L  R  R  Y  G  S  V  P  H  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  P  H  S 
------------------------------------------------------------GTGCCCCACTCC

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  F  G  L  G  F  E  R  L  I  L  L  A  T  G  M  D  N  I  R  E  V  I  P 
 G  F  G  L  G  F  E  R  L  I  L  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGATTTGGCCTGGGCTTTGAGCGCCTGATCCTGCTC------------------------------------

529530531532533534535536537538
 F  P  R  W  P  G  H  A  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

asp_arch_P_delaneyi

Class II

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_asp_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  I  S  L  R  S  R  I  H  V  A  E  L  L  S  K  G  E  V  G  K  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  V  A  G  W  V  D  T  V  R  A  H  G  G  I  V  F  V  V  L  R  D  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  K  I  Q  L  V  V  K  K  N  V  S  K  D  A  W  K  T  A  K  N  L  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  S  V  I  A  A  H  G  T  L  V  E  S  K  A  A  L  G  G  R  E  L  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  E  L  V  V  Y  S  K  A  D  P  L  P  I  D  I  K  D  H  S  K  T  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  K  R  L  D  W  R  F  L  D  L  R  N  P  R  N  L  L  I  F  L  V  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  E  A 
---------------------------------------------------------------GTCGAGGCA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  M  A  R  A  A  R  E  W  F  Y  E  H  G  F  V  E  I  F  T  S  K  I  V 
 E  M  A  R  A  A  R  E  W  F  Y  E  H  G  F  V  E  I  F  T  S  K  I  V 
GAGATGGCTAGAGCGGCCCGCGAGTGGTTCTATGAGCATGGGTTCGTAGAGATATTCACCTCAAAGATAGTA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  A  A  T  E  G  G  A  E  V  F  S  I  V  Y  F  D  K  P  A  F  L  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  A  Q 
------------------------------------------------------------TTCCTAGCACAA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  P  Q  L  Y  K  Q  M  G  V  I  A  G  F  E  R  V  F  E  I  G  P  A  F 
 S  P  Q  L  Y  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  E  R  V  F  E  I  G  P  A  F 
TCTCCACAGCTTTACAAGCAG---------------------GAACGCGTATTTGAGATAGGACCTGCATTC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  A  E  P  H  H  T  T  R  H  L  T  E  Y  T  S  V  D  L  E  M  G  F  I 
 R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  E  Y  T  S  V  D  L  E  M  G  -  - 
CGTGCA---------------------------ACAGAATATACAAGTGTTGACCTAGAGATGGGA------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  S  F  E  D  V  M  D  A  V  E  G  V  V  R  A  M  I  R  R  A  I  S  V 
 -  -  F  E  D  V  M  D  A  V  E  G  V  V  R  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------TTTGAGGATGTTATGGATGCTGTTGAGGGAGTAGTTCGT---------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  G  N  Q  I  R  E  Y  F  P  D  A  V  L  E  E  P  K  D  I  P  R  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  R  E  A  Y  K  L  L  E  S  A  G  V  E  V  E  W  G  D  D  L  S  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  E  R  K  L  G  E  I  I  E  R  E  Y  G  S  P  I  V  F  V  T  E  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 W  R  A  R  P  F  Y  T  M  K  K  P  D  D  P  E  W  T  L  S  F  D  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  F  D  L  L 
---------------------------------------------------------AGCTTCGACCTACTC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  R  G  L  E  I  A  T  G  G  Q  R  E  H  R  Y  E  V  L  V  K  Q  I  E 
 F  -  -  -  E  I  A  T  G  G  Q  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTC---------GAGATAGCTACTGGTGGTCAGCGT------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  K  G  L  N  P  K  N  F  E  W  Y  L  N  M  F  R  Y  G  A  P  P  H  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  G 
------------------------------------------------------------CCACCGCATGGA

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  A  G  I  G  L  E  R  V  A  M  Q  L  L  G  L  G  N  I  R  E  A  R  L 
 G  A  G  I  G  L  E  R  V  A  M  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGTGCAGGTATAGGCCTTGAGAGAGTTGCTATGCAG------------------------------------

433434435436437438439440441442
 L  P  R  D  P  E  R  L  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

asp_arch_T_volcanium

Class II

Archaea/Thermoplasma volcanium/amino acid sequences/Tvolcanium_asp_aa

Archaea/Thermoplasma volcanium/nucleotide sequences/Tvolcanium_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  R  V  Y  I  G  S  L  R  E  L  N  H  N  D  N  V  E  I  Y  G  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  D  L  K  L  L  K  N  V  S  F  L  I  M  R  D  R  T  G  T  V  Q  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  K  N  T  P  D  I  V  N  L  L  K  E  L  P  R  E  S  V  L  K  I  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  I  N  K  K  S  V  S  K  S  G  L  E  V  S  G  E  S  V  E  V  L  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  E  R  P  L  P  L  P  V  I  D  P  V  Q  A  D  L  E  T  R  L  N  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  I  D  L  R  K  R  D  V  S  S  I  F  N  A  E  S  S  I  L  W  G  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  E  S  S  I  L  W  G  I  R 
------------------------------------------GCAGAGAGTTCCATTCTCTGGGGTATAAGG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  F  L  H  S  Q  G  F  I  E  V  H  T  P  K  I  V  A  A  A  T  E  G  G 
 E  F  L  H  S  Q  G  F  I  E  V  H  T  P  K  I  V  -  -  -  -  -  -  - 
GAATTCCTACATTCACAGGGCTTCATAGAGGTCCACACCCCAAAAATAGTT---------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  D  L  F  P  V  K  Y  F  E  N  D  A  Y  L  N  Q  S  P  Q  L  Y  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  N  Q  S  P  Q  L  Y  K  E 
---------------------------------------TACCTTAATCAAAGCCCACAACTATACAAAGAA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  L  M  S  S  G  F  E  K  V  F  E  V  G  P  A  F  R  A  E  E  H  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  E  K  V  F  E  V  G  P  A  F  R  A  -  -  -  -  - 
---------------------GAGAAGGTGTTCGAAGTTGGCCCGGCATTTAGGGCC---------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  R  H  L  N  E  F  T  S  I  D  I  E  M  S  F  A  D  H  N  D  A  M  R 
 -  -  -  -  N  E  F  T  S  I  D  I  E  M  S  -  -  -  H  N  D  A  M  R 
------------AACGAATTCACATCTATTGATATAGAGATGAGC---------CATAACGACGCAATGCGT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  L  E  N  A  V  K  S  G  I  E  N  M  I  N  E  N  G  K  D  L  Q  E  N 
 I  L  E  N  A  V  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTCTAGAAAACGCTGTCAAA---------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  I  N  I  S  I  P  E  I  P  F  P  R  I  T  Y  K  E  C  I  K  L  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  E  G  L  E  F  Q  F  G  N  D  F  S  P  E  E  L  R  I  I  G  R  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  D  F  Y  F  I  T  E  W  P  S  S  L  R  P  F  Y  T  M  P  N  R  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  T  I  T  N  S  F  D  L  Q  Y  R  E  V  E  V  T  S  G  A  Q  R  V  H 
 -  -  -  -  -  S  F  D  L  Q  Y  -  -  -  E  V  T  S  G  A  Q  R  -  - 
---------------TCATTCGATCTGCAGTAC---------GAAGTTACTTCAGGCGCGCAAAGG------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  P  D  L  L  L  K  R  F  N  E  K  K  L  N  I  D  S  F  K  F  Y  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  F  K  Y  G  M  P  P  H  A  G  W  G  L  G  L  E  R  L  T  M  I  V  L 
 -  -  -  -  -  -  P  P  H  A  G  W  G  L  G  L  E  R  L  T  M  I  -  - 
------------------CCCCCACATGCTGGCTGGGGGCTCGGCCTTGAAAGACTCACCATGATT------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428
 G  L  N  N  I  R  E  T  T  L  F  P  R  D  R  T  R  I  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

asp_arch_S_acidocaldarius

Class II

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/amino acid sequences/Sacidocaldarius_asp_aa

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/nucleotide sequences/Sacidocaldarius_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  M  K  D  Y  Y  I  K  N  V  T  Q  D  L  D  G  K  E  V  T  L  A  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  H  N  I  R  D  L  G  G  K  K  F  L  L  L  R  D  K  T  G  I  G  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  V  D  K  S  S  P  S  F  Q  E  I  S  D  I  S  Q  E  S  V  I  M  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  V  V  K  A  D  N  R  A  P  N  G  V  E  V  H  A  K  E  I  K  I  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  A  K  S  P  L  P  L  D  V  S  G  K  V  K  A  D  I  D  T  R  L  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  V  L  D  L  R  R  Q  E  M  Q  S  I  L  K  I  Q  N  I  T  L  K  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Q  N  I  T  L  K  S  F 
---------------------------------------------ATACAAAATATTACTCTGAAATCGTTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  E  T  L  Y  K  E  G  F  V  E  V  F  T  P  K  I  I  A  S  A  T  E  G 
 R  E  T  L  Y  K  E  G  F  V  E  V  F  T  P  K  I  I  -  -  -  -  -  - 
AGAGAAACTTTATATAAAGAGGGTTTCGTGGAAGTATTTACACCGAAAATAATA------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  A  Q  L  F  S  V  I  Y  F  G  E  T  A  F  L  A  Q  S  P  Q  L  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  A  Q  S  P  Q  L  Y  K 
------------------------------------------TTTTTAGCTCAAAGTCCACAGTTATACAAA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  L  L  A  G  V  V  E  K  V  F  E  I  A  P  A  W  R  A  E  D  S  D  T 
 E  -  -  -  -  -  -  E  K  V  F  E  I  A  P  A  W  R  A  -  -  -  -  - 
GAG------------------GAAAAGGTGTTTGAGATTGCTCCTGCATGGAGAGCT---------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  Y  H  L  A  E  F  I  S  M  D  V  E  M  A  F  G  N  Y  E  D  T  M  K 
 -  -  -  -  A  E  F  I  S  M  D  V  E  M  A  -  -  -  Y  E  D  T  M  K 
------------GCAGAGTTCATAAGTATGGATGTAGAAATGGCA---------TATGAAGACACGATGAAA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  L  E  K  L  I  Y  N  I  V  N  S  V  K  S  E  A  S  D  E  L  K  I  L 
 L  L  E  K  L  I  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTCTAGAGAAACTAATTTAT---------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  H  N  L  P  D  V  K  I  P  I  K  R  L  T  Y  K  D  A  I  E  I  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  K  G  Y  N  I  K  F  G  D  D  I  G  T  P  E  S  R  V  L  Y  N  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  E  D  L  Y  F  I  T  D  W  P  T  L  S  R  P  F  Y  T  K  S  K  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  P  N  V  S  E  S  F  D  L  I  Y  R  W  L  E  I  A  S  G  S  T  R  N 
 -  -  -  -  -  -  S  F  D  L  I  Y  -  -  -  E  I  A  S  G  S  T  R  - 
------------------AGTTTTGATTTAATATAC---------GAGATAGCTTCAGGTAGCACCAGA---

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 H  K  R  E  V  L  E  D  S  L  R  K  R  G  L  K  P  E  N  F  E  F  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  W  F  D  Y  G  M  P  P  H  T  G  F  G  M  G  F  A  R  L  L  V  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  T  G  F  G  M  G  F  A  R  L  L  V  M  - 
---------------------CCTCCCCACACAGGATTTGGAATGGGTTTTGCTAGACTTTTAGTGATG---

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429
 T  G  I  H  N  V  K  E  I  V  P  F  P  R  D  K  K  R  L  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

asp_arch_M_kandleri

Class II

Archaea/Methanopyrus kandleri/amino acid sequences/Mkandleri_asp_aa

Archaea/Methanopyrus kandleri/nucleotide sequences/Mkandleri_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  K  D  A  Y  T  A  D  V  T  P  E  R  D  G  E  E  V  R  L  A  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  H  E  V  R  D  L  G  G  I  K  F  V  L  L  R  D  R  T  G  I  V  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  L  P  K  Q  K  V  P  K  E  T  F  E  K  V  P  K  L  T  K  E  S  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  V  E  G  T  V  Q  A  N  E  K  A  P  G  G  V  E  V  I  P  Q  R  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  L  S  E  S  D  T  H  L  P  L  D  P  T  G  K  V  D  A  D  L  D  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  D  A  R  V  L  D  L  R  R  E  E  P  Q  A  I  F  K  I  R  N  V  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  N  V  V  T 
------------------------------------------------------CTCGGACAGCAGGTCTAG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  A  I  R  E  F  L  E  E  R  G  F  I  E  V  H  T  P  K  I  I  A  S  A 
 T  A  I  R  E  F  L  E  E  R  G  F  I  E  V  H  T  P  K  I  I  -  -  - 
GGTCTCCTCGTACGTTATACGCTCGAACGGTGTCTCCAGCTCCGGTAGCTCCCGATCCAATGC---------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  E  G  G  T  E  L  F  P  V  V  Y  F  E  R  D  A  Y  L  A  Q  S  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  A  Q  S  P  Q 
---------------------------------------------------GAGTACCCGCATCACGTCCTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  Y  K  Q  M  L  M  A  A  G  F  E  R  V  Y  E  I  G  P  I  F  R  A  E 
 L  Y  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  E  R  V  Y  E  I  G  P  I  F  R  A  - 
CTCGCTCTCTAT---------------------GGAGATGGCCTCGTTGAGGTGTCGCCGCGTGTTGTG---

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  H  N  T  R  R  H  L  N  E  A  I  S  V  D  I  E  M  S  F  I  E  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  N  E  A  I  S  V  D  I  E  M  S  -  -  -  -  E 
------------------------CTCGTAAACGCGCTCGAAGCCCGCGGCCATGAG------------AAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  D  V  M  R  V  L  E  E  L  L  A  H  V  F  R  K  V  R  E  E  C  E  K 
 E  D  V  M  R  V  L  E  E  L  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTGTGGGCTCTGCGCCAGGTACGCATCCCTCTCGAA------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  L  E  A  L  D  R  E  L  P  E  L  E  T  P  F  E  R  I  T  Y  E  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  D  L  L  S  E  H  G  I  E  V  E  W  G  E  D  L  P  T  E  A  E  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  G  E  I  F  E  E  P  F  F  I  T  E  W  P  R  E  T  R  P  F  Y  T  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  K  D  D  E  V  T  T  A  F  D  L  M  Y  Q  G  L  E  L  A  S  G  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  A  F  D  L  M  Y  -  -  -  E  L  A  S  G  A  Q 
------------------------GACGCCTCCCGGAGCCTT---------CTGGACCGTACCCTCGACACG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  E  H  R  Y  D  V  L  V  R  Q  I  E  E  Q  G  L  S  P  E  D  F  R  H 
 R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAT---------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  L  E  A  F  K  Y  G  M  P  P  H  G  G  W  G  L  G  L  E  R  T  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  G  G  W  G  L  G  L  E  R  T  L  M 
---------------------------CAGGAGGACGAACTTGATCCCTCCTAGGTCCCTTACCTCGTGCAC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431
 T  I  T  G  A  E  N  I  R  E  V  T  L  F  P  R  D  R  K  R  L  H  P 
 T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCA------------------------------------------------------------------

asp_arch_M_hungatei

Class II

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_asp_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  V  P  I  N  T  I  T  P  D  T  P  S  A  E  V  I  G  W  A  H  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  D  L  G  G  L  A  F  L  L  I  R  D  R  T  G  I  I  Q  V  T  V  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  K  V  A  P  E  I  A  E  T  I  R  A  I  S  R  E  S  V  V  R  V  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  V  K  P  E  G  K  A  P  G  G  R  E  L  I  P  D  A  I  E  I  V  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  A  T  P  L  P  L  D  V  A  E  K  V  P  A  E  L  D  T  R  L  D  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  L  D  A  R  R  P  R  V  S  A  I  F  K  I  R  N  A  V  Q  H  A  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  N  A  V  Q  H  A  T  R 
------------------------------------------ATCCGAAACGCTGTTCAGCATGCAACACGG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  F  F  F  E  N  G  F  I  E  I  N  T  S  K  I  V  A  A  A  T  E  G  G 
 N  F  F  F  E  N  G  F  I  E  I  N  T  S  K  I  V  -  -  -  -  -  -  - 
AACTTTTTCTTTGAAAACGGGTTTATCGAGATTAATACCTCAAAGATCGTC---------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  E  L  F  P  I  A  Y  F  E  K  E  A  F  L  N  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  N  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q 
---------------------------------------TTCCTGAATCAGAGCCCGCAGCTCTACAAGCAG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  M  M  A  A  G  F  E  K  V  Y  E  I  G  P  I  F  R  A  E  E  H  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  E  K  V  Y  E  I  G  P  I  F  R  A  -  -  -  -  - 
---------------------GAGAAGGTCTATGAGATCGGTCCGATCTTCCGTGCT---------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  K  H  L  N  E  A  T  S  I  D  I  E  V  S  F  T  D  H  L  G  V  M  Q 
 -  -  -  -  N  E  A  T  S  I  D  I  E  V  S  -  -  -  H  L  G  V  M  Q 
------------AATGAGGCGACATCCATCGATATTGAAGTCTCA---------CATCTCGGGGTCATGCAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  L  E  D  L  I  R  D  I  Y  Q  F  V  D  K  T  C  S  D  A  I  A  D  L 
 T  L  E  D  L  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACGCTCGAAGATCTGATAAGG---------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  L  D  D  F  A  V  P  E  K  G  F  P  R  L  P  Y  S  E  A  I  E  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  A  T  C  E  E  D  I  A  Y  G  D  D  I  G  T  A  A  E  R  A  I  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  M  G  R  L  Y  F  I  V  D  W  P  S  S  I  R  P  Y  Y  A  M  P  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  D  P  E  I  C  K  A  F  D  M  M  H  P  R  M  E  L  S  S  G  A  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  A  F  D  M  M  H  -  -  -  E  L  S  S  G  A  Q  R 
---------------------GCCTTTGATATGATGCAC---------GAACTCTCATCCGGTGCCCAGCGG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  H  Q  H  D  L  L  V  E  Q  I  A  K  K  G  L  N  P  E  N  F  E  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  N  P  F  R  F  G  M  P  P  H  A  G  W  G  L  G  A  E  R  L  V  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  A  G  W  G  L  G  A  E  R  L  V  T  T 
------------------------CCGCCCCATGCGGGCTGGGGACTTGGTGCCGAGCGTCTCGTAACGACC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430
 M  L  G  L  P  N  V  R  E  A  V  L  F  P  R  D  R  H  R  V  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

asp_arch_A_fulgidus

Class II

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/amino acid sequences/asp_Arc_A_fulgidus

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/nucleotide sequences/Afulgidus_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  V  Y  T  A  D  V  K  P  E  M  E  G  Q  K  V  T  L  Y  G  W  V  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  V  R  D  L  G  G  L  V  F  I  L  L  R  D  R  E  G  I  V  Q  I  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  R  K  F  V  S  K  Q  V  F  K  L  A  K  K  I  R  R  E  S  V  I  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  G  E  V  R  R  E  E  K  A  P  G  G  V  E  I  I  P  E  S  I  E  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  E  A  D  A  P  L  P  L  E  V  T  E  K  V  P  A  E  L  D  T  R  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 H  R  F  M  D  L  R  R  P  R  V  Q  A  I  F  R  I  R  H  Q  V  M  Q  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  H  Q  V  M  Q  S 
------------------------------------------------ATAAGGCATCAGGTGATGCAGAGC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  R  E  F  L  S  E  E  G  F  I  E  V  H  T  P  K  I  V  S  T  A  T  E 
 V  R  E  F  L  S  E  E  G  F  I  E  V  H  T  P  K  I  V  -  -  -  -  - 
GTGAGAGAATTTCTGTCAGAGGAGGGTTTCATTGAAGTGCACACACCAAAGATTGTT---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  G  T  E  L  F  P  I  S  Y  F  E  K  E  A  F  L  N  Q  S  P  Q  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  N  Q  S  P  Q  L  Y 
---------------------------------------------TTCCTCAACCAGAGCCCCCAGCTATAC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  Q  V  L  M  A  A  G  F  E  K  V  F  E  I  G  P  I  F  R  A  E  E  H 
 K  Q  -  -  -  -  -  -  -  E  K  V  F  E  I  G  P  I  F  R  A  -  -  - 
AAGCAG---------------------GAGAAGGTCTTTGAAATTGGCCCGATTTTCAGGGCC---------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  T  T  R  H  L  N  E  A  I  S  I  D  I  E  M  S  F  T  D  H  N  G  V 
 -  -  -  -  -  -  N  E  A  I  S  I  D  I  E  M  S  -  -  -  H  N  G  V 
------------------AATGAAGCAATCTCCATCGACATTGAGATGAGC---------CACAACGGAGTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 M  D  V  L  E  R  L  V  Q  R  V  Y  E  D  V  A  E  K  C  E  R  Y  L  G 
 M  D  V  L  E  R  L  V  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGGACGTCCTTGAAAGGCTCGTTCAG---------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  L  E  V  S  L  E  I  P  E  L  P  F  P  R  I  T  Y  D  E  A  R  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  A  R  K  G  E  E  I  P  W  G  E  D  L  S  T  N  A  L  K  L  V  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  M  G  G  L  Y  F  I  T  D  W  P  T  E  S  K  P  F  Y  A  M  P  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  R  P  E  I  S  K  S  F  D  L  M  H  G  W  L  E  L  S  S  G  A  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  S  F  D  L  M  H  -  -  -  E  L  S  S  G  A  Q  R 
---------------------AGCTTCGACTTAATGCAC---------GAGCTTTCGAGCGGAGCCCAGAGA

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  H  L  Y  D  M  L  V  E  S  I  K  A  K  G  M  E  P  E  S  F  G  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  E  A  F  R  Y  G  M  P  P  H  A  G  W  G  L  G  A  E  R  L  I  M  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  A  G  W  G  L  G  A  E  R  L  I  M  S 
------------------------CCGCCCCATGCAGGCTGGGGACTTGGAGCTGAGAGGCTCATCATGTCC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430
 M  L  G  L  K  N  V  R  E  A  V  L  F  P  R  D  R  H  R  L  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

asp_arch_M_thermautotrophicus

Class II

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/amino acid sequences/Mthermautotrophicus_asp_aa

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/nucleotide sequences/Mthermautotrophicus_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  L  G  D  L  R  R  T  H  Y  S  K  D  I  E  P  E  M  D  G  D  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  V  M  G  W  V  H  E  I  R  D  L  G  G  I  I  F  V  L  L  R  D  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  L  I  Q  I  T  A  P  S  K  K  I  E  K  D  L  F  K  S  I  R  K  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  E  S  V  V  A  F  G  G  T  V  Q  E  S  G  K  A  P  G  G  F  E  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  S  F  L  K  V  L  N  I  S  K  Q  P  L  P  L  D  P  T  E  K  V  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  I  D  T  R  L  D  A  R  F  L  D  L  R  K  P  S  V  S  A  I  F  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I 
---------------------------------------------------------------------ATA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  S  R  M  L  H  S  V  R  V  F  L  E  E  Q  G  F  L  E  I  N  T  P  K 
 K  S  R  M  L  H  S  V  R  V  F  L  E  E  Q  G  F  L  E  I  N  T  P  K 
AAAAGCAGAATGCTGCATTCAGTCAGGGTATTCCTTGAAGAACAGGGATTCCTCGAGATAAACACCCCAAAG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  V  A  S  A  T  E  G  G  T  E  L  F  P  I  T  Y  F  E  R  E  A  F  L 
 L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L 
TTAGTT------------------------------------------------------------TTCCTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  I  M  M  S  T  G  L  D  R  V  Y  E  I  A  P 
 G  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  R  V  Y  E  I  A  P 
GGCCAGAGCCCACAGCTGTACAAGCAG---------------------GACCGTGTGTACGAAATCGCCCCA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  F  R  A  E  E  H  D  T  L  R  H  L  N  E  V  I  S  I  D  I  E  A  S 
 I  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  E  V  I  S  I  D  I  E  A  S 
ATATTCAGGGCA---------------------------AACGAGGTCATATCAATCGACATCGAGGCATCC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  V  D  H  E  D  V  M  K  I  L  E  N  L  V  V  R  V  I  E  D  V  N  E 
 -  -  -  H  E  D  V  M  K  I  L  E  N  L  V  V  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CACGAGGACGTGATGAAGATACTTGAAAACCTCGTGGTG------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  C  T  D  A  L  E  T  L  G  R  T  L  E  V  P  E  T  P  F  E  R  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  D  E  A  V  E  M  V  N  S  K  G  V  P  M  K  H  G  E  D  L  P  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  E  K  A  L  G  E  I  M  D  G  Y  Y  F  I  T  S  W  P  T  A  I  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  Y  V  M  P  D  E  D  D  P  E  R  S  H  A  F  D  L  M  Y  R  D  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  F  D  L  M  Y  -  -  -  E 
------------------------------------------GCATTTGACCTCATGTAC---------GAG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  S  S  G  A  M  R  V  H  Q  H  D  L  L  V  E  K  I  K  R  Q  G  L  N 
 I  S  S  G  A  M  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATATCCTCAGGGGCCATGAGG---------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  D  S  F  E  S  Y  L  S  A  F  E  Y  G  M  P  P  H  A  G  W  G  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  A  G  W  G  L  G 
---------------------------------------------CCACCCCACGCAGGATGGGGACTCGGT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  E  R  F  N  M  T  L  T  G  L  K  N  I  R  E  T  V  L  F  P  R  D  R 
 A  E  R  F  N  M  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCTGAGAGGTTCAACATGACC---------------------------------------------------

433434435436437
 R  R  L  T  P 
 -  -  -  -  - 
---------------

asp_arch_P_aerophilum

Class II

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_asp_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Y  P  K  K  T  H  W  T  A  E  I  T  P  N  L  H  G  T  E  V  V  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  W  V  W  E  L  R  D  I  G  R  V  K  F  V  V  V  R  D  R  E  G  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  V  T  L  K  A  G  K  T  P  D  H  L  F  K  V  F  A  E  L  S  R  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  V  V  I  K  G  I  V  E  A  S  K  I  A  K  S  G  V  E  I  F  P  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  W  I  L  N  K  A  K  P  L  P  I  D  I  W  S  E  T  P  D  L  A  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  K  W  R  S  V  D  L  K  R  P  R  N  L  V  V  F  T  V  A  S  A  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  A  S  A  M  L 
------------------------------------------------------TTGTCTAAGTCTGTCCAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  S  I  R  E  V  L  Y  G  E  G  F  V  E  V  F  T  P  K  I  I  V  T  S 
 R  S  I  R  E  V  L  Y  G  E  G  F  V  E  V  F  T  P  K  I  I  -  -  - 
CGCCTCGTCGTAATCAACTCTGGGAATATTGGACAACTCCATCAGCGCTTTAATACCCACTTC---------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  E  G  G  A  E  L  F  P  V  M  Y  F  E  R  V  A  Y  L  S  Q  S  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  S  Q  S  P  Q 
---------------------------------------------------GATGTCCATTATATCGTTGTA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  Y  K  E  Q  L  T  A  S  L  E  R  V  F  E  I  G  P  A  Y  R  A  E  K 
 L  Y  K  E  -  -  -  -  -  -  E  R  V  F  E  I  G  P  A  Y  R  A  -  - 
ATCCATAAATGC------------------AATGAATTCGTTGAGGTGATAGTCAGTGTTGTGTTT------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  N  T  D  Y  H  L  N  E  F  I  S  V  D  A  E  A  A  F  M  D  Y  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  N  E  F  I  S  V  D  A  E  A  A  -  -  -  Y  N  D 
---------------------AAAAACCCTCTCCAGCGAGGCTGTGAGCTGCTC---------CTGCGGACT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  M  D  I  L  E  K  I  M  R  R  L  A  S  T  V  S  E  Y  A  P  K  L  E 
 I  M  D  I  L  E  K  I  M  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTGGGAAAGGTAAGCTACTCTTTCGAAGTA------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  V  G  I  K  A  L  M  E  L  S  N  I  P  R  V  D  Y  D  E  A  V  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  R  Q  L  G  Y  A  V  N  W  G  D  D  F  T  V  E  M  Q  K  A  L  M  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  Y  G  P  V  Y  F  I  V  N  F  P  A  S  L  R  P  F  Y  T  K  R  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  E  K  S  E  S  Y  D  L  I  I  N  G  I  E  V  A  S  G  A  T  R  I  H 
 -  -  -  -  -  S  Y  D  L  I  I  -  -  -  E  V  A  S  G  A  T  R  -  - 
---------------ACTTTTGGCAATTTTACT---------AATGCCTTTAATTACCACGACGTC------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  R  D  E  L  E  E  E  M  K  K  R  G  L  D  P  R  L  F  E  S  H  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  F  D  Y  G  M  P  P  H  A  G  F  G  L  G  F  N  R  L  V  T  A  L  L 
 -  -  -  -  -  -  P  P  H  A  G  F  G  L  G  F  N  R  L  V  T  A  -  - 
------------------CACGAACTTCACTCTCCCAATGTCTCTCAACTCCCATACCCAACCGGC------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428
 G  L  D  N  V  R  H  A  T  L  Y  P  R  D  R  Y  R  V  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

asp_arch_T_acidophilum

Class II

Archaea/Thermoplasma acidophilum/amino acid sequences/Tacidophilum_asp_aa

Archaea/Thermoplasma acidophilum/nucleotide sequences/Tacidophilum_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  R  T  Y  I  D  T  L  R  D  H  E  D  G  A  K  V  V  V  Y  G  W  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  E  A  R  I  M  K  N  I  S  F  L  M  I  R  D  N  T  G  T  I  Q  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  K  N  D  E  A  T  L  D  I  I  K  R  I  N  R  E  S  I  V  R  V  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  V  N  K  K  S  I  S  K  A  G  I  E  I  S  G  T  S  I  S  I  V  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  E  A  P  L  P  L  P  V  V  D  P  V  Q  A  D  L  E  T  R  L  N  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  M  D  L  R  K  R  N  I  S  A  I  F  R  I  E  S  A  L  L  W  G  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  E  S  A  L  L  W  G  I  R 
------------------------------------------ATAGAAAGCGCACTTCTATGGGGCATAAGG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  Y  L  H  S  Q  K  F  I  E  V  H  T  P  K  I  V  A  A  A  T  E  G  G 
 Q  Y  L  H  S  Q  K  F  I  E  V  H  T  P  K  I  V  -  -  -  -  -  -  - 
CAGTATCTCCATAGCCAAAAGTTCATAGAGGTGCATACTCCGAAGATAGTG---------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  D  L  F  P  V  R  Y  F  E  K  D  A  Y  L  N  Q  S  P  Q  L  Y  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  N  Q  S  P  Q  L  Y  K  E 
---------------------------------------TACCTCAACCAGAGCCCACAGCTCTATAAAGAG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  L  M  S  A  G  F  D  R  V  F  E  V  G  P  A  F  R  A  E  E  H  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  D  R  V  F  E  V  G  P  A  F  R  A  -  -  -  -  - 
---------------------GACCGAGTATTTGAAGTTGGCCCGGCATTTCGCGCC---------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  R  H  L  N  E  F  T  S  I  D  I  E  M  S  F  A  D  H  N  D  A  M  A 
 -  -  -  -  N  E  F  T  S  I  D  I  E  M  S  -  -  -  H  N  D  A  M  A 
------------AATGAATTCACCTCCATAGATATAGAGATGAGC---------CATAATGATGCTATGGCT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 M  L  E  N  A  I  R  S  G  I  E  N  A  V  R  E  N  A  E  D  F  E  S  L 
 M  L  E  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGCTGGAGAAT------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  I  S  I  S  V  P  E  T  P  F  P  R  I  T  Y  E  Q  C  I  D  L  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  D  G  I  D  F  T  F  G  D  D  F  S  P  D  Q  L  R  T  I  G  S  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  G  F  Y  F  I  T  E  W  P  S  S  V  R  P  F  Y  T  M  P  K  S  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  R  L  T  N  S  F  D  L  Q  Y  R  E  I  E  V  T  S  G  A  Q  R  V  H 
 -  -  -  -  -  S  F  D  L  Q  Y  -  -  -  E  V  T  S  G  A  Q  R  -  - 
---------------TCATTCGATCTGCAATAT---------GAAGTTACCTCAGGGGCACAGAGG------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  P  K  M  L  I  Q  R  F  N  E  K  K  L  D  V  K  S  F  Q  F  Y  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  F  K  Y  G  M  P  P  H  A  G  W  G  L  G  L  E  R  L  T  M  I  L  L 
 -  -  -  -  -  -  P  P  H  A  G  W  G  L  G  L  E  R  L  T  M  I  -  - 
------------------CCCCCACATGCTGGTTGGGGGCTTGGCCTTGAACGCCTAACCATGATT------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428
 G  L  N  N  I  R  E  T  T  L  F  P  R  D  R  T  R  I  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

asp_arch_N_equitans

Class II

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_asp_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  L  Y  L  M  Q  I  K  G  W  V  H  K  V  R  D  L  G  K  I  K  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  I  R  D  G  Y  K  I  M  Q  A  V  I  K  K  G  E  S  P  D  Y  L  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  D  I  P  I  E  S  A  V  E  I  E  G  E  E  R  E  T  N  G  K  K  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  V  K  D  L  K  I  L  A  K  A  E  P  L  P  I  D  P  K  K  A  T  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  R  F  D  Y  R  I  I  D  L  K  L  P  E  R  Q  T  L  F  R  L  R  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  A  K 
------------------------------------------------------------TTAAGGGCCAAA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  Q  K  F  F  R  D  W  F  M  E  N  G  F  V  E  I  N  T  P  K  I  V  I 
 V  Q  K  F  F  R  D  W  F  M  E  N  G  F  V  E  I  N  T  P  K  I  V  - 
GTACAAAAATTCTTTAGAGATTGGTTTATGGAAAATGGTTTTGTCGAAATAAATACTCCTAAAATAGTT---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  G  A  E  S  G  A  E  V  F  P  V  L  Y  F  G  K  E  A  Y  L  T  Q  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  T  Q  S 
---------------------------------------------------------TATTTAACACAATCT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  Q  L  Y  K  Q  M  M  V  S  V  F  P  K  V  F  E  I  A  F  A  Y  R  A 
 P  Q  L  Y  K  Q  -  -  -  -  -  -  P  K  V  F  E  I  A  F  A  Y  R  A 
CCCCAATTGTATAAACAA------------------CCAAAGGTATTCGAAATTGCTTTCGCTTATAGGGCA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  P  S  R  T  S  R  H  L  A  E  F  T  S  V  D  A  E  M  G  F  I  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  E  F  T  S  V  D  A  E  M  G  -  -  -  - 
---------------------------GCAGAATTCACTTCTGTAGATGCTGAAATGGGA------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  Y  D  V  I  N  T  I  K  K  M  L  I  D  V  S  E  K  A  M  Q  T  K  E 
 E  Y  D  V  I  N  T  I  K  K  M  L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAATATGATGTTATTAATACAATAAAGAAAATGTTAATC---------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  E  E  L  A  K  P  I  D  L  G  F  E  I  I  T  F  D  E  A  K  E  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  G  N  P  N  E  D  L  T  T  E  E  E  R  K  L  G  E  H  F  M  E  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  S  F  V  A  V  T  K  Y  P  W  S  E  R  P  F  Y  T  M  R  L  D  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  S  Y  T  R  G  F  D  I  I  F  R  G  L  E  I  I  S  G  A  Q  R  E  H 
 -  -  -  -  -  G  F  D  I  I  F  -  -  -  E  I  I  S  G  A  Q  R  -  - 
---------------GGTTTTGATATTATATTT---------GAAATAATAAGTGGGGCACAAAGA------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  Y  E  K  L  L  E  N  I  K  E  K  G  I  D  P  N  K  L  E  Y  Y  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  F  K  Y  G  M  P  P  H  G  G  F  G  L  G  L  E  R  Y  L  R  Q  L  L 
 -  -  -  -  -  -  P  P  H  G  G  F  G  L  G  L  E  R  Y  L  R  Q  -  - 
------------------CCCCCTCATGGGGGATTTGGATTGGGATTAGAGAGGTATTTAAGACAA------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404
 G  L  D  D  V  R  E  V  I  L  F  Y  R  D  I  D  R  L  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

asp_arch_M_aeolicus_Nankai

Class II

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/amino acid sequences/MaeolicusNankai_asp_aa

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/nucleotide sequences/MaeolicusNankai_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Y  A  L  G  D  W  R  R  T  H  Y  S  S  E  V  N  S  E  M  D  G  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  I  I  M  G  W  N  H  S  I  R  K  L  G  K  L  V  F  I  I  L  R  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  G  T  I  Q  I  V  A  P  K  Q  K  V  S  E  E  T  F  A  T  A  K  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  K  E  D  V  M  A  I  K  G  K  V  V  A  N  E  K  A  P  A  G  F  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  P  I  E  I  K  I  L  N  K  A  D  T  P  L  P  L  D  P  S  E  K  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  D  I  D  T  R  L  D  K  R  F  L  D  L  R  R  P  K  I  Q  S  L  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  R  S  E  V  L  K  S  I  R  N  T  F  H  D  N  G  F  I  D  V  D  T  P 
 L  R  S  E  V  L  K  S  I  R  N  T  F  H  D  N  G  F  I  D  V  D  T  P 
TTAAGGTCTGAGGTATTAAAATCTATTAGAAATACTTTTCATGACAACGGATTTATTGATGTAGATACCCCA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  L  V  A  S  A  T  E  G  G  T  E  L  F  P  I  S  Y  F  D  K  E  A  F 
 K  L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F 
AAACTTGTA------------------------------------------------------------TTT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  G  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  M  M  M  A  A  G  F  D  R  V  F  E  I  G 
 L  G  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  R  V  F  E  I  G 
TTAGGACAAAGCCCACAGTTATATAAACAA---------------------GACAGAGTATTTGAAATTGGA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  I  F  R  A  E  E  H  N  T  R  R  H  L  N  E  A  I  S  I  D  C  E  M 
 P  I  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  E  A  I  S  I  D  C  E  M 
CCAATATTTAGGGCA---------------------------AATGAGGCAATCTCAATTGACTGTGAAATG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  F  A  D  E  K  D  A  M  E  I  L  E  K  V  I  N  N  A  F  T  D  I  Y 
 S  -  -  -  E  K  D  A  M  E  I  L  E  K  V  I  N  -  -  -  -  -  -  - 
TCA---------GAAAAAGATGCTATGGAAATACTTGAAAAGGTTATTAAT---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 N  N  N  Q  K  E  L  Q  T  L  G  I  D  L  K  V  Q  E  T  P  F  P  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  Y  T  E  A  V  D  M  V  N  A  K  G  V  E  M  E  W  G  E  D  F  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  A  E  A  A  L  G  E  M  M  D  G  F  Y  F  I  T  D  W  P  T  E  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  F  Y  T  L  P  N  E  D  N  P  K  L  C  K  A  F  D  L  M  Y  K  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  F  D  L  M  Y  -  -  - 
---------------------------------------------GCTTTTGACTTAATGTAT---------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  I  S  S  G  A  Q  R  N  H  K  Y  D  L  L  V  E  G  I  K  R  M  G  L 
 E  I  S  S  G  A  Q  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAATATCCTCAGGAGCTCAAAGA------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  P  E  G  F  G  T  Y  L  E  A  F  K  Y  G  M  P  P  H  S  G  W  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  S  G  W  G  V 
------------------------------------------------CCCCCACACTCTGGTTGGGGAGTA

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  I  E  R  L  M  M  I  M  A  C  Q  Q  N  I  R  E  C  V  L  F  P  R  D 
 G  I  E  R  L  M  M  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGTATTGAAAGACTTATGATGATT------------------------------------------------

433434435436437438
 R  Q  R  L  T  P 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

asp_arch_M_acetivorans

Class II

Archaea/Methanosarcina acetivorans/amino acid sequences/Methanosarcina_acetivorans_asp_aa

Archaea/Methanosarcina acetivorans/nucleotide sequences/Methanosarcina_acetivorans_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  L  A  N  L  R  T  H  Y  T  A  E  V  K  P  E  S  V  D  N  G  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  T  L  A  G  W  I  H  E  V  R  D  L  G  G  I  C  F  V  V  L  R  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  G  K  A  Q  V  T  L  V  K  K  K  I  D  K  E  L  F  D  A  A  R  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  R  E  S  V  I  S  V  T  G  S  V  K  F  E  E  K  A  P  N  G  Y  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  P  E  E  I  K  V  L  N  V  A  G  S  P  L  P  M  D  T  T  G  K  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  E  L  D  T  R  L  D  S  R  F  I  D  L  R  R  A  E  T  T  A  V  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  R  H  E  A  L  Q  A  I  R  E  Y  F  V  K  N  K  F  I  E  T  A  T  P 
 I  R  H  E  A  L  Q  A  I  R  E  Y  F  V  K  N  K  F  I  E  T  A  T  P 
ACAACGGCTGTTTACTATCTCGATTACCTCGTCATATGTAAGTTTCAGGAAAGGAGTCTTCGGAACTTTCAA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  V  V  A  T  A  T  E  G  G  T  A  L  F  P  I  T  Y  F  D  R  E  A  F 
 K  V  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F 
CTCAACCCC------------------------------------------------------------GTT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  N  Q  S  P  Q  L  F  K  Q  I  L  M  G  G  G  F  D  R  V  F  E  I  G 
 L  N  Q  S  P  Q  L  F  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  R  V  F  E  I  G 
TTCCAGAATTTCCATTACATCAAAGTGGTC---------------------GATAGAAGTGGCTTCGTTTAA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  I  F  R  A  E  E  H  D  T  R  R  H  L  N  E  A  T  S  I  D  V  E  V 
 P  I  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  E  A  T  S  I  D  V  E  V 
GTGCCTGCGGGTATC---------------------------GATTTCAAAGACCCTGTCAAAACCGCCGCC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  F  A  D  H  F  D  V  M  E  I  L  E  N  L  V  A  H  I  Y  T  R  V  I 
 S  -  -  -  H  F  D  V  M  E  I  L  E  N  L  V  A  -  -  -  -  -  -  - 
CAT---------TTTGAAGAGCTGGGGGCTCTGGTTAAGGAAAGCTTCCCT---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  N  C  K  A  S  L  E  I  L  G  V  E  L  K  V  P  K  T  P  F  L  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  Y  D  E  V  I  E  I  V  N  S  R  C  E  E  K  M  H  W  G  D  D  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  L  G  E  H  T  V  G  N  Y  V  Y  E  T  T  G  E  S  H  Y  F  I  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 W  P  T  E  I  K  P  F  Y  A  M  P  Y  E  D  R  P  E  F  S  K  S  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  F  D 
---------------------------------------------------------------TTCTTCGAA

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 M  M  H  R  T  M  E  L  S  S  G  A  Q  R  I  H  I  S  E  L  L  K  S  R 
 M  M  H  -  -  -  E  L  S  S  G  A  Q  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTGACAGA---------GGAAATCACGGACTCGCGGATGAG------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  E  S  Q  G  L  N  P  D  G  F  E  F  Y  L  K  A  F  E  Y  G  M  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P 
------------------------------------------------------------------CCCTCC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 H  A  G  W  G  M  G  C  E  R  F  V  M  T  M  L  G  T  E  N  I  R  D  T 
 H  A  G  W  G  M  G  C  E  R  F  V  M  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGGTCTCTGACCTCATGGATCCAGCCTGCAAGGGTAATTTT------------------------------

433434435436437438439440441442443444
 V  L  F  P  R  D  R  R  R  L  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

asp_arch_P_horikoshii

Class II

Archaea/Pyrococcus horikoshii/amino acid sequences/Phorikoshii_asp_aa

Archaea/Pyrococcus horikoshii/nucleotide sequences/Phorikoshii_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  R  T  H  Y  S  N  E  I  T  E  E  L  N  G  K  R  V  K  V  A  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  Q  E  V  K  D  L  G  G  I  K  F  I  W  I  R  D  R  E  G  I  V  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  A  P  K  K  K  V  S  Q  E  I  F  K  L  I  P  K  L  N  S  E  D  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  V  E  G  I  V  N  F  T  P  K  A  K  L  G  F  E  V  I  P  E  K  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  I  S  R  A  K  T  P  L  P  L  D  P  T  G  K  V  K  A  E  L  D  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  D  N  R  F  M  D  L  R  N  P  K  V  M  A  I  F  K  I  R  S  S  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  S  S  V  F 
------------------------------------------------------CCAGGGAATTTCTTTTCC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  A  V  R  E  F  F  Y  S  E  G  F  I  E  I  H  T  P  K  I  I  A  T  A 
 R  A  V  R  E  F  F  Y  S  E  G  F  I  E  I  H  T  P  K  I  I  -  -  - 
TAAATCGCTGAGGATCTCCAGGGCTTTGTCATAAGTTATCCTGGGGAAGGGTCTTTTAGGCTC---------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  E  G  G  T  E  L  F  P  L  K  Y  F  E  R  D  A  F  L  A  Q  S  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  A  Q  S  P  Q 
---------------------------------------------------GACGTATGAGATCAACCTCTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  Y  K  Q  M  M  M  A  T  G  L  D  K  V  F  E  I  A  P  I  F  R  A  E 
 L  Y  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  K  V  F  E  I  A  P  I  F  R  A  - 
AAGGAGATCCAT---------------------AAATGCCATCTCGGCATCTATGCTCCACGCTTCGTT---

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  H  N  T  T  R  H  L  N  E  A  W  S  I  D  A  E  M  A  F  I  E  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  N  E  A  W  S  I  D  A  E  M  A  -  -  -  -  E 
------------------------GGCCCTAAATATTGGAGCTATCTCAAAGACCTT------------GGC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  E  V  M  D  L  L  E  R  L  I  S  Y  V  I  N  Y  V  R  E  H  N  E  K 
 G  E  V  M  D  L  L  E  R  L  I  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATCATCATCTGCTTGTAAAGCTGGGGAGATTGGGC------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  L  K  T  L  E  F  E  L  N  E  P  K  R  P  F  P  R  I  T  Y  D  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  E  I  L  S  D  L  G  K  E  I  P  W  G  E  D  I  D  T  E  G  E  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  G  K  Y  M  A  E  N  E  G  A  D  L  Y  F  I  Y  R  Y  P  S  E  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  F  Y  I  M  K  Y  D  E  K  P  E  V  C  R  A  F  D  L  E  Y  R  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  F  D  L  E  Y  -  -  - 
---------------------------------------------AAATCCAAGCTTTGCTTT---------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  I  S  S  G  G  Q  R  E  H  R  H  D  V  L  L  E  Q  I  K  E  K  G  L 
 E  I  S  S  G  G  Q  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTTTACAATACCCTCAACGACTAT------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  P  K  S  F  E  F  Y  L  K  A  F  E  Y  G  M  P  P  H  G  G  F  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  G  G  F  G  L 
------------------------------------------------AATCCAGATGAACTTTATACCTCC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  A  E  R  L  I  M  R  M  L  D  I  G  N  I  R  E  V  I  L  F  P  R  D 
 G  A  E  R  L  I  M  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAAATCCTTAACCTCCTGCACCCA------------------------------------------------

433434435436437438
 R  R  R  L  V  P 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

asp_bact_R_marinus

Class II

Archaea/Rhodothermus marinus/amino acid sequences/Rmarinus_asp_aa

Archaea/Rhodothermus marinus/nucleotide sequences/Rmarinus_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  D  Q  H  G  H  T  L  G  R  D  L  H  G  P  R  T  H  T  C  G  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  R  A  H  V  G  Q  E  V  V  L  K  G  W  V  D  T  R  R  D  L  G  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  F  I  D  L  R  D  R  Y  G  L  T  Q  I  V  F  S  P  Q  D  N  E  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  R  L  A  D  R  L  R  S  E  Y  V  I  S  V  R  G  V  V  R  E  R  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  T  V  N  P  R  L  A  T  G  E  V  E  V  R  A  H  D  L  I  I  L  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  E  P  L  P  F  P  V  S  A  H  E  E  K  R  T  T  T  S  E  E  L  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  Y  R  Y  L  D  L  R  R  P  E  L  Q  R  N  L  L  L  R  H  Q  V  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  H  Q  V  Y  L 
---------------------------------------------------CTGCGCCACCAGGTCTATCTG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  T  R  R  Y  F  D  A  H  Q  F  V  E  V  E  T  P  V  L  T  K  S  T  P 
 I  T  R  R  Y  F  D  A  H  Q  F  V  E  V  E  T  P  V  L  T  -  -  -  - 
ATCACCCGACGCTACTTCGACGCGCATCAGTTCGTCGAAGTCGAAACGCCCGTGCTGACC------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  G  A  R  D  F  L  V  P  S  R  L  H  P  G  K  F  Y  A  L  P  Q  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  P  Q  S  P 
------------------------------------------------------GCGCTGCCCCAGTCGCCG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  L  Y  K  Q  I  L  M  V  A  G  L  D  R  Y  F  Q  I  V  K  C  F  R  D 
 Q  L  Y  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  R  Y  F  Q  I  V  K  C  F  R  D 
CAGCTCTACAAACAG---------------------GATCGCTACTTCCAGATCGTCAAGTGCTTCCGCGAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  D  L  R  A  D  R  Q  P  E  F  T  Q  I  D  V  E  M  T  F  P  T  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  Q  I  D  V  E  M  T  -  -  -  E  E 
------------------------CCGGAATTCACCCAGATCGATGTGGAGATGACC---------GAGGAG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Q  I  F  E  L  I  E  G  L  I  Q  A  I  W  R  E  T  L  G  V  E  L  P  R 
 Q  I  F  E  L  I  E  G  L  I  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGATTTTTGAACTCATCGAAGGGCTTATCCAG---------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  F  P  R  M  S  Y  D  E  A  L  R  R  F  G  S  D  K  P  D  T  R  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  E  L  Q  E  I  G  E  V  F  R  G  S  G  F  R  V  F  E  S  V  L  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  G  E  I  V  A  L  V  V  P  G  M  G  D  Q  G  R  G  Y  M  D  R  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  D  V  V  R  K  Q  I  G  A  G  G  L  V  Y  F  K  L  P  S  D  G  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  Y  S  S  V  K  E  H  V  L  P  S  A  Y  V  Q  R  A  V  A  K  L  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  A  G  D  L  V  L  L  L  A  G  P  R  P  Q  V  Y  L  Q  A  G  A  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  H  M  A  R  E  L  N  L  I  P  P  A  G  Q  A  P  W  H  F  L  W  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  F  P  L  L  E  W  D  E  E  A  G  R  Y  F  A  M  H  H  P  F  T  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 H  P  D  D  L  D  L  L  E  T  D  P  G  R  V  R  A  R  A  Y  D  L  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y  D  L  V  L 
------------------------------------------------------GCCTACGACCTGGTGCTG

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 N  G  N  E  I  G  G  G  S  I  R  I  H  R  Q  D  I  Q  R  R  M  F  R  V 
 -  -  -  E  I  G  G  G  S  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GAGATCGGCGGCGGCTCGATCCGT---------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  G  I  D  Q  E  E  A  E  R  R  F  G  F  L  L  T  A  F  R  Y  G  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P 
---------------------------------------------------------------------CCG

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 P  H  G  G  I  A  L  G  L  D  R  I  V  M  L  L  A  G  A  G  S  L  R  D 
 P  H  G  G  I  A  L  G  L  D  R  I  V  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCACACGGCGGCATCGCGCTGGGCCTGGACCGCATCGTGATGCTG---------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 V  I  A  F  P  K  T  Q  R  G  Q  E  L  M  S  N  A  P  D  E  V  S  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619
 Q  L  E  E  L  H  I  R  V  V  L  P  E  T  E  A  S  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

asp_arch_S_marinus

Class II

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_asp_aa

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  I  C  G  W  I  I  R  L  K  I  V  G  K  V  V  I  I  E  V  S  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  S  V  K  P  Y  V  L  V  L  K  K  N  R  E  P  E  L  Y  E  E  A  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  S  V  G  T  A  L  C  F  E  G  E  K  S  P  V  Q  K  S  K  R  G  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  I  V  K  K  L  K  I  Y  S  K  P  L  E  P  L  P  V  D  T  V  G  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  A  L  L  D  T  R  I  K  Y  R  Y  L  L  V  R  N  P  V  E  K  A  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  I  R  A  G  I  I  E  A  A  R  Q  Y  F  N  N  N  G  F  I  E  I  H  T 
 -  I  R  A  G  I  I  E  A  A  R  Q  Y  F  N  N  N  G  F  I  E  I  H  T 
---ATTAGAGCAGGAATTATTGAAGCAGCTAGACAATACTTTAACAATAATGGATTCATAGAGATACACACA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  K  I  V  A  A  G  A  E  G  G  A  T  L  F  P  V  Q  Y  F  E  N  K  A 
 P  K  I  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCTAAAATAGTA------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  L  S  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  M  L  I  A  G  F  P  R  V  F  E  I  T 
 Y  L  S  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  -  -  -  -  -  -  P  R  V  F  E  I  T 
TATCTTAGTCAGAGCCCACAATTATATAAACAA------------------CCAAGAGTATTTGAGATAACA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  Y  F  R  A  E  K  F  N  T  T  R  H  L  N  E  S  W  G  I  D  A  E  Q 
 P  Y  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  E  S  W  G  I  D  A  E  Q 
CCTTATTTTAGGGCA---------------------------AATGAATCATGGGGTATTGATGCCGAGCAA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  F  I  D  S  V  E  D  V  L  N  T  L  E  D  L  I  V  Y  I  N  N  Y  I 
 G  -  -  -  -  V  E  D  V  L  N  T  L  E  D  L  I  V  -  -  -  -  -  - 
GGA------------GTTGAAGATGTACTAAATACTCTTGAGGACCTCATAGTA------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  K  N  Y  V  E  E  Q  E  T  L  G  I  E  I  E  K  L  D  K  P  F  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  K  F  E  E  A  I  D  L  L  R  S  E  G  L  E  V  S  E  G  E  D  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  A  A  E  K  K  L  G  E  I  M  E  E  K  G  Y  K  I  Y  F  I  I  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  W  Q  A  T  G  F  Y  Y  M  R  E  E  D  G  Y  H  T  R  K  F  D  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  D  L  D 
---------------------------------------------------------AAATTTGATCTAGAC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  K  G  L  E  I  A  S  G  G  Q  R  E  H  R  Y  D  K  L  V  S  A  L  K 
 Y  -  -  -  E  I  A  S  G  G  Q  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAT---------GAAATAGCTAGTGGTGGTCAGAGA------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  K  G  L  N  P  E  D  F  A  F  Y  L  E  A  F  K  Y  G  M  P  P  H  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  G 
------------------------------------------------------------CCTCCGCATGGT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  F  G  L  G  I  E  R  L  M  M  K  M  L  G  L  E  N  I  R  E  A  I  L 
 G  F  G  L  G  I  E  R  L  M  M  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGTTTTGGATTGGGTATTGAGCGTTTAATGATGAAA------------------------------------

409410411412413414415416417418
 F  V  R  D  R  T  R  L  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

asp_arch_M_jannaschii

Class II

Archaea/Methanococcus jannaschii/amino acid sequences/Mjannaschii_asp_aa

Archaea/Methanococcus jannaschii/nucleotide sequences/Mjannaschii_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  N  K  M  K  W  R  R  T  H  Y  S  A  D  I  K  P  E  M  D  G  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  I  I  M  G  W  V  H  S  I  R  A  L  G  K  I  I  F  V  I  L  R  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  G  T  V  Q  I  V  A  P  K  Q  K  V  G  D  E  L  F  S  Q  I  K  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  A  E  D  V  I  A  V  K  G  K  V  I  A  N  E  K  A  P  N  G  F  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  P  L  E  L  E  V  I  N  T  A  K  R  P  L  P  L  D  P  A  E  K  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  E  L  D  T  R  L  E  N  R  F  L  D  L  R  R  P  K  V  Q  A  I  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  R  S  E  M  L  K  S  V  R  N  T  L  Y  N  E  G  F  I  E  V  N  T  P 
 I  R  S  E  M  L  K  S  V  R  N  T  L  Y  N  E  G  F  I  E  V  N  T  P 
ATTAGAAGTGAAATGCTAAAATCTGTAAGAAACACACTCTATAATGAGGGCTTTATTGAGGTAAATACACCA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  L  V  A  S  C  T  E  G  G  T  E  L  F  P  I  S  Y  F  E  R  E  A  F 
 K  L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F 
AAATTGGTA------------------------------------------------------------TTT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  G  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  M  L  M  A  T  G  L  D  R  V  F  E  I  A 
 L  G  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  R  V  F  E  I  A 
TTAGGGCAGAGTCCTCAGTTGTATAAGCAG---------------------GATAGAGTTTTTGAAATAGCT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  I  F  R  A  E  E  H  N  T  R  R  H  L  N  E  A  T  S  I  D  I  E  M 
 P  I  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  E  A  T  S  I  D  I  E  M 
CCAATATTTAGGGCT---------------------------AATGAAGCTACATCAATAGACATTGAAATG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  F  A  D  D  K  D  A  M  D  I  L  E  K  V  V  Y  N  A  F  V  D  V  Y 
 A  -  -  -  D  K  D  A  M  D  I  L  E  K  V  V  Y  -  -  -  -  -  -  - 
GCA---------GATAAGGATGCTATGGATATATTGGAGAAAGTTGTTTAT---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  N  R  K  K  E  I  E  T  L  G  I  E  F  E  L  P  P  E  K  F  D  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  Y  D  E  A  I  D  I  A  N  A  K  G  V  E  I  S  W  G  E  D  L  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  A  E  K  A  I  G  E  E  M  E  G  L  Y  F  I  T  D  W  P  S  E  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  F  Y  T  M  P  D  E  K  N  P  N  I  C  K  A  F  D  L  M  Y  K  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  F  D  L  M  Y  -  -  - 
---------------------------------------------GCATTTGATTTAATGTAT---------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  I  S  S  G  A  Q  R  I  H  L  Y  D  L  L  V  E  N  I  K  K  K  G  L 
 E  I  S  S  G  A  Q  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGATTTCTTCAGGAGCTCAAAGG------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  P  D  G  F  T  Y  Y  L  E  A  F  K  Y  G  M  P  P  H  A  G  W  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  A  G  W  G  L 
------------------------------------------------CCTCCACATGCAGGATGGGGATTA

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  A  D  R  F  T  M  V  L  T  Q  Q  E  N  I  R  E  C  V  L  F  P  R  D 
 G  A  D  R  F  T  M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGAGCGGATAGATTTACCATGGTA------------------------------------------------

433434435436437438
 R  Q  R  L  T  P 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

asp_arch_Halobacterium

Class II

Archaea/Halobacterium sp./amino acid sequences/Halobacterium_asp_aa

Archaea/Halobacterium sp./nucleotide sequences/Halobacterium_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  E  R  T  Y  I  D  D  V  S  P  D  D  D  G  S  E  T  T  I  A  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  H  E  L  R  D  L  G  G  I  L  F  V  V  V  R  D  R  T  G  L  L  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  V  K  E  D  D  T  P  E  V  F  E  R  A  E  A  L  S  S  E  D  I  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  R  G  T  L  E  A  T  D  Q  A  P  G  G  V  E  L  A  P  E  E  L  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  S  E  A  S  G  D  L  S  I  E  I  S  K  D  V  D  A  D  L  S  T  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  E  R  H  L  D  V  R  K  P  E  S  R  A  V  F  S  L  R  S  K  A  M  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  S  K  A  M  G 
---------------------------------------------------CTGCGCTCGAAAGCGATGGGC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  M  R  S  W  F  Y  D  N  E  F  E  E  V  D  T  P  E  L  S  T  A  G  A 
 A  M  R  S  W  F  Y  D  N  E  F  E  E  V  D  T  P  E  L  S  -  -  -  - 
GCGATGCGGTCGTGGTTCTACGACAACGAGTTCGAGGAGGTCGACACGCCGGAACTGTCG------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  G  G  A  D  L  F  P  V  V  Y  Y  D  Q  E  A  Y  L  S  Q  S  P  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  S  Q  S  P  Q  L 
------------------------------------------------TACCTCTCCCAGAGCCCGCAACTG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  K  Q  I  L  V  A  S  G  F  D  R  L  F  E  V  G  H  A  F  R  A  E  D 
 Y  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  R  L  F  E  V  G  H  A  F  R  A  -  - 
TACAAGCAG---------------------GACCGCCTCTTCGAGGTCGGGCACGCGTTCCGCGCG------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  G  T  S  R  H  V  S  E  I  A  M  F  D  V  E  L  G  Y  V  E  D  H  H 
 -  -  -  -  -  -  -  S  E  I  A  M  F  D  V  E  L  G  -  -  -  -  H  H 
---------------------TCCGAGATCGCGATGTTCGACGTCGAACTCGGC------------CACCAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  V  M  D  V  Q  E  E  S  L  R  H  T  I  E  A  V  V  E  R  A  G  R  E 
 D  V  M  D  V  Q  E  E  S  L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACGTGATGGACGTCCAGGAGGAGTCCCTGCGG---------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  D  V  L  D  A  D  L  A  V  P  E  E  D  F  P  R  V  T  F  E  E  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  I  L  R  E  E  Y  D  H  V  P  E  D  D  T  D  L  D  T  K  G  E  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  G  E  Y  F  E  E  R  G  H  P  A  V  F  V  V  G  Y  P  D  E  K  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  M  Q  G  V  P  G  D  D  V  A  S  R  K  F  D  L  L  Y  R  G  Q  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  D  L  L  Y  -  -  -  E  L 
---------------------------------------AAGTTCGACCTGCTGTAC---------GAACTC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  S  G  G  Q  R  E  H  D  V  D  R  L  R  E  T  M  T  A  Q  G  V  D  P 
 S  S  G  G  Q  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCCTCGGGCGGCCAGCGT------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  N  F  E  F  Y  L  D  A  F  R  Y  G  V  P  P  H  G  G  Y  G  L  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  G  G  Y  G  L  G  I 
------------------------------------------CCGCCCCACGGGGGGTACGGCCTGGGTATC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  R  L  I  Q  Q  L  A  G  V  D  N  V  K  E  A  I  L  F  P  R  D  P  D 
 D  R  L  I  Q  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACCGCCTCATCCAGCAG------------------------------------------------------

433434435436
 R  L  E  P 
 -  -  -  - 
------------

asp_bact_C_aggregans

Class II

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_asp_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Y  R  S  H  T  C  G  E  L  R  P  A  H  A  G  Q  E  V  T  L  A  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  H  R  R  R  D  H  G  D  L  I  F  I  D  L  R  D  R  Y  G  I  T  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  F  N  S  A  N  A  A  A  H  A  V  A  E  T  V  R  S  E  Y  V  L  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  G  K  V  R  I  R  P  A  E  A  V  N  P  D  I  A  T  G  E  I  E  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  F  E  A  Q  V  L  N  P  A  R  T  P  P  I  Y  I  A  K  E  A  G  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  S  V  R  L  K  Y  R  Y  L  D  L  R  R  E  R  M  Q  R  N  L  I  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R 
------------------------------------------------------------------TTACGC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 H  R  V  V  K  F  I  R  D  F  L  D  A  E  G  F  I  E  I  E  T  P  I  L 
 H  R  V  V  K  F  I  R  D  F  L  D  A  E  G  F  I  E  I  E  T  P  I  L 
CATCGCGTGGTCAAGTTTATTCGCGACTTTCTCGATGCCGAGGGTTTTATCGAGATCGAAACACCGATTTTG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  K  S  T  P  E  G  A  R  D  Y  L  V  P  S  R  L  H  P  G  K  F  Y  A 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A 
ATC------------------------------------------------------------------GCC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  P  Q  S  P  Q  Q  L  K  Q  L  L  M  V  A  G  Y  D  K  Y  F  Q  I  A 
 L  P  Q  S  P  Q  Q  L  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  K  Y  F  Q  I  A 
TTGCCGCAAAGTCCACAGCAACTCAAGCAG---------------------GATAAATACTTTCAGATTGCC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  C  F  R  D  E  D  Q  R  A  D  R  Q  P  E  F  T  Q  L  D  M  E  M  S 
 R  C  F  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  Q  L  D  M  E  M  S 
CGCTGTTTTCGTGAT------------------------CCCGAATTTACCCAACTTGATATGGAGATGAGC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  V  D  Q  E  D  V  I  N  L  I  E  R  L  F  T  E  L  C  R  T  V  T  P 
 -  -  -  Q  E  D  V  I  N  L  I  E  R  L  F  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CAAGAGGATGTAATCAATCTGATCGAACGGCTCTTCACC------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  K  R  L  L  T  P  F  R  R  L  T  Y  A  E  A  M  E  R  Y  G  S  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  D  L  R  Y  D  L  E  L  V  N  L  S  D  V  L  A  E  T  P  F  Q  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  S  V  L  A  V  G  G  Q  V  K  G  I  R  V  P  G  C  G  H  F  S  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  I  D  E  L  T  E  V  A  R  S  G  G  A  K  G  L  A  W  A  V  V  P  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  G  G  D  V  R  S  S  F  A  K  N  L  A  P  G  E  F  D  A  L  A  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 M  G  A  Q  P  G  D  L  L  L  I  V  A  D  R  P  V  V  V  A  A  S  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  L  R  R  K  L  A  D  L  L  Q  L  A  D  P  D  T  L  C  F  A  W  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  F  P  L  V  E  W  N  E  E  E  Q  R  W  D  A  V  H  H  P  F  T  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  D  E  D  L  H  L  L  A  T  D  P  G  K  V  R  A  K  A  Y  D  L  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y  D  L  I  L 
------------------------------------------------------GCTTACGATCTTATTCTC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 N  G  Y  E  A  G  G  G  S  I  R  I  H  R  R  D  V  Q  Q  Q  V  F  S  L 
 -  -  -  E  A  G  G  G  S  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GAAGCCGGTGGTGGTAGTATTCGT---------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  G  I  G  E  E  K  A  Q  A  Q  F  G  H  M  L  E  A  F  E  Y  G  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P 
---------------------------------------------------------------------CCG

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  H  G  G  I  A  P  G  I  D  R  L  V  M  I  L  A  D  E  P  T  I  R  E 
 P  H  G  G  I  A  P  G  I  D  R  L  V  M  I  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCCCACGGTGGAATTGCGCCCGGCATCGATCGGTTGGTGATGATC---------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  M  A  F  P  K  T  Q  Q  A  V  D  L  M  T  N  A  P  S  P  V  D  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588
 Q  L  K  E  L  H  I  R  I  V  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

asp_bact_C_jejuni

Class II

Bacteria/Campylobacter jejuni/amino acid sequences/Cjejuni_asp_aa

Bacteria/Campylobacter jejuni/nucleotide sequences/Cjejuni_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  S  H  Y  N  T  D  L  G  I  S  H  V  G  Q  S  V  K  L  C  G  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  S  Y  R  D  H  G  G  V  I  F  I  D  L  R  D  R  S  G  I  I  Q  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 C  D  P  N  D  S  K  E  A  H  E  I  A  S  N  A  R  N  E  F  V  L  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  G  T  I  R  P  R  G  E  G  L  V  N  P  K  L  K  T  G  E  I  E  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  S  K  L  T  I  E  N  E  S  A  V  P  P  F  A  I  A  D  E  S  V  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  L  R  L  K  Y  R  F  L  D  L  R  N  P  K  L  Y  E  N  F  A  L  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  S 
---------------------------------------------------------------ATAACTTCC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  A  C  I  A  A  R  N  S  L  A  N  M  G  F  L  E  V  E  T  P  I  L  T 
 K  A  C  I  A  A  R  N  S  L  A  N  M  G  F  L  E  V  E  T  P  I  L  T 
GTCATCATTTTGCTCAAACATAGGAAAATCAACAACCCATAAGAATTCCAAGGCATTTGGATCTATAAGTTT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  A  T  P  E  G  A  R  D  Y  L  V  P  S  R  V  H  Q  G  E  F  Y  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L 
------------------------------------------------------------------ACCGAA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  Q  S  P  Q  L  F  K  Q  L  L  M  C  S  G  F  D  R  Y  F  Q  I  A  K 
 P  Q  S  P  Q  L  F  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  R  Y  F  Q  I  A  K 
AAATACCACATCTCCTACTTCAAGCTC---------------------TAAATCTTCTTCGCTAAAGAATTT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 C  F  R  D  E  D  L  R  A  D  R  Q  P  E  F  T  Q  I  D  V  E  M  S  F 
 C  F  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  Q  I  D  V  E  M  S  - 
ACAAAGTGGACC------------------------TATGAAAGCTAAGCCTTGGGCGCCAAATTTACG---

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 C  E  Q  K  D  V  I  K  V  A  E  T  F  L  K  D  I  F  K  A  C  G  K  E 
 -  -  Q  K  D  V  I  K  V  A  E  T  F  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------TTCAAATCTTTGCATTTGTCTTTTTGAAAAAATAGTATC---------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  Q  T  P  F  R  Q  M  Q  Y  K  D  A  M  E  N  Y  G  S  D  K  P  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  F  D  L  K  F  I  D  V  I  D  I  F  T  K  S  N  N  E  I  F  A  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  K  D  T  K  K  N  R  I  K  A  I  R  V  P  K  G  D  T  I  F  S  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  M  Q  R  F  E  E  F  V  R  K  F  G  A  Q  G  L  A  F  I  Q  V  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  G  L  K  G  P  L  C  K  F  F  S  E  E  D  L  N  E  L  S  K  R  C  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  E  V  G  D  V  V  F  F  G  A  G  A  K  K  T  V  L  D  Y  M  G  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  I  F  L  A  N  E  L  K  L  I  D  P  N  A  L  E  F  L  W  V  V  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  M  F  E  Q  N  D  D  G  S  Y  S  A  M  H  H  P  F  T  M  P  K  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  E  T  D  L  E  E  I  S  S  I  A  Y  D  V  V  L  N  G  V  E  L  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y  D  V  V  L  -  -  -  E  L  G  G 
---------------------------------ACTTTCATCAGCGATAGC---------TACGGCACTTTC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  S  I  R  I  H  K  N  D  I  Q  Q  K  V  F  K  L  L  N  I  D  E  E  Q 
 G  S  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTTTCTATGGT------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Q  K  E  K  F  G  F  L  L  D  A  L  S  F  G  A  P  P  H  G  G  I  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  G  G  I  A  I 
------------------------------------------------TGCATTGGAAGCGATTTCATGAGC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  L  D  R  L  I  M  L  V  T  G  A  N  S  I  R  E  V  I  A  F  P  K  T 
 G  L  D  R  L  I  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCTTTACTATCATTTGGATCGCA------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Q  R  A  Q  C  L  M  T  D  A  P  S  P  A  S  N  E  A  M  R  E  L  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583
 K  L  R  E  N  I  K 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

asp_bact_B_thailandensis

Class II

Bacteria/Burkholderia thailandensis/amino acid sequences/Bthailandensis_asp_aa

Bacteria/Burkholderia thailandensis/nucleotide sequences/Bthailandensis_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  M  R  T  E  Y  C  G  L  V  T  E  H  L  L  G  Q  T  V  S  L  C  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  V  Q  R  R  R  D  H  G  G  V  I  F  I  D  L  R  D  R  E  G  L  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  V  C  D  P  D  R  A  E  M  F  A  T  A  E  G  V  R  N  E  F  C  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  K  G  L  V  R  N  R  P  E  G  T  V  N  A  G  L  K  S  G  K  I  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  C  H  E  L  T  V  L  N  A  S  V  T  P  P  F  Q  L  D  D  D  N  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  T  T  R  L  T  H  R  V  L  D  L  R  R  P  Q  M  Q  H  N  L  R  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R 
------------------------------------------------------------------CTGCGC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  R  V  A  I  E  A  R  K  Y  L  D  E  Q  G  F  I  D  I  E  T  P  M  L 
 Y  R  V  A  I  E  A  R  K  Y  L  D  E  Q  G  F  I  D  I  E  T  P  M  L 
TACCGCGTCGCGATCGAGGCGCGCAAGTATCTCGACGAGCAGGGTTTCATCGACATCGAAACGCCGATGCTG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  K  S  T  P  E  G  A  R  D  Y  L  V  P  S  R  V  N  A  G  Q  F  F  A 
 T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A 
ACG------------------------------------------------------------------GCG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  P  Q  S  P  Q  L  F  K  Q  L  L  M  V  A  N  F  D  R  Y  Y  Q  I  T 
 L  P  Q  S  P  Q  L  F  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  R  Y  Y  Q  I  T 
CTGCCGCAGTCGCCGCAGCTGTTCAAGCAG---------------------GACCGTTACTACCAGATCACG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  C  F  R  D  E  D  L  R  A  D  R  Q  P  E  F  T  Q  I  D  C  E  T  S 
 K  C  F  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  Q  I  D  C  E  T  S 
AAGTGCTTCCGCGAC------------------------CCGGAATTCACGCAGATCGACTGCGAGACGTCG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  L  G  E  Q  E  I  R  D  L  F  E  D  M  I  R  H  I  F  K  T  T  I  D 
 -  -  -  E  Q  E  I  R  D  L  F  E  D  M  I  R  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GAGCAGGAAATTCGCGATCTGTTCGAGGACATGATCCGT------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  E  L  D  A  K  F  P  V  M  P  Y  S  E  A  M  A  R  F  G  S  D  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  L  R  V  K  L  E  F  T  E  L  T  D  A  M  K  D  V  D  F  K  V  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  P  A  N  T  K  D  G  R  V  A  A  L  R  V  P  K  G  A  E  L  T  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  I  D  G  Y  T  E  F  V  R  I  Y  G  A  K  G  L  A  W  I  K  V  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  A  K  G  R  D  G  L  Q  S  P  I  V  K  N  L  H  D  A  S  I  A  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  E  R  T  G  A  Q  D  G  D  I  V  F  F  A  A  D  R  A  K  V  V  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  L  G  A  L  R  L  K  I  G  H  S  E  F  G  K  A  N  G  L  V  E  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 W  K  P  L  W  V  V  D  F  P  M  F  E  Y  D  D  E  E  A  R  Y  V  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 H  H  P  F  T  S  P  K  D  E  H  L  E  Y  L  E  T  D  P  G  R  C  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  A  Y  D  M  V  L  N  G  W  E  I  G  G  G  S  V  R  I  H  R  E  E  V 
 -  A  Y  D  M  V  L  -  -  -  E  I  G  G  G  S  V  R  -  -  -  -  -  - 
---GCGTACGACATGGTGCTG---------GAAATCGGCGGCGGCTCGGTGCGT------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Q  S  K  V  F  R  A  L  K  I  G  P  E  E  A  Q  A  K  F  G  F  L  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  L  Q  Y  G  A  P  P  H  G  G  I  A  F  G  L  D  R  I  V  T  M  M  A 
 -  -  -  -  -  -  P  P  H  G  G  I  A  F  G  L  D  R  I  V  T  M  -  - 
------------------CCGCCGCACGGCGGCATCGCGTTCGGCCTCGATCGCATCGTCACGATG------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 G  A  D  S  I  R  D  V  I  A  F  P  K  T  Q  R  A  Q  C  L  L  T  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 P  S  P  V  D  E  R  Q  L  R  E  L  H  I  R  L  R  Q  P  E  Q  P  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

asp_bact_S_elongatus

Class II

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_asp_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  T  H  Y  C  G  E  L  R  A  E  Q  V  G  T  S  V  T  L  Y  G  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  R  R  R  D  H  G  G  V  I  F  V  D  L  R  D  R  T  G  T  V  Q  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  D  P  E  R  T  P  E  S  Y  H  Q  A  E  G  L  R  N  E  Y  V  V  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  G  R  V  S  G  R  P  A  E  S  L  N  P  K  L  P  T  G  E  V  E  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  D  R  I  E  I  L  N  A  V  R  R  Q  L  P  F  Q  V  S  S  A  D  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  V  R  E  D  L  R  L  R  Y  R  Y  L  D  L  R  R  D  R  M  N  R  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  L  R  H  Q  V  V  K  A  I  R  R  F  L  E  D  E  E  Q  F  I  E  I  E 
 -  L  R  H  Q  V  V  K  A  I  R  R  F  L  E  .  E  E  Q  F  I  E  I  E 
---CTGCGTCACCAAGTCGTCAAGGCGATTCGCCGCTTCTTGGAA---GAAGAACAATTTATCGAGATTGAA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  P  V  L  T  K  S  T  P  E  G  A  R  D  Y  L  V  P  S  R  V  N  P  G 
 T  P  V  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACACCCGTCCTGACC---------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  W  F  A  L  P  Q  S  P  Q  L  F  K  Q  L  L  M  V  S  G  F  D  R  Y 
 -  -  -  A  L  P  Q  S  P  Q  L  F  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  R  Y 
---------GCCCTGCCGCAATCACCGCAGCTGTTTAAGCAA---------------------GATCGCTAC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  Q  I  A  R  C  F  R  D  E  D  L  R  A  D  R  Q  P  E  F  T  Q  L  D 
 Y  Q  I  A  R  C  F  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  Q  L  D 
TACCAAATTGCCCGCTGCTTCCGCGAT------------------------CCGGAATTTACCCAGCTCGAT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 M  E  M  S  F  L  S  Q  E  E  I  I  D  L  N  E  R  L  I  A  H  I  F  K 
 M  E  M  S  -  -  -  Q  E  E  I  I  D  L  N  E  R  L  I  A  -  -  -  - 
ATGGAAATGAGC---------CAGGAAGAAATCATCGACCTGAACGAGCGGCTGATTGCT------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  V  K  G  I  E  L  P  R  P  F  P  R  L  T  Y  A  E  A  M  D  R  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  D  R  P  D  T  R  F  G  L  E  L  V  D  V  S  D  V  V  A  D  M  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  V  F  S  G  A  V  K  S  G  G  K  V  K  I  L  P  I  P  D  G  N  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  S  N  V  R  I  K  P  G  G  D  I  F  K  E  A  T  E  A  G  A  A  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  Y  I  R  V  R  E  N  G  E  I  D  T  I  G  A  I  K  D  N  L  S  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Q  K  A  E  I  L  R  R  T  Q  A  Q  P  G  T  L  L  L  F  G  A  G  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  I  V  N  K  S  L  D  R  V  R  Q  F  L  G  K  E  L  G  L  I  D  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  L  N  L  L  W  V  V  D  F  P  M  V  E  W  N  A  D  E  K  R  Y  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  H  H  P  F  T  A  P  N  P  Q  D  L  E  D  L  T  T  A  R  A  Q  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y 
------------------------------------------------------------------GCCTAC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 D  I  V  L  N  G  L  E  I  G  G  G  S  L  R  I  Y  Q  R  D  I  Q  E  R 
 D  I  V  L  -  -  -  E  I  G  G  G  S  L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACATCGTCCTC---------GAAATTGGCGGCGGTAGTCTGCGG---------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  F  E  T  I  G  L  S  H  E  E  A  Q  A  K  F  G  F  L  L  E  A  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 F  G  T  P  P  H  G  G  I  A  Y  G  L  D  R  L  V  M  L  L  T  G  E  E 
 -  -  -  P  P  H  G  G  I  A  Y  G  L  D  R  L  V  M  L  -  -  -  -  - 
---------CCACCCCACGGCGGCATCGCCTACGGTCTCGATCGCCTTGTGATGTTG---------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 S  I  R  D  A  I  A  F  P  K  T  Q  Q  A  R  C  L  L  T  E  A  P  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599
 V  S  D  R  Q  L  K  E  L  Y  V  A  S  T  W  Q  P  P  I  K  E  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

asp_bact_B_fragilis

Class II

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_asp_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  F  R  T  H  T  C  G  E  L  R  I  S  D  V  N  K  Q  V  K  L  S  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  Q  R  S  R  K  M  G  G  M  T  F  V  D  L  R  D  R  Y  G  I  T  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  F  N  E  E  I  D  A  E  L  C  E  R  A  N  K  L  G  R  E  F  V  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  V  G  T  V  N  E  R  F  S  K  N  S  H  I  P  T  G  D  I  E  I  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  E  L  N  I  L  N  S  A  I  T  P  P  F  T  I  E  D  N  T  D  G  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  I  R  M  K  Y  R  Y  L  D  L  R  R  S  A  V  R  S  N  L  E  L  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  H 
---------------------------------------------------------------TTACGTCAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  M  T  I  E  V  R  S  Y  L  D  K  L  G  F  L  E  V  E  T  P  V  L  I 
 K  M  T  I  E  V  R  S  Y  L  D  K  L  G  F  L  E  V  E  T  P  V  L  I 
AAAATGACGATCGAGGTTCGCAGTTATCTCGATAAACTGGGTTTCTTGGAAGTGGAAACTCCGGTATTGATC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  S  T  P  E  G  A  R  D  F  V  V  P  S  R  M  N  P  G  Q  F  Y  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L 
------------------------------------------------------------------GCATTA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  Q  S  P  Q  T  L  K  Q  L  L  M  V  S  G  F  D  R  Y  F  Q  I  A  K 
 P  Q  S  P  Q  T  L  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  R  Y  F  Q  I  A  K 
CCGCAATCTCCGCAGACACTGAAACAG---------------------GATCGTTATTTCCAGATAGCCAAA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 C  F  R  D  E  D  L  R  A  D  R  Q  P  E  F  T  Q  I  D  C  E  M  S  F 
 C  F  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  Q  I  D  C  E  M  S  - 
TGTTTCCGTGAC------------------------CCTGAGTTCACTCAGATTGACTGCGAAATGAGT---

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  E  Q  E  D  V  I  T  T  F  E  G  M  A  K  H  L  F  K  V  I  R  N  I 
 -  -  Q  E  D  V  I  T  T  F  E  G  M  A  K  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CAGGAAGATGTGATTACTACATTTGAAGGAATGGCCAAA---------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  L  T  E  P  F  P  R  M  P  W  S  E  A  M  R  L  Y  G  S  D  K  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  R  F  G  M  Q  F  V  E  L  M  D  I  L  K  G  H  G  F  S  V  F  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  T  Y  I  G  G  I  C  A  E  G  A  A  G  Y  T  R  K  Q  L  D  A  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  F  V  K  K  P  Q  I  G  A  K  G  M  V  Y  A  R  I  E  A  D  G  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  S  S  V  D  K  F  Y  T  Q  E  V  L  Q  Q  L  K  E  A  F  G  A  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  D  L  I  L  I  L  S  G  D  D  A  M  K  T  R  K  Q  L  C  E  L  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  M  G  N  Q  L  G  L  R  D  K  N  T  F  A  C  L  W  V  V  D  F  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  E  W  S  E  E  E  G  R  L  M  A  M  H  H  P  F  T  S  P  K  P  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  H  L  L  D  T  N  P  A  A  V  R  A  N  A  Y  D  M  V  I  N  G  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y  D  M  V  I  -  -  -  E 
------------------------------------------GCTTACGATATGGTAATC---------GAA

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  G  G  G  S  I  R  I  H  D  S  Q  L  Q  N  K  M  F  E  L  L  G  F  T 
 V  G  G  G  S  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTAGGAGGGGGATCAATCCGT---------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  E  R  A  Q  E  Q  F  G  F  L  M  N  A  F  K  F  G  A  P  P  H  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  G  G 
---------------------------------------------------------CCTCCTCATGGCGGA

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  A  Y  G  L  D  R  W  V  S  L  F  A  G  L  D  S  I  R  D  C  I  A  F 
 L  A  Y  G  L  D  R  W  V  S  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTGGCTTACGGATTAGATCGTTGGGTATCTCTT---------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 P  K  N  N  S  G  R  D  V  M  L  D  A  P  A  A  L  D  P  S  Q  L  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585
 L  N  L  I  V  D  I  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

asp_bact_G_stearothermophilus

Class II

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/amino acid sequences/Gstearothermophilus_asp_aa

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/nucleotide sequences/Gstearothermophilus_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  R  T  Y  Y  C  G  E  V  P  E  T  A  V  G  E  R  V  I  L  K  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  Q  K  R  R  D  L  G  G  L  I  F  I  D  L  R  D  R  T  G  I  V  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  A  S  P  D  V  S  A  E  A  L  A  A  A  E  R  V  R  S  E  Y  V  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  E  G  T  V  V  A  R  A  P  E  T  V  N  P  N  I  A  T  G  R  I  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  A  E  R  I  D  I  I  N  E  A  K  T  P  P  F  A  I  S  D  D  T  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  E  D  V  R  L  K  Y  R  Y  L  D  L  R  R  P  V  M  F  Q  T  L  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
---------------------------------------------------------------------CTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  H  K  V  T  K  A  V  R  D  F  L  D  S  E  R  F  L  E  I  E  T  P  M 
 R  H  K  V  T  K  A  V  R  D  F  L  D  S  E  R  F  L  E  I  E  T  P  M 
CGCCATAAAGTGACGAAAGCGGTGCGCGACTTTTTGGATAGCGAACGCTTTTTGGAAATTGAAACGCCGATG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  T  K  S  T  P  E  G  A  R  D  Y  L  V  P  S  R  V  H  P  G  E  F  Y 
 L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTGACG------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  L  P  Q  S  P  Q  I  F  K  Q  L  L  M  V  G  G  V  E  R  Y  Y  Q  I 
 A  L  P  Q  S  P  Q  I  F  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  E  R  Y  Y  Q  I 
GCCTTGCCGCAGTCGCCGCAAATTTTTAAGCAG---------------------GAACGGTACTACCAAATC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  R  C  F  R  D  E  D  L  R  A  D  R  Q  P  E  F  T  Q  I  D  I  E  M 
 A  R  C  F  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  Q  I  D  I  E  M 
GCCCGTTGCTTCCGTGAC------------------------CCGGAATTTACGCAAATCGACATCGAAATG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  F  I  E  Q  K  D  I  M  D  L  T  E  R  M  M  A  A  V  V  K  A  A  K 
 S  -  -  -  Q  K  D  I  M  D  L  T  E  R  M  M  A  -  -  -  -  -  -  - 
TCG---------CAAAAGGATATTATGGATTTAACCGAACGGATGATGGCT---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  I  D  I  P  R  P  F  P  R  I  T  Y  D  E  A  M  S  R  Y  G  S  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  D  I  R  F  G  L  E  L  V  D  V  S  E  I  V  R  N  S  A  F  Q  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  R  A  V  K  E  G  G  Q  V  K  A  I  N  A  K  G  A  A  P  R  Y  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  D  I  D  A  L  G  E  F  A  A  R  Y  G  A  K  G  L  A  W  L  K  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  D  E  L  K  G  P  I  A  K  F  F  T  A  D  E  Q  T  A  L  R  Q  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  V  D  D  G  D  L  L  L  F  V  A  D  R  P  A  V  V  A  A  A  L  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  R  L  K  L  G  K  E  L  G  L  I  D  E  T  R  L  A  F  L  W  V  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 W  P  L  L  E  Y  D  E  E  E  G  R  Y  Y  A  A  H  H  P  F  T  M  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  D  D  I  P  L  L  E  T  N  P  G  A  V  R  A  Q  A  Y  D  L  V  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y  D  L  V  L  - 
---------------------------------------------------GCGTACGATTTAGTGTTA---

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  Y  E  L  G  G  G  S  L  R  I  F  E  R  D  V  Q  E  K  M  F  Q  A  L 
 -  -  E  L  G  G  G  S  L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GAGCTCGGCGGCGGTTCGCTCCGC------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  F  S  K  E  E  A  R  R  Q  F  G  F  L  L  E  A  F  E  Y  G  T  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P 
------------------------------------------------------------------CCGCCG

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 H  G  G  I  A  L  G  L  D  R  L  V  M  L  L  A  G  R  T  N  L  R  D  T 
 H  G  G  I  A  L  G  L  D  R  L  V  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATGGCGGCATCGCCCTCGGCCTCGACCGGCTCGTCATGCTG------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  A  F  P  K  T  A  S  A  S  C  L  L  T  E  A  P  G  P  V  S  E  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590
 L  E  E  L  H  L  A  V  V  L  P  R  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

asp_bact_H_aurantiacus

Class II

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/amino acid sequences/Haurantiacus_asp_aa

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/nucleotide sequences/Haurantiacus_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  R  T  H  T  C  G  E  L  R  R  D  H  I  D  Q  T  V  T  L  A  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  H  R  R  R  D  H  G  T  V  L  F  L  D  L  R  D  R  Y  G  L  T  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  V  D  P  S  S  N  P  E  A  R  A  M  L  D  S  I  K  N  E  Y  V  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  T  G  R  V  R  S  R  L  E  G  A  E  N  A  N  L  A  T  G  A  I  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  V  Q  S  A  K  I  L  N  T  A  K  T  P  P  I  L  V  N  R  D  G  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  E  A  L  R  L  K  Y  R  Y  I  E  L  R  R  E  R  Q  Q  H  I  L  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
---------------------------------------------------------------------TGG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  H  R  T  I  K  F  M  R  D  W  M  D  R  E  G  F  W  E  I  E  T  P  I 
 R  H  R  T  I  K  F  M  R  D  W  M  D  R  E  G  F  W  E  I  E  T  P  I 
ATGGTGAGCGGCATCCCATTCGCCACTTTCGGCATTGTATTCAAACATTGGGAAGTCGATTACCCAGGCAAA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  M  K  S  T  P  E  G  A  R  D  Y  L  V  P  S  R  L  H  P  G  E  F  Y 
 L  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGCAT------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  L  P  Q  S  P  Q  Q  L  K  Q  L  L  M  V  S  G  I  D  K  Y  F  Q  I 
 A  L  P  Q  S  P  Q  Q  L  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  K  Y  F  Q  I 
TACCACTGCTGGTTTGTCGGCAACATAGACAAT---------------------CGTTGCACTCTTTAATTG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  R  C  M  R  D  E  D  L  R  A  D  R  Q  P  E  F  T  Q  L  D  I  E  M 
 A  R  C  M  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  Q  L  D  I  E  M 
ATCAAGTTGGGCTTGCTC------------------------CACGCTGCCATCAGCTTCGATCGCCATCCA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  F  V  E  Q  D  D  V  L  D  V  V  E  R  L  M  T  E  L  V  A  N  V  T 
 S  -  -  -  Q  D  D  V  L  D  V  V  E  R  L  M  T  -  -  -  -  -  -  - 
AGC---------GGCTCCACCAATTTTGGCAACTTCTTGCAGATCGTCGAT---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  H  K  R  L  V  S  P  F  P  R  L  T  Y  A  D  A  I  E  Y  Y  G  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  P  D  L  R  Y  D  L  K  F  V  N  V  G  E  I  V  K  D  S  Q  F  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  T  G  A  L  S  S  G  G  K  V  Q  A  I  R  L  P  G  C  G  S  Y  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  Q  I  D  D  L  Q  E  V  A  K  I  G  G  A  K  G  M  A  W  M  A  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  D  G  S  V  R  S  P  I  A  K  F  F  E  Q  A  Q  L  D  Q  L  K  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  A  A  E  A  G  D  L  I  V  Y  V  A  D  K  P  A  V  V  A  A  S  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  V  R  R  E  M  A  K  R  L  D  L  A  D  K  D  L  M  H  F  A  W  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  F  P  M  F  E  Y  N  A  E  S  G  E  W  D  A  A  H  H  P  F  C  M  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  P  A  D  V  E  K  M  Q  R  G  E  F  E  G  V  R  A  A  S  Y  D  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  Y  D  L  V 
---------------------------------------------------------CTCGCCACCATCACG

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 C  N  G  Y  E  L  A  S  G  S  I  R  I  H  D  R  S  I  Q  Q  Y  I  F  D 
 C  -  -  -  E  L  A  S  G  S  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATT---------TGGCGGAGTTTTGGCAGTGTTGAG------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 R  L  P  Y  S  P  E  E  I  Q  K  R  F  G  H  M  L  E  A  F  E  Y  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  P  H  G  G  M  A  P  G  I  D  R  L  V  M  L  L  A  D  T  D  N  I  R 
 P  P  H  G  G  M  A  P  G  I  D  R  L  V  M  L  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTTTTGATGCTATCGAGCATAGCGCGAGCTTCGGGATTCGACGAAGG------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  V  I  A  F  P  K  T  Q  R  A  E  D  L  M  M  N  A  P  S  S  V  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594
 K  Q  L  R  E  L  G  L  R  L  A  D  G  V  E  P  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

asp_bact_D_radiodurans

Class II

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_asp_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  S  P  L  K  R  T  L  T  R  E  L  P  Q  H  E  G  Q  T  V  K  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  F  V  H  A  R  R  D  L  G  G  V  Q  F  L  V  L  R  D  V  T  G  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  C  V  G  S  G  L  T  L  P  L  A  E  S  S  V  E  V  V  G  K  V  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  P  K  A  P  G  G  F  E  V  Q  V  E  D  F  R  V  I  S  A  A  T  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  P  V  E  I  P  K  M  E  W  N  V  N  P  E  T  M  L  D  Y  R  V  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  R  G  L  K  E  R  A  A  L  K  V  Q  A  E  L  V  D  A  F  R  A  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Q  A  E  L  V  D  A  F  R  A  H  L 
---------------------------------GAGCAGGCGCTCGGCTTCGGGGTCGAGGTCTTTGCCGCC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  G  E  G  F  T  E  I  S  T  P  K  I  V  S  A  G  A  E  G  G  A  N  L 
 R  G  E  G  F  T  E  I  S  T  P  K  I  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACCGGGTGGCCGTATTTTTCCGTCACCAGTTGCCGGGCGTC------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  P  I  D  Y  F  G  H  P  A  Y  L  A  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  I  M  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  A  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  -  -  - 
------------------------------AAACTCGGCCTGCGAGGTGGCCCGCAGCCGCTC---------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  V  F  E  R  V  F  E  V  A  A  V  Y  R  A  E  E  H  A  T  S  R  H  L 
 -  -  -  E  R  V  F  E  V  A  A  V  Y  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GCGGTTCTCGAGGCCCATCACGTCTTCCTCGTCCTC---------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  E  Y  L  S  L  D  V  E  M  G  F  I  E  D  E  E  D  V  M  G  L  E  N 
 N  E  Y  L  S  L  D  V  E  M  G  -  -  -  -  E  E  D  V  M  G  L  E  N 
CAGGTATTCGTTGAGGTGACGGCTGGTGGCGTG------------GTAGACGGCGGCGACTTCGAAGACGCG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  L  L  A  S  I  M  E  R  L  R  A  T  S  Q  A  E  F  E  L  L  G  A  T 
 R  L  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCGAACACGCC------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  P  D  V  P  A  H  I  P  R  I  T  L  M  D  A  R  Q  L  V  T  E  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  H  P  V  G  G  K  D  L  D  P  E  A  E  R  L  L  S  Q  H  F  A  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  G  S  D  F  V  F  V  T  K  Y  P  R  A  A  R  P  F  Y  A  H  P  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  E  D  G  S  V  N  G  E  V  T  R  G  F  D  L  L  F  R  G  I  E  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  F  D  L  L  F  -  -  -  E  I  T 
------------------------------------GCGGAAGTCTTCCACCTG---------GCCGCCGGG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  G  G  Q  R  I  H  D  Y  G  M  L  M  D  S  I  A  A  Y  K  L  K  P  E 
 S  G  G  Q  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCTTTGGGGTGGGC---------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  L  E  G  Y  T  E  V  F  K  Y  G  M  P  P  H  G  G  F  A  I  G  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  G  G  F  A  I  G  A  E 
---------------------------------------CAAAAATTGCACGCCCCCCAGGTCGCGGCGGGC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  L  T  A  K  L  L  G  I  A  N  V  R  Y  A  R  A  F  P  R  D  R  H  R 
 R  L  T  A  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTGGACGAAGCCTTG---------------------------------------------------------

433434435
 L  T  P 
 -  -  - 
---------

asp_bact_T_maritima

Class II

Bacteria/Thermotoga maritima/amino acid sequences/Tmaritima_asp_aa

Bacteria/Thermotoga maritima/nucleotide sequences/Tmaritima_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  R  T  H  T  C  G  E  L  R  A  T  D  E  G  K  K  V  K  L  C  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  D  R  I  R  D  L  G  G  V  R  F  I  D  L  R  D  R  Y  G  E  T  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  C  D  V  N  S  E  A  Y  S  V  V  D  E  L  T  R  E  S  V  V  L  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  T  V  R  K  R  P  E  G  T  E  N  P  N  I  E  T  G  E  I  E  V  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  R  I  E  I  L  S  L  A  D  P  L  P  F  Y  P  G  E  T  P  K  E  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  L  K  Y  R  Y  I  D  L  R  S  E  R  M  K  R  N  I  I  L  R  Y  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  Y  R  I 
---------------------------------------------------------TTGAGATACAGAATA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  K  I  I  R  D  Y  F  D  E  L  G  F  L  E  I  E  T  P  F  L  T  R  S 
 S  K  I  I  R  D  Y  F  D  E  L  G  F  L  E  I  E  T  P  F  L  T  -  - 
TCGAAAATCATCAGAGATTACTTTGATGAACTCGGTTTCCTTGAAATAGAAACTCCCTTTCTCACA------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  P  E  G  A  R  D  F  L  V  P  S  R  L  R  P  G  K  F  Y  A  L  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  P  Q 
------------------------------------------------------------GCGCTGCCTCAA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  P  Q  L  F  K  Q  I  L  M  I  S  G  F  D  R  Y  F  Q  I  V  R  C  F 
 S  P  Q  L  F  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  R  Y  F  Q  I  V  R  C  F 
TCTCCTCAGCTCTTCAAGCAG---------------------GACAGATACTTCCAGATAGTCAGATGCTTC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  D  E  D  L  R  A  D  R  Q  P  E  F  T  Q  V  D  V  E  M  S  F  V  D 
 R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  Q  V  D  V  E  M  S  -  -  - 
AGGGAC------------------------CCGGAGTTCACCCAGGTTGACGTGGAGATGTCC---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  E  D  V  L  N  V  S  E  G  M  V  S  R  V  F  K  E  S  S  G  I  D  L 
 V  E  D  V  L  N  V  S  E  G  M  V  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTGGAAGATGTACTGAATGTGAGCGAAGGAATGGTTTCA---------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  V  P  F  D  R  I  P  Y  D  D  A  M  E  K  Y  G  T  D  K  P  D  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  G  M  E  L  R  D  F  G  Y  A  F  E  T  T  E  F  K  V  I  R  N  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  E  G  G  S  V  K  G  F  I  V  P  G  F  A  S  E  M  S  R  K  K  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  L  M  A  R  M  K  E  L  G  L  G  G  L  I  W  F  K  L  D  G  G  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  P  H  L  K  H  L  E  K  E  F  R  K  I  A  E  T  E  N  M  N  E  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  C  L  I  A  A  H  T  D  R  N  L  L  N  E  A  L  G  T  L  R  L  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  K  E  H  F  S  H  L  A  K  G  F  D  V  L  W  V  V  D  F  P  Y  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 W  S  E  E  E  E  R  F  V  A  R  H  H  P  F  T  M  P  V  L  E  T  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  D  Y  T  K  V  R  A  K  A  Y  D  L  V  I  N  G  Y  E  V  G  G  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y  D  L  V  I  -  -  -  E  V  G  G  G  S 
---------------------------GCCTACGATCTCGTCATC---------GAAGTCGGTGGAGGAAGC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  R  I  H  R  R  D  I  Q  E  K  I  F  E  L  L  G  L  S  E  E  E  A  Q 
 I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCAGG------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  K  F  G  F  F  L  E  A  F  R  Y  G  V  P  P  H  G  G  I  A  F  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  G  G  I  A  F  G  L 
------------------------------------------CCGCCGCACGGCGGGATAGCTTTCGGACTG

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  R  L  V  S  I  I  A  G  E  S  S  I  R  E  V  I  A  F  P  K  T  G  N 
 D  R  L  V  S  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATCGATTGGTGAGCATC------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 G  V  C  L  L  T  G  A  P  A  E  V  D  E  R  Q  L  R  E  L  R  I  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579
 E  E  G 
 -  -  - 
---------

asp_bact_A_aeolicus

Class II

Bacteria/Aquifex aeolicus/amino acid sequences/Aaeolicus_asp_aa

Bacteria/Aquifex aeolicus/nucleotide sequences/Aaeolicus_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  T  E  Y  G  D  F  K  R  T  K  Y  C  G  E  V  S  E  E  D  I  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  V  K  L  A  G  W  V  H  R  K  R  H  H  G  G  V  I  F  I  D  L  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  E  G  I  V  Q  V  V  V  E  E  K  T  N  P  E  A  Y  E  V  A  D  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  S  E  Y  V  I  G  V  V  G  K  V  R  K  R  P  E  G  T  E  N  P  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  T  G  Y  V  E  V  V  A  D  R  I  L  V  F  N  T  S  E  A  L  P  F  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  E  E  E  T  H  V  S  E  E  T  K  L  K  Y  R  Y  I  D  L  R  R  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  K  N  N  L  I  F  R  H  R  V  Y  Q  I  T  R  N  F  F  T  K  E  G  F 
 -  -  -  -  -  -  F  R  H  R  V  Y  Q  I  T  R  N  F  F  T  K  E  G  F 
------------------TTCAGACACAGGGTTTACCAGATAACTAGAAACTTCTTCACAAAAGAGGGTTTT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  E  I  E  T  P  F  L  T  K  S  T  P  E  G  A  R  D  F  L  V  P  S  R 
 I  E  I  E  T  P  F  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATAGAAATAGAAACTCCCTTCCTTACA---------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  H  P  G  K  F  Y  A  L  P  Q  S  P  Q  L  F  K  Q  I  L  M  I  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  A  L  P  Q  S  P  Q  L  F  K  Q  -  -  -  -  -  - 
---------------------GCCCTTCCTCAATCTCCTCAGCTATTTAAACAA------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  D  R  Y  F  Q  I  V  K  C  F  R  D  E  D  L  R  A  D  R  Q  P  E  F 
 -  D  R  Y  F  Q  I  V  K  C  F  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F 
---GACAGGTACTTCCAGATAGTAAAGTGTTTCAGGGAC------------------------CCCGAATTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  Q  I  D  Y  E  M  S  F  V  S  E  E  E  V  M  D  V  A  E  R  L  I  A 
 T  Q  I  D  Y  E  M  S  -  -  -  E  E  E  V  M  D  V  A  E  R  L  I  A 
ACCCAGATAGATTACGAGATGTCC---------GAAGAAGAGGTAATGGATGTTGCGGAAAGACTTATCGCC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  L  F  K  E  L  L  G  V  E  L  K  T  P  F  E  R  I  S  Y  R  E  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  K  Y  G  T  D  K  P  D  R  R  F  G  L  E  L  I  E  L  T  D  I  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  T  A  F  K  V  F  K  S  V  V  E  A  G  G  I  I  K  A  I  N  F  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  N  L  S  R  K  E  I  D  E  L  T  K  F  V  Q  S  L  G  A  K  G  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 W  I  K  V  E  K  D  K  L  T  S  P  I  V  K  F  F  T  E  E  E  T  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  L  E  R  T  K  A  E  P  G  D  V  I  L  F  S  A  D  K  K  E  M  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  I  L  G  N  L  R  L  H  L  G  K  K  Y  K  L  I  D  E  S  K  W  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  W  I  V  D  F  P  L  M  E  W  D  E  E  E  E  R  F  V  S  L  H  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  T  M  P  R  E  E  N  I  P  K  L  K  E  A  L  E  E  E  D  L  E  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  E  I  V  H  S  V  R  A  R  A  Y  D  M  V  L  N  G  E  E  I  G  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y  D  M  V  L  -  -  -  E  I  G  G  G 
------------------------------GCTTACGACATGGTCCTG---------GAAATAGGCGGAGGT

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 S  I  R  I  H  R  R  D  I  Q  E  V  V  F  K  L  L  G  I  G  E  V  E  A 
 S  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCTATACGT---------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Q  E  K  F  G  F  L  L  E  A  L  K  Y  G  A  P  P  H  G  G  L  A  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  G  G  L  A  F  G 
---------------------------------------------CCTCCCCACGGTGGACTTGCCTTCGGG

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  D  R  V  V  A  L  M  L  G  L  D  S  I  R  D  T  I  A  F  P  K  T  Q 
 L  D  R  V  V  A  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTGATAGGGTAGTGGCTTTG---------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  G  I  C  P  L  T  G  A  P  D  Y  V  D  P  K  Q  L  K  E  L  H  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603
 V  L  E 
 -  -  - 
---------

asp_bact_M_smegmatis

Class II

Bacteria/Mycobacterium smegmatis/amino acid sequences/Msmegmatis_asp_aa

Bacteria/Mycobacterium smegmatis/nucleotide sequences/Msmegmatis_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  R  T  H  A  A  G  S  L  R  P  A  D  A  G  Q  T  V  T  L  A  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  A  R  R  R  D  H  G  G  V  I  F  I  D  L  R  D  A  S  G  V  S  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  F  R  E  G  D  V  L  A  A  A  H  R  L  R  A  E  F  C  V  A  V  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  V  E  V  R  P  E  G  N  E  N  P  E  I  P  T  G  Q  I  E  V  N  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  L  T  V  L  G  E  S  A  P  L  P  F  Q  L  D  E  Q  A  G  E  E  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  K  Y  R  Y  L  D  L  R  R  E  G  P  G  N  A  L  R  L  R  S  K  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  S  K  V  N 
------------------------------------------------------CTGCGGTCGAAGGTCAAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  A  A  R  S  V  L  A  E  H  D  F  V  E  I  E  T  P  T  L  T  R  S  T 
 A  A  A  R  S  V  L  A  E  H  D  F  V  E  I  E  T  P  T  L  T  -  -  - 
GCCGCCGCACGGTCCGTGCTCGCCGAACACGACTTCGTCGAGATCGAGACCCCGACGCTGACG---------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  E  G  A  R  D  F  L  V  P  A  R  L  Q  P  G  S  F  Y  A  L  P  Q  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  P  Q  S 
---------------------------------------------------------GCGCTGCCGCAGAGC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  Q  L  F  K  Q  L  L  M  V  A  G  M  E  R  Y  Y  Q  I  A  R  C  Y  R 
 P  Q  L  F  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  E  R  Y  Y  Q  I  A  R  C  Y  R 
CCGCAGCTGTTCAAGCAG---------------------GAGCGCTACTACCAGATCGCACGCTGCTACCGC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  E  D  F  R  A  D  R  Q  P  E  F  T  Q  L  D  M  E  M  S  F  V  E  A 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  Q  L  D  M  E  M  S  -  -  -  A 
GAC------------------------CCCGAGTTCACCCAGCTCGACATGGAGATGAGC---------GCC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  D  V  I  A  I  S  E  Q  V  L  K  A  V  W  A  T  I  G  Y  D  L  P  L 
 D  D  V  I  A  I  S  E  Q  V  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACGACGTCATCGCGATCTCCGAGCAGGTCCTCAAG------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  L  P  R  I  S  Y  E  E  A  M  R  R  F  G  S  D  K  P  D  L  R  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  E  L  V  E  C  T  E  Y  F  K  D  T  T  F  R  V  F  Q  A  P  Y  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  V  V  M  P  G  G  A  S  Q  P  R  R  T  L  D  G  W  Q  E  F  A  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  G  H  K  G  L  A  Y  V  L  V  G  E  D  G  T  L  G  G  P  V  A  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  S  D  A  E  R  D  G  L  V  A  H  V  G  A  N  P  G  D  C  I  F  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  G  P  A  K  G  A  R  A  L  L  G  A  T  R  I  E  I  A  K  R  L  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  D  P  N  A  W  A  F  T  W  V  V  D  F  P  M  F  E  A  A  D  E  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  A  G  D  V  A  V  G  S  G  A  W  T  A  M  H  H  A  F  T  A  P  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  S  V  D  T  F  D  S  D  P  G  N  A  L  S  D  A  Y  D  I  V  C  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y  D  I  V  C  -  - 
------------------------------------------------GCCTACGACATCGTGTGC------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 N  E  I  G  G  G  S  I  R  I  H  R  R  D  I  Q  E  R  V  F  A  M  M  G 
 -  E  I  G  G  G  S  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GAGATCGGTGGCGGCTCGATCCGT---------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  D  H  D  E  A  Q  E  K  F  G  F  L  L  D  A  F  S  Y  G  A  P  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H 
---------------------------------------------------------------CCGCCGCAC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  G  I  A  F  G  W  D  R  I  T  A  L  L  A  G  V  D  S  I  R  E  V  I 
 G  G  I  A  F  G  W  D  R  I  T  A  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCGGCATCGCGTTCGGCTGGGATCGCATCACCGCACTG---------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 A  F  P  K  S  G  G  G  V  D  P  L  T  D  A  P  A  P  I  T  P  Q  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598
 K  E  S  G  I  D  A  K  P  R  E  D  K  P  K  E  D  A  K  S  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

asp_bact_M_mobile

Class II

Bacteria/Mycoplasma mobile/amino acid sequences/Mmobile_asp_aa

Bacteria/Mycoplasma mobile/nucleotide sequences/Mmobile_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  T  I  L  N  N  T  I  T  I  K  H  V  D  E  K  V  T  V  Y  G  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  K  I  R  K  L  G  E  I  I  F  V  D  L  R  D  E  S  G  I  L  Q  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  E  S  S  N  I  D  F  T  K  E  S  I  L  E  I  I  G  I  V  S  K  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  I  N  T  N  L  Q  T  G  E  I  E  I  K  V  N  S  Y  K  V  L  S  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  E  L  P  F  E  I  N  S  S  N  E  T  N  E  E  L  R  L  K  Y  R  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  L  R  S  K  K  L  Q  E  N  I  R  L  R  H  K  V  T  R  S  M  R  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  H  K  V  T  R  S  M  R  N  F 
------------------------------------CTAAGACACAAAGTCACTAGATCAATGCGTAATTTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  D  R  N  N  Y  I  N  I  E  T  P  N  L  G  R  I  T  P  E  G  A  K  D 
 L  D  R  N  N  Y  I  N  I  E  T  P  N  L  G  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTAGATAGAAATAATTATATTAATATAGAAACACCAAATTTAGGA---------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  I  V  P  S  R  K  K  G  F  F  F  S  L  P  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  L  P  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  - 
------------------------------------TCTTTACCTCAATCACCACAATTGTATAAACAA---

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  M  A  S  G  F  E  K  Y  Y  Q  I  A  R  A  F  R  D  E  K  S  R  K  D 
 -  -  -  -  -  -  E  K  Y  Y  Q  I  A  R  A  F  R  D  -  -  -  -  -  - 
------------------GAAAAATATTATCAAATAGCAAGAGCTTTTAGGGAT------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  Q  L  E  F  T  Q  L  D  I  E  M  A  Y  A  K  E  E  I  V  I  H  L  I 
 -  -  L  E  F  T  Q  L  D  I  E  M  A  -  -  -  E  E  I  V  I  H  L  I 
------CTTGAATTCACACAATTAGATATTGAAATGGCT---------GAAGAAATTGTAATTCATTTAATT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  N  L  F  K  E  I  F  T  D  L  N  I  D  I  K  I  P  F  P  K  M  N  Y 
 E  N  L  F  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAAATCTTTTTAAA---------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  D  A  L  N  Q  Y  G  S  D  K  P  D  L  R  Y  E  Y  K  L  Q  D  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  L  I  P  K  F  N  S  K  V  F  K  N  V  K  S  L  K  I  I  I  I  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  I  T  K  K  Q  F  E  F  L  E  E  E  A  K  Q  N  H  S  K  G  L  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  N  F  E  K  N  K  A  I  S  G  N  F  F  Q  F  F  K  S  E  L  E  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  G  E  L  K  H  N  F  K  E  K  F  A  I  L  A  I  A  D  D  L  E  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  Q  A  L  G  S  V  R  V  K  L  D  E  F  F  D  F  E  K  K  D  F  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  W  V  I  N  W  P  L  Y  E  F  D  K  E  V  N  K  F  Q  A  A  H  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  T  M  P  Q  L  E  Y  L  D  N  F  D  K  K  P  M  E  A  K  S  R  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y 
------------------------------------------------------------------GCTTAT

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  I  V  L  N  G  Y  E  V  G  G  G  S  I  R  I  N  D  L  E  I  Q  K  R 
 D  I  V  L  -  -  -  E  V  G  G  G  S  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATATTGTTTTA---------GAAGTTGGCGGAGGTTCAATTAGA---------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 M  F  R  T  L  G  L  S  E  K  Q  I  E  E  Q  F  D  F  F  L  T  A  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Y  G  F  P  P  H  G  G  I  A  L  G  I  D  R  L  L  S  I  L  T  N  S  T 
 -  -  -  P  P  H  G  G  I  A  L  G  I  D  R  L  L  S  I  -  -  -  -  - 
---------CCGCCTCATGGAGGAATTGCTTTAGGAATCGATAGATTACTTTCAATT---------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  I  R  D  V  I  A  F  P  K  N  S  K  G  I  D  P  F  T  K  A  P  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567
 L  E  N  E  L  L  K  E  Y  G  I  I  I  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

asp_bact_B_burgdorferi

Class II

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_asp_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  F  K  V  I  K  C  N  E  L  N  E  K  L  I  D  K  K  V  E  I  N  A  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  K  K  I  R  H  H  G  K  F  I  F  L  N  I  R  D  R  Y  E  K  A  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  V  N  E  E  K  L  L  K  I  A  E  K  I  K  L  E  Y  C  I  K  I  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  L  I  K  R  P  P  N  M  I  N  A  N  M  K  T  G  H  F  E  I  L  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  I  E  I  I  S  K  C  N  E  L  P  F  M  I  E  D  D  N  N  A  S  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  K  L  E  Y  R  Y  L  D  L  R  R  D  S  L  K  N  K  I  I  L  R  C  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  C  Q 
------------------------------------------------------------GTGGTGAGCTGG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  T  H  L  I  R  N  F  L  I  K  R  K  F  L  E  L  E  T  P  T  F  V  K 
 A  T  H  L  I  R  N  F  L  I  K  R  K  F  L  E  L  E  T  P  T  F  V  - 
TGAATAGGTTTTTGTATTTTCGTCATATTCAAATAGTGGAAAATCATAGACCCATAGAAATTCAAATTT---

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  T  P  E  G  A  R  D  F  V  I  P  S  R  I  H  K  G  S  F  Y  A  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  P 
---------------------------------------------------------------AGTTTCCCA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  L  I  M  I  A  G  F  D  K  Y  F  Q  I  A  R  C 
 Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  K  Y  F  Q  I  A  R  C 
GTTATTATTAGCTGTAAAGAAAAT---------------------ATAGGTTTTTATTAATTCCTGTTCTTC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  R  D  E  D  S  R  G  D  R  Q  P  E  F  T  Q  L  D  L  E  M  S  F  V 
 Y  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  Q  L  D  L  E  M  S  -  - 
TGTTTTTAA------------------------TTTATTGTTTTCAATTTTTGTAAAATAAAGCCC------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  K  E  N  I  F  K  L  I  E  N  M  L  F  L  I  F  K  N  C  I  N  I  N 
 -  K  E  N  I  F  K  L  I  E  N  M  L  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GTAAAGCTTTGCAATTTCTTCTAAATTGTTTATTTTTGC------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  P  K  K  F  K  K  I  T  Y  K  K  A  M  N  K  Y  G  S  D  K  P  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  F  E  L  E  L  Q  D  I  S  R  N  L  K  N  S  E  F  N  I  F  K  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  K  N  K  G  S  I  K  I  L  I  V  K  D  K  A  D  K  F  S  R  A  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  N  L  E  E  I  A  K  L  Y  K  T  Q  G  L  Y  F  T  K  I  E  N  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  S  G  G  I  A  K  F  L  K  T  E  E  Q  E  L  I  K  T  Y  S  L  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  D  I  I  F  F  T  A  N  N  N  W  E  T  A  C  K  A  M  G  Q  I  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  I  A  N  D  L  G  L  I  D  E  N  K  F  E  F  L  W  V  Y  D  F  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  E  Y  D  E  N  T  K  T  Y  S  P  A  H  H  M  F  S  L  P  K  K  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  A  N  L  E  K  N  P  K  K  T  I  G  E  I  Y  D  L  V  L  N  G  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  D  L  V  L  -  -  -  E 
------------------------------------------TGCATTATTGTCATCTTC---------TGG

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  G  S  G  S  I  R  I  H  N  K  E  L  Q  Q  R  I  F  K  I  I  G  F  Q 
 L  G  S  G  S  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAATTCATTGCACTTTGAGAT---------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  E  K  S  E  D  R  F  G  F  F  L  K  A  L  E  Y  G  A  P  N  H  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  N  H  G  G 
---------------------------------------------------------AAGTTTTATTTTTTC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  A  I  G  I  D  R  L  I  M  L  M  T  K  S  T  S  I  K  D  V  I  L  F 
 I  A  I  G  I  D  R  L  I  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGCGATCTTTAGAAGCTTTTCTTCATTTACCAG---------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 P  K  N  S  F  A  A  S  P  L  D  N  S  P  S  K  I  S  N  E  Q  L  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586
 L  G  I  N  I  V  D  G  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

asp_bact_C_A_asiaticus

Class II

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_asp_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  R  T  H  T  C  G  E  L  R  L  Q  H  I  G  I  S  V  T  L  C  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  Q  K  I  R  N  K  G  S  L  V  W  I  D  L  R  D  R  Y  G  I  T  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  L  E  E  H  I  T  A  P  E  I  L  S  Q  V  Q  H  I  G  R  E  Y  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  A  T  G  S  V  I  E  R  S  A  K  N  P  S  M  P  T  G  D  I  E  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  K  S  L  T  I  L  N  T  A  K  T  P  P  F  L  I  E  E  Q  T  D  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  E  L  R  M  Q  Y  R  Y  L  D  L  R  R  P  P  L  Q  K  N  L  L  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R 
------------------------------------------------------------------ATAACG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  L  V  A  Q  H  A  R  A  Y  L  E  Q  H  H  F  V  D  V  E  T  P  L  L 
 Q  L  V  A  Q  H  A  R  A  Y  L  E  Q  H  H  F  V  D  V  E  T  P  L  L 
CTGAGACTCTTCATTCCATTCTAAAAGTGGGAAGTCTACCACCCACAAAGGAGCAAATTTATCTTTAGAAAC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  K  S  T  P  G  G  A  R  D  F  V  V  P  S  R  I  H  P  Q  Q  F  Y  A 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A 
TAA------------------------------------------------------------------AGC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  P  Q  S  P  Q  I  F  K  Q  L  L  M  V  A  G  L  D  R  Y  Y  Q  I  A 
 L  P  Q  S  P  Q  I  F  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  R  Y  Y  Q  I  A 
CAAAATAAGTAATAAGTCGCCTGGAACTGC---------------------TGTTAGTTGTTCAACATCATA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  C  F  R  D  E  D  F  R  A  D  R  Q  P  E  F  T  Q  I  D  C  E  L  S 
 K  C  F  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  Q  I  D  C  E  L  S 
GAATTTACTTACTGG------------------------ATATTTTACATACACCAACCCACTTGTAACAAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  V  T  Q  A  D  I  L  H  I  F  E  N  F  T  K  Y  I  F  E  A  T  I  Q 
 -  -  -  Q  A  D  I  L  H  I  F  E  N  F  T  K  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CTTTATATATTCTGTAAGATCATCTAGCTGCTTCCTAGT------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  R  L  D  K  F  P  C  I  T  Y  A  E  A  M  Q  K  Y  G  T  D  K  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  R  F  G  M  R  L  I  E  L  T  E  L  V  K  N  S  E  F  P  L  F  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  K  L  I  A  G  I  C  V  K  G  C  A  D  Y  T  R  K  Q  L  D  D  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  Y  I  K  K  L  N  L  V  T  S  G  L  V  Y  V  K  Y  L  A  D  G  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  S  P  V  S  K  F  Y  D  V  E  Q  L  T  L  W  A  K  Q  M  H  A  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  D  L  L  L  I  L  A  G  E  I  E  A  T  Q  I  A  L  G  S  L  R  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  R  D  E  L  H  L  V  S  K  D  K  F  A  P  L  W  V  V  D  F  P  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  W  N  E  E  S  Q  R  Y  V  S  R  H  H  P  F  T  S  P  K  Q  E  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  L  L  S  T  K  P  E  T  V  R  A  N  A  Y  D  L  V  I  N  G  M  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y  D  L  V  I  -  -  -  E  I 
---------------------------------------TTCAATTAAAAAAGGAGG---------TGTATT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  G  G  S  I  R  I  H  D  R  A  L  Q  E  Q  I  F  N  V  L  G  F  S  E 
 G  G  G  S  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAGAATAGTAAGCGACTT------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  E  A  R  Q  Q  F  G  F  L  T  D  A  F  E  Y  G  A  P  P  H  G  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  G  G  I 
------------------------------------------------------GCTTAAGATTTCTGGTGC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  F  G  F  D  R  L  C  A  I  I  G  R  E  D  S  I  R  P  F  I  A  F  P 
 A  F  G  F  D  R  L  C  A  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGTTATATGCTCTTCTAAAATAAGTTGTGT------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 K  N  N  A  G  R  D  V  M  M  K  A  P  S  T  I  T  E  Q  Q  I  S  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582
 G  I  I  L  S  K 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

asp_bact_S_aureus

Class II

Bacteria/Staphylococcus aureus/amino acid sequences/Saureus_asp_aa

Bacteria/Staphylococcus aureus/nucleotide sequences/Saureus_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  K  R  T  T  Y  C  G  L  V  T  E  A  F  L  G  Q  E  I  T  L  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  V  N  N  R  R  D  L  G  G  L  I  F  V  D  L  R  D  R  E  G  I  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  V  F  N  P  A  F  S  E  E  A  L  K  I  A  E  T  V  R  S  E  Y  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  V  Q  G  T  V  T  K  R  D  P  E  T  V  N  P  K  I  K  T  G  Q  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  Q  V  T  N  I  K  V  I  N  K  S  E  T  P  P  F  S  I  N  E  E  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  V  D  E  N  I  R  L  K  Y  R  Y  L  D  L  R  R  Q  E  L  A  Q  T  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  M  R  H  Q  I  T  R  S  I  R  Q  Y  L  D  D  E  G  F  F  D  I  E  T 
 -  M  R  H  Q  I  T  R  S  I  R  Q  Y  L  D  D  E  G  F  F  D  I  E  T 
---CGCATCTTCATCATATTCTAATAATGGCCAATCTGTCACCCATAAGAAGTTTAATTTTGTTTCATCGAT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  V  L  T  K  S  T  P  E  G  A  R  D  Y  L  V  P  S  R  V  H  D  G  E 
 P  V  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAAACCTAATTC------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  Y  A  L  P  Q  S  P  Q  L  F  K  Q  L  L  M  I  S  G  F  D  K  Y  Y 
 -  -  A  L  P  Q  S  P  Q  L  F  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  D  K  Y  Y 
------CATTACTAAGTCACCAGCTTCAGCACCAGTTAA---------------------TTCTGCCTCAAA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  I  V  K  C  F  R  D  E  D  L  R  A  D  R  Q  P  E  F  T  Q  V  D  I 
 Q  I  V  K  C  F  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  Q  V  D  I 
GAAACGTCCAATTGGACCTGTCAA------------------------TGCTAATCCTTTAGCACCATAGAT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  M  S  F  V  D  Q  E  D  V  M  Q  M  G  E  E  M  L  K  K  V  V  K  E 
 E  M  S  -  -  -  Q  E  D  V  M  Q  M  G  E  E  M  L  K  -  -  -  -  - 
GTTTACAAA---------AGCATCCATATCTTTACGTGTATATTGTTCAGCTGCACC---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  K  G  V  E  I  N  G  A  F  P  R  M  T  Y  K  E  A  M  R  R  Y  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  K  P  D  T  R  F  E  M  E  L  I  D  V  S  Q  L  G  R  D  M  D  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  F  K  D  T  V  E  N  D  G  E  I  K  A  I  V  A  K  G  A  A  E  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  R  K  D  M  D  A  L  T  E  F  V  N  I  Y  G  A  K  G  L  A  W  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  V  E  D  G  L  T  G  P  I  G  R  F  F  E  A  E  N  V  E  T  L  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  T  G  A  E  A  G  D  L  V  M  F  V  A  D  K  P  N  V  V  A  Q  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  A  L  R  V  K  L  A  K  E  L  G  L  I  D  E  T  K  L  N  F  L  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  D  W  P  L  L  E  Y  D  E  D  A  K  R  Y  V  A  A  H  H  P  F  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  K  E  A  D  I  A  K  L  G  T  A  P  E  E  A  E  A  N  A  Y  D  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y  D  I  V 
---------------------------------------------------------AGAAAATGGTGGTGT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  N  G  Y  E  L  G  G  G  S  I  R  I  H  D  G  E  L  Q  E  K  M  F  E 
 L  -  -  -  E  L  G  G  G  S  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTC---------AATCACTTTAATATTTGTAACTTG------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  L  G  F  T  K  E  Q  A  Q  E  Q  F  G  F  L  L  D  A  F  K  Y  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  P  H  G  G  I  A  L  G  L  D  R  L  V  M  L  L  T  N  R  T  N  L  R 
 P  P  H  G  G  I  A  L  G  L  D  R  L  V  M  L  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTCAATGCCTCTTCTGAAAATGCAGGATTAAACACAACTTGTACAAT------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  T  I  A  F  P  K  T  A  S  A  T  C  L  L  T  N  A  P  G  E  V  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588
 K  Q  L  E  E  L  S  L  R  I  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

asp_euk_G_lamblia

Class II

Eukaryotes/Giardia lamblia/amino acid sequences/Glamblia_asp_aa

Eukaryotes/Giardia lamblia/nucleotide sequences/Glamblia_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  I  K  M  A  D  P  A  P  Q  Q  P  A  E  L  S  K  K  A  L  K  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  K  E  A  E  K  Q  A  K  R  A  E  N  K  S  K  Q  A  G  V  D  F  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  Y  I  P  P  V  L  T  T  A  Q  F  R  R  L  R  F  G  D  A  P  L  H  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  Q  P  E  L  S  S  F  R  K  L  T  D  I  D  R  P  L  T  H  L  V  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  V  W  V  R  A  R  I  H  T  V  R  A  T  G  K  S  A  F  L  M  L  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  M  A  I  L  Q  A  C  C  F  V  P  G  K  S  E  G  S  A  E  K  V  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  R  A  M  I  K  Y  I  N  S  L  P  P  E  S  V  V  E  V  C  G  A  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  V  D  A  P  I  K  T  A  S  A  E  H  R  D  Y  E  L  Q  L  E  K  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  I  S  R  A  A  S  Q  M  P  L  Q  V  D  D  A  M  R  P  D  S  V  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  P  D  S  Q  Y  V  R  P  G  K  D  T  K  Q  D  Y  R  V  I  D  L  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  T  N  Q  A  I  M  R  V  R  S  A  I  A  H  E  F  R  S  F  L  D  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  S  A  I  A  H  E  F  R  S  F  L  D  K  A 
------------------------GTGAGGAGCGCAATTGCGCACGAATTCCGATCCTTCCTGGATAAGGCT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  F  I  E  I  N  T  P  K  I  V  A  G  T  S  E  G  G  A  A  V  F  N  V 
 G  F  I  E  I  N  T  P  K  I  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCTTCATTGAAATCAATACCCCCAAGATAGTT---------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  Y  F  N  T  K  A  C  L  A  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  M  C  I  S  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  C  L  A  Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  -  -  -  -  -  - 
---------------------TGCTTGGCCCAGTCGCCGCAGCTCTACAAGCAG------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  G  R  V  Y  E  V  G  P  V  F  R  A  E  H  S  H  T  H  R  H  L  C  E 
 -  G  R  V  Y  E  V  G  P  V  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  E 
---GGTCGTGTGTATGAAGTTGGGCCTGTCTTTAGAGCT---------------------------TGTGAG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  I  G  L  D  L  E  M  E  I  Y  E  S  Y  T  E  I  L  V  L  L  G  D  L 
 F  I  G  L  D  L  E  M  E  -  -  -  -  Y  T  E  I  L  V  L  L  G  D  L 
TTCATCGGTCTTGATTTAGAAATGGAG------------TACACGGAGATCCTTGTCCTGTTAGGGGATCTT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 M  K  H  I  F  K  A  V  E  A  R  C  S  K  E  M  S  I  V  R  T  Q  Y  D 
 M  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGAAG------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  T  A  P  E  P  L  V  W  A  D  E  T  V  I  V  T  F  C  D  G  I  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  Q  E  A  G  Y  E  A  S  P  L  D  D  L  S  T  E  N  E  R  A  L  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  I  K  E  K  Y  N  T  D  F  Y  I  L  D  K  F  P  L  N  A  R  P  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  M  P  D  P  H  D  G  R  Y  S  N  S  Y  D  M  F  I  R  G  E  E  I  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  Y  D  M  F  I  -  -  -  E  I  C 
------------------------------------AGTTATGACATGTTCATT---------GAGATATGC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 S  G  A  Q  R  V  H  D  P  E  L  L  E  K  Q  C  R  E  R  N  V  D  P  E 
 S  G  A  Q  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCAGGGGCCCAGCGT---------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 S  L  R  S  Y  I  D  A  F  R  Y  G  C  A  P  H  G  G  A  G  L  G  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  P  H  G  G  A  G  L  G  L  E 
---------------------------------------GCACCACATGGCGGGGCAGGACTTGGTCTGGAA

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  I  V  M  L  M  L  G  I  E  N  C  R  Q  T  C  L  F  P  R  T  Q  E  R 
 R  I  V  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGGATCGTTATGCTG---------------------------------------------------------

553554555
 L  T  P 
 -  -  - 
---------

asp_euk_L_infantum

Class II

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_asp_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  S  N  H  A  D  A  G  A  P  A  M  E  K  K  M  S  D  K  E  A  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  A  R  L  A  E  E  K  A  R  A  E  E  K  A  A  L  V  E  K  Y  K  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  G  A  A  P  M  V  Q  S  T  T  Y  K  S  R  T  H  I  P  V  A  K  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  P  E  L  V  S  K  T  V  L  I  R  A  R  V  S  T  T  R  K  K  G  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  F  M  V  L  R  D  G  S  D  S  V  Q  A  M  A  A  V  E  G  N  V  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  M  I  D  F  M  G  Q  I  A  T  E  S  I  V  D  V  E  A  T  V  C  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  Q  P  I  T  S  T  S  H  S  D  I  E  L  K  V  K  K  I  H  T  V  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  L  R  T  L  P  F  T  L  E  D  A  S  R  K  E  S  D  E  G  A  K  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  D  T  R  L  N  S  R  W  M  D  L  R  T  P  A  S  G  A  I  F  R  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Q 
------------------------------------------------------------------GTGAGT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  R  V  C  Q  Y  F  R  Q  F  L  I  D  N  D  F  C  E  I  H  S  P  K  I 
 S  R  V  C  Q  Y  F  R  Q  F  L  I  D  N  D  F  C  E  I  H  S  P  K  I 
GGCAAGGTGCTCGAAAATGTAGTTGAATAGGCTCTCCGCCACATCCAGCACCTCGTAGTAGTGCTCATCGAT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  N  A  P  S  E  G  G  A  N  V  F  K  L  E  Y  F  N  R  F  A  Y  L  A 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  A 
GCG------------------------------------------------------------GCGGAACAC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  M  V  L  Q  G  D  V  P  R  V  F  E  V  G  P  V 
 Q  S  P  Q  L  Y  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  P  R  V  F  E  V  G  P  V 
CGGTCCCACCTCGAACACGCGCGG---------------------CTGCTTGTACAGTTGTGGCGACTGGGC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  R  S  E  N  S  N  T  H  R  H  L  T  E  F  V  G  L  D  V  E  M  R  I 
 F  R  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  E  F  V  G  L  D  V  E  M  R  - 
AAGGTACGC---------------------------CACGTTGGCGCCGCCCTCGCTTGGCGCGTTGAT---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  E  H  Y  Y  E  V  L  D  V  A  E  S  L  F  N  Y  I  F  E  H  L  A  T 
 -  -  -  Y  Y  E  V  L  D  V  A  E  S  L  F  N  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GTGGATCTCACAGAAGTCGTTGTCGATAAGAAACTGGCG------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  T  K  E  L  K  N  V  C  Q  Q  Y  P  F  E  P  L  V  W  K  L  T  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  M  K  E  L  G  V  G  V  I  S  E  N  V  V  P  T  D  K  F  Q  A  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 H  N  M  D  S  R  M  L  R  I  N  Y  M  H  C  I  E  L  L  N  T  V  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  K  M  A  P  T  D  D  I  N  T  T  N  E  K  L  L  G  K  L  V  K  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  G  T  D  F  F  I  S  D  R  F  P  S  S  V  R  P  F  Y  T  M  E  C  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  D  V  R  F  T  N  S  Y  D  M  F  I  R  G  E  E  I  S  S  G  A  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  S  Y  D  M  F  I  -  -  -  E  I  S  S  G  A  Q  R 
---------------------CGACACGCGGGCACGGAT---------CTTGCTCACCAACTCCGGCTGCGA

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  H  D  P  D  L  L  L  A  R  A  K  M  L  N  V  D  L  T  P  I  K  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  D  S  F  R  L  G  A  W  P  H  G  G  F  G  V  G  L  E  R  V  V  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  W  P  H  G  G  F  G  V  G  L  E  R  V  V  M  L 
------------------------CGCCTTTTCCTCCGCGCGGGCCTTCTCCTCCGCCAGGCGCGCCGCCTT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550
 Y  L  G  L  S  N  V  R  L  A  S  L  F  P  R  D  P  Q  R  T  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

asp_euk_C_subellipsoidea

Class II

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/amino acid sequences/Csubellipsoidea_asp_aa

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/nucleotide sequences/Csubellipsoidea_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  W  E  G  R  D  R  G  C  G  T  L  R  E  D  D  V  G  Y  S  L  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 C  G  W  V  H  R  Q  R  N  M  G  G  V  C  F  T  D  I  R  D  S  S  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  Q  V  V  S  Q  D  D  S  V  G  L  D  Q  L  R  A  E  Y  V  V  R  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  Q  L  R  M  R  K  D  P  N  E  R  L  P  T  G  K  V  E  L  V  A  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  T  I  L  N  T  V  N  V  K  L  P  F  L  P  S  D  E  E  L  D  V  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  V  R  L  R  T  R  V  L  D  L  R  R  P  R  M  T  K  N  L  K  L  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  H 
---------------------------------------------------------------CTGAGGCAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  M  L  R  A  I  R  N  F  L  D  D  R  E  F  L  E  V  E  T  P  L  L  C 
 R  M  L  R  A  I  R  N  F  L  D  D  R  E  F  L  E  V  E  T  P  L  L  C 
CGCATGCTGCGCGCGATCCGAAACTTTCTGGACGATCGGGAGTTTCTGGAGGTGGAAACGCCGCTGCTGTGC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  S  T  P  E  G  A  R  D  F  L  V  P  S  R  M  Q  P  G  S  F  Y  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L 
------------------------------------------------------------------GCACTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  Q  S  P  Q  L  F  K  Q  M  L  C  C  A  G  V  E  R  Y  Y  Q  I  A  R 
 P  Q  S  P  Q  L  F  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  E  R  Y  Y  Q  I  A  R 
CCACAAAGCCCGCAGCTGTTCAAGCAG---------------------GAGAGATACTACCAGATTGCTCGG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 C  F  R  D  E  D  L  R  S  D  R  Q  P  E  F  S  Q  L  D  M  E  M  T  F 
 C  F  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  S  Q  L  D  M  E  M  T  - 
TGCTTTCGGGAC------------------------CCAGAGTTCTCTCAGCTGGATATGGAGATGACA---

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 M  D  Q  N  A  I  M  S  L  V  E  E  M  V  L  A  V  F  N  E  V  L  G  M 
 -  -  Q  N  A  I  M  S  L  V  E  E  M  V  L  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CAGAATGCCATCATGTCTCTAGTGGAGGAGATGGTCCTT---------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  V  Q  R  P  F  R  R  M  T  Y  A  E  A  M  T  S  Y  G  C  D  K  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  R  Y  G  L  E  H  Y  D  V  S  S  A  V  Q  G  C  T  F  R  V  F  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  L  E  G  E  G  I  V  K  A  M  R  V  P  D  G  K  R  I  S  N  S  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  P  K  G  D  I  S  G  E  A  V  A  A  G  A  G  G  L  V  Y  I  R  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  G  A  E  I  D  A  A  K  P  V  K  E  G  L  S  E  E  Q  C  H  A  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  S  T  G  A  Q  P  G  D  L  L  L  L  A  A  G  E  P  A  V  V  H  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  D  R  V  R  Q  Y  V  A  A  D  L  G  E  I  D  E  S  K  H  A  L  L  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  T  D  F  P  M  F  E  W  N  E  E  E  D  R  L  E  A  V  H  H  P  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  P  N  P  D  D  L  E  G  N  G  A  G  L  R  G  A  R  A  L  A  Y  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y  D  L 
------------------------------------------------------------GCCTATGACCTT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  Y  N  G  V  E  V  A  G  G  S  L  R  T  Y  R  R  D  V  L  E  R  V  F 
 V  Y  -  -  -  E  V  A  G  G  S  L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCTAC---------GAGGTGGCAGGCGGGAGCCTGCGC---------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  A  I  G  L  S  R  E  E  A  K  A  Q  F  G  Y  L  L  N  A  F  D  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  P  P  H  G  G  I  A  F  G  L  D  R  L  C  M  L  L  A  R  E  S  S  I 
 -  P  P  H  G  G  I  A  F  G  L  D  R  L  C  M  L  -  -  -  -  -  -  - 
---CCTCCCCATGGCGGCATCGCGTTCGGCCTGGACCGGCTCTGCATGCTG---------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 R  D  V  I  A  F  P  K  T  A  Q  A  S  A  S  T  K  L  R  S  T  L  H  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584
 S  P  F  A  G  W  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

asp_euk_P_chromatophora

Class II

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_asp_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  S  H  G  C  G  D  L  R  I  T  N  V  A  N  S  V  Q  L  S  G  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  R  F  R  D  H  G  G  V  I  F  I  D  L  R  D  Q  S  G  T  I  Q  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  D  P  E  Q  G  P  E  L  F  T  Q  A  E  H  L  R  N  E  T  V  L  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  G  M  V  A  A  R  P  T  L  S  I  N  E  R  L  S  T  G  E  I  E  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  K  S  L  T  V  L  N  S  V  N  G  T  F  P  F  S  V  S  I  H  D  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  V  R  E  E  L  R  L  R  Y  R  Y  L  D  L  R  R  E  R  M  N  N  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  L  R  H  N  T  V  K  A  A  R  R  F  L  E  N  E  G  F  I  E  I  E  T 
 -  L  R  H  N  T  V  K  A  A  R  R  F  L  E  N  E  G  F  I  E  I  E  T 
---TTGCGTCACAATACTGTAAAAGCAGCACGCCGGTTTCTAGAAAATGAAGGTTTTATTGAAATAGAAACG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  L  L  T  R  S  T  P  E  G  A  R  D  Y  L  V  P  S  R  V  C  G  G  E 
 P  L  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCCCTTCTTACT------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 W  F  A  L  P  Q  S  P  Q  I  F  K  Q  L  L  M  V  G  G  I  E  R  Y  Y 
 -  -  A  L  P  Q  S  P  Q  I  F  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  E  R  Y  Y 
------GCATTGCCTCAATCACCTCAAATCTTTAAACAA---------------------GAACGCTACTAC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  I  A  R  C  F  R  D  E  D  L  R  A  D  R  Q  P  E  F  T  Q  I  D  M 
 Q  I  A  R  C  F  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  Q  I  D  M 
CAGATAGCTAGATGTTTTCGTGAT------------------------CCAGAATTCACACAGATAGATATG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  M  S  F  M  N  Q  K  E  I  L  R  L  N  E  S  L  I  A  S  I  W  K  E 
 E  M  S  -  -  -  Q  K  E  I  L  R  L  N  E  S  L  I  A  -  -  -  -  - 
GAAATGAGT---------CAGAAGGAAATACTAAGACTAAATGAATCCTTAATTGCA---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  K  D  I  E  L  Q  L  P  F  T  R  M  T  W  H  E  A  T  E  R  Y  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  R  P  D  A  R  Y  G  M  E  L  V  N  I  S  D  I  V  K  N  I  E  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  F  S  S  A  I  A  N  G  G  S  V  K  C  I  A  I  P  E  G  N  D  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  N  T  R  I  K  P  G  G  D  I  L  R  E  A  E  A  S  G  A  G  G  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  I  R  V  R  E  N  G  E  I  D  S  I  G  A  I  K  N  N  L  S  E  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  L  E  L  L  I  R  T  G  A  E  P  G  T  L  L  L  F  G  A  G  D  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  V  N  R  V  L  N  R  V  R  Q  Y  I  A  R  D  L  V  L  I  A  S  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  N  K  I  W  N  F  L  W  V  T  D  F  P  M  F  E  F  N  K  E  E  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  E  A  L  H  H  P  F  C  S  P  N  L  K  D  L  G  D  D  T  A  N  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  R  L  P  N  A  R  A  Q  A  Y  D  L  V  L  N  G  L  E  L  G  G  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Y  D  L  V  L  -  -  -  E  L  G  G  G  S 
---------------------------GCATATGATCTAGTCCTT---------GAGTTAGGGGGAGGATCT

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  R  I  H  N  S  E  L  Q  K  Q  V  L  Q  T  I  G  L  S  A  E  E  A  Q 
 L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTACGT------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  Q  F  G  F  L  M  D  A  L  N  M  G  A  P  P  H  G  G  I  A  F  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  G  G  I  A  F  G  L 
------------------------------------------CCACCTCATGGTGGAATAGCATTTGGATTA

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  R  L  V  M  L  L  A  G  E  E  S  I  R  D  T  I  A  F  P  K  T  Q  Q 
 D  R  L  V  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATCGTCTGGTAATGCTT------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  R  C  L  M  T  Q  A  P  S  N  V  S  N  K  Q  L  E  E  L  Y  V  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607
 T  W  N  P  E  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

asp_euk_N_ceranae

Class II

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_asp_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_asp_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  A  V  E  M  S  F  E  N  L  N  L  E  V  P  F  I  N  L  N  N  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  S  Y  V  D  K  A  I  K  T  R  G  F  V  C  N  I  N  V  F  K  K  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  L  T  L  R  D  Q  N  R  T  L  Q  C  V  L  S  T  T  E  A  A  K  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  N  E  S  Y  I  E  V  E  G  K  I  C  L  V  S  T  K  I  K  S  C  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  E  L  E  L  Q  L  H  T  F  A  I  L  N  A  S  E  S  V  L  P  F  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  D  V  S  Y  T  L  E  D  L  K  K  Y  N  V  S  P  V  S  Y  H  L  C  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  N  R  S  L  Y  L  R  S  P  Q  G  Y  A  I  T  R  I  L  D  A  V  M  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  L  D  A  V  M  F 
---------------------------------------------------ATCAGTAAACATAAATGGTTC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  F  R  D  F  L  R  S  N  G  F  I  E  V  K  T  P  K  L  I  G  G  A  S 
 K  F  R  D  F  L  R  S  N  G  F  I  E  V  K  T  P  K  L  I  -  -  -  - 
AAACTCGAAATATTGCTTAATAGTTTCTAGCTCCGAAGAATAACTTTCGGATAAAAATAC------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  G  G  A  N  C  F  K  V  D  Y  F  A  K  T  A  T  L  A  Q  S  P  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  L  A  Q  S  P  Q  L 
------------------------------------------------TTCCATCTCCAAATCCAAACCTAT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  K  Q  M  C  I  L  G  G  L  K  R  V  Y  E  I  G  H  V  Y  R  A  E  E 
 Y  K  Q  -  -  -  -  -  -  -  K  R  V  Y  E  I  G  H  V  Y  R  A  -  - 
AAACTCGCT---------------------TTCTTCAGCTCTGTAAACATGCCCTATTTCATAAAC------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  N  I  N  R  Y  L  S  E  F  I  G  L  D  L  E  M  E  I  T  D  N  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  S  E  F  I  G  L  D  L  E  M  E  -  -  -  -  Y  I 
---------------------TTGCTTGTAAAGCTGTGGACTTTGAGCTAAAGT------------AAAATA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  V  I  N  F  I  Y  D  L  F  K  S  I  F  V  F  L  S  E  S  Y  S  S  E 
 S  V  I  N  F  I  Y  D  L  F  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCAACTTTAAAACAATTAGCACCACCTTCACT---------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  E  T  I  K  Q  Y  F  E  F  E  P  F  M  F  T  D  N  P  V  I  L  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  D  C  M  K  L  L  K  D  E  Y  N  I  D  M  K  L  E  D  D  F  N  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  E  K  K  L  G  E  I  V  K  K  K  W  N  T  D  I  F  V  I  K  D  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  C  C  R  P  F  Y  T  A  V  D  S  K  T  G  F  T  K  S  Y  D  F  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  Y  D  F  I  I 
------------------------------------------------------CGAGACCAAACAAATCTT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  G  E  E  I  L  S  G  A  E  R  I  N  C  Y  K  T  L  K  E  N  I  E  R 
 -  -  -  E  I  L  S  G  A  E  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TTCAATATATGATTCATTATTAAG---------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 C  G  I  N  I  S  S  L  G  G  Y  L  E  A  F  K  I  G  A  P  P  H  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  H  G  G 
---------------------------------------------------------ACACACAAATCCTCT

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 C  G  I  G  L  E  R  L  V  K  A  Y  F  G  M  K  D  I  R  Y  F  S  L  F 
 C  G  I  G  L  E  R  L  V  K  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGTTTTAATCGCTTTGTCAACATAACTTTTATT---------------------------------------

457458459460461462463464465
 P  R  D  P  N  R  L  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

gly_arch_T_volcanium

Class II

Archaea/Thermoplasma volcanium/amino acid sequences/Tvolcanium_gly_aa

Archaea/Thermoplasma volcanium/nucleotide sequences/Tvolcanium_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  F  E  D  V  V  E  L  A  K  R  R  G  F  F  W  P  S  F  S  I  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  S  S  G  F  Y  D  Y  G  P  L  G  T  L  L  K  D  N  I  I  S  I  W  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  D  N  I  I  S  I  W  K 
------------------------------------------CTTAAGGATAATATAATAAGTATCTGGAAA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  S  Y  A  K  E  G  A  I  F  L  D  T  P  V  I  A  P  A  D  V  F  K  A 
 K  S  Y  A  K  E  G  A  I  F  L  D  T  P  V  I  A  -  -  -  -  -  -  - 
AAATCATACGCTAAGGAAGGGGCAATTTTCTTAGACACGCCGGTTATAGCG---------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  G  H  L  E  K  F  S  D  I  A  V  K  C  E  K  C  K  T  A  Y  K  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  L  L  K  S  V  G  I  D  V  P  L  N  N  V  E  K  A  N  A  V  L  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  D  V  K  C  P  K  C  G  A  P  L  R  G  A  Y  E  F  N  L  M  F  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  T  N  E  L  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  I  N  F  K  N  L  Y  N 
 -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------TACCTTAGGCCTGAGACTGCGCAAGGCATATTT------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  S  R  N  T  M  P  I  I  V  C  Q  V  G  K  G  F  R  N  E  I  S  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  I  I  V  C  Q  V  G  K  G  F  R  N  -  -  -  -  - 
---------------------ATAATAGTCTGCCAAGTCGGGAAAGGTTTCAGGAAT---------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  A  L  I  R  M  R  E  F  T  Q  A  E  V  E  V  F  Y  L  N  D  S  D  F 
 -  -  -  -  -  -  R  E  F  T  Q  A  E  V  E  V  F  -  -  -  -  -  -  - 
------------------AGGGAATTCACCCAGGCTGAAGTCGAGGTATTT---------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  P  N  G  N  S  L  K  F  K  L  L  R  N  T  G  E  E  V  T  V  D  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  A  L  H  S  G  I  V  K  N  P  V  M  A  Y  F  L  E  K  T  Y  S  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  A  Y  F  L  E  K  T  Y  S  I  L 
------------------------------------ATGGCCTATTTCCTCGAGAAGACATACAGCATACTC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  S  I  G  F  N  P  N  H  L  R  A  R  E  H  D  P  L  E  R  A  H  Y  S 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCT---------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  E  T  W  D  F  E  Y  L  M  D  G  E  W  I  E  I  V  G  V  S  D  R  G 
 -  -  T  W  D  F  E  Y  -  -  -  -  -  -  -  E  I  V  G  V  S  D  R  - 
------ACTTGGGACTTCGAATAC---------------------GAGATAGTCGGGGTCTCTGATCGT---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  Y  D  L  G  R  H  Q  Q  F  S  G  E  N  M  E  V  D  G  N  I  P  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  R  V 
---------------------------------------------------------------CCAAGGGTA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  E  P  S  Y  G  I  D  R  I  V  L  T  I  L  N  D  G  Y  Y  I  R  D  N 
 V  E  P  S  Y  G  I  D  R  I  V  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTAGAGCCCTCCTATGGGATAGATAGGATAGTCCTTACT---------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  Y  K  V  L  K  L  D  P  A  V  S  P  L  H  F  A  V  F  P  L  Q  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  G  L  D  A  K  A  K  E  L  F  N  K  I  K  Q  I  D  P  F  V  Y  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  G  G  N  I  G  R  R  Y  A  R  Q  D  E  I  G  T  P  F  C  I  T  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  E  T  L  E  D  S  T  V  T  I  R  E  R  D  S  T  K  Q  V  R  E  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476
 E  E  L  L  Q  K  I  S  D  Y  P  E  Y  P  T  S  L  F  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

gly_arch_T_acidophilum

Class II

Archaea/Thermoplasma acidophilum/amino acid sequences/Tacidophilum_gly_aa

Archaea/Thermoplasma acidophilum/nucleotide sequences/Tacidophilum_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  F  D  D  V  I  E  L  A  K  R  R  G  F  F  W  P  S  Y  M  I  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  S  S  G  F  Y  D  Y  G  P  L  G  T  L  L  K  D  N  I  I  A  A  W  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  D  N  I  I  A  A  W  K 
------------------------------------------TTCATCATCCTTTGTCTGGTAATCAACCGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  E  Y  A  R  E  G  A  I  F  L  D  T  P  V  I  S  P  A  D  V  F  R  A 
 R  E  Y  A  R  E  G  A  I  F  L  D  T  P  V  I  .  .  .  D  -  -  -  - 
CACGCAGAAAGGAGTACCTATTTCGTCCTGTCTTGCGTATCTCCTGCC---------ACT------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  G  H  L  E  K  F  S  D  I  A  V  K  C  S  K  C  G  T  P  Y  K  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  L  I  K  S  L  G  I  N  E  I  A  K  T  V  D  E  A  A  A  I  L  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  D  V  K  C  P  K  C  G  E  K  L  K  N  P  Y  D  F  N  L  M  F  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  S  N  D  L  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  I  N  F  K  N  L  Y  N 
 -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
---------------CTGAAAGTTTTCTCCGGAAAACTGCTGATG---------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  A  R  N  S  M  P  I  I  V  C  Q  V  G  K  G  F  R  N  E  I  S  P  R 
 .  .  .  .  .  .  P  I  I  V  C  Q  V  G  K  G  F  R  N  -  -  -  -  - 
------------------GGTCCAATCACCATCAAGGAGATATTCAAAATCCCATGT---------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  A  L  I  R  M  R  E  F  S  Q  A  E  V  E  V  F  Y  I  E  N  D  D  F 
 -  -  -  -  -  -  R  E  F  S  Q  A  E  V  E  V  F  -  -  -  -  -  -  - 
------------------ATGCTCCCTTGCCCTTATGTGATCCGGTTGGAA---------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  I  P  D  S  S  V  E  L  N  M  L  R  N  T  G  D  L  L  K  M  K  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  A  L  R  S  G  I  I  G  N  R  V  M  A  Y  F  L  N  K  T  Y  E  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  A  Y  F  L  N  K  T  Y  E  I  L 
------------------------------------AAGTTCAACGCTAGAATCAGGGATGGGGAAGTCATC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  K  L  G  F  Q  P  D  H  I  R  A  R  E  H  D  P  G  E  R  A  H  Y  S 
 L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTT---------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  E  T  W  D  F  E  Y  L  L  D  G  D  W  T  E  I  V  G  V  S  D  R  G 
 -  -  T  W  D  F  E  Y  -  -  -  -  -  -  -  E  I  V  G  V  S  D  R  - 
------GTTTCTGAACCCCTTACC---------------------CATTGAGTTTCTGGCGTAATTATA---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  Y  D  L  G  R  H  Q  Q  F  S  G  E  N  F  Q  I  D  G  R  T  P  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  K  V 
---------------------------------------------------------------GACACGGAA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  E  P  S  Y  G  L  D  R  I  L  L  T  I  M  D  S  S  Y  Y  R  R  E  N 
 V  E  P  S  Y  G  L  D  R  I  L  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATAAGGTTGAAATCATATGGATTCTTCAGCTTTTCCCC---------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  Y  K  V  L  R  L  D  P  H  I  S  P  I  H  M  A  I  F  P  L  Q  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  D  L  D  K  I  A  K  D  L  F  E  K  M  K  N  I  D  P  F  I  F  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  S  G  N  I  G  R  R  Y  A  R  Q  D  E  I  G  T  P  F  C  V  T  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  Q  T  K  D  D  E  T  V  T  I  R  E  R  D  S  T  S  Q  V  R  V  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476
 S  D  L  L  E  R  T  R  S  F  P  D  S  L  S  A  L  F  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

gly_arch_N_equitans

Class II

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_gly_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  L  K  E  Y  V  L  K  G  F  F  Y  P  A  S  E  I  Y  N  S  I  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  Y  D  Y  G  Y  L  G  T  L  L  K  N  N  F  I  N  E  W  K  N  Y  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  N  N  F  I  N  E  W  K  N  Y  F  L 
------------------------------AGTTTGGTAATCTATTGTTATTGCATAAGGTACCCCAATTTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  L  H  P  N  F  W  E  V  D  P  A  I  V  M  P  K  E  V  F  I  A  S  G 
 R  .  .  P  N  F  W  E  V  D  P  A  I  V  M  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTC------TCTGTACCTTCTCCCTATAGAGCCTTGTTCATCATA---------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  L  E  N  F  N  D  P  I  V  E  C  K  N  G  H  R  F  R  A  D  H  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  E  K  L  N  I  K  A  E  G  L  S  L  S  E  M  E  E  L  L  K  N  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 C  P  I  C  N  A  P  L  G  K  V  K  W  F  N  L  M  F  P  I  Y  I  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  S  Q  E  A  L  N  L  L  K  N  L  K  E  N  V  S  E  Q  Y  I  K  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  E  R  V  K  K  M  V  E  N  E  A  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  P  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  P  Y  - 
------------------------------------TTCTTTCCATCCATAGGTTGGGAAATTTATTTC---

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  F  K  R  E  F  I  L  H  R  Q  K  L  P  L  G  L  A  V  V  G  K  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  G  L  A  V  V  G  K  A  F 
------------------------------------------TAACTCTCTAAACCTAAGCCTTTCTTCGGG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  N  E  I  S  P  R  Q  L  L  L  R  L  R  E  F  T  Q  A  E  L  Q  I  F 
 R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  T  Q  A  E  L  Q  I  F 
GATTCC---------------------------------AAAATAAGCATAAAACTCTGGGAATGGCAAATC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  D  P  E  D  N  E  F  D  I  N  E  V  K  D  V  E  L  N  F  L  D  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  N  Y  K  R  I  K  V  K  D  L  P  F  P  E  F  Y  A  Y  F  V  G  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  A  Y  F  V  G  K  V 
------------------------------------------------TGTGAACTCTCTCAATCTTAATAA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  Q  F  Y  E  R  L  G  I  P  E  E  R  L  R  F  R  E  L  S  E  K  E  K 
 K  Q  F  Y  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAATTGCCTAGGACT---------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  F  Y  N  K  Y  H  V  D  I  E  I  N  F  P  T  Y  G  W  K  E  V  G  G 
 -  -  -  -  -  -  H  V  D  I  E  I  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  G  G 
------------------TTTAAACATAACATATGG------------------------ATAAGCTTCATT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  H  Y  R  T  D  H  D  L  S  G  H  M  K  V  S  G  K  D  L  T  V  Q  K 
 I  H  Y  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCAACCATTTT------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  N  K  K  F  I  P  H  V  L  E  L  S  F  G  V  D  R  N  V  L  A  L  I 
 -  -  -  -  -  -  P  H  V  L  E  L  S  F  G  V  D  R  N  V  L  A  -  - 
------------------TTGGGAATCGGGCCCAATATAAATGGGAAACATCAAATTGAACCATTT------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  L  F  L  T  E  E  E  Y  E  I  E  R  D  N  Q  K  V  K  E  K  R  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  K  I  P  K  H  L  A  P  I  K  V  A  V  F  P  L  L  K  K  P  E  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  K  A  K  E  V  Y  N  M  L  K  N  Y  F  Y  P  I  I  Y  D  E  Q  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  G  R  R  Y  R  R  V  D  E  I  G  V  P  Y  A  I  T  I  D  Y  Q  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  D  N  T  V  T  I  R  D  R  D  T  M  K  Q  V  R  V  K  I  E  D  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512
 N  Q  L  T  L  S  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

gly_arch_M_kandleri

Class II

Archaea/Methanopyrus kandleri/amino acid sequences/Mkandleri_gly_aa

Archaea/Methanopyrus kandleri/nucleotide sequences/Mkandleri_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  E  D  V  Y  E  R  I  M  E  I  A  R  R  R  G  F  I  L  P  A  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  Y  G  G  A  R  G  F  Y  D  Y  G  P  L  G  A  L  L  K  R  K  I  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  R  K  I  E  E 
---------------------------------------------------CGTGTCGTCCTCGAGAGTTTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  W  R  E  Y  Y  V  H  K  E  G  F  M  E  I  E  A  P  N  L  L  I  G  E 
 K  W  R  E  Y  Y  V  H  .  E  G  F  M  E  I  E  A  P  N  L  L  -  -  - 
GTGGTCTACGGTGACGCAGTACGG---ACCGATCTCGTCGGCGCGAGCGTATCGTCTGCCTAT---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  F  E  A  S  G  H  V  E  H  F  I  D  P  M  T  H  C  S  E  C  G  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  R  A  D  H  L  A  E  E  E  L  G  V  D  A  E  G  M  S  P  E  E  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  L  I  R  E  H  D  L  R  C  P  E  C  G  G  E  L  A  E  V  T  E  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  M  F  D  T  N  I  G  P  K  E  G  R  T  G  Y  L  R  P  E  T  A  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E  T  A  Q  A 
---------------------------------------------GCACTCCGGTGGCACCTCTACCTCCTT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  F  I  Q  F  K  D  L  Y  R  W  A  R  Q  K  L  P  F  G  V  V  Q  I  G 
 I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  V  V  Q  I  G 
GCCGTC---------------------------------------------GGTGATCCGACGTAGCGCCTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  A  Y  R  N  E  I  S  P  R  Q  G  V  I  R  L  R  E  F  T  Q  A  E  A 
 R  A  Y  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  T  Q  A  E  A 
CGCGATCTTCGGGGC---------------------------------CACGGGTTCCGGGCGGTAGACTAT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  V  F  F  D  P  E  E  K  E  Y  P  G  F  E  R  Y  A  D  E  V  L  K  F 
 E  V  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTGGGCTC---------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  P  I  E  E  Q  R  K  E  N  G  E  M  L  E  M  S  V  R  E  A  V  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  M  V  S  Q  P  I  G  Y  F  L  G  L  T  K  R  M  L  N  E  M  G  V  P 
 -  -  -  -  -  -  I  G  Y  F  L  G  L  T  K  R  M  L  N  -  -  -  -  - 
------------------CCGCTCTTCGGGAAGGTGCTGACGCGATCGGATGGCTTC---------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  E  A  I  R  S  R  Q  H  L  P  E  E  R  A  H  Y  A  S  D  C  W  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  W  D  V 
------------------------------------------------------------CTCCTCGACTGC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  V  K  L  E  R  F  G  W  V  E  V  V  G  I  A  D  R  T  D  Y  D  L  K 
 E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  V  G  I  A  D  R  -  -  -  -  -  - 
CTCACG------------------------GTTCTCCTTCCGCTGTTCCTCTAT------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  H  S  E  H  S  G  E  D  L  R  A  F  R  E  L  E  E  P  K  I  V  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  E  P  V  M  K  E  L  G  P  R  F  K  S  D  A  P  K  I  A  E  A  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  I  T  A  E  S  E  D  E  L  K  G  G  L  T  V  E  V  D  G  K  E  V  E 
 -  -  -  -  -  S  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
---------------CTT------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  P  P  E  C  Y  E  I  V  K  E  K  V  T  G  E  R  F  Y  P  H  V  I  E 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  H  V  I  E 
------------------------------------------------------------GTTGAACTCAGT

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  S  Y  G  I  D  R  I  L  Y  C  V  L  E  H  N  F  D  P  E  E  G  V  F 
 P  S  Y  G  I  D  R  I  L  Y  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACCTCAGCGAGCTCCCCACCGCACTCGGGACA---------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  F  P  A  W  L  A  P  I  E  V  G  V  F  P  L  L  K  R  S  D  M  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Y  A  R  R  V  A  R  M  L  R  E  E  G  F  T  V  E  Y  D  D  S  G  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  R  R  Y  A  R  A  D  E  I  G  V  P  Y  C  V  T  V  D  H  E  T  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  D  T  V  T  I  R  D  R  D  T  T  E  Q  V  R  V  E  V  D  E  L  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571
 V  L  R  G  L  I  D  G  D  L  E  F  E  E  A  G  D  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

gly_arch_M_thermautotrophicus

Class II

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/amino acid sequences/Mthermautotrophicus_gly_aa

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/nucleotide sequences/Mthermautotrophicus_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  H  E  R  T  M  T  V  A  R  K  R  G  F  L  W  S  S  F  E  I  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  V  A  G  F  V  D  Y  G  P  L  G  A  T  L  K  N  K  I  M  N  R  W  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  N  K  I  M  N  R  W  R 
------------------------------------------CACCGTAACTGCAAATGGGACACCTATCTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  F  Y  V  V  R  E  G  F  Y  E  I  E  S  P  T  I  M  P  E  E  A  L  K 
 E  F  Y  V  V  .  E  G  F  Y  E  I  E  S  P  T  I  M  -  -  -  -  -  - 
ATCTGCACGGGCATA---TCTTCCTATTGTTCCTGATGAATCAAATTCTGCAAT------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  S  G  H  V  D  H  F  N  D  P  M  T  Q  C  K  E  C  M  D  V  Y  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  H  I  I  E  D  A  T  G  R  D  V  E  G  L  E  N  Q  E  L  T  E  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  D  E  G  I  R  C  P  R  C  G  G  H  L  T  H  V  W  S  Y  N  L  M  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  T  L  I  G  A  R  G  K  K  T  G  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  - 
------------------------------------CTCGAATTCACCCTCAAGGATGAACCTTCCCTC---

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  F  K  R  L  L  R  F  F  R  N  R  L  P  F  G  V  V  Q  L  G  K  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  V  V  Q  L  G  K  S  Y 
------------------------------------------GGCACTGGCTATCCTGGCGGCATCCTTACG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  N  E  I  S  P  R  Q  G  V  I  R  L  R  E  F  T  Q  A  E  A  E  I  F 
 R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  T  Q  A  E  A  E  I  F 
GAATTT---------------------------------ACGTTTCCTAATCCTCCTTGGCTCATCATATTC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  D  P  E  H  K  T  H  P  D  F  E  E  V  K  E  D  I  L  R  L  Y  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  R  Q  M  E  E  S  G  T  V  D  M  T  A  A  E  A  L  E  A  G  V  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  E  V  L  T  Y  H  L  C  L  A  K  R  F  L  M  D  I  G  I  P  E  D  A 
 -  -  -  L  T  Y  H  L  C  L  A  K  R  F  L  M  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TGGAAGGTGCTGCCTGAACCTCAGGGCATCCTCGGGGAT------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  R  F  R  Q  H  L  P  S  E  M  A  H  Y  A  I  D  C  W  D  V  E  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  W  D  V  E  A  - 
---------------------------------------------------AAGGGCCTCAGCGGCCGT---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  D  S  Y  G  W  I  E  I  I  G  I  A  D  R  T  D  Y  D  L  R  S  H  S 
 -  -  -  -  -  -  -  E  I  I  G  I  A  D  R  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------CATCTGTCTCCCGGCAGGGTACAG---------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  H  S  G  E  D  L  R  V  F  I  E  Y  D  E  P  R  R  I  R  K  R  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  P  D  M  G  K  L  G  P  K  F  R  K  D  A  A  R  I  A  S  A  L  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  D  V  E  E  I  E  K  A  L  D  E  E  G  R  F  I  L  E  G  E  F  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  P  D  D  V  S  F  E  D  V  E  E  V  V  T  G  R  K  V  Y  P  H  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  H  V  I 
------------------------------------------------------------GGTTAAGTGGCC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  P  S  F  G  I  D  R  I  I  Y  T  L  L  L  H  S  L  V  D  D  G  E  R 
 E  P  S  F  G  I  D  R  I  I  Y  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCCACACCTGGGACACCTTATCCCCTCATCTGATAT------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  Y  F  R  L  P  P  H  V  A  P  V  E  V  T  V  L  P  L  V  N  R  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 M  V  M  T  A  L  E  I  E  R  N  L  R  R  S  G  F  I  A  E  F  D  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  T  I  G  R  R  Y  A  R  A  D  E  I  G  V  P  F  A  V  T  V  D  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 T  L  E  D  G  T  V  T  L  R  N  R  D  D  C  S  Q  V  R  V  K  I  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562
 L  V  P  T  L  E  K  L  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

gly_arch_P_aerophilum

Class II

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_gly_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  R  A  E  T  L  E  E  I  V  K  R  R  L  L  Y  W  P  S  S  E  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  G  V  G  G  F  Y  D  Y  G  P  L  G  V  Q  L  R  R  N  I  V  E  K  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  R  N  I  V  E  K  W 
---------------------------------------------CTAAGGCGTAATATAGTGGAGAAGTGG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  K  V  F  V  L  P  Y  Q  D  L  I  I  E  V  E  T  P  I  I  M  P  E  P 
 R  K  V  F  V  L  .  .  .  D  L  I  I  E  V  E  T  P  I  I  M  -  -  - 
CGTAAGGTGTTTGTACTC---------GATCTCATAATTGAAGTGGAGACGCCTATTATCATG---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  F  K  A  S  G  H  L  D  H  F  T  D  Y  L  V  T  C  T  K  C  G  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  R  A  D  H  L  V  E  E  E  L  A  K  R  G  L  K  I  S  T  E  G  M  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  S  D  L  E  R  L  I  S  E  H  K  I  V  C  P  H  C  G  G  P  L  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  E  T  F  N  L  L  F  K  T  T  I  G  P  Y  S  E  N  A  G  Y  L  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P 
------------------------------------------------------------TATTTGAGGCCG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  T  A  Q  G  M  F  V  A  F  P  R  L  A  E  Y  V  G  R  R  H  P  F  G 
 E  T  A  Q  G  M  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G 
GAGACCGCCCAGGGTATGTTC---------------------------------------------TTCGGC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  A  Q  I  G  R  V  A  R  N  E  I  S  P  R  G  G  L  M  R  L  R  E  F 
 V  A  Q  I  G  R  V  A  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F 
GTGGCGCAGATTGGCCGGGTTGCGCGTAAT---------------------------------AGAGAGTTT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  Q  M  E  I  E  L  F  F  D  P  Q  N  P  K  C  P  Y  F  A  E  V  E  S 
 T  Q  M  E  I  E  L  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACGCAAATGGAGATAGAGCTGTTT------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  E  I  P  I  V  P  E  E  F  V  A  K  G  Q  T  E  P  V  Y  L  T  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  V  V  E  R  G  H  A  N  E  W  M  A  F  F  M  A  L  A  A  K  F  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  A  F  F  M  A  L  A  A  K  F  L  K 
---------------------------------ATGGCGTTTTTCATGGCGTTAGCCGCGAAGTTTTTAAAA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  L  G  V  P  I  E  R  Q  K  F  L  G  K  L  P  H  E  R  A  H  Y  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  S  Y  D  Q  M  V  L  T  E  R  F  G  W  V  E  V  S  G  H  A  Y  R  T 
 -  S  Y  D  Q  M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  S  G  H  A  Y  R  - 
---TCTTACGACCAAATGGTG------------------------GAGGTTTCCGGCCACGCCTACCGC---

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  Y  D  L  S  G  H  S  K  F  S  S  R  E  M  Y  L  E  R  R  L  S  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  E  V  E  V  V  R  L  Y  P  N  P  N  A  I  R  E  R  Y  G  D  K  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  V  I  K  A  I  K  E  H  E  G  R  V  I  E  A  F  N  R  G  M  S  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  L  G  E  Y  V  I  S  R  D  M  V  Y  I  K  L  E  K  R  K  T  D  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  F  I  P  H  V  V  E  P  S  F  G  L  D  R  I  M  Y  V  V  L  E  S  A 
 -  -  -  P  H  V  V  E  P  S  F  G  L  D  R  I  M  Y  V  -  -  -  -  - 
---------CCGCACGTGGTGGAGCCCTCCTTCGGGCTTGACAGAATTATGTATGTA---------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  V  E  E  E  G  R  V  Y  L  R  L  P  P  D  I  A  P  V  K  A  C  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  I  V  K  R  A  D  Y  V  E  I  G  R  T  L  W  R  S  L  A  R  Q  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  V  L  Y  E  D  E  G  T  I  G  S  R  Y  A  S  C  D  E  I  G  T  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  V  T  I  D  E  K  T  P  V  D  G  T  V  T  I  R  D  R  D  T  K  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  R  V  K  L  G  D  V  V  T  F  V  S  M  V  A  G  G  A  S  F  D  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586
 A  R  A  L  G  A  A  P  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

gly_arch_P_delaneyi

Class II

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_gly_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  S  R  S  I  A  S  E  D  R  Y  E  Q  V  M  E  L  A  K  R  R  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  W  P  S  Y  E  I  Y  G  G  V  A  G  F  Y  D  L  G  P  L  G  A  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
---------------------------------------------------------------------CTG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  D  K  I  I  A  L  W  R  H  Y  F  I  R  R  H  S  H  I  V  V  E  I  E 
 K  D  K  I  I  A  L  W  R  H  Y  F  I  R  .  .  .  H  I  V  V  E  I  E 
GTAGTCCACGGTGATAGCTGCGGGCACGCCGATCTCATCTAC---------CCTTCGACCTATACTACCGTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  P  V  I  A  P  A  R  V  F  E  A  S  G  H  L  E  H  F  T  D  P  I  V 
 T  P  V  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCATCATATATAGC---------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  C  L  N  C  R  R  K  F  R  A  D  H  L  I  E  E  R  L  D  I  K  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  L  S  L  E  E  M  T  R  I  I  R  E  H  N  I  R  C  P  V  C  G  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  G  E  V  R  S  F  N  L  L  F  K  T  T  I  G  P  Y  S  E  N  V  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y 
---------------------------------------------------------------------TAT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  R  P  E  T  A  Q  G  M  F  V  A  F  K  R  V  H  E  V  T  R  Q  R  L 
 L  R  P  E  T  A  Q  G  M  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTTACACCGGCTACCTCTATGAAGCCTTT------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  L  G  I  A  Q  I  G  R  V  A  R  N  E  I  S  P  R  Q  G  M  I  R  L 
 -  L  G  I  A  Q  I  G  R  V  A  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AGCCTCTAGTATCTCTCTAGCTCGCTGGCGGAATGT---------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  E  F  T  I  A  E  M  E  F  F  F  D  P  E  D  P  W  H  G  G  I  L  E 
 R  E  F  T  I  A  E  M  E  F  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCGCTTCTTTACCACCTTGGGCTCCTTGAACTG---------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  L  L  D  R  V  S  H  R  K  L  R  I  L  R  T  D  A  K  A  K  G  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  P  E  E  Y  G  V  R  E  A  I  E  E  G  I  I  V  T  P  W  L  A  Y  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  A  Y  W 
------------------------------------------------------------GTACATATTCTC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  A  V  A  R  D  F  I  M  E  L  G  V  P  Y  E  N  M  Y  F  E  E  K  A 
 M  A  V  A  R  D  F  I  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTAGGGTACACCGAGCTCCATTATGAA---------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  E  E  R  A  H  Y  A  A  Q  T  F  D  Q  L  V  K  V  S  R  L  G  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  D  Q  L  V  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------GTATTCTTCGGGCTTGTC------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  V  S  G  H  A  Y  R  T  D  Y  D  L  S  R  H  M  K  Y  S  G  Q  D  L 
 E  V  S  G  H  A  Y  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACGGAGTATGCGTAGCTTCCGGTG------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  V  F  K  Q  F  K  E  P  K  V  V  K  K  R  V  V  I  I  D  R  A  W  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  R  T  F  R  Q  R  A  R  E  I  L  E  A  A  Q  N  L  D  P  D  E  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  I  L  R  D  K  G  F  I  E  V  A  G  V  K  I  P  A  E  H  V  K  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  K  V  E  K  V  T  G  K  R  F  I  P  H  V  A  E  P  S  F  G  V  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  H  V  A  E  P  S  F  G  V  E  R 
------------------------------------CTCGCCCAGGGGGCCACCGCATACTGGGCAACGTAT

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  L  F  V  T  L  D  Y  A  Y  S  E  K  D  G  R  V  V  L  R  I  P  R  R 
 L  L  F  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTGTGTTCGCG------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  A  P  I  E  A  A  V  F  P  I  V  R  D  E  K  L  V  E  I  A  R  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 W  W  R  I  L  E  N  G  M  Y  A  I  Y  D  D  D  G  S  I  G  R  R  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  V  D  E  I  G  V  P  A  A  I  T  V  D  Y  Q  T  L  E  D  N  T  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  R  D  R  D  T  W  K  Q  V  R  I  P  V  D  S  V  V  D  A  L  R  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590
 I  E  G  A  D  I  T  E  L  G  K  P  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

gly_arch_P_horikoshii

Class II

Archaea/Pyrococcus horikoshii/amino acid sequences/Phorikoshii_gly_aa

Archaea/Pyrococcus horikoshii/nucleotide sequences/Phorikoshii_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  G  K  F  D  K  Y  E  Y  L  Q  D  L  M  R  R  R  G  F  A  W  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  E  I  Y  G  G  S  R  G  F  Y  D  Y  G  P  L  G  A  T  I  K  R  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  R  K  I 
---------------------------------------------------------GTAAGGTGTTCCAAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  R  K  I  R  E  A  F  I  R  E  G  F  F  E  I  E  T  P  D  I  T  P  E 
 E  R  K  I  R  E  A  F  I  R  E  G  F  F  E  I  E  T  P  D  I  T  -  - 
TTCATCGTAGCGCATGTACCTCTTTCCTATGCTGTCCTTTTCATCGTAAACTACTATGAATCCCTC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  V  F  I  A  S  G  H  V  E  K  F  V  D  P  V  V  E  C  K  K  C  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  F  R  A  D  H  L  I  E  E  F  L  G  I  D  V  E  G  K  S  A  E  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  R  I  I  R  E  H  G  L  K  C  P  E  C  G  G  E  L  S  D  V  F  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  L  M  F  E  T  Y  I  G  P  Y  K  D  K  K  A  Y  L  R  P  E  T  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E  T  A  Q 
------------------------------------------------ACCTTCAATCGTGACCTTTCCTTT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  I  F  V  N  F  K  R  L  N  A  F  A  R  N  K  L  P  F  G  V  F  Q  I 
 G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  V  F  Q  I 
CTCATTAAG---------------------------------------------AATTTCATTTATTTTCTT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  K  A  Y  R  N  E  I  S  P  R  Q  G  M  I  R  L  R  E  F  T  Q  A  E 
 G  K  A  Y  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  T  Q  A  E 
TGCATCCGCCTTGAGCTT---------------------------------AATTCTCTTAACGACCTTCGG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  E  I  F  F  N  P  N  E  T  E  H  P  H  F  N  E  V  K  H  E  K  L  K 
 A  E  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTGTCATAATG------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  Y  P  I  E  N  Q  L  K  E  L  G  E  V  E  V  T  A  E  E  A  V  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  Y  V  M  N  S  F  F  A  Y  Y  M  V  M  I  K  K  I  L  L  D  I  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  F  A  Y  Y  M  V  M  I  K  K  I  L  L  -  -  -  - 
---------------------GGGTAATTGTTGCCTGAATCGTATCTTATCCTCTGGAAT------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  E  D  K  I  R  F  R  Q  Q  L  P  E  E  R  A  H  Y  S  A  D  T  W  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  W  D 
---------------------------------------------------------------CACTGCTTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  E  V  Y  S  E  R  F  G  W  V  E  C  V  G  L  A  Y  R  T  D  Y  D  L 
 A  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  E  C  V  G  L  A  Y  R  -  -  -  -  - 
TTCAGCTGT------------------------AAGCTGGTTTTCTATTGGGTATAG---------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  R  H  M  K  M  S  G  A  D  L  T  V  M  I  H  Y  D  K  P  K  V  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  I  Q  V  S  L  N  M  K  K  V  G  P  K  L  K  A  D  A  K  K  I  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------AGA---------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  I  K  S  M  D  Q  K  E  L  E  K  L  V  K  D  L  N  E  K  G  K  V  T 
 .  .  .  .  M  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------ATT---------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  E  G  Y  E  L  S  K  E  D  F  I  V  K  E  V  E  E  K  I  T  G  E  K 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  V  P  H  V  L  E  P  S  F  G  I  D  R  P  F  Y  L  L  L  E  N  S  L 
 I  .  .  H  .  .  E  P  S  F  G  I  D  R  P  F  Y  L  -  -  -  -  -  - 
GCT------CCC------TTCGGGGCACTTCAAACCATGTTCCCTAATTATCCT------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  V  D  E  D  G  R  I  Y  L  K  I  K  K  D  M  A  P  I  E  V  A  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  L  V  A  K  E  P  L  T  T  I  A  Y  E  I  Y  R  T  L  Q  K  E  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  V  V  Y  D  E  K  D  S  I  G  K  R  Y  M  R  Y  D  E  I  G  T  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 C  V  T  V  D  N  Q  T  P  E  D  G  T  V  T  I  R  D  R  D  T  R  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570
 I  R  V  K  I  E  E  L  P  R  K  L  K  E  L  I  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

gly_arch_P_occultum

Class II

Archaea/Pyrodictium occultum/amino acid sequences/Poccultum_gly_aa

Archaea/Pyrodictium occultum/nucleotide sequences/Poccultum_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  A  S  N  T  I  A  K  D  R  Y  D  R  V  I  E  L  A  K  R  R  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  W  P  S  Y  E  I  Y  G  G  V  A  G  F  Y  D  L  G  P  L  G  V  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
---------------------------------------------------------------------CTG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  E  K  I  V  A  L  W  R  D  Y  F  I  R  R  H  N  H  I  V  V  E  I  E 
 K  E  K  I  V  A  L  W  R  D  Y  F  I  R  .  .  .  H  I  V  V  E  I  E 
GTAGTCTACGGTTATCGCGGCCGGCACTCCTATCTCGTCTAC---------CCTGCGGCCTATGCTTCCATC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  P  V  I  A  P  A  K  V  F  E  A  S  G  H  L  E  H  F  T  D  P  I  V 
 T  P  V  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCATCGTATATCGC---------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  C  L  R  C  R  R  K  F  R  A  D  H  L  I  E  E  K  T  G  I  R  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  L  T  L  E  E  M  T  R  I  I  R  E  H  D  I  R  C  P  V  C  G  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  S  E  V  R  A  F  N  L  L  F  K  T  T  I  G  P  Y  S  E  S  V  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y 
---------------------------------------------------------------------TAT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  R  P  E  T  A  Q  G  M  F  V  S  F  K  R  V  F  E  V  S  R  Q  R  L 
 L  R  P  E  T  A  Q  G  M  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTCTCGCCGGCCACCTCTATGTAGCCTTT------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  L  G  I  A  Q  V  G  R  V  A  R  N  E  I  S  P  R  Q  G  I  M  R  L 
 -  L  G  I  A  Q  V  G  R  V  A  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TGCCTCTAGTATCTCGCGGGCACGCTTCCGGAAGGT---------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  E  F  T  I  A  E  M  E  F  F  F  D  P  E  D  P  W  H  G  G  V  L  E 
 R  E  F  T  I  A  E  M  E  F  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTCTTTCTGACTATCTTGGGCTCCTGGTACTG---------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  L  L  G  S  V  E  H  R  K  L  R  I  L  R  A  E  A  K  A  Q  G  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  P  E  E  Y  G  V  R  E  A  I  E  E  G  V  V  R  T  P  W  L  A  Y  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  A  Y  W 
------------------------------------------------------------GTACATGTCCCC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  A  I  A  R  D  F  V  M  E  L  G  V  P  Y  G  D  M  Y  F  E  E  K  A 
 M  A  I  A  R  D  F  V  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTAGGGTACGCCCAACTCCATGACGAA---------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  E  E  R  A  H  Y  A  A  Q  T  F  D  Q  L  V  R  V  S  R  L  G  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  D  Q  L  V  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------GTACTCCTCGGGCTTCTC------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  V  S  G  H  A  Y  R  T  D  Y  D  L  R  R  H  M  Q  Y  S  G  H  D  L 
 E  V  S  G  H  A  Y  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCGGAGTATGCGTAGCTTACGGTG------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  V  F  K  Q  Y  Q  E  P  K  I  V  R  K  K  M  V  L  L  D  R  A  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  R  T  F  R  K  R  A  R  E  I  L  E  A  A  R  S  L  D  P  E  T  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  E  L  R  E  K  G  Y  I  E  V  A  G  E  K  I  P  A  E  H  I  K  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  K  E  E  K  V  T  G  K  R  F  L  P  H  V  A  E  P  S  F  G  V  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  H  V  A  E  P  S  F  G  V  E  R 
------------------------------------CTCGCTGAGGGGGCCGCCGCACACGGGGCACCTTAT

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  I  F  V  A  L  D  H  A  Y  S  E  R  G  E  R  V  V  L  R  L  P  R  R 
 L  I  F  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCGTGCTCCCG------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  A  P  I  E  A  A  V  F  P  I  V  R  E  E  S  L  V  R  I  A  R  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 W  R  K  L  L  E  N  G  M  Y  A  I  Y  D  D  D  G  S  I  G  R  R  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  V  D  E  I  G  V  P  A  A  I  T  V  D  Y  Q  T  L  E  D  N  T  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  R  D  R  D  T  W  K  Q  V  R  V  P  V  N  R  I  A  E  A  V  K  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590
 I  E  G  A  S  L  E  E  I  G  T  P  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

gly_bact_R_marinus

Class II

Archaea/Rhodothermus marinus/amino acid sequences/Rmarinus_gly_aa

Archaea/Rhodothermus marinus/nucleotide sequences/Rmarinus_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  D  R  L  E  K  I  V  S  L  C  K  R  R  G  F  I  F  P  S  S  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  G  G  L  A  A  V  Y  D  Y  G  P  L  G  V  E  L  K  R  N  V  Q  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  R  N  V  Q  Q  R 
------------------------------------------------TTCGAGCGTCTGGCTGTCGATCGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 W  W  E  A  M  V  Y  E  H  E  N  I  V  G  L  D  A  A  I  L  M  H  P  M 
 W  W  E  A  M  V  Y  E  .  .  N  I  V  G  L  D  A  A  I  L  M  -  -  - 
GACGCAGAAGGGCGTGCCCACCTC------GCGCCGATAGCGCCGGCCGATGGCACCTTTCTC---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  W  K  A  S  G  H  V  D  A  F  N  D  P  L  I  D  D  R  Q  S  K  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  R  A  D  Q  L  I  E  D  Y  I  E  K  L  R  A  K  G  E  T  E  R  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  L  H  R  R  L  I  E  A  L  N  A  E  D  M  P  K  A  L  Y  Q  I  I  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  E  R  I  P  S  P  D  S  G  A  F  D  W  T  E  V  R  Q  F  N  L  M  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  T  H  V  G  P  V  A  S  E  E  T  K  V  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I 
------------------------------------------CTGCCAGCCCATCGGGAACAGGTACTGAAT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  V  N  F  H  N  V  K  D  S  S  R  L  Q  I  P  F  G  I  A  Q  I  G  K 
 F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  I  A  Q  I  G  K 
ATC---------------------------------------------GCGCAGGTGATCCGGCCGGATACC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  F  R  N  E  I  V  A  R  Q  F  I  F  R  M  R  E  F  E  Q  M  E  M  Q 
 A  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  E  Q  M  E  M  Q 
GTTTTCGATGTG---------------------------------CGCCTCCATCTGCGTGCCCGGCTTTAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  F  V  K  P  G  T  Q  M  E  A  F  E  A  W  K  E  K  R  L  Q  W  H  I 
 Y  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  E  A  W  K  E  K  R  L  Q  W  H  I 
GAAGTA---------------------------CATCCGGAAGATGAACTGCCGGGCCACGATCTCATTGCG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  N  G  I  R  P  D  H  L  R  F  H  V  H  E  K  L  A  H  Y  A  D  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A 
---------------------------------------------------------------------GTT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  D  I  Q  Y  L  F  P  M  G  W  Q  E  V  E  G  I  H  S  R  T  D  Y  D 
 V  D  I  Q  Y  -  -  -  -  -  -  -  E  V  E  G  I  H  S  R  -  -  -  - 
GACAAAAATGCCCTG---------------------GACCTTCGTTTCTTCGGAGGCCAC------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  R  R  H  Q  E  F  S  G  K  K  M  E  Y  F  D  P  Q  T  Q  E  R  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  Y  V  V  E  T  S  A  G  L  D  R  T  I  L  M  L  L  C  E  A  Y  D  E 
 P  Y  V  V  E  T  S  A  G  L  D  R  T  I  L  M  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCGTCCATGATGATCTGGTAGAGCGCCTTCGGCATGTCCTCGGCGTT------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  E  V  E  G  E  T  R  V  V  L  R  L  H  P  R  L  A  P  I  K  V  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  P  L  V  R  K  D  G  M  P  E  R  A  Q  A  L  V  R  D  L  R  P  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 N  T  F  Y  D  E  K  G  A  I  G  R  R  Y  R  R  M  D  E  V  G  T  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 C  V  T  I  D  S  Q  T  L  E  D  G  T  V  T  V  R  D  R  D  T  M  Q  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  R  I  P  E  T  Q  V  L  A  Y  I  K  D  R  L  R  H  W  K  P  V  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481
 T 
 - 
---

gly_arch_S_acidocaldarius

Class II

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/amino acid sequences/Sacidocaldarius_gly_aa

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/nucleotide sequences/Sacidocaldarius_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  D  L  Q  T  K  V  I  E  L  A  R  R  R  G  I  F  W  P  S  Y  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  G  G  V  A  G  L  Y  D  I  G  P  I  G  V  R  I  K  N  K  I  V  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  N  K  I  V  D  L 
------------------------------------------------TCTTATTGTTACAGTATTATCAGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 W  R  K  H  F  I  K  D  N  S  D  F  V  V  E  I  D  T  P  A  L  T  P  Y 
 W  R  K  H  F  I  K  D  .  .  .  F  V  V  E  I  D  T  P  A  L  T  -  - 
CAATGTCATAGGATCTACGGTAAT---------CACACCGATTTCATCAACTCTGGCGTATCTTTT------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  V  L  E  A  S  G  H  V  D  N  F  T  D  P  V  V  E  C  N  S  C  H  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  Y  R  A  D  H  L  V  E  E  I  A  K  V  T  T  E  G  L  P  P  S  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  K  I  I  R  E  K  G  I  K  C  P  K  C  G  G  E  L  G  E  V  R  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  L  L  F  E  T  R  I  G  P  Y  S  T  N  K  A  F  L  R  P  E  T  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  R  P  E  T  A  Q 
------------------------------------------------TTCAACTATTTTCACATACATATC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  M  F  T  S  F  K  R  V  Y  E  A  F  R  Q  K  L  P  I  G  I  A  Q  I 
 G  M  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  G  I  A  Q  I 
TATGTCTTT---------------------------------------------AACGGTTTTAGTATTTAT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  K  V  G  R  N  E  I  S  P  R  Q  G  L  I  R  M  R  E  F  T  I  M  E 
 G  K  V  G  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  T  I  M  E 
TATTTCCATGATTGTTTT---------------------------------CTTGTTTAATATTAATGTTTT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  E  F  F  F  D  P  T  S  D  V  E  P  P  L  D  R  L  Y  D  L  E  I  N 
 V  E  F  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTCTTAACAAT------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  L  R  G  D  D  K  A  R  G  E  E  K  Y  T  K  Y  K  F  S  E  I  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  K  I  V  I  N  K  W  M  A  Y  W  M  G  V  A  S  N  F  V  N  S  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  M  A  Y  W  M  G  V  A  S  N  F  V  N  -  -  - 
------------------------TGCTCTTTCATGTGGTAGCTTTTCCTCAAAGTAAAATGA---------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  S  S  F  Y  F  E  E  K  L  P  H  E  R  A  H  Y  S  K  Q  T  F  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  D  Q 
------------------------------------------------------------TATTTTCTCATT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  V  V  I  D  N  V  K  V  E  I  S  G  H  A  Y  R  S  D  Y  D  L  S  R 
 I  V  -  -  -  -  -  -  -  E  I  S  G  H  A  Y  R  -  -  -  -  -  -  - 
AACTAT---------------------ATATTTTTCTTCGCCTCTTGCTTT---------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  S  T  Y  S  G  Q  D  L  S  I  F  K  K  F  D  T  P  K  I  V  K  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  L  I  L  N  K  D  L  V  T  K  E  G  R  D  F  N  K  T  I  M  E  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  T  K  T  V  E  E  I  E  R  M  I  L  N  K  E  K  V  L  G  K  D  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 M  Y  V  K  I  V  E  R  E  E  K  I  S  G  E  R  V  I  P  H  V  I  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  H  V  I  E  P 
------------------------------------------------------TTCAAATAATAGGTTGAA

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  F  G  V  E  R  C  L  Y  L  T  L  L  N  S  Y  M  E  K  D  G  R  I  I 
 S  F  G  V  E  R  C  L  Y  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAGTCTAACTTCTCCAAGCTCGCCACCACA------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  S  L  P  K  R  L  S  P  Y  D  I  A  I  F  P  L  L  E  K  D  E  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  K  A  R  E  I  Y  D  S  L  K  E  K  Y  D  I  I  F  D  D  S  G  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  K  R  Y  A  R  V  D  E  I  G  V  P  Y  S  I  T  V  D  P  M  T  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  N  T  V  T  I  R  D  R  D  S  W  Q  Q  I  R  V  N  I  T  D  L  M  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574
 V  L  D  R  L  F  K  G  E  D  F  N  K  L  G  K  V  V  S  N  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

gly_arch_S_marinus

Class II

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_gly_aa

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  N  K  Q  V  D  K  Y  Q  I  L  L  D  L  G  K  R  R  G  L  F  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  Y  E  I  Y  G  G  V  A  G  F  Y  D  F  G  P  N  G  V  L  I  K  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  R  N 
------------------------------------------------------------TTGGTAATCAAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  I  N  E  W  L  N  N  L  V  Y  N  T  G  L  V  L  E  I  E  T  P  I  I 
 I  I  N  E  W  L  N  N  L  V  Y  .  .  G  L  V  L  E  I  E  T  P  I  I 
TGTTATAGCATATGGTATACCTATTTCATCGGC------GTATCTTCGACCAATGCTTCCTTCTTCATCATA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  P  R  I  V  L  K  A  S  G  H  E  D  H  F  T  D  P  I  T  E  C  T  R 
 T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTA---------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 C  G  R  V  F  R  A  D  H  L  I  E  E  A  L  G  I  R  A  E  G  L  S  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  E  L  W  K  L  I  K  E  H  N  I  R  C  P  E  C  G  G  E  L  T  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  P  A  L  L  L  F  K  T  E  I  G  P  Y  K  G  S  P  A  Y  L  R  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E 
---------------------------------------------------------TATTATGAAGCATTC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  A  Q  G  M  F  V  S  F  K  H  V  L  N  I  A  R  N  K  L  P  L  G  I 
 T  A  Q  G  M  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  G  I 
GCGACTAAGTTTATAATT---------------------------------------------TTCAGCAGG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  Q  I  G  R  V  G  R  N  E  I  S  P  R  Q  G  L  L  R  L  R  E  F  T 
 A  Q  I  G  R  V  G  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  T 
TATTTCATTGAGTTTTTTCATAACAGT---------------------------------CTTGGGGTTAGG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  M  E  L  E  F  F  F  D  P  E  K  A  F  E  E  T  M  K  Y  M  T  D  E 
 I  M  E  L  E  F  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACAATCTTAACAATTTTTTT---------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  R  N  E  K  L  N  I  I  T  A  E  D  K  L  R  G  E  E  K  T  R  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  A  I  E  L  I  E  N  K  I  V  K  N  P  W  M  A  Y  W  M  A  L  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  A  Y  W  M  A  L  G  N 
---------------------------------------------TTCCTCGGGAAGTTTCTCGTCGAAACG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  F  L  R  K  L  G  I  S  S  E  K  I  R  F  D  E  K  L  P  E  E  K  A 
 I  F  L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TATTTTTTCAGA------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  Y  S  E  Q  T  F  D  Q  E  V  Y  T  E  K  Y  G  W  I  E  V  A  G  Y 
 -  -  -  -  -  T  F  D  Q  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  A  G  Y 
---------------ATTCTCAATTAATTCAAT------------------------TTCTCCTCTCAACTT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  Y  R  T  T  Y  D  L  S  R  H  I  K  Y  S  K  A  D  L  T  Y  F  K  K 
 S  Y  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCCTCAGC---------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  D  K  P  I  K  K  K  I  V  K  I  V  P  N  P  K  K  I  R  E  I  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  D  I  G  T  V  M  K  K  L  N  E  I  P  A  E  K  I  L  E  E  L  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 N  N  Y  V  E  I  S  N  Y  K  L  S  R  E  C  F  I  I  S  E  K  E  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  H  G  E  K  I  I  P  H  V  V  E  P  S  F  G  L  E  R  I  F  Y  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  P  H  V  V  E  P  S  F  G  L  E  R  I  F  Y  V  - 
---------------------CAATAAAAGTGCTGGTTTAGGCTTTGTTAATTCTCCTCCACATTCTGG---

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  E  N  S  I  S  I  A  R  D  G  R  I  V  L  K  L  P  P  R  I  A  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  V  A  V  F  P  L  V  T  G  N  K  P  E  H  K  K  M  V  S  I  A  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  Y  R  A  L  L  E  N  N  I  L  A  Y  Y  D  E  E  G  S  I  G  R  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  R  A  D  E  I  G  I  P  Y  A  I  T  I  D  Y  Q  T  L  E  D  E  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 T  L  R  D  R  D  S  R  E  Q  I  R  L  H  I  Q  E  L  H  D  K  L  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588
 L  L  G  L  K  K  E  F  N  I  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

gly_arch_A_fulgidus

Class II

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/amino acid sequences/gly_Arc_A_fulgidus

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/nucleotide sequences/Afulgidus_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  E  I  M  E  M  L  I  R  R  G  F  L  W  Q  S  F  E  I  Y  G  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  G  F  I  D  Y  A  P  L  G  N  N  L  R  R  K  I  E  N  I  W  R  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  R  K  I  E  N  I  W  R  K  Y 
------------------------------------CTCAGAAGGAAGATTGAGAACATCTGGCGGAAGTAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  V  I  N  E  R  A  A  E  I  D  T  P  T  I  G  I  E  E  V  F  I  A  S 
 F  V  I  .  E  R  A  A  E  I  D  T  P  T  I  G  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCGTGATC---GAAAGAGCGGCTGAGATTGACACACCAACCATAGGC------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  H  A  T  S  F  T  D  V  A  I  E  C  E  N  C  G  R  V  Y  R  A  D  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  V  K  E  K  L  G  I  E  V  D  E  T  V  E  A  V  K  E  V  M  E  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  L  K  C  E  C  G  G  R  F  K  D  P  A  P  M  N  L  M  F  S  T  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  P  G  K  G  K  K  G  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  M  F  V  D  F  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  M  F  -  -  -  -  - 
------------------------TACCTTCGCCCCGAAACCGCTCAGGGAATGTTT---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  A  N  F  F  R  E  K  L  P  F  G  V  A  Q  I  G  R  A  Y  R  N  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  V  A  Q  I  G  R  A  Y  R  N  -  - 
------------------------------TTCGGTGTGGCGCAGATTGGAAGGGCTTACAGGAAC------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  P  R  Q  G  V  I  R  L  R  E  F  N  Q  A  E  L  E  F  F  V  H  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  N  Q  A  E  L  E  F  F  -  -  -  - 
---------------------------AGAGAGTTCAATCAGGCGGAGCTGGAGTTCTTC------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  K  K  H  P  H  F  S  L  Y  A  K  D  V  V  K  L  V  D  K  F  D  S  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  E  I  T  L  E  E  A  V  E  K  G  I  I  A  N  Q  I  L  A  Y  F  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  A  Y  F  I  G 
------------------------------------------------------CTGGCGTACTTCATAGGA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  T  R  R  F  L  L  E  I  G  I  K  D  E  K  L  R  F  R  Q  H  K  D  D 
 K  T  R  R  F  L  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAGACGAGGCGATTTCTGCTT---------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  R  A  H  Y  A  T  D  C  W  D  A  E  V  L  T  S  Y  G  W  I  E  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  C  W  D  A  E  V  -  -  -  -  -  -  -  E  V  V 
------------------------TGCTGGGATGCAGAAGTT---------------------GAGGTTGTT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  I  A  D  R  T  N  Y  D  L  K  R  H  S  K  F  S  G  E  D  L  S  V  F 
 G  I  A  D  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCATTGCGGACAGA---------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  P  Y  E  E  P  V  K  V  K  R  R  K  I  V  P  I  L  S  K  L  G  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  R  Q  K  A  K  K  V  A  E  A  L  E  A  L  N  V  E  A  D  L  D  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  V  E  V  D  G  E  K  V  K  V  T  K  E  F  F  E  I  Q  E  V  E  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  T  G  E  K  V  I  P  H  V  I  E  P  S  F  G  L  D  R  I  T  Y  S  V 
 -  -  -  -  -  -  I  .  H  V  I  E  P  S  F  G  L  D  R  I  T  Y  S  - 
------------------ATA---CACGTCATAGAGCCATCCTTCGGCCTTGACAGGATTACCTACTCC---

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  E  H  A  F  D  K  D  V  V  D  G  E  E  R  R  V  L  R  L  K  R  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  P  I  E  V  A  V  L  P  L  L  S  R  E  P  F  E  S  K  G  M  E  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Q  M  L  R  E  E  G  I  F  T  D  Y  D  D  S  G  S  I  G  R  R  Y  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  D  E  I  G  T  P  F  C  V  T  V  D  H  Q  T  F  E  D  E  T  V  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  D  R  D  T  T  A  Q  V  R  V  K  L  G  E  L  P  S  I  L  K  E  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568
 R  S  E  K  D  I  T  E  F  G  E  V  F  R  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

gly_arch_M_acetivorans

Class II

Archaea/Methanosarcina acetivorans/amino acid sequences/Methanosarcina_acetivorans_gly_aa

Archaea/Methanosarcina acetivorans/nucleotide sequences/Methanosarcina_acetivorans_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  K  Y  E  K  V  F  E  L  A  K  R  R  G  F  L  W  N  S  F  E  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  G  S  R  G  F  Y  D  Y  G  P  L  G  S  T  L  K  R  R  I  E  Q  V  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  R  R  I  E  Q  V  W 
---------------------------------------------CCTTATTGTGACAGTCCCATCCTGAAG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  E  F  Y  V  I  Q  E  G  H  M  E  I  E  C  P  T  I  G  I  E  E  V  F 
 R  E  F  Y  V  I  .  E  G  H  M  E  I  E  C  P  T  I  G  -  -  -  -  - 
AGTGTCATAGTCCACGGT---CGAGTAAGGAGTCCCGATTTCATCGTTTCTCCTGTA---------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  A  S  G  H  V  G  G  F  S  D  P  L  C  E  C  M  N  C  K  E  A  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  D  H  L  V  E  N  V  T  E  A  A  G  T  L  S  A  E  E  L  T  K  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  E  K  E  I  R  C  P  E  C  G  G  E  F  E  D  A  Y  E  F  N  L  M  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  T  T  I  G  P  G  T  G  R  Q  G  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  M  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  M  F  - 
------------------------------------GGCCGCTTTCTGGGCAACGTTTTCTTCGTCAAA---

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  F  Q  R  L  S  R  F  Y  R  D  K  L  P  F  G  A  V  Q  I  G  K  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  A  V  Q  I  G  K  S  Y 
------------------------------------------AGGTTCAATCACGTGAGGAATGACGTTTTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  N  E  I  A  P  R  Q  G  V  I  R  L  R  E  F  T  Q  A  E  C  E  L  F 
 R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  T  Q  A  E  C  E  L  F 
TCCGCT---------------------------------GTCCGGGCTGACAGTCAGTTCTTCTCCATCCAA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  D  P  R  N  K  K  H  P  N  F  E  R  F  A  D  K  E  L  V  L  Y  S  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  A  Q  Q  T  G  E  P  V  R  L  T  V  R  E  A  V  E  T  G  V  I  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  I  L  G  Y  N  I  A  L  T  N  E  F  L  T  K  V  G  I  D  P  E  K  L 
 -  -  L  G  Y  N  I  A  L  T  N  E  F  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------TTCCACATAAACATAAAGGTCGGTCTTGCTGACCCTTGC---------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  F  R  Q  H  L  T  D  E  M  A  H  Y  A  I  D  C  W  D  A  E  I  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  W  D  A  E  I  -  - 
------------------------------------------------TTCGGCGTCCCAGCAGTC------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  R  F  G  W  V  E  I  V  G  I  A  D  R  T  D  Y  D  L  K  A  H  A  R 
 -  -  -  -  -  -  E  I  V  G  I  A  D  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------CGTCAGGTGCTGCCTGAACCTGAG------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  S  K  T  D  L  Y  V  Y  V  E  Y  D  E  P  K  I  V  T  R  F  V  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  N  M  G  K  L  G  P  L  F  K  G  K  A  K  A  V  A  D  A  L  K  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  E  E  E  L  S  K  D  Q  I  K  V  T  L  D  G  E  E  L  T  V  S  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  V  D  F  A  E  E  N  I  K  V  S  G  E  N  V  I  P  H  V  I  E  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  H  V  I  E  P  S 
---------------------------------------------------GATCTGCACCGCCCCGAAAGG

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  G  I  D  R  I  F  Y  G  I  M  E  H  A  F  D  E  E  N  V  A  Q  K  A 
 Y  G  I  D  R  I  F  Y  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGCTTATCCCTGTAGAAGCGGGACAG---------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  E  S  G  L  K  G  A  G  E  A  E  G  T  E  D  A  G  K  E  S  G  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  S  E  S  E  A  E  G  E  E  A  R  L  V  M  H  F  S  S  A  V  A  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Q  V  A  V  L  P  L  L  T  R  K  E  L  A  D  P  A  K  E  I  I  A  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  E  K  T  L  L  V  N  Y  D  D  S  G  T  I  G  R  R  Y  R  R  N  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  G  T  P  Y  S  V  T  V  D  Y  D  T  L  Q  D  G  T  V  T  I  R  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 D  S  M  R  Q  V  R  A  P  I  N  G  I  E  N  V  L  Y  E  L  I  Y  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612
 R  D  F  E  S  A  G  K  P  F  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

gly_arch_M_aeolicus_Nankai

Class II

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/amino acid sequences/MaeolicusNankai_gly_aa

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/nucleotide sequences/MaeolicusNankai_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  T  P  N  T  K  D  K  Y  E  K  V  M  D  L  A  K  R  R  G  Y  L  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  S  F  E  I  Y  G  G  I  A  G  F  V  D  Y  A  P  L  G  A  M  L  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  N 
---------------------------------------------------------------TACCTCGTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  I  I  D  T  W  R  K  H  Y  I  T  N  E  E  F  Y  E  I  D  C  P  T  I 
 N  I  I  D  T  W  R  K  H  Y  I  T  .  E  E  F  Y  E  I  D  C  P  T  I 
CATTCTCATATATCTTCTTCCTATTGCTCCGCTGTC---ATATTCTGCAAGAATTCCGTTTTTTCTTAAATT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  P  H  D  V  L  K  A  S  G  H  V  D  N  F  T  D  P  M  I  E  C  K  E 
 T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTT---------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 C  L  E  S  Y  R  A  D  H  I  I  E  E  N  I  D  I  D  T  E  G  K  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  E  L  Q  Q  L  M  E  T  H  K  I  T  C  P  K  C  S  G  Q  F  G  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  S  Y  N  L  M  F  L  T  S  I  G  P  S  G  N  R  I  G  Y  M  R  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  M  R  P  E 
---------------------------------------------------------TAATATATATTCTTC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  A  Q  G  I  F  I  Q  F  R  R  L  S  Q  F  F  R  N  K  L  P  F  G  V 
 T  A  Q  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  V 
TCCATTTTTAATGGTATT---------------------------------------------GCTTACTAA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  Q  I  G  K  A  Y  R  N  E  I  S  P  R  Q  G  V  I  R  L  R  E  F  T 
 A  Q  I  G  K  A  Y  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  T 
TTTCATATCTTTTTTAAATACTTTGCC---------------------------------CTCAATTTCCTT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  A  E  A  E  F  F  V  H  P  T  I  K  E  H  K  K  F  K  E  V  E  N  D 
 Q  A  E  A  E  F  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGGTTCGTCATATTCTACAAA---------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  I  P  L  L  P  A  S  R  Q  M  D  E  S  L  P  K  D  E  K  V  I  N  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  L  K  D  A  V  E  N  N  I  I  R  H  E  T  I  A  Y  F  V  A  I  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  A  Y  F  V  A  I  T  K 
---------------------------------------------TAATTTGGAGCTGTCAATACCTATATC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  F  L  L  D  I  G  I  D  S  S  K  L  R  F  R  Q  H  L  P  D  E  M  A 
 R  F  L  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAACAAAAACCT------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  Y  A  I  D  C  W  D  A  E  I  Y  T  D  R  F  G  W  I  E  C  V  G  I 
 -  -  -  -  -  C  W  D  A  E  I  -  -  -  -  -  -  -  -  E  C  V  G  I 
---------------ATTTATTACTTTTTCATC------------------------CCTACTTGCAGGTAA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  D  R  T  D  F  D  L  K  A  H  M  E  N  S  G  V  D  L  S  I  F  V  E 
 A  D  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAGGGGTAT---------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  D  E  P  K  E  I  E  T  Y  E  I  E  L  N  Y  K  V  V  G  K  V  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  D  M  K  L  V  S  D  A  L  N  E  L  D  N  N  E  M  E  K  L  V  N  T 
 -  -  -  -  -  -  S  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------AAA---------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  K  N  G  E  E  Y  I  L  K  V  G  D  K  E  F  T  I  L  E  D  Y  L  T 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  K  K  V  Q  K  K  V  M  G  E  K  V  L  P  H  V  I  E  P  S  H  G  I 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  H  V  I  E  P  S  H  G  I 
---------------------------------------------TGTGATTTTGTGAGTCTCCATTAATTG

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  R  I  T  F  C  L  L  E  H  S  F  N  E  E  E  D  R  T  Y  L  S  I  N 
 D  R  I  T  F  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTGTAATTCCTCTAAGGT------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  T  V  S  P  I  K  V  G  V  F  P  L  V  N  K  Q  G  M  P  E  I  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  I  K  N  N  L  R  K  N  G  I  L  A  E  Y  D  D  S  G  A  I  G  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Y  M  R  M  D  E  V  G  A  P  F  C  I  T  V  D  G  Q  T  L  E  D  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  T  I  R  E  R  D  S  R  E  Q  I  R  I  K  I  E  E  V  V  D  Y  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579
 N  K  L 
 -  -  - 
---------

gly_arch_M_hungatei

Class II

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_gly_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  D  V  F  D  N  V  M  D  L  A  K  R  R  G  F  V  W  P  T  T  E  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  G  S  V  A  G  F  I  D  Y  G  P  L  G  T  L  V  K  R  R  I  E  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  K  R  R  I  E  D  L 
------------------------------------------------GTCAAACGTCGTATCGAAGACCTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 W  R  Q  F  Y  V  I  S  E  G  Y  Y  E  I  E  C  P  T  I  G  Q  E  A  M 
 W  R  Q  F  Y  V  I  .  E  G  Y  Y  E  I  E  C  P  T  I  G  -  -  -  - 
TGGCGCCAGTTCTATGTAATA---GAAGGGTATTATGAGATAGAATGCCCGACAATCGGC------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  I  A  S  G  H  V  K  G  F  S  D  K  M  C  Q  C  P  A  C  N  E  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  A  D  H  V  A  E  A  H  N  I  P  N  A  A  T  L  S  C  E  A  L  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  I  C  T  L  P  C  P  A  C  N  E  V  L  G  K  V  E  V  F  T  F  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  F  Q  T  T  I  G  P  G  S  Q  R  K  G  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I 
------------------------------------------TACCTTCGGCCTGAAACCGCTCAGGGTATC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  V  D  F  G  R  L  L  R  F  Y  R  D  K  L  P  F  G  T  V  Q  I  G  R 
 F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  T  V  Q  I  G  R 
TTC---------------------------------------------TTCGGAACCGTGCAGATAGGACGG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  Y  R  N  E  I  S  P  R  Q  G  M  I  R  L  R  E  F  T  Q  A  E  A  E 
 S  Y  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  T  Q  A  E  A  E 
TCATACCGGAAT---------------------------------CGTGAATTCACCCAGGCTGAGGCTGAG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  F  V  H  P  E  M  K  D  H  P  N  F  A  R  Y  A  D  Y  A  F  P  L  L 
 I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCTTT------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  S  E  Q  Q  L  G  G  L  E  A  K  T  Y  T  M  K  D  A  V  A  A  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  A  N  E  Y  V  A  Y  Y  L  A  L  T  H  E  L  L  V  T  I  G  V  M  P 
 -  -  -  -  -  V  A  Y  Y  L  A  L  T  H  E  L  L  V  -  -  -  -  -  - 
---------------GTTGCCTACTACCTTGCCCTGACCCACGAACTCCTGGTC------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  R  L  R  F  R  Q  H  L  P  D  E  R  A  H  Y  A  E  D  C  W  D  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  W  D  A  E 
---------------------------------------------------------TGCTGGGATGCTGAG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  F  S  E  R  F  G  W  V  E  T  V  G  I  A  D  R  T  D  Y  D  L  K  A 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  E  T  V  G  I  A  D  R  -  -  -  -  -  -  - 
ATA------------------------GAAACGGTTGGTATTGCAGACCGG---------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  A  E  Q  S  G  D  S  F  T  A  Y  I  Q  Y  D  E  P  R  R  E  K  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  I  N  A  N  M  G  V  L  G  P  K  Y  R  G  K  A  K  A  I  S  D  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  .  .  . 
------------------------------------------------------------TCT---------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Q  E  V  T  P  G  P  D  G  A  T  V  I  I  D  G  E  E  I  F  V  P  A  D 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  Y  E  V  K  E  E  E  V  D  V  R  G  V  D  V  R  P  H  V  I  E  P  S 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  H  V  I  E  P  S 
------------------------------------------------------CACGTTATCGAGCCCAGT

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  G  I  D  R  M  I  Y  A  V  L  E  H  S  Y  F  E  E  E  V  E  G  E  V 
 Y  G  I  D  R  M  I  Y  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TATGGGATTGACCGGATGATCTATGCC---------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  K  V  M  R  F  P  S  R  V  A  P  V  Q  V  A  I  F  P  L  M  A  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  L  D  V  M  A  K  E  I  A  R  T  L  Q  M  Q  G  I  L  A  E  Y  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 S  G  A  I  G  R  R  Y  R  R  Q  D  E  I  G  T  P  F  A  V  T  V  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  S  L  E  D  Q  T  V  T  L  R  D  R  D  S  M  Q  Q  V  R  I  P  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572
 Q  L  V  D  L  I  P  A  L  I  R  G  K  S  S  F  S  S  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

gly_arch_M_jannaschii

Class II

Archaea/Methanococcus jannaschii/amino acid sequences/Mjannaschii_gly_aa

Archaea/Methanococcus jannaschii/nucleotide sequences/Mjannaschii_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  K  D  I  Y  E  K  I  M  D  L  A  K  R  R  G  Y  L  W  S  S  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  Y  G  G  I  A  G  F  V  D  Y  G  P  L  G  C  L  L  K  N  N  I  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  N  N  I  I  S 
---------------------------------------------------TTAAAAAATAACATCATATCA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  F  R  E  Q  Y  I  I  K  E  G  F  Y  E  I  E  S  P  T  V  T  P  Y  E 
 K  F  R  E  Q  Y  I  I  .  E  G  F  Y  E  I  E  S  P  T  V  T  -  -  - 
AAGTTTAGAGAGCAATATATTATT---GAAGGATTTTATGAGATTGAAAGCCCAACAGTAACA---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  L  K  A  S  G  H  V  D  N  F  T  D  P  I  V  E  C  K  N  C  L  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  R  A  D  H  L  I  E  E  F  V  D  V  D  T  E  G  K  T  L  K  E  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  L  I  R  K  H  N  I  R  C  P  K  C  G  G  E  L  G  E  V  K  K  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  M  F  V  T  S  I  G  P  G  G  K  R  T  G  Y  M  R  P  E  T  A  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  M  R  P  E  T  A  Q  G 
---------------------------------------------TACATGAGACCTGAAACAGCACAGGGA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  F  I  Q  F  R  R  L  A  Q  F  F  R  N  K  L  P  F  G  V  V  Q  I  G 
 I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  V  V  Q  I  G 
ATATTT---------------------------------------------TTTGGTGTTGTTCAAATTGGT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  S  Y  R  N  E  I  S  P  R  Q  G  V  I  R  L  R  E  F  T  Q  A  E  I 
 K  S  Y  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  T  Q  A  E  I 
AAAAGTTATAGAAAT---------------------------------AGAGAATTCACCCAGGCAGAGATT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  Y  F  V  H  P  E  R  K  E  H  E  K  F  D  L  V  K  D  E  V  V  P  L 
 E  Y  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAATATTTT---------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  P  A  E  R  Q  M  D  E  N  L  S  D  D  E  K  V  I  K  I  S  I  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  V  E  K  G  I  I  R  H  Q  T  I  A  Y  F  I  A  L  T  K  R  F  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  A  Y  F  I  A  L  T  K  R  F  L  E 
---------------------------------ATTGCCTACTTTATAGCTCTAACAAAGAGGTTTTTAGAA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  I  G  I  D  K  D  K  I  R  F  R  Q  H  L  P  N  E  M  A  H  Y  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  C  W  D  A  E  I  Y  T  E  R  F  G  W  I  E  C  V  G  I  A  D  R  T 
 -  C  W  D  A  E  I  -  -  -  -  -  -  -  -  E  C  V  G  I  A  D  R  - 
---TGTTGGGATGCTGAAATA------------------------GAGTGTGTTGGGATTGCAGATAGA---

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  Y  D  L  R  S  H  S  A  H  S  G  V  E  L  S  V  F  V  E  L  D  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  E  I  E  T  Y  E  I  N  L  N  Y  K  V  V  G  K  I  F  K  K  D  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  I  E  A  Y  I  N  N  L  S  E  K  E  K  E  E  F  V  K  N  I  E  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  K  V  I  I  N  I  D  G  K  E  F  E  I  L  K  D  Y  V  E  I  K  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  K  V  I  K  G  E  K  V  I  P  H  V  I  E  P  S  Y  G  I  D  R  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  H  V  I  E  P  S  Y  G  I  D  R  I  T 
------------------------------CCTCACGTTATAGAGCCATCCTATGGAATTGATAGAATAACC

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Y  C  L  L  E  H  S  Y  R  E  E  E  D  R  V  Y  L  D  L  K  P  S  I  A 
 Y  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACTGT------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  I  K  A  Y  V  L  P  L  V  N  K  D  D  M  P  K  I  A  K  E  I  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 M  L  R  E  N  G  I  I  A  E  Y  D  D  S  G  A  I  G  R  R  Y  M  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  E  I  G  V  P  F  C  I  T  V  D  G  Q  T  L  E  D  R  T  V  T  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  R  N  T  R  E  Q  V  R  V  K  I  D  E  L  V  D  Y  L  K  E  R  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577
 E 
 - 
---

gly_bact_C_A_asiaticus

Class II

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_gly_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  D  T  H  S  S  S  L  L  A  I  V  S  H  A  K  E  Y  G  F  I  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  S  E  I  Y  E  G  L  Q  A  V  Y  D  Y  G  P  Y  G  A  A  L  K  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  R  N 
------------------------------------------------------------TACCGTATCGTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  Q  N  L  W  W  Q  S  M  T  Q  L  H  S  N  I  V  G  M  D  A  A  I  L 
 V  Q  N  L  W  W  Q  S  M  T  .  L  H  .  N  I  V  G  M  D  A  A  I  L 
TTCTAAGGTTTGATGGTCTATGGTAATACA---GGGGGT---TATTAAATCTTGCCTAGCATATCGTTTACC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 M  H  P  R  T  W  K  A  S  G  H  V  D  S  F  E  D  L  M  V  D  N  K  D 
 M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAT---------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  K  K  R  Y  R  I  D  V  L  I  E  N  H  A  A  E  L  S  A  Q  G  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  R  A  Q  E  L  L  E  K  L  Q  A  L  L  Q  A  E  E  L  A  G  L  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  L  L  Q  E  K  I  V  C  P  I  S  R  T  A  N  W  T  E  V  H  R  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  M  F  A  T  K  V  G  A  Q  E  E  N  A  D  T  I  Y  L  R  P  E  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E  T  A 
---------------------------------------------------TGATCGTGCATGAATGCCTTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  G  I  F  V  N  F  L  N  V  Q  K  T  A  R  M  K  V  P  F  G  I  A  Q 
 Q  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  I  A  Q 
TATCTCTTTATA---------------------------------------------GTGAGCTAATTGAGC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  G  K  A  F  R  N  E  I  V  A  R  Q  F  I  F  R  M  R  E  F  E  Q  M 
 I  G  K  A  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  E  Q  M 
ATGCGGCTTGATTCTTAGTTT---------------------------------CCAACGTGCTTGTTGCCA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  M  Q  F  F  I  Q  P  G  S  E  E  K  W  F  N  Y  W  Q  Q  A  R  W  Q 
 E  M  Q  F  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  N  Y  W  Q  Q  A  R  W  Q 
ATAATTAAACCACTT---------------------------CTGCATTTCCATCTGCTCAAACTCACGCAT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  H  I  A  L  G  L  T  E  E  K  L  R  I  K  P  H  A  Q  L  A  H  Y  A 
 W  H  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACGGAATAT---------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  A  A  V  D  I  E  Y  Q  F  P  F  G  Y  K  E  I  E  G  I  H  A  R  S 
 -  -  A  V  D  I  E  Y  -  -  -  -  -  -  -  E  I  E  G  I  H  A  R  - 
------CCGAGCTGTTTTTTGTAC---------------------GCCTTGTGCTGTTTCTGGCCTTAA---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  F  D  L  K  N  H  E  V  A  S  R  K  K  L  Q  Y  F  D  P  E  L  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  Y  L  P  H  V  I  E  T  S  L  G  S  D  R  L  I  L  M  L  L  C  E  A 
 -  -  -  P  H  V  I  E  T  S  L  G  S  D  R  L  I  L  M  -  -  -  -  - 
---------AGTACGTGATATAGGACATACAATCTTTTCTTGTAGTAAGAGCGTGTG---------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  T  E  E  T  I  T  E  E  E  S  A  K  T  R  T  Y  L  K  L  H  P  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  P  I  K  A  A  I  F  P  L  V  K  K  D  N  L  P  Q  K  A  Q  E  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  S  L  K  Y  D  F  P  L  I  Y  E  E  N  Q  S  I  G  K  R  Y  A  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  L  I  G  T  P  Y  C  I  T  I  D  H  Q  T  L  E  D  D  T  V  T  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  R  D  S  M  Q  Q  E  R  V  H  V  N  I  L  R  D  F  L  L  E  K  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496
 F  K  S  I  L  A  K  L  P  T  I  D  S  V  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

gly_bact_G_obscuriglobus

Class II

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/amino acid sequences/Gemmata_gly_aa

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/nucleotide sequences/Gemmata_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  T  K  L  D  M  A  K  F  A  K  F  C  K  D  M  G  F  V  F  Q  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  I  Y  G  G  I  N  G  F  W  D  Y  G  P  L  G  V  E  L  K  R  N  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  R  N  I  K 
------------------------------------------------------AATGCAGAACGGGGTGCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  A  W  W  Q  D  M  V  R  N  P  P  P  G  P  D  G  Q  E  I  R  M  V  G 
 E  A  W  W  Q  D  M  V  .  N  P  .  .  .  .  .  .  .  .  .  R  M  V  G 
GGCCTCGTCCTGGCGCCGGTACCG---CCCGAT---------------------------GAAGAACGGCTT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  D  C  S  I  I  M  N  P  N  V  W  V  A  S  G  H  V  G  G  F  S  D  P 
 L  D  C  S  I  I  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGCTCGCGGTAGAGCTTCTT---------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 M  V  D  C  L  K  C  K  K  R  F  R  A  D  K  V  H  F  A  C  A  V  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  A  P  H  A  I  S  V  E  A  D  N  A  T  D  A  E  P  L  L  K  E  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  K  L  D  K  K  K  H  P  V  G  R  A  L  K  A  A  A  Q  L  E  Y  H  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  T  A  L  P  A  S  W  P  R  P  C  P  A  E  D  C  D  G  T  L  T  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  A  F  N  L  M  F  E  S  H  A  G  P  I  A  S  D  E  N  K  V  Y  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R 
---------------------------------------------------------------CTGCGGCTC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  E  T  A  Q  G  I  F  A  N  Y  K  N  V  L  D  S  S  R  L  K  L  P  F 
 P  E  T  A  Q  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F 
GTCCGAGAACGGGAACATGTACTC---------------------------------------------CTG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  I  A  Q  V  G  K  A  F  R  N  E  I  N  P  R  N  F  T  F  R  S  R  E 
 G  I  A  Q  V  G  K  A  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E 
TTCGCGCGGCACGAGGTTCTCGCTCTTCAGCCC---------------------------------CCAGTA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  E  Q  M  E  I  E  F  F  C  H  P  N  E  S  R  K  W  Y  E  Y  W  R  D 
 F  E  Q  M  E  I  E  F  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  E  Y  W  R  D 
TTCGTACCACTTCCGCGACTCGTTCGG---------------------------CTCGAACTCGCGCGACCG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  R  R  Q  W  Y  S  R  L  G  L  K  S  E  N  L  V  P  R  E  Q  G  Q  E 
 L  R  R  Q  W  Y  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAACGTGAAGTTCCGCGGGTT---------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  L  A  H  Y  S  V  G  T  T  D  I  E  Y  M  F  P  F  S  D  E  P  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  T  T  D  I  E  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E 
------------------------CTTGTAGTTGGCGAAGAT---------------------------GAC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  E  G  V  A  H  R  G  D  F  D  L  S  A  H  S  S  R  S  G  K  D  L  K 
 L  E  G  V  A  H  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTGTTCTCGTCCGACGCGAT---------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  F  D  E  E  G  W  N  A  L  L  Q  A  R  L  E  A  F  K  D  D  K  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  E  E  E  K  K  K  L  E  K  E  E  K  A  Q  F  Q  F  V  P  H  V  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  H  V  I  E 
---------------------------------------------------------GGCGATCTTCTCTTT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  S  A  G  A  D  R  F  T  L  A  V  L  C  E  A  Y  T  E  D  T  A  P  D 
 P  S  A  G  A  D  R  F  T  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGCAGCGGTTCGGCGTCCGTGGCATTGTCGGC---------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  K  G  N  P  E  T  R  I  V  M  K  F  H  P  R  L  A  P  I  K  A  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  P  L  V  N  K  D  G  M  D  E  E  A  K  K  L  Y  R  E  L  K  P  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 N  V  V  Y  D  Q  S  G  A  I  G  R  R  Y  R  R  Q  D  E  A  G  T  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 C  I  T  V  D  G  D  T  M  K  D  G  T  V  T  I  R  D  R  D  T  L  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547
 E  R  I  P  K  S  E  V  R  K  V  L  E  K  A  L  S  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

gly_bact_G_stearothermophilus

Class II

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/amino acid sequences/Gstearothermophilus_gly_aa

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/nucleotide sequences/Gstearothermophilus_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  V  T  M  E  E  I  V  A  H  A  K  H  R  G  F  V  F  P  G  S  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  G  G  L  A  N  T  W  D  Y  G  P  L  G  V  E  L  K  N  N  I  K  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  N  N  I  K  R  A 
------------------------------------------------CGTGATGCAAAACGGCGTGCCGAT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 W  W  K  K  F  V  Q  E  S  P  Y  N  V  G  L  D  A  A  I  L  M  N  P  R 
 W  W  K  K  F  V  .  E  S  .  Y  N  V  G  L  D  A  A  I  L  M  -  -  - 
TTCATCTTGGCGGCGGTA---CTTGCC---CGAGCCGGTTTCGTCATAGTCGACCATGAAATG---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  W  E  A  S  G  H  L  G  N  F  N  D  P  M  V  D  C  K  Q  C  K  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  R  A  D  K  L  I  E  K  A  L  E  E  K  G  I  E  M  I  V  D  G  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  A  K  M  D  E  L  I  K  E  Y  D  I  A  C  P  E  C  G  S  R  D  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  V  R  Q  F  N  L  M  F  K  T  Y  Q  G  V  T  E  S  S  A  N  E  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y 
---------------------------------------------------------------------CGA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  V  N  F  K  N  V  Q  R  T  M  R  K  K  L 
 L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCAATGCCCCAGAGCTCGCCCCAGCCGAA------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  F  G  I  A  Q  I  G  K  S  F  R  N  E  I  T  P  G  N  F  T  F  R  T 
 -  F  G  I  A  Q  I  G  K  S  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CAACTCTTCTTTCGCATGGTCGCGCAGGCGGATGTT---------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  E  F  E  Q  M  E  L  E  F  F  C  K  P  G  E  E  L  Q  W  F  D  Y  W 
 R  E  F  E  Q  M  E  L  E  F  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  D  Y  W 
CTTGCAAAACTGTTTCCAATAGTCAAACCATTG---------------------------CTCGAGCTCCAT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  Q  F  C  K  D  W  L  L  S  L  G  M  K  E  D  N  I  R  L  R  D  H  A 
 K  Q  F  C  K  D  W  L  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTGTTCGAATTCGCGCGTGCGGAACGT---------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  E  E  L  S  H  Y  S  N  A  T  T  D  I  E  Y  H  F  P  F  G  W  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  T  D  I  E  Y  -  -  -  -  -  -  -  E 
------------------------------CGTGCGCTGGACGTTTTT---------------------CGC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  W  G  I  A  S  R  T  D  Y  D  L  K  Q  H  M  E  H  S  G  E  D  F  H 
 L  W  G  I  A  S  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGTCTCTGGACGCAAATAAAT---------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  L  D  Q  E  T  N  E  R  Y  I  P  Y  C  I  E  P  S  L  G  A  D  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Y  C  I  E  P  S  L  G  A  D  R  V 
---------------------------------GCATTCCGGGCAGGCGATGTCGTACTCCTTGATGAGTTC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  L  A  F  M  I  D  A  Y  D  E  E  E  L  E  D  G  T  T  R  T  V  M  H 
 T  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCCATTTT---------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  H  P  A  L  A  P  Y  K  A  A  V  L  P  L  S  K  K  L  A  D  G  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  I  Y  E  E  L  A  K  H  F  M  V  D  Y  D  E  T  G  S  I  G  K  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  R  Q  D  E  I  G  T  P  F  C  I  T  Y  D  F  E  S  E  Q  D  G  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  V  R  D  R  D  T  M  E  Q  V  R  L  P  I  G  E  L  K  A  F  L  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460
 K  I  A  F 
 -  -  -  - 
------------

gly_bact_H_aurantiacus

Class II

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/amino acid sequences/Haurantiacus_gly_aa

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/nucleotide sequences/Haurantiacus_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  A  T  S  M  D  E  L  V  S  L  C  K  R  R  G  F  I  F  P  G  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  Y  G  G  L  Q  G  T  Y  D  Y  G  P  L  G  I  E  L  K  N  N  L  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  N  N  L  K  A 
---------------------------------------------------CTCAAAAACAATCTCAAAGCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  W  W  R  A  M  V  Y  E  R  D  D  V  E  G  L  D  A  S  I  L  T  H  R 
 A  W  W  R  A  M  V  .  E  R  D  .  V  E  G  L  D  A  S  I  L  T  -  - 
GCGTGGTGGCGAGCTATGGTC---GAACGCGAC---GTGGAAGGCCTCGATGCCTCAATTTTGACC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  V  L  R  H  S  G  H  E  A  T  F  T  D  P  M  V  D  C  R  N  C  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  W  R  A  D  Q  L  K  D  N  K  C  E  K  C  G  S  T  D  L  T  E  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  F  N  L  M  F  K  T  A  V  G  P  I  A  E  E  G  S  F  A  Y  L  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P 
------------------------------------------------------------TACTTGCGACCC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  T  A  Q  G  I  F  T  N  F  K  N  V  V  D  A  T  S  R  R  L  P  F  G 
 E  T  A  Q  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G 
GAAACCGCCCAAGGGATTTTT---------------------------------------------TTTGGC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  A  Q  I  G  K  A  F  R  N  E  I  T  P  R  N  F  I  F  R  V  R  E  F 
 I  A  Q  I  G  K  A  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F 
ATCGCCCAAATCGGTAAGGCCTTCCGCAAC---------------------------------CGTGAATTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  Q  M  E  L  E  F  F  V  Q  P  G  T  D  D  E  W  H  S  Q  W  V  E  A 
 E  Q  M  E  L  E  F  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  S  Q  W  V  E  A 
GAGCAAATGGAGCTTGAATTCTTC---------------------------CATAGCCAATGGGTTGAAGCT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  L  Q  W  W  R  D  Q  G  L  L  S  E  N  L  Q  A  Y  H  Q  A  G  D  E 
 R  L  Q  W  W  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCTTGCAATGGTGGCGT------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  A  H  Y  A  K  A  T  V  D  I  L  Y  Q  F  P  H  G  L  E  E  L  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  T  V  D  I  L  Y  -  -  -  -  -  -  -  E  L  E  G 
---------------------ACCGTCGATATTCTCTAT---------------------GAACTAGAGGGG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  A  N  R  T  D  F  D  L  G  S  H  T  R  G  Q  A  D  L  G  L  S  A  K 
 I  A  N  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTGCTAATCGA------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  D  P  N  E  D  S  T  A  K  L  T  I  P  H  P  E  T  Q  K  P  L  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P 
---------------------------------------------------------------------CCA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  V  I  E  P  S  A  G  V  D  R  G  V  L  A  I  L  T  E  A  F  T  K  E 
 F  V  I  E  P  S  A  G  V  D  R  G  V  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCGTGATCGAGCCATCGGCTGGGGTTGATCGGGGGGTATTGGCG---------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  L  E  N  G  S  E  R  I  V  L  K  L  K  P  H  L  A  P  I  K  V  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  P  L  A  R  N  K  P  E  I  V  E  K  A  K  A  I  K  S  L  L  M  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  I  G  R  I  F  Y  E  D  T  G  N  I  G  K  G  Y  R  R  H  D  E  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  P  F  C  V  T  V  D  F  D  T  L  G  R  G  D  D  A  S  L  L  D  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  V  R  D  R  D  T  M  S  Q  V  R  I  H  I  N  E  L  A  S  Y  I  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459
 R  L  V 
 -  -  - 
---------

gly_bact_M_mobile

Class II

Bacteria/Mycoplasma mobile/amino acid sequences/Mmobile_gly_aa

Bacteria/Mycoplasma mobile/nucleotide sequences/Mmobile_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  K  N  N  K  L  V  N  L  I  N  H  L  K  T  Q  G  F  V  Y  Q  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  I  Y  G  G  L  A  N  T  W  D  Y  G  P  L  G  S  L  L  L  N  N  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  N  N  I  K 
------------------------------------------------------AAGAGCGAAAAATGTTCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  E  W  I  K  Y  F  I  H  N  E  E  N  N  F  L  I  D  A  K  I  L  M  N 
 N  E  W  I  K  Y  F  I  .  N  E  .  N  N  F  L  I  D  A  K  I  L  M  - 
AATTGCATCTTGTCTTCTGTATCT---TCCAAT---AGCAGATTCATCATAAGTAGTTCTGAAATTATG---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  E  V  W  K  T  S  G  H  V  G  N  F  S  D  P  L  I  E  N  K  I  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  R  Y  R  A  D  H  L  I  E  E  F  D  P  L  M  K  I  E  T  L  S  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  M  E  N  F  I  K  R  N  I  T  K  Y  E  G  V  A  T  D  W  T  S  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  F  N  L  M  F  E  T  Y  Q  G  I  L  E  D  S  K  N  K  I  Y  L  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P 
------------------------------------------------------------AAAATCTCCACG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  T  A  Q  A  I  F  V  N  F  K  N  I  L  R  T  T  R  T  K  I  P  F  G 
 E  T  A  Q  A  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G 
ATTTGCCACTCCCAAAAGTTC---------------------------------------------AGAATA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  G  Q  I  G  K  S  F  R  N  E  V  T  P  G  N  F  I  F  R  T  R  E  F 
 V  G  Q  I  G  K  S  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F 
ATGAGATAATTCTTCCTTAGCATGTTTTCT---------------------------------TATCAAAAA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  Q  M  E  L  E  Y  F  V  H  P  N  D  S  D  K  A  F  E  Y  Y  L  K  K 
 E  Q  M  E  L  E  Y  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  E  Y  Y  L  K  K 
TTCATAACATTTTTTTAAATAATA---------------------------ATGAACAAAATATTCTAATTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 C  Y  E  F  L  I  F  L  G  I  K  K  D  L  L  K  I  R  K  H  A  K  E  E 
 C  Y  E  F  L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATTTGTTCAAATTCTCT------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  S  H  Y  S  S  A  T  S  D  I  E  F  K  F  D  F  G  W  G  E  L  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  T  S  D  I  E  F  -  -  -  -  -  -  -  E  L  L  G 
---------------------TTTAGTTCTTGTAGTTCT---------------------AAAAATAGCTTG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  A  N  R  G  D  F  D  L  S  S  H  S  K  A  T  N  E  E  L  S  Y  F  D 
 V  A  N  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGCAGTTTCAGG------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  I  E  N  I  T  Y  I  P  H  V  I  E  P  S  M  G  L  D  R  L  A  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  P  H  V  I  E  P  S  M  G  L  D  R  L  A  L  A 
------------------------ATCAGTTGCAACTCCTTCGTATTTAGTAATATTTCTTTTAATAAAATT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  L  T  S  S  Y  E  E  E  T  L  E  V  D  S  R  V  V  L  K  L  N  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  V  P  Y  Q  I  A  V  L  P  L  V  K  K  F  S  E  E  S  K  E  L  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 W  L  K  Q  H  N  F  R  T  T  Y  D  E  S  A  S  I  G  K  R  Y  R  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  A  I  G  T  F  F  A  L  T  Y  D  Y  Q  S  A  E  N  Q  S  F  T  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 N  R  D  T  M  E  Q  I  R  I  N  K  I  D  L  I  S  Y  L  T  K  E  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458
 G  I 
 -  - 
------

gly_bact_P_mikurensis

Class II

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/amino acid sequences/Pmikurensis_gly_aa

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/nucleotide sequences/Pmikurensis_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  A  P  A  Q  R  P  T  P  P  A  D  A  A  R  S  M  E  A  L  V  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 C  K  R  R  G  F  V  F  P  A  S  E  I  Y  G  G  I  N  G  F  W  D  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  L  G  T  A  L  K  N  H  V  R  D  H  W  W  H  Q  T  V  E  C  P  P  L 
 -  -  -  -  -  L  K  N  H  V  R  D  H  W  W  H  Q  T  V  .  C  P  .  . 
---------------ACGCTTGCCGATGGTCTGCTTGGCGTCGTACTCGCAGGCGAA---CTGGCG------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  P  D  S  G  E  P  L  S  V  L  G  L  D  S  A  I  I  Q  N  P  K  V  W 
 .  .  .  .  .  .  .  .  S  V  L  G  L  D  S  A  I  I  Q  -  -  -  -  - 
------------------------GGGCATCCCGTCCTTGTTCACGAGCGGGAAGAC---------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  A  S  G  H  V  G  G  F  S  D  P  M  V  D  C  R  E  T  N  G  R  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  D  Q  V  E  V  L  F  V  E  G  R  G  A  W  A  F  P  E  N  K  P  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  A  K  K  L  R  K  A  G  V  T  I  D  D  G  E  V  K  N  L  S  Q  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  S  L  Y  G  T  I  V  A  P  D  T  D  K  A  G  T  L  T  P  P  R  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  L  M  L  D  T  Y  P  G  V  I  R  N  E  E  N  K  A  Y  L  R  P  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E  T 
------------------------------------------------------GTGGGCCAGCTCGTCGGA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  Q  G  I  F  L  N  Y  L  N  V  L  N  T  M  R  V  K  V  P  F  G  I  A 
 A  Q  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  I  A 
CCCGTGGTCCCGGAA---------------------------------------------CCGCTCGTGCTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Q  I  G  K  S  F  R  N  E  V  T  P  R  N  F  I  F  R  S  R  E  F  E  Q 
 Q  I  G  K  S  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  E  Q 
CCAGAAGTCGTACCACTTGGGCGC---------------------------------CTGCTCGAACTCGCG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 M  E  M  E  W  F  C  S  E  E  E  A  P  K  W  Y  D  F  W  K  H  E  R  M 
 M  E  M  E  W  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  D  F  W  K  H  E  R  M 
GGAGCGGAAGATGAAGTT---------------------------CTTGCCGATCTGCGCGATCCCGAAGGG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  W  W  E  S  L  G  I  D  Q  A  N  L  R  F  R  D  H  G  S  D  E  L  A 
 R  W  W  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACCTTCACCCG------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  Y  S  S  A  C  V  D  V  E  Y  R  Y  P  F  T  A  P  G  F  G  E  L  E 
 -  -  -  -  -  C  V  D  V  E  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  L  E 
---------------CTCGTTGCGGATGACACC------------------------------ACGCGGCGG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  V  A  H  R  G  N  F  D  L  T  A  H  T  R  A  S  N  A  K  L  D  Y  F 
 G  V  A  H  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGTGAGCGTGCCGGC---------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  Q  E  L  Q  L  R  L  K  A  E  G  V  G  K  D  E  I  K  E  R  S  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  P  H  V  I  E  P  A  S  G  L  T  R  A  V  L  V  L  L  C  E  A  F  T 
 -  P  H  V  I  E  P  A  S  G  L  T  R  A  V  L  V  -  -  -  -  -  -  - 
---GGGGAAGGCCCAGGCTCCTCTGCCCTCGACGAAGAGCACCTCGACCTG---------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  S  P  E  R  S  G  S  D  Y  V  M  K  F  K  P  K  F  A  P  V  K  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  F  P  L  V  N  K  D  G  M  P  E  V  A  H  K  L  Y  M  E  L  R  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  A  C  E  Y  D  A  K  Q  T  I  G  K  R  Y  A  R  M  D  E  I  G  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 F  C  I  A  V  D  G  D  T  L  E  N  N  V  V  T  I  R  D  R  D  T  T  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522
 Q  E  R  V  G  I  D  R  V  A  A  F  L  A  E  K  G  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

gly_bact_S_aureus

Class II

Bacteria/Staphylococcus aureus/amino acid sequences/Saureus_gly_aa

Bacteria/Staphylococcus aureus/nucleotide sequences/Saureus_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  K  D  M  D  T  I  V  S  L  A  K  H  R  G  F  V  F  P  G  S  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  G  G  L  S  N  T  W  D  Y  G  P  L  G  V  E  L  K  N  N  V  K  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  N  N  V  K  K  A 
------------------------------------------------TTAAAGAATAATGTTAAAAAAGCT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 W  W  Q  K  F  I  T  Q  S  P  F  N  V  G  I  D  A  A  I  L  M  N  P  K 
 W  W  Q  K  F  I  .  Q  S  .  F  N  V  G  I  D  A  A  I  L  M  -  -  - 
TGGTGGCAAAAATTCATT---CAATCA---TTTAACGTTGGTATCGATGCTGCAATCTTAATG---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  W  E  A  S  G  H  L  N  N  F  N  D  P  M  I  D  N  K  D  S  K  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  R  A  D  K  L  I  E  D  Y  M  Q  D  V  K  G  D  E  N  F  I  A  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  S  F  E  Q  M  K  K  I  I  D  D  E  G  I  V  C  P  V  S  K  T  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 W  T  E  I  R  Q  F  N  L  M  F  K  T  F  Q  G  V  T  E  D  S  T  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  F  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  V  N  Y  K  N  V  Q  R  S  M  R  K 
 -  F  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TTCTTACGTCCTGAAACAGCACAAGGTATTTTT------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  L  P  F  G  I  G  Q  I  G  K  S  F  R  N  E  I  T  P  G  N  F  I  F 
 -  -  -  F  G  I  G  Q  I  G  K  S  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TTTGGTATCGGTCAAATTGGTAAATCATTCCGTAAT---------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  T  R  E  F  E  Q  M  E  L  E  F  F  C  K  P  G  E  E  I  E  W  Q  N 
 -  -  R  E  F  E  Q  M  E  L  E  F  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  N 
------AGAGAATTTGAACAAATGGAACTTGAATTCTTC---------------------------CAAAAT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  W  K  T  F  A  S  D  W  L  T  S  L  N  M  S  S  E  N  M  R  L  R  D 
 Y  W  K  T  F  A  S  D  W  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TATTGGAAAACTTTTGCAAGTGACTGGTTAACA---------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  D  E  D  E  L  S  H  Y  S  N  A  T  T  D  I  E  Y  K  F  P  F  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  T  D  I  E  Y  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------ACAACTGATATTGAATAT------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  E  L  W  G  I  A  S  R  T  D  F  D  L  R  K  H  A  E  H  S  G  E  D 
 -  E  L  W  G  I  A  S  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GAGTTATGGGGTATCGCAAGTCGT---------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  R  Y  H  D  P  E  T  N  E  K  Y  I  P  Y  C  I  E  P  S  L  G  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Y  C  I  E  P  S  L  G  A  D 
---------------------------------------CCATATTGTATCGAGCCATCACTTGGTGCAGAT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  V  T  L  A  F  L  C  D  A  Y  D  E  E  G  V  E  G  S  K  D  A  R  T 
 R  V  T  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGTGTAACATTAGCT---------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  L  H  F  H  P  A  L  A  P  Y  K  A  A  I  L  P  L  S  K  K  L  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  A  I  K  I  F  E  Q  L  S  S  K  F  S  I  D  F  D  E  S  Q  S  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  R  Y  R  R  Q  D  E  I  G  T  P  Y  C  V  T  F  D  F  D  S  L  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 N  Q  V  T  V  R  D  R  D  S  M  E  Q  V  R  M  P  I  S  E  L  E  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463
 L  T  E  K  T  K  F 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

gly_bact_B_fragilis

Class II

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_gly_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  Q  E  D  V  F  K  K  L  V  S  H  C  K  E  Y  G  F  V  F  P  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  I  Y  D  G  L  G  A  V  Y  D  Y  G  Q  M  G  V  E  L  K  N  N  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  N  N  I  K 
------------------------------------------------------CTGAAAAACAATATTAAA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  Y  W  W  D  S  M  V  L  L  H  E  N  I  V  G  I  D  S  A  I  F  M  H 
 K  Y  W  W  D  S  M  V  L  .  H  .  N  I  V  G  I  D  S  A  I  F  M  - 
AAATACTGGTGGGACAGCATGGTGTTG---CAC---AACATTGTCGGTATTGACTCTGCAATCTTTATG---

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  T  I  W  K  A  S  G  H  V  D  A  F  N  D  P  L  I  D  N  K  D  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  R  Y  R  A  D  V  L  I  E  D  Q  L  A  K  Y  D  D  K  I  N  K  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  K  A  A  K  R  F  G  E  A  F  D  E  A  Q  F  R  S  T  N  G  R  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  H  Q  A  K  R  D  A  L  H  E  R  F  A  K  A  L  N  D  N  N  L  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  R  Q  I  I  V  D  E  E  I  A  C  P  I  S  G  T  K  N  W  T  E  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  F  N  L  M  F  S  T  D  M  G  S  T  A  D  G  S  M  K  I  Y  L  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P 
------------------------------------------------------------TATCTTCGTCCG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  T  A  Q  G  I  F  V  N  Y  L  N  V  Q  K  T  G  R  M  K  V  P  F  G 
 E  T  A  Q  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G 
GAGACGGCACAGGGTATCTTT---------------------------------------------TTCGGT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  A  Q  I  G  K  A  F  R  N  E  I  V  A  R  Q  F  I  F  R  M  R  E  F 
 I  A  Q  I  G  K  A  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F 
ATCGCTCAGATCGGTAAAGCTTTCCGTAAC---------------------------------CGTGAGTTC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  Q  M  E  M  Q  F  F  V  R  P  G  S  E  L  E  Y  F  K  K  W  K  E  I 
 E  Q  M  E  M  Q  F  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  K  K  W  K  E  I 
GAACAGATGGAGATGCAGTTCTTT---------------------------TTCAAGAAATGGAAAGAAATT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  L  K  W  H  K  A  L  G  F  G  D  D  H  Y  R  F  H  D  H  D  K  L  A 
 R  L  K  W  H  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGTTTGAAGTGGCACAAG------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  Y  A  N  A  A  T  D  I  E  F  L  M  P  F  G  F  K  E  V  E  G  I  H 
 -  -  -  -  -  A  T  D  I  E  F  -  -  -  -  -  -  -  E  V  E  G  I  H 
---------------GCTACTGACATTGAGTTC---------------------GAAGTAGAAGGTATTCAC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  R  T  N  F  D  L  S  Q  H  E  K  F  S  G  K  S  I  K  Y  F  D  P  E 
 S  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCCCGT------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  N  E  S  Y  T  P  Y  V  I  E  T  S  I  G  V  D  R  M  F  L  S  I  M 
 -  -  -  -  -  -  P  Y  V  I  E  T  S  I  G  V  D  R  M  F  L  S  -  - 
------------------CCGTACGTAATCGAAACGTCGATCGGTGTTGATCGTATGTTCCTCAGT------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  A  A  Y  C  E  E  Q  L  E  N  G  E  S  R  V  V  L  K  L  P  A  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  P  V  K  L  A  V  M  P  L  V  K  K  D  G  L  P  E  K  A  R  E  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  N  L  K  F  H  F  H  C  Q  Y  D  E  K  D  S  I  G  K  R  Y  R  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  A  I  G  T  P  Y  C  V  T  V  D  H  Q  T  L  E  D  N  C  V  T  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 N  R  D  T  M  E  Q  E  R  V  A  I  S  E  L  N  N  I  I  A  D  R  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513
 I  T  S  L  L  K  T  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

gly_bact_C_aggregans

Class II

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_gly_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  A  T  S  L  D  Q  I  V  A  L  A  K  R  R  G  F  I  F  P  S  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  Y  G  G  L  Q  G  V  Y  D  Y  G  P  L  G  V  E  L  K  N  N  I  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  N  N  I  I  A 
---------------------------------------------------TTGAAGAATAACATCATTGCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  W  W  R  T  N  V  Y  E  R  D  D  M  E  G  L  D  A  A  I  L  M  N  R 
 D  W  W  R  T  N  V  .  E  R  D  .  M  E  G  L  D  A  A  I  L  M  -  - 
GATTGGTGGCGGACGAATGTG---GAACGTGAC---ATGGAGGGTCTCGATGCGGCAATCTTGATG------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  V  W  K  Y  S  G  H  E  E  T  F  N  D  P  L  V  D  C  R  T  C  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  W  R  A  D  H  I  H  G  V  C  P  N  C  G  S  R  D  L  T  E  P  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  N  M  M  F  R  T  Q  I  G  P  V  A  D  S  S  S  F  A  Y  L  R  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E 
---------------------------------------------------------TACTTGCGCCCCGAA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  A  Q  G  I  F  V  N  F  A  N  V  L  A  T  T  A  R  K  L  P  F  G  I 
 T  A  Q  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  I 
ACGGCACAAGGCATTTTC---------------------------------------------TTTGGGATT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  Q  V  G  K  A  F  R  N  E  I  T  P  R  N  F  I  F  R  V  R  E  F  E 
 A  Q  V  G  K  A  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  E 
GCCCAAGTCGGCAAGGCGTTTCGCAAC---------------------------------CGTGAATTCGAG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  M  E  I  E  Y  F  V  M  P  G  T  D  E  E  W  H  Q  R  W  L  E  A  R 
 Q  M  E  I  E  Y  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  R  W  L  E  A  R 
CAGATGGAGATTGAGTATTTT---------------------------CATCAGCGGTGGCTTGAGGCCCGA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  A  W  W  E  Q  I  G  I  P  R  S  R  I  T  I  Y  D  V  P  P  D  E  L 
 L  A  W  W  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTGGCGTGGTGGGAG---------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  H  Y  S  K  R  T  F  D  L  M  Y  D  Y  P  N  I  G  V  Q  E  I  E  G 
 -  -  -  -  -  -  T  F  D  L  M  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  E  G 
------------------ACGTTCGACCTTATGTAC------------------------GAGATCGAGGGC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  A  N  R  T  D  Y  D  L  G  S  H  S  K  D  Q  D  Q  L  N  L  T  A  R 
 I  A  N  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCGCTAACCGT------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  N  R  N  E  D  S  L  A  R  L  T  Y  F  D  Q  A  S  G  R  H  V  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P 
---------------------------------------------------------------------CCG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  V  I  E  P  S  A  G  V  G  R  C  M  L  A  V  M  C  E  G  Y  A  E  E 
 Y  V  I  E  P  S  A  G  V  G  R  C  M  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TATGTGATCGAGCCATCAGCCGGGGTAGGACGTTGTATGCTGGCG---------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  T  K  P  I  P  T  E  K  L  T  A  V  G  D  A  L  Q  T  F  L  K  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  R  S  E  K  I  G  G  E  A  R  D  A  I  L  A  R  G  E  A  L  Q  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  T  E  R  L  P  E  V  E  Q  L  L  A  M  P  G  A  D  Q  I  E  V  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  L  R  G  Q  V  Q  P  L  I  D  E  H  Y  R  T  V  L  R  L  K  P  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  P  I  K  A  A  V  F  P  L  K  R  N  H  E  Q  L  V  T  T  A  K  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  R  Q  L  Q  V  G  G  E  M  R  T  V  Y  D  D  T  G  A  I  G  K  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 R  R  Q  D  E  I  G  T  P  F  C  I  T  V  D  F  D  T  I  G  Q  G  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  S  L  A  G  T  V  T  V  R  D  R  D  T  M  A  Q  E  R  V  P  I  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539
 L  E  G  Y  L  R  E  K  L  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

gly_bact_D_radiodurans

Class II

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_gly_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  V  R  P  F  D  C  L  T  L  R  R  S  H  M  P  A  T  S  M  E  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  S  L  C  K  R  R  G  F  I  F  Q  G  S  E  I  Y  G  G  L  Q  G  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  Y  G  P  L  G  V  E  L  K  N  N  I  K  A  A  W  W  R  S  N  V  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  N  N  I  K  A  A  W  W  R  S  N  V  .  E 
------------------------CTGAAGAACAACATCAAGGCGGCGTGGTGGCGCTCCAACGTC---GAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  D  D  M  E  G  L  D  A  S  I  I  M  H  R  M  V  L  R  H  S  G  H  E 
 R  D  .  M  E  G  L  D  A  S  I  I  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCGAC---ATGGAAGGGCTGGACGCCTCCATCATCATG---------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  T  F  S  D  P  M  I  D  N  K  K  N  N  K  R  Y  R  L  D  H  L  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  Q  K  A  D  V  Q  A  K  V  A  E  I  M  G  E  S  A  D  N  F  A  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  A  A  L  N  A  K  P  A  Q  A  S  A  A  F  K  E  A  G  V  R  D  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  G  E  V  G  E  W  T  D  P  K  P  F  N  M  M  F  R  T  T  I  G  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  D  E  E  S  Y  G  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  T  N  F  K  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  -  -  -  -  -  - 
---------------------TACCTGCGTCCCGAAACCGCGCAGGGCATCTTC------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  D  S  T  S  R  R  L  P  F  G  I  A  Q  I  G  K  A  F  R  N  E  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  I  A  Q  I  G  K  A  F  R  N  -  -  - 
---------------------------TTCGGCATCGCGCAGATCGGCAAGGCGTTCCGCAAC---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  R  N  F  I  F  R  V  R  E  L  E  Q  M  E  I  E  F  F  V  T  P  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  L  E  Q  M  E  I  E  F  F  -  -  -  -  - 
------------------------CGTGAGCTAGAGCAGATGGAAATTGAGTTCTTC---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  E  E  W  H  E  H  W  L  E  K  R  L  K  W  W  E  D  Q  G  V  P  R  E 
 -  -  -  -  H  E  H  W  L  E  K  R  L  K  W  W  E  -  -  -  -  -  -  - 
------------CACGAGCACTGGCTGGAAAAGCGCCTGAAATGGTGGGAA---------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  I  E  I  L  D  V  P  K  E  D  L  A  H  Y  S  K  R  T  Y  D  L  M  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  D  L  M  Y 
------------------------------------------------------ACCTACGACCTGATGTAC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  Y  P  T  L  G  H  E  E  I  E  G  I  A  N  R  S  D  Y  D  L  G  S  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  E  G  I  A  N  R  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------GAAATCGAGGGCATCGCCAACCGC------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  K  S  Q  S  E  L  G  L  V  A  K  V  E  E  N  N  D  S  I  A  K  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  P  H  P  E  T  N  K  P  V  V  P  F  V  I  E  P  S  A  G  V  D  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  F  V  I  E  P  S  A  G  V  D  R  A 
---------------------------------CCGTTCGTGATCGAGCCGTCGGCGGGGGTAGACCGGGCG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 M  L  A  V  L  S  E  A  F  T  K  E  T  L  E  N  G  N  E  R  I  V  L  K 
 M  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGCTGGCG---------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  K  P  H  L  A  P  I  K  V  A  V  I  P  L  A  R  N  R  E  E  I  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  A  K  A  I  K  A  E  L  Q  G  L  G  L  G  R  V  L  Y  E  D  S  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  G  K  A  Y  R  R  H  D  E  V  G  T  P  Y  C  V  T  V  D  F  D  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  L  G  E  N  T  D  E  S  L  K  D  T  V  T  V  R  D  R  D  T  L  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521
 E  R  V  K  I  S  E  L  A  G  W  I  Q  A  K  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

gly_bact_B_burgdorferi

Class II

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_gly_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  R  M  E  D  I  I  S  L  A  K  R  K  G  F  V  F  Q  S  S  E  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  G  L  S  G  A  W  D  Y  G  P  L  G  V  E  L  K  K  N  I  K  K  E  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  K  N  I  K  K  E  W 
---------------------------------------------ATCCTCAATCGTATTGTAATCTATTGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 W  K  S  M  V  Y  L  H  E  N  I  V  G  L  D  S  A  I  F  M  R  P  E  I 
 W  K  S  M  V  .  L  H  .  N  I  V  G  L  D  S  A  I  F  M  -  -  -  - 
TACGCAATAAGGAGT---TATTTC---TTGACGTCTATACCTTTTACCTATTGTTCCACT------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 W  R  A  S  G  H  V  D  G  F  S  D  S  M  V  D  C  K  D  C  K  S  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  A  D  F  I  D  L  S  K  N  C  P  N  C  K  V  G  N  N  F  T  S  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  F  N  L  M  F  K  T  H  I  G  V  V  E  D  S  S  S  E  V  Y  L  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P 
------------------------------------------------------------AGAAGTCTCAAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  T  A  Q  G  I  F  V  N  F  R  N  V  L  D  S  S  R  L  K  I  P  F  G 
 E  T  A  Q  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G 
AACATAAGGCACATATTTCTC---------------------------------------------AAATTT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  A  Q  V  G  K  A  F  R  N  E  I  V  T  K  N  F  I  F  R  T  C  E  F 
 I  A  Q  V  G  K  A  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  E  F 
AGCGTGCTGAGTTAAATCATAATTACCTCT---------------------------------CGGAAATTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  Q  M  E  M  Q  F  F  V  H  P  K  Q  I  D  E  W  F  C  Y  W  Q  Q  N 
 E  Q  M  E  M  Q  F  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  C  Y  W  Q  Q  N 
ATACTCAATATCAAATGCAGCTTT---------------------------ATGCGCCTTAAATCTTAATCT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  M  N  F  F  I  E  T  L  K  I  S  P  D  R  L  R  F  K  A  H  D  S  T 
 R  M  N  F  F  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCGGGACTAATTTTAAG------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Q  L  A  H  Y  A  K  A  A  F  D  I  E  Y  E  F  P  F  G  F  Q  E  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  A  F  D  I  E  Y  -  -  -  -  -  -  -  E  V  E 
------------------------CTGCATTTCCATTTGCTC---------------------AAAATTTTT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  I  H  N  R  G  N  Y  D  L  T  Q  H  A  K  F  S  N  K  P  K  V  F  E 
 G  I  H  N  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGTAACTATCTCATT---------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  H  D  L  L  T  K  E  K  Y  V  P  Y  V  I  E  T  S  A  G  L  T  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Y  V  I  E  T  S  A  G  L  T  R  S 
---------------------------------TGCTGTCTCAGGCCTTAAATAAACTTCACTAGAACTATC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  L  M  T  L  C  D  A  Y  S  E  E  E  L  S  D  G  D  K  R  I  V  L  R 
 V  L  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCCACTAC---------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  H  P  K  L  A  P  Y  K  I  A  I  F  P  L  V  K  K  V  E  L  T  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  R  R  I  Y  M  E  L  C  D  D  F  H  I  F  Y  D  D  S  G  T  I  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  Y  R  R  Q  D  E  I  G  T  P  Y  C  V  T  I  D  Y  N  T  I  E  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  V  T  V  R  E  R  N  S  M  T  Q  K  R  I  F  I  N  D  L  Y  S  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445
 K  T  E  I  L  N  Y  K  E  D  F  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

gly_euk_D_discoideum

Class II

Eukaryotes/Dictyostelium discoideum/amino acid sequences/Ddiscoideum_gly_aa

Eukaryotes/Dictyostelium discoideum/nucleotide sequences/Ddiscoideum_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  L  L  K  S  L  I  N  K  S  S  L  S  S  P  S  F  K  S  I  N  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  T  F  K  N  I  N  N  Y  Y  T  T  T  T  T  T  T  S  L  N  L  K  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  L  F  N  N  S  D  N  K  M  S  I  D  N  K  E  K  I  R  A  G  L  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  M  K  R  R  F  F  I  T  Q  S  F  S  I  Y  G  G  Q  A  G  L  Y  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  P  P  G  C  A  V  K  A  N  L  I  N  L  W  R  Q  H  F  V  L  N  E  D 
 -  -  -  -  -  -  V  K  A  N  L  I  N  L  W  R  Q  H  F  .  L  N  E  D 
------------------GTCAAAGCAAACCTTATCAACCTTTGGAGACAACATTTC---TTAAATGAAGAT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 M  S  E  V  D  C  V  S  V  T  P  E  Q  V  L  K  A  S  G  H  V  A  K  F 
 M  S  E  V  D  C  V  S  V  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGTCCGAAGTTGATTGTGTTTCTGTAACA------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  D  F  M  V  K  D  E  V  T  K  A  F  F  R  A  D  H  I  L  E  A  H  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  T  L  L  K  D  T  S  K  M  S  K  E  Q  I  E  E  L  N  F  V  L  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  G  D  Y  N  Q  E  Q  L  K  E  S  L  I  K  Y  N  V  K  A  P  E  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  A  L  T  E  P  Y  P  F  N  L  M  F  Q  T  Q  I  G  P  S  G  L  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  T  N  F  G  K  L  Y  E  Y  N  G  K 
 -  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TACCTTCGTCCAGAGACAGCACAAGGTATTTTC------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  L  P  F  A  A  A  Q  I  G  N  A  F  R  N  E  I  A  P  R  A  G  L  L 
 -  -  -  F  A  A  A  Q  I  G  N  A  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TTTGCCGCCGCACAAATTGGTAATGCCTTTAGAAAT---------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  V  R  E  F  T  M  A  E  I  E  H  F  V  N  P  N  N  K  T  H  P  K  F 
 -  -  R  E  F  T  M  A  E  I  E  H  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------AGAGAGTTTACAATGGCCGAGATTGAGCATTTC---------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  E  I  K  D  V  E  A  N  L  L  S  S  D  S  Q  D  K  T  S  E  I  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 C  T  F  G  E  A  V  E  K  K  L  I  D  N  E  T  L  A  Y  F  M  A  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  A  Y  F  M  A  R  T 
------------------------------------------------CTCGCTTACTTTATGGCTCGTACT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  Q  F  L  H  T  V  G  I  K  P  A  G  L  R  F  R  Q  H  Q  K  N  E  M 
 Q  Q  F  L  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAACAATTCCTTCAC---------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  H  Y  A  Q  D  C  W  D  A  E  I  L  S  S  Y  G  W  V  E  C  V  G  H 
 -  -  -  -  -  -  C  W  D  A  E  I  -  -  -  -  -  -  -  E  C  V  G  H 
------------------TGTTGGGATGCTGAAATC---------------------GAATGTGTAGGTCAT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  D  R  S  C  Y  D  L  K  V  H  A  T  E  S  K  S  N  L  S  A  Y  E  E 
 A  D  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCGATCGT---------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  K  E  P  Q  F  V  D  I  A  K  V  V  V  N  P  G  A  I  S  K  K  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  A  V  S  P  I  K  K  Y  L  T  E  L  K  D  D  L  A  K  A  L  E  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  T  I  T  K  D  G  S  Y  N  L  V  L  D  G  N  T  Y  D  I  T  A  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  T  I  S  K  A  Q  E  K  K  N  G  H  T  F  F  P  H  V  I  E  P  S  F 
 -  -  -  S  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  H  V  I  E  P  S  F 
---------AGT---------------------------------------CATGTCATTGAACCATCATTT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  L  G  R  I  I  Y  S  I  L  E  Q  N  Y  Y  T  R  E  N  D  E  Q  R  G 
 G  L  G  R  I  I  Y  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGTTTGGGTCGTATCATTTACTCA------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  L  S  L  P  A  I  I  A  P  V  K  A  S  I  L  P  L  T  S  S  D  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  P  F  V  Q  T  I  S  K  A  L  K  E  A  N  I  S  T  K  V  D  D  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 N  A  I  G  R  K  Y  A  R  T  D  E  I  G  V  P  F  G  V  T  I  D  F  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 T  V  E  D  N  T  V  T  L  R  E  R  D  T  T  K  Q  V  R  I  P  I  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 L  A  S  T  L  R  K  L  C  D  L  T  V  S  W  S  D  I  L  K  T  F  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678
 Y  E  G  Q  S  E 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

gly_euk_G_lamblia

Class II

Eukaryotes/Giardia lamblia/amino acid sequences/Glamblia_gly_aa

Eukaryotes/Giardia lamblia/nucleotide sequences/Glamblia_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  E  S  S  F  A  N  V  L  V  R  R  F  F  V  V  P  A  F  E  I  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  V  A  G  L  Y  D  L  G  P  S  T  T  E  L  R  N  N  F  L  S  M  W  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  N  N  F  L  S  M  W  R 
------------------------------------------TTGCGCAACAATTTCCTGAGCATGTGGCGC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  H  F  V  V  A  E  D  M  L  E  I  M  C  T  N  I  V  P  D  K  V  L  Q 
 Q  H  F  V  .  A  E  D  M  L  E  I  M  C  T  N  I  V  -  -  -  -  -  - 
CAACACTTTGTC---GCTGAAGATATGCTCGAGATAATGTGCACCAATATTGTT------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  S  G  H  V  A  R  F  A  D  V  M  V  K  D  T  K  N  G  E  C  F  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  K  L  I  E  S  Y  L  E  K  K  L  A  A  E  G  K  S  L  D  E  D  Q  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  A  L  N  S  L  L  N  S  V  D  G  A  S  P  E  V  I  K  E  L  I  Q  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  H  V  L  S  P  S  G  N  P  L  S  D  P  F  P  F  N  L  M  F  Q  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  G  P  S  A  G  S  T  V  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  M  N  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  -  -  -  - 
---------------------------TATCTAAGGCCTGAGACTGCACAAGGCATATTC------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  G  L  E  Q  A  K  Q  L  P  F  A  M  A  Q  V  G  T  V  F  R  N  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  A  M  A  Q  V  G  T  V  F  R  N  -  - 
------------------------------TTTGCCATGGCGCAGGTTGGAACAGTTTTTCGCAAT------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  P  R  N  S  L  L  R  V  R  E  F  E  Q  C  E  I  E  H  F  I  D  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  E  Q  C  E  I  E  H  F  -  -  -  - 
---------------------------CGTGAATTCGAACAGTGTGAGATTGAGCATTTC------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  D  S  F  R  H  P  K  I  S  T  V  A  W  C  Y  V  E  L  F  T  A  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Q  L  A  G  L  P  C  G  K  K  M  S  I  Q  N  A  L  D  N  K  V  L  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  T  M  A  Y  F  I  G  R  T  Y  L  F  L  L  K  L  G  L  D  P  A  R  L 
 -  -  M  A  Y  F  I  G  R  T  Y  L  F  L  L  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ATGGCATACTTTATCGGTCGCACATACCTCTTTCTACTG---------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  F  R  Q  H  L  P  K  Q  L  A  H  Y  A  R  D  C  W  D  C  D  C  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  W  D  C  D  C  -  - 
------------------------------------------------TGCTGGGACTGTGACTGC------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  C  G  W  T  E  I  V  G  I  A  D  R  S  A  Y  D  L  Q  V  H  S  K  A 
 -  -  -  -  -  E  I  V  G  I  A  D  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GAGATTGTCGGAATCGCAGACCGT---------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  G  V  D  L  T  C  F  L  K  Y  P  E  P  R  E  V  S  Y  N  I  C  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  M  K  E  C  A  K  V  F  K  Q  D  V  N  L  I  R  S  T  I  E  A  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  E  D  L  E  V  L  K  A  E  L  Q  S  T  G  S  Y  T  L  R  I  P  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  G  E  A  E  K  D  F  E  I  L  P  N  Y  V  Q  F  N  C  D  T  K  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 H  G  E  S  I  V  P  H  V  I  E  P  S  F  G  V  G  R  I  L  Y  S  I  L 
 -  -  -  -  -  -  P  H  V  I  E  P  S  F  G  V  G  R  I  L  Y  S  -  - 
------------------CCCCACGTTATCGAGCCTTCCTTCGGGGTTGGCAGGATCCTTTATTCG------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  H  S  F  Y  T  R  N  I  D  E  Q  R  T  V  F  R  F  K  P  Y  L  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 C  K  A  I  V  L  P  L  Q  R  N  D  D  L  L  S  T  S  S  H  V  L  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  R  R  S  G  I  A  A  K  Q  D  A  T  G  A  P  I  G  R  R  Y  A  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  E  I  G  I  P  F  A  V  T  I  D  F  Q  T  L  E  D  G  S  V  T  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 E  R  D  S  M  D  Q  I  R  V  G  S  K  Q  L  S  Q  V  I  A  N  L  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621
 G  K  V  Q  W  S  T  V  Y  K  H  F  P  R  C  E  A  T  N  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

gly_euk_L_infantum

Class II

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_gly_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  A  A  S  S  L  P  A  K  L  E  G  F  V  R  T  E  F  E  D  T  C  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  R  F  F  Y  G  L  A  F  D  P  Y  G  G  T  A  G  L  Y  D  L  G  P  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 M  C  A  M  K  S  N  M  L  H  F  W  R  Q  H  F  V  I  E  E  S  M  C  E 
 -  -  -  M  K  S  N  M  L  H  F  W  R  Q  H  F  .  I  E  E  S  M  C  E 
---------ATGAAGAGCAACATGCTTCATTTCTGGCGCCAGCACTTC---ATCGAGGAGAGCATGTGCGAG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  D  T  T  C  L  T  P  E  E  V  F  K  A  S  G  H  V  T  R  F  N  D  V 
 V  D  T  T  C  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTGGACACGACCTGCCTCACG---------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 M  V  R  D  T  V  T  G  E  C  I  R  A  D  K  F  L  E  E  W  S  E  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  E  K  D  G  I  T  A  E  Q  K  D  E  F  L  H  L  L  H  D  A  A  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  P  S  Q  I  K  A  V  L  E  K  H  A  I  K  S  P  K  G  N  P  F  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  F  P  F  N  L  M  F  A  T  H  I  G  P  E  G  D  R  L  G  Y  M  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  M  R  P 
------------------------------------------------------------TACATGCGCCCC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  L  A  Q  G  I  I  L  N  F  K  R  L  M  D  S  G  N  A  Q  R  M  P  F 
 E  L  A  Q  G  I  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F 
GAGCTGGCTCAGGGCATCATC------------------------------------------------TTT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  G  A  C  I  G  T  A  F  R  N  E  I  A  P  R  S  A  L  I  R  V  R  E 
 A  G  A  C  I  G  T  A  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E 
GCCGGTGCTTGCATCGGGACCGCCTTCCGTAAC---------------------------------CGCGAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  T  L  A  E  I  E  H  F  V  N  P  N  N  K  N  H  E  K  F  D  R  V  R 
 F  T  L  A  E  I  E  H  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTACGCTGGCGGAGATCGAGCACTTT---------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  V  E  I  W  A  W  P  R  N  L  Q  A  S  N  E  D  P  I  R  M  T  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  A  V  Q  A  K  V  I  D  N  Q  T  L  G  Y  F  I  G  R  V  A  L  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  G  Y  F  I  G  R  V  A  L  F  L 
------------------------------------CTCGGCTACTTCATTGGACGCGTCGCGCTTTTCCTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  S  V  G  V  R  F  Y  R  F  R  Q  H  Q  S  T  E  M  A  H  Y  A  Q  D 
 T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACG---------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 C  W  D  A  E  L  L  T  S  Y  G  W  I  E  C  V  G  I  A  D  R  S  A  Y 
 C  W  D  A  E  L  -  -  -  -  -  -  -  E  C  V  G  I  A  D  R  -  -  - 
TGCTGGGACGCGGAGCTG---------------------GAGTGCGTTGGCATTGCGGACCGC---------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  L  T  Q  H  S  N  A  S  K  K  D  L  C  A  R  E  E  Y  N  E  P  C  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  R  Q  L  L  R  Q  L  T  K  G  L  I  G  K  T  F  G  K  K  A  G  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 M  A  Y  L  N  S  A  P  A  E  A  C  E  A  I  R  A  A  H  A  A  G  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  T  V  A  L  P  S  G  E  E  V  S  I  T  A  Q  M  V  S  F  E  E  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 V  K  V  T  G  Y  S  Y  T  P  S  V  I  E  P  S  F  G  I  G  R  I  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  S  .  .  .  S  V  I  E  P  S  F  G  I  G  R  I  L  Y 
------------------AGC---------AGTGTGATCGAGCCGTCCTTCGGCATCGGCCGCATCCTGTAC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 C  L  L  E  Q  S  Y  W  V  R  R  D  D  G  G  K  N  D  K  R  A  V  F  S 
 C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGC---------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  S  P  L  L  A  P  Q  K  V  A  L  L  P  L  M  V  K  P  E  L  L  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  S  E  I  R  Q  E  L  V  M  R  G  I  S  V  R  V  D  D  S  S  V  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 G  K  K  Y  A  R  V  D  E  L  G  I  P  F  A  I  T  C  D  F  E  G  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 S  V  T  L  R  E  R  D  T  A  S  Q  V  R  V  P  K  S  E  V  A  S  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 V  E  L  C  N  P  L  Q  P  L  T  W  D  S  V  K  A  K  Y  P  A  Q  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628
 A  A  E  K 
 -  -  -  - 
------------

gly_euk_N_ceranae

Class II

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_gly_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  K  F  E  T  E  K  L  E  K  I  I  K  S  R  F  L  L  N  Q  T  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  Y  G  G  V  S  G  L  Y  D  I  G  P  V  L  F  G  I  K  Q  N  F  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  Q  N  F  T  S 
---------------------------------------------------AATAGTTACCTTTTTATCAAC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  W  R  K  H  F  V  Y  Y  D  K  L  Y  E  V  E  S  S  I  L  L  P  Y  S 
 E  W  R  K  H  F  .  Y  Y  D  K  L  Y  E  V  E  S  S  I  L  L  -  -  - 
AAGAGAATCATTATCAAA---CACAAAATAAGGAATACCAATTTCATCGCAGGAAGCATATTT---------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  L  K  A  S  G  H  V  D  K  F  C  D  I  L  I  C  D  K  N  N  G  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  R  A  D  H  Y  I  E  A  F  L  S  K  L  P  H  S  D  E  I  S  Q  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  M  V  D  C  M  N  C  K  D  I  D  K  I  I  Q  K  Y  N  I  K  T  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  N  E  F  S  P  S  I  K  F  N  L  M  F  E  T  N  L  G  Y  K  E  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  V  F  L  R  P  E  T  A  Q  G  Q  F  L  N  F  K  K  L  Y  E  F  N  N 
 -  -  F  L  R  P  E  T  A  Q  G  Q  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ACTATTTTCATTAAAAACAAAATTGATATAAAA---------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  K  L  P  F  G  S  A  T  I  G  K  A  F  R  N  E  I  S  P  R  S  G  L 
 -  -  -  -  F  G  S  A  T  I  G  K  A  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TAACGAATTTAACTCATTAGAAAACTGTTCATAGTC------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  R  T  R  E  F  E  Q  A  E  I  E  Y  F  V  N  P  K  E  K  T  F  K  K 
 -  -  -  R  E  F  E  Q  A  E  I  E  Y  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GATTATAGGCTTCAATTCTTCTTTTATAACCGG------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  K  T  V  N  T  L  V  L  L  L  C  F  D  N  Q  E  V  K  M  S  L  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  V  N  N  K  I  I  N  N  E  I  L  G  Y  F  M  G  R  T  Y  L  F  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  G  Y  F  M  G  R  T  Y  L  F  L  A 
---------------------------------ATCTTTAGCGTAATGTGCCATCTCATCCTTCTTATGTTG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  I  G  I  D  S  T  L  I  R  F  R  Q  H  K  K  D  E  M  A  H  Y  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  C  W  D  C  E  I  Y  S  S  F  G  W  V  E  C  V  G  I  A  D  R  S  A 
 -  C  W  D  C  E  I  -  -  -  -  -  -  -  E  C  V  G  I  A  D  R  -  - 
---GATCTCATTATTGATAAT---------------------TAGAGACATTTTAACTTCTTGATT------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  D  L  T  C  H  S  Q  A  S  G  T  E  L  C  F  S  E  K  C  I  P  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  K  E  E  L  K  P  I  I  D  K  K  S  W  I  K  I  L  K  K  D  Y  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  S  N  E  L  N  S  L  S  S  K  F  I  Q  D  N  M  F  K  E  N  D  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Y  I  N  F  V  F  N  E  N  S  Y  K  I  E  C  S  Q  I  R  T  T  I  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  K  D  I  P  D  V  I  E  P  S  F  G  I  G  R  I  L  Y  I  L  L  E  H 
 -  -  -  -  -  D  V  I  E  P  S  F  G  I  G  R  I  L  Y  I  -  -  -  - 
---------------AGAAGGAGAAAATTCATTACCATCAGGTGTTTTTATATTGTATTT------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  F  Y  L  R  E  C  G  R  P  V  L  Q  L  K  P  K  I  A  S  T  K  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  S  Y  V  V  Q  N  A  V  F  T  S  Y  I  N  N  I  L  D  Q  L  Y  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 N  I  V  A  E  V  N  E  R  S  C  S  I  G  K  K  Y  A  S  C  D  E  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  P  Y  F  V  T  F  D  N  D  S  L  V  D  K  K  V  T  I  R  E  R  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 M  E  Q  V  R  L  N  I  S  D  V  S  G  I  I  C  N  L  I  N  E  K  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587
 W  E  E  L  K  F  N  N  L  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

gly_euk_N_gruberi

Class II

Eukaryotes/Naegleria gruberi/amino acid sequences/Ngruberi_gly_aa

Eukaryotes/Naegleria gruberi/nucleotide sequences/Ngruberi_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  K  E  I  N  Q  I  T  K  E  W  N  R  A  N  P  D  K  L  H  I  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  E  F  N  E  L  L  T  R  R  F  F  V  I  P  S  F  E  I  Y  G  G  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  L  Y  D  Y  G  P  P  A  C  A  I  K  A  N  I  L  D  L  W  R  R  H  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  A  N  I  L  D  L  W  R  R  H  F 
---------------------------------ACCAGCTGTCACACTGTTGTCATCAATAGTGATGGCAAA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  N  E  E  N  M  L  E  V  D  C  S  S  L  T  P  E  T  V  F  V  A  S  G 
 .  N  E  E  N  M  L  E  V  D  C  S  S  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AATACCAATATCATCAGCACGAGCATACTTCTTACCAATGTT---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  V  Q  R  F  A  D  W  M  V  K  D  V  V  T  N  D  C  F  R  A  D  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  G  E  F  I  D  T  E  L  E  E  N  S  E  L  T  Q  E  K  T  E  E  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  V  K  K  K  I  D  D  Y  D  G  K  G  L  D  E  L  I  Q  K  Y  G  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  P  T  T  G  N  E  L  S  A  S  Y  P  F  N  L  M  F  S  T  P  I  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  G  K  L  K  G  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  V  N  F  K  R  L  L 
 -  -  -  -  -  -  Y  L  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  -  -  -  -  -  -  - 
------------------CTTATCGATAGATTCAACTCTGAAAGAAATCTT---------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  Y  N  G  K  Q  M  P  F  A  S  A  Q  I  G  Q  A  F  R  N  E  I  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  F  A  S  A  Q  I  G  Q  A  F  R  N  -  -  -  - 
------------------------AGTGAGGGAATTCAAATAAGTCATAACTGGTTCGAC------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  S  G  L  L  R  V  R  E  F  T  L  A  E  I  E  H  F  L  N  P  D  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  T  L  A  E  I  E  H  F  -  -  -  -  -  - 
---------------------GACTGGTTCGACAGCAACGAATTCTTCAACAGT------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  H  P  K  L  D  T  I  S  S  I  R  V  P  F  F  S  R  E  N  Q  T  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  N  P  V  D  L  T  I  A  E  A  M  E  K  G  W  L  T  N  K  T  H  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  A  Y 
---------------------------------------------------------------AGCCATTTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  I  A  R  V  K  L  F  M  D  E  C  G  V  L  P  T  A  I  R  F  R  Q  H 
 Y  I  A  R  V  K  L  F  M  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTTAGCCAAATGTTGACGGAATCTGATAGC------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  A  N  E  M  A  H  Y  A  R  D  C  W  D  C  E  L  L  T  S  Y  G  W  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  W  D  C  E  L  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------CCATCCTTTTTCCATAGC---------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  V  V  G  I  A  N  R  S  C  F  D  L  E  N  H  S  K  Y  S  K  N  E  L 
 E  V  V  G  I  A  N  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGGGTTCAAACCTTGAGTTTGATT------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  A  Y  E  S  F  E  T  P  T  V  E  E  F  V  A  V  E  P  V  K  Q  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  K  I  L  K  G  D  V  E  P  V  M  T  Y  L  N  S  L  T  D  Q  E  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
---------------------------------------AAT------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  L  Q  K  Q  L  D  E  T  G  K  I  S  F  R  V  E  S  I  D  K  T  I  E 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  S  .  .  .  .  .  . 
---------------------------------------------------TGG------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  T  K  D  L  I  A  F  P  K  R  E  K  K  I  L  G  R  N  Y  T  P  G  V 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  V 
---------------------------------------------------------------------AGT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  E  P  S  F  G  I  G  R  I  I  Y  C  L  L  E  H  S  Y  W  V  R  P  K 
 I  E  P  S  F  G  I  G  R  I  I  Y  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGTTGGACTCTTAATACCATATTTTTGGATGAGTTCATC---------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Q  E  H  E  K  E  E  D  K  I  Q  R  A  V  L  S  L  P  P  A  I  A  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  V  A  L  L  P  I  K  A  D  Q  D  Q  I  V  K  K  L  Q  Q  S  L  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Y  G  I  S  H  R  V  D  A  G  N  Q  N  I  G  K  K  Y  A  R  A  D  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  I  P  F  A  I  T  I  D  D  N  S  V  T  A  G  T  V  T  I  R  E  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 S  C  E  Q  V  I  V  P  I  S  D  L  I  T  V  L  N  D  L  I  D  R  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 L  W  E  D  I  K  Q  A  Y  P  E  Q  K  Q  T  A  S  D  K  V  G  K  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650
 V  K 
 -  - 
------

gly_euk_C_parvum_Iowa_II

Class II

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/amino acid sequences/Cparvum_gly_aa

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/nucleotide sequences/Cparvum_gly_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  R  K  T  L  I  E  R  R  E  A  L  E  N  L  L  K  R  R  F  F  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  S  F  E  I  Y  G  G  V  A  G  L  F  D  Y  G  P  P  G  C  A  L  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  S 
---------------------------------------------------------------TTAAAGTCA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  V  E  S  F  W  R  R  H  F  V  L  A  E  D  M  L  E  I  S  A  T  C  L 
 E  V  E  S  F  W  R  R  H  F  .  L  A  E  D  M  L  E  I  S  A  T  C  L 
GAAGTTGAGAGTTTCTGGAGAAGACATTTT---TTAGCTGAAGATATGTTGGAGATTAGTGCAACTTGTTTA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  P  Y  N  P  L  K  A  S  G  H  V  D  R  F  T  D  S  M  I  T  D  I  K 
 T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACT---------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  N  E  Y  Y  R  A  D  K  V  L  E  E  Y  V  E  N  R  L  K  E  K  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  P  P  K  S  E  E  E  K  N  E  L  E  T  L  G  I  K  A  G  S  M  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  E  I  K  E  S  L  N  K  Y  Q  I  K  P  P  S  G  G  E  W  S  E  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  F  N  L  M  F  R  T  K  I  G  P  K  E  V  E  G  K  N  D  S  V  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F 
---------------------------------------------------------------------TTT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  V  N  F  K  R  L  Y  E  Y  N  G  K  K  L 
 M  R  P  E  T  A  Q  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGAGACCTGAAACCGCACAAGGAATTTTT------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  F  S  V  A  Q  I  G  L  G  F  R  N  E  I  A  P  R  N  G  L  L  R  V 
 -  F  S  V  A  Q  I  G  L  G  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TTTTCAGTAGCTCAAATTGGTTTGGGATTTAGAAAT---------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  E  F  Q  M  A  E  I  E  H  F  I  H  P  D  R  K  D  H  P  K  F  D  D 
 R  E  F  Q  M  A  E  I  E  H  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGAGAATTCCAGATGGCAGAAATTGAACATTTT---------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  A  L  K  C  L  P  L  Y  S  S  K  T  Q  L  N  N  G  E  I  E  R  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  L  K  E  A  V  H  G  E  E  K  I  I  N  N  E  T  L  A  Y  F  L  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  A  Y  F  L  S  R 
---------------------------------------------------TTAGCTTATTTCTTATCTAGA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  Y  D  F  L  I  S  I  G  I  N  P  D  G  I  R  F  R  Q  H  L  S  T  E 
 T  Y  D  F  L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACTTATGATTTTCTTATT------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 M  A  H  Y  A  S  D  C  W  D  A  E  V  L  T  S  Y  G  W  I  E  C  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  C  W  D  A  E  V  -  -  -  -  -  -  -  E  C  A  G 
---------------------TGCTGGGATGCTGAAGTA---------------------GAATGTGCTGGT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 H  A  D  R  S  C  Y  D  L  L  Q  H  S  K  A  T  K  T  D  L  F  A  S  E 
 H  A  D  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATGCTGATAGA------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  Y  D  E  P  Q  F  K  T  V  L  V  L  T  L  N  K  P  L  I  G  K  T  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  Q  E  A  S  L  V  T  E  A  L  Q  E  I  A  N  K  G  D  I  S  F  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  L  N  Q  S  N  K  A  L  L  K  Y  K  S  C  E  N  G  K  E  Y  Q  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  S  S  E  M  A  K  F  E  F  Q  T  K  K  V  T  E  E  Q  F  T  P  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  G  V 
---------------------------------------------------------------CCTGGTGTT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  E  P  S  F  G  I  G  R  I  I  Y  C  L  L  E  H  S  F  K  I  R  E  D 
 I  E  P  S  F  G  I  G  R  I  I  Y  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTGAACCTTCATTTGGAATTGGAAGAATAATATATTGT---------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  S  E  I  Q  D  Q  S  T  G  N  K  N  T  N  N  S  P  D  N  E  M  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  Y  L  S  L  P  A  L  I  A  P  V  K  C  S  I  L  P  I  S  S  N  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 F  N  D  L  I  N  L  L  H  K  S  F  I  N  H  G  I  S  C  K  V  D  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 S  A  S  I  G  R  R  Y  A  R  T  D  E  I  G  I  P  F  G  I  T  I  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Q  S  V  K  D  D  T  V  T  L  R  E  R  D  S  M  K  Q  V  R  I  S  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 E  V  P  S  V  I  S  K  I  I  N  Q  Q  I  T  W  E  N  V  L  E  N  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656
 L  F  T  Q  Q  S  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

his_arch_P_delaneyi

Class II

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_his_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  Q  I  V  L  E  P  L  R  G  F  R  D  I  L  P  P  E  S  R  A  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  S 
---------------------------------------------------------------ATCGCGTAG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  L  A  E  I  F  T  E  V  A  E  A  Y  G  Y  R  E  V  K  P  P  T  L  E 
 R  L  A  E  I  F  T  E  V  A  E  A  Y  G  Y  R  E  V  K  P  P  T  L  E 
AACAACTTTCTCTTCTGCAGCCTCTTTTCTCCCTATTATAACAGCATAACGATAACCTTGTTTGGCTAACTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  F  Q  L  F  A  V  K  S  G  E  E  I  R  R  S  M  Y  V  F  K  D  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  R  E  V  A  L  R  P  E  A  T  A  S  I  A  R  I  Y  L  K  H  L  R  G 
 -  -  -  -  A  L  R  P  E  A  T  A  S  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TGCGTATCCTGCAAGCGCTTCATCAAGAACTAT---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  P  K  P  L  R  L  Y  Y  V  V  N  C  F  R  Y  E  E  P  Q  K  A  R  Y 
 -  -  -  -  L  R  L  Y  Y  V  V  N  C  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TGACAATCCTAGCTCTTGTATCGCTGCTAGTGTTCT------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  E  F  W  Q  A  G  I  E  L  L  G  E  P  S  I  L  G  D  F  E  V  I  R 
 R  E  F  W  Q  A  G  I  E  L  L  -  -  -  -  -  -  -  D  F  E  V  I  R 
CCCTGGCACCTTTTCCCCGCCATAGAGTTCAAT---------------------ACCTGCTATGCTTACAGG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  L  V  K  F  Y  E  R  I  E  M  L  D  H  I  V  L  K  I  G  T  T  K  L 
 I  L  V  K  F  Y  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAACCGGGAACCTTGACTTC---------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  R  H  L  F  S  K  Y  N  I  S  E  D  I  Q  D  H  I  L  H  L  M  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  L  Y  N  E  A  I  N  V  L  L  E  T  D  S  P  E  L  A  D  L  L  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  W  S  R  A  R  N  N  I  E  E  A  K  K  I  V  A  K  A  S  E  E  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  I  L  E  E  F  N  K  L  I  K  M  L  R  E  Y  N  N  Q  L  R  L  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  L  A  F  A  R  G  L  A  Y  Y  T  G  T  I  F  E  V  K  V  P  G  F  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  F  E  V  K  V  -  -  -  - 
------------------------------------------TATGCGTTCATAGAACTT------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  S  I  A  G  G  G  R  Y  D  N  L  I  E  L  Y  G  G  E  K  V  P  G  T 
 -  S  I  A  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  P  G  T 
---GACTTCAAAGTCTCCTAGGATCGA---------------------------------GAACTCTCTATA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  F  A  I  G  L  D  R  T  L  A  A  I  Q  E  L  G  L  S  P  K  L  V  Y 
 G  F  A  I  G  L  D  R  T  L  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCTCGCCTTCTGTGGCTCTTCATACCTGAAACAGTT------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  D  K  V  P  I  A  I  I  V  L  D  E  A  L  A  G  Y  A  A  R  V  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  L  A  A  K  S  T  V  T  T  S  M  Y  V  S  P  K  L  Q  K  I  L  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  A  K  Q  G  Y  R  Y  A  V  I  I  G  R  K  E  A  A  E  E  K  V  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430
 R  D  L  L  Q  R  R  Q  D  I  V  S  L  D  E  L  S  N  V  E  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

his_arch_T_volcanium

Class II

Archaea/Thermoplasma volcanium/amino acid sequences/Tvolcanium_his_aa

Archaea/Thermoplasma volcanium/nucleotide sequences/Tvolcanium_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  I  E  K  F  I  F  E  T  A  S  S  V  A  E  S  Y  G  F  K  R  I  D 
 -  -  I  E  K  F  I  F  E  T  A  S  S  V  A  E  S  Y  G  F  K  R  I  D 
------GCTTGTGCTCTTTTCAAGGAATGGAACTAAATCGCCTAGTGTTACAATTTCCTGTTCTCCAGTCGA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  P  S  L  E  Y  I  D  L  Y  R  I  K  S  G  E  E  L  L  N  Q  T  Y  S 
 F  P  S  L  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGATCTCTTACTGT---------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  T  D  R  G  G  R  E  V  T  L  I  P  E  A  T  P  S  T  V  R  M  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  L  I  P  E  A  T  P  S  T  V  -  -  -  - 
---------------------------AAGCGACCTATCCATTATCTCTGCAGATACAAT------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  R  K  D  I  A  K  P  V  R  W  Y  S  F  P  K  V  W  R  Y  E  E  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  W  Y  S  F  P  K  V  W  R  Y  -  -  -  - 
------------------------AATCCTCTCCGCTTTCACTGTTCCAACCCTGCATAC------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  G  R  F  R  E  H  Y  Q  F  N  A  D  I  F  G  P  S  N  E  E  A  D  A 
 -  -  -  -  R  E  H  Y  Q  F  N  A  D  I  F  -  -  -  -  -  -  -  D  A 
------------TGCCTTCACACCCTTGCTCTTAAGGAGCAGCGA---------------------AAATCC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  I  I  S  L  A  S  G  I  L  D  G  L  G  L  S  G  A  Y  E  I  R  V  N 
 E  I  I  S  L  A  S  G  I  L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACTGCAGGTATGTCTTGTTCTGAAAATAGCTT---------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  R  I  M  M  E  D  I  L  N  G  M  G  I  A  D  P  Y  T  V  F  S  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  R  F  H  K  V  S  K  E  T  F  V  D  D  L  M  S  V  G  L  S  E  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  N  T  I  Y  R  M  C  S  E  A  S  E  P  G  G  I  S  G  L  F  G  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  V  S  K  A  A  E  R  L  I  R  T  I  D  I  L  K  E  Y  G  V  K  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  Y  D  F  S  I  V  R  G  L  S  Y  Y  T  G  L  V  F  E  A  Y  D  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  A  Y  D  -  - 
------------------------------------------------GCCGTTCAATATGTCTTC------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  Q  F  R  A  I  L  G  G  G  R  Y  D  N  L  A  K  L  F  S  E  Q  D  I 
 -  -  -  -  A  I  L  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I 
------------AACTCTTATTTCGTACGCTCCGGA---------------------------------GGA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  A  V  G  F  G  M  G  D  A  V  I  S  L  L  L  K  S  K  G  V  K  A  P 
 P  A  V  G  F  G  M  G  D  A  V  I  S  L  L  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATTATCTCAGCGTCAGCTTCCTCATTGCTTGGGCCGAAAATATC---------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  A  K  K  S  V  Y  V  C  R  V  G  T  V  K  A  E  R  I  A  S  I  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 M  L  R  S  S  G  F  I  V  S  A  E  I  M  D  R  S  L  S  S  Q  L  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  S  Y  E  G  C  E  Y  A  V  I  A  G  E  R  D  L  E  N  N  S  V  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  D  L  S  T  G  E  Q  E  I  V  T  L  G  D  L  V  P  F  L  E  K  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410
 S  Y 
 -  - 
------

his_arch_M_aeolicus_Nankai

Class II

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/amino acid sequences/MaeolicusNankai_his_aa

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/nucleotide sequences/MaeolicusNankai_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  F  N  R  P  K  G  T  R  D  F  A  P  S  E  M  K  K  R  K  I  I  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  R  K  I  I  E  N 
---------------------------------------------------AAAAGAAAAATAATTGAAAAT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  L  K  S  V  F  M  A  Y  N  F  N  E  I  N  T  P  T  F  E  Y  F  E  L 
 K  L  K  S  V  F  M  A  Y  N  F  N  E  I  N  T  P  T  F  E  -  -  -  - 
AAATTAAAAAGCGTATTTATGGCATATAATTTCAATGAGATAAACACCCCCACATTTGAA------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  S  K  K  T  G  E  D  I  R  K  Q  L  F  V  F  K  D  H  G  N  R  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  L  R  P  E  I  T  S  S  V  V  R  F  Y  I  N  E  L  K  N  L  P  K  P 
 G  L  R  P  E  I  T  S  S  V  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGACTTAGACCAGAAATAACCTCCTCAGTGGTT---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  K  L  F  Y  F  A  N  C  F  R  Y  E  Q  P  Q  A  G  R  Y  R  E  F  W 
 Q  K  L  F  Y  F  A  N  C  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  W 
CAAAAATTATTTTATTTTGCCAACTGTTTTAGGTAT------------------------AGGGAATTTTGG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  M  G  C  E  L  L  G  S  K  N  P  I  A  D  A  E  V  I  N  L  A  M  D 
 Q  M  G  C  E  L  L  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  V  I  N  L  A  M  D 
CAAATGGGATGCGAGTTATTG---------------------GATGCAGAAGTTATAAATTTAGCTATGGAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  L  N  K  I  N  M  D  Y  E  I  H  I  G  H  L  G  V  L  K  G  V  F  E 
 G  L  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGATTGAAT---------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  F  G  L  T  E  D  E  E  L  K  I  R  R  L  I  D  K  E  D  Y  E  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  K  C  L  I  E  L  E  E  N  K  N  I  I  I  K  D  I  I  F  S  V  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  K  G  T  V  E  E  V  I  G  N  L  K  E  I  L  K  N  Y  P  K  S  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  L  N  N  L  E  E  I  M  E  F  V  K  R  N  N  Y  I  I  N  L  G  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  G  L  D  Y  Y  T  G  M  V  F  E  V  Y  G  K  K  E  G  A  R  Q  V  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  V  Y  G  -  -  -  -  -  -  Q  V  C 
---------------------------GTATTTGAAGTATATGGT------------------CAGGTATGC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  G  G  R  Y  D  N  L  I  E  L  F  E  G  A  P  T  P  A  V  G  F  A  Y 
 G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  P  A  V  G  F  A  Y 
GGTGGCGGTAGATAT---------------------------------ACGCCTGCGGTAGGTTTTGCCTAC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  F  D  R  I  M  L  N  I  D  D  F  E  V  E  D  K  R  I  L  I  V  P  I 
 G  F  D  R  I  M  L  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGATTTGATAGAATTATGTTAAAT------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  K  D  K  K  L  L  K  E  C  L  I  I  A  D  K  L  R  E  M  E  K  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  V  D  L  M  N  R  K  L  N  K  A  L  N  Y  A  N  T  V  G  I  S  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  M  I  G  E  K  E  L  N  E  R  K  I  S  I  K  D  M  E  T  G  E  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418
 L  I  D  L  E  E  L  S  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

his_arch_S_acidocaldarius

Class II

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/amino acid sequences/Sacidocaldarius_his_aa

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/nucleotide sequences/Sacidocaldarius_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  E  F  E  P  I  R  G  M  K  D  Y  Y  G  E  E  L  N  K  I  K  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  I  K  F  I 
---------------------------------------------------------CTCTCTTTTTTTAAG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  E  T  F  R  S  V  V  L  N  S  G  Y  Q  E  V  Y  T  P  I  V  E  D  F 
 E  E  T  F  R  S  V  V  L  N  S  G  Y  Q  E  V  Y  T  P  I  V  E  -  - 
GAACTTAATGGTAATACTATTTTCTTCCAATTCCTTCTTACCTATCAATGCAATTGCGTCATATCC------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  L  F  S  L  K  S  G  E  E  I  R  K  T  M  Y  V  F  K  D  K  A  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  V  A  L  R  P  E  I  T  P  S  I  V  R  V  Y  L  N  S  M  Q  H  L  P 
 -  -  A  L  R  P  E  I  T  P  S  I  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ATTCAGTAACCTTATCGCTAAACTTAAGCTATC---------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  P  L  R  L  F  Y  V  G  Q  V  Y  R  Y  D  E  P  Q  F  G  R  Y  R  E 
 -  -  L  R  L  F  Y  V  G  Q  V  Y  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E 
------TTGTAGATCAGATTTAATTTTGTTTATAACTAATGC------------------------TCCGAT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  R  Q  A  G  V  E  L  L  A  S  S  S  S  F  A  D  I  E  V  I  S  L  L 
 F  R  Q  A  G  V  E  L  L  -  -  -  -  -  -  -  D  I  E  V  I  S  L  L 
TGCCGGAGTATCAGTTCCACCGTACAA---------------------TCCTCCGCCAGCTATACTAAAACT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  E  I  Y  D  S  L  G  L  K  D  K  I  I  I  K  I  N  N  I  G  I  Y  R 
 N  E  I  Y  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACATCAGGGTGAAC---------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  I  F  N  K  A  G  I  S  E  E  Q  Q  E  H  L  L  H  L  I  D  K  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  D  D  A  L  K  E  F  T  D  N  N  Y  K  D  L  I  T  Y  L  I  S  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  D  K  I  E  P  D  K  L  E  S  L  R  K  E  I  S  K  Y  N  F  N  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  E  I  N  K  L  S  F  I  C  E  V  L  E  D  L  G  V  K  I  K  I  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  F  V  R  G  L  A  Y  Y  T  G  V  I  F  E  V  V  H  P  D  V  S  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  F  E  V  V  H  -  -  -  -  -  S 
------------------------------------AAGCCCTAGTGAATCATA---------------ACT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  A  G  G  G  R  Y  D  N  L  V  R  L  Y  G  G  T  D  T  P  A  I  G  F 
 I  A  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  P  A  I  G  F 
GATAACCTCGATGTCTGCAAA---------------------------------TTGTCTAAATTCCCTGTA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  I  G  V  E  R  T  A  L  V  I  N  K  I  K  S  D  L  Q  R  K  K  I  A 
 A  I  G  V  E  R  T  A  L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACGACCGAATTGTGGTTCATCATATCTATA------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  I  P  L  I  S  T  K  D  S  L  S  L  A  I  R  L  L  N  I  L  R  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  I  I  G  V  L  N  L  K  D  V  P  L  S  K  L  M  I  Y  Y  V  E  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  D  A  I  A  L  I  G  K  K  E  L  E  E  N  S  I  T  I  K  F  L  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428
 R  E  Q  K  T  V  K  L  E  K  I  E  D  V  L  I  N  N  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

his_arch_M_kandleri

Class II

Archaea/Methanopyrus kandleri/amino acid sequences/Mkandleri_his_aa

Archaea/Methanopyrus kandleri/nucleotide sequences/Mkandleri_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  V  T  L  M  K  V  E  R  P  K  G  T  R  D  F  T  P  E  E  M  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A 
---------------------------------------------------------------------CAC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  R  W  L  E  R  Y  L  L  D  V  F  R  S  Y  G  Y  E  E  V  L  T  P  T 
 R  R  W  L  E  R  Y  L  L  D  V  F  R  S  Y  G  Y  E  E  V  L  T  P  T 
CGACACGTATCCCTCCTTCAGCTCCCGCTCCCCTACGATCACGGCGTAGTCGTACTCGAGCGAGTCCGCCAG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  E  H  A  K  L  F  E  E  K  S  G  E  E  I  L  E  E  M  Y  V  F  K  D 
 F  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGAGAG------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  K  G  R  K  L  A  L  R  P  E  M  T  A  P  V  V  R  F  Y  N  A  E  L 
 -  -  -  -  -  -  A  L  R  P  E  M  T  A  P  V  V  -  -  -  -  -  -  - 
------------------ACCCGACCTCACGAGCGGTATCAGCAAGGCACG---------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  T  R  P  H  P  L  K  L  A  Y  I  V  N  C  F  R  Y  E  Q  P  Q  R  G 
 -  -  -  -  -  -  L  K  L  A  Y  I  V  N  C  F  R  Y  -  -  -  -  -  - 
------------------GGCCGCGAGGAGGAGCCTGTCGAAACCTATGGCCAT------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  W  R  E  F  W  Q  A  G  V  E  V  F  G  S  D  R  P  E  A  D  V  E  V 
 -  -  R  E  F  W  Q  A  G  V  E  V  F  -  -  -  -  -  -  -  D  V  E  V 
------TCCGAGCTCCTTCACCAGGTCGTCGTAGCGGCC---------------------TCCACCGAGCTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  E  L  T  Y  R  I  F  D  G  I  L  P  S  G  A  F  E  V  R  V  G  H  L 
 I  E  L  T  Y  R  I  F  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGGCACGTGTATTTCGAACACCATCCC---------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  I  L  R  G  L  L  E  E  Y  G  I  G  E  D  V  Q  N  K  V  A  H  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  K  G  E  L  D  E  V  K  T  L  L  P  A  E  P  A  E  K  A  L  A  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  A  R  S  E  S  E  V  E  E  A  V  S  G  K  E  R  A  E  R  A  L  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  M  E  I  S  D  A  L  R  E  A  G  V  D  H  E  L  D  F  S  V  A  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  D  Y  Y  T  G  M  V  F  E  I  H  V  P  E  L  G  G  G  S  Q  C  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  I  H  V  -  -  -  -  -  -  -  Q  C  A  G 
---------------------GATCCGGTAGGTCAGCTC---------------------CGGGCGGTCCGA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  G  R  Y  D  D  L  V  K  E  L  G  G  P  D  V  P  A  V  G  M  A  I  G 
 G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  P  A  V  G  M  A  I  G 
GCCGAACACCTC---------------------------------CCGCTGCGGCTGCTCGTACCGGAAGCA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  D  R  L  L  L  A  A  E  L  Y  D  R  I  P  D  G  V  E  E  T  R  A  L 
 F  D  R  L  L  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTTCACGATGTACGCCAGCTT---------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  I  P  L  V  R  S  G  K  I  W  E  I  A  A  K  L  R  K  L  G  W  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  V  E  V  S  G  K  H  I  R  K  A  L  S  L  A  D  S  L  E  Y  D  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  I  V  G  E  R  E  L  K  E  G  Y  V  S  V  K  N  L  K  T  G  V  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421
 E  V  P  L  D  Q  L  E  R  A  A  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

his_arch_Halobacterium

Class II

Archaea/Halobacterium sp./amino acid sequences/Halobacterium_his_aa

Archaea/Halobacterium sp./nucleotide sequences/Halobacterium_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Y  D  R  L  K  G  F  R  D  F  Y  P  D  E  M  G  P  R  R  V  A  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  R  R  V  A  I  D 
---------------------------------------------------GAACGGCGCGGTCACCTGGTC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  L  E  G  A  A  R  Q  Y  G  F  R  E  I  G  T  P  A  L  E  G  Q  Q  M 
 A  L  E  G  A  A  R  Q  Y  G  F  R  E  I  G  T  P  A  L  E  -  -  -  - 
GCCGCTCTCCATGTGCTTGACCGTCACCTCGCCGTTCGCGAGGTCCTGCTCGCCCACGAT------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  V  D  K  S  G  E  G  I  V  E  E  L  Y  T  F  T  D  Q  G  G  R  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  L  T  P  E  L  T  P  T  V  A  R  M  V  V  A  K  Q  Q  E  L  Q  K  P 
 A  L  T  P  E  L  T  P  T  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCGCGGTCCCGGAGGTCACCCGCGACGCGCGC---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  K  W  F  S  T  R  P  F  W  R  Y  E  E  P  Q  Q  G  R  F  R  E  F  Y 
 I  K  W  F  S  T  R  P  F  W  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  Y 
GTCGGCGGTGAACTCGCCCTCCGGGAGCACGCCCGC------------------------GGCGTGGCCGGG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  T  N  V  D  I  F  G  S  S  D  P  R  A  D  A  E  V  L  A  V  V  A  D 
 Q  T  N  V  D  I  F  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  V  L  A  V  V  A  D 
CGCGACCCCGACCGCGGGCGT---------------------GATGAGGCCGTCGTAGCGCCCGCCGCCGAA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  L  T  D  L  G  L  T  S  E  D  F  E  F  R  V  S  H  R  D  I  L  G  G 
 G  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACCGACCG---------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  L  E  A  F  D  A  D  V  D  T  E  E  A  I  R  T  V  D  K  R  E  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  F  A  E  Y  V  D  G  L  E  A  A  G  L  T  R  E  Q  A  E  R  F  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  L  A  G  D  D  L  D  A  L  V  E  F  A  G  T  E  R  V  D  D  A  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  L  R  N  V  L  Q  A  A  E  N  L  G  V  R  E  Y  C  D  V  S  L  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  R  G  L  D  Y  Y  T  G  V  V  F  E  C  F  D  A  T  G  E  V  G  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  C  F  D  -  -  -  -  -  -  -  S 
------------------------------GCGGAACTCGAAGTCCTC---------------------GAG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  F  G  G  G  R  Y  D  G  L  I  E  S  F  G  G  Q  P  T  P  A  V  G  V 
 V  F  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  P  A  V  G  V 
GCCGTCCGCGACTACCGCCAG---------------------------------GAAGATGTCGACGTTCGT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  P  G  H  A  T  L  G  L  L  L  E  N  A  G  V  L  P  E  G  E  F  T  A 
 A  P  G  H  A  T  L  G  L  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTGGTAGAACTCCCGGAACCGGCCCTGCTG------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  Y  Y  V  L  Q  V  G  D  T  E  A  E  A  A  R  V  A  G  D  L  R  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  N  V  V  D  T  D  V  T  G  R  S  F  G  A  Q  M  N  Y  A  D  G  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  E  T  V  V  I  V  G  E  Q  D  L  A  N  G  E  V  T  V  K  H  M  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  D  Q  V  T  A  P  F  D  E  F  P  G  E  L  D  A  P  T  V  D  D  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

his_arch_M_hungatei

Class II

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_his_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  Q  K  P  R  G  T  R  D  M  L  P  D  E  M  E  R  R  R  E  I  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  R  R  E  I  E  A 
---------------------------------------------------CGGCGTCGTGAGATAGAAGCA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  M  R  A  R  A  R  L  Y  G  F  R  E  I  A  T  P  V  F  E  E  L  E  L 
 R  M  R  A  R  A  R  L  Y  G  F  R  E  I  A  T  P  V  F  E  -  -  -  - 
CGGATGCGGGCACGGGCACGACTCTATGGTTTTCGGGAGATAGCAACCCCGGTATTTGAA------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  T  I  R  S  G  E  G  I  I  N  E  M  Y  V  F  E  D  K  G  G  R  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  L  R  P  E  L  T  A  P  V  L  R  M  Y  V  E  E  G  R  S  L  N  K  P 
 A  L  R  P  E  L  T  A  P  V  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCACTCAGGCCGGAACTGACCGCACCGGTTCTC---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  K  W  C  Y  F  A  D  C  F  R  Y  E  R  P  Q  K  G  R  Y  R  Q  F  W 
 V  K  W  C  Y  F  A  D  C  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  Q  F  W 
GTCAAATGGTGCTATTTTGCCGACTGTTTCAGATAT------------------------CGCCAGTTCTGG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  F  G  A  E  L  I  G  A  D  S  A  M  G  D  A  E  V  I  T  L  G  Y  D 
 Q  F  G  A  E  L  I  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  V  I  T  L  G  Y  D 
CAGTTCGGGGCAGAACTTATC---------------------GATGCGGAGGTTATCACACTCGGATATGAC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  L  R  T  A  G  V  T  F  V  L  R  I  G  H  L  S  F  M  R  T  L  L  A 
 L  L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTCTCAGG---------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  L  A  D  G  D  K  K  K  I  R  A  F  L  D  K  R  E  E  E  A  A  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  L  R  D  I  G  R  D  D  L  C  D  P  L  I  R  L  C  G  A  R  T  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  V  F  A  I  I  G  E  I  P  E  A  A  R  V  R  E  M  F  A  I  L  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  G  I  P  Y  E  I  N  P  A  I  A  R  G  L  D  Y  Y  T  G  V  V  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E 
---------------------------------------------------------------GTCTTTGAA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 C  F  A  E  G  L  G  A  E  N  Q  I  L  G  G  G  A  Y  R  L  A  H  L  F 
 C  F  A  -  -  -  -  -  -  -  Q  I  L  G  G  G  A  Y  -  -  -  -  -  - 
TGCTTTGCC---------------------CAGATCCTTGGTGGTGGTGCATAC------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  G  E  D  T  P  S  A  G  F  A  I  G  F  D  R  V  M  V  A  L  G  E  A 
 -  -  -  -  T  P  S  A  G  F  A  I  G  F  D  R  V  M  V  A  -  -  -  - 
------------ACTCCATCGGCCGGATTTGCCATCGGTTTTGACCGGGTAATGGTTGCC------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  W  V  P  W  Q  P  Q  V  M  I  I  T  T  N  E  G  R  D  Y  A  L  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  G  Q  F  R  M  N  G  I  I  T  E  T  D  L  M  D  R  S  F  S  A  Q  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  A  A  G  K  S  A  D  Y  A  V  I  I  G  K  D  E  V  E  T  G  T  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  K  D  L  K  A  G  T  Q  E  K  I  T  A  D  E  A  I  Q  K  L  T  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

his_arch_A_fulgidus

Class II

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/amino acid sequences/his_Arc_A_fulgidus

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/nucleotide sequences/Afulgidus_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  I  E  R  P  R  G  T  R  D  F  L  P  D  E  M  E  R  R  R  E  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  R  R  E  I  E 
------------------------------------------------------TTCGAGGTTCTTTATCGC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  R  M  R  K  I  A  E  S  F  G  Y  R  E  V  A  T  P  T  F  E  Y  L  E 
 K  R  M  R  K  I  A  E  S  F  G  Y  R  E  V  A  T  P  T  F  E  -  -  - 
AACTCTCCCACTCTTAACCTCATCCGGGCCGAGTATGACCGCATACTTTACCCCCATTTCGCT---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  F  T  R  K  S  G  E  G  I  I  E  E  M  Y  V  F  K  D  K  S  G  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  A  L  R  P  E  L  T  A  P  V  M  R  M  F  V  N  E  C  S  V  M  P  K 
 -  A  L  R  P  E  L  T  A  P  V  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CCTGAAGGCCTGGCTTTCCAGCCCCTTAAAGGA------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  L  R  F  Y  Y  F  A  N  C  F  R  Y  E  R  P  Q  K  G  R  Y  R  E  F 
 -  L  R  F  Y  Y  F  A  N  C  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F 
---GCAAGCCTCACAAACCCTGTCAAAGCCTATAGCGAA------------------------GCCGAAAAG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  Q  F  G  V  E  L  I  G  S  E  S  Y  L  A  D  A  E  V  I  I  L  A  D 
 W  Q  F  G  V  E  L  I  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  V  I  I  L  A  D 
TGAGGAAAGCTCGTAGCTCCCTCC---------------------TCCGAGCCCTTCAGCGTAGCACTCAAA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  I  L  K  D  V  G  V  N  F  S  L  E  I  G  H  V  G  I  M  R  H  L  L 
 K  I  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACGACGCCCGT------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  P  I  G  E  D  R  A  S  K  V  M  R  L  I  D  K  G  D  R  E  G  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  Y  L  A  E  I  R  V  N  E  D  L  R  D  K  I  F  S  L  L  E  L  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  E  S  V  I  E  E  A  K  E  I  I  D  Y  D  F  G  H  L  E  S  L  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  L  R  D  V  G  V  D  F  T  L  N  L  G  I  A  R  G  L  D  Y  Y  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  V  F  E  C  Y  A  E  G  L  G  A  Q  K  Q  V  C  G  G  G  S  Y  E  L 
 -  V  F  E  C  Y  A  -  -  -  -  -  -  -  Q  V  C  G  G  G  S  Y  -  - 
---TTTATCTGCAAGGATTAT---------------------CGATTCAGAACCAATCAGCTCAAC------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  S  L  F  G  G  P  V  T  P  S  T  G  F  A  I  G  F  D  R  V  C  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  T  P  S  T  G  F  A  I  G  F  D  R  V  C  E  A 
------------------------CTTCTGCGGCCTCTCGTAGCGGAAGCAGTTTGCGAAGTAGTAAAAGCG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 C  S  V  E  A  G  E  K  S  V  V  A  V  V  S  F  K  G  L  E  S  Q  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  V  A  S  M  L  R  E  R  G  F  T  A  V  V  D  V  M  G  R  N  L  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  M  S  F  A  S  E  M  G  V  K  Y  A  V  I  L  G  P  D  E  V  K  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  V  A  I  K  N  L  E  T  Q  E  Q  V  V  V  A  E  E  E  L  F  S  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409
 Q 
 - 
---

his_arch_M_thermautotrophicus

Class II

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/amino acid sequences/Mthermautotrophicus_his_aa

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/nucleotide sequences/Mthermautotrophicus_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  I  S  R  P  R  G  T  R  D  F  L  F  A  E  M  R  N  R  K  E  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  R  K  E  V  E 
------------------------------------------------------AACAGGAAAGAGGTTGAA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  V  L  R  R  T  F  E  T  Y  G  Y  H  E  I  K  T  P  I  F  E  E  L  K 
 G  V  L  R  R  T  F  E  T  Y  G  Y  H  E  I  K  T  P  I  F  E  -  -  - 
GGTGTACTCAGAAGGACATTCGAGACCTATGGCTACCATGAGATCAAGACACCAATATTTGAG---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  F  T  V  K  S  G  E  E  V  V  N  Q  I  Y  H  F  T  D  K  G  G  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  A  L  R  P  E  L  T  A  P  V  A  R  L  Y  M  N  E  M  Q  K  K  P  K 
 -  A  L  R  P  E  L  T  A  P  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GCCCTGAGACCTGAACTCACAGCACCCGTGGCA------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  I  K  M  Y  Y  F  G  S  C  F  R  Y  E  R  P  Q  A  G  R  F  R  Q  F 
 -  I  K  M  Y  Y  F  G  S  C  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  Q  F 
---ATAAAGATGTACTACTTCGGGAGCTGCTTCAGGTAT------------------------AGACAGTTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  Q  F  G  C  E  L  I  G  G  R  S  P  L  A  E  A  E  V  I  S  L  A  S 
 W  Q  F  G  C  E  L  I  -  -  -  -  -  -  -  E  A  E  V  I  S  L  A  S 
TGGCAGTTCGGATGCGAACTCATA---------------------GAGGCTGAGGTGATATCCCTAGCATCT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  S  L  H  E  L  G  L  D  G  F  E  V  H  I  G  H  L  G  I  L  R  G  I 
 E  S  L  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAATCCCTCCAT------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  G  R  E  E  I  P  S  E  L  Q  D  R  I  M  G  V  I  D  K  G  D  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  L  E  A  L  L  G  E  V  E  V  S  G  E  S  R  E  L  L  M  K  L  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  Q  G  G  P  E  V  L  D  D  V  E  E  Y  L  G  G  Y  S  E  S  L  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  E  E  F  R  E  L  V  E  T  L  H  Y  F  G  V  D  D  Y  H  V  N  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  A  R  G  L  D  Y  Y  T  G  I  V  F  E  I  Y  V  P  E  L  G  A  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  I  Y  V  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------GTATTCGAGATCTACGTG---------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Q  I  C  G  G  G  T  Y  N  L  V  E  T  F  G  G  E  R  V  E  S  T  G  F 
 Q  I  C  G  G  G  T  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  E  S  T  G  F 
CAGATATGTGGCGGAGGGACCTAC------------------------------GTCGAATCAACGGGATTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  F  G  F  D  R  L  M  N  A  L  G  M  D  E  E  N  M  R  M  V  D  V  F 
 A  F  G  F  D  R  L  M  N  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCTTCGGCTTTGACAGGCTCATGAACGCC------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  I  P  I  Q  D  S  T  V  P  E  A  I  R  I  T  Q  E  L  R  A  A  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  A  D  L  E  V  S  G  R  K  L  R  K  A  L  S  H  A  D  N  L  G  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  A  V  L  T  G  E  R  E  I  Q  D  G  K  V  T  V  K  D  M  E  R  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425
 Q  E  T  L  P  R  D  E  M  V  D  K  I  K  G  R  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

his_arch_P_aerophilum

Class II

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_his_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  G  L  P  D  H  L  R  R  P  V  R  G  M  R  D  W  L  P  P  Q  Y  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  L  R  H  M  E  E  V  L  C  K  V  A  E  S  F  G  Y  R  R  V  E  T  P 
 A  L  R  H  M  E  E  V  L  C  K  V  A  E  S  F  G  Y  R  R  V  E  T  P 
CTTTTCTAACTCCTTTCGGCCAATAATTATTATGTGTCTAGCCCCGACTTTTAACGCGTATTCAAAGGCGTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  V  E  H  F  E  V  L  A  K  K  A  G  Q  D  V  I  N  E  I  Y  Y  F  K 
 V  V  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTTAGACC---------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  K  A  G  R  D  L  G  L  R  F  D  M  T  V  P  V  A  R  V  L  S  Y  N 
 -  -  -  -  -  -  -  G  L  R  F  D  M  T  V  P  V  A  -  -  -  -  -  - 
---------------------ATCAAAAATATATATGTAGTAGTCCAGCGGCCT------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  E  L  P  R  P  V  R  W  Y  Y  F  T  K  V  F  R  Y  D  E  P  Q  H  G 
 -  -  -  -  -  -  V  R  W  Y  Y  F  T  K  V  F  R  Y  -  -  -  -  -  - 
------------------CTCTACGCCTATGGCAAATCCCAGCGCCGGGGTTTT------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  Y  R  E  F  Y  Q  F  G  V  E  L  V  G  S  S  S  P  R  A  D  A  E  V 
 -  -  R  E  F  Y  Q  F  G  V  E  L  V  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  V 
------ATCGTCGTAACGCCCGCCGCCGCCGACGGCGAG---------------------CTCGAAGACTAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  Q  L  L  I  A  S  L  E  A  A  G  A  S  N  F  Y  V  R  I  N  D  R  R 
 I  Q  L  L  I  A  S  L  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCCAGTGTAGTAATCCAGCCCCCTTAC---------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  V  D  K  L  L  E  H  L  G  V  A  P  Y  R  D  I  I  Y  K  A  L  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  L  K  L  P  R  E  D  V  I  K  I  M  T  G  G  G  V  S  K  E  I  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  I  Y  N  T  A  T  E  I  T  I  Q  E  A  V  E  L  L  Y  K  L  D  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  G  A  S  Y  E  K  I  V  K  Y  L  E  A  S  V  P  M  E  R  L  K  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 M  S  I  V  R  G  L  D  Y  Y  T  G  I  V  F  E  A  F  V  G  E  Y  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  A  F  V  -  -  -  -  - 
---------------------------------------CTCGGCGTCGGCCCTGGG---------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  V  G  G  G  G  R  Y  D  D  L  L  E  L  Y  S  G  V  K  T  P  A  L  G 
 A  V  G  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  P  A  L  G 
TAGCTCCACGCCGAATTGGTAAAA---------------------------------TCTAAAGACTTTTGT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  A  I  G  V  E  R  L  M  E  A  V  G  I  Q  N  V  E  R  P  L  D  Y  Y 
 F  A  I  G  V  E  R  L  M  E  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAGTAGTACCAACGCACTGGCCTTGGCAGTTC---------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  Y  I  F  D  D  D  A  Y  K  Y  A  A  A  V  A  K  K  L  R  T  E  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  V  V  V  E  L  G  E  K  G  L  K  D  A  F  E  Y  A  L  K  V  G  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 H  I  I  I  I  G  R  K  E  L  E  K  G  V  I  K  V  R  D  L  E  K  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419
 E  V  E  K  P  L  S  Q  F  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

his_arch_N_equitans

Class II

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_his_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  L  P  P  R  G  T  K  D  F  T  P  E  L  A  I  L  W  K  E  I  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  W  K  E  I  V  S 
---------------------------------------------------TCTTTCCCTTGTTAGCCTATC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  I  E  S  V  Y  Q  K  Y  G  F  D  P  I  I  T  P  I  V  E  Y  W  D  T 
 K  I  E  S  V  Y  Q  K  Y  G  F  D  P  I  I  T  P  I  V  E  -  -  -  - 
TTGAAATGTTACTAAATTATTGGCTAAATCCTTTTTACCAACAATAACTAAATACCTAAT------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  K  G  K  Y  G  E  E  A  E  K  K  E  I  W  R  F  R  V  P  Q  S  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 W  Y  A  L  K  Y  D  Q  T  V  P  L  A  R  Y  F  A  R  F  R  P  K  L  P 
 -  -  A  L  K  Y  D  Q  T  V  P  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GGCAATTCTCCATGCTTCTTTGAAAACCTCTAT---------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  K  R  Y  T  I  D  R  T  F  R  Y  D  E  P  Q  K  G  R  Y  R  E  F  W 
 F  K  R  Y  T  I  D  R  T  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  W 
GTTTAGATTAAATATACCTTTTTCTAAACCAACATC------------------------CCCTCCAACGGC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  A  D  A  D  I  V  G  S  P  Y  P  E  A  D  A  E  I  L  N  M  M  I  E 
 Q  A  D  A  D  I  V  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  I  L  N  M  M  I  E 
AGGAATTTTTTCTTTAGAAAA---------------------CCTACCACCTCCGCCCAGGGCTCTATTAAA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  Y  E  T  L  G  F  N  V  Y  L  R  V  S  D  R  R  A  L  E  S  L  I  E 
 A  Y  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACCTTCAAT---------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  V  G  E  K  D  K  F  I  E  I  A  R  I  I  D  K  W  D  K  I  G  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  V  L  E  K  L  K  Q  I  T  D  K  A  E  K  I  I  E  L  L  K  E  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  E  F  Y  P  K  E  F  W  E  I  I  D  L  V  E  K  K  N  K  I  K  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  K  L  A  R  G  F  D  Y  Y  T  G  M  V  Y  E  V  W  I  E  G  F  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  E  V  W  I  -  -  -  -  - 
---------------------------------------ATTAAATCCTAAAGTTTC---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  L  G  G  G  G  R  Y  D  N  L  I  G  I  F  S  K  E  K  I  P  A  V  G 
 A  L  G  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  P  A  V  G 
CATATTTAATATCTCTGCATCCGC---------------------------------GGCTTGCCAAAACTC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  S  I  G  I  N  P  L  I  D  V  G  L  E  K  G  I  F  N  L  N  K  K  T 
 G  S  I  G  I  N  P  L  I  .  V  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCTATATCTTCCTTTTTGTGGTTCATC---TCTAAA------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  T  Q  I  A  V  I  Y  I  E  V  F  K  E  A  W  R  I  A  N  K  L  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  G  L  N  V  Y  I  D  L  L  R  R  D  F  K  K  Q  M  E  Y  V  I  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  I  R  Y  L  V  I  V  G  K  K  D  L  A  N  N  L  V  T  F  Q  D  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404
 T  R  E  R  K  K  I  P  I  E  N  L  E  E  I  K  S  L  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

his_arch_M_acetivorans

Class II

Archaea/Methanosarcina acetivorans/amino acid sequences/Methanosarcina_acetivorans_his_aa

Archaea/Methanosarcina acetivorans/nucleotide sequences/Methanosarcina_acetivorans_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  V  N  R  P  R  G  T  R  D  F  L  P  A  D  T  A  R  R  R  Y  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  R  R  Y  V  E 
------------------------------------------------------CGGAGAAGGTACGTGGAA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  V  M  R  N  V  V  R  N  W  G  Y  S  E  I  I  T  P  T  F  E  H  L  D 
 S  V  M  R  N  V  V  R  N  W  G  Y  S  E  I  I  T  P  T  F  E  -  -  - 
AGCGTTATGCGAAATGTTGTCCGCAACTGGGGATACAGTGAAATCATTACGCCTACATTTGAA---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  F  T  L  K  S  G  E  G  I  V  G  E  L  Y  N  F  T  D  K  G  G  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 M  T  L  R  P  E  L  T  A  P  V  M  R  L  Y  V  N  E  L  Q  P  F  P  K 
 -  T  L  R  P  E  L  T  A  P  V  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---ACCCTCAGGCCGGAACTTACGGCTCCTGTCATG------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  L  K  L  F  Y  F  E  N  C  F  R  Y  E  R  P  Q  K  G  R  F  R  E  F 
 -  L  K  L  F  Y  F  E  N  C  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F 
---TTGAAGTTATTCTACTTTGAAAATTGTTTCCGCTAC------------------------AGAGAATTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  Q  F  G  V  E  L  I  G  S  G  K  S  D  S  D  A  E  V  I  A  L  A  D 
 W  Q  F  G  V  E  L  I  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  V  I  A  L  A  D 
TGGCAGTTCGGAGTCGAACTCATC---------------------GACGCCGAGGTTATTGCCCTTGCCGAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  L  L  K  A  V  G  I  Q  G  D  M  K  L  G  N  L  A  V  I  R  T  L  L 
 A  L  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCCTGTTAAAA------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  G  L  E  P  E  I  V  S  K  V  M  R  L  V  D  K  K  E  Y  A  G  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  L  L  E  E  I  G  A  E  E  Q  L  K  S  D  L  F  H  L  I  H  L  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  Y  I  L  P  K  V  K  E  I  V  G  N  I  P  E  L  V  G  F  E  K  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  L  L  D  A  Y  G  V  D  Y  S  L  D  F  G  I  A  R  G  L  D  Y  Y  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  M  V  F  E  V  Y  A  E  G  L  G  A  Q  K  Q  V  C  G  G  G  S  Y  Q 
 -  -  V  F  E  V  Y  A  -  -  -  -  -  -  -  Q  V  C  G  G  G  S  Y  - 
------GTCTTTGAGGTTTATGCC---------------------CAGGTCTGCGGGGGTGGCTCTTAC---

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  I  Q  L  F  G  G  G  D  V  P  S  T  G  F  G  I  G  F  D  R  I  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  P  S  T  G  F  G  I  G  F  D  R  I  M  E 
---------------------------GTGCCTTCCACGGGCTTCGGAATAGGTTTTGACAGGATTATGGAG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  C  P  L  V  P  P  A  S  K  N  L  V  L  V  S  K  P  A  T  H  I  E  A 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATC---------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  K  V  A  S  E  L  R  N  Y  L  P  V  Q  I  D  L  M  E  R  N  F  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  F  S  Y  A  N  T  I  N  A  D  Y  V  V  I  V  G  E  K  E  L  E  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  L  T  L  R  D  M  V  S  G  E  Q  E  L  L  T  L  E  E  I  I  E  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413
 T  G  Q  Q  D 
 -  -  -  -  - 
---------------

his_arch_P_horikoshii

Class II

Archaea/Pyrococcus horikoshii/amino acid sequences/Phorikoshii_his_aa

Archaea/Pyrococcus horikoshii/nucleotide sequences/Phorikoshii_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  E  R  V  K  G  T  R  D  F  L  P  E  D  M  A  K  R  R  W  V  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  R  R  W  V  F  E 
---------------------------------------------------GTTATATTGCTCTCCACTTTC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  I  R  E  V  F  E  A  Y  G  F  K  E  I  L  T  P  V  M  E  Y  T  K  L 
 K  I  R  E  V  F  E  A  Y  G  F  K  E  I  L  T  P  V  M  E  -  -  -  - 
CATATCCCTTATTGTTACAACCCCTCTCTCAACATCTCTCTTCCCAACTATTATGACTAA------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  Q  L  R  S  G  E  E  V  V  K  Q  L  Y  A  F  K  D  K  G  G  R  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  L  R  P  D  M  T  S  S  V  A  R  L  Y  V  N  S  F  Q  M  A  P  K  P 
 S  L  R  P  D  M  T  S  S  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCTTAACTTTACTGCTATATTAATTGCAACTTT---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  K  W  Y  Y  I  A  N  M  F  R  Y  E  E  P  Q  S  G  R  Y  R  E  F  W 
 I  K  W  Y  Y  I  A  N  M  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  W 
AGTTTGAGGTTTGGGAATTAAACCTTTCCATTCCAG------------------------AATTGCGAATCC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  A  G  V  E  L  I  G  S  D  K  V  E  A  D  A  E  V  I  A  L  F  V  E 
 Q  A  G  V  E  L  I  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  V  I  A  L  F  V  E 
AGTGGCCGGTGTTGGCTTTCC---------------------ATCGTACCTCCCCCCTCCCCCTATGGATCC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  Y  L  S  T  G  L  R  D  F  T  V  N  I  G  D  R  I  L  L  D  E  F  A 
 S  Y  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TATCCCAAG---------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  M  L  G  V  S  D  D  I  G  L  M  R  I  I  D  K  R  D  K  L  S  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  F  I  N  L  L  K  E  F  G  L  G  E  S  E  I  E  K  V  L  E  L  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  K  G  R  P  D  N  V  L  P  L  A  E  E  L  F  K  S  K  K  A  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  S  K  L  Y  K  L  T  D  L  L  E  W  Y  G  V  K  D  W  I  R  I  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  I  A  R  G  F  D  Y  Y  T  S  I  V  F  E  A  I  S  P  N  E  L  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  A  I  S  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------AACCGTAAAATCTCTGAG------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  S  I  G  G  G  G  R  Y  D  N  L  I  E  I  F  G  G  K  P  T  P  A  T 
 -  S  I  G  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  P  A  T 
---AACGAATAATGCTATAACCTCTGC---------------------------------AACTCCGGCCTG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  F  A  I  G  I  E  R  L  L  P  I  L  E  W  K  G  L  I  P  K  P  Q  T 
 G  F  A  I  G  I  E  R  L  L  .  I  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCAAAATTCCCTGTAACGACCACTTTGAGG---TTCGTA---------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  P  E  V  F  V  I  P  L  K  D  M  E  K  V  A  I  N  I  A  V  K  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  E  K  I  K  T  D  I  E  L  S  G  R  K  L  G  K  A  L  D  Y  A  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  G  A  K  L  V  I  I  V  G  K  R  D  V  E  R  G  V  V  T  I  R  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431
 E  S  G  E  Q  Y  N  V  S  L  N  E  I  V  D  K  V  K  N  L  L  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

his_arch_R_marinus

Class II

Archaea/Rhodothermus marinus/amino acid sequences/Rmarinus_his_aa

Archaea/Rhodothermus marinus/nucleotide sequences/Rmarinus_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  L  E  P  T  F  R  N  I  R  G  T  F  D  I  L  P  Q  D  G  R  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  T  H  D  M  P  S  R  A  W  Q  H  V  E  Q  V  V  R  E  V  L  E  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  A  W  Q  H  V  E  Q  V  V  R  E  V  L  E  R  F 
------------------------GCCTGGCAGCACGTCGAACAGGTCGTCCGGGAGGTGCTCGAACGCTTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  F  R  E  I  R  T  P  I  L  E  P  T  E  L  I  A  R  G  V  G  Q  L  T 
 N  F  R  E  I  R  T  P  I  L  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACTTCCGGGAGATTCGCACGCCGATTCTGGAA---------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  I  V  T  K  E  M  F  A  F  R  R  G  D  T  N  Y  V  L  R  P  E  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R  P  E  V  T 
---------------------------------------------------GTGCTGCGCCCCGAGGTGACG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  P  V  M  R  A  Y  L  Q  H  R  L  D  Q  Q  G  A  V  Q  K  L  Y  Y  I 
 A  P  V  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  K  L  Y  Y  I 
GCGCCGGTCATG------------------------------------------CAGAAGCTCTACTACATC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  P  C  F  R  A  E  N  P  Q  K  G  R  Y  R  Q  F  H  Q  F  G  V  E  L 
 G  P  C  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  R  Q  F  H  Q  F  G  V  E  L 
GGCCCCTGCTTCCGGGCC------------------------CGGCAGTTCCACCAGTTCGGCGTCGAGCTG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  G  A  E  T  P  E  A  D  A  E  V  I  A  A  M  M  A  V  Y  E  A  F  G 
 I  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  V  I  A  A  M  M  A  V  Y  E  -  -  - 
ATC---------------------GACGCCGAGGTGATCGCGGCCATGATGGCCGTCTACGAG---------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  K  N  L  R  L  R  I  N  T  L  G  D  A  E  S  R  P  R  Y  R  E  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  A  Y  L  Q  P  L  A  D  R  L  T  P  T  S  R  Q  R  L  E  T  N  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  I  L  D  T  K  D  E  R  E  R  R  L  L  E  G  A  P  R  I  I  D  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  E  K  G  R  A  H  Y  E  A  V  K  A  H  L  Q  A  L  G  I  A  F  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  P  F  L  V  R  G  L  D  Y  Y  T  H  T  T  F  E  L  E  S  P  D  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  F  E  L  E  S  -  -  -  - 
------------------------------------------ACGTTCGAGCTGGAGAGC------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  Q  S  A  L  A  G  G  G  R  Y  D  L  L  A  M  D  L  G  H  D  A  P  V 
 -  -  -  A  L  A  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
---------GCGCTGGCCGGCGGCGGACGCTAC------------------------------------GTG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  A  V  G  F  A  A  G  I  E  R  L  F  I  A  L  Q  A  Q  G  Y  A  F  P 
 P  A  V  G  F  A  A  G  I  E  R  L  F  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCGGCCGTGGGCTTTGCGGCGGGTATCGAGCGGCTGTTCATCGCG---------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  E  P  P  L  D  A  Y  L  V  S  L  G  E  A  A  M  R  R  A  L  V  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  A  L  R  R  A  G  L  R  V  D  L  D  L  K  G  R  S  M  K  A  Q  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  A  N  R  Q  Q  A  R  Y  A  V  I  M  G  D  R  E  L  A  E  G  R  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  R  D  M  Q  S  G  Q  Q  Q  E  V  P  L  D  E  L  A  D  F  L  K  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436
 V  R  V  S 
 -  -  -  - 
------------

his_arch_M_jannaschii

Class II

Archaea/Methanococcus jannaschii/amino acid sequences/Mjannaschii_his_aa

Archaea/Methanococcus jannaschii/nucleotide sequences/Mjannaschii_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  V  M  F  Q  K  P  R  G  T  R  D  F  L  P  E  E  M  K  K  R  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  R  R  F 
------------------------------------------------------------AAAAGAAGATTT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  E  N  K  L  R  E  V  F  E  R  Y  G  Y  K  E  I  L  T  P  T  F  E  S 
 V  E  N  K  L  R  E  V  F  E  R  Y  G  Y  K  E  I  L  T  P  T  F  E  - 
GTTGAAAATAAGCTAAGAGAGGTTTTTGAGAGGTATGGGTATAAGGAGATATTAACCCCAACCTTTGAA---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  E  L  I  A  K  K  T  G  E  E  I  R  K  Q  L  Y  V  F  K  D  H  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  E  M  A  L  R  P  E  M  T  S  P  V  V  R  F  Y  L  N  E  L  K  N  L 
 -  -  -  A  L  R  P  E  M  T  S  P  V  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GCTTTAAGACCAGAGATGACATCCCCGGTTGTT------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  K  P  L  R  L  Y  Y  F  A  N  C  F  R  Y  E  R  P  Q  A  G  R  F  R 
 -  -  -  L  R  L  Y  Y  F  A  N  C  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R 
---------TTAAGGCTTTATTATTTCGCTAATTGTTTTAGATAT------------------------AGA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  F  W  Q  M  G  C  E  L  I  G  C  K  E  P  L  A  D  A  E  V  L  N  L 
 E  F  W  Q  M  G  C  E  L  I  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  V  L  N  L 
GAGTTTTGGCAGATGGGTTGTGAGTTAATA---------------------GATGCTGAGGTTTTGAATTTA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  M  D  G  L  I  N  I  G  L  D  F  D  V  H  I  G  H  L  G  V  L  K  G 
 A  M  D  G  L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCAATGGATGGATTGATA------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  L  E  K  F  N  V  S  E  E  E  E  V  K  I  R  R  L  I  D  K  E  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  N  L  K  I  Y  L  T  Q  I  L  G  E  E  K  K  E  L  I  F  E  I  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  K  G  S  R  E  V  L  D  E  L  K  E  I  L  K  D  F  P  K  S  M  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  N  N  L  E  E  I  L  E  F  V  I  H  D  K  Y  T  I  N  L  G  I  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  L  D  Y  Y  T  G  M  V  F  E  I  Y  G  K  K  G  A  K  Q  I  C  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  I  Y  G  -  -  -  -  -  Q  I  C  G  G 
------------------------GTATTTGAAATCTATGGG---------------CAGATATGTGGTGGC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  R  Y  D  N  L  I  E  T  F  G  G  E  P  T  P  A  V  G  F  A  Y  G  F 
 G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  P  A  V  G  F  A  Y  G  F 
GGGAGATAC---------------------------------ACTCCAGCTGTTGGTTTTGCCTATGGATTT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  R  I  M  M  N  I  D  D  L  D  I  E  E  E  S  I  L  I  I  P  V  K  K 
 D  R  I  M  M  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATAGGATTATGATGAAT------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  K  E  L  I  K  K  S  L  I  I  A  D  K  L  R  K  A  G  K  I  V  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  I  M  G  R  K  L  R  K  A  L  D  Y  A  N  S  R  G  F  K  K  V  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  G  E  K  E  L  N  E  G  K  V  T  V  K  D  M  I  T  G  E  Q  K  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416
 G  I  D  E  L  T  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

his_arch_P_occultum

Class II

Archaea/Pyrodictium occultum/amino acid sequences/Poccultum_his_aa

Archaea/Pyrodictium occultum/nucleotide sequences/Poccultum_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  K  V  P  L  E  P  L  R  G  F  R  D  I  L  P  P  E  S  E  A  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  R 
---------------------------------------------------------------GCCCTCAGA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  L  A  E  I  F  A  R  I  A  R  S  Y  G  Y  G  E  V  K  P  P  T  L  E 
 R  L  A  E  I  F  A  R  I  A  R  S  Y  G  Y  G  E  V  K  P  P  T  L  E 
AGACTGGCCGAGATATTCGCGAGGATAGCCAGGTCCTATGGTTACGGCGAGGTGAAGCCACCTACGCTCGAG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  F  Q  L  F  A  V  K  S  G  E  E  I  R  R  S  M  Y  V  F  R  D  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  R  E  V  A  L  R  P  E  A  T  A  S  I  A  R  I  Y  L  R  L  L  R  G 
 -  -  -  -  A  L  R  P  E  A  T  A  S  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GCACTCCGGCCAGAGGCAACCGCCAGCATAGCC---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  P  K  P  V  R  L  Y  Y  V  V  N  C  F  R  Y  E  E  P  Q  R  A  R  Y 
 -  -  -  -  V  R  L  Y  Y  V  V  N  C  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GTGAGGCTATACTATGTAGTCAACTGCTTCCGCTAC------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  E  F  W  Q  A  G  V  E  L  L  G  E  P  S  I  L  G  D  F  E  V  I  K 
 R  E  F  W  Q  A  G  V  E  L  L  -  -  -  -  -  -  -  D  F  E  V  I  K 
CGCGAGTTCTGGCAGGCCGGGGTAGAGCTTCTC---------------------GACTTCGAGGTCATAAAG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  L  L  K  F  Y  E  S  I  D  M  L  D  H  I  V  L  K  I  G  N  T  R  L 
 L  L  L  K  F  Y  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTACTGCTCAAGTTCTACGAG---------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  R  R  L  F  A  K  H  G  I  S  E  E  I  Q  D  H  I  L  H  L  M  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  M  Y  K  E  A  L  E  A  L  M  G  A  E  H  P  G  L  A  S  I  L  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  W  S  N  A  R  D  D  I  D  A  A  K  N  I  L  S  K  S  G  E  E  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  S  L  E  E  L  K  K  L  V  D  M  L  K  G  Y  N  S  R  L  N  L  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  L  A  F  A  R  G  L  A  Y  Y  T  G  T  I  F  E  V  K  V  P  G  F  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  F  E  V  K  V  -  -  -  - 
------------------------------------------ATATTCGAGGTAAAGGTG------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  S  I  A  G  G  G  R  Y  D  N  L  I  E  L  Y  G  G  E  K  V  P  G  T 
 -  S  I  A  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  P  G  T 
---AGCATAGCCGGGGGAGGCCGCTAC---------------------------------GTGCCGGGCACG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  F  A  I  G  L  D  R  T  L  A  A  M  E  S  S  G  L  R  P  R  I  I  Y 
 G  F  A  I  G  L  D  R  T  L  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGATTCGCCATAGGGCTTGACCGCACACTAGCAGCT------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  E  P  V  R  I  A  V  I  V  L  D  E  S  L  A  P  Y  A  A  K  V  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  L  A  S  K  D  N  V  S  A  A  L  Y  T  G  S  K  L  Q  K  M  L  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  A  K  Q  G  Y  H  Y  A  A  I  V  G  K  Q  E  A  R  E  G  K  L  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  D  L  A  K  R  E  Q  R  V  L  T  L  E  E  L  R  E  L  N  L  T  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435
 E  F  R 
 -  -  - 
---------

his_bact_C_jejuni

Class II

Bacteria/Campylobacter jejuni/amino acid sequences/Cjejuni_his_aa

Bacteria/Campylobacter jejuni/nucleotide sequences/Cjejuni_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  N  A  L  K  G  M  K  D  L  L  D  K  D  A  Y  Y  Y  E  K  V  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  Y  E  K  V  I  K 
---------------------------------------------------TGCTAAATTTTTATAAAACAA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  C  E  E  V  A  K  N  Y  G  F  T  F  I  N  T  P  H  L  E  L  C  T  L 
 I  C  E  E  V  A  K  N  Y  G  F  T  F  I  N  T  P  H  L  E  -  -  -  - 
ACTTTCATTTTGTGCTTCATTTTCTCCCATGCAAAGAAAAATTTCAGTATTATTTTTATC------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  K  R  S  V  G  E  S  S  D  I  V  G  K  E  M  Y  E  F  I  D  K  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  H  V  C  M  R  P  E  G  T  A  G  V  V  R  A  Y  I  E  K  K  L  D  K 
 -  -  -  C  M  R  P  E  G  T  A  G  V  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TTGGATATAAATTTCATCCATAGCACAAAGATA------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  T  S  V  K  R  W  F  Y  Y  G  S  M  F  R  Y  E  R  P  Q  K  G  R  L 
 -  -  -  -  K  R  W  F  Y  Y  G  S  M  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------AGTTATAATTCTTTCTATACCCATGGCAAAACCTAT------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  E  F  H  Q  F  G  V  E  S  L  G  I  P  N  V  Y  E  D  A  S  I  I  L 
 R  E  F  H  Q  F  G  V  E  S  L  -  -  -  -  -  -  -  D  A  S  I  I  L 
ATACTCTATAAGTCTATCGTAGCGTCCTCCACC---------------------TATTTCATCGCTTATAAA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  L  V  E  I  F  S  R  L  G  I  D  F  K  L  Q  L  N  S  L  G  C  S  Q 
 M  L  V  E  I  F  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCAAAAGCCGTTTTAGAATA---------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 C  L  P  K  Y  R  D  R  L  V  E  F  L  D  S  K  E  G  F  C  E  D  C  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  R  K  N  L  N  P  I  R  V  L  D  C  K  N  E  H  C  Q  N  L  L  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  P  L  L  I  N  N  L  C  T  S  C  Q  K  D  F  E  T  L  Q  Q  I  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  N  G  V  K  F  E  L  D  S  K  L  V  R  G  L  D  Y  Y  S  K  T  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  F 
------------------------------------------------------------------TACTAG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  F  I  S  D  E  I  G  A  K  A  A  I  A  G  G  G  R  Y  D  R  L  I  E 
 E  F  I  S  -  -  -  -  -  -  -  A  I  A  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  - 
CATTAAAATAAT---------------------AGGTATGCCAAGGCTTTCAACTCC---------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  L  G  G  K  S  G  Y  G  I  G  F  A  M  G  I  E  R  I  I  T  I  L  E 
 -  -  -  -  -  -  G  Y  G  I  G  F  A  M  G  I  E  R  I  I  T  I  -  - 
------------------AGGTCTTTCATAACGAAACATAGAACCATAATAAAACCATCTTTTCAC------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  K  E  E  K  I  Q  R  E  G  I  Y  L  C  A  M  D  E  I  Y  I  Q  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  H  I  A  T  N  L  R  K  E  Y  K  V  L  L  S  Y  E  A  R  K  L  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 H  L  E  N  A  D  K  N  N  T  E  I  F  L  C  M  G  E  N  E  A  Q  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  L  F  Y  K  N  L  A  K  K  E  E  K  M  I  K  I  S  D  L  K  K  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

his_bact_P_mikurensis

Class II

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/amino acid sequences/Pmikurensis_his_aa

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/nucleotide sequences/Pmikurensis_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  S  T  P  V  S  D  L  Q  A  P  R  G  T  R  D  F  Y  P  E  E  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  H  R  R  L  L  D  A  W  R  R  V  S  L  R  N  G  F  E  E  V  D  G  P 
 R  H  R  R  L  L  D  A  W  R  R  V  S  L  R  N  G  F  E  E  V  D  G  P 
CGGCACCGCCGGCTGCTCGACGCGTGGCGGCGCGTGTCCCTCCGCAACGGCTTCGAGGAGGTCGACGGGCCC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  F  E  T  L  D  L  Y  K  V  K  S  G  D  G  I  V  S  E  L  F  S  F  R 
 I  F  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCTTCGAG---------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  D  G  G  S  T  D  Y  A  L  R  A  E  F  T  P  T  L  A  R  M  V  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  R  A  E  F  T  P  T  L  A  -  -  -  -  - 
------------------------GCGCTGCGCGCCGAGTTCACGCCGACGCTGGCC---------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  A  N  G  L  P  K  P  I  K  W  F  A  T  P  N  F  C  R  A  E  R  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  W  F  A  T  P  N  F  C  R  A  -  -  -  - 
------------------------ATCAAGTGGTTCGCCACGCCGAACTTCTGCCGGGCC------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  G  R  L  R  E  F  W  Q  W  N  V  D  F  L  G  E  A  G  P  S  A  D  A 
 -  -  -  -  R  E  F  W  Q  W  N  V  D  F  L  -  -  -  -  -  -  -  D  A 
------------CGCGAGTTCTGGCAGTGGAACGTCGACTTCCTC---------------------GACGCC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  V  V  F  V  L  V  D  L  L  R  E  L  G  V  R  E  G  Q  V  Q  V  R  I 
 E  V  V  F  V  L  V  D  L  L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAGTCGTCTTCGTGCTCGTCGACCTGCTGCGC---------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  H  R  A  V  V  A  Q  V  L  Q  R  L  G  V  P  A  E  R  L  T  E  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  L  L  D  S  R  S  K  L  E  P  G  V  F  A  E  R  A  A  G  L  G  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  P  K  V  Q  R  L  D  E  V  C  R  R  R  F  A  A  G  D  L  G  H  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  A  L  G  M  D  A  P  P  D  D  L  V  G  L  D  A  Q  L  V  A  F  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  G  W  C  A  Y  D  L  G  V  V  R  G  L  A  Y  Y  T  G  T  V  F  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  A 
------------------------------------------------------------GTGTTCGAGGCC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  E  T  A  G  V  E  R  A  L  A  G  G  G  R  Y  D  R  L  I  E  T  F  G 
 F  E  -  -  -  -  -  -  A  L  A  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCGAG------------------GCGCTCGCCGGCGGAGGCCGCTAC------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  P  A  M  P  A  V  G  F  G  M  G  D  V  V  L  A  N  L  L  R  D  K  K 
 -  -  -  M  P  A  V  G  F  G  M  G  D  V  V  L  A  N  L  -  -  -  -  - 
---------ATGCCCGCCGTCGGCTTCGGCATGGGCGACGTGGTGCTCGCGAACCTG---------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  E  P  E  H  A  G  D  G  P  D  V  F  I  V  P  L  A  D  A  D  P  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  T  G  W  V  A  R  L  R  S  G  G  L  H  A  R  T  T  Y  K  P  T  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  G  K  L  L  K  E  A  T  G  A  R  A  R  F  A  L  L  V  G  V  D  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431
 E  L  K  N  L  A  T  G  E  Q  Q  A  I  A  D  E  D  V  A  S  R  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

his_bact_S_elongatus

Class II

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_his_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  H  Q  P  P  A  G  T  R  D  L  L  P  Q  D  V  T  Q  K  R  W  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  K  R  W  I  E 
------------------------------------------------------CAAAAGCGCTGGATCGAA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  R  L  Q  Q  V  F  Q  Q  W  G  Y  Q  R  I  I  T  P  T  L  E  R  L  D 
 S  R  L  Q  Q  V  F  Q  Q  W  G  Y  Q  R  I  I  T  P  T  L  E  -  -  - 
AGCCGCTTGCAGCAGGTTTTTCAGCAGTGGGGCTATCAACGCATCATCACGCCGACATTGGAG---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  L  V  A  G  G  A  V  Q  R  S  A  V  I  Q  V  Q  S  D  E  E  S  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  L  R  P  E  L  T  A  S  I  A  R  A  A  V  T  R  L  A  G  S  S  L  P 
 G  L  R  P  E  L  T  A  S  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGACTGCGGCCGGAGTTGACGGCTTCGATCGCG---------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  R  L  Y  Y  L  A  N  V  F  R  P  A  F  Q  G  D  R  L  Q  Q  R  E  L 
 L  R  L  Y  Y  L  A  N  V  F  R  P  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  L 
CTGCGGCTCTACTACCTCGCCAATGTCTTTCGTCCG---------------------------CGCGAACTG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  Q  A  G  V  E  L  L  G  V  G  G  T  L  A  D  A  E  V  L  H  V  L  A 
 F  Q  A  G  V  E  L  L  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  V  L  H  V  L  A 
TTTCAAGCTGGCGTGGAACTGCTG---------------------GATGCTGAAGTGTTGCACGTGCTGGCG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  A  L  A  E  L  G  F  G  Q  P  P  L  G  S  W  H  L  V  V  G  E  A  S 
 D  A  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATGCTTTGGCG------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  T  R  S  L  L  Q  P  F  P  K  D  L  R  E  K  V  R  Q  A  I  A  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  R  V  T  L  E  S  L  P  L  E  S  Q  L  R  D  R  A  L  L  L  H  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  G  Q  P  D  Q  V  F  A  K  L  Q  Q  L  T  L  T  P  L  E  Q  T  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  R  L  A  Q  L  V  E  L  Y  N  A  S  A  G  P  Q  D  S  P  L  L  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  S  L  L  R  S  F  D  Y  Y  T  G  I  V  F  E  V  V  Y  E  T  P  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  V  V  Y  -  -  -  -  - 
---------------------------------------GTCTTCGAAGTCGTCTAT---------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  W  V  L  A  Q  G  G  R  Y  D  R  L  L  D  V  Y  D  P  Q  A  A  G  Q 
 -  -  V  L  A  Q  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q 
------GTGTTGGCTCAGGGCGGCCGCTAT---------------------------------------CAG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  G  I  G  F  S  C  N  I  E  N  L  Q  Q  V  L  L  A  A  N  R  L  P  H 
 P  G  I  G  F  S  C  N  I  E  N  L  Q  Q  V  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCCGGCATCGGTTTCTCCTGCAACATTGAGAACCTGCAACAGGTA---------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  P  P  A  I  D  Q  L  V  I  P  V  D  S  E  A  Y  G  A  A  L  A  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  R  L  Q  R  Q  D  Q  L  R  V  E  L  Y  L  D  S  D  R  R  P  E  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Q  A  F  A  Q  R  R  R  I  G  R  I  V  W  V  S  S  G  S  A  P  Q  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420
 A  V  A  V  A  E  R  A  T  T  T  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

his_bact_B_fragilis

Class II

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_his_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  A  K  P  G  I  P  K  G  T  R  D  F  S  P  V  E  M  A  K  R  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  R  N  Y 
------------------------------------------------------------CATGTTTTTCAG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  F  N  T  I  R  D  V  Y  H  L  Y  G  F  Q  Q  I  E  T  P  S  M  E  M 
 I  F  N  T  I  R  D  V  Y  H  L  Y  G  F  Q  Q  I  E  T  P  S  M  E  - 
CATAGCTTTTCCTTCATTCATTTCATTCTCACCTACGATAGCAACGAAAGGAATGTTCTTAACATTTGC---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  S  T  L  M  G  K  Y  G  E  E  G  D  K  L  L  F  K  I  Q  N  S  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  F  S  G  I  T  D  E  E  L  L  S  R  N  A  A  K  L  A  S  K  F  C  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  G  L  R  Y  D  L  T  V  P  F  A  R  Y  V  V  M  H  R  D  E  I  T  F 
 -  G  L  R  Y  D  L  T  V  P  F  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CTTCGGATACAGTTCCAACTGGTTGAGCACATC------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  F  K  R  Y  Q  I  Q  P  V  W  R  A  D  R  P  Q  K  G  R  Y  R  E  F 
 -  F  K  R  Y  Q  I  Q  P  V  W  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F 
---TACTCCTGCCATACCGAATACACCAGTCAGGTTATC------------------------GCCAATCTG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  Q  C  D  A  D  V  V  G  S  D  S  L  L  N  E  V  E  L  M  Q  I  V  D 
 Y  Q  C  D  A  D  V  V  -  -  -  -  -  -  -  E  V  E  L  M  Q  I  V  D 
CACATCAAGCGCCTTCACCTCAAA---------------------CAATCCACGTGCCAATGTCAAGTCAAG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  V  F  T  R  F  G  I  R  V  C  I  K  I  N  N  R  K  I  L  T  G  I  A 
 T  V  F  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCTATTTCGTT------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  I  I  G  E  A  D  K  I  V  D  I  T  V  A  I  D  K  L  D  K  I  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  N  V  N  K  E  L  A  E  K  G  I  S  G  E  A  I  A  K  L  Q  P  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  L  S  G  T  N  A  E  K  L  A  T  L  K  T  V  L  S  D  S  E  T  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  G  V  E  E  S  E  F  I  L  N  T  L  Q  T  M  G  L  K  N  E  I  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  L  T  L  A  R  G  L  N  Y  Y  T  G  A  I  F  E  V  K  A  L  D  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  F  E  V  K  A  -  -  -  - 
------------------------------------------GCCTACGACATCAGCATC------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  G  S  I  T  G  G  G  R  Y  D  N  L  T  G  V  F  G  M  A  G  V  S  G 
 -  -  S  I  T  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  S  G 
------GTAACGTCCTTTCTGAGGACGGTC---------------------------------GAAAGGGAA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  G  I  S  F  G  A  D  R  I  F  D  V  L  N  Q  L  E  L  Y  P  K  E  A 
 V  G  I  S  F  G  A  D  R  I  F  D  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGTAATTTCGTCACGGTGCATCACTACATAACGGGCGAA---------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  N  G  T  Q  L  L  F  I  N  F  G  E  K  E  A  A  F  S  M  G  I  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  A  R  A  A  G  I  R  A  E  I  F  P  D  A  A  K  M  K  K  Q  M  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  N  V  K  N  I  P  F  V  A  I  V  G  E  N  E  M  N  E  G  K  A  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454
 K  N  M  E  S  G  E  Q  Q  L  V  T  A  E  E  L  I  G  A  L  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

his_bact_G_stearothermophilus

Class II

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/amino acid sequences/Gstearothermophilus_his_aa

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/nucleotide sequences/Gstearothermophilus_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  F  Q  I  P  R  G  T  Q  D  V  L  P  G  E  T  E  K  W  Q  H  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  W  Q  H  V  E 
------------------------------------------------------AAATGGCAGCATGTCGAG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  V  V  R  S  L  C  G  R  Y  G  Y  E  E  I  R  T  P  I  F  E  H  T  E 
 Q  V  V  R  S  L  C  G  R  Y  G  Y  E  E  I  R  T  P  I  F  E  -  -  - 
CAAGTCGTCCGCAGCCTTTGCGGACGGTATGGCTATGAGGAAATCCGCACACCGATTTTTGAA---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  F  L  R  G  V  G  D  T  T  D  I  V  Q  K  E  M  Y  T  F  E  D  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  R  A  L  T  L  R  P  E  G  T  A  P  V  A  R  A  F  V  E  H  K  L  Y 
 -  -  -  -  T  L  R  P  E  G  T  A  P  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------ACGCTCCGCCCGGAAGGAACAGCGCCGGTTGCC---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  S  P  N  Q  P  V  K  L  Y  Y  T  G  P  M  F  R  Y  E  R  P  E  S  G 
 -  -  -  -  -  -  V  K  L  Y  Y  T  G  P  M  F  R  Y  -  -  -  -  -  - 
------------------GTCAAGCTCTATTACACTGGACCGATGTTCCGCTAT------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  F  R  Q  F  V  Q  F  G  V  E  V  L  G  S  S  D  P  A  V  D  A  E  V 
 -  -  R  Q  F  V  Q  F  G  V  E  V  L  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  V 
------CGCCAGTTTGTGCAGTTTGGCGTCGAAGTGCTT---------------------GATGCGGAAGTG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  A  L  A  M  H  I  Y  N  E  L  G  L  Q  H  I  R  L  V  I  N  S  L  G 
 I  A  L  A  M  H  I  Y  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCGCACTGGCGATGCACATTTATAAC---------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  L  D  S  R  R  A  H  R  E  A  L  V  R  H  F  E  S  R  I  H  E  L  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  D  C  Q  A  R  L  Q  T  N  P  L  R  I  L  D  C  K  K  D  R  G  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  M  A  T  A  P  S  I  L  D  Y  L  N  D  E  S  R  A  Y  F  E  K  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  Y  L  A  V  L  D  I  P  F  V  I  D  S  R  L  V  R  G  L  D  Y  Y  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  T  T  F  E  I  M  S  D  L  E  G  F  G  A  G  A  T  L  C  G  G  G  R 
 -  -  T  F  E  I  M  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  L  C  G  G  G  R 
------ACATTTGAAATTATGAGC---------------------------ACGCTGTGCGGCGGCGGTCGT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  N  G  L  V  Q  E  I  G  G  P  E  T  P  G  I  G  F  A  L  S  I  E  R 
 Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  P  G  I  G  F  A  L  S  I  E  R 
TAC---------------------------------ACGCCGGGCATCGGCTTTGCGCTCAGCATTGAGCGC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  L  A  A  L  E  A  E  G  G  E  L  P  V  R  R  G  L  D  C  Y  V  V  A 
 L  L  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCCTGGCGGCT------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  G  E  Q  A  K  T  E  A  V  R  L  V  Y  E  L  R  R  A  G  L  R  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  D  Y  L  G  R  K  M  K  A  Q  L  K  A  A  D  R  L  G  A  S  F  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 M  I  G  D  E  E  L  E  S  G  A  A  T  V  K  D  M  A  S  G  E  Q  M  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426
 V  P  F  G  E  L  A  H  V  L  A  K  R  T  G  R  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

his_bact_H_aurantiacus

Class II

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/amino acid sequences/Haurantiacus_his_aa

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/nucleotide sequences/Haurantiacus_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  I  T  P  R  A  Y  K  G  M  R  D  H  L  P  E  A  M  R  L  R  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  R  F 
------------------------------------------------------------CGAGCGTAAATC

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  T  D  T  L  I  G  I  L  E  R  Y  G  F  E  P  L  S  T  P  I  V  E  Y 
 I  T  D  T  L  I  G  I  L  E  R  Y  G  F  E  P  L  S  T  P  I  V  E  - 
TTTGAGCTGTACTACGCCTGCAGCCAAATCATCGGGGCCAAGCACCAAGGCAAAATTCGCACCCTTGCG---

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  E  T  L  E  G  K  I  G  D  E  E  K  L  L  Y  R  L  K  Y  G  D  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  T  L  R  Y  D  Q  T  V  P  L  A  R  V  V  A  Q  N  E  G  K  L  T  M 
 -  T  L  R  Y  D  Q  T  V  P  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GCCCGCCAAGCGCAGGCTCTCATTTTGAAAATC------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  F  K  R  Y  A  L  G  Q  S  Y  R  G  E  R  Q  A  R  G  R  Y  R  E  F 
 -  F  K  R  Y  A  L  G  Q  S  Y  R  G  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F 
---TGGGCGTGGCCCCATATTAAGCTCAAGCATCAAATC------------------------ACAGCCAAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  Q  L  D  A  D  I  V  G  V  D  S  P  I  A  D  A  E  I  V  A  V  V  V 
 W  Q  L  D  A  D  I  V  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  I  V  A  V  V  V 
CGTCGGCAACGAGCGTTTGCTAAA---------------------GCGGCCACCGCCCAATAACGAACCCAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  G  L  R  A  L  G  F  T  G  A  K  V  L  L  N  H  R  E  I  L  S  G  L 
 E  G  L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGGTGGCGAATC------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  R  V  A  G  V  P  E  N  E  A  G  G  V  Y  R  A  I  D  K  L  D  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  N  D  G  V  R  N  E  L  L  K  S  G  V  S  A  E  A  A  E  R  V  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  V  G  I  S  G  S  I  E  A  V  L  A  E  M  E  S  V  L  A  N  D  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  L  A  A  V  A  A  L  R  T  I  C  E  V  L  T  S  F  G  V  P  A  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  T  I  A  P  S  L  A  R  G  L  S  Y  Y  T  G  C  V  F  E  A  V  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  A  V  L  - 
---------------------------------------------------ACCAGTAAAGCCTAAAGC---

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  P  P  M  G  S  L  L  G  G  G  R  Y  D  N  L  V  G  M  F  S  K  R  S 
 -  -  -  -  -  S  L  L  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CACCGCCACAATTTCAGCATCGGC---------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  P  T  V  G  C  A  F  G  L  E  R  L  F  D  L  M  L  E  L  N  M  G  P 
 L  P  T  V  G  C  A  F  G  L  E  R  L  F  D  L  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAGCTGCCAAAATTCGCGGTAGCGACCACGAGCTTGGCGTTCGCCGCG------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  P  E  R  T  I  D  A  Y  V  T  L  F  A  G  D  F  Q  N  E  S  L  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  G  E  L  R  V  A  G  L  S  V  L  T  A  Y  S  P  V  K  I  A  N  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  E  A  D  R  K  G  A  N  F  A  L  V  L  G  P  D  D  L  A  A  G  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  L  K  D  L  R  S  G  Q  Q  Q  A  V  A  R  D  A  I  V  A  A  I  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434
 A  Q 
 -  - 
------

his_bact_B_thailandensis

Class II

Bacteria/Burkholderia thailandensis/amino acid sequences/Bthailandensis_his_aa

Bacteria/Burkholderia thailandensis/nucleotide sequences/Bthailandensis_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  E  Q  K  R  K  L  E  K  L  T  G  V  K  G  M  N  D  I  L  P  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  G  L  W  E  F  F  E  A  T  V  K  S  L  L  R  A  Y  G  Y  Q  N  I  R 
 -  -  L  W  E  F  F  E  A  T  V  K  S  L  L  R  A  Y  G  Y  Q  N  I  R 
------TTGTGGGAATTCTTCGAAGCGACGGTGAAGTCGCTGTTGCGCGCATACGGCTATCAGAATATCCGC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  P  I  V  E  H  T  P  L  F  T  R  G  I  G  E  V  T  D  I  V  E  K  E 
 T  P  I  V  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACGCCGATCGTCGAG---------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 M  Y  S  F  V  D  A  L  N  G  E  N  L  T  L  R  P  E  N  T  A  A  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  L  R  P  E  N  T  A  A  V  V 
---------------------------------------ACGCTGCGTCCCGAGAACACCGCGGCCGTCGTG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  A  A  I  E  H  N  M  L  Y  D  G  P  K  R  L  W  Y  I  G  P  M  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  R  L  W  Y  I  G  P  M  F  R 
---------------------------------------AAGCGACTGTGGTACATCGGGCCGATGTTCCGT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 H  E  R  P  Q  R  G  R  Y  R  Q  F  H  Q  V  G  V  E  A  L  G  F  A  G 
 H  -  -  -  -  -  -  -  -  R  Q  F  H  Q  V  G  V  E  A  L  -  -  -  - 
CAC------------------------CGCCAGTTCCATCAGGTCGGCGTCGAGGCGCTC------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  D  A  D  A  E  I  V  M  M  C  Q  R  L  W  E  D  L  G  L  T  G  I  K 
 -  -  -  D  A  E  I  V  M  M  C  Q  R  L  W  E  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GACGCGGAAATCGTCATGATGTGCCAGCGCCTGTGGGAG------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  E  I  N  S  L  G  L  A  E  E  R  A  A  H  R  V  E  L  I  K  Y  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  H  A  D  K  L  D  D  D  A  Q  R  R  L  Y  T  N  P  L  R  V  L  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  N  P  A  L  Q  E  I  V  R  N  A  P  K  L  I  D  F  L  G  D  V  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  H  F  E  G  L  Q  R  L  L  K  A  N  N  V  P  F  T  I  N  P  R  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  G  L  D  Y  Y  N  L  T  V  F  E  W  V  T  D  K  L  G  A  Q  G  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  W  V  T  -  -  -  -  -  -  -  T  V 
---------------------------GTGTTCGAGTGGGTGACC---------------------ACGGTC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  A  G  G  R  Y  D  P  L  I  E  Q  L  G  G  K  P  T  A  A  C  G  W  A 
 A  A  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  A  A  C  G  W  A 
GCCGCGGGCGGCCGCTAC---------------------------------ACCGCCGCGTGCGGCTGGGCG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 M  G  I  E  R  I  L  E  L  L  K  E  E  H  L  V  P  E  Q  E  G  V  D  V 
 M  G  I  E  R  I  L  E  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGGGCATCGAGCGCATCCTTGAGCTT---------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  V  V  H  Q  G  D  A  A  R  E  Q  A  F  I  V  A  E  R  L  R  D  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  D  V  I  L  H  C  S  A  D  G  A  G  A  S  F  K  S  Q  M  K  R  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  S  G  A  A  F  A  V  I  F  G  E  D  E  V  T  N  G  T  A  S  V  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  R  G  T  G  D  D  G  E  K  S  V  Q  Q  S  V  P  V  E  S  L  T  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446
 L  I  N  A  M  V  A  T  A  E  D  G  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

his_bact_T_maritima

Class II

Bacteria/Thermotoga maritima/amino acid sequences/Tmaritima_his_aa

Bacteria/Thermotoga maritima/nucleotide sequences/Tmaritima_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  Y  R  R  I  K  G  T  N  D  I  F  G  E  E  I  W  Y  W  R  Y  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  W  R  Y  V  E 
------------------------------------------------------TACTGGAGGTACGTCGAG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  T  F  R  N  V  C  E  S  A  G  I  E  E  I  R  T  P  I  F  E  Q  T  E 
 E  T  F  R  N  V  C  E  S  A  G  I  E  E  I  R  T  P  I  F  E  -  -  - 
GAAACCTTCAGAAATGTGTGCGAAAGCGCGGGAATAGAGGAGATCAGAACTCCCATATTCGAA---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  F  V  R  S  V  G  E  E  S  D  I  V  Q  K  E  M  Y  T  F  Q  D  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  R  S  I  T  L  R  P  E  G  T  A  P  V  V  R  A  F  L  E  N  S  L  I 
 -  -  -  -  T  L  R  P  E  G  T  A  P  V  V  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------ACTCTGAGACCAGAAGGTACCGCGCCCGTCGTC---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  R  G  F  Q  Q  R  Y  Y  Y  I  G  P  M  F  R  Y  E  K  P  Q  S  G  R 
 -  -  -  -  -  Q  R  Y  Y  Y  I  G  P  M  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CAGAGATACTACTACATAGGTCCCATGTTCCGATAC---------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  R  Q  F  H  Q  V  G  F  E  I  I  G  P  E  S  P  K  A  D  F  E  V  I 
 -  R  Q  F  H  Q  V  G  F  E  I  I  -  -  -  -  -  -  -  D  F  E  V  I 
---AGACAGTTTCACCAGGTGGGTTTCGAGATCATC---------------------GATTTCGAGGTGATC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  L  V  D  T  F  L  R  R  L  G  L  T  K  Y  K  I  H  L  N  S  I  G  C 
 M  L  V  D  T  F  L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGCTGGTTGATACCTTCTTGAGA------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  V  C  R  K  N  Y  R  E  A  L  K  E  Y  Y  G  R  I  L  D  N  L  C  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  C  K  R  R  Y  E  T  N  I  L  R  L  L  D  C  K  V  D  H  E  Y  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  A  P  K  S  V  D  Y  L  C  D  S  C  R  A  H  Y  K  K  L  K  E  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  T  F  E  I  E  Y  V  E  D  H  T  L  V  R  G  L  D  Y  Y  T  R  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
---------------------------------------------------------------------GTT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  E  V  R  H  E  G  L  G  A  Q  S  A  I  A  G  G  G  R  Y  D  G  L  F 
 F  E  V  R  H  -  -  -  -  -  -  -  A  I  A  G  G  G  R  Y  -  -  -  - 
TTTGAGGTGAGGCAC---------------------GCCATCGCGGGTGGTGGAAGGTAC------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  E  L  G  G  S  S  V  P  A  L  G  F  A  G  G  I  E  R  I  I  L  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  V  P  A  L  G  F  A  G  G  I  E  R  I  I  L  A  - 
---------------------GTACCCGCCCTTGGTTTTGCAGGTGGTATAGAGAGAATTATACTCGCT---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  A  E  G  I  E  I  P  M  K  N  V  H  L  V  Y  I  A  T  L  G  E  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  M  D  G  V  R  L  A  G  E  L  R  K  K  G  L  S  V  D  V  D  I  M  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  K  L  S  G  Q  L  K  H  A  S  R  M  G  S  R  Y  A  V  I  I  G  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  L  E  K  G  I  V  I  L  R  D  L  E  T  G  D  Q  V  E  I  D  R  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420
 A  A  D  Y  I  A  E  R  V  S  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

his_bact_A_aeolicus

Class II

Bacteria/Aquifex aeolicus/amino acid sequences/Aaeolicus_his_aa

Bacteria/Aquifex aeolicus/nucleotide sequences/Aaeolicus_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  I  Q  S  V  R  G  F  H  D  I  L  G  K  D  A  K  K  F  R  K  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  R  K  I  S 
------------------------------------------------------CGTCACTTCCTGGTTCTT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  T  A  R  K  I  L  K  L  Y  N  F  E  E  I  I  L  P  V  V  E  Y  A  E 
 D  T  A  R  K  I  L  K  L  Y  N  F  E  E  I  I  L  P  V  V  E  -  -  - 
CACCTCGTCTTCACCGATGATAACGGCGTATTTAACGCCGAGTTTGTCGGCAAACTCCAGTTG---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  F  Q  R  S  V  G  E  T  T  D  I  V  Q  K  E  M  F  V  F  E  D  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  R  K  L  A  L  R  P  E  G  T  A  G  T  V  R  A  F  I  Q  H  K  L  Y 
 -  -  -  -  A  L  R  P  E  G  T  A  G  T  V  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TCCGAAGGGAATGACGAAGTAAACCTCTTCTTT---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  L  R  P  Y  V  K  L  F  Y  E  G  P  M  F  R  Y  E  R  P  Q  A  G  R 
 -  -  -  -  -  V  K  L  F  Y  E  G  P  M  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AAGGGCAAACCCGAGGGCGGGAGTGGGAGGACCTCC---------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  R  Q  F  H  Q  I  G  A  E  V  F  G  V  A  E  P  H  A  D  A  E  I  I 
 -  R  Q  F  H  Q  I  G  A  E  V  F  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  I  I 
---CCTCCCGCCTGCGATTAGCGTGAGTCCGAGCTC---------------------GGTCCTAGTGTAGTA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  I  V  Y  D  I  L  Q  A  L  G  I  K  G  V  V  V  E  I  N  S  L  G  C 
 K  I  V  Y  D  I  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCAAGCCCCCTCACGAGGTTGTA------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  K  D  R  E  A  Y  R  E  A  L  L  N  Y  L  T  G  V  K  E  E  L  C  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  C  I  S  R  M  D  R  N  P  L  R  V  L  D  C  K  V  E  T  C  K  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  R  E  A  P  K  M  I  D  F  L  C  D  E  C  R  E  H  Y  E  K  L  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  L  K  A  L  D  I  P  F  R  E  N  Y  N  L  V  R  G  L  D  Y  Y  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  V  F  E  A  V  S  D  E  L  G  L  T  L  I  A  G  G  R  Y  D  Y  L  V 
 -  V  F  E  A  V  S  -  -  -  -  -  T  L  I  A  G  G  R  Y  -  -  -  - 
---CGCGTGAGGTTCTGCAAC---------------ACCTATCTGGTGGAATTGCCTATA------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  E  L  G  G  P  P  T  P  A  L  G  F  A  L  G  V  E  R  L  M  L  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  T  P  A  L  G  F  A  L  G  V  E  R  L  M  L  L  - 
---------------------AGGTCCCTCGTAAAAGAGCTTCACATAAGGTCTCAGAGCGTAGAGTTT---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  D  E  E  E  K  E  E  V  Y  F  V  I  P  F  G  D  V  H  E  Y  A  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  A  D  I  L  R  K  K  G  K  V  V  E  Y  S  Y  R  K  G  G  L  K  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  E  F  A  D  K  L  G  V  K  Y  A  V  I  I  G  E  D  E  V  K  N  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403
 V  T  I  K  D  M  E  T  G  E  Q  R  R  V  K  L  S  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

his_bact_G_obscuriglobus

Class II

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/amino acid sequences/Gemmata_his_aa

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/nucleotide sequences/Gemmata_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  A  E  K  A  P  A  L  I  T  P  R  T  L  S  G  F  R  D  Y  L  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  M  L  A  R  E  E  V  L  R  R  A  R  E  V  Y  R  S  Y  G  F  T  P  I 
 -  -  -  A  R  E  E  V  L  R  R  A  R  E  V  Y  R  S  Y  G  F  T  P  I 
---------CTTCCACACGCCCTGCTCGAACTCCGCGGGGCCGGCGATCACCGCGAGCTTGAACCCGCGCTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  T  P  A  C  E  S  L  D  V  L  L  G  K  G  G  D  E  S  D  K  L  V  Y 
 D  T  P  A  C  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCGGCGTACCCGAGCTG------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  V  L  S  A  R  G  D  K  A  E  M  G  L  R  F  D  L  T  V  P  F  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  L  R  F  D  L  T  V  P  F  A  - 
------------------------------------GGCGGCGTCGAAGTTGACCACCAGCACTTGCGC---

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  S  A  Q  Y  I  N  E  L  G  T  P  F  K  R  Y  A  M  G  P  V  W  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  K  R  Y  A  M  G  P  V  W  R  G 
------------------------------------CTCCATCGCGGCGATGAGCCGGTCGACCCCGAGCGA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  R  P  G  Q  G  R  Y  R  E  F  W  Q  C  D  F  D  T  I  G  T  T  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  W  Q  C  D  F  D  T  I  -  -  -  -  - 
------------------------CTTCGTGTACTTGCTCGCGAGGTTGTCGTACCG---------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  A  D  I  E  A  A  L  V  I  N  D  L  F  T  A  L  Q  F  D  R  F  E  I 
 -  -  D  I  E  A  A  L  V  I  N  D  L  F  T  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GATCCCCGGGAGGTCGGTCAGGAAGGTCTCGTAAATGGT---------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  I  N  N  R  M  V  L  N  G  L  L  E  S  L  G  I  A  D  K  A  A  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  R  S  L  D  K  L  L  K  I  G  R  E  K  V  A  E  E  M  V  R  E  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  T  P  E  Q  A  N  R  V  L  M  M  T  D  L  T  G  P  N  E  Q  L  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  L  E  A  W  F  G  G  A  N  E  K  A  T  A  G  I  R  C  L  R  E  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  V  A  K  A  A  G  V  A  E  G  R  I  K  I  D  L  S  I  C  R  G  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  Y  T  G  T  I  Y  E  T  F  L  T  D  L  P  G  I  G  S  V  C  S  G  G 
 -  -  -  -  -  I  Y  E  T  F  L  -  -  -  -  -  -  -  S  V  C  S  G  G 
---------------GAACAGGTCGTTGATGAC---------------------GGCGTTGGAGGTGGTGCC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  Y  D  N  L  A  S  K  Y  T  K  Q  V  L  P  G  V  G  A  S  L  G  V  D 
 R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  P  G  V  G  A  S  L  G  V  D 
GATGGT---------------------------------GCCCTGCCCCGGGCGCTCGCCGCGCCACACCGG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  L  I  A  A  M  E  E  L  K  H  P  L  L  T  G  A  T  T  P  A  Q  V  L 
 R  L  I  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCCCATCGCGTACCG---------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  V  N  F  D  A  A  R  L  G  D  Y  Q  R  I  A  R  A  L  R  A  A  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  V  E  V  F  P  D  A  K  K  V  G  V  Q  L  G  Y  A  E  K  R  G  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  A  V  I  A  G  P  A  E  F  E  Q  G  V  W  K  V  K  D  L  A  K  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450
 E  K  T  I  V  E  A  E  V  V  G  A  V  Q  S  A  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

his_bact_C_thermalis

Class II

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/amino acid sequences/Cthermalis_his_aa

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/nucleotide sequences/Cthermalis_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  Y  Q  S  P  A  G  A  R  D  L  L  P  L  D  V  A  Q  K  H  W  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  K  H  W  V  E 
------------------------------------------------------GGAACCGTCATCTTTGAG

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  R  L  Q  Q  V  F  H  R  W  G  Y  H  R  I  I  T  S  T  L  E  R  L  D 
 E  R  L  Q  Q  V  F  H  R  W  G  Y  H  R  I  I  T  S  T  L  E  -  -  - 
CCAAGCAATTTGTTGGATGCGGCGCTGGCGGGCGTAGGTGCGGATTTCCTCTGGTTGGCGATC---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  L  M  A  G  G  A  I  Q  R  S  T  V  I  Q  V  Q  D  R  E  E  E  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G 
---------------------------------------------------------------------TGG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  R  P  E  L  T  A  S  I  A  R  T  A  V  T  R  M  A  G  A  T  F  P  Q 
 L  R  P  E  L  T  A  S  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q 
CGATCGAGCGACAACGAGCCAATCACTAGC---------------------------------------TTG

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  L  Y  Y  N  A  N  V  F  C  R  T  P  D  S  S  H  N  R  Q  L  E  F  Y 
 R  L  Y  Y  N  A  N  V  F  C  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  E  F  Y 
TTGTAAATCTTCCGTGTTGAGGACAAAGCCAAC---------------------------ATACAGTCCTAA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  T  G  V  E  L  L  G  S  E  G  L  L  A  D  A  E  V  L  L  L  L  A  E 
 Q  T  G  V  E  L  L  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  V  L  L  L  L  A  E 
AAGTTGGTCGTAACGACCTCC---------------------AGCTGTTAGATTGTCGATCGCTGCATTGCC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 C  L  N  E  L  G  L  H  N  W  Q  L  I  L  G  E  A  E  I  T  Q  S  L  L 
 C  L  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATGACTTC---------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  S  F  P  A  S  G  R  D  R  V  R  Q  A  I  A  H  L  D  R  V  T  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  L  P  L  S  E  D  L  R  A  R  A  L  V  M  L  D  L  R  G  H  P  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  L  Q  K  V  T  K  L  S  L  D  A  P  Q  Q  A  A  L  H  R  L  K  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  E  I  L  D  R  C  F  S  V  D  S  N  Q  N  S  Q  N  F  P  I  I  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  S  M  I  R  T  F  D  Y  Y  T  G  I  V  F  E  V  I  G  N  A  A  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  V  I  G  -  -  -  -  - 
---------------------------------------CAATTCATTCAAGCACTC---------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  L  T  A  Q  P  Q  I  L  G  Q  G  G  R  Y  D  Q  L  L  G  L  Y  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  I  L  G  Q  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------TCCTTCGCTACCCAGCAACTCCAC---------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  G  K  T  I  P  G  V  G  F  V  L  N  T  E  D  L  Q  Q  A  L  L  S  A 
 -  -  -  -  I  P  G  V  G  F  V  L  N  T  E  D  L  Q  Q  A  -  -  -  - 
------------ATCGGGCGTGCGACAAAAGACGTTAGCGTTGTAGTAGAGGCGTTGCGG------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  R  L  P  Q  A  T  P  A  S  D  W  L  V  V  A  R  S  P  A  A  Y  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  F  A  Y  A  E  K  L  R  C  T  P  G  L  R  V  E  M  D  L  G  D  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  E  E  I  R  T  Y  A  R  Q  R  R  I  Q  Q  I  A  W  L  K  D  D  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425
 A  E  I  E  T  L  K  R  E  Q  G  R  A  G  S  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

his_bact_M_mobile

Class II

Bacteria/Mycoplasma mobile/amino acid sequences/Mmobile_his_aa

Bacteria/Mycoplasma mobile/nucleotide sequences/Mmobile_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  M  W  Y  N  L  T  I  K  Q  L  K  N  V  R  N  F  M  I  Q  K  P  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  S  D  F  F  L  E  K  A  D  L  F  Q  Y  I  L  D  T  F  R  K  E  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  F  Q  Y  I  L  D  T  F  R  K  E  A  E 
------------------------------TTATTTCAATACATATTAGATACTTTTAGAAAAGAAGCTGAA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  F  N  Y  S  Y  I  Q  T  P  I  L  E  F  Y  D  L  F  Y  R  S  V  G  E 
 L  F  N  Y  S  Y  I  Q  T  P  I  L  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTATTTAACTATAGTTACATTCAAACTCCAATTTTAGAA---------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  T  D  V  V  S  K  E  M  F  I  F  N  D  R  S  E  R  K  M  A  L  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  R  P 
------------------------------------------------------------GCTTTAAGACCA

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  K  T  A  G  V  I  R  S  L  V  E  N  K  L  I  F  N  A  E  N  K  F  Y 
 E  K  T  A  G  V  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  K  F  Y 
GAAAAAACAGCTGGAGTAATT---------------------------------------AATAAATTCTAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  Y  G  S  M  F  R  Y  E  R  P  Q  K  G  R  Y  R  E  F  T  Q  I  G  C 
 Y  Y  G  S  M  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  T  Q  I  G  C 
TACTATGGATCTATGTTTAGATAT------------------------AGAGAATTTACACAAATTGGTTGT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  W  I  E  D  N  S  D  F  S  D  F  E  I  L  L  F  A  S  K  F  L  G  N 
 E  W  I  -  -  -  -  -  -  -  D  F  E  I  L  L  F  A  S  K  F  L  G  - 
GAATGAATA---------------------GATTTTGAAATTTTACTATTCGCTTCAAAATTTTTAGGC---

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  N  F  N  K  V  I  L  K  I  N  N  L  G  N  K  V  E  R  E  N  Y  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  L  K  K  Y  F  Y  K  F  K  D  K  F  D  E  I  S  L  K  R  L  E  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  L  R  I  L  D  D  K  E  I  N  H  Q  D  F  I  K  N  A  P  K  L  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  L  N  S  E  T  V  Q  K  F  N  N  L  Q  N  Y  L  R  K  S  N  I  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  I  D  Y  S  L  V  R  G  F  D  Y  Y  N  N  L  V  F  E  F  V  Y  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  F  V  Y  -  - 
------------------------------------------------GTTTTTGAGTTTGTCTAT------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  E  S  R  S  E  L  T  I  L  G  G  G  R  Y  S  N  L  I  E  E  L  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  T  I  L  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------ACAATTTTAGGTGGTGGAAGATAT---------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  K  K  D  A  I  G  F  A  A  G  V  E  R  L  M  I  L  L  K  E  K  E  W 
 -  -  K  D  A  I  G  F  A  A  G  V  E  R  L  M  I  L  -  -  -  -  -  - 
------AAAGATGCAATTGGTTTTGCAGCTGGTGTGGAAAGATTAATGATTTTA------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  K  P  I  K  T  S  I  F  V  F  N  K  D  H  E  D  L  Y  K  N  F  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  Y  K  L  R  K  R  D  L  V  V  K  Q  N  V  S  N  F  K  L  Q  K  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  K  I  V  N  E  G  I  K  F  L  I  F  F  D  E  K  L  N  Q  I  I  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 N  L  I  N  K  N  F  L  D  L  T  N  K  S  Q  E  E  K  I  N  L  V  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445
 F  I  E  S  E  N  K  N  E  N  N  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

his_bact_B_licheniformis

Class II

Bacteria/Bacillus licheniformis/amino acid sequences/Blicheniformis_his_aa

Bacteria/Bacillus licheniformis/nucleotide sequences/Blicheniformis_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  F  N  I  P  R  G  T  Q  D  I  L  P  G  E  S  E  R  W  Q  Y  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  W  Q  Y  V  E 
------------------------------------------------------CTGTTGATCTCCTGTTTT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  I  A  R  E  T  C  H  A  Y  Q  Y  K  E  I  R  T  P  I  F  E  H  T  E 
 K  I  A  R  E  T  C  H  A  Y  Q  Y  K  E  I  R  T  P  I  F  E  -  -  - 
CCCATCTTTGACATTAATTTGATTTTGGTTCAGTTCATCCTCGCCCAAAACAGCGATATATTT---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  F  S  R  G  V  G  E  S  T  D  I  V  Q  K  E  M  Y  T  F  A  D  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  R  S  L  T  L  R  P  E  G  T  A  S  A  V  R  S  F  V  E  N  K  L  F 
 -  -  -  -  T  L  R  P  E  G  T  A  S  A  V  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GAGAAGGGATACGGAATAGTCTTTGGCTTTGTC---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  N  P  V  Q  P  T  K  L  Y  Y  I  G  P  M  F  R  Y  E  R  P  Q  T  G 
 -  -  -  -  -  -  T  K  L  Y  Y  I  G  P  M  F  R  Y  -  -  -  -  -  - 
------------------TTTTACATTTTCAGCATCCAGTGCGGCGAGAAGGCG------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  Y  R  Q  F  Y  Q  F  G  I  E  A  I  G  S  N  D  P  A  I  D  A  E  V 
 -  -  R  Q  F  Y  Q  F  G  I  E  A  I  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  V 
------GCCCGGCGCTTTCGGACCGCCGAACTCCTCGGT---------------------GCCGGCAAGCGT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  A  L  A  M  S  V  Y  R  K  A  G  L  N  N  L  K  L  V  I  N  S  L  G 
 I  A  L  A  M  S  V  Y  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGTAATCGCTCCGAAGCCTTCGGCATT---------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  K  E  S  R  T  A  H  R  E  A  L  I  R  H  F  E  P  R  I  D  E  F  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  D  C  Q  K  R  L  R  Q  N  P  L  R  I  L  D  C  K  K  D  R  D  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  L  K  T  A  P  S  I  L  D  Y  L  N  E  E  S  K  A  Y  F  A  K  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Q  Y  L  T  D  I  G  I  A  F  E  V  D  P  N  L  V  R  G  L  D  Y  Y  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  T  A  F  E  I  M  S  N  A  E  G  F  G  A  I  T  T  L  A  G  G  G  R 
 -  -  A  F  E  I  M  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  L  A  G  G  G  R 
------GTTGCTGAGACCCGCTTT---------------------------GACCTCCGCGTCAATCGCCGG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  D  G  L  T  E  E  F  G  G  P  K  A  P  G  I  G  F  A  M  S  I  E  R 
 Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  P  G  I  G  F  A  M  S  I  E  R 
ATC---------------------------------AAATTGGCGGTAGCGGCCCGTCTGCGGCCTTTCATA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  L  A  A  L  D  A  E  N  V  K  V  G  A  D  E  G  I  D  C  Y  I  V  T 
 L  L  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCGGAACATCGG------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  G  D  K  A  K  D  Y  S  V  S  L  L  Y  K  L  R  E  A  G  I  S  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  D  Y  E  Q  K  K  M  K  G  Q  F  K  S  A  D  R  L  N  A  K  Y  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  L  G  E  D  E  L  S  Q  N  Q  I  N  V  K  D  A  K  T  G  D  Q  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424
 I  G  L  D  E  F  I  R  F  L  K  T  N  T  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

his_bact_B_burgdorferi

Class II

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_his_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  I  K  T  L  K  G  F  K  D  Y  L  P  K  D  S  L  I  R  I  H  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  I  H  I  V 
------------------------------------------------------TTCAAAAGAAAGCAGCAA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  Q  I  F  S  V  L  N  S  Y  N  F  D  L  I  D  T  P  V  L  E  Y  S  D 
 R  Q  I  F  S  V  L  N  S  Y  N  F  D  L  I  D  T  P  V  L  E  -  -  - 
CTCTTCTTTTTTTGTCAAATCTCTTACTTTCATTTTATTTTCTTTGTATTCTTCTTGACCAAC---------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  L  L  K  K  S  G  D  E  T  E  K  Q  I  Y  R  F  K  D  N  G  G  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  S  M  R  F  D  L  T  V  P  F  A  R  F  V  A  T  N  I  S  A  L  K  L 
 -  S  M  R  F  D  L  T  V  P  F  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TTCACAAGAAATATTTTTAACCTTGGAATAATC------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  F  R  R  S  Q  F  G  K  V  F  R  G  E  N  S  Q  K  G  R  Y  R  E  F 
 -  F  R  R  S  Q  F  G  K  V  F  R  G  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F 
---TTGCAAAGCACTATCTAAATTTACAATTAAAACTTT------------------------TTTAATATA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 M  Q  F  D  F  D  I  V  G  E  D  T  F  R  G  D  A  E  I  L  S  V  V  Y 
 M  Q  F  D  F  D  I  V  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  I  L  S  V  V  Y 
ACTAAACTTTTCAAGATCAATTAT---------------------AAAAGATCCTCCAACCCCTGAAATTTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  G  L  E  E  I  F  L  N  F  I  E  G  I  N  K  K  F  I  I  H  Y  S  H 
 Y  G  L  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTGAATAGAGTT------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  G  I  L  N  S  F  F  E  K  L  G  L  K  E  K  S  I  F  I  L  R  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  K  I  D  K  I  G  I  D  K  V  K  E  A  L  L  L  E  I  E  K  E  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  S  I  L  S  L  V  S  L  Q  G  T  F  K  D  K  I  Q  A  L  K  S  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  D  N  E  S  I  K  R  V  E  D  V  F  Q  H  L  S  L  L  K  I  Q  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  N  L  N  L  K  I  S  R  G  L  D  Y  Y  T  G  I  V  F  E  S  E  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  S  E  V  - 
---------------------------------------------------AAAAAAAGAATTCAATAT---

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  S  N  M  G  S  V  C  S  G  G  R  Y  D  N  L  V  S  S  F  S  N  S  I 
 -  -  -  -  -  S  V  C  S  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GATAATAAATTTTTTATTAATGCC---------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  K  I  S  G  V  G  G  S  F  G  V  D  R  I  K  D  I  I  D  L  E  K  F 
 -  -  I  S  G  V  G  G  S  F  G  V  D  R  I  K  D  I  -  -  -  -  -  - 
------TACAACAGAAAGAATCTCGGCATCGCCCCTAAAAGTGTCCTCTCCAAC------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  Y  I  K  I  F  V  T  K  A  R  S  K  V  L  I  V  N  L  D  S  A  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  Y  Y  Y  E  L  A  T  R  F  R  N  H  D  Y  S  K  V  K  N  I  S  C  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  Y  F  K  N  K  N  G  K  N  I  K  E  Q  I  E  Y  A  L  S  K  E  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  L  V  F  V  G  Q  E  E  Y  K  E  N  K  M  K  V  R  D  L  T  K  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  L  L  L  S  F  E  E  S  I  N  L  I  K  C  N  E  K  L  L  C  T  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

his_bact_C_A_asiaticus

Class II

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_his_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  E  R  Q  T  P  Q  L  V  K  G  T  R  D  F  N  A  L  Q  V  A  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  R 
------------------------------------------------------------------CAACGA

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  Y  I  F  D  T  I  R  Q  V  Y  Q  K  Y  G  F  S  P  L  E  T  P  A  L 
 S  Y  I  F  D  T  I  R  Q  V  Y  Q  K  Y  G  F  S  P  L  E  T  P  A  L 
AGCTATATATTTGATACAATTAGGCAGGTTTACCAAAAATATGGATTTTCACCTTTAGAAACTCCTGCCTTA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  Y  V  S  T  L  F  G  Q  Y  G  Q  E  G  E  Q  L  V  F  R  V  L  N  S 
 E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAA---------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  N  F  L  G  D  T  P  Q  A  L  L  I  D  Q  N  Y  K  E  V  L  P  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  E  K  G  L  R  Y  D  L  T  V  P  L  M  R  Y  V  A  T  H  Y  H  E  L 
 -  -  -  G  L  R  Y  D  L  T  V  P  L  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GGACTTCGTTATGATTTAACCGTTCCTTTAATG------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  L  P  F  R  R  Y  Q  I  Q  P  V  W  R  A  D  R  P  Q  K  G  R  Y  R 
 -  -  -  F  R  R  Y  Q  I  Q  P  V  W  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  R 
---------TTTAGGCGTTATCAGATACAGCCAGTATGGCGAGCG------------------------AGG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  F  Y  Q  C  D  A  D  V  V  G  T  P  S  L  I  V  E  A  E  I  L  A  M 
 E  F  Y  Q  C  D  A  D  V  V  -  -  -  -  -  -  -  E  A  E  I  L  A  M 
GAATTTTACCAATGTGATGCAGACGTAGTG---------------------GAGGCAGAAATTCTGGCTATG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  Y  E  V  L  Q  R  L  G  I  N  D  F  I  I  H  L  N  H  R  S  I  L  N 
 A  Y  E  V  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCTTATGAGGTTTTGCAA------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  I  A  S  Q  I  G  E  L  E  R  V  N  E  F  C  T  I  V  D  K  L  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  G  K  D  K  V  I  T  E  L  L  S  K  G  F  S  E  A  G  L  E  K  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  I  F  D  L  Q  G  D  N  N  A  K  L  D  I  L  S  N  H  L  A  H  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  G  S  K  G  L  Q  E  L  K  E  I  L  Q  Y  L  E  A  L  G  M  T  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  I  S  F  E  P  S  L  A  R  G  L  A  Y  Y  T  G  A  V  F  E  V  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  V  K  L 
------------------------------------------------------GTTTTTGAAGTAAAATTA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  T  I  N  I  G  S  I  A  G  G  G  R  Y  D  N  L  A  E  H  F  G  V  S 
 -  -  -  -  -  -  S  I  A  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------AGTATAGCAGGAGGAGGGAGATAT------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  L  T  G  V  G  F  S  F  G  V  D  R  L  Y  V  A  M  E  Q  L  N  L  F 
 -  L  T  G  V  G  F  S  F  G  V  D  R  L  Y  V  A  -  -  -  -  -  -  - 
---CTAACAGGTGTAGGCTTTTCTTTTGGAGTAGATAGGCTATACGTAGCA---------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  Q  Q  A  Y  F  N  T  K  V  M  V  T  N  L  D  E  E  S  V  K  V  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  I  I  T  R  L  R  N  H  D  I  P  A  E  L  Y  P  E  K  V  K  L  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  L  M  Y  A  N  K  K  D  I  P  F  V  L  I  I  G  E  E  E  R  Q  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  F  T  L  K  D  M  S  T  G  D  Q  A  F  Y  T  F  D  Q  L  I  N  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458
 S  N 
 -  - 
------

his_bact_D_radiodurans

Class II

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_his_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  I  Q  R  P  K  G  T  N  D  L  L  P  S  G  S  P  K  T  E  A  F  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  .  .  .  .  . 
------------------------------------------------------GTG---------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  A  A  A  H  E  W  L  I  A  Q  A  R  E  V  L  E  R  A  G  A  Q  R  I 
 .  .  .  .  H  E  W  L  I  A  Q  A  R  E  V  L  E  R  A  G  A  Q  R  I 
------------GGCGGCTTCCTCCGACCCGATGAGGCCCACCCACACGGCGCCCCGGCGCTCGGCGTCCTT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  T  P  M  F  E  E  A  E  L  V  K  R  G  V  G  G  S  T  D  I  V  R  K 
 D  T  P  M  F  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAGGCGCTGCCCGGTTT------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  M  F  T  V  Y  Y  F  G  D  H  G  G  Y  V  L  R  P  E  G  T  A  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R  P  E  G  T  A  S  I 
------------------------------------------GTAGAGCTGCGGCCCGCCGCTGCCCGGAAT

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  R  A  Y  L  E  N  G  L  K  Q  L  P  A  P  L  K  L  W  T  S  G  P  M 
 V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  L  W  T  S  G  P  M 
CTC------------------------------------------GAACGCCCAGCCGATGCCCGGCACGCT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  R  A  E  R  H  Q  K  G  R  Y  R  Q  F  T  Q  V  D  Y  E  V  L  G  S 
 F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  R  Q  F  T  Q  V  D  Y  E  V  L  -  - 
GCCGCCGCC------------------------GCGCCCGCCGCCGCCCAGGGCCGACTTGGCGCC------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  D  A  L  V  D  A  E  A  I  A  L  M  V  A  V  V  Q  K  L  G  L  R  G 
 -  -  -  -  -  D  A  E  A  I  A  L  M  V  A  V  V  Q  -  -  -  -  -  - 
---------------CCAGGCGGTGCGGCGGTAATAGTCCAGCCCGCGCACGAT------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  R  V  K  L  G  S  I  G  D  P  E  D  R  E  R  Y  N  A  Y  L  R  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  S  P  H  L  G  R  L  S  D  D  S  K  D  R  L  E  R  N  P  M  R  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  S  K  S  A  S  D  Q  E  L  L  A  E  L  S  V  R  P  M  L  D  F  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  G  A  A  A  D  F  R  Q  V  Q  A  Y  L  S  D  W  G  V  P  F  D  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  S  I  V  R  G  L  D  Y  Y  R  R  T  A  W  E  L  H  Y  E  G  I  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  W  E  L  H  Y  -  -  -  -  - 
---------------------------------------GGCGTCGACGAGCGCGTC---------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  S  A  L  G  G  G  G  R  Y  D  G  L  S  E  Q  L  G  G  G  S  V  P  G 
 -  -  A  L  G  G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  P  G 
------ATCCACCTGCGTGAACTGGCGGTA---------------------------------CGGCCCCGA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  G  W  A  F  G  V  E  R  L  L  L  A  L  E  Q  E  G  I  E  I  P  G  S 
 I  G  W  A  F  G  V  E  R  L  L  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGTCCAGAGCTTGAGCGGCGCGGGCAGTTGCTTGAGCCC---------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  G  P  Q  L  Y  V  A  A  L  D  E  E  N  V  P  L  A  A  R  V  A  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  R  A  S  C  R  A  E  F  A  Y  R  A  M  K  P  G  S  A  F  K  D  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  R  G  A  V  W  V  G  L  I  G  S  E  E  A  A  A  G  T  L  S  L  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427
 L  H  T  G  E  Q  K  T  V  P  V  G  E  L  G  Q  A  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

his_euk_C_owczarzaki

Class II

Eukaryotes/Capsaspora owczarzaki/amino acid sequences/Cowczarzaki_his_aa

Eukaryotes/Capsaspora owczarzaki/nucleotide sequences/Cowczarzaki_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  T  A  F  T  M  P  A  A  A  T  T  Y  A  T  R  G  E  L  G  L  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  S  R  Q  W  K  S  S  G  A  T  P  A  K  T  A  R  P  Q  L  S  Q  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  G  M  R  D  V  V  P  A  V  A  L  S  Q  A  R  V  T  Q  T  F  G  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  Q  A  R  V  T  Q  T  F  G  E  V 
------------------------------------AGTCAAGCACGCGTCACACAGACGTTCGGGGAGGTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  A  N  L  G  F  G  E  V  E  T  P  I  V  E  Q  E  S  L  F  K  R  S  I 
 T  A  N  L  G  F  G  E  V  E  T  P  I  V  E  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACTGCCAACCTGGGCTTTGGCGAGGTCGAAACGCCGATCGTCGAG---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  A  D  S  S  V  V  M  K  E  M  Y  A  F  D  D  P  D  G  G  R  L  C  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  L 
------------------------------------------------------------------TGCTTG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  P  E  G  T  A  G  V  M  R  A  V  L  Q  R  L  A  A  E  P  T  P  S  I 
 R  P  E  G  T  A  G  V  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCCCGGAAGGCACCGCTGGAGTGATG---------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  A  D  V  H  A  S  L  C  Y  T  G  P  M  F  R  R  E  K  P  Q  A  G  R 
 -  -  -  -  -  A  S  L  C  Y  T  G  P  M  F  R  R  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GCGAGTCTTTGCTACACGGGACCCATGTTCCGTCGA---------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  R  Q  F  L  Q  C  G  V  E  Y  L  G  S  A  G  V  D  A  D  G  L  V  L 
 -  R  Q  F  L  Q  C  G  V  E  Y  L  -  -  -  -  -  -  -  D  G  L  V  L 
---CGTCAGTTTCTGCAGTGCGGCGTCGAGTACCTG---------------------GATGGCCTCGTCCTG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  A  A  W  R  L  I  R  E  L  G  L  S  S  Q  V  V  L  Q  L  N  T  L  G 
 Y  A  A  W  R  L  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACGCTGCCTGGCGTCTCATCCGT------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  S  A  E  R  Y  R  Y  V  Q  A  L  R  D  Y  L  E  P  R  A  N  E  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  E  S  L  S  R  L  R  G  R  T  P  V  V  A  T  G  S  D  E  L  R  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  A  G  A  S  T  T  S  A  A  E  D  T  G  I  V  G  R  V  L  R  I  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  K  H  A  Q  D  H  A  V  L  E  A  A  P  L  L  S  D  F  L  D  P  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  A  R  F  A  E  L  K  E  T  L  E  A  L  A  I  P  F  T  V  N  P  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  R  G  L  D  Y  Y  S  H  T  V  F  E  I  V  A  N  S  G  V  L  G  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  I  V  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------GTTTTTGAAATTGTTGCA------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  T  V  L  A  G  G  R  Y  D  E  L  S  L  V  L  G  G  K  R  K  V  P  A 
 -  T  V  L  A  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  P  A 
---ACAGTACTAGCTGGTGGGAGGTAC------------------------------------GTGCCGGCT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  G  W  A  A  G  V  E  R  L  S  L  A  R  A  S  T  P  Q  G  P  S  S  K 
 V  G  W  A  A  G  V  E  R  L  S  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCGGATGGGCTGCCGGTGTCGAGCGGCTTTCACTCGCC---------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  G  Q  A  E  C  G  L  A  A  P  P  A  E  Q  P  L  G  P  F  A  V  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  V  F  L  S  S  R  P  N  A  I  Q  A  G  R  L  A  R  V  G  I  L  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  P  K  P  V  Y  P  D  Q  Q  Q  S  A  P  A  A  V  S  P  Q  L  S  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Q  L  V  S  L  L  Y  Q  T  V  E  E  L  N  Q  K  G  I  C  T  I  P  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  R  S  R  E  C  T  D  K  P  A  T  S  S  R  S  V  P  M  L  G  D  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  A  A  A  R  H  G  L  E  H  V  V  L  L  Y  P  D  Q  A  A  T  G  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  V  R  H  L  A  S  A  H  Q  Q  S  V  S  L  T  S  L  A  T  H  V  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579
 L  S  S 
 -  -  - 
---------

his_euk_L_infantum

Class II

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_his_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  S  T  A  S  P  N  A  A  L  L  A  E  I  N  D  L  K  V  K  L  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  E  A  L  L  Q  P  E  G  V  V  S  K  K  S  K  K  K  S  Q  A  N  M  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  K  E  P  V  Q  G  C  R  D  F  P  P  E  D  M  R  V  R  R  H  L  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  R  H  L  F  G 
---------------------------------------------------GCCCTTGTCACGCAGCTGCTT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  F  H  D  T  A  R  R  F  G  F  E  E  Y  D  A  P  V  L  E  S  E  E  L 
 V  F  H  D  T  A  R  R  F  G  F  E  E  Y  D  A  P  V  L  E  -  -  -  - 
CAATACCTTCAGGGCGGTGCCTCGCTGAGACTCATTGAACGGAATCACCACATCATCCAC------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  I  R  K  A  G  E  E  I  T  E  Q  M  F  N  F  V  T  K  G  G  H  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  L  R  P  E  M  T  P  S  L  V  R  L  Q  L  A  K  G  R  S  L  L  L  P 
 T  L  R  P  E  M  T  P  S  L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACAGGCTGCGGGCTGCCGTACAGAGTGAAGAG---------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  K  W  Y  S  I  P  Q  C  W  R  Y  E  A  I  S  R  G  R  R  R  E  H  Y 
 A  K  W  Y  S  I  P  Q  C  W  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  H  Y 
ACCACTGCGGTCAAACGCTTCGAAAACGATGCCGGT------------------------ACTCGCATCGAA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  W  N  M  D  I  V  G  V  K  S  V  A  A  E  V  E  L  V  C  A  A  C  A 
 Q  W  N  M  D  I  V  -  -  -  -  -  -  -  E  V  E  L  V  C  A  A  C  A 
CTGGATCCAGTCGCCGTACCC---------------------GAACTCTGCGAGCTCCGAGAGGGCGCCGTT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  M  E  S  L  G  L  T  A  Q  D  V  G  V  K  V  N  S  R  K  L  L  Q  C 
 A  M  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTGTCAAA---------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  L  A  G  A  G  V  P  D  S  L  F  A  P  V  C  V  I  V  D  K  M  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  P  E  E  Q  I  R  A  E  L  K  D  L  A  L  D  G  Q  Q  A  D  D  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  T  L  S  L  R  S  V  D  D  F  D  K  D  L  F  D  K  N  G  A  L  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  A  E  F  F  S  Q  M  Q  M  Y  G  Y  G  D  W  I  Q  F  D  A  S  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  G  L  A  Y  Y  T  G  I  V  F  E  A  F  D  R  S  G  E  F  R  A  I  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E  A  F  D  -  -  -  -  -  -  A  I  C 
---------------------------GCACTGCGGAATGGAGTA------------------CAGAGAGCG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  G  G  R  Y  D  N  L  F  T  L  Y  G  S  P  Q  P  V  S  C  V  G  F  G 
 G  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  S  C  V  G  F  G 
GCCCTTGGCGAGCTG------------------------------------TGTGACACGGTGGCCACCCTT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  G  D  C  V  I  V  E  L  L  K  K  K  K  L  I  N  S  L  P  H  K  V  D 
 F  G  D  C  V  I  V  E  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGTCACAAAGTTGAACATTTGTTCTGT---------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  V  V  I  P  F  N  E  S  Q  R  G  T  A  L  K  V  L  K  Q  L  R  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  R  S  A  D  I  I  M  D  S  K  K  V  A  Q  T  F  S  Y  A  D  R  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  D  R  A  V  L  I  A  P  D  E  T  E  K  G  M  A  R  V  K  M  L  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473
 G  Q  R  G  E  D  D  R  G  D  P  V  P  F  E  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

his_euk_C_parvum_Iowa_II

Class II

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/amino acid sequences/Cparvum_his_aa

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/nucleotide sequences/Cparvum_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  Q  N  G  K  E  S  F  F  I  G  S  G  G  I  S  L  E  D  V  A  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  T  S  D  K  S  E  F  V  L  E  P  K  L  R  E  S  E  E  L  E  Q  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  G  D  F  W  T  G  D  N  E  M  G  M  V  Q  E  G  K  E  L  S  L  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  R  A  L  M  L  T  K  A  V  G  I  A  I  D  G  K  G  I  S  K  K  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 M  W  L  L  E  Q  L  R  N  K  G  S  T  L  V  K  V  K  Y  L  S  T  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  T  L  T  N  L  L  G  E  Y  L  R  I  S  G  H  K  V  S  K  R  D  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  F  T  K  G  F  S  M  T  V  S  Q  L  A  L  Y  L  G  I  S  S  S  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  F  G  E  C  T  L  A  I  L  V  E  A  M  S  F  P  L  C  F  L  A  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  S  I  S  S  G  G  L  A  E  T  T  R  N  V  R  W  L  L  E  D  S  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  R  E  N  R  W  K  N  K  S  L  G  V  K  L  S  E  I  L  C  S  L  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  Q  N  S  I  E  N  L  S  K  C  I  K  G  F  Y  A  K  S  G  N  V  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  T  K  G  I  E  N  S  I  D  Y  I  E  I  M  P  I  L  E  P  L  K  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  S  S  L  N  Y  M  K  K  S  S  I  E  F  L  D  L  F  L  R  D  T  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  E  I  V  S  E  N  D  F  S  K  F  A  L  D  S  E  I  S  V  Q  G  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  E  Q  I  S  K  S  V  T  P  L  T  I  E  D  L  S  H  I  N  S  R  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  M  I  N  G  Q  F  D  S  S  I  I  L  R  I  S  T  M  E  E  S  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  D  A  L  K  V  L  T  N  E  N  I  E  I  F  T  I  I  C  I  L  S  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  L  A  D  K  N  Y  Q  Q  Y  L  S  T  I  E  K  A  K  K  K  G  K  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  S  I  A  S  H  E  S  K  N  I  H  E  F  R  Q  F  M  I  N  L  I  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  S  I  F  E  S  S  K  N  G  V  E  S  N  I  Y  S  K  I  L  E  I  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 D  G  Q  I  C  K  L  D  S  T  L  K  Y  I  T  T  P  Q  N  Q  S  L  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  K  I  P  K  G  T  Q  D  V  T  P  Q  K  M  A  I  K  N  L  V  F  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  N  L  V  F  G  M 
------------------------------------------------TGATGAATTTAATATCAAGTTAAT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  R  E  V  Y  R  A  H  G  A  V  E  I  D  T  P  V  F  E  L  K  D  T  L 
 I  R  E  V  Y  R  A  H  G  A  V  E  I  D  T  P  V  F  E  -  -  -  -  - 
CATAAATTGTCTAAATTCATGGATATTCTTTGATTCATGAGAAGCTATCGAAACTTC---------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  G  K  Y  G  E  D  S  K  L  I  Y  D  L  K  D  Q  G  G  E  Q  L  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  L 
------------------------------------------------------------------AATACA

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  Y  D  L  T  V  P  L  A  R  Y  I  A  T  S  G  L  D  H  L  K  R  Y  Q 
 R  Y  D  L  T  V  P  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  R  Y  Q 
AATAATTGTAAAGATTTCAATATTCTC------------------------------TTCCTTAGACTCCTC

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  G  K  V  Y  R  R  D  E  P  Q  M  A  R  G  R  F  R  E  F  Y  Q  C  D 
 I  G  K  V  Y  R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  Y  Q  C  D 
CATTGTAGATATTCTTAATAT------------------------------TTCACTAATTCTAGAGTTAAT

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 L  D  I  V  G  H  Y  D  S  M  V  A  D  S  E  I  I  K  I  A  T  Q  V  L 
 L  D  I  V  -  -  -  -  -  -  -  -  D  S  E  I  I  K  I  A  T  Q  V  L 
ATGAGACAAATC------------------------CTTTGATATCTGCTCTATATTTAAACCTTGTACTGA

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 S  S  F  S  N  W  I  G  Q  F  M  I  K  I  N  H  R  Q  L  L  D  G  I  L 
 S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAT---------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  I  S  G  V  P  N  E  K  F  K  T  T  C  S  S  I  D  K  L  D  K  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 W  E  S  V  R  N  E  M  I  N  I  K  G  L  S  E  S  T  V  D  K  I  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 I  I  Q  L  K  G  T  P  F  D  V  L  E  K  I  K  S  N  Q  E  M  M  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 K  N  I  M  K  A  L  E  E  L  E  T  L  F  K  Y  T  K  S  C  N  N  C  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 N  Y  L  S  F  D  L  S  L  A  R  G  L  D  Y  Y  T  G  V  I  Y  E  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  E  A  V 
---------------------------------------------------------GTGAGCTAAAAAGCA

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 L  I  S  N  E  L  N  V  G  S  I  A  A  G  G  R  Y  D  Q  L  I  G  M  F 
 L  -  -  -  -  -  -  -  -  S  I  A  A  G  G  R  Y  -  -  -  -  -  -  - 
TAA------------------------TATTGCCAAAGTACATTCTCCAAA---------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 S  Q  K  N  I  P  A  V  G  F  S  V  G  V  E  R  I  M  S  I  I  E  K  K 
 -  -  -  -  I  P  A  V  G  F  S  V  G  V  E  R  I  M  S  I  -  -  -  - 
------------AGCAAGTTGAGAAACTGTCATACTGAAACCTTTTGTAAAGGCTCTTGC------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 F  E  A  C  K  T  H  N  H  S  S  K  G  S  F  T  D  V  L  I  C  N  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 D  S  F  L  E  Y  R  F  K  I  A  S  L  L  W  D  N  H  I  S  C  E  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 L  T  G  N  G  K  L  R  K  Q  L  D  Y  A  S  N  N  N  I  P  Y  C  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 I  G  E  S  E  A  L  K  E  T  V  Q  F  K  F  I  H  N  N  Q  S  E  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 T  E  Q  T  T  S  V  S  S  Q  E  V  H  I  N  D  L  V  P  H  I  Q  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961962963964965966967968969970971972973974975976977
 I  L  Q  F  G  S  T  Y  S  K  F  S  S  E  F  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

his_euk_G_lamblia

Class II

Eukaryotes/Giardia lamblia/amino acid sequences/Glamblia_his_aa

Eukaryotes/Giardia lamblia/nucleotide sequences/Glamblia_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  P  V  V  E  L  G  G  T  S  L  T  L  E  S  F  Y  N  V  C  Y  C  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  P  I  V  L  D  A  S  V  F  A  A  F  L  P  A  P  E  N  P  V  P  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  Y  H  Y  A  T  L  F  S  G  K  Y  R  S  V  P  Y  V  L  S  R  A  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  T  M  L  S  L  L  A  S  S  P  A  S  V  S  I  T  V  L  Q  G  L  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  L  N  G  P  K  D  I  A  L  Q  R  P  E  C  V  L  L  P  N  S  A  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  D  L  L  D  Q  L  L  S  I  L  T  E  G  P  D  N  P  F  Y  I  E  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  E  D  I  N  I  F  K  L  N  A  H  A  F  T  L  S  V  S  F  A  S  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  L  S  F  V  A  T  L  H  E  A  A  L  S  F  S  F  E  L  M  C  A  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  E  L  F  D  F  V  N  Y  T  V  Q  R  K  H  S  G  M  K  A  A  M  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  M  S  L  I  S  G  S  K  K  V  T  Q  K  G  S  N  L  F  C  S  Q  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  L  A  G  E  I  R  E  L  A  T  E  L  R  T  A  V  R  P  D  T  A  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  Y  T  S  L  D  T  R  P  L  T  D  V  T  T  L  S  L  L  H  G  V  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  I  A  T  I  R  S  L  S  I  A  R  R  H  L  V  D  A  V  V  V  E  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  W  K  A  P  S  D  D  A  Y  G  V  A  E  S  E  M  L  D  A  L  K  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  V  P  V  L  H  A  L  L  L  P  V  Q  L  C  G  V  L  K  D  L  S  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  L  S  A  F  T  K  L  S  I  A  Q  A  G  L  S  K  G  K  I  Q  V  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  V  L  I  A  M  D  T  Y  G  D  L  F  R  E  C  Q  S  A  S  G  A  H  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  W  C  I  S  R  I  V  R  A  M  T  D  H  L  F  L  A  I  S  N  A  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  Q  P  P  C  G  M  R  D  L  L  P  G  Q  M  V  L  R  Q  A  A  L  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  Q  A  A  L  S  L 
------------------------------------------------CTTAGGCAAGCTGCTCTTTCACTG

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  T  S  V  F  Q  Q  H  G  A  V  C  I  E  T  P  V  M  E  S  R  S  V  L 
 I  T  S  V  F  Q  Q  H  G  A  V  C  I  E  T  P  V  M  E  -  -  -  -  - 
ATAACGAGCGTATTTCAACAACATGGCGCCGTCTGCATAGAGACCCCAGTCATGGAA---------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 M  G  K  Y  G  E  E  Q  K  L  I  Y  N  V  S  D  Y  G  E  E  P  L  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  L 
------------------------------------------------------------------TCTCTT

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 R  Y  D  L  T  V  P  F  A  R  Y  C  A  T  H  R  E  K  S  I  K  R  Y  S 
 R  Y  D  L  T  V  P  F  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  R  Y  S 
CGGTATGATTTAACGGTCCCGTTTGCG------------------------------ATTAAGCGCTATTCC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  G  R  V  Y  R  R  D  K  P  V  M  E  K  G  R  F  R  E  F  Y  Q  C  D 
 I  G  R  V  Y  R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  Y  Q  C  D 
ATCGGGCGCGTTTACAGACGA------------------------------CGTGAGTTTTATCAATGCGAT

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  D  I  V  Y  E  P  N  T  Q  A  P  M  A  A  D  A  E  V  V  V  I  V  F 
 L  D  I  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  A  E  V  V  V  I  V  F 
CTGGATATTGTC---------------------------------GACGCTGAGGTCGTAGTTATTGTATTT

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 E  I  L  H  A  L  R  K  S  I  R  N  F  E  I  L  I  N  H  R  G  I  L  D 
 E  I  L  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGATTCTGCAT------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 S  A  M  A  V  A  G  V  S  D  E  Q  K  K  A  V  C  S  C  I  D  Q  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 K  H  S  K  E  E  V  R  D  K  I  V  K  S  K  G  L  T  P  V  V  A  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 V  L  A  L  I  D  F  K  L  P  T  S  P  H  M  F  A  N  S  P  F  D  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 S  T  A  I  A  A  L  K  E  L  H  A  S  I  S  L  D  S  T  L  S  S  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 I  D  A  I  S  P  R  L  E  Q  L  G  L  L  F  R  Y  A  S  L  M  C  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 S  L  E  Y  M  V  L  D  F  S  L  A  R  G  L  D  Y  Y  T  G  M  V  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  E 
---------------------------------------------------------------GTTTTCGAA

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 A  K  L  I  S  D  H  G  E  R  T  G  S  I  A  G  G  G  R  Y  D  E  L  L 
 A  K  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  I  A  G  G  G  R  Y  -  -  -  - 
GCAAAGCTG---------------------------TCGATAGCAGGAGGGGGACGTTAT------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 G  K  F  R  A  R  G  D  E  L  C  A  V  G  G  S  I  G  I  E  R  I  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  C  A  V  G  G  S  I  G  I  E  R  I  F  A 
---------------------------CTTTGCGCAGTCGGGGGAAGCATAGGGATAGAACGCATATTTGCC

793794795796797798799800801802803804805806807808809810811812813814815816
 I  L  E  A  R  Q  A  S  L  D  G  L  A  T  G  D  V  E  D  G  G  S  S  C 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATT---------------------------------------------------------------------

817818819820821822823824825826827828829830831832833834835836837838839840
 K  L  A  S  A  K  R  Y  D  V  Y  I  C  G  A  P  G  C  T  I  E  A  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

841842843844845846847848849850851852853854855856857858859860861862863864
 E  V  A  G  I  L  W  G  L  G  I  S  V  G  M  S  C  K  E  G  C  S  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

865866867868869870871872873874875876877878879880881882883884885886887888
 L  L  K  K  D  I  D  E  G  V  A  G  H  A  L  L  A  L  I  I  G  G  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

889890891892893894895896897898899900901902903904905906907908909910911912
 I  E  N  R  V  I  N  V  K  N  L  S  T  T  E  Q  V  V  V  P  F  D  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

913914915916917918919920921922923924925926927928929930931932933934935936
 G  E  Y  C  A  K  A  L  A  T  R  H  E  R  F  A  L  S  E  C  E  K  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

937938939940941942943944945946947948949950951952953954955956957958959960
 R  D  V  K  D  G  K  E  V  R  E  G  I  D  N  I  L  A  A  I  K  M  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

961
 T 
 - 
---

his_euk_P_chromatophora

Class II

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_his_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_his_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  K  L  Q  N  L  R  G  M  V  D  L  L  P  E  H  T  P  L  W  Q  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  W  Q  F  I 
---------------------------------------------------------TTATGGCAGTTTATT

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  E  T  A  R  T  H  F  R  R  S  G  V  N  E  I  R  T  P  L  L  E  P  T 
 E  E  T  A  R  T  H  F  R  R  S  G  V  N  E  I  R  T  P  L  L  E  -  - 
GAAGAAACTGCCCGTACCCACTTTAGGCGTTCTGGAGTAAACGAAATACGTACACCTTTACTTGAA------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  L  F  A  R  G  I  G  E  S  T  D  V  V  N  K  E  M  Y  S  F  F  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  D  R  S  C  T  L  R  P  E  G  T  A  S  I  V  R  A  A  L  Q  H  N  L 
 -  -  -  -  -  T  L  R  P  E  G  T  A  S  I  V  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------ACTTTACGTCCAGAAGGCACTGCTTCGATAGTA------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  A  Q  G  P  Q  R  F  W  Y  S  G  P  M  F  R  Y  E  R  P  Q  A  G  R 
 -  -  -  -  -  Q  R  F  W  Y  S  G  P  M  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CAACGATTTTGGTATAGTGGACCCATGTTCCGTTAT---------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  R  Q  F  H  Q  I  G  L  E  L  H  G  Y  S  D  P  R  S  D  V  E  A  I 
 -  R  Q  F  H  Q  I  G  L  E  L  H  -  -  -  -  -  -  -  D  V  E  A  I 
---AGGCAGTTTCACCAAATTGGTTTAGAATTGCAT---------------------GATGTTGAAGCTATT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  I  A  W  D  L  L  M  D  L  G  V  K  R  L  A  L  E  L  N  T  L  G  S 
 S  I  A  W  D  L  L  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCTATTGCATGGGATTTGTTAATG------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  S  D  R  I  L  Y  R  Q  K  L  E  T  W  L  S  D  H  F  N  E  L  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  S  R  A  R  V  S  S  N  P  L  R  I  L  D  S  K  I  P  S  T  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  K  K  A  P  L  L  S  N  E  L  S  A  E  S  S  E  R  F  A  A  V  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  L  A  N  L  G  I  P  F  K  I  N  P  Y  L  V  R  G  L  D  Y  Y  S  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  A  F  E  I  I  S  D  Q  L  G  A  Q  S  T  V  C  G  G  G  R  Y  D  G 
 -  A  F  E  I  I  S  -  -  -  -  -  -  -  T  V  C  G  G  G  R  Y  -  - 
---GCTTTTGAAATCATTAGT---------------------ACTGTTTGCGGGGGAGGCCGTTAT------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  V  E  Q  L  G  G  H  N  T  P  A  I  G  W  A  L  G  V  E  R  L  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  P  A  I  G  W  A  L  G  V  E  R  L  .  L 
---------------------------ACACCAGCAATTGGCTGGGCTTTGGGAGTTGAGCGTCTT---CTG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  I  M  Q  G  N  I  P  I  K  I  P  S  P  D  F  Y  I  I  N  K  G  K  V 
 L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTAATC------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  E  A  I  A  L  T  L  A  R  Q  L  R  N  S  G  M  I  V  E  L  D  C  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  S  A  F  S  K  Q  F  K  R  A  D  R  S  N  A  L  Q  A  I  I  L  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  E  V  A  R  N  Q  I  R  I  K  N  L  R  T  N  I  S  N  R  S  L  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422
 E  D  F  L  D  N  S  K  F  S  I  L  Y  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

lys_bact_C_aggregans

Class II

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_lys_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  V  M  E  L  N  D  L  Q  A  Q  R  A  A  K  L  E  Q  L  R  A  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  D  P  Y  P  P  R  C  R  R  S  H  T  I  G  Q  V  L  A  A  F  D  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  A  G  E  A  V  V  T  L  A  G  R  I  I  G  A  R  R  V  M  G  K  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  A  H  I  E  D  G  T  G  E  I  Q  L  W  L  S  R  A  D  L  G  D  E  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  E  R  F  R  D  Q  I  D  T  F  D  I  V  Q  A  T  G  T  L  R  R  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  G  E  R  S  L  F  V  R  E  M  A  V  L  A  K  A  I  N  P  P  P  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 W  A  G  L  Q  D  V  E  E  R  H  R  Q  R  Y  L  D  L  I  V  N  R  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  D  I  F  R  A  R  A  Q  V  M  S  T  M  R  R  V  L  D  D  R  G  F  L 
 -  -  -  -  -  A  R  A  Q  V  M  S  T  M  R  R  V  L  D  D  R  G  F  L 
---------------GCCCGTGCGCAGGTGATGAGCACGATGCGGCGCGTGCTTGACGATCGCGGCTTTCTT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  V  E  T  P  V  L  Q  P  I  Y  G  G  A  A  A  R  P  F  V  T  Y  H  N 
 E  V  E  T  P  V  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGGTCGAGACACCGGTTTTGCAA------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  L  G  Q  N  L  Y  L  R  I  A  T  E  L  Y  L  K  R  L  I  V  G  G  F 
 -  -  -  -  -  -  Y  L  R  I  A  T  E  L  Y  L  K  -  -  -  -  -  -  - 
------------------TATCTCCGGATCGCCACAGAACTCTACCTCAAG---------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  G  V  Y  E  I  G  K  N  F  R  N  E  G  V  D  R  S  H  N  P  E  F  T 
 P  G  V  Y  E  I  G  K  N  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T 
CCCGGCGTGTATGAGATCGGTAAAAACTTTCGCAAC------------------------CCTGAGTTTACG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 M  M  E  C  Y  Q  A  Y  A  D  Y  H  A  M  M  T  L  V  E  E  M  L  G  E 
 M  M  E  C  Y  Q  A  -  -  -  Y  H  A  M  M  T  L  V  E  E  M  L  G  - 
ATGATGGAGTGTTATCAGGCG---------TATCACGCCATGATGACCCTCGTCGAAGAGATGTTGGGT---

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  C  L  A  V  H  G  T  T  T  I  S  Y  Q  G  R  E  L  D  L  R  P  P  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  R  I  A  M  A  D  A  I  V  E  R  T  G  I  D  I  T  R  H  T  D  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  L  H  A  A  I  A  D  R  G  L  R  V  D  R  K  T  S  W  A  K  Q  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  L  F  S  E  F  V  Q  P  H  L  F  Q  P  T  F  I  I  D  Y  P  V  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  P  L  A  K  R  I  P  G  R  P  D  F  T  E  R  F  E  A  F  I  A  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  E  A  F  I  -  -  - 
---------------------------------------------CGCTTTGAGGCGTTTATC---------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  I  G  N  A  F  T  E  L  N  D  P  F  D  Q  E  E  R  F  R  E  Q  L  R 
 E  I  G  N  A  F  T  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGATCGGGAATGCGTTTACCGAG------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  F  A  A  G  D  E  E  A  H  Q  M  D  E  D  F  I  N  A  L  R  Y  G  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  P  T  G  G  L  G  I  G  I  D  R  L  V  M  V  L  T  D  Q  A  S  I  R 
 P  P  T  G  G  L  G  I  G  I  D  R  L  V  M  V  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCGCCAACCGGTGGTCTTGGTATCGGGATCGATCGGTTGGTGATGGTT------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496
 E  V  I  L  F  P  H  L  R  E  R  L  E  G  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

lys_bact_C_jejuni

Class II

Bacteria/Campylobacter jejuni/amino acid sequences/Cjejuni_lys_aa

Bacteria/Campylobacter jejuni/nucleotide sequences/Cjejuni_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  F  D  N  I  L  E  Q  Q  R  I  E  K  A  K  E  L  K  N  L  G  I  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  P  H  F  L  E  K  E  M  S  L  K  T  F  K  D  K  F  S  Y  I  L  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  E  K  R  D  E  S  V  N  A  V  V  A  G  R  L  K  L  L  R  I  A  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  I  F  A  N  I  E  D  E  D  T  N  L  Q  I  Y  F  S  K  D  S  V  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  L  Y  T  I  L  K  K  N  L  E  V  G  D  I  V  L  V  K  G  F  P  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  K  T  G  E  F  S  L  H  A  S  E  V  K  L  A  T  K  A  I  V  P  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  K  Y  H  G  L  T  D  I  E  Q  R  Y  R  K  R  Y  V  D  M  I  M  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  V  R  K  D  F  L  V  R  S  K  V  V  S  L  I  R  H  F  F  E  N  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  V  R  S  K  V  V  S  L  I  R  H  F  F  E  N  K  G 
---------------------GTGCGTTCTAAAGTGGTGAGTTTAATCCGTCATTTTTTTGAAAATAAAGGC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  L  E  V  E  T  P  M  M  H  P  I  A  G  G  A  N  A  K  P  F  V  T  F 
 F  L  E  V  E  T  P  M  M  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTTTAGAAGTAGAAACTCCTATGATGCAT------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  N  S  L  G  V  E  R  F  L  R  I  A  P  E  L  Y  L  K  R  L  I  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  R  I  A  P  E  L  Y  L  K  -  -  -  -  - 
------------------------TTTTTAAGAATTGCTCCAGAACTTTATCTTAAA---------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  F  E  A  V  F  E  I  N  R  C  F  R  N  E  G  M  D  L  T  H  N  P  E 
 -  -  E  A  V  F  E  I  N  R  C  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E 
------GAGGCGGTTTTTGAAATCAATCGTTGTTTTAGAAAC------------------------CCCGAA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  T  T  I  E  F  Y  W  A  Y  H  N  Y  K  D  L  M  D  L  T  E  E  L  F 
 F  T  T  I  E  F  Y  W  A  -  -  -  Y  K  D  L  M  D  L  T  E  E  L  F 
TTTACAACTATAGAATTTTATTGGGCC---------TATAAAGATTTAATGGATTTAACCGAAGAACTTTTT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  L  L  L  D  K  L  N  L  G  K  T  I  E  F  D  G  K  M  I  N  F  S  K 
 A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCT---------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  F  E  R  I  T  Y  K  D  A  L  C  K  Y  G  G  L  D  R  D  L  I  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  E  K  I  L  T  K  L  K  A  D  G  F  E  A  N  E  K  L  E  L  G  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  A  E  L  F  D  N  Y  V  E  E  K  L  I  N  P  T  F  V  I  D  F  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  I  S  P  L  S  R  R  S  D  E  D  S  Q  I  A  E  R  F  E  L  F  I  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  E  L  F  I  - 
---------------------------------------------------AGATTTGAGTTGTTTATT---

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  R  E  L  A  N  G  F  N  E  L  N  D  P  L  D  Q  Y  E  R  F  L  K  Q 
 -  -  E  L  A  N  G  F  N  E  L  N  D  P  L  D  Q  Y  E  R  F  L  K  Q 
------GAATTGGCAAATGGTTTTAATGAGCTTAATGATCCTCTTGATCAATATGAGAGATTTTTAAAACAA

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  E  A  K  N  A  G  D  E  E  A  C  E  M  D  E  D  F  V  N  A  L  G  Y 
 I  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTGAA------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  M  P  P  T  A  G  Q  G  I  G  I  D  R  L  V  M  L  L  T  N  K  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501
 I  R  D  V  I  L  F  P  A  M  R  P  L  K  S  E  L  K  E  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

lys_bact_B_thailandensis

Class II

Bacteria/Burkholderia thailandensis/amino acid sequences/Bthailandensis_lys_aa

Bacteria/Burkholderia thailandensis/nucleotide sequences/Bthailandensis_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  E  P  I  Q  P  Q  A  A  V  A  A  D  E  N  Q  I  V  A  E  R  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  L  R  A  L  R  D  Q  G  I  A  Y  P  N  D  F  Q  P  T  H  H  A  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  Q  T  A  Y  A  D  A  D  K  E  A  L  E  A  K  S  L  E  V  A  I  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  M  M  L  K  R  V  M  G  K  A  S  F  A  T  V  Q  D  G  S  G  Q  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  F  V  T  P  A  D  V  G  A  E  T  Y  D  A  F  K  K  W  D  L  G  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  A  A  R  G  V  L  F  R  T  N  K  G  E  L  S  V  K  C  T  Q  L  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  A  K  A  L  R  P  L  P  D  K  F  H  G  L  A  D  Q  E  T  R  Y  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  Y  V  D  L  I  V  T  P  E  T  R  T  T  F  R  A  R  T  K  A  I  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  R  T  K  A  I  A  S 
------------------------------------------------GCGATGAAACGGTTGCGCGAGATC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  R  K  F  M  G  D  A  D  F  M  E  V  E  T  P  M  L  H  P  I  P  G  G 
 I  R  K  F  M  G  D  A  D  F  M  E  V  E  T  P  M  L  H  -  -  -  -  - 
GAGCTCGCGGCCCTGGTACTGGATCGTCGCGGTGCCGAGCGCGTCCACGGCCGCCTG---------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  A  A  K  P  F  V  T  H  H  N  A  L  D  M  E  M  F  L  R  I  A  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  R  I  A  P  E 
---------------------------------------------------CATCGTGAATTCCGGATTGTG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  Y  L  K  R  L  I  V  G  G  F  E  R  V  F  E  I  N  R  N  F  R  N  E 
 L  Y  L  K  -  -  -  -  -  -  -  E  R  V  F  E  I  N  R  N  F  R  N  - 
GCGCGGCGACAC---------------------GTTGATCTCGAACACGCGCTCGAAGCCGCCGACGAT---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  V  S  P  R  H  N  P  E  F  T  M  M  E  F  Y  A  A  Y  T  D  Y  R  W 
 -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  M  M  E  F  Y  A  A  -  -  -  Y  R  W 
---------------------CGCGATGCGCAGGAACATTTCCATGTCGAGCGC---------CGTGACGAA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  M  D  F  T  E  R  L  I  R  Q  A  A  V  D  A  L  G  T  A  T  I  Q  Y 
 L  M  D  F  T  E  R  L  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGGCTTCGCGGCCGCGCCGCCCGGGATCGG------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  G  R  E  L  D  L  A  Q  P  F  H  R  L  T  I  T  Q  A  I  Q  K  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  S  Y  T  D  G  Q  L  S  D  D  A  F  L  R  S  E  L  K  R  L  G  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  T  Q  P  A  F  L  N  A  G  I  G  A  L  Q  L  A  L  F  E  E  T  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  Q  L  W  E  P  T  F  I  I  D  Y  P  I  E  V  S  P  L  A  R  E  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  V  A  G  I  T  E  R  F  E  L  F  I  T  G  R  E  I  A  N  G  F  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  R  F  E  L  F  I  -  -  -  E  I  A  N  G  F  S  E 
---------------------CTGACCCGAGCCGTCCTG---------GAAGCTCGCCTTGCCCATCACGCG

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  N  D  P  E  D  Q  A  A  R  F  K  K  Q  V  E  Q  K  D  A  G  D  E  E 
 L  N  D  P  E  D  Q  A  A  R  F  K  K  Q  V  E  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTGAGCATCATCCGGCCGGCGATCGCGACCTCGAGCGACTTCGCCTC------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  M  F  F  D  A  D  Y  I  R  A  L  E  Y  G  M  P  P  T  G  G  C  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  I  D  R  L  V  M  L  L  T  D  S  P  T  I  R  D  V  L  L  F  P  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508
 R  R  E  D 
 -  -  -  - 
------------

lys_bact_S_elongatus

Class II

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_lys_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  D  L  R  A  T  R  L  E  K  A  L  Q  L  R  E  L  G  F  E  P  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  R  W  D  C  S  H  S  A  A  Q  L  Q  A  L  Y  A  D  L  P  A  G  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  A  V  E  V  A  I  A  G  R  I  M  A  R  R  V  F  G  K  L  A  F  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  Q  D  E  S  G  Q  I  Q  L  Y  L  E  K  Q  R  L  S  E  S  M  A  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  A  E  A  F  S  H  L  K  A  L  T  D  V  G  D  I  L  G  V  K  G  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  R  T  E  K  G  E  L  S  I  A  V  D  Q  Y  A  I  L  T  K  S  L  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  P  D  K  W  H  G  L  T  D  V  E  K  R  Y  R  Q  R  Y  V  D  L  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  P  E  V  R  E  T  F  R  R  R  A  K  I  T  A  A  I  R  R  H  L  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  R  A  K  I  T  A  A  I  R  R  H  L  E  D 
---------------------------CGCTGCCAACACCAGTTCCGCCATCGTTGCCCGTTTCCACGGTGG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  G  F  I  E  I  E  T  P  V  L  Q  A  E  A  G  G  A  E  A  R  P  F  I 
 Q  G  F  I  E  I  E  T  P  V  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCCAGATCGATCGTCTGACCTTGGTAGGGCACTTG------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  Y  H  N  T  L  E  L  D  L  Y  L  R  I  A  T  E  L  H  L  K  R  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  I  A  T  E  L  H  L  K  -  -  - 
------------------------------GTAGTCGGCATAGGCCTGATAGACCTCGATCGA---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  G  G  F  E  K  V  F  E  L  G  R  I  F  R  N  E  G  I  S  T  R  H  N 
 -  -  -  -  E  K  V  F  E  L  G  R  I  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GGTTGAAATGCCCTCGTTGCGGAAAATGCGCCCTAG------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  E  F  T  S  I  E  V  Y  Q  A  Y  A  D  Y  E  D  M  M  R  L  T  E  T 
 P  E  F  T  S  I  E  V  Y  Q  A  -  -  -  Y  E  D  M  M  R  L  T  E  T 
GACAATTAGGCGCTTGAGGTGCAACTCGGTTGC---------ATAAAGGTCGAGTTCTAAGGTGTTGTGGTA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  I  A  Q  V  A  E  Q  V  V  G  S  L  Q  V  P  Y  Q  G  Q  T  I  D  L 
 L  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGTGATGAA---------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  P  P  W  K  R  A  T  M  A  E  L  V  L  A  A  T  G  I  D  F  E  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  D  L  E  A  G  I  A  A  V  K  A  A  G  I  P  V  P  E  D  C  P  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  K  L  L  N  H  C  F  E  E  K  V  E  A  T  L  I  Q  P  T  F  V  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  P  V  E  I  S  P  L  A  K  P  H  R  S  K  P  G  L  V  E  R  F  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  E  L 
------------------------------------------------------------GAAAGCTTCGGC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  I  V  G  R  E  T  A  N  S  F  S  E  L  T  D  P  V  D  Q  R  Q  R  L 
 F  I  -  -  -  E  T  A  N  S  F  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCGAT---------CGATTCACTGAGCCGCTGCTTCTC---------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  A  Q  A  A  D  K  A  A  G  N  V  E  A  N  D  V  D  E  D  F  L  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  E  H  G  M  P  P  T  G  G  L  G  I  G  I  D  R  L  V  M  L  L  T  D 
 -  -  -  -  -  P  P  T  G  G  L  G  I  G  I  D  R  L  V  M  L  -  -  - 
---------------TGGCAAGTCAGCATAGAGCGCTTGGAGCTGCGCGGCACTATGGCTACA---------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 S  P  S  I  R  D  V  I  A  F  P  L  L  R  P  E  A  S  S  E  E  A  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

lys_bact_B_fragilis

Class II

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_lys_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  I  L  E  L  S  E  Q  E  I  I  R  R  N  S  L  N  E  L  R  A  M  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  E  P  Y  P  A  A  E  Y  V  T  N  A  F  S  T  D  I  K  A  E  F  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  E  T  P  R  Q  V  S  V  A  G  R  M  M  S  R  R  I  M  G  K  A  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  E  L  Q  D  S  K  G  R  I  Q  V  Y  I  T  R  D  D  I  C  P  G  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  E  M  Y  N  T  V  F  K  R  L  L  D  L  G  D  F  I  G  I  E  G  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  R  T  Q  M  G  E  I  S  I  H  A  Q  K  L  T  V  L  A  K  S  I  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  P  I  V  K  Y  K  D  G  V  T  Y  D  S  F  E  D  P  E  L  R  Y  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  Y  V  D  L  A  V  N  E  G  V  K  D  I  F  I  K  R  S  K  V  Y  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  R  S  K  V  Y  S  S 
------------------------------------------------AAACGCAGCAAAGTATACAGTTCC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  R  E  Y  F  N  S  K  G  Y  M  E  V  E  T  P  I  L  Q  A  I  A  G  G 
 M  R  E  Y  F  N  S  K  G  Y  M  E  V  E  T  P  I  L  Q  -  -  -  -  - 
ATGCGCGAATACTTCAACTCAAAGGGATACATGGAAGTGGAAACTCCGATCCTGCAG---------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  A  A  R  P  F  M  T  H  H  N  A  L  D  I  P  L  Y  M  R  I  A  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  M  R  I  A  S  E 
---------------------------------------------------TACATGCGAATCGCCAGTGAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  Y  L  K  R  L  I  V  G  G  F  E  G  V  Y  E  I  G  K  N  F  R  N  E 
 L  Y  L  K  -  -  -  -  -  -  -  E  G  V  Y  E  I  G  K  N  F  R  N  - 
CTTTACCTGAAA---------------------GAAGGTGTATACGAGATCGGTAAAAACTTCCGTAAC---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  M  D  R  T  H  N  P  E  F  T  C  M  E  I  Y  V  A  Y  K  D  Y  N  W 
 -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  C  M  E  I  Y  V  A  -  -  -  Y  N  W 
---------------------CCAGAATTCACCTGTATGGAGATATATGTAGCC---------TACAATTGG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  M  E  F  T  E  K  M  I  E  K  I  C  L  D  V  N  G  T  T  E  V  K  V 
 M  M  E  F  T  E  K  M  I  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGATGGAATTTACTGAAAAAATGATCGAA------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  D  N  I  I  N  F  K  A  P  Y  K  R  V  T  M  L  G  A  I  K  E  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  Y  D  L  T  G  M  N  E  E  Q  I  R  E  V  C  K  K  L  N  M  E  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  T  M  G  K  G  K  L  I  D  E  I  F  G  E  F  C  E  G  T  Y  I  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  F  I  T  D  Y  P  I  E  M  S  P  L  T  K  K  H  R  D  N  P  E  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  R  F  E  L  M  V  N  G  K  E  L  C  N  A  Y  S  E  L  N  D  P  I  D 
 -  R  F  E  L  M  V  -  -  -  E  L  C  N  A  Y  S  E  -  -  -  -  -  - 
---CGTTTCGAGTTGATGGTA---------GAGTTGTGTAACGCATATTCTGAG------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  L  E  R  F  E  D  Q  M  K  L  S  E  K  G  D  D  E  A  M  I  I  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  F  V  R  A  L  E  Y  G  M  P  P  T  S  G  M  G  I  G  M  D  R  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  T  S  G  M  G  I  G  M  D  R  L  T 
------------------------------CCTCCTACTTCGGGTATGGGTATTGGTATGGACCGTCTGACT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 M  L  M  T  G  Q  S  T  I  Q  E  V  L  F  F  P  Q  M  R  P  E  K  V  V 
 M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGCTG------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  K  D  S  A  S  K  F  M  E  L  G  I  A  E  E  W  V  P  V  I  Q  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  Y  N  Q  V  A  D  M  K  E  V  N  P  Q  K  F  H  Q  D  I  C  G  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575
 K  K  Y  K  L  E  L  T  N  P  S  V  N  D  V  A  E  W  I  Q  K  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

lys_bact_T_thermophilus

Class II

Bacteria/Thermus thermophilus/amino acid sequences/Tthermophilus_lys_aa

Bacteria/Thermus thermophilus/nucleotide sequences/Tthermophilus_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  D  Q  T  R  Q  R  L  L  N  L  E  A  L  V  E  A  G  F  A  P  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  R  F  P  K  T  H  S  A  E  A  I  L  K  A  K  R  G  A  P  P  E  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 W  P  E  E  E  V  A  V  A  G  R  L  V  A  L  R  R  M  G  K  V  T  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  L  L  D  E  T  G  R  I  Q  L  Y  F  Q  R  D  L  T  P  K  Y  E  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  K  L  D  V  G  D  I  L  G  V  R  G  H  P  F  T  T  K  T  G  E  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  K  V  L  D  W  T  P  L  V  K  S  L  H  P  L  P  D  K  W  H  G  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  K  E  V  R  Y  R  Q  R  Y  L  D  L  I  V  N  P  E  V  R  E  V  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  R  S  E  I  V  R  Y  I  R  R  F  F  E  A  K  G  F  L  E  V  E  T  P 
 R  R  S  E  I  V  R  Y  I  R  R  F  F  E  A  K  G  F  L  E  V  E  T  P 
GTCAAAGGGAAGGCCCGCCTTCTCCTTCAGGGCCTCCACGAAGGAGATGCGCCTGAAGGGCGGCTTGAAGTT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  L  Q  P  T  T  G  G  A  E  A  R  P  F  K  T  Y  H  N  A  L  D  H  E 
 I  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGCACCCG---------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  Y  L  R  I  S  L  E  L  Y  L  K  R  L  L  V  G  G  Y  E  K  V  F  E 
 -  Y  L  R  I  S  L  E  L  Y  L  K  -  -  -  -  -  -  -  E  K  V  F  E 
---CAGGCCCGCCATGTCCTGGTAGTCGGCGTAGGC---------------------GAACTCGGGGTTGTG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  G  R  N  F  R  N  E  G  I  D  H  N  H  N  P  E  F  T  M  L  E  A  Y 
 I  G  R  N  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  M  L  E  A  Y 
GTTGTGGTCAATGCCCTCGTT------------------------GACCTTCTCGTACCCCCCGACGAGGAG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  A  Y  A  D  Y  Q  D  M  A  G  L  V  E  E  L  L  S  G  L  V  L  H  L 
 W  A  -  -  -  Y  Q  D  M  A  G  L  V  E  E  L  L  S  -  -  -  -  -  - 
GCGCTT---------CTCCAAGGAGATGCGGAGGTAGAACTCGTGGTCTAGGGC------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  G  S  H  E  V  P  Y  Q  G  R  V  L  N  F  K  P  P  F  R  R  I  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  E  A  L  K  E  K  A  G  L  P  F  D  P  L  D  L  E  R  L  R  L  W  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  A  H  H  P  E  L  S  Q  V  P  N  Y  K  L  L  D  K  L  F  G  I  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  P  E  L  Q  D  P  T  F  V  F  D  F  P  L  A  I  S  P  L  A  K  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  E  K  P  G  L  V  E  R  W  D  L  Y  A  G  G  M  E  L  A  P  C  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  W  D  L  Y  A  -  -  -  E  L  A  P  C  Y  S 
------------------------CACGTCCAGCTTCTTGAG---------TTTGGGCGTGAGGTCCCTCTG

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  L  N  D  P  L  D  Q  R  E  R  F  L  E  Q  A  R  R  R  K  E  G  D  E 
 E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAA---------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  A  P  E  P  D  E  D  F  L  L  A  L  E  Y  G  M  P  P  A  A  G  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  A  A  G  L  G 
---------------------------------------------------GGGGGCGCCCCGCTTGGCCTT

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  G  I  D  R  L  A  M  L  L  T  D  Q  P  S  L  R  D  V  L  L  F  P  L 
 L  G  I  D  R  L  A  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGGATGGCCTCGGCGCTGTGGGTCTT---------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492
 L  K  P  K  K  E  A  V  E  E  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

lys_bact_H_aurantiacus

Class II

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/amino acid sequences/Haurantiacus_lys_aa

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/nucleotide sequences/Haurantiacus_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  L  N  D  L  Q  Q  T  R  Y  G  K  L  Q  A  L  Q  A  A  G  I  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  P  A  R  V  P  Q  R  T  H  T  L  T  A  V  R  E  Q  F  S  A  L  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  N  A  T  V  T  I  M  G  R  L  R  Q  R  R  V  M  G  K  S  A  F  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  N  D  D  H  G  A  F  Q  I  F  L  S  K  A  D  V  G  D  E  P  F  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  V  D  L  T  D  L  G  D  I  I  A  V  T  G  T  L  F  T  T  K  M  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  S  V  H  V  T  S  W  T  M  L  S  K  A  I  T  P  P  P  D  K  R  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  F  S  D  Q  E  A  R  Q  R  Q  R  Y  V  D  L  S  A  N  P  E  V  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  F  R  I  R  A  R  L  I  T  A  M  R  R  Y  L  D  E  R  G  F  L  E  V 
 -  -  -  I  R  A  R  L  I  T  A  M  R  R  Y  L  D  E  R  G  F  L  E  V 
---------TTTTTCAAAAATGGCATCGCGCATGGTCAAGCGCTGCCACGAACCGCCAAGCTCGATCTGATG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  T  P  V  L  Q  G  I  Y  G  G  A  A  A  R  P  F  T  T  H  H  N  Q  L 
 E  T  P  V  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCCTTGGTATTCGATGCT------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  Q  D  L  Y  L  R  I  A  T  E  L  Y  L  K  R  L  I  V  G  G  F  D  G 
 -  -  -  -  Y  L  R  I  A  T  E  L  Y  L  K  -  -  -  -  -  -  -  D  G 
------------ATAATCGCCGTAGGCTTGATAGACCTCGATCAT---------------------GCGATC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  Y  E  I  G  K  N  F  R  N  E  G  V  D  R  T  H  N  P  E  F  T  M  I 
 V  Y  E  I  G  K  N  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  M  I 
AACGCCTTCGTTGCGGAAGTTTTTGCCAAT------------------------AACGATCAAGCGCTTCAA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  V  Y  Q  A  Y  G  D  Y  E  S  I  M  Q  L  T  E  G  M  I  R  F  A  A 
 E  V  Y  Q  A  -  -  -  Y  E  S  I  M  Q  L  T  E  G  M  I  R  -  -  - 
ATAGAGCTCGGTGGC---------GTATAAATCTTGGTGCAATTGATTATGATGGGTGGTGAA---------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  Q  I  F  N  S  T  S  I  E  Y  Q  G  H  Q  I  E  L  G  G  S  W  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  T  M  R  D  A  I  F  E  K  T  G  V  D  I  R  E  C  R  E  F  D  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 W  E  A  I  G  E  A  G  L  K  I  E  R  K  P  T  W  A  K  Q  V  D  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  S  E  F  V  E  P  E  L  I  Q  P  T  F  I  T  E  Y  P  Q  P  L  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  A  K  R  K  A  D  D  P  Q  F  V  E  R  F  E  L  F  M  L  G  A  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  E  L  F  M  -  -  -  E  I 
---------------------------------------ATGCTTGAATGGCTCATC---------GGCTTT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  N  A  F  S  E  L  N  D  P  F  D  Q  E  Q  R  F  L  E  Q  G  R  D  Y 
 A  N  A  F  S  E  L  N  D  P  F  D  Q  E  Q  R  F  L  E  Q  G  R  -  - 
GCTGAGGAAAATTTGAAACGCGCCATGATCATCATTTAAATGGGCGAACGCTGATTTGCCCATAAC------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  A  G  D  D  E  A  M  Q  M  D  E  D  Y  L  E  A  L  K  V  G  M  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  G  G  L  G  I  G  I  D  R  L  C  L  L  F  T  N  Q  T  T  I  R  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492
 I  F  F  P  H  L  R  K  Q  G  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

lys_bact_T_maritima

Class II

Bacteria/Thermotoga maritima/amino acid sequences/Tmaritima_lys_aa

Bacteria/Thermotoga maritima/nucleotide sequences/Tmaritima_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  K  E  F  K  E  Q  R  L  K  E  I  Q  E  L  R  S  M  G  I  E  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  Y  K  F  E  K  E  L  T  A  R  E  I  R  E  K  Y  D  Y  L  Q  A  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  L  E  S  E  K  L  S  F  A  G  R  V  M  S  I  R  H  H  G  K  T  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  H  M  K  D  D  T  G  R  I  Q  A  Y  I  K  A  D  S  V  G  K  E  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  L  F  K  R  H  V  K  I  G  D  F  V  G  V  R  G  F  P  F  K  S  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  E  L  T  I  Y  V  Q  E  Y  T  L  L  S  K  A  L  R  P  L  P  E  K  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 H  G  I  K  D  K  E  I  I  Y  R  Q  R  Y  L  E  L  I  V  N  D  E  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  R  F  K  K  R  F  K  A  V  R  V  I  R  E  F  L  N  S  R  G  F  I  E 
 -  -  -  -  K  R  F  K  A  V  R  V  I  R  E  F  L  N  S  R  G  F  I  E 
------------ATCTTCGAGGATGTCCACCCCGAGTTTTTCTTTGAGAAAGTCTCTCATTCTCACTCTTTT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  E  T  P  I  L  H  Y  V  T  G  G  A  E  A  R  P  F  V  T  H  L  N  V 
 V  E  T  P  I  L  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCAGGGTGGTGTGAAGTCTAT---------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  D  I  D  M  Y  L  R  I  A  P  E  L  Y  L  K  R  L  I  V  G  G  F  E 
 -  -  -  -  -  Y  L  R  I  A  P  E  L  Y  L  K  -  -  -  -  -  -  -  E 
---------------TTCAGTGAGATCCATCATATCGTTGTAATCCGC---------------------GCT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  I  Y  E  I  G  K  N  F  R  N  E  G  I  S  Y  K  H  S  P  E  F  T  S 
 K  I  Y  E  I  G  K  N  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  S 
GGTGAACTCGGGACTGTGTTTGTAAGATATTCC------------------------CTCGTATATCTTTTC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  E  I  Y  Q  A  Y  A  D  Y  N  D  M  M  D  L  T  E  E  L  I  V  E  V 
 I  E  I  Y  Q  A  -  -  -  Y  N  D  M  M  D  L  T  E  E  L  I  V  -  - 
AAAACCGCCGACGATCAA---------GTAAAGCTCCGGTGCGATTCTCAAATACATATCGATATC------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  K  R  T  C  G  T  L  K  I  S  Y  Q  G  K  E  I  D  F  T  P  P  W  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  V  R  M  R  D  F  L  K  E  K  L  G  V  D  I  L  E  D  P  D  E  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  K  K  L  E  E  H  G  V  E  L  E  I  K  N  R  A  H  L  I  D  K  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  L  V  E  E  E  L  V  N  P  T  F  I  I  D  H  P  V  V  I  S  P  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  R  H  R  E  D  P  R  L  T  E  R  F  E  L  I  I  F  G  R  E  I  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  E  L  I  I  -  -  -  E  I  A  N 
---------------------------------AAAGTCACCTATTTTGAC---------GAAGAGATCCAT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  F  S  E  L  N  D  P  V  D  Q  Y  Q  R  F  L  E  Q  A  K  M  R  E  E 
 A  F  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTTTCCTTCCC------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  D  E  E  A  H  M  M  D  L  D  F  V  R  A  L  E  Y  G  M  P  P  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  T  G 
------------------------------------------------------------TTCAAGAACTTC

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  L  G  I  G  L  D  R  L  F  M  F  I  T  D  S  P  T  I  R  D  V  I  P 
 G  L  G  I  G  L  D  R  L  F  M  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCCAGCTTGAAGATAGTCGTACTTTTCCCTTATTTC------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502
 F  P  I  V  K  P  K  K  F  E  E  E  E  A  E  F  E  G  G  F  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

lys_bact_G_obscuriglobus

Class II

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/amino acid sequences/Gemmata_lys_aa

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/nucleotide sequences/Gemmata_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  E  E  T  S  D  L  A  E  V  R  L  Q  K  L  Q  Q  I  E  A  L  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  P  W  G  Q  R  F  D  N  A  Q  P  I  G  D  I  R  Q  L  P  A  E  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  E  T  K  P  G  P  K  V  R  A  A  G  R  V  V  R  Y  R  T  G  G  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  F  L  E  I  W  D  Q  T  G  R  V  Q  L  M  I  R  V  N  K  V  T  P  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  W  Q  V  A  Q  L  L  D  L  G  D  L  V  G  V  D  G  E  F  G  K  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  G  E  L  T  I  Q  V  E  K  L  T  F  L  T  K  S  L  E  P  H  P  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  F  G  M  G  D  I  E  F  R  L  R  H  R  Y  L  D  M  I  Y  T  P  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  R  R  A  H  Q  R  V  K  I  I  R  T  I  R  T  H  L  D  A  Q  G  Y  M 
 -  -  -  -  -  Q  R  V  K  I  I  R  T  I  R  T  H  L  D  A  Q  G  Y  M 
---------------GCCGACGTGTTCGTGGAACAGGTCCGCGTACTTCGCGCGCTGGAACGGCGGCTCGAA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  V  E  T  P  T  L  H  A  I  A  G  G  A  A  A  R  P  F  E  T  H  H  N 
 E  V  E  T  P  T  L  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTTCACCGTCTTCTCGCCGAACGG------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  L  D  I  D  L  F  V  R  I  A  L  E  L  P  L  K  R  L  L  V  G  G  I 
 -  -  -  -  -  -  F  V  R  I  A  L  E  L  P  L  K  -  -  -  -  -  -  - 
------------------GCTGCGGTAGTCGCCGTAAGCCTGGTACAGTTC---------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  K  V  Y  E  L  G  R  V  F  R  N  E  G  I  S  P  R  H  N  P  E  F  T 
 E  K  V  Y  E  L  G  R  V  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T 
GTGTCGCGGGCTGATGCCCTCGTTGCGGAACACCCG------------------------CCCGCCGACCAG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 M  L  E  L  Y  Q  A  Y  G  D  Y  R  S  M  M  D  L  T  E  G  L  I  V  A 
 M  L  E  L  Y  Q  A  -  -  -  Y  R  S  M  M  D  L  T  E  G  L  I  V  - 
TAGGCGCTTCAGGGGCAGTTC---------GCGCACGAACAGATCGATGTCGAGCGCGTTGTGGTGCGT---

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 C  V  D  I  L  G  G  G  R  T  I  P  F  G  E  K  T  V  N  F  E  P  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  R  A  K  Y  A  D  L  F  H  E  H  V  G  C  D  M  T  D  E  V  A  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  A  A  R  A  E  N  I  E  L  E  M  A  P  T  K  G  A  P  K  V  A  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 H  V  V  L  V  Q  E  L  F  E  D  L  V  E  E  K  L  V  G  P  V  F  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  Y  P  S  P  L  C  P  L  T  K  R  K  R  E  N  P  A  I  A  E  R  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  E 
---------------------------------------------------------------CGTGACCTT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  Y  V  H  G  M  E  L  A  N  A  Y  T  E  L  N  D  P  I  T  Q  E  Q  T 
 L  Y  V  -  -  -  E  L  A  N  A  Y  T  E  L  N  D  P  I  T  Q  E  Q  T 
GTTCACGCG---------CTGCACGCGCCCGGTCTGGTCCCAGATTTCGAGGAACAGGAGCTTCCCGCCGGT

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  T  Q  Q  L  A  G  L  S  D  E  D  S  M  A  K  M  D  H  D  F  I  R  A 
 F  T  Q  Q  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCGGTAGCGCACCACGCG------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  R  H  G  M  P  P  A  G  G  L  G  I  G  I  D  R  L  V  M  L  L  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498
 T  Q  T  I  R  D  V  I  L  F  P  L  L  R  P  E  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

lys_bact_M_mobile

Class II

Bacteria/Mycoplasma mobile/amino acid sequences/Mmobile_lys_aa

Bacteria/Mycoplasma mobile/nucleotide sequences/Mmobile_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  N  Q  K  L  S  E  Q  E  L  I  R  R  Q  K  I  E  K  L  Q  K  L  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  V  F  H  E  T  V  K  F  D  L  N  I  N  K  I  I  Q  K  Y  N  S  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  D  E  L  A  K  D  E  F  S  L  S  T  T  G  R  I  I  T  I  R  S  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  V  L  K  S  Q  G  S  K  F  Q  I  Y  L  P  I  K  E  L  D  K  K  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  L  I  D  L  L  D  I  G  D  I  I  F  V  N  G  K  L  M  K  T  Q  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  L  T  L  R  A  N  E  L  K  L  L  S  K  S  L  K  V  L  P  D  K  F  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  L  N  D  I  E  E  R  Y  R  H  R  Y  V  D  L  I  V  N  D  D  V  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  F  L  L  R  S  R  I  I  S  L  I  R  K  Y  F  D  N  L  E  Y  L  E  V 
 -  -  -  L  R  S  R  I  I  S  L  I  R  K  Y  F  D  N  L  E  Y  L  E  V 
---------TTAAGAAGTAGAATTATTTCTTTAATAAGAAAATATTTTGACAACCTAGAATATTTAGAAGTT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  T  P  V  L  Q  P  I  L  G  G  A  S  A  K  P  F  I  T  K  F  N  A  L 
 D  T  P  V  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATACTCCTGTTTTACAA------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  S  N  F  Y  L  R  I  A  T  E  L  P  L  K  K  L  V  V  G  G  F  D  R 
 -  -  -  -  Y  L  R  I  A  T  E  L  P  L  K  -  -  -  -  -  -  -  D  R 
------------TATTTAAGAATTGCAACAGAACTACCACTTAAA---------------------GATAGA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  Y  E  I  G  R  I  F  R  N  E  G  V  D  T  T  H  N  P  E  F  T  S  I 
 V  Y  E  I  G  R  I  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  S  I 
GTTTATGAGATTGGAAGAATTTTCAGAAAT------------------------CCTGAATTTACCTCAATT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  Y  Y  E  A  Y  S  N  N  E  G  M  M  N  R  T  E  D  L  F  K  F  I  A 
 E  Y  Y  E  A  -  -  -  N  E  G  M  M  N  R  T  E  D  L  F  K  -  -  - 
GAATATTATGAAGCA---------AATGAAGGAATGATGAATCGAACAGAAGATTTATTTAAA---------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  E  L  N  L  K  T  I  F  F  N  G  Y  E  I  D  L  N  K  P  F  R  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  M  V  E  A  L  N  E  K  L  G  I  D  L  Y  K  I  S  F  E  D  A  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  A  K  K  H  H  I  K  V  E  S  Y  F  K  I  G  H  I  I  N  E  L  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  F  I  E  K  D  L  I  Q  P  T  F  V  Y  G  H  P  I  E  I  S  P  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  K  N  K  K  N  P  N  F  T  D  R  A  E  L  F  I  G  T  K  E  Y  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  A  E  L  F  I  -  -  -  E  Y  A  N 
---------------------------------CGTGCCGAACTGTTTATC---------GAATATGCTAAT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 M  F  T  E  L  T  D  P  I  D  Q  L  E  R  F  K  D  Q  Q  N  E  K  D  N 
 M  F  T  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGTTTACAGAA------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  N  E  E  A  N  E  I  D  Y  D  F  V  E  A  L  E  Y  G  L  P  P  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  T  G 
------------------------------------------------------------CCTCCAACAGGT

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  C  G  I  G  I  D  R  L  V  M  L  F  T  N  N  E  S  I  R  E  V  L  L 
 G  C  G  I  G  I  D  R  L  V  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGATGTGGAATTGGTATTGATAGATTAGTGATGTTA------------------------------------

481482483484485486487
 F  P  H  L  K  N  K 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

lys_bact_B_licheniformis

Class II

Bacteria/Bacillus licheniformis/amino acid sequences/Blicheniformis_lys_aa

Bacteria/Bacillus licheniformis/nucleotide sequences/Blicheniformis_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  M  S  H  E  E  H  N  H  E  E  L  N  D  Q  L  Q  V  R  R  D  K  M  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  L  R  E  N  G  K  D  P  F  G  Q  R  F  D  R  T  H  Q  S  T  D  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  S  Y  N  E  F  S  K  E  E  L  E  E  K  A  I  E  V  T  I  A  G  R  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 M  T  K  R  G  K  G  K  A  G  F  A  H  I  Q  D  L  K  G  Q  I  Q  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  R  K  D  S  V  G  E  E  Q  Y  E  W  F  K  S  S  D  L  G  D  I  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  T  G  V  M  F  K  T  N  V  G  E  L  S  V  K  A  T  S  F  D  L  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  A  L  R  P  L  P  D  K  Y  H  G  L  K  D  I  E  Q  R  Y  R  Q  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  D  L  I  V  N  P  E  S  K  N  T  F  I  T  R  S  K  I  I  Q  S  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  R  S  K  I  I  Q  S  M  R 
------------------------------------------CGAAGCAAAATCATTCAATCCATGAGAAGA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  Y  L  D  D  H  G  Y  L  E  V  E  T  P  T  M  H  A  I  P  G  G  A  S 
 R  Y  L  D  D  H  G  Y  L  E  V  E  T  P  T  M  H  -  -  -  -  -  -  - 
TACTTAGATGACCACGGATACTTAGAAGTTGAAACGCCTACGATGCACGCG---------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  R  P  F  I  T  H  H  N  A  L  D  M  P  L  Y  M  R  I  A  I  E  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  M  R  I  A  I  E  L  H 
---------------------------------------------ATGAGGATCGCTATCGAGCTCCATTTG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  K  R  L  I  V  G  G  L  E  K  V  Y  E  I  G  R  V  F  R  N  E  G  V 
 L  K  -  -  -  -  -  -  -  E  K  V  Y  E  I  G  R  V  F  R  N  -  -  - 
AAAAGG---------------------AAAGTCTATGAAATCGGACGTGTATTCCGAAATGAA---------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  T  R  H  N  P  E  F  T  M  I  E  L  Y  E  A  Y  A  D  Y  K  D  I  M 
 -  -  -  -  -  P  E  F  T  M  I  E  L  Y  E  A  -  -  -  Y  K  D  I  M 
---------------GAATTTACGATGATCGAACTTTACGAAGCTTAT---------AAGGATATTATGAGA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  L  T  E  N  L  I  A  H  I  A  Q  E  V  L  G  T  T  T  V  Q  Y  G  D 
 S  L  T  E  N  L  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTGACGGAAAATCTCATTGCTCAT------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  E  V  D  L  K  P  E  W  K  R  L  H  M  V  D  A  V  K  E  A  T  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  F  W  K  E  V  S  V  E  E  A  R  A  F  A  K  E  H  G  I  E  I  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  M  S  V  G  H  I  I  N  E  F  F  E  Q  K  V  E  E  T  L  I  Q  P  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  I  Y  G  H  P  V  E  I  S  P  L  A  K  K  N  P  E  D  P  R  F  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  F  E  L  F  I  V  G  R  E  H  A  N  A  F  T  E  L  N  D  P  I  D  Q 
 R  F  E  L  F  I  -  -  -  E  H  A  N  A  F  T  E  -  -  -  -  -  -  - 
TTTGAGCTGTTTATCGTG---------CACGCGAATGCATTTACTGAATTA---------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  E  R  F  E  A  Q  L  K  E  R  E  E  G  N  D  E  A  H  M  M  D  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 F  V  E  A  L  E  Y  G  M  P  P  T  G  G  L  G  I  G  I  D  R  L  I  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P  T  G  G  L  G  I  G  I  D  R  L  I  M 
---------------------------CCTACCGGCGGCCTTGGAATCGGCATCGACAGACTGATTATGCTT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500
 L  L  T  N  S  P  S  I  R  D  V  L  L  F  P  Q  M  R  H  R 
 L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTG---------------------------------------------------------

lys_bact_C_A_asiaticus

Class II

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_lys_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  Y  S  I  S  E  Q  E  L  L  R  R  Q  K  K  E  E  L  E  A  L  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  P  Y  P  S  A  T  F  A  S  N  T  S  T  Q  D  I  L  S  N  F  N  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  D  N  F  K  Q  I  S  I  A  G  R  I  M  G  R  R  I  M  G  A  A  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  E  L  Q  D  A  S  G  K  I  Q  L  Y  V  H  R  D  T  L  C  P  G  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  S  F  Y  N  T  V  F  K  K  L  L  D  I  G  D  L  I  G  I  E  G  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  T  T  Q  V  G  E  I  S  I  H  V  N  K  L  T  L  L  S  K  A  L  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  P  V  V  K  E  D  D  K  Q  V  Y  D  A  F  T  D  P  E  Q  R  Y  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  Y  V  D  L  L  V  T  P  T  T  R  S  I  F  Q  K  R  T  Q  M  I  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  R  T  Q  M  I  Q  A 
------------------------------------------------AAAAGGACTCAAATGATACAAGCC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  R  Q  Y  L  N  S  Q  G  Y  D  E  V  E  T  P  I  L  Q  P  L  Y  G  G 
 I  R  Q  Y  L  N  S  Q  G  Y  D  E  V  E  T  P  I  L  Q  -  -  -  -  - 
ATTCGTCAGTACTTAAACAGCCAAGGATATGATGAGGTAGAAACACCTATTTTGCAA---------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  S  A  R  P  F  K  T  H  H  N  T  L  D  M  S  L  Y  L  R  I  A  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  I  A  N  E 
---------------------------------------------------TATCTTCGTATTGCCAACGAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  Y  L  K  R  L  I  V  G  G  Y  E  G  V  Y  E  F  A  K  D  F  R  N  E 
 L  Y  L  K  -  -  -  -  -  -  -  E  G  V  Y  E  F  A  K  D  F  R  N  - 
CTATACTTAAAA---------------------GAGGGCGTATATGAATTTGCAAAAGATTTCAGAAAT---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  M  S  R  F  H  N  P  E  F  T  M  L  E  L  Y  V  A  Y  K  D  Y  K  W 
 -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  M  L  E  L  Y  V  A  -  -  -  Y  K  W 
---------------------CCAGAATTTACCATGCTGGAATTGTATGTGGCC---------TACAAATGG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  M  N  L  T  E  E  L  L  E  Q  V  A  L  H  L  Y  G  T  T  A  V  P  V 
 M  M  N  L  T  E  E  L  L  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGATGAATCTTACTGAAGAATTACTAGAA------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  T  H  T  I  D  F  K  R  P  W  K  R  F  T  M  F  E  A  I  Q  H  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  I  D  I  S  Q  M  E  E  L  E  L  R  K  A  A  A  T  L  S  V  P  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  S  A  G  K  A  K  I  I  D  E  I  F  G  A  K  C  E  P  N  L  I  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  F  I  T  D  Y  P  V  E  M  S  P  L  A  K  Q  H  R  D  N  P  T  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  R  F  E  V  I  C  N  G  K  E  I  C  N  A  F  S  E  L  N  D  P  I  E 
 -  R  F  E  V  I  C  -  -  -  E  I  C  N  A  F  S  E  L  N  D  P  I  E 
---CGGTTTGAAGTCATCTGT---------GAAATCTGTAATGCTTTTTCTGAGTTAAATGACCCTATCGAG

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  R  K  R  F  E  E  Q  L  Q  L  G  Q  R  G  D  E  E  A  M  M  L  D  E 
 Q  R  K  R  F  E  E  Q  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAACGTAAACGCTTTGAAGAACAACTTCAA------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  F  L  R  A  L  S  Y  G  M  P  P  T  A  G  L  G  I  G  I  D  R  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502
 M  I  M  T  N  A  P  S  I  Q  E  V  I  F  F  P  Q  M  R  P  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

lys_bact_D_radiodurans

Class II

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_lys_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  D  A  P  R  P  P  R  P  E  G  L  H  E  Q  T  I  A  R  L  N  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  A  Q  V  D  A  G  F  E  A  Y  P  Y  S  Y  P  Q  T  H  H  A  R  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  A  A  H  P  A  R  E  E  G  T  G  E  G  G  T  L  E  P  G  Q  K  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  E  S  Y  S  L  A  G  R  V  T  L  M  R  H  M  G  K  A  A  F  A  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  D  E  D  G  K  I  Q  L  F  F  S  K  Q  D  T  A  G  F  D  A  T  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  D  L  G  D  I  I  G  V  K  G  H  P  F  V  T  K  T  G  Q  L  T  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  T  E  W  Q  P  L  V  K  S  L  H  P  L  P  S  K  F  H  G  L  Q  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  L  R  A  R  R  R  Y  V  D  L  M  V  T  E  G  A  R  E  K  F  Q  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  R 
------------------------------------------------------------------GCCCGC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  R  M  I  R  Y  I  R  N  E  L  D  E  R  G  F  M  E  V  E  G  P  T  L 
 S  R  M  I  R  Y  I  R  N  E  L  D  E  R  G  F  M  E  V  E  G  P  T  L 
AGCCGCATGATTCGGTACATCCGCAACGAACTGGACGAACGCGGCTTCATGGAAGTGGAGGGGCCCACCCTT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  V  T  A  G  G  A  E  A  R  P  F  M  T  H  H  N  A  L  S  Y  D  F  K 
 Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
CAG------------------------------------------------------------------AAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  R  I  S  L  E  L  Y  L  K  R  L  L  V  G  G  F  E  R  V  Y  E  I  G 
 L  R  I  S  L  E  L  Y  L  K  -  -  -  -  -  -  -  E  R  V  Y  E  I  G 
TTGCGCATCAGCCTGGAACTGTACCTCAAG---------------------GAGCGGGTGTACGAGATCGGG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  V  Y  R  N  E  G  I  D  R  T  H  N  P  E  F  T  M  L  E  L  Y  W  A 
 R  V  Y  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  M  L  E  L  Y  W  A 
CGGGTCTACCGCAAC------------------------CCCGAATTCACCATGCTGGAACTGTACTGGGCC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  A  D  Y  S  D  I  A  K  L  V  E  D  L  L  S  G  L  A  K  E  V  H  G 
 -  -  -  Y  S  D  I  A  K  L  V  E  D  L  L  S  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TACAGCGACATCGCCAAGTTGGTCGAAGACCTGCTGAGC------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  Y  Q  F  E  Y  Q  G  K  T  L  D  F  T  P  P  F  A  R  V  D  Y  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  L  R  E  H  V  P  G  L  D  F  D  P  L  D  L  D  R  L  R  A  F  C  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  R  F  P  Q  W  K  G  V  P  S  Y  K  L  L  D  K  L  F  G  E  F  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  L  L  S  N  P  T  F  V  M  D  H  P  A  V  I  S  P  L  A  K  K  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  R  P  E  A  V  T  E  R  F  E  V  F  C  S  G  F  E  L  A  N  A  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  E  V  F  C  -  -  -  E  L  A  N  A  F  S 
------------------------CGTTTCGAGGTGTTCTGC---------GAACTGGCGAATGCGTTCTCC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  L  N  D  A  F  D  Q  R  E  R  F  E  A  Q  T  A  R  Q  A  A  G  D  D 
 E  L  N  D  A  F  D  Q  R  E  R  F  E  A  Q  T  A  -  -  -  -  -  -  - 
GAACTCAACGACGCCTTCGACCAGCGCGAACGCTTTGAGGCGCAGACTGCC---------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  A  H  P  Q  D  E  D  F  L  L  A  L  E  Y  G  M  P  P  A  G  G  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  G  I  D  R  L  A  M  L  L  T  D  S  D  S  I  R  D  V  L  L  F  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525
 L  R  P  E  G  G  E  A  E  E  A  D  D  T  A  Q  E  N  T  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

lys_bact_S_aureus

Class II

Bacteria/Staphylococcus aureus/amino acid sequences/Saureus_lys_aa

Bacteria/Staphylococcus aureus/nucleotide sequences/Saureus_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  E  E  M  N  D  Q  M  L  V  R  R  Q  K  L  Q  E  L  Y  D  L  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  P  F  G  S  K  F  D  R  S  G  L  S  S  D  L  K  E  E  W  D  Q  Y  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  E  E  L  V  E  K  E  A  D  S  H  V  A  I  A  G  R  L  M  T  K  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  G  K  A  G  F  A  H  V  Q  D  L  A  G  Q  I  Q  I  Y  V  R  K  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  G  D  D  E  F  D  L  W  K  N  A  D  L  G  D  I  V  G  V  E  G  V  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  K  T  N  T  G  E  L  S  V  K  A  K  K  F  T  L  L  T  K  S  L  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  P  D  K  F  H  G  L  Q  D  I  E  Q  R  Y  R  Q  R  Y  L  D  L  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  E  D  S  T  R  T  F  I  N  R  S  K  I  I  Q  E  M  R  N  Y  L  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  R  S  K  I  I  Q  E  M  R  N  Y  L  N  N 
---------------------------AATCGTAGTAAAATCATTCAAGAAATGCGTAATTATTTAAATAAT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  G  F  L  E  V  E  T  P  M  M  H  Q  I  A  G  G  A  A  A  R  P  F  V 
 K  G  F  L  E  V  E  T  P  M  M  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAAGGTTTCTTGGAAGTAGAAACACCTATGATGCAC------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  H  H  N  A  L  D  A  T  L  Y  M  R  I  A  I  E  L  H  L  K  R  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  M  R  I  A  I  E  L  H  L  K  -  -  - 
------------------------------TACATGCGTATTGCTATTGAGTTGCATTTAAAA---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  G  G  L  E  K  V  Y  E  I  G  R  V  F  R  N  E  G  V  S  T  R  H  N 
 -  -  -  -  E  K  V  Y  E  I  G  R  V  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GAAAAAGTATATGAAATTGGTAGAGTATTCCGTAAT------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  E  F  T  M  I  E  L  Y  E  A  Y  A  D  Y  H  D  I  M  D  L  T  E  S 
 P  E  F  T  M  I  E  L  Y  E  A  -  -  -  Y  H  D  I  M  D  L  T  E  S 
CCTGAATTCACAATGATTGAATTATATGAAGCA---------TATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  V  R  H  I  A  N  E  V  L  G  S  A  K  V  Q  Y  N  G  E  T  I  D  L 
 M  V  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGGTGAGA---------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  S  A  W  T  R  L  H  I  V  D  A  V  K  E  A  T  G  V  D  F  Y  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  S  D  E  E  A  K  A  L  A  K  E  H  G  I  E  I  K  D  T  M  K  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 H  I  L  N  E  F  F  E  Q  K  V  E  E  T  L  I  Q  P  T  F  I  Y  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 P  T  E  I  S  P  L  A  K  K  N  P  E  D  P  R  F  T  D  R  F  E  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  E  L  F 
---------------------------------------------------------CGTTTCGAATTGTTC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  V  G  R  E  H  A  N  A  F  T  E  L  N  D  P  I  D  Q  K  G  R  F  E 
 I  -  -  -  E  H  A  N  A  F  T  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATT---------GAGCATGCAAATGCATTTACTGAA------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  Q  L  A  E  K  A  Q  G  N  D  E  A  H  E  M  D  E  D  Y  I  E  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  Y  G  M  P  P  T  G  G  L  G  I  G  I  D  R  L  V  M  L  L  T  D  S 
 -  -  -  -  P  P  T  G  G  L  G  I  G  I  D  R  L  V  M  L  -  -  -  - 
------------CCTCCGACAGGTGGTCTTGGTATCGGTATTGACAGATTAGTTATGTTA------------

481482483484485486487488489490491492493494495
 P  S  I  R  D  V  L  L  F  P  Y  M  R  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

lys_euk_G_lamblia

Class II

Eukaryotes/Giardia lamblia/amino acid sequences/Glamblia_lys_aa

Eukaryotes/Giardia lamblia/nucleotide sequences/Glamblia_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  S  Q  K  R  H  L  D  E  V  T  G  E  Y  V  S  K  N  E  L  K  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  K  L  R  E  K  E  T  K  G  P  A  P  P  A  K  A  A  G  S  G  S  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  E  G  A  P  E  E  I  D  P  T  K  Y  F  E  N  R  K  N  E  L  L  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  K  S  G  R  L  N  P  W  P  H  K  F  V  V  E  M  T  L  A  E  F  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  Y  E  G  K  C  S  L  G  E  M  A  E  E  Q  V  S  V  A  G  R  I  H  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  R  T  S  G  A  K  L  V  F  Y  T  I  H  G  D  N  D  R  L  Q  I  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 H  V  P  K  E  D  S  R  V  K  L  E  F  D  W  D  T  I  V  S  T  L  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  D  I  V  G  V  K  G  Y  P  T  T  T  K  S  G  E  L  S  I  I  P  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  V  L  L  S  P  C  L  H  M  I  P  N  S  P  S  A  L  T  D  I  N  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  R  Q  R  Y  L  D  F  I  I  N  N  T  G  Q  K  I  V  Q  R  S  G  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  R  S  G  I  I 
------------------------------------------------------CAAAGGTCGGGCATAATT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  F  I  R  R  F  M  I  D  Q  R  N  Y  L  E  V  E  T  P  M  L  Q  T  V 
 N  F  I  R  R  .  M  I  D  Q  R  N  Y  L  E  V  E  T  P  M  L  Q  -  - 
AACTTTATCAGGCGT---ATGATTGATCAGAGGAATTACCTTGAAGTGGAGACTCCGATGCTGCAG------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  G  G  A  A  A  Q  P  F  V  C  K  S  N  D  L  G  H  D  V  Y  L  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  I 
------------------------------------------------------------TACTTGCGCATT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  P  E  L  F  L  K  R  L  V  V  G  G  L  N  R  V  F  E  I  N  K  N  F 
 A  P  E  L  F  L  K  -  -  -  -  -  -  -  N  R  V  F  E  I  N  K  N  F 
GCTCCCGAGCTGTTCCTCAAG---------------------AATAGGGTTTTTGAGATAAACAAGAACTTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  N  E  S  S  D  Q  T  H  S  P  E  F  T  M  M  E  A  Y  S  A  Y  D  D 
 R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  M  M  E  A  Y  S  A  -  -  - 
CGCAAC------------------------CCAGAGTTTACCATGATGGAAGCATATTCCGCG---------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  E  D  M  C  D  L  I  E  G  L  V  S  R  L  V  R  W  Y  N  I  T  Y  N 
 L  E  D  M  C  D  L  I  E  G  L  V  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTGGAAGATATGTGTGACCTCATTGAGGGCCTTGTTTCG---------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 H  V  R  L  P  D  E  K  K  H  Y  K  L  T  F  V  S  H  K  G  E  T  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  D  F  S  R  P  W  R  R  V  P  I  I  E  T  L  E  Q  L  L  S  I  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  R  P  L  D  G  E  E  C  N  G  F  L  V  S  L  L  E  R  L  D  L  E  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  P  P  L  T  T  A  R  M  L  D  K  L  V  E  R  Y  L  E  T  L  T  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  I  F  L  M  Y  H  P  V  L  M  S  P  L  A  K  P  H  R  S  I  P  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  E  R  F  E  V  F  I  S  C  F  E  V  S  N  A  Y  T  E  L  N  N  P  I 
 -  -  R  F  E  V  F  I  -  -  -  E  V  S  N  A  Y  T  E  L  N  N  P  I 
------CGCTTCGAGGTCTTCATC---------GAGGTCTCTAATGCCTATACAGAGCTGAATAATCCCATT

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  Q  R  E  N  F  Q  A  Q  I  R  D  K  A  A  G  D  M  D  A  M  E  Y  D 
 I  Q  R  E  N  F  Q  A  Q  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTCAGAGGGAGAATTTCCAGGCTCAAATACGA---------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  D  F  C  K  C  L  D  Y  G  L  P  P  T  G  G  I  G  I  G  I  D  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  M  L  L  T  N  S  S  T  I  R  E  V  I  A  F  P  L  M  G  R  L  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

lys_euk_C_subellipsoidea

Class II

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/amino acid sequences/Csubellipsoidea_lys_aa

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/nucleotide sequences/Csubellipsoidea_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  A  Q  D  L  R  S  A  G  K  E  P  Y  A  Y  T  Y  E  R  T  H  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  A  L  H  E  Q  F  R  D  L  P  D  G  E  M  A  D  L  Q  V  A  V  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  V  M  A  R  R  F  M  G  K  L  A  F  M  S  L  V  D  D  S  G  S  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  Y  L  D  K  A  V  L  D  A  A  E  E  D  T  F  K  S  L  K  G  L  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  G  D  I  I  G  A  R  G  G  M  K  R  T  E  K  G  E  L  S  L  V  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  V  Q  M  L  T  K  S  L  A  P  L  P  D  K  W  H  G  L  A  D  I  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  Y  R  Q  R  Y  V  D  L  I  V  T  E  G  V  K  G  T  L  R  A  R  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  R  A  R 
------------------------------------------------------------GCGCGTGCCCGC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 M  M  G  A  L  R  R  T  L  E  A  R  G  F  L  E  V  E  T  P  V  L  E  T 
 M  M  G  A  L  R  R  T  L  E  A  R  G  F  L  E  V  E  T  P  V  L  E  - 
ATGATGGGGGCGTTGAGGCGAACGCTGGAGGCGCGGGGATTCTTGGAAGTGGAGACGCCCGTCCTGGAA---

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  A  G  G  A  D  A  R  P  F  T  T  F  H  N  A  L  Q  Q  P  Y  V  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R 
---------------------------------------------------------------GTACTGCGC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  A  T  E  L  H  L  K  R  L  A  V  G  G  M  E  R  I  Y  E  I  G  R  V 
 I  A  T  E  L  H  L  K  -  -  -  -  -  -  -  E  R  I  Y  E  I  G  R  V 
ATCGCCACAGAGCTGCACCTGAAG---------------------GAGCGAATCTACGAGATCGGACGCGTG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  R  N  E  G  V  S  T  R  H  N  P  E  F  T  T  L  E  L  Y  Q  A  Y  A 
 F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  T  L  E  L  Y  Q  A  -  - 
TTCCGCAAC------------------------CCTGAGTTCACCACCCTCGAATTATACCAGGCG------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  Y  H  D  M  M  D  L  T  E  D  L  V  R  A  A  A  A  E  V  A  G  S  H 
 -  Y  H  D  M  M  D  L  T  E  D  L  V  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TACCACGACATGATGGATCTCACAGAGGATCTTGTCAGG------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  V  V  Y  Q  G  Q  S  L  D  F  G  P  A  F  R  R  A  S  M  H  D  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  E  I  T  G  L  D  F  A  A  F  G  N  L  E  D  G  R  S  A  T  L  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  E  T  N  P  A  S  S  L  T  I  K  A  V  K  G  A  S  S  L  G  V  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  E  V  F  E  A  E  V  E  Q  H  L  V  Q  P  T  F  V  I  D  H  P  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  S  P  L  A  K  P  H  R  A  K  P  G  L  V  E  R  F  E  L  F  I  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  E  L  F  I  -  - 
------------------------------------------------CGGTTCGAGCTGTTCATC------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  E  L  A  N  A  Y  S  E  L  T  D  P  V  D  Q  R  Q  R  L  E  A  Q  L 
 -  E  L  A  N  A  Y  S  E  L  T  D  P  V  D  Q  R  Q  R  L  E  A  Q  L 
---GAGCTGGCGAACGCATACAGCGAGCTGACGGACCCGGTGGACCAGAGGCAGCGGCTGGAGGCGCAGCTG

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  E  R  A  A  R  A  A  A  S  G  Q  P  R  G  V  V  L  D  E  D  F  I  R 
 T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACC---------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  L  E  Y  G  L  P  P  T  G  G  M  G  M  G  L  D  R  L  C  M  L  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499
 D  S  P  S  I  R  D  V  I  A  F  P  L  L  K  R  L  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

lys_euk_P_chromatophora

Class II

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_lys_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  E  L  R  E  T  R  L  E  K  A  Q  I  L  N  S  L  G  Q  G  P  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  R  F  E  P  T  H  H  N  S  I  L  Q  E  S  Q  Y  D  L  F  N  G  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  N  L  T  V  A  I  A  G  R  V  M  A  K  R  V  M  G  K  L  A  F  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  A  D  E  T  G  L  I  Q  L  Y  I  E  K  A  T  L  A  I  S  M  S  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  L  A  F  S  H  L  T  S  L  V  D  T  G  D  L  I  G  I  Y  G  T  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  T  E  R  G  E  L  S  V  R  V  K  K  W  H  M  L  T  K  S  L  H  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  D  K  W  H  G  L  A  D  V  E  K  R  Y  R  Q  R  Y  L  D  L  I  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  Q  T  R  E  T  L  R  R  R  A  Q  V  V  S  G  I  R  R  W  L  D  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  R  A  Q  V  V  S  G  I  R  R  W  L  D  E  R 
------------------------AGACGGGCACAGGTAGTTAGTGGTATAAGGCGTTGGCTTGACGAACGA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  F  L  E  I  E  T  P  V  L  H  V  E  A  G  G  A  E  A  R  P  F  I  T 
 E  F  L  E  I  E  T  P  V  L  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAATTTCTCGAAATTGAAACTCCTGTATTACAT---------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  H  N  T  L  D  L  P  L  Y  L  R  I  A  T  E  L  H  L  K  R  L  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  R  I  A  T  E  L  H  L  K  -  -  -  - 
---------------------------TATTTACGTATTGCTACAGAGCTACATTTAAAA------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  G  F  E  R  V  Y  E  L  G  R  I  F  R  N  E  G  V  S  S  R  H  N  P 
 -  -  -  E  R  V  Y  E  L  G  R  I  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  P 
---------GAACGAGTATATGAATTGGGTCGAATATTTCGTAAC------------------------CCT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  F  T  S  V  E  I  Y  Q  A  Y  A  D  Y  T  D  M  M  D  L  T  E  Q  L 
 E  F  T  S  V  E  I  Y  Q  A  -  -  -  Y  T  D  M  M  D  L  T  E  Q  L 
GAATTTACATCTGTAGAGATATACCAAGCT---------TATACAGATATGATGGATCTCACAGAACAGTTG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  D  T  I  A  N  Q  V  C  G  T  S  K  I  E  Y  Q  E  E  I  I  D  L  T 
 I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCGAT------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  P  W  R  R  A  T  M  H  E  L  V  K  E  A  T  G  L  D  F  T  L  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  Y  E  T  A  S  E  A  I  T  L  S  G  I  M  L  S  K  L  D  A  Q  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  G  H  L  L  N  Y  I  F  E  N  A  V  E  H  T  L  I  Q  P  T  F  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  Y  P  I  E  I  S  P  L  A  R  K  H  R  N  K  S  G  L  V  E  R  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  E 
---------------------------------------------------------------CGTTTTGAA

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  F  I  V  G  R  E  T  A  N  A  F  S  E  L  I  D  P  I  D  Q  R  E  R 
 L  F  I  -  -  -  E  T  A  N  A  F  S  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTTTTATA---------GAAACCGCGAACGCCTTTAGTGAA------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  E  A  Q  Q  L  R  R  Q  A  G  D  L  E  A  N  M  I  D  E  D  F  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  L  E  V  G  M  P  P  T  G  G  L  G  I  G  I  D  R  L  T  M  L  L  T 
 -  -  -  -  -  -  P  P  T  G  G  L  G  I  G  I  D  R  L  T  M  L  -  - 
------------------CCTCCTACTGGTGGCTTAGGCATAGGTATTGATAGATTGACGATGCTA------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 N  S  P  S  I  R  D  V  I  A  F  P  L  L  K  P  E  S  Q  T  Q  T  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519
 R  S  Q  L  G  T  P  T  L  D  N  G  Q  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

lys_euk_N_ceranae

Class II

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_lys_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  T  K  N  N  S  N  V  P  E  I  S  D  E  E  F  Y  K  N  R  L  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  T  E  Q  L  K  D  N  V  Q  V  Y  P  H  K  Y  E  V  N  Y  R  F  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  F  T  F  K  D  A  S  E  E  D  L  K  K  V  K  V  Q  S  A  G  R  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  F  R  I  H  A  R  Y  S  F  F  Q  V  M  S  E  D  F  T  I  Q  L  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  A  Q  V  L  E  N  K  D  I  I  S  N  I  K  R  G  D  I  V  G  F  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  L  G  R  T  K  T  K  E  F  S  V  F  I  K  E  L  S  I  L  T  P  C  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  T  I  P  T  D  Y  Y  G  L  K  D  P  E  I  I  Y  R  K  R  Y  L  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  I  N  K  E  S  K  N  R  F  I  Q  R  T  N  I  I  K  F  I  R  K  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  R  T  N  I  I  K  F  I  R  K  Y  L 
---------------------------------AAGTTCTTCAAGCATATGAAATCTAGCAAAAGGTCTAGC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  D  K  D  F  V  E  V  E  T  P  L  L  N  I  I  P  T  G  A  A  A  K  P 
 D  D  K  D  F  V  E  V  E  T  P  L  L  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAAATTGATTTCCACTGGTTTAACTTCCTTCTCTCGTTTATT------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  T  T  H  H  N  E  L  K  M  N  L  F  L  R  I  A  P  E  L  Y  L  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  R  I  A  P  E  L  Y  L  K  - 
------------------------------------CATGTTCATCATATCATTATAATCAGCATATGC---

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  V  I  G  G  M  D  R  V  Y  E  I  G  K  L  F  R  N  E  G  I  D  L  T 
 -  -  -  -  -  -  D  R  V  Y  E  I  G  K  L  F  R  N  -  -  -  -  -  - 
------------------AAATTCGGGATTATGAGTTAAATCAATACCTTCATT------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  N  P  E  F  T  A  C  E  F  Y  M  A  Y  A  D  Y  N  D  M  M  N  M  A 
 -  -  P  E  F  T  A  C  E  F  Y  M  A  -  -  -  Y  N  D  M  M  N  M  A 
------AACTCTATCCATTCCCCCAATAACTAACTTTTT---------CTCGGGGGCAATCCTAAGAAATAA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  E  M  L  N  G  M  C  K  Y  L  H  G  S  E  K  I  V  Y  A  P  N  K  R 
 E  E  M  L  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTCATTTTTAATTC---------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  K  E  V  K  P  V  E  I  N  F  A  R  P  F  A  R  F  H  M  L  E  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  K  V  V  G  I  K  L  D  G  L  N  I  N  S  D  E  T  L  D  L  L  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  C  D  K  Y  E  I  K  V  E  Q  P  K  T  L  T  R  V  L  D  K  L  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 H  F  I  E  P  K  C  I  N  P  S  F  I  I  G  Y  P  L  V  T  S  P  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  N  H  R  S  E  A  G  M  V  E  R  F  E  L  F  I  N  G  K  E  I  C  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  E  L  F  I  -  -  -  E  I  C  N 
---------------------------------TACAACAAGCTGTATGGT---------TGACATAACTTG

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  Y  T  E  L  N  N  P  I  E  Q  R  M  R  F  K  M  Q  A  Q  D  I  N  D 
 A  Y  T  E  L  N  N  P  I  E  Q  R  M  R  F  K  M  Q  A  Q  -  -  -  - 
GAAAAAAGAATACCTAGCATGAATTCTAAAATTTAAAATTCGCCCTGCTGACTGAACTTT------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  D  D  E  A  M  I  T  D  E  D  F  C  V  A  L  E  Y  G  L  P  P  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  F  G  M  G  I  D  R  L  T  M  F  M  T  D  A  A  N  I  K  D  V  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514
 F  P  A  M  K  P  E  S  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

lys_euk_C_parvum_Iowa_II

Class II

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/amino acid sequences/Cparvum_lys_aa

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/nucleotide sequences/Cparvum_lys_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  C  L  S  Y  I  L  A  A  L  V  E  T  I  I  R  L  L  F  F  F  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  V  R  M  S  T  E  M  N  N  Q  S  Q  I  S  D  T  L  D  S  V  H  Y  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  N  R  Y  K  M  M  E  C  I  K  D  A  G  R  P  F  Y  P  H  K  F  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  M  S  L  P  A  Y  A  L  K  Y  G  N  V  E  N  G  Y  I  D  K  D  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  S  L  S  G  R  V  T  S  I  R  S  S  S  S  K  L  I  F  Y  D  I  F  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  E  Q  K  V  Q  I  I  A  N  I  M  E  H  D  I  S  T  G  E  F  S  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 H  S  E  I  R  R  G  D  V  V  G  F  T  G  F  P  G  K  S  K  R  G  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  L  F  S  K  S  V  V  L  L  S  P  C  Y  H  M  L  P  T  A  I  S  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  D  Q  E  V  R  Y  R  Q  R  Y  L  D  L  M  L  N  E  E  S  R  K  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  L  R  S  R  A  I  K  Y  I  R  N  Y  F  D  R  L  G  F  L  E  V  E  T 
 -  L  R  S  R  A  I  K  Y  I  R  N  Y  F  D  R  L  G  F  L  E  V  E  T 
---CTAAGAAGCAGAGCTATTAAATATATTAGGAATTATTTTGATAGACTCGGGTTTTTAGAAGTAGAAACT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  M  L  N  M  I  Y  G  G  A  A  A  R  P  F  I  T  Y  H  N  E  L  E  T 
 P  M  L  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCTATGTTAAAT------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Q  L  Y  M  R  I  A  P  E  L  Y  L  K  Q  L  I  V  G  G  L  D  K  V  Y 
 -  -  Y  M  R  I  A  P  E  L  Y  L  K  -  -  -  -  -  -  -  D  K  V  Y 
------TATATGAGAATTGCTCCAGAGCTCTATTTAAAA---------------------GACAAAGTATAT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  I  G  K  N  F  R  N  E  G  I  D  L  T  H  N  P  E  F  T  A  M  E  F 
 E  I  G  K  N  F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  T  A  M  E  F 
GAAATAGGAAAAAACTTTAGGAAT------------------------CCTGAGTTCACAGCAATGGAGTTT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  M  A  Y  A  D  Y  Y  D  L  M  D  L  T  E  E  L  I  S  G  L  V  L  E 
 Y  M  A  -  -  -  Y  Y  D  L  M  D  L  T  E  E  L  I  S  -  -  -  -  - 
TACATGGCA---------TATTATGATTTAATGGATCTGACTGAGGAGTTAATAAGT---------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  H  G  S  L  K  I  P  Y  H  P  D  G  P  E  G  K  C  I  E  I  D  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  P  W  K  R  F  S  F  V  E  E  I  E  S  G  L  G  E  K  L  K  R  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  S  Q  E  N  I  D  F  M  V  E  M  C  E  K  H  E  I  E  L  P  H  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  A  A  K  L  L  D  K  L  A  G  H  F  V  E  T  K  C  T  N  P  S  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  D  H  P  Q  T  M  S  P  L  A  K  W  H  R  E  K  P  E  M  T  E  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F 
------------------------------------------------------------------AGATTC

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  L  F  V  L  G  K  E  L  C  N  A  Y  T  E  L  N  E  P  L  Q  Q  R  K 
 E  L  F  V  -  -  -  E  L  C  N  A  Y  T  E  L  N  E  P  L  Q  Q  R  K 
GAGCTTTTCGTT---------GAACTTTGTAATGCATATACTGAATTAAACGAACCTCTACAACAAAGAAAA

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 F  F  E  Q  Q  A  D  A  K  A  S  G  D  V  E  A  C  P  I  D  E  T  F  C 
 F  F  E  Q  Q  A  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTTTTGAACAGCAGGCTGAT---------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  A  L  E  H  G  L  P  P  T  G  G  W  G  L  G  I  D  R  L  I  M  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  D  K  N  N  I  K  E  V  I  L  F  P  A  M  R  N  V  K  Q  N  A  Q  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559
 S  N  Q  H  S  G  N 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

phe_arch_N_equitans

Class II

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_pheALPHA_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  V  L  R  P  K  E  Y  E  V  Y  K  K  L  I  N  G  Y  S  N  E  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  L  L  G  M  D  E  E  E  L  L  K  I  A  Y  N  L  Q  Q  K  G  L  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  K  E  E  K  D  T  Y  Y  V  L  T  E  K  G  K  K  S  Y  K  N  L  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  K  L  Y  S  L  L  E  L  H  G  E  L  P  L  D  Q  I  P  L  T  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  A  I  A  I  G  A  L  K  N  L  D  L  I  E  I  K  D  G  K  I  K  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  E  I  K  E  F  P  W  E  P  L  L  L  A  I  N  E  G  L  K  K  D  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  L  K  E  I  E  A  K  L  G  K  K  I  D  T  K  Y  L  D  Y  L  K  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  L  V  K  E  E  T  K  T  R  F  Y  I  E  V  I  P  K  D  V  V  E  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  K  I  D  T  E  V  L  Q  K  K  L  Y  K  E  K  P  I  A  P  Y  N  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  F  P  K  Y  Y  G  G  K  P  H  Y  Y  R  E  Y  L  N  W  V  R  K  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  Y  R  E  Y  L  N  W  V  R  K  K  M 
---------------------------------TGGGATTAATTCATATTCCATAGCATTTAGCTCTTTCCA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  N  L  G  W  K  E  L  N  A  M  E  Y  E  L  I  P  M  F  W  C  F  E  A 
 V  N  L  G  W  K  E  L  N  A  .  E  .  E  L  I  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCCGAGGTTTACCATTTTTTTCCTAACCCA---TAA---TTCTCTATA------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  F  T  P  Y  D  H  P  S  R  E  L  A  E  S  F  I  I  E  G  K  P  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  V  P  K  D  I  E  E  K  V  K  E  K  H  L  Q  Y  F  G  N  Y  L  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  A  H  L  T  I  L  R  S  Q  N  T  A  I  T  A  W  N  L  Y  N  L  R  D 
 -  -  -  -  -  I  L  R  S  Q  N  T  A  I  T  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------TTTCTTTAAATAATCTAAATATTTGGTATCGAT------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  L  N  N  E  K  G  K  Y  F  Y  I  G  S  V  W  R  P  D  T  I  D  K  T 
 -  -  -  -  -  -  G  K  Y  F  Y  I  G  S  V  W  R  P  -  -  -  -  -  - 
------------------GTCTTTCTTTAACCCTTCGTTTATTGCTAATAATAA------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 H  H  I  E  F  Q  Q  L  E  G  I  I  I  G  S  N  M  A  Q  L  K  T  E  I 
 -  -  I  E  F  Q  Q  L  E  G  I  I  I  -  -  -  -  -  Q  L  K  T  E  I 
------CTCTCTCTTTAGTTTTATTTTCCCATCTTTTAT---------------ATTCTTTAATGCCCCAAT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  K  I  L  K  A  L  G  F  E  K  I  K  L  F  P  A  F  F  P  F  T  E  P 
 E  K  I  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGCAATGGCTTTTTC---------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  V  E  V  Y  A  Y  H  S  K  L  G  W  V  E  V  A  G  A  G  M  L  R  K 
 S  V  E  V  Y  A  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  A  G  A  G  M  L  -  - 
ATATAATTTTCTTTCAGG------------------------TTTTTCCGTTAAAACATAGTATGT------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  I  L  D  S  F  G  I  K  H  K  I  G  A  F  G  I  G  I  N  R  L  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  K  I  G  A  F  G  I  G  I  N  R  L  A  M 
---------------------------TTGTTGCAAATTATATGCTATTTTTAGCAATTCTTCTTCATCCAT

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  A  L  G  I  D  D  I  R  D  L  Y  G  Q  D  I  D  K  I  R  E  W  P  I 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCC---------------------------------------------------------------------

481482483
 K  Y  F 
 -  -  - 
---------

phe_arch_P_aerophilum

Class II

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_pheALPHA_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  V  L  P  L  P  L  Y  E  I  I  R  H  A  P  E  W  K  P  L  E  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  R  E  L  G  S  S  V  D  S  L  M  R  Y  V  E  E  G  R  A  K  G  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  V  E  R  K  V  I  E  F  Y  E  L  T  E  E  G  R  Q  R  A  A  E  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  E  Y  K  L  L  K  S  A  V  C  R  E  G  R  C  T  A  H  L  S  Q  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  A  Q  I  A  L  A  N  L  A  K  L  G  V  K  P  R  G  N  V  V  E  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  E  T  Y  K  K  I  V  A  M  L  E  E  K  Q  K  A  L  A  A  P  H  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  P  E  V  L  K  E  F  I  K  R  K  L  V  R  K  I  E  K  T  Q  V  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  A  A  V  P  L  E  L  V  K  P  A  E  V  K  T  V  I  T  S  E  D  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  G  R  W  R  N  Y  T  L  K  P  F  D  L  N  I  E  P  P  E  Y  P  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  P  H  F  F  N  E  F  L  D  Y  V  R  E  V  M  I  G  L  G  F  E  E  V 
 -  -  -  F  F  N  E  F  L  D  Y  V  R  E  V  M  I  G  L  G  F  E  E  V 
---------GTAAAAAGTGTCGTGCACCTCCCTCGCGGGGTGGTCCTGCGCTTGGAACAACGCGTCAAAATT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  G  P  V  L  E  V  E  F  W  N  F  D  A  L  F  Q  A  Q  D  H  P  A  R 
 R  G  -  V  L  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCAAAA---CACCTCCAG------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  V  H  D  T  F  Y  V  Q  W  S  G  P  L  E  T  P  P  E  H  L  M  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  G  R  V  H  E  E  K  W  R  Y  K  W  D  R  K  K  A  L  N  P  V  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R 
---------------------------------------------------------------CTCAGCCGG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  Q  T  T  A  T  T  I  R  A  L  A  E  R  G  D  G  E  Y  K  V  F  T  I 
 T  Q  T  T  A  T  T  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  K  V  F  T  I 
CTTTACTAACTCCAAGGGGACTGC------------------------------TTTCCTGACGAGTTTTCT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  R  V  F  R  P  E  K  L  D  P  K  H  S  M  E  F  H  Q  L  D  G  I  V 
 G  R  V  F  R  P  -  -  -  -  -  -  -  -  M  E  F  H  Q  L  D  G  I  V 
CTTTATAAACTCTTTTAA------------------------CGCAGCGAGGGCTTTTTGTTTCTCCTCAAG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  G  P  G  L  T  F  K  H  L  L  G  Q  L  E  E  I  A  K  A  L  G  M  T 
 V  -  -  -  -  -  F  K  H  L  L  G  Q  L  E  E  I  A  K  -  -  -  -  - 
CAT---------------ATAAGTCTCTTCGTCTAGCTCCACGACGTTTCCCCTAGG---------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  V  K  F  R  P  A  Y  F  P  F  T  S  P  S  V  E  V  Y  A  Q  H  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  E  V  Y  A  -  -  -  - 
------------------------------------------GAGGTGAGCTGTGCACCT------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  G  W  V  E  F  G  G  A  G  I  F  R  P  E  V  T  E  P  L  G  V  K  K 
 -  -  -  -  E  F  G  G  A  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------CAATAGTTTATACTCCGGCAACCC------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  R  V  L  A  W  G  W  G  L  D  R  I  A  M  I  L  L  G  I  D  D  I  R 
 S  R  V  L  A  W  G  W  G  L  D  R  I  A  M  I  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTAGAATTCAATTACTTTCCGCTCCACGCGCAACACCCCCTTGGCCCG------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  L  F  T  K  D  L  E  K  L  K  E  Y  Y  A  R  W  A  R  Y  K  A  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489
 G  A  V  G  T  L  F  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

phe_arch_P_delaneyi

Class II

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_pheALPHA_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  K  K  I  A  V  S  E  S  E  Y  Q  F  L  K  Q  L  V  G  R  V  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  K  A  Y  T  T  E  E  L  A  K  L  L  G  I  P  R  S  R  V  E  P  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  L  L  A  D  K  G  L  L  E  I  E  E  Q  V  V  E  K  Y  V  V  T  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  K  Q  Y  L  E  E  G  F  P  E  E  K  L  V  K  L  L  H  K  N  G  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  P  V  D  E  A  R  R  L  L  G  R  E  F  G  I  A  M  A  N  A  S  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  W  V  R  V  E  A  G  K  V  K  L  L  V  E  P  T  V  E  A  E  E  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  L  R  L  L  S  E  G  R  R  L  S  P  D  E  V  K  L  L  R  R  R  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  A  P  E  K  E  K  I  T  I  V  R  F  G  K  S  P  E  E  F  L  E  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  V  E  V  G  A  L  T  R  Q  L  I  E  S  G  E  W  R  N  I  R  L  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  N  V  A  A  E  P  P  K  V  Y  P  G  R  L  H  F  F  R  Q  F  V  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  F  R  Q  F  V  E  Y 
------------------------------------------------TTTTTCCGCCAGTTCGTGGAGTAT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  R  D  V  M  K  E  L  G  F  V  E  I  E  E  P  P  V  E  L  E  F  W  N 
 L  R  D  V  M  K  E  L  G  F  V  E  I  E  E  P  P  V  E  -  -  -  -  - 
CTACGCGATGTCATGAAGGAGCTAGGGTTCGTAGAGATCGAAGAACCGCCGGTAGAG---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  D  V  L  F  Q  P  Q  Y  H  P  A  R  S  P  T  D  T  F  Y  L  R  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  E  G  V  L  P  A  D  L  A  V  S  V  R  K  A  H  E  E  G  I  A  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  G  W  G  Y  R  W  D  P  S  Q  A  A  R  L  I  L  R  S  H  T  T  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  L  R  S  H  T  T  A  V 
---------------------------------------------ATACTGCGCAGTCATACAACAGCTGTG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  A  R  V  L  A  S  K  P  R  P  P  F  R  F  F  S  L  G  R  V  Y  R  V 
 S  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  R  F  F  S  L  G  R  V  Y  R  V 
TCGGCG------------------------------TTCAGATTCTTTAGCCTCGGTAGAGTATACCGTGTA

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  T  I  D  P  R  H  L  P  E  F  H  Q  I  D  G  I  A  S  E  D  G  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  H  Q  I  D  G  I  A  S  -  -  -  -  - 
------------------------CCGGAGTTCCACCAGATAGATGGTATTGCGAGC---------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  R  W  L  I  G  M  L  S  E  F  L  E  R  L  G  F  R  E  Y  K  F  R  P 
 L  R  W  L  I  G  M  L  S  E  F  L  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCCGGTGGCTCATAGGGATGCTCTCAGAGTTCCTGGAG---------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  Y  F  P  F  T  E  P  S  I  E  G  Y  V  R  V  K  G  Q  W  L  E  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  S  I  E  G  Y  V  -  -  -  -  -  -  -  E  I  L 
------------------------TCCATAGAGGGCTATGTC---------------------GAGATACTT

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  A  G  M  F  R  P  E  M  L  A  A  L  G  I  D  Y  P  V  A  A  W  G  M 
 G  A  G  M  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  P  V  A  A  W  G  M 
GGCGCGGGCATGTTT---------------------------------TATCCGGTTGCAGCATGGGGTATG

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  I  E  R  L  A  M  A  L  Y  G  L  T  D  I  R  Q  L  Y  S  M  D  V  R 
 G  I  E  R  L  A  M  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCATAGAGAGGCTAGCCATGGCC------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497
 F  L  S  T  I  P  S  R  W  W  I  Y  A  G  A  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

phe_arch_P_horikoshii

Class II

Archaea/Pyrococcus horikoshii/amino acid sequences/Phorikoshii_pheALPHA_aa

Archaea/Pyrococcus horikoshii/nucleotide sequences/Phorikoshii_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  L  G  Y  N  E  K  L  V  L  L  K  L  A  E  L  K  N  A  T  V  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  I  E  K  T  N  L  D  Q  V  A  V  M  R  A  L  L  T  L  Q  S  Q  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  K  V  H  E  E  R  R  R  M  I  K  L  T  E  T  G  K  R  Y  I  E  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  P  E  I  R  A  L  K  I  L  K  E  K  G  K  V  T  L  N  D  L  K  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  S  D  E  E  L  K  A  I  V  G  V  L  R  K  E  G  W  A  E  V  S  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  E  G  L  T  L  K  L  S  E  K  G  K  K  A  E  K  R  A  I  D  I  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  V  L  S  K  G  E  V  S  V  E  E  I  E  K  I  I  S  V  K  E  L  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  K  I  A  E  E  E  E  K  V  I  R  N  V  E  I  T  D  K  G  L  E  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  K  G  I  E  L  K  R  E  V  S  I  L  T  P  E  L  I  V  T  G  K  W  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  V  E  F  K  P  F  N  I  K  A  P  V  K  K  I  Y  P  G  K  K  Q  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Y 
------------------------------------------------------------------ATCGAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  V  F  L  D  K  I  R  R  R  L  I  E  M  G  F  I  E  M  T  V  D  S  L 
 R  V  F  L  D  K  I  R  R  R  L  I  E  M  G  F  I  E  M  T  V  .  S  L 
AGTCATTTCAATGAATCCCATTTCTATTAGCCTTCTTCTTATTTTATCCAAGAAGACTCTATA---CTGCTT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  E  T  Q  F  W  N  F  D  A  L  F  Q  P  Q  N  H  P  A  R  E  W  T  D 
 I  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTCCC------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 T  Y  Q  L  K  Y  P  E  K  G  Y  L  P  D  E  N  L  V  S  K  V  K  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  E  R  G  L  A  G  S  R  G  W  G  Y  V  W  S  P  E  R  A  M  L  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M 
---------------------------------------------------------------------CTC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  R  A  H  A  T  A  L  S  A  R  E  L  A  K  G  I  E  I  P  G  K  Y  F 
 P  R  A  H  A  T  A  L  S  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  K  Y  F 
TTTAACTGAAATTATCTTTTCAATTTCTTC------------------------------TAAAGCTATATC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  I  Q  R  V  F  R  P  D  V  L  D  R  T  H  L  I  E  F  N  Q  I  D  G 
 T  I  Q  R  V  F  R  P  -  -  -  -  -  -  -  -  I  E  F  N  Q  I  D  G 
AATAGCTCTTTTTTCAGCTTTTTT------------------------AAGACCTTCTTTAGTTTTACTAAC

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  V  A  S  E  D  L  T  F  R  H  L  L  G  I  L  K  R  F  A  I  E  I  A 
 F  V  A  -  -  -  -  -  F  R  H  L  L  G  I  L  K  R  F  A  I  -  -  - 
TTCAGCCCA---------------TACTCCAACTATGGCCTTTAGCTCCTCATCACTTAAGAC---------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  A  K  K  V  K  F  F  P  D  Y  Y  P  F  T  E  P  S  V  Q  L  S  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  Q  L  S  A  - 
---------------------------------------------------TTCTGGAAGTCCGATTTC---

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 H  P  E  L  G  W  V  E  F  G  G  A  G  I  F  R  E  E  M  T  E  A  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  E  F  G  G  A  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------TAATTTTATCATCCTTCTCCTTTC---------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  K  V  P  V  I  A  W  G  I  G  I  D  R  L  A  M  F  K  L  G  V  D  D 
 -  -  V  P  V  I  A  W  G  I  G  I  D  R  L  A  M  F  -  -  -  -  -  - 
------TGTTAAAAGAGCCCTCATCACTGCTACTTGATCTAAATTTGTCTTTTC------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499
 I  R  Y  L  F  S  Y  D  L  K  W  L  R  E  S  K  L  I  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

phe_arch_P_occultum

Class II

Archaea/Pyrodictium occultum/amino acid sequences/Poccultum_pheALPHA_aa

Archaea/Pyrodictium occultum/nucleotide sequences/Poccultum_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  A  R  I  P  V  S  E  S  E  Y  R  L  L  E  R  L  V  G  R  V  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  K  P  Y  T  T  E  A  L  A  R  L  T  G  L  D  R  S  Q  V  E  A  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  L  L  A  E  K  G  L  L  Q  L  E  E  R  V  S  E  R  Y  R  L  T  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  E  R  Y  L  R  E  G  F  P  E  E  R  L  A  R  L  L  A  E  H  G  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 M  P  V  E  E  A  R  R  L  L  G  G  E  F  G  I  A  M  A  N  A  S  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  W  V  R  V  E  S  G  E  I  V  L  A  A  E  P  P  L  V  A  E  E  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  L  E  R  L  S  R  G  E  R  V  S  G  D  D  L  R  M  L  R  R  R  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  E  P  V  K  E  K  A  T  F  I  T  L  E  E  P  P  E  K  L  L  G  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  V  E  V  G  A  L  T  R  R  M  L  E  T  G  E  W  R  R  V  R  L  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  N  V  A  A  E  P  P  R  L  Y  P  G  R  L  H  F  F  R  Q  L  I  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  F  R  Q  L  I  E  H 
------------------------------------------------GTCATAGTTCCAGAACTCCAGCTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  R  D  V  M  K  E  L  G  F  V  E  V  E  E  P  P  V  E  L  E  F  W  N 
 I  R  D  V  M  K  E  L  G  F  V  E  V  E  E  P  P  V  E  -  -  -  -  - 
CACCGGCGGCTCCTCGACCTCCACGAAGCCGAGCTCCTTCATGACATCGCGTATATG---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  D  V  L  F  Q  P  Q  Y  H  P  A  R  S  P  T  D  T  F  Y  L  R  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  E  G  E  P  P  R  E  L  A  E  M  V  R  R  A  H  E  E  G  L  A  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  G  W  G  Y  R  W  D  P  S  R  A  A  R  L  I  L  R  S  H  T  T  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  L  R  S  H  T  T  A  V 
---------------------------------------------CGGCTCGACCAGCCTGCGGCGGCGGAG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  A  R  V  L  A  Q  R  P  R  P  P  F  R  F  F  S  I  G  R  V  Y  R  V 
 S  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  R  F  F  S  I  G  R  V  Y  R  V 
CATCCT------------------------------GCTAAGCCTCTCCAGGAGACGACGCTCCTCAGCAAC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  T  V  D  P  H  H  L  P  E  F  H  Q  V  D  G  I  A  S  E  D  G  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  H  Q  V  D  G  I  A  S  -  -  -  -  - 
------------------------TATCTCACCAGACTCGACGCGTACCCAACCCTT---------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  R  W  L  M  G  M  L  G  E  L  L  E  R  L  G  L  R  E  Y  R  F  R  P 
 L  R  W  L  M  G  M  L  G  E  L  L  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATAGCTATGCCGAACTCACCGCCCAGCAGCCTCCTGGC---------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  Y  F  P  F  T  E  P  S  L  E  G  Y  V  R  V  G  S  Q  W  L  E  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  S  L  E  G  Y  V  -  -  -  -  -  -  -  E  V  L 
------------------------CGGGAAGCCCTCGCGGAG---------------------TAGCCTATA

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  A  G  L  F  R  P  E  M  L  A  A  L  G  I  D  Y  P  V  A  A  W  G  M 
 G  A  G  L  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  P  V  A  A  W  G  M 
GCGCTCAGAGACACG---------------------------------GAGCCTTGCCAGAGCCTCCACCTG

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  I  E  R  L  A  M  A  L  Y  G  L  S  D  I  R  Q  L  Y  S  S  D  A  R 
 G  I  E  R  L  A  M  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCTGCGGTCGAGGCCGGTAAGCCT------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497
 F  L  S  T  I  P  S  R  W  R  L  Y  A  G  A  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

phe_bact_R_marinus

Class II

Archaea/Rhodothermus marinus/amino acid sequences/Rmarinus_pheALPHA_aa

Archaea/Rhodothermus marinus/nucleotide sequences/Rmarinus_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  E  E  L  E  A  L  R  H  A  I  E  T  T  P  I  D  S  E  E  A  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  F  R  I  R  F  L  G  Q  R  S  G  Q  I  T  H  L  F  K  R  I  R  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  P  E  E  R  P  R  I  G  Q  Q  L  N  A  L  K  R  L  A  E  Q  R  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  A  R  A  R  L  R  R  A  A  R  P  R  T  E  V  P  D  L  T  L  P  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  T  F  T  G  S  L  H  P  L  T  R  T  L  E  A  I  V  R  V  F  E  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  P  L  T  R  T  L  E  A  I  V  R  V  F  E  Q  L 
------------------------CAGGTAGAGCACCTGCTTCAGGTCACCCATCGACACGTTTCGATCCAC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  F  S  V  A  E  G  P  E  I  E  D  D  W  H  N  F  T  A  L  N  F  P  P 
 G  F  S  V  A  E  G  P  E  I  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTAGAGCCCTTCGACCTGGTGAAACAGGCAGAA---------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  H  P  A  R  D  M  Q  D  T  F  F  L  H  Q  G  A  S  H  Q  E  A  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
---------------------------------------------------------------------GCG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  R  T  H  T  S  P  V  Q  I  R  V  M  E  R  M  A  P  P  I  R  I  I  A 
 L  R  T  H  T  S  P  V  Q  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  I  I  A 
GAGCACGACGGCCTCCTGATGGGAAGCGCC---------------------------GTCGCGGGCCGGGTG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  G  R  V  Y  R  N  E  A  V  S  Y  K  S  F  C  L  F  H  Q  V  E  G  L 
 P  G  R  V  Y  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  C  L  F  H  Q  V  E  G  L 
GTCCGGCGGGAAGTTCAGCGC------------------------GATTTCCGGGCCTTCGGCCACCGAAAA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  V  D  R  N  V  S  M  G  D  L  K  Q  V  L  Y  L  F  A  R  A  L  F  G 
 Y  V  -  -  -  -  -  M  G  D  L  K  Q  V  L  Y  L  F  A  R  -  -  -  - 
GCCGAG---------------GACGATGGCTTCGAGTGTCCGGGTCAGCGGATGGAGCGA------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  D  V  R  M  R  F  R  P  S  F  F  P  F  T  E  P  S  A  E  V  D  I  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  A  E  V  D  I  - 
---------------------------------------------------CCGGCGCAGGCGGGCACG---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  P  L  P  D  H  P  E  G  G  Q  W  M  E  I  L  G  C  G  M  V  H  P  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  L  G  C  G  M  V  -  -  - 
---------------------------------------CAGTTGCTGGCCGATGCGGGGACG---------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  F  R  A  V  G  I  D  P  E  Q  Y  T  G  Y  A  F  G  M  G  V  E  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  T  G  Y  A  F  G  M  G  V  E  R  I 
---------------------------------GATCTGACCGCTGCGCTGTCCCAGAAAGCGAATGCGGAA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  M  L  R  Y  G  I  D  D  I  R  L  F  Y  E  N  D  L  R  F  L  E  Q  F 
 A  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCCTCGGC---------------------------------------------------------------

phe_arch_S_marinus

Class II

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_pheALPHA_aa

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  Q  D  S  D  D  K  Y  Y  L  P  N  R  Q  Y  R  I  V  E  V  L  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  G  S  L  S  V  E  E  L  A  R  A  L  D  E  K  P  E  N  I  M  R  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  E  L  E  A  K  G  L  L  R  V  I  R  K  I  K  Q  V  P  V  I  T  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  R  E  V  L  S  S  R  T  P  E  E  R  V  F  R  V  M  Y  R  C  V  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  V  E  D  F  L  E  C  V  S  S  E  A  G  I  E  K  Q  K  A  Q  I  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  H  L  V  R  N  K  C  L  S  V  M  S  G  V  V  V  V  G  D  E  Y  G  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 H  K  A  I  E  E  A  S  I  I  R  S  A  L  E  K  I  M  R  G  E  T  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  N  I  I  N  I  L  K  R  R  R  M  I  R  T  E  K  K  T  I  I  I  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  S  D  V  L  E  K  L  F  R  E  G  L  I  T  R  R  E  L  L  T  V  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  K  P  K  D  E  L  E  K  Y  V  I  K  E  F  D  L  T  V  P  P  P  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  G  G  R  L  N  A  Y  I  E  F  L  D  L  V  R  D  I  L  V  S  M  G  F 
 -  -  -  -  -  -  A  Y  I  E  F  L  D  L  V  R  D  I  L  V  S  M  G  F 
------------------TAATTCAACATGTGGGCCTTTAACTTCTTCAAAACCCATGGAGACCAGTATATC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  E  V  K  G  P  H  V  E  L  E  F  W  N  F  D  A  L  F  Q  A  Q  D  H 
 E  E  V  K  G  -  H  V  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACGGACAAGGTCGAG---CTCTATATA---------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  A  R  E  I  H  D  T  F  F  L  K  M  D  F  K  G  K  V  P  E  E  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  R  A  G  K  I  H  E  R  G  W  G  Y  K  W  D  P  I  R  A  L  R  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I 
---------------------------------------------------------------------CTT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  R  S  Q  T  T  A  V  S  V  R  A  I  Y  E  R  G  E  G  E  Y  R  V  F 
 L  R  S  Q  T  T  A  V  S  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  R  V  F 
CTCGGTTCTTATCATTCGTCTACGTTTTAG------------------------------GCCACGCATTAT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  L  D  R  V  F  R  P  E  T  L  D  A  K  H  A  M  E  F  Y  Q  L  D  G 
 S  L  D  R  V  F  R  P  -  -  -  -  -  -  -  -  M  E  F  Y  Q  L  D  G 
TTTTTCGAGAGCAGACCTTATGAT------------------------ACAACCATATTCATCGCCTACAAC

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  I  V  G  K  N  V  T  F  K  H  L  L  A  F  F  K  E  F  A  A  A  L  G 
 V  I  V  -  -  -  -  -  F  K  H  L  L  A  F  F  K  E  F  A  A  -  -  - 
AACGACTCC---------------ACATTTATTCCTGACTAGATGTTGGAAGCCTATTTGGGC---------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  R  E  V  W  F  K  P  G  Y  F  P  F  T  E  P  S  V  E  G  F  I  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  E  G  F  I  -  - 
------------------------------------------------CCTACCAACACATCTATA------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  H  L  G  W  I  E  V  F  P  G  G  V  F  R  P  E  V  M  E  I  L  G  A 
 -  -  -  -  -  -  E  V  F  P  G  G  V  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------CGGTGTTCTTGAACTAAGAACTTC------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  G  V  R  A  I  A  W  G  I  G  I  D  R  L  A  M  A  V  L  G  L  D  D 
 -  -  V  R  A  I  A  W  G  I  G  I  D  R  L  A  M  A  -  -  -  -  -  - 
------TTTACGGATTACTCTAAGTAACCCTTTAGCTTCGAGCTCAGCTAGATC------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  R  D  L  F  S  K  D  L  D  F  L  Q  K  L  P  T  P  I  L  P  Y  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519
 S  K  T  Q  G  S  D  V  R  V  V  S  V  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

phe_arch_T_volcanium

Class II

Archaea/Thermoplasma volcanium/amino acid sequences/Tvolcanium_pheALPHA_aa

Archaea/Thermoplasma volcanium/nucleotide sequences/Tvolcanium_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  E  I  S  K  N  E  A  L  I  L  K  Y  L  A  S  K  N  Q  E  I  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  N  I  E  I  K  G  L  S  R  Q  D  I  A  S  A  T  S  W  L  Q  V  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  I  D  V  K  T  R  E  E  V  A  Y  V  L  T  D  E  G  K  R  Y  A  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  L  P  E  L  R  A  Y  S  I  L  K  R  K  G  K  L  S  L  R  D  L  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  M  P  D  E  Y  K  I  V  L  A  Q  L  A  K  F  G  I  T  P  K  N  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  E  Y  S  D  G  H  I  E  A  E  I  S  R  R  Q  R  F  L  S  D  L  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  D  Q  E  M  I  E  H  F  K  R  R  K  N  V  I  E  E  K  K  R  S  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  V  S  I  N  S  K  G  L  E  Q  L  N  N  F  D  Q  F  E  A  I  G  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  S  G  I  I  T  S  Q  A  W  K  T  A  P  F  R  K  Y  D  L  D  A  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  P  T  K  S  Y  A  K  H  P  L  V  Y  F  I  N  E  I  R  R  I  F  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  L  V  Y  F  I  N  E  I  R  R  I  F  L  D 
---------------------------CCGTTAGTATACTTTATCAATGAGATAAGGCGGATATTCTTAGAT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 M  G  F  T  E  M  S  G  H  Y  I  E  S  A  L  W  D  M  D  A  L  F  I  P 
 M  G  F  T  E  M  S  G  H  Y  I  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGGGTTTTACCGAGATGAGTGGACATTATATAGAA------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Q  D  H  P  A  R  D  M  Q  D  T  F  Y  V  K  D  S  N  F  T  I  E  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  I  E  K  R  I  K  R  I  H  E  R  G  F  D  G  Y  S  G  W  G  Y  R  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  S  D  D  G  K  K  L  I  L  R  T  H  T  T  V  T  T  A  R  Y  L  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  I  L  R  T  H  T  T  V  T  T  A  -  -  -  -  - 
------------------------ATACTCAGGACGCATACAACGGTAACTACTGCC---------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  N  T  Y  P  Q  A  I  F  S  V  E  K  V  F  R  H  E  S  V  D  W  K  H 
 -  -  -  -  -  Q  A  I  F  S  V  E  K  V  F  R  H  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CAGGCGATATTTTCAGTGGAAAAAGTATTCAGGCAC---------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  A  E  F  Y  Q  I  E  G  A  V  Y  D  K  N  V  S  V  A  T  L  K  W  I 
 -  A  E  F  Y  Q  I  E  G  A  V  Y  -  -  -  -  -  V  A  T  L  K  W  I 
---GCAGAATTTTACCAGATAGAAGGCGCAGTATAT---------------GTTGCGACGCTTAAATGGATA

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  R  T  F  Y  G  K  L  G  F  E  K  I  R  L  V  P  S  Y  Y  P  Y  T  E 
 L  R  T  F  Y  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCCGCACGTTCTATGGT------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  S  L  D  V  V  V  E  V  D  G  K  E  M  E  L  G  G  S  G  I  F  R  P 
 -  S  L  D  V  V  V  -  -  -  -  -  -  -  E  L  G  G  S  G  I  F  -  - 
---AGCCTGGACGTGGTTGTG---------------------GAACTCGGTGGTTCAGGTATATTT------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  V  G  K  I  L  G  L  K  A  P  V  M  A  W  G  M  G  L  E  R  L  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  P  V  M  A  W  G  M  G  L  E  R  L  A  M 
---------------------------GCCCCTGTTATGGCTTGGGGGATGGGCTTGGAACGTTTAGCTATG

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  Y  Y  G  L  T  D  V  R  D  L  Y  N  T  D  F  S  F  L  E  G  Y  K  I 
 L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTC---------------------------------------------------------------------

481482
 K  Y 
 -  - 
------

phe_arch_A_fulgidus

Class II

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/amino acid sequences/pheALPHA_Arc_A_fulgidus

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/nucleotide sequences/Afulgidus_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  S  K  I  E  L  M  L  L  R  S  L  E  T  G  K  T  Y  T  P  E  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  E  L  S  G  L  S  K  D  A  V  L  K  A  A  Y  M  L  Q  E  R  G  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  V  I  E  N  V  R  T  H  Y  S  L  T  E  E  G  E  R  Y  L  K  E  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  E  E  K  L  Y  S  L  V  K  S  G  V  N  S  M  D  E  L  R  K  R  M  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  E  F  Q  I  A  L  G  W  L  R  R  K  G  A  V  E  V  E  G  D  K  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  K  R  E  P  S  F  D  E  R  A  A  L  Q  A  I  K  E  G  R  G  V  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  T  L  K  T  L  M  K  R  K  L  V  T  K  S  E  T  K  Q  V  Y  I  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  K  K  P  E  I  E  L  E  D  I  I  T  D  L  T  P  E  M  L  L  E  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 W  R  G  K  R  F  L  K  Y  D  I  T  I  P  A  K  E  I  Y  G  G  K  I  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  Y  E  R  I  I  E  E  C  R  K  V  F  L  E  M  G  F  T  E  I  K  G  H 
 P  Y  E  R  I  I  E  E  C  R  K  V  F  L  E  M  G  F  T  E  I  K  G  H 
CCGTATGAGAGAATAATCGAGGAGTGCAGAAAGGTGTTCCTCGAAATGGGCTTTACTGAGATAAAGGGTCAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  V  Q  P  A  F  W  N  F  D  A  L  F  Q  P  Q  D  H  P  A  R  D  M  Q 
 Y  V  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACGTCCAG---------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  T  F  Y  L  D  R  Y  I  D  L  E  G  E  I  V  E  R  V  K  A  T  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  G  W  I  T  G  S  T  G  W  G  G  E  W  S  L  E  K  A  R  Q  L  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L 
------------------------------------------------------------------GTTCTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  T  H  T  T  A  I  T  I  H  Y  L  A  E  N  P  E  P  P  Q  K  A  F  C 
 R  T  H  T  T  A  I  T  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  K  A  F  C 
AGAACCCACACAACAGCAATAACCATA------------------------------CAAAAGGCCTTCTGC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  D  R  V  Y  R  R  E  T  I  D  A  T  H  L  P  E  F  D  Q  L  E  G  V 
 I  D  R  V  Y  R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  D  Q  L  E  G  V 
ATCGACAGGGTTTACAGAAGG------------------------CCAGAGTTCGACCAGCTCGAAGGAGTT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  L  D  R  D  V  G  F  K  H  L  L  G  L  L  K  E  F  F  T  K  M  G  F 
 V  L  -  -  -  -  -  F  K  H  L  L  G  L  L  K  E  F  F  T  -  -  -  - 
GTCCTC---------------TTCAAGCACCTTCTCGGCTTACTTAAGGAGTTCTTCACG------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  D  V  R  F  R  P  G  Y  F  P  Y  T  E  P  S  V  E  P  E  V  Y  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  E  P  E  V  -  -  - 
---------------------------------------------AGCGTTGAGCCTGAGGTT---------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  L  G  W  V  E  L  G  G  A  G  V  F  R  K  E  V  T  E  P  L  G  I  R 
 -  -  -  -  -  E  L  G  G  A  G  V  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GAGCTTGGTGGGGCAGGAGTTTTC---------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  K  V  L  A  W  G  L  G  I  G  R  L  A  M  L  K  I  G  L  K  D  L  R 
 G  K  V  L  A  W  G  L  G  I  G  R  L  A  M  L  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCAAGGTTCTAGCATGGGGACTTGGTATAGGAAGGCTTGCAATGCTC------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474
 R  L  Y  L  P  D  L  G  W  L  R  S  M  P  V  A  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

phe_arch_Halobacterium

Class II

Archaea/Halobacterium sp./amino acid sequences/Halobacterium_pheALPHA_aa

Archaea/Halobacterium sp./nucleotide sequences/Halobacterium_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  L  P  A  Q  Q  A  A  V  L  E  A  A  S  A  D  E  P  R  R  I  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  A  A  D  L  G  E  P  P  E  T  V  T  G  A  A  F  E  L  A  D  A  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  D  V  T  E  E  T  A  D  E  V  E  L  T  D  E  G  R  E  Y  A  D  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  P  E  V  R  L  Y  E  A  A  L  D  A  G  A  D  D  E  P  V  Q  M  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  I  G  A  S  G  L  E  G  P  Q  V  D  I  A  L  S  N  Y  A  R  K  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  A  I  E  S  G  A  L  A  A  D  P  S  A  D  P  E  D  D  A  E  A  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  R  A  L  A  D  D  E  S  V  P  G  D  A  P  L  D  Q  L  E  R  R  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  V  R  R  E  R  T  V  R  S  V  Q  L  T  E  A  G  V  T  E  L  M  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  E  A  S  D  A  V  G  Q  L  T  P  E  L  L  A  S  G  D  W  R  D  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  A  D  Y  N  V  E  A  D  A  A  E  H  T  P  G  K  V  H  V  L  R  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R  Q  A 
---------------------------------------------------------GTGCTCCGGCAGGCA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  E  R  V  E  E  V  L  V  G  M  G  F  Q  E  M  E  G  P  H  V  D  A  D 
 A  E  R  V  E  E  V  L  V  G  M  G  F  Q  E  M  E  G  P  H  V  D  -  - 
GCCGAGCGCGTCGAGGAAGTGCTGGTCGGGATGGGGTTCCAGGAGATGGAAGGGCCGCACGTCGAC------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  Y  I  N  D  C  L  F  M  P  Q  D  H  P  A  R  N  H  W  D  R  F  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  N  P  E  K  I  E  D  L  P  A  D  L  V  D  R  V  E  R  A  H  R  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  G  P  D  G  D  G  Y  H  S  P  W  D  E  D  F  A  R  A  L  A  L  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  R  G 
------------------------------------------------------------GCGCTCCGCGGG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  T  T  S  L  T  A  R  Y  L  S  G  V  A  G  E  D  I  E  P  P  Q  R  Y 
 H  T  T  S  L  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  R  Y 
CACACGACGAGCCTCACCGCT------------------------------------------CAGCGCTAC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  S  V  E  K  A  Y  R  N  D  T  L  D  A  T  H  L  L  E  F  F  Q  I  E 
 F  S  V  E  K  A  Y  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  L  E  F  F  Q  I  E 
TTCAGCGTCGAGAAGGCCTACCGGAAC------------------------CTGGAGTTCTTCCAGATCGAG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  W  V  M  A  E  D  L  S  V  R  D  L  M  G  T  F  R  E  F  Y  S  Q  F 
 G  W  V  M  -  -  -  -  -  V  R  D  L  M  G  T  F  R  E  F  Y  S  -  - 
GGCTGGGTGATG---------------GTTCGGGACCTGATGGGGACGTTCCGGGAGTTCTACAGC------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  I  T  D  L  E  F  K  P  T  Y  N  P  Y  T  E  P  S  F  E  L  F  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  F  E  L  F  G  - 
---------------------------------------------------AGCTTCGAACTGTTCGGC---

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 H  P  E  T  G  E  L  I  E  I  G  N  S  G  I  F  R  P  E  M  L  E  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  G  N  S  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------GAGATCGGGAACTCCGGCATCTTC------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  V  E  A  D  V  M  A  W  G  L  A  L  E  R  L  L  M  L  V  T  G  F  E 
 -  -  -  A  D  V  M  A  W  G  L  A  L  E  R  L  L  M  L  -  -  -  -  - 
---------GCCGACGTGATGGCGTGGGGGCTCGCCCTCGAGCGACTACTGATGCTT---------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502
 D  I  R  D  V  H  G  T  L  C  D  L  E  F  L  R  D  A  E  V  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

phe_arch_M_acetivorans

Class II

Archaea/Methanosarcina acetivorans/amino acid sequences/Methanosarcina_acetivorans_pheALPHA_aa

Archaea/Methanosarcina acetivorans/nucleotide sequences/Methanosarcina_acetivorans_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  A  Q  D  N  L  T  I  N  E  K  K  V  L  L  A  L  E  E  L  G  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  P  D  K  L  E  E  K  S  G  L  Q  V  D  A  A  M  Q  A  A  F  M  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  K  G  L  A  S  V  S  E  K  V  L  E  R  Y  S  L  T  K  E  G  E  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  K  T  G  L  P  E  R  Q  I  I  D  A  L  K  A  P  A  P  L  E  E  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  R  F  S  P  K  T  V  G  I  A  T  G  W  L  I  K  K  G  W  A  K  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  G  V  M  V  P  S  G  N  A  P  A  G  R  D  E  E  V  L  A  A  F  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  A  K  T  L  E  E  L  A  A  D  E  G  T  V  K  E  L  L  K  R  K  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  K  H  E  E  K  S  R  T  V  S  V  T  G  A  G  S  A  L  A  A  E  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  L  E  E  E  I  A  Q  L  T  P  E  L  L  K  S  G  A  W  K  G  K  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  P  Y  R  L  D  I  A  P  N  P  L  Y  G  V  K  I  H  P  Y  R  R  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  Y  R  R  L  I 
------------------------------------------------------TATGCCGCCTTTGATTTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  Q  M  R  Q  I  F  L  E  M  G  F  T  E  I  K  G  G  I  I  Q  S  S  F 
 E  Q  M  R  Q  I  F  L  E  M  G  F  T  E  I  K  G  G  I  I  Q  -  -  - 
CGTGAAGCCCATTTCCAGGAAGATCTGGCGCATCTGTTCAATCAAACGCCTGTAAGGGTGGAT---------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  N  F  D  A  L  F  Q  P  Q  D  H  P  A  R  D  M  Q  D  T  F  H  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  I  C  Q  L  P  A  E  Y  S  D  K  V  A  A  M  H  E  S  G  G  D  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  C  G  W  G  G  I  W  D  R  E  L  A  R  R  N  V  L  R  T  H  T  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R  T  H  T  T  S 
------------------------------------------------GCGCTTGAGCAGTTCCTTTACAGT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  T  I  K  Y  L  A  D  N  P  E  P  P  V  K  A  F  C  I  D  R  A  Y  R 
 V  T  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  K  A  F  C  I  D  R  A  Y  R 
TCCTTCGTC------------------------------GCCTGCGAAAGCCGCAAGAACTTCTTCGTCCCT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  E  T  I  D  P  T  H  T  P  E  F  E  Q  L  E  G  V  V  M  D  K  D  M 
 R  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  E  Q  L  E  G  V  V  M  -  -  -  - 
GCC------------------------CATAACTCCGTTTTCAACCTTTGCCCACCCTTT------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  F  A  D  L  L  G  L  L  A  E  F  Y  H  R  M  G  F  E  E  V  R  F  R 
 -  F  A  D  L  L  G  L  L  A  E  F  Y  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GGTTGCGATCCCCACGGTCTTGGGGGAAAAGCGGCTCCT------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  G  Y  F  P  Y  T  E  P  S  V  E  P  E  V  Y  V  D  G  L  G  W  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  E  P  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  E 
---------------------------TCCGGTTTTCGTATATTC------------------------ACG

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  G  G  A  G  V  F  R  K  E  V  T  E  P  F  G  I  K  E  P  V  L  A  W 
 L  G  G  A  G  V  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  P  V  L  A  W 
TTCGAGCACTTTTTCAGATAC---------------------------------TGCCTGCATTGCCGCATC

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  L  G  V  S  R  L  A  M  L  K  L  G  L  K  D  L  R  L  L  Y  Q  S  D 
 G  L  G  V  S  R  L  A  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACCTGCAGCCCGGACTTCTCTTCCAGTTT------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492
 I  D  W  L  R  K  S  E  V  C  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

phe_arch_M_hungatei

Class II

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_pheALPHA_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  L  T  L  N  E  K  R  L  L  L  E  L  V  K  T  E  T  T  T  P  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 M  G  T  I  L  D  R  P  A  D  S  V  I  Q  Y  G  G  L  L  S  Q  K  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  Q  V  D  R  A  V  T  T  T  L  T  L  T  E  E  G  T  Q  Y  L  K  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  P  E  R  Q  L  Y  D  S  F  S  E  S  A  S  I  A  D  L  N  T  H  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  K  I  G  L  G  W  M  K  R  L  G  W  V  K  I  E  A  G  N  V  I  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  D  P  A  P  S  P  I  E  L  A  L  K  N  P  D  A  A  P  A  D  I  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  L  L  K  R  G  L  V  T  E  E  E  S  V  R  Y  T  I  T  I  T  D  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  K  L  A  A  A  G  I  T  L  T  Q  E  T  G  T  L  T  A  D  Q  I  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  A  W  K  D  L  S  L  R  R  Y  D  I  T  K  H  P  R  P  V  W  P  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  H  P  Y  Q  R  M  I  D  E  M  R  R  I  L  L  D  M  G  F  T  E  L  H 
 -  -  -  Y  Q  R  M  I  D  E  M  R  R  I  L  L  D  M  G  F  T  E  L  H 
---------ATGATCCTGTGGCTGGAAAAGGGCATCAAAATTCCAGAAAGCTCCCTGAATGATGCTGCCATG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  S  I  I  Q  G  A  F  W  N  F  D  A  L  F  Q  P  Q  D  H  P  A  R  E 
 G  S  I  I  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAGTTCGGTAAAACC---------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 M  Q  D  T  F  H  L  A  G  K  Q  E  L  P  V  G  W  E  K  V  R  D  M  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  S  G  G  E  T  S  S  T  G  W  G  G  K  W  D  P  E  K  A  K  A  T  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
---------------------------------------------------------------------TCC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  R  T  H  T  T  S  L  S  I  Q  H  L  A  A  H  P  E  P  P  V  K  A  F 
 L  R  T  H  T  T  S  L  S  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  K  A  F 
CTCATCGGTGATAGTGATCGTATACCGGAC------------------------------GAGAAGATCCTT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 C  I  G  R  V  Y  R  R  E  A  I  D  P  T  H  L  P  E  F  E  Q  L  E  G 
 C  I  G  R  V  Y  R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  E  Q  L  E  G 
CTTGATGTCAGCTGGAGCAGCATC------------------------CGGAGACGGAGCAGGATCACCGGT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  V  M  D  T  H  V  N  F  R  N  L  L  G  Y  L  K  E  F  Y  G  R  M  G 
 I  V  M  -  -  -  -  -  F  R  N  L  L  G  Y  L  K  E  F  Y  G  -  -  - 
CTTGATGAC---------------TTTCACCCAGCCAAGCCGTTTCATCCAGCCAAGACCGAT---------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  E  S  V  R  F  R  P  G  Y  F  P  Y  T  E  P  S  V  E  P  E  V  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  E  P  E  V  -  - 
------------------------------------------------ATAGAGCTGCCGTTCAGG------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  G  L  G  W  V  E  L  G  G  A  G  I  F  R  E  E  V  T  A  P  W  G  I 
 -  -  -  -  -  -  E  L  G  G  A  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------TCCTTCCTCGGTCAGAGTAAGTGT------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  C  P  V  L  A  W  G  L  G  V  S  R  V  A  M  L  R  M  G  L  T  D  L 
 -  C  P  V  L  A  W  G  L  G  V  S  R  V  A  M  L  -  -  -  -  -  -  - 
---TTTCTGGGACAAGAGTCCTCCATATTGAATGACTGAATCAGCAGGCCG---------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478
 R  E  L  Y  Q  S  D  I  D  W  V  R  N  V  P  V  V  Q  G  G  R  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

phe_arch_M_aeolicus_Nankai

Class II

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/amino acid sequences/MaeolicusNankai_pheALPHA_aa

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/nucleotide sequences/MaeolicusNankai_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  D  F  K  L  H  N  D  E  K  K  L  L  K  I  F  Q  E  A  Y  D  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  I  T  K  L  S  V  E  G  L  A  K  N  E  L  M  G  S  E  T  K  V  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  A  L  W  L  S  A  E  D  K  K  L  V  N  I  I  E  N  K  S  K  I  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  T  E  E  G  K  K  V  V  E  K  G  L  P  E  R  Q  V  A  N  Y  M  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 N  D  L  K  N  I  P  I  K  E  L  G  N  I  L  D  K  S  E  V  N  P  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  N  L  K  K  K  K  I  A  K  I  E  K  G  N  I  I  I  E  N  L  Q  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  K  E  E  N  T  L  N  K  I  K  I  N  E  E  N  K  N  S  D  L  N  N  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  D  E  E  K  K  L  I  N  N  L  Q  K  R  G  F  I  A  I  E  E  E  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  A  I  E  L  T  E  K  G  I  E  F  I  K  N  N  I  I  E  I  K  E  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  Q  L  T  R  E  H  I  V  S  G  K  W  K  D  C  H  I  R  P  Y  D  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  P  S  E  E  V  Y  P  A  K  L  H  P  M  T  R  I  I  N  D  V  K  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  M  T  R  I  I  N  D  V  K  E  V 
------------------------------------TTTAACATCATTTATAATTCGTGTCATAGGGTGTAA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  I  G  M  G  F  K  E  V  K  N  P  I  V  E  T  E  F  W  N  F  D  V  L 
 L  I  G  M  G  F  K  E  V  K  N  P  I  V  E  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTAGCAGGATATACTTCCTCTGATGGTATTTTTGCATCATATGG---------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  E  P  Q  D  H  P  A  R  D  M  Q  D  T  F  F  L  R  Y  P  N  K  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  P  E  M  V  K  D  I  K  S  I  H  E  K  G  M  V  G  D  K  K  I  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  W  R  Y  E  F  D  E  E  I  S  K  K  T  V  L  R  T  H  T  T  V  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R  T  H  T  T  V  S  S 
------------------------------------------ATCGCTGTTTTTGTTTTCTTCATTTATTTT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  K  Y  L  A  S  L  T  D  E  E  K  E  K  P  H  K  I  F  S  I  D  R  V 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  K  I  F  S  I  D  R  V 
TAT------------------------------------------TTCAATTATTATATTTCCTTTTTCTAT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  R  N  E  A  I  D  Y  S  H  L  P  E  F  Y  Q  C  E  G  I  I  L  A  E 
 F  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  Y  Q  C  E  G  I  I  L  -  - 
TTTAGCTAT------------------------TGCAGGATTTACTTCTGATTTGTCTAAAATATT------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  V  H  F  D  N  L  I  G  L  L  K  E  F  L  N  R  L  G  F  E  Q  V  R 
 -  -  -  F  D  N  L  I  G  L  L  K  E  F  L  N  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TGGGATATTTTTTAAATCATTTTCAATCATATAATTTGC------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  R  P  A  Y  F  P  F  T  E  P  S  L  E  A  E  V  F  V  E  G  R  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  L  E  A  E  V  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------GGCAATTTTTGATTTATT---------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  E  L  L  G  A  G  V  F  R  P  E  V  V  E  P  L  G  I  N  K  P  V  L 
 -  E  L  L  G  A  G  V  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  P  V  L 
---ATCTTCCGCAGATAACCAAAGAGC---------------------------------CTCATTTTTTGC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  W  G  I  G  L  S  R  L  A  M  L  R  W  G  L  T  D  I  R  E  L  H  K 
 A  W  G  I  G  L  S  R  L  A  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAATCCCTCAACAGATAATTTTGTAATATTTTTATT------------------------------------

505506507508509510511512513
 N  E  L  N  W  L  K  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

phe_arch_M_jannaschii

Class II

Archaea/Methanococcus jannaschii/amino acid sequences/Mjannaschii_pheALPHA_aa

Archaea/Methanococcus jannaschii/nucleotide sequences/Mjannaschii_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  L  H  I  D  E  K  R  L  L  K  I  F  Q  D  N  N  R  D  E  F  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  E  L  E  K  F  M  P  K  E  K  I  L  R  V  S  L  W  L  K  G  K  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  E  T  E  E  K  V  K  K  I  I  K  L  I  K  E  E  E  F  P  E  R  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  N  Y  L  K  Q  H  N  I  K  E  I  E  I  K  N  L  K  D  I  L  P  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  I  N  A  A  L  G  A  I  K  R  K  G  I  A  R  I  E  K  G  K  I  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  N  L  D  Y  K  D  V  E  E  Q  L  L  Q  K  I  K  E  N  K  Y  L  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  S  E  E  E  K  K  I  I  D  I  L  K  K  R  G  Y  V  D  F  D  E  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  I  K  I  K  L  T  E  K  G  K  E  F  I  K  N  P  I  E  I  E  E  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  Q  L  T  R  D  I  I  I  S  G  K  W  K  K  A  Y  I  R  P  Y  D  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  P  T  K  P  I  Y  P  A  K  V  H  P  L  T  R  I  I  R  E  V  K  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  L  T  R  I  I  R  E  V  K  E  I 
------------------------------------CCATTGACAAGAATTATTAGAGAGGTTAAAGAGATT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  L  A  M  G  F  K  E  V  K  S  P  I  V  E  T  E  F  W  N  F  D  M  L 
 L  L  A  M  G  F  K  E  V  K  S  -  I  V  E  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTATTAGCTATGGGATTTAAAGAAGTGAAAAGC---ATTGTAGAA---------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  E  P  Q  D  H  P  A  R  E  M  Q  D  T  F  F  L  K  Y  P  N  E  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  P  E  D  L  L  S  K  V  K  E  V  H  E  R  C  W  K  Y  K  F  D  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  S  R  R  L  I  L  R  T  H  T  T  A  S  S  I  R  Y  L  A  S  L  S  D 
 -  -  -  -  -  I  L  R  T  H  T  T  A  S  S  I  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------ATTTTAAGAACTCATACCACTGCATCATCAATA------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  E  K  N  K  P  H  K  V  F  C  I  D  R  V  F  R  N  E  A  I  D  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  H  K  V  F  C  I  D  R  V  F  R  N  -  -  -  -  -  - 
------------------CACAAGGTATTTTGTATAGATAGAGTATTTAGAAAT------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 H  L  P  E  F  Y  Q  C  E  G  I  I  M  D  D  N  V  N  F  N  N  L  I  G 
 -  -  P  E  F  Y  Q  C  E  G  I  I  M  -  -  -  -  -  F  N  N  L  I  G 
------CCAGAGTTTTATCAGTGTGAAGGAATTATAATG---------------TTTAACAACCTAATTGGA

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  L  K  E  F  L  N  R  L  G  F  E  K  V  R  F  R  P  A  Y  F  P  F  T 
 V  L  K  E  F  L  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTTTTAAAAGAATTCTTAAAT---------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  P  S  L  E  A  E  V  Y  L  E  G  K  G  W  L  E  I  L  G  A  G  I  F 
 -  -  S  L  E  A  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  L  G  A  G  I  F 
------TCCTTAGAGGCAGAGGTT------------------------GAAATCTTAGGAGCAGGAATATTT

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  P  E  V  L  E  P  I  G  I  E  K  P  V  L  A  W  G  I  G  F  S  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  P  V  L  A  W  G  I  G  F  S  R  L 
---------------------------------AAGCCAGTTTTAGCTTGGGGTATTGGGTTTAGTAGATTA

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  M  L  R  Y  G  L  T  D  I  R  D  L  H  K  N  D  L  D  W  L  K  R  V 
 A  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCAATGCTT---------------------------------------------------------------

phe_arch_M_kandleri

Class II

Archaea/Methanopyrus kandleri/amino acid sequences/Mkandleri_pheALPHA_aa

Archaea/Methanopyrus kandleri/nucleotide sequences/Mkandleri_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  P  R  E  L  A  E  R  L  T  E  R  D  L  R  I  L  I  H  L  A  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  E  A  T  P  E  E  L  A  E  S  L  D  V  D  L  G  P  V  M  R  S  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 W  L  E  E  R  G  L  I  E  S  E  E  E  T  H  E  V  Y  E  L  G  D  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  E  Y  A  E  E  G  L  P  E  L  R  I  V  E  V  L  R  K  I  G  G  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  L  E  E  V  L  D  R  A  G  V  P  R  K  L  A  G  P  V  L  G  W  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  K  G  L  A  E  I  K  R  E  D  G  E  T  S  L  V  L  L  E  E  E  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  V  D  Q  S  V  L  E  A  L  A  A  E  G  S  A  S  V  E  E  L  A  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  E  M  D  E  E  E  V  E  K  A  L  K  R  L  S  E  R  G  D  V  L  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  E  E  T  V  K  K  V  R  L  T  E  R  G  E  E  V  A  E  H  A  P  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  E  R  D  W  I  T  E  L  K  P  E  H  L  R  E  G  T  W  K  E  K  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  P  Y  D  V  K  A  P  T  S  P  T  F  P  G  K  R  H  P  L  K  E  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  L  K  E  V  I 
------------------------------------------------------CCACTGAAGGAGGTTATC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 N  E  I  R  R  I  F  L  E  M  G  F  V  E  V  S  G  P  L  V  E  S  S  F 
 N  E  I  R  R  I  F  L  E  M  G  F  V  E  V  S  G  P  L  V  E  -  -  - 
AACGAGATACGTAGGATCTTCCTCGAGATGGGTTTCGTGGAGGTGTCCGGACCGCTGGTCGAG---------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 W  N  F  D  A  L  F  Q  P  Q  D  H  A  A  R  E  M  Q  D  T  F  Y  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  P  A  E  A  E  L  P  D  E  E  V  V  E  K  V  R  A  V  H  E  D  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  T  G  S  R  G  W  G  Y  E  W  D  E  G  V  A  R  K  T  V  L  R  T  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R  T  H 
---------------------------------------------------------GTCCTTCGTACTCAC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  T  A  V  S  V  R  K  L  Y  E  V  E  G  P  P  L  K  A  F  S  I  G  R 
 T  T  A  V  S  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  A  F  S  I  G  R 
ACGACGGCGGTGTCGGTT------------------------------CTCAAAGCGTTCTCGATCGGCCGG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  Y  R  R  E  T  V  D  Y  K  H  L  P  E  F  H  Q  C  E  G  I  V  L  A 
 V  Y  R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  P  E  F  H  Q  C  E  G  I  V  L  - 
GTGTACCGGCGC------------------------CCGGAGTTCCATCAGTGTGAGGGAATAGTCCTG---

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  D  V  S  F  R  D  L  L  G  I  L  E  E  F  Y  R  R  M  G  F  E  E  V 
 -  -  -  -  F  R  D  L  L  G  I  L  E  E  F  Y  R  -  -  -  -  -  -  - 
------------TTCCGGGACTTGCTCGGGATACTCGAGGAGTTCTACCGA---------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  F  R  P  A  Y  F  P  Y  T  V  L  S  V  E  P  E  V  Y  F  E  E  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  E  P  E  V  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------TCCGTCGAACCCGAGGTA------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  W  V  E  L  G  G  A  G  I  F  R  P  E  V  L  Q  P  L  G  F  D  P  D 
 -  -  -  E  L  G  G  A  G  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GAGCTAGGCGGTGCGGGCATTTTC---------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  V  C  L  A  W  G  L  G  V  E  R  L  A  M  L  K  L  G  I  D  D  I  R 
 V  V  C  L  A  W  G  L  G  V  E  R  L  A  M  L  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTGGTGTGTTTAGCATGGGGCTTGGGCGTCGAACGACTGGCGATGCTG------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524
 D  L  Y  M  S  D  L  K  T  L  L  E  L  P  T  A  R  A  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

phe_arch_M_thermautotrophicus

Class II

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/amino acid sequences/Mthermautotrophicus_pheALPHA_aa

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/nucleotide sequences/Mthermautotrophicus_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  M  D  L  D  R  I  I  D  Q  L  H  I  Y  E  K  K  V  L  K  A  F  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  D  K  P  L  K  P  E  E  I  A  E  S  Q  K  I  D  I  K  S  V  M  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  G  A  L  E  S  R  G  F  V  R  V  M  K  D  A  D  E  V  V  S  L  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  G  E  S  C  A  R  E  G  L  P  E  R  R  L  I  E  A  L  K  G  E  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  E  M  S  E  L  S  R  R  A  G  L  D  K  K  E  A  G  I  G  I  G  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 M  R  K  G  W  G  R  I  S  Q  G  M  V  S  A  V  S  D  E  T  P  E  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  D  E  R  L  L  E  L  L  L  E  R  G  S  V  R  I  R  E  L  P  D  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  G  A  L  K  D  L  K  G  R  K  G  I  V  D  I  R  K  I  K  R  H  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  L  T  T  E  G  R  K  L  L  E  R  G  I  E  I  V  E  E  A  T  Q  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  E  H  L  K  S  G  A  W  R  K  L  H  Y  R  G  Y  N  I  D  A  E  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  V  Y  P  G  K  M  H  P  L  R  R  I  I  D  E  I  R  S  I  F  L  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  P  L  R  R  I  I  D  E  I  R  S  I  F  L  K  L 
------------------------AAGTTTAAGGAATATTGACCTTATCTCATCGATTATGCGCCTCAGAGG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  F  T  E  S  R  G  P  I  V  E  S  A  F  W  N  F  D  C  L  F  Q  P  Q 
 G  F  T  E  S  R  G  P  I  V  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTGCATCTTTCCAGGGTAGACCAGAGGGTACTC---------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  H  A  A  R  E  M  Q  D  T  F  Y  V  K  N  P  A  V  T  D  L  P  C  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  L  V  R  A  V  Q  D  A  H  E  T  G  G  S  T  G  S  E  G  W  Q  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 W  D  R  D  V  A  R  Q  S  V  L  R  T  H  T  T  C  V  S  A  R  F  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R  T  H  T  T  C  V  S  A  -  -  -  - 
---------------------------TTCATCAGGGAGTTCTCTGATCCTCACGGATCC------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  N  E  P  P  L  K  M  F  S  V  G  R  V  F  R  R  E  T  I  T  Y  K  H 
 -  -  -  -  -  L  K  M  F  S  V  G  R  V  F  R  R  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CTCATCCGCACCCCTTTCAGGTGTTTCATCGCTCAC---------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  P  E  F  H  Q  V  E  G  I  V  A  G  D  E  V  N  F  R  N  L  L  G  I 
 -  P  E  F  H  Q  V  E  G  I  V  A  -  -  -  -  -  F  R  N  L  L  G  I 
---CCTCCCCCATCCCTTCCTCATGAGCCAGCCAAT---------------TTTCTTATCAAGACCCGCTCT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  R  E  F  Y  R  K  L  G  F  E  V  R  F  R  P  A  Y  F  P  Y  T  Y  L 
 L  R  E  F  Y  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCTGGAAAGTTCTGACAT------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  T  E  C  E  I  Y  L  P  E  K  K  S  W  I  E  L  G  G  A  G  M  F  R 
 S  T  E  C  E  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  L  G  G  A  G  M  F  - 
CTCCCTGGCACAGGACTC---------------------------ATCCGCGTCCTTCATAACCCTCAC---

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  E  V  L  E  P  L  G  V  E  T  P  V  A  A  F  G  L  G  I  E  R  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  P  V  A  A  F  G  L  G  I  E  R  L  A 
------------------------------CATGACAGATTTTATATCAATTTTCTGGGATTCTGCTATTTC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 M  I  R  F  D  I  K  D  I  R  M  L  Y  Q  S  D  L  G  W  L  R  G  L  P 
 M  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCAGG------------------------------------------------------------------

505506507508509510511
 V  T  G  D  L  E  L 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

phe_bact_C_thermalis

Class II

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/amino acid sequences/Cthermalis_pheALPHA_aa

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/nucleotide sequences/Cthermalis_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  D  Q  P  S  N  L  V  T  Q  L  E  T  L  R  Q  E  A  Q  T  A  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  A  D  C  L  E  R  L  E  E  L  R  V  A  Y  L  G  K  K  G  Q  L  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  M  R  Q  M  G  Q  L  S  A  E  E  R  P  Q  F  G  S  I  A  N  T  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  A  V  Q  A  N  L  D  D  R  R  T  K  L  Q  A  A  R  L  Q  A  K  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  E  T  I  D  V  T  M  P  G  V  F  R  P  L  G  H  A  H  P  L  N  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  L  N  S  T 
---------------------------------------------------------TTCTATCTGATGGAA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  D  R  I  I  D  I  F  V  G  L  G  Y  T  V  A  T  G  P  E  I  E  S  D 
 T  D  R  I  I  D  I  F  V  G  L  G  Y  T  V  A  T  G  P  E  I  E  -  - 
AACTGCGGCATGGGTAGCATCTACAGTATCTCGCCGATAGCAGCGACCTGGAACCACAATTCGCAC------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  Y  N  F  E  A  L  N  F  L  P  D  H  P  A  R  D  M  Q  D  T  L  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  D  G  N  L  L  R  T  H  T  S  N  G  Q  I  H  Y  M  E  D  N  E  P  P 
 -  -  -  -  L  L  R  T  H  T  S  N  G  Q  I  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------CATATCCCGTGCTGGATGGTCGGGTAAGAAATT---------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  R  I  V  V  P  G  R  C  Y  R  R  D  T  V  D  A  T  H  A  A  V  F  H 
 V  R  I  V  V  P  G  R  C  Y  R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  A  V  F  H 
TTCGATTTCCGGTCCCGTCGCTACGGTGTAACCCAG------------------------GTCAGTAGTACT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  I  E  F  F  A  V  D  E  G  I  T  F  T  D  L  K  G  T  I  Q  I  F  L 
 Q  I  E  F  F  A  V  -  -  -  -  -  F  T  D  L  K  G  T  I  Q  I  F  L 
GTTGAGGGGATGGGCGTGACC---------------CCCAGGCATAGTCACATCTATAGTTTCAGATTCTAA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Q  E  M  F  G  D  V  P  I  R  F  R  A  S  Y  F  P  F  T  E  P  S  A  E 
 Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  A  E 
TTT------------------------------------------------------------TTCTTTAAC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  D  V  Q  W  K  G  R  W  L  E  V  M  G  C  G  A  I  D  P  N  V  L  K 
 V  D  V  -  -  -  -  -  -  -  E  V  M  G  C  G  A  I  -  -  -  -  -  - 
GGTGTTGGC---------------------TTCTTCAGCTGAGAGCTGACCCAT------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  V  G  Y  D  P  E  V  Y  T  G  F  A  A  G  M  G  V  E  R  L  A  M  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  Y  T  G  F  A  A  G  M  G  V  E  R  L  A  M  V 
------------------------TGCTACTCTGAGTTCCTCCAATCGCTCCAGGCAATCGGCAGCAGCGAT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333
 L  H  Q  I  D  D  I  R  R  F  Y  S  S  D  L  R  F  L  R  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

phe_bact_C_A_asiaticus

Class II

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_pheALPHA_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  Q  Q  L  D  L  I  Q  H  E  I  E  Q  Y  H  P  T  T  L  Q  E  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  F  R  I  K  F  L  S  K  K  G  T  I  T  Q  L  F  T  E  F  G  Q  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  A  D  K  Q  A  L  G  S  K  L  N  A  L  K  Q  I  A  Q  E  K  Y  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  A  S  Q  L  Q  S  T  P  K  Q  N  T  D  V  N  E  D  Y  T  L  P  P  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  D  K  L  G  S  R  H  P  I  S  I  L  K  D  R  I  L  E  I  F  E  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  P  I  S  I  L  K  D  R  I  L  E  I  F  E  K  I 
------------------------ATCTTCTCCAAATAAGCTACGTAAAAAATATAAAAGCACTTGTTTAAG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  F  S  I  V  E  G  P  E  I  E  D  D  W  H  N  F  G  A  L  N  F  S  P 
 G  F  S  I  V  E  G  P  E  I  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCTACAAAGCTTACATTCTTATTAACATAGAA---------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  H  P  A  R  D  M  L  D  T  F  F  I  S  Q  C  P  D  I  L  L  R  T  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  R  T  H 
---------------------------------------------------------ACTCTCAGCCACCCG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  S  S  V  Q  I  R  V  A  E  S  Q  A  P  P  I  R  A  I  S  I  G  R  V 
 T  S  S  V  Q  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  A  I  S  I  G  R  V 
TATCTGCACAGAAGAGGT---------------------------CTGAGAAATGAAAAAAGTATCTAACAT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  R  N  E  T  I  S  A  R  S  H  C  M  F  H  Q  V  D  A  F  Y  V  N  K 
 Y  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  C  M  F  H  Q  V  D  A  F  Y  V  -  - 
ATCCCTGGC------------------------CGCTCCGAAATTATGCCAATCATCTTCTATTTC------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  V  S  F  V  E  L  K  Q  V  L  L  Y  F  L  R  S  L  F  G  E  D  I  K 
 -  -  -  F  V  E  L  K  Q  V  L  L  Y  F  L  R  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------ACTAAATCCAATTTTTTCAAATATTTCTAAAATTCTATC------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 M  R  I  R  P  S  Y  F  P  F  T  E  P  S  V  E  I  D  I  N  C  R  I  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  E  I  D  I  -  -  -  -  - 
---------------------------------------CTCATTTACATCTGTATT---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 N  G  N  G  C  N  I  C  K  H  S  G  W  L  E  I  M  G  A  G  M  I  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  M  G  A  G  M  I  -  - 
------------------------------------------TTGTTTTAATGCATTTAGCTTACT------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  V  L  K  N  C  H  I  D  P  T  T  Y  T  G  Y  A  F  G  M  G  L  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  T  G  Y  A  F  G  M  G  L  E  R 
------------------------------------AGTAAAAAGCTGAGTAATAGTTCCCTTCTTACTTAG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  A  M  L  M  Y  Q  I  N  D  L  R  L  F  T  E  N  D  V  R  F  L  K  Q 
 I  A  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAATTTTATGCG------------------------------------------------------------

337338339340341
 F  K  A  Y  A 
 -  -  -  -  - 
---------------

phe_bact_D_radiodurans

Class II

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_pheALPHA_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  D  T  A  I  Q  E  I  Q  G  A  E  T  L  E  A  L  Q  A  V  K  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  V  G  K  S  G  L  V  T  K  E  L  G  S  L  G  K  L  P  P  E  E  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  C  G  A  E  I  N  V  V  R  A  A  I  Q  A  A  L  D  E  K  E  S  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  R  A  A  L  D  A  K  L  A  S  E  A  I  D  V  T  L  P  G  L  P  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  G  G  L  H  P  I  S  R  V  L  D  D  L  I  G  I  Y  R  Q  M  G  Y  A 
 -  -  -  -  -  P  I  S  R  V  L  D  D  L  I  G  I  Y  R  Q  M  G  Y  A 
---------------CCCATTTCCCGCGTGCTCGACGACCTGATCGGCATCTACCGCCAGATGGGCTACGCG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  I  E  G  P  E  V  E  E  E  H  Y  N  F  E  A  L  N  V  P  W  Y  H  P 
 V  I  E  G  P  E  V  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTGATCGAGGGGCCGGAAGTCGAG------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  R  D  L  Q  D  T  F  W  L  E  D  G  R  L  L  R  T  H  T  S  P  M  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  R  T  H  T  S  P  M  Q 
------------------------------------------CTGCTGCGCACCCACACCTCGCCCATGCAG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  R  Y  M  V  D  H  E  P  P  F  K  I  V  V  R  G  K  V  Y  R  Y  E  A 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  K  I  V  V  R  G  K  V  Y  R  Y  -  - 
ATT---------------------------TTCAAGATCGTGGTGCGCGGCAAGGTCTACCGCTAC------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  D  A  T  H  E  A  M  F  H  Q  L  E  G  L  V  V  G  D  G  I  S  M  S 
 -  -  -  -  -  -  A  M  F  H  Q  L  E  G  L  V  V  -  -  -  -  -  M  S 
------------------GCGATGTTTCACCAACTGGAAGGGCTGGTGGTG---------------ATGAGC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  L  K  G  T  I  A  E  M  A  R  G  L  Y  G  A  S  A  K  A  R  F  Q  P 
 D  L  K  G  T  I  A  E  M  A  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACCTCAAGGGGACCATTGCCGAAATGGCGCGC---------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  Y  Y  P  F  V  E  P  G  A  D  F  A  V  Y  W  E  N  P  R  G  E  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  G  A  D  F  A  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------GGCGCCGACTTCGCCGTG------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  L  E  L  G  G  C  G  M  V  H  P  N  V  F  K  A  V  D  D  L  R  E  A 
 -  -  E  L  G  G  C  G  M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GAACTGGGCGGCTGCGGCATGGTG------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  G  K  D  R  V  Y  E  G  K  T  G  F  A  F  G  L  G  L  E  R  I  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  T  G  F  A  F  G  L  G  L  E  R  I  A  M 
---------------------------AAAACCGGCTTCGCGTTCGGGCTGGGGCTGGAGCGCATCGCCATG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  K  Y  G  I  P  D  I  R  Y  F  Y  A  N  D  P  R  V  I  G  Q  F  R  G 
 L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTG---------------------------------------------------------------------

337338339
 E  L  G 
 -  -  - 
---------

phe_bact_G_obscuriglobus

Class II

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/amino acid sequences/Gemmata_pheALPHA_aa

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/nucleotide sequences/Gemmata_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  D  A  T  P  L  D  D  L  K  Q  L  E  E  Q  A  L  T  Q  L  Q  Q  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  D  E  T  A  L  R  A  W  N  T  Q  Y  F  G  D  K  G  V  M  K  T  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  N  L  G  K  I  P  K  D  Q  K  P  A  Y  G  A  E  L  N  R  I  K  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  T  T  A  Y  E  A  A  L  A  E  A  K  E  K  A  L  Q  V  S  L  T  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  L  D  V  T  L  P  G  R  A  P  A  R  G  R  L  H  P  A  T  Q  I  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  A  T  Q  I  L  R 
---------------------------------------------------GCCCTTCAGGTCGGCCATCGT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  I  Y  S  I  F  A  D  L  G  F  Q  V  Y  R  T  R  E  V  E  T  D  E  L 
 Q  I  Y  S  I  F  A  D  L  G  F  Q  V  Y  R  T  R  E  V  E  -  -  -  - 
CACGCCCTCGCCGACCACCAAGCCCTCCACCTGGTAGAACTGGATCTCGCTCCGGGTGCT------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  F  E  F  L  N  M  P  A  H  H  P  A  R  D  M  W  D  T  F  F  T  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  G  V  V  L  R  T  H  T  S  P  G  Q  I  H  V  M  R  E  A  A  G  K  P 
 -  -  -  V  L  R  T  H  T  S  P  G  Q  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------GTGCGTGCGAAGCACGACGCCCGGCGTGGTGGT------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  R  V  I  L  P  G  M  C  Y  R  N  E  A  I  S  T  R  S  E  I  Q  F  Y 
 V  R  V  I  L  P  G  M  C  Y  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Q  F  Y 
GTGGTGCGCGGGCATGTTCAGGAACTCGAAGTTCAG------------------------GCGGTACACCTG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  V  E  G  L  V  V  G  E  G  V  T  M  A  D  L  K  G  T  I  T  A  F  A 
 Q  V  E  G  L  V  V  -  -  -  -  -  M  A  D  L  K  G  T  I  T  A  F  A 
GAACCCGAGGTCGGCGAAGAT---------------GAGGATTTGGGTCGCGGGGTGCAACCGCCCCCGTGC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  R  M  F  G  P  E  R  Q  V  R  I  R  S  S  Y  F  P  F  T  E  P  S  I 
 R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  I 
CGG---------------------------------------------------------------TTTCGC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  V  D  I  D  W  P  K  D  D  P  N  R  D  R  L  T  K  G  T  G  W  L  E 
 E  V  D  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E 
CTCCGCGAGGGC---------------------------------------------------------CGG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  L  G  A  G  M  V  H  P  N  V  L  R  A  G  G  Y  D  P  E  K  V  T  G 
 I  L  G  A  G  M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  T  G 
TTTTTGGTCCTTCGGGATCTT------------------------------------------AAAATACTG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  A  F  G  M  G  P  Q  R  M  L  M  L  K  H  A  I  D  D  I  R  L  F  W 
 F  A  F  G  M  G  P  Q  R  M  L  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGTGTTCCAGGCGCGGAGCGCGGTTTCGTCCGCGCATTG---------------------------------

337338339340341342343344345346
 Q  N  D  L  R  F  L  K  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

phe_bact_H_aurantiacus

Class II

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/amino acid sequences/Haurantiacus_pheALPHA_aa

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/nucleotide sequences/Haurantiacus_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  F  E  Q  L  D  Q  I  E  K  E  A  A  A  A  L  A  S  V  Q  S  L  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  A  A  W  R  T  Q  W  T  G  K  K  G  A  L  A  Q  A  S  Q  S  I  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  D  P  K  D  R  P  A  F  G  Q  R  F  G  A  I  K  Q  A  L  S  E  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  T  L  E  A  R  L  Q  S  A  A  L  H  Q  E  L  E  E  D  A  V  D  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  P  G  R  A  A  N  I  G  R  L  H  P  S  T  Q  S  L  R  R  I  Q  H  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  S  T  Q  S  L  R  R  I  Q  H  I 
------------------------------------CCCAGCACTCAATCGCTGCGCCGAATTCAGCATATT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  A  E  M  G  F  Q  V  W  E  S  R  E  V  E  S  D  E  Y  N  F  E  L  L 
 F  A  E  M  G  F  Q  V  W  E  S  R  E  V  E  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTGCTGAAATGGGCTTTCAAGTCTGGGAAAGCCGCGAAGTCGAA---------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  M  P  A  H  H  P  A  R  D  M  W  D  T  F  Y  V  Q  S  D  D  P  H  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  V  V  L  R  T  H  T  S  P  G  Q  I  H  V  M  R  T  L  N  P  E  P  I 
 -  -  V  L  R  T  H  T  S  P  G  Q  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I 
------GTGTTGCGCACCCACACCTCGCCTGGCCAAATT------------------------------ATT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  V  I  L  P  G  K  C  Y  R  Y  E  P  V  S  A  R  S  E  M  M  F  H  Q 
 R  V  I  L  P  G  K  C  Y  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  M  M  F  H  Q 
CGGGTGATTTTGCCTGGTAAGTGCTATCGCTAC------------------------ATGATGTTCCATCAA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  E  G  L  V  I  G  K  N  I  T  M  A  D  L  K  G  T  L  A  N  F  A  R 
 V  E  G  L  V  I  -  -  -  -  -  M  A  D  L  K  G  T  L  A  N  F  A  R 
GTTGAAGGCTTGGTGATC---------------ATGGCCGACCTCAAAGGTACCTTGGCCAACTTTGCGCGG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  M  F  K  D  D  V  K  V  R  Y  R  P  S  Y  F  P  F  T  E  P  S  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  E 
---------------------------------------------------------------AGCGTCGAA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  D  I  E  C  F  I  C  G  G  E  G  C  R  I  C  K  K  S  G  W  L  E  I 
 V  D  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I 
GTCGATATC---------------------------------------------------------GAAATT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  G  A  G  M  V  H  P  T  V  L  R  N  G  G  Y  D  P  A  E  W  S  G  F 
 L  G  A  G  M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  W  S  G  F 
CTGGGCGCAGGGATGGTG------------------------------------------TGGAGCGGCTTT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  F  G  M  G  P  E  R  Q  T  M  L  R  Y  D  I  D  D  I  R  W  F  F  S 
 A  F  G  M  G  P  E  R  Q  T  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCTTTGGGATGGGGCCAGAACGCCAAACCATGCTG------------------------------------

337338339340341342343344345346
 N  D  G  R  F  L  E  Q  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

phe_bact_M_mobile

Class II

Bacteria/Mycoplasma mobile/amino acid sequences/Mmobile_pheALPHA_aa

Bacteria/Mycoplasma mobile/nucleotide sequences/Mmobile_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  K  N  L  T  N  L  R  I  E  T  L  E  D  L  K  I  A  K  S  N  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  N  D  L  E  L  K  Q  L  M  N  D  L  K  L  A  S  K  E  Q  K  A  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  Q  K  I  N  F  Y  K  Q  E  I  E  Q  F  F  L  T  K  K  E  E  I  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  E  V  L  K  K  I  Q  D  E  F  I  D  V  F  E  E  V  N  F  S  S  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  P  L  T  L  I  E  N  R  F  R  T  W  F  L  N  N  G  Y  Y  E  T  E  G 
 -  P  L  T  L  I  E  N  R  F  R  T  W  F  L  N  N  G  Y  Y  E  T  E  G 
---TTCTTCAAAAACATAACTAAGTAAAGATTTTAATAATCACATTAAATTTGGAAAATTATACTTTCCTGC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  E  I  T  T  D  K  I  N  F  E  L  L  N  I  P  K  D  H  P  S  R  D  M 
 S  E  I  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACAATTACATC------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  D  S  L  Y  L  E  K  E  Q  N  G  D  Q  L  L  L  R  T  H  N  T  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  R  T  H  N  T  G  F 
---------------------------------------------AATAATACTAAAACCTGTATTATGAGT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  I  I  E  L  I  K  N  K  N  K  A  F  S  A  F  S  I  G  K  V  Y  R  N 
 S  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  S  A  F  S  I  G  K  V  Y  R  N 
TCTTAA------------------------------TAAATATAAAGAATCTTGCATATCTCTTGAAGGATG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  E  D  D  N  T  H  S  H  Q  F  S  Q  V  D  V  I  V  A  G  K  Y  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  S  Q  V  D  V  I  V  A  -  -  -  -  F 
------------------------AAAATTAATTTTATCAGTTGTGATTTCGCTTCC------------ATA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  N  L  M  W  L  L  K  S  L  L  S  Y  V  F  E  E  E  V  K  I  R  L  R 
 P  N  L  M  W  L  L  K  S  L  L  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACCATTATTTAAAAACCAAGTTCTAAAACGATTTTC------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  S  Y  F  P  F  T  E  P  S  C  E  V  D  V  F  Y  K  N  K  W  I  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  C  E  V  D  V  -  -  -  -  -  -  -  E  V 
---------------------------ATCTTGAATTTTTTTAAG---------------------TTCTTT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  G  S  G  I  I  H  E  N  V  M  K  A  A  G  Y  T  N  D  M  N  A  L  A 
 L  G  S  G  I  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  N  A  L  A 
TTTTGTTAAAAAAAATTG---------------------------------------TGATGCTTTTTGTTC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 W  G  I  G  I  E  R  I  A  M  I  K  Y  G  I  D  N  I  R  E  F  Y  K  N 
 W  G  I  G  I  E  R  I  A  M  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTAGAAGCAAGTTTTAAATCATTCATCAACTG---------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329
 D  I  R  F  L  K  Q  F  N  L  E  I  E  K  L  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

phe_bact_P_mikurensis

Class II

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/amino acid sequences/Pmikurensis_pheALPHA_aa

Bacteria/Phycisphaera mikurensis/nucleotide sequences/Pmikurensis_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  E  T  V  E  R  V  V  E  R  A  E  A  D  L  A  G  V  A  D  A  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  E  R  F  R  A  A  W  L  G  P  K  G  E  M  K  K  L  L  G  G  I  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  P  A  A  D  R  R  A  F  G  Q  A  A  N  A  A  R  Q  K  L  Q  E  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  A  R  R  E  A  L  G  G  S  V  K  T  K  R  S  G  P  P  L  D  L  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  P  I  L  P  E  T  G  R  R  H  V  I  S  Q  T  V  D  E  L  L  E  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  I  S  Q  T  V  D  E  L  L  E  V  F 
---------------------------------GAGGTCGACCATCGTCACGCCCCGGTCGACGCAGAGCCC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  R  M  G  F  D  V  A  E  G  P  E  L  E  D  D  R  H  N  F  V  A  L  N 
 G  R  M  G  F  D  V  A  E  G  P  E  L  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCGATCTGGTGGAACATCGAGGTGTGCGTCGCGTCGTGCTC------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  P  E  S  H  P  A  R  D  P  L  D  N  F  Y  V  A  E  E  G  V  A  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  S  T  S  L  M  R  S  Q  T  S  T  V  Q  I  R  V  L  E  H  T  K  P  P 
 -  -  -  -  L  M  R  S  Q  T  S  T  V  Q  I  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GGGCGCGACGCCCTCCTCCGCAACGTAGAAGTT---------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  R  I  V  S  T  G  R  V  Y  R  P  D  E  H  D  A  T  H  T  S  M  F  H 
 V  R  I  V  S  T  G  R  V  Y  R  P  -  -  -  -  -  -  -  -  S  M  F  H 
CTCGGGGATGTTGAGCGCGACGAAGTTGTGCCGGTC------------------------GACGTCGAAGCC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  I  E  G  L  C  V  D  R  G  V  T  M  V  D  L  K  T  T  L  I  Q  F  A 
 Q  I  E  G  L  C  V  -  -  -  -  -  M  V  D  L  K  T  T  L  I  Q  F  A 
CATGCGACCGAAAACCTCGAG---------------CTGCGAGATGACGTGCCGGCGGCCGGTCTCCGGGAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  A  V  F  G  A  D  A  E  V  K  L  V  P  S  Y  F  P  F  T  E  P  S  A 
 K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  A 
GAT---------------------------------------------------------------CTCCCG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  L  Y  V  K  M  D  F  G  K  G  P  E  W  M  E  I  G  G  C  G  M  V  D 
 E  L  Y  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  G  G  C  G  M  V  - 
TCTCGCCTCGAA---------------------------------GGCCTGCCCGAAGGCCCGGCGGTC---

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  A  V  L  G  H  V  D  V  D  P  E  E  W  T  G  F  A  F  G  L  G  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  W  T  G  F  A  F  G  L  G  I  E 
---------------------------------------CTCGCCCTTGGGGCCGAGCCACGCGGCGCGGAA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  L  V  M  R  K  H  D  I  A  D  I  R  W  L  Y  E  N  D  R  R  F  L  R 
 R  L  V  M  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCGCTCCAGGCCCGC---------------------------------------------------------

337338
 R  F 
 -  - 
------

phe_bact_S_aureus

Class II

Bacteria/Staphylococcus aureus/amino acid sequences/Saureus_pheALPHA_aa

Bacteria/Staphylococcus aureus/nucleotide sequences/Saureus_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  E  Q  Q  T  M  S  E  L  K  Q  Q  A  L  V  D  I  N  E  A  N  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  A  L  Q  E  V  K  V  K  Y  L  G  K  K  G  S  V  S  G  L  M  K  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  D  L  P  N  E  E  K  P  A  F  G  Q  K  V  N  E  L  R  Q  T  I  Q  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  L  D  E  R  Q  Q  M  L  V  K  E  K  L  N  K  Q  L  A  E  E  T  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  S  L  P  G  R  H  I  E  I  G  S  K  H  P  L  T  R  T  I  E  E  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  L  T  R  T  I  E  E  I  E 
------------------------------------------CCATTAACACGTACAATAGAAGAAATTGAA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  L  F  L  G  L  G  Y  E  I  V  N  G  Y  E  V  E  Q  D  H  Y  N  F  E 
 D  L  F  L  G  L  G  Y  E  I  V  N  G  Y  E  V  E  -  -  -  -  -  -  - 
GACTTATTCTTAGGTTTAGGTTATGAAATTGTCAATGGATATGAAGTTGAA---------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  L  N  L  P  K  S  H  P  A  R  D  M  Q  D  S  F  Y  I  T  D  E  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
---------------------------------------------------------------------TTA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  R  T  H  T  S  P  V  Q  A  R  T  M  E  S  R  H  G  Q  G  P  V  K  I 
 L  R  T  H  T  S  P  V  Q  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  K  I 
TTACGTACGCATACATCACCAGTGCAAGCA---------------------------------GTTAAAATT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  C  P  G  K  V  Y  R  R  D  S  D  D  A  T  H  S  H  Q  F  T  Q  I  E 
 I  C  P  G  K  V  Y  R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  T  Q  I  E 
ATTTGCCCTGGTAAAGTGTATCGTCGT------------------------CATCAATTTACACAAATTGAA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  L  V  V  D  K  N  V  K  M  S  D  L  K  G  T  L  E  L  L  A  K  K  L 
 G  L  V  V  -  -  -  -  -  M  S  D  L  K  G  T  L  E  L  L  A  K  -  - 
GGATTAGTTGTT---------------ATGAGTGATTTGAAAGGTACTTTAGAATTGTTAGCTAAG------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  G  A  D  R  E  I  R  L  R  P  S  Y  F  P  F  T  E  P  S  V  E  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  E  V  D 
---------------------------------------------------------TCTGTAGAAGTTGAT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  S  C  F  K  C  K  G  K  G  C  N  V  C  K  H  T  G  W  I  E  I  L  G 
 V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  L  G 
GTG---------------------------------------------------------GAAATTTTAGGC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  G  M  V  H  P  N  V  L  E  M  A  G  F  D  S  S  E  Y  S  G  F  A  F 
 A  G  M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  S  G  F  A  F 
GCTGGAATGGTA------------------------------------------TACTCTGGATTTGCATTT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  M  G  P  D  R  I  A  M  L  K  Y  G  I  E  D  I  R  H  F  Y  T  N  D 
 G  M  G  P  D  R  I  A  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGTATGGGACCAGACCGTATTGCAATGTTG------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352
 V  R  F  L  D  Q  F  K  A  V  E  D  R  G  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

phe_bact_M_smegmatis

Class II

Bacteria/Mycobacterium smegmatis/amino acid sequences/Msmegmatis_pheALPHA_aa

Bacteria/Mycobacterium smegmatis/nucleotide sequences/Msmegmatis_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  R  T  Q  G  G  E  T  A  G  E  Q  P  S  D  L  S  E  E  A  L  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  V  S  A  A  R  H  A  F  D  A  A  G  D  L  D  A  L  A  R  A  K  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  L  G  D  R  A  P  I  A  L  A  R  Q  A  L  A  S  L  P  K  A  D  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  A  G  K  R  V  N  V  A  R  A  E  A  Q  R  A  Y  D  E  R  L  A  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  A  E  R  D  A  A  V  L  V  A  E  R  I  D  V  T  L  P  S  T  R  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  G  A  R  H  P  I  T  I  L  A  E  N  I  A  D  T  F  V  A  M  G  W  E 
 -  -  -  -  -  P  I  T  I  L  A  E  N  I  A  D  T  F  V  A  M  G  W  E 
---------------CTCGACCTGATGGAACACCGGGGTGTGGGTGGAGTCGAGTTCGTCGGTGCGGAACGT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  A  E  G  P  E  V  E  T  E  Q  F  N  F  D  A  L  N  F  P  P  D  H  P 
 L  A  E  G  P  E  V  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCGGCCGATCGAGATGATGTACAC------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  R  S  E  Q  D  T  F  Q  I  A  P  D  G  S  R  Q  V  L  R  T  H  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R  T  H  T  S 
---------------------------------------------------CTCGCTGCGCGCGGGGTGGTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  V  Q  I  R  A  L  L  E  R  D  L  P  V  Y  I  I  S  I  G  R  T  F  R 
 P  V  Q  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  I  I  S  I  G  R  T  F  R 
CGGCGGGAAGTT---------------------------CTCGACCTCGGGGCCCTCGGCCAGTTCCCAGCC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  D  E  L  D  S  T  H  T  P  V  F  H  Q  V  E  G  L  A  V  D  K  G  L 
 T  -  -  -  -  -  -  -  -  P  V  F  H  Q  V  E  G  L  A  V  -  -  -  - 
CAT------------------------CTCGGCCAGGATCGTGATGGGGTGCCGCGCACC------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  M  A  H  L  R  G  T  L  D  A  F  A  R  A  Q  F  G  P  E  G  R  T  R 
 -  M  A  H  L  R  G  T  L  D  A  F  A  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CGACGGCAGCGTCACGTCGATGCGCTCGGCGACCAGCAC------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  R  P  H  F  F  P  F  T  E  P  S  A  E  V  D  I  W  F  P  G  K  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  A  E  V  D  I  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------GCGGGCGACGTTGACACG---------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  P  G  W  V  E  W  G  G  C  G  M  V  N  P  N  V  L  R  A  C  G  I  D 
 -  -  -  -  -  E  W  G  G  C  G  M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GGCCAGCGCCTGGCGAGCCAGCGC---------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  E  V  Y  S  G  F  A  F  G  M  G  L  E  R  T  L  Q  F  R  N  G  I  P 
 -  -  -  Y  S  G  F  A  F  G  M  G  L  E  R  T  L  Q  F  -  -  -  -  - 
---------AAGCGCATCGAGGTCTCCGGCCGCGTCGAACGCATGCCGCGCCGCGCT---------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356
 D  M  R  D  M  V  E  G  D  V  R  F  S  L  P  F  G  V  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

phe_bact_E_coli

Class II

Bacteria/Escherichia coli/amino acid sequences/Ecoli_pheALPHA_aa

Bacteria/Escherichia coli/nucleotide sequences/Ecoli_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  K  N  M  S  H  L  A  E  L  V  A  S  A  K  A  A  I  S  Q  A  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  A  A  L  D  N  V  R  V  E  Y  L  G  K  K  G  H  L  T  L  Q  M  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  R  E  L  P  P  E  E  R  P  A  A  G  A  V  I  N  E  A  K  E  Q  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  A  L  N  A  R  K  A  E  L  E  S  A  A  L  N  A  R  L  A  A  E  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  V  S  L  P  G  R  R  I  E  N  G  G  L  H  P  V  T  R  T  I  D  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  V  T  R  T  I  D  R  I 
---------------------------------------------GTTGGTATCAACAATCAGACCTTCCAT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  S  F  F  G  E  L  G  F  T  V  A  T  G  P  E  I  E  D  D  Y  H  N  F 
 E  S  F  F  G  E  L  G  F  T  V  A  T  G  P  E  I  E  -  -  -  -  -  - 
CTGATGGAACATCGGCGTGTGAGTCTGGTCGTAGTCGTTACGATAAACGCGGCC------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  A  L  N  I  P  G  H  H  P  A  R  A  D  H  D  T  F  W  F  D  A  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  L  R  T  Q  T  S  G  V  Q  I  R  T  M  K  A  Q  Q  P  P  I  R  I  I 
 L  L  R  T  Q  T  S  G  V  Q  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  I  I 
AAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGCGCGCGCCGG---------------------------GAAGTTATGATA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  P  G  R  V  Y  R  N  D  Y  D  Q  T  H  T  P  M  F  H  Q  M  E  G  L 
 A  P  G  R  V  Y  R  N  -  -  -  -  -  -  -  P  M  F  H  Q  M  E  G  L 
ATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGT---------------------ACCGAAGAAACTTTCGATACGGTCGAT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  V  D  T  N  I  S  F  T  N  L  K  G  T  L  H  D  F  L  R  N  F  F  E 
 I  V  -  -  -  -  -  F  T  N  L  K  G  T  L  H  D  F  L  R  -  -  -  - 
GGTACG---------------CCCGCCGTTTTCAATGCGACGACCCGGCAGGGAGACATC------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  D  L  Q  I  R  F  R  P  S  Y  F  P  F  T  E  P  S  A  E  V  D  V  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  A  E  V  D  V  - 
---------------------------------------------------CAGCGCCTGCTGAACCTG---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  K  N  G  K  W  L  E  V  L  G  C  G  M  V  H  P  N  V  L  R  N  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  E  V  L  G  C  G  M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------ACCAGCTGCCGGACGCTCTTCTGG---------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  D  P  E  V  Y  S  G  F  A  F  G  M  G  M  E  R  L  T  M  L  R  Y  G 
 -  -  -  -  -  Y  S  G  F  A  F  G  M  G  M  E  R  L  T  M  L  -  -  - 
---------------TTTTTTACCCAAATATTCGACGCGCACATTATCTAACGCGGCAACATC---------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331
 V  T  D  L  R  S  F  F  E  N  D  L  R  F  L  K  Q  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

phe_bact_A_aeolicus

Class II

Bacteria/Aquifex aeolicus/amino acid sequences/Aaeolicus_pheALPHA_aa

Bacteria/Aquifex aeolicus/nucleotide sequences/Aaeolicus_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  K  L  D  K  I  L  E  E  L  K  L  L  L  S  S  V  S  S  L  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  E  V  R  S  K  F  L  G  S  K  G  V  I  K  E  L  L  K  K  I  K  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  S  E  E  R  K  E  Y  G  K  R  V  N  L  L  K  E  E  A  E  K  L  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  K  E  E  E  L  K  E  R  E  L  E  E  K  L  K  G  E  W  V  D  L  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  P  A  R  T  V  G  S  L  H  P  I  T  V  T  L  E  R  I  V  T  I  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  I  T  V  T  L  E  R  I  V  T  I  F  R 
------------------------------CCCATAACAGTTACGCTCGAGAGGATTGTGACGATATTCAGA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  M  G  F  E  V  E  E  G  P  E  V  E  R  E  E  Y  N  F  D  M  L  N  I 
 G  M  G  F  E  V  E  E  G  P  E  V  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGAATGGGATTTGAGGTTGAGGAAGGTCCCGAGGTAGAG---------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  K  E  H  P  A  R  D  M  Q  D  T  F  Y  V  N  R  E  G  Y  L  L  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  R  T 
------------------------------------------------------------CTTCTGAGGACT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 H  T  S  P  V  Q  I  R  T  M  L  K  K  K  P  P  I  Q  I  I  A  P  G  K 
 H  T  S  P  V  Q  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Q  I  I  A  P  G  K 
CACACCTCTCCCGTCCAGATA---------------------------ATCCAGATAATAGCCCCCGGGAAG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  Y  R  R  D  D  D  P  T  H  S  P  M  F  H  Q  V  E  G  L  V  V  N  E 
 V  Y  R  R  -  -  -  -  -  -  -  P  M  F  H  Q  V  E  G  L  V  V  -  - 
GTTTACAGGAGG---------------------CCTATGTTCCATCAGGTTGAAGGGCTTGTTGTA------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  A  N  F  R  H  M  K  Y  V  I  E  E  F  L  K  K  F  F  E  T  D  L  P 
 -  -  -  F  R  H  M  K  Y  V  I  E  E  F  L  K  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TTCAGACACATGAAGTACGTAATTGAGGAATTCCTGAAG------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  R  F  R  T  S  Y  F  P  F  T  E  P  S  A  E  V  D  I  G  C  V  I  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  A  E  V  D  I  -  -  -  -  - 
---------------------------------------TCCGCGGAAGTTGACATA---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  Q  E  G  C  R  V  C  K  H  T  G  W  L  E  V  M  G  C  G  M  V  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  M  G  C  G  M  V  -  - 
------------------------------------------GAAGTAATGGGTTGCGGAATGGTT------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  V  L  E  N  C  G  I  D  T  D  F  Y  Q  G  F  A  F  G  M  G  V  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  Q  G  F  A  F  G  M  G  V  E  R 
------------------------------------TACCAGGGATTTGCCTTCGGAATGGGTGTTGAGAGA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  A  M  L  L  F  G  I  D  N  I  K  L  F  Y  E  N  D  L  R  F  I  K  Q 
 L  A  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCGCGATGCTC------------------------------------------------------------

337338
 F  F 
 -  - 
------

phe_bact_B_licheniformis

Class II

Bacteria/Bacillus licheniformis/amino acid sequences/Blicheniformis_pheALPHA_aa

Bacteria/Bacillus licheniformis/nucleotide sequences/Blicheniformis_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  E  E  L  K  R  L  E  K  E  A  V  E  K  V  E  A  A  G  S  L  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  N  D  V  R  V  A  Y  L  G  K  K  G  P  I  T  E  V  L  R  G  M  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  S  A  E  E  R  P  K  M  G  A  L  A  N  E  V  R  E  K  I  A  A  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  E  K  N  A  R  L  E  E  E  E  V  K  R  K  L  K  E  Q  T  I  D  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  P  G  S  P  V  K  T  G  A  R  H  P  L  T  I  V  I  E  E  I  E  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  L  T  I  V  I  E  E  I  E  D  L 
------------------------------------CTTTTTCGCGACCGTTTCCAGGGTTCCTTTTAAGTC

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  I  S  M  G  Y  S  V  E  E  G  P  E  V  E  T  D  Y  Y  N  F  E  A  L 
 F  I  S  M  G  Y  S  V  E  E  G  P  E  V  E  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCTCATGCTGATATCACGGTCAACGCAGAGCCCTTCAATCTGCAT---------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  L  P  K  E  H  P  A  R  D  M  Q  D  S  F  Y  I  T  E  D  T  L  M  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  M  R 
---------------------------------------------------------------TTCCATCGT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  Q  T  S  P  V  Q  T  R  T  M  E  K  H  K  G  K  G  P  V  K  I  I  C 
 T  Q  T  S  P  V  Q  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  K  I  I  C 
GCGCGTCTGAACAGGAGATGTCTG---------------------------------GCTGTCTTGCATATC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  G  K  V  Y  R  R  D  N  D  D  A  T  H  S  H  Q  F  M  Q  I  E  G  L 
 P  G  K  V  Y  R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  M  Q  I  E  G  L 
CCGGGCCGGGTGCTCTTTCGG------------------------ATAGTCGGTTTCCACTTCAGGCCCCTC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 C  V  D  R  D  I  S  M  S  D  L  K  G  T  L  E  T  V  A  K  K  M  F  G 
 C  V  -  -  -  -  -  M  S  D  L  K  G  T  L  E  T  V  A  K  -  -  -  - 
TTCCAC---------------GATAAACAAGTCTTCGATTTCTTCAATAACGATCGTCAG------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  E  R  E  I  R  L  R  P  S  F  F  P  F  T  E  P  S  V  E  V  D  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  E  V  D  V  - 
---------------------------------------------------CAGCTTCCTTTTCACCTC---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 C  F  K  C  G  G  K  G  C  S  V  C  K  Q  T  G  W  I  E  I  L  G  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  L  G  A  G 
------------------------------------------------------TTCGTTCGCCAAGGCCCC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  V  H  P  N  V  L  E  M  A  G  F  D  S  K  Q  Y  Q  G  F  A  F  G  M 
 M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  Q  G  F  A  F  G  M 
CATTTT------------------------------------------TTCTGTGATCGGTCCCTTTTTTCC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  V  E  R  I  A  M  L  K  Y  G  I  D  D  I  R  H  F  Y  T  N  D  V  R 
 G  V  E  R  I  A  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGATACGCAACGCGGACATCGTT------------------------------------------------

337338339340341342343344
 F  L  S  Q  F  K  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

phe_bact_B_thailandensis

Class II

Bacteria/Burkholderia thailandensis/amino acid sequences/Bthailandensis_pheALPHA_aa

Bacteria/Burkholderia thailandensis/nucleotide sequences/Bthailandensis_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  L  D  Q  I  V  A  D  A  Q  Q  S  F  E  G  A  A  D  I  T  T  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  E  K  A  R  F  L  G  K  S  G  A  L  T  E  L  L  K  G  L  G  K  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  E  A  R  K  T  E  G  A  R  I  N  V  A  K  Q  Q  V  E  A  A  L  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  R  Q  A  L  A  D  A  L  L  N  Q  R  L  A  A  E  A  I  D  V  T  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  R  G  A  G  A  G  S  L  H  P  V  M  R  T  W  E  R  V  E  Q  I  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  V  M  R  T  W  E  R  V  E  Q  I  F  R 
------------------------------ATAGACGCCCTTCAGATCCGCGAAGCTGACGTTCTCGTCGAT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  I  G  F  D  V  A  D  G  P  E  I  E  T  D  W  Y  N  F  T  A  L  N  S 
 S  I  G  F  D  V  A  D  G  P  E  I  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCACAGGCCTTCGACCTGATTGAACATCGGGGAGTGCGT---------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  E  N  H  P  A  R  S  M  Q  D  T  F  Y  V  D  G  K  D  A  D  G  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  L  L  R  T  H  T  S  P  M  Q  V  R  Y  A  R  M  N  R  P  P  I  K  V 
 -  L  L  R  T  H  T  S  P  M  Q  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  V 
---CAGCCGACGACCGTCCGCGTCCTTGCCGTCGAC---------------------------CGGATGGTT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  A  P  G  R  T  Y  R  V  D  S  D  A  T  H  S  P  M  F  N  Q  V  E  G 
 I  A  P  G  R  T  Y  R  V  -  -  -  -  -  -  -  P  M  F  N  Q  V  E  G 
CTCCGGGCTGTTCAATGCGGTGAAGTT---------------------GGGGCCGTCGGCCACGTCGAAACC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  W  I  D  E  N  V  S  F  A  D  L  K  G  V  Y  T  D  F  L  K  K  F  F 
 L  W  I  -  -  -  -  -  F  A  D  L  K  G  V  Y  T  D  F  L  K  -  -  - 
GATCGAGCG---------------GCGCTCCCACGTGCGCATCACCGGATGGAGGCTCCCCGC---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  R  D  D  I  L  V  R  F  R  P  S  Y  F  P  F  T  E  P  S  A  E  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  A  E  I  D 
---------------------------------------------------------GTCGGCGAGCGCCTG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 M  M  F  E  H  G  K  N  A  G  K  W  L  E  I  S  G  S  G  Q  V  H  P  T 
 M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  S  G  S  G  Q  V  -  -  - 
GCG------------------------------------GACATTGATGCGCGCGCCTTCCGT---------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  I  R  N  M  G  L  D  P  E  R  Y  I  G  F  A  F  G  S  G  L  E  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  I  G  F  A  F  G  S  G  L  E  R  L 
---------------------------------CTCGGTCAGCGCGCCCGACTTACCGAGAAACCGCGCCTT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  M  L  R  Y  G  V  Q  D  L  R  L  F  F  E  N  D  L  R  F  L  R  Q  F 
 T  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCGTTCTC---------------------------------------------------------------

337
 A 
 - 
---

phe_bact_C_aggregans

Class II

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_pheALPHA_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  T  L  L  D  E  L  T  A  L  E  Q  E  A  F  D  A  L  N  T  V  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  T  A  L  T  E  W  K  S  R  F  I  G  K  Q  G  R  L  T  R  L  S  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  G  T  L  P  V  A  E  R  P  L  A  G  Q  R  V  N  S  L  R  E  Q  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  A  F  A  A  T  K  E  R  L  E  A  Q  A  I  A  A  E  L  A  A  E  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  I  T  M  P  G  R  R  P  A  V  G  Y  V  H  L  T  N  Q  I  L  R  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  T  N  Q  I  L  R  Q  V 
---------------------------------------------GCTCAAAGTGCCCTTGAGATCGGCCAT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  Q  I  F  A  E  M  G  F  Q  V  W  E  S  P  E  V  E  Y  D  A  F  N  F 
 Q  Q  I  F  A  E  M  G  F  Q  V  W  E  S  P  E  V  E  -  -  -  -  -  - 
CGTCACACGACGACCGACTGCCAAAAACTCAAACTGGTGGAACATCATCTCGCT------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  L  L  N  F  P  D  D  H  P  A  R  D  M  Q  D  T  F  Y  V  E  M  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  A  P  S  V  L  L  R  T  H  T  S  P  G  Q  I  H  A  M  R  K  N  A  P 
 -  -  -  -  -  L  L  R  T  H  T  S  P  G  Q  I  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GGTGCGTAACAGTACTGATGGCGCACCGGCCGG------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  P  L  R  V  L  I  P  G  K  V  Y  R  N  E  Q  V  T  V  R  S  E  M  M 
 -  -  L  R  V  L  I  P  G  K  V  Y  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  M  M 
------GCGGGCCGGGTGGTCGTCGGGGAAATTGAGCAGGCT------------------------TTCAGG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  H  Q  F  E  F  L  A  V  G  R  R  V  T  M  A  D  L  K  G  T  L  S  F 
 F  H  Q  F  E  F  L  A  V  -  -  -  -  -  M  A  D  L  K  G  T  L  S  F 
GCTTTCCCAAACCTGAAACCCCATTTC---------------CACTTGACGCAAAATTTGGTTGGTGAGATG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  A  E  R  M  F  G  P  G  T  Q  V  R  L  R  P  S  Y  F  P  F  T  E  P 
 F  A  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACATAACC---------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  A  E  M  D  V  T  C  F  L  C  G  G  K  G  C  R  I  C  K  Y  A  G  W 
 S  A  E  M  D  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCCTGGGCTTCCAACCG------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  E  I  G  G  C  G  M  V  H  P  N  V  L  R  N  G  G  Y  D  P  A  E  F 
 -  E  I  G  G  C  G  M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F 
---GCCGGCCAAAGGTCGTTCGGCGAC------------------------------------------CTG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  G  F  A  G  G  F  G  P  E  R  V  A  M  L  K  Y  G  I  D  D  I  R  W 
 S  G  F  A  G  G  F  G  P  E  R  V  A  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTACCGATGAAGCGACTCTTCCATTCGGTGAGGGCTGTCAGATC---------------------------

337338339340341342343344345346347348349
 F  Y  S  G  D  Q  R  F  V  E  Q  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

phe_bact_C_jejuni

Class II

Bacteria/Campylobacter jejuni/amino acid sequences/Cjejuni_pheALPHA_aa

Bacteria/Campylobacter jejuni/nucleotide sequences/Cjejuni_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  N  F  I  E  Q  I  Q  K  C  E  N  L  N  D  L  E  A  I  R  I  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  G  K  K  G  I  L  T  E  G  F  T  K  L  K  E  L  E  D  E  A  K  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  A  A  K  L  N  A  Q  K  E  I  F  N  E  A  Y  L  A  K  F  K  D  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  L  A  L  E  E  R  M  K  Q  D  A  L  N  F  N  Y  F  D  E  S  I  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  A  L  H  P  V  M  S  T  M  D  K  I  I  E  Y  F  I  A  L  N  F  S  I 
 -  -  -  -  P  V  M  S  T  M  D  K  I  I  E  Y  F  I  A  L  N  F  S  I 
------------TCCAAACATATAACGCAAAAAATCTTCCAATACACTTTTTAAATTTGCAAAGCTAACCTT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  K  G  P  L  I  E  D  D  F  H  N  F  E  A  L  N  L  P  K  S  H  P  A 
 E  K  G  P  L  I  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTGCCCTTCTTCCACCACAAG---------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  D  M  Q  D  T  F  Y  F  D  D  K  R  L  L  R  T  Q  T  S  P  V  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  R  T  Q  T  S  P  V  Q  I 
---------------------------------------TTGTGCAAGCATTGTCCGTATTTGCACTGGCGA

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  T  M  L  A  Q  K  P  P  I  R  M  I  A  P  G  A  V  F  R  R  D  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  M  I  A  P  G  A  V  F  R  R  -  -  - 
---------------------------ATCAAAATAAAAGGTATCTTGCATATCTCTTGCGGG---------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  T  H  T  P  M  F  H  Q  V  E  G  L  V  V  E  E  G  Q  K  V  S  F  A 
 -  -  -  -  P  M  F  H  Q  V  E  G  L  V  V  -  -  -  -  -  -  -  F  A 
------------CGCTTCAAAATTATGAAAGTCATCTTCTATTAA---------------------ATTCAA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  L  K  S  V  L  E  D  F  L  R  Y  M  F  G  D  V  K  V  R  F  R  P  S 
 N  L  K  S  V  L  E  D  F  L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGCTATAAAATATTCTATGATTTTATCCATGGT---------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  F  P  F  T  E  P  S  A  E  V  D  I  S  C  V  F  C  K  G  K  G  C  R 
 -  -  -  -  -  -  -  S  A  E  V  D  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------AGCATCTTGTTTCATTCT---------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  C  K  H  T  G  W  L  E  V  L  G  C  G  I  V  D  P  N  V  Y  N  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  L  G  C  G  I  V  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------TATTTCTTTTTGTGCATTTAATTT------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  Y  E  N  V  S  G  Y  A  F  G  L  G  V  E  R  F  A  M  L  L  H  Q  I 
 -  -  -  -  V  S  G  Y  A  F  G  L  G  V  E  R  F  A  M  L  -  -  -  - 
------------TTTAAGCTTTGTAAAGCCTTCTGTTAAAATACCTTTTTTTCCAAGAAC------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330
 P  D  L  R  S  L  F  E  G  D  L  R  L  L  E  Q  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

phe_euk_P_chromatophora

Class II

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_pheALPHA_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  T  T  S  F  Q  Q  L  S  N  Q  L  E  A  L  K  V  Q  A  N  N  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  R  A  S  D  I  S  T  I  E  K  L  R  V  S  L  M  G  K  K  G  Q  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  I  L  K  N  M  S  K  L  P  E  E  E  R  P  W  I  G  Q  L  A  N  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  Q  E  V  N  S  L  I  V  K  R  I  S  A  M  K  S  E  I  M  K  D  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  R  E  T  L  D  V  T  L  P  S  I  G  I  L  S  G  H  R  H  P  L  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  L  V  K 
------------------------------------------------------------TACCTGATGAAA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  T  E  D  I  V  D  I  F  C  G  L  G  Y  R  V  V  E  G  P  E  I  E  T 
 T  T  E  D  I  V  D  I  F  C  G  L  G  Y  R  V  V  E  -  P  E  I  E  - 
GACCGGTGAATGTGTAGCGTCGACACCATCCCTTCGATAAACTCGCCCAGGTGC---GATTCTAGTAGG---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  Y  Y  N  F  T  A  L  N  I  P  K  H  H  P  A  R  D  M  Q  D  T  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  S  E  N  Y  L  L  R  T  H  T  S  P  V  Q  I  R  H  L  E  K  N  P  P 
 -  -  -  -  -  L  L  R  T  H  T  S  P  V  Q  I  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------ATCTCTAGCAGGATGATGTTTAGGAATATTGAG------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  T  R  I  I  A  P  G  R  V  Y  R  R  D  G  V  D  A  T  H  S  P  V  F 
 -  T  R  I  I  A  P  G  R  V  Y  R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  P  V  F 
---AATCTCTGGGCCTTCCACAACACGATAACCAAGACC------------------------TGTTGTCTT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  Q  V  E  V  L  A  I  D  E  G  L  D  F  S  H  L  R  G  T  V  M  T  F 
 H  Q  V  E  V  L  A  I  -  -  -  -  -  F  S  H  L  R  G  T  V  M  T  F 
AACAAGCGGATGACGATGACCAGA---------------AGGCAATGTTACATCTAACGTCTCGCGAATAAT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  K  Q  F  F  G  D  L  P  V  R  F  R  A  S  Y  F  P  F  T  E  P  S  A 
 L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  A 
CTTATC------------------------------------------------------------TTTCAA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  V  D  V  Q  W  Q  D  R  W  L  E  V  M  G  C  G  M  V  D  P  A  V  L 
 E  V  D  V  -  -  -  -  -  -  -  E  V  M  G  C  G  M  V  -  -  -  -  - 
GAGGTTTGCAAG---------------------TTCCTCAGGTAATTTGCTCATATT---------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  G  L  G  L  D  P  K  R  W  S  G  F  A  A  G  L  G  V  E  R  F  C  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  W  S  G  F  A  A  G  L  G  V  E  R  F  C  M 
---------------------------TACTCTTAGCTTCTCGATAGTACTTATGTCGGAAGCCCTGGCTAT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334
 V  R  S  S  I  D  D  I  R  R  L  Y  T  S  D  I  R  F  L  E  Q  F 
 V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATC---------------------------------------------------------------

phe_euk_G_lamblia

Class II

Eukaryotes/Giardia lamblia/amino acid sequences/Glamblia_pheALPHA_aa

Eukaryotes/Giardia lamblia/nucleotide sequences/Glamblia_pheALPHA_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  T  A  C  S  L  Y  E  L  L  R  D  R  K  S  I  T  C  K  A  A  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  L  S  V  P  H  G  E  L  I  S  W  M  K  S  L  E  A  N  E  V  L  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  L  I  K  T  T  C  I  V  L  T  K  D  G  V  A  T  L  Q  G  G  S  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  R  L  A  S  K  L  N  D  L  A  T  S  H  P  Q  G  Q  G  G  L  V  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  E  L  S  K  Y  F  S  E  G  D  F  M  V  G  V  A  G  C  M  R  A  K  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  R  I  I  S  S  G  K  K  D  P  D  P  G  Y  E  L  C  L  P  L  A  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  D  D  T  Q  A  L  L  Y  G  L  V  I  P  G  T  T  D  L  V  Q  E  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  D  D  L  F  K  Q  L  K  Q  R  K  L  V  T  T  A  E  L  K  H  F  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  K  G  E  K  Y  E  A  G  M  K  K  L  S  P  D  L  T  I  E  M  V  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  F  L  N  N  P  S  T  E  A  A  A  K  A  G  T  P  S  F  G  F  S  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  L  N  F  E  S  L  G  S  V  P  H  A  G  A  F  H  P  L  M  E  M  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  L  M  E  M  R  R 
---------------------------------------------------CCGCTGATGGAAATGCGAAGA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  F  V  E  A  F  V  G  M  G  F  E  Q  M  K  T  P  K  L  V  E  S  S  F 
 L  F  V  E  A  F  V  G  M  G  F  E  Q  M  K  T  .  K  L  V  E  -  -  - 
CTATTCGTCGAGGCGTTTGTTGGAATGGGTTTTGAGCAGATGAAGACA---AAGCTGGTTGAA---------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 W  N  F  D  A  L  F  Q  P  Q  S  H  P  A  R  D  S  Q  D  T  F  F  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  Q  Y  S  Q  T  R  R  D  S  L  D  A  E  L  V  E  R  I  R  T  A  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  G  G  E  A  M  R  S  K  G  Y  R  Y  V  W  K  V  S  E  A  L  R  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
---------------------------------------------------------------------GTT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  R  T  H  T  T  A  V  S  A  R  V  L  Y  E  I  G  Q  H  Y  Q  K  T  G 
 L  R  T  H  T  T  A  V  S  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCCGCACGCACACTACTGCCGTCTCAGCC------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  F  R  P  R  R  F  F  S  I  D  R  V  Y  R  N  E  T  L  D  A  T  H  L 
 -  -  -  -  R  R  F  F  S  I  D  R  V  Y  R  N  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------CGCCGCTTCTTCTCTATTGACAGGGTTTATCGCAAC------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 C  E  F  N  Q  V  E  G  M  V  I  D  R  N  L  T  L  G  N  L  I  A  T  L 
 C  E  F  N  Q  V  E  G  M  V  I  -  -  -  -  -  L  G  N  L  I  A  T  L 
TGTGAGTTTAACCAGGTGGAAGGAATGGTTATT---------------CTTGGAAACCTTATCGCGACTCTC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  A  F  F  A  R  L  G  M  T  Q  L  K  F  K  A  T  Y  N  P  Y  T  A  P 
 R  A  F  F  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGTGCCTTCTTTGCT---------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  M  E  I  F  A  F  H  P  Q  L  K  R  W  V  E  V  G  N  S  G  L  F  R 
 S  M  E  I  F  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  G  N  S  G  L  F  - 
TCCATGGAAATTTTTGCA---------------------------GAGGTGGGTAACTCTGGACTCTTC---

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 P  E  V  L  L  P  L  G  L  P  E  D  V  Q  V  L  A  W  G  L  S  L  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Q  V  L  A  W  G  L  S  L  E  R 
------------------------------------GTGCAAGTCCTGGCTTGGGGCCTTAGCCTAGAGAGG

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  T  M  I  V  H  E  I  S  N  I  R  D  L  I  G  P  S  T  S  L  E  L  I 
 P  T  M  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCAACCATGATC------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541
 R  E  Y  R  V  F  T  P  A  H  A  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

pro_arch_P_delaneyi

Class II

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_pro_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  A  E  R  K  R  W  S  Q  E  F  S  R  W  F  D  W  V  L  E  E  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  Y  D  Y  G  R  Y  P  V  K  G  M  G  I  W  M  P  Y  G  Y  Q  I  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  R 
---------------------------------------------------------------ATTCGGCGC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  V  V  E  L  I  R  D  V  L  D  E  K  G  H  E  E  V  L  F  P  L  L  I 
 R  V  V  E  L  I  R  D  V  L  D  E  K  G  H  E  E  V  L  F  P  L  L  I 
CGTGTCGTCGAACTCATCCGTGACGTCCTTGACGAGAAGGGGCACGAGGAAGTCCTCTTCCCCCTGCTTATA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  E  T  L  L  R  K  E  S  E  H  I  R  G  F  E  G  E  V  Y  W  V  T  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  G  T  E  P  L  D  I  K  L  A  L  R  P  T  S  E  T  S  I  T  Y  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  R  P  T  S  E  T  S  I  T  -  -  - 
------------------------------GCTCTGCGCCCAACGAGCGAAACGAGTATAACC---------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  F  W  I  K  S  Y  K  Q  L  P  R  K  F  Y  Q  I  V  S  I  F  R  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  K  F  Y  Q  I  V  S  I  F  R  Y  - 
---------------------------------CGGAAGTTCTACCAGATAGTCAGCATATTCCGCTAC---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  K  A  T  R  P  L  I  R  L  R  E  V  T  T  F  K  E  A  H  T  V  H  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  V  T  .  F  K  E  A  H  T  V  -  - 
------------------------------CGCGAAGTAACC---TTCAAGGAAGCCCACACAGTC------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  F  E  D  A  D  R  Q  V  A  E  A  I  E  L  Y  K  R  I  F  D  E  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  A  E  A  I  E  L  Y  K  R  I  F  D  -  -  - 
------------------------GTAGCCGAGGCAATAGAGCTCTACAAGCGTATATTCGAC---------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  P  Y  V  I  S  R  R  P  E  W  D  K  F  A  G  A  I  Y  T  V  A  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  V  A  F  D 
---------------------------------------------------------ACAGTGGCATTCGAC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  V  M  P  D  G  R  T  L  Q  I  G  T  A  H  H  L  G  Q  N  F  T  I  P 
 T  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  I  G  T  A  H  H  L  -  -  -  -  -  -  - 
ACC------------------------CAGATAGGCACAGCACACCACCTA---------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  E  V  R  I  Q  L  P  D  E  S  L  D  Y  A  W  Q  T  S  Y  G  L  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  W  Q  T  S  Y  G  L  S  D 
------------------------------------------GCCTGGCAAACAAGCTACGGGCTAAGTGAC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  V  V  A  T  V  I  A  I  H  G  D  D  R  G  A  V  L  P  P  I  V  A  P 
 R  V  V  A  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGTGTAGTAGCCACA---------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  Q  V  V  V  V  P  I  P  A  R  D  E  E  Q  R  K  R  L  Q  D  Y  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  V  E  E  K  L  R  R  L  G  V  R  Y  R  I  D  D  R  E  D  V  R  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  K  F  Y  E  W  E  A  R  G  V  P  V  R  I  E  V  G  P  R  E  A  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  T  L  V  L  A  R  R  D  T  L  E  K  T  T  I  S  I  D  E  L  E  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  P  E  L  L  E  D  I  A  R  S  L  R  E  R  A  W  N  W  L  Q  S  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  R  V  E  T  V  E  E  A  R  C  V  I  E  E  E  R  G  I  V  E  L  P  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 C  G  R  E  E  C  G  L  R  L  E  E  S  I  D  A  G  V  L  G  S  P  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  P  E  W  V  R  G  K  Q  C  P  V  C  G  Q  P  A  V  T  S  I  R  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483
 K  K  Y 
 -  -  - 
---------

pro_arch_T_volcanium

Class II

Archaea/Thermoplasma volcanium/amino acid sequences/Tvolcanium_pro_aa

Archaea/Thermoplasma volcanium/nucleotide sequences/Tvolcanium_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  N  K  K  E  N  F  S  E  W  Y  N  E  I  V  T  I  S  D  L  S  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  Y  P  I  K  G  M  N  V  W  R  P  Y  G  W  K  I  M  K  L  I  D  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  M  K  L  I  D  N  I 
------------------------------------------------ATAATGAAGCTTATAGACAACATA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  R  N  A  V  D  K  H  S  F  D  E  V  N  F  P  V  L  I  S  R  G  M  L 
 I  R  N  A  V  D  K  H  S  F  D  E  V  N  F  P  V  L  I  -  -  -  -  - 
ATAAGAAATGCCGTGGATAAACATTCTTTTGATGAGGTCAATTTTCCAGTTTTGATA---------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  V  E  F  E  H  I  R  G  F  E  N  E  I  Y  W  V  T  K  G  G  K  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  E  E  E  L  A  L  R  P  T  S  E  S  A  M  Y  P  M  F  S  L  W  V  R 
 -  -  -  -  -  A  L  R  P  T  S  E  S  A  M  Y  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GCTTTACGCCCCACTAGCGAATCTGCTATGTAT------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  H  A  D  L  P  L  K  I  Y  Q  I  V  S  V  Y  R  Y  E  T  K  H  T  R 
 -  -  -  -  -  -  L  K  I  Y  Q  I  V  S  V  Y  R  Y  -  -  -  -  -  - 
------------------TTGAAGATTTACCAGATAGTAAGCGTGTACAGGTAT------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  F  I  R  I  R  E  I  H  F  F  E  A  H  T  A  H  E  S  Y  E  D  A  E 
 -  -  -  -  -  R  E  I  H  F  F  E  A  H  T  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AGAGAAATCCACTTTTTCGAGGCCCATACCGCT------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  Q  M  D  E  Y  R  I  I  W  T  E  I  A  D  A  L  C  L  P  F  L  Y  D 
 -  -  M  D  E  Y  R  I  I  W  T  E  I  A  D  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ATGGATGAATACAGGATCATATGGACGGAAATAGCAGAT---------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  R  P  E  W  D  K  F  P  G  A  M  Y  T  I  A  F  D  T  V  M  P  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  I  A  F  D  T  -  -  -  -  - 
---------------------------------------ACTATAGCCTTCGATACA---------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  S  L  Q  I  G  T  I  H  Q  Y  G  T  N  F  S  K  N  Y  D  I  K  Y  L 
 -  -  -  Q  I  G  T  I  H  Q  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CAGATCGGTACAATTCACCAATAC---------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  E  D  G  T  F  E  Y  V  H  Q  T  T  F  G  M  S  E  R  L  L  A  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  Q  T  T  F  G  M  S  E  R  L  L  A  A  - 
------------------------GTACATCAGACAACGTTTGGCATGAGCGAAAGACTTCTTGCGGCA---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  G  I  H  G  D  D  K  G  L  I  L  P  P  A  I  A  P  I  Q  V  V  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  I  P  G  E  G  V  E  R  Y  A  K  D  I  E  T  T  L  N  G  I  G  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 C  H  V  D  N  R  D  N  Y  T  P  G  Y  K  Y  N  D  W  E  M  R  G  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  R  I  E  V  G  E  R  E  L  K  E  K  T  V  T  L  A  A  R  N  I  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  K  T  V  Q  R  E  K  L  V  Y  E  V  P  D  M  L  D  L  V  K  E  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  E  D  A  K  K  T  F  N  S  L  V  V  S  A  S  S  L  D  D  F  K  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  L  I  K  A  F  W  C  G  S  K  E  C  S  D  K  I  E  N  E  T  E  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  L  G  F  N  L  N  N  D  E  T  G  K  C  I  V  C  G  K  A  G  K  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462
 I  F  S  R  S  Y 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

pro_arch_T_acidophilum

Class II

Archaea/Thermoplasma acidophilum/amino acid sequences/Tacidophilum_pro_aa

Archaea/Thermoplasma acidophilum/nucleotide sequences/Tacidophilum_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  N  K  K  E  N  F  S  E  W  Y  N  E  I  I  T  L  A  E  L  S  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  Y  P  V  K  G  M  N  V  W  L  P  Y  G  W  K  I  M  S  L  I  D  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  M  S  L  I  D  S  I 
------------------------------------------------GTCGGAACATTCCTTCGAACCACA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  R  R  A  V  D  K  R  N  F  Q  E  V  N  F  P  I  L  I  G  R  S  M  L 
 V  R  R  A  V  D  K  R  N  F  Q  E  V  N  F  P  I  L  I  -  -  -  -  - 
CCAGAATGCGGTTATAAGGCCATCCCTGTTGAATTCTTCAAGTTTCGTTGCCCTGAA---------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  V  E  F  E  H  I  R  G  F  E  N  E  I  Y  W  V  T  K  G  G  K  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  E  E  E  L  A  L  R  P  T  S  E  S  A  M  Y  P  M  F  S  L  W  I  R 
 -  -  -  -  -  A  L  R  P  T  S  E  S  A  M  Y  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AAGCTTTCCCTGAATGTTTCTCATCGAAATGGT------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  H  A  D  L  P  L  K  I  Y  Q  I  V  S  V  Y  R  Y  E  T  K  H  T  R 
 -  -  -  -  -  -  L  K  I  Y  Q  I  V  S  V  Y  R  Y  -  -  -  -  -  - 
------------------AAGTGGGACGCCCCTCATCTCCCAGTCGTTGAACTT------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  F  I  R  I  R  E  I  H  F  F  E  A  H  T  A  H  A  T  Y  E  D  A  E 
 -  -  -  -  -  R  E  I  H  F  F  E  A  H  T  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CTTGACCCTTATATTTATGCTATTAAGCGTATT------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  Q  M  D  Q  Y  K  E  I  W  R  E  I  S  S  L  L  C  L  P  Y  F  Y  D 
 -  -  M  D  Q  Y  K  E  I  W  R  E  I  S  S  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------TGCGCCGGGTATGGGTATTATGATCACCTGTATCGGAGC---------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  R  P  D  W  D  K  F  P  G  A  M  Y  T  I  A  F  D  T  V  L  P  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  I  A  F  D  T  -  -  -  -  - 
---------------------------------------CTCACTCATACCATAAGT---------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  S  L  Q  I  G  T  I  H  Q  Y  G  T  N  F  S  K  N  Y  D  I  K  Y  L 
 -  -  -  Q  I  G  T  I  H  Q  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TCCATCCTCCTTAAGATACTTTAT---------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  E  D  G  T  F  D  Y  A  H  Q  T  T  Y  G  M  S  E  R  L  L  A  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  A  H  Q  T  T  Y  G  M  S  E  R  L  L  A  A  - 
------------------------TGATGGAAGAACGGTGTCGAAGGCTATCGTGTACATTGCCCCTGG---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  G  I  H  G  D  D  K  G  L  V  L  P  P  D  V  A  P  I  Q  V  I  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  I  P  G  A  G  V  M  E  Y  A  R  D  V  E  N  T  L  N  S  I  N  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  K  V  D  D  R  E  N  Y  T  P  G  Y  K  F  N  D  W  E  M  R  G  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  R  I  E  I  G  E  R  E  V  K  N  R  T  L  T  I  S  M  R  N  I  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  L  T  I  E  R  S  K  L  I  Y  E  V  P  D  T  L  I  R  I  R  E  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 M  E  N  A  Q  K  V  F  K  D  H  V  F  R  A  T  K  L  E  E  F  N  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  L  I  T  A  F  W  C  G  S  K  E  C  S  D  K  I  E  A  E  T  E  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  L  G  F  M  V  D  S  S  E  T  G  K  C  V  V  C  G  K  N  G  K  M  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462
 V  F  S  R  S  Y 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

pro_arch_P_aerophilum

Class II

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_pro_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  L  I  R  E  A  R  P  H  S  R  E  K  L  K  S  N  L  I  E  W  F  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  L  L  R  E  A  E  L  Y  D  V  R  Y  P  V  K  G  A  Y  V  W  R  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  M  K  I  R  R  N  V  E  N  L  I  R  K  F  H  D  E  T  G  H  E  E  V 
 -  -  -  I  R  R  N  V  E  N  L  I  R  K  F  H  D  E  T  G  H  E  E  V 
---------GTTGTCCCCGCTCCACGGGATCTCCACTACCTTGCCCTCTTTTATCGCGGCTTTTGCTACCTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  F  P  V  F  I  P  Y  E  F  F  G  K  E  S  Q  H  I  K  G  F  E  K  E 
 L  F  P  V  F  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TATATCCTCGGCCTTGAC------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  F  W  V  S  K  G  G  E  A  G  E  R  L  V  L  R  P  T  S  E  T  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R  P  T  S  E  T  A  I 
------------------------------------------CACCGCGTATTTCTCCAATGTATCCCTCCT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 M  P  M  V  K  L  W  I  Q  D  Y  K  D  L  P  L  R  V  Y  Q  I  V  S  V 
 M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  V  Y  Q  I  V  S  V 
CGC------------------------------------------GACCCTGAGAGGTACGCCTTTTAACTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 F  R  A  E  T  K  M  T  H  P  M  I  R  L  R  E  I  S  M  F  K  E  A  H 
 F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  I  .  M  F  K  E  A  H 
CCAGTAGTA---------------------------------GTCTACATA---ACGTATGCCTGCCTCATT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  V  H  A  D  K  E  D  A  E  R  Q  V  R  E  A  V  E  I  Y  K  R  I  F 
 T  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  E  A  V  E  I  Y  K  R  I  F 
AAGCCG------------------------------TAACGGCGCCTCCTCCTCTCCGTAGTATATGGGGAT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  E  M  C  L  A  Y  L  I  N  K  R  P  E  W  D  K  F  A  G  A  E  Y  T 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T 
CAC------------------------------------------------------------------CAT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  A  F  D  T  I  L  P  D  G  R  S  L  Q  I  G  T  V  H  Y  L  G  T  N 
 I  A  F  D  T  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  I  G  T  V  H  Y  L  -  -  - 
TGCTGCAATACTCCT------------------------GTGTGCCAACTTCCTAGTCCCATC---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  T  K  V  F  E  V  T  Y  L  D  A  D  G  T  R  K  L  A  H  T  T  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  H  T  T  S  Y 
------------------------------------------------------TATCTGTAACGACCTGCC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  I  S  E  R  S  I  A  A  M  L  I  T  H  G  D  D  G  G  T  T  L  P  P 
 G  I  S  E  R  S  I  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCTGGGAGGATAGTGTCAAAGGCTAT---------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  L  A  P  I  Q  V  V  V  I  P  I  Y  Y  G  E  E  E  A  P  L  V  M  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  V  R  E  T  A  N  R  L  N  E  A  G  I  R  V  Y  V  D  E  R  A  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  P  G  W  K  F  Y  Y  W  E  L  K  G  V  P  L  R  V  E  I  G  K  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  E  K  R  Q  A  V  I  A  R  R  D  T  L  E  K  Y  A  V  S  I  N  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  D  A  V  K  Q  L  M  K  S  V  E  E  N  L  R  K  R  A  W  E  E  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  R  V  V  K  A  E  D  I  E  V  A  K  A  A  I  K  E  G  K  V  V  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  W  S  G  D  N  D  C  G  I  K  I  Q  E  L  V  G  A  D  A  L  G  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  D  A  D  A  S  V  G  G  Y  D  L  R  D  L  A  C  K  E  R  R  A  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488
 W  L  R  L  S  E  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

pro_arch_M_kandleri

Class II

Archaea/Methanopyrus kandleri/amino acid sequences/Mkandleri_pro_aa

Archaea/Methanopyrus kandleri/nucleotide sequences/Mkandleri_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  H  A  F  L  G  N  A  Q  L  P  S  T  P  R  G  D  R  L  E  F  S  E  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  A  E  V  L  R  S  A  E  I  M  D  V  R  Y  P  V  K  G  M  Y  V  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  Y  G  F  E  I  R  Q  R  V  V  E  K  L  R  R  K  L  R  E  T  G  H  E 
 -  -  -  -  -  I  R  Q  R  V  V  E  K  L  R  R  K  L  R  E  T  G  H  E 
---------------GGTCTCGACGATCCCCTCACCAACCAGTCTTCGTGCTTCCTCCGGGGAGTCCGTTCG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  V  L  F  P  T  L  I  P  E  T  Q  L  K  K  E  S  E  H  I  A  G  F  E 
 E  V  L  F  P  T  L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAATATACCCTTTTCGAACTTCTC------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  E  V  Y  W  V  T  H  G  G  L  K  E  L  D  E  K  L  A  L  R  P  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  R  P  T  S 
------------------------------------------------------CCGGAAGACTACCGCGGT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  T  A  I  Y  P  M  F  A  L  W  I  R  S  H  A  D  L  P  L  K  I  F  Q 
 E  T  A  I  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  I  F  Q 
ACCCTCCTCGAGTTC------------------------------------------CCAGTAATGGAACTT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  V  N  T  F  R  Y  E  T  K  H  T  R  P  L  I  R  M  R  E  I  T  T  F 
 I  V  N  T  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  I  T  .  F 
GCGTCCCGGGCTCATGTCGCG---------------------------------CAGCATCTCCTC---CTC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  E  A  H  T  A  H  A  T  E  E  E  A  E  E  Q  V  K  E  A  V  E  I  Y 
 K  E  A  H  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  K  E  A  V  E  I  Y 
CGCGGCACGTTCCAGGAT------------------------------GACCATCACAACCTGGTACGGAGC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  S  F  F  D  E  L  G  I  P  Y  I  A  S  V  R  P  E  W  D  K  F  P  G 
 S  S  F  F  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACGTCCGGCGGTAG---------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  E  Y  T  V  A  F  D  T  L  M  P  D  G  R  T  L  Q  I  G  T  V  H  M 
 -  -  -  T  V  A  F  D  T  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  I  G  T  V  H  M 
---------GCAGGTCATGTACACGTA------------------------GTAGGTGACCTCGAACGTTCT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  G  Q  N  F  A  R  T  F  E  V  T  Y  E  T  E  E  G  D  Q  E  Y  V  Y 
 L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y 
CGC---------------------------------------------------------------GTCGAA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 M  T  C  Y  G  I  S  D  R  V  V  A  S  M  I  A  I  H  G  D  E  R  G  L 
 M  T  C  Y  G  I  S  D  R  V  V  A  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCCACCGTGTACTCGGCGCCCGGGAACTTGTCCCACTC---------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  L  P  P  D  V  A  P  Y  Q  V  V  M  V  P  I  L  K  K  G  V  R  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  L  E  R  A  A  E  V  E  E  M  L  R  E  E  G  V  R  V  K  V  D  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  M  S  P  G  R  K  F  H  Y  W  E  L  K  G  V  P  L  R  I  E  L  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  E  L  E  E  G  T  A  V  V  F  R  R  D  E  L  E  R  E  T  Y  A  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  L  P  D  V  V  P  E  L  L  E  D  I  A  M  E  L  R  K  R  A  R  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  E  K  G  I  F  R  T  D  S  P  E  E  A  R  R  L  V  G  E  G  I  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  G  W  C  G  S  E  R  C  G  V  R  M  E  E  E  F  G  G  D  V  L  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  Y  P  E  E  D  T  E  F  E  R  C  P  I  C  G  E  T  A  E  Y  T  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485
 I  A  K  T  Y 
 -  -  -  -  - 
---------------

pro_arch_M_acetivorans

Class II

Archaea/Methanosarcina acetivorans/amino acid sequences/Methanosarcina_acetivorans_pro_aa

Archaea/Methanosarcina acetivorans/nucleotide sequences/Methanosarcina_acetivorans_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  E  S  E  K  E  A  A  L  P  P  K  E  E  F  S  D  W  Y  N  E  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 W  M  A  E  I  M  D  V  R  Y  P  V  K  G  L  Y  V  W  Y  P  F  G  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  R  R  S  T  Y  N  I  I  R  E  I  L  D  N  S  G  H  Q  E  T  L  F  P 
 I  R  R  S  T  Y  N  I  I  R  E  I  L  D  N  S  G  H  Q  E  T  L  F  P 
ATCAGGAGGAGTACTTACAATATCATAAGGGAAATTCTCGATAACAGTGGGCACCAGGAAACCCTTTTTCCC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  L  I  P  E  N  E  F  M  K  E  A  E  H  I  K  G  F  E  N  E  V  Y  W 
 L  L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTGCTGATC---------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  T  H  G  G  K  D  S  L  D  I  P  L  A  L  R  P  T  S  E  T  A  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  R  P  T  S  E  T  A  I  Y 
---------------------------------------GCGCTCCGCCCCACAAGTGAGACTGCCATTTAT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  M  Y  K  M  W  V  R  S  H  A  D  F  P  I  K  L  Y  Q  I  V  N  T  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  L  Y  Q  I  V  N  T  F 
------------------------------------------ATCAAACTCTACCAGATAGTCAACACTTTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  Y  E  T  K  H  T  R  P  L  I  R  L  R  E  I  T  S  F  K  E  A  H  T 
 R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  I  .  S  F  K  E  A  H  T 
CGCTAT---------------------------------AGGGAGATT---TCTTTTAAAGAAGCCCATACC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  H  A  T  W  E  D  A  E  A  Q  V  K  E  A  V  E  L  Y  T  E  I  Y  R 
 V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  K  E  A  V  E  L  Y  T  E  I  Y  R 
GTG------------------------------GTAAAGGAAGCTGTTGAACTTTACACCGAGATCTACCGC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  L  A  V  P  V  L  R  S  R  R  P  D  W  D  K  F  P  G  A  D  Y  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  D 
------------------------------------------------------------------ACCGAT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  I  D  A  M  M  P  D  G  R  T  L  Q  I  G  T  V  H  H  L  G  D  N  F 
 A  I  D  A  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  I  G  T  V  H  H  L  -  -  -  - 
GCCATTGACGCC------------------------CAGATAGGAACCGTCCACCACCTT------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  K  T  F  D  I  K  Y  E  A  P  D  G  E  Q  R  Y  A  H  Q  T  C  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  H  Q  T  C  Y  G 
---------------------------------------------------GCACACCAGACCTGTTACGGA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  S  E  R  S  I  A  A  T  I  S  I  H  G  D  D  K  G  L  V  L  P  P  E 
 I  S  E  R  S  I  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTTCGGAGCGGTCTATTGCAGCC------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  A  P  V  Q  V  V  I  I  P  I  I  F  K  K  G  A  E  E  V  L  A  A  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  D  V  Q  E  R  L  K  K  T  G  V  K  V  E  I  D  A  S  D  L  R  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  K  Y  Y  R  W  E  M  K  G  V  P  L  R  L  E  I  G  P  R  D  L  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  V  A  V  S  V  R  R  D  T  G  E  K  E  Q  I  P  L  P  E  I  E  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  L  Q  K  F  E  A  I  Q  N  S  L  Y  E  K  A  K  V  G  L  E  S  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  D  C  T  E  L  E  E  V  K  E  K  I  Q  K  G  V  A  T  I  P  W  C  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  K  E  C  G  L  A  M  E  D  R  I  G  A  G  I  L  G  I  P  L  T  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  K  G  K  E  K  C  P  V  C  G  A  E  T  E  T  R  V  Y  V  A  R  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

pro_arch_M_aeolicus_Nankai

Class II

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/amino acid sequences/MaeolicusNankai_pro_aa

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/nucleotide sequences/MaeolicusNankai_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  N  F  S  E  W  Y  H  N  I  L  E  T  A  G  I  Y  D  L  R  Y  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  G  C  G  V  Y  L  P  Y  G  F  K  I  R  R  Y  A  F  E  A  I  R  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  R  Y  A  F  E  A  I  R  D  M 
------------------------------------ATAAGAAGATATGCATTTGAAGCCATAAGAGATATG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  D  E  S  N  H  D  E  A  L  F  P  M  L  I  P  E  D  L  L  A  K  E  G 
 L  D  E  S  N  H  D  E  A  L  F  P  M  L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTGACGAATCAAACCACGATGAAGCACTATTCCCAATGTTAATT---------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  H  I  K  G  F  E  E  E  V  Y  W  V  T  H  G  G  T  T  P  L  D  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  A  L  R  P  T  S  E  T  P  I  Y  H  M  M  K  L  W  I  K  V  H  T  D 
 -  A  L  R  P  T  S  E  T  P  I  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GCTTTAAGACCAACATCAGAAACTCCAATATAT------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  P  I  K  I  Y  Q  I  V  N  S  F  R  Y  E  T  K  H  T  R  P  L  I  R 
 -  -  I  K  I  Y  Q  I  V  N  S  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ATAAAAATATATCAAATTGTAAATTCATTTAGATAT------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  R  E  I  M  T  F  K  E  A  H  T  A  H  S  T  S  E  E  A  E  A  Q  V 
 -  R  E  I  .  T  F  K  E  A  H  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
---AGAGAAATA---ACCTTTAAAGAGGCACATACAGCA------------------------------GTG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  T  A  L  N  I  Y  K  T  F  F  D  R  M  G  V  P  T  I  V  S  Q  R  P 
 Q  T  A  L  N  I  Y  K  T  F  F  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAAACTGCACTAAATATATATAAAACATTCTTTGAT------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  W  D  K  F  P  G  A  D  Y  T  M  A  F  D  T  I  F  P  D  G  K  T  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  M  A  F  D  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------ACAATGGCTTTTGATACT------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  I  G  T  V  H  N  L  G  Q  H  F  A  K  T  F  E  L  E  F  E  T  P  E 
 Q  I  G  T  V  H  N  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAAATTGGGACGGTGCATAATTTG------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  G  K  D  Y  A  Y  Q  T  C  Y  G  I  S  D  R  I  I  A  S  I  I  A  L 
 -  -  -  -  -  A  Y  Q  T  C  Y  G  I  S  D  R  I  I  A  S  -  -  -  - 
---------------GCATACCAAACATGCTATGGTATTTCAGATAGAATAATAGCTTCA------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  G  D  E  K  G  L  I  L  P  P  E  V  A  P  H  Q  I  I  I  I  P  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  K  G  K  E  E  I  A  M  N  K  A  K  E  I  Y  K  S  L  K  N  T  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  K  L  D  D  R  D  I  R  P  G  K  K  F  N  D  W  E  L  K  G  A  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  I  E  L  G  P  R  D  I  E  N  N  K  L  T  I  Y  R  R  D  T  G  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  Q  I  D  E  D  N  L  L  N  E  L  N  T  L  I  D  S  I  E  N  T  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  K  A  E  Q  K  V  K  S  F  I  T  I  L  D  N  H  D  V  N  N  I  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  L  S  T  K  K  G  V  V  L  V  P  Y  D  E  N  I  Y  T  E  E  F  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  I  D  A  S  V  L  G  T  T  E  Y  D  G  K  K  Y  I  S  I  A  K  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

pro_arch_N_equitans

Class II

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_pro_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  K  K  S  E  N  P  K  E  W  Y  N  E  I  V  R  K  A  N  I  I  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  Y  P  V  K  G  M  P  V  Y  K  P  Y  G  Y  K  A  F  K  F  L  M  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  F  K  F  L  M  S  L 
------------------------------------------------TTTTATTTGGTTAGCACAGCTTTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  E  N  K  L  E  S  I  G  A  E  P  A  W  F  P  I  V  I  P  Y  S  I  F 
 L  E  N  K  L  E  S  I  G  A  E  P  A  W  F  P  I  V  I  -  -  -  -  - 
TCTCATACAGAATGGGGCTTTTGCTATTTTGTTTTGCTCTATGGCTTCTTTTAATTC---------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  K  E  S  E  H  I  K  G  F  E  E  E  V  F  W  I  E  R  A  G  N  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  E  D  P  L  I  L  R  P  T  S  E  T  E  M  Y  Y  M  F  A  K  W  I  E 
 -  -  -  -  -  I  L  R  P  T  S  E  T  E  M  Y  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CTCGTTTAGAGAAATTGTGTATTTCTTTTTGTT------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  Y  R  D  L  P  L  I  I  Y  M  T  N  T  V  Y  R  Y  E  T  K  S  T  K 
 -  -  -  -  -  -  L  I  I  Y  M  T  N  T  V  Y  R  Y  -  -  -  -  -  - 
------------------TAAGCCAATGTCTATTCTTAATGGAACCCCAATCAA------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  L  I  R  G  R  E  V  L  W  N  E  T  H  S  V  H  R  S  E  E  D  A  R 
 -  -  -  -  -  R  E  V  L  W  N  E  T  H  S  V  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------TGTATCGTCCGAATCTAAATAAACTCTATATTT------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  H  M  A  K  A  K  E  V  Y  D  Y  I  F  W  D  V  L  Y  L  P  Y  I  W 
 -  -  M  A  K  A  K  E  V  Y  D  Y  I  F  W  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------ATACTCTATTACTTTTGTATCGTCTTTGCCCAAAATTGG---------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  R  R  P  E  W  D  K  F  P  G  G  E  E  T  Y  A  A  D  A  I  M  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  A  A  D  A  -  -  -  - 
------------------------------------------CAAAGCGCCTCCAAAAGC------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  R  F  L  Q  V  G  T  I  H  L  L  G  Q  K  F  A  I  P  F  E  I  K  F 
 -  -  -  -  Q  V  G  T  I  H  L  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TTGCCATACATATTTTCTAAAATC------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  D  Y  H  P  F  Y  K  K  Y  G  D  P  N  I  Y  I  K  D  K  N  G  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------------------------TAA---------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  K  V  H  A  P  K  E  F  W  E  E  L  E  K  G  K  L  T  K  T  Y  T  I 
 .  .  .  .  .  P  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
---------------CGC------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  I  G  D  K  E  Y  T  I  S  S  I  E  E  I  N  E  K  L  K  E  Y  D  F 
 .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  .  . 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  K  Y  V  W  Q  T  S  Y  G  I  S  M  R  A  F  G  G  A  L  Y  W  L  G 
 .  .  .  .  .  Q  T  S  Y  G  I  S  M  R  A  F  G  G  -  -  -  -  -  - 
---------------TTGTAAAAACCTACCATCTGGCATTATTGCATCTGCAGC------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  D  L  G  L  V  M  P  Y  K  I  A  P  I  Q  I  V  I  I  P  I  L  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  D  T  K  V  I  E  Y  S  K  K  V  Y  E  L  I  K  D  K  Y  R  V  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  S  D  D  T  K  T  P  G  Y  K  Y  Y  Y  Y  D  L  I  G  V  P  L  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  I  G  L  K  E  V  E  N  N  S  I  T  I  V  R  R  D  N  K  K  K  Y  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  S  L  N  E  L  E  K  I  D  Q  I  F  K  E  M  E  E  D  L  K  Q  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  S  F  V  N  D  M  V  V  R  V  K  T  F  D  E  L  K  E  A  I  E  Q  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  I  A  K  A  P  F  C  M  R  E  S  C  A  N  Q  I  K  E  L  L  H  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  R  G  T  D  I  N  P  E  N  A  E  K  E  R  C  V  Y  C  G  E  P  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537
 Y  W  V  Y  I  G  K  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

pro_arch_P_horikoshii

Class II

Archaea/Pyrococcus horikoshii/amino acid sequences/Phorikoshii_pro_aa

Archaea/Pyrococcus horikoshii/nucleotide sequences/Phorikoshii_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  E  R  K  R  W  S  E  E  F  S  E  W  F  N  E  V  I  E  E  A  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  D  K  R  Y  P  V  K  G  M  N  V  W  L  P  Y  G  L  K  I  M  R  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  M  R  N  I 
---------------------------------------------------------ATAATGAGGAATATT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  K  F  I  H  E  E  M  E  R  T  G  H  Q  E  V  L  F  P  A  L  I  P  E 
 E  K  F  I  H  E  E  M  E  R  T  G  H  Q  E  V  L  F  P  A  L  I  -  - 
GAGAAGTTCATCCACGAGGAGATGGAGAGGACTGGTCACCAGGAAGTTTTATTCCCAGCTCTAATC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  E  F  K  K  E  A  E  H  I  A  G  F  E  G  E  V  F  W  V  T  H  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  E  P  L  D  V  R  L  V  L  R  P  T  S  E  T  A  M  Y  S  M  F  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R  P  T  S  E  T  A  M  Y  -  -  -  -  - 
------------------------GTATTAAGGCCGACAAGCGAGACGGCCATGTAT---------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  I  R  S  H  A  D  L  P  F  K  V  Y  Q  I  V  N  V  Y  R  Y  E  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  K  V  Y  Q  I  V  N  V  Y  R  Y  -  -  - 
---------------------------TTTAAGGTTTATCAGATAGTGAATGTCTATAGATAT---------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 H  T  R  P  L  I  R  V  R  E  I  S  R  F  F  E  A  H  T  A  H  A  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  I  .  R  F  F  E  A  H  T  A  -  -  -  - 
------------------------AGGGAGATA---AGATTCTTTGAAGCTCACACGGCC------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  D  A  E  R  Q  I  K  E  D  L  E  I  F  D  N  L  M  R  K  L  A  L  A 
 -  -  -  -  -  -  I  K  E  D  L  E  I  F  D  N  L  M  R  -  -  -  -  - 
------------------ATAAAAGAGGATCTCGAGATATTCGATAATTTAATGAGG---------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  I  I  S  K  R  P  E  W  D  K  F  P  G  A  F  Y  S  L  G  A  E  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  L  G  A  E  V  - 
---------------------------------------------------TCCCTGGGAGCTGAAGTA---

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 M  P  D  G  R  T  L  Q  I  G  T  M  H  N  Y  K  Q  N  F  S  K  A  Y  N 
 -  -  -  -  -  -  -  Q  I  G  T  M  H  N  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------CAGATAGGGACGATGCACAACTAT---------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  L  Y  E  K  E  D  G  T  H  D  Y  V  H  Q  T  T  F  G  M  S  E  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  Q  T  T  F  G  M  S  E  R  L 
------------------------------------GTTCACCAAACGACATTTGGGATGAGCGAAAGATTG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  A  A  V  I  A  I  H  G  D  D  R  G  M  V  L  P  P  T  I  A  P  I  Q 
 L  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTAGCCGCA---------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  V  I  V  P  I  P  K  K  G  S  E  E  E  V  Y  S  Y  A  K  G  I  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  L  R  D  A  G  I  R  V  Y  L  D  L  R  D  K  R  P  G  W  K  F  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 W  E  L  K  G  V  P  V  R  V  E  V  G  P  I  D  V  Q  N  S  T  V  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  R  R  D  K  L  E  K  I  T  V  K  R  E  E  L  V  D  K  V  R  E  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  D  I  M  E  F  L  Y  E  R  A  N  E  W  L  E  S  H  I  K  R  V  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  E  E  A  K  A  V  F  E  D  R  R  G  I  V  E  I  P  W  C  G  E  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 C  G  L  K  M  E  E  E  L  E  A  K  M  L  G  I  P  Y  P  E  E  K  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  P  E  G  S  K  C  P  V  C  G  R  E  A  K  F  I  A  R  F  A  R  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

pro_bact_R_marinus

Class II

Archaea/Rhodothermus marinus/amino acid sequences/Rmarinus_pro_aa

Archaea/Rhodothermus marinus/nucleotide sequences/Rmarinus_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  D  V  I  T  P  R  S  V  D  Y  A  Q  W  Y  V  D  V  V  R  A  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  A  D  Y  S  P  V  R  G  C  M  I  I  L  P  N  G  Y  A  L  W  E  N  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  W  E  N  M 
---------------------------------------------------------CTCTGGGAGAACATG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  A  V  L  D  R  M  F  K  E  T  G  H  E  N  A  Y  F  P  L  F  I  P  Q 
 R  A  V  L  D  R  M  F  K  E  T  G  H  E  N  A  Y  F  P  L  F  I  -  - 
CGGGCCGTACTCGACCGCATGTTCAAAGAAACCGGCCACGAAAACGCCTATTTCCCGCTGTTCATC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  F  L  A  K  E  A  E  H  V  E  G  F  A  K  E  C  A  V  V  T  H  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  K  I  D  E  K  G  Q  L  I  P  D  P  E  S  K  L  E  E  N  L  I  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  V  R 
---------------------------------------------------------------ATCGTCCGT

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  T  S  E  T  I  I  W  D  A  F  S  R  W  I  Q  S  W  R  D  L  P  I  L 
 P  T  S  E  T  I  I  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  L 
CCCACCAGCGAGACGATCATCTGG------------------------------------------ATCCTG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  N  Q  W  A  N  V  V  R  W  E  M  R  T  R  L  F  L  R  T  M  E  F  L 
 I  N  Q  W  A  N  V  V  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  E  F  L 
ATCAACCAGTGGGCGAACGTGGTGCGCTGG------------------------------ATGGAATTCCTC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 W  Q  E  G  H  T  A  H  A  T  R  E  E  A  I  E  E  A  L  R  I  L  D  I 
 W  Q  E  G  H  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  R  I  L  D  I 
TGGCAGGAAGGTCACACGGCC------------------------------GCGCTGCGCATTCTGGACATC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  T  T  F  A  E  E  Y  M  A  M  P  V  I  Q  G  V  K  T  P  S  E  R  F 
 Y  T  T  F  A  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACACGACGTTCGCCGAA------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  G  A  V  D  T  Y  C  I  E  A  L  M  Q  D  G  R  A  L  Q  A  G  T  S 
 -  -  -  -  -  T  Y  C  I  E  A  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  A  G  T  S 
---------------ACCTATTGCATCGAGGCG------------------------CAGGCCGGCACCAGC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  F  L  G  Q  N  F  A  K  A  F  D  C  K  F  Q  N  Q  N  N  E  L  E  Y 
 H  F  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACTTCCTG---------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  W  A  T  S  W  G  V  S  T  R  L  I  G  A  L  V  M  T  H  S  D  D  Q 
 V  W  A  T  S  W  G  V  S  T  R  L  I  G  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCTGGGCCACCTCGTGGGGCGTTTCGACGCGCCTGATCGGGGCC---------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  L  V  L  P  P  R  L  A  P  T  Q  V  V  I  I  P  I  F  R  N  D  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  S  A  V  L  E  Q  A  G  R  I  E  R  E  L  K  D  A  G  F  T  V  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  A  R  E  T  H  R  P  G  W  K  F  N  E  Y  E  V  Q  G  V  P  V  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  I  G  P  R  D  V  E  Q  G  T  V  E  L  A  R  R  D  T  R  T  K  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  P  Q  E  G  L  A  E  R  V  R  M  L  L  D  D  I  Q  Q  N  L  L  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  R  A  F  R  D  E  M  T  T  R  V  D  T  Y  E  E  F  K  E  V  L  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  G  G  F  I  L  A  H  W  D  G  T  P  E  T  E  A  R  I  K  E  E  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  T  I  R  C  I  P  L  D  R  D  A  E  A  L  G  T  R  E  E  G  R  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496
 L  T  G  K  P  S  K  Q  R  V  V  F  A  K  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

pro_arch_S_marinus

Class II

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_pro_aa

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  R  E  I  S  L  F  G  E  M  G  G  I  L  S  L  E  R  F  R  L  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  A  D  F  P  K  W  Y  H  E  I  L  K  H  A  K  I  V  D  T  R  Y  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  G  M  N  V  W  M  P  Y  G  L  K  A  L  R  M  I  Q  K  I  M  I  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  R  M  I  Q  K  I  M  I  N  L 
------------------------------------GCTTTGAGAATGATCCAAAAAATAATGATTAATCTT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  E  E  T  G  H  E  E  A  Y  F  P  T  M  I  P  E  S  V  F  S  K  E  K 
 L  E  E  T  G  H  E  E  A  Y  F  P  T  M  I  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCGAAGAAACTGGGCACGAAGAAGCATATTTTCCAACAATGATA---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  F  L  Q  G  F  G  G  E  T  F  V  V  E  G  T  M  T  K  K  F  N  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  F  V  R  P  T  S  E  T  V  M  Y  Y  M  W  N  I  W  I  K  G  R  K  D 
 -  F  V  R  P  T  S  E  T  V  M  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TTTGTTCGCCCTACTAGTGAAACAGTCATGTAT------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  P  L  K  M  Y  Q  V  V  N  V  F  R  Y  E  T  K  M  T  H  P  I  L  R 
 -  -  L  K  M  Y  Q  V  V  N  V  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CTGAAAATGTATCAAGTGGTCAATGTATTCAGATAT------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  R  E  I  M  S  F  I  E  A  H  T  A  H  A  T  S  E  E  A  E  K  Q  I 
 -  R  E  I  .  S  F  I  E  A  H  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I 
---AGAGAAATA---AGTTTTATAGAAGCACACACAGCC------------------------------ATC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  E  A  L  S  I  Y  K  K  F  F  D  S  L  L  L  P  Y  F  I  V  K  T  P 
 N  E  A  L  S  I  Y  K  K  F  F  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AATGAAGCCTTAAGCATATATAAAAAATTCTTTGAC------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  W  D  T  F  A  G  A  E  Y  N  Y  D  F  I  T  A  M  P  D  G  K  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  Y  D  F  I  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------AACTACGACTTCATAACA------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  L  G  S  V  I  N  L  G  Q  K  F  A  R  A  F  D  I  K  F  M  D  S  D 
 E  L  G  S  V  I  N  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAACTGGGTTCAGTTATTAATCTT------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  V  T  K  H  V  Y  Q  T  C  Y  G  V  S  E  R  T  L  G  A  V  I  A  I 
 -  -  -  -  -  V  Y  Q  T  C  Y  G  V  S  E  R  T  L  G  A  -  -  -  - 
---------------GTTTATCAAACATGTTATGGTGTAAGTGAGAGAACATTAGGAGCT------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  G  D  Q  K  G  L  F  L  P  P  I  I  A  P  I  Q  V  V  I  V  P  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  R  D  E  Q  D  I  I  E  Y  A  K  K  I  S  E  K  L  K  K  A  G  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  F  L  D  D  D  P  E  H  T  P  G  W  K  Y  Y  F  W  E  M  K  G  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  R  I  E  I  G  R  R  E  L  N  N  N  T  V  T  I  A  R  R  D  G  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  I  T  V  S  I  N  D  M  V  D  K  L  R  S  I  W  I  E  I  N  D  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  K  K  A  I  E  H  L  K  K  M  T  I  I  T  Y  K  P  E  E  I  G  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  K  G  L  I  I  T  P  W  D  G  T  K  E  C  A  D  K  L  E  E  I  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  Q  V  L  G  E  I  I  E  S  P  I  K  L  P  S  L  Q  G  K  T  I  C  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493
 N  K  P  D  R  Y  A  L  I  G  T  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

pro_arch_P_occultum

Class II

Archaea/Pyrodictium occultum/amino acid sequences/Poccultum_pro_aa

Archaea/Pyrodictium occultum/nucleotide sequences/Poccultum_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  A  K  R  E  R  W  S  R  E  F  S  R  W  F  D  W  V  L  E  E  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  Y  D  Y  G  R  Y  P  V  K  G  M  G  V  W  L  P  Y  G  F  Q  I  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  R 
---------------------------------------------------------------ATTAGGAGG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  V  I  E  L  V  R  R  V  L  D  G  A  G  H  E  E  V  L  F  P  L  L  I 
 R  V  I  E  L  V  R  R  V  L  D  G  A  G  H  E  E  V  L  F  P  L  L  I 
AGGGTTATCGAGCTCGTCAGGAGGGTGCTCGACGGGGCCGGGCATGAGGAGGTTCTCTTCCCCCTGCTGATA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  E  T  L  L  R  R  E  S  E  H  I  R  G  F  E  G  E  V  Y  W  V  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  G  S  E  P  L  D  V  R  L  A  L  R  P  T  S  E  T  S  I  S  Y  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  R  P  T  S  E  T  S  I  S  -  -  - 
------------------------------GCGCTGCGGCCCACGAGCGAGACGAGTATAAGC---------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  F  W  I  K  S  Y  K  Q  L  P  R  R  F  Y  Q  I  V  S  I  F  R  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  R  F  Y  Q  I  V  S  I  F  R  Y  - 
---------------------------------CGCCGGTTCTACCAGATAGTGAGCATTTTCCGCTAC---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  K  A  T  R  P  L  I  R  L  R  E  V  T  T  F  K  E  A  H  T  V  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  V  T  .  F  K  E  A  H  T  V  -  - 
------------------------------AGGGAGGTAACC---TTCAAGGAGGCCCACACGGTT------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  F  E  D  A  D  R  Q  V  A  E  A  I  E  L  Y  K  R  I  F  D  E  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  A  E  A  I  E  L  Y  K  R  I  F  D  -  -  - 
------------------------GTGGCGGAGGCTATAGAGCTCTACAAGCGGATATTCGAC---------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  P  Y  A  V  S  R  R  P  E  W  D  K  F  A  G  A  V  Y  T  V  A  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  V  A  F  D 
---------------------------------------------------------ACAGTGGCCTTCGAT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  V  M  P  D  G  R  V  L  Q  I  G  T  V  H  H  L  G  Q  N  F  T  I  P 
 T  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  I  G  T  V  H  H  L  -  -  -  -  -  -  - 
ACA------------------------CAGATAGGCACCGTGCACCACCTG---------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  E  V  R  I  Q  L  P  D  E  S  L  D  Y  A  W  Q  T  S  Y  G  L  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  W  Q  T  S  Y  G  L  S  D 
------------------------------------------GCCTGGCAGACGAGCTACGGGCTCAGCGAC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  V  I  A  S  L  I  A  L  H  G  D  D  R  G  A  A  L  P  P  A  V  A  P 
 R  V  I  A  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGGGTGATAGCGAGC---------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  Q  V  V  V  V  P  I  P  A  R  G  E  E  Q  A  R  R  L  E  E  Y  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  V  E  E  R  L  R  R  L  G  L  R  Y  H  V  D  R  R  E  E  V  R  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  K  F  Y  E  W  E  A  R  G  V  P  V  R  I  E  A  G  P  K  E  A  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  T  L  V  V  A  R  R  D  T  L  E  K  T  V  V  K  L  E  E  L  E  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  P  G  I  L  E  D  V  A  R  G  L  R  E  R  A  W  S  W  L  R  S  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  R  V  E  G  V  E  E  A  G  R  A  I  E  E  E  R  G  I  V  E  L  P  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 C  G  N  E  E  C  G  K  R  L  E  E  E  V  D  A  A  V  L  G  S  P  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  P  E  W  V  R  G  K  R  C  P  V  C  G  R  P  A  V  T  S  I  R  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483
 K  T  Y 
 -  -  - 
---------

pro_bact_E_coli

Class II

Bacteria/Escherichia coli/amino acid sequences/Ecoli_pro_aa

Bacteria/Escherichia coli/nucleotide sequences/Ecoli_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  Q  A  R  L  E  P  V  L  P  S  N  W  N  R  N  N  M  R  T  S  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  L  S  T  L  K  E  T  P  A  D  A  E  V  I  S  H  Q  L  M  L  R  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 M  I  R  K  L  A  S  G  L  Y  T  W  L  P  T  G  V  R  V  L  K  K  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  K  K  V  E 
------------------------------------------------------CACTTCGATACCTTGTGC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  I  V  R  E  E  M  N  N  A  G  A  I  E  V  L  M  P  V  V  Q  P  S  E 
 N  I  V  R  E  E  M  N  N  A  G  A  I  E  V  L  M  P  V  V  Q  -  -  - 
GCGCAGTTCGCTGTACAGTTTCTCAGCAAGTTCCTGTACGCGGAAGGATTTGTGCATGTTCAT---------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  W  Q  E  S  G  R  W  E  Q  Y  G  P  E  L  L  R  I  A  D  R  G  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  F  V  L  G  P  T  H  E  E  V  I  T  D  L  I  R  N  E  L  S  S  Y  K 
 -  -  V  L  G  P  T  H  E  E  V  I  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CACACGCGTTACGCCGATACCGTAGCAACCCAT---------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  L  P  L  N  F  Y  Q  I  Q  T  K  F  R  D  E  V  R  P  R  F  G  V  M 
 -  -  -  L  N  F  Y  Q  I  Q  T  K  F  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TTTCAGTGCTTCGGAGTACTTGGTACCCAGCTGGAA---------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  S  R  E  F  L  M  K  D  A  Y  S  F  H  T  S  Q  E  S  L  Q  E  T  Y 
 -  -  R  E  F  L  M  K  D  A  Y  S  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y 
------CAGCGTACCCTGACCATCCGGGCTTGGATCGCC------------------------------CGG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  A  M  Y  A  A  Y  S  K  I  F  S  R  M  G  L  D  F  R  A  V  Q  A  D 
 D  A  M  Y  A  A  Y  S  K  I  F  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGTAGCGACATCGCGATCCCAGTTGATACCGAAGTA------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 T  G  S  I  G  G  S  A  S  H  E  F  Q  V  L  A  Q  S  G  E  D  D  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  S  D  T  S  D  Y  A  A  N  I  E  L  A  E  A  I  A  P  K  E  P  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  A  T  Q  E  M  T  L  V  D  T  P  N  A  K  T  I  A  E  L  V  E  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  L  P  I  E  K  T  V  K  T  L  L  V  K  A  V  E  G  S  S  F  P  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  L  L  V  R  G  D  H  E  L  N  E  V  K  A  E  K  L  P  Q  V  A  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  T  F  A  T  E  E  E  I  R  A  V  V  K  A  G  P  G  S  L  G  P  V  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 M  P  I  P  V  V  I  D  R  T  V  A  A  M  S  D  F  A  A  G  A  N  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  K  H  Y  F  G  I  N  W  D  R  D  V  A  T  P  E  I  A  D  I  R  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  A  G  D  P  S  P  D  G  Q  G  T  L  L  I  K  R  G  I  E  V  G  H  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  I  K  R  G  I  E  V  G  H  I 
---------------------------------------GGAACGCATGACGCCAAAACGCGGACGCACTTC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  Q  L  G  T  K  Y  S  E  A  L  K  A  S  V  Q  G  E  D  G  R  N  Q  I 
 F  Q  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCGCGGAA---------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  T  M  G  C  Y  G  I  G  V  T  R  V  V  A  A  A  I  E  Q  N  Y  D  E 
 L  T  M  G  C  Y  G  I  G  V  T  R  V  V  A  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGGTCTGTAATCACTTCTTCATGAGTTGGGCCGAGTACGAACGGACG------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 R  G  I  V  W  P  D  A  I  A  P  F  Q  V  A  I  L  P  M  N  M  H  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  R  V  Q  E  L  A  E  K  L  Y  S  E  L  R  A  Q  G  I  E  V  L  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  R  K  E  R  P  G  V  M  F  A  D  M  E  L  I  G  I  P  H  T  I  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 G  D  R  N  L  D  N  D  D  I  E  Y  K  Y  R  R  N  G  E  K  Q  L  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590
 T  G  D  I  V  D  Y  L  V  K  Q  I  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

pro_bact_C_aggregans

Class II

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_pro_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  K  E  V  I  T  Q  R  S  V  D  Y  N  Q  W  Y  L  D  I  V  R  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  L  A  E  V  A  E  V  V  R  G  C  I  V  V  K  A  H  G  W  A  I  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  W  E 
---------------------------------------------------------------GGCGGTACT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  M  Q  R  A  L  D  D  R  I  K  A  T  G  H  A  N  V  Q  F  P  L  L  I 
 L  M  Q  R  A  L  D  D  R  I  K  A  T  G  H  A  N  V  Q  F  P  L  L  I 
GCCGGCCCAATAGGCACGGGCGAAGCCGCGTTCGATCTGTTCTTTAAGCTCGTCATAGGTTGTGACATCGGC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  K  S  F  I  M  K  E  A  E  H  V  E  G  F  A  P  E  V  A  E  V  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  G  G  E  E  L  A  E  P  Y  V  I  R  P  T  S  E  T  I  I  G  Y  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  I  R  P  T  S  E  T  I  I  G  -  -  - 
------------------------------ACTCTTGCCGGCTTTGCCTGGCATATCGCGGCG---------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  K  W  I  R  S  Y  R  D  L  P  L  L  Y  N  Q  W  A  N  V  M  R  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  Y  N  Q  W  A  N  V  M  R  W  - 
---------------------------------CTCGATCCGCACCGGCACCCCTTTCAGTTCCCACTC---

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  R  T  R  P  F  L  R  T  A  E  F  W  W  Q  E  G  H  T  A  H  A  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  E  F  W  W  Q  E  G  H  T  A  -  -  -  - 
---------------------------GCGATCGTCAACCTTAAAGCGCAACCGGCCCTT------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  E  A  E  E  E  T  L  R  I  L  H  E  V  Y  A  D  F  V  E  K  E  M  A 
 -  -  -  -  -  -  T  L  R  I  .  H  E  V  Y  A  D  F  V  E  -  -  -  - 
------------------CATCACTGCGCT---CTCTTCATCGTTCTTGTAAATTGGCAC------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  P  V  I  R  G  L  K  T  E  K  E  K  F  P  G  A  L  R  S  Y  C  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  Y  C  I  E 
---------------------------------------------------------CAGAGCGCCGATCAG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  M  M  Q  D  G  R  A  L  Q  A  G  T  S  H  N  L  G  Q  N  F  A  R  A 
 A  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  A  G  T  S  H  N  L  -  -  -  -  -  -  - 
GCG------------------------CCACGCATACTGGATGGTGTTATG---------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  D  I  T  F  T  D  Q  H  N  T  I  Q  Y  A  W  T  T  S  W  G  V  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  W  T  T  S  W  G  V  S  T 
------------------------------------------GGCTTGGAGGGCGCGACCATCTTGCATCAT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  L  I  G  A  L  I  M  T  H  S  D  D  E  G  L  V  L  P  P  R  L  A  P 
 R  L  I  G  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGCTTCGATGCAATA---------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  Q  V  V  V  V  P  I  Y  K  N  D  E  E  R  S  A  V  M  E  A  V  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 M  T  A  A  W  K  G  R  L  R  F  K  V  D  D  R  D  T  Y  S  P  G  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  N  E  W  E  L  K  G  V  P  V  R  I  E  I  G  P  K  D  V  A  K  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  A  L  A  R  R  D  M  P  G  K  A  G  K  S  F  V  P  Q  A  G  L  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  I  E  A  L  L  A  E  M  Q  T  G  L  F  Q  R  A  L  A  F  R  E  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  A  D  V  T  T  Y  D  E  L  K  E  Q  I  E  R  G  F  A  R  A  Y  W  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  S  T  A  D  E  K  R  I  Q  E  E  T  R  A  T  I  R  C  I  P  L  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  G  T  V  G  R  C  V  Y  T  G  R  E  T  D  R  Q  V  I  F  A  R  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

pro_bact_B_thailandensis

Class II

Bacteria/Burkholderia thailandensis/amino acid sequences/Bthailandensis_pro_aa

Bacteria/Burkholderia thailandensis/nucleotide sequences/Bthailandensis_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  A  S  R  F  F  I  G  T  L  K  E  A  P  A  D  A  E  I  V  S  H  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  M  V  R  A  G  M  I  R  R  V  A  G  G  I  Y  N  Y  L  P  V  G  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  I  R  K  V  E  A  I  V  R  E  E  M  N  R  A  G  A  I  E  L  L  M  P 
 S  I  R  K  V  E  A  I  V  R  E  E  M  N  R  A  G  A  I  E  L  L  M  P 
TCGATTCGCAAGGTCGAGGCGATCGTGCGCGAGGAGATGAACCGGGCGGGCGCGATCGAGCTGCTGATGCCC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  V  Q  P  A  E  L  W  Q  E  S  G  R  W  E  Q  Y  G  P  E  L  L  R  F 
 A  V  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCGTGCAG---------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  D  R  K  Q  N  E  F  V  I  G  P  T  H  E  E  V  V  T  D  I  A  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  I  G  P  T  H  E  E  V  V  T  -  -  -  -  - 
------------------------GTGATCGGGCCGACGCACGAAGAAGTCGTCACG---------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Q  I  K  S  Y  R  Q  M  P  V  N  F  Y  Q  I  Q  T  K  F  R  D  E  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  N  F  Y  Q  I  Q  T  K  F  R  D  -  -  - 
---------------------------GTGAACTTCTATCAGATCCAGACGAAGTTCCGCGAC---------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  R  F  G  V  M  R  G  R  E  F  I  M  K  D  A  Y  S  F  D  K  D  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  I  M  K  D  A  Y  S  F  -  -  -  -  - 
------------------------CGCGAGTTCATCATGAAGGACGCGTATTCGTTC---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  L  K  E  S  Y  K  K  M  Y  D  A  Y  V  R  I  F  T  R  I  G  L  E  F 
 -  -  -  -  -  Y  K  K  M  Y  D  A  Y  V  R  I  F  T  -  -  -  -  -  - 
---------------TACAAGAAGATGTACGACGCGTACGTGCGGATCTTCACG------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  P  V  A  A  D  N  G  S  I  G  G  S  G  S  H  E  F  H  V  I  A  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  E  D  A  I  A  Y  C  P  T  S  D  F  A  A  N  V  E  A  A  E  A  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  L  A  S  R  A  A  P  A  E  A  M  Q  K  V  A  T  P  G  K  A  K  C  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  V  A  E  L  M  G  I  P  L  E  R  T  I  K  S  I  V  L  A  T  D  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  A  E  P  T  V  W  L  L  M  L  R  G  D  H  D  L  N  E  I  K  T  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  P  G  L  A  G  Y  R  F  A  T  E  A  E  I  V  E  W  F  G  T  P  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  L  G  P  I  G  T  K  K  P  V  R  V  V  A  D  R  T  V  A  N  M  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  V  V  G  A  N  E  V  D  Y  H  I  A  G  V  N  W  G  R  D  L  P  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  I  A  D  I  R  N  V  K  A  G  D  P  S  P  D  G  K  G  V  L  D  I  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  D  I  C 
---------------------------------------------------------------GACATCTGC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  G  I  E  V  G  H  V  F  Q  L  G  T  K  Y  S  D  A  M  G  A  T  F  I 
 R  G  I  E  V  G  H  V  F  Q  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGCGGCATCGAAGTCGGCCATGTGTTCCAACTC---------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  E  S  G  K  A  Q  P  M  V  M  G  C  Y  G  I  G  V  T  R  I  L  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  M  V  M  G  C  Y  G  I  G  V  T  R  I  L  G  A 
------------------------ATGGTGATGGGCTGCTACGGGATCGGCGTCACGCGGATTCTCGGCGCG

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  I  E  Q  N  F  D  D  K  G  I  I  W  P  E  A  I  A  P  F  E  V  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 C  P  M  G  Y  D  R  S  D  A  V  R  E  A  A  D  K  L  Y  A  D  L  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  G  I  D  V  I  L  D  D  R  G  E  R  P  G  V  M  F  A  D  W  E  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  V  P  H  R  L  V  I  G  E  R  G  L  K  D  G  K  I  E  Y  Q  G  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  A  E  A  T  L  L  P  A  D  S  A  A  T  A  V  A  E  K  V  R  A  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578
 A  R 
 -  - 
------

pro_bact_S_elongatus

Class II

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_pro_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  K  F  A  A  M  R  L  S  Q  M  L  F  V  T  L  R  E  D  P  A  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  I  P  S  H  K  L  L  L  R  A  G  Y  I  R  R  I  A  S  G  I  Y  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  P  L  M  W  R  V  L  R  K  V  S  Q  I  V  R  E  E  M  D  A  T  G  A 
 -  -  -  -  -  -  V  L  R  K  V  S  Q  I  V  R  E  E  M  D  A  T  G  A 
------------------GTATTACGCAAGGTCTCGCAGATTGTGCGCGAAGAGATGGATGCGACCGGCGCA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  E  T  L  L  P  Q  L  Q  P  A  E  L  W  Q  E  S  G  R  W  E  T  Y  T 
 Q  E  T  L  L  P  Q  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGGAAACCTTGTTGCCGCAACTGCAA---------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  A  E  G  I  M  F  S  L  D  D  R  Q  Q  R  Q  L  G  L  G  P  T  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  L  G  P  T  H  E 
---------------------------------------------------GGCTTGGGGCCGACCCACGAG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  V  I  T  A  V  A  R  D  L  I  R  S  Y  R  Q  L  P  Q  N  L  Y  Q  I 
 E  V  I  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  N  L  Y  Q  I 
GAAGTGATCACT------------------------------------------CAGAACCTCTATCAAATT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  T  K  F  R  D  E  I  R  P  R  F  G  L  M  R  G  R  E  F  I  M  K  D 
 Q  T  K  F  R  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  I  M  K  D 
CAGACTAAATTCCGGGAT---------------------------------CGGGAATTCATCATGAAGGAC

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  Y  S  F  H  A  D  E  E  S  L  R  Q  T  Y  A  A  M  D  Q  A  Y  R  N 
 A  Y  S  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  A  A  M  D  Q  A  Y  R  N 
GCCTACTCCTTC------------------------------TACGCGGCAATGGATCAGGCTTATCGCAAT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  F  R  R  C  G  L  Q  F  R  A  V  E  A  D  S  G  A  I  G  G  S  A  S 
 I  F  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCTTCCGG---------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  E  F  M  I  L  A  D  A  G  E  D  E  I  L  Y  T  E  D  G  R  Y  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  V  E  K  A  V  S  L  P  A  E  A  I  A  S  A  F  T  T  F  E  K  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  P  G  T  D  T  I  A  S  L  C  E  F  L  K  A  D  P  T  Q  V  V  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  L  Y  Q  A  V  F  D  N  G  K  L  L  P  I  L  I  S  I  R  G  D  Q  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  N  E  I  K  L  T  N  E  L  T  R  R  A  A  D  Y  G  A  K  T  V  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  T  V  P  D  A  E  A  L  K  K  W  T  A  A  P  L  P  L  G  Y  L  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  L  A  D  S  A  I  A  V  N  E  S  I  I  P  K  F  L  R  L  V  D  P  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  A  E  L  Q  N  F  V  T  G  A  N  E  V  N  F  H  V  V  G  A  N  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  N  F  P  K  P  A  V  V  D  L  R  T  A  L  V  G  D  R  A  Q  H  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 S  Q  V  L  A  S  A  R  G  I  E  A  G  H  I  F  Q  L  G  L  K  Y  S  Q 
 -  -  -  -  A  S  A  R  G  I  E  A  G  H  I  F  Q  L  -  -  -  -  -  - 
------------GCATCTGCTCGCGGGATTGAAGCAGGTCACATCTTCCAGTTG------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  M  G  A  T  F  T  T  E  N  G  T  E  E  P  L  W  M  G  C  Y  G  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  W  M  G  C  Y  G  I  G 
---------------------------------------------TTGTGGATGGGCTGCTATGGCATTGGG

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  S  R  V  A  Q  A  A  V  E  Q  S  Y  D  K  D  G  I  I  W  P  V  A  I 
 V  S  R  V  A  Q  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTGTCGCGGGTGGCTCAGGCT---------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 A  P  Y  Q  A  V  V  V  I  P  N  I  T  D  T  E  Q  V  A  A  A  E  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Y  A  D  L  T  A  A  G  I  E  T  L  L  D  D  R  D  E  R  A  G  V  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 K  D  A  D  L  I  G  I  P  Y  R  I  V  T  G  R  S  L  K  E  G  K  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 V  V  Q  R  A  S  K  E  S  S  V  I  A  V  G  S  V  V  E  T  V  Q  D  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606
 I  A  A  A  I  V 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

pro_bact_B_fragilis

Class II

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_pro_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  K  E  L  K  D  L  T  K  R  S  E  N  Y  S  Q  W  Y  N  D  L  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  A  D  L  A  E  Q  S  A  V  R  G  C  M  V  I  K  P  Y  G  Y  A  I  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  W 
------------------------------------------------------------------TTCCTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  K  M  Q  R  Q  L  D  D  M  F  K  E  T  G  H  V  N  A  Y  F  P  L  L 
 E  K  M  Q  R  Q  L  D  D  M  F  K  E  T  G  H  V  N  A  Y  F  P  L  L 
CGTCTCCACTGTTCCATCCCAGTGAGCCAGGATAAAGCCGCCTTCTTCGATTTTCTCCTTAAACTCATCATA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  P  K  S  F  L  S  R  E  A  E  H  V  E  G  F  A  K  E  C  A  V  V  T 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCT---------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  Y  R  L  K  N  A  E  D  G  S  G  V  V  V  D  P  A  A  K  L  E  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  I  I  R  P  T  S  E  T  I  I  W  N  T  Y  K  N  W  I  Q  S  Y  R  D 
 -  I  I  R  P  T  S  E  T  I  I  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CTCCATCGTATTGTTCTCCAAGTCACGTCCACC------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  P  I  L  C  N  Q  W  A  N  V  F  R  W  E  M  R  T  R  L  F  L  R  T 
 -  -  I  L  C  N  Q  W  A  N  V  F  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------AAATTTAAAGCCCGGACGTTTATTGTCAGCATTATC------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  E  F  L  W  Q  E  G  H  T  A  H  A  T  R  E  E  A  E  E  E  A  I  R 
 A  E  F  L  W  Q  E  G  H  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  I  R 
TCTTGCCACAATACCTTCTACCTTAGCATCAAT------------------------------AGGAACGAT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  L  N  V  Y  A  E  F  A  E  K  Y  M  A  V  P  V  V  K  G  V  K  S  A 
 M  L  N  V  Y  A  E  F  A  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACTACTTGGATCGGAGCCAGATGCGGAGG------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  E  R  F  A  G  A  L  D  T  Y  T  I  E  A  M  M  Q  D  G  K  A  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  T  I  E  A  -  -  -  -  -  -  -  -  Q 
---------------------------AGAGGTAGCCCATACATA------------------------AAA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  G  T  S  H  F  L  G  Q  N  F  A  K  A  F  D  V  Q  F  V  N  K  E  N 
 S  G  T  S  H  F  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTGAACATCGAATGCTTTTGC---------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  L  E  Y  V  W  A  T  S  W  G  V  S  T  R  L  M  G  A  L  I  M  T  H 
 -  -  -  -  V  W  A  T  S  W  G  V  S  T  R  L  M  G  A  -  -  -  -  - 
------------CTCGATGGTATACGTGTCAAGTGCACCGGCAAAGCGCTCATTAGC---------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 S  D  D  N  G  L  V  L  P  P  H  L  A  P  I  Q  V  V  I  V  P  I  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  D  E  Q  L  K  L  I  D  A  K  V  E  G  I  V  A  R  L  K  Q  L  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  V  K  Y  D  N  A  D  N  K  R  P  G  F  K  F  A  D  Y  E  L  K  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  V  R  L  V  M  G  G  R  D  L  E  N  N  T  M  E  V  M  R  R  D  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  K  E  T  V  T  C  D  G  I  E  T  Y  V  Q  N  L  L  E  E  I  Q  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  Y  K  K  A  R  T  Y  R  D  S  R  I  T  T  V  D  S  Y  D  E  F  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  I  E  E  G  G  F  I  L  A  H  W  D  G  T  V  E  T  E  E  K  I  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  T  K  A  T  I  R  C  I  P  F  E  S  F  V  E  G  D  K  E  P  G  K  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497
 M  V  T  G  K  P  S  A  C  R  V  I  F  A  R  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

pro_bact_G_stearothermophilus

Class II

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/amino acid sequences/Gstearothermophilus_pro_aa

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/nucleotide sequences/Gstearothermophilus_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  Q  S  Q  A  F  I  P  T  L  R  E  V  P  A  D  A  E  V  K  S  H  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  L  L  R  A  G  F  I  R  Q  S  A  S  G  V  Y  T  F  L  P  L  G  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  L  Q  K  I  E  A  I  I  R  E  E  M  N  R  I  G  G  M  E  L  L  M  P 
 V  L  Q  K  I  E  A  I  I  R  E  E  M  N  R  I  G  G  M  E  L  L  M  P 
ATCGCTGTCGGCAAACTTGACTCCGGCCCGCTCCGGGCGGTCATCGTATAACACTTCAAATCCTGCCTGTCC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  L  Q  P  A  E  L  W  Q  Q  S  G  R  W  Y  S  Y  G  P  E  L  M  R  L 
 A  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAATTTTTC---------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  D  R  H  E  R  D  F  A  L  G  P  T  H  E  E  M  I  T  A  I  V  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  G  P  T  H  E  E  M  I  T  -  -  -  -  - 
------------------------CCAGACGAGCCCGTTTTCATCGGCAAACTGCTC---------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  V  K  T  Y  K  R  L  P  L  V  L  Y  Q  I  Q  T  K  F  R  D  E  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  V  L  Y  Q  I  Q  T  K  F  R  D  -  -  - 
---------------------------GCCCATGATCATCGTCTTCGTTTGGCCGTTTTCATC---------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  R  F  G  L  L  R  G  R  E  F  M  M  K  D  A  Y  S  F  H  T  T  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  M  M  K  D  A  Y  S  F  -  -  -  -  - 
------------------------CGTGCCAAGCTTGAACACGTGCCCGACTTCAAT---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  L  D  E  T  Y  N  D  M  Y  N  A  Y  S  N  I  F  R  R  C  G  L  N  F 
 -  -  -  -  -  Y  N  D  M  Y  N  A  Y  S  N  I  F  R  -  -  -  -  -  - 
---------------GTCCGGAGACGGATCGCCCTCTTGGACAAAGCGCAAGTC------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  A  V  I  A  D  S  G  A  I  G  G  K  D  T  H  E  F  M  V  L  S  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  E  D  T  I  A  Y  S  D  A  S  D  Y  A  A  N  I  E  M  A  P  V  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  Y  E  K  S  S  E  P  P  A  E  L  K  K  V  A  T  P  G  Q  K  T  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  V  A  S  Y  L  Q  V  S  P  E  R  C  I  K  S  L  L  F  N  V  D  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  V  L  V  L  V  R  G  D  H  E  A  N  E  V  K  V  K  N  V  L  N  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  V  E  L  A  T  P  E  E  T  E  R  V  M  G  A  P  V  G  S  L  G  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  V  S  E  A  V  M  V  I  A  D  H  A  V  A  A  I  V  N  G  V  C  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  E  E  G  Y  H  Y  I  G  V  N  P  D  R  D  F  A  V  S  Q  Y  A  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  F  V  Q  E  G  D  P  S  P  D  G  K  G  T  I  R  F  A  R  G  I  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  A  R  G  I  E  V 
------------------------------------------------TTCTTTTGTCGTATGGAACGAATA

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  H  V  F  K  L  G  T  K  Y  S  E  A  M  N  A  V  Y  L  D  E  N  G  Q 
 G  H  V  F  K  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCGTCTTTCATCATGAA------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 T  K  T  M  I  M  G  C  Y  G  I  G  V  S  R  L  V  A  A  I  A  E  Q  F 
 -  -  -  M  I  M  G  C  Y  G  I  G  V  S  R  L  V  A  A  -  -  -  -  - 
---------GTACAACACAAGCGGCAGCCGCTTGTACGTTTTCACTTCATCGCGGAC---------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  D  E  N  G  L  V  W  P  A  S  V  A  P  F  H  I  H  L  L  T  A  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  S  D  E  Q  R  A  L  A  E  E  W  Y  E  K  L  G  Q  A  G  F  E  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Y  D  D  R  P  E  R  A  G  V  K  F  A  D  S  D  L  I  G  I  P  V  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 T  V  G  K  R  A  G  E  G  I  V  E  V  K  V  R  K  T  G  E  T  F  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567
 P  V  G  E  L  T  D  T  V  R  R  L  L  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

pro_bact_T_maritima

Class II

Bacteria/Thermotoga maritima/amino acid sequences/Tmaritima_pro_aa

Bacteria/Thermotoga maritima/nucleotide sequences/Tmaritima_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  M  K  D  L  Y  A  P  T  L  K  E  T  P  S  D  V  E  T  V  S  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  L  L  R  G  G  F  I  R  K  V  A  A  G  I  Y  T  Y  L  P  L  G  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  L  L  K  I  E  N  I  V  R  E  E  M  N  R  I  G  A  Q  E  I  L  M  P 
 V  L  L  K  I  E  N  I  V  R  E  E  M  N  R  I  G  A  Q  E  I  L  M  P 
TCTTCCCACGTTTATTCTTATGGGAAAGCCTATGAGATCGGCGTCTTTGAATTTGAAACCAGGCGAGACTTC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  L  Q  P  A  E  L  W  K  Q  S  G  R  W  D  D  Y  G  P  E  M  M  K  L 
 I  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCTGTCATC---------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  D  R  H  E  R  D  F  T  L  G  P  T  H  E  E  I  V  T  D  L  V  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  T  L  G  P  T  H  E  E  I  V  T  -  -  -  -  - 
------------------------GTCCACCACAACGGTGTAAGGGGCGATCGAAAG---------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  L  R  S  Y  K  Q  L  P  L  T  L  Y  Q  I  A  N  K  Y  R  D  E  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  T  L  Y  Q  I  A  N  K  Y  R  D  -  -  - 
---------------------------AGCCGCCATCGTTCTGGAAACTCCCCAGCCATAACA---------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  R  F  G  L  L  R  A  R  E  F  I  M  K  D  A  Y  S  F  H  A  S  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  I  M  K  D  A  Y  S  F  -  -  -  -  - 
------------------------ATCCATGAAGTAGGCCTTCATGGCTTCGGAGTA---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  L  D  E  T  Y  E  Q  F  K  K  A  Y  S  R  I  M  E  R  L  G  V  R  Y 
 -  -  -  -  -  Y  E  Q  F  K  K  A  Y  S  R  I  M  E  -  -  -  -  -  - 
---------------CTCTATCCCTTTTGTCGCCTTGAGAGGCTCACCACAGAC------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  I  I  E  A  E  T  G  A  I  G  G  N  A  S  H  E  F  V  V  P  A  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  E  T  N  V  L  F  C  E  K  C  G  Y  Q  A  S  D  E  K  A  E  Y  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  Y  T  Q  E  Q  E  E  E  K  P  L  K  K  V  P  T  P  G  V  K  T  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  V  S  E  F  L  G  V  P  P  S  K  I  V  K  S  L  L  Y  K  G  R  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  V  M  V  L  I  R  G  D  L  E  L  N  E  A  K  L  K  A  H  L  K  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  L  R  M  A  T  P  E  E  I  L  K  D  F  G  V  P  V  G  F  I  G  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  V  D  V  K  K  V  A  D  H  S  V  R  G  L  K  N  F  V  V  G  G  M  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  D  T  H  Y  V  N  A  N  H  P  R  D  F  K  V  D  E  W  Y  D  L  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  V  E  G  D  P  C  P  V  C  G  E  P  L  K  A  T  K  G  I  E  L  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  A  T  K  G  I  E  L  G  H 
------------------------------------------CGCTTTTTTGAACTGTTCGTACGTCTCGTC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  F  K  L  G  T  K  Y  S  E  A  M  K  A  Y  F  M  D  E  N  G  E  M  K 
 I  F  K  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGAGATTCCCA------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  F  I  M  G  C  Y  G  W  G  V  S  R  T  M  A  A  V  V  E  H  F  H  D 
 -  F  I  M  G  C  Y  G  W  G  V  S  R  T  M  A  A  -  -  -  -  -  -  - 
---TGGTCTGATTTCGTCTCTGTACTTGTTCGCTATCTGATACAGAGTGAG---------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  N  G  M  I  W  P  L  S  I  A  P  Y  T  V  V  V  D  I  L  N  M  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  E  Q  K  Q  V  G  E  K  I  Y  Q  V  L  S  E  K  G  E  E  V  V  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  R  E  V  S  P  G  F  K  F  K  D  A  D  L  I  G  F  P  I  R  I  N  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  R  S  L  K  E  G  V  V  E  L  K  K  R  Y  S  K  E  L  V  K  V  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 K  N  G  F  G  A  L  L  E  T  L  E  K  M  K  R  E  Y  D  P  K  E  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577
 R 
 - 
---

pro_bact_A_aeolicus

Class II

Bacteria/Aquifex aeolicus/amino acid sequences/Aaeolicus_pro_aa

Bacteria/Aquifex aeolicus/nucleotide sequences/Aaeolicus_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  W  S  R  Y  F  L  Y  T  E  K  E  E  P  K  E  A  E  A  P  S  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  L  L  K  A  G  F  I  K  Q  V  S  A  G  I  Y  E  L  L  P  P  A  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  L  K  K  V  E  S  I  I  R  K  E  M  D  R  S  G  A  Q  E  L  L  L  T 
 V  L  K  K  V  E  S  I  I  R  K  E  M  D  R  S  G  A  Q  E  L  L  L  T 
TCCCACTAAATCTGCGTCCGCGAATTTAAATCCGGGGCTCTCTTCCCTGTCGTCGAATATTACGTCTATTCC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  L  N  P  K  E  L  W  E  E  T  G  R  W  E  T  Y  G  E  E  L  F  K  L 
 V  L  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTTTCCTC---------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  D  R  N  G  R  E  Y  C  L  G  P  T  H  E  E  E  I  T  D  L  V  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  C  L  G  P  T  H  E  E  E  I  T  -  -  -  -  - 
------------------------GGGAGTTGGCCACTTTATCCCTTTATCGTCGTG---------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  V  R  S  Y  R  Q  L  P  V  I  L  Y  Q  I  Q  V  K  F  R  D  E  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  I  L  Y  Q  I  Q  V  K  F  R  D  -  -  - 
---------------------------GCCGTAACAGCCCATAATTATGGGTTTTTCCTTTCC---------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  R  F  G  L  I  R  A  R  E  F  I  M  K  D  A  Y  S  F  D  T  D  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  I  M  K  D  A  Y  S  F  -  -  -  -  - 
------------------------CGAGTACCTCGTTCCGAGCAGGAATATGTGTCC---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  A  M  I  S  Y  E  A  M  K  F  A  Y  Q  R  I  F  N  K  L  R  L  N  V 
 -  -  -  -  -  Y  E  A  M  K  F  A  Y  Q  R  I  F  N  -  -  -  -  -  - 
---------------AGAACCACATTTGGGACATGGGTCTCCTTCCCTTACCTC------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  M  A  E  A  D  V  G  Q  I  G  G  K  M  S  H  E  F  I  A  F  T  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  E  A  K  V  A  Y  C  E  N  C  G  Y  A  A  N  A  E  I  V  P  L  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  E  E  E  K  E  E  E  K  P  M  E  K  V  H  T  P  N  V  H  T  I  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  S  K  F  L  D  V  H  P  S  K  I  M  K  A  V  L  Y  I  V  N  E  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  V  L  V  L  I  R  G  D  R  E  I  D  E  N  K  L  E  K  V  L  G  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  F  R  L  A  T  D  E  E  V  Q  E  L  L  G  T  K  K  G  F  I  G  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  L  P  E  N  I  K  V  L  W  D  N  S  L  Y  G  V  K  N  L  V  V  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  E  P  D  W  H  Y  I  N  V  N  P  G  R  D  F  Q  Y  G  E  F  V  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  E  V  R  E  G  D  P  C  P  K  C  G  S  P  L  K  V  R  R  G  L  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  V  R  R  G  L  E  L 
------------------------------------------------CATCGCGGACATATCGTCCGTATC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  H  I  F  L  L  G  T  R  Y  S  E  P  M  K  A  Y  F  T  D  R  D  G  K 
 G  H  I  F  L  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAAAGAGTAAGCGTCCTT------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  K  P  I  I  M  G  C  Y  G  I  G  V  S  R  I  L  A  A  L  V  E  Q  Y 
 -  -  -  I  I  M  G  C  Y  G  I  G  V  S  R  I  L  A  A  -  -  -  -  - 
---------CTGTATTTGATAAAGAATTACGGGAAGCTGTCTGTATGAACGAACTAC---------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 H  D  D  K  G  I  K  W  P  T  P  V  A  P  F  E  L  D  I  I  L  L  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  D  E  E  M  K  N  V  A  E  K  L  Y  L  E  A  E  E  K  G  I  D  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  D  D  R  E  E  S  P  G  F  K  F  A  D  A  D  L  V  G  F  P  Y  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  V  G  K  K  V  K  E  G  K  V  E  V  Q  S  R  H  T  G  E  K  W  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570
 E  I  E  K  A  I  D  F  V  K  E  K  I  E  E  D  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

pro_bact_G_obscuriglobus

Class II

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/amino acid sequences/Gemmata_pro_aa

Bacteria/Gemmata obscuriglobus/nucleotide sequences/Gemmata_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  D  V  I  T  P  R  A  R  N  Y  S  Q  W  Y  L  D  I  V  K  E  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  A  D  N  S  D  V  R  G  C  M  V  I  K  P  T  G  Y  A  L  W  E  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  W  E  K  M 
---------------------------------------------------------TTCCGTCTCGCGCGT

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  R  A  L  D  R  L  F  K  D  T  G  H  V  N  A  Y  F  P  L  F  I  P  M 
 Q  R  A  L  D  R  L  F  K  D  T  G  H  V  N  A  Y  F  P  L  F  I  -  - 
GCCGTCCCAGTGGGCGTACACGAACTTCAGCGGCTCCGTGCCCGCTTCCGCAGCCTCCTCGCGCGC------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  F  L  A  K  E  E  Q  M  A  E  G  F  A  K  E  C  A  V  V  T  H  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  K  A  E  P  G  K  P  L  H  V  D  P  A  A  E  L  E  E  P  L  I  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  I  R 
---------------------------------------------------------------GCCGAACTG

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  T  S  E  T  I  I  W  N  T  Y  K  K  W  V  Q  S  Y  R  D  L  P  L  L 
 P  T  S  E  T  I  I  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L 
CTTCCCCTCTTTTCCGGGTACGTC------------------------------------------CCCGAT

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  N  Q  W  A  N  V  V  R  W  E  M  R  T  R  L  F  L  R  T  A  E  F  L 
 I  N  Q  W  A  N  V  V  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  E  F  L 
CTCCACGCGAACGGGCACCCCGCGGACCTC------------------------------GTCGAACAGCGT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 W  Q  E  G  H  T  A  H  A  T  A  Q  E  A  E  A  E  T  L  Q  M  V  R  V 
 W  Q  E  G  H  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  L  Q  M  V  R  V 
GTCGATCTTCACGCTGATCGG------------------------------CGCACGCAGCTCGGTCGCGAG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  Q  K  F  A  E  E  W  M  A  M  P  V  L  V  G  P  K  T  D  G  Q  K  F 
 Y  Q  K  F  A  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTTTCCGCAGCGGCGAT------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  G  A  V  Y  T  L  C  I  E  A  M  M  Q  D  G  K  A  L  Q  A  G  T  S 
 -  -  -  -  -  T  L  C  I  E  A  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  A  G  T  S 
---------------GGGGATTACGAGCCCGTT------------------------GCCGCCGATGAGCCG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  F  L  G  Q  N  F  A  K  A  F  D  V  K  F  K  D  K  E  N  K  E  E  F 
 H  F  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGTGCTCAC---------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  W  A  T  S  W  G  V  S  T  R  L  I  G  G  L  I  M  T  H  S  D  D  N 
 A  W  A  T  S  W  G  V  S  T  R  L  I  G  G  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGCCTTCGCGAAATTCTGGCCCAAGAAGTGCGACGTTCCGGCCTG---------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  L  V  I  P  P  R  L  A  A  T  H  V  V  I  V  P  L  G  K  N  D  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  G  P  S  I  A  A  A  E  K  L  A  T  E  L  R  A  L  P  R  D  D  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  Y  E  P  I  S  V  K  I  D  T  L  F  D  K  Q  P  G  F  R  Y  A  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  V  R  G  V  P  V  R  V  E  I  G  P  K  D  I  E  K  G  A  C  A  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  R  D  V  P  G  K  E  G  K  Q  F  G  I  P  L  T  G  A  A  E  H  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  L  L  R  D  I  Q  A  S  L  Y  N  R  A  K  A  F  R  D  S  R  I  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  N  T  L  D  E  F  K  A  L  F  P  A  R  E  E  A  A  E  A  G  T  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  K  F  V  Y  A  H  W  D  G  T  R  E  T  E  E  S  V  Q  K  E  F  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 T  I  R  C  L  P  F  D  G  P  Q  E  A  G  T  C  I  F  T  G  K  P  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513
 R  R  V  V  F  A  R  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

pro_bact_C_thermalis

Class II

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/amino acid sequences/Cthermalis_pro_aa

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/nucleotide sequences/Cthermalis_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  E  K  A  D  A  L  K  I  T  R  R  D  E  D  Y  S  R  W  Y  L  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  D  R  A  K  L  A  E  D  S  G  I  R  G  C  M  I  I  R  P  E  G  F  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  W  E  K  M  Q  Q  T  L  D  G  M  F  K  D  T  G  H  T  N  A  Y  F  P 
 I  W  E  K  M  Q  Q  T  L  D  G  M  F  K  D  T  G  H  T  N  A  Y  F  P 
ATTTGGGAGAAAATGCAGCAAACCCTGGACGGAATGTTTAAAGACACCGGACACACGAATGCTTACTTTCCG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  F  I  P  V  S  Y  F  S  K  E  A  E  H  V  S  G  F  A  K  E  C  A  V 
 V  F  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTATTTATT---------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  T  H  H  R  L  Q  L  T  E  S  G  E  I  T  V  D  P  D  A  E  L  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  L  V  V  R  P  T  S  E  T  I  I  W  S  A  Y  R  N  W  I  Q  S  Y  R 
 -  -  V  V  R  P  T  S  E  T  I  I  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GTTGTCAGACCGACTAGCGAAACTATTATTTGG---------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  L  P  I  L  L  N  Q  W  A  N  I  C  R  W  E  L  R  T  R  P  F  L  R 
 -  -  -  I  L  L  N  Q  W  A  N  I  C  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------ATTCTGTTGAATCAATGGGCAAATATTTGTCGCTGG---------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  T  E  F  L  W  Q  E  G  H  T  A  H  A  T  A  D  E  A  E  A  E  A  R 
 -  T  E  F  L  W  Q  E  G  H  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  R 
---ACCGAATTTCTTTGGCAAGAAGGACATACAGCT------------------------------GCAAGG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  M  L  E  I  Y  K  T  F  V  E  Q  Y  L  A  I  P  V  F  A  G  R  K  T 
 Q  M  L  E  I  Y  K  T  F  V  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAAATGTTAGAAATTTACAAAACTTTTGTCGAG---------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  N  E  K  F  P  G  A  V  H  T  Y  T  I  E  T  M  T  Q  D  K  R  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  T  I  E  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------ACTTATACAATCGAAACA------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Q  V  G  T  S  H  N  L  G  T  T  F  S  K  A  F  D  V  K  Y  L  S  A  E 
 Q  V  G  T  S  H  N  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAAGTCGGTACGAGCCACAATTTA------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  T  Q  E  Y  P  F  A  T  S  W  G  I  T  T  R  M  I  G  T  L  I  M  V 
 -  -  -  -  -  P  F  A  T  S  W  G  I  T  T  R  M  I  G  T  -  -  -  - 
---------------CCATTTGCAACGAGTTGGGGCATTACAACTAGAATGATCGGTACT------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  S  D  D  R  G  F  V  C  P  P  R  I  A  P  L  Q  V  I  G  V  P  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  K  D  A  E  K  E  Q  V  L  A  R  F  T  E  L  Q  E  Q  F  K  A  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  F  S  F  K  V  D  T  R  D  N  L  S  P  G  F  K  F  N  D  W  E  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  I  P  L  R  L  E  M  G  P  R  D  L  A  N  G  T  A  V  L  V  R  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  G  E  K  I  N  V  A  Q  T  D  L  E  S  Q  I  K  T  L  L  E  D  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  S  L  F  K  R  A  Q  E  F  Q  Q  Q  N  L  H  F  V  E  T  Y  A  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  Q  Q  I  E  E  K  A  G  F  Y  V  A  Y  F  D  G  N  S  D  D  E  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  K  E  E  T  K  A  T  G  R  C  I  P  F  D  L  Q  Q  G  T  G  K  C  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496
 Y  T  G  R  Q  T  D  R  R  V  I  F  A  R  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

pro_bact_B_licheniformis

Class II

Bacteria/Bacillus licheniformis/amino acid sequences/Blicheniformis_pro_aa

Bacteria/Bacillus licheniformis/nucleotide sequences/Blicheniformis_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  Q  S  R  T  L  I  P  T  L  R  E  V  P  T  D  A  E  A  K  S  H  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  L  L  R  A  G  F  I  R  Q  N  T  S  G  V  Y  S  Y  M  P  L  A  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  I  H  K  I  Q  S  I  V  R  Q  E  M  E  K  I  N  A  V  E  M  L  M  P 
 V  I  H  K  I  Q  S  I  V  R  Q  E  M  E  K  I  N  A  V  E  M  L  M  P 
GTCATTCATAAAATCCAGAGCATTGTCCGCGAAGAAATGGAGAAAATCAATGCCGTCGAAATGCTGATGCCG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  L  Q  Q  A  E  T  W  Q  E  S  G  R  W  Y  T  Y  G  P  E  L  M  R  L 
 A  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCGCTCCAG---------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  D  R  H  G  R  E  F  A  L  G  A  T  H  E  E  V  I  T  S  I  V  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  G  A  T  H  E  E  V  I  T  -  -  -  -  - 
------------------------GCCCTAGGCGCAACACACGAAGAGGTCATCACA---------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  V  K  S  Y  K  R  L  P  L  T  L  Y  Q  I  Q  S  K  F  R  D  E  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  T  L  Y  Q  I  Q  S  K  F  R  D  -  -  - 
---------------------------CTGACCCTTTACCAGATCCAATCGAAGTTCCGCGAT---------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  R  F  G  L  L  R  G  R  E  F  I  M  K  D  A  Y  S  F  H  S  S  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  I  M  K  D  A  Y  S  F  -  -  -  -  - 
------------------------CGGGAATTCATCATGAAGGATGCGTATTCCTTC---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  L  D  E  T  Y  N  D  M  Y  Q  A  Y  T  N  V  F  T  R  C  G  L  N  F 
 -  -  -  -  -  Y  N  D  M  Y  Q  A  Y  T  N  V  F  T  -  -  -  -  -  - 
---------------TACAATGATATGTATCAGGCGTATACGAATGTGTTTACG------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  P  V  I  A  D  S  G  A  M  G  G  K  D  T  H  E  F  M  A  L  S  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  E  D  T  I  A  Y  S  D  Q  S  S  Y  A  A  N  I  E  M  A  E  V  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  G  A  G  E  K  A  E  M  K  E  L  Q  E  V  H  T  P  S  V  K  T  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  V  A  A  F  L  G  I  S  P  S  D  C  V  K  S  M  L  M  K  A  D  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  V  L  V  L  T  R  G  D  H  E  V  N  D  I  K  V  K  N  L  L  Q  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  I  E  F  A  S  A  E  E  V  A  E  I  T  G  T  E  P  G  F  V  G  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  L  D  S  E  I  E  I  F  A  D  F  A  V  K  A  M  A  N  A  A  A  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  K  T  D  Y  H  Y  Q  N  V  N  I  S  R  D  V  H  N  V  T  F  A  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  L  I  Q  E  G  D  P  S  P  D  G  N  G  T  I  R  F  A  K  G  I  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  F  A  K  G  I  E  V 
------------------------------------------------CGTTTTGCAAAAGGAATCGAAGTC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  Q  V  F  K  L  G  T  R  Y  S  E  A  M  D  A  T  Y  L  D  E  N  G  R 
 G  Q  V  F  K  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGACAAGTCTTTAAGCTC------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  Q  P  M  L  M  G  C  Y  G  I  G  I  S  R  T  L  S  A  I  V  E  Q  H 
 -  -  -  M  L  M  G  C  Y  G  I  G  I  S  R  T  L  S  A  -  -  -  -  - 
---------ATGCTGATGGGCTGCTATGGAATCGGGATTTCCCGGACGCTTTCGGCC---------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 H  D  D  K  G  L  I  W  P  L  E  V  T  P  Y  D  L  H  I  L  A  L  N  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  N  D  A  Q  V  Q  L  A  E  K  L  Y  E  D  F  K  A  N  G  Y  D  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  D  D  R  A  E  R  A  G  V  K  F  A  D  S  D  L  I  G  L  P  I  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 T  V  G  K  R  A  D  E  G  V  V  E  V  K  I  R  K  T  G  E  S  F  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572
 A  A  E  E  L  L  D  F  I  E  K  Q  V  K  S  L  S  S  H  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

pro_bact_B_burgdorferi

Class II

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_pro_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  D  F  I  A  S  K  E  D  D  Y  S  K  W  Y  L  D  I  V  Q  K  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  A  D  Y  S  P  V  K  G  C  M  V  I  M  P  Y  G  Y  S  I  W  S  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  W  S  K  I 
---------------------------------------------------------AATAATATTTTCACA

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  S  I  L  D  K  K  F  K  E  T  G  H  E  N  A  Y  F  P  M  L  I  P  Y 
 Q  S  I  L  D  K  K  F  K  E  T  G  H  E  N  A  Y  F  P  M  L  I  -  - 
ATTCAAACTGCCACACCAACAAGAAAGCACAAATCCAGAATAATCATTCACATAGGCTTTGAATGT------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  F  L  E  R  E  K  D  H  I  D  G  F  S  P  E  F  A  I  I  K  D  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  E  S  L  A  E  P  L  V  L  R  P  T  S  E  T  I  I  W  N  M  Y  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R  P  T  S  E  T  I  I  W  -  -  -  -  - 
------------------------CTTAACCTTGCTTATAAGAGAATCAAGTGATAT---------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 W  I  K  S  Y  R  D  L  P  L  K  I  N  Q  W  A  N  V  V  R  W  E  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  I  N  Q  W  A  N  V  V  R  W  -  -  - 
---------------------------AACGGAATTTAAAAGGACATCATTTATCCCCACTTC---------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  R  P  F  L  R  T  T  E  F  L  W  Q  E  G  H  T  A  H  A  T  E  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  T  E  F  L  W  Q  E  G  H  T  A  -  -  -  -  -  - 
---------------------AGATGAAAATCTAAATCCCGGAGAACTTCTAAC------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  L  E  E  T  L  L  I  L  D  V  Y  K  R  F  I  E  D  Y  L  A  I  P  V 
 -  -  -  -  T  L  L  I  L  D  V  Y  K  R  F  I  E  -  -  -  -  -  -  - 
------------TTTTTTTAAAGCATCCACAACACAATCAGAATAATCTAA---------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  C  G  K  K  S  E  K  E  K  F  A  G  A  V  S  T  Y  S  I  E  A  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  S  I  E  A  -  - 
------------------------------------------------AGGCGGCAAAACTAAACC------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  D  K  K  A  L  Q  A  A  T  S  H  Y  L  G  L  N  F  A  K  A  F  D  V 
 -  -  -  -  -  -  Q  A  A  T  S  H  Y  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------CAAAGCACCAATCAATCTGGTAGA------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  F  Q  D  K  D  G  K  M  R  H  V  F  A  S  S  W  G  V  S  T  R  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  F  A  S  S  W  G  V  S  T  R  L  I 
---------------------------------AAATGCCTTTGCAAAATTTAAACCTAAATAATGGGATGT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  A  L  I  M  V  H  S  D  E  K  G  L  V  L  P  P  R  I  A  P  I  E  I 
 G  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGCGGC------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  V  I  P  I  F  K  K  E  D  E  I  N  K  K  I  L  D  Y  S  D  C  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  A  L  K  K  A  E  F  R  V  E  I  D  K  D  V  R  S  S  P  G  F  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 S  S  A  E  F  K  G  I  P  I  R  L  E  V  G  I  N  D  V  L  L  N  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  I  S  R  R  D  K  D  R  K  F  K  Y  Q  I  S  L  D  S  L  I  S  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  V  E  L  D  L  M  Q  K  D  L  F  Q  R  A  L  N  F  R  I  L  N  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  I  F  R  S  S  K  D  S  Y  E  T  F  K  A  Y  V  N  D  Y  S  G  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  S  C  W  C  G  S  L  N  C  E  N  I  I  K  N  E  T  K  A  T  I  R  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  P  D  D  F  K  A  R  D  L  T  G  M  T  C  I  Y  C  S  S  K  A  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488
 F  V  L  F  A  K  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

pro_bact_C_A_asiaticus

Class II

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_pro_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  H  K  K  L  P  T  R  A  E  N  F  S  E  W  Y  N  E  I  I  K  R  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  A  E  N  A  A  V  R  G  C  M  T  I  R  P  Y  G  F  A  I  W  E  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  W  E  K  M 
---------------------------------------------------------ATATGGGAAAAAATG

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  A  I  L  D  K  A  F  K  A  T  G  H  E  N  A  Y  F  P  I  F  I  P  K 
 Q  A  I  L  D  K  A  F  K  A  T  G  H  E  N  A  Y  F  P  I  F  I  -  - 
CAAGCCATATTAGATAAAGCGTTTAAAGCAACAGGCCATGAGAATGCTTATTTTCCTATTTTCATA------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  Y  L  N  R  E  A  A  H  V  E  G  F  A  K  E  C  A  V  V  T  H  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  K  A  T  E  D  G  Q  Q  V  V  V  D  P  S  A  K  L  E  E  E  L  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  V 
------------------------------------------------------------------ATTGTA

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 R  P  T  S  E  T  I  I  W  N  S  Y  K  N  W  I  Q  S  Y  R  D  L  P  L 
 R  P  T  S  E  T  I  I  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
CGGCCCACCTCAGAAACCATTATTTGG------------------------------------------TTA

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  I  N  Q  W  C  N  V  V  R  W  E  M  R  T  R  L  F  L  R  T  A  E  F 
 L  I  N  Q  W  C  N  V  V  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  E  F 
CTAATCAACCAGTGGTGCAATGTGGTACGCTGG------------------------------GCTGAGTTT

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  W  Q  E  G  H  T  A  H  A  T  Q  A  E  A  E  Q  E  A  L  Q  M  L  N 
 L  W  Q  E  G  H  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  Q  M  L  N 
TTATGGCAAGAGGGGCACACAGCC------------------------------GCATTACAGATGTTAAAT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 I  Y  A  D  F  G  K  D  Y  L  A  I  P  F  L  K  G  I  K  T  E  H  E  R 
 I  Y  A  D  F  G  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCTATGCTGATTTTGGAAAA---------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  A  G  A  E  E  T  Y  T  I  E  A  L  M  Q  D  G  K  A  L  Q  A  G  T 
 -  -  -  -  -  -  T  Y  T  I  E  A  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  A  G  T 
------------------ACGTATACTATAGAGGCT------------------------CAGGCAGGCACT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  H  F  L  G  Q  R  F  A  K  A  F  E  V  T  F  T  N  Q  A  G  Q  L  D 
 S  H  F  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCTCATTTTTTA------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  V  W  G  T  S  W  G  L  T  T  R  L  I  G  A  L  V  M  T  H  S  D  D 
 -  V  W  G  T  S  W  G  L  T  T  R  L  I  G  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GTATGGGGCACTTCTTGGGGCCTTACTACTCGTTTGATAGGTGCC------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  G  L  V  L  P  P  R  V  A  P  I  Q  I  V  I  I  P  I  Y  R  T  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  K  E  A  I  Q  Q  Q  A  Q  H  I  Q  Q  Q  L  I  A  H  N  I  S  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  D  G  R  D  E  H  K  P  G  W  K  F  A  E  Y  E  L  K  G  V  P  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 M  A  I  G  P  N  D  L  A  N  N  T  V  E  L  T  R  R  D  T  S  E  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  V  P  T  D  N  I  I  V  V  V  K  S  M  L  D  S  I  H  D  N  L  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  A  Y  E  F  R  E  Q  N  T  Y  Q  V  N  S  Y  E  E  F  K  T  A  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  K  R  G  F  I  L  A  H  W  D  G  T  K  E  T  E  R  Q  I  H  A  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  A  T  I  R  C  I  P  L  E  V  N  T  E  P  G  V  C  I  Y  T  G  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491
 S  K  Q  R  V  V  F  G  Q  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

pro_bact_D_radiodurans

Class II

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_pro_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  K  D  G  G  K  K  D  N  Q  G  Q  D  K  K  A  Q  Q  Y  G  V  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  S  V  D  F  N  D  W  Y  N  E  V  V  K  K  A  D  L  A  D  N  S  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  G  A  M  V  V  R  P  Y  G  S  A  L  W  E  N  I  Q  R  W  L  D  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  W  E  N  I  Q  R  W  L  D  D  R 
------------------------------------CTGTGGGAAAACATTCAGCGCTGGCTCGACGACCGC

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  K  A  S  G  H  E  S  L  I  F  P  T  L  I  P  M  N  F  I  M  K  E  A 
 F  K  A  S  G  H  E  S  L  I  F  P  T  L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCAAGGCGAGCGGGCACGAATCGCTGATCTTCCCGACCCTCATT---------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  H  V  E  G  F  A  P  E  L  F  T  V  N  K  I  G  T  E  E  L  A  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  V  M  R  P  T  S  E  T  I  I  G  H  M  W  S  G  W  L  N  S  Y  R  D 
 -  V  M  R  P  T  S  E  T  I  I  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GTGATGCGCCCGACCTCCGAGACGATCATCGGG------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  P  F  L  H  Y  Q  W  G  S  V  F  R  A  E  L  R  T  K  A  F  L  R  T 
 -  -  F  L  H  Y  Q  W  G  S  V  F  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------TTCCTGCACTACCAGTGGGGCAGCGTGTTTCGCGCC------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  E  F  F  W  H  E  G  H  T  A  H  A  D  E  A  E  A  R  A  E  V  R  Q 
 S  E  F  F  W  H  E  G  H  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  Q 
TCCGAGTTTTTCTGGCACGAGGGCCACACCGCC------------------------------GTGCGCCAG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Q  L  D  L  Y  H  E  F  C  R  D  V  L  A  L  P  V  V  R  G  E  K  T  A 
 Q  L  D  L  Y  H  E  F  C  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAACTCGACCTGTACCACGAGTTCTGCCGC------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  E  R  F  A  G  A  V  A  T  Y  S  I  E  G  M  M  R  D  G  K  A  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  S  I  E  G  -  -  -  -  -  -  -  -  Q 
---------------------------ACCTACTCCATCGAGGGC------------------------CAA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  G  T  S  H  Y  L  G  Q  N  F  S  R  A  F  D  V  K  Y  Q  T  R  E  Q 
 S  G  T  S  H  Y  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCGGGCACCTCGCACTACCTC---------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  E  E  F  A  H  T  T  S  W  A  I  S  S  R  I  I  G  A  I  I  M  T  H 
 -  -  -  -  A  H  T  T  S  W  A  I  S  S  R  I  I  G  A  -  -  -  -  - 
------------GCGCACACGACCTCCTGGGCCATCTCCAGCCGCATCATCGGGGCC---------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  D  D  S  G  L  M  M  P  P  R  I  A  P  I  Q  V  V  V  I  P  V  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  D  N  F  D  Q  M  V  Q  E  G  E  K  L  A  A  E  L  R  A  Q  G  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  K  V  D  G  R  D  G  V  T  N  G  F  K  Y  N  D  W  E  L  K  G  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  R  I  E  L  G  P  R  D  L  E  S  G  V  L  V  V  K  N  R  H  S  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  E  T  L  P  R  A  E  A  V  S  G  M  S  A  R  L  D  T  I  H  D  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 M  K  R  A  T  D  F  L  L  A  N  T  A  E  V  D  S  Y  D  A  F  Q  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  E  A  G  H  W  V  R  A  Y  H  C  G  E  P  A  C  E  K  S  I  K  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 T  K  A  T  A  R  N  V  P  F  D  D  A  E  F  F  A  E  R  G  E  G  Q  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499
 V  K  C  G  Q  P  S  A  Y  G  K  R  V  L  F  G  R  Q  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

pro_bact_S_aureus

Class II

Bacteria/Staphylococcus aureus/amino acid sequences/Saureus_pro_aa

Bacteria/Staphylococcus aureus/nucleotide sequences/Saureus_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  Q  S  K  V  F  I  P  T  M  R  D  V  P  S  E  A  E  A  Q  S  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  L  L  K  A  G  L  I  K  Q  S  T  S  G  I  Y  S  Y  L  P  L  A  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  L  N  N  I  T  A  I  V  R  Q  E  M  E  R  I  D  S  V  E  I  L  M  P 
 V  L  N  N  I  T  A  I  V  R  Q  E  M  E  R  I  D  S  V  E  I  L  M  P 
GTGTTAAATAATATTACTGCAATTGTGCGACAAGAAATGGAACGTATCGATTCTGTTGAAATTTTAATGCCA

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  L  Q  Q  A  E  L  W  E  E  S  G  R  W  G  A  Y  G  P  E  L  M  R  L 
 A  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCGTTACAA---------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  D  R  H  G  R  Q  F  A  L  G  P  T  H  E  E  L  V  T  S  I  V  R  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  G  P  T  H  E  E  L  V  T  -  -  -  -  - 
------------------------GCATTAGGTCCAACACATGAAGAATTAGTTACA---------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  L  K  S  Y  K  Q  L  P  M  T  L  F  Q  I  Q  S  K  F  R  D  E  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  T  L  F  Q  I  Q  S  K  F  R  D  -  -  - 
---------------------------ATGACATTATTCCAAATTCAATCTAAATTCCGTGAT---------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  R  F  G  L  L  R  G  R  E  F  I  M  K  D  A  Y  S  F  H  A  D  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  I  M  K  D  A  Y  S  F  -  -  -  -  - 
------------------------CGTGAATTTATTATGAAAGATGCGTATTCATTC---------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  L  D  Q  T  Y  Q  D  M  Y  Q  A  Y  S  R  I  F  E  R  V  G  I  N  A 
 -  -  -  -  -  Y  Q  D  M  Y  Q  A  Y  S  R  I  F  E  -  -  -  -  -  - 
---------------TATCAAGATATGTATCAAGCGTATAGCCGTATTTTTGAG------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  P  V  V  A  D  S  G  A  I  G  G  S  H  T  H  E  F  M  A  L  S  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  E  D  T  I  V  Y  S  K  E  S  D  Y  A  A  N  I  E  K  A  E  V  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  P  N  H  K  H  T  T  V  Q  P  I  E  K  I  E  T  P  N  V  K  T  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  L  A  D  F  L  G  R  P  V  D  E  I  V  K  T  M  I  F  K  V  D  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  I  M  V  L  V  R  G  H  H  E  I  N  D  I  K  L  K  S  Y  F  G  T  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 N  I  E  L  A  T  Q  D  E  I  V  N  L  V  G  A  N  P  G  S  L  G  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  D  K  E  I  K  I  Y  A  D  N  F  V  Q  D  L  N  N  L  V  V  G  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  D  G  Y  H  L  I  N  V  N  V  G  R  D  F  N  V  D  E  Y  G  D  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  I  L  E  G  E  K  L  S  D  G  S  G  V  A  H  F  A  E  G  I  E  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  F  A  E  G  I  E  V  G 
---------------------------------------------CATTTTGCTGAAGGAATTGAAGTTGGT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  V  F  K  L  G  T  K  Y  S  E  S  M  N  A  T  F  L  D  N  Q  G  K  A 
 Q  V  F  K  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAAGTATTCAAATTG---------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  P  L  I  M  G  C  Y  G  I  G  I  S  R  T  L  S  A  I  V  E  Q  N  H 
 -  -  L  I  M  G  C  Y  G  I  G  I  S  R  T  L  S  A  -  -  -  -  -  - 
------TTAATTATGGGTTGTTACGGTATTGGAATTTCTAGAACGCTAAGTGCG------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  D  N  G  I  V  W  P  K  S  V  T  P  F  D  L  H  L  I  S  I  N  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  D  D  Q  R  E  L  A  D  A  L  Y  A  E  F  N  T  K  F  D  V  L  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  R  Q  E  R  A  G  V  K  F  N  D  A  D  L  I  G  L  P  L  R  I  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 G  K  R  A  S  E  G  I  V  E  V  K  E  R  L  T  G  D  S  E  E  V  H  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567
 D  D  L  M  T  V  I  T  N  K  Y  D  N  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

pro_euk_L_infantum

Class II

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_pro_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  G  G  R  L  L  G  P  P  H  A  C  F  S  L  L  S  N  S  V  S  C  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  S  S  R  A  S  H  R  S  I  T  R  H  L  G  V  R  H  H  L  P  S  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  R  T  P  S  Y  S  T  S  P  V  T  P  V  T  P  T  R  G  Y  S  G  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  H  T  Q  N  K  S  P  P  A  S  S  L  P  H  M  S  I  E  D  C  R  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  E  V  K  A  L  L  Q  E  L  G  L  D  I  P  I  V  H  H  D  E  K  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  E  E  V  L  D  L  L  H  K  M  G  I  H  A  A  G  T  K  T  L  F  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  K  K  G  E  L  V  M  A  T  A  F  K  S  T  P  T  D  L  K  F  I  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  T  N  A  K  D  L  R  F  A  S  S  E  V  L  Q  E  C  L  A  V  V  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 C  V  T  P  F  A  L  I  N  N  I  E  K  R  P  I  T  L  L  I  D  R  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  A  S  T  L  P  L  A  F  C  L  C  R  N  D  Y  T  A  V  I  T  F  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  K  K  Y  L  E  K  L  G  H  A  Y  K  L  V  D  F  G  A  A  S  A  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  V  T  G  G  A  A  A  P  A  P  K  P  K  K  A  P  A  D  A  A  A  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  A  P  A  S  A  Q  S  G  E  T  K  L  G  I  A  A  K  R  E  E  N  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  W  Y  I  D  V  I  T  K  A  E  M  I  E  Y  Y  D  V  S  G  C  Y  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  P  W  A  Y  Y  V  W  K  C  V  Q  R  F  L  G  G  K  I  E  K  L  G  V 
 -  -  -  -  -  -  V  W  K  C  V  Q  R  F  L  G  G  K  I  E  K  L  G  V 
------------------GTGTGGAAGTGCGTGCAGCGCTTCCTTGGTGGGAAGATCGAGAAGCTTGGCGTG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  D  C  Y  F  P  M  F  V  S  R  N  C  L  E  R  E  K  D  H  I  E  G  F 
 E  D  C  Y  F  P  M  F  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGGACTGCTACTTCCCGATGTTCGTG---------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  P  E  V  A  W  V  T  R  A  G  D  T  E  L  E  Q  P  V  A  V  R  P  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  V  R  P  T 
---------------------------------------------------------GCCGTGCGGCCGACG

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  E  T  V  M  Y  P  Y  Y  A  K  W  I  R  S  H  R  D  L  P  V  R  L  N 
 S  E  T  V  M  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  L  N 
AGCGAGACGGTGATGTAC------------------------------------------GTGCGGCTGAAC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 M  W  N  N  V  I  R  W  E  F  S  H  P  T  P  F  I  R  T  R  E  F  L  W 
 M  W  N  N  V  I  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  L  W 
ATGTGGAACAACGTGATCCGGTGG---------------------------------CGCGAGTTCCTGTGG

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Q  E  G  H  C  A  W  A  K  A  E  E  C  A  K  E  V  L  D  I  L  E  C  Y 
 Q  E  G  H  C  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  D  I  L  E  C  Y 
CAGGAGGGGCACTGTGCG------------------------------GTGCTGGACATCCTGGAGTGCTAT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  S  V  Y  E  Q  L  L  A  V  P  V  V  R  G  R  K  T  E  K  E  K  F  A 
 A  S  V  Y  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCATCGGTGTACGAG---------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  G  D  Y  T  T  T  V  E  T  F  I  E  A  V  G  R  G  C  Q  G  A  T  S 
 -  -  -  -  T  T  T  V  E  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  G  A  T  S 
------------ACGACGACGGTGGAGACG---------------------------CAGGGCGCGACGAGC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 H  N  L  G  Q  N  F  G  K  M  F  D  I  R  F  Q  D  P  E  N  N  E  Q  T 
 H  N  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACAACCTG---------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  I  P  W  Q  N  S  W  G  L  S  T  R  V  I  G  V  M  I  M  V  H  G  D 
 -  -  P  W  Q  N  S  W  G  L  S  T  R  V  I  G  V  -  -  -  -  -  -  - 
------CCGTGGCAGAACAGCTGGGGGCTGTCGACGCGCGTGATCGGCGTG---------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 N  R  G  M  V  M  P  P  R  V  A  S  T  Q  V  I  I  I  P  V  G  I  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 D  T  T  E  E  A  R  Q  E  L  L  A  S  C  R  R  L  E  S  E  L  C  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 G  V  R  A  K  C  D  L  R  D  N  Y  S  P  G  W  R  F  N  H  W  E  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 G  V  P  L  R  V  E  L  G  P  R  E  L  A  E  R  S  L  A  V  A  V  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 S  G  A  R  H  S  V  V  W  D  A  Q  T  P  T  A  V  A  A  L  L  E  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 H  A  Q  M  Y  A  R  A  K  E  T  M  E  T  H  R  V  R  V  T  E  W  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 F  V  P  T  L  N  R  K  C  L  I  L  A  P  W  C  G  A  M  E  C  E  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 V  K  K  D  S  A  E  E  S  K  A  A  Q  A  Q  E  T  R  E  D  A  R  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788789790791792
 S  M  G  A  K  T  L  C  I  P  F  E  Q  P  E  D  P  A  E  G  H  G  C  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

793794795796797798799800801802803804805806807808809810
 C  K  G  C  T  K  P  A  T  T  W  V  L  F  G  R  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

pro_euk_C_parvum_Iowa_II

Class II

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/amino acid sequences/Cparvum_pro_aa

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/nucleotide sequences/Cparvum_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 L  F  K  K  K  K  P  S  K  N  K  F  I  K  S  T  K  R  N  N  K  Q  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  I  E  F  K  I  K  M  S  V  D  E  K  L  Y  S  E  V  L  D  Q  L  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  S  I  N  Y  S  K  F  D  H  D  A  T  P  N  M  E  S  M  V  E  V  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  Q  A  E  K  H  N  T  D  F  A  K  N  L  L  I  K  S  K  G  N  E  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  F  V  L  A  H  H  E  T  D  T  K  M  K  N  L  G  Q  I  F  G  V  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  K  L  R  L  A  D  E  D  V  L  N  D  T  L  K  V  K  R  G  C  L  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  S  L  I  F  E  K  S  G  G  I  Q  V  Y  F  D  E  C  L  K  D  K  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  V  H  P  L  T  N  T  E  S  F  S  I  H  I  N  D  I  V  K  F  A  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 C  G  K  K  V  K  W  F  S  M  D  N  L  E  E  Q  K  P  A  G  K  P  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  K  E  N  E  S  L  L  G  I  T  A  D  K  I  T  S  F  A  D  W  Y  S  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  I  V  K  S  E  M  I  E  Y  Y  D  I  S  G  C  Y  I  L  R  P  W  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  I  W  E  T  I  Q  S  V  F  D  Q  K  I  K  Q  H  D  V  Q  N  A  Y  F 
 -  I  W  E  T  I  Q  S  V  F  D  Q  K  I  K  Q  H  D  V  Q  N  A  Y  F 
---ATTTGGGAAACAATTCAAAGCGTTTTCGATCAGAAAATCAAACAACATGATGTACAAAATGCCTATTTC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  I  F  V  T  Q  K  K  L  E  T  E  K  D  H  V  E  G  F  S  P  E  V  A 
 P  I  F  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCCATTTTTGTA------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 W  V  T  K  S  G  K  S  D  L  A  E  P  I  A  I  R  P  T  S  E  T  I  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  I  R  P  T  S  E  T  I  M 
------------------------------------------GCTATCCGTCCAACATCTGAAACAATCATG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  P  Y  F  A  K  W  I  R  S  H  R  D  L  P  L  K  I  N  Q  W  T  S  I 
 Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  I  N  Q  W  T  S  I 
TAT------------------------------------------CTTAAGATTAATCAATGGACTTCCATT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  R  W  E  F  K  H  P  T  P  F  I  R  T  R  E  F  L  W  Q  E  G  H  T 
 V  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  L  W  Q  E  G  H  T 
GTAAGATGG---------------------------------CGTGAATTTTTATGGCAAGAAGGACATACA

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  H  S  T  R  K  E  A  L  E  M  V  D  I  I  L  N  E  Y  A  S  I  Y  E 
 A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  D  I  I  L  N  E  Y  A  S  I  Y  E 
GCC------------------------------GTTGACATCATTTTAAATGAATATGCATCTATTTATGAA

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  L  L  A  T  P  V  V  K  G  T  K  S  E  N  E  K  F  P  G  G  D  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T 
---------------------------------------------------------------------ACT

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  S  I  E  G  F  I  P  E  I  G  R  A  V  Q  A  A  T  S  H  L  L  G  Q 
 K  S  I  E  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  A  A  T  S  H  L  L  -  - 
AAATCAATTGAAGGA---------------------------CAGGCTGCAACTTCTCATTTACTT------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  F  S  K  M  F  G  V  E  F  E  D  E  K  G  N  K  E  Y  A  H  Q  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  H  Q  T  S 
---------------------------------------------------------GCACATCAAACTTCT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 W  G  L  T  T  R  A  I  G  V  M  I  M  T  H  G  D  N  K  G  L  V  L  P 
 W  G  L  T  T  R  A  I  G  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGGGGCTTAACTACAAGAGCTATTGGTGTT------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  K  V  A  P  V  Q  V  I  I  I  P  I  I  F  K  T  V  I  T  E  E  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  I  C  N  E  V  E  C  I  L  K  K  A  G  V  R  V  K  I  D  D  R  S  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Y  T  P  G  W  K  Y  N  H  W  E  V  K  G  V  C  L  R  F  E  V  G  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 D  I  E  K  R  S  V  R  V  V  V  R  D  N  M  E  K  M  D  I  P  I  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  E  S  K  I  P  K  L  L  E  E  F  Q  N  R  L  L  F  K  A  K  Q  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 N  E  S  I  I  R  V  D  T  F  D  K  V  M  D  T  L  N  Q  K  K  M  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 A  P  W  C  E  D  V  S  C  E  E  E  I  K  K  E  T  A  R  L  S  L  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 E  D  N  Q  S  M  T  G  A  M  K  S  L  C  I  P  N  D  Q  I  F  K  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719
 E  G  K  T  K  C  F  F  C  D  K  L  A  K  K  F  T  L  F  G  R  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

pro_euk_C_subellipsoidea

Class II

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/amino acid sequences/Csubellipsoidea_pro_aa

Eukaryotes/Coccomyxa subellipsoidea/nucleotide sequences/Csubellipsoidea_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  P  S  N  R  W  Y  L  D  V  V  R  D  A  E  L  A  D  Y  G  P  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  T  M  V  I  R  P  Y  G  Y  A  I  W  E  G  I  Q  S  Y  L  D  S  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  W  E  G  I  Q  S  Y  L  D  S  R  F 
---------------------------------ATATGGGAAGGCATACAGTCGTACCTGGACTCGCGGTTC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  E  L  G  V  Q  N  A  Y  F  P  Q  L  I  P  L  S  F  L  Q  K  E  A  D 
 K  E  L  G  V  Q  N  A  Y  F  P  Q  L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAGGAGCTGGGCGTGCAGAACGCGTACTTCCCGCAGCTCATC------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  V  E  G  F  A  P  E  L  A  L  V  T  K  G  G  G  K  D  L  E  E  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  V  R  P  T  S  E  T  M  V  N  H  M  L  A  Q  W  I  Q  S  Y  R  D  L 
 V  V  R  P  T  S  E  T  M  V  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTGGTACGGCCGACGTCTGAGACGATGGTGAAC---------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  M  L  L  N  Q  W  A  N  V  H  R  W  E  L  R  T  R  P  F  I  R  T  L 
 -  M  L  L  N  Q  W  A  N  V  H  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
---ATGCTGCTCAACCAGTGGGCCAACGTGCACCGCTGG------------------------------CTC

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  F  L  W  Q  E  G  H  T  A  H  A  T  A  E  E  A  K  A  M  A  Q  Q  M 
 E  F  L  W  Q  E  G  H  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  Q  Q  M 
GAATTCCTCTGGCAGGAGGGCCACACCGCC------------------------------GCCCAGCAGATG

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  E  V  Y  A  D  F  A  I  N  C  A  A  M  P  V  I  P  G  R  K  S  R  I 
 V  E  V  Y  A  D  F  A  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTGGAGGTTTATGCTGACTTTGCAATC---------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  S  F  A  G  A  N  V  T  L  T  I  E  A  M  M  G  D  R  R  A  L  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  T  L  T  I  E  A  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  A 
------------------------ACCCTCACCATTGAGGCT------------------------CAGGCG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  T  S  H  D  L  G  D  N  F  A  R  A  F  G  T  Q  F  L  D  E  S  G  E 
 G  T  S  H  D  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCACGAGCCATGATCTT------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  V  H  P  Q  Q  T  S  W  G  A  S  T  R  L  I  G  G  I  I  M  T  H  G 
 -  -  -  P  Q  Q  T  S  W  G  A  S  T  R  L  I  G  G  -  -  -  -  -  - 
---------CCGCAGCAGACAAGCTGGGGTGCCAGCACACGCCTCATTGGCGGC------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  D  M  G  L  R  L  P  P  R  L  A  P  I  Q  V  V  I  V  P  I  L  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  T  D  T  E  A  V  L  A  A  A  D  A  L  A  E  A  A  K  A  A  G  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  K  V  D  A  G  T  E  K  T  P  G  F  K  F  S  Y  W  E  M  K  G  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  R  I  E  V  G  P  R  D  V  A  Q  G  T  C  V  A  A  R  R  D  R  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  E  G  K  Q  F  G  I  P  L  E  P  A  G  F  V  A  S  M  R  Q  L  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  V  H  D  G  L  L  A  E  A  T  A  F  R  D  A  N  I  V  D  V  E  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  N  L  K  A  A  I  E  A  G  K  W  A  R  G  R  W  A  G  S  D  E  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  R  I  K  E  E  T  T  A  T  L  R  C  I  P  F  D  Q  P  G  G  S  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474
 C  F  L  T  G  A  D  A  A  E  V  A  I  F  A  K  A  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

pro_euk_P_chromatophora

Class II

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_pro_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  V  S  H  L  M  L  V  T  L  R  D  D  P  A  E  A  E  V  I  S  H  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  L  L  R  A  G  Y  I  R  R  V  T  I  G  I  Y  A  Y  L  P  L  L  W  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  L  K  K  I  S  S  C  V  R  E  E  M  T  S  A  G  A  I  E  L  L  M  P 
 V  L  K  K  I  S  S  C  V  R  E  E  M  T  S  A  G  A  I  E  L  L  M  P 
TATTTGCCAAGGTATACCAATTAAATCAGCATCTTTGAATTTTACGCCTGCTCTATCTTGACGGTCATCAAT

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  L  Q  P  A  D  I  W  Q  L  S  K  R  W  A  G  Y  T  Q  G  E  G  I  M 
 Q  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAAGACATC---------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  N  L  K  D  R  Q  G  R  E  L  A  L  G  P  T  H  E  E  V  V  T  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  G  P  T  H  E  E  V  V  T  -  - 
---------------------------------TGCTATTGATAAAGGCCAACAAATTCCTTTTTG------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  D  N  L  I  K  S  Y  R  Q  L  P  C  T  L  Y  Q  I  Q  T  K  F  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  T  L  Y  Q  I  Q  T  K  F  R  D 
------------------------------------ACCAATTCCATAGCAACCCATCCAAAACGGTTCTTG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  I  R  P  R  F  G  L  M  R  S  R  E  F  V  M  K  D  A  Y  S  F  H  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  F  V  M  K  D  A  Y  S  F  -  - 
---------------------------------GGCTATTGAATACTTATGTCCTAAACGAAAAAT------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  E  I  D  L  K  V  S  Y  D  R  M  D  L  G  Y  R  N  I  F  R  R  C  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  Y  D  R  M  D  L  G  Y  R  N  I  F  R  -  -  - 
------------------------TAATGTATAGATAGGATTATGAATACATTGGTCATTAGC---------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  N  V  V  A  V  E  A  D  S  G  S  I  G  G  A  A  S  Q  E  F  M  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  Q  E  F  M  V  - 
---------------------------------------------------AATAAGATGCTTGTTATC---

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  E  A  G  E  D  L  I  L  I  S  E  D  K  S  Y  A  A  N  Q  E  R  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  L  P  K  I  A  F  I  S  E  N  R  G  C  Q  Y  L  S  T  P  K  Q  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  D  Q  L  C  Q  A  H  G  L  H  S  S  Q  I  V  K  V  L  L  M  L  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  S  N  C  T  P  I  P  I  L  V  S  L  R  G  D  Q  N  L  N  E  V  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  S  A  V  K  S  H  V  S  S  K  V  G  T  L  L  E  I  T  P  I  T  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  A  I  N  Q  G  V  N  N  I  P  F  G  Y  L  G  P  Q  L  D  D  K  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  G  A  K  D  W  Q  K  R  F  L  R  F  V  D  P  T  A  A  A  L  T  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  C  G  A  N  I  D  N  K  H  L  I  G  A  S  W  G  D  L  F  I  L  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  V  D  L  R  A  A  Q  A  N  D  Q  C  I  H  N  P  I  Y  T  L  T  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  G  I  E  V  G  H  I  F  R  L  G  H  K  Y  S  I  A  L  N  A  N  Y  T 
 -  -  -  E  V  G  H  I  F  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CTCGCTGGAATGAAATGAATAAGC---------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  E  I  G  N  Q  E  P  F  W  M  G  C  Y  G  I  G  I  S  R  L  S  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  F  W  M  G  C  Y  G  I  G  I  S  R  L  S  Q  A 
------------------------TTTTGTCTGTATTTGATACAAGGTACAAGGAAGCTGACGATAAGATTT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  V  E  Q  H  H  D  Q  K  G  I  C  W  P  L  S  I  A  P  F  E  V  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  I  V  S  I  Q  D  E  I  Q  R  T  L  G  E  A  L  Y  S  I  M  K  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  V  D  V  L  I  D  D  R  Q  D  R  A  G  V  K  F  K  D  A  D  L  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  P  W  Q  I  V  I  G  R  G  A  I  N  N  Q  I  E  L  V  E  R  I  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  S  E  Q  L  D  A  G  Y  L  V  K  Y  F  L  Q  Y  L  E  R  T  H  N  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604
 F  L  G  D 
 -  -  -  - 
------------

pro_euk_N_ceranae

Class II

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_pro_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_pro_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  A  K  Q  K  F  G  L  T  V  N  K  A  E  N  F  S  S  W  Y  T  Q  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  K  G  E  F  L  D  Y  Y  D  V  K  G  C  Y  I  L  R  P  N  G  Y  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I 
---------------------------------------------------------------------ATC

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 W  N  E  I  R  K  W  F  T  N  E  I  E  K  L  G  V  E  E  C  L  F  P  M 
 W  N  E  I  R  K  W  F  T  N  E  I  E  K  L  G  V  E  E  C  L  F  P  M 
TGGAATGAAATAAGAAAGTGGTTTACAAATGAAATAGAAAAGTTGGGTGTAGAGGAATGCTTATTTCCTATG

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  I  P  K  T  F  L  E  K  E  E  S  H  I  S  D  F  S  P  E  V  A  W  I 
 L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTGATA------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  K  C  G  N  E  V  L  H  E  P  V  A  I  R  P  T  S  E  T  V  M  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  I  R  P  T  S  E  T  V  M  Y  - 
------------------------------------GCAATAAGACCCACGTCTGAAACAGTTATGTAT---

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  F  A  R  W  I  S  S  H  R  D  L  P  L  K  V  N  Q  W  C  N  I  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  V  N  Q  W  C  N  I  L  R 
---------------------------------------CTTAAGGTCAATCAGTGGTGCAATATTTTACGG

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 W  E  L  R  G  T  T  P  L  I  R  S  K  E  I  L  W  Q  E  G  H  T  A  H 
 W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  E  I  L  W  Q  E  G  H  T  A  - 
TGG---------------------------------AAAGAAATTCTCTGGCAAGAAGGACACACAGCT---

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  D  K  E  E  A  D  K  E  V  L  D  I  L  D  L  Y  Y  R  M  Y  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  D  I  L  D  L  Y  Y  R  M  Y  K  -  - 
---------------------------GTTTTAGATATATTAGATTTGTACTACAGAATGTACAAA------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  A  V  P  V  I  K  G  L  K  T  E  T  E  K  F  A  G  S  D  Y  S  T  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  T  T 
---------------------------------------------------------------AGTACAACT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  E  G  F  I  P  Q  A  G  K  G  I  Q  A  A  T  S  H  H  L  G  Q  N  F 
 V  E  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  A  A  T  S  H  H  L  -  -  -  - 
GTTGAAGGG---------------------------CAAGCTGCTACATCGCACCATCTT------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  K  M  F  D  V  K  V  Q  V  D  D  G  V  S  D  F  V  Y  Q  N  S  W  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  Y  Q  N  S  W  G 
---------------------------------------------------GTTTATCAAAATTCATGGGGA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 M  T  T  R  S  L  G  I  A  V  M  I  H  S  D  D  K  G  L  V  L  P  P  K 
 M  T  T  R  S  L  G  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGACTACCAGATCGTTAGGAATT------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  A  K  I  Q  V  V  I  I  P  C  G  L  S  V  K  T  S  T  E  D  K  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  L  K  V  I  N  R  I  K  N  Q  L  L  F  S  K  I  R  V  H  I  D  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  N  V  T  V  G  Y  K  F  N  H  W  E  I  R  G  V  P  I  R  I  E  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  K  D  L  E  K  N  E  M  C  I  Y  K  R  N  T  G  T  K  N  Q  Y  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  D  N  V  T  E  K  I  Q  L  L  I  N  D  I  H  E  E  M  Y  N  T  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  E  Q  E  S  K  I  L  Y  I  N  N  I  F  D  F  V  K  K  L  D  E  N  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  L  M  T  P  W  C  E  S  S  Q  C  E  E  K  I  K  T  M  S  T  K  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  E  K  I  L  I  A  G  A  K  S  L  C  I  P  F  E  S  R  K  I  E  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499
 T  C  I  I  C  K  S  A  C  K  R  Y  T  L  F  G  R  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

ser_arch_P_delaneyi

Class II

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_ser_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  W  S  L  L  R  Y  L  R  E  N  P  E  I  L  R  E  S  L  R  K  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 M  D  P  S  L  V  D  K  L  R  K  L  D  E  E  W  R  R  L  K  R  A  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  I  R  H  R  H  N  I  I  T  R  S  I  A  K  T  K  D  P  E  E  R  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  I  E  E  A  R  K  L  L  K  E  R  E  Q  L  E  E  K  L  K  R  V  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  R  E  K  L  L  L  S  L  P  N  I  V  H  E  S  V  P  V  G  D  S  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  N  V  P  I  R  F  W  G  R  P  K  V  Y  R  G  F  L  E  A  F  R  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  E  K  W  G  F  K  V  D  Y  E  V  I  D  W  K  P  I  G  H  A  D  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  H  V  L  R  L  G  D  T  M  K  A  A  E  V  A  G  S  R  F  Y  Y  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  D  L  V  W  L  D  F  A  L  L  M  Y  A  I  D  H  L  T  S  K  G  Y  K 
 -  -  -  -  -  L  D  F  A  L  L  M  Y  A  I  D  H  L  T  S  K  G  Y  K 
---------------CTAGACTTCGCGCTATTAATGTACGCTATCGATCATCTGACATCAAAGGGGTATAAG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  V  L  P  P  Y  M  I  R  H  K  I  L  M  G  V  I  D  M  D  T  F  E  D 
 L  V  L  P  P  Y  M  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTAGTACTACCACCATACATGATA------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  I  Y  K  I  E  G  E  D  L  Y  L  I  A  T  A  E  H  P  L  A  G  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  I  A  T  A  E  H  P  L  A  -  -  - 
------------------------------TACCTGATCGCAACAGCCGAGCATCCTTTGGCA---------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  N  E  E  I  M  E  D  E  L  P  L  K  L  V  G  V  S  P  C  F  R  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  L  V  G  V  S  P  C  F  R  K  - 
---------------------------------CTAAAGCTGGTGGGCGTCAGCCCTTGTTTCCGCAAA---

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  G  A  G  N  R  D  L  K  G  I  F  R  V  H  Q  F  H  K  V  E  Q  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  H  K  V  E  Q  Y  I 
------------------------------------------CACCAATTCCACAAGGTAGAGCAGTACATC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  A  K  P  E  E  S  W  D  L  L  E  E  L  I  R  N  A  E  E  L  F  Q  G 
 Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  E  E  L  I  R  N  A  E  E  L  F  Q  - 
TAC---------------------------CTAGAGGAGCTTATACGTAACGCCGAGGAGCTATTCCAG---

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  G  L  P  Y  R  V  V  N  V  A  S  G  E  L  G  A  P  A  A  K  K  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D 
---------------------------------------------------------------AAATACGAC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  E  V  W  M  P  A  Q  G  R  Y  R  E  M  V  S  A  S  N  T  T  D  W  Q 
 L  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  M  V  S  A  S  N  T  -  -  -  - 
CTAGAGGTA---------------------------GAAATGGTTAGCGCTAGCAATACT------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  Y  R  L  N  I  R  L  V  R  R  K  G  M  V  R  E  Y  V  H  T  L  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  S 
------------------------------------------------------GTACATACTCTTAACTCT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  A  I  A  S  T  R  A  I  T  A  I  L  E  N  F  Q  E  P  D  G  T  V  V 
 T  A  .  A  S  T  R  A  I  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACAGCT---GCCTCCACAAGAGCCATTACGGCT---------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  P  K  V  L  R  K  Y  L  E  P  F  T  K  A  P  K  D  A  I  H  P  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460
 K  E  K  E 
 -  -  -  - 
------------

ser_arch_T_volcanium

Class II

Archaea/Thermoplasma volcanium/amino acid sequences/Tvolcanium_ser_aa

Archaea/Thermoplasma volcanium/nucleotide sequences/Tvolcanium_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  D  V  K  L  L  R  S  N  R  E  L  F  E  K  N  C  E  Y  R  G  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  A  I  I  D  Q  F  F  K  L  D  E  E  W  R  S  V  N  R  E  L  N  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  A  E  K  N  R  M  T  R  A  I  A  E  S  L  K  R  G  K  I  V  S  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  D  R  V  E  L  I  N  E  K  I  V  S  L  E  K  K  I  R  E  I  E  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  D  R  V  L  W  T  I  P  N  L  I  H  E  S  V  P  I  C  F  G  D  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  K  I  V  R  Y  V  G  H  A  K  V  Y  R  D  D  E  E  E  F  L  K  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  G  N  G  D  Y  E  V  I  D  E  R  P  K  S  H  V  D  L  G  Q  E  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  I  D  L  E  S  A  A  K  I  S  G  A  R  F  Y  F  I  K  N  R  L  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  E  M  A  L  E  N  Y  A  V  D  F  L  S  Q  R  G  F  T  V  V  E  P  P 
 L  E  M  A  L  E  N  Y  A  V  D  F  L  S  Q  R  G  F  T  V  V  E  P  P 
CGTTGCTATTAAATAAAGGTCTTCATCTTCGATTTTATAAAGCGTATCCTTGAACGTTTCGAGGTCTGTTGC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  M  L  N  L  E  S  M  R  G  A  T  D  L  E  T  F  K  D  T  L  Y  K  I 
 Y  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACCCCTCAT---------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  D  E  D  L  Y  L  I  A  T  S  E  H  S  I  A  S  M  L  S  N  E  F  L 
 -  -  -  -  -  Y  L  I  A  T  S  E  H  S  I  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GAGTGCCATTTCCAGCTTCAACAACCTATTTTT------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  E  K  E  L  P  I  R  V  A  G  V  S  A  C  F  R  R  E  A  G  A  H  G 
 -  -  -  -  -  -  I  R  V  A  G  V  S  A  C  F  R  R  -  -  -  -  -  - 
------------------TAAATCAATTATTCCGAGCTCCTGGCCTAAATCTAC------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  D  T  K  G  I  F  R  V  H  Q  F  N  K  I  E  Q  F  I  F  C  K  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  N  K  I  E  Q  F  I  F  -  -  -  - 
---------------------------TCCTGATCCTTTGAGAAACTCCTCTTCATCATC------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  S  W  D  Y  L  E  E  I  L  S  N  A  E  E  I  Y  R  S  L  G  I  P  Y 
 -  -  -  -  -  L  E  E  I  L  S  N  A  E  E  I  Y  R  -  -  -  -  -  - 
---------------CCTAACTATTTTATTATTTTCATCACCAAAGCATATAGG------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  V  V  N  V  C  S  G  E  L  G  R  L  A  A  K  K  Y  D  I  E  A  W  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D  I  E  A  -  - 
------------------------------------------------GATCTTTTTTTCCAAAGA------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  A  Q  G  K  F  R  E  I  V  S  A  S  N  D  T  D  Y  Q  A  R  S  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  E  I  V  S  A  S  N  D  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------TCGATCTTTCTCATTACTTACAAT---------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  K  Y  R  K  S  G  G  N  E  F  V  H  T  L  N  S  T  A  I  A  T  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  S  T  A  .  A  T  T  R 
---------------------------------ACCATTCAACTCCCTGTTTACAGA---CCATTCTTCATC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  L  V  A  I  M  E  N  F  Q  E  D  G  R  I  R  I  P  D  V  L  V  P  Y 
 I  L  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGCTTGAAAAA------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441
 T  G  F  Q  Y  I  D  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

ser_arch_S_acidocaldarius

Class II

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/amino acid sequences/Sacidocaldarius_ser_aa

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/nucleotide sequences/Sacidocaldarius_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  W  S  I  L  E  L  I  R  N  N  P  E  A  L  K  E  N  L  K  K  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  D  T  S  T  V  D  K  A  V  E  L  D  K  K  W  R  Q  T  L  Q  E  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  L  R  H  E  H  N  L  I  S  S  Q  I  P  K  A  P  K  E  Q  K  S  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  N  K  A  K  E  L  L  K  T  L  E  D  K  E  K  E  L  Q  K  I  E  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  E  S  L  L  L  S  L  P  N  L  V  H  D  S  V  P  I  G  P  D  E  S  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  L  P  I  R  F  W  G  K  F  K  V  Y  K  D  D  V  N  E  F  L  K  Q  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  G  H  K  V  D  Y  E  I  I  S  W  K  P  V  G  H  A  D  M  L  E  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  R  L  G  D  T  K  K  A  G  E  V  A  A  S  R  F  Y  Y  L  F  N  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  W  L  D  I  A  L  L  L  Y  A  I  D  T  I  T  S  R  G  Y  T  L  V  L 
 -  -  L  D  I  A  L  L  L  Y  A  I  D  T  I  T  S  R  G  Y  T  L  V  L 
------TTAGATATAGCCTTATTACTTTATGCTATTGATACGATAACTTCAAGGGGATATACACTTGTTTTA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  P  Y  M  L  R  G  E  V  I  K  S  V  I  D  L  D  T  F  K  D  A  I  Y 
 P  P  Y  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCACCTTACATGCTT---------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  I  E  G  E  D  L  Y  L  I  A  T  A  E  H  S  I  A  A  L  Y  Y  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  Y  L  I  A  T  A  E  H  S  I  A  -  -  -  -  -  - 
---------------------TATTTAATAGCCACAGCCGAACACTCCATAGCA------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  I  P  R  E  E  L  P  L  K  L  V  G  V  S  P  A  F  R  K  E  A  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  L  V  G  V  S  P  A  F  R  K  -  -  -  - 
------------------------CTCAAGTTAGTTGGTGTGAGTCCTGCATTCAGGAAA------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  N  K  D  L  K  G  I  F  R  V  H  Q  F  H  K  V  E  Q  F  I  F  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  H  K  V  E  Q  F  I  F  -  - 
---------------------------------CATCAATTTCATAAGGTTGAGCAATTTATCTTC------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  E  D  S  W  K  Y  H  E  E  M  I  E  N  A  E  E  I  F  R  G  L  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  H  E  E  M  I  E  N  A  E  E  I  F  R  -  -  -  - 
---------------------CATGAAGAAATGATTGAAAACGCAGAAGAGATATTCCGA------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  Y  R  V  I  N  I  A  S  G  D  L  G  A  P  A  A  K  K  Y  D  L  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D  L  E  V 
------------------------------------------------------AAATACGATCTTGAGGTG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 W  M  P  A  Q  A  K  F  R  E  M  V  S  C  S  N  C  L  D  W  Q  A  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  M  V  S  C  S  N  C  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------GAAATGGTTAGTTGTAGTAATTGT---------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 M  R  I  R  Y  V  E  K  N  N  K  K  G  Y  L  H  T  L  N  S  T  A  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  H  T  L  N  S  T  A  .  A 
------------------------------------------CTGCATACTTTAAACAGTACAGCA---GCT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  T  R  A  I  T  A  I  L  E  N  Y  Q  K  E  D  G  V  V  E  V  P  K  M 
 S  T  R  A  I  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGCACCAGGGCTATAACAGCT---------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  R  K  Y  L  E  T  F  S  S  A  P  K  E  Y  I  Y  P  K  K  K  P  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458
 T  S 
 -  - 
------

ser_arch_M_kandleri

Class II

Archaea/Methanopyrus kandleri/amino acid sequences/Mkandleri_ser_aa

Archaea/Methanopyrus kandleri/nucleotide sequences/Mkandleri_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  L  K  F  S  A  E  V  E  L  T  L  S  R  E  V  D  P  A  E  I  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  V  E  E  F  V  K  E  A  N  E  D  L  L  Q  R  G  V  P  T  G  K  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  K  I  E  S  Y  R  V  L  E  D  T  I  E  M  E  I  T  G  T  R  Y  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  H  E  A  A  M  R  V  R  K  R  L  A  E  R  L  G  R  K  H  R  V  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  D  L  K  I  P  R  Y  E  V  V  L  R  F  D  R  E  V  T  R  D  D  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  V  P  V  A  D  D  V  V  V  E  D  G  T  V  R  L  T  F  Q  D  V  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  M  L  R  R  H  V  I  D  R  V  I  R  L  V  A  W  A  V  E  E  R  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  V  E  R  V  T  K  V  E  P  G  T  V  V  D  E  S  G  P  R  E  I  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  G  D  V  T  E  E  A  R  R  R  G  W  V  K  E  F  P  G  R  G  Q  W  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  T  P  P  M  A  A  L  F  E  V  L  R  D  F  L  L  E  R  V  T  R  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  L  F  E  V  L  R  D  F  L  L  E  R  .  T  R  K  L 
---------------------CTGTTCGAAGTCCTCCGTGACTTCCTTCTGGAGCGT---ACGCGTAAGTTG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  F  E  P  A  L  F  P  K  L  I  P  L  E  T  M  F  R  M  R  Y  L  H  G 
 G  F  E  P  A  L  F  P  K  L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCTTCGAGCCCGCCCTGTTCCCGAAGCTAATT---------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  P  D  G  M  Y  Y  V  C  P  P  K  R  D  P  E  L  F  D  D  F  K  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  Y  V  W  G  E  L  N  E  R  T  L  G  S  L  K  E  K  L  R  D  P  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  L  A  P  A  Q  C  E  P  F  Y  E  L  L  R  D  E  V  V  D  P  E  R  L 
 V  L  A  P  A  Q  C  E  P  F  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTTCTGGCACCGGCCCAGTGTGAGCCGTTCTAC---------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  I  K  L  Y  D  C  S  G  W  T  Y  R  W  E  G  G  A  A  K  G  L  E  R 
 -  I  K  L  Y  D  C  S  .  W  T  Y  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---ATCAAGCTCTACGACTGCAGT---TGGACGTACCGGTGG------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  N  E  F  Q  R  I  E  H  V  W  I  A  E  P  E  E  A  E  R  I  R  E  E 
 -  N  E  F  Q  R  I  E  H  V  W  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  E  E 
---AACGAGTTCCAGCGGATCGAGCACGTGTGGATC---------------------------CGAGAGGAG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  L  E  A  T  K  R  V  A  E  E  L  E  L  E  W  K  V  V  V  S  D  D  P 
 L  L  E  A  T  K  R  V  A  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTACTGGAAGCTACCAAGCGGGTCGCGGAA------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  Y  L  E  G  R  L  L  E  D  R  D  I  E  L  P  D  V  P  S  Y  E  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  Y  E  F  E 
---------------------------------------------------------TCGTACGAGTTCGAA

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 V  Y  L  P  F  K  G  E  R  S  S  E  E  A  W  I  S  V  G  S  F  N  V  H 
 V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  V  G  S  F  N  V  H 
GTC---------------------------------------------TCGGTGGGCTCGTTCAACGTGCAC

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  E  H  F  V  D  G  F  N  V  K  E  K  S  G  R  T  L  F  T  G  C  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  F  T  G  C  A  G 
---------------------------------------------------CTGTTCACGGGCTGTGCGGGT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  G  V  T  R  W  V  V  G  L  L  A  Q  H  G  F  E  P  E  E  W  P  E  P 
 -  G  V  T  R  W  V  V  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GGTGTCACCCGATGGGTGGTTGGG---------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527
 I  L  E  R  I  D  E  K  F  G  G  L  P  E  V  P  K  T  L  T  W  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

ser_arch_M_hungatei

Class II

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_ser_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  I  R  F  V  R  A  N  P  D  A  I  R  E  D  L  K  K  R  N  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  K  L  A  W  I  D  D  L  L  V  Q  D  I  R  H  R  E  L  I  G  Q  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  L  R  R  R  R  N  S  I  S  Y  D  I  N  R  A  K  K  A  G  E  D  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  L  I  A  E  A  A  G  L  P  G  R  I  K  E  N  E  A  E  M  E  E  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  K  I  R  Y  Y  L  M  R  I  P  N  I  L  H  E  S  V  P  V  G  A  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  Q  N  V  E  V  K  R  Y  G  T  P  R  T  F  T  F  E  L  K  N  H  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  A  A  D  N  D  W  A  D  F  E  R  A  T  K  T  S  G  A  G  F  Y  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  G  N  L  V  L  L  D  L  A  L  Q  R  F  S  L  D  I  L  M  E  K  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  L  D  L  A  L  Q  R  F  S  L  D  I  L  M  E  K  G  Y 
------------------TGGTAGATCCTTCTCTTCAAAAATTTCATCCTGGTACATTGCTGCCATCGGATG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  P  I  I  P  P  Y  M  I  N  R  K  S  Y  E  E  V  T  D  L  D  D  F  E 
 T  P  I  I  P  P  Y  M  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCACTGGTGGCGATCAGGTATGCATC---------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  V  M  Y  K  I  E  D  D  D  A  Y  L  I  A  T  S  E  H  P  M  A  A  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  I  A  T  S  E  H  P  M  A  -  - 
---------------------------------GTATGGAGGTATGATGGGCGTATACCCTTTTTC------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  Q  D  E  I  F  E  E  K  D  L  P  L  R  L  A  G  L  S  P  C  F  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  L  A  G  L  S  P  C  F  R  R 
------------------------------------AAGCACCAGATTTCCTTTCAGAAAATAAAAGCCCGC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  I  G  S  H  G  L  D  T  K  G  L  F  R  V  H  Q  F  H  K  V  E  Q  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  H  K  V  E  Q  F 
---------------------------------------------TGCAGCAAGTTGCCCGTGGTTTTTAAG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  Y  C  H  P  D  D  S  W  T  I  H  E  E  L  R  E  N  A  E  E  I  F  Q 
 V  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  E  E  L  R  E  N  A  E  E  I  F  Q 
TTCAAA---------------------------CTTCACCTCGACATTCTGGGTATCATCAGCACCAACCGG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  L  E  I  P  Y  R  V  V  N  I  C  T  G  D  I  G  T  V  A  A  K  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y 
------------------------------------------------------------------CATCTC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  I  E  A  W  M  P  R  E  N  E  Y  R  E  V  V  S  C  S  N  C  T  T  Y 
 D  I  E  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  V  S  C  S  N  C  -  -  - 
AGCTTCATTTTC---------------------------TTCAGCGATGAGTGCAGATGCATC---------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  A  V  R  L  N  I  R  V  R  D  K  E  D  F  E  S  K  Q  F  V  H  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L 
------------------------------------------------------------CTGACCAATAAG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  S  T  A  I  A  T  S  R  A  M  R  A  I  L  E  N  N  Q  Q  E  D  G  S 
 N  S  T  A  .  A  T  S  R  A  M  R  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCACGGTGACG---ATCCTGAACAAGCAGGTCATCTAT---------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425
 V  V  I  P  K  V  L  R  P  Y  M  N  D  K  E  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

ser_arch_A_fulgidus

Class II

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/amino acid sequences/ser_Arc_A_fulgidus

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/nucleotide sequences/Afulgidus_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  W  S  I  L  K  A  V  R  E  N  P  E  I  L  Y  E  S  Q  R  R  R  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  V  D  I  V  D  R  A  I  E  L  D  R  K  W  R  E  E  L  K  R  V  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  R  K  R  R  N  E  L  A  R  A  V  K  E  A  K  G  E  E  R  A  K  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  E  A  K  A  V  S  E  E  V  K  R  A  E  E  E  L  K  R  L  E  A  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  E  V  L  L  S  I  P  N  I  I  H  E  S  V  P  V  G  K  D  D  S  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  P  I  K  Y  W  G  K  A  K  V  Y  F  E  D  V  D  A  F  V  E  M  T  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  M  A  E  Y  E  V  T  D  V  K  P  I  G  H  A  D  A  V  E  I  F  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  D  L  E  R  A  A  K  V  A  G  A  R  F  Y  Y  L  L  N  D  L  V  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
---------------------------------------------------------------------CAG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  F  A  L  T  M  Y  A  L  D  F  L  R  K  E  D  F  T  I  V  S  P  P  Y 
 D  F  A  L  T  M  Y  A  L  D  F  L  R  K  E  D  F  T  I  V  S  P  P  Y 
AACCTCCCTCATGTGCATCGCAGCTATTGGATGCTCGCTTGTGGCTATAAGATAGAGGTCTTCATCTTCAAC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 M  M  R  R  E  A  Y  S  G  V  T  A  F  S  D  F  E  E  V  I  Y  K  V  E 
 M  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTGTA------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  E  D  L  Y  L  I  A  T  S  E  H  P  I  A  A  M  H  M  R  E  V  L  E 
 -  -  -  -  Y  L  I  A  T  S  E  H  P  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TGTGAAGTCCTCCTTTCTCAGAAAGTCAAGGGC---------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  R  E  L  P  L  L  Y  A  G  V  S  P  C  F  R  K  E  A  G  A  H  G  K 
 -  -  -  -  -  L  L  Y  A  G  V  S  P  C  F  R  K  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CAGGTAGTAGAACCTCGCCCCCGCAACCTTTGCCGC---------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  T  K  G  I  F  R  V  H  Q  F  N  K  V  E  Q  F  V  F  C  L  P  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  N  K  V  E  Q  F  V  F  -  -  -  -  - 
------------------------ACCGATAGGTTTGACGTCCGTAACTTCATACTC---------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  W  E  W  H  E  K  L  I  E  N  V  E  K  L  W  Q  G  L  G  I  P  Y  R 
 -  -  -  -  H  E  K  L  I  E  N  V  E  K  L  W  Q  -  -  -  -  -  -  - 
------------GGCATCAACATCCTCGAAGTAGACCTTCGCCTTCCCCCA---------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  V  N  I  C  T  G  D  L  G  I  V  A  A  K  K  Y  D  L  E  A  W  M  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D  L  E  A  -  -  - 
---------------------------------------------AATTGAAAGCAGAACTTC---------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  Q  A  K  Y  R  E  M  V  S  C  S  N  C  T  D  W  Q  S  Y  R  L  D  I 
 -  -  -  -  -  -  E  M  V  S  C  S  N  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------CTCCTCCTCAGCCCTTTTAACCTC------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  F  A  E  E  R  G  K  P  S  K  G  F  V  H  T  L  N  S  T  A  I  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  S  T  A  .  A  T 
---------------------------------------CGCCAGCTCGTTTCTCCGCTTTCT---CTGGTT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  R  A  I  T  A  I  I  E  N  F  Q  L  E  D  G  R  V  E  I  P  R  V  L 
 T  R  A  I  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACCCTCTTAAGCTCTTC------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453
 R  K  Y  L  E  P  I  E  S  A  P  K  D  F  I  M  P  A  K  S  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

ser_arch_M_thermautotrophicus

Class II

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/amino acid sequences/Mthermautotrophicus_ser_aa

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/nucleotide sequences/Mthermautotrophicus_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  F  K  L  K  G  I  I  K  L  S  K  E  V  P  G  I  E  D  D  L  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  F  T  E  A  E  S  D  I  L  R  R  G  V  P  E  G  Q  E  H  E  A  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  K  S  W  R  L  E  G  D  T  L  H  I  E  M  E  S  G  R  R  V  R  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 D  G  L  L  R  L  K  K  P  L  G  Q  L  L  G  P  K  Y  R  V  G  V  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  S  V  T  D  Y  T  M  E  M  K  A  P  G  V  S  G  I  P  S  L  A  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  F  V  E  D  A  A  I  T  D  G  T  I  M  V  R  F  Q  P  L  E  E  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  R  K  H  V  F  D  R  V  V  K  H  A  R  T  L  V  E  S  S  D  D  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  Q  V  T  R  A  T  P  G  E  I  I  A  R  S  R  S  R  D  F  F  F  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  P  T  E  E  A  M  R  L  G  W  V  K  K  F  P  G  R  G  Q  W  F  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  K  I  T  A  L  H  R  A  L  E  E  F  F  I  E  R  I  V  K  P  L  G  F 
 -  -  -  -  -  L  H  R  A  L  E  E  F  F  I  E  R  .  V  K  P  L  G  F 
---------------CTCCACCGGGCCCTGGAGGAGTTCTTCATTGAAAGG---GTGAAACCCCTGGGATTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  E  C  L  F  P  K  L  I  P  L  D  I  M  N  K  M  R  Y  L  E  G  L  P 
 V  E  C  L  F  P  K  L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTTGAGTGCCTCTTCCCCAAACTCATA---------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  G  M  Y  Y  C  S  A  P  S  R  D  P  E  T  F  E  E  F  K  N  E  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  N  R  E  V  P  M  D  L  L  K  R  G  I  K  D  P  G  Y  V  I  A  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  I  A  P  A 
---------------------------------------------------------GTTATAGCCCCGGCC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  C  E  P  F  Y  Q  F  L  S  H  E  V  V  S  A  E  D  L  P  V  K  F  F 
 Q  C  E  P  F  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  K  F  F 
CAGTGCGAACCCTTCTAC------------------------------------------GTAAAGTTCTTT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 D  R  S  G  W  T  Y  R  W  E  A  G  G  S  K  G  L  D  R  V  H  E  F  Q 
 D  R  S  .  W  T  Y  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  E  F  Q 
GACAGGAGC---TGGACCTACAGGTGG---------------------------------CATGAATTCCAG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  V  E  L  V  W  L  A  E  P  G  E  T  E  E  I  R  D  R  T  V  E  L  S 
 R  V  E  L  V  W  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  D  R  T  V  E  L  S 
AGGGTGGAACTCGTATGGCTG---------------------------CGTGACCGGACAGTTGAACTCTCA

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 H  D  A  A  D  E  L  E  L  E  W  Y  T  E  V  G  D  D  P  F  Y  L  E  G 
 H  D  A  A  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATGATGCCGCCGAT---------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  K  V  E  E  R  G  I  E  F  P  D  V  P  K  Y  E  M  R  L  S  L  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  E  M  R  L  -  -  -  - 
------------------------------------------AAGTATGAGATGAGGCTC------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  E  K  G  V  A  V  V  S  A  N  V  H  G  T  H  F  I  E  G  F  S  I  R 
 -  -  -  -  -  A  V  V  S  A  N  V  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GCAGTTGTATCAGCCAATGTCCAT---------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  A  R  N  L  N  I  W  T  G  C  T  G  I  G  L  S  R  W  I  Y  G  F  L 
 -  -  -  -  -  -  I  W  T  G  C  T  G  -  G  L  S  R  W  I  Y  G  -  - 
------------------ATCTGGACCGGCTGCACCGGC---GGGCTCTCAAGGTGGATCTATGGT------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  Q  K  G  F  E  T  G  N  W  P  D  F  I  G  E  R  V  E  G  V  E  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513
 R  I  I  T  W  P  R  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

ser_arch_P_aerophilum

Class II

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_ser_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  Y  S  V  L  E  A  L  R  N  S  P  D  V  V  R  K  V  L  T  A  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 M  D  A  S  L  V  D  K  F  L  E  L  D  E  K  W  R  R  L  K  K  E  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  L  R  H  E  Y  N  K  L  S  K  E  G  A  K  A  P  P  E  R  R  R  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  D  K  A  R  E  L  A  A  R  L  E  R  A  E  K  E  L  E  E  T  E  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  E  E  V  L  W  S  F  P  N  L  I  H  E  S  V  P  I  C  P  E  G  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  I  P  V  R  H  W  G  V  V  K  T  T  K  D  V  V  D  K  L  D  K  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  Y  L  V  V  E  K  A  P  V  G  H  A  D  M  A  E  V  V  L  K  M  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 T  L  K  A  G  E  V  A  G  S  R  F  Y  Y  L  F  D  D  L  V  W  L  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  D  F 
---------------------------------------------------------------CTCGACTTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  L  A  M  Y  A  L  D  Y  L  A  Q  K  G  F  R  P  V  I  P  P  Y  M  L 
 A  L  A  M  Y  A  L  D  Y  L  A  Q  K  G  F  R  P  V  I  P  P  Y  M  L 
GCCCTCGCCATGTACGCATTAGACTACCTAGCCCAGAAGGGGTTTAGGCCTGTGATCCCGCCGTATATGTTG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  Y  D  L  I  R  R  V  L  D  F  D  T  F  K  D  A  I  Y  K  I  D  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  L  Y  L  I  A  T  A  E  H  G  I  A  A  Y  L  Y  K  R  E  L  L  E  E 
 -  -  Y  L  I  A  T  A  E  H  G  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------TACCTAATCGCCACGGCGGAGCACGGAATAGCG---------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  L  P  Q  L  Y  V  G  W  S  P  C  F  R  K  E  A  G  A  G  S  R  D  I 
 -  -  -  Q  L  Y  V  G  W  S  P  C  F  R  K  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------CAACTTTACGTGGGGTGGTCTCCATGTTTTAGAAAA---------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  G  I  F  R  V  H  I  F  H  K  V  E  Q  F  V  F  S  L  P  E  D  S  W 
 -  -  -  -  -  -  H  I  F  H  K  V  E  Q  F  V  F  -  -  -  -  -  -  - 
------------------CATATATTCCACAAAGTGGAGCAGTTCGTCTTC---------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  W  H  E  E  I  T  K  N  T  E  E  L  I  R  G  L  G  L  P  Y  R  V  V 
 -  -  H  E  E  I  T  K  N  T  E  E  L  I  R  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CATGAGGAAATAACTAAAAACACCGAGGAGCTCATAAGA---------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  I  C  A  H  D  L  G  A  P  A  A  K  K  Y  D  I  E  V  W  Y  P  S  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D  I  E  V  -  -  -  -  - 
---------------------------------------AAATACGACATAGAAGTG---------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  M  Y  R  E  L  A  S  C  S  N  V  T  D  W  Q  S  Y  R  L  G  I  R  V 
 -  -  -  -  E  L  A  S  C  S  N  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GAATTGGCGAGTTGTTCAAACGTA------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  R  K  G  M  K  R  E  Y  V  H  T  L  N  C  T  G  L  A  T  T  R  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  C  T  G  .  A  T  T  R  T  I 
---------------------------GTCCACACGCTTAACTGCACAGGT---GCGACCACGAGGACAATA

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  A  I  L  E  N  F  Q  R  E  D  G  A  V  E  I  P  K  V  L  R  Q  Y  L 
 T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACTGCC------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451
 E  P  I  K  A  A  P  K  D  Y  I  L  P  K  A  A  K  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

ser_arch_T_acidophilum

Class II

Archaea/Thermoplasma acidophilum/amino acid sequences/Tacidophilum_ser_aa

Archaea/Thermoplasma acidophilum/nucleotide sequences/Tacidophilum_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  D  V  K  L  L  R  S  N  R  E  L  F  E  K  N  C  E  Y  R  G  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  A  P  V  E  D  F  F  R  L  D  E  E  W  R  S  I  N  R  E  L  N  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  S  Q  K  N  R  E  T  R  K  I  A  E  L  I  K  N  N  G  D  A  S  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  K  A  V  E  D  I  N  A  R  I  S  D  L  E  N  K  L  K  K  I  E  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  D  R  I  L  W  T  I  P  N  L  V  H  E  S  V  P  V  C  F  G  D  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  Q  L  V  R  Y  V  G  H  A  K  V  F  R  D  D  I  E  E  F  K  K  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  N  S  Q  D  Y  E  V  L  D  E  R  P  K  S  H  V  D  L  G  L  D  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  I  D  L  E  S  A  A  R  I  S  G  S  R  F  Y  F  I  K  N  R  L  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  E  M  A  L  E  N  Y  A  V  D  F  L  S  Q  R  G  F  S  I  V  E  P  P 
 L  E  M  A  L  E  N  Y  A  V  D  F  L  S  Q  R  G  F  S  I  V  E  P  P 
CTGGAAATGGCGCTTGAGAACTATGCGGTGGATTTCCTTTCGCAGAGAGGGTTTTCGATAGTGGAACCCCCC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  M  L  N  L  E  S  M  R  G  A  T  D  L  E  T  F  K  D  T  L  Y  K  I 
 Y  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TATATGCTG---------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  G  E  D  L  Y  L  I  A  T  S  E  H  S  I  A  A  M  L  S  N  Q  F  L 
 -  -  -  -  -  Y  L  I  A  T  S  E  H  S  I  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------TACCTTATAGCAACTTCGGAGCATTCCATAGCA------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  E  K  D  L  P  L  R  V  A  G  I  S  A  C  F  R  R  E  A  G  A  H  G 
 -  -  -  -  -  -  L  R  V  A  G  I  S  A  C  F  R  R  -  -  -  -  -  - 
------------------CTCAGGGTGGCCGGTATATCGGCATGCTTCAGGCGT------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  D  T  K  G  I  F  R  V  H  Q  F  N  K  I  E  Q  F  V  F  C  K  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  N  K  I  E  Q  F  V  F  -  -  -  - 
---------------------------CATCAGTTCAACAAGATAGAGCAGTTCGTTTTC------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  S  W  D  F  L  E  E  I  L  G  N  A  E  A  I  Y  R  S  L  G  I  P  Y 
 -  -  -  -  -  L  E  E  I  L  G  N  A  E  A  I  Y  R  -  -  -  -  -  - 
---------------CTTGAGGAGATTCTCGGCAATGCTGAAGCCATATACAGG------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  V  V  N  V  C  S  G  E  L  G  R  L  A  A  K  K  Y  D  I  E  A  W  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D  I  E  A  -  - 
------------------------------------------------AAGTACGATATAGAGGCC------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  A  Q  G  K  F  R  E  I  V  S  A  S  N  D  T  D  Y  Q  A  R  S  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  E  I  V  S  A  S  N  D  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------GAGATAGTGTCGGCTTCAAACGAC---------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  K  Y  R  T  S  E  G  N  R  F  V  H  T  L  N  S  T  A  I  A  T  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  S  T  A  .  A  T  T  R 
---------------------------------GTCCACACGCTCAACAGCACGGCG---GCGACGACTAGG

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  L  V  A  I  M  E  N  F  Q  E  G  D  R  I  R  I  P  D  V  L  V  P  Y 
 I  L  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATACTGGTAGCC------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441
 T  G  F  Q  Y  I  E  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

ser_arch_M_aeolicus_Nankai

Class II

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/amino acid sequences/MaeolicusNankai_ser_aa

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/nucleotide sequences/MaeolicusNankai_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  F  E  L  N  G  K  I  I  F  S  K  E  I  T  D  D  A  K  K  D  I  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  V  L  N  D  R  T  I  L  L  K  G  V  P  T  G  K  E  E  E  A  S  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  N  Y  E  F  K  G  N  E  L  I  L  N  I  I  S  G  T  Y  A  R  A  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  I  I  R  L  K  K  P  I  M  E  K  V  G  K  I  H  K  M  G  I  R  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  I  D  N  Y  E  I  T  I  N  A  P  H  N  I  D  A  L  E  N  L  K  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  C  E  T  E  L  N  E  E  E  N  T  I  K  I  I  F  K  N  I  G  D  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  K  R  N  I  V  D  R  A  I  K  F  V  K  T  E  I  D  N  I  G  D  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  E  C  D  L  T  Y  E  V  C  G  I  A  P  N  T  I  V  S  E  Y  K  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  T  I  S  Y  N  K  D  P  T  E  E  S  E  K  L  G  W  V  K  R  F  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  G  Q  W  F  Y  T  P  P  M  T  K  L  L  R  A  F  E  E  L  L  M  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  R  A  F  E  E  L  L  M  E  E 
------------------------------------CATCATTTCATTTACAAACTCTTTAAACATCTCTGG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 C  I  N  K  I  G  F  D  E  C  L  F  P  K  L  I  P  L  E  V  M  Y  K  M 
 .  I  N  K  I  G  F  D  E  C  L  F  P  K  L  I  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TCTTTTTGGCGGAGATACATAATACATTCCCTCAGGAAGCCCTTC------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  Y  L  E  G  L  P  E  G  M  Y  Y  V  S  P  P  K  R  D  P  E  M  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  F  V  N  E  M  M  I  K  N  E  I  P  I  H  K  L  K  D  L  L  R  N  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  Y  V  L  A  P  A  Q  C  E  P  F  Y  Q  F  F  D  H  E  L  V  D  I  D 
 -  -  V  L  A  P  A  Q  C  E  P  F  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GCCTAATTTTTCGCTTTCTTCTGTTGGGTCTTT---------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  P  V  K  F  V  D  K  S  G  W  T  Y  R  W  E  G  G  G  S  K  G  L  D 
 -  -  V  K  F  V  D  K  S  .  W  T  Y  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------AATTGTATTTGGAGCTATTCC---CACTTCATAAGTTAA---------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  V  H  E  F  L  R  I  E  T  V  Q  M  G  A  P  E  F  V  N  S  V  R  D 
 -  -  H  E  F  L  R  I  E  T  V  Q  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  D 
------AATTTCTGTTTTTACAAATTTAATTGCTCTATC---------------------------TCCAAT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  T  L  K  Y  A  E  K  L  A  E  K  L  D  L  E  Y  W  T  E  V  G  D  D 
 D  T  L  K  Y  A  E  K  L  A  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTTTTAAATATGATTTTTATAGTATTTTCTTC---------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  F  Y  L  E  G  R  K  K  E  E  R  N  I  E  F  P  E  V  P  K  Y  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  E  M 
------------------------------------------------------------ATCTCTTATTCC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  L  W  L  P  H  V  K  D  E  R  K  G  V  A  V  T  S  A  N  V  H  G  T 
 R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  V  T  S  A  N  V  H  -  - 
CATTTT------------------------------------TAATCTAATAATTGCCTCATGGGC------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 H  F  V  E  G  F  G  V  K  D  Y  K  N  R  T  V  W  T  G  C  T  G  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  W  T  G  C  T  G  -  G 
---------------------------------------------TTCATAATTTACTATTTTTGA---TTC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  S  R  W  V  I  G  F  L  A  Q  Y  G  F  D  Y  N  D  W  P  E  L  I  K 
 L  S  R  W  V  I  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCCTCTTTTCCAGTAGGCAC---------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522
 D  K  I  G  E  M  P  N  I  P  K  V  I  T  W  P  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

ser_arch_N_equitans

Class II

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_ser_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  D  V  E  F  L  R  K  Y  P  E  K  Y  K  E  M  L  K  K  R  F  M  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  S  I  V  D  E  F  L  A  Y  D  N  L  W  R  S  L  K  K  E  L  D  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  C  L  H  N  A  I  S  K  A  I  A  T  G  K  L  E  H  N  C  N  T  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  L  K  D  D  K  E  Y  L  I  T  L  A  K  S  L  K  K  E  I  E  I  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  Q  L  K  E  I  E  S  K  R  N  D  I  L  W  R  M  P  N  Y  I  R  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  P  I  G  E  D  E  R  Y  N  K  P  L  K  Y  W  G  V  A  K  V  L  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  K  F  K  Q  E  T  Q  R  K  P  I  N  I  L  E  L  D  P  R  Y  I  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  L  T  Y  K  E  L  I  D  F  L  R  S  T  N  P  E  Y  F  V  N  P  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  I  D  F  D  L  L  N  K  E  G  L  V  L  Y  I  K  I  D  K  A  K  H  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  D  L  T  K  E  L  N  I  A  D  Q  E  L  G  S  K  I  A  G  S  R  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 V  E  F  E  K  G  L  F  M  E  L  K  L  I  K  F  V  L  E  T  L  K  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  M  E  L  K  L  I  K  F  V  L  E  T  L  K  .  . 
------------------------AGAGCCAGCTATCTTTGAGCCTAATTCTTGGTCGGCAATATT------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 T  E  G  K  Y  N  Y  K  I  M  K  L  P  Y  L  V  R  G  W  V  E  K  A  A 
 .  .  .  K  Y  N  Y  K  I  M  K  L  P  Y  L  V  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------ATCATAATGATGTTTAGCTTTGTCTATTTTTATATATAA------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  Y  F  T  A  F  E  D  T  L  Y  K  I  E  G  E  D  L  Y  L  N  P  T  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  N  P  T  A 
------------------------------------------------------AAGAAAATCTATTAATTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  H  P  I  A  G  L  Y  K  D  Y  Y  F  N  D  N  E  L  P  L  I  V  Y  G 
 E  H  P  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  I  V  Y  G 
TTTGTATGTTAGGCT------------------------------------------TTTTCTTTGAGTTTC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  T  T  A  F  R  K  E  A  G  S  H  G  K  D  T  K  G  I  F  R  V  H  Q 
 F  T  T  A  F  R  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q 
TTGTTTGAATTTTTCTACATC---------------------------------------------TTCGTC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  E  K  I  E  Q  Y  A  F  T  T  K  E  Q  L  L  E  I  Y  N  F  L  V  S 
 F  E  K  I  E  Q  Y  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  N  F  L  V  S 
TTCTCCAATGGGGACATCTTCTCTAAT---------------------------GTTTCTCTTACTTTCTAT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  A  E  T  I  V  K  K  L  G  L  P  Y  R  I  V  F  N  S  S  G  D  M  D 
 N  A  E  T  I  V  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCCTTCAATTGTTTTTCCAA---------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  K  V  T  M  Q  W  D  L  E  V  Y  Y  P  A  Q  E  K  Y  R  E  L  H  S 
 -  -  -  -  -  Q  W  D  L  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  L  H  S 
---------------TATTTTTGTATTGCAATT---------------------------CTTAGAGATTGC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  G  T  V  E  E  W  Q  A  R  R  L  N  I  K  Y  S  K  G  Y  V  N  T  I 
 F  G  T  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  N  T  I 
ATTGTGCAAACA------------------------------------------------AGCCAAAAATTC

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Y  A  T  A  L  P  I  Q  R  A  M  T  A  L  L  E  N  N  L  F  E  L  N  Y 
 Y  A  T  A  .  P  I  Q  R  A  M  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCAACTATACT---ATCCATGAATCTTTTCTTTAACAT---------------------------------

481482483484
 N  R  L  K 
 -  -  -  - 
------------

ser_arch_M_acetivorans

Class II

Archaea/Methanosarcina acetivorans/amino acid sequences/Methanosarcina_acetivorans_ser_aa

Archaea/Methanosarcina acetivorans/nucleotide sequences/Methanosarcina_acetivorans_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  E  L  K  F  V  R  N  N  P  D  I  V  G  R  A  L  V  N  R  N  M  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  E  L  I  D  S  L  L  E  Y  D  V  A  W  R  K  C  L  T  E  G  D  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  H  K  R  N  V  V  T  R  E  I  A  Q  L  K  K  E  N  K  D  T  L  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  N  E  M  Q  D  I  N  N  R  I  K  E  I  D  D  K  I  R  D  Y  K  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  N  E  I  M  L  S  I  P  N  I  P  S  E  T  T  P  V  G  K  D  E  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  P  V  V  R  V  V  G  E  K  K  K  F  T  F  T  P  K  P  H  W  E  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  A  L  D  I  L  D  F  E  R  G  A  K  I  A  G  Q  G  F  T  V  Y  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  G  A  K  L  E  R  A  L  I  N  F  M  L  D  V  H  T  R  Q  G  Y  L  E 
 -  -  -  -  L  E  R  A  L  I  N  F  M  L  D  V  H  T  R  Q  G  Y  L  E 
------------CTTGAAAGAGCCCTCATAAACTTCATGCTTGATGTACACACCAGGCAGGGGTATCTCGAA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  F  P  P  V  L  I  N  E  K  A  M  T  G  T  G  Q  L  P  K  F  K  E  D 
 V  F  P  P  V  L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTTTTCCCGCCTGTGCTAATC---------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 M  Y  L  C  C  A  D  G  Y  Y  L  A  P  T  A  E  V  P  V  T  N  L  F  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  A  P  T  A  E  V  P  V  T  -  -  -  - 
---------------------------TATCTTGCCCCGACTGCAGAAGTCCCGGTGACC------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  E  Y  M  E  N  L  P  V  S  L  T  A  Y  T  A  C  F  R  R  E  A  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  S  L  T  A  Y  T  A  C  F  R  R  -  -  -  - 
------------------------GTATCCCTTACAGCATATACCGCCTGCTTCAGGCGG------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 H  G  Q  D  T  R  G  I  I  R  Q  H  Q  F  N  K  V  E  L  V  K  F  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  N  K  V  E  L  V  K  F  -  - 
---------------------------------CACCAGTTCAACAAGGTTGAACTTGTCAAGTTC------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  E  T  S  Y  E  E  L  E  K  L  T  L  D  A  E  E  I  L  K  L  L  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  L  E  K  L  T  L  D  A  E  E  I  L  K  -  -  -  - 
---------------------CTGGAAAAACTCACCCTCGATGCCGAAGAGATTCTAAAA------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  Y  R  L  V  T  L  C  T  G  D  L  G  F  S  A  A  K  T  Y  D  I  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  D  I  E  V 
------------------------------------------------------ACCTACGACATTGAGGTA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 W  V  P  T  Q  E  K  Y  R  E  I  S  S  C  S  N  F  E  N  F  Q  A  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  S  S  C  S  N  F  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------GAGATCTCCTCGTGCTCGAATTTC---------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  N  I  R  F  R  T  P  E  G  P  Q  F  V  H  T  L  N  G  S  G  L  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  G  S  G  .  A  V 
---------------------------------------GTCCACACGCTTAACGGCTCAGGC---GCTGTA

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  R  T  V  V  A  I  L  E  N  Y  Q  R  E  D  G  S  V  E  I  P  E  V  L 
 G  R  T  V  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCAGGACCGTCGTTGCT------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421
 R  P  Y  M  G  G  V  E  E  I  R  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

ser_arch_P_horikoshii

Class II

Archaea/Pyrococcus horikoshii/amino acid sequences/Phorikoshii_ser_aa

Archaea/Pyrococcus horikoshii/nucleotide sequences/Phorikoshii_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  I  K  L  I  R  E  N  P  E  L  V  K  N  D  L  I  K  R  G  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  K  V  K  W  V  D  E  I  L  K  L  D  T  E  W  R  T  K  L  K  E  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  L  R  H  E  R  N  K  I  A  V  E  I  G  K  R  R  K  K  G  E  P  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  L  L  A  K  S  R  E  I  V  K  R  I  G  E  L  E  N  E  V  E  E  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  K  I  D  Y  Y  L  W  R  L  P  N  I  T  H  P  S  V  P  V  G  K  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  D  N  V  P  I  R  F  W  G  K  A  R  V  W  K  G  H  L  E  R  F  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Q  S  Q  G  K  M  E  Y  E  I  L  E  W  K  P  K  L  H  V  D  L  L  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  G  G  A  D  F  A  R  A  A  K  V  S  G  S  R  F  Y  Y  L  L  N  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  I  L  D  L  A  L  I  R  F  A  L  D  R  L  I  E  K  G  F  T  P  V  I 
 -  -  L  D  L  A  L  I  R  F  A  L  D  R  L  I  E  K  G  F  T  P  V  I 
------CGCGTGCATTCCAGCTAAGGGGTGTTCAGCGGTCGGAATTAGATATAGATCCTCATCTTCAACCTT

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  P  Y  M  V  R  R  F  V  E  E  G  S  T  S  F  E  D  F  E  D  V  I  Y 
 P  P  Y  M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTATATAACATCCTC---------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  V  E  D  E  D  L  Y  L  I  P  T  A  E  H  P  L  A  G  M  H  A  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  Y  L  I  P  T  A  E  H  P  L  A  -  -  -  -  -  - 
---------------------CTCTATGAGCCTGTCAAGGGCGAACCTAATTAG------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  L  D  G  K  D  L  P  L  L  Y  V  G  V  S  P  C  F  R  K  E  A  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  Y  V  G  V  S  P  C  F  R  K  -  -  -  - 
------------------------CCTGGAACCGCTGACCTTCGCGGCCCTTGCGAAGTC------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  G  K  D  T  K  G  I  F  R  V  H  Q  F  H  K  V  E  Q  F  V  Y  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  H  K  V  E  Q  F  V  Y  -  - 
---------------------------------CCATTCAAGAATTTCATACTCCATCTTCCCTTG------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  E  E  S  W  E  W  H  E  K  I  I  R  N  A  E  E  L  F  Q  E  L  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  H  E  K  I  I  R  N  A  E  E  L  F  Q  -  -  -  - 
---------------------GCCTTTCCAAACTCTGGCTTTTCCCCAGAATCTTATGGG------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  Y  R  V  V  N  I  C  T  G  D  L  G  Y  V  A  A  K  K  Y  D  I  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D  I  E  A 
------------------------------------------------------GTAATAATCGATCTTTTT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 W  M  P  G  Q  G  K  F  R  E  V  V  S  A  S  N  C  T  D  W  Q  A  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  V  S  A  S  N  C  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------TTCTCCTATTCTTTTGACGATCTC---------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  N  I  R  F  R  D  R  T  D  E  K  P  R  Y  V  H  T  L  N  S  T  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  S  T  A  . 
---------------------------------------------GATCTTGTTTCTCTCATGCCTAAG---

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  T  S  R  A  I  V  A  I  L  E  N  H  Q  E  E  D  G  T  V  R  I  P  K 
 A  T  S  R  A  I  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTTTATCTCCTTAAGCTTAGTCCT------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455
 V  L  W  K  Y  T  G  F  K  E  I  V  P  V  E  K  K  E  R  C  C  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

ser_bact_R_marinus

Class II

Archaea/Rhodothermus marinus/amino acid sequences/Rmarinus_ser_aa

Archaea/Rhodothermus marinus/nucleotide sequences/Rmarinus_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  L  Q  R  I  R  Q  E  P  D  R  V  R  E  A  I  R  T  K  G  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  P  E  L  V  D  R  V  L  A  L  D  A  E  H  R  R  T  L  T  E  L  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  R  H  R  Q  N  T  L  A  R  Q  I  G  Q  L  M  R  E  G  R  R  D  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  A  L  I  E  E  N  T  R  L  K  E  H  V  K  T  L  E  A  R  A  R  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  E  E  L  E  A  L  L  L  E  I  P  N  I  P  H  P  S  V  P  V  G  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 P  E  D  N  V  V  L  H  E  E  G  C  P  P  T  F  D  F  E  P  L  P  H  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  L  A  A  R  H  G  L  I  D  F  E  R  G  A  K  V  T  G  S  G  F  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  V  G  K  G  A  R  L  Q  R  A  L  I  Q  F  F  L  D  L  A  V  Q  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  L  Q  R  A  L  I  Q  F  F  L  D  L  A  V  Q  Q  G 
---------------------CTGGCTTTCCTCCAGAATTTCGTCGCGGAAGTAGTTCGTGACGGGCACCTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  Y  T  E  I  Q  P  P  L  F  V  N  A  D  S  A  R  G  T  G  Q  L  P  D 
 .  Y  T  E  I  Q  P  P  L  F  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CGTGGGGATCGGATAGAGGCCGTCCCGTTC---------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  E  D  L  M  Y  V  I  E  R  D  G  L  Y  P  I  P  T  A  E  V  P  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  P  I  P  T  A  E  V  P  V  T 
---------------------------------------CTGGATTTCGGTGTAGCCGCCCTGCTGCACGGC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  Y  F  R  D  E  I  L  E  E  S  Q  L  P  I  K  F  C  A  Y  S  P  C  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  F  C  A  Y  S  P  C  F 
------------------------------------------TCCTTTGCCCACGTAGAACGGAAAGCCGCT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  R  E  A  G  S  Y  G  R  D  V  R  G  L  N  R  L  H  Q  F  D  K  V  E 
 R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  D  K  V  E 
TCCGGT---------------------------------------------CAGCTCCCAGTGGGGCAGCGG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  V  Q  F  V  H  P  D  T  S  Y  D  A  L  E  Q  L  R  E  D  A  E  R  P 
 L  V  Q  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  E  Q  L  R  E  D  A  E  R  P 
CTCGAAGTCGAA---------------------------CACCACGTTGTCCTCGGGGCCGCGTCCGACGGG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  R  L  L  G  L  P  Y  R  R  V  L  M  C  T  A  E  T  G  F  T  Q  A  K 
 L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACCGA------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  Y  D  L  E  V  W  S  P  G  Q  Q  R  W  L  E  V  S  S  I  S  N  F  E 
 K  Y  D  L  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  S  S  I  S  N  F  - 
GGCTTCCAGCGTCTTGAC---------------------------GATGAGGGCCTGCGCTTCGTCGCG---

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  F  Q  A  R  R  A  R  V  R  F  R  P  A  D  G  G  R  P  R  F  V  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T 
---------------------------------------------------------------CAGTTCGGT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  N  G  S  G  L  A  L  P  R  V  V  A  A  L  L  E  H  Y  Q  Q  A  D  G 
 L  N  G  S  G  .  A  L  P  R  V  V  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGGGTGCGGCGATG---GGCGTCGAGTGCGAGCACGCGATC------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426
 S  I  V  I  P  E  V  L  R  P  Y  T  G  F  D  R  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

ser_arch_S_marinus

Class II

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_ser_aa

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  W  S  I  L  K  L  L  R  E  K  P  E  E  L  K  E  H  V  K  K  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 M  D  P  S  I  V  D  E  A  Y  K  T  D  L  E  W  R  R  T  L  T  Y  I  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  L  R  H  K  H  N  V  V  S  R  E  I  P  K  L  K  G  V  D  K  E  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  K  E  A  K  Q  L  L  K  E  L  E  E  V  E  K  K  L  K  E  L  E  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  Q  K  L  L  F  S  L  P  N  I  V  H  E  T  V  P  V  G  P  D  D  T  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  V  P  I  R  F  W  G  K  P  R  V  W  K  G  F  I  D  Q  F  K  E  Q  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  K  Y  G  F  K  V  E  Y  E  V  I  D  W  K  P  V  G  H  A  D  M  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  V  L  R  L  G  D  T  F  K  A  G  Q  V  A  G  S  R  F  Y  Y  L  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  I  V  F  L  D  M  A  L  L  A  Y  A  I  D  Y  L  T  S  K  G  Y  T  L 
 -  -  -  -  L  D  M  A  L  L  A  Y  A  I  D  Y  L  T  S  K  G  Y  T  L 
------------TGCATGAAGAGCTGCTAATGGATGTTCTGCAGTTGCAATTAAGTATAAGTCTTCCCCCTC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  L  P  P  Y  M  L  R  H  K  V  M  M  G  V  I  D  M  D  T  F  K  D  A 
 V  L  P  P  Y  M  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AATCTTATATATGGCGTCTTT---------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  Y  K  I  E  G  E  D  L  Y  L  I  A  T  A  E  H  P  L  A  A  L  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  I  A  T  A  E  H  P  L  A  -  -  -  - 
---------------------------ACTTGTTAAGTAATCGATCGCATAAGCTAGCAA------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  E  D  I  P  E  E  E  L  P  L  K  Y  V  G  I  S  P  C  F  R  K  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  Y  V  G  I  S  P  C  F  R  K  -  - 
------------------------------CCTGCTTCCAGCAACTTGTCCAGCTTTAAAAGTATC------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  A  G  N  R  D  L  K  G  I  F  R  V  H  Q  F  H  K  V  E  Q  F  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  H  K  V  E  Q  F  V  Y 
---------------------------------------TTTCCAATCAATTACTTCATATTCTACTTTGAA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  K  P  E  D  S  W  D  I  M  E  E  L  I  S  N  A  E  H  L  F  R  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  E  E  L  I  S  N  A  E  H  L  F  R  -  - 
---------------------------TTGATCAATGAAACCTTTCCAAACTCTTGGTTTCCCCCA------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  I  P  Y  R  I  V  N  I  A  S  G  D  L  G  A  P  A  A  K  K  Y  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D  L 
------------------------------------------------------------TAGTGAAAATAG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  A  W  M  P  A  Q  G  R  Y  R  E  M  V  S  C  S  N  V  T  D  W  Q  A 
 E  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  M  V  S  C  S  N  V  -  -  -  -  - 
AAGTTT---------------------------TTTCTTCTCTACTTCTTCGAGTTC---------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  R  L  R  I  R  L  I  R  R  K  G  M  V  K  E  Y  L  H  T  L  N  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  H  T  L  N  S  T 
---------------------------------------------------ACGGCTTACAACATTATGTTT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  I  A  S  T  R  T  I  T  A  I  L  E  N  F  Q  E  P  D  G  T  V  I  V 
 A  .  A  S  T  R  T  I  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTG---AAGCTCTTGTATATATGTAAGAGT------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  K  V  L  R  K  Y  L  E  V  F  K  S  A  P  I  D  A  I  H  P  V  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459
 E  K  N 
 -  -  - 
---------

ser_arch_M_jannaschii

Class II

Archaea/Methanococcus jannaschii/amino acid sequences/Mjannaschii_ser_aa

Archaea/Methanococcus jannaschii/nucleotide sequences/Mjannaschii_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  L  T  F  D  L  D  G  K  I  I  F  S  K  E  L  S  E  E  A  K  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  E  E  V  L  K  N  A  D  S  I  F  L  K  G  V  P  K  G  K  E  N  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  K  I  K  S  Y  E  F  E  G  N  I  L  K  L  K  I  A  S  G  T  Y  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  H  E  G  L  I  R  L  R  K  P  L  A  E  K  L  G  R  N  F  R  I  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  G  I  E  I  D  N  Y  V  I  T  I  E  T  D  E  D  K  A  K  K  L  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  K  V  P  E  C  E  A  K  V  E  G  N  K  I  I  L  T  F  K  D  I  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 S  E  L  K  R  N  I  I  D  R  A  I  K  F  V  K  T  E  L  E  K  E  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  L  T  F  K  V  C  K  I  P  P  G  T  I  V  S  E  Y  K  A  K  R  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  F  D  K  D  P  T  D  V  A  E  K  L  G  W  V  K  K  F  P  G  R  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 W  F  Y  T  P  P  I  T  A  L  F  R  A  L  E  E  L  I  V  E  E  V  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  F  R  A  L  E  E  L  I  V  E  E  V  .  K 
---------------------------AATCTCTTTTTTAATCATCATCTCATTTACAAACTCTTT---AAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  I  G  F  Q  E  C  L  F  P  K  L  I  P  L  E  I  M  Y  K  M  R  Y  L 
 K  I  G  F  Q  E  C  L  F  P  K  L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCTGGCTCCCTCTTTGGTGGGCATACGTAATACATTCC---------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  G  L  P  E  G  M  Y  Y  V  C  P  P  K  R  E  P  E  L  F  K  E  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  E  M  M  I  K  K  E  I  P  I  E  K  L  K  N  L  L  R  D  P  G  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
---------------------------------------------------------------------GAA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  A  P  A  Q  C  E  P  F  Y  Q  F  F  E  G  E  V  I  D  V  D  K  P  I 
 L  A  P  A  Q  C  E  P  F  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I 
TTTTTTAACCCATCCAAGTTTTTCAGCAAC---------------------------------------CTT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 M  F  F  D  R  S  G  W  T  Y  R  W  E  G  G  G  A  R  G  L  D  R  V  N 
 M  F  F  D  R  S  .  W  T  Y  R  W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  N 
ATATTCACTAACTATTGT---AGGTGGAATTTTACA---------------------------------CAA

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  F  L  R  V  E  C  V  W  I  G  S  P  E  F  V  E  E  T  R  D  K  T  L 
 E  F  L  R  V  E  C  V  W  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  D  K  T  L 
CTCTGTTTTTACGAACTTTATTGCTCTATC---------------------------TCCAATGTCCTTAAA

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 K  Y  A  E  K  L  A  E  K  L  D  L  E  Y  W  V  E  V  G  D  D  P  F  Y 
 K  Y  A  E  K  L  A  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGTTAAGATAATTTTGTTTCCTTC------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  E  G  R  K  K  E  D  R  G  I  E  F  P  D  V  P  K  Y  E  M  R  L  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  E  M  R  L  - 
---------------------------------------------------TCTAACTCCAATTCTAAA---

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  P  H  I  K  D  E  R  K  G  V  A  V  T  S  A  N  V  H  G  T  H  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  V  T  S  A  N  V  H  -  -  -  -  - 
---------------------------------TCTAATTAATCCTTCATGAGCTCT---------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  G  F  R  I  K  D  Y  K  G  R  R  V  W  T  G  C  T  G  Y  G  I  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  W  T  G  C  T  G  -  G  I  T  R 
------------------------------------ATAGCTTTTTATTTTTGATGC---ATTTTCTTTACC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 W  V  V  G  Y  L  A  Q  Y  G  F  N  F  D  D  W  H  P  I  I  K  K  K  I 
 W  V  V  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTTGGAACACC------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521
 K  K  L  P  E  V  P  Q  L  I  T  W  P  K  K  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

ser_arch_P_occultum

Class II

Archaea/Pyrodictium occultum/amino acid sequences/Poccultum_ser_aa

Archaea/Pyrodictium occultum/nucleotide sequences/Poccultum_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  W  S  L  L  R  Y  L  R  E  S  P  D  V  L  R  E  S  L  R  K  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 M  D  P  S  M  V  D  R  L  R  G  L  D  E  Q  W  R  R  L  K  R  T  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  I  R  H  K  H  N  V  I  T  H  S  I  A  R  T  K  D  P  E  E  R  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  I  E  E  A  K  R  L  L  K  E  R  E  R  L  E  A  E  L  K  R  V  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  R  E  R  L  L  L  S  L  P  N  I  V  H  E  S  V  P  V  G  E  S  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  N  M  P  I  R  F  W  G  R  P  K  V  Y  R  G  F  L  D  R  F  R  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  E  K  W  G  F  K  V  D  Y  E  V  I  D  W  K  P  V  G  H  A  D  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  R  V  L  K  L  G  N  T  A  K  A  A  E  V  A  G  S  R  F  Y  Y  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  D  L  V  W  L  D  F  A  L  L  M  Y  A  I  D  K  L  T  S  K  G  Y  R 
 -  -  -  -  -  L  D  F  A  L  L  M  Y  A  I  D  K  L  T  S  K  G  Y  R 
---------------GAGGCCCGCCAGCGGGTGCTCGGCCGTAGCTATGAGGTAGAGATCCTCGCCCTCAAC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  V  L  P  P  Y  M  I  R  H  R  I  L  M  G  V  I  D  M  E  T  F  R  D 
 L  V  L  P  P  Y  M  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTGTATATGGCGTCCCTAAACGT------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  I  Y  K  V  E  G  E  D  L  Y  L  I  A  T  A  E  H  P  L  A  G  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  I  A  T  A  E  H  P  L  A  -  -  - 
------------------------------AAGCTTGTCTATCGCGTACATGAGCAGGGCAAA---------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  N  E  E  I  M  E  D  E  L  P  I  K  L  V  G  V  S  P  C  F  R  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  L  V  G  V  S  P  C  F  R  K  - 
---------------------------------GCCAGCCACCTCGGCGGCCTTTGCAGTGTTGCCTAG---

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  G  A  G  N  R  D  L  K  G  I  F  R  V  H  Q  F  H  K  V  E  Q  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  H  K  V  E  Q  F  V 
------------------------------------------GTCAATAACCTCGTAGTCTACCTTGAAGCC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  A  K  P  E  E  S  W  D  I  L  E  E  L  I  R  N  A  E  E  L  F  Q  G 
 Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  E  E  L  I  R  N  A  E  E  L  F  Q  - 
CCA---------------------------AAGGAAGCCGCGGTAGACCTTGGGCCTCCCCCAGAACCT---

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  G  I  P  Y  R  V  V  N  A  A  S  G  E  L  G  A  P  A  A  K  K  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D 
---------------------------------------------------------------GAGAAGCAG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  E  A  W  M  P  A  Q  G  R  Y  R  E  M  V  S  A  S  N  T  T  D  W  Q 
 L  E  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  M  V  S  A  S  N  T  -  -  -  - 
TCTCTCCCG---------------------------CTCGAGCCTCTCCCTCTCTTTTAG------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  Y  R  L  N  I  R  L  V  R  R  K  G  M  V  R  E  Y  V  H  T  L  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  S 
------------------------------------------------------TGTAATCACGTTATGCTT

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 T  A  I  A  S  T  R  T  I  T  A  I  L  E  N  F  Q  E  P  D  G  T  V  V 
 T  A  .  A  S  T  R  T  I  T  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGCCT---CTCGTCGACGGTACGCTTGAGCCT---------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  P  K  V  L  R  K  Y  L  E  P  F  S  K  A  P  K  E  A  I  Y  P  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459
 K  R  E 
 -  -  - 
---------

ser_arch_Halobacterium

Class II

Archaea/Halobacterium sp./amino acid sequences/Halobacterium_ser_aa

Archaea/Halobacterium sp./nucleotide sequences/Halobacterium_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  S  R  Q  F  V  R  E  H  P  E  A  V  R  D  A  L  A  K  K  G  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  D  V  S  R  I  L  E  V  D  E  E  W  R  E  L  K  S  R  G  D  T  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 H  E  R  N  E  V  S  S  K  I  G  Q  L  K  Q  E  G  D  E  E  A  A  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  I  D  R  S  G  E  L  K  A  E  L  E  E  V  E  D  R  A  D  E  L  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  L  E  R  K  L  L  T  L  P  M  I  P  D  D  D  V  P  V  G  A  D  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  N  V  E  R  R  R  E  G  F  D  D  L  R  D  L  P  V  E  V  V  P  H  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  L  G  E  D  L  D  I  L  D  F  E  R  G  A  K  V  S  G  G  G  F  Y  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  K  G  A  G  A  R  L  E  H  A  L  V  Q  F  M  L  D  V  H  R  E  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  L  E  H  A  L  V  Q  F  M  L  D  V  H  R  E  Q  G 
---------------------CTCGAACACGCGCTCGTCCAGTTCATGCTCGACGTCCACCGCGAGCAGGGC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  V  D  V  F  P  P  I  P  V  N  S  K  S  M  E  G  T  G  Q  F  P  K  F 
 Y  V  D  V  F  P  P  I  P  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACGTCGACGTCTTCCCGCCCATCCCGGTG------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  E  D  A  Y  R  V  G  D  V  N  E  A  D  Y  E  D  D  D  L  W  L  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  W  L  L  P 
------------------------------------------------------------TGGCTGCTTCCG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  S  E  V  P  V  T  N  M  Y  R  D  E  I  L  L  S  D  D  L  P  L  K  H 
 T  S  E  V  P  V  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  H 
ACCTCGGAGGTACCGGTGACG------------------------------------------CTGAAACAC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Q  A  Y  S  P  N  F  R  R  E  A  G  E  H  G  T  E  T  R  G  I  V  R  V 
 Q  A  Y  S  P  N  F  R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAAGCGTACTCGCCGAACTTCCGGCGC---------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  Q  F  N  K  V  E  M  V  N  F  V  E  P  E  E  S  Y  E  R  F  E  G  L 
 H  Q  F  N  K  V  E  M  V  N  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  E  G  L 
CACCAGTTCAACAAGGTGGAGATGGTGAACTTC---------------------------TTCGAGGGTCTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  D  E  A  E  E  V  L  R  R  L  E  L  P  Y  R  I  L  E  M  C  T  G  D 
 V  D  E  A  E  E  V  L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCGACGAGGCCGAGGAGGTCCTCCGG---------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  G  F  T  Q  A  K  K  Y  D  I  E  V  W  A  P  G  D  E  M  D  E  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D  I  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------AAGTACGACATCGAGGTG---------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  E  G  G  R  W  L  E  V  S  S  V  S  N  F  E  D  F  Q  A  R  R  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  E  V  S  S  V  S  N  F  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------GAGGTCTCGTCGGTGTCGAACTTC---------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  Q  Y  R  P  E  R  H  E  S  A  E  H  L  H  T  L  N  G  S  G  L  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  H  T  L  N  G  S  G  .  A  I 
---------------------------------------CTCCACACGCTGAACGGGTCGGGG---GCCATC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  R  V  M  V  A  I  L  E  Y  Y  Q  N  D  D  G  T  V  D  V  P  E  A  L 
 P  R  V  M  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCCCGCGTGATGGTCGCC------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  P  Y  M  N  G  Q  A  V  I  E  G  T  Q  K  V  G  E  S  A  L  G  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460
 E  R  E  A 
 -  -  -  - 
------------

ser_bact_E_coli

Class II

Bacteria/Escherichia coli/amino acid sequences/Ecoli_ser_aa

Bacteria/Escherichia coli/nucleotide sequences/Ecoli_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  P  N  L  L  R  N  E  P  D  A  V  A  E  K  L  A  R  R  G  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  D  V  D  K  L  G  A  L  E  E  R  R  K  V  L  Q  V  K  T  E  N  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  E  R  N  S  R  S  K  S  I  G  Q  A  K  A  R  G  E  D  I  E  P  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  E  V  N  K  L  G  E  E  L  D  A  A  K  A  E  L  D  A  L  Q  A  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  D  I  A  L  T  I  P  N  L  P  A  D  E  V  P  V  G  K  D  E  N  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  E  V  S  R  W  G  T  P  R  E  F  D  F  E  V  R  D  H  V  T  L  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 M  H  S  G  L  D  F  A  A  A  V  K  L  T  G  S  R  F  V  V  M  K  G  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  A  R  M  H  R  A  L  S  Q  F  M  L  D  L  H  T  E  Q  H  G  Y  S  E 
 -  -  -  M  H  R  A  L  S  Q  F  M  L  D  L  H  T  E  .  H  G  Y  S  E 
---------ATGCACCGCGCACTGTCGCAGTTTATGCTGGATCTGCATACCGAA---CATGGCTACAGTGAG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 N  Y  V  P  Y  L  V  N  Q  D  T  L  Y  G  T  G  Q  L  P  K  F  A  G  D 
 N  Y  V  P  Y  L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACTATGTTCCGTACCTGGTT---------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  F  H  T  R  P  L  E  E  E  A  D  T  S  N  Y  A  L  I  P  T  A  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  I  P  T  A  E  V 
------------------------------------------------GCGCTGATCCCAACGGCAGAAGTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  L  T  N  L  V  R  G  E  I  I  D  E  D  D  L  P  I  K  M  T  A  H  T 
 P  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  M  T  A  H  T 
CCGCTGACC------------------------------------------ATTAAGATGACCGCCCACACC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 P  C  F  R  S  E  A  G  S  Y  G  R  D  T  R  G  L  I  R  M  H  Q  F  D 
 P  C  F  R  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  D 
CCATGTTTCCGTTCT---------------------------------------------CACCAGTTCGAC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  V  E  M  V  Q  I  V  R  P  E  D  S  M  A  A  L  E  E  M  T  G  H  A 
 K  V  E  M  V  Q  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  E  E  M  T  G  H  A 
AAAGTTGAAATGGTGCAGATC---------------------------CTGGAAGAGATGACCGGTCATGCG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  K  V  L  Q  L  L  G  L  P  Y  R  K  I  I  L  C  T  G  D  M  G  F  G 
 E  K  V  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAAAAGTCCTGCAG---------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 A  C  K  T  Y  D  L  E  V  W  I  P  A  Q  N  T  Y  R  E  I  S  S  C  S 
 -  -  -  T  Y  D  L  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  S  S  C  S 
---------ACTTACGACCTGGAAGTA---------------------------GAGATCTCTTCCTGCTCC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  V  W  D  F  Q  A  R  R  M  Q  A  R  C  R  S  K  S  D  K  K  T  R  L 
 N  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACGTT------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  H  T  L  N  G  S  G  L  A  V  G  R  T  L  V  A  V  M  E  N  Y  Q  Q 
 V  H  T  L  N  G  S  G  .  A  V  G  R  T  L  V  A  -  -  -  -  -  -  - 
GTTCATACCCTGAACGGTTCTGGT---GCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCA---------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430
 A  D  G  R  I  E  V  P  E  V  L  R  P  Y  M  N  G  L  E  Y  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

ser_bact_C_aggregans

Class II

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_ser_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  I  K  L  I  R  E  Q  P  D  E  V  K  R  Q  L  A  R  C  G  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  A  I  I  D  Q  V  L  A  F  D  E  Q  R  R  R  L  I  Y  E  V  E  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  A  E  R  N  A  V  S  K  Q  I  G  A  M  K  D  Q  A  E  R  Q  A  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  A  M  R  R  L  G  D  E  I  A  E  L  D  R  Q  L  A  A  V  E  E  Q  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  A  A  M  L  E  I  R  N  L  P  H  P  D  V  P  D  G  V  D  E  H  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  V  V  Y  Q  E  G  E  E  R  Q  L  P  F  P  A  R  P  H  W  E  L  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  L  G  I  L  D  F  E  R  G  V  K  L  A  G  S  R  F  Y  V  M  R  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  A  R  L  Q  R  A  V  I  Q  W  L  L  D  L  H  L  R  Q  G  Y  Q  E  I 
 -  -  -  L  Q  R  A  V  I  Q  W  L  L  D  L  H  L  R  Q  G  Y  Q  E  I 
---------CGTATAGGCGGCGTGGTAGATCGGCAACTGACTCGCCTCCAGAATCTCGTCGGCGTAGAGACC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  T  P  F  V  V  K  E  S  V  L  W  A  S  G  Q  L  P  K  F  R  D  N  L 
 Y  T  P  F  V  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGTCAGCGGCACTTCCGC------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  R  D  E  E  S  G  L  W  L  V  P  T  A  E  V  P  L  T  G  L  Y  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  W  L  V  P  T  A  E  V  P  L  T  -  -  -  -  - 
------------------------CAACACCGACTCTTTCACCACAAACGGTGTATA---------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  I  L  E  A  S  Q  L  P  I  Y  H  A  A  Y  T  P  C  F  R  K  E  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  H  A  A  Y  T  P  C  F  R  K  -  -  - 
---------------------------CTGGATCACCGCACGTTGCAGCCGCGCACCGGCACC---------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  A  G  R  D  V  R  G  I  K  R  G  H  Q  F  D  K  V  E  M  Y  M  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  D  K  V  E  M  Y  M  F  - 
------------------------------------GAAGTCGAGAATGCCCAACGCTTCACCAAGCTC---

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  P  E  E  S  Y  Q  A  L  E  K  L  R  R  D  A  E  E  C  A  R  L  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  E  K  L  R  R  D  A  E  E  C  A  R  -  -  - 
------------------------TTGACGTTCTTCTCCCTCTTGATAGACAACCACGTTATC---------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  P  F  R  T  K  L  L  C  T  A  D  L  G  F  G  S  T  K  T  Y  D  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  D  I  E 
---------------------------------------------------------TTGCTGCTCTTCAAC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  W  A  P  G  V  G  E  W  L  E  V  S  S  C  S  N  V  E  A  F  Q  A  R 
 V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  S  S  C  S  N  V  -  -  -  -  -  - 
GGC---------------------------CTCATCACCCAATCGGCGCATTGC------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  A  N  I  R  Y  R  P  E  P  G  A  K  P  E  F  V  H  T  L  N  G  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  G  S  G 
------------------------------------------------CTCTGCTTTGCGCGTTTCAACTTC

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  G  L  P  R  T  I  I  A  I  M  E  N  Y  Q  Q  E  D  G  S  I  L  I  P 
 .  G  L  P  R  T  I  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---AATCAGACGACGCCGTTGCTCATC---------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426
 E  V  L  R  P  Y  M  G  G  M  E  R  I  V  N  E  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

ser_bact_C_jejuni

Class II

Bacteria/Campylobacter jejuni/amino acid sequences/Cjejuni_ser_aa

Bacteria/Campylobacter jejuni/nucleotide sequences/Cjejuni_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  L  K  N  L  Q  N  N  F  D  E  V  A  K  K  L  K  N  K  K  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  N  I  L  K  K  L  A  E  L  F  A  S  L  K  K  E  K  I  A  L  E  E  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Q  A  F  Q  N  K  F  S  K  E  L  A  T  A  E  D  K  E  S  L  K  A  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  E  N  K  S  K  I  N  E  Q  S  A  K  V  N  A  L  E  N  E  L  E  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  H  A  I  P  N  I  P  D  E  C  V  P  V  G  E  D  E  N  E  N  V  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  K  V  L  N  P  P  S  F  D  F  T  P  K  E  H  F  E  L  G  E  S  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 W  L  D  F  M  R  G  V  K  I  S  Q  S  R  F  C  V  L  K  N  E  G  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  S  R  A  L  V  N  Y  M  I  D  F  N  R  S  R  G  F  E  F  V  N  V  P 
 L  S  R  A  L  V  N  Y  M  I  D  F  N  R  S  R  G  F  E  F  V  N  V  P 
TTAAGCCGTGCTTTGGTAAATTATATGATAGATTTTAATAGAAGTCGTGGATTTGAATTTGTTAATGTACCT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  L  V  N  G  A  T  M  F  G  T  G  Q  L  P  K  F  K  E  D  M  Y  K  V 
 F  L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTTTGGTA---------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  D  E  D  L  Y  L  I  S  T  S  E  I  P  V  T  N  L  Y  S  G  E  I  L 
 -  -  -  -  -  Y  L  I  S  T  S  E  I  P  V  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------TATTTGATCTCAACTTCTGAAATTCCAGTAACC------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  S  E  T  L  P  I  K  M  T  C  Y  S  A  C  F  R  K  E  A  G  S  A  G 
 -  -  -  -  -  -  I  K  M  T  C  Y  S  A  C  F  R  K  -  -  -  -  -  - 
------------------ATAAAAATGACTTGTTATAGTGCTTGTTTTAGAAAA------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  D  T  R  G  I  I  R  Q  H  Q  F  E  K  V  E  L  V  S  I  T  K  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  E  K  V  E  L  V  S  I  -  -  -  - 
---------------------------CACCAGTTTGAAAAAGTAGAGCTTGTAAGTATC------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Q  S  D  S  V  F  N  E  M  L  E  C  A  S  D  L  L  S  S  L  G  L  A  H 
 -  -  -  -  -  F  N  E  M  L  E  C  A  S  D  L  L  S  -  -  -  -  -  - 
---------------TTTAATGAAATGCTTGAGTGTGCAAGTGATTTGCTGAGT------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  H  L  M  L  C  T  G  D  L  G  F  S  A  A  K  T  V  D  L  E  V  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  V  D  L  E  V  -  - 
------------------------------------------------ACTGTAGATCTTGAAGTG------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  G  Q  N  K  Y  R  E  I  S  S  V  S  N  C  R  D  F  Q  A  R  R  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  E  I  S  S  V  S  N  C  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------GAGATCAGCTCGGTTTCAAATTGT---------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  R  Y  K  N  E  Q  G  K  N  E  L  V  H  T  L  N  G  S  S  L  A  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  G  S  S  .  A  V  G 
------------------------------------GTCCACACTCTTAATGGCTCATCT---GCAGTAGGA

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  T  L  V  A  I  M  E  N  Y  Q  D  K  E  G  K  I  H  I  P  D  V  L  K 
 R  T  L  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGAACCTTGGTAGCG---------------------------------------------------------

409410411
 K  Y  F 
 -  -  - 
---------

ser_bact_B_thailandensis

Class II

Bacteria/Burkholderia thailandensis/amino acid sequences/Bthailandensis_ser_aa

Bacteria/Burkholderia thailandensis/nucleotide sequences/Bthailandensis_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  I  Q  L  L  R  K  D  L  D  G  V  A  K  R  L  A  D  R  G  Y  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  D  V  A  A  F  S  A  L  E  A  E  R  R  A  I  Q  T  R  T  E  E  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  R  R  N  S  L  S  K  Q  I  G  A  M  K  G  R  G  E  D  T  S  A  V  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  E  V  G  G  I  G  D  E  M  K  A  S  A  V  K  L  D  E  I  Q  A  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 S  E  L  M  L  E  M  P  N  V  P  H  E  S  V  P  V  G  R  D  E  T  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  E  V  R  R  W  G  A  P  R  Q  F  D  F  D  V  K  D  H  V  D  V  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  L  G  L  D  F  E  T  G  A  K  L  S  G  A  R  F  T  V  L  R  G  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  R  L  H  R  A  L  A  Q  F  M  L  D  T  H  T  Q  Q  H  G  Y  S  E  T 
 -  -  L  H  R  A  L  A  Q  F  M  L  D  T  H  T  Q  .  H  G  Y  S  E  T 
------CTGCATCGCGCGCTCGCGCAGTTCATGCTGGACACGCACACGCAG---CACGGCTACAGCGAGACG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  T  P  Y  I  V  N  P  D  V  L  Y  G  T  G  Q  L  P  K  F  A  E  D  M 
 Y  T  P  Y  I  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACACGCCTTACATCGTG------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  R  V  E  K  G  G  A  E  N  T  V  T  Q  Y  L  I  S  T  S  E  I  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  I  S  T  S  E  I  S  L 
------------------------------------------TACCTGATCTCGACCTCGGAGATCTCGCTG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 T  N  T  V  R  D  S  I  V  D  A  S  A  L  P  I  K  L  T  A  H  S  P  C 
 T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  L  T  A  H  S  P  C 
ACG------------------------------------------ATCAAGCTGACCGCGCATTCGCCGTGC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  R  S  E  A  G  S  Y  G  R  D  T  R  G  M  I  R  Q  H  Q  F  D  K  V 
 F  R  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  D  K  V 
TTCCGCTCG---------------------------------------------CACCAGTTCGACAAGGTC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  M  V  Q  I  V  A  P  E  A  S  Y  A  A  L  D  E  M  V  G  H  A  E  A 
 E  M  V  Q  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  D  E  M  V  G  H  A  E  A 
GAGATGGTGCAGATC---------------------------CTCGACGAGATGGTCGGCCACGCGGAGGCG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  L  Q  T  L  E  L  P  Y  R  V  V  A  L  C  T  G  D  M  G  F  S  A  A 
 I  L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCCTGCAG---------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  T  F  D  L  E  V  W  L  P  A  Q  N  T  Y  R  E  I  S  S  C  S  N  T 
 -  T  F  D  L  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  S  S  C  S  N  T 
---ACGTTCGACCTCGAGGTG---------------------------GAGATCTCGAGCTGCTCGAATACC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  S  F  Q  A  R  R  M  Q  A  R  F  R  N  A  Q  G  K  P  E  L  V  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T 
---------------------------------------------------------------GTGCATACG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  N  G  S  G  L  A  V  G  R  T  L  V  A  V  L  E  N  Y  Q  N  A  D  G 
 L  N  G  S  G  .  A  V  G  R  T  L  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTGAACGGCTCGGGC---GCGGTCGGCCGCACGCTCGTCGCG------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 S  V  T  V  P  V  A  L  R  P  Y  M  G  G  V  E  R  I  A  A  P  S  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433
 A 
 - 
---

ser_bact_S_elongatus

Class II

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_ser_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  R  N  F  V  C  A  S  C  I  P  A  E  P  V  L  D  L  R  L  L  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  P  E  A  T  Q  A  R  L  D  R  R  H  S  S  Y  D  I  Q  P  L  L  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  Q  Q  V  R  Q  W  E  Q  E  R  T  Q  L  Q  A  R  S  N  E  I  G  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  G  Q  K  M  R  E  G  A  D  P  Q  S  E  E  I  A  A  L  R  E  E  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  L  K  Q  Q  I  A  D  L  E  Q  Q  E  R  Q  V  R  S  E  L  D  T  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  T  L  P  N  L  P  D  E  T  V  P  L  G  S  S  E  D  E  N  R  E  I  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  W  G  D  D  R  I  R  E  G  E  F  A  P  H  W  E  I  G  E  R  L  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  D  F  E  R  S  T  R  I  A  Q  S  R  F  V  T  L  L  G  A  G  A  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
---------------------------------------------------------------------CGG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  R  A  L  I  A  F  M  L  D  R  Q  T  A  A  G  Y  T  E  V  A  P  P  Y 
 E  R  A  L  I  A  F  M  L  D  R  Q  T  A  A  G  Y  T  E  V  A  P  P  Y 
CACTTCTGCTGTCGGGGTCAGCCAGAGGTCGTCGCGATCGCAGCGGAAACTTTCTTCAGAAAATTTGGGCAG

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  I  N  S  A  S  L  T  A  S  G  Q  L  P  K  F  S  E  E  S  F  R  C  D 
 L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTGACC------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  D  D  L  W  L  T  P  T  A  E  V  P  L  T  S  L  Y  R  D  E  I  L  S 
 -  -  -  -  W  L  T  P  T  A  E  V  P  L  T  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------CATGAAAGCGATCAAAGCTCGCTCCAAAGCCGC---------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  D  Q  L  P  L  R  Y  C  A  Y  T  P  C  F  R  R  E  A  G  S  Y  G  R 
 -  -  -  -  -  L  R  Y  C  A  Y  T  P  C  F  R  R  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CGTCGAACGCTCGAAATCAAATAGTCCCAGTCGCTC---------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  T  R  G  L  I  R  L  H  Q  F  N  K  V  E  L  Y  Q  F  V  H  P  D  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  N  K  V  E  L  Y  Q  F  -  -  -  -  - 
------------------------GTCGCCCCAGCGGTGGATCTCGCGGTTCTCGTC---------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  E  A  A  H  Q  Q  L  L  A  N  A  E  A  I  L  Q  A  L  E  L  P  Y  R 
 -  -  -  -  H  Q  Q  L  L  A  N  A  E  A  I  L  Q  -  -  -  -  -  -  - 
------------GTCGGGCAGATTCGGCAGGGTTAATAGGTAGGTGTCGAG---------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  I  E  L  C  T  G  D  L  G  F  S  A  Q  K  T  Y  D  I  E  V  W  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  D  I  E  V  -  -  - 
---------------------------------------------TTCCCGGAGCGCTGCAAT---------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  A  G  R  Y  R  E  I  S  S  C  S  N  C  G  D  F  Q  A  R  R  A  N  I 
 -  -  -  -  -  -  E  I  S  S  C  S  N  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------GCGCATTTTTTGGCCAACACTCCG------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  F  K  E  A  G  Q  K  G  T  R  F  V  H  T  L  N  G  S  G  L  A  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  G  S  G  .  A  V  G 
------------------------------------GAGGCTCAGCAGAGGCTGGATATC---GCTAGAGTG

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  T  M  A  A  V  L  E  N  Y  Q  Q  P  D  G  S  V  R  V  P  E  A  L  Q 
 R  T  M  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCGGCGATCGAGGCG---------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443
 P  Y  L  R  Q  T  V  I  G  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

ser_bact_B_fragilis

Class II

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_ser_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  T  I  K  Q  I  T  E  N  T  D  A  V  I  R  G  L  E  K  K  H  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 G  A  K  E  T  I  A  Q  V  I  E  V  N  D  K  R  R  N  T  Q  N  Q  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  N  L  A  E  V  N  S  L  S  K  T  I  G  Q  L  M  K  E  G  K  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  E  V  A  K  A  R  V  A  E  I  K  E  S  N  K  T  L  Q  A  D  M  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  A  N  D  M  L  N  L  L  Y  T  I  P  N  I  P  Y  D  S  V  P  E  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  A  E  D  N  V  V  E  K  M  G  G  M  E  T  Q  L  P  T  D  A  L  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 W  E  L  A  K  K  Y  D  L  I  D  F  D  L  G  V  K  I  T  G  A  G  F  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  Y  K  G  K  G  A  Q  L  Q  R  A  L  I  N  F  F  L  D  E  A  R  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  Q  R  A  L  I  N  F  F  L  D  E  A  R  K  S 
------------------------ATCCAAAATGACGTCACGGTAGATATTAGTTACCGGAACTTCAGCCGT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  Y  T  E  I  M  P  P  T  V  V  N  A  A  S  G  Y  G  T  G  Q  L  P  D 
 G  Y  T  E  I  M  P  P  T  V  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CGGAATCAGATAGAGATCGTCTACTTCGCAATG---------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  E  G  Q  M  Y  H  C  E  V  D  D  L  Y  L  I  P  T  A  E  V  P  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  I  P  T  A  E  V  P  V  T 
---------------------------------------TTCGGTATATCCGGATTTACGTGCTTCATCCAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  I  Y  R  D  V  I  L  D  E  K  Q  L  P  I  K  N  C  A  Y  T  Q  C  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  N  C  A  Y  T  Q  C  F 
------------------------------------------TTTGTAAACAGGAAAACCTGCACCGGTTAT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  R  E  A  G  S  Y  G  K  D  V  R  G  L  N  R  L  H  E  F  S  K  V  E 
 R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  E  F  S  K  V  E 
TTTTAC---------------------------------------------ATGGGGGAGTGCATCTGTGGG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  V  R  I  D  K  P  E  H  S  R  Q  S  H  Q  E  M  L  D  H  V  E  G  L 
 L  V  R  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  E  M  L  D  H  V  E  G  L 
AAGTTGAGTTTC---------------------------GTCCTCGGCACCAACACCTTCGGGCACACTGTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  Q  K  L  E  L  P  Y  R  I  L  R  L  C  G  G  D  M  S  F  T  A  A  L 
 L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATAGGG------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 C  F  D  F  E  V  Y  S  E  A  Q  K  R  W  L  E  V  S  S  V  S  N  F  D 
 C  F  D  F  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  S  S  V  S  N  F  - 
TGTTTTATTGCTCTCCTT---------------------------TTCAGCTTCTTCCTTTTTGCCTTC---

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  Y  Q  A  N  R  L  K  C  R  Y  R  S  G  E  K  K  T  E  L  C  H  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  H  T  L 
------------------------------------------------------------ATTTTGTGTATT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  G  S  A  L  A  L  P  R  I  V  A  A  L  L  E  N  H  Q  T  P  E  G  I 
 N  G  S  A  .  A  L  P  R  I  V  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACGTCTTTTGTC---CACTTCGATTACTTGGGCAATTGT---------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424
 R  I  P  K  A  L  V  P  Y  C  G  F  D  M  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

ser_bact_G_stearothermophilus

Class II

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/amino acid sequences/Gstearothermophilus_ser_aa

Bacteria/Geobacillus stearothermophilus/nucleotide sequences/Gstearothermophilus_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  V  K  I  L  R  A  Q  F  E  E  V  K  E  K  L  M  Q  R  G  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  A  N  I  D  R  F  E  Q  L  D  K  E  R  R  R  L  I  A  E  V  E  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  S  K  R  N  D  V  S  Q  Q  I  A  A  L  K  R  E  K  K  D  A  E  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  V  Q  M  R  E  V  G  D  R  I  K  Q  M  D  E  H  I  R  Q  L  E  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  N  A  L  L  L  S  I  P  N  I  P  H  E  S  V  P  V  G  Q  S  E  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  V  E  V  R  R  W  G  E  P  R  S  F  S  F  E  P  K  P  H  W  D  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  Q  L  G  L  L  D  F  E  R  A  A  K  V  A  G  S  R  F  V  F  Y  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  G  A  R  L  E  R  A  L  I  N  F  M  L  D  I  H  L  D  E  F  G  Y  E 
 -  -  -  -  L  E  R  A  L  I  N  F  M  L  D  I  H  L  D  E  .  G  Y  E 
------------CTTGAGCGGGCGTTAATCAACTTTATGCTTGACATCCATCTCGATGAA---GGCTATGAA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  V  L  P  P  Y  L  V  N  R  A  S  M  I  G  T  G  Q  L  P  K  F  A  E 
 E  V  L  P  P  Y  L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAGTGCTGCCCCCCTATTTGGTG------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  A  F  H  L  D  S  E  D  Y  F  L  I  P  T  A  E  V  P  V  T  N  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  I  P  T  A  E  V  P  V  T  -  -  - 
------------------------------TTTCTCATTCCGACAGCGGAAGTGCCGGTGACG---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  D  E  I  L  S  A  D  D  L  P  L  Y  Y  A  A  Y  S  A  C  F  R  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  Y  A  A  Y  S  A  C  F  R  A  - 
---------------------------------CTTTACTATGCAGCGTACAGCGCCTGTTTCCGCGCT---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  G  S  A  G  R  D  T  R  G  L  I  R  Q  H  Q  F  N  K  V  E  L  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  N  K  V  E  L  V  K 
------------------------------------------CATCAGTTCAACAAAGTGGAGCTTGTTAAG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  V  K  P  E  D  S  Y  E  E  L  E  K  L  T  R  Q  A  E  T  I  L  Q  R 
 F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  E  K  L  T  R  Q  A  E  T  I  L  Q  - 
TTT---------------------------CTGGAAAAATTGACACGGCAGGCGGAAACGATTTTGCAG---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  G  L  P  Y  R  V  V  A  L  C  T  G  D  L  G  F  S  A  A  K  T  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  D 
---------------------------------------------------------------ACATACGAT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  E  V  W  L  P  S  Y  G  T  Y  R  E  I  S  S  C  S  N  F  E  A  F  Q 
 I  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  S  S  C  S  N  F  -  -  -  - 
ATTGAAGTA---------------------------GAAATTTCATCGTGCAGCAACTTT------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  R  R  A  N  I  R  F  R  R  D  P  K  A  K  P  E  Y  V  H  T  L  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  G 
------------------------------------------------------GTGCACACGTTAAACGGC

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  G  L  A  I  G  R  T  V  A  A  I  L  E  N  Y  Q  Q  E  D  G  S  V  I 
 S  G  .  A  I  G  R  T  V  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCAGGG---GCCATCGGCCGAACGGTCGCCGCT---------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424
 I  P  E  A  L  R  P  Y  M  G  N  R  D  V  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

ser_bact_H_aurantiacus

Class II

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/amino acid sequences/Haurantiacus_ser_aa

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/nucleotide sequences/Haurantiacus_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  I  R  L  F  R  E  Q  P  E  L  V  R  E  G  F  A  K  V  G  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  G  L  V  D  Q  V  I  G  L  D  L  K  R  R  E  A  I  T  E  V  E  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  A  E  R  N  A  G  S  K  D  V  A  R  T  K  D  K  A  E  R  D  V  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  A  M  K  L  V  G  D  Q  I  T  E  L  D  A  Q  A  N  A  I  D  L  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 H  N  L  L  L  D  L  P  N  L  P  L  P  E  V  P  V  G  K  D  E  H  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  V  V  R  V  E  G  T  I  Q  E  P  D  F  A  V  K  P  H  W  E  L  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  L  G  I  L  D  F  E  R  G  V  R  M  S  G  T  R  F  F  V  M  K  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  V  R  L  Q  R  A  L  I  S  W  M  I  D  M  H  V  D  Q  H  G  Y  T  E 
 -  -  -  L  Q  R  A  L  I  S  W  M  I  D  M  H  V  D  Q  .  G  Y  T  E 
---------GCGTAATGGCAATTGAGCTTTATCTAAAATTTCTTCGCGATGCAAGTT---AACTGGCACTTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  A  V  P  Y  L  V  K  A  D  A  M  V  G  T  G  N  L  P  K  F  A  D  T 
 L  A  V  P  Y  L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGCGGTCGGAATCAGCCATAA---------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  F  H  I  E  D  T  D  L  W  L  I  P  T  A  E  V  P  V  T  N  L  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  W  L  I  P  T  A  E  V  P  V  T  -  -  -  - 
---------------------------CAAGTAGGGCACGGCCAATTCGGTGTAACCATG------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  E  I  L  D  K  A  Q  L  P  L  R  Y  V  A  H  T  P  C  F  R  N  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  Y  V  A  H  T  P  C  F  R  N  -  - 
------------------------------TTGCAAGCGCACGCCCAAGCCTTTCATCACGAAAAA------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 M  S  A  G  R  D  V  R  G  I  K  R  L  Y  Q  F  D  K  V  E  M  V  K  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  Q  F  D  K  V  E  M  V  K  M 
---------------------------------------GAGGGCTTCGCCTAGCTCCCAGTGTGGCTTAAC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  E  P  A  T  S  Y  D  E  L  F  S  L  I  S  N  A  E  D  V  C  K  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  F  S  L  I  S  N  A  E  D  V  C  K  -  - 
---------------------------TTCGACCCGCACCACAACATTATCGTGTTCATCCTTGCC------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  I  P  Y  R  L  L  Q  L  C  T  A  D  L  G  I  A  T  V  K  Y  D  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D  L  E 
---------------------------------------------------------GATTGCATTTGCCTG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 M  W  A  P  G  M  N  E  W  L  E  V  S  S  C  G  L  F  G  D  Y  Q  A  R 
 M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  S  S  C  G  L  F  -  -  -  -  -  - 
TGC---------------------------CAGCTTCATGGCGGCAATTTTCAC------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  A  N  I  R  Y  R  P  E  A  G  A  K  P  E  F  V  H  T  L  N  G  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  G  S  G 
------------------------------------------------CCGCTCAACTTCGGTAATCGCCTC

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  A  L  P  R  V  I  I  A  I  L  E  N  Y  Q  N  A  D  G  S  V  T  V  P 
 .  A  L  P  R  V  I  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---CCGTTTAAGATCCAAGCCAATCAC---------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422
 E  V  L  R  P  Y  M  G  G  I  E  R  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

ser_bact_T_maritima

Class II

Bacteria/Thermotoga maritima/amino acid sequences/Tmaritima_ser_aa

Bacteria/Thermotoga maritima/nucleotide sequences/Tmaritima_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  D  I  K  L  I  R  Q  N  P  D  F  V  K  E  A  L  R  K  R  G  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  A  I  I  D  E  I  L  K  I  D  A  D  W  R  A  T  I  T  K  T  N  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  S  R  R  N  E  I  S  K  N  V  A  R  L  K  K  E  G  K  N  A  E  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  L  I  E  E  G  K  R  L  G  E  E  I  K  A  L  E  E  K  E  K  E  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  K  L  N  D  L  L  L  M  I  P  N  I  P  H  E  S  V  P  V  G  E  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  Q  N  V  E  V  R  R  W  G  E  P  R  E  F  D  F  T  P  L  A  H  W  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  G  P  A  W  G  L  M  D  F  S  R  A  S  K  L  S  G  S  R  F  T  V  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  G  K  L  A  R  L  E  R  A  L  I  N  F  M  L  D  V  H  T  K  E  H  G 
 -  -  -  -  -  -  L  E  R  A  L  I  N  F  M  L  D  V  H  T  K  E  .  G 
------------------CTCGAGAGGGCTCTGATAAACTTCATGCTTGACGTTCATACAAAGGAA---GGT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  T  E  V  W  V  P  H  L  V  K  R  E  T  I  T  I  T  G  Q  L  P  K  F 
 Y  T  E  V  W  V  P  H  L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TACACGGAAGTGTGGGTTCCACACCTGGTG------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  E  E  L  Y  L  A  E  R  D  D  L  F  L  I  P  T  A  E  V  P  L  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  I  P  T  A  E  V  P  L  A  - 
------------------------------------TTCCTCATTCCGACGGCTGAGGTTCCCCTCGCA---

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  H  S  G  E  I  L  E  E  K  E  L  P  K  K  Y  V  S  Y  T  P  C  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  K  Y  V  S  Y  T  P  C  Y  R 
---------------------------------------AAGAAATACGTCTCTTACACTCCCTGTTACCGC

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  E  A  G  S  Y  G  K  D  V  R  G  M  I  R  Q  H  Q  F  D  K  V  E  L 
 R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  D  K  V  E  L 
AGA---------------------------------------------CATCAATTCGACAAGGTCGAGCTC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 V  W  V  T  T  P  E  R  S  F  E  D  L  E  E  L  V  K  D  A  E  T  I  L 
 V  W  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  E  E  L  V  K  D  A  E  T  I  L 
GTCTGGGTG---------------------------CTTGAAGAGCTTGTGAAAGACGCCGAAACCATTCTT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  K  L  E  L  P  Y  R  V  V  S  L  C  T  G  D  L  G  F  T  S  A  K  T 
 R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T 
AGA------------------------------------------------------------------ACC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  D  I  E  V  W  L  P  S  Y  N  A  Y  K  E  I  S  S  C  S  N  V  T  D 
 Y  D  I  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  S  S  C  S  N  V  -  - 
TACGATATAGAAGTG---------------------------GAGATATCTTCCTGCAGTAACGTG------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  Q  A  R  R  G  N  M  R  Y  R  R  R  S  D  G  K  L  E  Y  V  H  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L 
------------------------------------------------------------GTTCACACGTTG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  G  S  G  I  A  V  G  R  A  L  V  A  I  L  E  N  Y  Q  Q  P  D  G  S 
 N  G  S  G  .  A  V  G  R  A  L  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACGGATCGGGT---GCCGTTGGAAGGGCACTCGTTGCG---------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425
 V  R  V  P  E  V  L  V  P  Y  T  G  F  E  V  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

ser_bact_A_aeolicus

Class II

Bacteria/Aquifex aeolicus/amino acid sequences/Aaeolicus_ser_aa

Bacteria/Aquifex aeolicus/nucleotide sequences/Aaeolicus_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  D  I  N  L  I  R  E  K  P  D  Y  V  K  E  R  L  A  T  R  D  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  V  S  L  V  D  K  V  L  E  L  D  K  R  R  R  E  I  I  K  R  L  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  R  S  E  R  N  K  L  S  K  E  I  G  K  L  K  R  E  G  K  D  T  T  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  Q  N  R  V  K  E  L  K  E  E  I  D  R  L  E  E  E  L  R  K  V  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  L  K  N  T  L  L  W  I  P  N  L  P  H  P  S  V  P  V  G  E  D  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  N  V  E  V  R  R  W  G  E  P  R  K  F  D  F  E  P  K  P  H  W  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  E  R  L  G  I  L  D  F  K  R  G  A  K  L  S  G  S  R  F  T  V  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 G  W  G  A  R  L  E  R  A  L  I  N  F  M  L  D  L  H  T  K  K  G  Y  K 
 -  -  -  -  -  L  E  R  A  L  I  N  F  M  L  D  L  H  T  K  K  G  Y  K 
---------------ATATATGGGAAGGTTCTCTTCCTTGAGTATCTCTTCTCTGTAGAGGTTTGTCAGGGG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  I  C  P  P  H  L  V  K  P  E  I  L  I  G  T  G  Q  L  P  K  F  E  E 
 E  I  C  P  P  H  L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACTTCCGCGGTGGGTATCAGGTA------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  L  Y  K  C  E  R  D  N  L  Y  L  I  P  T  A  E  V  P  L  T  N  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  I  P  T  A  E  V  P  L  T  -  -  - 
------------------------------TACCAAATGGGGAGGACATATTTCCTTGTAGCC---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  E  E  I  L  K  E  E  N  L  P  I  Y  L  T  A  Y  T  P  C  Y  R  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  L  T  A  Y  T  P  C  Y  R  R  - 
---------------------------------TTCTAATCTCGCACCCCAGCCGGCTATTACGGTAAA---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  G  A  Y  G  K  D  I  R  G  I  I  R  Q  H  Q  F  D  K  V  E  L  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  D  K  V  E  L  V  K 
------------------------------------------CAATCTTTCCCCTATTTCCCAGTGAGGTTT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  V  H  P  D  T  S  Y  D  E  L  E  K  L  V  K  D  A  E  E  V  L  Q  L 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  E  K  L  V  K  D  A  E  E  V  L  Q  - 
TGG---------------------------CCATCTCCTTACTTCCACGTTGTCCTTTTCGTCCTCTCC---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  G  L  P  Y  R  V  V  E  L  C  T  G  D  L  G  F  S  A  A  K  T  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  D 
---------------------------------------------------------------TTTCCTTAA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  E  V  W  F  P  S  Q  N  K  Y  R  E  I  S  S  C  S  N  C  E  D  F  Q 
 I  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  S  S  C  S  N  C  -  -  -  - 
CTCTTCCTC---------------------------CTTTACTCTGTTTTGTATTTCCGT------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  R  R  M  N  T  R  F  K  D  S  K  T  G  K  N  R  F  V  H  T  L  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  G 
------------------------------------------------------GGCTTCAAGTCTTTTTAT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  G  L  A  V  G  R  T  L  A  A  I  L  E  N  Y  Q  Q  E  D  G  S  V  V 
 S  G  .  A  V  G  R  T  L  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TATTTC---TCTCCTTTTGTCAAGTTCAAGAAC---------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425
 V  P  E  V  L  R  D  Y  V  G  T  D  V  I  R  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

ser_bact_C_thermalis

Class II

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/amino acid sequences/Cthermalis_ser_aa

Bacteria/Chroococcidiopsis thermalis/nucleotide sequences/Cthermalis_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  I  K  Q  I  R  E  N  P  Q  T  V  Q  E  R  L  Q  R  R  G  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 D  L  Q  P  L  L  E  L  D  R  Q  Q  R  E  L  E  Q  A  R  S  Q  L  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  S  N  E  I  G  K  L  V  G  Q  K  I  K  S  G  S  S  P  D  S  P  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Q  D  L  R  E  E  G  N  T  I  K  T  R  L  S  E  L  E  P  Q  E  R  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  E  Q  I  E  T  F  L  L  T  I  P  N  L  P  S  D  S  T  P  I  G  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  T  E  N  I  E  V  R  R  W  G  D  E  Y  L  P  Q  N  A  N  I  L  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 W  E  I  G  E  K  L  G  L  L  N  F  E  R  S  T  K  I  A  Q  S  R  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  L  I  G  I  G  A  Q  L  E  R  A  L  I  Q  F  M  L  D  R  Q  T  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  E  R  A  L  I  Q  F  M  L  D  R  Q  T  A  A 
------------------------CAAATCTTCTGCTGTTAAAATTTCCCCTCGATAGAAATTAGTAATTGG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  Y  V  E  I  I  P  P  F  L  I  N  S  Q  S  L  T  A  S  G  Q  L  P  K 
 G  Y  V  E  I  I  P  P  F  L  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AACTTCAGCTGTGGGACTGAGCCACAGATCGTC---------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  A  E  E  S  F  K  C  A  N  D  D  L  W  L  S  P  T  A  E  V  P  I  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  W  L  S  P  T  A  E  V  P  I  T 
---------------------------------------GGGTGGGATAATTTCTACATAACCTGCGGCGGT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  F  Y  R  G  E  I  L  T  A  E  D  L  P  I  N  H  C  A  Y  T  P  C  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  N  H  C  A  Y  T  P  C  F 
------------------------------------------CGCCCCAATACCAATTAAACTGACAAAACG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  R  E  A  G  S  Y  G  R  D  T  R  G  L  I  R  L  H  Q  F  N  K  V  E 
 R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  N  K  V  E 
GCTTTG---------------------------------------------ACCAATTTCCCAATGGGGCAG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  Y  K  F  V  H  P  D  T  S  E  Q  E  H  Q  K  L  L  H  D  A  E  A  I 
 L  Y  K  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  K  L  L  H  D  A  E  A  I 
AATGTTCGCGTT---------------------------CCGCACTTCAATGTTTTCTGTTTCGTTTTTGCC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  Q  A  L  Q  L  P  Y  R  V  L  E  L  C  T  G  D  L  G  F  S  S  T  K 
 L  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AATCGG------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  Y  D  L  E  V  W  L  P  S  S  E  K  Y  R  E  I  S  S  C  S  N  C  M 
 T  Y  D  L  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  S  S  C  S  N  C  - 
TTCTTGCGGTTCGAGTTC---------------------------TTCTTCTCGCAAATCTTGCACTTC---

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  F  Q  A  R  R  G  S  I  R  F  K  E  A  G  K  K  G  T  Q  Y  V  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T 
---------------------------------------------------------------GGCTTGGAG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  N  G  S  G  L  A  V  G  R  T  M  A  A  I  L  E  N  Y  Q  Q  P  D  G 
 L  N  G  S  G  .  A  V  G  R  T  M  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTGCGATCGCGCTTG---TAATTCCCGCTGTTGACGGTCTAA------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428
 T  I  K  V  P  E  V  L  Q  P  Y  L  R  R  E  V  I  G  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

ser_bact_M_smegmatis

Class II

Bacteria/Mycobacterium smegmatis/amino acid sequences/Msmegmatis_ser_aa

Bacteria/Mycobacterium smegmatis/nucleotide sequences/Msmegmatis_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  D  L  R  L  L  R  E  N  P  D  I  V  R  A  S  Q  R  A  R  G  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  A  L  V  D  A  L  L  A  A  D  T  A  R  R  S  A  V  S  A  A  D  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  A  E  Q  K  A  A  S  K  L  V  G  K  A  S  P  D  E  R  P  A  L  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  A  K  D  L  A  E  Q  V  K  A  A  E  A  A  Q  A  E  A  E  Q  A  F  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  A  H  M  A  I  S  N  V  I  F  E  G  V  P  A  G  G  E  D  D  F  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  D  T  V  G  E  P  R  A  I  E  N  P  K  D  H  L  E  L  G  E  S  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  I  D  M  E  R  G  A  K  V  S  G  S  R  F  Y  F  L  T  G  A  G  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  Q  L  G  L  L  Q  L  A  T  Q  V  A  V  Q  N  G  F  T  L  M  I  P  P 
 L  Q  L  G  L  L  Q  L  A  T  Q  V  A  V  Q  N  G  F  T  L  M  I  P  P 
GGCGTAACGGCGCGGTCCCGCGGACAGGTCGAGGATCTCGTCGGCGTGGTAACCGGCCAGCGGCACCTCCGA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  L  V  R  P  E  V  M  R  G  T  G  F  L  G  A  H  A  D  E  V  Y  R  L 
 V  L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGTCCCGAC---------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  A  D  D  M  Y  L  V  G  T  S  E  V  P  L  A  G  Y  H  A  D  E  I  L 
 -  -  -  -  -  Y  L  V  G  T  S  E  V  P  L  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GGGACGCACCAGCACGGGCGGGATCATGAGCGT------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  L  S  A  G  P  R  R  Y  A  G  W  S  S  C  F  R  R  E  A  G  S  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  R  R  Y  A  G  W  S  S  C  F  R  R  -  -  -  -  -  - 
------------------CCCGAGCTGAAGCAGCGCACCGGCACCGGTCAAGAA------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  D  T  R  G  I  I  R  V  H  Q  F  D  K  V  E  G  F  I  Y  C  K  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  D  K  V  E  G  F  I  Y  -  -  -  - 
---------------------------CAGGCCGAGCGACTCACCGAGCTCCAGGTGGTC------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  A  E  A  E  H  Q  R  L  L  G  W  Q  R  E  M  L  A  A  I  E  V  P  Y 
 -  -  -  -  -  H  Q  R  L  L  G  W  Q  R  E  M  L  A  -  -  -  -  -  - 
---------------ACCCACGGTGTCGAGCACCACGAAGTCGTCCTCGCCGCC------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  V  I  D  V  A  A  G  D  L  G  S  S  A  A  R  K  Y  D  C  E  A  W  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D  C  E  A  -  - 
------------------------------------------------CTCGGCCTGCGCGGCCTC------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  T  Q  Q  T  Y  R  E  L  T  S  T  S  N  C  T  T  F  Q  A  R  R  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  E  L  T  S  T  S  N  C  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------CTTGGCCCGCTGCAGCAGGGCCGG---------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  R  Y  R  D  D  N  G  K  P  Q  I  A  A  T  L  N  G  T  L  A  T  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  A  T  L  N  G  T  L  A  T  T  R 
------------------------------------GTCGGCGGCCGACACCGCCGAGCGGCGTGCCGTATC

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 W  L  V  A  I  L  E  N  H  Q  Q  P  D  G  S  V  R  V  P  A  A  L  V  P 
 W  L  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCGGCCAGCAG------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417
 Y  V  R  T  E  V  L  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

ser_bact_M_mobile

Class II

Bacteria/Mycoplasma mobile/amino acid sequences/Mmobile_ser_aa

Bacteria/Mycoplasma mobile/nucleotide sequences/Mmobile_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  I  K  L  I  L  K  N  K  D  F  V  I  S  K  L  K  Q  R  S  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  V  S  E  I  E  K  L  Y  T  L  G  T  E  R  A  N  I  L  I  S  L  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  Q  S  K  R  N  E  I  S  S  K  I  G  E  A  K  R  N  K  T  D  A  L  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 F  M  D  E  V  E  N  I  K  K  E  L  S  I  L  E  E  K  S  T  K  I  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  I  Q  E  L  I  S  F  I  P  N  I  P  L  D  D  V  P  F  G  K  D  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  N  V  I  L  K  E  F  P  K  I  G  R  G  L  V  K  A  K  K  P  H  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  G  V  E  K  D  L  I  D  F  S  R  G  A  K  L  S  G  S  R  F  I  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  N  A  G  A  K  L  I  R  A  L  E  S  F  M  L  D  T  H  E  K  N  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  L  I  R  A  L  E  S  F  M  L  D  T  H  E  K  N  G  Y 
------------------CAAATCGATTATTTCATTATTAAATAAATTAGTAACTGGCACTTCTGCTGTTGG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  E  I  M  P  P  F  L  V  N  S  K  M  M  Y  G  T  G  Q  L  P  K  F  K 
 S  E  I  M  P  P  F  L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AATTAAATATAAATCATGACCCTCTAT---------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  D  L  F  K  I  E  G  H  D  L  Y  L  I  P  T  A  E  V  P  V  T  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  I  P  T  A  E  V  P  V  T  -  - 
---------------------------------TATTTCACTATAACCATTTTTTTCATGAGTATC------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  N  N  E  I  I  D  L  E  K  N  S  K  F  S  S  F  T  N  C  F  R  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  K  F  S  S  F  T  N  C  F  R  S  - 
---------------------------------AGCATTTTTGTAGACAATAAATCTTGAACCACTCAA---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  G  S  A  G  R  D  T  K  G  I  I  R  L  H  Q  F  N  K  V  E  L  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  N  K  V  E  L  V  E 
------------------------------------------TTCATAATGTGGTTTTTTAGCTTTAACAAG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  A  S  E  Q  K  S  L  R  A  F  N  S  V  L  K  N  A  K  Y  L  L  E  L 
 F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  N  S  V  L  K  N  A  K  Y  L  L  E  - 
TCC---------------------------AATGACATTATCAGTATCATCTTTTCCAAAAGGAACATC---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  E  I  P  Y  R  E  V  L  L  C  T  G  D  L  G  F  S  S  R  K  T  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  I  D 
---------------------------------------------------------------TTCTTCCAA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  E  L  W  L  P  S  E  Q  R  Y  R  E  V  S  S  V  S  Y  F  G  D  F  Q 
 L  E  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  S  S  V  S  Y  F  -  -  -  - 
AATACTTAG---------------------------CATAAAAAATAAAGCATCTGTTTT------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  R  R  S  M  I  R  Y  R  D  E  N  K  N  T  Q  Y  V  H  T  I  N  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  I  N  G  S 
---------------------------------------------------AGAAATCAATATATTTGCTCT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  L  A  I  D  R  V  L  A  A  I  L  E  Q  Y  Q  N  D  D  G  S  I  S  V 
 G  .  A  I  D  R  V  L  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTC---TCCTAATGTATATAATTTTTCAAT------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421
 P  K  V  L  I  P  Y  L  N  V  E  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------

ser_bact_B_licheniformis

Class II

Bacteria/Bacillus licheniformis/amino acid sequences/Blicheniformis_ser_aa

Bacteria/Bacillus licheniformis/nucleotide sequences/Blicheniformis_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  I  K  L  L  R  A  N  L  E  E  I  K  Q  K  L  A  H  R  G  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  S  D  F  D  Q  F  E  E  L  D  T  K  R  R  E  L  I  V  K  V  E  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  G  K  R  N  E  V  S  Q  Q  V  A  A  L  K  R  E  K  K  D  A  D  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  K  E  M  R  E  V  G  E  D  I  K  K  L  D  E  E  L  R  T  V  E  S  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  D  K  I  M  L  S  I  P  N  I  P  H  E  S  V  P  V  G  E  T  E  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  V  E  V  R  K  W  G  E  L  P  G  F  S  F  E  P  K  P  H  W  D  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  Q  L  D  I  L  D  F  E  R  A  G  K  V  T  G  S  R  F  V  F  Y  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  G  A  R  L  E  R  A  L  Y  N  F  M  L  D  L  H  V  D  E  Y  G  Y  T 
 -  -  -  -  L  E  R  A  L  Y  N  F  M  L  D  L  H  V  D  E  .  G  Y  T 
------------CTTGAACGCGCATTGTATAACTTTATGCTTGATCTCCACGTAGACGAG---GGCTATACG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  V  I  P  P  Y  M  V  N  R  A  S  M  T  G  T  G  Q  L  P  K  F  E  E 
 E  V  I  P  P  Y  M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAGTCATCCCGCCGTACATGGTG------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  A  F  K  I  R  E  E  D  Y  F  L  I  P  T  A  E  V  P  I  T  N  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  I  P  T  A  E  V  P  I  T  -  -  - 
------------------------------TTCTTAATTCCGACGGCGGAAGTGCCGATTACG---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  D  E  I  L  S  A  A  E  L  P  I  N  Y  A  A  F  S  A  C  F  R  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  N  Y  A  A  F  S  A  C  F  R  S  - 
---------------------------------ATCAATTATGCGGCGTTCAGTGCGTGCTTCCGTTCA---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  G  S  A  G  R  D  T  R  G  L  I  R  Q  H  Q  F  N  K  V  E  L  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  N  K  V  E  L  V  K 
------------------------------------------CACCAATTTAACAAGGTTGAACTGGTGAAA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  V  K  P  E  D  S  Y  E  E  L  E  K  L  T  N  Q  A  E  K  V  L  Q  L 
 F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  E  K  L  T  N  Q  A  E  K  V  L  Q  - 
TTT---------------------------CTTGAAAAACTGACAAATCAAGCGGAGAAGGTTCTTCAG---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  E  L  P  Y  R  V  M  S  M  C  T  G  D  L  G  F  T  A  A  K  K  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D 
---------------------------------------------------------------AAATACGAT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  E  V  W  I  P  S  Q  N  T  Y  R  E  I  S  S  C  S  N  F  E  A  F  Q 
 I  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  S  S  C  S  N  F  -  -  -  - 
ATTGAAGTA---------------------------GAAATTTCATCATGCAGCAACTTT------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  R  R  A  N  I  R  F  R  R  E  A  K  G  K  P  E  H  V  H  T  L  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  G 
------------------------------------------------------GTCCATACGCTAAACGGA

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  G  L  A  V  G  R  T  V  A  A  L  L  E  N  Y  Q  Q  E  D  G  S  V  I 
 S  G  .  A  V  G  R  T  V  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TCCGGC---GCAGTCGGCAGAACGGTTGCCGCA---------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425
 I  P  K  A  L  R  P  Y  M  G  N  R  D  V  I  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

ser_bact_B_burgdorferi

Class II

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_ser_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  L  K  F  I  R  D  N  L  D  L  V  K  R  S  I  K  A  R  G  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  D  I  D  K  L  I  Y  L  D  D  K  R  K  K  L  I  T  K  I  G  E  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  K  R  N  E  N  S  S  K  M  Q  E  N  L  D  K  V  L  K  I  S  L  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  G  K  I  L  K  K  Q  L  I  D  L  E  E  E  L  E  R  V  S  V  D  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  E  N  K  K  V  P  N  I  L  S  P  D  V  P  I  G  S  S  E  E  D  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  I  K  R  V  G  V  V  P  Q  F  D  F  K  P  K  D  H  L  E  L  G  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  D  L  L  D  F  D  R  A  R  E  I  S  G  S  K  F  Y  Y  L  K  N  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  F  L  E  I  A  L  I  N  F  S  L  N  K  L  R  D  K  G  F  D  V  F  I 
 -  -  L  E  I  A  L  I  N  F  S  L  N  K  L  R  D  K  G  F  D  V  F  I 
------ATGTGAAAACCCTGCCATTCTTATTGGCAAAGTGAGATCTATTATTTTATTATAATAATAACCGCC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  P  D  V  A  R  E  F  I  V  D  G  I  G  F  N  P  R  G  N  E  S  N  I 
 T  P  D  V  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAGCGTAATTTCAGA---------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Y  K  I  E  D  T  D  K  Y  L  V  G  T  S  E  I  T  L  G  G  Y  Y  Y  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  V  G  T  S  E  I  T  L  G  -  -  -  -  - 
------------------------AACTATAAACTCTCTTGCAACATCAGGAGTAAT---------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  I  I  D  L  T  L  P  I  R  M  A  G  F  S  H  C  F  R  K  E  A  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  M  A  G  F  S  H  C  F  R  K  -  -  -  - 
------------------------GAAATTAATAAGAGCAATTTCTAAAAAAACTGCTTC------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Y  G  Q  L  S  K  G  L  Y  R  V  H  Q  F  S  K  V  E  M  F  C  F  C  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  S  K  V  E  M  F  C  F  -  - 
---------------------------------GTCAAAATCTAGAAGATCTAAATCTCTGCCAAG------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  E  E  S  G  V  I  H  D  E  F  L  S  I  Q  E  Q  I  F  T  E  L  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  H  D  E  F  L  S  I  Q  E  Q  I  F  T  -  -  -  - 
---------------------AAACTGTGGAACAACTCCAACCCTTTTTATTTCAAAATT------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  Y  R  V  L  N  I  C  S  F  D  L  G  S  P  A  Y  K  K  Y  D  I  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D  I  E  A 
------------------------------------------------------GTCAAAATCAACAGATAC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 W  M  P  G  R  D  G  K  G  G  Y  G  E  V  T  S  T  S  N  C  T  D  Y  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  T  S  T  S  N  C  -  -  -  - 
------------------------------------TTTCAAAATCTTTCCGGTTTCTAT------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  R  R  L  K  I  R  Y  K  D  Q  D  G  Q  N  K  F  A  H  M  V  N  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  H  M  V  N  G  T 
---------------------------------------------------TGCATTAAGCTCACCAATTTT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  I  A  T  T  R  V  I  I  S  I  L  E  N  F  Q  D  Q  K  G  G  V  R  I 
 A  .  A  T  T  R  V  I  I  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGT---TAGTTTTTTTCTCTTATCATCAAG------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425
 P  K  S  L  V  K  Y  T  G  F  D  Y  I  P  F  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

ser_bact_C_A_asiaticus

Class II

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_ser_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  E  I  N  Y  I  Q  E  N  K  T  S  V  I  A  K  L  H  K  R  H  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  A  A  D  L  I  E  N  I  L  T  I  N  Q  Q  R  K  E  T  Q  L  A  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  T  S  S  Q  V  N  Q  L  T  K  Q  I  E  Q  L  L  Q  E  G  K  K  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  E  S  I  K  S  Q  S  K  V  L  K  A  S  V  K  E  L  E  L  Q  L  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  K  E  T  L  Q  Q  K  L  D  E  L  P  N  L  P  H  D  N  V  P  I  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  S  T  S  N  E  I  V  Y  Q  V  E  S  I  P  E  H  T  A  Q  L  I  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 W  E  L  I  T  T  Y  N  I  I  D  F  E  L  G  N  K  L  T  G  A  G  F  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  Y  K  G  K  G  A  R  L  Q  R  A  L  I  N  F  F  L  D  E  A  R  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  Q  R  A  L  I  N  F  F  L  D  E  A  R  K  A 
------------------------CTACAAAGAGCTCTAATTAATTTTTTTCTTGATGAAGCTAGAAAAGCT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  Y  E  E  I  Q  P  P  I  L  V  N  K  A  S  A  Y  G  T  G  Q  L  P  D 
 G  Y  E  E  I  Q  P  P  I  L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCTATGAAGAAATACAGCCTCCTATACTTGTT---------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  E  G  Q  M  Y  E  L  A  N  E  P  L  Y  L  I  P  T  A  E  V  P  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  I  P  T  A  E  V  P  V  T 
---------------------------------------TATTTAATTCCTACTGCTGAAGTGCCTGTTACA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  L  Y  R  D  Q  I  L  S  K  D  V  L  P  I  R  H  V  A  Y  T  P  C  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  H  V  A  Y  T  P  C  F 
------------------------------------------ATTAGGCATGTAGCTTATACACCTTGTTTT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  R  E  A  G  S  W  G  S  H  V  R  G  L  N  R  L  H  Q  F  D  K  V  E 
 R  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  D  K  V  E 
AGAAGA---------------------------------------------CATCAATTTGATAAGGTGGAA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 I  V  E  I  S  L  P  E  L  S  Y  Q  A  L  E  T  M  R  R  Y  V  E  S  L 
 I  V  E  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  E  T  M  R  R  Y  V  E  S  L 
ATTGTAGAAATA---------------------------TTAGAAACTATGCGTAGATATGTTGAAAGCCTA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  Q  K  L  E  L  P  Y  R  V  L  K  L  C  S  G  D  L  G  F  A  S  A  F 
 V  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTACAG------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  Y  D  I  E  V  F  S  V  G  Q  N  R  W  L  E  V  S  S  I  S  N  Y  D 
 T  Y  D  I  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  V  S  S  I  S  N  Y  - 
ACTTATGATATAGAAGTT---------------------------GAAGTAAGTTCTATTAGCAATTAT---

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  Y  Q  A  N  R  M  Q  L  R  Y  K  D  N  G  H  N  R  L  L  H  T  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  H  T  L  N 
---------------------------------------------------------TTACATACTTTAAAC

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  S  A  I  A  L  P  R  I  M  A  A  L  L  E  L  N  F  T  E  G  K  I  K 
 G  S  A  .  A  L  P  R  I  M  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGAAGTGCC---GCCTTACCAAGAATTATGGCAGCT------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423
 I  P  H  A  L  T  K  Y  T  D  F  E  Y  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

ser_bact_D_radiodurans

Class II

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_ser_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  L  K  F  I  R  E  N  P  D  A  V  R  E  A  I  R  V  K  N  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  D  L  D  D  L  L  Q  R  D  R  D  L  V  A  L  K  Q  R  V  E  A  M  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  E  R  N  A  N  A  K  L  V  P  K  A  S  P  E  D  R  P  G  L  I  Q  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  K  D  L  S  E  D  L  K  A  L  E  P  Q  L  R  E  Q  E  D  A  L  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  L  L  R  V  P  N  I  P  L  P  G  V  P  V  G  K  D  E  D  D  N  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  R  R  E  G  E  L  P  G  F  D  F  T  P  L  D  Q  V  E  I  L  E  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  W  A  D  F  E  R  V  A  R  V  S  G  S  R  S  Y  L  L  K  G  D  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  L  E  M  A  V  L  M  F  A  L  D  F  L  S  Q  R  G  F  T  P  L  S  T 
 -  L  E  M  A  V  L  M  F  A  L  D  F  L  S  Q  R  G  F  T  P  L  S  T 
---CTGGAAATGGCGGTGCTGATGTTCGCGCTCGATTTCCTGTCGCAGCGCGGCTTTACTCCACTTTCGACC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  A  L  V  R  R  E  T  L  V  N  S  G  H  F  P  G  D  E  E  S  V  Y  K 
 T  A  L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACGGCGCTCGTC------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  E  G  D  E  L  L  L  A  G  T  A  E  V  P  I  N  S  L  Y  A  G  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  L  L  A  G  T  A  E  V  P  I  N  -  -  -  -  -  -  - 
------------------CTGCTCGCTGGAACCGCCGAGGTGCCGATCAAT---------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  S  A  D  E  L  P  L  T  F  A  G  F  S  A  A  F  R  R  E  A  G  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  L  T  F  A  G  F  S  A  A  F  R  R  -  -  -  -  - 
---------------------CTGACCTTCGCGGGTTTCAGCGCCGCCTTCCGCCGC---------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  R  D  V  R  G  L  I  R  V  H  E  F  R  K  V  E  Q  Y  V  L  C  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  E  F  R  K  V  E  Q  Y  V  L  -  -  - 
------------------------------CACGAGTTCCGCAAGGTCGAGCAGTACGTCCTG---------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  Q  E  E  G  L  K  W  F  E  R  L  L  S  N  A  E  G  L  L  Q  A  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  F  E  R  L  L  S  N  A  E  G  L  L  Q  -  -  - 
------------------------TTCGAGCGCCTGCTGAGCAACGCCGAGGGGCTGTTGCAG---------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  P  Y  R  V  I  Q  N  C  T  G  D  M  G  A  G  K  V  L  M  Y  D  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  Y  D  I  E 
---------------------------------------------------------ATGTACGACATCGAA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 T  W  V  P  S  E  Q  K  Y  R  E  T  H  S  C  S  Y  L  G  D  W  Q  A  R 
 T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  T  H  S  C  S  Y  L  -  -  -  -  -  - 
ACC---------------------------GAAACCCACTCCTGCTCGTACCTG------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  T  G  L  R  Y  R  D  E  H  G  K  L  L  Y  A  H  T  L  N  N  T  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  H  T  L  N  N  T  G  . 
---------------------------------------------GCCCACACCCTCAACAACACCGGC---

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 A  S  P  R  I  L  V  P  L  L  E  N  H  Q  Q  A  D  G  T  V  R  V  P  A 
 A  S  P  R  I  L  V  P  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCAGCCCGCGCATTCTGGTGCCG------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425
 A  L  R  P  Y  L  G  G  R  E  V  L  G  Q  P  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------

ser_bact_S_aureus

Class II

Bacteria/Staphylococcus aureus/amino acid sequences/Saureus_ser_aa

Bacteria/Staphylococcus aureus/nucleotide sequences/Saureus_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  I  R  L  F  R  N  E  P  D  T  V  K  S  K  I  E  L  R  G  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  K  V  V  D  E  I  L  E  L  D  E  Q  R  R  K  L  I  S  A  T  E  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  A  R  R  N  K  V  S  E  E  I  A  L  K  K  R  N  K  E  N  A  D  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  A  E  M  R  T  L  G  D  D  I  K  E  K  D  S  Q  L  N  E  I  D  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 M  T  G  I  L  C  R  I  P  N  L  I  S  D  D  V  P  Q  G  E  S  D  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  V  E  V  K  K  W  G  T  P  R  E  F  S  F  E  P  K  A  H  W  D  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  E  L  K  M  A  D  F  D  R  A  A  K  V  S  G  A  R  F  V  Y  L  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  G  A  Q  L  E  R  A  L  M  N  Y  M  I  T  K  H  T  T  Q  H  G  Y  T 
 -  -  -  -  L  E  R  A  L  M  N  Y  M  I  T  K  H  T  T  Q  .  G  Y  T 
------------TTAGAGCGTGCTTTAATGAACTATATGATTACAAAACATACAACACAA---GGTTATACA

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  M  M  V  P  Q  L  V  N  A  D  T  M  Y  G  T  G  Q  L  P  K  F  E  E 
 E  M  M  V  P  Q  L  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAATGATGGTACCACAGCTTGTA------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  L  F  K  V  E  K  E  G  L  Y  T  I  P  T  A  E  V  P  L  T  N  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  T  I  P  T  A  E  V  P  L  T  -  -  - 
------------------------------TATACAATTCCAACTGCTGAAGTACCATTAACG---------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  N  E  I  I  Q  P  G  V  L  P  E  K  F  T  G  Q  S  A  C  F  R  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  K  F  T  G  Q  S  A  C  F  R  S  - 
---------------------------------GAAAAATTCACTGGTCAATCTGCATGTTTCCGTAGT---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  G  S  A  G  R  D  T  R  G  L  I  R  L  H  Q  F  D  K  V  E  M  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  D  K  V  E  M  V  R 
------------------------------------------CATCAATTCGATAAAGTGGAAATGGTACGT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  E  Q  P  E  D  S  W  N  A  L  E  E  M  T  T  N  A  E  A  I  L  E  E 
 F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  E  E  M  T  T  N  A  E  A  I  L  E  - 
TTT---------------------------TTAGAAGAAATGACAACAAACGCAGAAGCAATTTTAGAA---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  G  L  P  Y  R  R  V  I  L  C  T  G  D  I  G  F  S  A  S  K  T  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  D 
---------------------------------------------------------------ACATATGAT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  E  V  W  L  P  S  Y  N  D  Y  K  E  I  S  S  C  S  N  C  T  D  F  Q 
 L  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  S  S  C  S  N  C  -  -  -  - 
TTAGAAGTT---------------------------GAAATTAGTTCATGCTCAAACTGT------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  R  R  A  N  I  R  F  K  R  D  K  A  A  K  P  E  L  A  H  T  L  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  H  T  L  N  G 
------------------------------------------------------GCACATACATTAAATGGT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  G  L  A  V  G  R  T  F  A  A  I  V  E  N  Y  Q  N  E  D  G  T  V  T 
 S  G  .  A  V  G  R  T  F  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGTGGT---GCAGTTGGACGTACATTTGCTGCT---------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428
 I  P  E  A  L  V  P  F  M  G  G  K  T  Q  I  S  K  P  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

ser_euk_L_infantum

Class II

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_ser_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  G  L  D  I  Q  L  F  R  D  P  E  M  A  D  I  V  R  E  S  E  R  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Y  A  R  P  E  I  V  D  D  I  I  E  I  D  K  R  W  R  R  T  Q  F  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  A  S  K  K  M  I  N  T  C  S  K  A  V  G  A  K  K  K  A  K  E  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 G  D  V  S  E  V  P  A  D  V  M  S  A  A  R  E  G  T  L  D  T  E  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  S  L  C  I  L  Q  L  K  Q  L  S  K  A  L  A  T  Q  V  E  S  L  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  A  A  E  Q  E  A  E  R  D  R  M  V  I  S  V  G  N  V  L  H  E  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  V  S  N  D  E  E  T  G  N  V  V  V  R  T  F  G  D  V  T  R  R  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 M  T  H  V  D  C  M  E  R  L  G  L  M  D  T  S  K  A  V  T  A  M  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  R  A  F  V  L  R  G  G  L  V  Q  L  Q  F  A  L  I  S  Y  A  L  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Q  F  A  L  I  S  Y  A  L  N  F 
------------------------------------CTGCAATTCGCCCTCATCTCGTACGCGCTCAACTTC

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 L  I  A  R  G  Y  E  P  F  Y  P  P  F  F  L  N  K  E  Y  M  G  A  V  A 
 L  I  A  R  G  Y  E  P  F  Y  P  P  F  F  L  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCATCGCCCGCGGCTACGAGCCCTTCTACCCGCCCTTCTTCCTC---------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Q  L  S  D  F  D  E  S  L  Y  K  V  S  G  D  G  D  E  K  Y  L  I  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  I  A  T 
---------------------------------------------------------TACCTGATTGCGACG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 S  E  A  P  I  A  A  Y  H  T  N  K  W  F  T  E  M  K  E  P  I  K  Y  A 
 S  E  A  P  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  Y  A 
AGCGAGGCACCCATTGCC------------------------------------------ATCAAGTACGCC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  V  S  S  C  F  R  K  E  A  G  A  H  G  R  D  T  L  G  I  F  R  V  H 
 G  V  S  S  C  F  R  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H 
GGCGTCTCGTCGTGCTTCCGAAAG---------------------------------------------CAC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  F  D  K  L  E  Q  F  V  V  C  S  P  R  E  D  Q  S  W  K  M  L  E  E 
 Q  F  D  K  L  E  Q  F  V  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  E  E 
CAGTTCGACAAACTGGAGCAGTTTGTTGTG---------------------------------CTGGAAGAG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 M  I  Q  T  S  Q  D  F  N  E  S  L  G  L  P  Y  R  V  I  N  I  C  S  G 
 M  I  Q  T  S  Q  D  F  N  E  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGATCCAGACCTCCCAGGACTTCAACGAG------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  L  N  N  A  A  A  K  K  Y  D  L  E  A  W  F  P  G  S  G  A  F  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D  L  E  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E 
------------------------AAGTACGACCTGGAGGCG---------------------------GAG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  V  S  C  S  N  C  T  D  Y  Q  A  R  S  V  N  C  R  F  G  P  N  T  K 
 L  V  S  C  S  N  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTGTTTCGTGCTCGAACTGC---------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 G  S  T  A  N  S  T  K  E  Y  C  H  M  L  N  G  T  L  C  A  V  T  R  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  H  M  L  N  G  T  L  .  A  V  T  R  T 
------------------------------TGCCACATGCTGAACGGTACTCTC---GCTGTCACTCGCACA

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 M  C  C  I  C  E  N  Y  Q  T  E  E  G  I  L  I  P  E  V  L  R  P  F  M 
 M  C  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGTGCTGC---------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474
 M  G  T  E  M  L  K  F  P  A  E  A  P  T  A  D  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

ser_euk_G_lamblia

Class II

Eukaryotes/Giardia lamblia/amino acid sequences/Glamblia_ser_aa

Eukaryotes/Giardia lamblia/nucleotide sequences/Glamblia_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  L  D  I  N  L  F  R  V  S  K  G  G  N  P  E  K  V  K  E  S  Q  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 R  R  Y  A  S  T  E  I  V  D  K  V  I  E  L  D  K  A  W  V  S  K  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  A  S  Q  L  S  K  E  L  N  Q  L  N  K  D  F  G  A  A  M  K  A  K  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 P  T  D  E  L  S  K  K  I  A  A  N  K  Q  E  T  E  R  V  K  K  E  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Q  L  L  A  E  R  N  A  V  L  N  T  I  G  N  I  V  C  D  A  V  V  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 N  N  E  D  N  N  K  V  V  Y  T  N  D  A  V  V  R  A  N  P  S  P  N  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  E  K  T  L  N  H  V  T  L  M  T  N  C  R  M  M  D  C  P  R  G  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  S  G  N  R  G  Y  F  L  T  G  Y  G  A  L  L  N  Q  A  L  I  Q  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  N  Q  A  L  I  Q  Y  A 
---------------------------------------------TGTTTTGATAGAGTTGTACGTTAGCTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  K  F  L  T  D  R  G  Y  Q  A  M  Q  T  P  F  F  M  E  Q  E  A  M  S 
 L  K  F  L  T  D  R  G  Y  Q  A  M  Q  T  P  F  F  M  -  -  -  -  -  - 
TGCTATCTGGCCTTGTTTTGAAAAGTTGATAATCTCCCCCATGTGGTATGCGCA------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 C  C  C  Q  L  E  D  F  D  E  Q  L  Y  K  V  S  G  E  G  N  D  K  Y  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L 
------------------------------------------------------------------CTGGCA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  A  T  S  E  Q  P  L  C  A  Y  H  M  G  E  I  I  N  F  S  K  Q  G  Q 
 I  A  T  S  E  Q  P  L  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCAACATGACATCGCCTCTTGCTCCAT---------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  A  E  L  T  Y  N  S  I  K  T  G  K  Q  E  K  K  T  L  E  C  I  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  Y 
---------------------------------------------------------------TCTGTTGCC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  G  M  S  T  C  F  R  K  E  V  G  R  H  G  H  D  T  L  G  I  F  R  I 
 A  G  M  S  T  C  F  R  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AGATATCTTGACCCCTCTCGGGCAGTC---------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  Q  F  E  K  I  E  Q  I  V  V  C  K  E  E  D  S  W  D  M  M  E  Y  M 
 H  Q  F  E  K  I  E  Q  I  V  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  E  Y  M 
TTCGACGCCATTGGGAGAAGGGTTGGCCCTAAC---------------------------ATTATTATCCTC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  D  N  C  R  A  F  F  D  S  L  M  I  P  Y  R  V  V  I  I  V  S  G  A 
 I  D  N  C  R  A  F  F  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTATTGTCAACTACGACTGCGTCGCA---------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  N  N  A  A  A  M  K  Y  D  L  E  A  Y  F  P  G  S  N  T  Y  R  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D  L  E  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  L 
---------------------GACCCTTTCTGTCTCTTG---------------------------CTCGTC

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  S  C  S  N  C  T  D  Y  Q  S  R  S  L  D  I  K  Y  Q  D  G  K  D  K 
 V  S  C  S  N  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGTAGGGCTCTTTGCCTT------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  Y  V  H  L  L  N  S  T  L  S  A  T  E  R  T  L  C  C  L  V  E  N  Y 
 -  -  V  H  L  L  N  S  T  L  .  A  T  E  R  T  L  C  C  -  -  -  -  - 
------ATAGTCTTTAGAGACCCAGGCCTT---CAACTCTATGACCTTGTCAACGAT---------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Q  T  P  T  G  I  K  V  P  V  P  L  Q  S  Y  V  G  A  D  F  L  P  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457
 V 
 - 
---

ser_euk_P_chromatophora

Class II

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_ser_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  D  Q  R  L  V  R  D  N  P  E  I  I  V  T  Q  L  G  R  R  G  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  S  L  E  G  L  Q  L  I  A  Q  H  Q  K  S  L  E  S  R  R  S  T  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  R  A  N  S  I  G  K  Q  V  S  E  T  I  W  K  G  I  P  F  E  S  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  N  R  L  R  E  I  G  N  K  I  K  R  Q  V  S  I  L  E  E  E  E  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  T  Y  Y  L  K  E  Q  L  L  T  F  P  N  L  P  S  K  S  C  P  N  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 T  E  V  D  N  V  E  Q  R  C  W  G  K  P  R  Q  E  V  N  L  K  N  H  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  I  A  D  K  L  G  I  I  D  T  E  R  S  V  R  I  A  Q  S  R  F  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  I  G  Q  G  A  K  L  E  R  A  L  I  N  F  M  L  D  F  H  T  K  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  L  E  R  A  L  I  N  F  M  L  D  F  H  T  K  K  G 
---------------------AAGATCATCCGCAGCAATAATTTCGTCTCGGTGTAAGGAAGTAATTGGGAC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  C  E  I  L  P  P  I  L  A  N  T  N  S  L  T  G  S  G  Q  L  P  K  F 
 Y  C  E  I  L  P  P  I  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCAGAAGTGGGAATAAGCCATAGGTCATC------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  E  E  S  F  R  C  S  E  D  D  L  W  L  I  P  T  S  E  V  P  I  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  W  L  I  P  T  S  E  V  P  I  T  - 
------------------------------------AGGAGGAAGAATTTCACAATAGCCCTTCTTGGT---

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  H  R  D  E  I  I  A  A  D  D  L  P  L  K  Y  V  A  Y  S  P  C  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  Y  V  A  Y  S  P  C  F  R 
---------------------------------------TGCACCTTGACCTATCAAAGTTACAAAGCGGCT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  E  A  G  S  Y  G  R  D  T  R  G  L  I  R  L  H  Q  F  N  K  V  E  L 
 R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  N  K  V  E  L 
TTG---------------------------------------------TGCTATCTCCCAATGATTTTTAAG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Y  W  F  S  H  P  D  D  S  D  K  A  H  I  Q  I  T  A  D  A  E  A  V  L 
 Y  W  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  I  Q  I  T  A  D  A  E  A  V  L 
ATTAACTTC---------------------------TTCTACATTATCAACCTCAGTCTTACCATTAGGGCA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Q  A  L  E  L  P  Y  R  V  L  D  L  C  T  G  D  I  G  F  S  A  T  R  T 
 Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T 
AGA------------------------------------------------------------------TTC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  D  L  E  V  W  L  P  G  A  N  A  Y  R  E  I  S  S  S  S  N  C  A  D 
 Y  D  L  E  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  S  S  S  S  N  C  -  - 
TTCCAGAATACTTAC---------------------------TCTTAACCTATTTACTTCAGGTGA------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  Q  S  R  R  S  S  I  R  M  K  S  G  K  N  T  Q  L  V  H  T  L  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  T  L  N  A 
------------------------------------------------------AGATTGCAAAGTACTACG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  G  L  A  I  G  R  T  M  A  A  L  L  E  T  G  Q  Q  N  D  G  T  V  I 
 S  G  .  A  I  G  R  T  M  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACGAGA---TAAACTCTTCTGATGCTGAGCAAT---------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426
 L  P  A  I  I  A  P  Y  F  G  R  D  R  L  V  P  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

ser_euk_N_ceranae

Class II

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_ser_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  D  I  N  L  L  R  D  P  K  T  R  E  L  V  I  E  S  E  K  K  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  N  T  D  N  I  E  E  I  Y  K  K  D  Q  L  R  I  K  F  N  F  E  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  T  N  K  K  K  N  E  I  K  K  K  I  S  Q  I  Y  K  E  N  K  K  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  E  L  A  K  D  L  I  E  K  L  K  L  I  E  K  S  C  F  E  L  E  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 V  S  T  L  D  E  E  I  K  K  M  L  K  V  V  G  N  I  L  D  S  S  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  S  N  N  E  R  D  N  K  L  I  R  Q  F  R  T  N  R  V  I  Q  N  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  Y  T  E  L  M  Q  K  Y  T  H  S  V  A  G  A  K  I  I  G  H  R  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  L  S  G  K  I  A  K  L  G  M  A  L  S  R  Y  A  I  D  F  L  E  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  G  M  A  L  S  R  Y  A  I  D  F  L  E  K  Q 
------------------------CAAATCTGAATCAACCATTCGTTCGTCCATGTGTAATGCGCTAAGAGG

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  Y  T  F  I  Q  T  P  V  M  M  R  K  D  V  M  S  K  T  A  Q  I  G  D 
 G  Y  T  F  I  Q  T  P  V  M  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTGCTCAGATGTAGCAATGAGATACAAATCATC---------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 F  D  E  Q  L  Y  K  V  E  D  D  L  Y  L  I  A  T  S  E  Q  P  L  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Y  L  I  A  T  S  E  Q  P  L  S  - 
------------------------------------AGGAGTTTGAATAAAAGTGTAACCTTGTTTTTC---

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  H  M  D  E  R  M  V  D  S  D  L  P  K  L  Y  C  G  Q  S  L  C  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  Y  C  G  Q  S  L  C  F  R 
---------------------------------------CGCAATTTTACCACTCAAAAAATAACCCCTATG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  E  A  G  A  H  G  K  D  N  S  G  I  F  R  V  H  Q  F  E  K  I  E  Q 
 K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  E  K  I  E  Q 
CCC---------------------------------------------TTCTGTATAATTTTTTTTATTTTG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  V  I  C  K  P  E  E  S  K  E  Y  F  Y  K  M  I  G  L  S  E  E  F  Y 
 F  V  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  Y  K  M  I  G  L  S  E  E  F  Y 
AATAACTCT---------------------------ATTGTCTCTTTCATTGTTACTTACCACAACAGATGA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  S  L  D  I  S  Y  N  V  V  S  I  V  S  G  E  F  N  D  A  A  S  I  K 
 K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
ATC------------------------------------------------------------------CAA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  D  L  E  A  F  F  P  N  A  D  K  Y  R  E  L  V  S  C  S  N  C  T  D 
 Y  D  L  E  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  E  L  V  S  C  S  N  C  -  - 
TTCAAAACAGCTTTT---------------------------ATCTTTAGCTAACTCTTTTCCTTC------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  Q  S  R  E  L  N  V  R  Y  G  V  L  K  E  N  N  K  K  G  Y  V  H  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  H  M 
---------------------------------------------------------------AAGTTCAAA

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  N  S  T  L  C  A  V  Q  R  T  L  C  C  V  V  E  N  Y  Q  Q  D  D  K 
 L  N  S  T  L  .  A  V  Q  R  T  L  C  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTAAATTTTATTCT---TTGGTCTTTTTTGTAAATCTCTTC------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427
 I  I  V  P  E  V  L  R  K  Y  T  G  F  D  E  I  E  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

ser_euk_C_parvum_Iowa_II

Class II

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/amino acid sequences/Cparvum_ser_aa

Eukaryotes/Cryptosporidium parvum Iowa II/nucleotide sequences/Cparvum_ser_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  I  D  I  N  R  I  R  V  E  K  G  G  D  Y  Q  K  I  A  E  S  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  R  Y  K  G  L  E  T  L  E  E  L  V  K  V  D  Q  K  W  R  E  D  M  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  L  E  Q  S  K  K  E  L  N  S  I  S  K  E  I  A  Q  I  K  K  K  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  A  D  C  K  D  L  Q  D  K  S  V  Q  L  K  K  N  L  P  I  I  E  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  L  E  T  E  E  V  R  D  K  L  W  H  K  I  G  N  V  L  Q  P  D  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  S  N  T  E  D  D  N  L  V  L  R  T  W  G  E  I  P  D  I  K  V  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 T  P  G  K  L  H  H  N  E  I  M  S  R  L  G  F  Y  D  S  V  K  G  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  A  G  H  R  G  Y  F  L  K  D  Y  G  V  I  M  S  M  A  L  S  H  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  S  M  A  L  S  H  Y  A 
---------------------------------------------ATGAGTATGGCTCTCTCACATTATGCT

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  G  F  L  L  K  K  G  Y  L  A  I  Q  P  P  Y  F  M  K  R  D  L  M  G 
 M  G  F  L  L  K  K  G  Y  L  A  I  Q  P  P  Y  F  M  -  -  -  -  -  - 
ATGGGATTCTTGTTAAAAAAAGGATATTTGGCAATTCAACCGCCATACTTTATG------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  A  A  E  L  Q  D  F  E  E  T  L  Y  H  I  P  S  D  N  S  K  G  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  S  N  S  L  F  L  I  A  T  S  E  Q  P  I  A  A  M  H  H  N  V  T  L 
 -  -  -  -  -  F  L  I  A  T  S  E  Q  P  I  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------TTTTTGATTGCAACATCTGAGCAACCAATAGCT------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  D  K  D  L  P  I  K  Y  A  G  I  S  T  C  F  R  K  E  A  G  A  H  G 
 -  -  -  -  -  -  I  K  Y  A  G  I  S  T  C  F  R  K  -  -  -  -  -  - 
------------------ATCAAATATGCTGGTATTTCAACATGCTTTAGAAAA------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  D  T  W  G  I  F  R  I  H  Q  F  E  K  V  E  Q  F  C  V  T  L  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  H  Q  F  E  K  V  E  Q  F  C  V  -  -  -  - 
---------------------------CATCAATTTGAAAAAGTTGAGCAATTCTGTGTT------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  S  Q  K  I  H  E  E  M  I  S  I  S  E  E  F  Y  Q  S  L  E  L  P  Y 
 -  -  -  -  -  H  E  E  M  I  S  I  S  E  E  F  Y  Q  -  -  -  -  -  - 
---------------CATGAGGAAATGATTAGCATTTCCGAGGAATTTTATCAA------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  V  I  S  I  V  S  G  A  L  N  D  A  A  S  K  K  Y  D  L  E  A  W  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  Y  D  L  E  A  -  - 
------------------------------------------------AAGTATGATTTAGAAGCT------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 P  G  Y  N  S  Y  R  E  L  V  S  C  S  N  C  T  D  Y  Q  S  R  A  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  E  L  V  S  C  S  N  C  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------GAACTTGTTTCATGCTCAAACTGT---------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 C  R  L  G  F  R  K  E  G  E  R  E  K  H  Y  C  H  F  L  N  G  T  L  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  C  H  F  L  N  G  T  L  . 
---------------------------------------------TGCCATTTCCTAAACGGTACTTTA---

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  I  Q  R  T  M  C  C  I  V  E  N  Y  Q  T  P  D  G  L  R  I  P  K  V 
 A  I  Q  R  T  M  C  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCAATCCAAAGAACAATGTGCTGT------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454
 L  Q  P  Y  M  N  G  V  E  F  I  P  F  K  N  E  T  A  T  C  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

thr_arch_M_thermautotrophicus

Class II

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/amino acid sequences/Mthermautotrophicus_thr_aa

Archaea/Methanothermobacter thermautotrophicus/nucleotide sequences/Mthermautotrophicus_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  I  L  L  I  H  S  D  Y  L  K  Y  E  T  K  N  K  T  G  I  A  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  P  E  D  K  M  Q  G  D  F  R  E  S  L  V  V  F  T  A  V  E  A  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  D  N  P  E  S  V  I  E  N  A  V  N  E  I  I  K  V  F  N  D  V  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 E  N  V  V  I  Y  P  Y  A  H  L  S  S  S  L  S  S  P  K  T  A  V  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  E  G  M  E  S  A  L  R  S  E  G  V  D  V  S  R  V  P  F  G  W  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 A  F  K  I  S  C  K  G  H  P  L  S  E  L  S  R  S  I  R  P  Q  P  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  E  E  E  S  E  E  S  E  W  F  I  L  H  R  G  E  T  V  K  P  G  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  F  K  N  R  D  L  E  N  L  V  K  Y  E  L  G  E  L  E  S  S  G  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  P  H  V  R  L  M  R  E  K  G  L  A  D  Y  E  P  S  A  D  V  G  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  W  Y  P  R  G  R  L  I  R  D  L  L  A  D  Y  V  Y  M  L  V  T  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  D  L  L  A  D  Y  V  Y  M  L  V  T  S  E 
------------------------ATAAGGGACCTTCTTGCAGACTACGTCTACATGCTTGTCACCAGTGAG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  A  M  P  V  E  T  P  I  M  Y  D  L  E  D  E  A  I  R  V  H  A  E  K 
 G  A  M  P  V  E  T  P  I  M  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGGGCAATGCCAGTTGAGACACCCATAATGTAT---------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  G  E  R  Q  Y  R  M  K  N  R  K  E  L  M  L  R  Y  A  C  C  F  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  L  R  Y  A  C  C  F  G  A 
------------------------------------------ATGCTGAGATACGCCTGCTGTTTCGGAGCC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  R  I  L  S  D  S  F  L  T  W  K  N  L  P  A  S  I  Y  E  L  S  T  Y 
 F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  S  I  Y  E  L  S  T  . 
TTC------------------------------------------GCATCCATATATGAACTCTCGACC---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  F  R  L  E  K  K  G  E  V  V  G  L  K  R  L  R  G  F  T  M  P  D  L 
 S  F  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  G  F  T  M  P  D  L 
AGCTTCCGGCTT------------------------------------AGGGGCTTTACAATGCCGGATCTC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  T  V  C  A  D  L  D  Q  S  L  E  E  F  A  R  Q  V  E  M  C  M  R  T 
 H  T  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  A  R  Q  V  E  M  C  M  R  T 
CACACGGTA------------------------------TTCGCCAGGCAGGTCGAGATGTGCATGAGGACC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 G  Q  D  L  Q  V  N  Y  E  V  I  F  R  A  T  A  D  F  Y  E  E  Y  R  E 
 G  Q  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCCAG------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 W  V  H  E  V  A  D  K  I  G  K  P  V  L  L  E  I  L  P  S  R  K  H  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 W  I  A  K  M  D  F  A  A  I  D  Y  L  G  R  P  I  E  N  P  T  V  Q  I 
 -  -  -  K  M  D  F  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  E  N  P  T  V  Q  I 
---------AAGATGGACTTCGCAGCC------------------------GAGAATCCAACAGTTCAGATT

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  V  E  S  G  E  R  F  G  I  T  Y  V  N  S  D  E  E  E  V  N  P  I  I 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  I  I 
GAC------------------------------------------------------------CCAATAATC

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  H  C  S  P  T  G  S  I  E  R  V  I  C  S  L  L  E  K  T  A  I  E  M 
 L  H  C  S  P  .  .  S  I  E  R  V  I  C  S  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCCACTGCAGTCCA------AGCATTGAGAGGGTCATATGCAGC---------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 D  E  K  P  P  M  L  P  L  W  L  S  P  T  Q  V  R  V  L  P  I  A  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 H  M  E  Y  A  S  D  L  V  S  E  L  I  A  A  D  V  R  A  D  L  D  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  E  T  L  G  K  K  I  R  N  A  A  Q  D  W  V  P  Y  V  V  V  I  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 S  E  M  E  G  K  L  T  V  N  V  R  E  T  G  E  K  L  Q  M  G  L  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  I  E  R  I  R  A  E  T  E  G  M  P  F  R  R  L  P  L  P  V  K  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605
 E  R  I  N  F 
 -  -  -  -  - 
---------------

thr_arch_T_volcanium

Class II

Archaea/Thermoplasma volcanium/amino acid sequences/Tvolcanium_thr_aa

Archaea/Thermoplasma volcanium/nucleotide sequences/Tvolcanium_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  I  N  E  I  R  V  Q  K  G  Q  R  Y  R  D  A  I  N  D  K  K  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  V  K  K  G  D  K  F  L  D  L  D  E  I  A  G  E  D  E  A  V  Q  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 Y  L  D  S  E  D  G  L  Y  I  L  R  H  S  A  A  H  L  L  A  N  A  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  L  F  P  E  A  L  P  N  T  G  P  V  V  E  N  G  F  Y  Y  D  F  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  P  I  T  E  E  D  L  S  K  I  E  E  E  M  K  R  I  V  K  E  N  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  R  R  M  I  Y  S  K  D  E  L  L  K  I  F  S  K  N  P  Y  K  I  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  N  E  N  V  E  G  K  S  S  V  Y  Q  Q  G  N  F  V  D  L  C  L  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 H  V  P  S  T  G  Y  I  K  A  F  K  L  L  S  I  A  S  A  V  Y  K  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  S  K  N  L  V  R  I  Y  G  T  A  F  P  D  E  K  S  L  R  R  Y  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  L  E  E  A  K  K  R  D  H  R  K  I  I  A  E  M  D  L  A  V  F  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  W  A  P  G  F  P  M  Y  T  P  N  G  Q  I  I  R  K  E  L  I  K  Y  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  K  E  L  I  K  Y  M 
---------------------------------------------GCTTAGATCAAAGGCCATTTCTATGTT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  Y  V  N  G  K  N  G  W  T  D  V  W  T  P  H  V  F  K  D  T  I  W  K 
 D  Y  V  N  G  K  N  G  W  T  D  V  W  T  P  H  V  F  -  -  -  -  -  - 
TCCGAATACAGTAGTAAAGGTCTCCCTGACCATGCCAAGCAGAGTCTTTATCTC------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Q  S  G  H  Y  A  K  Y  K  P  N  M  Y  L  F  V  L  P  D  G  D  S  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G 
---------------------------------------------------------------------CTT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  K  P  M  N  C  P  G  H  I  A  I  F  A  R  R  K  Y  S  Y  R  D  L  P 
 I  K  P  M  N  C  P  G  H  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCGTACCTGTAAACAGTACCCGGCTCTGA------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  K  Y  S  E  P  G  T  V  Y  R  Y  E  K  S  G  E  V  G  G  L  T  R  P 
 V  K  Y  S  E  P  G  T  V  Y  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAATATTGCTATATGGCCCGGGCAGTTCATTGGCTT------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  A  F  T  Q  D  D  G  H  E  F  I  R  M  D  Q  I  V  G  E  I  K  T  L 
 R  A  F  T  Q  D  D  G  H  E  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  T  L 
ATACATGTTCGGTTTGTACTTTGCATAGTGCCC---------------------------CACATGGGGAGT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  G  M  V  R  E  T  F  T  T  V  F  G  N  I  E  M  A  F  D  L  S  V  I 
 L  G  M  V  R  E  T  F  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCAAACGTCAGTCCAGCCGTTCTTTCC---------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  K  E  H  P  E  N  Y  L  L  S  Y  V  C  K  D  C  G  N  R  V  E  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  G  T  D  I  E  C  P  V  C  H  S  H  N  M  D  P  D  F  S  T  W  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  T  E  Q  L  R  Q  A  M  D  S  M  G  I  T  Y  K  E  Y  P  G  E  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 F  Y  G  P  K  I  D  V  H  V  K  D  A  L  G  R  M  W  Q  L  S  T  I  Q 
 -  -  -  -  K  I  D  V  H  V  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  L  S  T  I  Q 
------------CTTTATGTATCCGGTTGA------------------------ATCTACAAAGTTTCCCTG

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  D  F  F  M  P  I  N  F  G  L  T  Y  T  N  S  E  G  K  E  E  R  V  V 
 V  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  V 
CTGGTA------------------------------------------------------------AAAAAT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  I  H  R  A  I  Y  G  S  Y  E  R  F  M  A  I  L  L  E  H  F  A  G  K 
 I  I  H  R  A  I  .  .  S  Y  E  R  F  M  A  I  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTCAGCAATTCATCTTT------TATCATTCTCCTTATTGGGACATT------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  P  T  W  L  T  P  I  Q  T  Y  V  I  P  V  G  T  A  N  A  E  Y  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 K  V  N  K  S  L  L  D  A  G  I  R  S  V  V  D  D  G  P  D  T  V  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 K  I  K  M  I  H  D  Q  R  P  S  Y  I  V  V  V  G  A  K  E  E  Q  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 T  V  T  V  R  N  R  A  G  K  S  K  T  Y  G  M  N  E  F  L  E  I  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660
 N  E  I  E  K  R  S  V  G  Q  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

thr_arch_M_aeolicus_Nankai

Class II

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/amino acid sequences/MaeolicusNankai_thr_aa

Archaea/Methanococcus aeolicus Nankai/nucleotide sequences/MaeolicusNankai_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  V  L  L  I  H  S  D  Y  L  E  F  E  A  K  Q  K  T  K  I  A  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  D  I  L  N  G  K  M  E  E  C  L  T  V  F  M  A  V  E  K  E  D  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  P  Q  N  V  I  Y  N  T  V  D  E  I  I  K  T  A  E  N  L  K  I  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  V  V  Y  P  Y  A  H  L  S  S  E  L  S  S  P  K  V  A  K  E  V  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  I  E  E  E  L  K  Q  K  N  Y  S  V  L  R  A  P  F  G  W  Y  K  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  I  S  C  K  G  H  P  L  S  E  L  S  R  K  I  T  T  E  R  K  E  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  E  T  E  A  K  D  R  P  K  N  K  F  Y  I  L  D  G  E  K  G  E  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  K  E  L  D  E  K  K  V  K  K  L  K  D  K  G  L  K  S  V  A  M  H  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 M  G  I  K  H  G  G  K  E  K  D  I  E  P  P  H  V  K  F  I  T  E  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  C  D  Y  E  P  S  S  D  A  G  H  F  R  W  Y  P  K  G  K  L  I  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  D 
---------------------------------------------------------------TTCAAAGAA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  L  Q  D  Y  V  Y  N  M  V  V  E  N  N  G  M  P  V  E  T  P  V  M  Y 
 L  L  Q  D  Y  V  Y  N  M  V  V  E  N  N  G  M  P  V  E  T  P  V  M  Y 
ATCCTCTGTAAATCTAAATATTGTAGAATATGGCGTATTAAGGTCATCTCCTGTTTTTAAGCACATCCAGAA

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  L  G  N  K  A  I  K  E  H  A  D  K  F  G  E  R  Q  Y  R  F  K  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  K  D  L  M  L  R  F  A  A  C  F  G  Q  F  M  M  K  K  D  M  Y  I  L 
 -  -  -  -  M  L  R  F  A  A  C  F  G  Q  F  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------TAATCCTACGAGCTCCCCTCTTTGTTCATATCT---------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  K  H  L  P  L  K  L  Y  E  L  S  T  Y  S  F  R  Y  E  Q  R  G  E  L 
 -  -  -  -  -  L  K  L  Y  E  L  S  T  .  S  F  R  Y  -  -  -  -  -  - 
---------------TTTTGGAAGTATGTACATATCCTT---CATCATAAATTG------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  G  L  K  R  L  R  G  F  T  M  P  D  M  H  T  V  C  K  D  T  K  Q  T 
 -  -  -  -  -  -  R  G  F  T  M  P  D  M  H  T  V  -  -  -  -  -  -  - 
------------------GTTTCCCTGTTTAAATCTGTACTGTCTTTCTCC---------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 I  E  E  F  E  N  Q  F  W  M  C  L  K  T  G  D  D  L  N  T  P  Y  S  T 
 -  -  -  F  E  N  Q  F  W  M  C  L  K  T  G  D  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------ATTTCCCAAATCATACATTACAGGTGTTTCAACAGGCAT------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  F  R  F  T  E  D  F  F  E  E  N  K  E  W  F  F  K  V  A  K  E  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  K  Y  G  K  D  V  I  L  E  L  I  P  E  R  K  H  Y  W  V  G  K  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  V  D 
---------------------------------------------------------------CTTTTCTTT

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 M  A  V  I  D  S  F  G  R  P  I  E  N  P  T  V  Q  I  D  V  E  S  A  K 
 M  A  V  -  -  -  -  -  -  -  -  E  N  P  T  V  Q  I  D  -  -  -  -  - 
ACCTCCATG------------------------TACGGATTTTAAACCTTTATCTTT---------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  F  N  I  V  V  H  D  G  N  E  K  T  Y  P  V  I  L  H  C  S  P  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  V  I  L  H  C  S  P  .  . 
------------------------------------------ATCAAGGATGTAGAATTTATTTTT------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 S  I  E  R  V  L  C  G  L  L  E  K  A  S  L  D  A  D  A  G  A  P  P  M 
 S  I  E  R  V  L  C  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCTTTTGCCTCCGTTTCTCCTTT------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  P  V  W  L  S  P  I  Q  A  R  V  I  P  V  A  D  A  H  S  E  Y  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  V  A  K  K  L  R  E  N  G  I  R  A  D  F  D  D  R  E  E  S  V  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 K  I  R  N  A  G  K  D  W  V  P  F  V  I  V  I  G  D  K  E  V  E  N  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 I  L  T  T  T  I  R  E  K  S  T  L  K  K  P  V  K  E  N  L  T  V  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  I  E  K  I  K  E  E  T  K  G  F  P  Y  R  P  L  S  L  P  L  Y  C  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630
 L  Q  P  I  F  R 
 -  -  -  -  -  - 
------------------

thr_arch_S_acidocaldarius

Class II

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/amino acid sequences/Sacidocaldarius_thr_aa

Archaea/Sulfolobus acidocaldarius/nucleotide sequences/Sacidocaldarius_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  S  Y  K  E  V  W  L  K  A  G  L  I  Y  A  L  N  L  L  S  S  G  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  K  P  V  E  I  G  L  G  E  R  Y  F  Y  V  D  I  D  S  P  D  I  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 L  D  E  A  K  D  F  A  K  Y  N  Q  Y  D  Y  Q  L  V  E  D  N  Q  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  T  V  V  Y  N  G  H  Q  I  R  L  N  G  G  K  P  N  Q  N  V  H  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  F  Q  I  L  S  I  S  V  H  H  P  S  P  E  K  Q  Y  V  R  V  L  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  F  E  K  E  E  Q  L  K  D  Y  L  N  W  L  E  K  V  S  E  Y  D  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  I  G  D  R  L  D  L  F  S  F  P  E  E  A  P  P  G  V  V  L  F  H  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  G  Q  I  I  R  K  E  M  M  R  F  M  E  E  I  N  D  S  M  G  Y  K  E 
 -  -  -  -  I  R  K  E  M  M  R  F  M  E  E  I  N  D  S  M  G  Y  K  E 
------------GGATAAACTATCTCTGATGTCGAAATCTATTTTAGGACCATAAAATGCCCCCTCTTTTTC

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  Y  T  S  H  V  Y  R  S  L  L  W  K  I  S  G  H  Y  D  Y  Y  K  D  K 
 V  Y  T  S  H  V  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTGACTTCATACCTAATGTT---------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 M  L  L  F  E  I  D  N  D  E  E  L  G  I  K  P  M  N  C  P  A  H  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  I  K  P  M  N  C  P  A  H  I  - 
------------------------------------ATTTACTCTGACATCATCTCCCTTGAAACCAAA---

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  Y  K  S  K  V  R  S  Y  K  D  L  P  I  R  F  S  E  F  G  H  V  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  F  S  E  F  G  H  V  Y  R 
---------------------------------------TTCGTCCTTAATTTGATCTTCTCTAAGAAAGAT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  E  K  K  G  E  L  Y  G  L  L  R  V  R  G  F  T  Q  D  D  G  H  I  F 
 W  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  G  F  T  Q  D  D  G  H  I  F 
ATG------------------------------------ACCATACAATTCACCTTTCTTCTCCCACCTATA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 L  R  E  D  Q  I  K  D  E  I  K  L  L  M  K  K  T  L  D  V  L  A  I  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  L  L  M  K  K  T  L  D  V  L  A  -  - 
---------------------------AGGTAAATCCTTATAACTTCTGACCTTACTCTTGTAAAT------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 G  F  K  G  D  D  V  R  V  N  L  S  T  R  P  D  E  S  I  G  T  D  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 W  N  K  A  T  D  A  L  I  S  A  L  N  E  L  N  I  R  Y  E  V  K  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  G  A  F  Y  G  P  K  I  D  F  D  I  R  D  S  L  S  R  W  W  Q  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  K  I  D  F  D  I  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  L  S 
---------------------CTCTTCCATGAATCTCAT------------------------ATTTGGATG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 T  I  Q  V  D  F  N  L  P  E  R  F  K  L  E  Y  V  D  K  D  G  S  K  K 
 T  I  Q  V  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAACAGAACAACTCC---------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 R  P  V  M  V  H  R  A  I  Y  G  S  I  D  R  F  M  A  I  L  L  E  H  F 
 -  P  V  M  V  H  R  A  I  .  .  S  I  D  R  F  M  A  I  -  -  -  -  - 
---GTATTCTGATACTTTCTCTAACCA------ATAATCCTTTAATTGTTCCTCCTT---------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  G  K  L  P  T  W  L  S  P  I  Q  V  R  V  L  P  I  T  D  E  I  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 Y  G  N  S  L  M  S  R  L  R  E  S  K  I  R  V  D  M  D  S  G  E  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  S  K  R  I  K  K  A  Y  D  D  G  V  P  Y  L  I  I  V  G  R  K  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  E  G  K  V  T  V  R  A  R  G  N  I  E  I  R  G  I  N  V  E  K  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549
 Q  A  L  V  E  E  I  R  N  K  D  L  N  Q  S  A  V  S  K  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------

thr_arch_M_kandleri

Class II

Archaea/Methanopyrus kandleri/amino acid sequences/Mkandleri_thr_aa

Archaea/Methanopyrus kandleri/nucleotide sequences/Mkandleri_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  L  L  F  I  H  A  D  E  M  S  F  E  A  R  Q  K  T  K  I  A  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  P  P  I  K  E  A  E  V  E  D  C  L  V  V  F  A  A  V  Q  E  A  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  N  P  K  A  I  A  E  A  A  V  E  E  I  E  D  V  A  G  E  L  K  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  I  V  L  Y  P  Y  A  H  L  A  D  D  L  A  S  P  D  V  A  V  E  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  R  M  E  G  L  L  K  E  R  G  Y  E  V  V  R  A  P  F  G  W  Y  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  R  L  A  C  K  G  H  P  L  S  E  L  S  R  T  V  T  P  E  A  A  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  E  E  E  K  I  E  S  E  F  L  V  Y  M  D  G  E  L  I  P  V  E  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  L  S  E  L  P  E  D  F  R  H  L  V  M  H  E  L  G  E  E  R  E  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 D  E  E  P  A  H  V  K  L  M  R  E  K  E  I  C  D  H  E  P  A  A  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  H  V  R  W  Y  P  K  G  H  V  V  R  R  C  L  A  E  Y  V  E  N  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  R  C  L  A  E  Y  V  E  N  L  M 
---------------------------------GTCAGGAGATGCCTGGCGGAGTACGTGGAGAACCTCATG

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  D  L  G  A  A  V  V  E  T  P  V  M  Y  D  L  S  E  D  A  I  R  E  H 
 A  D  L  G  A  A  V  V  E  T  P  V  M  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCCGATCTAGGAGCGGCGGTCGTCGAGACACCCGTGATGTAC------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  D  K  F  G  E  R  Q  Y  R  I  R  A  G  N  R  A  L  M  L  R  Y  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  L  R  Y  A  A 
------------------------------------------------------ATGCTGAGGTACGCGGCC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 C  F  G  A  F  R  L  L  A  D  T  T  L  S  R  R  H  L  P  L  K  I  Y  E 
 C  F  G  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  I  Y  E 
TGCTTCGGAGCCTTC------------------------------------------TTGAAGATCTACGAA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  S  Q  S  F  R  L  E  Q  S  G  E  V  V  G  L  K  R  L  R  A  F  T  M 
 L  S  Q  S  F  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  A  F  T  M 
CTATCACAAAGCTTCAGGTTA------------------------------------CGGGCGTTCACTATG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  D  L  H  T  V  C  A  D  M  D  E  A  V  E  E  F  L  E  Q  A  K  L  C 
 P  D  L  H  T  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  E  Q  A  K  L  C 
CCCGATCTCCACACCGTT------------------------------TTCCTCGAGCAAGCGAAACTATGC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  E  V  G  L  D  L  G  L  E  Y  E  V  V  F  R  T  T  E  K  F  L  K  E 
 L  E  V  G  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTGGAGGTAGGGCTG---------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  K  E  V  L  E  E  L  A  E  A  M  E  K  A  Y  G  D  A  K  P  V  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  V  L  P  E  R  K  H  Y  W  E  C  K  V  D  F  A  F  I  D  S  L  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  V  D  F  A  F  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------AAGGTGGACTTCGCGTTC------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 P  I  E  N  P  T  V  Q  I  D  V  E  S  G  R  R  F  G  I  T  Y  A  D  E 
 -  -  E  N  P  T  V  Q  I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GAGAACCCGACGGTACAGATCGAC------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 S  G  D  E  R  H  P  V  I  L  H  C  S  P  T  G  S  L  E  R  V  I  C  A 
 -  -  -  -  -  -  P  V  I  L  H  C  S  P  .  .  S  L  E  R  V  I  C  A 
------------------CCAGTGATATTACACTGCTCACCG------AGCCTTGAACGTGTAATATGCGCG

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  L  E  G  Q  Y  K  R  F  E  Q  E  G  K  L  P  T  L  P  T  W  L  S  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  Q  A  R  V  I  P  V  S  E  K  V  L  E  E  A  E  K  V  F  E  E  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  E  G  F  R  V  D  L  D  D  R  D  E  P  V  G  R  K  I  R  D  A  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  W  V  P  Y  V  I  V  I  G  E  E  E  V  K  K  G  T  L  S  V  T  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 E  E  S  T  L  K  E  Q  R  R  E  E  M  T  L  E  E  L  V  E  R  L  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 E  T  E  G  K  P  R  V  P  L  T  I  P  D  R  L  S  R  R  P  R  F  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

thr_arch_M_hungatei

Class II

Archaea/Methanospirillum hungatei/amino acid sequences/Mhungatei_thr_aa

Archaea/Methanospirillum hungatei/nucleotide sequences/Mhungatei_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  L  L  L  I  H  S  D  F  I  E  Y  E  A  K  K  K  T  K  F  A  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  C  N  P  A  D  R  L  D  D  A  L  V  A  F  C  A  V  E  S  P  D  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  I  D  D  V  I  C  Q  T  V  T  A  I  G  E  M  A  G  K  V  E  C  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  M  V  Y  P  Y  A  H  L  S  S  D  L  A  A  P  D  L  A  V  A  A  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  I  E  E  S  L  E  K  A  G  Y  E  V  K  R  A  P  F  G  W  Y  K  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  L  S  C  K  G  H  P  L  S  E  L  S  R  S  I  T  P  S  E  D  A  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  E  K  K  H  I  E  H  K  F  F  V  L  T  P  E  G  T  I  H  D  V  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Y  M  D  D  S  P  F  A  A  L  I  K  K  E  I  G  T  A  V  P  V  G  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  V  H  V  D  L  M  R  S  K  E  F  V  D  Y  E  P  V  S  D  V  G  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  W  L  P  R  G  K  L  V  R  D  L  L  A  D  Y  A  L  S  L  V  L  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  D  L  L  A  D  Y  A  L  S  L  V  L  D  Y 
------------------------GATCCAGCCTTCATACTCTGAATAGAATTCCTCAGTGCAGCGGAATAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  A  S  P  V  E  T  P  V  M  Y  D  L  A  D  K  A  I  F  E  H  A  D  K 
 G  A  S  P  V  E  T  P  V  M  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGCAACCAGCTGGGTCCCGAAGTCACGCCCGGT---------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  G  E  R  Q  Y  R  F  K  S  G  N  R  N  M  M  L  R  F  A  A  C  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  L  R  F  A  A  C  F  G 
---------------------------------------------AAAAGCACGAAGTCTTTTCAGACCAAT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 M  F  T  T  M  R  S  M  H  I  S  P  N  H  L  P  M  K  M  Y  E  L  S  T 
 M  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  K  M  Y  E  L  S  T 
AACCTC------------------------------------------CATCTTCATCGGCAGATGGTTTGG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  S  F  R  H  E  Q  K  G  E  V  I  G  L  K  R  L  R  A  F  T  M  P  D 
 .  S  F  R  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  A  F  T  M  P  D 
---GATATGCATACT------------------------------------TCGGAGCATCATGTTGCGGTT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 M  H  S  L  C  K  D  L  E  N  A  L  T  C  F  E  E  Q  L  A  I  G  W  K 
 M  H  S  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  E  E  Q  L  A  I  G  W  K 
ACCTGATTTGAA------------------------------GTGTTCAAAGATGGCTTTATCAGCAAGATC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 T  G  R  D  F  G  T  Q  L  V  A  V  F  R  C  T  E  E  F  Y  S  E  Y  E 
 T  G  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATACATGAC---------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  W  I  K  K  I  V  K  D  S  G  V  P  I  L  I  E  T  L  S  D  R  V  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Y  W  I  A  K  I  D  L  A  A  I  D  G  Q  N  R  P  I  E  N  P  T  V  Q 
 -  -  -  -  K  I  D  L  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  E  N  P  T  V  Q 
------------CATCAGATCAACATGGAC------------------------GGTCCCGATCTCCTTTTT

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  D  V  E  S  S  K  R  F  G  I  K  Y  H  L  A  D  G  T  E  V  Y  P  P 
 I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  P 
TATAAG------------------------------------------------------------AAGAAC

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  L  H  C  S  P  T  G  S  V  E  R  V  F  C  A  I  L  E  N  T  V  N  Q 
 I  L  H  C  S  P  .  .  S  V  E  R  V  F  C  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAAGAATTTATGTTCAAT------CTTCTCAGGTTTTACCGCATCTTC------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  V  A  H  L  P  T  W  L  T  P  T  Q  V  R  I  I  P  V  T  D  N  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 G  Y  A  K  D  I  A  E  K  L  T  K  A  R  I  R  A  D  I  D  D  R  D  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  L  N  K  K  I  R  A  A  G  M  D  W  V  S  Y  V  I  V  V  G  D  S  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 M  N  S  G  N  L  T  V  T  V  R  S  E  S  E  P  N  K  P  Q  K  I  T  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 T  A  E  K  L  I  E  M  I  G  K  E  T  S  G  K  P  F  R  P  L  Y  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610
 R  M  L  S  L  K  P  R  Y  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------

thr_arch_A_fulgidus

Class II

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/amino acid sequences/thr_Arc_A_fulgidus

Archaea/Archaeoglobus fulgidus/nucleotide sequences/Afulgidus_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  L  L  L  I  H  A  D  Y  M  E  Y  E  V  K  K  K  T  K  L  A  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 F  D  G  K  G  E  R  V  E  E  V  L  V  A  F  T  S  V  E  K  G  D  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  V  V  R  K  A  A  E  A  I  R  E  V  A  E  K  V  N  A  E  R  I  M  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  P  Y  A  H  L  S  S  N  L  A  D  A  E  T  A  V  K  L  L  K  Q  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  E  L  S  D  F  E  V  H  R  S  P  F  G  W  Y  K  A  F  R  I  S  C  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  H  P  L  S  E  L  S  R  E  I  G  G  E  A  E  A  E  V  T  Q  A  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  E  E  E  K  V  V  S  Y  W  Y  I  L  T  P  E  K  E  L  V  E  V  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  D  F  T  G  Y  E  R  L  R  K  F  V  N  Y  E  I  A  K  R  R  A  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 V  T  P  P  H  V  E  Y  M  R  R  L  E  L  A  D  Y  E  P  A  S  D  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 H  I  R  Y  Y  P  K  G  R  L  V  K  T  L  L  E  Q  F  I  T  R  K  C  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  K  T  L  L  E  Q  F  I  T  R  K  C  I 
------------------------------GTGAAAACGCTCCTTGAGCAGTTCATAACGAGAAAGTGCATT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 D  Y  G  A  M  E  V  E  T  P  I  M  Y  D  R  N  H  P  T  L  R  R  Y  L 
 D  Y  G  A  M  E  V  E  T  P  I  M  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACTATGGCGCCATGGAGGTTGAAACTCCCATCATGTAC---------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  R  F  P  A  R  Q  Y  I  I  K  G  D  K  R  E  F  F  L  R  F  A  A  C 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  R  F  A  A  C 
---------------------------------------------------TTTTTGAGGTTTGCCGCTTGC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  G  Q  F  L  M  L  S  N  S  T  I  T  Y  R  N  L  P  L  K  I  Y  E  L 
 F  G  Q  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  K  I  Y  E  L 
TTCGGTCAGTTT------------------------------------------CTGAAAATCTACGAGCTC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 T  R  Y  S  F  R  K  E  Q  R  G  E  L  V  G  L  R  R  L  R  A  F  T  M 
 T  R  .  S  F  R  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  A  F  T  M 
ACCCGC---TCCTTCAGGAAG------------------------------------AGAGCCTTTACGATG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  D  M  H  T  V  A  K  D  M  E  Q  A  K  E  E  F  F  N  Q  Y  R  L  S 
 P  D  M  H  T  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  F  N  Q  Y  R  L  S 
CCCGATATGCATACGGTG------------------------------TTTTTCAACCAGTACCGCCTGTCG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  E  V  L  R  E  I  G  L  E  P  E  D  Y  E  V  A  V  R  I  T  K  D  F 
 V  E  V  L  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTGGAGGTTCTGAGG---------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  E  E  N  R  E  F  V  H  S  L  V  D  I  L  Q  K  P  I  L  I  E  M  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  H  R  F  F  Y  F  V  L  K  F  E  F  N  F  V  D  A  L  D  K  A  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  E  F  N  F  -  -  -  -  -  -  -  -  A 
---------------------------AAATTCGAGTTCAACTTT------------------------GCC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  S  T  V  Q  I  D  V  E  N  A  E  R  Y  G  I  T  F  V  D  S  D  G  K 
 L  S  T  V  Q  I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCTCAACTGTGCAGATTGAT---------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  K  H  P  Y  I  L  H  C  S  V  S  G  A  V  E  R  V  M  Y  A  L  L  E 
 -  -  -  P  Y  I  L  H  C  S  V  .  .  A  V  E  R  V  M  Y  A  -  -  - 
---------CCCTACATTCTGCACTGCTCCGTC------GCGGTGGAGAGGGTGATGTATGCA---------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  A  K  F  M  L  D  E  G  M  L  P  M  L  P  V  W  L  S  P  T  Q  V  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  I  P  V  S  E  R  F  V  D  A  A  I  K  I  A  D  D  I  A  R  N  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  V  D  V  D  D  R  N  E  T  L  G  K  K  I  R  D  A  Q  T  E  W  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Y  I  A  V  V  G  E  K  E  I  E  S  G  K  L  A  V  T  V  R  A  E  S  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 Q  K  E  Q  K  R  V  E  M  S  A  E  E  L  A  K  R  V  R  A  E  C  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619
 K  P  F  M  P  L  P  L  P  K  L  L  S  L  R  P  S  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------

thr_arch_P_aerophilum

Class II

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/amino acid sequences/Paerophilum_thr_aa

Archaea/Pyrobaculum aerophilum/nucleotide sequences/Paerophilum_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  V  L  Y  I  H  A  E  R  F  N  W  E  P  R  D  P  A  L  D  I  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  P  T  S  G  N  A  N  N  A  L  V  V  F  T  S  V  E  R  G  D  V  P  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  N  F  L  R  A  V  A  S  D  I  I  D  V  A  K  K  V  K  A  S  A  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  Y  P  Y  A  H  L  S  S  D  L  A  R  P  Y  T  A  R  E  V  L  N  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  E  V  V  K  S  Q  F  N  G  E  V  L  K  A  P  F  G  Y  Y  K  A  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  K  C  L  G  H  P  L  S  E  L  S  R  S  F  K  P  E  E  G  R  A  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  A  E  E  R  R  D  Y  Y  V  I  I  T  P  N  G  E  E  H  D  P  A  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  Y  A  N  Y  G  D  L  K  A  L  V  E  K  E  V  F  R  K  E  L  G  G  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  P  K  Y  L  E  Y  L  R  K  F  G  F  E  W  E  P  M  S  D  A  G  H  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  Y  A  P  E  A  T  V  M  M  E  L  V  E  D  Y  S  Y  I  V  A  K  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  M  M  E  L  V  E  D  Y  S  Y  I  V  A  .  .  L 
------------------------ATGATGGAGCTAGTGGAGGACTATTCCTATATCGTCGCT------CTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 G  I  P  V  F  K  I  R  G  T  N  M  F  K  L  S  E  K  A  I  E  S  H  A 
 G  I  P  V  F  K  I  R  G  T  N  M  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGCATACCCGTATTTAAAATTAGGGGCACCAATATGTTT---------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 R  L  F  G  E  R  L  Y  I  V  E  S  D  T  D  L  I  L  R  Y  A  A  C  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  L  R  Y  A  A  C  F 
------------------------------------------------ATACTTAGATACGCCGCGTGTTTT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Q  Q  F  A  M  A  K  D  W  V  I  S  Y  K  H  L  P  F  G  M  L  E  I  A 
 Q  Q  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  M  L  E  I  A 
CAACAATTC------------------------------------------TTTGGAATGCTGGAAATAGCT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 D  S  Y  R  H  E  Q  P  G  E  T  V  L  L  F  R  L  R  R  F  Y  M  P  D 
 D  S  Y  R  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  R  F  Y  M  P  D 
GATTCATACCGCCAC------------------------------------AGGCGTTTTTATATGCCAGAT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  H  I  F  T  K  D  L  K  E  A  M  E  V  T  Y  K  L  H  E  V  I  F  R 
 L  H  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  T  Y  K  L  H  E  V  I  F  R 
CTCCATATTTTC------------------------------ACTTACAAGCTCCACGAAGTAATTTTTAGA

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  I  G  K  L  G  R  T  Y  V  S  L  Y  N  V  T  E  G  F  Y  K  N  H  R 
 E  I  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAATTGGC---------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  Y  L  V  E  L  A  R  R  E  G  K  P  I  L  V  R  V  L  P  G  Q  K  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Y  W  V  L  N  V  E  F  H  I  V  D  E  L  G  R  P  R  E  I  A  T  F  Q 
 -  -  -  -  N  V  E  F  H  I  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  A  T  F  Q 
------------AACGTGGAGTTCCACATA------------------------GAGATAGCCACTTTCCAA

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  D  V  G  N  A  Q  R  F  G  I  K  Y  V  D  E  N  N  Q  I  K  Y  P  V 
 I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  V 
ATAGAC------------------------------------------------------------CCAGTT

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  I  H  T  A  I  L  G  S  V  E  R  Y  L  Y  A  V  F  D  T  M  A  K  M 
 I  I  H  T  A  I  .  .  S  V  E  R  Y  L  Y  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATAATCCACACGGCAATT------AGCGTGGAGAGATACCTCTACGCC------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  K  E  G  K  V  P  R  L  P  T  W  L  S  P  V  Q  V  R  V  I  P  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  E  N  L  K  Y  A  I  S  I  A  D  V  L  E  A  E  G  I  R  V  D  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  R  E  E  T  L  S  K  K  I  R  D  A  E  T  S  W  I  P  Y  I  V  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 G  S  K  E  E  A  E  G  V  I  A  V  R  E  R  G  G  G  Q  Y  K  I  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 E  E  L  V  K  K  L  K  D  E  T  R  G  Y  P  Q  R  P  L  Y  L  P  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608
 L  S  Q  R  P  S  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------

thr_arch_T_acidophilum

Class II

Archaea/Thermoplasma acidophilum/amino acid sequences/Tacidophilum_thr_aa

Archaea/Thermoplasma acidophilum/nucleotide sequences/Tacidophilum_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  D  S  I  V  H  V  K  K  G  Q  R  F  L  D  V  I  K  D  K  N  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  V  K  I  D  S  V  L  H  D  L  R  D  V  A  E  R  D  V  D  A  I  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 S  V  Y  S  D  D  G  L  Y  I  L  R  H  S  A  A  H  L  L  A  N  A  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  L  Y  P  D  A  L  P  N  T  G  P  V  V  E  N  G  F  Y  Y  D  F  D  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  P  I  G  E  E  D  L  A  K  I  E  D  E  M  R  R  I  Q  K  E  N  V  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  E  R  I  V  Y  Q  K  A  D  L  L  R  I  F  A  K  N  P  Y  K  I  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  E  D  N  V  S  D  A  S  S  V  Y  R  Q  G  N  F  V  D  L  C  L  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 H  V  P  S  T  G  Y  I  K  A  F  K  L  L  N  I  A  S  A  V  Y  K  H  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  S  K  T  L  V  R  I  Y  G  T  A  F  P  D  E  K  L  L  K  Q  Y  L  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  L  E  E  A  K  R  R  D  H  R  R  I  I  A  E  M  D  L  A  V  F  N  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  W  A  P  G  F  P  L  Y  T  Q  Y  G  Q  T  I  R  K  E  L  L  S  Y  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  K  E  L  L  S  Y  M 
---------------------------------------------GCTAAGATCGAAGGACAGTTCGATGTT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 D  S  M  N  R  K  N  G  W  F  D  V  W  T  P  H  V  F  R  D  T  I  W  K 
 D  S  M  N  R  K  N  G  W  F  D  V  W  T  P  H  V  F  -  -  -  -  -  - 
TCCGAATAAAATGGTGAATACATCCTTGACCATGGTCAGCAGGGTTCTTATCTC------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Q  S  G  H  Y  A  K  Y  R  P  N  M  Y  L  F  T  L  P  D  G  D  S  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G 
---------------------------------------------------------------------TTT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  K  P  M  N  C  P  G  H  I  A  I  F  S  R  R  K  Y  S  Y  R  D  L  P 
 I  K  P  M  N  C  P  G  H  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCGTATCTGTACACGGTTCCAGGCTCGGA------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  R  Y  S  E  P  G  T  V  Y  R  Y  E  K  S  G  E  V  G  G  L  T  R  P 
 V  R  Y  S  E  P  G  T  V  Y  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAAGATGGCTATGTGGCCAGGGCAGTTCATCGGTTT------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  A  F  T  Q  D  D  G  H  A  F  L  R  M  D  Q  I  G  D  E  I  R  T  L 
 R  A  F  T  Q  D  D  G  H  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  T  L 
GTACATGTTTGGCCGGTACTTGGCATAATGCCC---------------------------GACGTGCGGAGT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  T  M  V  K  D  V  F  T  I  L  F  G  N  I  E  L  S  F  D  L  S  V  I 
 L  T  M  V  K  D  V  F  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCAGACGTCAAACCATCCATTCTTCCT---------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  R  D  H  P  E  N  Y  L  V  S  Y  V  C  R  N  C  G  Y  R  I  E  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  G  T  D  I  E  C  P  V  C  H  S  H  D  L  E  P  D  L  S  V  W  D  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  T  E  Q  L  R  D  A  L  K  S  M  G  I  E  Y  K  E  Y  P  G  E  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 F  Y  G  P  K  I  D  V  H  V  K  D  A  I  G  R  M  W  Q  L  S  T  I  Q 
 -  -  -  -  K  I  D  V  H  V  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  L  S  T  I  Q 
------------TTTTATATAACCGGTGCT------------------------GTCGACGAAGTTGCCCTG

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  D  F  F  M  P  V  N  F  G  L  T  Y  T  N  S  E  G  K  E  D  R  V  V 
 L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  V 
CCTGTA------------------------------------------------------------AAATAT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 M  I  H  R  A  I  Y  G  S  Y  E  R  V  M  A  I  L  L  E  H  Y  A  G  K 
 M  I  H  R  A  I  .  .  S  Y  E  R  V  M  A  I  -  -  -  -  -  -  -  - 
CCTAAGGAGATCAGCCTT------CACTATCCTCTCTATGGGCACGTT------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  P  T  W  L  T  P  I  Q  T  Y  V  V  P  I  S  S  N  F  D  E  Y  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 H  V  H  E  E  L  I  R  H  G  I  R  S  E  I  D  T  S  Q  E  T  V  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 K  I  K  L  I  H  P  Y  R  P  A  Y  I  I  V  V  G  S  K  E  M  E  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 S  V  T  A  R  N  R  E  G  K  S  K  T  Y  S  L  S  E  F  I  D  V  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660
 K  E  I  E  Q  R  K  V  D  Q  A  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------

thr_arch_P_occultum

Class II

Archaea/Pyrodictium occultum/amino acid sequences/Poccultum_thr_aa

Archaea/Pyrodictium occultum/nucleotide sequences/Poccultum_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  V  I  L  I  H  A  K  E  F  Y  Y  K  A  R  S  K  A  I  A  E  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  P  E  S  A  P  Q  E  A  S  A  E  N  A  L  V  A  F  T  T  V  E  D  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  T  Q  G  I  N  E  A  V  E  K  A  A  A  D  I  V  N  V  A  E  K  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  S  T  I  V  L  Y  P  Y  A  H  L  S  Q  K  L  A  P  P  K  A  A  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  M  R  L  L  E  D  M  V  R  S  R  A  S  G  K  F  R  V  I  R  A  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  W  Y  K  E  F  R  I  H  C  Y  G  H  P  L  S  E  L  S  R  T  Y  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  A  S  K  K  P  H  V  E  K  K  Y  Y  V  L  T  P  E  G  D  V  Y  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  E  Y  L  E  K  A  D  E  E  L  R  I  L  I  E  K  E  A  L  G  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  E  V  E  N  P  V  N  K  L  C  A  K  F  G  F  E  W  E  P  M  S  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  H  M  R  Y  E  P  H  A  A  L  M  I  E  A  V  S  E  Y  A  W  K  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  I  E  A  V  S  E  Y  A  W  K  L  A 
---------------------------------ATGATAGAGGCTGTGTCGGAGTACGCGTGGAAGCTGGCA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  G  L  G  I  P  V  L  R  I  R  G  T  N  M  F  D  L  A  A  R  P  V  Y 
 .  .  L  G  I  P  V  L  R  I  R  G  T  N  M  F  -  -  -  -  -  -  -  - 
------CTGGGTATCCCCGTGCTTCGAATACGTGGCACAAACATGTTC------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  H  A  A  L  F  G  D  R  L  Y  E  L  W  A  D  K  K  H  L  V  M  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  M  R  Y 
------------------------------------------------------------GTCATGCGCTAC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  A  C  H  Q  Q  F  A  M  L  K  D  Y  V  L  S  Y  K  D  L  P  L  G  M 
 A  A  C  H  Q  Q  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  G  M 
GCTGCATGCCACCAGCAGTTC------------------------------------------CTAGGCATG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  E  V  A  D  S  Y  R  F  E  Q  S  G  E  V  T  L  C  F  R  L  R  K  F 
 F  E  V  A  D  S  Y  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  K  F 
TTCGAGGTAGCTGATAGCTACCGGTTC------------------------------------CGCAAATTC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  M  P  D  L  H  I  L  T  R  D  V  E  E  A  V  K  V  S  E  K  L  Q  E 
 Y  M  P  D  L  H  I  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  E  K  L  Q  E 
TACATGCCCGACCTACATATATTG------------------------------AGCGAGAAGCTGCAGGAA

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  I  H  R  E  A  A  K  L  G  R  K  Y  Y  A  V  Y  N  V  T  E  D  F  W 
 V  I  H  R  E  A  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTGATACACCGTGAGGCAGCC---------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 S  Q  K  R  D  L  L  L  E  L  V  R  R  D  G  R  P  A  V  V  A  L  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  G  I  Y  Y  W  V  V  N  V  E  Y  H  I  V  D  S  V  G  R  P  R  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  N  V  E  Y  H  I  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I 
------------------------AACGTCGAGTACCATATA------------------------GAGATA

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  T  F  Q  F  D  I  G  N  A  K  R  F  G  I  K  Y  V  D  E  N  N  Q  E 
 A  T  F  Q  F  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCAACGTTCCAGTTCGAC------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  Y  P  V  I  I  H  T  A  L  I  G  S  V  E  R  Y  I  Y  M  V  F  D  T 
 -  -  P  V  I  I  H  T  A  L  .  .  S  V  E  R  Y  I  Y  M  -  -  -  - 
------CCTGTAATAATCCATACCGCCTTG------TCTGTAGAGAGATACATCTACATG------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  V  Q  M  E  Q  Q  G  K  R  P  Y  I  P  T  W  L  A  P  I  Q  V  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  P  V  D  P  K  S  E  D  Q  I  A  L  A  S  K  V  A  D  M  L  E  H  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  I  R  V  D  I  D  D  R  D  I  S  L  G  K  R  I  R  D  A  A  R  E  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  P  Y  I  G  V  I  G  D  R  E  V  K  T  G  T  I  N  V  T  I  R  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 N  D  R  V  A  L  K  P  E  E  L  L  D  M  V  L  K  D  I  E  D  Y  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 V  Q  S  T  L  P  R  Y  V  S  K  R  P  S  L  V  Y  L  E  R  S  L  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629
 E  P  G  K  G 
 -  -  -  -  - 
---------------

thr_arch_S_marinus

Class II

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_thr_aa

Archaea/Staphylothermus marinus/Smarinus_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  I  L  T  I  H  A  R  K  F  H  Y  K  A  L  S  Q  A  L  D  K  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  L  T  N  E  N  K  E  G  F  F  E  N  V  L  V  V  F  T  S  V  E  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  N  E  K  V  V  E  K  A  V  T  E  I  L  D  I  A  N  R  V  K  P  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  L  L  Y  P  Y  A  H  L  S  S  D  L  A  S  P  S  Q  A  L  E  I  M  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  L  E  Q  K  L  R  G  K  T  D  L  E  V  Y  R  A  P  F  G  W  Y  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  M  L  D  C  Y  G  H  P  L  S  E  L  S  K  T  I  R  I  T  G  G  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 V  V  R  R  E  L  K  K  E  F  Y  I  L  T  P  D  G  K  V  Y  D  P  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  N  Y  D  K  Y  P  D  L  K  I  L  V  D  K  E  V  F  G  K  E  L  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  V  N  R  V  N  D  Y  C  R  K  F  G  F  E  W  E  P  M  S  D  H  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 M  R  Y  G  P  H  A  V  I  I  M  E  S  I  M  Q  Y  S  W  N  I  V  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  M  E  S  I  M  Q  Y  S  W  N  I  V  .  . 
---------------------------ATAATGGAGTCTATTATGCAGTATTCATGGAATATTGTG------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  G  I  P  V  Y  K  V  M  G  T  N  M  F  N  L  S  E  K  P  V  L  E  H 
 L  G  I  P  V  Y  K  V  M  G  T  N  M  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTAGGAATACCAGTTTACAAGGTTATGGGTACTAATATGTTC------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 A  L  L  F  G  D  R  L  Y  E  L  K  V  D  N  E  K  F  V  L  R  Y  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R  Y  A  A 
------------------------------------------------------GTATTAAGATATGCTGCT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 C  H  Q  Q  F  A  M  L  R  D  W  I  I  S  Y  K  N  L  P  F  G  M  F  E 
 C  H  Q  Q  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  M  F  E 
TGTCATCAACAATTC------------------------------------------TTTGGAATGTTTGAA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 V  A  D  S  Y  R  L  E  Q  R  G  E  L  N  L  C  F  R  L  R  K  F  Y  M 
 V  A  D  S  Y  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  K  F  Y  M 
GTAGCTGATAGTTATCGTCTT------------------------------------AGAAAATTCTATATG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  D  L  H  I  L  N  R  D  L  N  E  A  I  K  I  S  R  I  V  Q  D  K  I 
 P  D  L  H  I  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  R  I  V  Q  D  K  I 
CCCGATCTACATATCTTG------------------------------TCACGTATAGTGCAGGATAAGATT

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  E  E  I  A  K  I  G  R  K  Y  V  A  L  Y  N  V  T  S  D  F  F  D  K 
 L  E  E  I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCGAAGAAATAGCT---------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  R  D  I  L  I  E  F  V  R  R  E  N  Y  P  V  L  V  S  V  I  P  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  Y  Y  W  V  L  N  V  E  Y  H  I  I  D  N  L  N  R  P  R  E  I  A  T 
 -  -  -  -  -  -  N  V  E  Y  H  I  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I  A  T 
------------------AACGTTGAATACCATATT------------------------GAGATTGCAACG

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  Q  I  D  I  G  N  G  E  R  F  N  I  T  Y  T  D  E  K  G  E  K  H  H 
 F  Q  I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTCAGATAGAT------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 P  V  I  I  H  T  A  I  I  G  G  I  E  R  F  I  Y  T  I  F  D  T  A  A 
 P  V  I  I  H  T  A  I  .  .  G  I  E  R  F  I  Y  T  -  -  -  -  -  - 
CCAGTAATCATACATACAGCAATT------GGTATTGAGAGGTTCATATATACA------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  M  E  K  E  G  K  T  P  Y  I  P  T  W  L  A  P  V  Q  V  R  I  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  K  N  E  Y  L  D  Y  A  E  K  V  A  E  K  I  E  N  A  G  F  R  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  D  D  R  G  E  S  L  G  K  K  I  R  D  A  G  R  E  W  I  P  Y  I  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  I  G  E  R  E  V  R  S  N  T  I  N  V  R  I  R  R  T  N  D  Q  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 M  V  T  D  E  L  I  R  I  L  E  E  E  T  K  N  Y  P  R  V  S  L  T  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614
 P  K  Y  L  S  K  R  P  I  P  S  Y  H  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------

thr_arch_P_delaneyi

Class II

Archaea/Pyrodictium delaneyi/amino acid sequences/Pdelaneyi_thr_aa

Archaea/Pyrodictium delaneyi/nucleotide sequences/Pdelaneyi_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  I  L  L  I  H  A  K  E  F  S  F  K  A  K  S  K  A  I  A  D  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  V  D  L  T  P  S  E  A  S  V  E  N  A  L  V  V  F  T  T  V  E  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  T  Q  N  L  R  E  V  V  E  N  A  V  K  D  I  I  D  V  A  E  K  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  Y  T  I  V  I  Y  P  Y  A  H  L  S  K  R  L  A  P  P  K  V  A  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  L  S  L  L  E  E  E  L  K  K  R  A  E  G  K  Y  K  V  V  R  A  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  W  Y  K  E  F  K  I  H  C  Y  G  H  P  L  S  E  L  S  R  A  Y  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  A  S  S  K  P  Q  I  E  K  K  Y  F  V  L  T  P  N  G  E  V  Y  K  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 E  E  Y  L  S  K  A  D  E  E  F  R  I  L  I  E  K  E  A  L  G  K  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  E  V  E  N  P  V  N  A  L  C  A  K  F  G  F  E  W  E  P  F  S  D  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  H  M  R  Y  E  P  H  A  T  L  M  V  D  A  V  S  E  Y  A  W  K  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  V  D  A  V  S  E  Y  A  W  K  L  A 
---------------------------------CGTCACTATGGCTGGTTTTCCGTCACGTTTTATTAACTC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  D  L  G  I  P  V  L  R  I  R  G  T  N  M  F  D  L  S  A  K  P  V  Y 
 .  .  L  G  I  P  V  L  R  I  R  G  T  N  M  F  -  -  -  -  -  -  -  - 
------TAGATCGCGCTTCTCTTGCCAGAAGTCCTCAGTCACATTGTA------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  H  A  E  L  F  G  D  R  L  Y  E  L  W  T  D  R  K  H  L  V  M  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  M  R  Y 
------------------------------------------------------------TATATCACGTGT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  A  C  H  Q  Q  F  A  I  L  R  D  Y  V  L  S  Y  K  D  L  P  L  G  M 
 A  A  C  H  Q  Q  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  G  M 
TAGTATGTGTAGGTCGGGCAT------------------------------------------TTGCTCTAG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 F  E  I  A  D  S  Y  R  L  E  Q  S  G  E  V  T  L  C  F  R  L  R  R  F 
 F  E  I  A  D  S  Y  R  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  R  F 
ACGGTAACTATCCGCGATCTCGAACAT------------------------------------ACGCAATAT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Y  M  P  D  L  H  I  L  T  R  D  I  E  E  A  V  N  V  S  R  K  L  Q  E 
 Y  M  P  D  L  H  I  L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  S  R  K  L  Q  E 
TGCAAACTGTTGATGACAAGCAGC------------------------------CCATAGCTCGTATAGACG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  I  H  R  E  A  T  R  L  G  Q  K  Y  Y  A  V  Y  N  V  T  E  D  F  W 
 V  I  H  R  E  A  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCCCCGAAGAGTTCAGCGTG---------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Q  E  K  R  D  L  L  L  E  L  I  K  R  D  G  K  P  A  I  V  T  V  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  G  I  Y  Y  W  V  V  N  V  E  Y  H  I  I  D  V  A  G  R  P  R  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  N  V  E  Y  H  I  -  -  -  -  -  -  -  -  E  I 
------------------------GTAGTCTGAGAAGGGTTC------------------------GAGAGC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  T  F  Q  F  D  V  G  N  A  K  R  F  G  I  K  Y  I  D  E  N  N  V  E 
 A  T  F  Q  F  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTGACTGGATTCTCTAC------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  Y  P  V  I  I  H  T  A  L  I  G  S  I  E  R  Y  I  Y  M  V  L  D  S 
 -  -  P  V  I  I  H  T  A  L  .  .  S  I  E  R  Y  I  Y  M  -  -  -  - 
------TTTTGATAAATATTCTTCGGGCTT------TTCGCCATTAGGCGTTAGTACGAA------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  V  K  M  E  R  Q  G  K  K  P  Y  I  P  T  W  M  A  P  I  Q  V  R  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  P  V  D  P  K  S  E  K  Q  M  Q  L  V  E  K  T  A  S  L  L  E  E  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  I  R  V  D  I  D  D  R  D  I  S  L  G  K  R  I  R  D  A  A  R  E  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  P  Y  I  G  V  V  G  D  R  E  V  E  T  G  T  I  N  V  T  I  R  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 N  D  R  I  A  V  K  P  E  E  L  V  A  M  V  L  E  E  I  R  D  Y  P  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  Q  P  T  L  P  R  Y  V  S  K  R  P  S  F  V  Y  L  E  K  P  S  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631
 K  Q  D  R  A  K  H 
 -  -  -  -  -  -  - 
---------------------

thr_arch_N_equitans

Class II

Archaea/Nanoarchaeum equitans/amino acid sequences/Nequitans_thr_aa

Archaea/Nanoarchaeum equitans/nucleotide sequences/Nequitans_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  A  L  F  L  H  S  N  R  I  K  V  I  A  R  Q  K  A  L  K  E  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  L  E  K  P  E  F  D  V  N  K  E  H  L  A  V  F  V  A  V  E  H  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 N  L  S  V  A  E  Q  L  V  E  E  I  K  K  V  L  E  K  I  G  I  K  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  V  V  L  Y  P  Y  V  H  L  T  N  N  P  S  S  P  K  L  A  K  E  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 D  K  A  Y  D  L  L  K  S  E  G  F  E  V  Y  K  A  P  F  G  W  Y  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  E  I  H  V  K  G  H  P  L  A  E  L  S  R  T  I  K  P  K  K  V  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  E  G  N  K  V  Y  L  I  Y  D  G  E  K  E  Y  I  I  V  G  K  K  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  L  V  K  D  Y  K  E  I  E  N  K  E  K  L  H  F  E  L  P  K  D  G  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  L  P  I  P  I  N  Q  D  F  E  K  M  V  L  K  E  V  F  S  E  G  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  E  K  N  P  L  N  D  V  A  K  K  F  G  F  E  W  E  P  L  S  D  Y  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  M  R  Y  K  P  Y  A  A  L  M  V  D  L  V  N  D  Y  S  I  K  I  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  V  D  L  V  N  D  Y  S  I  K  I  A  . 
------------------------------TTTTTTGTGCATATTTAAGAATTGTTCTACTGCTTCGTC---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  L  P  F  P  V  F  I  V  K  G  T  N  M  F  D  L  K  Q  G  P  V  A  E 
 .  L  P  F  P  V  F  I  V  K  G  T  N  M  F  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TTTAGTGAAAACATGCAAATCAGGCATATAGAATTTTCTTAA---------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  A  K  L  F  G  E  R  M  Y  E  V  Q  S  D  K  S  V  F  V  L  R  Y  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R  Y  A 
---------------------------------------------------------AGACAAAGTTAAATC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  C  F  Q  Q  F  A  I  A  K  D  L  T  L  S  Y  K  N  V  P  F  G  M  L 
 A  C  F  Q  Q  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  G  M  L 
TTTGGCTATAGCGAATTG------------------------------------------GGATTGCACTTC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  V  A  D  S  Y  R  F  E  Q  P  G  E  V  V  L  A  F  R  L  R  K  F  Y 
 E  V  A  D  S  Y  R  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  K  F  Y 
ATACATTCTTTCTCCGAATAGTTT------------------------------------CATGTTAGTGCC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 M  P  D  L  H  V  F  T  K  D  L  D  E  A  V  E  Q  F  L  N  M  H  K  K 
 M  P  D  L  H  V  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  N  M  H  K  K 
TTTAACTATAAAAACTGGGAA------------------------------ATCATTAACTAAATCTACCAT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  M  E  E  I  K  K  I  G  R  D  Y  E  L  L  I  N  V  A  S  F  E  D  Y 
 I  M  E  E  I  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TAGAGCAGCATAAGGTTT------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  K  Y  K  Y  I  I  E  Q  I  Y  K  D  V  K  K  P  L  L  L  A  I  Y  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  S  D  Q  R  Y  W  I  I  N  I  E  Y  H  I  I  D  V  L  G  R  P  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  N  I  E  Y  H  I  -  -  -  -  -  -  -  -  E 
---------------------------TTCTATCCCATCTTTTGG------------------------ATT

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  G  T  T  Q  I  D  L  H  N  S  K  R  F  G  I  K  Y  I  D  K  D  G  S 
 I  G  T  T  Q  I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCAATCTCTTTATAGTCCTT---------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  K  H  V  I  I  L  H  N  A  I  L  G  S  I  E  R  Y  I  Y  A  L  F  D 
 -  -  -  V  I  I  L  H  N  A  I  .  .  S  I  E  R  Y  I  Y  A  -  -  - 
---------ATAGACTTTATTTCCTTCTTCTTT------CTTTTTGGGCTTAATGGTTCTAGA---------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 T  A  L  R  K  E  K  P  V  L  P  F  W  I  S  P  V  Q  V  R  V  I  P  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 S  E  K  Y  L  E  Y  A  E  Q  I  A  K  E  L  E  S  K  F  R  V  E  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  R  D  E  T  L  N  K  K  I  K  D  A  E  S  L  W  V  P  Y  I  I  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  E  K  E  I  K  N  N  K  I  T  V  R  D  R  Y  E  N  K  V  Y  E  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  E  D  L  I  S  K  M  E  E  L  Q  K  G  Y  P  F  R  P  L  Y  G  P  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633
 K  L  S  L  K  P  A  N  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------

thr_arch_M_acetivorans

Class II

Archaea/Methanosarcina acetivorans/amino acid sequences/Methanosarcina_acetivorans_thr_aa

Archaea/Methanosarcina acetivorans/nucleotide sequences/Methanosarcina_acetivorans_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  L  L  L  I  H  S  D  Y  I  E  Y  E  T  K  K  Q  T  P  V  A  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  E  E  S  L  K  S  G  R  L  E  E  A  L  T  A  F  T  A  V  E  S  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  A  N  P  E  E  A  I  E  K  A  V  S  E  I  E  K  V  A  A  Q  V  K  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  R  I  M  L  Y  P  Y  A  H  L  S  S  D  L  S  S  P  K  V  A  V  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  K  G  I  E  A  A  L  S  G  K  Y  E  V  K  R  A  P  F  G  W  Y  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 F  T  V  S  C  K  G  H  P  L  S  E  L  S  R  S  I  H  P  E  G  T  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  A  V  K  P  E  A  A  G  E  K  E  E  V  V  S  E  A  L  K  A  E  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  R  S  Y  W  R  I  L  T  P  D  G  E  L  H  E  V  E  T  F  D  L  T  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  P  K  L  Q  Q  F  V  N  Y  E  I  S  K  S  R  A  V  E  R  A  P  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  E  L  M  R  R  L  E  L  A  D  Y  E  P  G  S  D  S  G  N  M  R  Y  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 P  K  G  R  L  V  K  S  L  L  E  N  Y  V  L  D  V  A  T  E  F  G  A  M 
 -  -  -  -  -  V  K  S  L  L  E  N  Y  V  L  D  V  A  T  E  F  G  A  M 
---------------GTTAAGTCTCTTCTTGAAAACTACGTGCTTGATGTCGCAACCGAGTTCGGGGCAATG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  V  E  T  P  L  M  Y  D  M  N  H  P  T  L  K  K  Y  L  D  R  F  P  A 
 E  V  E  T  P  L  M  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAAGTCGAAACTCCCCTGATGTAC------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  Q  Y  S  I  E  S  D  K  R  Q  M  F  L  R  F  A  A  C  F  G  Q  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  R  F  A  A  C  F  G  Q  F  - 
------------------------------------TTCCTTCGCTTTGCAGCCTGTTTCGGGCAGTTC---

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 M  N  H  D  M  T  I  S  Y  K  N  L  P  L  R  M  I  E  M  T  R  Y  S  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  M  I  E  M  T  R  .  S  F 
---------------------------------------CTCAGGATGATCGAAATGACCCGT---AGTTTC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  K  E  Q  R  G  E  L  V  G  L  R  R  L  R  A  F  T  M  P  D  M  H  T 
 R  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  A  F  T  M  P  D  M  H  T 
AGAAAA------------------------------------AGGGCTTTTACCATGCCGGATATGCACACC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  C  E  D  M  N  Q  A  V  S  Q  F  K  E  Q  Y  D  L  C  I  D  V  L  E 
 L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  K  E  Q  Y  D  L  C  I  D  V  L  E 
CTT------------------------------TTCAAGGAACAGTACGACCTCTGCATCGATGTGCTTGAA

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 N  V  G  I  H  I  D  D  Y  E  V  A  I  R  F  T  R  D  F  Y  E  S  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  L  V  V  N  M  A  K  T  V  N  K  P  V  L  V  E  M  W  D  T  R  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 Y  F  V  L  K  F  E  F  N  F  V  D  A  L  A  K  A  S  A  L  S  T  V  Q 
 -  -  -  -  K  F  E  F  N  F  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  S  T  V  Q 
------------AAATTCGAGTTTAACTTC------------------------GCCCTTTCCACGGTCCAG

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 I  D  V  E  N  A  E  R  Y  D  I  S  Y  V  N  A  D  G  K  L  E  R  P  I 
 I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  I 
ATCGAT------------------------------------------------------------CCGATC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  L  H  C  S  P  S  G  A  I  E  R  C  I  Y  A  L  L  E  K  A  A  M  E 
 V  L  H  C  S  P  .  .  A  I  E  R  C  I  Y  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTTCTCCACTGCTCGCCG------GCAATCGAACGTTGTATCTATGCC------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 T  E  E  G  K  V  P  M  L  P  V  W  L  S  P  T  Q  V  R  I  V  P  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  K  H  L  A  F  A  E  E  V  S  K  K  L  D  C  R  V  D  I  D  D  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  S  I  G  K  K  V  R  E  A  G  R  E  W  V  P  Y  V  V  V  I  G  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 E  M  E  E  G  T  I  N  V  T  V  R  A  E  S  E  Q  N  K  P  S  K  V  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  T  P  E  E  L  N  A  R  I  R  G  E  I  A  G  K  P  Y  R  K  L  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635
 A  K  Y  L  S  A  R  P  K  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

thr_arch_P_horikoshii

Class II

Archaea/Pyrococcus horikoshii/amino acid sequences/Phorikoshii_thr_aa

Archaea/Pyrococcus horikoshii/nucleotide sequences/Phorikoshii_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  I  L  L  I  H  S  D  Y  I  E  Y  E  V  K  D  K  A  I  K  N  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 P  I  S  E  E  E  K  K  G  R  M  D  E  V  L  V  A  F  I  S  V  E  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  E  T  N  P  E  E  V  V  S  K  A  V  E  E  I  I  N  V  A  S  Q  V  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  E  N  V  F  V  Y  P  F  A  H  L  S  S  E  L  A  K  P  S  V  A  Q  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  L  R  K  V  Y  E  G  L  K  E  K  G  Y  N  V  G  K  A  P  F  G  Y  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  A  F  K  I  S  C  K  G  H  P  L  A  E  L  S  R  T  I  I  P  E  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 K  E  E  E  V  P  E  A  L  K  K  E  E  T  E  L  V  S  Y  W  Y  I  L  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  E  G  E  L  I  E  V  D  K  F  D  F  T  G  Y  E  N  L  R  K  F  A  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 Y  E  I  S  K  S  R  I  A  E  K  E  P  P  H  V  K  L  M  L  E  H  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  D  Y  E  P  G  S  D  P  G  N  L  R  Y  Y  P  K  G  R  L  I  K  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  S  L 
------------------------------------------------------------ATCAAATCCCTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  E  Q  Y  V  T  E  K  V  I  E  Y  G  A  M  E  V  E  T  P  V  M  Y  D 
 L  E  Q  Y  V  T  E  K  V  I  E  Y  G  A  M  E  V  E  T  P  V  M  Y  - 
TTGGAGCAGTATGTGACCGAGAAAGTAATAGAGTATGGAGCTATGGAAGTTGAGACTCCCGTTATGTAT---

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 F  E  H  P  A  L  E  K  Y  L  N  R  F  P  A  R  Q  Y  I  V  L  S  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  K  Y  F  L  R  F  A  A  C  F  G  Q  F  L  I  S  K  D  A  V  I  S  Y 
 -  -  -  F  L  R  F  A  A  C  F  G  Q  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TTCCTAAGGTTTGCAGCATGTTTTGGACAGTTC------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 R  H  L  P  L  R  M  Y  E  L  T  R  Y  S  F  R  R  E  K  R  G  E  L  S 
 -  -  -  -  L  R  M  Y  E  L  T  R  .  S  F  R  R  -  -  -  -  -  -  - 
------------CTAAGAATGTATGAACTAACTAGG---TCCTTTAGAAGA---------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  L  R  R  L  R  A  F  T  M  P  D  M  H  T  L  A  K  D  L  E  Q  A  K 
 -  -  -  -  -  R  A  F  T  M  P  D  M  H  T  L  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------AGGGCCTTCACAATGCCCGACATGCATACACTT------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 D  E  F  K  K  Q  F  K  L  S  M  E  V  L  K  G  V  G  L  T  P  E  D  Y 
 -  -  F  K  K  Q  F  K  L  S  M  E  V  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------TTTAAGAAGCAGTTCAAGCTTAGTATGGAGGTTCTTAAA---------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 E  V  A  I  R  F  T  E  D  F  W  K  E  N  R  D  F  I  V  E  L  V  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  G  K  P  V  L  I  E  M  W  K  Q  R  F  F  Y  F  I  L  K  F  E  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  F  E  F  N 
---------------------------------------------------------AAGTTCGAATTCAAC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  V  D  N  L  D  K  A  A  A  L  S  T  V  Q  I  D  V  E  N  A  E  R  F 
 F  -  -  -  -  -  -  -  -  A  L  S  T  V  Q  I  D  -  -  -  -  -  -  - 
TTC------------------------GCCTTAAGCACGGTACAGATTGAC---------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  I  K  Y  Y  D  E  N  G  E  E  K  Y  P  L  I  L  H  C  S  P  S  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  L  I  L  H  C  S  P  .  .  A 
---------------------------------------CCCCTAATCCTTCACTGCTCTCCG------GCT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  E  R  V  M  Y  A  I  L  E  K  Q  A  K  L  M  Q  E  G  K  K  P  M  L 
 I  E  R  V  M  Y  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATCGAGAGGGTTATGTACGCT---------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  L  W  L  S  P  I  Q  V  R  V  I  P  V  S  E  E  Y  L  D  Y  A  L  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  A  G  K  L  E  G  A  R  I  R  V  D  V  D  D  E  D  E  R  L  N  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  R  R  A  E  K  E  W  I  P  Y  I  V  V  V  G  A  K  E  K  E  S  G  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 I  T  V  R  R  R  E  D  G  K  Q  Y  E  T  R  L  E  E  L  I  K  E  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 E  K  V  E  G  F  P  Y  K  P  R  P  L  P  L  L  L  S  K  R  P  K  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625
 G 
 - 
---

thr_bact_R_marinus

Class II

Archaea/Rhodothermus marinus/amino acid sequences/Rmarinus_thr_aa

Archaea/Rhodothermus marinus/nucleotide sequences/Rmarinus_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  Q  T  G  V  K  M  A  G  N  G  Q  Q  R  E  V  I  R  I  T  F  P  D  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 S  E  R  T  F  P  K  G  I  T  G  R  E  L  A  E  Q  I  S  P  R  L  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  A  L  A  I  K  V  N  G  E  V  W  D  L  T  R  P  I  E  E  D  A  R  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  I  L  T  W  E  D  P  E  G  K  A  V  Y  W  H  S  T  A  H  L  M  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  L  E  A  L  Y  P  G  V  K  F  G  I  G  P  P  I  E  Q  G  F  Y  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  D  L  G  G  R  K  L  S  A  E  D  L  A  R  I  E  E  K  M  R  E  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 R  R  D  V  P  Y  E  R  I  P  V  S  K  Q  E  A  L  E  Y  F  K  K  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 D  P  Y  K  V  E  L  I  E  E  L  E  D  G  T  I  T  F  Y  R  Q  G  N  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  D  L  C  R  G  P  H  V  P  S  T  G  Y  I  K  H  V  K  L  L  N  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  A  Y  W  R  G  D  E  R  R  P  Q  L  T  R  I  Y  G  I  S  F  P  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 K  E  L  D  E  Y  L  H  R  L  E  E  A  R  K  R  D  H  R  R  L  G  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  E  L  F  T  F  S  Q  K  V  G  P  G  L  P  L  W  L  P  R  G  A  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
---------------------------------------------------------------------GCG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  E  T  L  I  N  F  L  R  E  E  Q  I  R  R  G  Y  Q  P  V  V  T  P  H 
 R  E  T  L  I  N  F  L  R  E  E  Q  I  R  R  G  Y  Q  P  V  V  T  P  H 
ATAGACCTGCCCGAACTCGGCCAGTCGGATCGGCAGCTCCCGGTAGGAGCGGGGCCGGTCGGCGTAGATCAT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 I  A  R  L  E  L  Y  K  T  S  G  H  Y  P  Y  Y  K  D  S  Q  F  P  P  M 
 I  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATGTG------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  E  N  P  E  T  G  E  G  Y  L  L  K  P  M  N  C  P  H  H  I  M  I  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  L  K  P  M  N  C  P  H  H  I  -  -  - 
------------------------------CCCGCTCGTCTTGTAAAGCTCCAGCCGGGCGAT---------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 A  D  R  P  R  S  Y  R  E  L  P  I  R  L  A  E  F  G  Q  V  Y  R  Y  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  L  A  E  F  G  Q  V  Y  R  Y  - 
---------------------------------CTCGCGCAGGAAATTGATCAGCGTCTCGCGCAGCGT---

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Q  T  G  E  L  S  G  L  T  R  V  R  G  F  T  I  D  D  A  H  I  F  C  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  G  F  T  I  D  D  A  H  I  F  -  - 
---------------------------------CACCTTCTGGCTGAAGGTGAACAGCTCCAGCTC------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 P  D  Q  V  K  D  E  F  K  N  V  I  D  L  T  L  Y  V  F  R  S  L  G  F 
 -  -  -  -  -  -  -  F  K  N  V  I  D  L  T  L  Y  V  F  R  -  -  -  - 
---------------------GCGGGCCTCTTCGAGCCGGTGCAGGTATTCGTCGAGTTC------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 D  E  F  E  A  Q  I  S  L  R  D  P  N  N  R  E  K  Y  V  G  D  D  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 W  E  Q  A  E  Q  A  I  R  E  A  A  A  E  M  G  L  Q  A  T  E  E  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 E  A  A  F  Y  G  P  K  L  D  F  M  V  R  D  A  L  G  R  R  W  Q  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  K  L  D  F  M  V  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  L  G 
---------------------GCCGTCTTCGAGTTCTTC------------------------GCCCTTCTT

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 T  V  Q  L  D  Y  I  L  P  E  R  F  D  L  Y  Y  I  G  A  D  N  Q  K  H 
 T  V  Q  L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTTGAAGTACTCCAG---------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  P  V  M  I  H  R  A  P  F  G  S  L  E  R  F  I  G  V  L  I  E  H  C 
 -  P  V  M  I  H  R  A  P  .  .  S  L  E  R  F  I  G  V  -  -  -  -  - 
---CATTTTTTCTTCGATGCGGGCCAG------GGCCGAGAGCTTGCGGCCGCCCAG---------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 A  G  N  F  P  L  W  L  A  P  V  Q  V  A  V  L  P  L  S  D  E  L  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 Y  A  E  A  V  G  R  R  L  L  E  A  G  F  R  V  E  V  D  T  R  T  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  G  Y  K  I  R  Q  A  E  V  Q  K  I  P  Y  M  L  I  V  G  R  R  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 E  A  G  T  V  A  V  R  K  H  G  E  G  D  Q  G  P  A  T  L  D  E  F  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668
 E  R  L  R  T  E  I  E  A  A  T  R  R  A  T  V  S  E  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

thr_arch_M_jannaschii

Class II

Archaea/Methanococcus jannaschii/amino acid sequences/Mjannaschii_thr_aa

Archaea/Methanococcus jannaschii/nucleotide sequences/Mjannaschii_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  R  D  N  M  K  M  L  L  I  H  S  D  Y  L  E  F  E  A  K  E  K  T  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  A  E  E  T  E  N  L  K  G  K  L  D  E  C  L  A  C  F  I  A  V  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 E  D  E  N  N  P  E  G  T  A  I  G  A  V  E  E  I  E  K  V  A  N  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  V  N  N  I  V  V  Y  P  Y  A  H  L  S  S  D  L  S  S  P  E  T  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  V  L  K  D  I  E  S  I  L  K  E  R  G  Y  N  V  L  R  A  P  F  G  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 Y  K  A  F  K  I  S  C  K  G  H  P  L  S  E  L  S  R  K  I  V  A  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  K  K  E  E  G  E  E  S  K  F  Y  L  L  N  P  E  T  E  E  I  I  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  E  N  N  I  N  I  I  K  D  E  E  L  L  A  L  A  K  H  E  L  G  I  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 E  H  K  E  H  D  E  P  P  H  V  K  F  I  K  E  K  D  I  C  S  Y  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 A  S  D  P  G  H  F  R  W  Y  P  K  G  K  L  M  R  D  L  L  A  D  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  R  D  L  L  A  D  Y  V 
---------------------------------------------ATGAGAGATTTGTTAGCTGATTATGTT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  N  L  V  V  N  M  G  A  M  P  V  E  T  P  I  M  Y  D  L  G  N  P  A 
 Y  N  L  V  V  N  M  G  A  M  P  V  E  T  P  I  M  Y  -  -  -  -  -  - 
TATAACTTAGTTGTCAATATGGGAGCTATGCCAGTAGAAACACCAATTATGTAT------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  R  E  H  A  D  K  F  G  E  R  Q  Y  R  F  R  Q  G  N  K  E  L  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  L 
------------------------------------------------------------------ATGCTA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 R  F  A  A  C  F  G  Q  F  M  M  K  K  D  M  Y  L  L  P  R  Y  L  P  L 
 R  F  A  A  C  F  G  Q  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L 
AGATTTGCAGCATGCTTTGGGCAGTTT------------------------------------------TTA

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  L  Y  E  L  S  T  Y  S  F  R  Y  E  Q  R  G  E  L  V  G  L  K  R  L 
 K  L  Y  E  L  S  T  .  S  F  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAACTCTATGAATTATCAACA---AGCTTTAGATAT------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  C  F  T  M  P  D  M  H  T  V  C  L  N  L  E  Q  A  M  E  E  F  E  K 
 R  C  F  T  M  P  D  M  H  T  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  E  K 
AGATGCTTTACAATGCCTGATATGCATACTGTC------------------------------TTTGAAAAA

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Q  F  W  E  C  L  K  T  G  D  D  L  N  L  S  Y  S  V  I  F  R  F  T  K 
 Q  F  W  E  C  L  K  T  G  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGTTCTGGGAATGTTTAAAAACTGGGGAT------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  F  F  D  E  H  R  D  W  F  F  K  I  A  K  E  Y  K  N  K  Y  G  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 V  I  L  E  I  L  P  K  R  K  H  Y  W  V  G  K  V  D  I  A  V  I  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  V  D  I  A  V  -  -  - 
---------------------------------------------AAGGTAGATATTGCTGTA---------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  G  R  P  I  E  N  P  T  V  Q  I  D  V  E  S  A  K  R  F  D  I  K  V 
 -  -  -  -  -  E  N  P  T  V  Q  I  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GAGAACCCAACCGTGCAAATAGAT---------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 H  T  N  E  G  E  I  Y  P  I  I  L  H  C  S  P  T  G  S  I  E  R  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  P  I  I  L  H  C  S  P  .  .  S  I  E  R  V  L 
------------------------CCAATAATATTGCACTGCTCACCA------TCAATTGAGAGGGTTTTG

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 C  G  L  L  E  K  A  A  I  E  A  E  K  G  N  A  P  M  L  P  V  W  L  S 
 C  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGTGGT------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  I  Q  V  R  V  I  P  V  A  E  R  H  Y  D  Y  A  L  K  V  A  E  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 R  E  N  N  I  R  A  D  F  D  D  R  E  E  S  V  S  K  K  I  R  N  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 K  E  W  V  P  Y  V  V  V  I  G  D  E  E  M  E  S  D  K  L  T  V  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  E  K  S  T  L  K  K  P  Y  K  E  K  M  T  L  D  E  L  I  E  R  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 K  E  T  A  N  Y  P  Y  R  P  L  P  L  P  I  R  C  S  L  Q  P  K  F  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

thr_arch_Halobacterium

Class II

Archaea/Halobacterium sp./amino acid sequences/Halobacterium_thr_aa

Archaea/Halobacterium sp./nucleotide sequences/Halobacterium_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  T  V  T  V  T  L  P  D  G  S  T  L  E  L  A  S  G  A  T  V  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  A  Y  E  I  G  P  G  L  G  R  D  T  V  A  G  K  V  D  H  E  L  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  E  T  P  L  T  E  D  C  E  I  E  I  V  T  D  Q  S  G  D  Y  L  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  R  H  T  A  A  H  V  L  A  Q  A  I  L  R  H  H  P  D  A  K  L  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  P  Y  T  E  E  G  F  Y  Y  D  V  A  N  V  E  L  D  A  E  D  L  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  Q  D  E  A  D  A  I  I  E  A  D  Y  D  V  E  Y  V  E  Y  D  R  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  L  E  T  Y  D  D  N  P  F  K  R  E  I  L  E  T  E  A  A  G  D  D  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 V  S  F  Y  R  Q  D  D  F  E  D  L  C  R  G  P  H  V  E  S  T  G  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 G  G  F  E  V  L  E  T  S  A  A  Y  W  R  G  D  E  E  R  E  T  L  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  Y  G  T  A  F  P  T  E  S  E  L  D  D  Y  L  E  R  R  A  E  A  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  D  H  R  K  I  G  S  E  M  D  L  F  S  I  P  D  V  T  G  P  G  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  Y  H  P  N  G  K  T  V  L  R  E  L  S  E  Y  V  H  G  L  N  R  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  R  E  L  S  E  Y  V  H  G  L  N  R  E  M 
------------------------TTCGCCGCGTTGCTCCTTGCGGTACACCTTCCCGTCCTCGAAGTACCG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  Y  D  E  V  E  T  P  H  L  F  R  T  E  L  W  K  Q  S  G  H  Y  D  N 
 G  Y  D  E  V  E  T  P  H  L  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACGGGGAGGTCGCGGTAGCTCCACGAGCCCTC---------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  V  D  D  M  F  L  L  D  V  N  D  E  E  Y  G  L  K  P  M  N  C  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  L  K  P  M  N  C  P  G 
---------------------------------------------GACGTAGTTGTCGTAGTGCCCGGACTG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  A  T  I  F  N  E  G  S  W  S  Y  R  D  L  P  V  R  Y  F  E  D  G  K 
 H  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  Y  F  E  D  G  K 
CTTCCA------------------------------------------GCCCATCTCCCGGTTGAGCCCGTG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  Y  R  K  E  Q  R  G  E  L  S  G  L  S  R  V  W  A  F  T  I  D  D  G 
 V  Y  R  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  W  A  F  T  I  D  D  G 
GACGTACTCCGA------------------------------------GAGCGGGAGGCCGGGGCCGGTGAC

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 H  V  F  A  R  A  D  Q  I  E  Q  E  V  R  R  L  I  D  I  I  L  E  V  L 
 H  V  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  R  L  I  D  I  I  L  E  V  L 
GTCCGGGAT---------------------------CTTCCGGTGGTCGCGCTCGGCGGCCTCCGCGCGGCG

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  T  F  D  L  D  Y  E  V  A  L  A  T  R  P  E  K  S  V  G  S  D  E  I 
 D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTC---------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 W  E  Q  S  E  S  Q  L  R  D  V  L  E  E  Q  G  M  D  Y  D  V  E  P  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 D  G  A  F  Y  G  P  K  I  D  F  A  F  E  D  A  L  G  R  S  W  D  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  K  I  D  F  A  F  -  -  -  -  -  -  -  -  D  G  P 
---------------------CTCGAAGTCGTCCTGGCG------------------------CGCGGCCTC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 T  V  Q  L  D  F  N  M  P  E  R  F  D  L  E  Y  T  G  S  D  N  D  A  H 
 T  V  Q  L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GGTCTCCAGAATCTC---------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Q  P  V  M  I  H  R  A  L  Y  G  S  Y  E  R  F  F  M  V  L  V  E  H  Y 
 -  P  V  M  I  H  R  A  L  .  .  S  Y  E  R  F  F  M  V  -  -  -  -  - 
---CTCGACGTCGTAGTCGGCCTCAAT------GTCGGCCTCGTCCTGGATGGCGTC---------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 D  G  R  F  P  T  W  L  A  P  E  Q  V  R  I  L  P  V  T  D  D  N  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Y  A  H  R  V  K  N  E  L  D  G  Y  R  V  E  V  E  D  R  D  W  T  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  K  I  Q  Q  A  H  D  D  N  V  P  Y  M  L  V  L  G  D  N  E  E  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 G  T  V  S  V  R  D  R  Q  E  R  E  R  N  D  V  E  L  E  T  F  R  D  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640
 F  V  G  E  V  D  E  K  R  T  Q  P  D  F  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

thr_bact_C_aggregans

Class II

Bacteria/Chloroflexus aggregans/amino acid sequences/Caggregans_thr_aa

Bacteria/Chloroflexus aggregans/nucleotide sequences/Caggregans_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  V  D  P  K  S  D  P  Y  Y  R  L  R  H  S  L  A  H  V  M  A  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 V  L  E  I  F  P  D  A  K  I  A  I  G  P  P  I  E  N  G  F  Y  Y  D  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  L  P  R  P  L  T  P  E  D  L  T  E  I  E  K  R  M  K  R  I  I  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 N  H  P  F  I  Y  R  E  V  T  A  E  E  A  R  Q  I  F  A  N  Q  P  Y  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 L  E  L  I  E  G  L  A  K  G  L  D  E  Y  G  E  T  H  H  G  D  T  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  T  Y  R  Q  D  T  F  E  D  L  C  R  G  P  H  L  N  H  T  G  E  I  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 P  E  A  F  K  L  M  S  I  A  G  A  Y  W  R  G  D  E  K  N  R  Q  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 R  I  Y  G  T  G  W  N  T  K  E  E  L  E  A  Y  L  H  R  L  E  E  S  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  R  D  H  R  R  L  G  K  E  L  G  L  F  F  F  S  D  D  I  G  P  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 P  I  F  S  P  K  G  E  I  I  R  H  E  M  E  K  F  V  R  E  V  Q  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  H  E  M  E  K  F  V  R  E  V  Q  T  R 
---------------------------GGTAAACTTGTACGTTCCCAGCACCTCGCGGATCACTTGCAGGGC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  G  Y  Q  H  V  W  T  G  N  V  V  K  E  Q  L  Y  R  K  S  G  H  Y  D 
 Y  G  Y  Q  H  V  W  T  G  N  V  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AAGACTAAACTCCTCTTGAATCTGATCGGGTCGGCA------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 N  Y  R  D  S  M  F  P  P  M  V  E  S  E  D  L  I  F  R  L  K  P  M  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  L  K  P  M  N 
------------------------------------------------------CTCGGCAAAGCGCAGCGG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 C  P  S  H  M  T  L  Y  N  Q  L  G  V  I  S  Y  R  D  L  P  L  R  F  A 
 C  P  S  H  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  F  A 
TAGATCGCGATAACT---------------------------------------------CATCGGCTTGAG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  F  A  T  L  Y  R  Y  E  D  S  G  A  L  S  G  L  T  R  V  R  A  L  T 
 E  F  A  T  L  Y  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  A  L  T 
GCGAAAGATGAGGTCTTCGCTCTC------------------------------------GTAGTGCCCCGA

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 Q  D  D  C  H  I  F  C  R  P  D  Q  I  Q  E  E  F  S  L  A  L  Q  V  I 
 Q  D  D  C  H  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  S  L  A  L  Q  V  I 
CTTCCGATAGAGCTGCTCCTT---------------------------ATACCCGTAGCGCGTTTGCACCTC

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  E  V  L  G  T  Y  K  F  T  D  Y  K  V  R  L  S  L  R  G  K  E  G  K 
 R  E  V  L  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACGCACAAATTTTTC---------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 Y  V  Q  D  D  E  K  W  E  L  A  T  A  A  L  R  A  A  L  E  A  N  G  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 E  Y  F  E  A  E  G  E  A  A  F  Y  G  P  K  A  D  F  L  A  R  D  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  A  D  F  L  A  -  -  -  - 
------------------------------------------GGTACCGTAAATACGCTG------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  R  E  W  Q  L  S  T  I  Q  V  D  F  I  Q  P  A  R  L  G  C  E  Y  I 
 -  -  -  -  Q  L  S  T  I  Q  V  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GCGCCAGTATGCCCCGGCGATGCT------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  E  D  D  K  P  H  T  P  V  V  L  H  R  A  V  T  G  T  T  E  R  F  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  P  V  V  L  H  R  A  V  T  .  .  T  E  R  F  M 
------------------------CAGATCCTCGAACGTATCTTGACGGTA------GATGACAGTGTCGCC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  I  L  I  E  H  Y  A  G  A  F  P  L  W  L  A  P  V  Q  A  V  I  I  P 
 G  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTGATG------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  T  D  K  Q  M  E  Y  A  R  K  V  R  Q  R  L  F  A  A  G  L  R  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  D  E  N  R  D  R  M  Q  G  K  I  R  R  A  Q  L  Q  K  I  P  Y  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  I  G  A  R  E  E  S  A  D  A  V  A  V  R  T  R  A  G  D  D  L  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594
 M  P  V  E  A  F  L  A  R  A  L  E  E  I  R  T  R  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------

thr_bact_C_jejuni

Class II

Bacteria/Campylobacter jejuni/amino acid sequences/Cjejuni_thr_aa

Bacteria/Campylobacter jejuni/nucleotide sequences/Cjejuni_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  E  K  E  V  I  A  Y  L  D  N  E  T  I  I  D  S  Q  S  V  K  N  T  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  K  E  I  Y  F  D  N  S  K  E  S  L  E  V  I  R  H  S  C  A  H  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 A  Q  A  I  K  S  L  Y  P  E  A  K  F  F  V  G  P  V  I  E  D  G  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 Y  D  F  R  V  E  S  K  I  G  E  E  D  L  V  K  I  E  K  K  M  K  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  E  A  K  I  E  I  S  K  Y  E  I  T  K  S  E  A  L  A  K  F  Q  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 D  L  K  Q  E  V  L  L  R  I  P  D  R  A  V  S  I  Y  K  Q  G  E  F  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 D  L  C  R  G  P  H  V  P  N  T  K  F  L  R  F  F  K  L  T  R  V  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  Y  L  G  G  D  E  K  R  E  M  L  T  R  I  Y  G  T  A  F  A  D  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  L  K  E  Y  L  T  I  I  E  E  A  K  K  R  D  H  R  K  L  G  T  E  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 K  L  F  T  F  D  D  E  I  G  G  G  L  P  I  W  L  S  N  G  A  R  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R 
------------------------------------------------------------------CTTAGA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  K  L  E  H  M  L  Y  K  I  H  R  L  R  G  Y  E  P  V  R  G  P  E  L 
 S  K  L  E  H  M  L  Y  K  I  H  R  L  R  G  Y  E  P  V  R  G  P  E  L 
TCTAAACTTGAACATATGCTTTATAAGATCCATCGTTTACGTGGTTATGAGCCTGTGCGTGGGCCTGAACTT

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  K  A  D  A  W  K  I  S  G  H  Y  A  N  Y  K  E  N  M  Y  F  T  Q  I 
 L  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTA---------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  E  Q  E  Y  G  I  K  P  M  N  C  V  G  H  I  K  I  Y  Q  S  D  V  R 
 -  -  -  -  -  G  I  K  P  M  N  C  V  G  H  I  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GGCATTAAGCCTATGAACTGTGTGGGACATATT------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  Y  R  D  L  P  L  K  F  F  E  Y  G  V  V  H  R  H  E  K  S  G  V  L 
 -  -  -  -  -  -  L  K  F  F  E  Y  G  V  V  H  R  H  -  -  -  -  -  - 
------------------TTGAAATTTTTTGAATACGGCGTGGTACATCGTCAT------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 H  G  L  F  R  V  R  E  F  T  Q  D  D  A  H  I  F  C  M  P  S  Q  I  K 
 -  -  -  -  -  -  R  E  F  T  Q  D  D  A  H  I  F  -  -  -  -  -  -  - 
------------------AGAGAATTCACTCAAGATGATGCACATATTTTT---------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  Q  V  L  E  I  L  A  F  V  D  N  L  M  K  L  F  D  F  S  Y  E  M  E 
 -  -  V  L  E  I  L  A  F  V  D  N  L  M  K  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GTTTTAGAAATTTTAGCTTTTGTGGATAATTTGATGAAA---------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 I  S  T  K  P  E  K  A  I  G  D  D  E  I  W  E  I  A  T  K  A  L  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  L  D  E  Q  G  L  K  Y  G  I  D  E  G  G  G  A  F  Y  G  P  K  I  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  I  D 
---------------------------------------------------------------AAGATTGAT

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  K  I  T  D  A  L  K  R  K  W  Q  C  G  T  I  Q  V  D  F  N  L  P  S 
 I  K  I  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  C  G  T  I  Q  V  D  -  -  -  -  - 
ATTAAAATC------------------------CAATGCGGAACCATACAAGTAGAT---------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  F  K  L  E  Y  T  D  S  D  N  E  K  K  Q  P  V  M  L  H  R  A  I  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  V  M  L  H  R  A  I  . 
---------------------------------------------CCTGTAATGTTGCATCGTGCGATT---

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  S  F  E  R  F  I  G  I  L  T  E  H  C  A  G  E  F  P  F  F  I  A  P 
 .  S  F  E  R  F  I  G  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TCTTTTGAAAGATTTATAGGAATT---------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 T  A  V  G  I  V  P  I  G  E  A  H  I  A  Y  A  K  E  I  Q  K  E  L  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  L  N  I  D  S  E  V  Y  E  K  N  E  S  L  S  K  K  I  R  I  A  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 Q  K  L  P  M  I  L  V  L  G  D  D  E  V  A  K  R  S  V  A  L  R  D  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  A  K  E  Q  K  N  L  S  L  D  E  F  I  K  L  V  K  E  K  M  S  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602
 H  F 
 -  - 
------

thr_bact_S_elongatus

Class II

Bacteria/Synechococcus elongatus/amino acid sequences/Selongatus_thr_aa

Bacteria/Synechococcus elongatus/nucleotide sequences/Selongatus_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  V  Q  S  A  P  S  T  E  A  I  Q  L  P  K  T  S  E  S  A  Q  L  K  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 I  R  H  T  M  S  H  V  M  A  M  A  V  Q  K  L  F  P  K  A  Q  V  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 G  P  W  T  E  T  G  F  Y  Y  D  F  D  T  P  E  P  F  T  E  A  D  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  I  K  K  E  M  V  K  I  I  Q  Q  K  L  P  V  V  R  E  E  V  S  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 E  A  Q  Q  R  I  E  A  L  G  E  P  Y  K  L  E  I  L  Q  G  L  T  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  T  L  Y  H  L  G  D  R  W  W  D  L  C  A  G  P  H  V  E  T  T  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  N  P  K  A  F  D  L  E  S  V  A  G  A  Y  W  R  G  D  E  T  K  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  Q  R  I  Y  G  T  A  W  E  T  P  E  Q  L  T  E  Y  K  R  R  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  L  K  R  D  H  R  K  L  G  R  E  L  G  L  F  L  F  A  D  P  V  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  L  P  L  W  T  P  K  G  T  I  L  R  S  T  L  E  D  F  L  K  Q  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  S  T  L  E  D  F  L  K  Q  E  Q 
---------------------------------GAACTTTTTGAGATTGAGCGCCTTGAAGACAGACAGAAT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 M  K  R  G  Y  Q  S  V  V  T  P  H  L  A  R  V  D  L  F  K  V  S  G  H 
 M  K  R  G  Y  Q  S  V  V  T  P  H  L  A  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGATCGACAACGCTCAAGAACTCAGACGCCAGCTGATCGGG------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  Q  N  Y  R  E  D  M  F  P  M  M  A  E  D  D  E  A  R  G  L  E  Q  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 F  V  L  K  P  M  N  C  P  F  H  I  Q  I  Y  K  N  E  L  R  S  Y  R  E 
 -  V  L  K  P  M  N  C  P  F  H  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---ACGAATCGGGAGTTCGCGATAGGAGCGCAGTTC------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  P  I  R  L  A  E  F  G  T  V  Y  R  Y  E  Q  S  G  E  L  G  G  L  T 
 -  -  I  R  L  A  E  F  G  T  V  Y  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------GAGTACAAAGCCTTGCTCCAGCCCACGGGCTTCATC------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 R  V  R  G  F  T  V  D  D  S  H  L  F  V  R  P  D  Q  L  A  S  E  F  L 
 -  -  R  G  F  T  V  D  D  S  H  L  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L 
------GTTTTGCCAGTGCCCTGAAACTTTAAAGAGGTC---------------------------TGATTG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 S  V  V  D  L  I  L  S  V  F  K  A  L  N  L  K  K  F  K  A  R  L  S  F 
 S  V  V  D  L  I  L  S  V  F  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATAGCCACGCTTCATTTGTTCCTGCTTGAGGAA---------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  D  P  E  S  D  K  Y  I  G  S  D  D  V  W  E  K  A  E  S  A  I  Q  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  A  E  T  L  G  M  D  Y  F  I  G  V  G  E  A  A  F  Y  G  P  K  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  D 
---------------------------------------------------------------GGCGGTGCC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 F  I  F  Q  D  A  L  D  R  E  W  Q  L  G  T  V  Q  V  D  Y  N  L  P  E 
 F  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  L  G  T  V  Q  V  D  -  -  -  -  - 
ATAAATCCG------------------------ACCGCGCCAGTAGGCACCTGCCAC---------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  F  D  L  E  Y  V  A  E  D  G  S  R  Q  R  P  V  M  I  H  R  A  P  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  V  M  I  H  R  A  P  . 
---------------------------------------------ACAGAGATCCCACCAGCGATCGCC---

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  S  L  E  R  L  I  G  I  L  I  E  E  Y  A  G  D  F  P  L  W  L  A  P 
 .  S  L  E  R  L  I  G  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---ATAGAGCGTGATCGGCTCAGTTAA---------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  Q  I  R  L  L  P  V  T  E  T  V  L  D  Y  C  Q  Q  V  A  D  Q  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  I  G  V  R  V  Q  V  D  C  S  G  D  R  L  G  K  L  I  R  N  A  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 A  K  I  P  V  M  A  V  I  G  A  Q  E  A  E  S  E  T  L  S  I  R  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  T  G  D  L  G  S  L  T  V  A  D  L  T  K  R  L  S  S  A  I  A  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604
 L  P  H  L 
 -  -  -  - 
------------

thr_bact_B_fragilis

Class II

Bacteria/Bacteroides fragilis/amino acid sequences/Bfragilis_thr_aa

Bacteria/Bacteroides fragilis/nucleotide sequences/Bfragilis_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  I  K  I  T  F  P  D  G  S  V  R  E  Y  N  E  G  V  N  G  L  Q  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  S  I  S  S  R  L  A  Q  D  V  L  A  C  G  V  N  G  E  I  Y  D  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 R  P  I  N  E  D  A  S  V  V  L  Y  K  W  E  D  E  Q  G  K  H  A  F  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  T  S  A  H  L  L  A  E  A  L  Q  E  L  Y  P  G  I  Q  F  G  I  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 A  I  E  N  G  F  Y  Y  D  V  D  P  G  E  A  V  I  K  E  A  D  L  P  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  E  A  K  M  A  E  L  V  A  K  K  E  A  V  V  R  R  D  I  A  K  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  L  K  M  F  G  D  R  G  E  T  Y  K  C  E  L  I  S  E  L  E  D  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  T  T  Y  T  Q  G  D  F  T  D  L  C  R  G  P  H  L  M  T  T  A  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  A  I  K  L  T  S  V  A  G  A  Y  W  R  G  H  E  D  R  K  M  L  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 I  Y  G  I  T  F  P  K  K  K  M  L  D  E  Y  L  A  L  M  E  E  A  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 R  D  H  R  K  I  G  K  E  M  Q  L  F  M  F  S  D  T  V  G  K  G  L  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 M  W  L  P  K  G  T  A  L  R  L  R  L  Q  D  F  L  R  R  I  Q  T  R  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  L  R  L  Q  D  F  L  R  R  I  Q  T  R  Y 
------------------------TTGCGTTTGCGCTTACAGGACTTCTTGCGCCGTATACAGACTCGTTAT

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  Y  Q  E  V  I  T  P  P  I  G  N  K  L  L  Y  V  T  S  G  H  Y  A  K 
 D  Y  Q  E  V  I  T  P  P  I  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACTATCAGGAGGTGATTACTCCGCCTATCGGT---------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  G  K  D  A  F  Q  P  I  H  T  P  E  E  G  E  E  Y  F  L  K  P  M  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  K  P  M  N 
------------------------------------------------------TTCCTGAAGCCGATGAAC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 C  P  H  H  C  E  I  Y  K  N  F  P  R  S  Y  K  D  L  P  L  R  I  A  E 
 C  P  H  H  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  I  A  E 
TGTCCTCATCATTGT------------------------------------------TTACGTATTGCCGAA

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 F  G  T  V  C  R  Y  E  Q  S  G  E  L  H  G  L  T  R  V  R  S  F  T  Q 
 F  G  T  V  C  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  S  F  T  Q 
TTCGGAACTGTTTGTCGGTAC------------------------------------CGTAGTTTTACTCAG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  D  A  H  I  F  C  R  P  D  Q  V  K  G  E  F  L  R  V  M  D  I  I  S 
 D  D  A  H  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  R  V  M  D  I  I  S 
GATGATGCACATATTTTC---------------------------TTCCTCCGTGTAATGGACATTATTTCG

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  V  F  R  S  M  D  F  D  N  F  E  A  Q  I  S  L  R  D  K  V  N  R  E 
 I  V  F  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTGTGTTCCGT------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  Y  I  G  S  D  E  N  W  E  K  A  E  Q  A  I  I  E  A  C  E  E  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  K  A  K  I  E  Y  G  E  A  A  F  Y  G  P  K  L  D  F  M  V  K  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  D  F  M  V  -  -  - 
---------------------------------------------AAATTGGATTTTATGGTG---------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 I  G  R  R  W  Q  L  G  T  I  Q  V  D  Y  N  L  P  E  R  F  E  L  E  Y 
 -  -  -  -  -  Q  L  G  T  I  Q  V  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CAGTTAGGTACTATCCAGGTTGAC---------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 M  G  S  D  N  Q  K  H  R  P  V  M  I  H  R  A  P  F  G  S  M  E  R  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  V  M  I  H  R  A  P  .  .  S  M  E  R  F 
---------------------------CCGGTAATGATTCACCGTGCTCCG------TCTATGGAACGCTTT

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  A  V  L  I  E  H  T  A  G  K  F  P  L  W  L  T  P  E  Q  V  V  I  L 
 V  A  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTCGCTGTA---------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 P  I  S  E  K  F  N  E  Y  A  E  K  V  K  T  Y  L  K  M  K  E  I  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 I  V  D  D  R  N  E  K  I  G  R  K  I  R  D  N  E  M  K  R  I  P  Y  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 L  I  V  G  E  K  E  A  E  N  G  E  V  S  V  R  R  Q  G  E  G  D  K  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646
 T  M  K  F  E  E  F  G  E  I  L  N  E  E  V  Q  N  M  I  N  K  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------

thr_bact_T_thermophilus

Class II

Bacteria/Thermus thermophilus/amino acid sequences/Tthermophilus_thr_aa

Bacteria/Thermus thermophilus/nucleotide sequences/Tthermophilus_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  T  V  Y  L  P  D  G  K  P  L  E  L  P  E  G  A  T  A  K  D  V  A  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  L  G  E  G  W  E  R  R  A  V  G  A  I  V  D  G  E  L  Y  D  L  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  L  P  Q  G  A  K  V  R  L  L  T  E  K  D  P  E  F  Q  T  L  F  R  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  L  A  H  V  L  A  Q  A  V  K  E  F  F  R  E  K  G  Y  D  P  E  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  L  G  V  G  P  V  I  E  K  G  F  Y  Y  D  I  E  A  P  E  P  L  S  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  D  L  P  A  I  E  A  K  M  R  E  I  L  K  R  D  L  P  L  R  R  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  S  R  E  E  A  L  A  R  Y  R  G  K  D  P  Y  K  T  E  L  V  L  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  E  G  E  E  I  S  F  Y  Q  Q  G  D  E  A  Y  G  F  T  D  L  C  R  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 P  H  V  P  S  T  G  R  I  P  P  H  F  K  L  T  H  V  A  G  A  Y  W  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  D  E  N  R  P  M  L  Q  R  V  Y  G  V  A  F  R  T  A  E  E  L  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Y  L  W  Q  L  E  E  A  K  K  R  D  H  R  R  L  G  R  E  L  E  L  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  D  P  L  V  G  K  G  L  V  L  W  L  P  K  G  N  V  V  R  E  E  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  E  E  L  M 
------------------------------------------------------GTCCGGGAGGAGCTCATG

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 A  F  M  R  E  E  Q  V  R  R  G  Y  Q  L  V  T  T  P  H  I  G  S  L  E 
 A  F  M  R  E  E  Q  V  R  R  G  Y  Q  L  V  T  T  P  H  I  G  -  -  - 
GCCTTCATGCGGGAGGAGCAGGTGAGGCGGGGCTACCAGCTCGTGACCACGCCCCACATCGGG---------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 L  Y  K  T  S  G  H  Y  P  Y  Y  A  E  S  Q  F  P  P  I  S  F  K  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  E  E  E  E  Y  L  L  K  P  M  N  C  P  H  H  I  R  I  Y  A  Y  R  K 
 -  -  -  -  -  -  L  L  K  P  M  N  C  P  H  H  I  -  -  -  -  -  -  - 
------------------CTCCTCAAGCCCATGAACTGCCCCCACCACATC---------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  S  Y  R  E  L  P  L  R  L  A  E  F  G  T  V  Y  R  Y  E  K  A  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  L  R  L  A  E  F  G  T  V  Y  R  Y  -  -  -  -  - 
---------------------CTAAGGCTTGCCGAGTTCGGCACCGTCTACCGCTAC---------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  L  G  L  T  R  V  R  G  F  T  Q  D  D  A  H  I  F  C  T  P  E  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  R  G  F  T  Q  D  D  A  H  I  F  -  -  -  -  -  - 
---------------------AGGGGCTTCACCCAGGACGACGCCCACATCTTC------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  G  E  F  L  G  V  L  D  L  V  L  K  V  F  A  T  L  G  L  K  D  Y  R 
 -  -  -  F  L  G  V  L  D  L  V  L  K  V  F  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------TTCCTCGGGGTCTTGGACCTGGTGCTTAAGGTCTTCGCC------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 A  R  I  G  V  R  D  P  K  S  D  K  Y  V  G  D  E  A  K  W  A  L  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 R  Q  I  E  E  A  A  A  E  A  G  L  R  Y  T  V  E  E  G  D  A  A  F  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  P  K  L  D  F  V  V  K  D  A  L  G  R  E  W  Q  L  G  T  I  Q  V  D 
 -  -  K  L  D  F  V  V  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  L  G  T  I  Q  V  D 
------AAGCTGGACTTCGTGGTG------------------------CAGCTCGGCACCATCCAGGTGGAC

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 Y  N  L  P  E  R  F  G  L  T  Y  V  G  K  D  G  E  E  H  R  P  V  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  V  M  L 
------------------------------------------------------------CCCGTGATGCTC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 H  R  A  P  F  G  S  L  E  R  F  I  G  I  L  I  E  H  F  A  G  D  F  P 
 H  R  A  P  .  .  S  L  E  R  F  I  G  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CACCGGGCCCCC------TCCCTGGAGCGCTTCATCGGCATC------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 L  W  L  A  P  V  Q  A  V  V  V  P  V  S  E  K  Q  E  D  Y  A  R  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 A  G  R  L  K  E  A  G  L  R  A  E  A  D  T  R  P  E  R  M  Q  A  R  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 R  D  A  E  V  Q  K  V  P  Y  I  L  V  V  G  E  R  E  K  A  E  G  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 S  V  R  R  R  K  K  G  N  L  G  T  M  P  L  A  A  F  L  E  G  A  L  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659
 E  Y  R  E  R  R  L  E  P  V  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------

thr_bact_H_aurantiacus

Class II

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/amino acid sequences/Haurantiacus_thr_aa

Bacteria/Herpetosiphon aurantiacus/nucleotide sequences/Haurantiacus_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  P  V  N  P  D  N  D  P  L  Y  R  L  R  H  S  T  A  H  V  L  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  V  L  E  I  F  P  E  G  K  I  A  I  G  P  P  V  E  N  G  F  Y  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  D  L  P  R  P  L  T  P  D  D  L  K  D  I  E  A  K  M  R  K  I  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 A  K  H  R  F  A  Y  R  E  V  S  A  D  E  A  R  E  L  F  K  N  Q  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  L  E  L  I  A  G  L  A  K  G  E  D  E  Y  G  E  K  A  A  A  S  D  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  I  S  T  Y  K  H  D  S  F  E  D  L  C  K  G  P  H  V  E  S  L  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 I  P  P  N  G  F  K  L  L  R  V  S  G  A  Y  W  R  G  D  E  K  R  P  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 L  Q  R  I  Y  G  T  V  W  P  S  K  E  E  L  D  H  Y  L  W  Q  Q  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 A  K  K  R  D  H  R  K  L  G  R  E  L  G  L  F  T  F  S  Q  K  V  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  L  A  L  W  L  P  K  G  A  I  L  R  D  V  L  E  R  F  L  R  Q  A  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  D  V  L  E  R  F  L  R  Q  A  Q 
---------------------------------CAAGCCCATCGTGCCAAACACGAAGAGAATCAAGTCAAC

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  E  R  G  Y  L  P  V  V  T  P  H  M  G  K  I  D  L  Y  K  T  S  G  H 
 I  E  R  G  Y  L  P  V  V  T  P  H  M  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACTTTCAAAAATTCTGCTTCGAGCTGATCGGGCGTGACGAA------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 W  Y  T  Y  R  D  G  I  F  P  P  M  R  E  I  E  N  D  D  T  E  N  P  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 G  E  I  Y  L  L  K  P  M  N  C  P  H  H  I  E  I  Y  A  S  E  P  R  S 
 -  -  -  -  L  L  K  P  M  N  C  P  H  H  I  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------ATACGAACGTGGTTCGCTAGCATAAATTTCAAT---------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  R  D  L  P  L  R  L  A  E  F  G  T  V  Y  R  Y  E  H  S  G  E  L  T 
 -  -  -  -  -  L  R  L  A  E  F  G  T  V  Y  R  Y  -  -  -  -  -  -  - 
---------------CTCTGGATTTTCCGTGTCATCATTTTCAATTTCGCG---------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 G  L  L  R  V  R  S  F  T  V  D  D  S  H  L  F  V  T  P  D  Q  L  E  A 
 -  -  -  -  -  R  S  F  T  V  D  D  S  H  L  F  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------GTGCCCGCTCGTTTTGTAAAGATCGATCTTGCC------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  F  L  K  V  V  D  L  I  L  F  V  F  G  T  M  G  L  K  D  F  Q  A  R 
 -  F  L  K  V  V  D  L  I  L  F  V  F  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---GCCGCGTTCGATTTGAGCTTGGCGCAAAAATCGCTCCAA------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 V  G  L  R  E  V  G  N  P  K  Y  I  G  S  D  E  V  W  E  K  A  Q  N  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 I  I  N  A  A  E  K  K  G  L  N  Y  I  V  V  E  G  E  A  A  F  Y  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  L  D  F  I  F  R  D  V  L  G  R  Q  W  Q  L  G  T  V  Q  V  D  Y  N 
 K  L  D  F  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  L  G  T  V  Q  V  D  -  - 
ATAAATCCGTTGCAACAT------------------------GTATGCGCCCGAAACTCGCAGCAA------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  P  E  R  F  E  I  E  Y  T  G  E  D  G  Q  K  H  R  P  I  M  I  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  I  M  I  H  R 
------------------------------------------------------TTCAAACGAATCGTGTTT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 A  P  F  G  S  I  E  R  F  V  G  T  L  I  E  Q  Y  A  G  A  F  P  V  W 
 A  P  .  .  S  I  E  R  F  V  G  T  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GTAGGT------GATCGTATCGCTGGCAGCGGCTTT------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 L  A  P  V  Q  V  T  L  V  P  I  T  D  R  H  V  A  Y  A  E  S  V  A  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 K  L  N  A  Q  G  L  R  V  E  V  D  A  S  N  N  R  M  N  A  K  I  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 A  Q  K  L  K  I  P  Y  M  L  V  V  G  D  K  E  E  E  A  G  A  V  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 R  Q  R  S  G  G  D  L  G  S  I  S  V  D  E  F  I  A  R  I  K  D  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604
 A  N  Y  Q 
 -  -  -  - 
------------

thr_bact_T_maritima

Class II

Bacteria/Thermotoga maritima/amino acid sequences/Tmaritima_thr_aa

Bacteria/Thermotoga maritima/nucleotide sequences/Tmaritima_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  K  I  K  V  K  L  P  D  G  K  E  K  E  Y  D  R  G  I  T  P  A  E  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  K  E  L  G  I  K  K  A  I  G  A  V  V  N  G  E  L  W  D  L  K  R  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  E  N  D  C  E  L  R  L  V  T  L  E  D  P  E  A  P  E  F  Y  R  H  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 M  A  H  I  L  A  Q  A  V  M  R  L  Y  G  K  E  N  V  K  L  G  I  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 T  I  E  N  G  F  Y  Y  D  F  D  I  K  N  G  R  L  T  E  E  D  L  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 I  E  Q  E  M  K  K  I  I  K  E  N  L  P  I  E  R  K  E  I  S  K  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 A  R  E  L  F  R  D  Q  P  Y  K  L  E  L  I  E  E  I  E  G  N  R  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 I  Y  R  Q  G  E  F  V  D  L  C  R  G  P  H  L  P  S  T  G  I  V  K  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 F  K  L  L  S  V  S  G  A  Y  W  R  G  S  E  K  N  P  M  L  T  R  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  T  A  F  A  K  K  E  D  L  D  N  Y  L  K  F  L  E  E  A  Q  R  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 H  R  K  L  G  P  Q  L  E  L  F  M  L  N  T  E  Y  A  P  G  M  P  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 L  P  K  G  V  V  V  L  N  E  L  M  K  F  S  R  E  L  H  R  E  R  G  Y 
 -  -  -  -  -  -  V  L  N  E  L  M  K  F  S  R  E  L  H  R  E  R  G  Y 
------------------GAGACCGTGGAGAACTCCGCTTCTCTCGTATCTGTGAACCCGGCCAAACTCGAA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Q  E  I  F  T  P  L  I  M  N  E  Q  L  W  K  I  S  G  H  W  D  H  Y  A 
 Q  E  I  F  T  P  L  I  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAATCTCAGCGGTAGGTCCCTGTAGGA---------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 E  N  M  Y  F  I  E  K  D  E  E  R  Y  A  V  K  P  M  N  C  P  G  H  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  V  K  P  M  N  C  P  G  H  I 
---------------------------------------GTACATGTTCTCAGCGTAGTGATCCCAGTGACC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 L  V  Y  K  S  R  T  V  S  Y  R  D  L  P  L  R  F  F  E  F  G  R  V  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  F  F  E  F  G  R  V  H 
------------------------------------------GATCTCCTGGTATCCTCTCTCACGATGGAG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  Y  E  R  S  G  V  L  H  G  L  M  R  V  R  S  F  T  Q  D  D  A  H  I 
 R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  S  F  T  Q  D  D  A  H  I 
TTCTCT------------------------------------CTTTGGAAGGAAGAACGGCATACCGGGAGC

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  C  T  P  D  Q  I  E  E  E  I  L  G  V  L  D  L  I  N  T  I  Y  S  Q 
 F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  L  G  V  L  D  L  I  N  T  I  Y  S  - 
GTA---------------------------TTGAGGTCCCAATTTTCTGTGGTCCCTTCGCTGGGCTTC---

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 F  G  F  T  Y  R  V  E  L  S  T  M  P  E  D  H  M  G  D  E  A  I  W  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 K  A  T  T  A  L  K  N  A  L  E  R  A  G  L  S  Y  K  V  N  E  G  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  F  Y  G  P  K  I  D  F  H  I  R  D  S  I  G  R  E  W  Q  C  A  T  I 
 -  -  -  -  -  K  I  D  F  H  I  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  C  A  T  I 
---------------TCTGCAGAGATCCACGAA------------------------TCTGTTGCCTTCGAT

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Q  L  D  F  M  M  P  E  K  F  N  V  T  Y  I  G  P  D  N  K  E  H  R  A 
 Q  L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A 
CTCCTCTAT------------------------------------------------------------CTT

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  M  I  H  R  A  I  Y  G  S  L  E  R  F  F  G  I  L  I  E  H  F  A  G 
 V  M  I  H  R  A  I  .  .  S  L  E  R  F  F  G  I  -  -  -  -  -  -  - 
TCTTTCTATAGGAAGATTTTC------TATCTTCTTCATCTCCTGTTCTAT---------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 A  F  P  T  W  L  A  P  I  Q  V  A  V  I  P  I  S  E  K  H  N  D  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 E  K  V  A  R  R  I  S  Q  E  G  F  R  V  F  F  D  N  R  R  E  T  L  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 Y  R  I  R  Q  A  Q  T  Q  K  I  P  Y  M  I  I  I  G  D  K  E  L  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 G  K  I  S  V  R  T  R  T  G  K  E  I  K  D  V  D  P  E  H  F  V  E  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640
 L  R  N  E  V  L  S  R  K  L  E  L  S  M  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------

thr_bact_B_licheniformis

Class II

Bacteria/Bacillus licheniformis/amino acid sequences/Blicheniformis_thr_aa

Bacteria/Bacillus licheniformis/nucleotide sequences/Blicheniformis_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  E  S  L  I  K  V  Q  F  K  E  G  N  T  K  E  F  P  K  G  I  T  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 K  R  I  A  E  S  I  S  T  T  L  R  K  H  A  V  V  A  K  V  D  E  K  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 V  D  L  S  Y  T  L  D  K  D  V  K  L  D  I  F  T  L  D  S  K  E  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  V  L  R  H  T  S  T  H  I  L  A  H  A  V  K  R  L  Y  S  S  V  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  I  G  P  V  I  E  D  E  F  F  Y  D  L  K  L  E  H  S  L  S  P  E  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  L  A  I  E  R  E  M  E  K  I  I  K  E  N  I  E  I  K  R  I  V  V  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 Y  E  E  A  E  K  L  F  E  E  N  N  E  P  L  K  L  E  I  L  R  G  I  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  G  Q  E  I  T  L  Y  Q  Q  G  E  F  I  D  L  C  R  G  P  H  L  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  G  F  I  K  A  F  K  L  T  R  V  S  G  A  Y  W  R  G  N  R  Q  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  L  Q  R  V  Y  G  V  A  F  K  K  K  D  D  L  N  E  Y  L  Y  F  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 Q  A  A  K  H  D  H  R  Q  L  G  K  Q  L  D  L  F  M  F  S  E  E  A  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  M  P  F  Y  L  P  K  G  Q  I  V  R  K  E  L  E  K  L  S  R  E  L  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  K  E  L  E  K  L  S  R  E  L  Q 
---------------------------------GTTAGAAAAGAATTGGAGAAATTATCCCGTGAACTTCAA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 N  N  A  S  Y  D  E  V  H  T  P  F  M  M  N  Y  R  L  W  E  K  S  G  H 
 N  N  A  S  Y  D  E  V  H  T  P  F  M  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
AATAATGCATCGTACGATGAGGTCCATACACCGTTTATGATG------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 W  D  H  Y  Q  E  N  M  Y  F  S  E  V  D  N  T  K  F  A  I  K  P  M  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  A  I  K  P  M  N 
------------------------------------------------------GCAATCAAACCAATGAAT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 C  P  G  H  M  L  I  F  K  N  N  L  Y  S  Y  R  D  L  P  I  R  L  A  E 
 C  P  G  H  M  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  L  A  E 
TGTCCTGGACATATG------------------------------------------ATTCGATTGGCGGAA

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 Y  G  Q  V  H  R  H  E  F  S  G  S  L  N  G  L  L  R  V  R  T  F  C  Q 
 Y  G  Q  V  H  R  H  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  T  F  C  Q 
TATGGACAAGTTCATCGACAT------------------------------------CGCACATTTTGTCAG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 D  D  A  H  I  F  V  R  E  D  Q  I  E  S  E  I  K  K  V  F  H  L  I  D 
 D  D  A  H  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  K  K  V  F  H  L  I  D 
GATGACGCTCACATCTTT---------------------------ATTAAGAAGGTATTTCATTTAATTGAC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 Q  V  Y  R  T  I  G  F  E  Y  S  V  E  L  S  T  R  P  D  D  S  L  G  N 
 Q  V  Y  R  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAAGTGTATCGT------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 N  H  L  W  E  V  S  E  G  S  L  K  N  V  L  D  D  L  A  I  K  Y  Q  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 N  E  G  D  G  A  F  Y  G  P  K  I  D  F  H  I  K  D  A  L  K  R  S  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  I  D  F  H  I  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------AAAATTGATTTCCATATT------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Q  C  G  T  I  Q  L  D  F  Q  M  P  E  K  F  D  L  T  Y  I  N  H  N  N 
 Q  C  G  T  I  Q  L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGTGCGGAACAATCCAACTTGAT------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 E  K  V  R  P  V  V  I  H  R  A  I  F  G  S  I  D  R  F  F  G  I  L  I 
 -  -  -  -  P  V  V  I  H  R  A  I  .  .  S  I  D  R  F  F  G  I  -  - 
------------CCTGTTGTTATCCACCGTGCTATT------TCTATTGATCGTTTTTTTGGAATT------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  H  F  A  G  V  F  P  V  W  L  A  P  I  Q  V  Q  I  I  P  I  S  H  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 H  L  E  Y  C  L  G  I  K  S  E  L  K  Q  H  G  I  R  V  Q  I  N  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 N  Q  K  L  G  Y  K  I  R  E  A  Q  V  Q  K  I  P  Y  T  L  V  V  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 N  E  I  K  E  N  G  V  N  V  R  K  Y  G  E  E  Q  Q  K  N  V  S  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639
 S  F  K  K  N  I  L  Q  Q  I  K  T  R  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------

thr_bact_B_burgdorferi

Class II

Bacteria/Borrelia burgdorferi/amino acid sequences/Bburgdorferi_thr_aa

Bacteria/Borrelia burgdorferi/nucleotide sequences/Bburgdorferi_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  K  D  L  D  K  E  D  I  L  Y  K  K  R  H  S  I  A  H  V  M  A  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  V  L  D  L  F  P  N  T  K  I  A  I  G  P  P  I  K  D  G  F  Y  Y  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 F  E  F  K  K  Q  I  T  E  D  S  L  L  D  I  E  N  R  M  R  E  I  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 T  G  S  S  F  E  K  E  I  I  S  V  E  Q  A  L  E  I  F  K  D  E  P  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 K  I  D  L  I  K  N  F  D  L  Q  N  E  V  S  I  Y  K  S  H  N  F  V  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 L  C  R  G  P  H  V  E  N  M  N  K  I  D  P  K  A  F  K  L  T  S  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 G  A  Y  W  R  G  S  E  K  N  P  M  L  T  R  I  Y  G  T  L  W  N  N  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 K  E  L  R  S  Y  L  N  L  R  E  E  I  K  K  R  D  H  R  K  L  G  K  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 L  D  L  F  S  I  H  E  E  I  G  P  G  L  V  F  F  H  P  N  G  A  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I 
---------------------------------------------------------------------ATA

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 R  A  L  I  E  D  F  W  R  E  E  H  S  K  N  G  Y  D  I  L  F  T  P  H 
 R  A  L  I  E  D  F  W  R  E  E  H  S  K  N  G  Y  D  I  L  F  T  P  H 
AGAGCTTTAATAGAAGATTTTTGGAGAGAAGAGCACTCCAAAAATGGGTATGATATTCTTTTTACTCCTCAT

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 I  G  K  S  W  L  W  Q  T  S  G  H  L  D  F  Y  K  D  S  M  F  E  K  I 
 I  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTGGC------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 E  M  D  K  S  D  Y  Y  L  K  P  M  N  C  P  F  H  I  A  I  Y  N  T  G 
 -  -  -  -  -  -  -  Y  L  K  P  M  N  C  P  F  H  I  -  -  -  -  -  - 
---------------------TATCTTAAACCCATGAATTGTCCTTTTCATATT------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 K  H  S  Y  R  D  L  P  F  R  W  A  E  L  G  T  V  Y  R  Y  E  K  I  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  F  R  W  A  E  L  G  T  V  Y  R  Y  -  -  -  - 
------------------------TTTAGATGGGCCGAGCTTGGCACTGTGTATCGTTAT------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  L  H  G  M  M  R  A  R  G  F  T  Q  D  D  A  H  I  I  C  T  H  S  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  R  G  F  T  Q  D  D  A  H  I  I  -  -  -  -  - 
------------------------AGAGGGTTTACTCAGGATGATGCTCATATTATA---------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 V  L  D  E  I  K  E  V  L  R  F  A  I  Y  M  W  S  K  F  G  F  S  N  L 
 -  -  -  -  I  K  E  V  L  R  F  A  I  Y  M  W  S  -  -  -  -  -  -  - 
------------ATTAAAGAAGTTCTTAGGTTTGCTATTTATATGTGGAGT---------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 K  A  Y  L  S  T  K  P  D  K  S  V  G  N  D  S  D  W  E  M  S  L  K  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 L  E  E  T  L  S  D  F  E  V  P  Y  E  I  D  K  G  G  G  A  F  Y  G  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 K  I  D  L  K  I  V  D  S  L  E  R  E  W  Q  M  S  T  I  Q  F  D  F  N 
 K  I  D  L  K  I  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  M  S  T  I  Q  F  D  -  - 
AAAATTGATCTTAAGATA------------------------CAGATGAGTACAATTCAATTTGAT------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 L  P  E  R  F  N  M  T  Y  T  A  E  D  G  K  E  K  R  P  F  M  I  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  F  M  I  H  R 
------------------------------------------------------CCATTTATGATTCATAGA

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  L  L  G  S  I  E  R  F  F  G  I  L  V  E  H  Y  G  G  A  F  P  L  W 
 A  L  .  .  S  I  E  R  F  F  G  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GCTTTG------TCTATTGAAAGATTTTTTGGAATT------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 L  S  P  V  Q  V  V  I  I  P  V  N  N  I  V  E  D  Y  A  I  K  V  F  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 K  F  K  N  E  G  I  R  I  K  L  D  N  S  S  S  R  M  N  A  K  I  R  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 Y  Q  A  K  K  I  P  Y  M  F  I  I  G  E  R  E  A  I  E  E  R  I  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 R  T  R  T  N  E  Q  I  N  G  M  K  L  D  E  A  L  K  F  I  L  F  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581
 R  D  K  E  I 
 -  -  -  -  - 
---------------

thr_bact_C_A_asiaticus

Class II

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/amino acid sequences/CAmoebophilusAsiaticus_thr_aa

Bacteria/Candidatus Amoebophilus asiaticus/nucleotide sequences/CAmoebophilusAsiaticus_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  H  N  H  T  V  N  I  A  L  P  D  G  T  I  K  S  F  A  K  G  V  T  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  E  I  A  Q  S  I  S  E  R  L  S  Q  Q  I  L  A  S  L  V  N  G  E  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 W  D  I  T  R  P  I  T  E  D  A  A  V  K  L  L  T  W  Q  D  E  D  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 K  A  F  W  H  S  S  A  H  L  M  A  E  A  L  E  S  L  Y  P  G  I  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 G  I  G  P  A  I  A  N  G  F  Y  Y  D  I  D  F  G  D  Y  D  F  D  A  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 H  L  P  R  I  E  E  K  M  L  E  L  A  R  Q  N  N  L  Y  Q  G  I  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  K  P  A  A  I  S  F  F  Q  K  K  G  D  P  Y  K  V  E  L  L  E  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 Q  D  G  S  I  T  F  Y  K  H  G  N  F  T  D  L  C  R  G  P  H  I  P  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 T  G  F  I  K  A  V  K  L  L  N  I  S  G  A  Y  W  R  G  N  E  K  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 Q  L  T  R  I  Y  G  I  T  F  P  Q  Q  K  E  L  K  A  Y  L  E  L  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 E  A  Q  K  R  N  H  Q  K  I  G  K  E  L  K  L  F  T  F  S  E  K  V  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 I  G  L  P  L  W  L  P  R  G  T  V  L  R  E  Q  L  E  Q  F  L  R  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  E  Q  L  E  Q  F  L  R  R  A 
------------------------------------TTGCGCGAGCAGCTAGAACAGTTTTTACGTCGGGCC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 Q  V  K  A  G  Y  Q  P  V  V  T  P  H  I  G  H  K  E  L  Y  M  T  S  G 
 Q  V  K  A  G  Y  Q  P  V  V  T  P  H  I  G  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CAGGTAAAAGCAGGCTACCAACCAGTAGTTACCCCTCACATAGGT---------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 H  Y  D  K  Y  G  E  D  S  F  Q  P  I  R  T  P  H  E  G  E  E  F  F  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L 
------------------------------------------------------------------TTCTTG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  P  M  N  C  P  H  H  C  E  I  Y  K  H  E  P  R  S  Y  R  D  L  P  V 
 K  P  M  N  C  P  H  H  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
AAACCTATGAATTGCCCCCACCATTGT------------------------------------------GTG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  L  A  E  F  G  T  V  Y  R  Y  E  Q  H  G  E  L  H  G  L  V  R  T  R 
 R  L  A  E  F  G  T  V  Y  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R 
CGCTTGGCAGAATTTGGTACTGTGTATCGATAT------------------------------------AGG

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  F  T  Q  D  D  A  H  I  F  C  R  N  D  Q  V  R  E  E  F  A  K  V  I 
 G  F  T  Q  D  D  A  H  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  A  K  V  I 
GGCTTTACACAAGATGATGCGCACATATTT---------------------------TTTGCTAAAGTTATA

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  L  V  T  Y  V  F  S  A  L  G  F  S  D  Y  T  A  R  L  S  F  R  D  P 
 D  L  V  T  Y  V  F  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GACTTGGTAACTTATGTGTTTAGT------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  Q  L  H  K  Y  I  G  D  Q  E  D  W  D  K  A  E  E  A  I  E  E  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 K  L  R  K  L  N  T  T  K  A  L  G  E  A  A  F  Y  G  P  K  L  D  F  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  D  F  M 
---------------------------------------------------------AAGTTAGATTTTATG

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 V  K  D  A  L  G  R  N  W  Q  L  G  T  V  Q  L  D  Y  Q  L  P  V  R  F 
 V  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  L  G  T  V  Q  L  D  -  -  -  -  -  -  - 
GTG------------------------CAGCTTGGCACAGTACAGCTAGAT---------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 D  L  S  Y  T  G  A  D  N  K  K  H  R  P  V  M  I  H  R  A  P  F  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  V  M  I  H  R  A  P  .  .  S 
---------------------------------------CCTGTAATGATTCATAGAGCACCC------TCA

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 L  E  R  F  I  A  I  L  L  E  H  T  A  G  K  L  P  L  W  L  A  P  E  Q 
 L  E  R  F  I  A  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTAGAGCGATTTATTGCTATA---------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  A  I  L  P  I  S  E  K  F  A  A  Y  A  E  E  V  N  Q  N  L  R  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 D  I  R  C  F  I  D  H  R  D  E  K  I  G  K  K  I  R  E  A  E  L  S  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  P  Y  M  F  I  I  G  E  K  E  Q  L  E  R  T  V  S  V  R  K  Q  G  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644
 G  D  Q  G  S  F  P  I  D  K  L  V  Q  E  I  V  E  D  I  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

thr_bact_D_radiodurans

Class II

Bacteria/Deinococcus radiodurans/amino acid sequences/Dradiodurans_thr_aa

Bacteria/Deinococcus radiodurans/nucleotide sequences/Dradiodurans_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  H  V  T  L  P  D  G  K  Q  L  D  L  Q  P  G  A  T  A  L  D  A  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 A  I  G  P  R  L  A  Q  D  A  L  G  A  T  A  N  G  E  L  T  D  L  M  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 P  L  S  D  G  A  S  I  T  L  I  T  K  K  N  P  G  D  A  A  P  L  F  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 H  S  L  G  H  V  M  S  Q  A  V  G  E  Y  Y  K  A  K  G  Y  G  P  D  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 I  K  R  G  V  G  P  Y  I  E  N  G  W  Y  Q  D  F  D  L  P  E  P  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  E  D  L  P  E  I  E  K  I  M  R  D  I  I  G  R  G  L  D  I  T  R  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  I  S  K  D  E  A  L  A  Q  F  P  H  D  P  Y  K  A  E  L  I  E  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  D  D  E  P  I  T  F  Y  S  Q  G  D  Y  T  D  L  C  R  G  P  H  F  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  T  G  K  L  P  Q  S  F  K  L  M  S  T  S  G  A  Y  W  R  G  N  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 N  P  I  L  Q  R  I  Y  G  V  A  F  A  T  Q  K  E  L  D  E  Y  L  F  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 L  E  E  A  K  R  R  D  H  R  K  L  G  K  E  L  E  L  F  T  I  D  P  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 V  G  K  G  L  P  L  W  L  P  N  G  T  V  L  R  E  E  L  T  N  F  M  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  R  E  E  L  T  N  F  M  K 
------------------------------------------CTCGTAGCGGTACACCGTGCCGAACTCGGC

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  Q  Q  F  Q  R  G  Y  Q  G  V  V  T  P  N  I  G  N  L  D  L  Y  R  T 
 E  Q  Q  F  Q  R  G  Y  Q  G  V  V  T  P  N  I  G  -  -  -  -  -  -  - 
CAGCCGCACCGGCAGGTCGCGGTAGCTGCGCGGCTTGCTGGCGTAAATTCG---------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 S  G  H  Y  P  Y  Y  S  E  S  Q  F  N  P  I  Q  V  D  E  E  E  Y  M  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  L 
------------------------------------------------------------------GTAGTG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 K  P  M  N  C  P  H  H  V  R  I  Y  A  S  K  P  R  S  Y  R  D  L  P  V 
 K  P  M  N  C  P  H  H  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V 
CCCGGAGGTGCGGTACAGGTCGAGGTT------------------------------------------CTG

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 R  L  A  E  F  G  T  V  Y  R  Y  E  Q  S  G  E  L  N  G  L  T  R  V  R 
 R  L  A  E  F  G  T  V  Y  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R 
CTGCTCTTTCATGAAGTTGGTCAGCTCTTCGCG------------------------------------CTT

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 G  F  T  Q  D  D  A  H  I  F  C  R  P  D  Q  L  K  R  E  F  L  D  V  L 
 G  F  T  Q  D  D  A  H  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  F  L  D  V  L 
GCCCACCAGCGGGTCGATGGTGAACAGTTC---------------------------GCGCCGCTTGGCTTC

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  L  T  V  L  V  L  K  T  F  G  M  T  D  V  R  F  R  V  G  V  R  D  P 
 D  L  T  V  L  V  L  K  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCGAGCTGAAACAGGTACTCGTC------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 E  S  D  K  Y  V  G  D  E  Q  N  W  A  L  A  E  R  Q  I  I  E  A  V  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  V  G  L  P  Y  T  I  E  P  G  D  A  A  F  Y  G  P  K  L  D  F  V  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  L  D  F  V  V 
------------------------------------------------------GAAGGTGATGGGTTCGTC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 K  D  V  L  G  R  E  W  Q  L  G  T  I  Q  V  D  Y  N  L  P  E  R  F  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  Q  L  G  T  I  Q  V  D  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------AGCCTTGTAGGGGTCGTGGGGAAA------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  S  Y  T  G  E  D  G  Q  E  H  R  P  I  M  I  H  R  A  P  F  G  S  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  I  M  I  H  R  A  P  .  .  S  I 
------------------------------------GATGTCGCGCATGATCTTTTCGAT------CAGGTC

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  R  F  T  G  I  L  I  E  H  Y  A  G  D  F  P  L  W  L  A  P  R  Q  V 
 E  R  F  T  G  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTCTTCTTTCAGCGGCTC------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 M  I  I  P  I  A  D  R  H  N  A  Y  A  E  E  L  R  E  E  L  H  R  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 L  R  A  E  V  D  D  S  S  N  R  M  Q  A  K  V  R  D  A  E  L  H  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 P  V  M  L  I  V  G  D  K  E  Q  E  A  R  E  V  S  V  R  E  R  T  G  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 G  T  K  E  R  K  G  V  K  F  D  E  L  K  A  E  L  L  E  R  R  K  N  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649
 S 
 - 
---

thr_euk_G_lamblia

Class II

Eukaryotes/Giardia lamblia/amino acid sequences/Glamblia_thr_aa

Eukaryotes/Giardia lamblia/nucleotide sequences/Glamblia_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  P  D  F  V  T  E  R  L  A  K  F  N  A  L  R  E  R  H  A  A  S  Q  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 T  G  G  P  F  T  V  T  L  P  D  G  K  T  T  E  I  P  A  S  F  T  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 D  V  A  K  Q  V  V  K  N  K  K  V  Y  S  K  F  L  A  A  V  R  D  D  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 V  I  D  M  S  A  R  L  G  K  T  C  K  L  E  F  L  T  F  D  D  P  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  E  V  F  W  H  S  S  A  H  L  L  G  Y  A  L  E  K  T  F  Q  A  H  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 G  H  G  P  A  I  D  S  G  F  F  Y  D  A  F  F  E  N  S  L  K  M  E  P 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  S  L  L  Q  L  D  K  A  A  A  E  I  V  K  Q  A  A  A  A  P  G  D  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 P  V  R  R  F  T  R  L  E  V  T  K  Q  E  A  L  D  L  F  S  Y  S  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  S  E  L  I  S  D  H  V  Q  D  G  E  M  C  S  V  Y  Q  C  G  D  F  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 D  F  C  R  G  P  H  I  P  D  L  G  L  I  Q  A  F  K  C  M  Y  S  S  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 A  Y  F  K  G  D  Q  N  R  E  S  M  Q  R  V  Y  A  V  A  F  P  S  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 Q  L  D  K  H  I  E  L  L  E  E  A  K  R  R  D  H  R  N  L  A  K  E  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  L  F  M  T  H  K  Y  A  P  G  A  P  M  F  M  N  N  G  T  R  I  Y  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  Y  R 
---------------------------------------------------------------ATCTACCGC

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 K  L  E  A  F  I  R  E  L  L  H  E  F  D  Y  E  E  V  M  T  P  T  F  L 
 K  L  E  A  F  I  R  E  L  L  H  E  F  D  Y  E  E  V  M  T  P  T  F  L 
AAGCTCGAAGCTTTTATTCGCGAGCTCCTCCATGAGTTTGATTATGAAGAGGTCATGACACCGACGTTTCTC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 N  T  D  L  W  G  I  S  G  H  L  Q  H  Y  K  E  N  M  F  L  L  E  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 E  K  T  D  P  Q  Y  G  L  K  P  M  N  C  P  C  H  C  L  L  Y  K  N  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  G  L  K  P  M  N  C  P  C  H  C  -  -  -  -  -  - 
---------------------GGTCTGAAACCCATGAACTGTCCGTGTCACTGT------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 H  H  S  V  Q  E  L  P  I  R  M  A  E  F  G  V  V  H  R  N  E  L  S  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  M  A  E  F  G  V  V  H  R  N  -  -  -  - 
------------------------ATACGGATGGCAGAGTTTGGAGTTGTGCACCGCAAT------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 A  L  S  G  L  T  R  V  V  R  F  E  Q  D  D  A  H  I  F  C  T  V  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  V  R  F  E  Q  D  D  A  H  I  F  -  -  -  -  - 
------------------------GTGCGTTTTGAGCAAGATGATGCACACATTTTC---------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 I  E  Q  E  M  T  G  L  I  E  F  I  K  R  V  Y  T  P  F  G  I  D  F  A 
 -  -  -  -  M  T  G  L  I  E  F  I  K  R  V  Y  T  -  -  -  -  -  -  - 
------------ATGACTGGCTTGATCGAATTTATCAAACGCGTTTATACA---------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 L  S  L  S  L  R  P  E  K  K  M  G  S  D  E  L  W  D  R  A  E  G  T  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 R  K  V  L  T  N  T  G  L  D  F  K  E  N  P  G  D  G  A  F  Y  G  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
---------------------------------------------------------------------AAG

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  D  V  H  L  T  D  A  L  G  R  Q  H  Q  C  G  T  I  Q  L  D  F  N  L 
 I  D  V  H  L  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  C  G  T  I  Q  L  D  -  -  - 
ATTGATGTCCATCTA------------------------CAGTGCGGTACCATTCAGCTTGAC---------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  S  K  D  R  F  D  L  L  Y  S  V  Y  D  E  K  T  G  S  V  K  Q  E  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 P  V  M  I  H  R  A  I  L  G  S  V  E  R  F  M  A  I  L  I  E  N  T  G 
 P  V  M  I  H  R  A  I  .  .  S  V  E  R  F  M  A  I  -  -  -  -  -  - 
CCAGTGATGATTCATAGGGCTATC------TCCGTTGAGCGCTTCATGGCCATC------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  R  F  P  F  W  I  S  P  R  Q  I  V  V  I  P  L  H  G  E  D  I  V  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 Y  A  K  T  V  R  E  R  Y  H  S  K  G  Y  F  V  D  L  D  I  S  S  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 M  E  K  K  I  A  V  A  W  N  K  K  Y  N  F  I  M  V  V  G  A  Q  E  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 G  T  C  S  V  A  L  S  G  R  T  L  S  A  Y  I  G  E  K  D  N  Q  R  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695
 R  K  V  L  T  L  E  E  T  D  A  L  L  A  E  L  S  S  G  R  A  N  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

thr_euk_D_discoideum

Class II

Eukaryotes/Dictyostelium discoideum/amino acid sequences/Ddiscoideum_thr_aa

Eukaryotes/Dictyostelium discoideum/nucleotide sequences/Ddiscoideum_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  F  L  K  L  T  K  S  I  Q  K  I  N  N  F  N  N  N  K  I  N  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 N  K  Y  F  S  T  T  N  I  N  N  S  G  G  G  G  N  I  K  L  N  D  G  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 I  F  K  F  E  D  K  Q  T  P  L  T  I  A  N  K  I  N  K  T  I  G  K  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 S  I  L  S  R  L  N  G  N  K  L  I  S  M  K  E  I  I  E  M  S  G  K  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 Y  N  I  E  F  L  N  F  E  E  H  S  D  A  R  I  C  F  W  N  S  S  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 V  L  A  R  A  T  M  E  Y  F  K  N  E  N  K  E  I  E  L  I  N  F  G  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 L  V  N  P  Q  T  A  D  N  I  N  Q  G  T  F  Y  I  D  I  F  F  K  D  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 N  Q  T  I  K  D  N  D  I  N  K  I  K  K  I  M  E  Y  I  V  K  R  N  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  F  E  I  L  K  N  D  Q  Q  D  Q  D  Q  D  Q  E  E  S  F  I  K  F  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 E  F  K  F  K  N  N  F  L  T  I  D  S  S  N  S  I  V  S  L  D  L  I  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 N  S  S  V  V  G  P  N  K  E  Y  S  E  L  Q  R  I  V  G  I  S  F  P  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 K  D  Q  M  N  N  W  V  E  I  Q  K  I  A  A  L  R  D  H  R  V  I  G  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 D  Q  E  L  F  F  F  H  P  F  S  P  G  S  C  F  F  L  P  H  G  T  K  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I 
---------------------------------------------------------------------TTT

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 Y  N  K  L  L  Q  F  L  R  L  E  Y  R  K  R  G  Y  Q  E  V  I  S  P  N 
 Y  N  K  L  L  Q  F  L  R  L  E  Y  R  K  R  G  Y  Q  E  V  I  S  P  N 
ATAACTACGTGCTCTATGAGCATACATTAAACAATGGCCCGGACAATTCATTGGTTTTAAAGAGTATTGAGT

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 I  Y  N  Q  K  L  W  E  T  S  G  H  W  D  N  Y  K  D  N  M  F  S  F  E 
 I  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATGATC------------------------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 C  D  H  T  Q  Y  S  L  K  P  M  N  C  P  G  H  C  L  M  Y  A  H  R  A 
 -  -  -  -  -  -  S  L  K  P  M  N  C  P  G  H  C  -  -  -  -  -  -  - 
------------------TATAACTTCTTGATAACCACGTTTACGATATTC---------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 R  S  Y  K  E  L  P  M  R  I  A  D  F  G  V  L  H  R  N  E  T  H  G  S 
 -  -  -  -  -  -  -  M  R  I  A  D  F  G  V  L  H  R  N  -  -  -  -  - 
---------------------ATGTGGTAAAAAGAAACAACTACCAGGACTAAATGG---------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 L  S  G  L  T  R  V  R  R  F  Q  Q  D  D  A  H  I  F  C  T  P  D  M  I 
 -  -  -  -  -  -  -  R  R  F  Q  Q  D  D  A  H  I  F  -  -  -  -  -  - 
---------------------TCTATGATCACGTAATGCTGCAATCTTTTGAAT------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 R  E  E  I  K  Q  C  L  D  F  M  K  Y  V  Y  T  I  F  N  F  T  F  H  L 
 -  -  -  I  K  Q  C  L  D  F  M  K  Y  V  Y  T  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------ACTTGGGAATGAAATACCAACAATACGTTGAAGTTCTGA------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 E  L  S  T  R  P  D  S  Y  L  G  E  L  S  V  W  E  K  A  E  T  S  L  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Q  V  L  T  E  F  C  G  D  K  W  T  I  N  H  G  D  G  A  F  Y  G  P  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K 
---------------------------------------------------------------------AAT

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 I  D  I  H  L  K  D  A  N  G  K  N  H  Q  C  A  T  I  Q  L  D  F  Q  L 
 I  D  I  H  L  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  C  A  T  I  Q  L  D  -  -  - 
TTCAAATTTATCATT------------------------TTTTTTAATTTTATTTATATCATT---------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 P  I  R  F  N  L  E  Y  S  G  G  L  N  N  N  N  N  N  N  N  N  N  E  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 I  N  D  N  N  N  N  N  S  L  N  R  P  V  M  I  H  R  A  L  F  G  S  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  V  M  I  H  R  A  L  .  .  S  V 
------------------------------------TTTATTTTCATTTTTAAAATATTC------TGCACG

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 E  R  M  M  A  I  L  M  E  H  T  A  G  K  W  P  F  W  L  S  P  R  Q  C 
 E  R  M  M  A  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TGCCAATACTAATGAACT------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 I  V  I  P  V  S  N  K  F  N  Q  F  A  Q  E  I  Q  S  K  I  N  L  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 Y  D  V  D  V  D  L  N  D  S  K  L  L  S  K  K  I  R  E  A  T  V  S  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 Y  N  Y  I  I  V  V  G  Q  E  E  I  D  T  N  I  L  N  V  R  K  R  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 P  E  D  N  K  Q  V  K  L  S  L  N  D  L  F  S  E  F  K  L  N  I  E  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

697698
 F  K 
 -  - 
------

thr_euk_L_infantum

Class II

Eukaryotes/Leishmania infantum/amino acid sequences/Linfantum_thr_aa

Eukaryotes/Leishmania infantum/nucleotide sequences/Linfantum_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  S  G  K  K  K  A  A  E  A  T  V  D  L  A  T  L  A  E  P  G  F  W  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 Q  R  V  E  I  F  E  Q  L  W  Q  Q  Q  Q  N  R  Y  E  S  M  K  A  P  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 K  V  S  L  P  D  G  K  V  M  D  A  E  S  W  V  T  C  P  L  D  I  A  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 R  L  S  N  S  L  P  D  K  V  I  V  A  R  V  N  E  A  L  W  D  L  T  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 P  F  E  A  D  C  Q  L  E  L  L  D  W  D  E  K  D  A  R  E  V  F  W  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 S  S  S  H  V  L  G  Y  A  L  E  R  I  F  D  T  K  L  S  V  G  P  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 E  E  G  G  F  F  Y  E  G  L  T  N  R  P  V  S  E  S  D  Y  K  A  I  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 S  A  M  Q  E  L  V  K  Q  K  M  P  Y  Q  R  L  E  V  S  K  E  D  A  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 R  L  F  G  Y  T  E  F  K  S  K  I  L  A  S  K  V  P  D  G  G  S  C  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 V  Y  R  C  G  M  L  I  D  P  C  R  G  P  H  L  P  D  T  G  R  V  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  A  V  T  K  N  S  S  S  Y  L  E  G  K  A  E  N  E  V  L  Q  R  V  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  I  S  F  P  K  N  P  M  L  T  E  W  K  T  I  Q  E  E  A  A  K  R  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 H  R  V  I  G  R  Q  Q  N  L  F  N  F  H  E  V  S  P  G  S  A  F  W  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 P  H  G  A  R  I  Y  N  T  L  V  E  F  L  R  K  K  Y  R  R  C  G  F  Q 
 -  -  -  -  -  I  Y  N  T  L  V  E  F  L  R  K  K  Y  R  R  C  G  F  Q 
---------------ATCTACAACACTCTCGTAGAATTCCTGCGCAAGAAGTATCGCCGCTGCGGCTTTCAG

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 E  V  I  S  P  N  M  Y  S  S  K  L  W  M  V  S  G  H  W  E  K  Y  A  D 
 E  V  I  S  P  N  M  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GAGGTCATCTCGCCGAACATGTAC------------------------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 N  M  F  C  T  K  C  E  K  E  D  F  G  L  K  P  M  N  C  P  G  H  C  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  G  L  K  P  M  N  C  P  G  H  C  - 
------------------------------------GGTCTGAAGCCGATGAACTGCCCGGGCCACTGC---

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 M  F  A  S  Q  P  H  S  Y  K  E  L  P  I  R  Y  A  D  F  G  V  L  H  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  Y  A  D  F  G  V  L  H  R 
---------------------------------------ATTCGCTACGCCGACTTTGGCGTGCTGCACCGG

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 N  E  L  S  G  A  L  T  G  L  T  R  V  R  R  F  Q  Q  D  D  A  H  I  F 
 N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  R  F  Q  Q  D  D  A  H  I  F 
AAC------------------------------------CGCCGCTTCCAGCAGGACGATGCACACATCTTC

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 C  R  M  D  Q  I  T  D  E  M  E  G  Q  M  Q  F  L  S  D  V  Y  G  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  M  E  G  Q  M  Q  F  L  S  D  V  Y  G  -  - 
---------------------------ATGGAGGGCCAGATGCAGTTCCTCAGCGACGTTTACGGC------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  F  K  F  Y  F  Y  H  S  T  R  P  A  N  K  L  G  S  E  A  L  W  D  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 S  E  S  Y  L  R  T  A  L  N  R  F  C  G  I  P  E  E  L  P  D  P  L  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 P  D  Q  R  F  H  Y  D  G  K  P  D  S  V  K  K  M  K  A  L  M  K  K  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 E  R  C  E  D  P  N  A  W  K  G  P  T  N  G  G  D  G  W  I  E  N  A  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 D  G  A  F  Y  G  P  K  I  D  I  V  V  E  D  A  L  R  R  R  H  Q  C  A 
 -  -  -  -  -  -  -  K  I  D  I  V  V  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  C  A 
---------------------AAGATCGACATCGTCGTC------------------------CAGTGCGCC

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 T  I  Q  L  D  F  N  L  P  S  R  F  G  L  K  Y  T  L  P  A  A  E  K  D 
 T  I  Q  L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ACGATCCAGTTGGAC---------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 E  T  T  V  S  P  T  E  K  Q  K  H  A  D  P  A  L  T  A  S  S  P  A  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648
 E  D  C  V  S  K  P  K  P  G  T  Y  E  A  A  V  R  D  L  G  I  D  L  E 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671672
 L  D  A  N  Q  A  R  P  V  M  I  H  R  A  I  L  G  S  L  E  R  S  I  A 
 -  -  -  -  -  -  -  P  V  M  I  H  R  A  I  .  .  S  L  E  R  S  I  A 
---------------------CCCGTCATGATCCACCGCGCCATT------TCCTTGGAGCGCTCGATCGCC

673674675676677678679680681682683684685686687688689690691692693694695696
 I  L  C  E  H  F  G  G  D  W  P  F  W  L  S  P  R  Q  V  M  V  V  P  V 
 I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATT---------------------------------------------------------------------

697698699700701702703704705706707708709710711712713714715716717718719720
 S  A  S  N  Y  E  Y  S  Q  Q  V  R  D  T  M  H  D  A  G  F  H  A  D  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

721722723724725726727728729730731732733734735736737738739740741742743744
 D  N  G  A  A  T  L  D  K  K  I  R  N  A  E  K  A  R  Y  N  F  I  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

745746747748749750751752753754755756757758759760761762763764765766767768
 V  G  Q  K  E  Q  D  A  T  A  V  N  I  R  A  R  G  E  K  R  L  G  N  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

769770771772773774775776777778779780781782783784785786787788
 S  L  V  E  A  V  Q  W  L  K  E  L  A  D  T  H  N  R  E  Y 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------

thr_euk_P_chromatophora

Class II

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/amino acid sequences/Pchromatophora_thr_aa

Eukaryotes/Paulinella chromatophora/nucleotide sequences/Pchromatophora_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  D  N  S  T  D  S  V  K  Q  N  T  M  E  L  L  K  T  S  E  S  P  Q  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 L  K  I  R  H  S  M  S  H  V  M  A  M  A  V  Q  K  L  F  P  N  A  Q  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  I  G  P  W  T  E  S  G  F  Y  Y  D  F  D  N  P  E  P  F  T  E  A  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 L  K  S  I  K  K  G  M  I  K  I  I  N  Q  N  L  N  F  E  R  V  E  V  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 R  Q  D  V  A  C  R  I  K  A  Q  N  E  P  Y  K  L  E  I  L  A  G  L  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 E  P  I  T  I  Y  K  L  G  E  Q  W  W  D  L  C  A  G  P  H  V  N  N  T 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  E  L  N  P  K  A  F  D  L  E  S  V  A  G  S  Y  W  R  G  D  E  K  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 A  K  L  Q  R  I  Y  G  T  A  W  E  T  P  E  Q  L  E  E  Y  K  R  R  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 K  E  A  L  R  R  D  H  R  R  L  G  T  D  L  D  L  F  S  I  E  D  E  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 G  S  G  L  V  F  W  H  P  N  G  A  R  I  R  L  L  I  E  D  F  W  R  Q 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R  L  L  I  E  D  F  W  R  Q 
---------------------------------------GAAATCAAAAGCCGATAGGATACGTTCGGTTAA

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 S  H  L  E  A  G  Y  E  L  L  Y  T  P  H  I  A  D  I  R  L  W  K  T  S 
 S  H  L  E  A  G  Y  E  L  L  Y  T  P  H  I  A  -  -  -  -  -  -  -  - 
ATTCAATACTTCTAAAACTTCACTTCCTATTTGCTCTGGCAAACAAAA------------------------

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 G  H  L  D  F  Y  S  E  S  M  F  S  P  M  Q  V  D  E  R  E  Y  Q  L  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  Q  L  K 
---------------------------------------------------------------CTCAGCCCA

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 P  M  N  C  P  F  H  V  L  T  Y  A  S  K  L  R  S  Y  R  E  L  P  I  R 
 P  M  N  C  P  F  H  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  R 
CCGTATGGGTAGTTCACGGTAAGA------------------------------------------CATCGG

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 W  A  E  L  G  T  V  Y  R  Y  E  R  P  G  V  M  H  G  L  M  R  V  R  G 
 W  A  E  L  G  T  V  Y  R  Y  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  R  G 
CTTGAGTTGGTACTCTCGTTCATCGACTTG------------------------------------ATGTCC

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 F  T  Q  D  D  A  H  I  F  C  L  P  E  Q  I  G  S  E  V  L  E  V  L  N 
 F  T  Q  D  D  A  H  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  V  L  E  V  L  N 
TGACGTTTTCCAAAGACGAATATCCGC---------------------------ACCAGCTTCTAGGTGAGA

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 L  T  E  R  I  L  S  A  F  D  F  T  K  Y  E  I  N  L  S  T  R  P  E  K 
 L  T  E  R  I  L  S  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTGGCGCCAGAAATCTTCAAT---------------------------------------------------

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 F  I  G  G  D  D  V  W  D  L  A  T  N  G  L  V  E  A  L  N  A  K  N  W 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 N  Y  K  I  D  E  G  G  G  A  F  Y  G  P  K  I  D  L  K  I  K  D  A  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  I  D  L  K  I  -  -  -  - 
------------------------------------------AGCAGTTCCATAAATACG------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 G  R  T  W  Q  C  S  T  I  Q  L  D  F  N  L  P  E  R  F  N  I  E  Y  V 
 -  -  -  -  Q  C  S  T  I  Q  L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------GCCACGCCAATATGAACCAGCTAC------------------------------------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 G  S  D  G  S  R  Q  R  P  I  M  I  H  R  A  I  F  G  S  L  E  R  F  F 
 -  -  -  -  -  -  -  -  P  I  M  I  H  R  A  I  .  .  S  L  E  R  F  F 
------------------------GCAAAGATCCCACCATTGTTCTCC------GTAAATAGTAATTGGTTC

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 G  V  M  I  E  S  C  A  G  D  F  P  F  W  L  A  P  E  Q  I  R  L  L  P 
 G  V  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
GATAAG------------------------------------------------------------------

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 V  T  D  E  V  I  T  Y  A  E  E  L  L  S  Q  L  K  I  A  G  V  R  A  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 I  D  R  T  G  D  R  L  G  K  L  I  R  N  G  E  Q  K  K  I  P  I  L  A 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 V  V  G  A  K  E  A  E  V  G  G  A  S  L  R  S  R  Y  E  G  E  L  G  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599
 V  N  A  Y  N  L  V  Q  T  A  T  L  A  N  C  K  Q  N  S  R  F  S  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---------------------------------------------------------------------

thr_euk_N_ceranae

Class II

Eukaryotes/Nosema ceranae/amino acid sequences/Nceranae_thr_aa

Eukaryotes/Nosema ceranae/nucleotide sequences/Nceranae_thr_nuc

alignment summary

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 
 M  L  N  I  F  F  D  K  K  V  Y  K  V  E  E  N  I  S  A  H  D  F  L  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 
 E  N  T  N  L  E  N  I  M  I  C  K  I  D  G  V  L  S  D  L  S  T  C  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 
 T  A  D  C  K  L  S  F  H  S  F  D  E  C  K  D  I  F  W  H  S  S  A  H 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 
 I  L  G  N  A  L  V  N  L  Y  P  S  C  K  L  I  N  G  P  P  I  E  E  G 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

97 98 99 100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120
 F  F  Y  D  I  D  I  D  T  P  L  S  Q  E  D  Y  K  N  I  E  S  E  F  K 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144
 K  I  V  K  K  N  Y  K  Y  E  K  V  Y  Y  S  K  A  D  L  Q  K  M  Y  V 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168
 N  N  K  Y  K  L  H  F  V  N  T  K  V  E  H  G  S  T  V  Y  K  N  G  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192
 F  Y  D  L  C  Q  G  P  H  I  P  S  T  G  L  V  K  S  V  K  I  L  K  N 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216
 S  S  V  H  H  N  D  K  Q  V  Q  R  I  Y  A  I  S  F  P  N  K  D  L  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240
 S  K  Y  L  K  M  R  D  E  A  I  K  K  D  H  R  K  L  G  R  E  L  D  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264
 F  F  F  H  E  Y  S  P  G  S  C  F  F  L  P  N  G  T  F  L  Y  N  K  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  L  Y  N  K  L 
---------------------------------------------------------ATGTGCATCATCCTG

265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288
 C  D  L  M  R  S  E  Y  L  K  R  G  F  Q  E  V  I  T  P  N  I  F  S  I 
 C  D  L  M  R  S  E  Y  L  K  R  G  F  Q  E  V  I  T  P  N  I  F  -  - 
TTGAAATCTTCTAACACGTGTCAGTCCTGTAAGTGCACCACTTAACTCATTTCTATGTAAAACACC------

289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312
 E  L  W  K  E  S  G  H  Y  E  N  Y  K  D  N  I  F  M  L  E  N  E  N  M 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336
 A  M  K  P  M  N  C  P  G  H  C  L  M  F  K  N  V  D  H  S  F  R  D  L 
 A  M  K  P  M  N  C  P  G  H  C  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CATCGGTTTCATAGCCATATTTTCATTTTCTAA---------------------------------------

337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360
 P  I  R  Y  A  D  F  G  V  L  H  R  N  E  L  S  G  A  L  T  G  L  T  R 
 -  I  R  Y  A  D  F  G  V  L  H  R  N  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
---TTTCCATAACTCAATACTAAAAATATTTGGTGTTAT---------------------------------

361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384
 V  R  R  F  Q  Q  D  D  A  H  I  F  C  T  K  E  Q  V  K  E  E  I  S  N 
 -  R  R  F  Q  Q  D  D  A  H  I  F  -  -  -  -  -  -  -  -  -  I  S  N 
---CATTAAATCACACAACTTGTTGTATAAAAAAGT---------------------------AGGAGAATA

385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408
 C  L  D  F  L  K  H  I  Y  G  I  F  N  F  Q  F  G  L  F  L  S  T  R  P 
 C  L  D  F  L  K  H  I  Y  G  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
TTCATGAAAAAAGAAAAGGTCTAATTCTCT------------------------------------------

409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432
 D  K  F  I  G  E  I  E  E  W  D  L  A  E  K  A  L  E  L  A  I  R  E  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456
 N  L  N  Y  T  L  N  E  G  D  G  A  F  Y  G  P  K  I  D  I  I  L  Q  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  K  I  D  I  I  L  -  - 
------------------------------------------------AGTAGAAGGAATGTGTGG------

457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480
 A  L  G  R  R  I  Q  C  G  T  I  Q  L  D  F  Q  L  P  Q  R  F  K  L  K 
 -  -  -  -  -  -  Q  C  G  T  I  Q  L  D  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------TCCATTTTTATAAACAGTAGAACC------------------------------

481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504
 Y  R  N  N  D  G  N  Q  N  T  P  V  I  I  H  R  A  I  L  G  S  V  E  R 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  P  V  I  I  H  R  A  I  .  .  S  V  E  R 
------------------------------TAAATCTGCCTTAGAATAATATAC------ATATTTATAGTT

505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528
 F  I  A  I  L  I  E  S  Y  G  K  K  L  P  F  W  L  N  P  R  Q  I  G  I 
 F  I  A  I  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
CTTTTTAACAAT------------------------------------------------------------

529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552
 V  S  L  A  D  E  K  Y  T  E  K  V  K  D  Y  F  K  S  F  R  C  E  V  L 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576
 R  D  N  N  T  I  N  K  N  L  K  I  L  I  N  K  A  Y  Y  F  V  C  V  I 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600
 G  N  K  E  A  E  K  N  T  I  N  V  R  I  N  N  N  Q  I  E  Y  S  L  D 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624
 D  F  K  S  I  L  S  K  L  E  E  D  K  K  E  Y  E  D  L  S  K  E  F  S 
 -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 
------------------------------------------------------------------------

625626627628
 N  L  K  I 
 -  -  -  - 
------------